studium 0.13.1

data/lib/studium/exam_topics/gentechnik_und_praktische_biochemie

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+# === Gentechnik tag, praktische Biochemie
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+# Gen tag, Technik tag. Gent Tag.
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+# Ist auch für Industrielle Genomik und Ethik in der Gentechnik geeignet.
+# Gentech tag. Gentech1 tag.
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+# Vektoren werden in einer anderen Datei gesammelt.
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+- Can we say something about <one>the migration behaviour</one> of <two>supercoiled DNA</two>? <one>Supercoiled DNA</one> has a <two>smaller effective volume</two>, which means that it will <two>migrate more rapidly during electrophoresis</two>.
+- Name <one>four different display methods</one> in gene technology. A: (1) <one>phage display</one> (2) <one>yeast surface display</one> (3) mRNA display (4) <one>ribosome display</one>
+- Beim <one>cre</one>/<one>loxP-System</one> wird häufig <two>welches Antibiotikum</two> verwendet? <one>Neomycin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Neomycin []
+- <one>Wann</one> wurde <two>die erste Genklonierung</two> beschrieben? Im Jahr <one>1973</one>, durch <two>Stanley Cohen</two>.
+- Give another name for <one>Charon 4A</one> und <one>Charon 16</one>. A: (1) <one>Charon 4A</one> is a <two>replacement vector</two>. (2) <one>Charon 16</one> is an <two>insertional vector</two>.
+- In phage display, the <one>M13 phage</one> is often used. <two>How many copies of the gene III protein may we find on such a phage normally</two>? About <one>5-8 copies</one> of the <two>gene III protein</two>.
+- In der Gentechnik: <one>welchen Vorteil</one> bieten <two>Inteins</two>? <one>Es entfällt das Verwenden einer Protease</one>. Die Zahl der notwendigen Schritte wird dadurch reduziert.
+- <one>What host</one> is used for a <two>BAC</two>? <one>A mutant strain of E. coli</one> lacking normal restriction and modification systems compared to the wild type.
+- We observe that a DNA molecule is cut by <one>MspI</one> but not by <two>HpaII</two>. What can we conclude from this observation? The <two>recognition site</two> may be <one>methylated</one>.
+- Bei der <one>Giemsa-Farbstoff</one> kommt welche Protease zur Anwendung? <one>Trypsin</one>.
+- Überführt man DNA-Doppelstränge in Einzelstränge, so nennt man diesen Vorgang ... ? <one>Denaturierung</one>.
+- <one>Wie</one> können wir Proteine nach ihrer Größe trennen? Mit Hilfe der <one>Gelfiltrationschromatographie</one>. []
+- Im Jahre 2012 sind wieviele Restriktionsenzyme in der Datenbank <one>REBASE</one> beschrieben? Etwa <one>4000</one>. []
+- The <one>Sau restriction enzyme</one> came from which organism? It came from <one>Staphylococcus aureus</one>. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/11316811/ []
+- Name a very widely, perhaps even the most widely used, <one>strong regulatable promoter</one> used in gene technology / biotechnology. A: The <one>tac promoter</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tac-Promoter []
+- In general, seen mechanistically: <one>how</one> are <two>Type I restriction enzymes</two> able to cut remote sites? They <one>loop the DNA strand</one>.
+- Um <one>Kompetenz in Bakterien</one> zu ermöglichen: <two>bei welcher Temperatur erfolgt der Hitzeschock</two> und wie lange dauert er an? Die <two>Hitzeschock-Temperatur</two> erfolgt bei <one>42°C</one> und dauert <one>5 Minuten</one>.
+- Aus welchen <one>zwei Komponenten</one> besteht der <two>tac-promotor</two>? Aus dem <one>-35 trp-Promoter</one> und dem <two>-10 lac-Promoter</two>. []
+- Give another name for <one>relatively short DNA molecules</one>. A: <one>Oligonucleotides</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Oligonucleotide []
+- Nenne <one>zwei Vorteile</one> der <two>transcription mediated amplificate</two> Methodik in der Virusdiagnostik gegenüber der PCR. A: (1) die Methode ist <one>isothermisch</one> (2) die Methode ist <one>viel schneller als die PCR</one>
+- Can the <one>T4 DNA ligase</one> <two>join togeter blunt-ended DNA molecules</two>? Yes - under <one>appropriate conditions</one>. []
+- <one>YACs</one> <two>can hold more DNA than</two> <three>BACs</three> but they have one huge problem. Which one? There is a problem of recombination and rearrangement of the cloned DNA within Yeast.
+- Angenommen wir möchten ein <one>Fusionsprotein</one> synthetisieren. Kommt das Strukturgen hier tendenziell eher vor, oder nach, dem Reportergen, in linearer Anordnung? Das <one>Strukturgen</one> wird <two>vor</two> dem <three>Reportergen</three> eingebaut. []
+- Die <one>Tth DNA-Polymerase</one> (<two>Thermus thermophilus</two>) besitzt eine reverse Transkriptaseaktivität bei 70°C. Was wird noch benötigt? <one>Mangan</one>.
+- When we see something like <one>R.HindIII</one>, what do we know? That this is the <one>modification enzyme</one> that belongs to the HindIII restriction enzyme.
+- <one>Southern Blotting</one> entstand <two>in welchem Jahre</two>? <one>1975</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Southern_blot
+- Die <one>T4 DNA Ligase</one> wird sehr oft in der modernen Gentechnik verwendet. Kurz formuliert, wie isoliert man dieses Enzym? Man reinigt <i>E. coli</i> Zellen, die zuvor mit dem T4 Phagen infiziert worden sind.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: <two>wieso wird hier (üblicherweise) ein elektrischer Strom benötigt</two>? Um die Proteine <one>vom Gel</one> <two>auf die Membran</two> <three>zu übertragen</three>.
+- Name <one>two general ways</one> <two>how to transform bacteria</two>. A: (1) <one>chemical treatment via CaCl₂</one> (<two>heat shock</two>, then put it on ice) (2) <one>electroporation</one>
+- <one>ARTP</one> is <two>a whole-cell mutagenesis tool</two>. What does ARTP stand for? <one>Atmospheric and room-temperature plasma</one>. This technique is based on radio-frequency atmospheric-pressure glow discharge plasma. URL: https://bioresourcesbioprocessing.springeropen.com/articles/10.1186/s40643-018-0200-1
+- In der Gentechnik wird mitunter der chemilumineszente Farbstoff <one>Luminol</one> eingesetzt. <two>In welcher Farbe leuchtet dieser</two>? <lightblue>Leuchtend blau</lightblue>, wenn er mit einem <one>oxidierendem Agens</one> in Kontakt tritt.
+- Nenne drei <one>Peptid-Tags</one> zur besseren Reinigung von Proteinen. A: (1) <one>His6-tag</one> (2) <one>FLAG-tag</one> (3) <one>GST-tag</one>
+- Bei der <one>in-vitro-Fertilisation</one> (IVF): <two>wie erfolgt die Befruchtung</two>? Es handelt sich hier um eine <one>extrakorporale Befruchtung</one>.
+- <one>Gibson Assembly</one> was developed by Dr. Daniel Gibson and colleagues. <two>Where did he work</two>? At the <one>J. Craig Venter Institute</one>.
+- In der Gentechnik: was heisst <one>EMSA</one> und <two>wofür setzen wir diese Technik ein</two>? <one>EMSA</one> heisst <two>Electrophoretic mobility shift assay</two>. EMSA wird eingesetzt um <three>Protein-DNA</three> und <three>Protein-RNA</three> Interaktionen zu untersuchen.
+- Die <one>Tth Polymerase</one> zeigt reverse Transkriptase-Aktivität wenn wir <two>was hinzufügen</two>? <one>Mangan</one>. Temperatur: bei 70° C.
+- In der Gentechnik wird oft <one>2,4-Dinitrophenol</one> verwendet. <two>Warum</two>? Es besitzt eine <one>fluoreszierende Seitengruppe</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/2,4-Dinitrophenol
+- Ich will eine Substanz gut lösen. Sollte ich eher Lösungsmittel verwenden die eine <one>hohe Dielektrizitätskonstante</one> haben, oder solche die eine <one>niedrigere Dielektrizitätskonstante</one> haben? Substanzen mit <one>hoher Dielektrizitätskonstante</one> sollten bevorzugt werden. []
+- <one>Dansylchlorid</one> kann verwendet werden um die N-terminale Aminosäure zu bestimmen. Welcher Teil von <one>Dansylchlorid</one> heftet sich an die <two>N-terminale Aminogruppe</two> an? Der <one>O=S=O Teil</one>, über die Bindung zum Schwefel.
+- Name <one>a method used in molecular biology</one> in where we can find a fusion protein as part of a reporter system. A: The <one>yeast two-hybrid system</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Two-hybrid_screening []
+- Die <one>radioaktive Markierung von Nukleotiden</one> erfolgt mittels welcher zweier Komponenten? (1) <one>[Gamma-³²P] ATP</one> (2) <one>T4 Polynukleotid Kinase</one>
+- Es gibt den E. coli Stamm <one>BL21</one> der in der Gentechnik eingesetzt wird. <two>Wieso</two>? Er ist ein <one>Protease-armer Stamm</one>, und damit wichtig für die Proteinproduktion.
+- What do we mean with a <one>gene drive</one>? This is <one>a genetic engineering technology</one> that propagates a particular suite of genes throughout a population by altering the probability that a specific allele will be transmitted to the offspring.
+- What is a <one>cryoprotectant</one>? This is <one>a substance</one> that is used to <two>protect biological tissue from freezing damage</two> (which is damage due to ice formation).
+- The <one>surveyor assay</one> is also used in <two>CRISPR</two>/<two>Cas9</two>. <three>What can we do with this assay ultimately</three>? The <one>Surveyor nuclease assay</one> is an enzyme mismatch cleavage assay. It can be used to detect single base mismatches or small insertions or deletions (indels). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Surveyor_nuclease_assay
+- <one>1 Svedberg</one> is equivalent to <two>how many seconds</two>? <one>10⁻¹³</one> seconds.
+- Wie entsteht <one>Biuret</one>? <one>Biuret</one> entsteht bei der <two>Pyrolyse von Harnstoff</two> durch Kondensation von zwei Molekülen Harnstoff, unter Abspaltung von einem Molekül Ammoniak.
+- <one>After denaturation of dsDNA</one>: why must we <two>cool slowly</two>? So <one>that the DNA strands can renature</one>. If we were to cool rapidly, the strands would remain single stranded.
+- <one>Welche Methoden</one> gibt es zur Herstellung <one>transgener Pflanzen</one>? (1) Agrobacterium tumefaciens (2) particle gun (scutellum, Pollenschlauch) (3) Protoplastentransformation (Elektroporation, PEG, Mikroinjektion) (4) <one>Plastidentransformation</one>
+- <one>Mit welchem Verfahren</one> kann eine Proteinlösung getrocknet werden, unter <two>Beibehaltung der biologischen Aktivität</two>? Mit Hilfe der <one>Gefriertrocknung</one> (<two>Lyophylisation</two>). URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Gefriertrocknung []
+- In der Gentechnik: <one>andere Bezeichnung für die Methode nach Warburg und Christian</one>? <one>UV-Absorptionsbestimmung aromatischer Aminosäuren</one>.
+- In der Gentechnik: woran bindet <one>Ponceau S</one>? <one>Ponceau S</one> bindet (reversibel) an <two>positiv geladene Aminogruppen</two> der Proteine. Es ist auch leicht abwaschbar. []
+- Kann <one>Wasser</one< die <two>Fluoreszenz verringern</two>? Ja.
+- How can we, <one>in the lab</one>, <two>verify whether two proteins are closely associated with one another</two>? We can employ a <one>co-immunoprecipitation assay</one>.
+- If we wish to <one>eliminate RNA from a solution</one>, what may we do? We may add the enzyme <one>ribonuclease</one> (<royalblue>RNase</royalblue>). <two>This enzyme will digest the RNA in the preparation</two>. []
+- Why could the <one>Radioimmunoassay</one> be considered an outdated method? Because radioactivity poses a potential health threat, so safer alternatives were sought.
+- <one>Goldkolloide</one> werden zum Nachweis im biochemischen Labor eingesetzt, sind aber instabil, daher müssen <two>Stabilisatoren</two> eingesetzt werden. <three>Nenne zwei Beispiele hierfür</three>. A: (1) <one>Citrate</one> (2) <one>Tween 20</one>
+- Bei der <one>Herstellung eines Agarosepolymers</one> - <two>wie hängt die Porengröße mit der Agarose zusammen</two>? Je <one>höher</one> die Agarose konzentriert ist, desto kleiner ist die Porengrösse.
+- Gegeben sei ein biochemisches Labor. Wir haben eine <one>Quarzkuvette</one> sowie eine <one>Plastikkuvette</one>. <two>Wieso mögen wir eine Quarzkuvette einsetzen</two>? Um <one>im UV-Bereich zu messen</one>, zum Beispiel bei Proteinen.
+- During <one>phage display</one>: <two>antigen-specific phage-displayed antibodies are allowed to bind to their targets</two>, in a process known as ... ? <one>Panning</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Biopanning []
+- In a <one>Gibson Assembly</one>: <two>the overlaps should be at the least n bp at their junctions</two>? At the least <one>30bp</one>.
+- Können wir den Unterschied zwischen <one>NAD⁺</one> und <one>NADH</one> <two>im Labor messen</two>? <one>Ja</one> - sie haben eine unterschiedliche UV-Absorption, so das man <two>die Extinktion bei 340nm bestimmen kann</two>.
+- The process for generating amino acid coding changes at the DNA level is called ... ? <one>Directed mutagenesis</one>.
+- Hat die <one>Hybridomtechnik</one> einen <two>ökonomischen Vorteil</two> gegenüber den Display Techniken wie dem <three>Phage-Display</three>? Ja: die <one>Hybridomtechnik</one> ist <two>patentrechtlich</two> nicht geschützt. []
+- Name <one>a publicly available database</one> that we could use in order to find out <two>where restriction enzymes cut</two>; and whether they may also recognize methylated sites. A: The database <one>REBASE</one>.
+- Was ist das Ziel des <one>Bestrahlungs-Hybridzell-Verfahrens</one>? Die <one>Zerlegung eines Human-Chromosoms in kleinere Bruchstücke</one>.
+- Bei den <one>Methoden zur Proteinanalyse</one> können wir zwischen <two>quantitativer</two> und <two>qualitativer Proteinanalyse</two> unterscheiden. Gib 3 Beispiele für quantitative Proteinanalyse und ein Beispiel für qualitative Proteinanalyse. A: Quantitativ (Gesamtproteinbestimmungen, Enzymaktivitätsbestimmungen, Immunologische Nachweismethoden), qualitativ (elektrophoretische Methoden).
+- Der <one>Western Blot</one> mag dem <one>ELISA</one> ähnlich sein, aber die verwendeten Farbstoffe sind beim Western Blot meist schlechter. <two>Welchen Mangel haben sie vor allem</two>? Sie sind <one>zu kontrastarm</one> (BCIP / NBT).
+- The enzyme <one>terminal transferase</one> does what? The terminal transferase <two>adds nucleotides to any available 3' terminus</two>.
+- The <one>DIG Luminescent Detection Kit</one> can detect what exactly? It can detect <one>digoxigenin labeled nucleic acids</one>, by using an enzyme-immunoassay. URL: https://www.sigmaaldrich.com/AT/de/product/roche/11363514910
+- Beim <one>Northern Blot</one> behandelt man die RNA mit <two>welchem Agens</two>, um die Sekundärstrukturen zu entfernen? Mit <one>Formaldehyd</one>.
+- Wo finden wir ein <one>Peltier-Element</one>? In der Gentechnik, <one>im Heizblock</one> eines <two>Thermocyclers</two>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Peltier-Element#Verwendung []
+- Why is <one>M13</one> preferred in <two>phage display</two>? Because M13 is a non-lytic phage - and thus, it does not destroy the host bacterium during phage production.
+- Wichtigste <one>Fällungsmethode für Nukleinsäuren</one>? Die <one>Alkoholfällung</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/DNA-Extraktion []
+- <one>Radioactive tracers</one> have been used extensively in molecular biology for a long time. Name the four most common (and important) isotopes used here. A: (1) tritium    ("3 H") (2) carbon-14 ("14 C") (3) <one>phosphorus-32</one> (<two>32 P</two>) (4) <one>sulphur-35</one> (<two>35 S</two>)
+- How could we get rid of <one>RNA</one> in-vitro? We could employ <one>Ribonucleases</one>. []
+- In der Gentechnik: nenne einen großen Vorteil (und Beweggründe für die Verwendung) des <one>cre</one>/<one>loxP</one> Systems. A: Man kann damit <one>Reportergene</one> oder <one>Resistenzgene</one> wieder loswerden, sprich: <two>entfernen</two>.
+- <one>Following cell disruption</one>, most methods to <one>isolate DNA</one>/<one>RNA</one> involve a <two>deproteinisation</two> stage. This can be achieved by one or more extractions using <three>phenol</three> or <three>phenol</three>/<three>...</three> mixtures. A: <one>Phenol</one>/<one>chloroform mixtures</one>.
+- What is meant with the expression <one>doped oligonucleotides</one>? <one>Doped oligonucleotides</one> usually refers to <two>the use of unequal amounts of each of the four standard dNTPs in oligonucleotide synthesis</two>.
+- Nenne zwei <one>Nachteile</one> der <two>Methode nach Warburg und Christian</two>. A: (1) nur sehr grobe Bestimmung möglich, da der Anteil aromatischer Aminosäuren in Proteinen variabel ist (2) nur für optisch klare, ungefärbte Lösungen anwendbar
+- Wir möchten <one>Cytoplasmamembranen verschmelzen</one>. <two>Welche zwei chemischen Verbindungen fördern dies</two>? (1) <one>Polyethylenglykol</one> (2) <one>Lysolecithin</one>
+- What means <one>diauxic growth</one>? The cell first uses one sugar, then comes a lag phase, then comes another growth phase for the other sugar. So the growth rate is: <two>sugar-log-sugar</two>.
+- Wie kann, im Labor, <one>RNA vor Degradation geschützt werden</one> (biochemischer Ansatz)? Man konserviert sie in einer <one>gesättigten Ammoniumsulfat-Lösung</one>.
+- <one>Ribosome profiling</one> ermöglicht was genau? <one>Ribosome profiling</one> ermöglicht die Identifikation all jener mRNAs, die gerade translatiert werden.
+- <one>Why</one> do we have to <two>use a polyacrylamid gel</two> for <three>protein separation</three>? Proteins are a lot <one>smaller</one>, on average, than DNA, and <two>polyacrylamide gel yield smaller gaps than Agarose gels</two>.
+- Bei <one>Absorptionsmessungen im UV-Bereich</one> (etwa 200 nm - 400 nm) müssen Küvetten aus ...  verwendet werden. A: Aus <one>Quarz</one>. Glas oder Kunststoff hingegen absorbieren bei dieser Wellenlänge.
+- Are Microarray data quantiative? No; they are at best semi-quantitative.
+- The <one>diameter</one> of a typical <two>DNA microarray</two> is ... ? About <one>2cm</one> square.
+- Bei einer <two>Mutationsanalyse</two>: was bedeutet zum Beispiel <one>fsGlu471</one>? <one>Fs</one> steht für Frameshift, Glu471 ist die letzte Aminosäure.
+- For <one>RNA</one> used in gel electrophoresis, <two>which substance is used to pre-treat RNA with</two>? <one>Glyoxal</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Glyoxal
+- Ist die <one>knock-out Strategie</one> in ihrer Anwendung bei Mäusen limitiert? Ja. Manche knock-outs sind <one>embryonal letal</one>, wie zum Beispiel die <two>bone morphogenetic proteins</two>.
+- Name a property that distinguishes a protein that remains in the cytoplasm from one that is secreted. A: A <one>signal peptide</one> (<peru>leader peptide</peru>) can be found at the <two>protein's N-Terminus</two>.
+- Which <one>metal</one> is used for the <two>biuret reagent</two>? <two>Cu²⁺</two> (<one>cupric ions</one>). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Biuret
+- In der Gentechnik: was heisst <one>LacIq</one>? <one>Lac-Repressor Gen</one>.
+- Name a fairly old technique that can be classified under <one>targeted DNA recombination</one>. A: The <one>Cre-lox</one> recombinase, which is owned by <two>Dupont</two>.
+- Beim <one>Westernblot</one>: <two>wo</two> ist die Transfer Direction und wo sind die Pole? Die Transfer Direction geht von oben nach unten. Oben ist die "Kathode" (- geladen), Unten ist die "Anode" (+ geladen).
+- In der Gentechnik: nenne <one>fünf verschiedene Chromatographie-Methoden</one>. A: (1) <one>Adsorptionschromatographie</one> (2) Affinitätschromatographie (3) Ausschlusschromatographie (4) Verteilungschromatographie (5) <one>Ionenaustauschchromatographie</one>
+- Welche <one>drei Einzelschritte</one> finden beim <two>Western Blot</two> Anwendung? (1) Trennung der Proteine mittels eines Polyacrylamide Gel (2) Blotting of Proteins to nylon-Membrane ("Blotting Step") (3) Identifizierung der Proteine mit Hilfe spezifischer Antikörper
+- Mittels <one>chromatographer Verfahren</one> kann man <two>DNA fällen</two>. <three>Welches Prinzip steckt dahinter</three>? DNA kann an Silikat binden (Säulen).
+- In der Gentechnik gibt es bei den Pipetten die Bezeichnung <one>P20</one>, <one>P200</one> und <one>P1000</one>. <two>Was bedeuten diese Zahlen</two>? (1) <cadetblue>P20</cadetblue>:   von   <two>1-20   Mikroliter</two> (2) <cadetblue>P200</cadetblue>:  von  <two>20-200  Mikroliter</two> (3) <cadetblue>P1000</cadetblue>: von <two>100-1000 Mikroliter</two>
+- <one>MAGE</one> is the technique called multiplex automated genome engineering. What is meant with that technique, in regards to molecular genetics? Here multiplexing refers to the process of inserting several small pieces of synthetic DNA into a genome at multiple sites, simultaneously.
+- The <one>QPix 400 Series</one> is a technical example for a ... ? <one>Microbial Colony Picker</one>.
+- The <one>P-1000 pipette</one> can take up what type of volumes, as <two>range</two>? From <one>100 µl - 1000 µl</one>.
+- Bei der <one>hochauflösenden Schmelzkurvenanalyse</one> (<two>high resolution melting</two>) erfolgt ein schrittweiser Temperaturanstieg, in Änderungen von bis zu ... °C. A: Bis zu <one>+0.05 °C</one>. []
+- Im Labor eingesetzt: wie nennen wir <one>RNAi</one> noch? <one>Knock-down Technik</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_knockdown
+- In <one>phage display</one>: why was the name <two>display</two> chosen? Because our "protein of interest" will be displayed, aka shown, on the surface of the phage, aka its outside - e. g. because it is part of the "phage coat protein".
+- Name one limitation of the classic <one>yeast two-hybrid screens</one>. A: They are limited to <one>soluble proteins</one>.
+- Why is <one>dideoxynucleotide</one> useless for a cell? A dideoxynucleotide has a 3' H group rather than a OH group and thus can not function in a Nucleotide-polymer (like DNA).
+- Im <one>yeast tiling array</one>: <two>was zeigen starke Signale an</two>? <one>Exons</one>.
+- Nenne drei Probleme beziehungsweise Gefahren beim <one>Zellaufschluss</one>. A: (1) <one>Denaturierung des Produktes</one> (2) <one>Oxidation des Produktes</one> (3) <one>Angriff von proteolytischen Enzymen</one>
+- In gene technology, in the <one>Gibson Assembly</one> System, we require <two>three enzymes</two>. Which ones are these? A: (1) <one>T5 exonuclease</one> (2) thermostable DNA polymerase (~ Phusion polymerase) (3) <one>Taq DNA Ligase</one>
+- Name <one>four factors</one> that can increase the success rate of transformation in bacteria, within the lab. A: (1) Treatment with <one>calcium chloride</one> (2) Treatment through a <one>heat shock</one> (3) Making use of an electrical field (4) Using <one>high concentrations of DNA</one>
+- Name one big disadvantage of <one>electroporation</one>. A: There is <one>a high mortality</one> accompanying the <two>transfection conditions</two> - often more than 50% of the cells die.
+- Was heisst <one>OD 260</one> in der Gentechnik? <one>Optische Dichte</one> (einer Substanz) bei einer Wellenlänge von <two>260 nm</two>. []
+- Wenn wir <one>RNA denaturieren wollen</one> und <two>DMSO</two>, bei 50°C einsetzen, müssen wir anschliessend kovalent modifizieren. Dies geschieht mit welcher Substanz? <one>Glyoxal</one>.
+- <one>Seit welchem Jahr</one> kann man die Sequenz klonierter Gene bestimmen? Seit dem Jahr <one>1975</one>.
+- <one>When</one> was <two>Gibson assembly</two> invented? In the year <one>2009</one>.
+- Name a simple difference between <one>phage display</one> and <one>ribosome display</one>. A: (1) <one>Phage    display</one> is an in-vivo method. (2) <one>Ribosome display</one> is <two>an in-vitro method</two>.
+- <one>Type I restriction enzymes</one> have the <two>HsdS</two> component. Why is this component important? It is important to determine the specificity of the recognition (e. g. <one>DNA-binding</one>).
+- The enzyme <one>luciferase</one> is often used in gene technology. <two>How large is this protein, in kDa</two>? <one>62 kDa</one>.
+- Nenne <one>zwei Methoden</one> <two>wie man Protoplasten fusioniert</two>. A: Durch (1) PEG (Polyethylenglukol) oder durch (2) <one>elektrische Impulse</one>.
+- Im <one>Yeast TRI-Hybrid System</one>: <two>was wird als dritte Komponente verwendet</two>? <one>RNA</one>.
+- Bei welcher Technik kommt es zu einer <one>Phänotyp – Genotyp Kopplung</one>? Beim <one>Phage Display</one>.
+- <one>Which company</one> created <two>the first (partially) automated DNA sequencer</two>? <one>Applied Biosystems</one>.
+- <one>Welches Enzym</one> können wir verwenden für die <one>3' Endmarkierung</one>? Die <one>terminale Deoxynukleotidyl-Transferase</one>.
+- Name a technique that is used in eukaryotes, when one wishes to <one>undertake site-specific recombination</one>. A: The <one>Cre</one>/<one>lox system</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Cre-Lox_recombination
+- Essentiell bei der <one>Bisulfit-Konvertierung</one> ist die vollständige Umwandlung von unmethylierten Cytosin-Basen in Uracil. Nenne hierzu einen notwendigen - und wichtigen - physikalischen Parameter, damit die Konvertierung funktioniert. A: Die Temperatur muss hoch sein.
+- In der Gentechnik: was ist ein <one>Quencher</one>? Ein <one>Quencher</one> ist ein Molekül das eine Fluoreszenz auslöscht.
+- <one>Phage Display</one> kann auch kommerziell wofür genau eingesetzt werden? Für die <one>Antikörperproduktion</one>.
+- Name a <one>chelating agent</one> that can be used to <two>remove metal ions</two>. A: <one>EDTA</one> (<two>ethylene diamine tetraacetate</two>).
+- Nenne eine Alternative zu <one>Ethidiumbromid</one>. A: <one>SYBR Green I</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/SYBR_Green_I []
+- Welche Proteine sind schlecht geeignet für das Yeast-two-hybrid System? Membranproteine. Der Grund ist dasb eide Hybridproteine in den Kern müssen.
+- Was ist mit dem Begriff <one>Blotten</one> gemeint? Dies meint <one>die Übertragung bestimmter Substanzen auf eine Membran</one>, die dann an dieser Stelle detektiert werden kann.
+- In gene technology: when dealing with <one>eukaryotic organisms</one>, the first major decision is whether to begin with ... or with ... A: (1) <one>messenger RNA</one> (<two>mRNA</two>) (2) <one>genomic DNA</one> []
+- Wie erreichen wir eine <one>gerichtete Integration</one> in einem Vektor? Wir <one>verwenden zwei verschiedene Restriktionsenzyme</one> (beziehungsweise Restriktionsschnittstellen). []
+- <one>Cells</one> are often grown in <two>culture-grade plastic dishes</two>. What is the usual diameter of these dishes, in mm? <one>100 mm</one>.
+- Benötigen alle <one>Luciferasen</one> ATP für ihre Reaktion? Nein. Die <one>Renilla-Luciferasen</one> benötigen kein ATP.
+- Wenn wir <one>X-Gluc</one> als Substrat für ein Reportergen verwenden, beziehen wir uns auf welches Reportergen genau? Auf das <one>Glucuronidase Gen (GUS)</one>.
+- In der Gentechnik: was sind <one>tac</one> und <one>trc</one>? Dies sind <one>Hybridpromotoren</one>, bestehend aus trp- und lac-Promotor (-35-Region und -10 Region).
+- Das <one>Folin-Ciocalteu Reagens</one> bei der <two>Proteinbestimmung nach Lowry</two> enthält <three>welches Sulfat</three> und wieviel davon in g? <one>150 g Lithium Sulfate</one>.
+- <one>Which enzyme</one>, among the known thermophilic DNA-Polymerases, has <two>the lowest error rate</two>? The <one>Pfu-Polymerase</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pfu_DNA_polymerase []
+- Do <one>restriction enzymes</one> exist that <two>can cleave methylated DNA</two>? Yes; for example, <one>DpnI</one> cleaves only methylated <two>G-m6-ATC</two> areas.
+- Die <one>Tfl-Polymerase</one>: was heisst <three>Tfl</three>? <one>Thermus flavus</one>. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/7295821/ []
+- What is <one>site saturation mutagenesis</one>? <one>Site saturation mutagenesis</one> is <two>a random mutagenesis technique</two> used in protein engineering, in which a single codon (or set of codons) is substituted with all possible amino acids at the position.
+- Nach welchen Eigenschaften können wir <one>Proteine trennen</one>? (1) <one>Molekulargewicht</one> (2) <one>elektrische Ladung</one>
+- <one>Trizol</one> consists of <two>which two components</two>? (1) <one>phenol</one> (2) <one>guanidine isothiocyanate</one>
+- What do we mean with <one>exo-Klenow</one> and why is this relevant in gene technology? This is a Klenow-fragment that lacks both 3'-5' and 5'-3' exonuclease activity. The exo-Klenow fragment is used in some fluorescent labeling reactions for microarrays. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Klenow_fragment#The_exo-_Klenow_fragment
+- Arbeitet man bei der <one>Chromatin-Immunopräzipitation</one> mit lebenden Zellen? Zu Beginn ja - aber die <one>Fixierphase</one>, die man für die stabile Interaktion zwischen DNA und Histonen benötigt, tötet die Zellen ab.
+- Was meinen wir mit einer <one>gDNA-Genbank</one>? Eine Genbank, die aus <one>genomischer DNA</one> besteht.
+- We usually employ a restriction enzyme to cut the whole DNA and thus <one>perform a complete digestion</one>. Sometimes we may want to do only a <two>partial digestion</two>, for various reasons. Name two simple ways in the lab how to perform such a "partial digestion" of DNA. A: (1) alter the "enzyme concentration", e. g. use less of the restriction enzyme (2) <one>decrease the incubation time</one>
+- Wenn wir zu einer DNA <one>Isopropanol</one> geben, passiert was? Die <one>Löslichkeit dieser DNA wird verringert</one>; die DNA fällt dadurch aus.
+- Die <one>UIZmaTM DNA-Polymerase</one> stammt aus welchem Organismus? <one>Thermotoga maritima</one>, ein Bakterium (Merkhilfe: <two>ma</two> im Namen kann mit <two>maritima</two> assoziiert werden). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Thermotoga_maritima
+- Give an example why we may wish to <one>dephosphorylate DNA</one>, in the laboratory. A: This may be used to <one>prevent self-ligation</one>. []
+- <one>Luminol</one> is used in forensic sciences at crimes scenes. Why? <one>Luminol</one> will bind to <two>hemoglobin</two>, which is part of the red blood cells. Thus, owing to Luminol, <three>we can detect blood present at the crime scene</three>.
+- What is meant with the term <one>gene knockout technology</one>? Gene knockout technology refers to the targeted inactivation of particular genes.
+- Nenne sechs Methoden <one>Nukleinsäuren zu markieren</one>. A: (1) fill in (2) PCR (3) Photobiotinylierung (4) Primerverlängerung (5) Nick Translation (6) 5 Strich bzw. 3 Strich Endmarkierung.
+- If we wish to <one>kill fungi in a cell culture</one>, what may we use? <one>Amphotericin B</one> - it will poke a hole in the fungal cell. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Amphotericin_B
+- Die Abkürzung <one>IsoAmp</one> steht für ... ? <one>Isothermale Amplifikation</one>.
+- Give another name for <one>DNA-synthesizers</one>. A: <one>Gene Machines</one>. []
+- What is <one>YEp</one>? <two>YEp</two> is the <one>Yeast episomal plasmid</one>. URL: http://www.asiyakm.yolasite.com/yep.php []
+- Nenne eine konkrete Anwendung des <one>Bakteriophagen M13</one> in der Gentechnik, ausgenommen <two>phage display</two>. A: Die <one>Kunkel-Methode</one>.
+- Sie wollen einen spezifischen Antikörper aus dem Serum eines immunisierten Kaninchens aufreinigen. <one>Welche Methode könnte hierfür eingesetzt werden</one>? Die <one>(Bio)affinitätschromatographie</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Affinit%C3%A4tschromatographie
+- <one>Welche Technik</one> konnte verwendet werden um <two>multiple Bindungsstellen für Transkriptionsfaktoren im Enhancerbereich des SV40 Virus-Genoms</two> zu entdecken? Die <one>saturierende Punktmutagenese</one>.
+- How can we experimentally measure <one>DNA separation</one>? By making use of <one>ultraviolet absorption</one>, i.e. through a <two>spectrometer</two>.
+- Wie ist ein <one>Polyacrylamidgel</one> <two>quervernetzt</two>? Über <one>Methylenebisacrylamide</one> (<two>Methylene-bisacryl-amide</two>).
+- Kann bei der <one>Gelelektrophorese</one> quantifiziert werden? Ja, über eine <one>Farbdichtemessung</one> und Rückrechnung. Ist jedoch nicht besonders genau. []
+- In <one>1985</one>, Thomas Kunkel introduced the <two>Kunkel technique</two>. The DNA fragment to be mutated is inserted into a phagemid, before it is then transformed into an E. coli strain deficient in two enzymes. <three>Give a specific example of such a phagemid</three>. A: <one>M13mp18</one>/<one>19</one>.
+- Nenne zwei Möglichkeiten wie man die DNA-Doppelhelix, möglichst einfach, denaturiert. A: (1) durch <one>Erhitzen</one> (2) durch <one>Zugabe von Alkali</one>
+- Die Proteinbestimmung nach Lowry dient zum quantitativen Nachweis von Proteinen. Beschreibe kurz die zwei Reaktionen dazu. A: (1) Erster Schritt ist die "Biuret-Reaktion". Ein blau-violetter Komplex wird zwischen den Peptidbindungen und den Kupfer(II)-Ionen in alkalischer Lösung gebildet. (2) Im zweiten Schritt wird Cu(II) zu Cu(I) reduziert. Dieses Cu(I) reduziert das gelbe Folin-Ciocalteu-Reagenz (Molybdän(VI) - und Wolfram(VI)-Heteropolysäuren) zu Molybdänblau. Die resultierende Blaufärbung wird zur quantitativen Bestimmung der Proteinkonzentration mittels Photometrie bei 750 nm, 650 nm oder 540 nm verwendet.
+- <one>Edman-sequencing</one> requires <two>acidic</two> or <two>alkaline conditions</two>? <one>Edman-sequencing</one> requires <two>mildly alkaline conditions</two>. []
+- Welche drei prinzipiellen Methoden des <one>Zellaufschlusses</one> können wir in der Gentechnik unterscheiden? (1) <one>enzymatisch</one> (2) <one>mechanisch</one> (3) <one>thermisch</one>
+- Es gibt denaturierende Detergentien wie <one>SDS</one> (Natriumdodecylsulfat). Auch gibt es <two>CTAB</two>. Wofür steht dieser Name <two>CTAB</two>? <one>Cetyltrimethylammoniumbromid</one>.
+- In what way is <one>T-DNA</one> from <two>Agrobacterium</two> transferred? As <one>ssDNA</one>. []
+- Beim <one>Western Blotting</one>: <two>woran genau bindet der sekundäre Antikörper</two>? An die <one>FC-Region des primären Antikörpers</one>, ohne das dies die Bindung des primären Antikörpers an das Zielprotein verändert.
+- Gegeben sei eine <one>UAS</one> (<two>Upstream activating sequence</two>). Wie finden wir die Rolle dieser UAS heraus? Mit Hilfe <one>gezielter Deletionsmutagenese</one>. Man löscht hier stückchenweise, und schaut nach ob - und was - sich danach ändert.
+- Warum ist es technisch wichtig das <one>Proteine bei 280 nm</one> absorbieren und <two>DNA bei 260 nm</two>? Wir können so die <one>Reinheit von DNA messen</one>, und zwar indem wir bei 260nm und bei 280nm messen, und das Verhältnis (die <two>Ratio</two>) vergleichen.
+- Erkläre den Begriff <one>gerichtete Integration</one> und wie wir dies erreichen könnten. A: Gerichtete Integration bezeichnet den <one>Einbau von DNA in einer bestimmten Richtung</one>. Dies kann erreicht werden, indem wir zwei verschiedene Restriktionsenzymschnittstellen verwenden und somit unterschiedliche Enden generieren.
+- What is <one>Amplitaq</one>? <one>Amplitag</one> ist eine <two>gentechnisch veränderte Taq-Polymerase</two>. URL: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/N8080241 []
+- In gene technology: what is meant with the term <one>directional cloning</one>? The DNA insert and the vector molecules are digested with two different restriction enzymes to create noncomplementary sticky ends at either end of each restriction fragment. This allows the insert to be ligated to the vector in a specific orientation and prevent the vector from self-ligation.
+- In der Gentechnik beim <one>Ligation Assay</one>, wozu dient er? Wir setzen diesen Assay ein, um Information über mögliche Kontaminationen mit <one>Phosphatasen</one> und <one>Exonukleasen</one> zu erhalten.
+- Warum wird in der Biochemie die <one>Proteinbestimmung nach Bradford</one> so häufig eingesetzt? Sie ist sehr einfach. []
+- Wenn wir die folgenden <one>drei hitzestabilen DNA-Polymerasen</one> vergleichen (Taq, Pfu, Vent), gibt es eine davon die KEINE <two>3' → 5' Exonuklease-Aktivität</two> aufweist. Welche ist dies? Die <one>Taq-Polymerase</one> besitzt <two>keine 3'→5' Exonuklease-Aktivität</two>. []
+- <one>Why</one> can we say that <two>transformation</two> is an inefficient process? <one>Only a very small percentage of competent cells do become transformed</one>.
+- Wir können <one>Metallo-Proteasen</one> durch den <two>Einsatz von Chelatoren</two> inhibieren. Nenne zwei Beispiele hierzu. A: (1) <one>Citrat</one> (2) <one>EDTA</one>
+- Chemisch betrachtet - wie unterscheidet sich <one>Coomassie Brilliant Blue G-250</one> von <two>Coomassie Brilliant Blue R-250</two>? Blue G-250 besitzt <two>zwei zusätzliche Methylgruppen</two>.
+- Nenne ein <one>eukaryotisches Selektionsgen</one>. A: <one>npt</one> (<two>neomycin-Phosphotransferase</two>). URL: https://www.spektrum.de/lexikon/biologie/neomycin-phosphotransferase/45839
+- What is a <one>double digest</one> in <two>gene technology</two>? When we <one>apply two restriction enzymes</one> (<royalblue>digests</royalblue>) <two>at the same time</two>.
+- Which <one>three different outcomes</one> can happen when a restriction enzyme cuts dsDNA that includes its recognition site? (1) <one>blunt ends</one> can be generated (2) fragments with <one>protruding 3' ends</one> can be generated (3) fragments with <one>protruding 5' ends</one> can be generated
+- The <one>Ion torrent</one> from Life Technologies has one huge advantage compared to other sequencing methods. Which one is that? It is <one>very cheap</one> in comparison to the light-detecting based machines such as a 454 Pyrosequencer.
+- What is <one>the first consideration in constructing a genomic library</one>? The number of clones that are required.
+- DNA kann durch die sogenannte <one>Feulgen procedure</one> markiert werden. Was ist hierbei das <two>staining compound</two>? Das <one>Schiffsche Reagenz</one>.
+- Der <one>Northern Blot</one> (für RNA) wurde im Jahre 1977 an welcher Universität entwickelt? An der <one>Stanford University</one>, und zwar von den drei Herren J. C. Alwine, Kemp und Stark. []
+- Ausser seiner Reversibilität: welchen weiteren Vorteil hat der <two>Ponceau S Farbstoff</two>, der beim <one>Western Blotting</one> eingesetzt wird? Er verändert nicht die Sequenz der Polypeptide.
+- Nenne zwei mögliche <one>Nachteile</one> bei der <two>Verwendung prokaryoter Expressionssysteme</two>. A: (1) Es sind keine post-translationale Modifikationen möglich (außer Disulfidbrücken) (2) Es kann zur "Proteolyse" des rekombinanten Proteins kommen; dies ist primär ein Grund, wieso mit <one>Protease-defizienten Stämmen</one> gearbeitet wird.
+- Was heisst das <one>Pfu</one> in der <two>Pfu polymerase</two>? <one>Pyrococcus furiosus</one>. URL: URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pyrococcus_furiosus []
+- Both <one>biotin</one> and <one>digoxigenin</one> are linked to which nucleotide? <one>Uracil</one>. []
+- Das <one>Glucuronidase-Gen</one> (GUS) kann als Reporter wirken in der Gentechnik. Nenne ein Substrat das es umsetzen kann. A: <one>X-Gluc</one> (5-Bromo-4-Chloro-3-Indolyl Glucuronid).
+- In gene technology, what is the <one>Gibson Assembly System</one>? It is a high-efficiency <one>DNA end-linking technique</one> developed in 2009.
+- The <one>Gateway cloning System</one> in use is based on ... ? The lambda <one>att sites</one>.
+- The <one>chromosomal integration site</one> of a cloned gene can be <two>anywhere</two>? <two>No</two> - definitely <one>not within an essential gene</one>. []
+- In which year, approximately, was <one>the original Tet Expression System</one> first described, aka the <two>Tet-Off system</two>? In the year <one>1992</one>. []
+- Welche <two>Besonderheit</two> weisen manche <one>Typ II Restriktionsenzyme</one> auf? Sie <one>schneiden DNA sowohl upstream als auch downstream</one> von der recognition site. []
+- Name one <two>disadvantage</two> of the <one>Northern Blotting</one> technique. A: A <one>Northern Blot</one> has a <two>low sensitivity</two>. []
+- In der Gentechnik: was verbirgt sich hinter dem Akronym <one>FPLC</one>? <one>Fast protein liquid chromatography</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Fast_protein_liquid_chromatography
+- Bei den <one>TaqMan probes</one> gibt es ein Fluorophore. Wo genau ist dieses kovalent verbunden? An das <one>5' Ende der oligonucleotide probe</one>.
+- Nenne ein Restriktionsenzym das <one>glatte Enden</one> herstellt. A: <one>Alu1</one>.
+- Wie können wir die <one>Termination der Translation</one> verbessern? <one>Mehrere Stop-Codons hintereinander schalten</one>. []
+- Some <one>restriction enzymes</one> can be sensitive to/for ...? <one>Methylation</one>.
+- Bei der <one>Sticky feet Mutagenese</one>: was muss man bei den Primern beachten? Einer der beiden Primer hat ein Phosphat, muss also kinasiert (<one>phosphorylated</one>) vorliegen.
+- Wie effizient ist die <one>Transformation von Plasmid-DNA in E. coli</one> über einen <two>CaCl₂-Heatshock</two>, in <three>Prozent</three>? Nur eine von 1000 Zellen (also <one>0.1%</one>).
+- Bei der <one>Biuret-Methode</one> wird <two>Biuret</two> eingesetzt. Was ist <two>Biuret</two>? <one>Biuret</one> ist <two>eine organische Verbindung</two> aus der Gruppe der <three>Carbonsäureamide</three>, die sich von der Allophansäure (H2N-CO-NH-COOH) ableitet.
+- Name a <one>technique</one> with which we could <two>detect oxidized proteins</two>. A: The <one>oxyblot</one>. URL: https://www.merckmillipore.com/AT/de/product/OxyBlot-Protein-Oxidation-Detection-Kit,MM_NF-S7150?ReferrerURL=https%3A%2F%2Fwww.google.at%2F
+- What is the <one>net-effect</one> of adding sodium to dsDNA and heating up this solution (thus, affecting the Tm)? <one>More sodium increases the Tm</one>, as the positively charged sodium shields the negatively charged phosphate groups, thus making the overall complex more stable - and hence more resistant to denaturation events.
+- <one>RNAse H</one> baut was ab? Eine <one>RNA-DNA Duplex</one> (genauer: den <two>RNA-Anteil</two> darin). []
+- Why is the <one>T4 ligase</one> preferred in use in molecular biology, rather than <two>bacterial ligases</two>? Because the <one>T4 ligase</one> can also <two>join blunt ends</two>.
+- Nenne 3 Möglichkeiten wie wir <one>DNA denaturieren können</one>. A: (1) Durch Temperatur, also durch <one>Hitze</one> (2) Durch eine <one>hohe Salzkonzentration</one> (3) Durch <one>Harnstoff</one>
+- Name an <one>enzyme</one> that can induce a nick into dsDNA. A: The nuclease <one>DNase I</one>.
+- The <one>Gibson Assembly</one> allows for ...? <one>The successful assembly of multiple DNA fragments</one>, regardless of fragment length or end compatibility. It thus is very suitable for <two>large DNA constructs</two>.
+- Welche Methode ist <one>empfindlicher</one>: die Proteinbestimmung nach Lowry oder die Biuret-Methode? Die <one>Methode nach Lowry</one>. Er hat das Reagenz <two>Folin-Ciocalteu</two> hinzugefügt.
+- In der Gentechnik verwenden wir die <one>Silberfärbung für Proteine</one>. Das ganze basiert auf der Komplexierung von Ag⁺ mit Aminosäuren-Seitenketten, vor allem welcher Seitenketten? (1) Sulfhydryl (2) <one>Carboxylgruppe</one>
+- The <one>SmaI restriction enzyme</one> creates <two>blunt ends</two> or <two>sticky ends</two>? <one>SmaI</one> creates <two>blunt ends</two>. []
+- Warum der Name <one>Isoelektrische Fokussierung</one>? Da es hierbei zu einer <one>Fokussierung von Proteinen</one> kommt.
+- Was ist ein <one>nichtribosomales Peptid</one>? Dies ist <one>ein Peptid, das nicht an Ribosomen synthetisiert wurde</one>, sondern als Sekundärmetabolit durch bestimmte Enzyme - den <one>nichtribosomalen Peptidsynthetasen</one> (<three>NRPS</three>).
+- Nenne ein konkretes Beispiel für eine Krankheit, die mit Hilfe eines <one>Southern Blots</one> nachgewiesen werden kann. A: Die <one>Sichelzellenanämie</one>.
+- Worauf beruht das Prinzip der <one>Ionenaustauschchromatographie</one>? Das Prinzip der Ionenaustauschchromatographie beruht auf der elektrostatischen Wechselwirkung der Ladungen auf der Oberfläche der Proteine in einer Probe mit den entgegen gesetzten Ladungen der Säulenmatrix.
+- Name one <one>disadvantage</one> of BACs. A: Only 1 copy per cell is possible, in regards to BACs.
+- Um <three>Histone</three> zu untersuchen wird, zum Beispiel, welches <one>Detergenz</one> eingesetzt? <one>Natriumdodecylsulfat</one>.
+- Was sind <one>Phagemide</one>? <one>Auf Phagen basierende Plasmide</one>, die den f1 <two>origin of replication</two> des f1 Phagen besitzen. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Phagemid
+- Wie nennen wir eine <one>mit SDS beladene Aminosäurekette</one>? <one>Ellipsoide</one>. URL: https://www.chemie.de/lexikon/SDS-PAGE.html
+- What does <one>Metabolomics</one> study? <one>Metabolomics</one> studies the <two>products of enzyme pathways</two>.
+- Die <one>DMT-Schutzgruppe</one> in einem <two>phosphoramidite</two>, ist wo zu finden? Am 5'-Ende eines DNA-Nukleotids - also anstatt den 3 Phosphoratomen, die man normalerweise in einem Nukleotid finden würde.
+- Bei der <one>Struvit-Fällung</one>: <two>welches Fällungsmittel</two> wird hier verwendet? <one>Magnesiumchlorid</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Phosphorelimination#Problematik
+- Nenne <one>eine quervernetzende Chemikalie</one>, die mit dem Buchstaben <two>F</two> beginnt. A: <one>Formaldehyd</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Formaldehyd []
+- How can we demonstrate experimentally that nerve growth factors are important for the development of the sympathetic and sensory nervous system? We can <one>use antibodies</one> that capture/eliminate these growth factors.
+- Die <one>Polynukleotidkinase</one> überträgt Phosphatgruppe (3²P) von ATP worauf genau? Auf ein 5 prime-OH Ende Ende der Nukleinsäure.
+- In der Gentechnik: was kann dank <one>Verwendung von ddNTPs</one> erreicht werden? <one>ddNTP</one> haben keine 3' OH-Gruppe, sodass <two>die Synthese unterbrochen wird</two>.
+- Bei der <one>Biuret-Nachweismethode</one>: bei wieviel nm erfolgt die Messung der Farbintensität? Bei <one>540 nm</one>. (Mnemonic: <two>Biuret-540</two>)
+- Andere Bezeichnung für den <one>Coomassie Blue Test</one>? Die <one>Bradford Methode</one>.
+- Name one of the biggest practical problem in <one>RNA isolation</one> in the lab. A: RNA isolation is always vulnerable to ubiquitously present <one>RNases</one>. []
+- The <one>volume of one cell unit</one> in a <two>classical 96-well</two> is ... ? <one>200 microliters</one>.
+- Beschreibe möglichst kurz das <one>Glutathion-S-Transferase System</one>, das in <two>pGEX-Vektoren</two> verwendet wird. A: Dieses System besitzt einen <two>synthetischen tac-Promotor</two>, dem Strukturgen der Glutathion S-transferase (aus Schistosoma japonicum), des weiteren eine Sequenz für die enzymatische Spaltung des Fusionsproteins mit Proteasen ("Thrombin"), eine MCS für die Einbringung des Fremdgens, eine zusätzliche Kopie des Lac Repressors, sowie Antikörper gegen GST + Reinigung über Glutathion Sepharose.
+- Why do we need <one>spacer molecules</one> in <two>chemical DNA synthesis</two>? The <one>spacer</one> <two>helps prevent the bases in the growing nucleotide chain from reacting with the glass bead surface</two>.
+- Was ist eine <one>Platinöse</one>? Eine <one>Platin Draht-Impföse</one> ist eine Impföse, die beim <two>Überimpfen von mikrobiellen Kulturen</two> zum Einsatz kommt.
+- Was ist die <one>Biotinylation</one>? Der Prozess der <one>kovalenten Verknüpfung</one> von <two>Biotin</two> an ein Protein.
+- Does <one>Sanger-Sequencing</one> require a <two>primer</two>? Yes, of course. []
+- Was heisst <one>FRET</one> und was kann man damit erreichen? <one>Fluorescence Resonance Energy Transfer</one>. Dient dem Nachweis der Interaktion von Proteinen.
+- <one>Mit welchem Enzym</one> kann <two>ssRNA</two> aus einer DNA-Präparation entfernt werden? Mittels <one>RNase A</one>.
+- <two>Wo</two> werden <one>Aptamere</one> markiert? Am <one>5' Ende des Nukleotides</one> (mit einem Fluoreszenfarbstoff); am 3' Ende ist <three>der Quencher</three> zu finden. []
+- Wenn <one>5-Methylcytosin</one> deaminiert wird, was genau geht in Summe verloren? <one>NH₃</one>, wobei aber das eine H von Wasser stammt, nicht von dem Nukleotid.
+- The <one>Tac-Promoter</one> is a synthetically produced DNA promoter, produced from the combination of promoters from the trp and lac operons. <two>What is the typical use case of this promoter</two>? <one>Protein production</one> in <two>Escherichia coli</two> (or other organisms, such as Pichia pastoris).
+- Name <one>two ways</one> how to <two>lyse mammalian cells</two>. A: (1) <one>swell them</one> via a hypoosmotic buffer (2) lyse by addition of the non-ionic detergent Nonidet P40 (NP-40)
+- <one>Nitrilhandschuhe</one> versus <one>Latexhandschuhe</one>: welche sind eher geeignet wenn wir mit <two>Ethidiumbromid</two> arbeiten müssen? <one>Nitrilhandschuhe</one>. Die <two>Latexhandschuhe sind für Ethidiumbromid sehr durchlässig</two>. []
+- Was bedeutet der Begriff <one>Recombineering</one>? <one>Recombination-mediated genetic engineering</one>.
+- Nenne eine <one>chemische Methode</one>, wie wir <two>Protein-Protein Interaktionen</two> untersuchen können. A: Via <one>cross-linking</one>. []
+- Chemisch betrachtet besteht die <one>Agarose</one> aus welchen <two>zwei Untereinheiten</two>? <one>Agarose</one> ist ein Polysaccharid, das aus <two>D-Galaktose</two> und <two>3,6-Anhydro-L-galactose</two> besteht.
+- What problem may <one>YACs</one> ("yeast artificial chromosomes") show? <one>Insert instability</one>.
+- Was ist der <one>Southern blot on a stick</one>? <one>DNA DipStick Kit</one> (von <two>LifeTechnology</two>, jedoch scheint dies nicht mehr aktualisiert zu werden).
+- Name <two>the three enzymes</two> used in <one>Gibson Assembly</one>, in correct order. A: (1) <one>5' -> 3' Exonuclease</one> (2) <one>DNA polymerase</one> (3) <one>DNA ligase</one>
+- Was sind <one>leaky</one> Promotoren? Es werden bei einem <one>leaky</one> Promotor Genprodukte in geringen Mengen ohne Zugabe eines Inducers synthetisiert. Zellen ohne Plasmide haben einen Selektionsvorteil.
+- <one>Histon H1</one> hat welche Aufgabe? Histon H1 <one>verschließt die Ein- und Austrittstelle der DNA am Histon-Oktamer</one>. []
+- <one>Was</one> geht dem <two>Gibson Assembly</two> (technisch) voraus im Labor? Eine <one>PCR Amplifikation</one>. []
+- <one>Techniques</one> such as <two>phage display</two> or <two>yeast display</two> or <two>ribosome display</two> can also be collectively called ... ? <one>Molecular diversity techniques</one>.
+- How can we <one>delete the terminal parts of a protein</one>, in the lab? Via <one>PCR</one>. The <two>start codon</two> has to be on the <three>forward primer</three>.
+- Provide another term for the <one>Maxam-Gilbert sequencing</one>. A: <one>Chemical sequencing</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Maxam%E2%80%93Gilbert_sequencing []
+- The <one>firefly luciferase</one> is <two>a metal-dependent enzyme</two>. What is its cofactor? <one>Mg²⁺</one>.
+- <one>Group I restriction enzymes</one> have how many subunits? <one>3</one>.
+- Warum sollten <one>Puffer</one> in der Gentechnik kein Licht mit Wellenlänge größer als 230 nm absorbieren? Viele spektrophotometrische Untersuchungen erfolgen in diesem Bereich, zum Beispiel die <one>Konzentrationsbestimmungen von DNA, RNA und Proteinen</one>.
+- Give a specific use case for the <one>PFGE</one> (<two>Pulsed Field Gel Electrophoresis</two>). A: This gel electrophoresis is used for the separation of large DNA fragments (100 Kb and larger), which could not be separated in normal agarose gels. Separating the yeast chromosomes would be such a use case.
+- Gegeben sind die drei Assays <one>Lowry-Assay</one>, <one>BCA-Assay</one> und <one>Bradford-Assay</one>. Welcher davon ist am empfindlichsten? Der <one>Bradford-Assay</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Bradford_protein_assay []
+- Wieso kann behauptet werden, das der <one>Western Blotting</one> auch ein <two>(semi-)quantitativer Assay</two> ist? Der <one>Western Blot</one> weist nicht nur nach ob ein Protein exprimiert und vorhanden ist, sondern über die Intensität eines Fleckes die Proteinmenge in Erfahrung bringen kann.
+- The enzyme <one>micrococcal nuclease</one> is derived from ...? <one>Staphylococcus aureus</one>. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/30887121/ []
+- Wie unterscheidet sich <one>ddNTP</one> von <one>dNTP</one>? (1) <one>ddNTP</one> trägt am 3' Ende eine -H Gruppe. (2) <one>dNTP</one> hat am 3' Ende hingegen eine -OH Gruppe.
+- Which <one>two parameters</one> are used to assess the success of <two>DNA-transformations</two>? (1) <one>transformation efficiency</one> (2) <one>transformation frequency</one>
+- Welchen grossen <one>Vorteil</one> hat die Methode nach Warburg und Christian? Sie ist extrem einfach.
+- Give another name for <one>Sanger sequencing</one>. A: <one>Dye-termination sequencing</one>.
+- <two>Microinjection</two> is normally performed through which <one>special optical microscope</one>? The <one>micromanipulator</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Micromanipulator []
+- Name <one>two different kinds of vectors</one> in genetic engineering. A: (1) <one>shuttle    vectors</one> (2) <one>expression vectors</one>
+- Die natürliche <one>Taq-Polymerase</one> hat ein Problem, welches die <two>Tgo-Polymerase</two> nicht hat. Was könnte dies sein? Die Tgo-Polymerase kann bis zu 30 kb lange PCR-Produkte synthetisieren, die Taq-Polymerase hingegen nur etwa 6000 Nukleotide.
+- Give another word for <one>Sanger Sequencing</one>? <one>Chain-termination sequencing</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Sanger_sequencing []
+- Der <one>erste rekombinante Plasmidvektor</one> war ... ? <one>pBR322</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/PBR322 []
+- <one>CRISPR</one>/<one>Cas-9</one> can be used to modify genes. Name <two>a cellular actor</two> that is partially counteracting the CRISPR/Cas system. A: <one>p53</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/P53
+- In <one>cDNA-synthesis</one>, after we employ <two>reverse transcriptase</two>, which enzyme could we use to create the final ds cDNA - aka how to degrade the looping ssDNA end there? We can make use of the <one>S1 nuclease</one>.
+- In gene technology / lab work we employ use <one>PBS</one>. What does <one>PBS</one> stand for? <one>Phosphate-Buffered Saline</one>.
+- Welches <one>'Papier'</one> kommt oft bei einem Northern Blot zur Anwendung? <one>Nitrocellulose</one>.
+- Als <one>Zwitterion</one> liegt jede Aminosäure wie vor? Die Carboxysäure liegt <one>deprotoniert</one> vor, <two>COO-</two>. Die Aminogruppe <one>protoniert</one>, <two>NH3⁺</two>. []
+- Wozu wird <one>Luminol</one> im Labor eingesetzt? Zum <one>Nachweis von Blutresten</one> (<two>Erythrocyten</two>).
+- What is bizarre about <one>type I restriction enzymes</one>? They are <one>suicidal</one>. []
+- What is <one>Gibson assembly</one>? This is <one>a molecular cloning method</one> which allows for the joining of multiple DNA fragments in a single, isothermal reaction.
+- The <one>Vent-Polymerase</one> can <two>remain active at 95°C</two> for ... how long? For approximately <one>7 hours</one>.
+- In a molecular biology lab: why may we want to employ <one>RNases</one>? In order to <one>get rid of unwanted RNA</one> in the preparation. []
+- Which <one>resistance gene</one> is written down as <two>bla</two>? <one>Ampicillin</one>. (bla is: <two>beta-lactamase</two>, which can inactivate ampicillin).
+- In der Genomik: wofür steht die Abkürzung <one>RACE</one>? <one>Rapid Amplification of cDNA ends</one>. []
+- Nenne ein spezifisches Beispiel für einen <one>Agargel-Immunodiffusionstest</one> (ID) im Labor. A: Den <one>Coggins-Test</one>.
+- In <one>Sanger sequencing</one>, we use both <two>ddNTPs</two> as well as <two>dNTPs</two>. Let us look at <three>dATP</three> and <three>ddATP</three>. Should we add more dATP or ddATP? The <one>concentration of ddATP</one> should be 1% of the concentration of dATP; thus <two>there will be fewer ddATPs than dATPs</two>. []
+- Nenne zwei mögliche Gründe, wieso Kornberg zuerst die <one>DNA-Polymerase I</one> isolieren konnte, und nicht die <one>DNA-Polymerase III</one>. A: (1) <one>DNA Polymerase I</one> kommt in größerer Menge vor als die <two>DNA Polymerase III</two>. (2) <one>DNA Polymerase I</one> ist wesentlich stabiler als die <two>DNA Polymerase III</two>.
+- Nenne <one>zwei Nachteile</one> der Proteinbestimmung nach Lowry. A: (1) <one>Zeitaufwändig</one> (2) <one>Störanfällig</one>
+- <one>Luminol</one> ist ein Farbstoff der in einem biochemischen Labor verwendet werden mag. Dabei wird oft ein Enzym eingesetzt das die Oxidation von Luminol zu 3-Aminophthalate bewirkt. Welches Enzym ist dies? <one>Horseradish peroxidase</one> (<two>HRP</two>).
+- Besitzt die <one>Taq-polymerase</one> eine <two>3'→5' Exonukleaseaktivität</two>? Nein. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Taq_polymerase []
+- What hope did we have with <one>HACs</one>? The hope was that HACs could carry large human genes useful in <one>gene therapy</one>.
+- <one>Maximale Kapazität</one> von Cosmiden? Etwa <one>47 kb</one>.
+- For <one>cDNA synthesis</one> we often require a poly-A tract of the eukaryotic mRNAs; but not all mRNAs have a poly-A tail. What may we have to do in cases such as these? We may use <one>random oligonucleotide primers</one>, in order to <two>initiate cDNA synthesis</two>.
+- Anderes, englisches Wort für <one>plasmid</one>, insbesondere in der Gentechnologie. A: <one>Minichromosome</one>.
+- Die <one>DNA Ligase</one> ist ein sehr wichtiges Enzym in der modernen Gentechnik. Welche Variante der DNA Ligase kommt hierbei am häufigsten zum Einsatz? Die <one>T4 DNA ligase</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/T4-DNA-Ligase []
+- What is a <one>southwestern blot</one>? A blot that <one>identifies DNA-binding proteins</one>, such as <two>transcription factors</two>, using labelled oligonucleotide probes.
+- In der Gentechnik: was ist mit dem Begriff <one>Tags</one> gemeint? <one>Tags</one> besitzen eine <two>Proteasespaltungsstelle</two> und werden durch Proteasen vom Protein getrennt.
+- Warum mögen zusätzliche <one>Peptidsequenzen</one> ein Vorteil in der Gentechnik sein? Da die <one>Reinigungsstrategie</one> dank zusätzlicher Tags (Beispiel: Hexahistidin-Tags) stark vereinfacht ist.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: welche Ladung muss die Membran tragen, damit die Proteine an ihr haften bleiben? <one>Positiv</one>, da die Proteine selbst aufgrund des <two>SDS-Überzug</two> eine negative Ladung tragen. []
+- We wish to purify proteins and use fusion proteins, but host proteases may degrade them. Can we circumvent this? Yes - by <one>protease inhibitors</one> or by <two>using protease-deficient mutants</two>.
+- Nenne <one>drei verschiedene Methoden die Wasserstoffbrücken in der DNA zu lösen</one>. A: (1) Durch <one>Temperatur</one> (2) Durch <one>hohe Salzkonzentrationen</one> (3) Mittels <one>Harnstoff</one>
+- Nenne <one>zwei Methoden zur präparativen Aufreinigung von Oligonukleotiden</one>. A: (1) <one>IEX-HPLC</one> (2) <one>Polyacrylamid-Gelelektrophorese</one>
+- <one>SLIC Cloning</one>: the C stands for Cloning but what is the full translation of SLIC here? <one>SLIC</one> stands short for <two>Sequence and Ligation Independent Cloning</two>.
+- <one>Transformation</one> as a term is likely to cause confusion in animal cells. Which alternative words can be used for this word? <one>Transfection</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Transfection []
+- What is the general use case for the <one>Ames test</one>? <one>To estimate the carcinogenic potential of a compound</one>. It is also a fairly quick assay, compared to using other tests on eukaryotes (such as via rats). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ames_test []
+- Bei der <one>Quantifizierung des Gesamtproteins</one>: <two>welche Tests</two> werden hier generell verwendet? Ausschliesslich <one>photometrische (colorimetrische) Tests</one>. []
+- Die chemische Synthese von Peptiden erfolgt <one>nach welchem Verfahren</one>? Nach dem <one>Merrifield-Verfahren</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Merrifield-Synthese []
+- Name two conditions that can cause <one>star activity</one>. A: (1) <one>too much glycerol</one> (2) <one>incorrect ion concentrations</one>
+- <two>Wann</two> wurde die <one>Northern Blot Methode</one> eingeführt? <one>1977</one>, an der Stanford Universität. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Northern_blot []
+- In <one>synthetic biology</one>: what might we mean with <two>SP</two>? <one>Secreted Protein</one>. []
+- Andere Bezeichnung für <one>kurze, künstliche Nukleotide</one>? <one>Aptamere</one>. []
+- Until the middle of the year <one>2008</one> haben Forscher welche drei Pflanzengenome sequenziert? (1) <one>arabidopsis</one> (2) <one>rice</one> (3) <one>poplar</one>
+- Name <one>a technique</one> that can introduce DNA into a cell via a <two>physical method</two>. A: <one>Microinjection</one>.
+- Why may we want to use the enzyme <one>alkaline phosphatase</one> in a molecular biology laboratory? This enzyme is used to <one>prevent unwanted ligation of DNA molecules</one>. []
+- In der Biochemie ist die Methode nach Lowry (mit Folin-Ciocalteau-Reagens) empfindlicher. Die Messung erfolgt bei welcher Wellenlänge? Bei <one>750 nm</one>.
+- Where does the term <one>clone</one> come from, in <two>gene technology</two>? The term <one>clone</one> comes from the colonies of identical host cells produced during amplification of the cloned fragments.
+- Give another name for <one>in-vitro mutagenesis</one>. A: <one>Site-directed mutagenesis</one>.
+- Wie heisst <one>Pipette</one> auf englisch? <one>Pipette</one> - es gibt aber auch den <one>pipetman</one>. []
+- <one>Sanger sequencing</one> requires how many different reactions? <one>Four</one>. []
+- Name the <one>four general steps</one> found in the <two>Gibson Assembly system</two>. A: (1) 5' exonuclease chews back 5' ends (2) DNA fragments anneal (3) DNA Polymerase extends the 3' ends (4) DNA ligase seals the nicks
+- How is the <one>Tac-Promoter</one> abbreviated? <one>Ptac</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tac-Promoter []
+- <one>Vorteil der Silberfärbung</one> gegenüber der <three>Coomassie Blau-Färbung</three>? Die <one>Silberfärbung</one> ist <two>empfindlicher</two>, aka sensitiver. []
+- Es gibt mindestens folgende drei thermostabile DNA-Polymerasen: <one>Taq</one>, <one>Pfu</one>, <one>Vent</one>. Aus welchen Organismen stammen die? (1) <two>Taq</two> aus <one>Thermus aquaticus</one>. (2) <two>Pfu</two> aus <one>Pyrococcus furiosus</one>. (3) <two>Vent</two> aus <one>Thermococcus litoralis</one>.
+- The <one>origin</one> in <two>pBR322</two> originally came from ... ? From the <one>E. coli</one> Colicin <two>ColE1 plasmid</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/ColE1
+- Name <one>five factors</one> that affect the denaturation and renaturation of <two>nucleic acid duplexes</two> in short form. A: (1) <one>base compositon of the DNA</one> (2) the hybrid length (3) the temperature (4) the amount of mismatches in % (5) DNA concentration
+- Name a constraint of <one>Exonucleases</one>. A: They can attack <one>either</one> the <two>3' end</two> <one>or</one> the <two>5' end</two> - but <one>not both</one>. []
+- Give an example for a very old <one>plasmid vector</one>. A: The plasmid vector <one>pBR322</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/PBR322 []
+- Is there a way to identify whether we have <one>proofreading polymerases</one>, based on a sequence alone? Yes. <one>Proofreading polymerases leave blunt ends</one>, unlike Polymerases such as the <two>Taq polymerase</two>.
+- Was ist die <one>Standardmethode</one> zur <two>Fällung von DNA</two> aus wässriger Lösung? Die <one>Ethanolfällung</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/DNA-Extraktion#Ethanolf%C3%A4llung []
+- Bei der <one>Isolierung von Proteinen</one>: was muss man oft zusetzen? <one>Protease-Inhibitoren</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Proteaseinhibitoren []
+- What happens in <one>flow sorting</one>? We sort and separate cells based on properties measured in the flow.
+- <one>DNA-Ligasen</one> verwenden allgemein was für einen Co-Faktor? <one>ATP</one> (zum Beispiel T4 DNA-Ligase) oder NAD+ (z. Bsp. E. coli DNA-Ligase). []
+- What is the <one>trc regulatory element</one>? (1) <one>trp promoter</one> (2) <one>lac operator</one>
+- What does <one>A-T cloning</one> mean? The <one>vector DNA</one> must have <two>A overhangs</two>; the <one>new sequence</one> must have <two>T overhangs</two>.
+- <one>Wie</one> können Proteine mit einem <two>His-Tag</two> isoliert werden? Mit Hilfe einer <one>Nickel-Säule</one>. []
+- In the lab: how can we <one>identify messenger RNA derived from specific genes</one>? Through a <one>Northern Blot</one>.
+- Welches Enzym dient oft als Referenzwert bei einem <one>Western Blots</one>? <one>GAPDH</one>, aus der Glykolyse. 
+- We can <one>isolate eukaryotic mRNA</one> by oligo(dT) how? By <one>making use of Resin</one>.
+- The efficiency of <one>yeast recombineering</one> is limited by ... ? <one>Competing repair pathways</one>, such as "non-homologous end joining" (<two>NHEJ</two>).
+- <one>Site-directed mutagenesis</one> was first achieved in the laboratory of Charles Weissmann. In what year? In the year <one>1974</one>. []
+- In <one>tissue culture</one> we often use <two>the PETRI dish</two> because it is cheap. Name a better but more expensive method. A: <one>Tissue culture FLASK</one>.
+- What specifically does the <one>Ames test</one> test for? <one>Whether a given chemical can cause mutations in the DNA of the test organism</one> (a bacterium).
+- <one>When</one> do we have to use <two>degenerate PCR primers</two>? When we wish to target an unknown gene (in another organism).
+- Why does an <one>Agrobacterium BAC</one> have an Ori T locus? This <one>Ori T locus</one> is required for <two>triparental mating</two>.
+- <one>Type II restriction enzymes</one> require only one cofactor. Which one? <one>Mg²⁺</one>.
+- How do we call the <one>restriction enzymes within a bacterial cell</one>? The <one>restriction-modification system</one>.
+- In einem molekularbiologischen Labor: <one>wie</one> lösen wir bakterielle Zellwände auf? Mit Hile eines <one>Lysispuffers</one>.
+- What does <one>lacZ'</one> code for? <three>lacZ'</three> codes for the <one>aminoterminal portion</one> of the enzyme <two>Beta-Galactosidase</two>. []
+- Name an example for a <one>physical transfection procedure</one> for cells. A: <one>Electroporation of the cells</one>. []
+- What is meant with the term <one>transient transfection</one>? This is the case when foreign DNA, such as a bacterial plasmid, is introduced into mammalian cells. Most of this DNA is <one>lost within days</one>. This process is therefore referred to as <two>transient</two>.
+- Beim <one>Phosphoramidit Verfahren</one>: wieso wird <two>Thymin</two> ignoriert? <one>Thymin</one> besitzt keine Amino-Group.
+- <one>Hefezellen</one> können transformiert werden, aber zuerst müssen wir die <two>Glucan-Zellwand</two> entfernen. Wie geschieht dies? Mit Hilfe des Enzyms <one>Zymolyase</one>. URL: https://www.zymoresearch.eu/zymolyase []
+- Was sind die <one>BHK</one>-Zelllinien? <one>Baby Hamster Kidney Zelllinie</one>.
+- <crimson>Ponceau S</crimson> ist ein Farbstoff für <one>rapid reversible staining</one>. Bei welcher Technik wird er vor allem eingesetzt? Beim <one>Western Blotting</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ponceau_S
+- Für den <one>DNA DipStick</one> benötigen wir wieviel an Probe? <one>1 Mikroliter Probe</one> wird benötigt. []
+- In an <one>immunoblot</one>: why do we use a solution such as <two>BVA</two>? Because that way we will <one>block non-specific binding sites</one> (via this <one>blocking solution</one>).
+- What happens if we add <one>potassium acetate</one> to a solution with DNA? <one>Potassium acetate</one> will trigger the <two>renaturation of the separated DNA strands</two>.
+- <two>Which ability</two> allowed <one>gene cloning</one> to become a possibility? The <one>ability to cut and paste DNA</one>. []
+- Der Plasmidvektor <one>pSC101</one> wurde aus welchem Organismus gewonnen? Aus <one>Salmonella</one>, respektive <two>einem Plasmid in Salmonella</two>.
+- Name <one>a restriction enzyme class</one> that cleaves outside of their recognition sequence. A: The <one>Type IIs restriction enzymes</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Golden_Gate_Cloning
+- Beim <one>Western Blotting</one> kommt meistens <two>welche Färbetechnik</two> zum Einsatz? <one>Commassie Blau</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Coomassie_Brilliant_Blue []
+- In <one>M13 phage display</one>: the gene for display is attached where to exactly? It is attached to the <one>N-terminus of the M13 gene III</one>. []
+- <one>1 Svedberg</one> (S) entspricht wieviele Sekunden? 10 hoch -13 Sekunden.
+- In gene technolgoy: what does the abbreviation <one>ISH</one> stand for? <one>In-situ hybridization</one>. []
+- In <one>ribosome display</one>: what characteristic feature must the mRNA used have? It must <one>lack a stop codon</one>. This thus gives rise, upon translation, to <two>linked mRNA-ribosome-protein complexes</two>. []
+- The <one>gel electrophoresis of proteins</one> starts where? In the <one>middle of the gel</one>. []
+- In <one>Golden Gate Assembly</one>: what restriction enzymes are used? <one>Type IIS restriction enzymes</one>.
+- Anderer Begriff für die <one>Zufallsmutagenese</one>? <one>Evolutives Proteindesign</one>.
+- Many naturally occurring <one>fusion genes</one> are ... ? <one>Cancer-promoting oncogenes</one>.
+- Give another name for the term <one>Heterokaryons</one>. A: <one>Somatic cell hybrids</one>.
+- Vorteil eines <one>ELISA</one> gegenüber einem <one>Western Blot</one>? Es wird bei einem <one>ELISA</one> keine SDS-PAGE benötigt, somit können wir <two>direkt mit dem nativen Protein arbeiten</two>.
+- We employ a <one>RNAse</one>. In the following PCR, we do not see any signals from the genomic DNA. What may have happened? The RNase may have been <one>contaminated with DNases</one>; RNases are often purified from mammalian tissue, such as from bovine pancreas. This may explain one source of contamination with DNases. []
+- Was ist mit dem Begriff <one>Bisacrylamid</one> gemeint? Der Begriff <one>Bisacrylamid</one> bezeichnet zwei Acrylamide verbunden über eine <two>Methylengruppe</two>.
+- What is meant with the term <one>immunosorbed</one>? This refers to components that are <one>specifically bound</one> by antigen-antibody interactions to a solid phase.
+- What do we mean with the <one>BacMam</one> system? This is <one>a Baculovirus</one> that is <two>used with mammalian cell lines</two>.
+- <one>Wie schnell</one> kann eine <two>Ultrazentrifuge</two> rotieren (in G)? <one>2.000.000 G</one>. []
+- In <one>dCAS9</one>: what does the <two>d</two> imply here? This stands for dead, so this is <one>dead CAS9</one> - <two>it does not cut</two>. []
+- Nenne einen gravierenden <one>Nachteil</one> der Methode nach Lowry (in der Biochemie)? Sie dauert sehr lange - etwa <one>45 Minuten</one>.
+- In short, what happens in an <one>R-looping experiment</one>? RNA is hybridized to its DNA template; then, "electron microscopy" is used to examine this hybrid.
+- Die <one>Tfl-Polymerase</one> stammt aus welchem Organismus? <one>Thermus flavus</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Thermus_thermophilus []
+- Nenne einen <one>künstlichen Induktor von Allolactose</one>. A: <one>IPTG</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Isopropyl_%CE%B2-D-1-thiogalactopyranoside []
+- Via <one>ethidium bromide</one>, we can detect as little as ... of DNA. A: As little as <one>1 ng of DNA</one>. []
+- Wie funktioniert die <one>DAM-ID Methodik</one> (<two>DNA Adenin Methyltransferase Identifikation</two>)? Das Protein wird an die E. coli DAM fusioniert. Danach erfolgt die Expression in einer eukaryotischen Zelle. Die Ae in Nähe der Bindungsstelle wird methyliert, danach erfolgt eine Behandlung mit einem methylierungssensitiven Restriktionsenzym, anschliessender Adapter-Ligation sowie (q)PCR.
+- Nenne ein <one>helixdestabilisierendes Agens</one>. A: <one>Formamid</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Formamid []
+- Wenn wir <one>DNA</one> im Reagenzglasversuch replizieren möchten, sollten wir was für einen pH Wert verwenden? <one>7.5</one>.
+- What is <one>the usual time range</one> (start, end) for an <two>electroporation</two> experiment? About <one>10-20 seconds</one>.
+- <one>Wann</one> gelang <two>erstmals</two> die chemische Synthese eines Gens? Im Jahr <one>1976</one>.
+- <one>Type I restriction enzymes</one> contain how many subunits? <one>Three</one>. (<two>HsdR</two>, <two>HsdM</two>, and <two>HsdS</two>). []
+- Bei der Proteinbestimmung nach Lowry, nenne <one>3 störende Substanzen</one>. A: (1) EDTA (2) Triton X-100 (3) <one>Ammoniumsulfat</one>
+- In <one>mRNA display</one>: what is attached to the mRNA? The peptide for which it encodes, via a Poly-dA linker.
+- Why is the <one>S1 nuclease</one> not ideal when we want to create cDNA? Because this nuclease may also remove some important 5' sequences when it is used to trim the <one>ds cDNA</one>.
+- <one>In what year</one> were the first recombinant DNA molecules produced? In <one>1972</one>, by Paul Berg. URL: http://www.genomenewsnetwork.org/resources/timeline/1972_Berg.php
+- The technique of <one>phosphorimaging</one> improves on which older technique? <one>Standard autoradiography</one>.
+- <one>Welche Methode ist empfindlicher</one>: die Proteinbestimmung nach <two>Lowry</two> oder die Proteinbestimmung nach <two>Biuret</two>? Die <one>Biuret-Methode</one> ist empfindlicher. []
+- Name <one>three ingredients</one> that the enzyme <two>luciferase</two> requires. A: (1) <one>luciferin</one> (2) <one>ATP</one> (3) <one>molecular oxygen</one>
+- <one>Wann</one> fand die <two>Asilomar-Konferenz</two> statt? <one>February 1975</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Asilomar_Conference_on_Recombinant_DNA []
+- <one>Golden Gate Assembly</one> makes use of which type of restriction enzymes? <one>Type IIS restriction enzymes</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Golden_Gate_Cloning []
+- How can we <one>induce the promoter of an E. coli strain</one> harbouring the <three>pHsp70-Luc</three> plasmid? We can <one>add heavy-metal ions</one>, which will induce this plasmid.
+- <one>How</one> are <two>cosmids</two> generated? From <royalblue>plasmids</royalblue>, simply by ligating the <mediumseagreen>lambda cos region</mediumseagreen> onto the plasmid DNA.
+- Give an example for a <one>Type IIs restriction enzyme</one>. A: <one>BsaI</one>. URL: https://www.neb.com/products/R0535-BsaI
+- Name a way how to <one>purify DNA</one> without having to rely on phenol. A: We can use <one>resin</one>, which binds DNA but not other cell components.
+- What means the term <one>plasmid instability</one>? <one>Cells without a plasmid grow faster than cells with plasmids</one> - and eventually take over a culture.
+- Nenne einen <one>Fluoreszenzfarbstoff</one> der sich an die kleine Furche der DNA anlagert. A: <one>Distamycin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Distamycin
+- Wieso werden die Lösungen bei der <one>PAGE</one> entgast? Sauerstoff entzieht Radikale.
+- Sind <one>Good Puffer</one> wirklich <two>good</two> und was ist das überhaupt? <one>Good Puffer</one> wurden im Jahre <two>1966</two> von einem Herr Good eingeführt. Damit kann man biochemische Reaktionen studieren. Diese Puffer sind sehr wichtig bei der Verwendung von "Zwitterionen-Puffer".
+- Why may we wish to remove phophate groups on the 5' end in a molecular biology lab? So that <one>this particular DNA molecule can not re-ligate</one>.
+- Name an <one>experimental kit</one> or system that we can use to tag a gene in-situ in S. cerevisiae. A: The <one>GFP-KanMX tagging cassette</one>.
+- When <one>designing a primer</one>, what must we consider especially much so? <one>Primers must not have any complementary sequences</one> that would form <two>hairpin</two> or <two>cloverleaf structures</two>.
+- Name a reason, aside from the size of the transgene, why <one>cosmids</one> are used rather than plasmids. A: The cosmid phage particles are <one>more stable</one> than the plasmids.
+- What is meant with the term <one>insertion-removal system</one>? The selective removal of marker genes from host cell chromosomes.
+- The abbreviation <one>DNase I</one> stands for ... ? <one>Deoxyribonuclease I</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribonuclease_I []
+- Beim <one>Western Blotting</one>: es wird häufig eine Trägermembran aus <two>Nitrocellulose</two> oder aus <two>Nylon</two> verwendet. Wieso wird manchmal <two>Nylon</two> bevorzugt? Da Nylon <one>fester</one>, also <two>widerstandsfähiger</two>, als Nitrocellulose ist.
+- Was ist der <one>Variationskoeffizient</one> in der praktischen Biochemie? Dies ist ein Mass für den relativen zufälligen Fehler.
+- In <one>Pichia pastoris</one> können wir den <two>AOX1-Promoter</two> <three>manuell</three> einschalten. Was müssen wir da machen? <one>Methanol</one> zu <two>Pichia pastoris</two> hinzugeben. []
+- <one>Who</one> developed the <two>phage display technique</two>? <one>Gregory Winter</one>, a british biochemist. URL: https://www.britannica.com/biography/Greg-Winter
+- <one>Welchen Vorteil</one> hat die <two>Deep Vent</two> Polymerase gegenüber anderen Polymerasen? Sie ist <one>sehr hitzebeständig</one>.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: die Proteine wandern zur <two>Anode</two> oder zur <two>Kathode</two>? Zur <two>positiv geladenen Anode</two>, da die Proteine aufgrund von <one>SDS negativ geladen sind</one>. []
+- What is <one>Recombineering</one>? <one>Recombination-mediated genetic engineering</one> is a genetic and molecular biology technique based on <two>homologous recombination systems</two>.
+- In applied molecular biology (aka <one>in the lab</one>), <two>TMA</two> stands short for ... ? <one>Transcription-mediated amplification</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Transcription-mediated_amplification []
+- Nenne ein Beispiel für ein hoch sulfatiertes <one>Glycosaminoglycan</one>. A: <one>Heparin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Heparin []
+- Name the two major types of <one>cloning vectors</one> derived from the <two>lambda phage</two>. A: (1) <one>Insertion   vectors</one> (2) <one>Replacement vectors</one> []
+- The <one>most common recognition sequences</one> for <two>restriction enzymes</two> are how long, in base pairs? (1) <one>four</one> (2) <one>five</one> (3) <one>six</one> []
+- <one>Cofaktor</one> der <two>DNA-Ligase</two> ist ... ? <one>NAD⁺</one>.
+- <one>Which enzyme</one> is very important for <two>blunt-end ligation</two>? The <one>DNA ligase</one>. []
+- <two>Which company</two> originally created the <one>Gateway cloning System</one>? <one>Invitrogen</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Gateway_Technology []
+- Welche <two>3 Stoffe</two> enthält ein <one>HAT Medium</one>? (1) <one>Hypoxanthin</one> (2) <one>Aminopterin</one> (3) <one>Thymidin</one> []
+- <one>Cutting with restriction enzymes</one> can be influenced by several factors. Name the three most important ones. A: (1) methylation (2) the buffer used (3) secondary structure in the substrate
+- Nenne <one>drei thermostabile DNA-Polymerasen</one>. A: (1) <one>Taq</one> (2) <one>Pfu</one> (3) <one>Vent</one> []
+- <one>Phosphotioate</one> sind stabiler gegenüber ... als normale DNA. A: <one>Nucleasen</one>. []
+- In der Proteinanalyse: was heisst <one>BCA-Assay</one>? <one>Bicinchinonsäure</one> (<two>bicinchoninic acid assay</two>).
+- Welche <one>Degenerationsbase</one> können wir beim Primerdesign verwenden? <one>Inosin</one>. URL: http://www.genelink.com/oligo_modifications_reference/OMR_mod_category_intro.asp?mod_sp_cat_id=5 []
+- <one>Womit</one> beginnt eine <two>massenspektrometrische Analyse</two> in der Protein-Biochemie? Mit dem Verdau eines Proteins durch Proteasen - meistens über <one>Trypsin</one>.
+- Was genau ist die <one>direkte Expression von Proteinen</one>? Bei der direkten Expression werden nur genregulatorische Sequenzen wie Promoter oder Terminator an das Gen angehängt und keine zusätzlichen Sequenzen die das Protein verändern würden. Daraus folgt das die AA Sequenz des rekombinant produzierten Proteins zu 100% identisch zum Ausgangsprodukt ist.
+- <one>NotI</one> erkennt <two>n Basenpaare</two>? <one>8</one> - ist somit ein <two>8-cutter</two>. []
+- The <one>CMV promoter</one> is commonly included in vectors used in genetic engineering work conducted in mammalian cells, as it is a strong promoter and may <two>drive constitutive expression of genes under its control</two>. From which organism has this promoter been isolated? From the <one>Cytomegalovirus</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Cytomegalovirus#Genetic_engineering
+- Sind <one>Typ-III-Restriktionsendonukleasen</one> in der Molekularbiologie wichtig? Nein.
+- In <one>site-directed mutagenesis</one>: which <two>three possible changes</two> are feasible, in general? (1) <one>insertions</one> (2) <one>deletions</one> (3) <one>mutations</one>
+- <one>Which procedure</one> takes advantage of the <two>terminase transferase activity</two> of <three>Taq polymerase</three>? The <one>TA cloning procedure</one>. []
+- Why do we use the <one>URA3 gene</one> in YACs? Because the used <one>host has a defective URA3 gene</one> - and <two>requires Uracil for growth</two>.
+- Nenne einen Blot, der auf dem <one>Southern-Blot</one> basiert. A: Der <one>Zoo-Blot</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Zoo_blot []
+- Name <one>two DNA-sequencing methods</one> that work on <two>single molecules</two>. A: (1) <one>PacBio</one> (2) <one>Nanopore</one>
+- Do <one>Eukaryotes</one> have <two>restriction enzymes</two>? Yes, sort of - but not <one>restriction-modification enzymes</one>. []
+- Normalerweise können wir <one>His6-Tags</one> über <two>Nickelsäulen</two> isolieren. Können wir dies jedoch auch mit Hilfe von Antikörpern gegenüber His-tags bewerkstelligen? Ja, können wir. []
+- What does <one>coverage</one> mean in shotgun sequencing? <one>Coverage</one> is an average number showing how many times the same nucleotide appears among all the reads.
+- Was meinen wir eigentlich mit dem Begriff <one>somatischer Kerntransfer</one>? Wenn wir einen Zellkern aus, zum Beispiel, einer <one>Fibroblastenzelle</one> entnehmen, und diese in eine <two>entkernte Eizelle</two> transferieren.
+- Die <one>Zentrifugation</one> trennt nach ... ? <one>Größe</one>. Größere Moleküle sedimentieren schneller.
+- <two>When</two> do we use <one>Pyrococcus furiosus</one> polymerase over <one>Taq polymerase</one>? When <one>increased accuracy is required</one>. Pfu has <two>proofreading ability</two>.
+- Nenne <one>drei nichtradioaktive Methoden</one> um Nukleotide zu markieren. A: (1) <one>Biotin</one> (2) "Digoxigenin" (3) <one>Fluoreszein</one>
+- Name a <one>vector</one> that is typically used in the <two>Golden Gate Assembly</two> workflow. A: The <one>destination vector</one>.
+- <one>Welche Technik</one> in der Molekularbiologie wird mit <two>3C</two> abgekürzt? <one>Chromosome conformation capture</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome_conformation_capture []
+- The restriction enzyme <one>Sau3A1</one> was <two>found in which bacterium</two>? <one>Staphylococcus aureus</one>. URL: https://www.neb.com/products/r0169-sau3ai []
+- A typical <one>highdensity array genotyping experiment</one> can detect how many different <two>SNPs</two> (<two>single nucleotide polymorphisms</two>)? <one>More than 2 million SNPs</one> can be detected at the same time.
+- Worauf beruht die <one>Pyrosequencing</one>-Methode? Sie beruht auf der <one>Detektion von Pyrophosphat</one>, das bei der Inkorporation eines Nukleotids frei wird.
+- <one>Unique restriction endonuclease sites</one> have what <two>dual function</two>? (1) They are required for inserting DNA into a cloning vector (2) They allow an inserted DNA sequence to be recovered from the vector
+- Define <one>degenerate primer</one>. A: Primer with several alternative bases at certain positions.
+- <one>In which year</one> has the enzyme <two>DNA ligase</two> been isolated? It has been isolated in the year <one>1967</one>.
+- Anderer Name für das <one>3MM-Filterpapier</one>? <one>Whatman</one>. URL: https://www.sigmaaldrich.com/labware/labware-products.html?TablePage=17206863 []
+- Für die Gentechnik mögen <one>konjugative Plasmide</one> wichtig sind. Was sind die <two>tra</two> und <two>mob</two>-Funktionen? (1) <one>tra</one> für <two>Transfer des Plasmids</two> (2) <one>mob</one> für <two>Mobilisation des Plasmids</two>
+- In <one>ribosome display</one>: the genotype here in use is ... ? The <one>mRNA</one>. []
+- Was ist die Grundidee hinter der <one>Affinitätschromatographie</one>? Proteinen können spezifisch - und reversibel - an bestimmte Liganden binden.
+- Nachteil einer <one>cDNA</one>, die aus einer mRNA hervorging? Sie hat (x) <one>keinen Promoter</one> und (x) <one>keine upstream regulatory sequences</one>.
+- Nenne einen <two>Protease-Inhibitor</two> von <one>Aspartatproteasen</one>. A: <one>Pepstatin A</one>.
+- Die <one>RNase H</one> erkennt eine <two>Heteroduplex-Region</two>, die minimal n bp umfasst? <one>76</one>.
+- Nenne ein Verfahren das von der Firma <one>Invitrogen</one> hergestellt wurde. A: <one>TopoCloning</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/TOPO_cloning []
+- We should <one>purify proteins at which temperature</one>? At about <one>4°C</one>. []
+- Gegeben sei die Sequenzfolge <one>CAT CAC CAT CAC CAT CAC</one> in einem Protein. Was können wir daraus folgern? Dies mag ein <one>His6-Tag</one> sein; die Folge kodiert für 6 Histidine, die in Folge geschalten sind.
+- Name one important ingredient of the <one>Laemmli buffer</one>. A: <one>2-mercaptoethanol</one> (<two>beta-mercaptoethanol</two>). URL: https://www.cytographica.com/lab/solutions/5XSB.htm []
+- Give another name for the <one>two-hybrid system</one>. A: <one>Interaction trap</one>.
+- In der Gentechnik, beim <one>His-Tag</one>: <two>wieviele Histidine in Serie werden hier verwendet</two>? Meistens <one>6</one>. []
+- <one>How</one> can we purify <two>GST-fusion proteins</two>? Through their <one>high affinity for Glutathione</one>.
+- The <one>sorting of cells with a laser</one> happens usually at which nm? At <one>488 nm</one>.
+- Ein <one>Typ II-Restriktionssystem</one> besteht aus welchen Proteinen? (1) <one>Methylase</one>:         <two>methyliert hemimethylierte DNA</two> (2) <one>Restriktionsenzym</one>: <two>schneidet nicht methylierte DNA</two>
+- Präferiert die <one>DNase I</one> die <two>minor</two> oder die <two>major</two> groove der DNA? <one>Major</one>. []
+- Why the suffix <one>R</one> in the name <two>Coomassie Brilliant Blue R-250</two>? It is an abbreviation for <one>Red</one>. []
+- <one>Welche Bindungskräfte</one> können die Tertiärstruktur stabilisieren? Gib 5 an. A: (1) Disulfidbrücken (2) Wasserstoffbrückenbindungen (3) hydrophobe Gruppen (4) Ionenbindungen (5) <one>van-der-Waals-Kräfte</one>
+- <one>DNA</one> can be precipitated in the laboratory via ... ? <one>Isopropanol</one>.
+- <one>Nachweisgrenzen</one> bei der <two>Biuret</two> Methode in mg? Etwa <one>18 mg</one>.
+- Was ist der <one>Ursprung</one> einer <two>cDNA-Genbank</two>? <one>mRNA-Moleküle</one> die zu einer bestimmen Zeit in einer Zellpopulation vorkamen.
+- Bei der <one>HPLC</one>: <two>was genau</two> finden wir im <three>Vorratsbehälter</three>? Das <one>Laufmittel</one>.
+- What is the basic idea behind <one>electrophoresis</one>? To separate the molecules based on their <one>intrinsic electrical charge</one>.
+- In der Gentechnik: nenne eine <one>Limitation</one> der <two>sauren Hydrolyse</two>. A: Eine Unterscheidung zwischen <one>Asparagin</one> und <one>Asparaginsäure</one>, sowie <two>Glutamin</two> + "Glutaminsäure" ist nicht möglich.
+- <two>Wo</two> findet <one>Transcription-mediated amplification</one> eine praktische Anwendung? In der <one>Virusdiagnostik</one>.
+- <one>Pflanzenzellen</one> werden <two>wie fusioniert</two>? Durch einen <one>elektrischen Impuls</one>.
+- <two>In which species</two> was <one>RNA interference</one> discovered? In <one>plants</one>. []
+- What may the <one>practical advantage</one> or <one>practical implication</one> be, for a <two>zooblot</two>? We can find related DNA sequences in different species; and then possibly likely target proteins based on these sequences.
+- <one>Wie</one> können wir die Peptidbindung eines Proteins spalten, ohne hierfür Enzyme einzusetzen? Durch <one>saure Hydrolyse</one> (mittels <two>6M HCl</two>).
+- Which nuclease activity does <one>Taq polymerase</one> <two>lack</two>? The <one>3' to 5' activity</one>. []
+- Warum wird <one>Digoxigenin</one> in der Gentechnologie eingesetzt? Um <one>DNA</one> <two>nichtradioaktiv zu markieren</two>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Digoxigenin
+- Wie <one>spaltet</one> man, im chemischen Labor, die <one>Peptidbindung eines Proteins</one> (allgemein)? Durch <one>saure Hydrolyse</one> (mittels <two>6M HCl</two>).
+- The 10-mer <one>5'-CCGAATTCGG-3'</one> contains the recognition site for ... <two>which restriction enzyme</two>? <one>EcoRI</one>. []
+- For <one>cDNA synthesis</one>, after we did use <two>reverse transcriptase</two>, which 3 enzymes are used to synthesize the second strand simultaneously? (1) RNase H (2) DNA polymerase I (3) <one>DNA ligase</one>
+- Wo wird <one>panning</one> in der Gentechnik eingesetzt? Beim <one>phage display</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Phagen-Display []
+- In der Gentechnik: wo werden <one>PVDF Membranes</one> eingesetzt? Beim <one>Western Blot</one>. []
+- In a <one>gel electrophoresis apparatus</one>: the <two>anode</two> has <three>which colour</three> typically? <crimson>Red</crimson>. []
+- Wir möchten <one>Proteine aufreinigen</one>. Nenne drei Ziele die wir berücksichtigen sollten. A: (1) Erhalten der "biologischen Aktivität" (2) Erreichen einer <one>hohen Ausbeute</one> (3) Beibehalten von <one>geringen Kosten</one>
+- Nenne <one>zwei Nachteile der SDS-PAGE</one>. A: (1) geringe Reproduzierbarkeit (2) <one>Zeitfaktor</one>
+- <two>Why</two> do we use <one>differential display</one> in gene technology? With differential display of mRNA we can study genes whose expression differs between two populations of cells or because of the exposure to two treatments (e.g. stress).
+- Give one example for a <one>Type I restriction enzyme</one>. A: <one>EcoK</one>.
+- In the <one>cre</one>/<one>loxP-System</one>: how long are the <two>loxP-sequences</two>? <one>34 Basenpaare</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Cre/loxP-System#loxP []
+- Can <one>EcoRI</one> cleave the sequence <two>GAATThmC</two>? <one>Yes</one>. []
+- In <one>cDNA-synthesis</one>: we can either make use of <two>RNase H</two> to get rid of the RNA component; or we could employ ... ? A: <one>Alkaline hydrolysis</one>.
+- <one>Recombinant DNA technology</one> would not exist without the availability of ... ? <one>Restriction Enzymes</one> (<two>restriction endonucleases</two>). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme []
+- The <one>value of restriction endonucleases</one> lies in ... ? Their <one>specificity</one>. []
+- Name an <one>inducer</one> of the <two>tac promoter</two>. A: <one>IPTG</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tac-Promoter []
+- Was ist <one>das Ergebnis aller Aufschlussmethoden</one>? Das <one>Homogenisat</one>. []
+- Can we <one>combine multiple chromosomes into a single one</one>, via <two>CRISPR</two>/<two>Cas9</two>? Yes, thanks to <one>homologous recombination</one> within the cells.
+- <two>Wieviel</two> kostet eine <one>Eppendorfer micro-tube Eprouvette</one>, pro Stück? Sie kostet etwa <one>4 Euro pro Stück</one>. []
+- Im <one>Lambda-Virus</one>: wie mögen wir ein leeres headshell von einem gefüllten headshell unterscheiden? Das <one>gefüllte headshell</one> ist größer.
+- <one>Minipreparation of plasmid DNA</one> (<two>Minipreps</two>) is a rapid, small-scale isolation of plasmid DNA from bacteria. It is based on which method? The <one>alkaline lysis method</one>.
+- Compare <one>transformation</one> into <two>E. coli</two> to that of <one>transformation</one> into <two>yeast</two>. <three>Which one of these two is more efficient</three>? Transformation into E. coli is much more efficient than transformation into yeast. []
+- In the <one>pET system</one>: <two>which gene</two> is inserted into the host chromosome? The <one>T7 RNA polymerase</one>.
+- Name a technique with which we can do <one>multigene constructs</one>. A: The <one>Golden Gate cloning</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Golden_Gate_Cloning []
+- Das <one>Klenow-Fragment</one> entsteht aus welcher Polymerase? Aus der <one>DNA-Polymerase I</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Klenow-Fragment []
+- The <one>S1-nuclease</one> is what type of enzyme? It is <one>an endonuclease</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nuclease_S1 []
+- <one>Recombineering</one>, aka <two>recombination-mediated genetic engineering</two>, is an in vivo cloning technique based on ... which pathway? It is based on the <one>single strand annealing</one> (SSA) repair pathway.
+- Ist <one>Triton X-100</one> ein ionisches oder ein nicht-ionisches Detergenz? <one>Triton X-100</one> ist ein ionisches Detergenz. []
+- Fassungsvermögen einer <one>Eppendorfer micro-tube Eprouvette</one>? <one>1.5 ml</one>. URL: https://upload.wikimedia.org/wikipedia/commons/0/02/Eppendorfcups.jpg []
+- Nenne vier <one>hitzestabile DNA-Polymerasen</one>. A: <one>Taq</one>, <one>Pfu</one>, <one>Vent</one>, <one>Stoffel</one>. (<two>Stoffel</two> wird aus AmpliTaq gewonnen, indem man 289 Aminosäuren beginnend vom N-Terminus deletiert) []
+- Hat <one>Ethidiumbromid</one> eine <two>positive</two> oder eine <two>negative</two> Ladung? Positive Ladung. []
+- Die <one>SELEX Methode</one> hängt von welcher anderen Methode ab? Von der <one>PCR</one>. []
+- What is the threshold cycle or <one>Ct value</one>? The Ct or threshold cycle value is the cycle number at which the fluorescence generated within a reaction crosses the <one>fluorescence threshold</one>.
+- When we see a <one>P200</one> pipette: what does the number 200 stand for here? This refers to <one>the maximum volume</one>, aka 200 in this case. []
+- When we see a vector called <one>pYD1</one> what do we know? This is <one>a plasmid for yeast-display</one>, e. g. the <two>Yeast Display Vector Kit</two> from <three>InVitrogen</three>.
+- Anderer Begriff für <one>diskontinuierlich</one>? <one>In Stufen</one>.
+- <one>DAPI</one> wird zur Färbung von DNA verwendet. Sie lagert sich bevorzugt wo in/an der DNA an? An <one>AT-reiche Regionen in der kleinen Furche doppelsträngiger DNA</one>.
+- <one>Which restriction enzyme</one> was employed in the first cloning process, performed in 1973? The <one>restriction enzyme EcoRI</one>.
+- <one>What enzyme type</one> is the <two>reverse transcriptase</two> (<two>RTase</two>)? The reverse transcriptase is an <one>RNA-dependent DNA polymerase</one>.
+- <two>Wie</two> schaffte <one>Miescher</one> damals die Ausfällung der DNA? Er (a) benutzte <one>Pepsin</one> aus Schweinmägen sowie (b) Alkohol.
+- What is an <one>expression vector</one>? This is an expression construct, usually a plasmid or virus, designed for protein expression in cells.
+- Nenne eine Resistenz vom <one>pSC101-Plasmid</one>. A: <one>Tetracyclin</one>. []
+- <one>Type II restriction enzymes</one> <two>can produce how many different ends</two>? <one>3</one>. []
+- Welchen Vorteil hat <one>LIC</one> (<two>ligation independent cloning</two>)? Der <one>Ligations-Schritt entfällt</one>. []
+- <one>pUC18</one> besitzt wieviele Basenpaare? <one>2686 bp</one>.
+- In <one>yeast surface display</one>: the <two>screening</two> and <two>sorting</two> is done by ... ? By <one>FACS</one>. []
+- Die <one>Caprylsäure-Fällung</one> wird im sauren oder im alkalischem Medium eingesetzt? Im <one>sauren Medium</one>. URL: https://www.rentschler-biopharma.com/de/aktuelles/pressemeldungen/detail/view/praesentation-eines-neuartigen-ansatzes-zur-antikoerper-aufreinigung-auf-der-pegs-europe-2017/ []
+- The <one>454 System</one> in Gene Technology relied on which two advances? (1) <one>pyrosequencing</one> (2) <one>massively parallel liquid handling</one>
+- Is <one>RNase</one> or <one>DNase</one> more stable? <two>RNase</two> is <one>more stable</one> than <two>DNase</two>. []
+- The <one>Tet-Off system</one> makes use of the <two>tetracycline transactivator (tTA) protein</two>. This protein was created by fusing two parts of two different proteins together. Which ones? (1) the "TetR protein" ("tetracycline repressor") (2) the <one>VP16 protein</one> of the <two>Herpes Simplex Virus</two>
+- Was ist das Funktionsprinzip der <one>Gefriertrocknung</one>? Die Probe wird eingefroren, danach sublimiert das Wasser bei sehr niedrigem Druck.
+- <two>Which dye</two> is used in <one>gram stain</one>? <one>Crystal violet</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Crystal_violet []
+- What is <one>the main molecular weight of an amino acid in Dalton</one>? 105.
+- The <one>SLICE technique</one> stands short for ... ? <one>Seamless Ligation Cloning Extract</one>.
+- Was heisst <one>HEPA filter</one>? <one>High efficiency particulate air filter</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/HEPA []
+- Why is knowing the <one>GC-content</one> of DNA important? Because of thermal separation of DNA (<one>DNA Melting</one>).
+- The <one>plasmid pET11a</one> may be <two>dephosphorylated</two> in the lab. Why? This is done to <one>prevent self-recircularisation</one>. []
+- <one>Mammalian cell culture</one> requires a modest laboratory facility. <one>Plant cultures</one> usually require what additional change compared to a mammalian cell culture? We may have to <one>integrate light</one> (<two>lighting</two>) into the culture cabinets.
+- Was meinen wir mit einer <one>repräsentativen Genbank</one>? Die Häufigkeit einer bestimmten cDNA Sequenz entspricht der Häufigkeit mit der die kodierende mRNA im Ausgangsgewebe vertreten ist.
+- A typical <one>polyacrylamidgel</one> can separate DNA, up to <lightseagreen>a maximum length of</lightseagreen> ...? <one>1000bp</one>. []
+- Give another name for the <one>uninterrupted sequences</one> in <two>shotgun sequencing</two>? <one>Contigs</one>. []
+- Why are <one>peptide nucleic acid</one> useful? <one>Cellular nucleases do not recognize them</one>. This is useful because peptide nucleic acids can bind to DNA, so they should have a longer duration within the cell as-is.
+- <one>RFLPs</one> are often used where? In <one>forensic analysis</one>.
+- How can we <one>distinguish between different DNA</one>? We have to <one>label</one> one DNA.
+- Name the most important physical characteristic that can be used for <one>subcellular fractionation</one>, in order to distinguish different cellular compartments. A: <one>Buoyant density</one>.
+- Anderes Wort für <one>Biuret</one>? <one>Carbamoylharnstoff</one>.
+- Das <one>Elutionsvolumen</one> ist ...? Das Puffervolumen, das benötigt wird um die Aminosäure aus der Säule freizusetzen.
+- Nenne eine der besten Methoden (allgemeiner Natur) die Funktion eines Genes in <one>functional genomics</one> zu untersuchen. A: Mittels <one>gene disruption</one>, zum Beispiel durch <two>homologe Rekombination</two>.
+- In <lightseagreen>ribosome display</lightseagreen>, is <one>a PCR step</one> used? Yes. []
+- Nenne <two>eine Substanz</two>, mit der wir die <one>N-terminale Aminosäure</one> bestimmen können. A: <one>Dansylchlorid</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Dansylchlorid []
+- Die <one>Ammoniumsulfatfällung</one> ist eine oft angewandte Methode in einem Biochemie-Labor. Allerdings gibt es eine <two>Proteingruppe</two> die man nicht damit ausfällen kann. Welche? <one>Calciumabhängige Proteine</one> können mit dieser Methode nicht gefällt werden, da sie sofort unlösliches Calciumsulfat bilden würden. Solche Proteine müssen somit mit einem anderen Salz gefällt werden.
+- Was macht die <one>terminale Deoxynukleotidyl-Transferase</one>? Sie hängt unspezifisch Nukleotide an das 3 Strich-Ende von einzel- und doppelsträngiger DNA (3 Endmarkierung).
+- <one>Golden Gate cloning</one> makes use of which type of restriction enzymes? It uses <one>Type IIs restriction enzymes</one>. []
+- In der <one>Gentechnik</one>: wie können wir <two>die Effizienz der Translations-Termination</two> verbessern? Verwendung von zwei oder mehreren Stop-Codons in Serie. []
+- Nenne 3 Einsatzgebiete von <one>GST Fusion Proteins</one> (Glutathione S-transferase). A: (1) Protein Production for pure immunogens (2) protein-protein interaction studies (3) DNA-protein interaction studies
+- With a modern <one>recombineering-system</one>: should we rather use <one>ssDNA</one> or <one>dsDNA</one>? <one>ssDNA</one> because it is <two>over 100-fold more efficient as substrate than is dsDNA</two>. []
+- In der <one>Hefe</one> wird oft das Gen <two>URA3</two> für die Selektion auf Rekombinanten verwendet. Dieses Gen ist normalerweise wichtig für ... ? Die <one>Uracilbiosynthese</one>. []
+- Give another name for the <one>SELEX method</one>. A: <one>In-vitro selection method</one>.
+- Will <one>DpnI</one> cut DNA that is synthesized in vitro? <one>No</one>, <two>because such DNA is not methylated</two>. Therefore it is not cut by DpnI. []
+- In <one>immunodetection via antibodies</one>: is the primary or the secondary antibody coupled to a fluorophore or an enzyme? The <one>secondary antibody</one> is coupled to a fluorophore or an enzyme. []
+- Wenn wir <one>DNase I</one> auf DNA loslassen, was passiert? Es entsteht ein Gemisch aus Mono- und Dinukleotiden mit einem entständigen 5-prime Phosphat.
+- Die <one>Detektion von Auto-Antikörpern</one> basiert typischerweise auf ...? Auf einem <one>indirekten ELISA</one>.
+- <one>How many enzymes</one> are used in the <two>Gibson Assembly System</two>? <one>Three enzymes</one>. These join two or more sequences of DNA when they have overlapping end-sequences at their joining point (~40bp). []
+- <one>Inefficient full-length cDNA synthesis</one> means that which part of a mRNA tends to be over-represented in a cDNA population? The <one>3'-regions of mRNA tend to be over-represented</one>. []
+- In gene technology: what means <one>biological containment</one>? Vectors will reside in <one>host organisms with defects</one>, preventing their survival outside the laboratory.
+- In der Gentechnik: was ist <one>Superdex</one>? Ein <two>Composit</two> hergestellt aus kreuzvernetzter <one>Agarose</one> und <one>Dextran</one>.
+- <one>Which enzyme</one> is often used for <two>nick translation procedure for radiolabelling DNA</two>? The <one>DNA Polymerase I</one>.
+- <one>GFP</one> contains how many beta strands? <one>11</one>.
+- Nenne 5 <one>Proteinbestimmungs-Methoden</one> in der Biochemie. A: (1) Biuret-Methode (2) Lowry Methode "Folin-Ciocalteau-Test (3) BCA Methode (ähnlich Lowry) (4) die <one>Bradford Methode</one> (<two>Coomassie Blue Test</two>) (5) UV Absorption, die Methode nach Warburg und Christian
+- Synthesis of a <one>full-length cDNA</one> may be inefficient under ... which condition? If the mRNA is relatively long.
+- <two>Wie</two> kann sich eine Zelle vor <one>Typ I Restriktionsenzymen</one> schützen? Mit Hilfe der <one>Methylierung</one> der DNA. []
+- Nenne einen <one>peptidischen Inhibitor</one> der mit dem Buchstaben <two>"A"</two> beginnt. A: <one>Aprotinin</one>.
+- Does the restriction enzyme called <one>Dpn1</one> cut DNA that was synthesized in-vitro? No it does not, because that DNA is not methylated, and <one>DpnI cleaves only when its recognition site is methylated (or hemimethylated)</one>.
+- Was meinen wir mit einem <one>transienten Gentransfer</one>? Dies meint einen Gentransfer, der <one>zeitlich begrenzt</one> ist - zum Beispiel weil das transferierte Gen nicht in das Chromosom integrierte.
+- Die <one>Biuret-Nachweismethode</one> ist unspezifisch. Womit wird die zu untersuchende Lösung versetzt? Mit <one>Natronlauge</one>; danach wird eine Kupfersulfat-Lösung hinzugefügt.
+- <one>Type I restriction enzymes</one> require which cofactor? <two>S-adenosyl methionine</two>, aka <one>SAM</one>.
+- <one>Ethidiumbromid</one> besitzt <two>wieviele C-Atome</two>? <one>21</one>.
+- When we <one>introduce a plasmid during transformation</one>, why do we wait a bit before we add antibiotics? So that <two>we give a cell time to transcribe the resistance gene from a plasmid</two>, and <one>translate its mRNA into protein</one>.
+- The enzyme <one>BsaI</one> generates an overhang that contains n bp? <one>4</one>. []
+- Gibt es <one>effiziente Trennverfahren für große Proteine</one>? Nein, nicht wirklich. []
+- <one>Interactome analysis</one> is based on the idea of ... ? <one>Guilt by association</one>. []
+- In the <one>Gibson assembly master mix</one>: <two>at which temperature do we have to incubate usually</two>? At about <one>50°C</one>. []
+- Beim <one>Shotgun-Verfahren</one>: <two>wie wird die DNA zerlegt</two>? Durch <one>Scherkräfte</one>. []
+- Name a technique to <one>study SNP-variation</one> with. A: <one>DNA Microarrays</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/SNP_array []
+- What is <one>the first step in the isolation of a protein</one>? Get it into solution.
+- Can <one>the efficiency of transformation</one> be increased by <two>using high concentration of DNA</two>? Yes. []
+- Verwenden wir die <one>SDS-Page</one> im Zuge eines <two>Western Blots</two>? Ja. []
+- Name <one>the three most important uses of fusion proteins</one>. A: (1) it will <one>aid in the purification of cloned genes</one> (2) it can be used as <one>reporter of expression level</one> (3) it can be used as <one>a histochemical tag to enable visualization of the location of proteins in a cell, tissue, or organism</one>
+- <one>Nick translation</one> relies on which polymerase? Nick translation relies on <one>DNA polymerase I</one>. []
+- Was erreichen wir dank <one>Autoradiographie</one>? Wir können damit die Position eines Radioisotops in einer Zelle feststellen.
+- Andere Bezeichnung für einen <one>Western Blot</one>? <one>Immunoblot</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Western_Blot []
+- <one>Wie</one> können wir allgemein Fusionsproteine reinigen? Über die <one>Affinitätschromatographie</one>. []
+- Wann wurde die <one>Elektroporation</one> erstmals beschrieben? <one>1982</one>. []
+- For a <one>fusion protein</one>: <two>which protein partner</two> is often used to keep the protein soluble? <one>Thioredoxin</one>.
+- The <one>Gibson assembly reaction</one> <two>can combine up to how many DNA fragments simultaneously</two>? Up to <one>15 DNA fragments</one>.
+- Vergleiche die UV-Absorption von DNA versus Proteine (deren Maxima). A: <one>DNA</one> absorbiert bei <two>260 nm</two>, Protein bei "280 nm".
+- In der Biochemie und Gentechnik: <one>wieso sollten Puffer möglichst rein sein</one>? Die <two>Reinheit</two> spielt eine große Rolle, da <one>Verunreinigungen wie Schwermetalle biologische Systeme leicht stören könnten</one>.
+- Name one or two advantages of the <one>capillary electrophoresis</one> compared to the traditional <two>gel electrophoresis</two>. A: (1) The <one>capillary electrophoresis</one> is <two>faster</two. (2) The <one>capillary electrophoresis</one> can also be more easily automated.
+- What <one>temperature</one> should an <two>Agarose gel</two> have before it is poured into the cast? About <one>55°C</one>.
+- Nenne zwei <one>nicht-ionische Detergentien</one> in der Gentechnik, um Membranen aufzuschliessen. A: (1) <one>Cetyltrimethylammoniumbromid</one> (2) <one>Natriumdodecylsulfat</one>
+- Nenne einen Test um den <one>Proteingehalt in einer Enzymlösung</one> zu bestimmen. A: <one>Bradford Test</one> (<one>Bradford Assay</one>). []
+- In a molecular biology lab, <one>Terminal transferase</one> is used for ... ? <one>Adding homopolymer tails to DNA molecules</one>.
+- Die <one>Bisulfitmodifikation</one> <two>erzeugt</two> welches Nukleotid? <one>Uracil</one> (und zwar ausgehend von <two>Cytosin</two>). []
+- Das <one>cre</one>/<one>loxP System</one> stammte ursprünglich aus welchem Phagen? Aus dem <one>Bakteriophagen P1</one>. []
+- What do we mean with a <one>portable shine-dalgarno</one> site? This is essentially a Shine-Dalgarno sequence that is <one>flanked by two unique restriction sites</one> (in the vector at hand). URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6400483
+- <two>What kind of environment</two> do recombinant proteins find in the <one>periplasm</one>? An <one>oxidative environment</one>. []
+- During <one>Electroporation</one>: the electrical discharge has about <two>n Volt</two>? About <one>1000 Volt</one>.
+- Im <one>Split-ubiquitin yeast two-hybrid</one>: was heisst <two>Cub</two>? <one>C-terminal ubiquitin moiety</one>.
+- Die <two>Luciferase</two> konvertiert ihr Substras <one>Luciferin</one> hin zu … ? <one>Oxyluciferin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Firefly_luciferase []
+- How many <one>type 2</one> restriction endonucleases are known? <one>3700</one>.
+- In the lab: how can we <one>obtain individual nucleosomes</one>? We may employ the enzyme <royalblue>MNase</royalblue> (<one>micrococcal nuclease</one>). []
+- <one>Welche Firma</one> hat den DNA DipStick auf den Markt gebracht? <one>Invitrogene</one>.
+- The "A260/A280 ratio" can determine how pure a sample is. It should be around ... for "pure DNA" and ... for "pure RNA preparations"? (1) For pure DNA: "1.8" (2) <one>For pure RNA</one>: <two>2.0</two>
+- Wieso müssen wir bei einem <one>Western Blot</one> die Proteine auf die Membran übertragen? Damit die Antikörper an die Proteine binden können.
+- We may employ <one>restriction enzymes</one> in gene technology. How do we call the <two>act of cutting</two>? <one>Digestion</one>. []
+- The <one>P-200 pipette</one> has a size range of ... ? <one>20-200 µl</one>.
+- Im Labor <one>schmilzt DNA ab welcher Temperatur</one>? Ab <one>90 °C</one>. []
+- In der Gentechnik: wieso setzen wir die sogenannten <one>Good-Puffer</one> ein? Damit können wir "Enzyme in Lösungen stabilisieren" (es ist ein sogenannter "Zwitterionen-Puffer").
+- The most commonly used signal sequence for <one>S. cerevisiae</one> is derived from ... ? The <one>mating factor alpha gene</one>.
+- Wann wurde die <one>Pyrosequencing-Methode</one> entwickelt? <one>1996</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pyrosequencing []
+- <two>Aus welchem Organismen</two> wurde das <one>Stoffelfragment</one> gewonnen? Aus <one>Thermus aquaticus</one> (<royalblue>Taq polymerase</royalblue>). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Variants_of_PCR#DNA_Polymerases []
+- What is <one>Ampholine</one>? <two>Ampholine</two> is an ampholyte <one>used in polyacrylamide gels</one>, for density gradient stabilization and preparative electrofocusing.
+- Precipitation of nucleic acids is an essential technique that is often used in a variety of applications in molecular biology. The <one>two most commonly used precipitants are</one> ... ? (1) <one>isopropanol</one> (2) <one>ethanol</one> (which is often preferred)
+- In der Gentechnik: was heisst <one>PTM</one>? <one>Post-Translationale Modifikation</one>. []
+- Did <one>Bacillus amyloliquefaciens</one> provide us with a restriction enzyme? Yes - the <one>BamH1 restriction enzyme</one>. []
+- Was ist <one>heterologe Proteinproduktion</one>? Das Gen, das verwendet wird, stammt aus einem anderen Organismus.
+- <two>When</two> may we want to use the <one>Klenow fragment</one>? The <one>Klenow fragment</one> is used when we need to copy a single-stranded DNA molecule. Without the "5' -> 3' exonuclease function" is missing, the enzyme cannot degrade the non-template strand of dsDNA during synthesis of the new DNA. And this function has been removed from DNA Polymerase I, in order to create the Klenow fragment.
+- How to <one>determine mRNA half-lives experimentally</one>? We could <one>shut down polymerase II transcription</one>.
+- Give another name for <one>phosphodiester backbone sealer</one>. A: <one>DNA ligase</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_ligase []
+- What would a positive result during the <one>Ames test</one> indicate? That <two>the target chemical is mutagenic</two> - and therefore <one>may act as a carcinogen</one>.
+- Ist <one>Cetyltrimethylammoniumbromid</one> ein ionisches oder ein nicht-ionisches Detergenz? <two>Cetyltrimethylammoniumbromid</two> ist <one>ein nicht-ionisches Detergenz</one>. []
+- The prefix <one>R.</one> is added sometimes to restriction enzymes. What is the meaning of this? This distinguishes these restriction enzymes from the modification enzymes with which they partner.
+- <one>How</one> do we commonly <two>create fusion proteins</two>? With the <one>GST system</one>.
+- Es gibt Polymerasen wie <one>Pwo</one> und <one>Pfu</one> die über einen Korrektur-Mechanismus verfügen. Wieso diese Namen? (1) <two>Pwo</two> aus <one>Pyrococcus woesei</one>. (2) <two>Pfu</two> aus <one>Pyrococcus furiosus</one>.
+- <one>Western Blotting</one> <two>kombiniert</two> welche zwei Techniken? (1) <one>Proteintransfer</one> (2) <one>Immunodetektion</one>
+- Nenne einen Vorteil der <one>cDNA</one> in der Gentechnik. A: Die <one>cDNA</one> <two>enthält keine Intronsequenz</two>.
+- Das Restriktionsenzym <one>XhoI</one> schneidet an ...? <one>CTC|GAG</one>.
+- <one>Restriction enzymes</one> are named according to ... ? According to the bacterium from which they were purified.
+- In der Gentechnik: was gilt beim <one>Tm Wert</one>? <one>50% der DNA liegt einzelsträngig vor</one>.
+- Was ist allgemein die <one>Dialyse-Technik</one>? Dies ist die Diffundierung über eine semi-permeable Membran.
+- Was sind <one>ESTs</one> in der Gentechnik? Kurze DNA Sequenzen von etwa 100 - 800 Basenpaaren Länge.
+- Warum ist die klassische <one>Mutationsanalyse</one> ungeeignet um alle Genes eines Genoms zu identifizieren? Sie ist zu aufwendig - wir müssen für jedes Gen mindestens eine Mutation erzeugen.
+- In <one>yeast display</one>: which protein is typically used for the display step? The <one>Aga2p mating agglutinin protein</one>.
+- What would be <one>a more correct term</one> for <two>restriction enzymes</two>? <one>Restriction endonucleases</one>. []
+- Why can it be <one>costly</one> to <two>purify mammalian proteins</two>? They are typically <one>present in very low amounts in normal tissue</one>.
+- <one>Welche Firma</one> erfand das <two>TaqMan</two> System? <one>Applied Biosystems</one>.
+- In <one>phage display</one>: how does <two>gene coupling</two> work? The coupling of genotype and phenotype is usually accomplished by a genetic fusion of the gene of interest, e.g., an antibody fragment, with, with one of the phage coat protein genes, usually gene III, of bacteriophages such as M13 or fd.
+- We can isolate <one>plasmid DNA</one> (<one>pDNA</one>) via a <two>gradient centrifugation</two>. What solution is usually used for this? A <one>caesium chloride (CsCl) solution</one>.
+- When we have a <one>P20</one> pipette, we have a typical range of 2.0 - 20.0. Can we pipette 1.0 with this? No, don't do that; <one>this will put the pipette out of calibration</one>. []
+- <one>Naturally occurring fusion proteins</one> are commonly found where? In <one>cancer cells</one>.
+- Was ist ein sehr grosser Vorteil der <one>rekombinanten Proteinproduktion</one>? Das produzierte Protein kann <one>optimiert</one> werden.
+- What means <one>cell sorting</one>? We select and purify a specific subset of cells within a population.
+- What is <one>Ribosome display</one> used for? <one>Ribosome display</one> is a technique used to <two>perform in vitro protein evolution</two> to <three>create proteins that can bind to a desired ligand</three>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome_display
+- Ist <one>Harnstoff</one> eine <two>chaotrope Substanz</two>? Ja. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Harnstoff []
+- In der Gentechnik: was ist das <one>Stoffelfragment</one>? <one>AmpliTaq</one>. (ADD WHAT THIS IS)
+- Wie funktioniert <one>Coomassie Brilliant Blue</one> in der Biochemie? Durch die Bindung an ein Protein in saurer Lösung verschiebt sich das Absorptionsmaximum des Farbstoffs von 465 nm zu 595 nm.
+- <one>Transfection</one> is a similar process to <two>transformation</two>. What is the key difference between these two? (1) In transfection we will use "phage DNA". (2) In transformation we will make use of <one>plasmid DNA</one>.
+- Ist <one>Amplitag</one> eine natürliche DNA Polymerase? Nein. URL: https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/N8080241#/N8080241 []
+- How to determine the <one>total cell concentration</one>? Via <two>cell counting methods</two>, preferably automatised; such as <one>FACS</one>. []
+- If we have a <one>high agarose concentration</one>, will this be used to separate smaller or longer DNA fragments? A high agarose concentration will be used to <one>separate smaller DNA fragments</one>. []
+- In which <one>organism</one> were the <lightseagreen>ARS</lightseagreen> (<three>Autonomously Replicating Sequences</three>) first found? The ARS were first found in <one>yeast plasmids</one>.
+- Was ist eine <one>PVDF</one>-Membran - also die Abkürzung hierzu? <one>PVDF</one>: <two>polyvinylidene difluoride</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Polyvinylidene_fluoride
+- Anderer Name für die <one>Inaktivierung eines Gens</one> mittels Gentechnik. A: <one>Gendisruption</one>. []
+- We may separate DNA fragments in a <one>PAGE</one> before we start Sanger sequencing. These gels usually contain 6% to 20% polyacrylamide - and also <two>urea</two>. Why is <two>urea</two> used here? The urea acts as a <one>denaturant</one> to reduce the effects of DNA secondary structure.
+- Name the three fundamental problems of <one>ribosome display</one>. A: (1) The protein chain must not leave the ribosome (2) The mRNA must not leave the ribosome (3) The protein must fold into the corect structure once still attached to the ribosome.
+- The most commonly used restriction endonucleases in molecular biology belong to which class/type? They belong to the <one>Type II restriction endonucleases</one>.
+- Die <one>Taq-Polymerase</one> hat einen gravierenden Nachteil. Welchen und wie hat man dies <two>gelöst</two>? Der Nachteil der Taq-Polymerase liegt darin, dass sie manchmal Fehler beim Kopieren der DNA produziert, was zu Mutationen in der DNA-Sequenz führt. Polymerasen wie Pwo und Pfu (aus Archaea) haben einen Korrektur-Mechanismus, der die Anzahl der Mutationen in der kopierten DNA senkt.
+- Der Schlüssel zur Erzeugung von <one>cDNA</one> ist? Das Enzym <one>reverse Transkriptase</one>. []
+- Nenne eine Methode eine Endmarkierung bei Nukleinsäuren zu erreichen. A: Wir verwenden das Enzym <one>Polynukleotidkinase</one>, welches eine markierte Phosphatgruppe (32P) von ATP auf ein 5 OH Ende der Nukleinsäure überträgt. Die Dephosphorylierung erfolgt danach mittels alkalischer Phosphatase.
+- What do we mean with a <one>packaging extract</one>? This is, for example, when we wish to create a phage in the lab, to combine two strains of bacteria which are used to produce a lysate called the "packaging extract". Each strain is mutant in one function of phage morphogenesis, so that the packaging extracts will not work in isolation.
+- Does <one>ribosome display</one> have <two>an in-vivo step</two>? <one>No</one> - it is <three>entirely in-vitro</three>. []
+- What is the critical issue in constructing <one>HACs</one>? Provide an <one>efficient centromere</one> for them.
+- In der Gentechnik: wieso verwenden wir <one>Mercaptoethanol</one>? Für die <one>Reduktion der S-S-Brücken</one>. []
+- <one>BACs</one> basieren auf? Dem <one>F-Plasmid</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Bacterial_artificial_chromosome []
+- Bei einer <one>Disk-PAGE</one>: kommt zuerst das <three>Sammelgel</three> oder das <three>Trenngel</three>? Alphabetisch vorgehen also, <two>S,T</one> - zuerst kommt das <one>Sammelgel</one>, dann kommt das <one>Trenngel</one>. []
+- Bei der <one>Chloroform-Extraktion</one> verbleibt die DNA in der ... Phase. A: <one>wässrigen Phase</one>. []
+- <one>Ethidium bromide</one> fluoresces <darkorange>orange</darkorange> when illuminated with ... ? <one>Ultraviolet (UV) light</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ethidium_bromide []
+- In der Gentechnik wird oft das <one>Glutathione-S-Transferasesystem</one> verwendet. Hier erstellen wir ein Fusion Protein. Das gesuchte Protein wird an das GST-Protein gekoppelt. Wie kann man aber dieses Protein gewinnen (purification)? Man kann es aufgrund seiner <one>Affinität zu Glutathione</one> gewinnen.
+- What is meant with the term <one>positional cloning</one>? This is isolation of genes on the basis of their position on a gene map.
+- Um DNA zu isolieren müssen wir einen <one>Zellaufschluss</one> durchführen. Welche 3 Möglichkeiten haben wir (inklusive Beispiel)? (1) <one>mechanisch</one>; zum Beispiel durch <two>Ultraschall</two> (2) <one>thermisch</one>, zum Beispiel durch <two>freeze-thaw</two> Zyklen (3) <one>enzymatisch</one>, zum Beispiel durch <two>Lysozymverdau</two>
+- In the name of <one>pBR322</one>, what does the leading <two>p</two> indicate? This <one>p</one> stands for <one>plasmid</one>. []
+- Wieso verwenden wir mitunter <one>Milchpulver</one> bei einem <three>Western Blot</three>? Um verbleibende <one>freie Bindungsstellen der Membran abzusättigen</one>.
+- How can we add <one>artifical restriction sites</one>? We can append to the <one>5' end of a primer</one>. This will not interfere with the PCR reaction.
+- Nenne den <three>gravierendsten Nachteil</three> der Methode <one>Proteinbestimmung nach Bradford</one>. A: Die Proteinzusammensetzung beeinflusst das Ergebnis.
+- When we <one>treat a vector with a phosphatase</one>, such as the <two>bacterial alkaline phosphatase</two>, why may this be used? To <one>prevent self-ligation</one>. []
+- Was verwenden wir üblicherweise um eine <one>knock-in</one> Maus herzustellen? <one>Retroviren</one>, als Vektoren für den Gentransfer.
+- In der Gentechnik: was erlaubt uns eine <one>niedrige Stringenz</one>? A: Sie erlaubt es uns eine grosse Zahl an Fehlpaarungen zu tolerieren.
+- Beim <one>cre-lox System</one>: woher kommt der Name cre? <one>cre</one> steht für <two>causes recombination</two>. []
+- What does the term <one>genomic library</one> refer to? This refers to <one>a set of clones representing the entire genome of an organism</one>.
+- Die Restriktionsendonuclease <one>EcoRI</one> hat wieviele Untereinheiten? <two>2</two>. Es ist ein <one>Homodimer</one>.
+- In <one>Gel-Electrophoresis</one>: what is the job of the <two>resolving gel</two>? The actual <one>separation</one> takes place here.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: der <three>sekundäre Antikörper</three> trägt einen leicht nachweisbaren Marker, aber wo genau? Im <one>Fc-Bereich</one>. []
+- What do we mean with <one>affinity reagents</one>? Affinity reagents are usually <one>antibodies</one> with a high affinity for a particular epitope. They can then be used, for example, during <two>protein purification</two>.
+- Der Farbstoff Coomassie-Brillant-Blau <one>R-250</one> lagert sich woran an? An basische und aromatische Seitenketten von Aminosäuren.
+- <one>Golden gate assembly</one> makes use of <three>Type IIS restriction endonucleases</three>. Give one such example for a Type IIS restriction endonuclease. A: <one>FokI</one>.
+- Why is the graph that measures <one>decimal reduction time</one> useful? We can use it to calculate processing times required in order to achieve sterilization, such as in a canning operation.
+- Name one of the oldest methods to <one>visualize RNA molecules from a collection of cells</one>. A: A <one>northern Blot</one>. []
+- Wieviele <one>BACs</one> finden wir normalerweise in einer Zelle? <one>1</one>. []
+- In the various <one>surface display techniques</one> we physically couple the information to a corresponding function. What is that function, usually? The function is <one>a specific binding property</one>.
+- In <one>Error-prone mutagenesis</one>, the <two>PCR</two> is performed with ... ? <one>Analogues of convential dNTPs</one>.
+- Abgesehen von der Apparatur bei einem Western Blot: was wird noch benötigt, das wir möglichst vor Beginn des Western Blots bereits besitzen? Ein <one>Antikörper gegen das gesuchte Protein</one>.
+- Der <one>Northern Blot</one> ist eine Methode zur Übertragung (= <two>Blotten</two>) der in einer Gelelektrophorese aufgetrennten RNA auf eine Membran. Diese Membran ist oft ein DBM-Paper (oder auch Nylon). Wofür steht <three>DBM</three>? <one>Diazobenzyloxymethyl</one>.
+- Nenne drei häufig auftauchende <one>Probleme bei der Isolierung von Proteinen</one>, zum Beispiel mit Hilfe von <two>Ammoniumsulfat</two>. A: (1) Proteinlösung enthält zu viel Salz (2) Proteinlösung enthält falschen Puffer (3) Proteinlösung enthält zu viel Wasser (ist zu verdünnt)
+- <one>Homopolymer tailing</one> in gene technology is usually performed with which enzyme? With the enzyme <one>terminal transferase</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Terminal_deoxynucleotidyl_transferase
+- What is an <one>extraction buffer</one>? This is a solution that breaks open the cell to extract the DNA, RNA or proteins.
+- In der <one>Biochemie</one> kann man die <two>Zwitterionen-Puffer</two> in welche zwei Puffertypen einteilen? (1) <one>chaotrope Puffer</one> (2) <one>taxigene  Puffer</one>
+- Nenne einen Grund, wieso die <one>Autoradiographie</one> in der molekularen Biologie nicht mehr so populär ist. A: Die <one>Beseitigung des radioaktiven Abfalls</one> ist aufwendig.
+- Name <one>a phagemid</one> that was produced by the company <peru>Strategene</peru>. A: The <one>lambda-ZAP family</one>.
+- What is the advantage of <one>site-directed mutagenesis</one>? We can <one>introduce mutations into genes</one> <two>at precisely determined sites</two>.
+- Eine <one>Anreicherung von Proteinen</one> kann wie erfolgen, im Labor? Durch <one>Immunpräzipitation</one>.
+- What is <one>SV40 polyA</one>? This is <one>a polyadenylation signal</one> from the genome-sequence of the <two>Simian Virus 40</two>.
+- The first step in <one>Gateway cloning</one> is <two>the preparation of a Gateway Entry clone</two>. Which sequences have to be added to the PCR primers used to amplify the gene of interest? (1) <one>attB1 sequence</one> (2) <one>attB2 sequence</one>
+- When we <one>isolate nucleic acids via alcohol</one>, <two>where</two> and <two>how</two> may we find it? We can <one>find it in the precipitate</one>, after applying <two>centrifugation</two>. In other words, the alcohol, and the centrifugation step, causes the nucleic acids to aggregate into a precipitate.
+- In der Gentechnik: <one>Typ-I-Restriktionsendonukleasen</one> bestehen aus welchen Untereinheiten? Erkläre die Aktivitäten. A: Sie bestehen aus <peru>3 Untereinheiten</peru>: (1) <one>S-Untereinheit</one> erkennt die DNA-Sequenz (2) <one>M-Untereinheit</one> methyliert die DNA (3) <one>R-Untereinheit</one> schneidet die DNA
+- All <one>deep sequencing machines</one> for next generation sequencing are based on which method? <one>Local, clustered PCR amplification</one>.
+- Bei der <one>Herstellung des Klenow-Fragments</one>: was geht verloren? Die <one>5'→3' Exonukleaseaktivität</one>.
+- Nenne eine allgemeine Einschränkung des <one>Western-Blots</one>. A: Wir können mit einem Western-Blot <one>nur gezielt nach bekannten Proteinen suchen</one>, da wir <two>spezifische Antikörper</two> benötigen.
+- <one>Proteins in solution</one> may <peru>absorb ultraviolet light</peru> at <two>280 nm</two> and at <two>200 nm</two>. What is responsible for adsorption at 200 nm? <one>Peptide bonds</one> are primarily responsible for the peak at 200 nm.
+- Name the <one>four components</one> of <two>a yeast-2-hybrid screen</two>. A: (1) <one>DNA Binding domain</one> (2) <one>Bait</one> (3) <one>Prey</one> (4) <one>Activator Domain</one>
+- Aus welchen zwei voneinander unabhängigen Proteinen besteht ein <one>Typ II-Restriktionssystem</one>? Aus einer <one>Methylase</one> und einem <one>Restriktionsenzym</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme#Type_II
+- Nenne <one>zwei ionische Detergentien</one> in der Gentechnik, um Membranen aufzuschliessen. A: (1) <one>Triton X-100</one> (2) <one>Octylglucosid</one>
+- Warum ist <one>eine Farbreaktion zur Quantifizierung von Proteinen</one> nicht unbedingt perfekt? Da eine exakte Quantifizierung aufgrund der Komplexität und Individualität der Proteine nicht möglich ist. Eine Farbreaktion spricht auf eine bestimmte Funktionalität an, aber diese Funktionalität kommt aber in verschiedenen Proteinen in unterschiedlicher Häufigkeit vor.
+- <one>Gibson Assembly</one> works best if all DNA fragments have which minimum size? About <one>500bp</one>.
+- What is the really huge advantage of the <one>Gibson Assembly System</one>? This allows the insertion of fragments into a plasmid without the need (and use) of restriction enzymes.
+- Was passiert wenn wir das <one>Lambda-Genom</one> mit <two>EcoRI</two> behandeln? Es entstehen <one>3 chromosomale Fragmente</one>.
+- Wie - oder womit - beginnt das <one>Southern Blotting Verfahren</one>? Wir <one>schneiden DNA</one> mit einem oder mehreren <one>Restriktionsenzymen</one>.
+- What is meant with the term <one>isoschizomer</one>? This is <peru>any additional restriction endonuclease</peru> that <one>can cleave at the same sequence as the prototype</one> that was first discovered.
+- Nenne zwei <one>chemische Substanzen</one> die Proteine denaturieren. A: (1) <one>Harnstoff</one> (2) <one>Guanidiniumchlorid</one>
+- What exactly is a <one>molecular beacon</one>? A <one>fluorescent probe molecule</one> that is designed to fluoresce only when it binds to a specific DNA target sequence.
+- How can the <one>amino acid sequence of a protein be determined</one>? Via <one>N-terminal Edman degradation</one>.
+- In regards to DNA, what is the enzyme <one>polynucleotide kinase</one> doing? It moves the gamma-phosphate from ATP to the 5'-OH group of DNA.
+- Name a <one>restriction enzyme</one> that can create <two>blunt ends</two> as overhangs. A: <one>Hind II</one> (at <two>GTTAAC</two>). URL: https://www.uniprot.org/uniprot/P44413
+- Nenne einen <one>Serin-Protease Inhibitor</one> der mit dem Buchstaben <two>P</two> beginnt. A: <one>PMSF</one>: <two>Phenylmethylsulfonyalfluorid</two>.
+- Contrast <one>phage display</one> with <one>yeast display</one>: name an advantage of yeast display here. A: Many more proteins can be tested for than via phage display.
+- <one>Meselson und Stahl</one> entwickelten welche Methode? Die <one>CsCl-Gleichgewichtszentrifugation</one>.
+- Welche zwei <one>Ionenaustauschchromatographie-Methoden</one> gibt es? (1) <one>AEC</one> (<peru>Anionenaustauschchromatographie</peru>)  - hier gibt es negativ geladene Partikel, die an die positiv geladene Säulenmatrix binden können. (2) <one>CEC</one> (<peru>Kationenaustauschchromatographie</peru>) - hier gibt es positiv geladene Partikel, die an die negativ geladene Säulenmatrix binden können.
+- Name one big disadvantage of <one>YAC Vectors</one>. A: They often <one>undergo rearrangements in host cells</one>.
+- <one>Membranproteine</one> können wir nur aus der Membran isolieren unter <two>Zugabe von ... </two>? <one>Detergenzien</one>.
+- In <one>Golden Gate Cloning</one> we may make use of the restriction enzyme <two>Bsa1</two>. What is the advantage of this enzyme? This restriction enzyme can assemble multiple fragments of DNA in a directional fashion.
+- Die <one>Biuret-Reaktion</one> beruht auf ... ? Sie beruht auf einer Komplexbildung von Cu2+ Ionen mit je vier Peptid-Bindungen eines Proteins im alkalischen Medium.
+- <one>Glutamine</one> has a half-life of ... in liquid media? About <one>two weeks</one>.
+- Was genau passiert bei der <one>Zufallsmutagenese</one> in der Gentechnik? Das Gen für ein Enzym wird ungerichtet an unterschiedlichen Stellen mutiert.
+- Name <one>a simple way how to eliminate plasmids from bacteria, in the laboratory</one>. A: We could make use of plasmids containing a <one>temperature sensitive origin of replication</one>, so that it can subsequently be easily lost by growing a strain at 37° C.
+- Um das <one>pUC-System</one> verwenden zu können benötigen wir besondere Bakterien? Ja - und zwar solche die in ihrem Genom den <two>3' Abschnitt des lacZ-Gens</two> besitzen.
+- We wish to <one>detect apoptosis</one> in many cells at once. Which protein can we use for that? <one>Annexin V</one>.
+- Können wir das <one>bakterielle Nucleoid</one> isolieren? Ja - zum Beispiel mit Hilfe einer <one>Saccharosegradienten-Zentrifugation</one>.
+- Was ist <one>das Problem</one> bei hohen Konzentrationen an <two>SYBR Green I</two>? Dieser <one>Fluoreszenzfarbstoff</one> kann in zu hohen Konzentrationen die <two>DNA Polymerase hemmen</two>.
+- In der <one>Phosphoramidite Methode</one>: wie werden die Nukleotide chemisch modifiziert? (1) A und G erhalten eine <two>benzoyl Gruppe</two>. (2) G erhält eine <two>isobutyryl Gruppe</two>.
+- Warum ist das Restriktionsenzym <one>NcoI</one> besonders geeignet für <two>Translationsexpressionsvektoren</two>? Da es in seiner Erkennungssequenz <one>ATG</one> enthält. Seine vollständige Erkennungssequenz ist: <springgreen>5'-CCATGG-3'</springgreen> https://www.neb.com/products/r0193-ncoi
+- Name a way <one>how to localize RNA inside of a cell</one>. A: Through <one>in-situ hybridisation</one>.
+- Was heisst <one>Chip-seq</one>? <one>Chromatin immunoprecipitation-sequencing</one>.
+- In der Gentechnik gibt es die sogenannten <one>Good-Puffer</one>. Was sollte man in Bezug auf die Permeabilität wissen? Der Puffer sollte <one>nicht durch biologische Membranen permeieren</one>, um eine Konzentrierung innerhalb der Zelle/Organelle zu verhindern. Tris ist relativ gut fettlöslich und kann daher durch Membranen gelangen. Dies erklärt auch seine Toxizität für viele Säugerzellen in Kultur!
+- Eine <one>Variante des EMSA</one> wird auch <two>supershift assay</two> genannt. Wie unterscheidet sie sich von dem normalen EMSA? Beim Supershift Assay wird ein Antikörper verwendet, der das spezifische Protein erkennen kann in einer Mischung. Durch die Bindung kommt es zu einem grösseren Komplex - dies äussert sich durch einen grösseren "Shift" im EMSA.
+- Nenne <one>zwei Vorteile</one> der <two>SDS-PAGE</two>. A: (1) die <one>SDS-PAGE zeigt eine relativ hohe Beladbarkeit</one> (2) die <one>SDS-PAGE ist relativ billig</one>
+- Name a general advantage if we use <one>mammalian selection markers</one>, as opposed to <one>bacterial antibiotic resistance genes</one>. A: Mammalian selection markers are typically NOT antibiotic resistance genes, so no antibiotic resistance will spread. Usually we employ mutants in mammalian cell culture systems that are deficient in some metabolic pathway.
+- Nenne eine <one>direkte</one> und eine <one>indirekte</one> Methode zur Bestimmung der Primärstruktur von Proteinen. A: (1) <one>Direkt</one>: Edman-Abbau (2) <one>Indirekt</one>: aus der Sequenz des zugehörigen Gens heraus.
+- Was ist eine <one>Exopeptidase</one>? Eine <one>Peptidase</one>, die ein Protein vom Ende her unspezifisch abbauen kann.
+- A <one>restriction enzyme</one> starting with the letters <two>Bam</two>, may <three>originate from which organism</three>? It may originate from <one>Bacillus amyloliquefaciens</one>.
+- Was ist <one>Toyopearl</one>? Ein sehr poröses, halbstarres sphärisches Gel, das für die Mittel- und Tiefdruck-Flüssigchromatographie entworfen ist.
+- Wieso wird in der Gentechnik die <one>UIZma DNA-Polymerase</one> verwendet? Sie ist <one>am hitzestabilsten</one>.
+- <one>Ampicillin</one> wirkt wogegen? Gegen die Zellwand sich teilender <one>gram-negativer Bakterien</one>.
+- We can generate so called <one>somatic cell hybrids</one>. Name two ways how to do that. A: (1) certain viruses like the Sendai virus can help (2) use polyethylene glycol
+- Name <one>a simple way to extract proteins</one>. A: <one>Add an equal amount of phenol</one>. <two>Proteins can then be found in the Phenol-phase</two>.
+- Was sind <one>Phagemide</one>? Dies sind <one>Vektoren</one>, die teils von <two>Bakteriophagen</two> und teils von <two>Plasmiden</two> stammen.
+- Grundidee hinter <one>phage display</one>? Die Idee hinter einem Phage Display ist es das wir ein Protein an ein coat protein eines Bacterophagen fusionieren, und dieses dann an der Oberfläche darstellen (<two>to display on the surface</two>).
+- <one>ChIP-seq</one> has what kind of <two>calling</two>? A <one>peak calling</one>.
+- Welchen <one>Nachteil</one> haben die <two>Proofreading-Polymerasen</two> gegenüber den <two>normalen Polymerasen</two>? Sie besitzen eine <one>geringere Prozessivität</one>.
+- Was ist der <one>genetische Fingerabdruck</one>? Eine Methode zur Erzeugung eines für jeden Menschen einzigartigen Musters der DNA seines Genoms.
+- Welche Aufgabe hat die <one>Type I restriction enzyme M-subunit</one>? Diese fügt eine <one>Methyl-Gruppe</one> an die recognition site hinzu.
+- Which enormous advantage do we gain through <one>recombineering</one>, as opposed to the more classical <two>in-vitro genetic engineering</two> technique? Recombineering does not rely on restriction enzymes.
+- Bei der <one>Proteinanalyse</one>: welche zwei groben Punkte können wir unterscheiden? (1) Die <one>quantitative</one> Proteinanalyse (2) Die <one>qualitative</one>  Proteinanalyse
+- Nach <one>IUPAC</one>: was ist <two>die Einheit der Enzymaktivität</two>? <one>1 Katal</one>. (Umsatz von 1 mol Substrat/sec)
+- An welcher Sequenzfolge schneidet <one>NotI</one>? <one>NotI</one> ist ein <two>8-cutter</two> der an <three>GCGGCCGC</three> schneidet, und zwar an Position 2.
+- Why was the name <one>ribosome display</one> chosen? Because the mRNA remains connected to the ribosome. We thus have some mRNA-genotype system here.
+- In a molecular biology labor, we may use <one>DEPC</one>. What does this abbreviation stand for? <one>Diethylpyrocarbonate</one>.
+- Is <one>FACS</one> used in a typical <two>Yeast Display</two>? Yes, to sort for <one>the maximum binders</one>.
+- Wie können wir <one>mRNA</one> von <one>ribosomaler RNA</one> aus einem Zelllysat trennen? Wir verwenden <one>Oligo(dT)-Cellulose</one>; hierbei hybridisiert die mRNA mit der Oligo(dT)-Cellulose.
+- Wie sind <one>Ligasen</one> definiert? Dies sind Enzyme, die DNA-Moleküle durch "Phosphodiesterbindungen" zwischen einem 5-Strich Phosphat und einem 3 Strich Hydroxylende miteinander verknüpfen können.
+- Which enzyme is used in order to create <one>ds-cDNA</one> from <one>ss-cDNA</one>? <one>DNA polymerase I</one>.
+- Kann man <one>Trypsin</one> inhibieren? Ja: so zum Beispiel durch einen <one>Trypsin-Inhibitor</one>, aus Soja.
+- The <one>comet assay</one> can be used to ... ? Measure deoxyribonucleic acid (DNA) strand breaks in eukaryotic cells. It is <one>a single-cell gel electrophoresis</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Comet_assay
+- Sind <one>viele Reinigungsschritte</one> in der Biochemie ein Problem? Ja. Das Protein wird zunehmend instabiler.
+- Beim <one>Western Blotting</one> wird häufig das Enzym <two>Alkalische Phosphatase</two> eingesetzt, das ein chromogenes Substrat benötigt. Nenne ein Beispiel für ein solches Substrat, das von diesem Enzym umgesetzt wird. A: <one>X-Phos</one>.
+- <one>Morpholinos</one> bind to ... ? <one>mRNA</one>.
+- Was genau liefern uns <one>ESTs</one>? Einen Ausschnitt der Sequenz von Genen, die in der betrachteten Zelle exprimiert werden (also aktiv sind).
+- Give another, more scientific, name for <one>equal density</one>, as part of the topic <two>centrifugation</two>. A: <one>Isopycnic point</one>.
+- Was ist der <one>Aussalzeffekt</one> in der Biochemie? Beim Erhöhen der Ionenstärke fallen die Proteine aus.
+- A <one>pellet</one> may contain our protein of interest. What can we do to dissolve it? (1) wash it with a buffer containing low concentrations of <one>chaotropic agents</one> (such as guanidine-HCl or urea) (2) use detergents such as <one>1% Triton X-100</one>
+- What is meant with the term <one>star activity</one>? This refers to the fact that many restriction enzymes cleave sequences that are similar to their defined recognition site.
+- In <one>phage display</one>: selection involves subjecting the phage library to successive rounds of ... ? <one>Antigen exposure</one>.
+- <one>His-Tags</one> binden an ... ? <one>Zweiwertige Nickel-Ionen</one>.
+- Deutsche Bezeichnung für <one>Blotting</one>? <one>Transfertechnik</one>.
+- Was sind <one>pRARE plasmids</one>? Plasmide, die <one>seltene tRNA-Gene</one> besitzen (bezogen auf E. coli).
+- The enzyme <one>bacterial alkaline phosphatase</one> does what exactly? It removes a phosphate group from the 5' end of DNA, thus leaving a 5'-OH group in place.
+- In der Gentechnik: was ist die sogenannte <one>Star-Aktivität</one>? Dies ist die (leider problematische) Fähigkeit eines Restriktionsenzyms, unter speziellen Bedingungen an anderen als den Standarderkennungssequenzen an die DNA zu binden und sie dort zu spalten.
+- Was bezeichnen wir mit dem Begriff <one>Klonierung</one>? Die Herstellung vielfacher, exakter Kopien eines bestimmten DNA-Segments, mittels spezieller Technologien und Vektoren.
+- Which enzyme can we use to <one>make nicks in RNA</one>? <one>RNase H</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ribonuclease_H
+- After a <one>heat-shock procedure</one>, the protocols often used require a time range of 60-90 minutes. Why? This time range is <one>giving the plasmids time</one> to become established and permit phenotypic expression of their traits.
+- Was ist die Idee in der Gentechnik hinter der <one>phage display technique</one>? Ein Protein wird an ein coatprotein eines Bacteriophagen fusioniert (an das Gen davon), und später dadurch an der Aussenseite des Phagen dargestellt.
+- Unterschied zwischen einem normalen <one>Deoxynucleotide</one> und einem <one>Dideoxynucleotide</one>? Dem Dideoxynucleotide fehlt die <one>3' OH Gruppe</one>.
+- What means <one>goat anti-rabbit</one>? Immunize a goat with rabbit antibodies.
+- What is <one>DNA Sequencing</one>? This refers to <one>the determination of the nucleotide sequence of DNA</one>.
+- Why the name <one>electrophoresis</one>? In electrophoresis, substances are <one>separated using an electric field</one>.
+- In der Gentechnik: was heisst <one>CN-PAGE</one>? <one>Colorless, native polyacrylamide gel electrophoresis</one>.
+- <one>DNA-SYBR Green</one> absorbiert Licht welcher Farbe und emittiert Licht welcher Farbe? (1) <one>Absorbiert blaues Licht</one>. (2) <one>Emittiert  grünes Licht</one>.
+- We can <one>reverse transcribe RNA</one>. Name two different ways how to initiate this. A: (1) either through oligo-dT (2) or through random hexamere primers
+- Was ist <one>targeted mutagenesis</one> in der Gentechnologie? Strukturinformation über ein Enzym wird ausgewählt, um eine kleine Zahl von AA zu mutieren. Multiple Mutationen in bzw um die Aktivitätszentrum sollen die Substratspezifität oder Regioselektivität verändern. Kleine Library/Anzahl - daher weniger Screening nötig. Aber: Kein Einbeziehen von möglichen positiven Mutationen, die vom aktiven Zentrum entfernt sind.
+- Das Temperaturoptimum von <one>Pyrococcus furiosus</one> liegt bei ... ? <one>100°C</one>.
+- Was ist der kritische Punkt bei der <one>Kettenabbruch-Methode</one>? Die <one>genaue Auftrennung der Syntheseprodukte</one>.
+- In gene technology: what is meant with the term <one>linkers</one>? Linkers are "self-complementary oligomers" that contain a recognition sequence for a particular restriction enzyme. For example, the sequence "5'-CCGAATTCGG-3'" would contain, in its dsDNA form, the recognition sequence for the restriction endonuclease "EcoRI", which is "GAATTC".
+- In der Gentechnik gibt es die Methode <one>directed evolution</one>. Was bezweckt man damit? Zufällige Mutationen im Gen des Zielproteins einführen.
+- Lange Bezeichnung für <one>DNAzyme</one>? <one>Desoxyribozyme</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribozyme
+- Nenne eine Methode Zellen zu zählen, die mit dem Buchstaben <one>H</one> beginnt. A: <one>Hämozytometer</one>.
+- In welchem Jahr wurde erstmals rekombinante DNA <one>erstellt</one>? Im Jahre <one>1973</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Rekombinante_DNA
+- Nenne einen <one>rot fluoreszierenden Farbstoff</one>. A: <one>Propidiumjodid</one>.
+- Bei der Proteinreinigung können wir <one>Polykationen</one> als Fällungsmittel verwenden. Nenne zwei Beispiele hierfür. A: (1) <one>Protamin</one> (2) <one>Streptomycin</one> (als Sulfat)
+- When DNA is isolated in the lab, what <one>physical vulnerability</one> may exist? DNA may be vulnerable to <one>shearing forces</one>.
+- <one>Micrococcal Nuclease</one> will typically cut eukaryotic DNA threads at ...? At <one>junctions between the nucleosomes</one>.
+- Was genau liefert uns eine <one>RACE</one>? Fehlende Sequenzen der cDNA, 5 Strich und 3 Strich werden erzeugt.
+- Wozu dient der <one>Ligation Assay</one>? Wir können eine Auskunft erhalten über Kontamination mit Phosphatasen und Exonukleasen, geliefert über die Menge an nicht religierbarem Fragmenten.
+- Welche <one>Farbe</one> hat der Komplex in der Biuret-Methode? <one>Blau-violett</one>.
+- What is <one>modENCODE</one>? Like the ENCODE project, but it focuses on <one>model organisms</one> primarily.
+- The first step in <one>Gateway cloning</one> is ... ? The <one>preparation of a Gateway Entry clone</one>.
+- In der Gentechnik: was heisst <one>Pfu exo minus</one>? Pfu hat keine Exonuklease-Aktivität. Kann man kommerziell erhalten.
+- Name 3 features that an <one>effective cloning vector</one> should include. A: (1) an origin of replication (2) selectable markers (3) one or more unique restriction sites
+- Name a technique with which we could <one>quantify the length of telomeres</one>. A: <one>Flow-FISH</one>.
+- What is a <one>leaky promoter</one>? A promoter whose product is made continuously in low levels even when it is shut down by a repressor.
+- Gibt es <one>Desoxyribozyme</one>? Ja - zumindest <one>künstlich erzeugte</one>.
+- Nenne ein <one>Expressionssystem</one> das in E. coli Verwendung findet. A: Das <one>pET-System</one>.
+- We may wish to remove proteins from a mixture. Proteins tend to stay in ... <one>which phase</one>? In the <one>phenol phase</one>. (Mnemonic: protein ... phenol ... <royalblue>p-p</royalblue>
+- Das <one>GST gene fusion system</one> wird wozu verwendet? Dieses System wird verwendet um Proteine zu reinigen und zu detektieren.
+- Nenne eine Einsatzmöglichkeit für <one>chemisch synthetisierte Oligonukleotide</one>. A: Als <one>Primer</one> (für die PCR).
+- How can we reveal <one>chromosomal territories</one>? Via <one>FISH</one>.
+- What means <one>star activity</one>? <one>Restriction enzymes</one> may begin cutting DNA at nucleotide sequences other than the exact recognition site.
+- Was heisst, übersetzt, <one>Tunel-Assay</one>? <one>Terminal transferase dUTP nick end labeling</one>.
+- Name a group of enzymes that <one>can degrade nucleic acids</one>, by breaking the phosphodiester bond that holds these nucleotides together. A: <one>Nucleases</one> can do so.
+- In general: how do we create <one>fusion proteins</one> in the lab? We link the two proteins together and then cleave them with a commercial available <one>protease</one>.
+- In <one>Northern Blotting</one>: how is the RNA transferred? Via <one>electrophoresis</one>.
+- Wozu dient im Labor die <one>Phenolextraktion</one>? Um aus einer Lösung die <one>Proteine zu entfernen</one>.
+- Name an antibiotic that is <one>toxic to eukaryotic cells</one> - but not to E. coli cells. A: The antibiotic <one>kanamycin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Kanamycin_A
+- In molecular biology and gene technology: what is meant with the expression <one>a coupled system</one>? This is, for example, <one>when transcription and translation in the same tube occur</one>.
+- Wieviele <one>Typ-II Restriktionsenzyme</one> sind zur Zeit (2019) mindestens bekannt? <one>2750</one>.
+- The read length of <one>Ion Torrent PGM</one> is ... ? About <one>200 bp - 400 bp</one>.
+- If we wish to <one>isolate eukaryotic mRNAs</one>, what technique may we employ? We can use <one>affinity chromatography</one> via "oligo(dT)-cellulose", which will bind to the poly(A) tails of eukaryotic mRNAs.
+- Was wird mit der wissenschaftlichen Strategie <one>descriptive strategy</one> in der Molekularbiologie gemeint? Das ganze System (Zellen oder der Organismus) wird beobachtet ohne das man ihn beeinflusst. Vorteil ist das der Zustand des Systems hierbei nicht verändert wird. Ein Nachteil ist aber das es schwierig ist Ursache-Wirkung herauszufinden.
+- Nenne <one>ein Nukleotid mit fluoreszierender Seitengruppe</one>. A: <one>2,4-Dinitrophenol</one>.
+- If we mark a protein with <one>six His-tags</one>, how can we then purify such a protein? By <one>nickel affinity chromatography</one>.
+- In one short sentence: what happens in <one>flow cytometry</one>? We measure the properties of cells in flow.
+- Was ist ein <one>Overdigestion Assay</one>? Die Substrat-DNA wird für <one>16 Stunden</one> mit unterschiedlichen Enzymmengen verdaut.
+- <one>Coomassie Brilliant</one> hat ein Absorptionsmaximum bei ...? Bei <one>595 nm</one>.
+- Nenne einen Vorteil des <one>pET-Proteinexpressionsystems</one>. A: Die rekombinanten Proteine werden erst nach Induktion exprimiert.
+- Warum funktioniert die <one>Biuret-Methode</one>? Proteine bestehen aus Aminosäuren. Aminosäuren verfügen über NH-Gruppen. Der Stickstoff dieser Gruppe hat ein freies Elektronenpaar, mit dessen Hilfe ein "Kupferion" komplexiert werden kann. Amminkomplexe von Kupfer(II)-Ionen haben eine blau-violette Farbe.
+- What are <one>isocaudomers</one>? These are restriction enzymes that produce the same nucleotide extensions, but have <one>different recognition sites</one>.
+- In <one>DNA extraction from plants</one>: which chemical may we use to break up the cell content? <one>Mercaptoethanol</one>.
+- When a technique says <one>rRNA depletion</one>, what does it mean? That <one>rRNA will be selectively removed in the process</one>.
+- The peptide array <one>SunTag</one> can recruit multiple copies of ... ? A: An <one>antibody-fusion protein</one>.
+- When was <one>Sanger Sequencing</one> established? In the year <one>1977</one>.
+- In der Gentechnik, bei der Proteinreinigung: wieso sollten wir den <one>Kontakt mit Metall</one> vermeiden? Metallische Oberflächen können <one>Schwermetallionen</one> an die Lösung abgeben.
+- Wie lange leuchtet <one>Luminol</one> in etwa? Etwa <one>30 Sekunden</one> lang.
+- Welchen Vorteil hat <one>PEG</one> (Polyethylengylcol)? Es ist <one>vollständig wasserlöslich</one>.
+- What limits <one>genome sequencing</one>? Cloning, or more accurately, <one>the length of the individual reads</one>.
+- How is the <one>rolling-circle replication</one> initiated? By a break in one of the nucleotide strands, thus creating a 3-prime-OH group and a <one>5' phosphate group</one>.
+- Was sind <one>Nukleasen</one>? Dies sind Enzyme, die die <one>Phosphodiesterbindungen</one> zwischen den Nukleotiden abbauen können.
+- Nenne eine einfache Methode, wie wir Proteine nach ihrer Größe auftrennen können. A: Mittels <one>Gelfiltrationschromatographie</one>.
+- Nenne eine einfache Methode, wie wir Proteine unterschiedlicher Ladung auftrennen können. A: Mittels <one>Ionenaustauschchromatographie</one>.
+- What is the general idea behind <one>display protocols</one>? They are designed to identify both the gene and the encoded protein.
+- Optimal temperature for the <one>Taq polymerase</one>? About (or a bit less) than <one>80°C</one>.
+- Wie nennt man einzelsträngige, vorwiegend DNA-basierte Oligonukleotide, die die <one>RNase H</one> aktivieren? <one>Antisense</one>.
+- In einer <one>RFLP Analyse</one>: welche zwei Möglichkeiten gibt es diese durchzuführen? (1) mittels <one>Southern blotting</one> (2) mittels <one>PCR</one>
+- The <one>His-tag</one>, aka polyhistidine, binds strongly to divalent metal ions. Name two such metals as examples. A: (1) <one>nickel</one> (2) <one>cobalt</one>
+- Name the three general, major steps in gene cloning. A: (1) cut genomic DNA with restriction enzyme (2) add vector cut with the same restriction enzyme (3) add DNA ligase to form recombinant molecules
+- Welche 4 Strategien wurden angewandt um den genetischen Code zu entschlüsseln? (1) RNA Homopolymere + in vitro Translationssystem (2) RNA Heteropolymere (3) Triplettbindungsversuche (triplet binding assays) (4) RNA Polymere mit di-, tri-, and Tetranukleotid Repeats
+- Man kann Proteine aussalzen lassen. Wieso funktioniert das? Dieser Effekt beruht auf der Konkurrenz von Protein und Salz um die solvatisierenden Wasser-Moleküle. Bei hoher Ionenkonzentration stehen nicht mehr genügend Wasser-Moleküle zur Solvatisierung der Proteine zur Verfügung, die Wechselwirkungen zwischen den Proteinen werden stärker als die Interaktion mit dem Lösungsmittel, die Proteine aggregieren und fallen dadurch aus.
+- Was erlaubt die Herstellung von Protoplasten? Die Fusionierung von Zellen unterschiedlicher Arten.