studium 0.13.1

data/lib/studium/exam_topics/technische_mikrobiologie

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+# === Technische Mikrobiologie
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+# mikrobio?. MO tag. Mikrobio tag. Mikro tag. Inkludiert NICHT
+# Micro tag. Mikrobiologie TU Wien.
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+# Ist mehr auf die TU-Wien zugeschnitten, der Rest kommt zur Witte.
+# Bodenmikrobiologie ist in einer separaten Kategorie gesammelt. 
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+# Also includes VetmedUni. Tuwien Mikro Tag. Tuwien Microbiology.
+# Auch ein bisserl Pilz-mässiges.
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+- Give another name for the <one>Pasteur effect</one>. A: The <one>anaerobic growth of organisms</one>.
+- Is <one>Lignin</one> abundant? Yes. Lignin is the most abundant source of carbon in the soil after <two>cellulose</two>.
+- Does <one>lignin</one> absorb UV (ultraviolet) radiation? Yes it does.
+- Nenne zwei Orte wo man heute moderne <one>Stromatolites</one> finden kann? A: (1) Hypersaline lakes und (2) Marine lagoons.
+- If an E. coli is grown on a glucose based medium, only about 30 maltose-receptors/cell exist. How many maltose-receptors can we see if E. coli is growing exclusively on maltose? About "6000/cell".
+- Wer ist für die Virulenz von "gram-Agrobacterium" verantwortlich? Das "Ti-Plasmid".
+- Wie kann ich die Nitrogenfixation von Bakterien erhöhen? Durch "Zugabe von Molybdenum".
+- Sind Mikroorganismen in der "exponentiellen Wachstumsphase" robuster oder weniger robust als e. g. Mikroorganismen in der "stationären Phase"? Mikroorganismen in der exponentiellen Wachstumsphase sind anfälliger gegenüber "antimikrobiellen Substanzen" und "Hitze".
+- Nenne ein Beispiel für einen "antropogen geschaffenen Lebensraum" für Mikroorganismen. A: Kläranlagen.
+- Kommt "N-Actylglucosamin" in der Chitinzellwand der Pilze vor? Nein.
+- Vergleiche kurz Bakterielle mit Archaeal Lipids. A: (1) Bacteria LIPIDS: ester bonding + fatty acids (2) Archaeal LIPIDS: ether bonding + (bi)phytanyl chains
+- Hauptanteil von Biogas, in Prozent? Methan, mit 60% Anteil durchschnittlich.
+- Bei Symbiosis, welche 2 Partner kann man unterscheiden? Den "Host" und den "Symbiont".
+- Nenne vier Bakteria Types die wood decay verursachen. A: (1) Erosion bacteria (2) Tunelling bacteria (3) Bacteria in symbiosis with fungi (4) Actinomycetes ( "fungi-like" bacteria)
+- Which group of bacteria make Aminoglycosides? The "Streptomyces group".
+- Gib ein konkretes Beispiel für Mutualismus. A: Bakterien im Magen von Wiederkäuern; sie verdauen Zellulose und erhalten so Nährstoffe.
+- Bei der Exxon Valdez Katastrophe wurden welche Bakterienstämme eingesetzt? Pseudomonas.
+- How is atmospheric CO2 measured? By infrared absorption spectroscopy.
+- Give 2 examples for bacteria that use the Entner-Doudoroff pathway. A: (1) Zymomonas (2) Pseudomonas
+- What is "methane hydrate"? Molecules of frozen methane.
+- Name the 2 major compounds of the C cycle. A: (1) CO3 (2) CH4.
+- Kohlenstoffquelle bei autotrophen Mikroorganismen? CO2.
+- Heterotrophe Organismen verwenden welche C-Quelle? Organische Kohlenstoffverbindungen.
+- Nenne ein Beispiel für einen filamentösen Pilz. A: Aspergillus chevalieri
+- Nenne alphabetisch 4 wichtige Taxien bei Bakterien. A: (1) Aerotaxis (2) Chemotaxis (3) Magnetotaxis (4) Phototaxis
+- Wo finden wir "Volutinkörner"? Dieser Polyphosphate kann in "Spirillum volutans" gefunden werden.
+- Mittels Antibiotika können wir eine "medizinische Achillesferse" bei Bakterien ausnützen. Verwenden wir Penicilline oder Cephalosporine so sehen wir was genau in der Morphologie bei Bakterien? Sie bilden sogenannte "L-Formen" aus, L ... steht für large.
+- Nenne ein Bakterium das eine "gekrümmte Stäbchenform" aufweist. A: Vibrio cholerae
+- Nenne 1 Vertreter der "Kurzstäbchen". A: E. coli.
+- Überträger von Phytoplasmen? Zikaden.
+- Was sind "Phytoplasmen"? Phytoplasmen sind zellwandfreie Bakterien, die als obligate Parasiten im pflanzlichen Phloem (Bast) wachsen.
+- Was wird bei der "Denitrifikation" produziert? N2.
+- Which bacteria group does perform the "Anammox" process? Brocadia.
+- What means "potable water"? This is water that is safe for human consumption.
+- Which microorganisms show extreme cases of gene loss? Parasites.
+- Why may some bacteria produce the substance "diglycerol phosphate"? To help stabilize proteins against thermal degradation.
+- Welche Bakterien sind am wichtigsten als Nitrifizierer in Kläranlagen? Nitrospira.
+- Nenne eine Limitierung von DGGE/TGGE. A: Begrenzte maximale Zahl (ca. 50) an Banden, die aufgetrennt werden können.
+- Nenne eine moderne Technik, mit derer Hilfe wir die Darm-Mikrobiota analysieren können. A: Mittels der 454 Pyrosequenzierung.
+- The method "quantitative fluorescence in situ hybridization" has a high or low throughput? It has a low throughput.
+- What means "PCR drift" in regards to a PCR bias? This means that there is stochastic variation in the early cycles of the PCR reaction.
+- Bei einer DNA-Extraktion aus einer Umweltprobe kann es zu Problemen kommen. Nenne eine Substanz aus dem Boden, die PCR-inhibierend wirken kann. A: Huminsäuren.
+- Nenne einen gravierenden Nachteil der "enrichtment culture technology". A: Es existiert ein "bias", der sogenannte "enrichment bias". Die Organismen, die sehr schnell wachsen und folglich dominieren, dominieren nicht immer auch in der realen Umgebung.
+- A. W. für "Reinkultur" von Mikroorganismen? Axenische Kultur.
+- Was meinen wir mit "axenisch"? Dies sind Bedingungen, zum Beispiel der Kultivierung, ohne die Anwesenheit eines anderen Organismus. 
+- Was ist eine "Taxospezies"? Dies ist eine Spezies, die durch numerische Taxonomie definiert wurde.
+- Wie nannte Antonie van Leeuwenhoek die Bakterien? animalcules.
+- Why is the crescent-shaped Bacterium "Pelagibacter ubique" so interesting? This gram-negative bacterium is one of the smallest self-replicating cells known.
+- Nenne 3 Absetzprobleme des Belebtschlamms. A: (1) Pin-Point Flocken (2) Blähschlamm (3) Schaum (aka "foaming")
+- Welche 3 grundsätzlichen Strategien verwenden wir zur Reinigung unerwünschter Abwasserbestandteile? (1) mechanisch aka "physikalisch" (2) biologisch (3) chemisch
+- Was ist ein "Sapromat"? Dies ist ein Gerät zur automatischen Bestimmung des biochemischen Sauerstoffbedarfs.
+- Nenne eine Substanz, mit der wir die Nitrifikation im Abwasser hemmen können. A: Allylthioharnstoff.
+- Beim BSB5 wird der O2-Verbrauch durch mikrobielle Stoffwechselprozesse in 5 Tagen gemessen. Bei welcher Temperatur? Bei 20°C.
+- What is the goal of "microbial ecology"? Microbial ecology is concerned with the relationships between microorganisms and the components of their living and nonliving habitats.
+- Name the three main types of fruiting bodies. A: (1) apothecium (2) cleistothecium (3) perithecium
+- What is a "hyperthermophile"? This is an organism that thrives in extremely hot environments, from 60 °C upwards. 
+- Welche 6 Phasen beim Wachstum von Mikroorganismen? lag / accel / log / transition / stationary / death.
+- Why do bacteria store substances in insoluble form? Because it reduces "osmotic stress" as compared to the soluble form.
+- Who are the "earths greatest chemists"? Microorganisms.
+- Is the sulfur cycle simpler than the nitrogen cycle? No, it is more complicated.
+- Nitrification needs which two groups of bacteria? (1) Nitrosobacteria (2) Nitrobacteria
+- "Marine snow" develops how? Dead organic particles escape the photic zones and fall into the depth of the ocean.
+- What is "amensalism"? This is a unidirectional adverse effect by the release of a specific compound, e. g. Antibiotics release.
+- What is the single most important contribution of CO2 to the atmosphere? Microbial decomposition of dead organic material.
+- Legume go in symbiosis with ...? nitrogen-fixing bacteria
+- Mention a symbiosis for chemolitotrophic bacteria. A: With tubeworms.
+- Microbial interactions can be of which types? (1) Mutualism ( 2) Cooperation (3) Commensalism
+- In microbial ecology, what does the term "P-D-OM" mean? particulate and dissolved organic matter.
+- Schlagwort für "tertiary consumers" im Ozean? "fish that eat fish".
+- When does competition arise? When different organisms try to acquire the same resource, e. g. limiting nutrients.
+- Who in 1934 described the "competitive exclusion principle"? E. F. Gauss.
+- When was the "human microbiome project" launched? In 2007.
+- How do we call algae-fungi symbiosis? Lichens.
+- A. W. for "Symbiosis between 2 different microbes"? Syntrophic relationship.
+- Which components of the PTS-system are nonspecific? Hp3 and Enzyme I.
+- Wer etablierte das Reich der "Protista"? Ernst Haeckel.
+- What is a "differential stain"? One that stains one kind of cell but not another.
+- What is the parent structure of hydrophobic side chains of archaeal lipids? Isoprene.
+- Archaea uses what strategy in their membranes to deal with hot temperature? They use biphytanyl chains.
+- Name the major difference in the membranes between Archaea and Eukarya. A: Bacteria lipids have ester bonds, Archaea lipids have ether bonds.
+- Epulopiscium fishelsoni reside where? In the gut of the surgeonfish.
+- What means "diplococci"? Two bacteria remain together.
+- What can protists that are eaten by shellfish cause in the latter? Paralytic poisoning.
+- The "potato blight disease" is caused by ...? Phytophthora infestans.
+- Why the name "dinoflagellates"? Because they usually have "two flagella".
+- What is "Euglena gracilis"? A protist.
+- Bei den Euglenoids, wie nennen wir den "pigmented eyespot" noch? Stigma.
+- Are Protists always unicellular? Not necessarily - sometimes they are colonial.
+- Which proteins are likely involved in "mycoparasitism"? Ankyrins.
+- Define "Mycoparasitism". A: This is a lifestyle where one fungus is parasitic on another fungus.
+- Among the Trichoderma, who has the smallest and who has the largest genome? Trichoderma reesei has the smallest genome, Trichoderma harzianum has the largest genome.
+- Unterscheide "teleomorph" und "anamorph". A: teleomorph: sexual stage, anamorph: asexual stage
+- Andere, englische Bezeichnung für "Trichoderma"? The green mold.
+- For Biotech, why do we appreciate "Trichoderma reesei"? It can secrete cellulases.
+- Microbial ecologists are employing microorganisms in bioremediation. Why? This to reduce pollution.
+- Name two examples for an anionic dye. A: (1) eosin (2) picric acid
+- What is "refraction" in microscopy? Refraction is the bending of light as it passes from one medium to another of different density.
+- In Microbiolgoy, whats is "transmission"? Transmission refers to the passage of light through an object.
+- Where can we find a "Bullers drop"? In basidiomycetes. Their basidiospores are ballistospores, which are forcibly discharged. The Bullers drop is a droplet of fluid that accumulates at the proximal tip of each basidiospore.
+- The "Black Death" epidemic was caused by ...? By the bubonic plaque.
+- The firstinvention of the microscope was done by ...? Anton van Leeuwenhoek (the Netherlands)
+- Name 3 general ways how organisms obtain C from other organisms. A: (1) grazing (2) predation (3) decomposition
+- Name a dangerous substance produced by Fungi. A: The carcinogenic aflatoxins.
+- Are Fungi dangerous to humans? Yes, especially for those who underwent transplant surgery, e. g. immunocompromised and immunosuppressed patients. Fungal diseases have become commonplace as a consequence.
+- Do animals have chitin? Yes, in insect exoskeletons.
+- Fungi are monophyletic? No. Fungi are polyphyletic.
+- Name <one>three functions of lignocellulose</one> in plants. A: (1) Provides cell wall stiffness and rigidity against the forces of gravity. (2) Prevents swelling and seals water conducting system in the plant (3) Protects against microbial attack
+- Nenne "fungi-like Bacteria". A: Actinomycetes.
+- Wie nennt man die "bakterielle Zellteilung" auf englisch? Binary fission.
+- O3 (Ozon) absorbiert UV welcher Wellenlänge? A: Bis zu 300nm.
+- What is a so called "appressorium"? An appressorium is a specialized cell typical of many fungal plant pathogens that is used to infect host plants.
+- A. W. für "Trichoderma"? Green Mold.
+- What is the model organism for industrial cellulase production? Trichoderma reesei.
+- Das Trichoderma genus umfasst wieviele Species? 89.
+- A. W. für "Myxobakterien"? Schleimbakterien.
+- Name 1 Bacterium that served as a model organism for studies of respiration. A: Paracoccus denitrificans.
+- Bei mikrobieller Ökologie gibt es in-situ biogeochemical Approaches um die Aktivitäten von Bakterien zu messen. Dabei kommen "chemical assays" zur Anwendung. Nenne vier Prinzipien von ihnen. A: (1) Radioisotopes, (2) Stable isotopes, (3) Fluorescence based, (4) chemo-luminiscence based.
+- Bei Biodegradation of Lignin, was heisst CBM? Cellulose binding domain.
+- What is "Microbial source Tracking"? Das ist die molekularbiologische Identifikation der Verursacher einer fäkalen Kontamination in Wasser/Gewässer.
+- Bei Fusarien, was heisst QTL? Quantitative Trait Locus.
+- Nenne 2 Probleme durch Fusarien in der Landwirtschaft bzw. Lebensmittelindustrie. A: (1) Mykotoxine (2) Ertragseinbussen - bis zu 50% weniger Gewicht
+- Was ist im Zentrum eines Rieske-type clusters? [2Fe-2S].
+- "Enzyme repression" typically affects which kind of enzymes? Biosynthetic enzymes (in other words, anabolism).
+- Es gibt Mykotoxine, die Lebensmittel kontaminieren können. Unterscheide hier zwischen "Primärkontamination" und "Sekundärkontamination". A: Primärkontamination bedeutet das das Getreide bereits auf dem Feld von Schimmelpilzen befallen wurde, z. B. Mutterkorn auf Weizen. Sekundärkontamination bedeutet das lagernde Lebensmittel verschimmeln, z. Bsp. Aspergillus.
+- Häufigstes Mykotoxin von Fusarium? Deoxynivalenol.
+- Give an example of when bacteria could divide asymmetrically. A: During Sporulation.
+- What are "Hydrophobins"? These are a group of small, roughly ~100 amino acids, cysteine-rich proteins that are expressed only by filamentous fungi. They are known for their ability to form a hydrophobic (= "water-repellent") coating on the surface of an object. 
+- Manche Schimmelpilze bilden das Enzym ... das durch Polyphenol-Oxidation zu einer unerwünschten Bräunung der Säfte führen kann? Das Enzym Laccase.
+- Nenne 3 Wirkmechanismen des Mykoparasiten Trichoderma. A: (1) Bildung spezieller Infektionsstrukturen ("attachment + coiling") (2) Ausscheidung Zellwand-lytischer Enzyme, den CWDEs, z.Bsp. Chitinasen oder Proteasen (3) Produktion "antagonistischer Metabolite" wie Peptaibole oder VOCs
+- Nenne 2 wichtige Wege in der Mycotoxin-Biosynthese. A: (1) MAPK cascade (2) cAMP Signalweg
+- Was ist das "Appressorium"? Dies ist die an der Spitze der Keimschläuche mancher Pilzen befindliche Haftscheibe. Sie dient dazu, sich an pflanzlichen Oberflächen anheften zu können.
+- In der Mikrobiologie bezüglich Pilze, was ist "IPM" und wieso brauchen wir das? IPM ist "Integrated Pest Management". Damit können wir Phytopathogene bekämpfen. Es handelt sich hierbei um eine Strategie, die Kosten zu reduzieren und den Schaden an Mensch und Umwelt zu minimieren.
+- Welcher Pilz ist bei Biopestiziden am wichtigsten? Trichoderma spp, mit 60% Anteil.
+- In der Mikrobiologie, was sind die CWDE Enzymes? Cell wall degrading enzymes.
+- Was sind die "Schichtpilze" (Stereum)? Dies ist eine Gattung von Pilzen, deren Fruchtkörper auf Holz wächst.
+- Trichoderma spp. sind Schimmelpilze und leben oft vergesellschaftet mit Pflanzenwurzeln. Sie werden auch mitunter im biologischen Pflanzenschutz eingesetzt. Welche 2 Eigenschaften ragen hier hervor? (1) sie können die Resistenz der Pflanze gegenüber Pilzkrankheiten erhöhen (2) sie können als Mykoparasiten wirken, also andere, pflanzenschädigende Pilze direkt befallen und dadurch unschädlich machen 
+- In der Mikrobiologie, was sind die sogenannten "Antagonisten"? Dies sind biologische Schädlingsbekämpfungsmittel.
+- Was sind "Fungizide"? Dies sind chemische oder biologische Wirkstoffe, die Pilze oder ihre Sporen abtöten können bzw. deren Wachstum verhindern.
+- Warum sind Mykotoxine ein Problem für den Menschen? Sie können krebserregend sein.
+- Wieviel Prozent aller Pflanzenkrankheiten werden durch Pilze verursacht? 80%.
+- What means "teleomorph"? The sexual reproductive stage (morph) of some Fungi, typically a fruiting body.
+- Very briefly describe a diagnostic test available for "equine infectious anemia". A: The "Coggins test", which is an agar immunodiffusion test, developed in the 1970s.
+- Penicillin stört welches Enzym? Glycopeptid-Transpeptidase.
+- Was ist die "Lysotypie"? Dies ist die Verwendung von Bakteriophagen aufgrund ihrer Wirtsspezifität zur Bestimmung von bakteriellen Erregern.
+- In Methylene Blue staining, how do we fix cells to the slide? We add a drop of methanol.
+- Was hat ein Ascus in seinem Inneren? 4 haploide Ascospores.
+- Ist Mutualism (eine Form der Symbiose) nur positiv? Nein, denn wenn der Wirt stirbt, stirbt oft auch der Symbiont.
+- Symbiotic interactions can be permanent, and ... (two other possibilities)? Intermittent and Cyclic. 
+- Name some applications of phages. A: (1) Antibacterial Therapy for Antibiotic resistant strains (2) Studies on viral replication, i.e. Transduction and typing and also typing of Bacterias, because different strains can be ifferentiated by sensitivity to sets of phages (3) Treatment of ready-to-eat food products to remove pathogens, Listeria monocytogenes E coli O157
+- Was ist "Beauveria bassiana"? A parasite on various arthropod species (can grow within ants).
+- Von E. coli ausgehend, wie kann ich Mutationen zufällig in Plasmide und Phagen einfügen? Mittels mut D Mutante.
+- Sapstain fungi gehören zu welcher Gruppe? Ascomycota.
+- Nenne einen Unterschied zwischen Membranen von Pilzen und Zellwänden von Tieren? Pilze haben Ergosterol, Tiere hingegen Cholesterol, in der Zellwand.
+- Was ist die Rotfäule? Ein Pilz der die Hemicellulose abbaut. Nur Lignin bleibt übrig.
+- Nenne 2 obligate Zellparasiten die mit R. bzw. C beginnen. A: (1) Rickettsia (2) Chlamydia)
+- Nenne 1 MO der mit dem Schlagwort "mikrobielle Laugung" verbunden ist. A: Thiobacillus.
+- Was machen Carboxysomes? Diese polyedrischen Gebilde fixieren CO2.
+- Nenne four basic types of microbial interactions. A: Mutualism, Cooperation, Commensalism, Predation.
+- In wood-decay, what is the catalytic center of peroxidases (LiP, MnP, HRP)? Heme, Fe(III) protoporphyrin IX.
+- Nenne 3 measures of Biodiversity. A: (a) Abundance: number of organisms per volume/area, (b) Richness: number of different species or OTU* per volume/area (c) Diversity: both abundance & richness is taken into account.
+- Wozu mag Montmorillonite Clay dienen? A: Er hilft bei der Katalyse von Lipid Vesicle, die aus myristic acid bestehen. In ihrem inneren findet man RNA Oligonucleotide.
+- Was sind "Schutzkulturen"? Das sind MOs die eine Besiedelung des Nahrungsmittels durch pathogene MOs verhindern.
+- Tan areas have a simultaneous white rot. What can be seen inside these Areas? In the tan areas large degraded zones form and these holes fill with white mycelium of the fungus.
+- Nenne den wichtigsten Unterschied zwischen Membranlipiden in Archaea und Bacteria. A: Archaea haben Kohlenwasserstoffe die sich von Isopren-Einheiten ableiten.
+- Nenne je 1 Induktor und Inhibitor der Nod-Genexpression. A: Inhibitor: Senistein, Induktor: Luteolin.
+- Aufgabe von Fts Z? Bildet den Z Ring. This helps maintain the cell shape.
+- Die Wurzelknöllchen (Nodules) haben drei wichtige Strukturen in Rhizobium bacteroids. Welche drei? (1) Nodule Apex (2) Central nitrogenfixing zone (3) Nodule cortex
+- Was sind die Cytochrome? Porphyrine, die in der Mitte Eisen haben.
+- Die Hydrocarbons in Archaea sind wie an Glycerol verknüpft? Mittels "Ether Links" anstatt "Ester Links".
+- Wann wurde das "competitive exclusion principle" aufgestellt? 1934.
+- Der enzymatische Abbau von Holz ist einfach zu verstehen, im Gegensatz zum nicht-enzymatischen Abbau. Nenne drei Möglichkeiten wie Holz abgebaut werden kann (ohne Enzyme). A: Hydroxyl radicals, Redox mediators und Lipid peroxidation.
+- Bei Mold Funig, wer sind die "Biocontrol fungi"? Trichoderma.
+- Why are fundamental niches small? Due to competition which reduces the niche.
+- Nenne einen wichtigen Index in der mikrobiellen Ökologie. A: Den Shannon-Weaver Index.
+- Definiere peritrichous cell. A: Flagella which are randomly distributed around the cell.
+- Different microorganisms cause different decay types. Who causes White-rot, Brown-rot and Soft-rot? rown-rot: Basidiomycota, Soft-rot: Ascomycota, White-rot: Basidiomycota.
+- Which Fungi are the most efficient ligninocellose degrading microbes in nature? Basidiomycetes.
+- Beim decay von Cellulose gibt es soft-rot, und white-rot / brown-rot, die von unterschiedlichen Familien durchgeführt werden. Welchen? soft-rot von Ascomycetes, die anderen beiden rots von Basidiomycetes.- Nenne 4 Möglichkeiten wie Geisseln angeordnet sein können. A: Peritrich, Polar, Lophotrich, Amphitrich (je eine Geißel an jedem Pol des Bakteriums).
+- 1 Beispiel für einen MO der den Entner-Doudoroff Weg (alternative Gärung) verwendet. A: Zymomonas mobilis.
+- Welche Bakterien verwenden vor allem den Entner-Doudoroff-Weg? Pseudomonas.
+- Nenne ein Charakteristikum bei simultaneous white-rot. A: No protein penetration into the degraded wood cell walls.
+- Nenne zwei Zellen die man in Softwood tracheids finden kann. A: Pits and Ray cells.
+- Bei fungal soft-rot wood decay, was kommt praktisch immer vor dem L-Branching? Das T-Branching.
+- Dihydroxyaceton wird von Acetobacter produziert. Aus welcher Substanz? Glycerin.
+- Was essen hungernde Phototrophs? Phycobilisome.
+- Im Soft Wood bei den Tracheids, nenne 5 Cell Wall Layers. A: P, S1, S2, S3, ML.
+- Welche morphologische Besonderheit hat Anabaena azollae und wieso? Schnurfaden. Versorgt den Farn mit Stickstoff.
+- Welces Protein bindet an NifL? NifA.
+- Lignocellulose besteht aus welchen vier Komponenten? Lignin, Cellulose, Glucomannan, Xylan (Anmerkung: Mannan und Xylan machen die Hemicellulose aus).
+- Unterschiede Denitrification von Nitrification. A: Denitrification: Nitrate und Nitrite zu N2, Nitrification: NH4+ zu Nitrate und Nitrite.
+- Zwei Gruppen strikt anaerober Prokaryoten können CO2 als Elektronenakzeptor verwenden. Welche? (1) Methanogene (2) Homoacetogene.
+- Elektronendonor bei den Homoactogenen? H2.
+- Der Infektionsschlauch der Nod-Faktoren besteht aus? Cellulose.
+- Magnetosome bestehen aus welcher chemischen Verbindung (Formel)? Fe3O4.
+- Die neuesten "Kochschen Postulate" fokussieren worauf? Auf virulence Genes.
+- Life cycle of Allomyces? Alternates between haploid (n) and diploid (2n) Generations.
+- Was bauen Weissfäulepilze ab? Hemicellulose und Lignin.
+- Was bauen Braunfäulepilze ab? Hemicellulose und Cellulose.
+- Methanotrophe Symbiose mit welchem Organismus? Miesmuscheln.
+- Rhicadhesin bindet was? Calcium.
+- Was für ein Milieu bevorzugen Pilze? Ein leicht saures Milieu.
+- Das wichtigste Protein in Wurzelknöllchen? Das O2-bindende protein Leghämoglobin.
+- Was sind "true fungis"? Chytrids.
+- Nenne 2 Bakteriengruppen die eine begrenzten Anteil an dem Ligninabbau haben. A: Actinomyceten und Streptomyceten.
+- Welche primäre Strategie verwenden Pilze um Holz abzubauen? Sie dringen mit Mycelfäden in das Holz ein. Sie schaffen so eine grössere Oberfläche.
+- Nenne einen Weissfäulepilz. A: Phanerochaete chrysosporium.
+- Hemicellulose ist ein Sammelbegriff für? Alkalilöscliche Polysaccharide der sekundären Pflanzenwand.
+- Rhicadhesin benötigt was? Calcium.
+- Wichtigste Methanolquelle in der Natur? Pectine.
+- 1 Beispiel für einen Braunfäulepilz. A: Der Hausschwamm.
+- Lignin ist eng mit Cellulose und Hemicelulose der sekundären Pflanzenzellen verknüpft. A. W.? Inkrustiert-> Lignocellulose.
+- Welche Gene produziere nod factors? nod ABC Gene.
+- Nenne in KURZFORM die stages in der root-nodule Formation. A: (1) Attachment (2) Nod-factor excretion (3) Invasion (4) Traveling (5) Bacteroids-formation (6) Nodule formation.
+- Corynebakterien und Nocardia haben warum eine wasserabstossende Oberfläche? Diese prädestiniert sie für den Abbau von lipohilen Stoffen.
+- Was sind "Symbiosome"? Bacteroids die über Pflanzenzellmembranen umhüllt werden.
+- In welchem Cyanobakterium mag ich Heterocysts finden? In Anabaena spiroides.
+- Was bewirkt das NDM1-Enzym? Dies macht ein Bakterium gegenüber einigen Beta-Lactam Antibiotika, insbesondere Antibiotika der Carbapenem Familie, widerstandsfähiger.
+- Nitrogen-fixing nodules können wie detektiert werden? Acetylene Reduction to ethylene.
+- Nenne einen Hydrogen-oxidizing Organism. A: Cupriavidus necator (formerly known as Ralstonia eutropha).
+- Das Intermediate Hydrazine ist toxisch für Anammox-Bakterien. Wie wird dieses Problem gelöst? Diese Bakterien enthalten eine hydrazinecontaining, intracellular Organelle (=Anammoxosome), die von einer kompakten ladderane Lipid-Membrane umschlossen wird.
+- Was heisst Anammox? Anaerobic ammonia oxidation.
+- Ladderan consists of ...? Of two or more fused rings of Cyclobutane.
+- Der Abbau von Lignin benötigt welches Element? O.
+- The active site of Molybdoenzymes is? A Mo-ion that is bound to four thiolates of two pterin-molecules.
+- Welches Enzym synthetisiert optisch aktive Cyanhydrine? Hydroxynitrillyase.
+- Welche zwei Möglichkeiten gibt es für Kohlenhydrate in Glykoproteinen gebunden zu sein? (1) N-Glykosidische Bindung über Asparagin, (2) O-glykosidische Bindung über Serin oder Threonin.
+- Prokaryotic nitrate reductases kann man in welche 3 Gruppen einteilen? (1) Assimilatory nitrate reductases (Nas), (2) Respiratory nitrate reductase (Nar), (3) Periplasmic nitrate reductases (Nap).
+- Prokaryotic nitrate reductases are what kind of Enzymes? Molybdoenzymes.
+- Bei Methanogens produzieren Microorganismen Methane. Die zwei bestuntersuchtesten Pathways verwenden was als terminal electron aceptors? Carbon dioxide und acetic acid.
+- Nenne 5 Microorganismen die Stickstoff fixieren. A: Diazotrophs, Cyanobacteria, Azotobacteraceae, Rhizobia, Frankia.
+- Human Zygomycoses ist eine schlimme Krankheit. Welcher Pilz löst sie aus? Phylum Glomeromycota.
+- Nenne eine morphologische Änderung die Rhizobien durchmachen können. A: Sie verlieren ihre Zellwand.
+- Bei Fungi und der Germination der resting spore, wie wird das calcium spiking ausgelöst? Durch die Aktivierung des SYM Pathway.
+- Wo findet man die Glomeromycota? These fungi are found growing within the roots of the vast majority of plants, and yet they can not be grown independently, in the absence of a plant.
+- Im nif-Gencluster, nenne einen Antagonisten zu NifA. A: Nif-L.
+- Wo findet man die nod-Genes? Auf den Sym-Plasmids.
+- Classic example of a sulfuroxidizing bacterium? Beggiatoa.
+- Was heisst AM fungi? Arbuscular mycorrhizal (AM) fungi.
+- Aufgabe von Leghämoglobin? Es fungiert als Sauerstoffpuffer, der zwischen der oxidierten Fe3+ und der reduzierten Fe2+ Form wandert, und so die freie O2-Konzentration auf 1 konstant niedriges Niveau hält.
+- Nenne die three main types of fruiting bodies in Fungi. A: Apothecium, Cleistothecium und Perithecium.
+- Wie viele "Fungi-Species" (Pilze) gibt es (Stand: 2008)? 100.000
+- Im Sulfur cycle, in welcher Form findet man den meisten Sulfur? In Form von Gypsum (CaSO4) oder Pyrit (FeS2).
+- Was besagt das Konzept der ökologischen Hauptnische? Jeder MO hat eine Nische in der er optimal leben kann. In anderen nischen kann der MO nur suboptimal leben, also ökologisch gesehen weniger erfolgreich.
+- Das Enzym Hydrogenase kann H2 aufnehmen. Nenne 1 Organismus hierzu. A: Bradyrhizobium japonicum.
+- Haemophilus influenzae hat n Gene? 1700.
+- Nenne 1 wichtiges Adhäsionsprotein auf der Oberfläche von Rhizobien. A: Rhicadhesin.
+- Nenne 1 natürlichen Nitrat-Indikator im Abwasser. Wie kann uns dieser MO hier genau helfen? Das Rippentierchen Aspidisca costata. Die Höhe seiner 6 Rippen hängt vom Nitratgehalt ab.
+- Was heisst MRSA? Methicillin Resistant Staphylococcus aureus.
+- Agar solidifies at which temperature? 43 ° C.
+- Für den Menschen, wann sind Fungi eine erhöhte Gefahr? Bei AIDS oder bei Transplantations-Chirurgie, also vor allem in immunosupprimierten Patienten.
+- Der most likely common ancestor von Fungal und Animal Kingdom ist? Ein protozoan der Gruppe Choanoflagellates.
+- Haemophilus influenzae hat n Nukleotide? 1.830.137 bp.
+- Warum sind die Methanbildner so sauerstoffempfindlich? Ihnen fehlt das Enzym Katalase. Bei O2 Aufnahme reichert sich so H2O2 an und zerstört die Zellstrukturen.
+- Photolithoautotrophs verwenden welchen Komplex zur Energiegewinnung? Den Fenna-Matthews-Olson complex.
+- Bakterien die von den Medien oft als "superbugs" genannt werden sind anfällig gegenüber welchen Antibiotika? Polymyxins und Tigecycline.
+- Smallest bacterial genome known? In the endosymbiont Carsonella ruddi, with only 160 kbp.
+- Was für eine "Turbine" gibt es bei Flagellen? Eine Proton-Turbine.
+- Nenne ein Schlüsselenzym des Acetyl-CoA-Weg. A: Kohlenmonoxid-CO-Dehydrogenase.
+- Diplotene in Bakterien ähnelt welcher Struktur? Cholesterol.
+- Nitrification benötigt welche zwei verschiedenen bakteriellen Gruppen? (1) Nitrosobacteria und (2) Nitrobacteria.
+- Nenne 2 Antibiotika die gegen bakterielle Zellwände wirken. A: Penicillins und Cephalosporins.
+- Beim Motorprotein der Flagellen, wie viele Ringe findet man dort, und wo findet man diese Mot-Proteins? Es gibt hier vier Ringe: L, P, MS und C, und man findet sie im Rotor-Teil. Die Mot Proteine hingegen kodieren für den Stator-Teil.
+- Beim Decay von Holz gibt es "tunnelling bacteria" in den Tracheiden. Nenne einen Vertreter dieser Bakterien. A: Pinus ponderosa.
+- Nenne 5 Wege für autotrophe CO2 Fixierung! A: Der Calvin-Zyklus (nicht sensitive gegenüber Sauerstoff und Licht), der reverse Citric Acid Cycle (oxygen sensitiv), der reductive Acetyl-CoA Pathway (extremely oxygen sensitive), der 3-Hydroxypropionate Cycle (only in Chloroflexus, not oxygen sensitive but UV-A sensitive) und der 3-hydroxypropionate/4-hydroxybutyrate cycle (oxygen sensitive)
+- Nenne pH Optimum der Manganese Peroxidase (MnP), was ihr catalytic cycle und welche organischen Säuren es benötigt. A: pH optimum 4.5-4.9, Catalytic cycle requires Mn(II), Requires organic acid (oxalate, malonate...) for Mn(III) chelation
+- Warum können Manganese-Peroxidases (und Laccases) nur minor phenolic structures im Lignin abbauen? Da sie weaker cleavage oxidants sind, verglichen zu den LiPs.
+- Definiere Microbial Loop. A: Providing particulate organic matter from DOM to higher trophic levels.
+- The outcome of most host-parasite relationships depends on which three main factors? (1) The virulence of the microbe (i.e. degree of causing pathogenicity), (2) The hosts defenses or degree of resistance and the (3) number of microbes infecting the host.
+- Was ist NDM-1? Ein Enzym das Bakterien resistent gegenüber Beta-Lactam Antibiotika macht. Dies inkludiert die Carbapenem Familie.
+- Brown-rot fungi are thought to use ... chemistry to attack lignocellulose? Fenton chemistry.
+- Input und Output der Lignin peroxidase? Input: H2O2, Output: H2O.
+- Wo finde ich Monolayer-Membranes? Among hyperthermophilic Archaea.
+- Mould fungi gehören zu welcher Gruppe? Ascomycota.
+- Nenne 3 Properties of lignin peroxidase (LiP). A: (1) pH optimum 2.5-3.0 (2) Oxidizes veratryl alcohol to veratryl aldehyde (3) very high redox potential
+- Bei Ligninolytic enzymes of white-rot fungi, erkläre folgende Abkürzungen: LiP, MnP, Lacc, Vp. A: Lignin peroxidase, Mn peroxidase, Laccase, Versatile peroxidase.
+- Beim Mottled white rot, welcher Mikroorganismus verursacht dies? Ganoderma applanatum.
+- Nenne zwei "typical growth features of soft-rot". A: Mainly attack wood contact with excessive amounts of moisture, and in general, hardwoods are attacked to a much greater extent than softwoods.
+- Ist Rhizobium alleine fähig N2 zu fixieren? Ja, wenn es unter mikroaerophilen Bedingungen wächst.
+- Nenne einen Schleimling der zu den cyanobakterien gehört. A: Nostoc.
+- Nenne 3 Types of fungal wood decay. A: soft-rot, white-rot, brown-rot.
+- Nenne einen Symbiont der Sojabohne. A: Bradyrhizobium japonicum.
+- A. W. für stickstoffbindend? diazatroph.
+- Vergleiche white-rot mit brown-rot und nenne jeweils 4 Punkte. A: White-rot: (1) Lignin and cellulose removed, (2) Cellulose depolmerized at linear rate, (3) Ligninolytic peroxidases generally secreted, (4) Fungal cellulase action thought to be simultaneous with or to follow lignin removal. Brown-rot: (1) Cellulose removed, (2) Initial depolymerized at high initial rate, (3) Lignin demethylated and oxidized but most of it remains in situ, (4) No evidence for ligninolytic peroxidases, (5) Not clear how fungal cellulases can operate with lignin still present.
+- Twitching motility is involved in? Biofilm formation.
+- Welche 5 basic features bei microbial ecology? Measures of <one>Biodiversity</one>, Methodical Approach in Microbial Ecology, The Niche-Concept, Microbes and their Microenvironments, Biofilms
+- Heterocysts specialize in? Nitrogen fixation.
+- Was ist ein Cordyceps? Killer fungi that invades the body of an insect to grow and diminish the insect population.
+- Was findet in Wurzellknöllchen statt? Stickstofffixierung.
+- Bei Biodegradation, wer führt "selective delignification" durch? Ceriporiopsis subvermispora.
+- Welche 3 Effekte kann eine Symbiosis erreichen? A symbiosis can have a positive, a negative or a non-measurable effect on the Symbiont. Effects may vary in time and space however.
+- Who causes Lyme disease? Borrelia afzelii in Europa. In den USA ist es Borrelia burgdorferi. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Lyme_disease
+- Nenne ein biolumineszentes Bakterium. A: Vibrio fisheri.
+- Nenne einen MO der Dextran bildet. A: Leuconostoc mesenteroides.
+- Was ist typisch beim Brown-rot? Protein penetration into degraded wood cell walls observed only at a very late decay stages.
+- Wie heisst die "giant prokaryote" und wo findet man sie? Epulopiscium fishelsoni. Man findet sie im Darm des Surgeonfish.
+- Was ist für die Aussenverdauung notwendig? Extrazelluläre Enzyme.
+- Vier Beispiele an Basidiomycetes die Lignin abbauen können. A: Trametes versicolor, Phanerochaete chrysosporium, Gloeophyllum trabeum, Fomitopsis pinicola.
+- Warum werden Hefezellen diploid? Da sie haploide Nachkommen generieren möchten.
+- Wo wird APS, wo wird PAPS benutzt? A: APS in dissimilatorisch Metabolismus, PAPS im assimilatorischen Metabolismus.
+- Warum braucht Eisen-Oxidation so viel Energie? A: Der Ertrag ist so ineffizient.
+- Bei Mikroorganismen, was heisst EPS? Exo-polymeric-substances.
+- Was sind mesophile Bakterien? Bakterien die zwischen 20-40 ° Celsius wachsen.
+- Erwinia gelangt wie in die Pflanzenzelle? Über Pektinasen.
+- Was ist das Zygosporangium und wann entsteht es? Das Zygosporangium entsteht nach der Plasmogamie (Fusion der multinucleären Zygospore). Es handelt sich hierbei um eine dickwandige, multinucleate resting Sporangium formed following Anastomosis of Gametangia arising from compatible mycelia (in heterothallic species) or from the same mycelium (in homothallic species).
+- Welche Bakterien bestehen aus Bioplastik? Ralstonia eutropha.
+- Nenne 2 einfache Methoden einen pathogenen Bakterienstamm zu attenuieren. A: Mittels heat treatment sowie durch aging through passaging.
+- Warum bilden MOs Zitronensäure? Um Eisen zu fangen.
+- Was besagt die "germ theory of Diseases"? That many diseases are caused by Microbes.
+- Nenne einen Inhibitor der Beta-Lactamasen. A: Clavulansäure.
+- Welcher MO erzeugt Kupfersulfat? Thiobacillus.
+- Gegeben ist eine Kolonie mit Pigment-Defekten. Ist diese Farbe wahrnehmbar? Nicht immer. Mutanten von Halobacterium ohne Gasvesikel sehen farblich anders aus als die ohne Pigmente.
+- Nenne einen gefährlichen MO der durch Chlor nicht leicht zu zerstören ist. A: Cryptosporidium (Kryptosporidien).
+- Wer schlug damals ausser Tieren und Pflanzen noch Bakterien als Domänen vor? Ernst Haeckel.
+- Vergleiche die Dauer der Generationszeit von Bakterien im Minimalmedium und im Vollmedium (mit Angabe der Minuten). A: Minimalmedium: 60-90 Minuten, Vollmedium: 20-30 Minuten.
+- Nenne einen MO der viel Cellulase extrazellulär abgibt. A: Trichoderma reesei.
+- Each subunit of S-Layer contains what? A pore large enough to admit a wide range of molecules.
+- Wo findet man Ergosterol? In Pilzen.
+- Morphologische Besonderheit von Sarcina ventriculi? Dicke Celluloseschicht um die Zellwand.
+- Welche Enzyme sind wichtig für die Zellwandsynthese? Transpeptidasen.
+- Die 3 häufigstens Shapes von Bacteria? Spherical, rod-shaped und corkscrew-shaped.
+- Output der dissimilatorischen Sulfatreduktion? H2S.
+- Reduktion von SO4 2+ zu H2S braucht n Elektronen? 8 Elektronen.
+- Nenne 2 Vertreter der Essigsäurebakterien. A: Acetobacter und Gluconobacter.
+- Was genau machen sulfatreduzierende Bakterien, das einzigartig ist? Sie verwenden Sulfat als Elektronenakzeptor.
+- Wie kann man im Labor Streptococcus in Gattungen unterteilen? Mittels Hämolyse auf Blutagar.
+- Welches Konzept entwickelte Paul Ehrlich? Das Konzept der selektiven Toxizität.
+- Wer produziert Kanamycin? Streptomyces kanamyceticus.
+- Nenne eine antibakterielle Verbindung die mit bakterieller DNA-Gyrase interagiert. A: Chinolone.
+- Nenne 1 MO der so dick wie ein menschliches Haar ist. A: Paramecium (das Pantoffeltierchen).
+- Nenne 2 Strukturen die man in der Zellwand von Hefen findet. A: Phosphoryliertes Mannan und Beta-Glucose.
+- Wo findet man die Pyruvat-Dehydrogenase? In Mitochondrien.
+- Welchen Vorteil mag eine Zelle ohne Plasmide haben? Teilt sich schneller.
+- Wer produziert Bacitracin? Bacillus licheniformis.
+- Gib ein Beispiel für 1 Anthracyclin. Wie wirken sie? Doxorubicin. Hemmen DNA-Replikation indem sie in die Helix-Rinne binden, und so die DNA-Topoisomerase behindern.
+- Nenne einen Vertreter der Cyanobakterien, der mit dem Buchstaben "S" beginnt. A: "Spirulina".
+- Nenne eine pazifische Meeresalge. A: Laminaria japonica.
+- Wer ist immun gegen Penicillin-G (ausgenommen ruhende Zellen)? Grampositive Bakterien (wie Pseudomonas).
+- Definiere Metagenom. A: Environmental collection of sequences.
+- Wie erfolgt die Quervernetzung von Beta und Gamma Actin? Durch Fimbrien.
+- Aufgabe der Liponsäure? Überträgt Acylgruppen von Pyruvat und Alpha-Ketoglutarat.
+- Nenne 1 MO mit mind. 65% G-C Gehalt. A: Thermus aquaticus.
+- Which scientist contributed to disproving spontaneous generation? John Tyndall.
+- Wie heisst die Killeralge? Caulerpa taxifolia.
+- Def. Transpeptidierung. A: Der Zusammenbau von Peptiden in wasserarmer Umgebung.
+- Aufbau eines Zentriols? 9 parallel angeordnete Mikrotubuli.
+- Welches Enzym wird im 1. Schritt der Nitratreduktion verwendet? Die Nitrat-Reduktase.
+- Was für eine Bedeutung mag der reduktive Acetyl-CoA-Weg haben? Bei dieser Art der CO2-Fixierung handelt es sich vermutlich um die älteste Form der CO2-Fixierung.
+- Endprodukt der Glykolyse (das Ziel)? A: Pyruvat.
+- E. coli hat wie viele Protein-kodierende Gene? 4284.
+- Trivialname zu Pseudomonas syringae? Eisbakterien.
+- Welche 4 Plasmide hatte Chakrabartys Superbag? CAM, OCT, XYL und NAH.
+- Was sind "Stromatolites"? A: Fossilized microbial mats trapped in sediment.
+- Mit welcher Technik kann man das chemotaktische Verhalten von Bakterien untersuchen? Mit der Kapillartechnik.
+- Def. Aerotaxis! A: Das Bewegen auf Sauerstoff zu oder davon weg.
+- Die Untereinheiten der Bakteriengeissel bestehen aus? Flagellin.
+- Wie können Mikroorganismen im Wasser ihre Position regulieren? Mittels Gasvesikel.
+- Definiere Hetetrotrophe. A: Dies sind Organismen die organischen Kohlenstoff verwenden.
+- Was war der frühere Catalyst der "Lebensprozesse"? A: Oberfläche von Lehm oder Pyrite FeS2, Entstehung von "organic films"
+- Nenne 2 Gründe warum die RNA Welt verschwunden ist. A: DNA ist stabiler, daher ist die Information "stabiler" und kann für Komplexität besser genutzt werden. In der Katalyse sind Proteine auch besser als Ribozymes.
+- Wann (und durch wen) wurden Banded Iron Formation (BIF) zum ersten Mal produziert? A: Vor 2.8 Milliarden Jahren durch Cyanobakterien.
+- Warum postuliert man das Ozon damals wichtig war? A: Da es ohne Ozon zu starker UV Strahlung kommt. UV kann DNA schädigen. (Merkslogan hierzu: "UV protected environment")
+- Nenne zwei Argumente die für die Endosymbionten-Hypothese spricht. A: (1) Organellen haben bakterielle Ribosomen, die von den selben Antibiotika geblockt werden können, welche auch Bakterien beeinflussen. (2) Mitochondrien und Chloroplasten haben cirkuläre DNA. 
+- Wann (und durch welche zwei Herren) wurde "molecular systematics" für Evolutionary Chronometers eingeführt? A: 1965 von Zuckerkandl und Pauling.
+- Gib mind. 4 Beispiele für molekulare Chronometer an! A: ATPasen, elongation factor TU, DNA K, Gyr B - und auch rRNA.
+- Beschreibe ausreichend detailliert den 16S rRNA Extraktionsvorgang. A: (1) DNA isolieren (2) Erhitzen um Strang zu separieren, danach Hinzugabe der Primer (3) Primer Extension (4) Repeat (5) run agarose gel (6) purify product
+- Früheste Beweise für mikrobielles Leben? A: Kann in Felsen gefunden werden und ist etwa 3.45 Milliarden Jahren alt.
+- Wie geht die aktuelle Species Definition in Microbiology? A: Zwei Bakterien gehören der selben Spezies an wenn ihre DNA-DNA Ähnlichkeit mehr als 80% ausmacht und ihr Delta-Tm niedriger als 5° C ist.
+- Was gilt für die verschiedenen Ecotypes? A: Jeder Ecotype besetzt eine andere Nische im Habitat.
+- Chitin besteht woraus? A: Lange Ketten von N-Acetylglucosamine in beta-1,4 Verknüpfung.
+- Cellulose besteht aus? A: Ketten an Beta-Glucose in Beta-1-4 Verknüpfung.
+- Nenne ein paar Unterschiede zwischen Chlorophyll a und Bacteriochlorophyll! A: CH-CH2 Gruppe bei Chlorophyll, C=O-CH3 Gruppe bei Bacteriochlorophyll (also, Methylene Group, und Carbonyl-Metyhl group) Dazu hat Bacteriochlorophyll am "anderen Ende" ein paar H mehr.
+- Welche Gattung hat die meisten Möglichkeiten CO2 zu fixieren? A: Proteobacteria.
+- Wozu dienen Carboxysomes? Ihr Durchmesser? A: Sie erhöhen die Menge an RUBISCO. Durchmesser: 100nm.
+- Die meisten Chemolitotrophs sind ...? A: Autotrophs.
+- Zeichne Urea (Harnstoff) A: NH2-O-NH2
+- Wann ist Fe2 stable? A: Im sauren pH Bereich.
+- Nenne die Nitratreihe. A: Nitrat, Nitrit, Nitrit oxide, Nitrous oxide, Dinitrogen
+- Was ist Phycocyanin und wo findet man es? A: Phycocyanin ist ein Kupferprotein der Blaualgen (Cyanobacteria). Er kommt aber auch in Rotalgen vor. Es gehört zu den Phycobilinen und wirkt als akzessorisches Pigment der Photosynthese. Sein Absorptionsmaximum liegt in Blaualgen (Aphanezomenon flos aquae) bei einer Wellenlänge von 615 nm. In verschiedenen Rotalgen ist sein Absorptionsspektrum zweigipfelig, mit Maxima jeweils um 550 nm und 615 nm.
+- Nenne 2 Organismen bei denen man Phycobiline finden könnte? A: In Cyanobacteria und roten Algen.
+- 2 Beispiele für Magnesiumtetrapyrrole nennen. A: Chlorophyll A und Bacteriochlorophyll A

data/lib/studium/exam_topics/technisches_zeichnen

@@ -0,0 +1,5 @@
+# =========================================================================== #
+# === Technisches Zeichnen
+# =========================================================================== #
+
+- Ein <one>Gewinde</one> hat welche zwei wichtigen Durchmesser? (1) <one>Kerndurchmesser</one> (2) </one>Nenndurchmesser</one>

data/lib/studium/exam_topics/the_bacterial_cell_wall

@@ -0,0 +1,97 @@
+# =========================================================================== #
+# === The bacterial cell wall
+#
+# Do note that this file will also include gram-stain, e. g. "applied
+# knowledge" to what we may know about the bacterial cell wall.
+# =========================================================================== #
+
+- <one>Lysozym</one> kann <two>Peptidoglycan</two> angreifen - aber wo genau dort? An den <one>Beta-(1→4) glykosidischen Verbindungen</one> zwischen <two>N-Acetylglucosamin</two> und <two>N-Acetylmuraminsäure</two>. []
+- Den <one>Cytochromoxidase-Test</one>, bei den <two>gram-negativen Bakterien</two>: <three>welche zwei Bakteriengruppen können wir hier entdecken</three>? (1) <one>Pseudomonas</one> (2) <one>Enterobakterien</one> []
+- Nenne <one>drei Komponenten</one> von <two>LPS</two>. A: (1) <one>O-spezifisches Polysaccharid</one> (2) <one>Kernpolysaccharid</one> (3) <one>Lipid A</one> (<two>Toxin</two>) []
+- Warum sind <one>coryneforme Bakterien</one> resistent gegenüber der gram-Färbung? Ihre <one>Peptidoglycan-Schicht</one> ist mit <two>Arabinogalactan</two> vernetzt. []
+- <one>Gram-negative Bakterien</one> besitzen ein <two>Flagellum</two>. Dabei gibt es den L-Ring und den P-Ring. Wieso diese Namen? <one>L</one> ... <two>embedded in the LPS</two>, <one>P</one> ... <two>embedded in the Peptidoglycan</two>. []
+- Nenne ein konkretes Beispiel für einen <one>gram-variablen</one> Organismus. A: <one>Corynebacterium variabilis</one>. URL: https://bacdive.dsmz.de/strain/3126 []
+- During the course of the <one>gram-stain</one>: <two>which four dyes are used</two>? (1) <one>Crystal Violet</one> (2) <one>Iodine</one> (3) <one>Alcohol Acetone</one> (4) <one>Safranin</one> []
+- Name the <one>four components</one> of the <two>gram-negative bacterial membrane</two>. A: (1) <one>LPS</one> (2) <one>Outer Membrane</one> (3) <one>Peptidoglycan</one> (4) <one>Inner Membrane</one>
+- <one>Teichonsäuren</one> von <two>gram⁺ Bakterien</two> haben äquivalente Funktion wie das ... bei <two>gram- Bakterien</two>. A: <one>Lipopolysaccharid</one> (<two>LPS</two>). []
+- Gram-negative bacteria may have fatty acids in their <one>lipid A</one> such as caproic acid. <two>How many C atoms does caproic acid have</two>? <one>6</one> - it is thus <two>a C6 body</two>. []
+- <one>Mycobakterien</one> sind <two>nicht färbbar durch die Gram-Färbung</two>. Nenne eine weitere Bakteriengruppe die sich nicht durch die Gram-Färbung einfärben lässt. Erkläre wieso das so ist. A: <one>Coryneforme-Bakterien</one> sind ebenfalls nicht Gram-differenzierbar. Sie besitzen eine Peptidoglycan-Schicht, die mit <two>Arabinogalactan</two> vernetzt ist. Dadurch bilden sich <three>wachsartige Polymere</three> aus, mit dem Ergebnis das die Gramfärbung nicht funktioniert. []
+- <lightgreen>Mycoplasma</lightgreen> are unique in that <one>their cell wall contains which lipid</one>? <one>Sterols</one>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7123059 []
+- In gram-negative bacteria: between the <one>Lipid A</one> and the <one>core polysaccharide</one> is usually <two>which molecule</two>? <one>KDO</one>: <two>Ketodeoxyoctonate</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/3-Deoxy-D-manno-oct-2-ulosonic_acid []
+- Wir können <one>Fluoreszenzfarbstoffe</one> verwenden (<three>Molecular Probes</three>), die die Gramfärbung imitieren. Welche Farbe haben gram⁺ und welche Farbe haben gram- Bakterien hierbei? <one>gram⁺</one> erscheint <yellow>gelb</yellow>, <one>gram-</one> erscheint <forestgreen>grün</forestgreen>. []
+- Bei den <one>gram-negativen Bakterien</one>: <two>was für einen Durchmesser hat deren Flagellum, typischerweise (von, bis)</two>? <one>15-20nm</one>. []
+- The <one>LPS of Bacteria</one> has <two>polysaccharides</two>. Name two components of it. A: (1) <one>core polysaccharide</one> (2) <one>O-specific polysaccharide</one> []
+- Why do we use <two>methanol</two> in the <one>gram stain</one>? <one>Methanol</one> is used <two>to fix the cells to the surface</two>. []
+- What are <one>Hopanoids</one>? <one>Hopanoids</one> are <two>membrane-strengthening agents</two> in Bacteria. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Hopanoids []
+- <one>Mycobakterien</one> lassen sich nur schwer anfärben. <two>Welche Färbung</two> wird in solchen Fällen verwendet? Die <one>Ziehl-Neelsen-Färbung</one> (=<two>Säurefestigkeitsfärbung</two>) URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Ziehl-Neelsen-F%C3%A4rbung []
+- Can <one>teichoic acids</one> <two>bind divalent metal ions</two>? Yes. <one>Metal ions</one> such as <two>Ca²⁺</two> or <two>Mg²⁺</two>. []
+- <one>Murein</one> besteht aus ...? <one>N-Acetylglucosamin</one> und <one>N-Acetylmuraminsäure</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Peptidoglycane []
+- <one>Hopanoids</one> können, im Labor und/oder im Feld, wozu verwendet werden? <one>Hopanoids</one> sind <two>interessante Biomarkers für Geologen</two>. []
+- In the <one>gram stain</one>: <two>which bacteria can be recognized</two>? (1) <one>Gram-positive organisms</one> (2) <one>Gram-negative organisms</one> (3) <one>Gram-nonreactive organisms</one> []
+- Nenne die <one>drei Komponenten</one> des <two>LPS</two>. A: (1) <one>O-spezifisches Polysaccharid</one> (2) <one>Kernpolysaccharid</one> (3) <one>Lipid A</one> []
+- The <one>outer membrane proteins</one> (OMPs) of gram-negative bacteria <two>consist of n subunits</two>? They are <one>trimeric</one> - so they have <two>three subunits</two>. []
+- What is <one>the major lipoprotein of LPS</one>? The <one>Braun lipoprotein</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Braun%27s_lipoprotein []
+- The <one>Peptidoglycan of gram-positive bacteria</one> is reinforced with ...? <one>Teichoic acids</one>. []
+- Welche Bakteriengruppe besitzt <one>kein Peptidoglycan</one> sondern ist von einer Proteinhülle umgeben? Die Gattung <one>Planctomyces</one>, <two>ein marines Bakterium</two>. URL: https://microbewiki.kenyon.edu/index.php/Planctomyces []
+- An unusual feature of peptidoglycan is <one>the presence of two amino acids of the D stereoisomer family</one>. Which ones are these? (1) <one>D-Alanine</one> (2) <one>D-Glutamic acid</one> []
+- Warum der Name <one>L-Ring</one> bei Flagella? <one>L</one> steht für <one>LPS</one>. []
+- Ist <one>Listeria monocytogenes</one> <two>gram-positiv</two> oder <two>gram-negative</two>? <one>Listeria monocytogenes</one> ist <two>gram-positiv</two>. []
+- Nenne ein <one>Hopanoid</one>. A: <one>Diploptene</one>. URL: https://wiki.edu.vn/wiki16/2020/12/30/hopanoide-wikipedia/ []
+- Bei der <one>Gramfärbung</one>: <one>in welcher Farbe</one> erscheinen <two>Escherichia coli</two>-Zellen? <one>Rot</one>. URL: https://i.imgur.com/4c8FK2F.jpg []
+- <one>Peptidoglycan</one> is made from <two>two sugar molecules</two>. Name them. A: (1) <one>N-acetylglucosamine</one> (2) <one>N-acetylemuramic acid</one> []
+- <one>In bacteria</one> we may find <two>teichoic acid</two> and <two>LPS</two>. How can we remember in which bacteria this can be found? Simple - we start with <one>LPS</one>, which we should know are in <two>gram-negative bacteria</two>. And from there, we remember that teichoic acid can not be found when LPS is seen, so we then know that <one>teichoic acid</one> must be found solely in gram-positive bacteria. []
+- In <one>gram staining</one>: what specifically is used as the <two>counterstain</two>? <one>Safranin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Safranine []
+- Which <one>Toll-like receptor</one> is the central detector of <two>gram-positive bacteria</two>? <one>TLR2</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/TLR2 []
+- <one>Lactobacteriaceae</one> are <two>gram⁺</two> or <two>gram⁻</two>? <one>gram⁺</one>. URL: https://www.vocabulary.com/dictionary/Lactobacteriaceae []
+- Die Zellwand von <one>gram⁺</one> Bakterien besteht aus <two>Peptidoglycan</two> und ... ? <one>Teichonsäuren</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Teichons%C3%A4uren []
+- Name <one>a very unusual feature of peptidoglycan</one>. A: The <one>presence of two D-aminoacids</one>: <two>D-Alanine</two> and <two>D-glutamic acid</two>. []
+- <one>Mycoplasma tuberculosis</one> has <two>peptidogylcon</two>, <two>mycolic acid</two> and ... in its <three>cell wall</three>. A: <one>Arabinogalactan</one>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25818664 []
+- The <one>Braun's lipoprotein</one> can be in some gram-negative cell walls of bacteria. It has a molecular weight of about n kDa? About <one>7.2 kDa</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Braun%27s_lipoprotein []
+- What is the job of the <one>hopanoids</one>? Hopanoids strengthen bacterial cell walls. They are structural anchors of sterols. []
+- <one>Tiefblau im Zuge der Gramfärbung</one> erscheinen vor allem welche Bakterien (<two>morphologisch betrachtet</two>)? <one>Kugelförmige Bakterien</one>. []
+- In LPS of gram-negative bacteria: <one>how do we call the part of LPS</one> that is <two>closest to the bacterial membrane</two>? This is the <one>core polysaccharide</one>. []
+- Während sich das <one>bakterielle Septum</one> bildet, bewirken bestimmte Enzyme die Spaltung der Zellwand. <two>Wie heissen diese Enzyme</two>? <one>Mureinhydrolasen</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Endolysine []
+- Can <one>Pseudomurein</one> - which can be found in Archaea - be destroyed by <two>lysozyme</two>? No, <one>it is immune to lysozyme</one>. []
+- Give an example for a <one>Hopanoid</one>. A: <one>Diplotene</one>. URL: https://link.springer.com/article/10.1007/BF00492912 []
+- Ist <one>Bacitracin</one> gegenüber <two>grampositive Bakterien</two> wirksam? Ja. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Bacitracin []
+- <one>Which bacteria</one> become <two>gram-variable organisms</two>? Usually <one>aged cultures</one>. []
+- In gram-negative bacteria: the <one>periplasm</one> spans about n nm wide, in its thickness? About <one>15 nm</one>. []
+- It is thought that peptidoglycan is synthesized by the cell in the form of <one>'cables'</one> that are about <two>n nm wide</two>? About <one>50 nm wide</one>. []
+- In <one>gram-negative bacteria</one>: the outer membrane is anchored to the peptidoglycan layer by ... ? The <one>Braun lipoprotein</one>. This molecule spans the gap between the LPS layer and the peptidoglycan layer (in the periplasm). []
+- Die <one>Gram-Färbung</one> wurde im welchen Jahr etabliert? <one>1884</one>. []
+- Anderer Begriff für <one>Peptidoglycan</one>? <one>Murein</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Peptidoglycane []
+- Many gram-positive bacteria produce acidic molecules called <one>teichoic acids</one>, which are embedded in their cell wall. Teichoic acids are composed of glycerol phosphate or ribitol phosphate with attached molecules of glucose or ... which aminoacid? <one>D-alanine</one>. []
+- Name a <one>growth model</one> that we can apply for the enlargement of the murein sacculus. A: The <one>three-for-one</one> growth model. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/9595673/ []
+- Die <one>Zellwand der Eubacteria</one> besteht aus ...? <one>Murein</one>. []
+- Nenne ein Beispiel für einen <one>Gramfärbungs-Komplex</one>. A: <one>Kristallviolett-Iod-Komplex</one>. URL: https://www.seilnacht.com/Chemie/ch_krivi.html []
+- In <one>gram-staining</one>: what is used as the <two>primary stain</two>? A: <one>Crystal violet</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Crystal_violet []
+- <one>Welche beiden Zucker</one> bilden <two>das Rückgrat des Peptidoglycans</two>? (1) <one>N-Acetylglucosamin</one> (2) <one>N-Acetylmuraminsäure</one> []
+- <one>Wann</one> kommt es zur Freisetzung von <two>LPS</two> (<two>Lipopolysaccaride</two>)? Als Bestandteil der gram-negativen Zellwand wird LPS erst nach Tod der Bakterienzelle freigesetzt. Es ist ein Endotoxin, das auch als aktives exogenes Pyrogen wirken kann. []
+- <one>Anteil in %</one> des Peptidoglycan in der Zellwand von gram- Bakterien? <one>10%</one>. []
+- In gram-staining: do we first employ <one>crystal violet</one> or <one>safranin</one>? <one>Crystal violet</one>. []
+- <one>Welche Bakterien</one> besitzen <two>LPS</two>? <one>Gram-Negative Bakterien</one>. []
+- Welche Bakterien beziehungsweise Bakteriengruppe besitzt <one>Teichonsäuren</one>? <one>Gram⁺ Bakterien</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Teichons%C3%A4uren []
+- Andere Bezeichnung für <one>Peptidoglycane</one>? <one>Murein</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Peptidoglycane []
+- Applied through gram-staining: will <one>Archaea</one> typically appear more gram-negative or more gram-positive? Archaea will appear more gram-negative, because they do not contain any peptidoglycan in their membrane. []
+- Why do <one>gram-negative bacteria</one> require the <two>T3S</two> (Type III secretion) <two>system</two>? So that they can <one>inject virulence proteins</one> (called <two>T3S effectors</two>) into the <three>cytosol of their eukaryotic host cells</three>. []
+- What is the precursor for <one>Peptidoglycan</one>? <one>UDP-NAM</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/N-Acetylmuramic_acid []
+- <one>Pseudomonas</one> are <two>gram-negative</two> or <two>gram-positive</two>? <one>Pseudomonas</one> are <two>gram-negative</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pseudomonas []
+- <one>Rhizobia</one> are <two>gram-negative</two> or <two>gram-positive</two>? They are <one>gram-negative</one>, just like E. coli. []
+- <one>Salmonellae</one> are <two>bacterial pathogens</two>. Are they <three>gram-positive</three> or <three>gram-negative</three>? <one>Salmonellae</one> are <two>gram-negative</two>, like E. coli. []
+- <one>Hopanoide</one> verstärken die bakterielle Zellwand. <two>Es ähnelt daher welch anderem Molekül, das wir in Eukaryoten finden mögen</two>? <one>Cholesterol</one> (also den Sterolen). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Hopanoids []
+- Ist <one>Bacillus anthracis</one> <two>gram-positiv</two> oder <two>gram-negativ</two>? A: <one>Bacillus anthracis</one> ist <two>gram-positiv</two>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Bacillus_anthracis []
+- Ist <one>Lysozym</one> wirksamer gegen <two>gram-negative</two> oder <two>gram-positive</two> Bakterien? <one>Lysozym</one> ist wirksamer gegenüber <two>gram-positiven Bakterien</two>. []
+- <one>Neisseria meningitidis</one> sind <two>gram-positiv</two> oder <two>gram-negativ</two>? <one>Gram-negativ</one>, wie E. coli. []
+- <one>Bacterial ghosts</one> are created <two>from gram ... bacteria</two>? From <one>gram-negative bacteria</one>. []
+- <one>Gram-Färbung</one> von <two>Agrobacterium</two>? <one>gram⁻</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Agrobacterium_tumefaciens []
+- <one>Milchsäurebakterien</one> sind <two>gram⁺</two> oder <two>gram⁻</two>? <one>gram⁺</one>. []
+- Wer transportiert die <one>Mureinbausteine</one> aus dem Cytoplasma zum Zielort? Der Lipidcarrier <one>Bactoprenol</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Bactoprenol []
+- <one>Streptococcus</one> is gram positive or gram negative? <one>Streptococcus</one> is <two>gram positive</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Streptococcus []
+- Vergleiche, <one>in nm</one>, die Dicke von Peptidoglykanen in gram-negativen und gram-positiven Bakterien. A: (1) <one>gramnegative Bakterien</one>: <two>10nm</two> (2) <one>grampositive Bakterien</one>: <two>20nm - 80nm</two> []
+- What is the main role of the <one>Hopanoids</one>? Hopanoids strengthen the membrane. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Hopanoids []
+- Can <one>Pseudomurein</one> - which can be found in Archaea - be destroyed by <two>penicillin</two>? No, <one>it is immune to penicillin</one>. []
+- Give another name for the <one>bacterial cell wall</one>. A: <one>Sacculus</one>. URL: https://www.tandfonline.com/doi/abs/10.1080/10408410091154165 []
+- <one>Spirillium</one> ist gram ...? <one>Gram-negativ</one>, so wie E. coli. URL: https://www.britannica.com/science/Spirillum-genus-of-bacteria []
+- <one>Gram-positive bacteria</one> have <two>n% of their cell wall</two> consist of <three>peptidoglycans</three>? <one>90%</one>. []
+- Do <one>gram-negative bacteria</one> contain an <two>interbridge</two> in their peptidoglycan? <one>No</one>. []
+- <one>Lysozym</one> wirkt vor allem gegen ... ? <one>Gram-positive Bakterien</one>. []