studium 0.13.1

data/lib/studium/exam_topics/cytokines

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+# =========================================================================== #
+# === Cytokines
+# =========================================================================== #
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+- Give two examples for <one>pro-inflammatory cytokines</one>. A: IL-1α and IL-1β are pro-inflammatory cytokines.

data/lib/studium/exam_topics/databases_and_sql

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+# =========================================================================== #
+# === Databases
+#
+# Everything about computer-databases, including SQL.
+# (In german: "Datenbanken")
+# =========================================================================== #
+
+- DBAs is an abbreviation for ... ? <one>Database administrators</one>.
+- <one>Wann</one> erschien "SQL"? <one>1974</one>.
+- Dürfen im <one>relationalem Datenmodell</one> Tupel doppelt vorkommen? Nein. <royalblue>Tupel</royalblue> dürfen hier <orange>nicht</orange> doppelt vorkommen. []
+- Is SQL <one>case sensitive</one>? No - SQL is case insensitive. []
+- Angenommen wir haben eine Datenbank für Telefoneinträge. Wir möchten diese Datenbank nun durchsuchen. Ist die <one>Baumstruktur</one> oder die <one>Hashverwaltung</one> hierbei schneller? Die <one>Hashverwaltung</one> ist schneller und somit effizienter. []
+- In <one>PostgreSQL</one>: how do we <two>transfer data between a file and a table</two>? We use <one>COPY FROM</one>, or rather, use <two>\copy</two>.
+- Welches Modell ist der <one>Ur-Vater</one> der <two>semantischen Datenmodelle</two>? <one>ERM</one>: das <one>Entity-Relationship-Modell</one>
+- Nenne einen <one>SQL-Wert</one> der <two>in Java</two> nicht vorhanden ist. A: Der SQL-Wert <one>NULL</one>.
+- Anderer Begriff für <one>flüchtige Daten</one>? <one>Transiente Daten</one>.
+- The <one>data</one> in a <two>Relational Database Management System</two> (<three>RDBMS</three>) is stored how? It is stored in database objects called a <one>table</one>.
+- <one>NoSQL</one> is <two>an abbreviation</two> for ... ? <one>not only SQL</one> URL: https://en.wikipedia.org/wiki/NoSQL
+- In SQL: Why do we use the <one>SELECT DISTINCT</one>? To remove duplicate rows.
+- In der <one>Tabellen-Darstellung</one> sind die Attributnamen ... ? <one>die Spaltenüberschriften</one>.
+- <one>Databases</one> uses <two>ACS</two>. What does this abbreviation stand for? <one>Access control systems</one>.
+- Databases uses transactions. Which <one>state</one> do these prefer? The <one>consistent state</one>.
+- In a database, when may a lot of data be queried simultaneously? When many users try to process the data simultaneously too, that is at the same time.
+- Wofür steht die Abkürzung <one>SQL</one>? <one>Structured Query Language</one>.
+- Die älteste DBMS-Kategorie ist seit 1968 auf dem Markt. Der populärste Vertreter ist <one>IMS/VS</one> (<two>Information Management System</two> / <two>Virtual Storage</two>), von welcher Firma? <one>IBM</one>.
+- Are <one>databases</one> Input/output-intensive? Yes.
+- Wenn wir <one>eine lange Liste</one> haben die wir sequenziell durchsuchen, welche einfache Strategie könnten wir verwenden um diese Datenmenge zu reduzieren, für die Suche? Wir könnten <one>binäres Aufteilen</one> verwenden.
+- <one>SQL</one> became an <two>ISO standard</two> in which year? In <one>1987</one>.
+- Bei Datenbanken gibt es Tupel. Die <one>Anzahl der Tupel</one> wird <two>Kardinalität einer Relation</two> genannt. Was wissen wir weiters wenn wir Tupel sehen? Das <one>Tupel nicht doppelt vorkommen dürfen</one>.
+- How can we <one>avoid NULL</one> in SQL? By using <royalblue>NOT NULL</royalblue>.
+- Datenbanken waren in der Computer-Geschichte, zumindest früher, oft ähnlich zu welch anderer <one>Datenstruktur</one> aus dem echten Leben? <royalblue>Tabellen</royalblue>. Diese bringen rein wertbasierte Verweise; also eine <one>Relation</one> zu diesen Daten.
+- In einer Datenbank <one>überleben</one> Daten das Ende von ... ? <one>Transaktionen</one>.
+- Nenne ein allgemeines Beispiel für ein <one>dictionary</one>, das auch etwas mit Datenbanken zu tun hat. A: <one>Wörterbücher</one>.
+- <one>Primärschlüssel</one> werden im <two>Relationenschema</two> wie gekennzeichnet? Sie sind <oneo>unterstrichen</one>.
+- Es gibt in Datenbanken einen sogenannten <one>Oberschlüssel</one>. Wie nennen wir den auf englisch? <one>superkey</one>.
+- What is a <one>relational database</one>? This is <one>a collection of data organized in tables</one>.
+- Was ist mit dem Begriff <one>referentielle Integrität</one> bei (relationalen) Datenbanken gemeint? Dies bezeichnet Regeln, deren Einhaltung beim Eingeben oder Löschen von Datensätzen überprüft werden, um die definierten Beziehungen zwischen Tabellen beizubehalten.
+- Bei Datenbanken: was meinen wir mit einem <one>atomaren Attributwert</one>? Dies ist <one>ein Wert der nicht aus mehreren Werten zusammen gesetzt</one>.
+- Was meinen wir mit einem <one>Vektor</one>, bei einer Datenbank? Ein <royalblue>Vektor</royalblue> verwaltet eine fix vorgegebene Anzahl von Elementen eines einheitlichen Typs.
+- In einem <one>relationalen Datenmodell</one>: der Fremdschlüssel bezeichnet was beziehnungsweise hat welche Funktion? Der <one>Fremdschlüssel</one> verweist auf den <royalblue>Primärschlüssel</royalblue> einer anderen Tabelle der Datenbank.
+- In SQL: what is meant with the <one>UNIQUE</one> statement? This constraint means that a column ensures that there will not be two identical entries in that column. 
+- Wie aktivieren wir headers in sqlite? Via <one>.headers on</one>.
+- Datenbanken verwenden auch <one>Berechtigungssystem</one>. Was soll so ein System unter Umständen verhindern? Das ein <one>Zugriff durch Nichtberechtigte</one> erfolgt; dies wird somit verhindert. Bei jedem Zugriff werden die Berechtigungen überprüft.
+- In SQL: How to display the current settings for SQL? Via <one>.show</one>.
+- In SQL: How to do a calculation such as 21+21? <one>SELECT 21+21;</one>
+- Give an example for a <one>WHERE clause</one> used, in SQL. A: <one>SELECT * FROM Customers WHERE Country='Mexico';</one> 
+- In SQL: how to do a conditional query, in general? Via <one>WHERE condition;</one>
+- Bei <one>Datenbanken</one>: nenne ein anderes Wort für das "Ende einer Sitzung". A: Das <one>Ende der Transaktionen</one>.
+- Ein <one>Baum</one> (tree), der in Datenbanken Verwendung findet, besteht aus ... ? (1) <one>Knoten</one> (2) <one>Kanten</one>
+- In databases, the <one>ER model</one> is very popular. What does ER stand for? <one>Entity-relationship</one>.
+- Was ist das primäre Ziel bei einem <one>parallelen Datenbanksystem</one>? Eine <one>Geschwindigkeitsverbesserung</one> - eben durch die parallele Ausführung der Operationen.
+- Was meinen wir mit dem Begriff <one>Fremdschlüssel</one>? Mit Fremdschlüssel bezeichnen wir das Attribut einer Relation, das in einer anderen Relation ein Schlüssel ist.
+- Welchen Fokus hat <one>ein verteiltes Datenbanksystem</one>? Der Fokus ist <one>die gemeinsame Nutzung der Daten</one>.
+- Bei Datenbanksystemen hat sich eine <one>Drei-Ebenen-Architektur</one> durchgesetzt. Welche sind dies? (1) die <one>externe</one> Ebene (2) die konzeptuelle Ebene (3) die <one>interne</one> Ebene
+- Bei Datenbanksystemen und Normierungsbemühungen: wofür steht die Abkürzung <one>CODASYL</one>? <one>Conference on Data Systems Languages</one>.
+- PostgreSQL features transactions with <one>ACID properties</one>. ACID means ... ? (1) <one>Atomicity</one> (2) <one>Consistency</one> (3) <one>Isolation</one> (4) <one>Durability</one>
+- Bei Datenbanken gibt es <one>Sicherheitsobjekte</one>. Was meinen wir damit eigentlich? <one>Daten</one>.
+- Sind Datenbanken <one>Ein-/Ausgabe-intensiv</one>? Ja.
+- When do we use the <one>UPDATE</one> command in SQL? When we wish to update data in a table.
+- In database systems, attributes that are not divisible are called ... ? <one>atomic attributes</one>.
+- Datenbanken sollten sicher sein; Datensicherheit ist wichtig. Gib ein Beispiel für den Begriff Datensicherheit in dieser Hinsicht. A: <one>Schutz vor unberechtigtem Zugriff</one>.
+- Was ist mit dem Begriff <one>roll-backward</one> gemeint bei Datenbanken/Datenbanksystemen? Dies meint das die Auswirkungen aller unbestätigten Transaktionen eliminiert werden.
+- Was ist, konkret, mit dem Begriff <one>Transaktion</one> gemeint bei Datenbanken? Dies bezeichnet eine Folge von Aktionen, wie zum Beispiel Lese- und Schreibzugriffe auf die Daten einer Datenbank.
+- Was ist gemeint mit dem Begriff <one>Mehrbenutzerfähigkeit</one> bei Datenbanken? Das mehrere Benutzer gleichzeitig auf die Daten zugreifen und mit diesen arbeiten können.
+- In Datenbanken sind die Attributwerte <one>atomar</one>. Was ist mit so einer Aussage gemeint? Das sie <one>nicht teilbar sind</one>.
+- What purpose does the pg_hba.conf file serve? It <one>controls client authentication</one>.
+- Name two common operations on a database. A: (1) <one>retrieval</one> of data (2) <one>update</one>    of data
+- Bei Datenbanksystemen: was ist mit dem Begriff <one>Persistenz</one> gemeint? Das Daten in der Datenbank über die Ausführungszeit von Anwendungsprogrammen hinaus erhalten bleiben.
+- Was meinen wir mit einem <one>Dateisystem</one>, verglichen mit einem <one>Datenbanksystem</one>? In einem "Dateisystem" wird die Information persistent in Dateien gespeichert, die durch das Betriebssystem verwaltet werden.
+- Nenne zwei Eigenschaften/Vorteile von <one>DBMS</one> (Database Management Systems). A: (1) <one>Persistenz</one> (2) <one>Mehrbenutzerfähigkeit</one> (3) <one>Datensicherheit</one>
+- How do we list all databases in <one>postgreSQL</one>? <one>\list</one>
+- Die Sammlung der Information in einem DBMS zu einem Zeitpunkt nennt man ... ? <one>Instanz</one>.
+- <one>Relationen in Datenbanken</one> können auf einfache Weise als ... interpretiert werden. A: Als <one>Tabellen</one>.
+- Die logische Struktur der Information in einer Datenbank nennt man ... ? <one>Schema</one>.
+- Die grundlegende Struktur der in der Datenbank gespeicherten Daten ist ... ? Das so genannte <one>Datenmodell</one>.
+- In relationalen Datenbanken gilt das eine Relation eine Menge von Tupeln ist. Was meinen wir damit? Das die Zeilen voneinander verschieden sein müssen.
+- In einem Datenbanksystem, was meinen wir mit dem <one>Nullwert</one>? Dies ist allgemein ein spezieller Wert, der ausdrückt, dass kein Wert angegeben ist (da dies für diesen Eintrag in der Datenbank, zum Beispiel, unbekannt ist).
+- In databases we know the <one>ER model</one>. This ER model puts entities at its core. Each entity has attributes. What are attributes in this context? Attributes are the particular properties that describe it.
+- Bei relationalen Datenbanken, in Tabellen-Darstellung sind die Attributnamen ... ? die <one>Spaltenüberschriften</one>.
+- Nenne ein Beispiel für eine Generalisierung der Liste auf eine 2-dimensionale Datenstruktur, die auch bei Datenbanken zur Anwendung kommt. A: Der <one>Baum</one> (<one>tree</one>).
+- In databases, for the ER model, the basic concept is the <one>entity</one>. What is an entity in this parlance? An entity is a thing or object in the real world with an independent existence.
+- In JDBC-URL haben wir Strings wie zum Beispiel "jdbc:oracle:thin:@vier.cs.univie.ac.at:1521:o10g". Was bedeutet 1521 hier? Dies bezeichnet den <one>Port</one>.
+- The ER model describes data as ... which three groups? (1) <one>entities</one> (2) <one>relationships</one> (3) <one>attributes</one>
+- Gibt es einen Zusammenhang zwischen der Tiefe eines Baumes und der Anzahl der Knoten? Ja, und zwar ein <one>exponentieller Zusammenhang</one>. Je tiefer der Baum ist desto mehr Knoten besitzt er.
+- What do we mean with a database application? A database application refers to a particular database and the associated programs that implement the database queries and updates.
+- Nenne ein Ziel oder Verwendungszweck von Datenstrukturen. A: Datenstrukturen dienen zur Verwaltung großer Mengen ähnlicher Objekte.
+- Bei einer Datenbank, deren Speicherplatz: nenne ein wichtiges Ziel das hier verfolgt wird. A: Wir möchten die Information möglichst kompakt speichern.
+- In SQL haben wir das <one>Cursorkonzept</one>. Was ist ein Cursor in diesem Kontext? Ein <one>Cursor</one> ist eine Datenstruktur zum Zwecke des Granularitätsausgleiches zwischen SQL und Wirtssprache.
+- Does SQL have <one>VARBINARY</one>? Yes.
+- Eine Programmiersprache wie <one>Java</one> setzte den im Jahre <one>1992</one> entwickelten ODBC Standard um. Wofür steht die Abkürzung ODBC hier? <one>Open DataBase Connectivity</one>.
+- How can we ensure that we are in the right database? We apply the USE command such as via USE nodes;
+- How does Postgres call different users that can connect to its database? Roles.
+- What is a "database cluster"? A: This is "database storage area on a disk".
+- Was ist eine "Datenbankmanagementsystem" (DBMS)? Ein Datenbankmanagementsystem (DBMS) besteht aus einer Sammlung korrelierter Daten (i.e. Datenbank) und Programmen, die darauf zugreifen können.
+- Why do we use "tablespace" in Postgresql? We can define locations in the file system where the file resides.
+- How can we fetch large amounts of data from flat files into a SQL database? Via COPY from '/bla/foo.txt'
+- How do we add data into a SQL-database? Through insert statements.
+- To initialize a database cluster in Postgresql, what command do we use? initdb.
+- Name the 7 major SQL commands. A: (1) DELETE (2) INSERT (3) SELECT (4) UPDATE (5) WHERE (6) DROP (7) CREATE
+- When designing a database, why should we separate the first and the last name into separate fields? This simplifies data searching and sorting.
+- In SQL, how do we exclude conditions? Via <>.
+- In SQL, how to delete a database? dropdb
+- In SQL, name the difference between VARCHAR and CHAR. A: Varchar is of variable length, char is of fixed length (and has better performance).
+- How do we call the duplication of data? Data redundancy.
+- How can we make a comment in SQL statement? We use two - (dashes), like --.
+- Postgre has a file called pg_hba.conf. What means "hba"? Host-based authentication.

data/lib/studium/exam_topics/dna_mutation_and_dna_repair

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+# =========================================================================== #
+# === DNA Mutation and DNA Repair
+#
+# Everything about DNA mutation and DNA repair can be collected in this
+# file here.
+# =========================================================================== #
+
+- Why can <one>excision repair</one> work? Because <one>the other (undamaged) strand</one> <two>serves as a template</two>.
+- The <one>deamination of cytosine</one> yields ... ? <one>Uracil</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Deamination#Cytosine []
+- Mechanistically, how do <one>DNA glycosylases</one> work? They diffuse laterally along the minor groove of the DNA until a specific kind of lesion is detected.
+- The human genome contains at the least ... how many <one>translesion polymerases</one>? <one>5</one>. []
+- Name a mutation event that can generate mutations but leaves the DNA backbone intact. A: <one>Depurination</one>.
+- <one>Welcher Komplex</one> ist beim <two>nonhomologus-end joining</two> aktiv? Die <one>Ku-Heterodimere</one>, die den DNA Schaden erkennen. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ku_%28protein%29
+- Does <one>mitochondrial DNA</one> <two>mutate more often</two> than DNA stored in the nucleus? Yes.
+- Bei der <one>DNA Exzisionsreparatur</one>: wie nennen wir allgemein jene Proteine, die defekte Bereiche erkennen und rausschneiden? <one>Uvr-Proteine</one>. <two>uvr</two> steht für <two>UV-repair</two>.
+- Welches Enzym entfernt <one>Uracil</one> aus dsDNA? Die <violet>Uracil-DNA-Glycosidase</violet>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/mesh/68051981
+- <one>Missense mutations</one> can be of which two types? (1) "conservative" (2) <one>non-conservative</one>
+- Nenne 3 Möglichkeiten wie eine Zelle <one>UV Schäden</one> korrigieren kann. A: (1) "Photo-Reaktivierung" (2) "Nucleotid-Exzisions-Reparatur" ("NER") (3) <one>rekombinative Reparatur</one>
+- Eine DNA-Mutation kann entstehen durch Methylierung von Guanin, aber an welcher Position? An der <one>O6-Position</one>.
+- "Homologous recombination" plays an important role in regards to DNA damage, via ... ? The so-called "<ud>recombination repair</ud>".
+- Wie erkennt das "Mismatch Repair System" den alten DNA-Strang? Anhand der "methylierten Basen".
+- The "photoreactivation repair" can repair ... ? Dimers, such as "Thymidine dimers".
+- Which enzyme is the most important one in the DNA "base excision repair" pathway? "Apurinic/apyrimidinic (AP) endonuclease".
+- Welche Enzyme führen die "BER" ("Base Excision Repair") durch? Die "DNA-Glycosylasen". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_glycosylase
+- What is the most dangerous DNA damage that also occurs somewhat regularly? A DSB ("DNA double-strand break").
+- What does "redundancy in DNA repair" mean? This means that many types of DNA damage can be corrected by more than one "pathway of repair".
+- Die "O-6-Methylguanin-Methyltransferase" repariert DNA. Was entfernt sie aus der DNA? O-6-Methylguanin. Aus diesem wird wieder ein Guanin.
+- Can the cell "repair apurinic sites"? Yes.
+- Name the two most frequent spontaneous lesions. A: (1) "depurination" (2) "deamination"
+- What is a "synonymous mutation"? This is when a mutation-event changes one codon for an amio acid into another codon for that same amino acid.
+- A. W. für "snyonymous mutation"? "Silent mutation".
+- Why is the term "insertation mutation" not extremely accurate? Because they are actually "nucleotide-pair insertions".
+- Name the "two main types of point mutation". A: (1) "base substitution" (2) "base insertion/deletion"
+- When is "<ud>recombinational repair</ud>" used? When "both strands are damaged", e. g. when the DNA is broken.
+- Welche Reparatur ist umfassender: die "Base Excision Repair" oder die "Nucleotide excision repair"? "NER", da hier ein längeres Stück an DNA entfernt wird.

data/lib/studium/exam_topics/dna_replication

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+# =========================================================================== #
+# === DNA Replication
+#
+# Everything about DNA replication, be it in eukaryotes or prokaryotes.
+# =========================================================================== #
+
+- Die <one>Synthesephase der DNA-Replikation</one> wird wie genannt? <one>Elongation</one>.
+- <one>In Eukaryoten</one>: wird im Zuge der DNA-Replikation zuerst das Heterochromatin repliziert? Nein - zuerst repliziert das Euchromatin, dann das <two>Heterochromatin</two>.
+- Das berühmte <one>Meselson-Stahl-Experiment</one> von <two>Matthew Meselson</two> und <two>Franklin Stahl</two> aus dem Jahre <three>1958</three> verwendete welches Bakterium? <one>Escherichia coli</one>.
+- Ter-site in Bacteria: ter stands for ... ? <one>Terminus of replication</one>.
+- In Pol III, which component performs the <one>proofreading-activity</one>? <one>DnaQ</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DnaQ
+- Was ist ein wichtiger Unterschied zwischen <one>rolling circle Replikation</one> und "Theta-Replikation"? (1) <one>rolling circle replication</one>: <two>unidirektionale Replikation</two> (2) <one>theta replication</one>:          <two>bidirektionale Replikation</two>
+- Wann wurden die ersten <one>DNA-Helikasen</one> entdeckt? <one>1976</one>, durch Hoffmann-Berling.
+- Aside from DNA, the protein DnaA can also bind to ... ? <orange>ATP</orange>. []
+- <one>DnaA</one> depends a lot on which other cellular molecule? On <one>ATP</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DnaA []
+- Kommt es beim <one>non-homologous end-joining</one> zu einem <three>Doppelstrangbruch in der DNA</three>? Ja. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Non-homologous_end_joining []
+- The primers used for DNA replication in Bacteria: are these <one>RNA-Primer</one> or <one>DNA-Primer</one>? They are <one>RNA-Primer</one>.
+- Name a protein that can inhibit DNA replication in Bacteria. A: <one>SeqA</one>.
+- <one>Which enzyme</one> <two>synthesizes the Okazaki fragments</two>? The <one>DNA Polymerase III</one>. []
+- Bei der DNA-Replikation in Bakterien gibt es ein Protein das RIDA genannt wird. Was heisst <one>RIDA</one>? <one>Regulatory inactivation of DnaA</one>.
+- In <one>E. coli</one>: which protein <two>initiates DNA replication</two>? The <one>DnaA-Protein</one>. []
+- Wer entfernt den Beta-Ring von der DNA? Der <one>Gamma-Komplex</one>.
+- <one>Primer</one> bei der DNA-Synthese müssen unbedingt welche Eigenschaft besitzen? Sie müssen 3'OH Enden vorweisen.
+- What is the precise role that the <one>DnaC-Protein</one> plays during DNA Replication? The <one>DnaC-Protein</one> is a <two>loading factor</two>. It <three>loads DnaB onto the DNA strand at the origin</three>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DnaC
+- <one>Welches Molekül</one> synthetisiert den Primer bei der eukaryoten DNA Replikation? Die <one>Primase im Primosom</one>. []
+- Nenne zwei Kennzeichen <one>prokaryoter origins of replication</one>. A: (1) sie besitzen "dna-A Boxen" (2) sie <one>sind AT-reich</one>
+- Bei der Regulation der DNA-Replikation in Bakterien gibt es das wichtige Protein <one>DiaA</one>. Wieviele Untereinheiten hat es? Dia ist ein Homotetramer - besitzt somit 4 Untereinheiten.
+- How is the <one>AT-rich region</one> in <three>oriC</three> called? This is the <lightgreen>DNA-unwinding element</lightgreen>.
+- Give another term for the <one>DNA-replication process machinery</one>. A: The <one>replisome</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Replisome []
+- Ist die DNA-Reparatur in Eukaryoten an die Transkription gekoppelt? Üblicherweise ja.
+- Wie lange ist der <one>oriC in Bakterien</one>, zumindest in E. coli, in bp? Etwa <one>250bp</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Origin_of_replication#Prokaryotic
+- Which protein arrests the <one>DnaB helicase</one> at <three>Ter site</three>, thus "blocking replication forks"? The site-specific DNA binding protein <one>Tus</one> (<two>Terminus utilization substance</two>) does this. []
+- In bacteria, let's assume that we have proteins such as <one>DnaA</one>, DnaB, DnaC ... down to DnaZ. Given the <orange>primosome</orange> in bacteria, which two Dna-proteins are part of the primosome? (1) <one>DnaB</one> (2) <one>DnaG</one>
+- The zone of unwound DNA where replication occurs is known as ... ? The <one>replication fork</one>; at the least in Bacteria. URL: replication fork
+- In E. coli: wieviele verschiedene DNA-Polymerasen beschäftigen sich mit <one>beschädigter DNA</one>? <one>3</one>. []
+- <one>Typ ... Topoisomerasen</one> werden für die Termination ringfömiger Chromosomen benötigt. A: <one>Typ II Topoisomerasen</one>. []
+- In <one>E. coli</one>: <two>wo beginnt die Replikation des Genoms</two>? Am <one>oriC</one> Bereich. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Origin_of_replication []
+- During <one>bacterial conjugation</one>: <two>which endonucleases</two> is required to initiate the rolling circle replication? The <one>Tra1 Endonuclease</one>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC134963/
+- <one>Replication within a plasmid</one> begins at ... ? At an <one>origin of replication</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Origin_of_replication
+- Für die Initiation der DNA-Replikation in Bakterien ist im "DnaA-Protein" welche Aminosäure am wichtigsten? "<u>Arg399</u>", also "Arginin".
+- <orange>DnaA-ATP</orange> kann in <one>DnaA-ADP</one> konvertiert werden. Für eine effiziente Konversion benötigen wir welch weiteres Protein hierzu? Die "sliding clamp".
+- A typical <one>eukaryotic replicon</one> ranges from-to? 20.000 to 300.000 bp.
+- In Bakterien bei den minE Mutanten, welches Problem haben diese Bakterien und wieso? Der "Z-Ring" wird nicht gebildet; dadurch entstehen "filamentöse Zellen".
+- Is the "DiaA protein" good or bad for DNA replication? The DiaA Protein "stimulates DNA replication".
+- "DNA-polymerases" are not only important for DNA replication, but also at which other cellular function? "DNA-repair" (of damaged DNA).
+- Die "DNA-Polymerase I", aus E. coli, besteht aus n Aminosäuren? "928". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_polymerase_I
+- Nenne zwei Bedingungen, die erfüllt sein müssen, damit die DNA Polymerase I in E. coli, in-vitro, DNA erfolgreich replizieren kann. A: (1) Die Gegenwart von "dNTPs" (2) "Matrizen-DNA"
+- What role does "Dia" play in DNA-Replication of Bacteria? DiaA stimulates DNA replication and specifically binds to domains I and II at the N-terminus of the DnaA protein. The DiaA tetramer can bind multiple molecules of DnaA, and thus can serve as a bridge to bring two DnaA molecules together. Binding of DnaA to the DiaA tetramer may serve as a mechanism to overcome the effects of random diffusion and facilitate inter-DnaA interactions.
+- Die Primase erstellt den RNA-Primer für die DNA-Replikation. Wie lange sind diese Primer-Stücke? Etwa 10-12 Nukleotide.
+- What is the role of "Hda" during DNA-Replication in Bacteria? Hda ("homologous to DnaA") stimulates the ATPase activity of DnaA assembled at oriC B. The ATP-Hydrolysis then leads to the disassembly of the DnaA superhelix.
+- In the "rolling-circle model" of DNA-replication, which DNA end is progressively displaced? The 5-prime end.
+- In DNA Replication, the hydrolysis of DnaA-ATP is crucial to the regulation of initiation. By which mechanism does this occur? By a replication-coupled feedback mechanism called "RIDA" (regulatory inactivation of DnaA).
+- Name a replication model without replication bubble. A: The rolling-circle model.
+- Name two factors which are important for prokaryotes to control the initiation of DNA-Replication. A: (1) "methylation of DNA at the origin" (2) "attachment to the cell membrane"
+- Name the two replicative DNA Polymerases of Eukaryotes. A: (1) "Alpha" (2) "Delta"
+- Name two enzymes, at the least in bacteria, that travel along the DNA ahead of the "replication fork". A: (1) "DNA-Helicase" (2) "DNA-Gyrase"

data/lib/studium/exam_topics/ecogenetics

@@ -0,0 +1,26 @@
+# =========================================================================== #
+# === ECOGENETICS
+#
+# ökogenetik tag. Öko tag. Auch Lebensgemeinschaften der Mikroorganismen.
+# ECOGENETICS tag. Ökogen tag. Ecogen tag. Ökogentag.
+# Ökogen tag. Ökogen tag. ÖKOGENETIK Tag.
+# =========================================================================== #
+
+- Was ist unterhalb der <one>euphotischen Zone</one>? Die <one>aphotische Zone</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Aphotic_zone []
+- Ist meistens die allelische Vielfalt oder die genotypische Vielfalt höher? Die genotypische Vielfalt. []
+- Give another term for <one>retroderived elements</one>? <one>Retrotranscripts</one>.
+- Why is <one>5-methylcytosine</one> considered a "hot spot"? Because it can <one>spontaneously deaminate</one> to <two>thymine</two>.
+- Im Jahre 2000 wurde <one>SIP</one> eingeführt in der mikrobiellen Ökologie. Was heisst <one>SIP</one>? <one>Stable-isotope probing</one>. URL: URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Stable-isotope_probing []
+- Are Transitions or Transversions more abundant? Transitions are 20X more abundant than transversions. []
+- Deamination of 5-methylcytosine leads to ...? Thymine. []
+- On average, do <one>bacteria</one> or <one>archaea</one> have <two>larger genomes</two>? <one>Archaea</one> have larger genomes. []
+- Why is the endosymbiont <one>Buchnera aphidicola</one> so important for aphids? Aphids feed on plant sap, sucking it out of the phloem. This is a diet poor in amino acids, and aphids can not synthesize 10 of the 20 default amino acids. But their endosymbiont helps them, supplying them with these amino acids. This is an example for a 150 to 250 Mio years old symbiotic relationship.
+- What means "pan genome" in Ecogenetics? <one>Core</one> genome.
+- What is the <one>great plate count anomaly</one>? This means that plate counts of cells obtained by cultivation are usually much lower than than those obtained from direct counting via microscope.
+- Azotobacter is what kind of organism? It is a nitrogen-fixing bacterium.
+- Revertants can be of which 2 types? (1) same-site revertants (2) true revertants
+- How many viruses exist on planet earth? 10 ** 31 viruses are estimated to exist on earth.
+- What are "ecotypes"? These are genetic lineages with ecologically relevant physiological differences.
+- Who are the smallest known photosynthetic organism? The marine cyanobacteria from the Prochlorococcus genus.
+- Wie lebt "Richelia"? Intrazellulär.
+- Viruses may be important in ecology. List 3 reasons why. A: (1) nutrient cycling (2) horizontal gene transfer (3) microbial biodiversity

data/lib/studium/exam_topics/ecological_agriculture

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+# === Ökologischer Landbau
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+# Inkludiert auch Grünlandbewirtschaftung.
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+- Wenn wir eine Karten sehen mit <one>Grünland FEUCHT</one>, was können wir daraus schliessen? Das auf diesen Wiesen und Weiden mit hoher Wahrscheinlichkeit keine Trockenheit auftreten wird.
+- Nenne mindestens 3 Ausgangsmaterialien für Humus. A: (1) Ernterückstände (2) Wurzelrückstände (3) Stroh (4) Gründüngung 
+- Was meinen wir mit "Grünland"? Als Grünland werden landwirtschaftlich genutzte Flächen bezeichnet, auf denen "Gras und krautige Pflanzen" als Dauerkultur wachsen.
+- Was mag mit den nicht mehr genutzten Grünlandflächen in den Almregionen geschehen? Diese könnten langfristig zu Wald werden.
+- Wie wirken sich sehr häufige Regentage auf die qualitative Futterkonservierung aus? Sie wirken sich negativ aus.
+- In der Grünlandbewirtschaftung sollten wir "Futterverschmutzung" vermeiden. Hierbei gibt es vor allem 3 Punkte bei der Nutzung eines Grünlandfeldes. Welche? (1) Die "Schnitthöhe von mindestens 5cm" sollte eingehalten werden (2) Die "Mäh-, Werbe- und Erntegeräte" sollten sorgfältig eingestellt und kontrolliert werden (3) Es sollten nur möglichst gut abgetrocknete Bestände gemäht werden