mednotes-opencode 0.1.0

package/.opencode/mednotes/skills/obsidian-markdown/references/PROPERTIES.md

@@ -0,0 +1,61 @@
+# Properties (Frontmatter) Reference
+
+Properties use YAML frontmatter at the start of a note:
+
+```yaml
+---
+title: My Note Title
+date: 2024-01-15
+tags:
+  - project
+  - important
+aliases:
+  - My Note
+  - Alternative Name
+cssclasses:
+  - custom-class
+status: in-progress
+rating: 4.5
+completed: false
+due: 2024-02-01T14:30:00
+---
+```
+
+## Property Types
+
+| Type | Example |
+|------|---------|
+| Text | `title: My Title` |
+| Number | `rating: 4.5` |
+| Checkbox | `completed: true` |
+| Date | `date: 2024-01-15` |
+| Date & Time | `due: 2024-01-15T14:30:00` |
+| List | `tags: [one, two]` or YAML list |
+| Links | `related: "[[Other Note]]"` |
+
+## Default Properties
+
+- `tags` - Note tags (searchable, shown in graph view)
+- `aliases` - Alternative names for the note (used in link suggestions)
+- `cssclasses` - CSS classes applied to the note in reading/editing view
+
+## Tags
+
+```markdown
+#tag
+#nested/tag
+#tag-with-dashes
+#tag_with_underscores
+```
+
+Tags can contain: letters (any language), numbers (not first character), underscores `_`, hyphens `-`, forward slashes `/` (for nesting).
+
+In frontmatter:
+
+```yaml
+---
+tags:
+  - tag1
+  - nested/tag2
+---
+```

package/.opencode/mednotes/skills/obsidian-ops/SKILL.md

@@ -0,0 +1,136 @@
+---
+name: obsidian-ops
+description: Use when an agent will read, create, modify, move, delete, restore, or inspect Obsidian vault files, Wiki_Medicina notes, .obsidian data, plugin exports, vault Git state, or vault history.
+---
+
+# Obsidian Ops
+
+Camada operacional obrigatória antes de qualquer interação com vault Obsidian.
+Ela define segurança e roteia para o workflow certo; não substitui os comandos
+públicos nem duplica contratos longos.
+
+## Fonte Canônica
+
+- Vault history, restore, rollback e pontos de restauração:
+  `${extensionPath}/docs/vault-version-control.md` e
+  `${extensionPath}/scripts/vault/vault_git.py`.
+- Wiki e workflows médicos:
+  `${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki/cli.py`.
+- Taxonomia, estilo e formato de nota:
+  `${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md`.
+- Links, grafo, Related Notes e body linker:
+  `${extensionPath}/docs/semantic-linker.md`.
+- Proteção do vault e rollback:
+  `${extensionPath}/docs/vault-version-control.md`.
+- Resposta final ao usuário:
+  `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Política
+
+- Valide `wiki_dir` antes de ler ou mutar. A fonte é
+  `~/.mednotes/config.toml` em `[paths].wiki_dir`;
+  ambiguidade bloqueia.
+- Antes de mutar vault versionado, inspecione o estado com Git ou com a CLI de
+  segurança do vault. Não sobrescreva mudança do usuário.
+- Use `wiki/cli.py` para operações Wiki. Não invente protocolos ou scripts
+  locais do vault que não existem neste projeto.
+- Não use redirecionamento de shell para escrever notas. Use CLI controlada ou
+  edição de arquivo com UTF-8 preservado.
+- Não use `rm`, `del` ou exclusão direta em notas do vault. Deleção, merge,
+  migração de pasta e rollback passam por workflow com plano, recibo e
+  rollback. Pastas vazias só podem ser removidas por fase determinística.
+- Não mude `.obsidian/` sem pedido explícito e plano. Ler export de plugin é
+  permitido quando o linker exige.
+- Toda nota criada, apagada, movida, renomeada ou modificada gera
+  `link-trigger-context.v1` e chama `/mednotes:link` uma vez por lote, ou
+  retorna `linker_pending_reason`. Exceção: enrich puramente visual de imagens.
+- Não use Git destrutivo (`reset --hard`, `checkout --`, `push --force`) sem
+  pedido explícito e alvo inequívoco.
+
+## CLI-First Para Obsidian
+
+Antes de qualquer automação visual, tente nesta ordem: `obsidian help`;
+`obsidian <comando>` para ação equivalente à Paleta de Comandos;
+`obsidian eval` para APIs internas/plugins; leitura de logs, sync plans,
+exports e estado do vault; GUI só para campo/configuração sem
+comando, API ou arquivo seguro.
+
+Regra crítica: comandos da Paleta de Comandos do Obsidian são acessíveis via CLI.
+Sync, export de sync plans, reload de plugin, comando de plugin, console/erros
+e debug usam `obsidian`/`obsidian eval`. Nome ou ID desconhecido: descubra por
+CLI/eval primeiro.
+
+Ao interagir com Obsidian aberto, plugins, DOM, screenshots, reload, debug ou
+sync plans, carregue
+`${extensionPath}/skills/obsidian-cli/SKILL.md` antes de agir.
+`obsidian-ops` define segurança; `obsidian-cli`, mecânica.
+
+## Gate anti-GUI obrigatório
+
+Antes de mouse, screenshot, teclado ou UI Automation, declare: ação; por que
+`obsidian`, `obsidian eval` e arquivo seguro não
+cobrem; qual risco a GUI resolve. Dúvida bloqueia e volta para CLI.
+
+GUI proibida: Abrir Paleta de Comandos, rodar comandos de plugin, exportar sync
+plans, ler console/erros, reload/plugin/debug, ou observar settings legíveis
+por CLI/eval. GUI permitida só para campo sem comando/API, estado visual
+indisponível por CLI/arquivo, ou recovery com evidência de UI única.
+
+## Segurança Git
+
+Para qualquer mutação do vault, leia e siga
+`${extensionPath}/docs/vault-version-control.md`. A regra curta é:
+
+- `vault_git.py run-start` antes da mutação e `run-finish` depois.
+- No `run-finish`, copie o `run_id` literal do JSON de `run-start`; não
+  normalize nem remova separadores.
+- Depois de `run-finish`, confirme `guard_lease.status=closed` no JSON fresco
+  ou `guard-status.active_count=0`; com `blocked_reason=guard_lease_mismatch`,
+  `guard_lease.status=missing` ou sem essa evidência, reporte pendência e não
+  diga que o guard foi fechado.
+- Em resposta pública, não imprima `run_id`, `guard_lease`, lease id/path,
+  hash ou identificador curto de ponto de restauração como `7da9fcf`; diga
+  apenas que a proteção do vault foi encerrada e que há ponto de restauração
+  disponível. IDs ficam para debugging. Se listar `run-finish`, redija como
+  `--run-id <run_id>`.
+- Mudança humana aberta vira snapshot separado; não misture com mudança do
+  agente.
+- Um lote lógico vira um ponto de restauração, não um commit por arquivo.
+- Ao terminar, a política deve sincronizar e dar push. Falha de rede/auth fica
+  explícita como backlog local.
+- Se o workflow não consegue aplicar essa política, bloqueie ou registre
+  `blocked_reason` claro; não siga por edição manual silenciosa.
+
+## Delegação Para Skills Oficiais
+
+- Para operações Obsidian genéricas, carregue
+  `${extensionPath}/skills/obsidian-cli/SKILL.md`: busca, leitura,
+  propriedades, attachments, plugins, DOM, screenshot e rotinas de vault que
+  não sejam específicas do Workbench.
+- Para sintaxe Obsidian, carregue
+  `${extensionPath}/skills/obsidian-markdown/SKILL.md`: WikiLinks, embeds,
+  callouts, properties/frontmatter e detalhes de Markdown que não estejam
+  definidos pelo Padrão Ouro médico.
+- Essas skills vendorizadas são apoio de ferramenta/sintaxe. Elas não substituem
+  `wiki/cli.py`, `knowledge-architect.md`, `semantic-linker.md`, a política de
+  pontos de restauração, nem os workflows públicos `/mednotes:*`.
+
+## Roteamento
+
+- Criar nota: `${extensionPath}/skills/create-medical-note/SKILL.md`.
+- Enriquecer imagens: `${extensionPath}/skills/enrich-medical-note/SKILL.md`.
+- Processar raw chats:
+  `${extensionPath}/skills/process-medical-chats/SKILL.md`.
+- Saúde, estilo, taxonomia, duplicatas:
+  `${extensionPath}/skills/fix-medical-wiki/SKILL.md`.
+- Links, grafo, body linker, Related Notes:
+  `${extensionPath}/skills/link-medical-wiki/SKILL.md`.
+- Flashcards/deeplinks:
+  `${extensionPath}/skills/create-medical-flashcards/SKILL.md`.
+- Histórico/restore: `/mednotes:history` com `vault_git.py`.
+
+## Saída
+
+Siga `workflow-output-contract.md`: resumo em PT-BR, status, arquivos,
+blockers, `next_action` e `required_inputs`. Não despeje JSON bruto salvo se o
+usuário pedir.

package/.opencode/mednotes/skills/pdf-library/SKILL.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+---
+name: pdf-library
+description: Gerencia biblioteca local de figuras extraidas de PDFs e insere imagens revisadas em notas medicas.
+---
+
+# Skill: pdf-library
+
+Resposta ao usuário: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+- O usuário quer procurar figuras em PDFs locais para ilustrar notas médicas.
+- O usuário quer ingerir PDFs, buscar por termos ou revisar imagens antes de inserir.
+- O usuário abriu `/mednotes:pdf-library`.
+
+## Invariantes
+
+- Estado editável vive em `~/.mednotes/pdf-library`.
+- A experiência pública deve ser "just works": prepare ambiente, indexe, busque,
+  revise e insira sem exigir que o usuário saiba nomes de subcomandos.
+- Use a CLI interna via `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" scripts/mednotes/pdf_library/cli.py ...`.
+- Confira dependências e prepare o ambiente automaticamente quando for seguro.
+  Se houver bloqueio real, entregue uma única próxima ação em linguagem humana.
+- PDFs, OCR bruto, imagens e Markdown clínico não entram em telemetria.
+- Cloud é opcional. `gemini_cli` pode gerar âncoras; provedores free/open-model reservados bloqueiam como `provider_not_implemented`.
+- Inserção sempre mostra uma prévia, informa que nada foi alterado ainda e só
+  aplica depois de confirmação explícita.
+- Mudança puramente visual do enricher (`images_*`, embed e caption) não chama `/mednotes:link`.
+
+## Fluxo
+
+1. Abra a biblioteca e diga ao usuário se ela já está pronta ou se você está
+   preparando o ambiente.
+2. Descubra PDFs locais a partir do pedido do usuário ou do caminho informado.
+   Mostre quantos arquivos serão adicionados antes de indexar.
+3. Indexe os PDFs aceitos, mantendo OCR opcional e local.
+4. Busque figuras por termo, nota ou trecho clínico sem exigir sintaxe técnica.
+5. Para revisão visual, abra a TUI inline. Se imagem não renderizar, mantenha a
+   revisão textual disponível.
+6. Para inserir em nota, mostre uma prévia clara, informe que nada foi alterado
+   ainda e aplique somente após confirmação explícita com o vault guard ativo.
+
+## Privacidade
+
+Use recibos com hashes, paths, figure ids, captions e status. Nunca inclua PDF completo, dump de OCR, bytes de imagem, Markdown bruto de nota, `.env`, tokens ou chaves.

package/.opencode/mednotes/skills/process-medical-chats/SKILL.md

@@ -0,0 +1,246 @@
+---
+name: process-medical-chats
+description: Processa Chats_Raw médicos em notas Wiki_Medicina usando wiki/cli.py, subagents, validação formal, publish dry-run e linker semântico. Use com /mednotes:process-chats.
+---
+
+# Skill: process-medical-chats
+
+Resposta visível: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+Resposta pública padrão: use `reports.public_report.lines` quando existir e
+não exponha comandos literais, flags, schemas, recibos, hashes, paths internos
+nem nomes de campos. Detalhes técnicos ficam no canal agente/debug ou
+laboratório. Decisão humana aparece como pergunta, opções fechadas, item
+afetado e retomada em linguagem humana.
+
+Workflows FSM-first expõem `agent_directive` como o único
+contrato FSM -> agente consumível por automação. Consumidores usam
+`agent_directive.control` para enforcement e validação, e podem renderizar
+`agent_directive.instructions` como contexto para o modelo. Não parseie
+relatórios humanos nem preâmbulos em stderr para decidir o estado do workflow.
+
+Adapter detecta fato. FSM decide política. CLI executa efeito.
+
+Sem WorkflowEffect emitido pela FSM, não existe recovery automático.
+
+blocked_reason, next_action, status e operation_payload não autorizam retry/recovery/apply.
+
+Use para processar `Chats_Raw` em notas `Wiki_Medicina` ou continuar
+`/mednotes:process-chats`.
+
+## Fonte canônica
+
+- CLI pública: `${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki/cli.py`.
+- Taxonomia: `${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki_tree.py`,
+  `taxonomy-canonical`, `taxonomy-tree`, `taxonomy-audit`.
+- Estilo/Padrão Ouro: `${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md`.
+- Grafo/linker: `${extensionPath}/docs/semantic-linker.md`,
+  `wiki/cli.py run-linker`.
+- Engenharia de prompt e recovery de agentes:
+  `${extensionPath}/docs/agent-prompt-hardening.md`.
+- Ownership de fase fica na CLI pública e nos agentes listados nesta skill.
+
+## Invariantes runtime
+
+- O corpo do raw chat é imutável. YAML/status operacional pode ser alterado
+  para auditoria, mas somente por `wiki/cli.py` (`triage`, `discard`,
+  `publish-batch`); nunca por `write_file`, `replace`, shell redirection,
+  `sed` ou script ad hoc.
+- Mutação compartilhada é serial no agente principal: `triage`, `discard`,
+  `stage-note`, dry-run, publish, linker.
+- O objetivo é primeira passada publicável: triager deve gerar `note_plan` v2
+  completo, com `planned_meaning`, `meaning_claim` explícito, limites
+  semânticos e títulos/`staged_title` seguros como filename, sem duplicatas por
+  acento/caixa. A triagem não emite `covered_by_existing`; cobertura existente,
+  merge canônico e alvo final são decisões posteriores. O meaning planner
+  resolve existência/canonicidade; architect deve gerar nota, H1, taxonomia e
+  coverage coerentes com esse plano antes de qualquer staging.
+- `triage` que muta YAML/status de raw chat médico exige
+  `triager-prompt-eval.v1` aprovado e amarrado ao mesmo `raw_file` e
+  `note_plan`, além de `subagent-run-receipt.v1` assinado/atestado pelo runner
+  oficial para o output do triager. Sem isso, pare e gere o eval/recibo pela
+  rota oficial; não edite o YAML manualmente.
+- Se `eval-triager-output` retornar `needs_review`, não use `jq`, `cat`,
+  `mv`, script ou edição manual para consertar output/`note_plan`/metrics do
+  triager. Reenvie o erro ao `med-chat-triager` com `error_context` ou pare no
+  bloqueio.
+- Não peça ao triager para inventar `agent_metrics`. Métricas ausentes ou
+  autodeclaradas são telemetria incompleta; o gate padrão de UX avalia o
+  `note_plan`, não contadores de token fabricáveis. Use
+  `--require-agent-metrics` apenas em laboratório de prompt.
+- A fase de triagem de lote começa por `plan-subagents --phase triage`. O
+  parent não lê o raw chat para resumir conteúdo, não monta prompt manual para
+  `med-chat-triager` e não decide caminhos de artefatos por conta própria.
+  Use `work_item.triager_output_path`, `work_item.note_plan_path` e
+  `work_item.triager_eval_path`; o recibo de execução do subagente deve ser
+  assinado pelo runner oficial para esse `work_item`, não escrito, editado ou
+  assinado pelo parent.
+- Paralelize só `work_items`; `batches` apenas agrupam `work_ids`.
+- Continuação agentica executável vem somente de
+  `agent_directive.control.capabilities.continue=true` com
+  `agent_directive.control.effects[]`. `decision`, `human_decision_packet` e `progress_view_model.resume_action` orientam UX, decisão humana e retomada pública; sem `agent_directive.control.effects[]`, pare e reporte o bloqueio em linguagem humana.
+- Bloqueio recuperável preserva `error_context`; subagent de reparo recebe
+  causa, artefato, correção, `retry_scope` e `next_action`.
+- Antes de chamar subagent para corrigir erro, inclua o pacote operacional do
+  hardening: `app_version`, workflow, phase, comando oficial, erro exato,
+  `blocked_reason`, `next_action`, paths permitidos, schema, hashes e recibo ou
+  dry-run quando existir.
+- Não crie scripts locais para editar raw chats, coverage, manifest, H1,
+  taxonomia, YAML/status ou notas staged. Use os comandos oficiais da
+  `wiki/cli.py` para triage, `stage-note --coverage`, `publish-status`,
+  `publish-batch`, `fix-note` em temporárias, `apply-canonical-merge` e
+  `taxonomy-*`; se faltar rota oficial, bloqueie com `error_context`,
+  `next_action` e backlog em vez de contornar validações.
+- Para first-pass prevention do relatório de telemetria 2026-05-16 22:29:
+  `note_plan_invalid` bloqueia na triagem com `retry_scope=triage_note_plan_only`;
+  `blocked.validation_errors` bloqueia em `validate_note` com `fix-note` ou
+  `rewrite_prompt` oficial, nunca script; `taxonomy_resolution_required` segue
+  `taxonomy-*`/decisão humana antes de staging; `coverage_invalid` exige
+  regenerar `raw-coverage.v1` a partir do `note_plan` e repetir apenas
+  `stage-note --coverage`. Em todos esses casos, não gere scripts.
+- Com `agent.retry_loop` ou "Parar retries automáticos", pare a fase; só retome
+  após mudar o input do `error_context` ou obter decisão humana.
+- Registre `agent_events` redigidos quando houver retry/loop, fase errada,
+  `next_action` ignorado, drift, mutação inesperada, bloqueio ou comando falho.
+- Ambiente Python/uv/venv/PowerShell/path quebrado aponta para `/mednotes:setup`
+  ou bootstrap/reset oficial; não contorne editando scripts/runbooks.
+- Decisão humana usa `human_decision_packet`; resolva e retome por
+  `resume_action` antes de publish.
+- `note_plan` é da triagem. O architect aceita somente o contrato atual:
+  escreve exatamente o `meaning_work_item` lançado pelo planner, gera cobertura
+  para esse item e bloqueia qualquer formato antigo/incompleto antes de gastar
+  tokens.
+- `publish-batch` bloqueia sem `coverage_path`, raw sem `note_plan`, coverage
+  divergente, staged fora do plano ou alvo duplicado por normalização.
+- Merge multi-fonte usa `raw_files[]`/`sources[]`; `covered` exige
+  delta/seção/referência. Falta vira `provenance_gap`.
+- HTML salvo por `gemini-md-export` é obrigatório, iframe/linkado; nunca inline.
+- Imagem gerada/exportada pelo Gemini é obrigatória: inclua embed Markdown,
+  legenda `Figura:` com fonte `Gemini Web` e comentário `gemini-artifact`.
+- Sempre rode `publish-batch --dry-run`; publish real exige recibo compatível e
+  rollback automático em falha pós-mutação.
+- `publish-batch` real gera `link-trigger-context.v1` e chama o linker uma vez
+  ao final. Confira o resultado pelo payload FSM: `progress_view_model`,
+  `state_machine_snapshot`, `receipt`, `agent_directive` e evidência de linker
+  em `diagnostic_context`/`artifacts`.
+- Dry-run limpo = `ready_to_publish`; publish real = `published`; linker com
+  blockers = `completed_with_link_blockers`. Não chame de `completed`.
+- Taxonomia é pasta de categoria; `title` vira o arquivo `.md`.
+
+## Contrato de mudança do modelo de nota
+
+Mudança em modelo de nota (dado, YAML, seção, footer, formatação, tabela,
+alias ou proveniência) exige duas portas: `/mednotes:process-chats` valida notas
+novas antes de `stage-note`/`publish-batch`; `/mednotes:fix-wiki` audita e
+repara notas já ingeridas, ou bloqueia com rewrite/decisão humana. O gate é
+`wiki.note_style.NOTE_MODEL_ISSUE_COVERAGE`: novo `StyleIssue` sem
+`process_chats_new_notes` e `fix_wiki_retroactive` quebra o contrato.
+`didactic_visual_opportunity` em nota nova exige rewrite pelo
+`med-knowledge-architect` antes de publicar; siga
+`${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md` e não publique silenciosamente
+uma nota que o validador marcou como precisando de visual/equação didática.
+
+## Fluxo
+
+1. Ache `${extensionPath}`; fallback:
+   `~/.gemini/extensions/medical-notes-workbench`.
+2. Rota rápida de backlog, antes de qualquer validação ampla:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki/cli.py" list-pending --summary --json
+   ```
+
+   Se o payload público indicar que não há chats novos e o workflow é
+   terminal, encerre respondendo somente com
+   `reports.public_report.lines`: nenhuma
+   nota foi publicada/preparada, nenhum raw novo foi processado, nada foi
+   escrito na Wiki, coverage/manifest não se aplicam e linker/grafo não
+   precisa rodar. Não leia `config.toml`, não liste diretórios, não rode
+   `validate`, `list-triados`, `plan-subagents`, `validate-wiki`, fix-wiki,
+   linker, publish ou subagents depois desse terminal. Não mencione nomes de
+   campos internos, schemas, hashes ou caminhos locais na resposta pública e
+   não adicione seção técnica de resumo.
+3. Havendo backlog real, bloqueio acionável ou continuação explícita, valide e
+   carregue taxonomia:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki/cli.py" validate
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki_tree.py" --max-depth 4 --audit --format text
+   ```
+
+   Se `environment_preflight.status=blocked`, pare com setup/reset oficial.
+   Organização de pastas usa `taxonomy-migrate --dry-run`; apply só com
+   confirmação e rollback por `--rollback --receipt <recibo.json>`.
+4. Oriente backlog restante com `list-pending --summary` e
+   `list-triados --summary` somente quando a rota rápida não tiver retornado
+   terminal sem chats novos. Confira `list-triados`/`plan-subagents --phase
+   architect` somente se estiver continuando lote triado aberto.
+5. Pendentes: `plan-subagents --phase triage --limit <N>`. Default 5; use 2/3
+   em modo econômico. Lance no máximo um triager por `work_item.raw_file`;
+   não substitua essa etapa por `read_file` do raw nem por prompt manual;
+   salve o output top-level do triager, extraia o `note_plan` para arquivo
+   separado usando os caminhos oficiais do `work_item`, preserve o
+   `subagent-run-receipt.v1` assinado pelo runner oficial e rode
+   `eval-triager-output --raw-file <raw.md> --output <triager-output.json> --subagent-run-receipt <subagent-run-receipt.json> --require-subagent-run-receipt --report <triager-eval.json> --json`
+   e aplique em série
+   `triage --note-plan <note-plan.json> --triager-eval <triager-eval.json> --json`
+   ou `discard` somente se `triager-prompt-eval.v1` passar.
+   O `triage` reabre o recibo, confere a assinatura Ed25519, reabre o output
+   real do triager e verifica que o `note_plan` aplicado veio desse output; eval
+   ou receipt fabricados pelo parent bloqueiam.
+   Não peça ao triager para fabricar `agent_metrics`; métrica ausente é warning
+   no gate de UX e só bloqueia em laboratório com `--require-agent-metrics`.
+   Não escreva artefatos de triagem em `tmp/` na raiz do repo.
+6. Triados: `plan-subagents --phase architect --temp-root <tmp> --limit <N>`.
+   Se o plano retornar terminal sem chats novos, encerre o workflow usando
+   `reports.public_report.lines`: nenhuma nota foi
+   publicada/preparada, nenhum raw novo foi processado, nada foi escrito na
+   Wiki, coverage/manifest não se aplicam e linker/grafo não precisa rodar.
+   Não rode `validate-wiki`, `/mednotes:fix-wiki`, `run-linker`,
+   `publish-batch` ou subagents depois desse terminal, e não mencione nomes de
+   campos internos na resposta pública.
+   Um architect por `work_item` com `launchable: true`; recebe raw(s),
+   `temp_dir`, plano, taxonomia e árvore, e escreve só no `temp_dir`.
+   `canonical_merge` com `target_kind: new_wiki_note` vira uma única nota nova;
+   `canonical_merge` com `target_kind: existing_wiki_note` chama o architect
+   para gerar rewrite completo do alvo existente e o parent aplica com
+   `apply-canonical-merge`. `blocked_items` com `write_policy: no_temp_note` são
+   parada real: não salve Markdown temporário e não empurre para `/mednotes:fix-wiki`.
+   Ambiguidade bloqueia, sem nota paralela.
+7. Valide temporárias com `validate-note`; se `requires_llm_rewrite`, passe
+   `rewrite_prompt` e `error_context` ao architect, máximo 2 tentativas.
+   `fix-note` só para YAML/erros determinísticos. Confira cobertura
+   informacional. No OpenCode, antes de validar/stagear manualmente um output
+   de architect, rode `finalize-opencode-architect-task` com o plano oficial,
+   `work_id` e artifacts capturados pelo hook; não use
+   `finalize-opencode-specialist-task`, que é exclusivo de `style_rewrite`.
+8. Manifest único: `stage-note --coverage <coverage.json>`. Não edite manifest.
+   Sem proveniência multi-fonte, bloqueie como `provenance_gap`.
+9. Rode `publish-batch --manifest <manifest> --dry-run`. Chame `med-publish-guard`;
+   publique só com `approve`.
+   Se houver dúvida ou bloqueio de manifest/dry-run, rode
+   `publish-status --manifest <manifest> --json`; use o `error_context` dele e
+   não edite manifest/recibo manualmente.
+10. Rode `publish-batch` real uma vez. A CLI publica, monta trigger context e
+    chama o linker. Não rode `run-linker` manualmente depois de uma prévia; no
+    publish real, não leia `linker_*` nem campos raiz equivalentes para decidir
+    o status público. Use o resultado FSM: `reports`, `artifacts`,
+    `diagnostic_context` e `agent_directive` trazem a evidência de grafo/linker
+    já normalizada. Com blockers de grafo/linker, a resposta pública deve dizer
+    que o grafo ficou pendente e orientar retomada pelo workflow oficial.
+11. Registre feedback local quando possível, com `agent_events` e bloqueios de
+    ambiente. Responda por `workflow-output-contract.md`, status real, sem JSON
+    bruto.
+
+## Paralelização
+
+- Unidade indivisível: raw chat, nota temporária ou nota final.
+- Fonte única de spawn: `work_items`; não processe `batches` como segunda fila.
+- Um raw com várias notas continua com um architect; merge canônico usa
+  ownership por `target_key`.
+- Todo `planned_meaning` v2 lançado aparece em coverage/manifest; toda staged
+  note aparece no `note_plan`.
+- `plan-subagents --phase architect` passa pelo meaning planner atual; formato
+  antigo, duplicata ambígua ou payload incompleto bloqueia antes de gastar
+  tokens.
+- Com 0/1 item, não crie paralelismo artificial.
+- Se `truncated: true`, termine a fase atual antes de novo lote.

package/.opencode/mednotes/skills/workflow-report/SKILL.md

@@ -0,0 +1,100 @@
+---
+name: workflow-report
+description: Use when the user asks for /report, post-workflow reflection, execution postmortems, or emailing a detailed workflow report to Augusto.
+---
+
+# Workflow Report
+
+## Core Rule
+
+`/report` is a post-workflow audit. It is not a success summary. Reconstruct the
+run from the conversation, commands, files, tool outputs, generated artifacts and
+your own decisions. Document what actually happened, including messy parts.
+
+Block if you cannot identify the extension `app_version`; the email subject and
+body must include it.
+
+## Required Evidence
+
+Read `${extensionPath}/gemini-extension.json` and capture `app_version`.
+Use `${extensionPath}` as the installed extension root; fallback
+`~/.gemini/extensions/medical-notes-workbench`.
+
+Run this before sending the email:
+
+```bash
+uv run python scripts/mednotes/capture_extension_diff.py --send \
+  --github-baseline-url https://codeload.github.com/augustocaruso/medical-notes-workbench/zip/refs/heads/gemini-cli-extension
+```
+
+If the user requests immediate delivery, add `--flush`. Record `snapshot_path`,
+`extension-full.diff`, `capture.zip`, `generated-scripts/`, `send_result` and
+any failure reason.
+
+## Report Content
+
+Write a Markdown report in the persistent feedback area, for example:
+`~/.mednotes/feedback/workflow-reports/YYYY-MM-DD-HHMM-workflow-report.md`.
+Use `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md` for the final visible
+answer after the email step.
+
+Include these sections:
+
+- workflow/run context: command, objective, app_version, date, environment;
+- complete chronology of actions, including retries and dead ends;
+- all errors, difficulties, percalços, intercorrências and blockers;
+- how each problem was diagnosed, bypassed, fixed or left unresolved;
+- arquivos modificados, created artifacts, receipts and relevant paths;
+- todos os scripts criados by the agent, with path, purpose, risk and whether
+  they were executed; attach script files when emailing;
+- impacto no output: missing/changed quality, delays, incomplete
+  output, extra validation, manual decisions or user-visible consequences;
+- First-pass prevention: o que o agente deveria ter feito logo no primeiro ciclo,
+  qual instrução/prompt/contrato estava ausente, ambíguo ou fácil de ignorar,
+  qual prompt source deve mudar, qual fixture/corpus validaria a prevenção, e
+  quais correções foram apenas recuperação pós-erro;
+- o que poderia ter sido diferente for a smoother, more efficient and higher
+  quality run: prompt, docs, tests, CLI, telemetry, UX, stop rules and tooling;
+- open risks and next actions.
+
+Separate facts from inference. Be specific: filenames, command names, exit
+codes, blockers, decisions and validation results. Do not paste raw clinical
+Markdown, raw chats, HTML, `.env`, tokens, keys or secrets. Redact if needed.
+
+## Email
+
+Send the report by email to Augusto using the available email capability. Do not
+invent the address; use the configured Augusto recipient/account. If no email
+tool or recipient is available, stop and say exactly what is missing.
+
+Subject format:
+
+```text
+[medical-notes-workbench] Workflow report app_version=<version> <workflow-or-topic>
+```
+
+Attach:
+
+- the Markdown report;
+- `capture.zip`;
+- `extension-full.diff`;
+- every script the agent created during the workflow;
+- any generated-script files under the capture `generated-scripts/` directory.
+
+The body should contain a short executive summary plus the attachment list. It
+must say whether the diff email/envelope was sent successfully by
+`capture_extension_diff.py --send`.
+
+## Prompt Optimization Handoff
+
+When the run exposed avoidable retries, ignored `next_action`, wrong phase,
+manual script workarounds, missing error context, or preventable validation
+errors, add a compact `first_pass_prevention_candidates` JSON block in the
+Markdown report. This block is input for `prompt-optimization-from-telemetry`;
+it is not an active fixture and must not include raw clinical content, full
+scripts, HTML, tokens, keys, or `.env` values.
+
+## Final Response
+
+Reply in Portuguese with status, report path, email sent/not sent, app_version,
+attachments included, diff snapshot path and any missing evidence.

package/.opencode/mednotes/src/mednotes/__init__.py

@@ -0,0 +1,5 @@
+"""MedNotes — pacote raiz do namespace (libs distribuídas em bundle/src).
+
+Layout DDD: kernel (FSM genérico), platform (infra compartilhada), domains
+(bounded contexts). Ver docs/migration/0005-arvore-ddd-spec.md.
+"""

package/.opencode/mednotes/src/mednotes/domains/__init__.py

@@ -0,0 +1,5 @@
+"""MedNotes domains — os bounded contexts (wiki, flashcards).
+
+Cada contexto é autônomo; só se cruzam pela exceção REGISTRY (schema_registry).
+Ver docs/migration/0005-arvore-ddd-spec.md.
+"""

package/.opencode/mednotes/src/mednotes/domains/flashcards/README.md

@@ -0,0 +1,26 @@
+# Flashcards Domain
+
+Dominio dos utilitarios determinísticos de `/flashcards`. A lógica real vive
+neste pacote; os scripts no diretório pai permanecem como aliases públicos de
+CLI.
+
+Módulos reais:
+
+- `sources.py`: resolve arquivos, diretórios, globs, tags e manifests.
+- `pipeline.py`: prepara/aplica plano de escrita.
+- `index.py`: idempotência local e status de fontes.
+- `report.py`: preview e relatório final.
+- `model.py`: valida note type/campos do Anki.
+- `sync_rules.py`: compara/atualiza a cópia local das Twenty Rules.
+
+Aliases públicos preservados:
+
+- `../flashcard_sources.py`
+- `../flashcard_pipeline.py`
+- `../flashcard_report.py`
+- `../flashcard_index.py`
+- `../anki_model_validator.py`
+- `../sync_anki_twenty_rules.py`
+
+Novos utilitarios de cards devem entrar neste dominio. Scripts novos no pai
+devem ser evitados, salvo quando forem aliases públicos de CLI.

package/.opencode/mednotes/src/mednotes/domains/flashcards/__init__.py

@@ -0,0 +1,2 @@
+"""Deterministic internals for the public `/flashcards` workflow."""
+