mednotes-opencode 0.1.0

package/core/commands/mednotes/link.toml

@@ -0,0 +1,24 @@
+description = "Roda a linkagem da Wiki_Medicina."
+prompt = '''
+Rode a linkagem da Wiki_Medicina.
+Argumentos do usuário: {{args}}
+Use a skill `link-medical-wiki` e carregue `${extensionPath}/skills/obsidian-ops/SKILL.md`.
+Responda pelo contrato `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+Invariantes do launcher:
+- /mednotes:link é o dono de todo reparo de grafo: vocabulary DB, curadoria semântica, aliases, body linker, Related Notes e validação final. Não mantém índice Dataview.
+- `wiki/cli.py run-linker --diagnose` monta plano e salva `link-diagnosis.json`
+  sem mutar notas; resolve aliases contextuais determinísticos, mas não abre
+  `gemini -p` escondido para ambiguidades médicas reais.
+- `wiki/cli.py run-linker --apply --diagnosis <json>` aplica só diagnóstico
+  validado; o apply não chama LLM nem recalcula decisões contextuais.
+- Se aparecer `vocabulary_curator_batch_plan_path` ou `vocabulary_semantic_ingestion_pending`, continue a curadoria aqui; não encerre como próximo passo manual.
+- Na curadoria de vocabulário: Não use `@generalist` nem outro agente intermediário; o agente pai é o único orquestrador; lance `med-link-graph-curator` diretamente por `work_items[]`.
+- No apply, `vocabulary_semantic_repair` resolve fila simples antes de linkar; só pare em decisão humana ou erro operacional real.
+- `wiki/cli.py related-notes-sync` é o único escritor de `## 🔗 Notas Relacionadas`;
+  `run-linker` chama essa fase canônica em vez de heurística própria.
+- Modos estreitos: `/mednotes:link-body`, `/mednotes:link-related`; seção
+  gerenciada: `related-notes-sync --apply` com recibo e proteção do vault.
+- Este workflow não corrige estilo, YAML/status, publicação ou taxonomia.
+- Não faça regex manual para linkar notas.
+- Não mostre JSON bruto por padrão; resuma links, Related Notes, blockers e próxima ação.
+'''

package/core/commands/mednotes/pdf-library.toml

@@ -0,0 +1,24 @@
+description = "Gerencia biblioteca local de imagens extraidas de PDFs."
+prompt = '''
+Abra a biblioteca local de imagens de PDFs para enriquecer notas médicas.
+
+Argumentos do usuário: {{args}}
+
+Use a skill `pdf-library`. Use também `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`
+para responder com resumo legível, prévia, confirmação e retomada oficial.
+
+Invariantes do launcher:
+- contrato tipado: `pdf-library insert` é uma operação canônica preview/apply.
+  O apply só pode materializar mudanças visual-only: embed de imagem, legenda
+  `Figura:` e frontmatter visual `images_*`.
+- Trate o comando público como experiência guiada: confira o ambiente,
+  prepare automaticamente quando for seguro e só peça ação humana quando houver
+  bloqueio real.
+- Não ensine subcomandos, flags ou termos técnicos por padrão. Fale em
+  preparar ambiente, mostrar prévia, nada alterado ainda, confirmar e aplicar.
+- A TUI abre inline no terminal atual por padrão.
+- Não envie PDF, OCR bruto, imagens ou conteúdo clínico para telemetria.
+- Inserção exige prévia e confirmação explícita antes de mutar nota.
+- Se qualquer mudança clínica/textual aparecer entre a prévia e o apply,
+  bloqueie como mutação não visual inesperada e preserve a nota.
+'''

package/core/commands/mednotes/process-chats.toml

@@ -0,0 +1,20 @@
+description = "Processa backlog de chats medicos brutos para notas Obsidian."
+prompt = '''
+Processe chats médicos brutos de `Chats_Raw` para `Wiki_Medicina`. Argumentos do usuário: {{args}}. Guardrails enfáticos do launcher:
+- Rota rápida obrigatória: primeiro rode exatamente `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "${extensionPath}/scripts/mednotes/wiki/cli.py" list-pending --summary --json`; não leia skills/docs, diretórios, `config.toml` nem rode `validate` antes dessa checagem.
+- Se o payload público indicar que não há chats novos e o workflow é terminal, responda somente com `reports.public_report.lines` e encerre. Não adicione "Resumo do Trabalho"; não mencione nomes de campos internos, schemas, hashes ou caminhos locais.
+- Resposta pública padrão: use `reports.public_report.lines` quando existir e não exponha comandos literais, flags, schemas, recibos, hashes, paths internos nem nomes de campos. Detalhes técnicos ficam no canal agente/debug ou laboratório; decisões humanas devem aparecer como pergunta, opções fechadas e item afetado.
+- Só carregue a skill `process-medical-chats` e `${extensionPath}/skills/obsidian-ops/SKILL.md` se houver backlog real, bloqueio acionável ou continuação explícita. Resposta: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`. Continuação agentica executável vem somente de `agent_directive.control.capabilities.continue=true` com `agent_directive.control.effects[]`; `decision`, `human_decision_packet` e `progress_view_model.resume_action` orientam UX, decisão humana e retomada pública, mas não autorizam mutação ou chamada de subagente sem `agent_directive.control`.
+- Se a fase `architect` também indicar zero itens e terminal sem chats novos, encerre: não rode `validate-wiki`, `/mednotes:fix-wiki`, `run-linker`, `publish-batch` nem subagentes. Responda que não havia chat novo, nada foi escrito e linker/grafo não precisava rodar.
+- Para lote explícito, use `plan-subagents --limit <N>` com `--phase triage` antes de ler raw; um raw chat por subagent; parent não monta prompt manual e usa paths do `work_item`.
+- Não substitua `med-chat-triager`; `triage-note-plan.v2` é autoridade; rode `eval-triager-output --report`; se falhar, reenvie ao triager, não remende JSON; nunca peça metrics fabricadas.
+- Exija coverage `raw-coverage.v1` derivada do plano e `stage-note --coverage` no manifest único.
+- No OpenCode, depois de uma task `architect` concluída, use somente `wiki/cli.py finalize-opencode-architect-task` com `--plan`, `--work-id` e `--json`; não use `finalize-opencode-specialist-task`, não leia código para descobrir finalizer e não siga para `stage-note` antes desse payload validar metadata, `architect-output.v1`, coverage e nota.
+- Corpo de raw chat é imutável; YAML/status só muda via `wiki/cli.py` (`triage`, `discard`, `publish-batch`). Não use `write_file`, `replace`, shell redirection, `sed` ou scripts para editar raw chats, coverage, manifests, H1, taxonomia, YAML/status ou notas staged; first-pass prevention: `note_plan_invalid` para na triagem; `blocked.validation_errors` usa `fix-note`/`rewrite_prompt`; `taxonomy_resolution_required` usa `taxonomy-*`; `coverage_invalid` repete só `stage-note --coverage`; não gere scripts.
+- Se a CLI apontar `environment_blocker.windows_path_or_venv`, rode `/mednotes:setup` ou bootstrap/reset oficial; não edite scripts/runbooks.
+- Para `canonical_merge_required`, `provenance_gap`, `batch_state_mismatch` ou decisão humana, renderize a decisão pelo `decision`/`human_decision_packet` e só continue automaticamente quando `agent_directive.control.effects[]` trouxer a próxima operação executável. Campos legados como `human_decision_required`/`next_action` em payload técnico não autorizam publicação.
+- Se houver `artifact_manifests`, cubra todos os HTMLs; nunca inline HTML. Sempre rode `publish-batch --dry-run`, depois `med-publish-guard`; publish real tem rollback automático.
+- Não rode `run-linker` manualmente depois do dry-run; o `publish-batch` real já chama o linker. Se links bloquearem após publish, próxima ação é `/mednotes:fix-wiki --dry-run`.
+- Em bloqueios recuperáveis, preserve `error_context`; em retry/fase errada/comando falho, registre `agent_events` redigidos.
+- Não chame dry-run de concluído: dry-run limpo é `ready_to_publish`, publish é `published`, linker com blockers é `completed_with_link_blockers`.
+'''

package/core/commands/mednotes/setup.toml

@@ -0,0 +1,18 @@
+description = "Prepara o ambiente Python local do Medical Notes Workbench."
+prompt = '''
+Prepare o Medical Notes Workbench para uso nesta maquina; conduza o usuario passo a passo e pare em login/decisao ate confirmacao clara.
+Use `${extensionPath}` como raiz da extensão e `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md` para a resposta final.
+Modelo mental:
+1. `~/.gemini/extensions/medical-notes-workbench` é o bundle; estado persistente fica em `~/.mednotes`.
+2. Use `/mednotes:setup` como workflow FSM-first. O estado público é somente `setup-fsm-result.v1`: `state_machine_snapshot`, `progress_view_model`, `receipt`, `decision`, `human_decision_packet`, `reports` e `agent_directive`.
+3. Execute somente `agent_directive.control.effects[]`, em ordem, e alimente o resultado de cada adapter de volta como evento tipado da FSM. Não transforme stdout de adapter privado em estado público.
+4. Effects públicos esperados incluem `setup:set-paths`, `setup:validate-config`, `setup:repair-config` com adapter `--agent-repair`, `setup:bootstrap-python`, `setup:wait-obsidian`, `setup:rebuild-markdown-runtime`, `setup:rebuild-markdown-index` para preparar o índice Markdown, `setup:vault-guard`, `setup:start-github-login`, `setup:choose-local-only`, `setup:confirm-github-remote`, `setup:resolve-ambiguous-remote`, `setup:confirm-main-branch` e `setup:resolve-policy`.
+5. `setup:vault-guard` pode executar `vault_git.py setup` apenas como adapter privado e deve ser projetado pelo stack FSM antes de qualquer comunicação pública.
+6. Se `decision.kind=ask_human`, use a ferramenta nativa de pergunta/seleção com as opções do `human_decision_packet`; só retome pelo `resume_action` oficial.
+7. Se o receipt trouxer `git_identity_github_attribution`, explique que autoria Git preservada não garante avatar/link/filtro no GitHub; para isso use email de uma conta GitHub ou bot real.
+8. Não edite `config.toml` manualmente; use o adapter oficial preservando bytes UTF-8; não rode `git add`, não rode `git commit`, não rode `git push`, não limpe arquivos e não entre em nested repos/plugins para "limpar" o vault.
+9. No Windows, se aparecer "missing `RECORD`", `Failed to uninstall package`, repetição de uninstall/install ou `Acesso negado`, reporte `uv_repair_churn`/`windows_path_or_venv` e use as rotas oficiais `bootstrap_windows_python_uv.ps1` ou `reset_windows_python_uv.ps1`; não diga que o ambiente está perfeito.
+10. SerpAPI é opcional via `gemini extensions config medical-notes-workbench SERPAPI_KEY`, `config.toml`/`.env` persistentes; nunca imprima segredo.
+11. Registre feedback local com `scripts/mednotes/feedback_report.py record --workflow /mednotes:setup --agent`; falha de feedback não muda o resultado do setup.
+Explique em portugues o que foi configurado/falta; se a proteção local estiver pronta, inclua: "Proteção local pronta. A extensão também ativou uma trava de segurança: agentes Gemini não conseguem alterar o vault diretamente sem ponto de restauração ativo."
+'''

package/core/commands/mednotes/status.toml

@@ -0,0 +1,24 @@
+description = "Verifica configuracao local do Medical Notes Workbench."
+prompt = '''
+Verifique o status local do Medical Notes Workbench.
+
+Use `${extensionPath}` como raiz da extensão e `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md` para a resposta final.
+
+Checklist nao mutante:
+1. Confirme `gemini extensions list` e raiz `~/.gemini/extensions/medical-notes-workbench`.
+2. Verifique `~/.mednotes/config.toml` sem imprimir o arquivo inteiro; nunca mostre tokens, `auth_token`, `.env`, defaults de telemetria, feedback records ou hook events.
+3. Confira `~/.mednotes/config.toml` com `[paths].wiki_dir` e `[paths].raw_dir`; o status não deve alterar notas. Se faltar caminho, a próxima ação oficial é `set-paths`; destaque compatibilidade ou bloqueio por ambiguidade.
+4. Valide o enricher pela porta explícita de script: `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "scripts/enrich_notes.py" --help`. Não passe `-m` para `run_python.mjs`; o wrapper recebe um caminho `.py` relativo à raiz da extensão.
+5. Leia `[gemini].binary`, resolva `gemini.cmd` no Windows quando aplicavel e rode `<binary> --version` sem imprimir segredos.
+6. Rode `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "scripts/mednotes/wiki/cli.py" validate --config ~/.mednotes/config.toml` e destaque `environment_preflight`, `wiki_source`, `wiki_compat_warnings`, `config_encoding_warnings` e `vocabulary_db_exists`.
+7. Rode `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "scripts/mednotes/wiki/cli.py" markdown-query-status --config ~/.mednotes/config.toml --json` e trate a saída como snapshot técnico tipado do índice Markdown: ready = "Índice Markdown pronto."; missing/stale = "Índice Markdown precisa ser preparado; próxima ação: /mednotes:setup."; bloqueio = traduza causa e retomada oficial em linguagem humana, sem transformar campos técnicos raiz em estado paralelo.
+8. Rode `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "scripts/mednotes/feedback_report.py" integrity status --format json` e destaque drift de prompts/runbooks/scripts.
+9. Confira `SERPAPI_KEY`/`SERPAPI_API_KEY` por setting, ambiente ou `.env` persistente sem imprimir chave; se faltar, dê o comando de configuração.
+10. Não publique, não corrija Wiki, não aplique linker e não altere notas.
+11. Registre feedback local com `node "${extensionPath}/scripts/run_python.mjs" "scripts/mednotes/feedback_report.py" record --workflow /mednotes:status --agent`.
+    Se algum comando anterior encontrou pendência, falha ou aviso, grave um payload tipado de snapshot/status com causa, retomada oficial e evidência redigida; nunca grave um resumo final saudável vazio depois de detectar ambiente pendente.
+    Se houve retry, fase errada, drift, mutação inesperada ou comando falho, use `--payload -` com `agent_events` e `error_context` tipados.
+    Se encontrar Python/uv/venv/PowerShell/path Windows quebrado, registre `environment_blocker.windows_path_or_venv`, sugira `/mednotes:setup` ou bootstrap/reset oficial e pare sem editar scripts, prompts ou runbooks.
+    Se qualquer comando imprimir "missing `RECORD`", "Failed to uninstall package", `Uninstalled ... Installed ...` repetidamente ou `Acesso negado`, registre `uv_repair_churn` ou `environment_blocker.windows_path_or_venv`; não diga que o ambiente está perfeito mesmo que o JSON principal venha `ready`.
+Responda em portugues com pronto / pendente e proximas acoes concretas.
+'''

package/core/commands/mednotes/telemetry.toml

@@ -0,0 +1,24 @@
+description = "Configura e opera telemetria por email do Medical Notes Workbench."
+prompt = '''
+Gerencie a telemetria por email pela interface do Gemini CLI.
+
+Argumentos do usuario: {{args}}
+
+Use `${extensionPath}` como raiz da extensao; fallback `~/.gemini/extensions/medical-notes-workbench`.
+Use `~/.mednotes` para estado persistente. Rode Python sempre com `uv run python`.
+Contrato tipado: este launcher é adapter de telemetria local/desativada; ele lê `workflow-telemetry-status.v1`, `workflow-telemetry-envelope.v1` em prévia local e recibos de desativação, mas não cria uma FSM própria nem usa campos técnicos raiz como controle de workflow.
+
+Intencoes:
+1. `setup-email`, "quero receber por email", `enable`, "ativar" ou `send`: informe que a telemetria remota automatica por email esta desativada no projeto. Nao rode deploy, nao envie email de teste, nao crie defaults privados e nao tente reativar hooks. Se o usuario quer enviar um relatorio manual da execucao atual, oriente para `/report`.
+2. `status`, `preview` ou `disable`: rode o subcomando correspondente de `scripts/mednotes/feedback_report.py telemetry`. Em `status`, diga que o projeto esta com telemetria remota desativada; em `disable`, confirme que a instalacao tambem ficou com opt-out local.
+3. Para diagnostico local, use backlog/relatorios de experimentos controlados; nao use hooks ou envio remoto.
+4. Antes de orientar update/release em uma instalacao com drift ou arquivos editados pelo agente, nao rode `gemini extensions update` diretamente e nao acione hooks de snapshot/telemetria. Se precisar preservar drift, use captura local sem envio e reporte o caminho do artefato local.
+5. Se o usuario ja atualizou e precisa tentar resgatar o diff agora, rode apenas captura local sem envio remoto. Nao use `--send` nem `--flush`. Se o conteudo antigo foi sobrescrito sem snapshot/backup/objeto Git, nao ha diff antigo recuperavel.
+6. Para diagnostico visual local, use `preview --since 7d`; nao use retry/envio da outbox.
+7. Ao fechar, nao registre um novo feedback apenas para reportar que telemetria esta desativada.
+   Se houve retry, fase errada, ação oficial desrespeitada, drift, mutacao inesperada
+   ou comando falho, use `--payload -` e inclua `agent_events`/`error_context` tipados conforme
+   `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+Responda em portugues simples: pronto, telemetria remota desligada, pendencias e proxima acao concreta. Nao exponha RESEND_API_KEY.
+'''

package/core/commands/report.toml

@@ -0,0 +1,23 @@
+description = "Envia relatório reflexivo pós-workflow por email."
+prompt = '''
+Gere e envie um relatório pós-workflow.
+
+Argumentos do usuário: {{args}}
+
+Use a skill `workflow-report`.
+Use `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md` para a resposta final.
+
+Invariantes do launcher:
+- Rode somente após um workflow ou quando o usuário pedir relatório da execução atual.
+- O relatório precisa incluir `app_version`, erros, dificuldades, obstáculos,
+  contornos, arquivos modificados, scripts criados, impacto no output e melhorias.
+- Este é um envio manual explícito com recibo tipado: preserve o resultado de
+  `manual-extension-diff-capture.v1`, `workflow-telemetry-envelope.v1` e `send-result.json`;
+  não trate `/report` como reativação de telemetria automática.
+- Inclua uma seção `First-pass prevention`: o que o agente deveria ter feito
+  logo na primeira tentativa, qual prompt/contrato/guardrail teria evitado o
+  problema, e qual fixture validaria essa prevenção.
+- Capture o diff local vs GitHub com `uv run python scripts/mednotes/capture_extension_diff.py --send --github-baseline-url https://codeload.github.com/augustocaruso/medical-notes-workbench/zip/refs/heads/gemini-cli-extension`.
+- Envie email para Augusto com relatório e anexos criados (`extension-full.diff`, `capture.zip`, scripts).
+- Não inclua conteúdo clínico bruto, `.env`, tokens, chaves ou raw chats.
+'''

package/core/skills/THIRD_PARTY_NOTICES.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+# Third Party Notices
+
+## PyMuPDF
+
+The PDF library optional extra uses PyMuPDF for local PDF parsing and rendering.
+PyMuPDF is distributed under AGPL/commercial licensing terms. Keep it optional
+and surface setup/doctor notices before enabling `/mednotes:pdf-library`.
+
+## kepano/obsidian-skills
+
+Vendored paths:
+
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-cli/SKILL.md`
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-markdown/SKILL.md`
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-markdown/references/`
+
+Source: <https://github.com/kepano/obsidian-skills>
+
+Vendored commit: `ac9398734fe719565809f7a6048b05c36b1ca38f`
+
+License:
+
+```text
+MIT License
+
+Copyright (c) 2026 Steph Ango (@kepano)
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.
+```

package/core/skills/create-medical-flashcards/SKILL.md

@@ -0,0 +1,113 @@
+---
+name: create-medical-flashcards
+description: Cria flashcards médicos no Anki a partir de notas, pastas, tags Obsidian ou texto, usando Twenty Rules, flashcard_pipeline.py e o MCP global anki-mcp. Use com /flashcards.
+---
+
+# Skill: create-medical-flashcards
+
+Resposta visível: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+Use para `/flashcards`: Markdown, múltiplos arquivos, diretórios, globs, tags
+Obsidian, filtros em linguagem natural ou texto/briefing colado.
+
+## Fonte canônica
+
+- Metodologia: `${extensionPath}/docs/anki-mcp-twenty-rules.md`.
+- Regras locais, modelos, preview, idempotência, deeplink e tags:
+  `${extensionPath}/docs/flashcard-ingestion.md`.
+- Templates Anki (HTML/CSS): `${extensionPath}/docs/anki-templates/`.
+- Resolver fontes: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py`.
+- Modelos: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcards/install_models.py`.
+- Plano/aplicação: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py`.
+- Relatórios: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py`.
+- Saída visível: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+- Deeplink/tag Obsidian: `${extensionPath}/scripts/mednotes/obsidian_note_utils.py`.
+
+## Invariantes runtime
+
+- `/flashcards` é preview-first. Modo direto só com `--create`, `--direct`,
+  `--yes`, `--no-preview`, "criar diretamente", "sem preview" ou equivalente.
+- Use apenas o MCP global `anki-mcp` já configurado. As tools aparecem como
+  `mcp_anki-mcp_*`; não use nomes crus como `addNotes`.
+- Não crie `/twenty_rules` local e não peça ao usuário para executá-lo. Leia a
+  cópia local `anki-mcp-twenty-rules.md`.
+- Leia fontes resolvidas antes de raciocinar. Não use conteúdo externo como base
+  factual dos cards.
+- Não adicione tags Anki. A tag Obsidian `anki` só vem depois de sucesso real
+  no Anki e apenas nas notas com pelo menos um card aceito.
+- Pare antes de escrever se modelos, Anki MCP, confirmação ou plano bloquearem.
+  Mais de 40 candidatos exige confirmação.
+- Trate `flashcard_pipeline.py prepare` como fonte de verdade. Se ele retornar
+  FSM `blocked`, `waiting_human` ou `failed`, não chame Anki nem resuma como
+  concluído.
+
+## Fluxo
+
+1. Resolva o escopo antes de ler notas:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py" resolve --scope "<args>" --dry-run --skip-tag anki
+   ```
+
+   Omita `--skip-tag anki` só se o usuário pedir refazer/regenerar notas já
+   marcadas. Se `summary.requires_confirmation` ou escopo amplo, mostre:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py" preview --scope "<args>" --dry-run --skip-tag anki
+   ```
+
+2. Use `manifest.notes` como lista final. Leia cada `path`; preserve `deck`,
+   `deeplink`, `vault_relative_path`, `link_mode`, tags e `content_sha256`.
+   Texto colado sem nota vai para `Medicina::Inbox`, salvo deck explícito.
+3. Garanta os modelos antes de pedir candidatos: chame
+   `mcp_anki-mcp_modelNames`, `mcp_anki-mcp_modelFieldNames` e rode:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcards/install_models.py" ensure --existing - --output -
+   ```
+
+   Execute as `actions` MCP indicadas. Se status `incompatible`, peça apagar ou
+   renomear o modelo no Anki.
+4. Leia `anki-mcp-twenty-rules.md` e `flashcard-ingestion.md`. Chame
+   `med-flashcard-maker` em modo candidato; ele retorna `preferred_models`,
+   `models` e `candidate_cards`, sem gravar no Anki.
+5. Prepare o plano:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py" prepare --input -
+   ```
+
+   Pare se a FSM retornar `blocked`, `waiting_human` ou `failed`. Decisão de
+   reprocessamento vem antes de qualquer escrita.
+6. Mostre o preview:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py" preview-cards --input -
+   ```
+
+   No modo padrão, não chame Anki antes da confirmação.
+7. Em gravação, use só `new_cards` aprovados e `anki_find_queries`.
+   Rode `mcp_anki-mcp_findNotes`, pule duplicados e só então use
+   `mcp_anki-mcp_addNotes`/`mcp_anki-mcp_addNote`.
+8. Depois do sucesso no Anki, aplique resultados:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py" apply --input -
+   ```
+
+9. Marque somente notas com pelo menos um card aceito:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/obsidian_note_utils.py" add-tag --tag anki --effect-target flashcards.tag_obsidian --vault-guard-receipt <vault-guard-receipt.json> <arquivos...>
+   ```
+
+10. Gere o resumo final quando houver dados estruturados:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py" final --input -
+   ```
+
+   Termine pelo contrato de saída: status emoji, fontes, cards candidatos/novos,
+   duplicados, notas marcadas `anki`, bloqueios e próxima ação.

package/core/skills/create-medical-note/SKILL.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+---
+name: create-medical-note
+description: Cria notas médicas didáticas em Markdown para estudo, com estrutura clara para Obsidian e pontos que podem ser enriquecidos com imagens depois. Use quando o usuário pedir para criar, escrever, estruturar ou transformar um tema/material em nota médica.
+---
+
+# Skill: create-medical-note
+
+Resposta ao usuário: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+- O usuário quer criar uma nota médica didática a partir de um tema, outline,
+  transcrição, aula, texto colado ou pergunta clínica geral.
+- O usuário quer uma nota Markdown organizada para estudo no Obsidian.
+- O usuário quer preparar uma nota que depois possa receber figuras com
+  `enrich-medical-note`.
+- O usuário quer uma Mini-Aula no padrão da Wiki_Medicina; nesse caso, carregue
+  e siga `${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md`.
+
+Não usar para:
+
+- Dar aconselhamento médico individualizado para um paciente real.
+- Diagnosticar ou prescrever conduta personalizada.
+- Inserir imagens; para isso use `enrich-medical-note` depois que a nota existir.
+- Processar `Chats_Raw`, decidir `note_plan`, publicar lote ou marcar raw chat;
+  para isso use `/mednotes:process-chats`.
+
+## Formato recomendado
+
+Use Markdown limpo, com headings ATX (`#`, `##`, `###`). Prefira seções curtas,
+boas para revisão e para futura inserção de imagens.
+
+Estrutura padrão:
+
+```markdown
+---
+tipo: nota-medica
+tema: ...
+status: rascunho
+---
+
+# Título
+
+## Visão geral
+
+## Anatomia/Fisiologia essencial
+
+## Mecanismo ou fisiopatologia
+
+## Quadro clínico
+
+## Diagnóstico
+
+## Tratamento ou manejo
+
+## Armadilhas e diferenciais
+
+## Pontos visuais sugeridos
+```
+
+Adapte a estrutura ao tema. Para Wiki_Medicina,
+`${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md` é o dono do Padrão Ouro: formato
+de Mini-Aula, YAML mínimo, headings, fechamento, notas relacionadas,
+rodapé de proveniência, taxonomia e links. Não replique nem substitua esse
+contrato aqui.
+
+Para farmacologia, prefira mecanismo, indicações,
+efeitos adversos, contraindicações e interações. Para anatomia, prefira marcos,
+relações, irrigação, inervação e correlações clínicas.
+
+## Regras de escrita
+
+- Escreva em português do Brasil por padrão.
+- Seja didático, direto e preciso.
+- Diferencie conhecimento consolidado de incerteza quando relevante.
+- Não invente referências bibliográficas específicas.
+- Evite linguagem de prontuário; a nota é material de estudo.
+- Inclua uma seção "Pontos visuais sugeridos" quando houver conceitos que se
+  beneficiem de figura, esquema, anatomia, histologia, radiologia ou gráfico.
+- Não invente tags. Preserve apenas tags operacionais existentes, especialmente
+  `anki` e `revisar`, se estiver transformando uma nota já existente.
+  Especialidade clínica fica no caminho de pasta/taxonomia.
+
+## Salvamento
+
+Se o usuário pedir para salvar em arquivo, use nome curto em kebab-case com
+extensão `.md`. Antes de sobrescrever arquivo existente, confirme com o usuário.
+Ao finalizar, indique status emoji, caminho salvo quando houver, se alguma
+sobrescrita foi evitada, pontos visuais sugeridos e próximo workflow natural
+(`/mednotes:enrich`, `/mednotes:link` ou `/flashcards`).

package/core/skills/enrich-medical-note/SKILL.md

@@ -0,0 +1,120 @@
+---
+name: enrich-medical-note
+description: Enriquece notas médicas em Markdown com imagens usando o módulo enricher empacotado no Medical Notes Workbench. Use quando o usuário pedir para enriquecer, ilustrar, adicionar figuras ou buscar imagens para uma ou mais notas médicas `.md`.
+---
+
+# Skill: enrich-medical-note
+
+Resposta ao usuário: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+- O usuário pede para enriquecer/ilustrar uma ou mais notas Markdown médicas.
+- O usuário aponta um ou mais `.md` e quer figuras de anatomia, histologia, mecanismos,
+  esquemas, radiologia ou fotos clínicas.
+- O usuário quer embutir imagens no formato Obsidian `![[...]]`.
+
+Não usar para:
+
+- Geração de imagens novas. O projeto busca e baixa imagens externas/locais.
+- Reescrever livremente o conteúdo textual da nota.
+
+## Invariantes
+
+- `${extensionPath}` é o bundle auto-updatable; use-o só para ler arquivos e
+  executar `scripts/enrich_notes.py`.
+- Estado editável vive em `~/.mednotes`; não grave
+  segredo/config como única cópia dentro de `${extensionPath}`.
+- Execute todos os alvos em uma invocação. Use `--force` somente se o usuário
+  pedir refazer notas já marcadas com `images_enriched: true`.
+- Só adicione blocos de imagem/caption e frontmatter próprio do enricher; esse
+  frontmatter é additive-only. Não reescreva texto clínico.
+- Não rode `/mednotes:link` por padrão; imagem/caption/frontmatter visual não
+  muda o grafo de notas.
+- Se Python/config/venv estiverem quebrados, rode ou peça `/mednotes:setup`.
+
+## Pré-condições Mínimas
+
+1. Cada nota alvo é um arquivo `.md` legível.
+2. `~/.mednotes/config.toml` tem `[paths].wiki_dir`,
+   ou `config.toml` tem `[vault].path` legado preenchido.
+3. `uv` e `UV_PROJECT_ENVIRONMENT="$HOME/.mednotes/.venv"`
+   apontam para a venv persistente quando a extensão estiver instalada.
+4. O `gemini` CLI está autenticado para âncoras e rerank visual.
+
+## Como executar
+
+Linux/macOS:
+
+```bash
+cd "${extensionPath}"
+export UV_PROJECT_ENVIRONMENT="$HOME/.mednotes/.venv"
+uv run python scripts/enrich_notes.py "<nota-ou-pasta-ou-glob>" [mais alvos] --config ~/.mednotes/config.toml
+```
+
+Windows:
+
+```powershell
+Set-Location "${extensionPath}"
+$env:UV_PROJECT_ENVIRONMENT = "$HOME\.mednotes\.venv"
+uv run python scripts\enrich_notes.py "<nota-ou-glob>" [mais alvos] --config "$HOME\.mednotes\config.toml"
+```
+
+Diretórios/globs são aceitos; o orquestrador deduplica e ignora anexos/cache.
+Use `--force` só para refazer notas enriquecidas.
+
+## Como interpretar
+
+Reporte ao usuário:
+
+- Número de âncoras encontradas.
+- Quantas imagens foram inseridas.
+- Notas puladas por `images_enriched: true`.
+- Notas sem inserção e falhas por nota.
+- Fontes usadas (`wikimedia`, `web_search`, etc.).
+- Caminhos finais das notas.
+- Falhas toleradas, como downloads `403` ou thumbs indisponíveis.
+
+## Critério de qualidade visual
+
+O orquestrador deve tratar busca e rerank como curadoria médica, não como
+decoração de nota:
+
+- Âncoras devem apontar o achado visual exato que ajudaria revisão clínica ou
+  prova de residência.
+- Queries devem usar termos médicos específicos. Quando a fonte real for
+  `web_search`, operadores `site:` podem funcionar como adapter virtual para
+  fontes confiáveis (`site:nih.gov`, `site:ncbi.nlm.nih.gov`,
+  `site:radiopaedia.org`, etc.), sem prometer que existam adapters nativos.
+- Fotos clínicas, histologia, radiologia e anatomia devem ser reais ou
+  academicamente confiáveis. Ilustração genérica, imagem decorativa, watermark
+  pesado, texto ilegível ou tópico apenas vizinho devem ser recusados.
+- `radiopaedia`, `nih_open_i`, `openstax`, `dermnet` e `teachmeanatomy` são
+  perfil web confiável sobre `web_search` + SerpAPI com `site:` explícito, não
+  APIs nativas.
+- Se nenhuma candidata servir, o rerank deve retornar `null`; se
+  `minimum_quality_met=false`, o perfil `clinical` não insere imagem meia-certa.
+- Use `--quality-report <arquivo.json>` quando precisar revisar fontes e razões
+  de aceite/recusa; o relatório local não deve conter Markdown bruto ou imagens.
+
+Use o contrato de saída para transformar logs e JSON em resumo curto com status
+emoji, contagens, arquivos relevantes, warnings e próxima ação. Não despeje JSON
+bruto por padrão.
+
+## Falhas comuns
+
+- **Vault/Wiki não configurado**: peça o caminho e atualize
+  `[paths].wiki_dir` em `~/.mednotes/config.toml`; use
+  `[vault].path` apenas como compatibilidade.
+- **Gemini CLI sem login**: peça para autenticar o Gemini CLI.
+- **Gemini CLI não encontrado**: no Windows, o orquestrador tenta `gemini.cmd`;
+  ajuste `[gemini].binary` no config persistente só se necessário.
+- **Sem `SERPAPI_KEY`/`SERPAPI_API_KEY`**: `web_search` e os perfis web
+  confiáveis retornam `[]`; Wikimedia continua. Configure via
+  `gemini extensions config medical-notes-workbench SERPAPI_KEY` ou `.env`
+  persistente, nunca dentro de `${extensionPath}`.
+- **Cota/limite SerpAPI esgotado**: o lote para imediatamente com `rc=9` e
+  aviso claro para evitar novas chamadas à API. Oriente o usuário a renovar a
+  cota/chave ou rodar novamente só com fontes disponíveis.
+- **Downloads 403**: o downloader tenta headers browser-like e fallback de
+  thumbnail SerpAPI quando disponível; se ainda falhar, pule a candidata.