mednotes-opencode 0.1.0

package/.opencode/mednotes/scripts/vault/vault_git.sh

@@ -0,0 +1,18 @@
+#!/usr/bin/env bash
+# Wrapper Bash generico para a politica Git cross-platform do vault.
+
+set -euo pipefail
+
+script_dir="$(CDPATH= cd -- "$(dirname -- "${BASH_SOURCE[0]}")" && pwd)"
+project_root="$(cd "$script_dir/../.." && pwd)"
+if [[ ! -f "$project_root/pyproject.toml" ]]; then
+  project_root="$(cd "$script_dir/../../.." && pwd)"
+fi
+core="$script_dir/vault_git.py"
+
+if ! command -v uv >/dev/null 2>&1; then
+  echo "Erro: uv e obrigatorio para executar scripts Python do Workbench. Rode /mednotes:setup ou scripts/bootstrap_windows_python_uv.ps1." >&2
+  exit 127
+fi
+
+exec uv run --project "$project_root" python "$core" "$@"

package/.opencode/mednotes/scripts/vault/vault_precommit.ps1

@@ -0,0 +1,19 @@
+<# Snapshot pre-agent do vault. Wrapper PowerShell para o core cross-platform. #>
+
+$ErrorActionPreference = "Stop"
+
+$ScriptDir = Split-Path -Parent $MyInvocation.MyCommand.Path
+$ProjectRoot = (Resolve-Path (Join-Path $ScriptDir "..\..")).Path
+if (-not (Test-Path (Join-Path $ProjectRoot "pyproject.toml"))) {
+    $ProjectRoot = (Resolve-Path (Join-Path $ScriptDir "..\..\..")).Path
+}
+$Core = Join-Path $ScriptDir "vault_git.py"
+
+$Uv = Get-Command uv -ErrorAction SilentlyContinue
+if (-not $Uv) {
+    Write-Error "uv e obrigatorio para executar scripts Python do Workbench. Rode /mednotes:setup ou scripts\bootstrap_windows_python_uv.ps1."
+    exit 127
+}
+
+& $Uv.Source run --project $ProjectRoot python $Core precommit @args
+exit $LASTEXITCODE

package/.opencode/mednotes/scripts/vault/vault_precommit.sh

@@ -0,0 +1,18 @@
+#!/usr/bin/env bash
+# Snapshot pre-agente do vault. Wrapper Bash para o core cross-platform.
+
+set -euo pipefail
+
+script_dir="$(CDPATH= cd -- "$(dirname -- "${BASH_SOURCE[0]}")" && pwd)"
+project_root="$(cd "$script_dir/../.." && pwd)"
+if [[ ! -f "$project_root/pyproject.toml" ]]; then
+  project_root="$(cd "$script_dir/../../.." && pwd)"
+fi
+core="$script_dir/vault_git.py"
+
+if ! command -v uv >/dev/null 2>&1; then
+  echo "Erro: uv e obrigatorio para executar scripts Python do Workbench. Rode /mednotes:setup ou scripts/bootstrap_windows_python_uv.ps1." >&2
+  exit 127
+fi
+
+exec uv run --project "$project_root" python "$core" precommit "$@"

package/.opencode/mednotes/skills/THIRD_PARTY_NOTICES.md

@@ -0,0 +1,45 @@
+# Third Party Notices
+
+## PyMuPDF
+
+The PDF library optional extra uses PyMuPDF for local PDF parsing and rendering.
+PyMuPDF is distributed under AGPL/commercial licensing terms. Keep it optional
+and surface setup/doctor notices before enabling `/mednotes:pdf-library`.
+
+## kepano/obsidian-skills
+
+Vendored paths:
+
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-cli/SKILL.md`
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-markdown/SKILL.md`
+- `${extensionPath}/skills/obsidian-markdown/references/`
+
+Source: <https://github.com/kepano/obsidian-skills>
+
+Vendored commit: `ac9398734fe719565809f7a6048b05c36b1ca38f`
+
+License:
+
+```text
+MIT License
+
+Copyright (c) 2026 Steph Ango (@kepano)
+
+Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining a copy
+of this software and associated documentation files (the "Software"), to deal
+in the Software without restriction, including without limitation the rights
+to use, copy, modify, merge, publish, distribute, sublicense, and/or sell
+copies of the Software, and to permit persons to whom the Software is
+furnished to do so, subject to the following conditions:
+
+The above copyright notice and this permission notice shall be included in all
+copies or substantial portions of the Software.
+
+THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, EXPRESS OR
+IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF MERCHANTABILITY,
+FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE
+AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER
+LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM,
+OUT OF OR IN CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
+SOFTWARE.
+```

package/.opencode/mednotes/skills/create-medical-flashcards/SKILL.md

@@ -0,0 +1,113 @@
+---
+name: create-medical-flashcards
+description: Cria flashcards médicos no Anki a partir de notas, pastas, tags Obsidian ou texto, usando Twenty Rules, flashcard_pipeline.py e o MCP global anki-mcp. Use com /flashcards.
+---
+
+# Skill: create-medical-flashcards
+
+Resposta visível: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+Use para `/flashcards`: Markdown, múltiplos arquivos, diretórios, globs, tags
+Obsidian, filtros em linguagem natural ou texto/briefing colado.
+
+## Fonte canônica
+
+- Metodologia: `${extensionPath}/docs/anki-mcp-twenty-rules.md`.
+- Regras locais, modelos, preview, idempotência, deeplink e tags:
+  `${extensionPath}/docs/flashcard-ingestion.md`.
+- Templates Anki (HTML/CSS): `${extensionPath}/docs/anki-templates/`.
+- Resolver fontes: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py`.
+- Modelos: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcards/install_models.py`.
+- Plano/aplicação: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py`.
+- Relatórios: `${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py`.
+- Saída visível: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+- Deeplink/tag Obsidian: `${extensionPath}/scripts/mednotes/obsidian_note_utils.py`.
+
+## Invariantes runtime
+
+- `/flashcards` é preview-first. Modo direto só com `--create`, `--direct`,
+  `--yes`, `--no-preview`, "criar diretamente", "sem preview" ou equivalente.
+- Use apenas o MCP global `anki-mcp` já configurado. As tools aparecem como
+  `mcp_anki-mcp_*`; não use nomes crus como `addNotes`.
+- Não crie `/twenty_rules` local e não peça ao usuário para executá-lo. Leia a
+  cópia local `anki-mcp-twenty-rules.md`.
+- Leia fontes resolvidas antes de raciocinar. Não use conteúdo externo como base
+  factual dos cards.
+- Não adicione tags Anki. A tag Obsidian `anki` só vem depois de sucesso real
+  no Anki e apenas nas notas com pelo menos um card aceito.
+- Pare antes de escrever se modelos, Anki MCP, confirmação ou plano bloquearem.
+  Mais de 40 candidatos exige confirmação.
+- Trate `flashcard_pipeline.py prepare` como fonte de verdade. Se ele retornar
+  FSM `blocked`, `waiting_human` ou `failed`, não chame Anki nem resuma como
+  concluído.
+
+## Fluxo
+
+1. Resolva o escopo antes de ler notas:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py" resolve --scope "<args>" --dry-run --skip-tag anki
+   ```
+
+   Omita `--skip-tag anki` só se o usuário pedir refazer/regenerar notas já
+   marcadas. Se `summary.requires_confirmation` ou escopo amplo, mostre:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_sources.py" preview --scope "<args>" --dry-run --skip-tag anki
+   ```
+
+2. Use `manifest.notes` como lista final. Leia cada `path`; preserve `deck`,
+   `deeplink`, `vault_relative_path`, `link_mode`, tags e `content_sha256`.
+   Texto colado sem nota vai para `Medicina::Inbox`, salvo deck explícito.
+3. Garanta os modelos antes de pedir candidatos: chame
+   `mcp_anki-mcp_modelNames`, `mcp_anki-mcp_modelFieldNames` e rode:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcards/install_models.py" ensure --existing - --output -
+   ```
+
+   Execute as `actions` MCP indicadas. Se status `incompatible`, peça apagar ou
+   renomear o modelo no Anki.
+4. Leia `anki-mcp-twenty-rules.md` e `flashcard-ingestion.md`. Chame
+   `med-flashcard-maker` em modo candidato; ele retorna `preferred_models`,
+   `models` e `candidate_cards`, sem gravar no Anki.
+5. Prepare o plano:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py" prepare --input -
+   ```
+
+   Pare se a FSM retornar `blocked`, `waiting_human` ou `failed`. Decisão de
+   reprocessamento vem antes de qualquer escrita.
+6. Mostre o preview:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py" preview-cards --input -
+   ```
+
+   No modo padrão, não chame Anki antes da confirmação.
+7. Em gravação, use só `new_cards` aprovados e `anki_find_queries`.
+   Rode `mcp_anki-mcp_findNotes`, pule duplicados e só então use
+   `mcp_anki-mcp_addNotes`/`mcp_anki-mcp_addNote`.
+8. Depois do sucesso no Anki, aplique resultados:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_pipeline.py" apply --input -
+   ```
+
+9. Marque somente notas com pelo menos um card aceito:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/obsidian_note_utils.py" add-tag --tag anki --effect-target flashcards.tag_obsidian --vault-guard-receipt <vault-guard-receipt.json> <arquivos...>
+   ```
+
+10. Gere o resumo final quando houver dados estruturados:
+
+   ```bash
+   uv run python "${extensionPath}/scripts/mednotes/flashcard_report.py" final --input -
+   ```
+
+   Termine pelo contrato de saída: status emoji, fontes, cards candidatos/novos,
+   duplicados, notas marcadas `anki`, bloqueios e próxima ação.

package/.opencode/mednotes/skills/create-medical-note/SKILL.md

@@ -0,0 +1,90 @@
+---
+name: create-medical-note
+description: Cria notas médicas didáticas em Markdown para estudo, com estrutura clara para Obsidian e pontos que podem ser enriquecidos com imagens depois. Use quando o usuário pedir para criar, escrever, estruturar ou transformar um tema/material em nota médica.
+---
+
+# Skill: create-medical-note
+
+Resposta ao usuário: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+- O usuário quer criar uma nota médica didática a partir de um tema, outline,
+  transcrição, aula, texto colado ou pergunta clínica geral.
+- O usuário quer uma nota Markdown organizada para estudo no Obsidian.
+- O usuário quer preparar uma nota que depois possa receber figuras com
+  `enrich-medical-note`.
+- O usuário quer uma Mini-Aula no padrão da Wiki_Medicina; nesse caso, carregue
+  e siga `${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md`.
+
+Não usar para:
+
+- Dar aconselhamento médico individualizado para um paciente real.
+- Diagnosticar ou prescrever conduta personalizada.
+- Inserir imagens; para isso use `enrich-medical-note` depois que a nota existir.
+- Processar `Chats_Raw`, decidir `note_plan`, publicar lote ou marcar raw chat;
+  para isso use `/mednotes:process-chats`.
+
+## Formato recomendado
+
+Use Markdown limpo, com headings ATX (`#`, `##`, `###`). Prefira seções curtas,
+boas para revisão e para futura inserção de imagens.
+
+Estrutura padrão:
+
+```markdown
+---
+tipo: nota-medica
+tema: ...
+status: rascunho
+---
+
+# Título
+
+## Visão geral
+
+## Anatomia/Fisiologia essencial
+
+## Mecanismo ou fisiopatologia
+
+## Quadro clínico
+
+## Diagnóstico
+
+## Tratamento ou manejo
+
+## Armadilhas e diferenciais
+
+## Pontos visuais sugeridos
+```
+
+Adapte a estrutura ao tema. Para Wiki_Medicina,
+`${extensionPath}/docs/knowledge-architect.md` é o dono do Padrão Ouro: formato
+de Mini-Aula, YAML mínimo, headings, fechamento, notas relacionadas,
+rodapé de proveniência, taxonomia e links. Não replique nem substitua esse
+contrato aqui.
+
+Para farmacologia, prefira mecanismo, indicações,
+efeitos adversos, contraindicações e interações. Para anatomia, prefira marcos,
+relações, irrigação, inervação e correlações clínicas.
+
+## Regras de escrita
+
+- Escreva em português do Brasil por padrão.
+- Seja didático, direto e preciso.
+- Diferencie conhecimento consolidado de incerteza quando relevante.
+- Não invente referências bibliográficas específicas.
+- Evite linguagem de prontuário; a nota é material de estudo.
+- Inclua uma seção "Pontos visuais sugeridos" quando houver conceitos que se
+  beneficiem de figura, esquema, anatomia, histologia, radiologia ou gráfico.
+- Não invente tags. Preserve apenas tags operacionais existentes, especialmente
+  `anki` e `revisar`, se estiver transformando uma nota já existente.
+  Especialidade clínica fica no caminho de pasta/taxonomia.
+
+## Salvamento
+
+Se o usuário pedir para salvar em arquivo, use nome curto em kebab-case com
+extensão `.md`. Antes de sobrescrever arquivo existente, confirme com o usuário.
+Ao finalizar, indique status emoji, caminho salvo quando houver, se alguma
+sobrescrita foi evitada, pontos visuais sugeridos e próximo workflow natural
+(`/mednotes:enrich`, `/mednotes:link` ou `/flashcards`).

package/.opencode/mednotes/skills/enrich-medical-note/SKILL.md

@@ -0,0 +1,120 @@
+---
+name: enrich-medical-note
+description: Enriquece notas médicas em Markdown com imagens usando o módulo enricher empacotado no Medical Notes Workbench. Use quando o usuário pedir para enriquecer, ilustrar, adicionar figuras ou buscar imagens para uma ou mais notas médicas `.md`.
+---
+
+# Skill: enrich-medical-note
+
+Resposta ao usuário: `${extensionPath}/docs/workflow-output-contract.md`.
+
+## Quando usar
+
+- O usuário pede para enriquecer/ilustrar uma ou mais notas Markdown médicas.
+- O usuário aponta um ou mais `.md` e quer figuras de anatomia, histologia, mecanismos,
+  esquemas, radiologia ou fotos clínicas.
+- O usuário quer embutir imagens no formato Obsidian `![[...]]`.
+
+Não usar para:
+
+- Geração de imagens novas. O projeto busca e baixa imagens externas/locais.
+- Reescrever livremente o conteúdo textual da nota.
+
+## Invariantes
+
+- `${extensionPath}` é o bundle auto-updatable; use-o só para ler arquivos e
+  executar `scripts/enrich_notes.py`.
+- Estado editável vive em `~/.mednotes`; não grave
+  segredo/config como única cópia dentro de `${extensionPath}`.
+- Execute todos os alvos em uma invocação. Use `--force` somente se o usuário
+  pedir refazer notas já marcadas com `images_enriched: true`.
+- Só adicione blocos de imagem/caption e frontmatter próprio do enricher; esse
+  frontmatter é additive-only. Não reescreva texto clínico.
+- Não rode `/mednotes:link` por padrão; imagem/caption/frontmatter visual não
+  muda o grafo de notas.
+- Se Python/config/venv estiverem quebrados, rode ou peça `/mednotes:setup`.
+
+## Pré-condições Mínimas
+
+1. Cada nota alvo é um arquivo `.md` legível.
+2. `~/.mednotes/config.toml` tem `[paths].wiki_dir`,
+   ou `config.toml` tem `[vault].path` legado preenchido.
+3. `uv` e `UV_PROJECT_ENVIRONMENT="$HOME/.mednotes/.venv"`
+   apontam para a venv persistente quando a extensão estiver instalada.
+4. O `gemini` CLI está autenticado para âncoras e rerank visual.
+
+## Como executar
+
+Linux/macOS:
+
+```bash
+cd "${extensionPath}"
+export UV_PROJECT_ENVIRONMENT="$HOME/.mednotes/.venv"
+uv run python scripts/enrich_notes.py "<nota-ou-pasta-ou-glob>" [mais alvos] --config ~/.mednotes/config.toml
+```
+
+Windows:
+
+```powershell
+Set-Location "${extensionPath}"
+$env:UV_PROJECT_ENVIRONMENT = "$HOME\.mednotes\.venv"
+uv run python scripts\enrich_notes.py "<nota-ou-glob>" [mais alvos] --config "$HOME\.mednotes\config.toml"
+```
+
+Diretórios/globs são aceitos; o orquestrador deduplica e ignora anexos/cache.
+Use `--force` só para refazer notas enriquecidas.
+
+## Como interpretar
+
+Reporte ao usuário:
+
+- Número de âncoras encontradas.
+- Quantas imagens foram inseridas.
+- Notas puladas por `images_enriched: true`.
+- Notas sem inserção e falhas por nota.
+- Fontes usadas (`wikimedia`, `web_search`, etc.).
+- Caminhos finais das notas.
+- Falhas toleradas, como downloads `403` ou thumbs indisponíveis.
+
+## Critério de qualidade visual
+
+O orquestrador deve tratar busca e rerank como curadoria médica, não como
+decoração de nota:
+
+- Âncoras devem apontar o achado visual exato que ajudaria revisão clínica ou
+  prova de residência.
+- Queries devem usar termos médicos específicos. Quando a fonte real for
+  `web_search`, operadores `site:` podem funcionar como adapter virtual para
+  fontes confiáveis (`site:nih.gov`, `site:ncbi.nlm.nih.gov`,
+  `site:radiopaedia.org`, etc.), sem prometer que existam adapters nativos.
+- Fotos clínicas, histologia, radiologia e anatomia devem ser reais ou
+  academicamente confiáveis. Ilustração genérica, imagem decorativa, watermark
+  pesado, texto ilegível ou tópico apenas vizinho devem ser recusados.
+- `radiopaedia`, `nih_open_i`, `openstax`, `dermnet` e `teachmeanatomy` são
+  perfil web confiável sobre `web_search` + SerpAPI com `site:` explícito, não
+  APIs nativas.
+- Se nenhuma candidata servir, o rerank deve retornar `null`; se
+  `minimum_quality_met=false`, o perfil `clinical` não insere imagem meia-certa.
+- Use `--quality-report <arquivo.json>` quando precisar revisar fontes e razões
+  de aceite/recusa; o relatório local não deve conter Markdown bruto ou imagens.
+
+Use o contrato de saída para transformar logs e JSON em resumo curto com status
+emoji, contagens, arquivos relevantes, warnings e próxima ação. Não despeje JSON
+bruto por padrão.
+
+## Falhas comuns
+
+- **Vault/Wiki não configurado**: peça o caminho e atualize
+  `[paths].wiki_dir` em `~/.mednotes/config.toml`; use
+  `[vault].path` apenas como compatibilidade.
+- **Gemini CLI sem login**: peça para autenticar o Gemini CLI.
+- **Gemini CLI não encontrado**: no Windows, o orquestrador tenta `gemini.cmd`;
+  ajuste `[gemini].binary` no config persistente só se necessário.
+- **Sem `SERPAPI_KEY`/`SERPAPI_API_KEY`**: `web_search` e os perfis web
+  confiáveis retornam `[]`; Wikimedia continua. Configure via
+  `gemini extensions config medical-notes-workbench SERPAPI_KEY` ou `.env`
+  persistente, nunca dentro de `${extensionPath}`.
+- **Cota/limite SerpAPI esgotado**: o lote para imediatamente com `rc=9` e
+  aviso claro para evitar novas chamadas à API. Oriente o usuário a renovar a
+  cota/chave ou rodar novamente só com fontes disponíveis.
+- **Downloads 403**: o downloader tenta headers browser-like e fallback de
+  thumbnail SerpAPI quando disponível; se ainda falhar, pule a candidata.