studium 0.10.1

data/lib/studium/exam_topics/genomics_and_metagenomics

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+# =========================================================================== #
+# === Genomik tag.
+#
+# Genomics tag. Genomic tag. G tag. Genome tag.
+#
+# Inkludiert auch das menschliche Genom sowie mikrobielle
+# Genomplastizität.
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+- Das <one>E. coli Genom</one> besitzt <three>n rRNA Gene</three>? <one>7</one>. []
+- The first microbial genome that was sequenced was for "Haemophilus influenza". How many proteins are encoded by that genome? <one>1707 proteins</one>.
+- Woran bindet C. elegans <one>HRP1</one>? <one>HRP1</one> bindet an <two>Telomere</two>.
+- How can we <one>compare genome structures</one>? We could <one>use a dotplot analysis</one>.
+- Overall <one>G+C content of the human mtDNA</one>, <three>in %</three>? <one>44%</one>.
+- Name a very important functional difference between the <one>Pfu-polymerase</one> and the <one>Taq-polymerase</one>. A: Pfu-polymerase has high proofreading activity.
+- The <one>human genome</one> contains how many <three>Alu family members</three>? About <one>1 million</one>.
+- Warum können wir sagen, das das Genom <one>statisch</one> ist? Da die Genomsequenzen <one>in fast allen Zellen eines Organismus</one> nahezu gleich sind.
+- Does the <one>transcriptome</one> faithfully represent the proteome? <one>No</one> it does not. []
+- <one>5-Methylcytosin</one> kann zu Thymin desaminieren. Woher stammt das -H Atom? Von <one>H2O</one>.
+- The <one>human chromosome number 1</one> has approximately n genes? <one>3148</one> (wikipedia states 2000, though). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Chromosome#Human_chromosomes
+- The <one>Human Genome Project</one> began in which year? In <one>1990</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Human_Genome_Project
+- <one>Wieviele Gene</one> finden wir <one>im menschlichen Mitochondrium</one>? <one>37</one>. []
+- Es gibt sogenannte <one>Satelliten-DNA</one>, die sich in 3 Satelliten-Banden beim Menschen wiederspiegelt. Wie nennen wir diese 3 Banden? (1) klassische Satelliten (2) Minisatelliten mit 20 bis 100 bp-Repeats (3) <one>Mikrosatelliten</one> mit 2 bis 10 bp-Repeats
+- Das Genom von <one>Mycoplasma genitalium</one> umfasst wie viele Nukleotide, <two>in bp</two>? <one>580.070 bp</one>. []
+- Vergleiche die <one>Grösse des menschlichen Genoms</one> mit dem <one>Genom von Weizen</one>. A: Das Weizen-Genom ist etwa fünf Mal (<one>5x</one>) so groß wie das menschliche Genom.
+- <one>Imputation</one> is used in Genomics to enhance especially which other method? <two>GWAS</two>: <one>Genome-wide association studies</one>.
+- In der <one>Genomik</one>: wieso verwenden wir <three>Modellorganismen</three>? Sie können die Funktions- und Strukturaufklärung unterstützen.
+- Auf der Ebene des Genoms: wie unterscheidet sich das <one>chinese muntjac</one> von dem "indian muntjac"? Der <one>chinese muntjac</one> hat viel mehr Chromosomen als der <one>indian muntjac</one>.
+- Vergleiche den Anteil von SINES und LINES im menschlichen Genom, in Prozent. A: (1) "LINES": "20%" (2) <one>SINES</one>: <two>13%</two>
+- Eine (zufällige) <one>16-mer Sequenz</one> kommt wie oft im menschlichen Genom vor? Nur <one>einmal</one>. []
+- Der Mensch hat welche homologen Ras-Gene? (1) <tomato>HRAS</tomato> (2) <tomato>KRAS</tomato> (3) <one>NRAS</one>
+- Welches war <one>das erste Genom</one> überhaupt <one>das sequenziert wurde</one>? <one>Phi X174</one>. []
+- <one>Tetrahymena thermophila</one> contains <three>n protein-coding genes</three>, the same as does Arabidopsis thaliana. A: About <one>27.000 protein-coding genes</one>.
+- Do <one>amoeba</one> tend to have a small or large genome? <one>Amoeba</one> tend to have <two>a fairly large genome</two>. []
+- <one>Welches Tier</one> hat das größte, individuelle Chromosom, physikalisch betrachtet? Der <one>indische Muntjak</one> - das längste Chromosom ist hier <two>30cm</two> lang.
+- What is <one>the most prevalent type of polymorphism</one>, in most genomes? <one>SNPs</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Single-nucleotide_polymorphism []
+- How many genes may we find in the genome of <one>phage lambda</one>? About <one>46 genes</one>.
+- <one>CRISPRs</one> can be found <three>in n% among the sequenced archaeal genomes</three>? In about <one>90%</one>. []
+- In what year and what month was the <one>Human Genome Project</one> successfully completed? In <one>April 2003</one>. []
+- Where may <one>alpha-satellite DNA</one> be found? At the <one>centromeres</one>. URL: https://genome.cshlp.org/content/26/10/1301.full []
+- Beim <one>degenerierten Primerdesign</one>: welche Aminosäuren verwerfen wir? Die mit "6 verschiedenen Codons".
+- Is <one>the pig genome</one> fully sequenced? Yes, since as of the year <one>2012</one>.
+- How does <one>mutation rate</one> correlate with <three>genome size</three>, in general? The larger the genome, the lower the mutation rate, so we can observe <one>an inverse relationship</one> here. []
+- The human genome contains about ... <one>how many L1 elements</one>? About <one>600_000 L1 elements</one>.
+- The smallest eukaryotic genome at <one>2.5 Mb</one> belongs to ... ? <one>Encephalitozoon cuniculi</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Encephalitozoon_cuniculi
+- Welchen Vorteil hat die <one>DAM-ID Methode</one> gegenüber Chip? Wir brauchen hier keine Antikörper.
+- <one>Wieviele Gene</one> hat das menschliche Mitochondrium? <one>37</one>.
+- Give another term for the <one>karyotype</one> - or explain what this word means. A: A <two>karyotype</two> is <one>an ordered set of chromosomes</one>.
+- How do we call the <one>Alu family</one> in the mouse genome? <one>B1 family</one>.
+- Name four areas of genomics. A: (1) <one>functional genomics</one> (2) <one>structural genomics</one> (3) <one>epigenomics</one> (4) <one>metagenomics</one>
+- Das <one>Drosophila-Genom</one> hat n% Transposons? <one>20%</one>.
+- <one>NCBI</one> hatte im Jahr 2014 wieviele vollständig sequenzierte Genome? <one>27570</one>.
+- Define the term <one>metagenome</one>. A: A metagenome is the <one>collective genome of an environment</one>.
+- The <one>average exon size in human genes</one> is close to n bp? About <one>300 bp</one>.
+- <one>Sequenziermaschinen</one> haben wobei genau Probleme? Bei Stellen wo mehrere gleiche Nukleotide in Folge auftreten.
+- Im Chromosom: was bewirkt die Phosphorylierung von S10? Das Protein HP1 dissoziiert.
+- What is a <one>genome</one>? A genome is <one>an organism's complete set of DNA</one>, including all of its genes.
+- Wann wurde der Begriff <one>Genom</one> erstmals verwendet? Im Jahre <one>1920</one>.
+- Typically <one>the first step to understanding a genome structure</one> is through ... ? <one>Genome mapping</one>.
+- Für <one>copy-number variation</one>: wieviele Nukleotide werden mindestens benötigt? Mindestens <one>1000 bp</one>.
+- Vergleiche die <one>Anzahl an Reis-Chromosomen</one> mit der <one>Anzahl an Mais-Chromosomen</one>. A: (1) <one>Mais</one>: hat <two>10 Chromosomen</two> (2) <one>Reis</one>: hat <two>12 Chromosomen</two>
+- Between a <one>full prokaroytic genome</one>, and a <three>minimalist genome</three>, lies which general step? <one>Genome reduction</one>. []
+- <one>Genome size in plants</one>, comparing the smallest to the largest genomes, differs immensely. By which factor will this difference be? By about <one>2000-fold</one> (<two>2000x</two>) between the smallest to the largest plant genome.
+- How many genomes were completely sequenced as of <one>2013</one>? More than <one>4000</one>.
+- Is the <one>cow-genome</one> fully sequenced? Yes. []
+- The <one>human exome</one> consists of roughly n exons? <one>233_785 exons</one>.
+- <one>Introns</one> have enabled an expansion in the coding information of the genome by enabling ... ? <one>Alternative splicing</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Alternative_splicing []
+- <one>Durchschnittliche Länge eines Introns</one>, im Humangenom? Ewas über <one>3400 bp</one>.
+- Wo in einem Genom mögen wir <one>Satelliten-DNA</one> finden? In den <one>Centromeren der Chromosomen</one>. []
+- <one>CRISPR-Abschnitte im Genom</one> haben welche zwei allgemeine Einheiten/Cluster? (1) <one>Repeats</one> (2) <one>Spacers</one>
+- What is a <one>pan-genome</one>? This is the sum of the "core genome" - plus all accessory genes that could be found in a species.
+- How many pairs of chromosomes does <one>Datura stramonium</one> have? <one>12</one> (<two>2n = 24</two>)
+- Warum ist eine Genkarte von <one>weiblichen Individuen</one> größer als die <one>männlicher Individuen</one>? Da es bei weiblichen Individuen zu einer größeren Zahl an Rekombinationen bei der Reifung der Eizellen (<one>Oogenese</one>) kommt.
+- Nenne <one>drei Unterdisziplinen der Genomik</one>. A: (1) <one>Strukturelle  Genomik</one> (2) <one>Funktionelle  Genomik</one> (3) <one>Vergleichende Genomik</one> []
+- Is the <one>gene-poor region</one> in the human genome actively transcribed? Yes, quite so - it is fairly <one>pervasively transcribed</one>. []
+- Wann wurde der <one>Triplettbindungsversuch</one> entwickelt? Im Jahre <one>1964</one>. []
+- A. W. für <one>Genom</one>? <one>Gesamtheit der Gene</one>.
+- Das Protein <one>Reelin</one>, das für die Reeler-Mouse typisch ist, umfasst wieviele kDa? <one>388 kDa</one>.
+- Why is <one>Candidatus Carsonella ruddii</one> interesting in the genomics-field? Because it has a genome size of only "159,662 base pairs". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Candidatus_Carsonella_ruddii
+- Long name for the word <one>transposon</one>? <one>Transposable element</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Transposable_element []
+- <one>Craig Venter</one> used 1080 bp cassettes. But why not 1000 bp? The <one>overlaps</one> were <two>80 bp</two>.
+- In the human genome: <one>how many genes</one> are actively transcribed at any given moment? <one>3000</one>. []
+- Give an example for <one>an animal</one> who has had <three>fused chromosomes</three>. A: The <one>giant panda</one>. []
+- In ~2017: <one>how many bacterial genomes have been fully sequenced</one>, at the least? About ~<one>30.000</one>.
+- What is <one>the size range</one> (from-to) for <three>minisatellites</three>? <one>10-50 nucleotides</one>.
+- The term <one>pan-genome</one> was coined in which year? In <one>2005</one>. []
+- Was ist das <one>Folgeprojekt des Humangenomprojekts</one>? <one>ENCODE</one> (<two>ENCyclopedia Of DNA Elements</two>).
+- How much of the <one>haploid human genome</one> encodes proteins, in percent? Only about <one>1.5%</one> of the human genome encodes proteins.
+- Das Genom des Plasmids <one>pWW0</one> aus <three>Pseudomonas putida</three> ist relativ gross. Wie gross ist es, in kbp? <one>117 kbp</one>.
+- The <one>human genome</one> encodes how many protein kinases? About <one>520</one>.
+- Besitzen <one>Säugetiere</one> das Enzym <three>Dicer</three>? Ja. []
+- <one>Menschliche Alpha-Satelliten DNA</one> ist <two>wie lange</two>? <one>171 bp</one>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC341190/
+- Das kleinste bisher quantifizierte bakterielle Genom besitzt wer? Der Blattfloh-Endosymbiont <one>Carsonella ruddii</one>, mit etwa <two>160.000 Basenpaaren</two>.
+- Ein durchschnittliches Exon im Humangenom besteht aus etwa n codons? <one>70</one>.
+- What is meant with <one>dark matter</one> in the genome? This refers to the question as to which part of a genome is actually transcribed.
+- What was <one>the first RNA-genome</one> and <one>the first DNA-genome</one> that was sequenced? (1) <one>RNA</one>: <two>MS2-virus</two> (2) <one>DNA</one>: <two>Phi X174-virus</two>
+- The <one>human genome</one> has about <two>how many different SNPs</two>? About <one>6 million</one>.
+- Compare the <one>evolution speed</one> of <three>non-coding elements</three> with <three>protein-coding elements</three>. A: <one>Non-coding elements</one> evolve and turn over at a much faster speed than do <one>protein-coding sequences</one>. []
+- What is the big hope of pharma-companies in Genomics? That they will help with <one>personalized, genomic medicine</one>.
+- Können wir etwas allgemeines festhalten zur <one>Evolution von Introns</one>/<one>Exons</one>? Ja - ein Intron durchläuf im Zuge der Evolution mehr Änderungen als ein Exon. Beispiel: Maus versus Kaninchen; Exons der Beta-Globinkette haben eine 81%-ige Übereinstimmung; die Introns hier jedoch nur etwa 50% Übereinstimmung.
+- Does the <one>human chromosome 2</one> have more protein-coding genes than the <one>human chromosome 19</one>? Surprisingly so, no - the <one>human chromosome 19</one> has <two>1472 protein-coding genes</two> whereas the <one>human chromosome 2</one> has <two>1309 protein-coding genes</two>.
+- In humans: the <one>X chromosome</one> carries roughly n genes? About <one>800 genes</one>. []
+- Was ist <one>ChIP-seq</one>? <one>Chromatin immunoprecipitation-sequencing</one> ist das Sequenzieren von Fragmenten genomischer DNA, die gemeinsam mit DNA-bindenden Proteinen mitpräzipitieren.
+- Worauf basiert eine <one>biologische Genkarte</one>? Auf der <one>Häufigkeit von Rekombinationsereignissen</one>.
+- Die <one>SINEs</one> im menschlichen Genom sind etwa n bis n bp lang? <one>100-140 bp</one>.
+- Was passiert wenn wir <one>HRP1</one> überexprimieren? Die Telomere in C. elegans werden verlängert. (Dieser Effekt geht jedoch nach mehreren Generationen verloren)
+- What may the job of <one>sopB</one> and "sopA" in a BAC be? They <one>keep the copy number low</one>.
+- <one>SNPs</one> occur with a frequency of one per ...  base pairs in the human genome? <one>1:500</one>.
+- Bei den <one>Wirbeltieren</one>: wieviel % aller proteincodierender Gene besitzt mehrere Introns, also mehr als nur ein Intron? Etwa <one>95%</one>. []
+- Wie oft kommt eine (zufällige) <one>16mer-Sequenz</one> im menschlichen Genom vor? Einmal. []
+- Das menschliche Genom kodiert für <one>n Adenylylcyclasen</one>/<one>Adenylatzyklasen</one> mindestens? <one>Zehn</one> (<one>10</one>). []
+- The <one>chicken ovalbumin gene</one> has a total of seven introns making up more than ...% of the gene. A: More than <one>75%</one> of the gene.
+- How many <one>RNA viroid genomes</one> are listed at NCBI, in the year ~2017 or so (rough number, as answer, is ok)? <one>44</one>. []
+- In der Genomik: wofür steht die Abkürzung <one>ENCODE</one>? <one>Encyclopedia of DNA Elements</one>. URL: http://www.genome.gov/encode/
+- The <one>dystrophin gene</one> can be found on which chromosome? On the <one>X-chromosome</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Dystrophin
+- Name <one>an important goal of structural genomics</one>. A: <two>Structural genomics</two> attempts to <one>predict the 3D structure of all proteins encoded in a given genome</one>.
+- When (the year) was <one>the human genome</one> sequenced? In <one>2001</one>. []
+- Die <one>Maus</one> hat (2n) wieviele Chromosome? <one>40</one>. []
+- Does the <one>human genome</one> have more SINES or more LINES, in absolute numbers? More <one>LINES</one> can be found in the human genome. []
+- How could we define the term <one>metagenomics</one>? Metagenomics is the study and sampling of the genomes of many organisms from a particular environmental site, such as the "human gut" or an "ocean region".
+- The human mt-DNA has a "CR/D-Loop". What does the "CR/D" part stand for? (1) <one>CR</one>: <two>control region</two> (2) <one>D</one>:  <two>displacement loop</two>
+- Wieviel % des menschlichen Genoms wird transkribiert? Mehr als <one>70%</one>.
+- Wieviel Prozent des humanen Genoms werden von <one>LINEs</one> kodiert? Etwa <one>20%</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Long_interspersed_nuclear_element []
+- Wann wurde das Wort <one>Genomics</one> zuerst geprägt? <one>1986</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Genomics#Etymology
+- What is an <one>Integron</one>? This is a two-component gene capture and dissemination system. The first component encodes for a site-specific recombinase along with a specific site for recombination, the second component comprises fragments of DNA called "gene cassettes" which can be incorporated or shuffled. In other words, these segments of DNA are mobile.
+- Das <one>Dystrophingen</one> enhält n Introns? <one>78</one>. []
+- Was können wir in der Genomik dank der <one>In situ</one> Hybridisierung erreichen? Wir können spezifische Gene auf Chromosomen orten.
+- Are <one>ALU elements</one> found only in the human genome? No - they are found <one>in all primates</one>.
+- Are <one>even chromosome numbers</one> more common than <one>odd chromosome numbers</one>? Yes. []
+- The <one>first E. coli genome</one> was sequenced in the year 1997. Which E. coli strain was sequenced? The <one>K12 strain</one>. []
+- Nenne ein Synonym zu <one>functional genomics</one>. A: <one>Transcriptomics</one>.
+- Wer prägt den Begriff <one>Genom</one> 1920? <one>Hans Winkler</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Hans_Winkler []
+- Die <one>king crab</one> hat wieviele Chromosomen? <one>208</one>.
+- When was the <one>DNA genome sequence of Drosophila</one> completed and published? It was completed in the year <one>2000</one>.
+- What are the <one>ecotypes</one> in genomics? Strains adapted to different environmental conditions.
+- A. W. für die <one>Idealdarstellung von Chromosomen</one>? Ein <one>Idiogramm</one>.
+- Nenne zwei <one>Genomics</one>-Sparten. A: (1) die <one>funktionelle Genomik</one> (2) die <one>strukturelle Genomik</one>
+- Warum der Name <one>ChIP-chip</one>? Da wir hier ChIP verwenden, dies zudem noch mit einem DNA-Hybridisierungsansatz kombinieren (=chip).
+- What does the <one>trans model</one> in epigenetics state? In this model, changes to the histone tails act indirectly on the DNA. For example, lysine acetylation may create a binding site for chromatin modifying enzymes. This Chromatin Remodeler can then cause changes to the state of the chromatin.
+- Nenne ein Beispiel für eine <one>räumlich-zeitliche</one> Organisation im Genom. A: Der <one>Hox-Gencluster</one>: die Reihenfolge der Genanordnung spiegelt die Zeit wieder, in dem der Cluster transkribiert wird.
+- How can we define <one>segmental duplication</one>? These are duplications that are greater than 1000bp in length.
+- Wie funktioniert das <one>Shotgun-Verfahren</one>? Die DNA wird dank <one>Scherkräfte</one> in Fragmente von 1-3kb Grösse zerlegt.
+- What means <one>genomic literacy</one>? The reading of all information enciphered in the sequence of complete genomes.
+- Are <one>second generation</one> crops better than "first generation" crops? Yes. They have <one>increased nutritional value</one> or/and better industrial traits. For instance, rice enriched with Vitamin A or E, or Maize with low phytic acid and increased essential amino acids.
+- Can <one>high-throughput sequencing</one> be used to assess the <three>methylation status of a genome</three>? Yes. []
+- The <one>human genome</one> gives rise to how many different RNAs? About <one>+6.000</one> different RNAs. []
+- Why did <one>Craig Venter</one> pick <three>M. mycoides</three> rather than <three>M. genitalium</three>? Because <one>M. mycoides grows more rapidly</one>. []
+- What is <one>SiC-seq</one>? <one>Single cell genomic sequencing</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Single_cell_sequencing#Single_cell_genome_%28DNA%29_sequencing
+- The <one>average human gene</one> contains <three>n Introns</three>? <one>8-9</one>. []
+- Das menschliche Genom mag <one>minisatellites</one> und <one>microsatellites</one> haben. Gib hierzu jeweils ein Beispiel an. A: (1) <one>minisatellite</one>:  <two>VNTRs</two> (2) <one>microsatellite</one>: <two>STRs</two>
+- About <one>n%</one> of the proteins encoded in an animal's genome are membrane proteins? About <one>30%</one>.
+- <one>Maize</one> has n% transposons in its genome? <one>85%</one>.
+- Do <one>non-coding sequences of DNA</one> belong to a genome? Yes. []
+- Was ist die <one>Nutrigenomik</one>? Dieser Zweig der Wissenschaft untersucht "die Effekte der Nahrung auf die Genexpression".
+- What is <one>the lowest number of 2n in plants</one>? <one>2n = 4</one>, in <two>Brachycome dichromosomatica</two>, a <three>daisy</three>. URL: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/7664618 []
+- <one>Which gene</one> in the <three>human genome</three> includes <two>352 introns</two>? The human <one>titin gene</one>. URL: https://ghr.nlm.nih.gov/gene/TTN []
+- Das Plasmid <one>pSymB</one> aus "Sinorhizobium meliloti" ist sehr gross. Wie viele kbp umfasst es? <one>1683 kbp</one>.
+- What does the term <one>pan-genome</one> mean? This refers to several strains of the same (bacterial) species to gain insights into the development of bacterial genomes.
+- Wo finden wir den <one>HLA Lokus</one>? Bei der Position <one>6p21.3</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/HLA-A
+- Nenne ein Argument aus der Genomik/Proteomik, das zeigt, das die <one>ein Gen, mehrere Proteine</one> Hypothese stimmen muss. A: Das menschliche Genom hat etwa "21.000 Gene"; die geschätzte Zahl unserer Proteine liegt jedoch bei weit über 100.000. Somit muss ein Gen für mehrere Proteine kodieren können.
+- What is <one>genome annotation</one>? This is <one>to mark all the genes in the genome sequence</one>.
+- Name <one>3 subdisciplines of genomics</one>. A: (1) <one>structural genomics</one> (2) <one>functional genomics</one> (3) <one>comparative genomics</one>
+- Das menschliche Genom hat wieviele Kopien von <one>Mariner</one>? <one>14.000</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tc1/mariner
+- Das menschliche Genome hat <one>n Gene für Transkriptionsfaktoren</one>? ~<one>1850</one>.
+- Was ist die <one>genetische Kopplung</one>? Dies beschreibt "die Tendenz eines Lokus" (= Allel) gemeinsam mit einem anderen Lokus vererbt zu werden.
+- Die <one>Beta-Globin-Gene</one> der Menschen besitzen wieviele exons? <one>3</one>.
+- Wie lange sind die <one>LINES</one> im Säugergenom, wie zum Beispiel im menschlichen Genom (von-bis)? Etwa <one>6000 bis 7000 bp</one>.
+- Das menschliche Genom hat auf welchen Chromosomen die Gene für <one>rRNAs</one>? Auf den Spitzen der Chromosomen <one>13</one>, 14, 15, 21 und 22. []
+- How long is the human <one>dystrophin gene</one>, in bp? It is about <one>2.2 million base pairs</one> long.
+- Which genome was <one>the first eukaryotic genome</one> that was completely sequenced? The genome of the yeast <one>Saccharomyces cerevisiae</one>, back in <two>24.04.1996</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Saccharomyces_cerevisiae []
+- <one>Organelle proteomes</one> are typically derived from n genomes. A: <one>Two</one>. []
+- Wann wurde erstmals das gesamte Erbgut eines Menschen komplett sequenziert? Im Jahre <one>2007</one>.
+- The <one>Human Genome Project</one> had a total cost of ... (in $)? It had a total cost of <one>over 3 billion $</one>.
+- The <one>chromosomes in the human genome</one> carry both coding and non-coding genes, which are often transcribed. Is the number of transcribed genes co-linear with the number of chromosomes, e. g. chromosome number 1 showing more transcribed genes than does chromosome number 2 and so forth? No. For example, chromosome 9 is smaller than chromosome 4, but has a higher count of transcribed genes than does chromosome 4.
+- The <one>average size of a mammalian intron</one> is about n nucleotides? About <one>2000</one>.
+- In general: do <one>non-coding elements</one> in a genome evolve faster or slower than <three>protein-coding sequences</three>? <one>Non-coding elements</one> evolve (and turn over) at a much faster speed than do <two>protein-coding sequences</two>. []
+- Besitzt das <one>Chloroplasten-Genom</one> Introns? Ja. []
+- Name a <one>protozoa</one> with more genes than humans. A: <one>Paramecium</one>. It has about almost 40.000 genes.
+- Was heisst <one>SSR Polymorphismus</one>? <one>Simple Sequence Repeat Polymorphismus</one>.
+- The term <one>dynamic genome</one> refers to which observation? That the genome of a living organism is not static - it is <one>subject to change</one>.
+- Which person coined the term <one>genomics</one>? <one>Thomas Roderick</one>.
+- The <one>E. coli genome</one> contains <two>protein-coding genes</two>, naturally. How much of the genome, in percent, is stored in protein-coding genes? About <one>87.8%</one>.
+- In <one>genomics</one>: what is the <three>G-value</three>"? The G-value simply refers to the <one>number of genes in a given genome</one>. []
+- How many smaller chromosomes does <one>Borrelia burgdorferi</one> have? About <one>21</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Borrelia_burgdorferi
+- In der Genomik und Bioinformatik: was bedeutet der Begriff <one>Annotierung</one>? Dies ist <one>die Zuordnung von Sequenzabschnitten zur genetischen Funktion</one>.
+- The <one>DNA sequence of the human mitochondrial genome</one> was first published in .. ? <one>1984</one>.
+- Are the <one>rRNA genes</one> in eukaryotic cells typically clustered? Yes.
+- In percentage: does the human genome include more introns than LINEs? Yes. <one>26% introns</one> and <two>20% LINEs</two>.
+- The first genome of an Archaea that was fully sequenced was that of ... ? <one>Methanococcus jannaschii</one>.
+- To date (at the least in the year 2018), the <one>smallest mitochondrial genome</one> sequenced has 5967 bp. Which organism has this small mt-genome? The parasite <one>Plasmodium falciparum</one>.
+- Das Humangenom besitzt, in etwa, <one>n Pseudogene</one>? <one>11.200</one>.
+- n% aller proteincodierender Gene im Humangenom besitzen eine TATA Box? Etwa <one>30%</one>.
+- How many "<u>protein-coding genes</u>" can we find in humans? Approximately <one>20.400 genes</one>, according to Wikipedia. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Human_genome#Molecular_organization_and_gene_content
+- Nenne vier molekulare Verfahren, die in der <cadetblue>funktionellen Genomforschung</cadetblue> eingesetzt werden. A: (1) RNA-Interferenz (2) Knock-out Experimente (3) Induzierte pluripotente Stammzellen (4) Proeomik
+- Maize has n genes? "32.000".
+- Seit wann ist die Sequenz von "E. coli K12" bekannt? Seit dem Jahr 1997. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/9278503
+- How many human protein kinases are known at the least? At the least more than "500".
+- The maize genome is spread onto n chromosomes. A: 10 chromosomes.
+- CRISPRs can be found in n% among the sequenced bacterial genomes? In about "50%".
+- Das humane "BRCA1-Gen" findet sich auf welchem Chromosom wieder? "Chromosom 17". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/BRCA1
+- In 1985, the first automated sequencer came about. Which one was it? "ABI 370". URL: https://libwiki.cshl.edu/confluence/display/HGP/ABI+370+%28373%29+DNA+sequencing+instruments
+- "Genome size" varies greatly in plants. Paris japonica has the highest value, in pg. How much? Paris japoniac has 152.23 pg of DNA.
+- Name two components of "The Reelin Pathway". A: ApoER2 and VLDLR.
+- What is the ultimate cause for the weird activities of the Reeler mouse? A Layering defect in the development of the neurones.
+- Nenne 4 Methoden zur Herstellung transgener Pflanzen. A: (1) particle gun (2) Protoplastenfusion (3) Agrobacterium tumefaciens (4) Plastidentransformation

data/lib/studium/exam_topics/gentechnik_und_praktische_biochemie

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+# =========================================================================== #
+# === Gentechnik tag, praktische Biochemie
+#
+# Gen tag, Technik tag. Gent Tag.
+#
+# Ist auch für Industrielle Genomik und Ethik in der Gentechnik geeignet.
+# Gentech tag. Gentech1 tag.
+#
+# Vektoren werden in einer anderen Datei gesammelt.
+# =========================================================================== #
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+- Wann wurde die <one>Northern Blot Methode</one> eingeführt? <one>1977</one>, an der Stanford Universität. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Northern_blot
+- Nenne eine Methode eine Endmarkierung bei Nukleinsäuren zu erreichen. A: Wir verwenden das Enzym <one>Polynukleotidkinase</one>, welches eine markierte Phosphatgruppe (32P) von ATP auf ein 5 OH Ende der Nukleinsäure überträgt. Die Dephosphorylierung erfolgt danach mittels alkalischer Phosphatase.
+- What do we mean with a <one>packaging extract</one>? This is, for example, when we wish to create a phage in the lab, to combine two strains of bacteria which are used to produce a lysate called the "packaging extract". Each strain is mutant in one function of phage morphogenesis, so that the packaging extracts will not work in isolation.
+- Nenne 1 Restriktionsenzym das <one>glatte Enden</one> herstellt. A: <one>Alu1</one>.
+- The <one>firefly luciferase</one> is a metal-dependent enzyme. What is its cofactor? <one>Mg 2⁺</one>.
+- Does <one>ribosome display</one> have <two>an in-vivo step</two>? <one>No</one> - it is <three>entirely in-vitro</three>. []
+- What is the critical issue in constructing <one>HACs</one>? Provide an <one>efficient centromere</one> for them.
+- In der Gentechnik: wieso verwenden wir <one>Mercaptoethanol</one>? Für die <one>Reduktion der S-S-Brücken</one>. []
+- <one>BACs</one> basieren auf? Dem <one>F-Plasmid</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Bacterial_artificial_chromosome []
+- Bei einer <one>Disk-PAGE</one>: kommt zuerst das <three>Sammelgel</three> oder das <three>Trenngel</three>? Alphabetisch vorgehen also, <two>S,T</one> - zuerst kommt das <one>Sammelgel</one>, dann kommt das <one>Trenngel</one>. []
+- Bei der <one>Chloroform-Extraktion</one> verbleibt die DNA in der ... Phase. A: <one>wässrigen Phase</one>. []
+- <one>Ribosome profiling</one> ermöglicht uns was genau? Ribosome profiling ermöglicht die Identifikation all jener mRNAs, die gerade translatiert werden.
+- Um <three>Histone</three> zu untersuchen, welche <one>Detergenzien</one> setzen wir ein? <one>Natriumdodecylsulfat</one>.
+- Die <one>Ammoniumsulfatfällung</one> ist eine oft angewandte Methode in einem Biochemie-Labor. Allerdings gibt es eine <two>Proteingruppe</two> die man nicht damit ausfällen kann. Welche? "Calciumabhängige Proteine" können mit dieser Methode nicht gefällt werden, da sie sofort unlösliches Calciumsulfat bilden würden. Solche Proteine müssen somit mit einem anderen Salz gefällt werden.
+- Welchen Vorteil hat die "Deep Vent" Polymerase gegenüber anderen Polymerasen? Sie ist <one>sehr hitzebeständig</one>.
+- Die chemische Synthese von Peptiden erfolgt nach welchem Verfahren? Nach dem <one>Merrifield-Verfahren</one>.
+- <one>Ethidium bromide</one> fluoresces <darkorange>orange</darkorange> when illuminated with ... ? <one>Ultraviolet (UV) light</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ethidium_bromide []
+- The most commonly used signal sequence for S. cerevisiae is derived from ... ? The <one>mating factor alpha gene</one>.
+- In der Gentechnik wird oft das <one>Glutathione-S-Transferasesystem</one> verwendet. Hier erstellen wir ein Fusion Protein. Das gesuchte Protein wird an das GST-Protein gekoppelt. Wie kann man aber dieses Protein gewinnen (purification)? Man kann es aufgrund seiner <one>Affinität zu Glutathione</one> gewinnen.
+- Das cre/loxP System stammte ursprünglich aus welchem Phagen? Aus dem <one>Bakteriophagen P1</one>.
+- We can isolate <one>plasmid DNA</one> (<one>pDNA</one>) via a "gradient centrifugation". What solution is usually used for this? A <one>caesium chloride (CsCl) solution</one>.
+- Können wir den Unterschied zwischen NAD+ und NADH im Labor messen? Ja - sie haben eine unterschiedliche UV-Absorption, so das man die Extinktion bei 340nm bestimmen kann.
+- What is <one>site saturation mutagenesis</one>? Site saturation mutagenesis is a random mutagenesis technique used in protein engineering, in which a single codon (or set of codons) is substituted with all possible amino acids at the position.
+- What is meant with the term <one>positional cloning</one>? This is isolation of genes on the basis of their position on a gene map.
+- <one>Vorteil der Silberfärbung</one> gegenüber der <three>Coomassie Blau-Färbung</three>? Die <one>Silberfärbung</one> ist empfindlicher.
+- <one>Recombinant DNA technology</one> would not exist without the availability of ... ? <one>Enzymes</one> (<two>restriction endonucleases</two>). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme
+- What is the <one>trc regulatory element</one>? (1) trp promoter (2) <one>lac operator</one>
+- Die <one>Tfl-Polymerase</one>: was heisst <three>Tfl</three>? <one>Thermus flavus</one>.
+- Um DNA zu isolieren müssen wir einen <one>Zellaufschluss</one> durchführen. Welche 3 Möglichkeiten haben wir (inklusive Beispiel)? (1) <one>mechanisch</one>; zum Beispiel durch <two>Ultraschall</two> (2) <one>thermisch</one>, zum Beispiel durch <two>freeze-thaw</two> Zyklen (3) <one>enzymatisch</one>, zum Beispiel durch <two>Lysozymverdau</two>
+- In the name of <one>pBR322</one>, what does the leading <two>p</two> indicate? This <one>p</one> stands for <one>plasmid</one>. []
+- Warum der Name <one>Isoelektrische Fokussierung</one>? Da es zu einer "Fokussierung von Proteinen" kommt.
+- Wieso verwenden wir mitunter <one>Milchpulver</one> bei einem <three>Western Blot</three>? Um verbleibende <one>freie Bindungsstellen der Membran abzusättigen</one>.
+- How can we add <one>artifical restriction sites</one>? We can append to the <one>5' end of a primer</one>. This will not interfere with the PCR reaction.
+- Nenne den <three>gravierendsten Nachteil</three> der Methode <one>Proteinbestimmung nach Bradford</one>. A: Die Proteinzusammensetzung beeinflusst das Ergebnis.
+- The abbreviation <one>DNase I</one> stands for ... ? <one>Deoxyribonuclease I</one>.
+- <one>Which enzyme</one> is very important for "blunt-end ligation"? The <one>DNA ligase</one>.
+- The <one>Gateway cloning System</one> is use is based on ... ? The lambda <one>att sites</one>.
+- Techniques such as <one>phage display</one> or "yeast display" or "ribosome display" can also be collectively called ... ? <one>Molecular diversity techniques</one>.
+- Es gibt denaturierende Detergentien wie <one>SDS</one> (Natriumdodecylsulfat). Auch gibt es CTAB. Wofür steht dieser Name "CTAB"? <one>Cetyltrimethylammoniumbromid</one>.
+- Wie schaffte <one>Miescher</one> damals die Ausfällung der DNA? Er (a) benutzte <one>Pepsin</one> aus Schweinmägen sowie (b) Alkohol.
+- Name two DNA-sequencing methods that work on <one>single molecules</one>. A: (1) <one>PacBio</one> (2) <one>Nanopore</one>
+- What may the <one>practical advantage</one> or "practical implication be, for a "zooblot"? We can find related DNA sequences in different species; and then possibly likely target proteins based on these sequences.
+- When we <one>treat a vector with a phosphatase</one>, such as the <two>bacterial alkaline phosphatase</two>, why may this be used? To <one>prevent self-ligation</one>. []
+- Was verwenden wir üblicherweise um eine <one>knock-in</one> Maus herzustellen? <one>Retroviren</one>, als Vektoren für den Gentransfer.
+- In der Gentechnik: was erlaubt uns eine <one>niedrige Stringenz</one>? A: Sie erlaubt es uns eine grosse Zahl an Fehlpaarungen zu tolerieren.
+- Beim <one>cre-lox System</one>: woher kommt der Name cre? <one>cre</one> steht für <two>causes recombination</two>. []
+- We employ a <one>RNAse</one>. In the following PCR, we do not see any signals from the genomic DNA. What may have happened? The RNase may have been <one>contaminated with DNases</one>; RNases are often purified from mammalian tissue, such as from bovine pancreas. This may explain one source of contamination with DNases.
+- The sorting of cells with laser happens usually at which nm? At <one>488 nm</one>.
+- Welche Besonderheit weisen manche <one>Type II Restriktionsenzyme</one> auf? Sie schneiden DNA sowohl upstream als auch downstream von der recognition site.
+- What does the term <one>genomic library</one> refer to? This refers to <one>a set of clones representing the entire genome of an organism</one>.
+- Gib ein spezifisches Beispiel für einen Agargel-Immunodiffusionstest (ID) im Labor. A: Den <one>Coggins-Test</one>.
+- In site-directed mutagenesis: which three possible changes are feasible, in general? (1) <one>insertions</one> (2) <one>deletions</one> (3) <one>mutations</one>
+- Die Restriktionsendonuclease <one>EcoRI</one> hat wieviele Untereinheiten? <two>2</two>. Es ist ein <one>Homodimer</one>.
+- In <one>Gel-Electrophoresis</one>: what is the job of the <two>resolving gel</two>? The actual <one>separation</one> takes place here.
+- How can we <one>induce the promoter of an E. coli strain</one> harbouring the <three>pHsp70-Luc</three> plasmid? We can add heavy-metal ions, which will induce this plasmid.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: der <three>sekundäre Antikörper</three> trägt einen leicht nachweisbaren Marker, aber wo genau? Im <one>Fc-Bereich</one>. []
+- What do we mean with <one>affinity reagents</one>? Affinity reagents are usually <one>antibodies</one> with a high affinity for a particular epitope. They can then be used, for example, during <two>protein purification</two>.
+- In der Gentechnik: was ist <one>Superdex</one>? Ein Composit hergestellt aus kreuzvernetzter "Agarose" und <one>Dextran</one>.
+- Der Farbstoff Coomassie-Brillant-Blau <one>R-250</one> lagert sich woran an? An basische und aromatische Seitenketten von Aminosäuren.
+- <one>Golden gate assembly</one> makes use of <three>Type IIS restriction endonucleases</three>. Give one such example for a Type IIS restriction endonuclease. A: <one>FokI</one>.
+- The SLICE technique stands short for ... ? <one>Seamless Ligation Cloning Extract</one>.
+- Why is the graph that measures <one>decimal reduction time</one> useful? We can use it to calculate processing times required in order to achieve sterilization, such as in a canning operation.
+- Name one of the oldest methods to <one>visualize RNA molecules from a collection of cells</one>. A: A <one>northern Blot</one>. []
+- SLIC Cloning: the C stands for Cloning but what is the full translation of SLIC here? SLIC stands short for <one>Sequence and Ligation Independent Cloning</one>.
+- Wieviele <one>BACs</one> finden wir normalerweise in einer Zelle? <one>1</one>. []
+- The <one>SmaI restriction enzyme</one> creates blunt ends or sticky ends? SmaI creates <one>blunt ends</one>.
+- Wichtigste <one>Fällungsmethode für Nukleinsäuren</one>? Die <royalblue>Alkoholfällung</royalblue>.
+- In der Gentechnik: nenne einen grossen Vorteil (und Beweggründe für die Verwendung) des <one>cre</one>/loxP Systems. A: Man kann damit Reportergene oder <one>Resistenzgene</one> wieder loswerden.
+- Nenne 3 Methoden die Wasserstoffbrücken in der DNA zu lösen. A: (1) Durch <one>Temperatur</one> (2) Durch <one>hohe Salzkonzentrationen</one> (3) Mittels <one>Harnstoff</one>
+- The restriction enzyme <one>Sau3A1</one> was found in which bacterium? <one>Staphylococcus aureus</one>. URL: https://www.neb.com/products/r0169-sau3ai
+- In phage display, the <one>M13 phage</one> is often used. How many copies of the gene III protein may we find on such a phage normally? About <one>5-8 copies</one> of the <two>gene III protein</two>.
+- In the various <one>surface display techniques</one> we physically couple the information to a corresponding function. What is that function, usually? The function is <one>a specific binding property</one>.
+- In <one>Error-prone mutagenesis</one>, the <two>PCR</two> is performed with ... ? <one>Analogues of convential dNTPs</one>.
+- What is meant with the expression <one>doped oligonucleotides</one>? <one>Doped oligonucleotides</one> usually refers to the use of unequal amounts of each of the four standard dNTPs in oligonucleotide synthesis.
+- Name a vector that is typically used in the Golden Gate Assembly workflow. A: The <one>destination vector</one>.
+- <one>Golden Gate Assembly</one> makes use of which type of restriction enzymes? <one>Type IIS restriction enzymes</one>. 
+- Does the restriction enzyme called <one>Dpn1</one> cut DNA that was synthesized in-vitro? No it does not, because that DNA is not methylated, and DpnI cleaves only when its recognition site is methylated (or hemimethylated).
+- Abgesehen von der Apparatur bei einem Western Blot: was wird noch benötigt, das wir möglichst vor Beginn des Western Blots bereits besitzen? Ein <one>Antikörper gegen das gesuchte Protein</one>.
+- <one>Western Blotting</one> kombiniert welche zwei Techniken? (1) <one>Proteintransfer</one> (2) <one>Immunodetektion</one>
+- <one>Southern Blotting</one> entstand in welchem Jahre? <one>1975</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Southern_blot
+- Beim <one>Western Blotting</one> kommt meistens <two>welche Färbetechnik</two> zum Einsatz? <one>Commassie Blau</one>.
+- Der <one>Northern Blot</one> ist eine Methode zur Übertragung (= <two>Blotten</two>) der in einer Gelelektrophorese aufgetrennten RNA auf eine Membran. Diese Membran ist oft ein DBM-Paper (oder auch Nylon). Wofür steht <three>DBM</three>? <one>Diazobenzyloxymethyl</one>.
+- Gib eine andere Bezeichnung für die SELEX Methode an. A: <one>in-vitro selection method</one>.
+- In <one>Sanger sequencing</one>, we use both <two>ddNTPs</two> as well as <two>dNTPs</two>. Let us look at <three>dATP</three> and <three>ddATP</three>. Should we add more dATP or ddATP? The <one>concentration of ddATP</one> should be 1% of the concentration of dATP, thus there will be fewer ddATPs than dATPs.
+- How can we delete the terminal parts of a protein, in the lab? Via <one>PCR</one>. The <two>start codon</two> has to be on the <three>forward primer</three>.
+- In <one>dCAS9</one>: what does the <two>d</two> imply here? This stands for dead, so this is <one>dead CAS9</one> - it does not cut.
+- In the lab: how can we identify messenger RNA derived from specific genes? Through a <one>Northern Blot</one>.
+- Nenne drei häufig auftauchende <one>Probleme bei der Isolierung von Proteinen</one>, zum Beispiel mit Hilfe von <two>Ammoniumsulfat</two>. A: (1) Proteinlösung enthält zu viel Salz (2) Proteinlösung enthält falschen Puffer (3) Proteinlösung enthält zu viel Wasser (ist zu verdünnt)
+- DAPI wird zur Färbung von DNA verwendet. Sie lagert sich bevorzugt wo in/an der DNA an? An <one>AT-reiche Regionen in der kleinen Furche doppelsträngiger DNA</one>.
+- <one>Homopolymer tailing</one> in gene technology is usually performed with which enzyme? With the enzyme <one>terminal transferase</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Terminal_deoxynucleotidyl_transferase
+- A. W. für <one>Heterokaryons</one>? <one>Somatic cell hybrids</one>.
+- What is an <one>extraction buffer</one>? This is a solution that breaks open the cell to extract the DNA, RNA or proteins.
+- Welchen Vorteil hat <one>LIC</one> (<two>ligation independent cloning</two>)? Der <one>Ligations-Schritt entfällt</one>.
+- Do <one>Eukaryotes</one> have <two>restriction enzymes</two>? Yes, sort of - but not <one>restriction-modification enzymes</one>.
+- In <one>yeast display</one>: which protein is typically used for the display step? The "Aga2p mating agglutinin protein".
+- In <one>M13 phage display</one>: the gene for display is attached where to exactly? It is attached to the N-terminus of the M13 gene III.
+- Nenne <one>drei thermostabile DNA-Polymerasen</one>. A: (1) Taq (2) Pfu (3) <one>Vent</one>
+- <one>Microinjection</one> is normally performed through which <one>special optical microscope</one>? The <one>micromanipulator</one>.
+- The <one>Ion torrent</one> from Life Technologies has one huge advantage compared to other sequencing methods. Which one is that? It is "very cheap" in comparison to the light-detecting based machines such as a 454 Pyrosequencer.
+- Die <one>radioaktive Markierung von Nukleotiden</one> erfolgt mittels welcher zweier Komponenten? (1) [Gamma-32P] ATP (2) T4 Polynukleotid Kinase
+- <one>Golden Gate cloning</one> makes use of which type of restriction enzymes? It uses <one>Type IIs restriction enzymes</one>.
+- <one>Following cell disruption</one>, most methods to <one>isolate DNA/RNA</one> involve a "deproteinisation" stage. This can be achieved by one or more extractions using "phenol" or "phenol/..." mixtures. A: <one>Phenol</one>/<one>chloroform mixtures</one>.
+- Name one important ingredient of the <one>Laemmli buffer</one>. A: "2-mercaptoethanol" (beta-mercaptoethanol). URL: https://www.cytographica.com/lab/solutions/5XSB.htm
+- In der <one>Biochemie</one> kann man die <two>Zwitterionen-Puffer</two> in welche zwei Puffertypen einteilen? (1) <one>chaotrope Puffer</one> (2) <one>taxigene  Puffer</one>
+- Nenne einen Grund, wieso die <one>Autoradiographie</one> in der molekularen Biologie nicht mehr so populär ist. A: Die <one>Beseitigung des radioaktiven Abfalls</one> ist aufwendig.
+- Nenne eine Anwendung des Bakteriophagen M13 in der Gentechnik. A: Die <one>Kunkel method</one>.
+- With a modern <one>recombineering-system</one>: should we rather use <one>ssDNA</one> or <one>dsDNA</one>? ssDNA because it is over 100-fold more efficient as substrate than dsDNA.
+- Name <one>a phagemid</one> that was produced by the company <peru>Strategene</peru>. A: The <one>lambda-ZAP family</one>.
+- What is the advantage of <one>site-directed mutagenesis</one>? We can <one>introduce mutations into genes</one> <two>at precisely determined sites</two>.
+- Is there a way to identify whether we have <one>proofreading polymerases</one>, based on a sequence alone? Yes. "Proofreading polymerases leave blunt ends", unlike Polymerases such as the <two>Taq polymerase</two>.
+- <one>NotI</one> erkennt <two>n Basenpaare</two>? <one>8</one> - ist somit ein <two>8-cutter</two>.
+- Eine <one>Anreicherung von Proteinen</one> kann wie erfolgen, im Labor? Durch <one>Immunpräzipitation</one>.
+- In der <one>Gentechnik</one>: wie können wir <two>die Effizienz der Translations-Termination</two> verbessern? Verwendung von zwei oder mehreren Stop-Codons in Serie.
+- In what way is <one>T-DNA</one> from <two>Agrobacterium</two> transferred? As <one>ssDNA</one>.
+- What is <one>SV40 polyA</one>? This is <one>a polyadenylation signal</one> from the genome-sequence of the <two>Simian Virus 40</two>.
+- The first step in <one>Gateway cloning</one> is <two>the preparation of a Gateway Entry clone</two>. Which sequences have to be added to the PCR primers used to amplify the gene of interest? (1) <one>attB1 sequence</one> (2) <one>attB2 sequence</one>
+- When we <one>isolate nucleic acids via alcohol</one>, <two>where</two> and <two>how</two> may we find it? We can <one>find it in the precipitate</one>, after applying <two>centrifugation</two>. In other words, the alcohol, and the centrifugation step, causes the nucleic acids to aggregate into a precipitate.
+- <one>Type I restriction enzymes</one> contain how many subunits? <one>Three</one>. (<two>HsdR</two>, <two>HsdM</two>, and <two>HsdS</two>).
+- What means <one>diauxic growth</one>? The cell first uses one sugar, then comes a lag phase, then comes another growth phase for the other sugar.
+- In der Gentechnik: <one>Typ-I-Restriktionsendonukleasen</one> bestehen aus welchen Untereinheiten? Erkläre die Aktivitäten. A: Sie bestehen aus <peru>3 Untereinheiten</peru>: (1) <one>S-Untereinheit</one> erkennt die DNA-Sequenz (2) <one>M-Untereinheit</one> methyliert die DNA (3) <one>R-Untereinheit</one> schneidet die DNA
+- All <one>deep sequencing machines</one> for next generation sequencing are based on which method? <one>Local, clustered PCR amplification</one>.
+- Bei der <one>Herstellung des Klenow-Fragments</one>: was geht verloren? Die <one>5'→3' Exonukleaseaktivität</one>.
+- <one>Welche Technik</one> in der Molekularbiologie wird mit <two>3C</two> abgekürzt? <one>Chromosome conformation capture</one>.
+- Nenne eine allgemeine Einschränkung des <one>Western-Blots</one>. A: Wir können mit einem Western-Blot <one>nur gezielt nach bekannten Proteinen suchen</one>, da wir <two>spezifische Antikörper</two> benötigen.
+- <one>Proteins in solution</one> may <peru>absorb ultraviolet light</peru> at <two>280 nm</two> and at <two>200 nm</two>. What is responsible for adsorption at 200 nm? <one>Peptide bonds</one> are primarily responsible for the peak at 200 nm.
+- Name the <one>four components</one> of <two>a yeast-2-hybrid screen</two>. A: (1) <one>DNA Binding domain</one> (2) <one>Bait</one> (3) <one>Prey</one> (4) <one>Activator Domain</one>
+- In which year, approximately, was <one>the original Tet Expression System</one> first described, aka the <two>Tet-Off system</two>? In the year <one>1992</one>.
+- <one>Sanger sequencing</one> requires how many different reactions? <one>Four</one>.
+- Nenne ein Verfahren das von der Firma <one>Invitrogen</one> hergestellt wurde. A: <one>TopoCloning</one>.
+- Name a property that distinguishes a protein that remains in the cytoplasm from one that is secreted. A: A <one>signal peptide</one> (<peru>leader peptide</peru>) can be found at the "protein's N-Terminus".
+- Aus welchen zwei voneinander unabhängigen Proteinen besteht ein <one>Typ II-Restriktionssystem</one>? Aus einer <one>Methylase</one> und einem <one>Restriktionsenzym</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme#Type_II
+- Nenne <one>zwei ionische Detergentien</one> in der Gentechnik, um Membranen aufzuschliessen. A: (1) <one>Triton X-100</one> (2) <one>Octylglucosid</one>
+- Warum ist <one>eine Farbreaktion zur Quantifizierung von Proteinen</one> nicht unbedingt perfekt? Da eine exakte Quantifizierung aufgrund der Komplexität und Individualität der Proteine nicht möglich ist. Eine Farbreaktion spricht auf eine bestimmte Funktionalität an, aber diese Funktionalität kommt aber in verschiedenen Proteinen in unterschiedlicher Häufigkeit vor.
+- <one>Gibson Assembly</one> works best if all DNA fragments have which minimum size? About <one>500bp</one>.
+- Die <one>DNA Ligase</one> ist ein sehr wichtiges Enzym in der modernen Gentechnik. Welche Variante der DNA Ligase kommt hierbei am häufigsten zum Einsatz? Die <one>T4 DNA ligase</one>.
+- Als <one>Zwitterion</one> liegt jede Aminosäure wie vor? Die Carboxysäure ist "deprotoniert", COO-, die Aminogruppe "protoniert", NH3+.
+- What is the really huge advantage of the <one>Gibson Assembly System</one>? This allows the insertion of fragments into a plasmid without the need (and use) of restriction enzymes.
+- Nenne vier <one>hitzestabile DNA-Polymerasen</one>. A: <one>Taq</one>, Pfu, Vent, Stoffel. (Stoffel wird aus AmpliTaq gewonnen, indem man 289 Aminosäuren beginnend vom N-Terminus deletiert)
+- Was passiert wenn wir das <one>Lambda-Genom</one> mit <two>EcoRI</two> behandeln? Es entstehen <one>3 chromosomale Fragmente</one>.
+- Wie - oder womit - beginnt das <one>Southern Blotting Verfahren</one>? Wir <one>schneiden DNA</one> mit einem oder mehreren <one>Restriktionsenzymen</one>.
+- What is meant with the term <one>isoschizomer</one>? This is <peru>any additional restriction endonuclease</peru> that <one>can cleave at the same sequence as the prototype</one> that was first discovered.
+- What is <one>Amplitaq</one>? Eine "gentechnisch veränderte Taq-Polymerase".
+- Nenne zwei <one>chemische Substanzen</one> die Proteine denaturieren. A: (1) <one>Harnstoff</one> (2) <one>Guanidiniumchlorid</one>
+- What exactly is a <one>molecular beacon</one>? A <one>fluorescent probe molecule</one> that is designed to fluoresce only when it binds to a specific DNA target sequence.
+- How can the <one>amino acid sequence of a protein be determined</one>? Via <one>N-terminal Edman degradation</one>.
+- In regards to DNA, what is the enzyme <one>polynucleotide kinase</one> doing? It moves the gamma-phosphate from ATP to the 5'-OH group of DNA.
+- Name a <one>restriction enzyme</one> that can create <two>blunt ends</two> as overhangs. A: <one>Hind II</one> (at <two>GTTAAC</two>). URL: https://www.uniprot.org/uniprot/P44413
+- What is a <one>cryoprotectant</one>? This is a substance that is used to "protect biological tissue from freezing damage" (which is damage due to ice formation).
+- Name a constraint of <one>Exonucleases</one>. A: They can attack <one>either</one> the <peru>3' end</peru> <one>or</one> the <peru>5 prime-end</peru> - but <one>not both</one>.
+- Name an enzyme that can induce a nick into dsDNA. A: The nuclease <one>DNase I</one>.
+- Vorteil eines <one>ELISA</one> gegenüber einem <one>Western Blot</one>? Es wird keine SDS-PAGE benötigt, somit können wir mit dem nativen Protein arbeiten.
+- Nenne einen <one>Serin-Protease Inhibitor</one> der mit dem Buchstaben <two>P</two> beginnt. A: <one>PMSF</one>: <two>Phenylmethylsulfonyalfluorid</two>.
+- Welches Enzym können wir verwenden für die <one>3' Endmarkierung</one>? Die <one>terminale Deoxynukleotidyl-Transferase</one>.
+- Contrast <one>phage display</one> with <one>yeast display</one>: name an advantage of yeast display here. A: Many more proteins can be tested for than via phage display.
+- Nenne zwei mögliche <one>Nachteile</one> bei der Verwendung prokaryoter Expressionssysteme. A: (1) Es sind keine post-translationale Modifikationen möglich (außer Disulfidbrücken) (2) Es kann zur "Proteolyse" des rekombinanten Proteins kommen; dies ist primär ein Grund, wieso mit <one>Protease-defizienten Stämmen</one> gearbeitet wird.
+- <one>Meselson und Stahl</one> entwickelten welche Methode? Die <one>CsCl-Gleichgewichtszentrifugation</one>.
+- Welche zwei <one>Ionenaustauschchromatographie-Methoden</one> gibt es? (1) <one>AEC</one> (<peru>Anionenaustauschchromatographie</peru>)  - hier gibt es negativ geladene Partikel, die an die positiv geladene Säulenmatrix binden können. (2) <one>CEC</one> (<peru>Kationenaustauschchromatographie</peru>) - hier gibt es positiv geladene Partikel, die an die negativ geladene Säulenmatrix binden können.
+- Wann wurde <one>die erste Genklonierung</one> beschrieben? Im Jahr <one>1973</one>, durch <two>Stanley Cohen</two>.
+- Name one big disadvantage of <one>YAC Vectors</one>. A: They often <one>undergo rearrangements in host cells</one>.
+- Die "Detektion von Auto-Antikörpern" basiert typischerweise auf ...? Auf einem <one>indirekten ELISA</one>.
+- <one>Membranproteine</one> können wir nur aus der Membran isolieren unter <two>Zugabe von ... </two>? <one>Detergenzien</one>.
+- What is <one>Gibson assembly</one>? This is a molecular cloning method which allows for the joining of multiple DNA fragments in a single, isothermal reaction.
+- Die <one>Zentrifugation</one> trennt nach ... ? "Größe". Größere Moleküle sedimentieren schneller.
+- Anderes Wort für <one>Biuret</one>? "Carbamoyl-harnstoff".
+- Im Labor schmilzt DNA ab welcher Temperatur? Ab <one>90 °C</one>.
+- We may separate DNA fragments in a <one>PAGE</one> before we start Sanger sequencing. These gels usually contain 6% to 20% polyacrylamide - and also <two>urea</two>. Why is "urea" used here? The urea acts as a <one>denaturant</one> to reduce the effects of DNA secondary structure.
+- In <one>Golden Gate Cloning</one> we may make use of the restriction enzyme <two>Bsa1</two>. What is the advantage of this enzyme? This restriction enzyme can assemble multiple fragments of DNA in a directional fashion.
+- Nenne <one>zwei Methoden</one> wie man Protoplasten fusioniert. A: Durch (1) PEG (Polyethylenglukol) oder durch (2) <one>elektrische Impulse</one>.
+- Die <one>Biuret-Reaktion</one> beruht auf ... ? Sie beruht auf einer Komplexbildung von Cu2+ Ionen mit je vier Peptid-Bindungen eines Proteins im alkalischen Medium.
+- How is the <one>Tac-Promoter</one> abbreviated? <one>Ptac</one>.
+- The <one>Tac-Promoter</one> is a synthetically produced DNA promoter, produced from the combination of promoters from the trp and lac operons. What is the typical use case of this promoter? <one>Protein production</one> in <two>Escherichia coli</two> (or other organisms, such as Pichia pastoris).
+- Name an <one>inducer</one> of the <two>tac promoter</two>. A: <one>IPTG</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tac-Promoter
+- <one>Mammalian cell culture</one> requires a modest laboratory facility. <one>Plant cultures</one> usually require what additional change compared to a mammalian cell culture? We may have to <one>integrate light</one> (lighting) into the culture cabinets.
+- A. W. für <one>in-vitro mutagenesis</one>? <one>Site-directed mutagenesis</one>.
+- In which species was <one>RNA interference</one> discovered? In <one>plants</one>.
+- Where does the term <one>clone</one> come from, in <two>gene technology</two>? The term "clone" comes from the colonies of identical host cells produced during amplification of the cloned fragments.
+- Nenne zwei <one>Nachteile</one> der Methode nach Warburg und Christian. A: (1) nur sehr grobe Bestimmung möglich, da der Anteil aromatischer Aminosäuren in Proteinen variabel ist (2) nur für optisch klare, ungefärbte Lösungen anwendbar
+- <one>Glutamine</one> has a half-life of ... in liquid media? About <one>two weeks</one>.
+- How can we get rid of <one>RNA</one> in-vitro? We employ <one>Ribonucleases</one>.
+- Was genau passiert bei der <one>Zufallsmutagenese</one> in der Gentechnik? Das Gen für ein Enzym wird ungerichtet an unterschiedlichen Stellen mutiert.
+- Wann fand die <one>Asilomar-Konferenz</one> statt? <one>February 1975</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Asilomar_Conference_on_Recombinant_DNA
+- Name <one>a simple way how to eliminate plasmids from bacteria, in the laboratory</one>. A: We could make use of plasmids containing a <one>temperature sensitive origin of replication</one>, so that it can subsequently be easily lost by growing a strain at 37° C.
+- Wenn wir zu einer DNA <one>Isopropanol</one> geben, passiert was? Die <one>Löslichkeit dieser DNA wird verringert</one>; die DNA fällt dadurch aus.
+- Chemisch betrachtet besteht <one>Agarose</one> aus welchen zwei Untereinheiten? Agarose ist ein Polysaccharid, das aus "D-Galaktose" und "3,6-Anhydro-L-galactose" besteht.
+- Um das <one>pUC-System</one> verwenden zu können benötigen wir besondere Bakterien? Ja - und zwar solche die in ihrem Genom den <two>3' Abschnitt des lacZ-Gens</two> besitzen.
+- Was heisst <one>OD 260</one> in der Gentechnik? <one>Optische Dichte</one> (einer Substanz) bei einer Wellenlänge von <two>260 nm</two>.
+- We wish to <one>detect apoptosis</one> in many cells at once. Which protein can we use for that? <one>Annexin V</one>.
+- Können wir das <one>bakterielle Nucleoid</one> isolieren? Ja - zum Beispiel mit Hilfe einer <one>Saccharosegradienten-Zentrifugation</one>.
+- Was ist <one>das Problem</one> bei hohen Konzentrationen an <two>SYBR Green I</two>? Dieser <one>Fluoreszenzfarbstoff</one> kann in zu hohen Konzentrationen die <two>DNA Polymerase hemmen</two>.
+- What is the <one>net-effect</one> of adding sodium to dsDNA and heating up this solution (thus, affecting the Tm)? "More sodium increases the Tm", as the positively charged sodium shields the negatively charged phosphate groups, thus making the overall complex more stable - and hence more resistant to denaturation events.
+- In der <one>Phosphoramidite Methode</one>: wie werden die Nukleotide chemisch modifiziert? (1) A und G erhalten eine <two>benzoyl Gruppe</two>. (2) G erhält eine <two>isobutyryl Gruppe</two>.
+- Nenne einen <one>Fluoreszenzfarbstoff</one> der sich an die kleine Furche der DNA anlagert. A: <one>Distamycin</one>.
+- The <one>Gibson Assembly</one> allows for ...? The successful assembly of multiple DNA fragments, regardless of fragment length or end compatibility. It thus is very suitable for "large DNA constructs".
+- Warum ist das Restriktionsenzym <one>NcoI</one> besonders geeignet für <two>Translationsexpressionsvektoren</two>? Da es in seiner Erkennungssequenz <one>ATG</one> enthält. Seine vollständige Erkennungssequenz ist: <springgreen>5'-CCATGG-3'</springgreen> https://www.neb.com/products/r0193-ncoi
+- Name the two major types of <one>cloning vectors</one> derived from the <two>lambda phage</two>. A: (1) "Insertion vectors" (2) "Replacement vectors"
+- Nenne zwei Vorteile der <one>transcription mediated amplificate</one> Methodik in der Virusdiagnostik gegenüber der PCR. A: (1) die Methode ist <one>isothermisch</one> (2) die Methode ist <one>viel schneller als die PCR</one>
+- In der Gentechnik gibt es bei den Pipetten die Bezeichnung <one>P20</one>, <one>P200</one> und <one>P1000</one>. Was geben diese Zahlen an? (1) <cadetblue>P20</cadetblue>:   von   1-20   Mikroliter (2) <cadetblue>P200</cadetblue>:  von  10-200  Mikroliter (3) <cadetblue>P1000</cadetblue>: von <one>100-1000 Mikroliter</one>
+- Name a way <one>how to localize RNA inside of a cell</one>. A: Through <one>in-situ hybridisation</one>.
+- Was heisst <one>Chip-seq</one>? <one>Chromatin immunoprecipitation-sequencing</one>.
+- Name a technique with which we can do <one>multigene constructs</one>. A: The <one>Golden Gate cloning</one>.
+- Wie effizient ist die <one>Transformation von Plasmid-DNA in E. coli</one> über einen <two>CaCl2-Heatshock</two>, in <three>Prozent</three>? Eine von 1000 Zellen (also <one>0.1 %</one>).
+- Name two different kinds of vectors in genetic engineering. A: (1) <one>shuttle    vectors</one> (2) <one>expression vectors</one>
+- What happens if we add <one>potassium acetate</one> to a solution with DNA? Potassium acetate will trigger the "renaturation of the separated DNA strands".
+- Nachteil einer <one>cDNA</one>, die aus einer mRNA hervorging? Sie hat (x) <one>keinen Promoter</one> und (x) "keine upstream regulatory sequences".
+- In der Gentechnik gibt es die sogenannten <one>Good-Puffer</one>. Was sollte man in Bezug auf die Permeabilität wissen? Der Puffer sollte <one>nicht durch biologische Membranen permeieren</one>, um eine Konzentrierung innerhalb der Zelle/Organelle zu verhindern. Tris ist relativ gut fettlöslich und kann daher durch Membranen gelangen. Dies erklärt auch seine Toxizität für viele Säugerzellen in Kultur!
+- A. W. für <one>Zufallsmutagenese</one>? <one>Evolutives Proteindesign</one>.
+- Eine <one>Variante des EMSA</one> wird auch <two>supershift assay</two> genannt. Wie unterscheidet sie sich von dem normalen EMSA? Beim Supershift Assay wird ein Antikörper verwendet, der das spezifische Protein erkennen kann in einer Mischung. Durch die Bindung kommt es zu einem grösseren Komplex - dies äussert sich durch einen grösseren "Shift" im EMSA.
+- Can you say something about the migration behaviour of "supercoiled DNA"? Supercoiled DNA has a "smaller effective volume", which means that it will <two>migrate more rapidly during electrophoresis</two>.
+- Nenne <one>zwei Vorteile</one> der <two>SDS-PAGE</two>. A: (1) die <one>SDS-PAGE zeigt eine relativ hohe Beladbarkeit</one> (2) die <one>SDS-PAGE ist relativ billig</one>
+- Name a general advantage if we use <one>mammalian selection markers</one>, as opposed to <one>bacterial antibiotic resistance genes</one>. A: Mammalian selection markers are typically NOT antibiotic resistance genes, so no antibiotic resistance will spread. Usually we employ mutants in mammalian cell culture systems that are deficient in some metabolic pathway.
+- Nenne eine <one>direkte</one> und eine <one>indirekte</one> Methode zur Bestimmung der Primärstruktur von Proteinen. A: (1) <one>Direkt</one>: Edman-Abbau (2) <one>Indirekt</one>: aus der Sequenz des zugehörigen Gens heraus.
+- Name a technique to <one>study SNP-variation</one> with. A: <one>DNA Microarrays</one>.
+- Was ist eine <one>Exopeptidase</one>? Eine <one>Peptidase</one>, die ein Protein vom Ende her unspezifisch abbauen kann.
+- Die <one>Tfl-Polymerase</one> stammt aus welchem Organismus? <one>Thermus flavus</one>.
+- Why the suffix <one>R</one> in the name <two>Coomassie Brilliant Blue R-250</two>? It is an abbreviation for <one>Red</one>.
+- In einem molekularbiologischen Labor: wie löse ich bakterielle Zellwände auf? Mit Hile eines <one>Lysispuffers</one>.
+- In a molecular biology lab, "Terminal transferase" is used for ... ? <one>Adding homopolymer tails to DNA molecules</one>.
+- A <one>restriction enzyme</one> starting with the letters <two>Bam</two>, may <three>originate from which organism</three>? It may originate from <one>Bacillus amyloliquefaciens</one>.
+- Die <one>UIZmaTM DNA-Polymerase</one> stammt aus welchem Organismus? "Thermotoga maritima", ein Bakterium (Merkhilfe: "ma" im Namen kann mit "maritima" assoziiert werden). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Thermotoga_maritima
+- Nenne einen Test um den Proteingehalt in der Enzymlösung zu bestimmen. A: <one>Bradford Test</one> (Bradford Assay).
+- What does <one>Metabolomics</one> study? It studies the "products of enzyme pathways".
+- Was ist <one>Toyopearl</one>? Ein sehr poröses, halbstarres sphärisches Gel, das für die Mittel- und Tiefdruck-Flüssigchromatographie entworfen ist.
+- Wieso wird in der Gentechnik die <one>UIZma DNA-Polymerase</one> verwendet? Sie ist <one>am hitzestabilsten</one>.
+- Was ist der <one>Ursprung</one> einer cDNA-Genbank? mRNA-Moleküle die zu einer bestimmen Zeit in einer Zellpopulation vorkamen.
+- Im "Split-ubiquitin yeast two-hybrid": was heisst <two>Cub</two>? <one>C-terminal ubiquitin moiety</one>.
+- When we <one>introduce a plasmid during transformation</one>, why do we wait a bit before we add antibiotics? So that we give a cell time to transcribe the resistance gene from a plasmid, and <one>translate its mRNA into protein</one>.
+- <one>Ampicillin</one> wirkt wogegen? Gegen die Zellwand sich teilender <one>gram-negativer Bakterien</one>.
+- Nenne zwei <one>nicht-ionische Detergentien</one> in der Gentechnik, um Membranen aufzuschliessen. A: (1) "Cetyltrimethylammoniumbromid" (2) <one>Natriumdodecylsulfat</one>
+- Anderer Name für die <one>Inaktivierung eines Gens</one> mittels Gentechnik. A: <one>Gendisruption</one>.
+- When may we want to use the <one>Klenow fragment</one>? The "Klenow fragment" is used when we need to copy a single-stranded DNA molecule. Without the "5' -> 3' exonuclease function" is missing, the enzyme cannot degrade the non-template strand of dsDNA during synthesis of the new DNA. And this function has been removed from DNA Polymerase I, in order to create the Klenow fragment.
+- Ist <one>Harnstoff</one> eine <two>chaotrope Substanz</two>? Ja.
+- We can generate so called <one>somatic cell hybrids</one>. Name two ways how to do that. A: (1) certain viruses like the Sendai virus can help (2) use polyethylene glycol
+- In der Gentechnik: was heisst <one>EMSA</one> und wofür setzen wir diese Technik ein? EMSA heisst "Electrophoretic mobility shift assay". EMSA wird eingesetzt um "Protein-DNA" und "Protein-RNA" Interaktionen zu untersuchen.
+- Name <one>a simple way to extract proteins</one>. A: <one>Add an equal amount of phenol</one>. <two>Proteins can then be found in the Phenol-phase</two>.
+- Anderes, englisches Wort für "plasmid", insbesondere in der Gentechnologie. A: <one>Minichromosome</one>.
+- What is the general use case for the <one>Ames test</one>? To estimate the carcinogenic potential of a compound. It is also a fairly quick assay, compared to using other tests on eukaryotes (such as via rats).
+- Was sind <one>Phagemide</one>? Dies sind <one>Vektoren</one>, die teils von <two>Bakteriophagen</two> und teils von <two>Plasmiden</two> stammen.
+- Grundidee hinter <one>phage display</one>? Die Idee hinter einem Phage Display ist es das wir ein Protein an ein coat protein eines Bacterophagen fusionieren, und dieses dann an der Oberfläche darstellen (<two>to display on the surface</two>).
+- In der Gentechnik: nenne eine <one>Limitation</one> der <two>sauren Hydrolyse</two>. A: Eine Unterscheidung zwischen "Asparagin" und "Asparaginsäure", sowie "Glutamin" + "Glutaminsäure" ist nicht möglich.
+- The <one>surveyor assay</one> is also used in <two>CRISPR</two>/<two>Cas9</two>. What can we do with this assay ultimately? The <one>Surveyor nuclease assay</one> is an enzyme mismatch cleavage assay. It can be used to detect single base mismatches or small insertions or deletions (indels). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Surveyor_nuclease_assay
+- Nenne ein konkretes Beispiel was mit Hilfe eines <one>Southern Blots</one> nachgewiesen werden kann. A: Die <one>Sichelzellenanämie</one>.
+- <one>ChIP-seq</one> has what kind of <two>calling</two>? A <one>peak calling</one>.
+- Welchen <one>Nachteil</one> haben die <two>Proofreading-Polymerasen</two> gegenüber den <two>normalen Polymerasen</two>? Sie besitzen eine <one>geringere Prozessivität</one>.
+- When do we use <one>Pyrococcus furiosus</one> polymerase over <one>Taq polymerase</one>? When <one>increased accuracy is required</one>. Pfu has <two>proofreading ability</two>.
+- In applied molecular biology (aka <one>in the lab</one>), <two>TMA</two> stands short for ... ? <one>Transcription-mediated amplification</one>.
+- What enzyme type is the "reverse transcriptase" ("RTase")? The reverse transcriptase is an <one>RNA-dependent DNA polymerase</one>.
+- Was ist der <one>genetische Fingerabdruck</one>? Eine Methode zur Erzeugung eines für jeden Menschen einzigartigen Musters der DNA seines Genoms.
+- Welche Aufgabe hat die <one>Type I restriction enzyme M-subunit</one>? Diese fügt eine <one>Methyl-Gruppe</one> an die recognition site hinzu.
+- Mit welchem Enzym kann <one>ssRNA</one> aus einer DNA-Präparation entfernt werden? Mittels <one>RNase A</one>.
+- Gegeben sind die drei Assays <one>Lowry-Assay</one>, "BCA-Assay" und "Bradford-Assay". Welcher davon ist am empfindlichsten? Der <one>Bradford-Assay</one>.
+- Which enormous advantage do we gain through <one>recombineering</one>, as opposed to the more classical <two>in-vitro genetic engineering</two> technique? Recombineering does not rely on restriction enzymes.
+- Was meinen wir eigentlich mit dem Begriff <one>somatischer Kerntransfer</one>? Wenn wir einen Zellkern aus, zum Beispiel, einer "Fibroblastenzelle" entnehmen, und diese in eine "entkernte Eizelle" transferieren.
+- Welche 3 prinzipiellen Methoden des <one>Zellaufschlusses</one> können wir in der Gentechnik unterscheiden? (1) <one>enzymatisch</one> (2) <one>mechanisch</one> (3) <one>thermisch</one>
+- Bei der <one>Proteinanalyse</one>: welche zwei groben Punkte können wir unterscheiden? (1) Die <one>quantitative</one> Proteinanalyse (2) Die <one>qualitative</one>  Proteinanalyse
+- How can we, in the lab, verify whether two proteins are closely associated with one another? We can employ a <one>co-immunoprecipitation assay</one>.
+- Für die Gentechnik mögen <one>konjugative Plasmide</one> wichtig sind. Was sind die tra und mob-Funktionen? (1) <one>tra</one> für <two>Transfer des Plasmids</two> (2) <one>mob</one> für <two>Mobilisation des Plasmids</two>
+- Who developed the <one>phage display technique</one>? <one>Gregory Winter</one>, a british biochemist. URL: https://www.britannica.com/biography/Greg-Winter
+- Nach <one>IUPAC</one>: was ist <two>die Einheit der Enzymaktivität</two>? <one>1 Katal</one>. (Umsatz von 1 mol Substrat/sec)
+- Nenne ein Beispiel für ein hoch sulfatiertes <one>Glycosaminoglycan</one>. A: <one>Heparin</one>.
+- What is <one>YEp</one>? YEp is the <one>Yeast episomal plasmid</one>.
+- An welcher Sequenzfolge schneidet <one>NotI</one>? <one>NotI</one> ist ein <two>8-cutter</two> der an <three>GCGGCCGC</three> schneidet, und zwar an Position 2.
+- Which enzyme is often used for "nick translation procedure for radiolabelling DNA"? The <one>DNA Polymerase I</one>.
+- In der <one>Hefe</one> wird oft das Gen <two>URA3</two> für die Selektion auf Rekombinanten verwendet. Dieses Gen ist normalerweise wichtig für ... ? Die <one>Uracilbiosynthese</one>.
+- A typical <one>highdensity array genotyping experiment</one> can detect how many different SNPs ("single nucleotide polymorphisms")? More than 2 million SNPs can be detected at the same time.
+- Does <one>Sanger-Sequencing</one> require a <two>primer</two>? Yes, of course.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: es wird häufig eine Trägermembran aus <two>Nitrocellulose</two> oder aus <two>Nylon</two> verwendet. Wieso wird manchmal <two>Nylon</two> bevorzugt? Da Nylon <one>fester</one>, also <one>widerstandsfähiger</one>, als Nitrocellulose ist.
+- Name four factors that can increase the success rate of transformation in bacteria, within the lab. A: (1) Treatment with calcium chloride (2) Treatment through a <one>heat shock</one> (3) Making use of an electrical field (4) Using high concentrations of DNA
+- Was meinen wir mit einem <one>transienten Gentransfer</one>? Dies meint einen Gentransfer, der "zeitlich begrenzt" ist - zum Beispiel weil das transferierte Gen nicht in das Chromosom integrierte.
+- What is a <one>double digest</one> in <two>gene technology</two>? When we <one>apply two restriction enzymes</one> (<royalblue>digests</royalblue>) at the same time.
+- Wo werden <one>Aptamere</one> markiert? Am <one>5' Ende des Nukleotides</one> (mit einem Fluoreszenfarbstoff); am 3' Ende ist <royalblue>der Quencher</royalblue>.
+- Why was the name <one>ribosome display</one> chosen? Because the mRNA remains connected to the ribosome. We thus have some mRNA-genotype system here.
+- In a molecular biology labor, we may use <one>DEPC</one>. What does this abbreviation stand for? <one>Diethylpyrocarbonate</one>.
+- Was meinen wir mit einer <one>gDNA-Genbank</one>? Eine Genbank, die aus genomischer DNA besteht.
+- Compare <one>transformation</one> into <two>E. coli</two> to that of <one>transformation</one> into <two>yeast</two>. Which one of these two is more efficient? Transformation into E. coli is much more efficient than transformation into yeast.
+- Is <one>FACS</one> used in a typical <two>Yeast Display</two>? Yes, to sort for <one>the maximum binders</one>.
+- <one>RFLPs</one> are often used where? In <one>forensic analysis</one<.
+- Wie können wir <one>mRNA</one> von <one>ribosomaler RNA</one> aus einem Zelllysat trennen? Wir verwenden <one>Oligo(dT)-Cellulose</one>; hierbei hybridisiert die mRNA mit der Oligo(dT)-Cellulose.
+- Is <one>RNase</one> or <one>DNase</one> more stable? <royalblue>RNase</royalblue> is <one>more stable</one> than <royalblue>DNase</royalblue>.
+- In which <one>organism</one> were the <lightseagreen>ARS</lightseagreen> (<three>Autonomously Replicating Sequences</three>) first found? The ARS were first found in <one>yeast plasmids</one>.
+- Gibt es <one>effiziente Trennverfahren für große Proteine</one>? Nein, nicht wirklich.
+- Wie sind <one>Ligasen</one> definiert? Dies sind Enzyme, die DNA-Moleküle durch "Phosphodiesterbindungen" zwischen einem 5-Strich Phosphat und einem 3 Strich Hydroxylende miteinander verknüpfen können.
+- <one>Dansylchlorid</one> kann verwendet werden um die N-terminale Aminosäure zu bestimmen. Welcher Teil von Dansylchlorid heftet sich an die N-terminale Aminogruppe an? Der O=S=O Teil, über die Bindung zum Schwefel.
+- Nenne eine Substanz, mit der wir die <one>N-terminale Aminosäure</one> bestimmen können. A: <one>Dansylchlorid</one>.
+- What would a positive result during the <one>Ames test</one> indicate? That the target chemical is mutagenic - and therefore <one>may act as a carcinogen</one>.
+- Give one example for a "Type I restriction enzyme". A: <one>EcoK</one>.
+- Wie entsteht <one>Biuret</one>? Biuret entsteht bei der "Pyrolyse von Harnstoff" durch Kondensation von zwei Molekülen Harnstoff, unter Abspaltung von einem Molekül Ammoniak.
+- Which enzyme is used in order to create <one>ds-cDNA</one> from <one>ss-cDNA</one>? <one>DNA polymerase I</one>.
+- Kann bei der Gelelektrophorese quantifiziert werden? Ja, über eine Farbdichtemessung und Rückrechnung. Ist jedoch nicht besonders genau.
+- Why do we need <one>spacer molecules</one> in <two>chemical DNA synthesis</two>? The spacer helps prevent the bases in the growing nucleotide chain from reacting with the glass bead surface.
+- Nenne zwei Nachteile der SDS-PAGE. A: (1) geringe Reproduzierbarkeit (2) Zeitfaktor
+- In der Gentechnik: was heisst <one>LacIq</one>? "Lac-Repressor Gen".
+- Kann man <one>Trypsin</one> inhibieren? Ja: so zum Beispiel durch einen <one>Trypsin-Inhibitor</one>, aus Soja.
+- Why is the <one>S1 nuclease</one> not ideal when we want to create cDNA? Because this nuclease may also remove some important 5' sequences when it is used to trim the "ds cDNA".
+- In mRNA display, what is attached to the mRNA? The peptide for which it encodes, via a Poly-dA linker.
+- Name the three fundamental problems of ribosome display. A: (1) The protein chain must not leave the ribosome (2) The mRNA must not leave the ribosome (3) The protein must fold into the corect structure once still attached to the ribosome.
+- In ribosome display: the genotype here in use is ... ? The <one>mRNA</one>.
+- Name four different display methods in gene technology. A: (1) phage display (2) yeast surface display (3) mRNA display (4) ribosome display
+- The <one>comet assay</one> can be used to ... ? Measure deoxyribonucleic acid (DNA) strand breaks in eukaryotic cells. It is <one>a single-cell gel electrophoresis</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Comet_assay
+- Sind <one>viele Reinigungsschritte</one> in der Biochemie ein Problem? Ja. Das Protein wird zunehmend instabiler.
+- Womit beginnt eine "massenspektrometrische Analyse" in der Protein-Biochemie? Mit dem Verdau eines Proteins durch Proteasen - meistens über <one>Trypsin</one>.
+- <one>Type I restriction enzymes</one> require which cofactor? "S-adenosyl methionine", aka <one>SAM</one>.
+- Wieso können wir behaupten, das der <one>Western Blotting</one> auch ein (semi-)quantitativer Assay ist? Der Western Blot weist nicht nur nach ob ein Protein exprimiert und vorhanden ist, sondern über die Intensität eines Fleckes die Proteinmenge in Erfahrung bringen kann.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: die Proteine wandern zur <two>Anode</two> oder zur <two>Kathode</two>? Zur positiv geladenen Anode, da die Proteine aufgrund von <one>SDS negativ geladen sind</one>.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: woran genau bindet der sekundäre Antikörper? An die FC-Region des primären Antikörpers, ohne das dies die Bindung des primären Antikörpers an das Zielprotein verändert.
+- Beim <one>Western Blotting</one> wird häufig das Enzym <two>Alkalische Phosphatase</two> eingesetzt, das ein chromogenes Substrat benötigt. Nenne ein Beispiel für ein solches Substrat, das von diesem Enzym umgesetzt wird. A: <one>X-Phos</one>.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: wieso wird hier (üblicherweise) ein elektrischer Strom benötigt? Um die Proteine vom Gel auf die Membran zu übertragen.
+- Beim <one>Western Blotting</one>: welche Ladung muss die Membran tragen, damit die Proteine an ihr haften bleiben? <one>Positiv</one>, da die Proteine selbst aufgrund des SDS-Überzug eine negative Ladung tragen.
+- Anderer Begriff für <one>diskontinuierlich</one>? "In Stufen".
+- In der Gentechnik: was ist das <one>Stoffelfragment</one>? AmpliTaq.
+- <one>Morpholinos</one> bind to ... ? <one>mRNA</one>.
+- In a <one>gel electrophoresis apparatus</one>: the <two>anode</two> has which colour typically? <crimson>Red</crimson>.
+- Welche 3 Stoffe enthält ein <one>HAT Medium</one>? (1) <one>Hypoxanthin</one> (2) "Aminopterin" (3) "Thymidin"
+- Name one or two advantages of the <one>capillary electrophoresis</one> compared to the traditional <two>gel electrophoresis</two>. A: (1) The <one>capillary electrophoresis</one> is <one>faster</one>. (2) It can also be more easily automated.
+- Was ist die <one>Standardmethode</oe> zur "Fällung von DNA" aus wässriger Lösung? Die <one>Ethanolfällung</one>.
+- <one>Type II restriction enzymes</one> can produce how many different ends? 3.
+- Was genau liefern uns <one>ESTs</one>? Einen Ausschnitt der Sequenz von Genen, die in der betrachteten Zelle exprimiert werden (also aktiv sind).
+- Do <one>restriction enzymes</one> exist that <two>can cleave methylated DNA</two>? Yes; for example, "DpnI" cleaves only methylated "G-m6-ATC" areas.
+- Why can we say that <one>transformation</one> is an inefficient process? Only a very small percentage of competent cells do become transformed.
+- Wir möchten <one>Cytoplasmamembranen verschmelzen</one>. Welche zwei chemischen Verbindungen fördern dies? (1) <one>Polyethylenglykol</one> (2) <one>Lysolecithin</one>
+- Was heisst <one>HEPA filter</one>? <one>High efficiency particulate air filter</one>.
+- Name a reason, aside from the size of the transgene, why cosmids are used rather than plasmids. A: The cosmid phage particles are <one>more stable</one> than the plasmids.
+- Give another, more scientific, name for <one>equal density</one>, as part of the topic <two>centrifugation</two>. A: <one>Isopycnic point</one>.
+- Was ist der <one>Aussalzeffekt</one> in der Biochemie? Beim Erhöhen der Ionenstärke fallen die Proteine aus.
+- <one>Luminol</one> ist ein Farbstoff der in einem biochemischen Labor verwendet werden mag. Dabei wird oft ein Enzym eingesetzt das die Oxidation von Luminol zu 3-Aminophthalate bewirkt. Welches Enzym ist dies? "Horseradish peroxidase" (<royalblue>HRP</royalblue>).
+- Was ist ein <one>Bisacrylamid</one>? Zwei Acrylamide verbunden über eine <one>Methylengruppe</one>.
+- A <one>pellet</one> may contain our protein of interest. What can we do to dissolve it? (1) wash it with a buffer containing low concentrations of <one>chaotropic agents</one> (such as guanidine-HCl or urea) (2) use detergents such as <one>1% Triton X-100</one>
+- In an <one>immunoblot</one>: why do we use a solution such as BVA? Because that way we will <one>block non-specific binding sites</one> (via this <one>blocking solution</one>).
+- Wieviel kostet eine <one>Eppendorfer micro-tube Eprouvette</one>, pro Stück? Sie kostet etwa <one>4 Euro pro Stück</one>.
+- What is meant with the term <one>star activity</one>? This refers to the fact that many restriction enzymes cleave sequences that are similar to their defined recognition site.
+- Nenne ein <one>helixdestabilisierendes Agens</one>. A: <one>Formamid</one>.
+- In <one>phage display</one>: selection involves subjecting the phage library to successive rounds of ... ? <one>Antigen exposure</one>.
+- <one>His-Tags</one> binden an ... ? <one>Zweiwertige Nickel-Ionen</one>.
+- Why are <one>peptide nucleic acid</one> useful? Cellular nucleases do not recognize them, yet they are able to bind to DNA.
+- Name two conditions that can cause <one>star activity</one>. A: (1) "too much glycerol" (2) <one>incorrect ion concentrations</one>
+- Deutsche Bezeichnung für <one>Blotting</one>? <one>Transfertechnik</one>.
+- The technique of <one>phosphorimaging</one> improves on which older technique? Standard autoradiography.
+- Was sind <one>pRARE plasmids</one>? Plasmide, die <one>seltene tRNA-Gene</one> besitzen (bezogen auf E. coli).
+- In der Gentechnik: was ist mit dem Begriff <one>Tags</one> gemeint? Tags besitzen eine Proteasespaltungsstelle und werden durch Proteasen vom Protein getrennt.
+- Wo findet <one>Transcription-mediated amplification</one> eine praktische Anwendung? In der <one>irusdiagnostik</one>.
+- The enzyme <one>bacterial alkaline phosphatase</one> does what exactly? It removes a phosphate group from the 5' end of DNA, thus leaving a 5'-OH group in place.
+- In der Gentechnik: was ist die sogenannte <one>Star-Aktivität</one>? Dies ist die (leider problematische) Fähigkeit eines Restriktionsenzyms, unter speziellen Bedingungen an anderen als den Standarderkennungssequenzen an die DNA zu binden und sie dort zu spalten.
+- Was bezeichnen wir mit dem Begriff <one>Klonierung</one>? Die Herstellung vielfacher, exakter Kopien eines bestimmten DNA-Segments, mittels spezieller Technologien und Vektoren.
+- What is bizarre about <one>type I restriction enzymes</one>? They are <one>suicidal</one>.
+- Which enzyme can we use to <one>make nicks in RNA</one>? <one>RNase H</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ribonuclease_H
+- After a <one>heat-shock procedure</one>, the protocols often used require a time range of 60-90 minutes. Why? This time range is <one>giving the plasmids time</one> to become established and permit phenotypic expression of their traits.
+- Für den <one>DNA DipStick</one> benötigen wir wieviel an Probe? <one>1 Mikroliter Probe</one>.
+- Nenne ein <one>eukaryotisches Selektionsgen</one>. A: <one>npt</one> ("neomycin-Phosphotransferase"). URL: http://www.spektrum.de/lexikon/biologie/neomycin-phosphotransferase/45839
+- Give another name for the <one>uninterrupted sequences</one> in "shotgun sequencing"? <one>Contigs</one>.
+- In gene technology: when dealing with <one>eukaryotic organisms</one>, the first major decision is whether to begin with ... or with ... A: (1) <one>messenger RNA</one> (mRNA) (2) <one>genomic DNA</one>
+- The <one>Sau restriction enzyme</one> came from which organism? It came from <one>Staphylococcus aureus</one>.
+- Der Schlüssel zur Erzeugung von cDNA ist? Das Enzym <one>reverse Transkriptase</one>.
+- The most common recognition sequences for <one>restriction enzymes</one> are how long, in base pairs? (1) <one>four</one> (2) <one>five</one> (3) <one>six</one>
+- <one>Minipreparation of plasmid DNA</one> ("Minipreps") is a rapid, small-scale isolation of plasmid DNA from bacteria. It is based on which method? The <one>alkaline lysis method</one>.
+- Was ist die Idee in der Gentechnik hinter der <one>phage display technique</one>? Ein Protein wird an ein coatprotein eines Bacteriophagen fusioniert (an das Gen davon), und später dadurch an der Aussenseite des Phagen dargestellt.
+- Unterschied zwischen einem normalen <one>Deoxynucleotide</one> und einem <one>Dideoxynucleotide</one>? Dem Dideoxynucleotide fehlt die <one>3' OH Gruppe</one>.
+- In der Biochemie und Gentechnik: wieso sollten Puffer möglichst rein sein? Die Reinheit spielt eine große Rolle, da <one>Verunreinigungen wie Schwermetalle biologische Systeme leicht stören könnten</one>.
+- What is meant with the term <one>transient transfection</one>? This is the case when foreign DNA, such as a bacterial plasmid, is introduced into mammalian cells. Most of this DNA is <one>lost within days</one>. This process is therefore referred to as "transient".
+- Can we <one>combine multiple chromosomes into a single one</one>, via "CRISPR/Cas9"? Yes, thanks to "homologous recombination" within the cells.
+- What is a <one>southwestern blot</one>? A blot that <one>identifies DNA-binding proteins</one>, such as <royalblue>transcription factors</royalblue>, using labelled oligonucleotide probes.
+- What means <one>goat anti-rabbit</one>? Immunize a goat with rabbit antibodies.
+- Wenn wir die folgenden drei hitzestabilen DNA-Polymerasen vergleichen (Taq, Pfu, Vent), gibt es eine davon die KEINE "3' -> 5' Exonuklease-Aktivität" aufweist. Welche ist dies? Die <royalblue>Taq-Polymerase</royalblue> besitzt <one>keine 3' -> 5' Exonuklease-Aktivität</one>.
+- In <one>phage display</one>: how does "gene coupling" work? The coupling of genotype and phenotype is usually accomplished by a genetic fusion of the gene of interest, e.g., an antibody fragment, with, with one of the phage coat protein genes, usually gene III, of bacteriophages such as M13 or fd.
+- What is <one>DNA Sequencing</one>? This refers to <one>the determination of the nucleotide sequence of DNA</one>.
+- Name two general ways <one>how to transform bacteria</one>. A: (1) <one>chemical treatment via CaCl2</one> (heat shock, then put it on ice) (2) <one>electroporation</one>
+- The enzyme <one>BsaI</one> generates an overhang that contains n bp? <one>4</one>.
+- Why the name <one>electrophoresis</one>? In electrophoresis, substances are <one>separated using an electric field</one>.
+- In der Gentechnik: was heisst <one>CN-PAGE</one>? <one>Colorless, native polyacrylamide gel electrophoresis</one>.
+- <one>DNA-SYBR Green</one> absorbiert Licht welcher Farbe und emittiert Licht welcher Farbe? (1) <one>Absorbiert blaues Licht</one>. (2) <one>Emittiert  grünes Licht</one>.
+- Gegeben sei ein biochemisches Labor. Wir haben eine <one>Quarzkuvette</one> sowie eine <one>Plastikkuvette</one>. Wieso mögen wir eine Quarzkuvette einsetzen? Um <one>im UV-Bereich zu messen</one>, zum Beispiel bei Proteinen.
+- <one>DNA-Ligasen</one> verwenden allgemein was für einen Co-Faktor? ATP (z. Bsp. T4 DNA-Ligase) oder NAD+ (z. Bsp. E. coli DNA-Ligase).
+- <one>Radioactive tracers</one> have been used extensively in molecular biology for a long time. Name the four most common (and important) isotopes used here. A: (1) tritium    ("3 H") (2) carbon-14 ("14 C") (3) phosphorus-32 ("32 P") (4) sulphur-35 ("35 S")
+- Name <one>three ingredients</one> that the luciferase requires. A: (1) "luciferin" (2) "ATP" (3) <one>molecular oxygen</one>
+- Name 5 factors that affect the denaturation and renaturation of <one>nucleic acid duplexes</one> in short form. A: (1) base compositon of the DNA (2) the hybrid length (3) the temperature (4) the amount of mismatches in % (5) DNA concentration
+- Can the <one>T4 DNA ligase</one> join togeter blunt-ended DNA molecules? Yes - under <one>appropriate conditions</one>.
+- A. W. für das <one>two-hybrid system</one>? <one>Interaction trap</one>.
+- We can <one>reverse transcribe RNA</one>. Name two different ways how to initiate this. A: (1) either through oligo-dT (2) or through random hexamere primers
+- A. W. für <one>3MM-Filterpapier</one>? <one>Whatman</one>.
+- Aus welchem Organismen gewannen wir das <one>Stoffelfragment</one>? Aus <one>Thermus aquaticus</one> (<royalblue>Taq polymerase</royalblue>). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Variants_of_PCR#DNA_Polymerases
+- <one>Trizol</one> consists of which two components? (1) <one>phenol</one> (2) <one>guanidine isothiocyanate</one>
+- Mittels <one>chromatographer Verfahren</one> kann man DNA fällen. Welches Prinzip steckt dahinter? DNA kann an Silikat binden (Säulen).
+- Es gibt mindestens folgende drei thermostabile DNA-Polymerasen: <one>Taq</one>, "Pfu", "Vent". Aus welchen Organismen stammen die? (1) "Taq" aus <one>Thermus aquaticus</one>. (2) "Pfu" aus <one>Pyrococcus furiosus</one>. (3) "Vent" aus <one>Thermococcus litoralis</one>.
+- Nenne einen <one>peptidischen Inhibitor</one> der mit dem Buchstaben "A" beginnt. A: <one>Aprotinin</one>.
+- Was ist <one>targeted mutagenesis</one> in der Gentechnologie? Strukturinformation über ein Enzym wird ausgewählt, um eine kleine Zahl von AA zu mutieren. Multiple Mutationen in bzw um die Aktivitätszentrum sollen die Substratspezifität oder Regioselektivität verändern. Kleine Library/Anzahl - daher weniger Screening nötig. Aber: Kein Einbeziehen von möglichen positiven Mutationen, die vom aktiven Zentrum entfernt sind.
+- Das Temperaturoptimum von <one>Pyrococcus furiosus</one> liegt bei ... ? <one>100°C</one>.
+- Wie können wir die Peptidbindung eines Proteins spalten, ohne hierfür Enzyme einzusetzen? Durch <one>saure Hydrolyse</one> (mittels 6M HCl).
+- Was ist der kritische Punkt bei der <one>Kettenabbruch-Methode</one>? Die <one>genaue Auftrennung der Syntheseprodukte</one>.
+- The efficiency of <one>yeast recombineering</one> is limited by ... ? "Competing repair pathways", such as "non-homologous end joining" (<one>NHEJ</one>).
+- Name a technique with which we could <one>detect oxidized proteins</one>. A: The <one>oxyblot</one>. URL: http://www.merckmillipore.com/AT/en/product/OxyBlot-Protein-Oxidation-Detection-Kit,MM_NF-S7150
+- The <one>gel electrophoresis of proteins</one> starts where? In the <one>middle of the gel</one>.
+- In gene technology: what is meant with the term <one>linkers</one>? Linkers are "self-complementary oligomers" that contain a recognition sequence for a particular restriction enzyme. For example, the sequence "5'-CCGAATTCGG-3'" would contain, in its dsDNA form, the recognition sequence for the restriction endonuclease "EcoRI", which is "GAATTC".
+- In der Gentechnik: was sind <one>tac</one> und <one>trc</one>? Dies sind "Hybridpromotoren" aus trp- und lac-Promotor (-35-Region und -10 Region).
+- Was ist ein <one>nichtribosomales Peptid</one>? Dies ist ein Peptid, das nicht an Ribosomen synthetisiert wurde, sondern als Sekundärmetabolit durch bestimmte Enzyme - den <one>nichtribosomalen Peptidsynthetasen</one> (<royalblue>NRPS</royalblue>).
+- In der Gentechnik gibt es die Methode <one>directed evolution</one>. Was bezweckt man damit? Zufällige Mutationen im Gen des Zielproteins einführen.
+- The <one>value of restriction endonucleases</one> lies in ... ? Their <one>specificity</one>.
+- Lange Bezeichnung für <one>DNAzyme</one>? <one>Desoxyribozyme</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribozyme
+- Name a technique that is used in eukaryotes, when one wishes to <one>undertake site-specific recombination</one>. A: The <one>Cre/lox system</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Cre-Lox_recombination
+- When we see a <one>P200</one> pipette: what does the number 200 stand for here? This refers to <one>the maximum volume</one>, aka 200 in this case.
+- Nenne eine Methode Zellen zu zählen, die mit dem Buchstaben <one>H</one> beginnt. A: <one>Hämozytometer</one>.
+- Was ist eine <one>Platinöse</one>? Ein Platin Draht-Impföse zum Überimpfen von mikrobiellen Kulturen.
+- In welchem Jahr wurde erstmals rekombinante DNA <one>erstellt</one>? Im Jahre <one>1973</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Rekombinante_DNA
+- Bei der <one>Sticky feet Mutagenese</one>: was muss man beim Primer beachten? Einer der beiden Primer hat ein Phosphat, muss also kinasiert (<one>phosphorylated</one>) vorliegen.
+- Nenne einen <one>rot fluoreszierenden Farbstoff</one>. A: <one>Propidiumjodid</one>.
+- How are <one>cosmids</one> generated? From <royalblue>plasmids</royalblue>, simply by ligating the <mediumseagreen>lambda cos region</mediumseagreen> onto the plasmid DNA.
+- Was ist das Ergebnis aller Aufschlussmethoden? Das <one>Homogenisat</one>.
+- Name a very widely, perhaps even the most widely used, <one>strong regulatable promoter</one> used in gene technology / biotechnology. A: The <one>tac promoter</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Tac-Promoter
+- Bei der Proteinreinigung können wir <one>Polykationen</one> als Fällungsmittel verwenden. Nenne zwei Beispiele hierfür. A: (1) <one>Protamin</one> (2) <one>Streptomycin</one> (als Sulfat)
+- CRISPR/Cas is used to modify genes. Name <one>a cellular actor</one> that is partially counteracting the CRISPR/Cas system. A: <one>p53</one>.
+- When DNA is isolated in the lab, what <one>physical vulnerability</one> may exist? DNA may be vulnerable to <one>shearing forces</one>.
+- Nenne 3 Möglichkeiten wie wir <one>DNA denaturieren können</one>. A: (1) Durch Temperatur, also durch <one>Hitze</one> (2) Durch eine "hohe Salzkonzentration" (3) Durch "Harnstoff"
+- During <one>Electroporation</one>: the electrical discharge has about n Volt? About <one>1000 Volt</one>.
+- <one>Micrococcal Nuclease</one> will typically cut eukaryotic DNA threads at ...? At <one>junctions between the nucleosomes</one>.
+- Was genau liefert uns eine <one>RACE</one>? Fehlende Sequenzen der cDNA, 5 Strich und 3 Strich werden erzeugt.
+- A. W. für <one>DNA-synthesizers</one>? <one>Gene Machines</one>.
+- Wie nennen wir eine <one>mit SDS beladene Aminosäurekette</one>? <one>Ellipsoide</one>. URL: http://www.chemie.de/lexikon/SDS-PAGE.html
+- Wozu dient der <one>Ligation Assay</one>? Wir können eine Auskunft erhalten über Kontamination mit Phosphatasen und Exonukleasen, geliefert über die Menge an nicht religierbarem Fragmenten.
+- Why may we want to use the enzyme <one>alkaline phosphatase</one> in a molecular biology laboratory? This enzyme is used to <one>prevent unwanted ligation of DNA molecules</one>.
+- Wenn wir <one>RNA denaturieren wollen</one> und DMSO, bei 50 °C einsetzen, müssen wir anschliessend kovalent modifizieren. Dies geschieht mit welcher Substanz? <one>Glyoxal</one>.
+- Welche <one>Farbe</one> hat der Komplex in der Biuret-Methode? <one>Blau-violett</one>.
+- Wie können wir die <one>Termination der Translation</one> verbessern? <one>Mehrere Stop-Codons hintereinander schalten</one>.
+- If we wish to <one>eliminate RNA from a solution</one>, what may we do? We may add the enzyme <one>ribonuclease</one> (<royalblue>RNase</royalblue>). This enzyme will digest the RNA in the preparation.
+- What is <one>modENCODE</one>? Like the ENCODE project, but it focuses on <one>model organisms</one> primarily.
+- During <one>phage display</one>: antigen-specific phage-displayed antibodies are allowed to bind to their targets, in a process known as ... ? <one>Panning</one>.
+- Was ist ein <one>Quencher</one>? Ein Molekül das eine Fluoreszenz auslöscht.
+- Wo wird <one>panning</one> in der Gentechnik eingesetzt? Beim <one>phage display</one>.
+- In der Gentechnik, beim <one>His-Tag</one>: wieviele Histidine in Serie verwenden wir? Meistens <one>6</one>.
+- The first step in <one>Gateway cloning</one> is ... ? The <one>preparation of a Gateway Entry clone</one>.
+- Besitzt die <one>Taq-polymerase</one> 3' -> 5' Exonukleaseaktivität? Nein. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Taq_polymerase
+- When we see a vector called <one>pYD1</one> what do we know? This is <one>a plasmid for yeast-display</one>, e. g. the "Yeast Display Vector Kit" from "InVitrogen".
+- In der Gentechnik: was heisst <one>Pfu exo minus</one>? Pfu hat keine Exonuklease-Aktivität. Kann man kommerziell erhalten.
+- Name 3 features that an <one>effective cloning vector</one> should include. A: (1) an origin of replication (2) selectable markers (3) one or more unique restriction sites
+- Name one big disadvantage of <one>electroporation</one>. A: There is a "high mortality" accompanying the "transfection conditions" - often more than 50% of the cells die.
+- Name a technique with which we could <one>quantify the length of telomeres</one>. A: <one>Flow-FISH</one>.
+- In a "Gibson Assembly", the overlaps should be at the least n bp at their junctions? At the least <one>30bp</one>.
+- Die <one>Polynukleotidkinase</one> überträgt Phosphatgruppe (32P) von ATP worauf genau? Auf ein 5 prime-OH Ende Ende der Nukleinsäure.
+- What means the term <one>plasmid instability</one>? Cells without a plasmid grow faster than cells with plasmids - and eventually take over a culture.
+- What is a <one>leaky promoter</one>? A promoter whose product is made continuously in low levels even when it is shut down by a repressor.
+- Gibt es <one>Desoxyribozyme</one>? Ja - zumindest <one>künstlich erzeugte</one>.
+- What kind of environment do recombinant proteins find in the <one>periplasm</one>? An <one>oxidative environment</one>.
+- Bei der <one>in-vitro-Fertilisation</one> (IVF): wie erfolgt die Befruchtung? Es handelt sich hier um eine <one>extrakorporale Befruchtung</one>.
+- Nenne ein <one>Expressionssystem</one> das in E. coli Verwendung findet. A: Das <one>pET-System</one>.
+- Gegeben sei die Sequenzfolge <one>CAT CAC CAT CAC CAT CAC</one>. Was können wir daraus folgern? Dies mag ein <one>His6-Tag</one> sein; die Folge kodiert für 6 Histidine, die in Folge geschalten sind.
+- Bei der <one>hochauflösenden Schmelzkurvenanalyse</one> ("high resolution melting") erfolgt ein schrittweiser Temperaturanstieg, in Änderungen von bis zu ... °C. A: Bis zu <one>0.05 °C</one>.
+- Wozu wird <one>Luminol</one> im Labor eingesetzt? Zum <one>Nachweis von Blutresten</one> (Erythrocyten).
+- We may wish to remove proteins from a mixture. Proteins tend to stay in ... <one>which phase</one>? In the <one>phenol phase</one>. (Mnemonic: protein ... phenol ... <royalblue>p-p</royalblue>
+- Wann wurde die <one>Pyrosequencing-Methode</one> entwickelt? <one>1996</one>.
+- Why do we use the <one>URA3 gene</one> in YACs? Because the used "host has a defective URA3 gene" - and "requires Uracil for growth".
+- Das <one>GST gene fusion system</one> wird wozu verwendet? Dieses System wird verwendet um Proteine zu reinigen und zu detektieren.
+- Nenne eine Einsatzmöglichkeit für <one>chemisch synthetisierte Oligonukleotide</one>. A: Als <one>Primer</one> (für die PCR).
+- The <one>P-1000 pipette</one> can take up what type of volumes? From <one>100 µl - 1000 µl</one>.
+- Wie spaltet man, im chemischen Labor, die Peptidbindung eines Proteins (allgemein)? Durch <one>saure Hydrolyse</one> (mittels 6M HCl).
+- Welche <one>Degenerationsbase</one> können wir beim Primerdesign verwenden? <one>Inosin</one>.
+- How can we reveal <one>chromosomal territories</one>? Via <one>FISH</one>.
+- Was heisst <one>ISH</one> in der Gentechnik? <one>In-situ hybridization</one>.
+- Give an example for a "Type IIs restriction enzyme". A: <one>BsaI</one>. URL: https://www.neb.com/products/R0535-BsaI
+- What means <one>star activity</one>? <one>Restriction enzymes</one> may begin cutting DNA at nucleotide sequences other than the exact recognition site.
+- Beim <one>Phosphoramidit Verfahren</one>: wieso wird Thymine ignoriert? Thymine hat keine Amino-Group.
+- Die <one>SELEX Methode</one> hängt von welcher anderen Methode ab? Von der <one>PCR</one>.
+- Both <one>biotin</one> and "digoxigenin" are linked to which nucleotide? <one>Uracil</one>.
+- <one>Luminol</one> is used in forensic sciences at crimes scenes. Why? Luminol binds to "hemoglobin", which is part of the red blood cells. Thus, we can detect blood present at the crime scene.
+- What do we mean with a <one>portable shine-dalgarno</one> site? This is essentially a Shine-Dalgarno sequence that is "flanked by two unique restriction sites" (in the vector at hand). URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/6400483
+- Seit welchem Jahr kann man die Sequenz klonierter Gene bestimmen? Seit dem Jahr <one>1975</one>.
+- Name one disadvantage of the <one>Northern Blotting</one> technique. A: It has a <one>low sensitivity</one>.
+- <one>Recombineering</one>, aka "recombination-mediated genetic engineering", is an in vivo cloning technique based on ... which pathway? It is based on the "single strand annealing" (SSA) repair pathway.
+- What is <one>the usual time range</one> (start, end) for an "electroporation" experiment? About <one>10-20 seconds</one>.
+- Was heisst, übersetzt, <one>Tunel-Assay</one>? <one>Terminal transferase dUTP nick end labeling</one>.
+- Pflanzenzellen werden wie fusioniert? Durch einen <one>elektrischen Impuls</one>.
+- Name a group of enzymes that <one>can degrade nucleic acids</one>, by breaking the phosphodiester bond that holds these nucleotides together. A: <one>Nucleases</one> can do so.
+- In <one>yeast surface display</one>: the screening and sorting is done by ... ? By <one>FACS</one>.
+- Name the <one>four general steps</one> found in the "Gibson Assembly system". A: (1) 5' exonuclease chews back 5' ends (2) DNA fragments anneal (3) DNA Polymerase extends the 3' ends (4) DNA ligase seals the nicks
+- In general: how do we create <one>fusion proteins</one> in the lab? We link the two proteins together and then cleave them with a commercial available <one>protease</one>.
+- In <one>Northern Blotting</one>: how is the RNA transferred? Via <one>electrophoresis</one>.
+- Der <one>Western Blot</one> mag dem <one>ELISA</one> ähnlich sein, aber die verwendeten Farbstoffe sind beim Western Blot meist schlechter. Welchen Mangel haben sie vor allem? Sie sind <one>zu kontrastarm</one> (BCIP / NBT).
+- Wozu dient im Labor die <one>Phenolextraktion</one>? Um aus einer Lösung die <one>Proteine zu entfernen</one>.
+- For a <one>fusion protein</one>: which protein partner is often used to keep the protein soluble? <one>Thioredoxin</one>.
+- We observe that a DNA molecule is cut by <one>MspI</one> but not by HpaII. What can we conclude from this observation? The "recognition site" may be <one>methylated</one>.
+- Im Jahre 2012 sind wieviele Restriktionsenzyme in der Datenbank <one>REBASE</one> beschrieben? Etwa <one>4000</one>.
+- Name an antibiotic that is <one>toxic to eukaryotic cells</one> - but not to E. coli cells. A: The antibiotic <one>kanamycin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Kanamycin_A
+- In molecular biology and gene technology: what is meant with the expression <one>a coupled system</one>? This is, for example, <one>when transcription and translation in the same tube occur</one>.
+- Wieviele <one>Typ-II Restriktionsenzyme</one> sind zur Zeit (2019) mindestens bekannt? <one>2750</one>.
+- Um <one>Kompetenz in Bakterien</one> zu ermöglichen: bei welcher Temperatur erfolgt der Hitzeschock und wie lange dauert er an? Die "Hitzeschock-Temperatur" erfolgt bei <one>42°C</one> und dauert <one>5 Minuten</one>.
+- Bei einer Mutationsanalyse, was bedeutet zum Beispiel <one>fsGlu471</one>? Fs steht für Frameshift, Glu471 ist die letzte Aminosäure.
+- The read length of <one>Ion Torrent PGM</one> is ... ? About <one>200 bp - 400 bp</one>.
+- Wie heisst <one>Pipette</one> auf englisch? <one>Pipette</one> - es gibt aber auch den <one>pipetman</one>.
+- The enzyme <one>luciferase</one> is often used in gene technology. How large is this protein, in kDa? <one>62 kDa</one>.
+- Which ability allowed <one>gene cloning</one> to become a possibility? The <one>ability to cut and paste DNA</one>.
+- For <one>RNA</one> used in gel electrophoresis, which substance is used to pre-treat RNA with? <one>Glyoxal</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Glyoxal
+- The <one>DIG Luminescent Detection Kit</one> can detect what exactly? It can detect "digoxigenin labeled nucleic acids", by using an enzyme-immunoassay.
+- Ausser seiner Reversibilität, welchen weiteren Vorteil hat der "Ponceau S Farbstoff", der beim <one>Western Blotting</one> eingesetzt wird? Er verändert nicht die Sequenz der Polypeptide.
+- In the <one>pET system</one>: which gene is inserted into the host chromosome? The <one>T7 RNA polymerase</one>.
+- If we wish to <one>isolate eukaryotic mRNAs</one>, what technique may we employ? We can use <one>affinity chromatography</one> via "oligo(dT)-cellulose", which will bind to the poly(A) tails of eukaryotic mRNAs.
+- Was wird mit der wissenschaftlichen Strategie <one>descriptive strategy</one> in der Molekularbiologie gemeint? Das ganze System (Zellen oder der Organismus) wird beobachtet ohne das man ihn beeinflusst. Vorteil ist das der Zustand des Systems hierbei nicht verändert wird. Ein Nachteil ist aber das es schwierig ist Ursache-Wirkung herauszufinden.
+- Give another word for <one>Sanger Sequencing</one>? Chain-termination sequencing.
+- What do we mean with the <one>BacMam</one> system? This is <one>a Baculovirus</one> that is used with mammalian cell lines.
+- We usually employ a restriction enzyme to cut the whole DNA and thus <one>perform a complete digestion</one>. Sometimes we may want to do only a "partial digestion", for various reasons. Name two simple ways in the lab how to perform such a "partial digestion" of DNA. A: (1) alter the "enzyme concentration", e. g. use less of the restriction enzyme (2) <one>decrease the incubation time</one>
+- Nenne <one>ein Nukleotid mit fluoreszierender Seitengruppe</one>. A: <one>2,4-Dinitrophenol</one>.
+- A <one>polyacrylamidgel</one> can separate DNA, up to <lightseagreen>a maximum length of</lightseagreen> ...? <one>1000bp</one>.
+- Wie können wir Proteine nach ihrer Größe trennen? Mit Hilfe der <one>Gelfiltrationschromatographie</one>.
+- Das <one>Klenow-Fragment</one> entsteht aus welcher Polymerase? Aus der <one>DNA-Polymerase I</one>.
+- If we mark a protein with <one>six His-tags</one>, how can we then purify such a protein? By <one>nickel affinity chromatography</one>.
+- Why is the Radioimmunoassay to be considered an outdated method? Because radioactivity poses a potential health threat, so safer alternative was sought.
+- In one short sentence: what happens in <one>flow cytometry</one>? We measure the properties of cells in flow.
+- Die <one>Bisulfitmodifikation</one> "erzeugt" welches Nukleotid? <one>Uracil</one> (und zwar ausgehend von Cytosin).
+- Ist <one>Cetyltrimethylammoniumbromid</one> ein ionisches oder ein nicht-ionisches Detergenz? Cetyltrimethylammoniumbromid ist <one>ein nicht-ionisches Detergenz</one>.
+- Das <one>Folin-Ciocalteu Reagens</one> bei der Proteinbestimmung nach Lowry enthält welches Sulfate und wieviel davon in g? 150 g Lithium Sulfate.
+- Will <one>DpnI</one> cut DNA that is synthesized in vitro? No, because such DNA is not methylated. Therefore it is not cut by DpnI.
+- We may employ <one>restriction enzymes</one> in gene technology. How do we call the "act of cutting"? <one>Digestion</one>.
+- Was ist ein <one>Overdigestion Assay</one>? Die Substrat-DNA wird für <one>16 Stunden</one> mit unterschiedlichen Enzymmengen verdaut.
+- Die <one>Caprylsäure-Fällung</one> wird im sauren oder im alkalischem Medium eingesetzt? Im <one>sauren Medium</one>.
+- The <one>Gibson assembly reaction</one> can combine up to how many DNA fragments simultaneously? Up to <one>15 DNA fragments</one>.
+- The <one>S1-nuclease</one> is what type of enzyme? It is <one>an endonuclease</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nuclease_S1
+- Bis in die Mitte des Jahres 2008 haben Forscher welche 3 Pflanzengenome sequenziert? (1) arabidopsis (2) rice (3) <one>poplar</one>
+- Cofaktor der <one>DNA-Ligase</one> ist ... ? <one>NAD+</one>.
+- <one>Coomassie Brilliant</one> hat ein Absorptionsmaximum bei ...? Bei <one>595 nm</one>.
+- Did <one>Bacillus amyloliquefaciens</one> provide us with a restriction enzyme? Yes - the <one>BamH1 restriction enzyme</one>.
+- Nenne zwei mögliche Gründe, wieso Kornberg zuerst die <one>DNA-Polymerase I</one> isolieren konnte, und nicht die <one>DNA-Polymerase III</one>. A: (1) "DNA Polymerase I" kommt in größerer Menge vor als die "DNA Polymerase III". (2) "DNA Polymerase I" ist wesentlich stabiler als die "DNA Polymerase III".
+- Welche Methode ist <one>empfindlicher</one>: die Proteinbestimmung nach Lowry oder die Biuret-Methode? Die <one>Methode nach Lowry</one>. Er hat das Reagenz Folin-Ciocalteu hinzugefügt.
+- Wie unterscheidet sich <one>ddNTP</one> von <one>dNTP</one>? (1) ddNTP hat am 3' Ende eine -H Gruppe. (2) <one>dNTP</one> hat am 3' Ende hingegen eine -OH Gruppe.
+- Which company originally created the <one>Gateway cloning System</one>? <one>Invitrogen</one>.
+- Which dye is used in <one>gram stain</one>? <one>Crystal violet</one>.
+- Nenne einen Vorteil des <one>pET-Proteinexpressionsystems</one>. A: Die rekombinanten Proteine werden erst nach Induktion exprimiert.
+- Warum funktioniert die <one>Biuret-Methode</one>? Proteine bestehen aus Aminosäuren. Aminosäuren verfügen über NH-Gruppen. Der Stickstoff dieser Gruppe hat ein freies Elektronenpaar, mit dessen Hilfe ein "Kupferion" komplexiert werden kann. Amminkomplexe von Kupfer(II)-Ionen haben eine blau-violette Farbe.
+- Bei der <one>Struvit-Fällung</one>: welches Fällungsmittel verwenden wir? <one>Magnesiumchlorid</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Phosphorelimination#Problematik
+- What is <one>Ampholine</one>? Ampholine is an ampholyte <one>used in polyacrylamide gels</one>, for density gradient stabilization and preparative electrofocusing.
+- What is meant with the term <one>immunosorbed</one>? This refers to components that are <one> specifically bound</one> by antigen-antibody interactions to a solid phase.
+- What are <one>isocaudomers</one>? These are restriction enzymes that produce the same nucleotide extensions, but have <one>different recognition sites</one>.
+- Nenne einen "Protease-Inhibitor" von <one>Aspartatproteasen</one>. A: <one>Pepstatin A</one>.
+- In <one>DNA extraction from plants</one>: which chemical may we use to break up the cell content? <one>Mercaptoethanol</one>.
+- The <one>chromosomal integration site</one> of a cloned gene can be anywhere? No - definitely <one>not within an essential gene</one>.
+- Nenne einen <one>künstlichen Induktor von Allolactose</one>. A: <one>IPTG</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Isopropyl_%CE%B2-D-1-thiogalactopyranoside
+- Wir können <one>Metallo-Proteasen</one> durch den Einsatz von Chelatoren inhibieren. Nenne zwei Beispiele hierzu. A: (1) EDTA (2) Citrat
+- When a technique says <one>rRNA depletion</one>, what does it mean? That <one>rRNA will be selectively removed in the process</one>.
+- Which <one>metal</one> is used for the "biuret reagent"? Cu2+ (<one>cupric ions</one>).
+- The peptide array <one>SunTag</one> can recruit multiple copies of ... ? A: An <one>antibody-fusion protein</one>.
+- Die <one>Taq-Polymerase</one> hat einen gravierenden Nachteil. Welchen und wie hat man dies "gelöst"? Der Nachteil der Taq-Polymerase liegt darin, dass sie manchmal Fehler beim Kopieren der DNA produziert, was zu Mutationen in der DNA-Sequenz führt. Polymerasen wie Pwo und Pfu (aus Archaea) haben einen Korrektur-Mechanismus, der die Anzahl der Mutationen in der kopierten DNA senkt.
+- Name a <one>chelating agent</one> that can be used to "remove metal ions". A: <one>EDTA</one> (ethylene diamine tetraacetate).
+- <one>Site-directed mutagenesis</one> was first achieved in the laboratory of Charles Weissmann. In what year? In the year <one>1974</one>.
+- When was <one>Sanger Sequencing</one> established? In the year <one>1977</one>.
+- In der Gentechnik, bei der Proteinreinigung: wieso sollten wir den <one>Kontakt mit Metall</one> vermeiden? Metallische Oberflächen können <one>Schwermetallionen</one> an die Lösung abgeben.
+- <one>Transfection</one> is a similar process to "transformation". What is the key difference between these two? (1) In transfection we will use "phage DNA". (2) In transformation we will make use of <one>plasmid DNA</one>.
+- Wie lange leuchtet <one>Luminol</one> in etwa? Etwa <one>30 Sekunden</one> lang.
+- Andere Bezeichnung für <one>kurze, künstliche Nukleotide</one>? <one>Aptamere</one>.
+- In <lightseagreen>ribosome display</lightseagreen>, is <one>a PCR step</one> used? Yes.
+- Welchen Vorteil hat <one>PEG</one> (Polyethylengylcol)? Es ist <one>vollständig wasserlöslich</one>.
+- Nenne einen Blot, der auf dem <one>Southern-Blot</one> basiert. A: Der <one>Zoo-Blot</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Zoo_blot
+- Wie ist ein <one>Polyacrylamidgel</one> quervernetzt? Über <one>Methylenebisacrylamide</one> (<royalblue>Methylene-bisacryl-amide</royalblue>).
+- <one>Histon H1</one> hat welche Aufgabe? Es <one>verschließt die Ein- und Austrittstelle der DNA am Histon-Oktamer</one>.
+- In the lab: how can we <one>obtain individual nucleosomes</one>? We may employ the enzyme <royalblue>MNase</royalblue> (<one>micrococcal nuclease</one>).
+- What limits <one>genome sequencing</one>? Cloning, or more accurately, <one>the length of the individual reads</one>.
+- Es gibt Polymerasen wie <one>Pwo</one> und <one>Pfu</one> die über einen Korrektur-Mechanismus verfügen. Wieso diese Namen? (1) Pwo aus <one>Pyrococcus woesei</one>. (2) Pfu aus <one>Pyrococcus furiosus</one>.
+- Wir können Hefezellen transformieren, aber zuerst müssen wir die <one>Glucan-Zellwand</one> entfernen. Wie geschieht dies? Mit Hilfe des Enzyms <one>Zymolyase</one>. URL: https://www.zymoresearch.eu/zymolyase
+- Beim <one>Shotgun-Verfahren</one>: wie wird die DNA zerlegt? Durch <one>Scherkräfte</one>.
+- Sind <one>Good Puffer</one> wirklich "good" und was ist das überhaupt? Good Puffer wurden im Jahre <one>1966</one> von einem Herr Good eingeführt. Damit kann man biochemische Reaktionen studieren. Diese Puffer sind sehr wichtig bei der Verwendung von "Zwitterionen-Puffer".
+- <one>Transformation</one> as a term is likely to cause confusion in animal cells. Which alternative words can be used for this word? <one>Transfection</one>.
+- How is the <one>rolling-circle replication</one> initiated? By a break in one of the nucleotide strands, thus creating a 3-prime-OH group and a <one>5' phosphate group</one>.
+- Was sind <one>Nukleasen</one>? Dies sind Enzyme, die die <one>Phosphodiesterbindungen</one> zwischen den Nukleotiden abbauen können.
+- Why is <one>dideoxynucleotide</one> useless for a cell? It has a 3-prime H group rather than a OH group and thus can not function in a Nucleotide-polymer (like DNA).
+- Nenne eine einfache Methode, wie wir Proteine nach ihrer Größe auftrennen können. A: Mittels <one>Gelfiltrationschromatographie</one>.
+- Which <one>two parameters</one> are used to assess the success of <lightseagreen>DNA-transformations</lightseagreen>? (1) <one>transformation frequency</one> (2) <one>transformation efficiency</one>
+- In <one>cDNA-synthesis</one>: we can either make use of "RNase H" to get rid of the RNA component; or we could employ ... ? A: <one>Alkaline hydrolysis</one>.
+- In der Gentechnik: was verbirgt sich hinter dem Akronym <one>FPLC</one>? <one>Fast protein liquid chromatography</one>.
+- The enzyme <one>micrococcal nuclease</one> is derived from ...? <one>Staphylococcus aureus</one>.
+- What is <one>Recombineering</one>? Recombination-mediated genetic engineering is a genetic and molecular biology technique based on "homologous recombination systems".
+- Precipitation of nucleic acids is an essential technique that is often used in a variety of applications in molecular biology. The <one>two most commonly used precipitants are</one> ... ? (1) <one>isopropanol</one> (2) <one>ethanol</one>" (which is often preferred)
+- Wenn <one>5-Methylcytosin</one> deaminiert wird, was genau geht in Summe verloren? NH3, wobei aber das eine H von Wasser stammt, nicht von dem Nukleotid.
+- Andere Bezeichnung für einen <one>Western Blot</one>? <one>Immunoblot</one>.
+- Name the three enzymes used in <one>Gibson Assembly</one>, in correct order. A: (1) "5' -> 3' Exonuclease" (2) "DNA polymerase" (3) <one>DNA ligase</one>
+- Nenne eine einfache Methode, wie wir Proteine unterschiedlicher Ladung auftrennen können. A: Mittels <one>Ionenaustauschchromatographie</one>.
+- In the <one>Gibson assembly master mix</one>: at which temperature do we have to incubate usually? At about <one>50°C</one>.
+- What is the general idea behind <one>display protocols</one>? They are designed to identify both the gene and the encoded protein.
+- Wie kann sich eine Zelle vor <one>Typ I Restriktionsenzymen</one> schützen? Mit Hilfe der <one>Methylierung</one> der DNA.
+- Optimal temperature for the <one>Taq polymerase</one>? About (or a bit less) than <one>80°C</one>.
+- Wann gelang <one>erstmals</one> die chemische Synthese eines Gens? Im Jahr <one>1976</one>.
+- Bei der <one>Isolierung von Proteinen</one>: was muss man oft zusetzen? <one>Protease-Inhibitoren</one>.
+- Wie nennt man einzelsträngige, vorwiegend DNA-basierte Oligonukleotide, die die <one>RNase H</one> aktivieren? <one>Antisense</one>.
+- In einer <one>RFLP Analyse</one>: welche zwei Möglichkeiten gibt es diese durchzuführen? (1) mittels <one>Southern blotting</one> (2) mittels <one>PCR</one>
+- Welche Methode ist empfindlicher: die Proteinbestimmung nach <one>Lowry</one> oder die Proteinbestimmung nach <one>Biuret</one>? Die <one>Biuret-Methode</one> ist empfindlicher.
+- Hat Ethidiumbromid eine positive oder eine negative Ladung? Positive Ladung.
+- Im Labor eingesetzt: wie nennen wir RNAi noch? <one>Knock-down Technik</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Gene_knockdown
+- Essentiell bei der Bisulfit-Konvertierung ist die vollständige Umwandlung von unmethylierten Cytosin-Basen in Uracil. Nenne hierzu einen notwendigen - und wichtigen - physikalischen Parameter, damit die Konvertierung funktioniert. A: Die Temperatur muss hoch sein.
+- What specifically does the <one>Ames test</one> test for? Whether a given chemical can cause mutations in the DNA of the test organism (bacteria).
+- Nenne eine "chemische Methode", wie wir "Protein-Protein Interaktionen" untersuchen können. A: Via <one>cross-linking</one>.
+- How many "type 2" restriction endonucleases are known? <one>3700</one>.
+- Cells are often grown in "culture-grade plastic dishes". What is their usual diameter, in mm? <one>100 mm</one>.
+- <crimson>Ponceau S</crimson> ist ein Farbstoff für "rapid reversible staining". Bei welcher Technik wird er vor allem eingesetzt? Beim "Western Blotting". URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Ponceau_S
+- "Nick translation" relies on which polymerase? On "DNA polymerase I".
+- In which year has the enzyme "DNA ligase" been isolated? It has been isolated in the year <one>1967</one>.
+- The <one>P-200 pipette</one> has a size range of ... ? 20-200 µl.
+- In der Genomik, was heisst "RACE"? <one>Rapid Amplification of cDNA ends</one>.
+- We should purify proteins at which temperature? At about <one>4°C</one>.
+- The <one>His-tag</one>, aka polyhistidine, binds strongly to divalent metal ions. Name two such metals as examples. A: (1) <one>nickel</one> (2) <one>cobalt</one>
+- Nenne drei Peptid-Tags zur besseren Reinigung von Proteinen. A: (1) <one>His6-tag</one> (2) <one>FLAG-tag</one> (3) <one>GST-tag</one>
+- Wie erreichen wir eine <one>gerichtete Integration</one> in einem Vektor? Wir verwenden zwei verschiedene Restriktionsenzyme (beziehungsweise Restriktionsschnittstellen).
+- The "CMV promoter" is commonly included in vectors used in genetic engineering work conducted in mammalian cells, as it is a strong promoter and may "drive constitutive expression of genes under its control". From which organism has this promoter been isolated? From the "Cytomegalovirus". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Cytomegalovirus#Genetic_engineering
+- Was meinen wir mit dem Begriff "Blotten"? Dies meint die Übertragung bestimmter Substanzen auf eine Membran, die dann an dieser Stelle detektiert werden kann.
+- In gene technology / lab work we may use the PBS. What does PBS stand for? "Phosphate-Buffered Saline".
+- Name a simple difference between "phage display" and "ribosome display". A: (1) "Phage    display" is an in-vivo method. (2) "Ribosome display" is an in-vitro method.
+- In "<ud>Golden Gate Assembly</ud>", what restriction enzymes are used? "Type IIS restriction enzymes".
+- In "<ud>synthetic biology</ud>", what might we mean with "SP"? "Secreted Protein".
+- In ribosome display, what characteristic feature must the mRNA used have? It must "lack a stop codon". This thus gives rise, upon translation, to "linked mRNA-ribosome-protein complexes".
+- In "phage display", why the name "display"? Because our "protein of interest" will be displayed, aka shown, on the surface of the phage, aka its outside - e. g. because it is part of the "phage coat protein".
+- What is "Ribosome display" used for? Ribosome display is a technique used to "perform in vitro protein evolution" to "create proteins that can bind to a desired ligand". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome_display 
+- What do we mean with a "gene drive"? This is a genetic engineering technology that propagates a particular suite of genes throughout a population by altering the probability that a specific allele will be transmitted to the offspring. 
+- How can we demonstrate experimentally that nerve growth factors are important for the development of the sympathetic and sensory nervous system? We can use antibodies that capture/eliminate these growth factors. 
+- Which restriction enzyme was employed in the first cloning process, performed in 1973? The "restriction enzyme EcoRI".
+- We can isolate eukaryotic mRNA by oligo(dT) how? By "making use of Resin".
+- Verwenden wir die "SDS-Page" im Zuge eines "Western Blots"? Ja.
+- In der Gentechnik verwenden wir die Silberfärbung für Proteine. Das ganze basiert auf der Komplexierung von Ag+ mit Aminosäuren-Seitenketten, vor allem welcher Seitenketten? (1) Sulfhydryl (2) Carboxylgruppe
+- Beim cre/loxP-System verwenden wir oft welches Antibiotikum? "Neomycin". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Neomycin
+- Wir möchten Proteine aufreinigen. Nenne drei Ziele die wir berücksichtigen sollten. A: (1) Erhalten der "biologischen Aktivität" (2) Erreichen einer "hohen Ausbeute" (3) Beibehalten von "geringen Kosten"
+- Name a publicly available database that we could use in order to find out where restriction enzymes cut; and whether they may also recognize methylated sites. A: The database "REBASE".
+- Was bedeutet der Begriff "Recombineering"? "Recombination-mediated genetic engineering".
+- Can "EcoRI" cleave the sequence "GAATThmC"? Yes.
+- When we see something like "R.HindIII", what do we know? That this is the "modification enzyme" that belongs to the HindIII restriction enzyme.
+- The most commonly used restriction endonucleases in molecular biology belong to which class/type? They belong to the "Type II restriction endonucleases".
+- The prefix "R." is added sometimes to restriction enzymes. What is the meaning of this? This distinguishes these restriction enzymes from the modification enzymes with which they partner.
+- Type I restriction enzymes have the "HsdS" component. Why is this component important? It is important to determine the specificity of the recognition (e. g. "DNA-binding").
+- How to determine the "total cell concentration"? Via cell counting methods, preferably automatised; such as "FACS".
+- Nenne zwei Methoden zur präparativen Aufreinigung von Oligonukleotiden. A: (1) IEX-HPLC (2) Polyacrylamid-Gelelektrophorese
+- Type II restriction enzymes require only one cofactor. Which one? "Mg2+".
+- Some "restriction enzymes" can be sensitive to/for ...? "Methylation".
+- How do we call the restriction enzymes within a bacterial cell? The "restriction-modification system".
+- What would be a more correct term for "restriction enzymes"? "Restriction endonucleases".
+- "Restriction enzymes" are named according to ... ? According to the bacterium from which they were purified.
+- Which three different outcomes can happen when a restriction enzyme cuts dsDNA that includes its recognition site? (1) "blunt ends" can be generated (2) fragments with "protruding 3' ends" can be generated (3) fragments with "protruding 5' ends" can be generated
+- In general, seen mechanistically, how are "Type I restriction enzymes" able to cut remote sites? They "loop the DNA strand".
+- The 10-mer "5'-CCGAATTCGG-3'" contains the recognition site for ... which restriction enzyme? "EcoRI".
+- Name a restriction enzyme class that cleaves outside of their recognition sequence. A: The "Type IIs restriction enzymes". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Golden_Gate_Cloning
+- Why is M13 preferred in "phage display"? Because it is non-lytic - and thus, it does not destroy the host bacterium during phage production.
+- When we have a "P20" pipette, we have a typical range of 2.0 - 20.0. Can we pipette 1.0 with this? No, don't do that; this will put the pipette out of calibration. 
+- The volume of one cell unit in a "classical 96-well" is ... ? "200 microliters".
+- Give a specific use case for the PFGE ("Pulsed Field Gel Electrophoresis"). A: This gel electrophoresis is used for the separation of large DNA fragments (100 Kb and larger), which could not be separated in normal agarose gels. Separating the yeast chromosomes would be such a use case.
+- If we have a "high agarose concentration", will this be used to separate smaller or longer DNA fragments? A high agarose concentration will be used to "separate smaller DNA fragments".
+- Die Biuret-Nachweismethode ist unspezifisch. Womit wird die zu untersuchende Lösung versetzt? Mit "Natronlauge"; danach wird eine Kupfersulfat-Lösung hinzugefügt.
+- Which enzyme, among the known thermophilic DNA-Polymerases, has th lowest error rate? The "Pfu-Polymerase". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pfu_DNA_polymerase
+- Ist die knock-out Strategie in ihrer Anwendung bei Mäusen limitiert? Ja. Manche knock-outs sind "embryonal letal", wie zum Beispiel die "bone morphogenetic proteins".
+- Chemisch betrachtet - wie unterscheidet sich "Coomassie Brilliant Blue G-250" von "Coomassie Brilliant Blue R-250"? Blue G-250 hat zwei zusätzliche Methylgruppen.
+- What is the first consideration in constructing a genomic library? The number of clones that are required.
+- How can we experimentally measure "DNA separation"? By making use of "ultraviolet absorption", i.e. through a "spectrometer".
+- Hat die "Hybridomtechnik" einen "ökonomischen Vorteil" gegenüber den Display Techniken wie dem "Phage-Display"? Ja. Sie ist "patentrechtlich" nicht geschützt.
+- Nenne zwei Nachteile der Proteinbestimmung nach Lowry. A: (1) Zeitaufwändig (2) Störanfällig
+- How do we commonly create fusion proteins? With the "GST system".
+- Name a "physical transfection procedure" for cells. A: "Electroporation of the cells".
+- Give an example why we may wish to "dephosphorylate DNA", in the laboratory. A: This may be used to "prevent self-ligation".
+- For cDNA synthesis we often require a poly-A tract of the eukaryotic mRNAs; but not all mRNAs have a poly-A tail. What may we have to do in cases such as these? We may use "random oligonucleotide primers", in order to "initiate cDNA synthesis".
+- Wie können wir allgemein Fusionsproteine reinigen? Über "Affinitätschromatographie".
+- Inefficient full-length cDNA synthesis means that which part of a mRNA tends to be over-represented in a cDNA population? The 3'-regions of mRNA tend to be over-represented.
+- Synthesis of a "full-length cDNA" may be inefficient under ... which condition? If the mRNA is relatively long.
+- In "cDNA-synthesis", after we employ "Reverse Transcriptase", which enzyme could we use to create the final ds cDNA - aka how to degrade the looping ssDNA end there? We can make use of the "S1 nuclease".
+- What does lacZ' code for? The "aminoterminal portion" of the enzyme "Beta-Galactosidase".
+- Give another name for "phosphodiester backbone sealer". A: "DNA ligase".
+- Name a technique that can introduce DNA into a cell via a "physical method". A: "Microinjection".
+- "Ethidiumbromid" hat wieviele C-Atome? "21".
+- What problem may YACs ("yeast artificial chromosomes") have? "Insert instability".
+- Maximale Kapazität von Cosmiden? Etwa "47 kb".
+- In Genetechnology, in the "Gibson Assembly" System, we require three enzymes. Which ones are these? A: (1) T5 exonuclease (2) thermostable DNA polymerase (~ Phusion polymerase) (3) Taq DNA Ligase
+- Gibson Assembly was developed by Dr. Daniel Gibson and colleagues. Where did he work? At the "J. Craig Venter Institute".
+- In gene technology, what is the "Gibson Assembly System"? It is a high-efficiency "DNA end-linking technique" developed in 2009.
+- When was "Gibson assembly" invented? In the year "2009".
+- How many enzymes are used in the "Gibson Assembly System"? Three enzymes. These join two or more sequences of DNA when they have overlapping end-sequences at their joining point (~40bp).
+- Was geht dem "Gibson Assembly" (technisch) voraus im Labor? Eine "PCR Amplifikation".
+- In der Gentechnik, wieso setzen wir die sogenannten "Good-Puffer" ein? Damit können wir "Enzyme in Lösungen stabilisieren" (es ist ein sogenannter "Zwitterionen-Puffer").
+- Bei der Herstellung eines Agarosepolymers - wie hängt die Porengrösse mit der Agarose zusammen? Je höher die Agarose konzentriert ist, desto kleiner ist die Porengrösse.
+- Phosphotioate sind stabiler gegenüber ... als normale DNA. A: "Nucleasen".
+- What is the basic idea behind electrophoresis? To separate the molecules based on their "intrinsic electrical charge".
+- Die "T4 DNA Ligase" wird sehr oft in der modernen Gentechnik verwendet. Kurz formuliert, wie isoliert man dieses Enzym? Man reinigt E. coli Zellen, die zuvor mit dem T4 Phagen infiziert worden sind.
+- The enzyme "Terminal transferase" does what? It "adds nucleotides to any available 3' terminus".
+- A. W. für Charon 4A und Charon 16? (1) Charon 4A is a "replacement vector". (2) Charon 16 is an "insertional vector".
+- Which "resistance gene" is written down as "bla"? Ampicillin. (bla is: "beta-lactamase", which can inactivate ampicillin).
+- Die Tth DNA-Polymerase ("Thermus thermophilus") besitzt eine reverse Transkriptaseaktivität bei 70°C. Was wird noch benötigt? "Mangan".
+- Name one of the biggest practical problem in "RNA isolation" in the lab. A: RNA isolation is always vulnerable to ubiquitously present "RNases".
+- In der Gentechnik, woran bindet "Ponceau S"? Ponceau S bindet (reversibel) an "positiv geladene Aminogruppen" der Proteine. Es ist auch leicht abwaschbar.
+- In a molecular biology lab, why may we want to employ "RNases"? In order to "get rid of unwanted RNA" in the preparation.
+- Wenn wir "DNase I" auf DNA loslassen, was passiert? Es entsteht ein Gemisch aus Mono- und Dinukleotiden mit einem entständigen 5-prime Phosphat.
+- If we wish to kill fungi in a cell culture, what may we use? "Amphotericin B" - it will poke a hole in the fungal cell. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Amphotericin_B
+- Provide another term for "Maxam-Gilbert sequencing". A: "chemical sequencing".
+- In "Pichia pastoris" können wir den AOX1-Promoter "manuell" einschalten. Was müssen wir da machen? "Methanol" zu Pichia pastoris hinzugeben.
+- "Nitrilhandschuhe" versus "Latexhandschuhe": welche sind eher geeignet wenn wir mit "Ethidiumbromid" arbeiten müssen? Nitrilhandschuhe. Die Latexhandschuhe sind für Ethidiumbromid sehr durchlässig.
+- Beim Westernblot, wo ist die Transfer Direction und wo sind die Pole? Die Transfer Direction geht von oben nach unten. Oben ist die "Kathode" (- geladen), Unten ist die "Anode" (+ geladen).
+- Give an example for a very old "plasmid vector". A: The plasmid vector "pBR322".
+- Via "ethidium bromide", we can detect as little as ... of DNA. A: As little as "1 ng of DNA".
+- The "A260/A280 ratio" can determine how pure a sample is. It should be around ... for "pure DNA" and ... for "pure RNA preparations"? (1) For pure DNA: "1.8" (2) For pure RNA: "2.0"
+- Vergleiche die UV-Absorption von DNA versus Proteine (deren Maxima). A: DNA absorbiert bei "260 nm", Protein bei "280 nm".
+- Why may we wish to remove phophate groups on the 5' end in a molecular biology lab? So that "this particular DNA molecule can not re-ligate".
+- "Interactome analysis" is based on the idea of ... ? "Guilt by association".
+- Fassungsvermögen einer "Eppendorfer micro-tube Eprouvette"? "1.5 ml". URL: http://www.jeulin.fr/fr/a-a1028246-edc1000003/article/72318484-Micro-tubes-type-Eppendorf-1-5-mL-lot-de-100-.html#.VIzkX7DeyV4
+- Was sind die "BHK"-Zelllinien? "Baby Hamster Kidney Zelllinie".
+- Why do we have to use polyacrylamid gel for "protein separation"? Proteins are a lot smaller, on average, than DNA, and polyacrylamide gel gives smaller gaps than Agarose gels.
+- RNAse H baut was ab? RNA-DNA Duplex (also den RNA-Anteil).
+- What does "A-T cloning" mean? The vector DNA must have "A overhangs"; the new sequence must have "T overhangs".
+- Vorteil der cDNA in der Gentechnik? Sie "enthält keine Intronsequenz".
+- Ist "Triton X-100" ein ionisches oder ein nicht-ionisches Detergenz? Triton X-100 ist ein ionisches Detergenz.
+- The "Tet-Off system" makes use of the "tetracycline transactivator (tTA) protein". This protein was created by fusing two parts of two different proteins together. Which ones? (1) the "TetR protein" ("tetracycline repressor") (2) the "VP16 protein" of the "Herpes Simplex Virus"
+- In immunodetection via antibodies, is the primary or the secondary antibody coupled to a fluorophore or an enzyme? The "secondary antibody" is coupled to a fluorophore or an enzyme.
+- Präferiert die "DNase I" die minor oder die major groove der DNA? Major.
+- In der Gentechnik wird mitunter der chemilumineszente Farbstoff "Luminol" eingesetzt. In welcher Farbe leuchtet er? Leuchtend blau, wenn er mit einem oxidierendem Agens in Kontakt tritt.
+- Nenne drei Probleme beziehungsweise Gefahren beim Zellaufschluss. A: (1) "Denaturierung des Produktes" (2) "Oxidation des Produktes" (3) "Angriff von proteolytischen Enzymen"
+- "Group I restriction enzymes" have how many subunits? 3.
+- Why can it be costly to purify mammalian proteins? They are typically "present in very low amounts in normal tissue".
+- Was heisst "FRET" und was kann man damit erreichen? "Fluorescence Resonance Energy Transfer". Dient dem Nachweis der Interaktion von Proteinen.
+- Was heisst das "Pfu" in der "Pfu polymerase"? "Pyrococcus furiosus".
+- Name two ways how to "lyse mammalian cells". A: (1) swell them via a hypoosmotic buffer (2) lyse by addition of the non-ionic detergent Nonidet P40 (NP-40)
+- Can "the efficiency of transformation" be increased by "using high concentration of DNA"? Yes.
+- Name a way how to purify DNA without having to rely on phenol. A: We can use "resin", which binds DNA but not other cell components.
+- Was ist der "Southern blot on a stick"? "DNA DipStick Kit" (von "LifeTechnology", jedoch scheint dies nicht mehr aktualisiert zu werden).
+- Welche Firma erfand das "TaqMan" System? "Applied Biosystems".
+- Wie kann ich Proteine mit einem "His-Tag" isolieren? Über eine "Nickel-Säule".
+- Was ist eine "PVDF"-Membran - also die Abkürzung hierzu? PVDF: "polyvinylidene difluoride". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Polyvinylidene_fluoride
+- Which nuclease activity does Taq polymerase lack? The "3-prime to 5-prime activity".
+- Nenne eine quervernetzende Chemikalie, die mit dem Buchstaben "F" beginnt. A: "Formaldehyd".
+- Im "Yeast tiling array", was zeigen starke Signale an? Exons.
+- In der Gentechnik, welchen Vorteil bieten Inteins? Es entfällt das Verwenden einer Protease. Die Zahl der notwendigen Schritte wird dadurch reduziert.
+- Die "RNase H" erkennt eine Heteroduplex-Region, die minimal n bp umfasst? "76".
+- In der Gentechnik, wo setzen wir "PVDF Membranes" ein? Beim "Western Blot".
+- Wann wurde die "Elektroporation" erstmals beschrieben? 1982.
+- Die "Tth Polymerase" zeigt reverse Transkriptase-Aktivität wenn wir was hinzufügen? "Mangan". Temperatur: bei 70° C.
+- The "Vent-Polymerase" can remain active at 95°C for ... how long? For approximately "7 hours".
+- Erkläre den Begriff "gerichtete Integration" und wie wir dies erreichen könnten. A: Gerichtete Integration bezeichnet den Einbau von DNA in einer bestimmten Richtung. Dies kann erreicht werden, indem wir zwei verschiedene Restriktionsenzymschnittstellen verwenden und somit unterschiedliche Enden generieren.
+- "Unique restriction endonuclease sites" have what "dual function"? (1) They are required for inserting DNA into a cloning vector (2) They allow an inserted DNA sequence to be recovered from the vector
+- DNA kann durch das sogenannte "Feulgen procedure" markiert werden. Was ist hierbei das "staining compound"? Das "Schiffsche Reagenz".
+- In der Biochemie ist die Methode nach Lowry (mit Folin-Ciocalteau-Reagens) empfindlicher. Die Messung erfolgt bei welcher Wellenlänge? Bei "750 nm".
+- Die natürliche Taq-Polymerase hat ein Problem, welches die "Tgo-Polymerase" nicht hat. Was könnte dies sein? Die Tgo-Polymerase kann bis zu 30 kb lange PCR-Produkte synthetisieren, die Taq-Polymerase hingegen nur etwa 6000 Nukleotide.
+- Das "Glucuronidase-Gen" (GUS) kann als Reporter wirken in der Gentechnik. Nenne ein Substrat das es umsetzen kann. A: X-Gluc (5-Bromo-4-Chloro-3-Indolyl Glucuronid)
+- Normalerweise können wir "His6-Tags" über "Nickelsäulen" isolieren. Können wir dies jedoch auch mit Hilfe von Antikörpern gegenüber His-tags bewerkstelligen? Ja, können wir.
+- Wieso müssen wir bei einem "Western Blot" die Proteine auf die Membran übertragn"? Damit die Antikörper an die Proteine binden können.
+- In der Gentechnik, was erreiche ich dank Verwendung von ddNTPs? ddNTP haben keine 3 Strich OH-Gruppe, sodass "die Synthese unterbrochen wird".
+- Was ist die Grundidee hinter der "Affinitätschromatogrpahie? Proteinen können spezifisch - und reversibel - an bestimmte Ligadnen binden.
+- 1 Svedberg is how many seconds? "10 ** -13" seconds.
+- Sie wollen einen spezifischen Antikörper aus dem Serum eines immunisierten Kaninchens aufreinigen. Welche Methode würden Sie hier verwenden? Die "(Bio)affinitätschromatographie". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Affinit%C3%A4tschromatographie
+- Welche 3 Einzelschritte finden wir beim Western Blot? (1) Trennung der Proteine mittels eines Polyacrylamide Gel (2) Blotting of Proteins to nylon-Membrane ("Blotting Step") (3) Identification of proteins by specific antibodies
+- How to "determine mRNA half-lives experimentally"? We "shut down polymerase II transcription".
+- GFP has how many beta strands? 11.
+- Nenne einen gravierenden Nachteil der Methode nach Lowry (in der Biochemie)? Sie dauert sehr lange - etwa "45 Minuten".
+- In 1985, Thomas Kunkel introduced the "Kunkel technique". The DNA fragment to be mutated is inserted into a phagemid, before it is then transformed into an E. coli strain deficient in two enzymes. Give a specific example of such a phagemid. A: "M13mp18/19".
+- Wenn wir DNA im Reagenzglasversuch replizieren möchten, sollten wir was für einen pH Wert verwenden? "7.5"
+- Bei der "Biuret-Nachweismethode", bei wieviel nm erfolgt die Messung der Farbintensität? Bei "540 nm". (Mnemonic: "Biuret-540")
+- Bei der Quantifizierung des Gesamtproteins, welche Tests verwenden wir allgemein? Ausschliesslich "photometrische (colorimetrische) Tests".
+- Why does an Agrobacterium BAC have an Ori T locus? This Ori T locus is required for "triparental mating".
+- Warum mögen zusätzliche "Peptidsequenzen" ein Vorteil in der Gentechnik sein? Da die Reinigungsstrategie dank zusätzlicher Tags (Bsp: Hexahistidin-Tags) stark vereinfacht ist.
+- The Origin in "pBR322" came from ... ? From E. coli Colicin "ColE1 plasmid". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/ColE1
+- Nenne "nichtradioaktive Methoden" um Nukleotide zu markieren. A: (1) "Biotin" (2) "Digoxigenin" (3) "Fluoreszein"
+- Was ist die "Biotinylation"? Der Prozess der "kovalenten Verknüpfung" von Biotin an ein Protein.
+- Ich will eine Substanz gut lösen. Sollte ich eher Lösungsmittel verwenden die eine "hohe Dielektrizitätskonstante" haben, oder solche die eine "niedrigere Dielektrizitätskonstante" haben? Substanzen mit "hoher Dielektrizitätskonstante".
+- Was sind "leaky" Promotoren? Es werden Genprodukte in geringen Mengen ohne Zugabe eines Inducers synthetisiert. Zellen ohne Plasmide haben einen Selektionsvorteil.
+- In what year were the first recombinant DNA molecules produced? In "1972", by Paul Berg. URL: http://www.genomenewsnetwork.org/resources/timeline/1972_Berg.php
+- In der Gentechnik verwenden wir oft "2,4-Dinitrophenol". Warum? Es besitzt eine "fluoreszierende Seitengruppe". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/2,4-Dinitrophenol
+- Warum sollten Puffer in der Gentechnik kein Licht mit Wellenlänge größer als 230 nm absorbieren? Viele spektrophotometrische Untersuchungen erfolgen in diesem Bereich, z. Bsp. die "Konzentrationsbestimmungen von DNA, RNA und Proteinen".
+- Bei der Biuret-Methode wird "Biuret" eingesetzt. Was ist Biuret? Biuret ist eine organische Verbindung aus der Gruppe der "Carbonsäureamide", die sich von der Allophansäure (H2N-CO-NH-COOH) ableitet.
+- What is the first step in the isolation of a protein? Get it into solution.
+- Warum wird "Digoxigenin" in der Gentechnologie eingesetzt? Um DNA "nichtradioaktiv zu markieren". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Digoxigenin
+- Was ist "heterologe Proteinproduktion"? Das Gen, das verwendet wird, stammt aus einem anderen Organismus.
+- What hope did we have with HACs? They could carry large human genes useful in "gene therapy".
+- Bei der HPLC, was finden wir im Vorratsbehälter? Das "Laufmittel".
+- Die Proteinbestimmung nach Lowry dient zum quantitativen Nachweis von Proteinen. Beschreibe kurz die zwei Reaktionen dazu. A: (1) Erster Schritt ist die "Biuret-Reaktion". Ein blau-violetter Komplex wird zwischen den Peptidbindungen und den Kupfer(II)-Ionen in alkalischer Lösung gebildet. (2) Im zweiten Schritt wird Cu(II) zu Cu(I) reduziert. Dieses Cu(I) reduziert das gelbe Folin-Ciocalteu-Reagenz (Molybdän(VI) - und Wolfram(VI)-Heteropolysäuren) zu Molybdänblau. Die resultierende Blaufärbung wird zur quantitativen Bestimmung der Proteinkonzentration mittels Photometrie bei 750 nm, 650 nm oder 540 nm verwendet.
+- Wie kann ich die RNA vor Degradation schützen (biochemischer Ansatz)? Man konserviert sie in einer "gesättigten Ammoniumsulfat-Lösung".
+- In der Gentechnik beim "Ligation Assay", wozu dient er? Wir setzen diesen Assay ein, um Information über mögliche Kontaminationen mit "Phosphatasen" und "Exonukleasen" zu erhalten.
+- The plasmid pET11a may be "dephosphorylated" in the lab. Why? This is done to "prevent self-recircularisation".
+- Nenne eine Alternative zu "Ethidiumbromid". A: SYBR Green.
+- pUC18 hat wieviele Basenpaare? 2686 bp.
+- Im Lambda-Virus, wie mögen wir ein leeres headshell von einem gefüllten headshell unterscheiden? Das "gefüllte headshell" ist grösser.
+- Goldkolloide werden zum Nachweis im biochemischen Labor eingesetzt, sind aber instabil, daher müssen "Stabilisatoren" eingesetzt werden. Nenne 2 Beispiele hierfür. A: (1) Citrate (2) Tween 20
+- Es gibt den E. coli Stamm BL21 der in der Gentechnik eingesetzt wird. Wieso? Er ist ein "Protease-armer Stamm", und damit wichtig für die Proteinproduktion.
+- We wish to purify proteins and use fusion proteins, but host proteases may degrade them. Can we circumvent this? Yes - by "protease inhibitors" or by "using protease-deficient mutants".
+- Wo finden wir ein "Peltje-Element"? In der Gentechnik, "im Heizblock".
+- In the "cre/loxP-System", wie lange ist die "loxP-Sequence"? 34 Basenpaare. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Cre/loxP-System#loxP
+- DNA can be precipitated in the laboratory via ... ? Isopropanol.
+- In short, what happens in an "R-looping experiment"? RNA is hybridized to its DNA template; then, "electron microscopy" is used to examine this hybrid.
+- How can we purify "GST-fusion proteins"? Through its "high affinity for Glutathione".
+- Die DMT-Schutzgruppe in einem "phosphoramidite", ist wo zu finden? Am 5'-Ende eines DNA-Nukleotids - also anstatt den 3 Phosphoratomen, die man normalerweise in einem Nukleotid finden würde.
+- Warum ist die klassische "Mutationsanalyse" ungeeignet um alle Genes eines Genoms zu identifizieren? Sie ist zu aufwendig - wir müssen für jedes Gen mindestens eine Mutation erzeugen.
+- Which procedure takes advantage of the "terminase transferase activity" of Taq polymerase? The "TA cloning procedure".
+- Why is knowing the GC-content of DNA important? Because of thermal separation of DNA ("DNA Melting").
+- Ein "Typ II-Restriktionssystem" besteht aus welchen Proteinen? (1) "Methylase":         methyliert hemimethylierte DNA (2) "Restriktionsenzym": schneidet nicht methylierte DNA
+- Beschreibe möglichst kurz das "Glutathion-S-Transferase System", das in "pGEX-Vektoren" verwendet wird. A: Dieses System besitzt einen synthetischen tac-Promotor, dem Strukturgen der Glutathion S-transferase (aus Schistosoma japonicum), des weiteren eine Sequenz für die enzymatische Spaltung des Fusionsproteins mit Proteasen ("Thrombin"), eine MCS für die Einbringung des Fremdgens, eine zusätzliche Kopie des Lac Repressors, sowie Antikörper gegen GST + Reinigung über Glutathion Sepharose.
+- Warum ist es technisch wichtig das Proteine bei 280 nm absorbieren und DNA bei 260 nm? Wir können so die "Reinheit von DNA" messen, und zwar indem wir bei 260nm und bei 280nm messen, und das Verhältnis (die "Ratio") vergleichen.
+- What do we mean with "exo-Klenow" and why is this relevant in gene technology? This is a Klenow-fragment that lacks both 3'-5' and 5'-3' exonuclease activity. The exo-Klenow fragment is used in some fluorescent labeling reactions for microarrays. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Klenow_fragment#The_exo-_Klenow_fragment
+- In der Gentechnik, was heisst "PTM"? Post-Translationale Modifikation.
+- Name one limitation of classic yeast two-hybrid screens. A: They are limited to "soluble proteins".
+- Cutting with restriction enzymes can be influenced by several factors. Name the three most important ones. A: (1) methylation (2) the buffer used (3) secondary structure in the substrate
+- Nach welchen Eigenschaften können wir Proteine trennen? (1) Molekulargewicht (2) elektrische Ladung
+- Das Restriktionsenzym "XhoI" schneidet an ...? CTC|GAG.
+- For "cDNA synthesis", after we did use "reverse transcriptase", which 3 enzymes are used to synthesize the second strand simultaneously? (1) RNase H (2) DNA polymerase I (3) DNA ligase
+- Was meinen wir mit einer "repräsentativen Genbank"? Die Häufigkeit einer bestimmten cDNA Sequenz entspricht der Häufigkeit mit der die kodierende mRNA im Ausgangsgewebe vertreten ist.
+- Why do we use the T4 ligase rather than bacterial ligases? Because the T4 ligase can also "join blunt ends".
+- Name the most important physical characteristic that can be used for "subcellular fractionation", in order to distinguish different cellular compartments. A: Buoyant density.
+- Mit welchem Verfahren können Sie eine Proteinlösung trocknen, unter "Beibehaltung der biologischen Aktivität"? Mit Hilfe der Gefriertrocknung ("Lyophylisation").
+- Nenne 1 Resistenz von pSC101. A: Tetracyclin.
+- Bei "TaqMan probes" gibt es ein Fluorophore. Wo genau es kovalent verbunden? An das 5-prime Ende der oligonucleotide probe.
+- Name an "experimental kit" or system that we can use to tag a gene in-situ in S. cerevisiae. A: The "GFP-KanMX tagging cassette".
+- When designing a primer, what must we consider especially much so? Primers must not have any complementary sequences that would form "hairpin" or "cloverleaf structures".
+- Wie funktioniert "Coomassie Brilliant Blue" in der Biochemie? Durch die Bindung an ein Protein in saurer Lösung verschiebt sich das Absorptionsmaximum des Farbstoffs von 465 nm zu 595 nm.
+- Give another name for "Sanger sequencing". A: "dye-termination sequencing".
+- What is the threshold cycle or Ct value? The Ct or threshold cycle value is the cycle number at which the fluorescence generated within a reaction crosses the "fluorescence threshold".
+- Nenne eine der besten Methoden (allgemeiner Natur) die Funktion eines Genes in "functional genomics" zu untersuchen. A: Mittels "gene disruption", zum Beispiel durch "homologe Rekombination".
+- How can we distinguish between different DNA? We have to label one DNA.
+- Was ist das Funktionsprinzip der "Gefriertrocknung"? Die Probe wird eingefroren, danach sublimiert das Wasser bei sehr niedrigem Druck.
+- What does "coverage" mean in shotgun sequencing? Coverage is an average number showing how many times the same nucleotide appears among all the reads.
+- In gene technology, what do we mean with "directional cloning"? The DNA insert and the vector molecules are digested with two different restriction enzymes to create noncomplementary sticky ends at either end of each restriction fragment. This allows the insert to be ligated to the vector in a specific orientation and prevent the vector from self-ligation.
+- Was sind "Phagemide"? Auf Phagen basierende Plasmide, die den f1 "origin of replication" des f1 Phagen besitzen. URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Phagemid
+- In tissue culture we often use the PETRI dish because it is cheap. Name a better but more expensive method. A: Tissue culture FLASK.
+- Worauf beruht die "Pyrosequencing"-Methode? Sie beruht auf der "Detektion von Pyrophosphate", das bei der Inkorporation eines Nukleotids frei wird.
+- The 454 System in Gene Technology relies on which two advances? (1) pyrosequencing (2) massively parallel liquid handling
+- Name one disadvantage of BACs. A: Only 1 copy per cell.
+- Was ist der "Variationskoeffizient" in der praktischen Biochemie? Dies ist ein Mass für den relativen zufälligen Fehler.
+- A. W. für den "Coomassie Blue Test"? Bradford Methode.
+- What means "cell sorting"? We select and purify a specific subset of cells within a population. 
+- Was ist allgemeine die "Dialyse-Technik"? Dies ist die Diffundierung über eine semi-permeable Membran.
+- Was erreichen wir dank "Autoradiographie"? Wir können damit die Position eines Radioisotops in einer Zelle feststellen.
+- Was genau ist die "direkte Expression von Proteinen"? Bei der direkten Expression werden nur genregulatorische Sequenzen wie Promoter oder Terminator an das Gen angehängt und keine zusätzlichen Sequenzen die das Protein verändern würden. Daraus folgt das die AA Sequenz des rekombinant produzierten Proteins zu 100% identisch zum Ausgangsprodukt ist.
+- What happens in "flow sorting"? We sort and separate cells based on properties measured in the flow.
+- In gene technology, what means "biological containment"? Vectors will reside in host organisms with defects, preventing their survival outside the laboratory.
+- What host is used for a BAC? A mutant strain of E. coli lacking normal restriction and modification systems compared to the wild type.
+- What is the main molecular weight of an amino acid in Dalton? 105.
+- After Denaturation of dsDNA, why must we cool slowly? So that the DNA strands can renature. If we were to cool rapidly, the strands would remain single stranded.
+- Define "degenerate primer". A: Primer with several alternative bases at certain positions.
+- Why do we use "differential display" in gene technology? With differential display of mRNA we can study genes whose expression differs between two populations of cells or because of the exposure to two treatments (e.g. stress).
+- What are "insertion-removal systems"? The selective removal of marker genes from host cell chromosomes.
+- YACs can hold more DNA than BACs but they have one huge problem. Which one? There is a problem of recombination and rearrangement of the cloned DNA within Yeast.
+- Was sind "ESTs" in der Gentechnik? Kurze DNA Sequenzen von etwa 100 - 800 Basenpaaren Länge.
+- Wie funktioniert die DAM-ID Methodik ("DNA Adenin Methyltransferase Identifikation")? Das Protein wird an die E. coli DAM fusioniert. Danach erfolgt die Expression in einer eukaryotischen Zelle. Die Ae in Nähe der Bindungsstelle wird methyliert, danach erfolgt eine Behandlung mit einem methylierungssensitiven Restriktionsenzym, anschliessender Adapter-Ligation sowie (q)PCR.
+- Das Elutionsvolumen ist ...? Das Puffervolumen, das benötigt wird um die Aminosäure aus der Säule freizusetzen.
+- 1 Svedberg (S) entspricht wieviele Sekunden? 10 hoch -13 Sekunden.
+- Name the three general, major steps in gene cloning. A: (1) cut genomic DNA with restriction enzyme (2) add vector cut with the same restriction enzyme (3) add DNA ligase to form recombinant molecules
+- Welche 4 Strategien wurden angewandt um den genetischen Code zu entschlüsseln? (1) RNA Homopolymere + in vitro Translationssystem (2) RNA Heteropolymere (3) Triplettbindungsversuche (triplet binding assays) (4) RNA Polymere mit di-, tri-, and Tetranukleotid Repeats
+- Worauf beruht das Prinzip der "Ionenaustauschchromatographie"? Das Prinzip der Ionenaustauschchromatographie beruht auf der elektrostatischen Wechselwirkung der Ladungen auf der Oberfläche der Proteine in einer Probe mit den entgegen gesetzten Ladungen der Säulenmatrix.
+- Welche Bindungskräfte können die Tertiärstruktur stabilisieren? Gib 5 an. A: (1) Disulfidbrücken (2) Wasserstoffbrückenbindungen (3) hydrophobe Gruppen (4) Ionenbindungen (5) van-der-Waals-Kräfte
+- Aus welchen 2 Komponenten besteht der tac-promotor? Aus -35 trp-Promoter und -10 lac-Promoter.
+- When do we have to use "degenerate PCR primers"? When we wish to target an unknown gene (in another organism).
+- In der Gentechnik, nenne 5 verschiedene Chromatographie-Methoden. A: (1) Adsorptionschromatographie (2) Affinitätschromatographie (3) Ausschlusschromatographie (4) Verteilungschromatographie (5) Ionenaustauschchromatographie 
+- Wie schnell kann eine Ultrazentrifuge rotieren (in G)? 2.000.000 G
+- Welchen grossen Vorteil hat die Methode nach Warburg und Christian? Sie ist extrem einfach.
+- Was ist ein sehr grosser Vorteil der "rekombinanten Proteinproduktion"? Das Protein kann optimiert werden.
+- What is an "expression vector"? This is an expression construct, usually a plasmid or virus, designed for protein expression in cells.
+- Wieso werden die Lösungen bei der PAGE entgast? Sauerstoff entzieht Radikale.
+- Warum wird in der Biochemie die "Proteinbestimmung nach Bradford" so häufig eingesetzt? Sie ist sehr einfach.
+- Man kann Proteine aussalzen lassen. Wieso funktioniert das? Dieser Effekt beruht auf der Konkurrenz von Protein und Salz um die solvatisierenden Wasser-Moleküle. Bei hoher Ionenkonzentration stehen nicht mehr genügend Wasser-Moleküle zur Solvatisierung der Proteine zur Verfügung, die Wechselwirkungen zwischen den Proteinen werden stärker als die Interaktion mit dem Lösungsmittel, die Proteine aggregieren und fallen dadurch aus.
+- In der Proteinanalyse, was heisst "BCA-Assay"? Bicinchinonsäure ("bicinchoninic acid assay)".
+- Bei der Proteinbestimmung nach Lowry, nenne 3 störende Substanzen. A: (1) EDTA (2) Triton X-100 (3) Ammoniumsulfat
+- In der Gentechnik, andere Bezeichnung für die Methode nach Warburg und Christian? UV-Absorptionsbestimmung aromatischer Aminosäuren.
+- Nachweisgrenzen bei der "Biuret" Methode in mg? Etwa 18 mg.
+- Nenne 5 Proteinbestimmungs-Methoden in der Biochemie. A: (1) Biuret-Methode (2) Lowry Methode "Folin-Ciocalteau-Test (3) BCA Methode (ähnlich Lowry) (4) Bradford Methode "Coomassie Blue Test" (5) UV Absorption, die Methode nach Warburg und Christian
+- Bei den Methoden zur Proteinanalyse können wir zwischen quantitativer und qualitativer Proteinanalyse unterscheiden. Gib 3 Beispiele für quantitative Proteinanalyse und ein Beispiel für qualitative Proteinanalyse. A: Quantitativ (Gesamtproteinbestimmungen, Enzymaktivitätsbestimmungen, Immunologische Nachweismethoden), qualitativ (elektrophoretische Methoden).
+- Im Yeast TRI-Hybrid System, was wird als dritte Komponente verwendet? RNA.
+- Sind Typ-III-Restriktionsendonukleasen in der Molekularbiologie wichtig? Nein.
+- Ist Amqlitag eine natürliche DNA Polymerase? Nein.
+- Welche Firma hat den DNA DipStick auf den Markt gebracht? Invitrogene.
+- Nenne 6 Methoden Nukleinsäuren zu markieren. A: (1) fill in (2) PCR (3) Photobiotinylierung (4) Primerverlängerung (5) Nick Translation (6) 5 Strich bzw. 3 Strich Endmarkierung.
+- Was macht die "terminale Deoxynukleotidyl-Transferase"? Sie hängt unspezifisch Nukleotide an das 3 Strich-Ende von einzel- und doppelsträngiger DNA (3 Endmarkierung).
+- Was ist das Ziel des "Bestrahlungs-Hybridzell-Verfahrens"? Die Zerlegung eines Human-Chromosoms in kleinere Bruchstücke.
+- In der Gentechnik, was gilt beim Tm Wert? 50% der DNA liegt einzelsträngig vor.
+- Welche Methoden gibt es zur Herstellung "transgener Pflanzen"? (1) Agrobacterium tumefaciens (2) particle gun (scutellum, Pollenschlauch) (3) Protoplastentransformation (Elektroporation, PEG, Mikroinjektion) (4) Plastidentransformation
+- Nenne 3 Einsatzgebiete von GST Fusion Proteins (Glutathione S-transferase). A: (1) Protein Production for pure immunogens (2) protein-protein interaction studies (3) DNA-protein interaction studies 
+- Was erlaubt die Herstellung von Protoplasten? Die Fusionierung von Zellen unterschiedlicher Arten.