studium 0.10.1

data/lib/studium/exam_topics/endospores_and_spores

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+# =========================================================================== #
+# === Endospores and Spores
+#
+# This is a subtopic of microbiology, but in theory we can store any
+# kind of information related to sustaining life.
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+- Name one reason why endospores are so <one>heat-resistent</one>. A: They are <two>very deprived of water</two> (aka <one>low water content</one>). []
+- Name <one>the four different sigma factors used in endospore development in Bacillus subtilis</one>. A: (E,F,G,K) (1) "sigmafactor-E" (2) "sigmafactor-F" (3) "sigmafactor-G" (4) <one>sigmafactor-K</one>
+- If we wish to <orange>find</orange> a <one>sporulation protein</one>, for applying a dye onto it, in order to "perform fluoresence microscopy" - where could we look for such a protein? We could look at <one>a protein in the spore coat</one>.
+- Name <one>three different ways</one> how <two>endospore formation</two> is triggered in "Bacillus subtilis". A: (1) <one>starvation</one> (2) <one>desiccation</one> (3) <one>growth-inhibitory temperatures</one>
+- Is <one>sporulation</one> initiated automatically upon <two>nutrient limitation</two>? No. []
+- <one>Endosporenbildung</one>: sehen wir dies eher bei gram-positiven oder bei gram-negativen Bakterien? Bei gram-positiven Bakterien.
+- <one>Compare the water content</one> of <two>an endospore</two> to the <two>vegetative cell</two>. A: The endospore has only about <one>10-25% of the water content</one> compared to a vegetative cell.
+- Eine <one>Endospore</one> verwandelt sich in eine vegetative Zelle. Welche 3 Schritte sind hierzu notwendig? (1) <one>Aktivierung</one> (2) "Keimung" (3) "Auswachsen"
+- Die <one>Kinasen</one>, die bei der Endosporenbildung zum Einsatz kommen, werden reguliert durch ... welche drei Punkte? (1) <one>Phosphatasen</one> (2) den "ATP-Gehalt der Zelle" (3) eine "aktive Chromosomen-Replikation"
+- Nenne einen <one>aeroben Sporenbildner</one>. A: <deepskyblue>Bacillus thuringiensis</deepskyblue>.
+- <one>Endospores</one> are extremely resistant to ... which 3 aspects? (1) "heat" (2) "harsh chemicals" (3) <one>radiation</one>
+- Welcher Organismus bildet <one>Chlamydosporen</one> aus? <one>Candida albicans</one>.
+- Name the 4 sigma factors that control spore formation in <tomato>Bacillus subtilis</tomato>. A: Sigmafactors E/K and F/G.
+- In which stage does "<u>septation</u>" occur of an Endospore? In <deepskyblue>stage II</deepskyblue> - thus very early.
+- Which 3 steps are required to <orange>reactivate a dormant endospore</orange>? (1) Activation (2) Germination (3) Outgrowth
+- Bevor es zur Endosporenbildung kommt muss was innerhalb der bakteriellen Zelle geschehen? Das "bakterielle Chromosom" muss repliziert worden sein.
+- Nenne <violet>zwei allgemeine Beispiele</violet> für Bakterien die "Endosporen" verwenden. A: (1) "Clostridium" (2) "Bacillus"
+- Nenne zwei Sigmafaktoren in der "Vorspore von Bacillus subtilis". A: (1) <tomato>Sigma-F</tomato> (2) <tomato>Sigma-G</tomato> URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC239352/
+- Der Name "<u>Dipicolinsäure</u>" deutet auf welche charakteristische, chemische Besonderheit hin? Auf "2x COOH Gruppen"; bei Ladung sind diese Gruppen COO- die dann mit Ca 2+ komplexieren können.
+- Was lässt sich zum <violet>pH Wert</violet> von Endosporen festhalten? Das "Core der Endospore" hat einen pH-Wert der "um eine Einheit niedriger" ist als der pH der vegetativen Zelle im Cytoplasma.
+- In <violet>Endospore formation</violet>, in which stage will the chromosomes of the mother cell disintegrate? In "stage IV" ("<u>stage 4</u>").
+- Wie sieht die "Dipicocolinsäure", die wir in "Endosporen" finden können, aus? Es ist ein "Benzenring" mit einem N-Atom, sowie 2x COO- Gruppen an den Seiten (<tomato>im geladenen Zustand</tomato>; ansonsten natürlich <cadetblue>COOH</cadetblue>).
+- Bilden alle Endosporenbildenden Bakterien ein "Exosporium" aus? Nein. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Exosporium
+- The "SASPs" in an endospore not only protect the DNA, but also have which other useful function? They may serve as a <tomato>carbon source</tomato> and an <tomato>energy source</tomato> during germination (= <dodgerblue>outgrowth</dodgerblue>).
+- "<u>Endospore formation</u>" is usually preceded by which other "cellular mechanism"? "<u>Cellular cannibalism</u>". URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4451673/
+- Die "Endospore" enthält viel an welcher Substanz? "<u>Calciumdipicolinat</u>".
+- Wir isolieren ein unbekanntes Bakterium, das in Form einer <orange>Endospore</orange> vorliegt. Welche Vorraussage können wir bezüglich des Genoms dieses Bakteriums treffen? Es hat einen <tomato>niedrigen G+C Gehalt</tomato> - und ist wohl ein "gram-positives Bakterium".
+- Damit sich eine Endospore ausbilden kann, muss (abgesehen von ungünstigen Umweltbedingungen) welche Bedingung erfüllt sein? Es müssen viele Bakterien vorhanden sein; praktisch eine "bakterielle Überbevölkerung".
+- Die <orange>Sporenhülle einer Endospore</orange> ist reich an welcher der 20 regulären Aminosäuren? "<u>Cystein</u>".
+- Können <tomato>Endosporen</tomato> rasch reaktiviert werden? Ja, sogar bereits "<u>innerhalb einiger Minuten</u>".
+- Bei der Sporulation in gram-positiven Bakterien ist oft die Dipicolinsäure wichtig. Wieviele <tomato>N-Atome</tomato> hat diese Substanz? Ein <tomato>N-Atom</tomato>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Dipicolinic_acid
+- What is the most important acid in an endospore? The "<u>dipicolinic acid</u>". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Dipicolinic_acid
+- How do we call the "genetic wake-up programm" of an Endospore. A: "<u>Germination</u>".
+- Welche Ionen sind wichtig für die "Endosporenbildung"? <cadetblue>Ca2+-Ionen</cadetblue>.
+- Die reifen Endosporen werden wie freigesetzt? Durch "<u>Autolyse der Mutterzelle</u>".
+- Welche Bakteriengruppe neigt zur "<u>Endosporenbildung</u>"? "<u>Grampositive Bakterien</u>" (<tomato>gram+</tomato>).
+- Eine Endospore besteht aus welchen 3 Teilen? (<tomato>3xC</tomato>) (1) "Core" (2) "Cortex" (3) "Coat"
+- In "endospore formation", <tomato>SpoOA</tomato> first activates which sigmafactor in the cell that will become the (future) endospore? "<u>Sigma-F</u>".
+- Eine "<u>Endospore</u>" hat einen hohen Gehalt an welchem Atom? "<u>Calcium</u>" (<cadetblue>Ca 2+-Ionen</cadetblue>).
+- What is characteristic for the "outgrowth" step of endospore-activation? Size increase and swelling due to <cadetblue>water uptake</cadetblue>.
+- 3 Möglichkeiten wo die Endospore <tomato>lokalisiert</tomato> ist? Terminal, subterminal, zentral.
+- What is an "<u>endospore</u>"? This is <crimson>a spore formed inside a mother cell</crimson>, in certain bacteria.
+- Do actively growing cells "<u>sporulate</u>"? <crimson>No</crimson>; only when the <tomato>conditions</tomato> are unfavourable, such as during "nutrient starvation".
+- Are endospores vulnerable to <violet>lysozyme</violet>? No, they are resistant to lysozyme.
+- Wie viele N-Atome hat die "<u>Dipicolinsäure</u>"? 1 N Atom.
+- How is "Endospore formation" triggered? Usually by "<u>a lack of nutrients</u>".
+- How can we "<u>discover endospores</u>" via "phase-contrast microscopy"? "<u>Endospores will appear significantly brighter</u>".
+- In Endospore formation, when is "dipicolinic acid" synthesized? In "stage VI" (<tomato>stage 6</tomato>).
+- The protein ywdL has been identified in Bacillus cereus as important for exosporium formation. Deletion of the ywdl gene leads to a fragile and easily damaged exosporium. Will such a modified strain respond to calcium dipicolinate? No. This would <crimson>not</crimson> induce germination.
+- Name a "characteristic substance" that can be found in Endospores. A: "<u>Dipicolinic acid</u>". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Dipicolinic_acid
+- <orange>Gram-positive bacteria</orange> may form endospores, as a survival strategy. Can we something simple, in general, about the genome of such bacteria? They tend to have a <lightgreen>low GC content</lightgreen>.
+- Name a bacterium with a <tomato>subterminal endospore</tomato>. A: "<u>Bacillus subtilis</u>".
+- Bei einer "Endospore", was heisst <violet>SASP</violet>? "<u>Small acid-solube spore proteins</u>".
+- How do we call "the process of endospore formation"? "<u>Sporulation</u>".
+- Name two representatives of the <violet>Bacillus species</violet> that form endospores. A: (1) <tomato>Bacillus cereus</tomato> (2) <tomato>Bacillus anthracis</tomato>
+- Ab welcher Phase bei der "Endosporen-Bildung" kommt es zur "beginnenden Dehydrierung"? Ab "<u>Phase IV</u>".
+- Give a general example for <tomato>Exosporium proteins</tomato>. A: The <deepskyblue>Cot protein</deepskyblue>.
+- Das <crimson>Core</crimson> einer reifen <tomato>Endospore</tomato> ist in was für einem Zustand? In einem "dehydratisierten Zustand".
+- Die zwei bestuntersuchtesten Bakterien bezüglich Endosporen sind ...? "Bacillus" und "Clostridium".
+- Can <orange>Endospores</orange> be found in water? Yes, of course. They may survive there for long periods of time.
+- <orange>Sporulation in Bacillus</orange> requires how many "spore-specific genes"? About <lightgreen>200</lightgreen>.
+- Name three distinct morphological <violet>spore types</violet>. A: (1) "terminal spores" (2) "subterminal spores" (3) "central spores"
+- Der "Cortex einer Endospore" bildet sich in welcher Phase (Stage) aus? <tomato>Stage VII</tomato>.
+- Eine "<u>Endospore</u>" konvertiert in eine vegetative Zelle. Welche 3 Stufen umfasst dies (auf deutsch)? (1) "Aktivierung" (2) "Keimung" (3) "Auswachsen"
+- In which stage does the "<u>prespore</u>" form, during sporulation of an endospore? In <tomato>stage II</tomato>.
+- Welche Bakterien bilden Endosporen? Nur "<u>gram-positive Bakterien</u>". (Mnemonic: <orange>E. coli</orange> ist gram-negativ und bildet <crimson>keine</crimson> Endosporen.)
+- What is the major trigger for the formation of an Endospore? "<u>Nutrient starvation</u>".
+- <tomato>Heat record</tomato> for bacterial endospores? Up to "150°C".
+- In <orange>endospore formation</orange> in Bacillus subtilis, at which stage does the "asymmetric cell division" begin? At "stage II".
+- "Endospore development" requires "n different sigma factors", in "<u>Bacillus subtilis</u>"? <tomato>5</tomato>.
+- Die Keimfähigkeit der Endsporen von Bakterien ist pH-abhängig? Ja - im "sauren Milieu" vermögen sie nicht zu keimen.
+- Äusserster Teil der Endospore? Dies ist das "<u>Exosporium</u>". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Exosporium
+- Name <palevioletred>an important component</palevioletred> of the classical "endospore-staining protocol". A: "<u>Malachite green</u>".
+- Name proteins that we can find in an endospore. A: The "<u>small acid-soluble proteins</u>" ("SASPs"). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Endospore#Structure
+- Wie kann die "<u>Dipicocolinsäure</u>" stabilisiert werden? Durch <lightskyblue>Ca 2+ Ionen</lightskyblue>.
+- "Endospore formation" occurs in which gram bacteria? In "gram-positive bacteria". (<tomato>Bacillus</tomato> is gram-positive too.)
+- Wieviele <tomato>Ascosporen</tomato> produziert <royalblue>Neurospora</royalblue>? 8.
+- Sporenfärbung nach ...? Sporenfärbung nach "<u>Rakette</u>". URL: http://www.aeisner.de/methoden/farb74.html
+- Some bacteria can enter sporulation, but they may also make which two prior decisions? (1) The <orange>decision to wait</orange> (aka delay sporulation) (2) The <orange>decision to escape into competence</orange> (and take up DNA)
+- Warum triggered die Zugabe von "<u>Mangan</u>" die Endosporenbildung? Mangan ist <orange>ein essenzieller Kofaktor vieler Enzyme</orange>. Zudem kann es zu Konformationsänderungen in der Sekundärstruktur der RNA kommen. Die Zelle wird dadurch einem Stress ausgesetzt. Dieser Stress führt zur Einleitung der Endosporenbildung. Dies ist der Grund, wieso "Sporulation Agar" Mangan aufweisen. (Mangan ist auch in natürlichen Böden enthalten.) URL: https://www.researchgate.net/post/what_are_the_methods_used_to_understand_the_interaction_of_spore_with_medium
+- Name the five bacterial <crimson>endospore layers</crimson>. A: (1) exosporium (2) spore coat (3) core wall (4) cortex (5) DNA
+- Which bacteria group can produce endospores? Only a few "<u>gram-positive bacteria</u>".
+- Why is the endospore not a "<u>true spore</u>"? Because it is "<u>not an offspring</u>".
+- Wieso verwendet Candida albicans eine "Chlamydospore"? Diese dient der "Überdauerung des Organismus".
+- Name 3 different conditions that may "trigger Endospore-Formation" in bacteria. A: (1) heat (2) dryness (3) nutrient limitation

data/lib/studium/exam_topics/enzymes_and_cofactors

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+# =========================================================================== #
+# === ENZYMES
+#
+# All about the enzymes. Enzyme tag, Enzymes tag. ee tag. Enzyme tag.
+# Enz tag. Enzym tag.
+#
+# This also includes methods for creating new enzymes.
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+
+- Die "Pyruvat-Decarboxylase" gehört zu ... welcher Familie? Zu den <one>Lyasen</one>.
+- Aminotransferasen enthalten welchen Cofaktor? <one>Pyridoxalphosphat</one>.
+- Was meinen wir mit den <one>Dehydrogenasen</one>? Dies sind <two>Enzyme</two>, die <one>Wasserstoffatome aus dem Substrat entfernen</one> beziehungsweise abspalten.
+- Input/Output of the enzyme <one>adenylyl cyclase</one>? (1) Input: <one>ATP</one> (2) Output: <one>cAMP</one> URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Adenylyl_cyclase []
+- Welche Enzyme sind für das AB0-Blutgruppensystem des Menschen hauptverantwortlich? Die <one>Glykosyltransferasen</one>.
+- In Bezug auf Enzyme: was meinen wir mit <one>recyclable shuttles</one>? Zum Beispiel "Co-Enzyme", die während der Reaktion verändert werden und im Anschluss regeneriert werden müssen.
+- Can there be <one>several transition states during an enzymatic reaction</one>? Yes. []
+- Name a functional difference between the <one>Hexokinase</one> and the "Glucokinase". A: The Hexokinases transfer phosphoryl groups onto hexoses; the Glukokinase on the other hand transfers phosphoryl groups only onto D-Glucose.
+- Nenne je ein Enzym für <one>Oxidoreduktasen</one>, Transferasen, Hydrolasen, Lyasen, Isomerasen, Ligasen. A: (1) Lactat-Dehydrogenase (2) Alanin-Transaminase (3) Pyrophosphatase (4) Pyruvat-Decarboxylase (5) Alanin-Racemase (6) <one>Glutamin-Synthetase</one>
+- Welche Reaktion katalysiert die <one>Triosephosphatisomerase</one>? A: Die Konvertierung von "Dihydroxyacetonphosphat" zu "Glycerinaldehyd-3-Phosphat" (GAP).
+- How do we call <one>the states in an enzyme reaction</one>? (1) <one>ground state</one> (2) <one>transition state</one>
+- Nenne ein Enzym das NO quasi als <one>Abfallprodukt</one> produziert. A: Die <one>NO-Synthase</one>.
+- Was machen die <one>Aminopeptidasen</one>? Aminopeptidasen verdauen Proteine vom aminoterminalen Ende her.
+- The enzyme <one>luciferase</one> consists of how many subunits typically? It is a <one>heterodimer</one>, composed of α and β subunits that are encoded by luxA and luxB, respectively.
+- Nenne ein Enzym, das "Acetyl-CoA" erzeugt. A: Die <one>Pyruvat-Dehydrogenase</one>.
+- Nenne <one>eine Lyase</one>, die mit dem Buchstaben "A" beginnt! A: <one>Aldolase</one>.
+- What is an <one>esterase</one>? An esterase is a hydrolase enzyme that splits esters into an acid and an alcohol in a chemical reaction with water called hydrolysis. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Esterase
+- Eine vollständige Liste aller Enzyme finden wir wo? In <one>BRENDA</one> (<two>Comprehensive Enzyme Information System</two>). URL: https://www.brenda-enzymes.org/ []
+- Nenne 3 katalytische wirkende Coenzyme des <one>Pyruvat-Dehydrogenase</one> Komplexes. A: FAD, Liponsäure, <one>TPP</one>.
+- Was macht das Enzym <one>Polygalacturonase</one> (PG)? Baut das Pectin pflanzlicher Zellwände ab.
+- Nenne ein Enzym das <one>Dextran</one> herstellt. A: Die <one>Dextran-Saccharase</one>.
+- What is a <one>theozyme</one>? A theozyme is a theoretical enzyme - typically one that was computationally engineered.
+- Nenne ein Enzym, in dem die seltene Aminosäure <one>Selenocystein</one> gefunden werden kann. A: Die <one>Glutathione Peroxidase</one>.
+- Name the two substrates that the enzyme <one>pyranose oxidase</one> requires. A: (1) <one>D-glucose</one> (2) <one>O2</one>
+- Why do <one>monooxygenases</one>, such as the P450 isoenzyme family, need the heme groupe? Because the molecular O2 attaches to the heme group; the <one>Fe atom</one> there.
+- The <one>P450 monooxygenases</one> contain which factor? A <one>heme group</one>.
+- On their given substrate, <one>natural enzymes stabilize</one> ... ? The <one>transition state</one>.
+- In enzyme kinetics: which <one>k-value</one> comes between <two>ES</two> and <two>E+P</two>? <one>kcat</one>
+- Give another word for the <one>man-made design and evolution of enzyme</one>. A: <one>Enzyme engineering</one>.
+- Which formula may describe the <one>catalytic efficiency of an enzyme</one>? <one>kcat</one> / <one>Km</one>
+- In <one>enzyme kinetics<one>: what is <two>Vmax</two>? This is a measure of how well an enzyme binds to a given substrate.
+- Name three k-values that are important for enzyme kinetics. A: (1) k1 (2) k2 (3) kcat
+- Nenne zwei Enzyme die <one>Ammoniak</one> einbauen. A: (1) Glutamat-Dehydrogenase (2) <one>Glutamin-Synthetase</one>
+- Welche Enzyme können eine Verseifung (=Hydrolyse eines Esters) durchführen? Die <one>Esterasen</one>.
+- Welche Enzyme ermöglichen einen <one>Seitenwechsel</one>? <one>Flippasen</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Flippase
+- Give one general example for a "phosphorylase". A: The <one>Glycosyltransferases</one>.
+- Welche Aminosäure ist im aktiven Zentrum der <one>Topoisomerasen</one> zu finden? <one>Tyrosin</one>.
+- Nenne zwei Vertreter der <one>Serinproteasen</one>. A: (1) Trypsin (2) <one>Chymotrypsin</one>
+- Enzymtyp <one>Thrombin</one>? Thrombin ist eine <one>Protease</one>.
+- Enzymes that catalyze the addition of "deoxynucleotides" are called ... ? "DNA polymerases".
+- Welche Enzyme bilden "ungesättigte Fettsäuren"? Die <one>terminalen Desaturasen</one>.
+- Wie viele Untereinheiten hat das Enzym <one>Glutamin-Synthetase</one> aus E. coli? <one>12</one>.
+- Die <one>Pyruvat-Decarboxylase</one> gehört zu welcher Enzymklasse? Sie gehört zu den <one>Lyasen</one>.
+- Die <one>Pyruvat-Carboxylase</one> synthetisiert welche Substanz? <one>Oxalacetat</one>.
+- Was machen <one>Transferasen</one>? <one>Transfer funktioneller Gruppen</one>.
+- Anderer Begriff für die <one>Substratbindungsstelle eines Enzyms</one>? A: <one>Aktives Zentrum</one>.
+- Andere Bezeichnung für einen <one>ES-Komplex</one> (Enzym-Substrat Komplex)? <one>Michaelis-Komplex</one>. URL: http://www.spektrum.de/lexikon/biochemie/michaelis-menten-kinetik/3971
+- Ist <one>Km</one> (die Michaelis-Menten Konstante) ein Maß für die Affinität eines Enzyms für sein Substrat? Ja. 
+- Nenne das wichtigste <one>Zink-enthaltende Enzym</one> im menschlichen Körper. A: Die <one>Carboanhydrase</one>.
+- Welches Enzym modifiziert <one>PPT</one>? Die <one>PPT-Acetyltransferase</one>.
+- Welches Enzym hydratisiert <one>Kohlendioxid</one>? Die <one>Carboanhydrase</one>.
+- Was genau machen <one>Desaturasen</one>? Sie übertragen Elektronen von einem Molekül auf ein anderes. Das Substrat wird dabei "entsättigt", sprich - <one>eine Mehrfachbindung wird eingebaut</one>.
+- Give another term for <one>old, yellow enzyme</one>. A: <one>Flavoprotein-NADH-Oxidase</one>.
+- <one>Plasmin</one> ist ein Enzym. Zu welcher Enzymgruppe genau gehört es? Zu der <one>Gruppe der Peptidasen</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Plasmin
+- Wie heißen die Enzyme, die <one>Fettsäuren</one> spalten können? <one>Lipasen</one>.
+- Die <one>Aconitase</one> erzeugt (letzten Endes) Isocitrat. Was eliminiert sie bei ihrer katalytischen Reaktion? Wasser.
+- <one>6-Mercaptopurine</one> wird von welchem Enzym metabolisiert? Thiopurine Methyltransferase.
+- <one>Kinasen</one> benötigen welches Metall-Ion? Sie benötigen ein <one>Magnesium-Ion</one>.
+- The <one>Cytochrome P450</one> (CYPs) family of enzymes contains which cofactor? <one>Heme</one>.
+- Das "Anti-Skorbut Enzym" ist ... ? Die <one>Gulonolacton-Oxidase</one>.
+- Was ist eine <one>Amidase</tomat>? Eine Amidase ist ein Enzym das die Hydrolyiserung von Amiden katalysiert.
+- Können <one>enzymatisch katalysierte Reaktionen</one> reversibel sein? Ja.
+- Was macht die Glykogenphosphorylase? Sie setzt Zuckereinheiten aus dem Energiespeicher <one>Glykogen</one> frei.
+- Ein-Substrat-Reaktionen sind meistens ... ? Isomerisierungen.
+- Können wir die Michaelis-Menten Gleichung auch praktisch einsetzen? Ja, zum Beispiel zur <orange>Konzentrationsbestimmung eines Enzyms</orange>.
+- Die Geschwindigkeit der Gesamtreaktion zwischen E+S hängt von welchen zwei Konzentrationen ab? (1) <orange>Konzentration des Substrat</orange> (2) <orange>Konzentration des Katalysator</orange> (also des Enzyms)
+- Die <orange>Kinasen</orange> zählen zu welcher Enzymklasse? "Transferasen".
+- Which metal does the enzyme <orange>carbonic anhydrase</orange> require in its active site? "Zinc".
+- Which enzyme may typically be meant with the abbreviation "<u>MMP</u>"? A <one>Matrix metalloproteinase</one>.
+- The new EC class proposed, EC 7, is for the ... ? "Translocases".
+- In regards to enzymes, what organization is displayed by the abbreviation "EFI"? This is the "Enzyme Function Initiative". 
+- Das Enzym "Carboanhydrase" benötigt als Cofaktor welches Metall-Ion? Ein "Zink-Ion". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/%CE%91-Carboanhydrasen
+- Früher wurden die Enzyme auch als ... bezeichnet. A: "Fermente".
+- Welche Enzymklasse führt eine "<ud>Eliminierungsreaktion</ud>" durch? "Lyasen".
+- Prosthetische Gruppe bei der "<ud>Pyruvat Carboxylase</ud>"? "Biotin".
+- Most phosphonate natural products share a common first biosynthetic step - the rearrangement of phosphoenol pyruvate (PEP) to phosphonopyruvate (PnPy), catalyzed by ... which enzyme? The "PEP-mutase".
+- Nenne zwei Beispiele für "Ligasen", die die "Knüpfung von Bindungen" katalysieren. A: (1) "DNA-Ligase" (2) "DNA-Polymerase" 
+- What does the name "phosphotransferase" indicate? That this enzyme catalyzes the transfer of a phosphoryl group from ATP to "Glucose".
+- "Restriktionsenzyme" zählen allgemein zu welcher Enzymklasse? Sie zählen zu den "Hydrolasen".
+- Why are "active site residues" of an enzyme family usually conserved? Because they are responsible for the "catalytic function".
+- Was machen "Isomerasen", kurz formuliert? Intramolekulare Gruppenübertragungen - also "Transfer von Gruppen innerhalb von Molekülen".
+- Es gibt Enzyme, die "Kinasen" genannt werden. Gib eine etwas längere Bezeichnung an für "Kinasen". A: "Proteinkinasen".
+- Allgemein, wie werden "Hexokinasen" gehemmt? Sie werden durch ihr Endprodukt gehemmt.
+- Welches Enzym konvertiert "Glycerin" -> "Glycerin-3-phosphat"? Die "Glycerin-Kinase".
+- Hexokinase-Isozymes are typically "allosterically inhibited" by ...? By their product, "glucose-6-phosphate".
+- Die "Glucokinase" führt welche Reaktion durch? Glucose -> Glucose-6-phosphat.
+- "Oxidoreduktasen" haben welche prosthetische Gruppe? FAD oder FMN.
+- SAM wird als Cofaktor welcher Enzymklasse benötigt? EC 2: Transferasen.
+- Was sind "Oxygenasen"? Enzyme die den Einbau von Sauerstoff, aus O2, in organische Verbindungen katalysieren.
+- Nenne eine sehr bekannte Aspartatprotease ("aspartic protease"), die im Jahr 1825 entdeckt wude. A: "Pepsin". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Pepsin
+- Was ist der Cofaktor bei der "Lactat-Dehydrogenase"? "NAD+".
+- Enzymes stabilize which state? The "transition state". URL: http://education.seattlepi.com/enzymes-lower-transition-state-4735.html
+- Was ist praktisch das Gegenteil einer "Substratsättigung"? Die "Substratuntersättigung".
+- Wie geht die "ultimative Enzym-Formel"? "E+S <--> [ES] <--> [EP] <--> E+P".
+- Welches Enzym, also dessen Trivialname, ist "EC 1.1.1.1"? Dies ist die "Alkohol-Dehydrogenase", eine "Oxidoreduktase".
+- Die EC Nummer, also "Enzyme Commission" oder "Enyme class", hat wieviele relevante Stellen? "4".
+- Was ist das "schnellste Enzym" überhaupt? Die Carboanhydrase". Sie setzt 10 Moleküle Substrat pro Sekunde um.
+- Gegeben ist das Enzym "Aconitase". Nach der IUPC ist das nicht der systematische Name. Wie geht der systematische Name von Aconitase? "Aconitat-Hydratase".
+- Was meinen wir mit "breathing core" bei dem "Pyruvat-Dehydrogenase Komplex"? Das der Kern dieses Enzyms relativ flexibel ist und seine Größe um bis zu 20% verändern kann.
+- Welches Enzym, konvertiert 3-Phosphoglycerat zu 2-Phosphoglycerat? Die "Phosphoglycerate-Mutase". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Phosphoglycerate_mutase
+- Enzymtyp der "Enteropeptidasen"? Sie sind "Proteasen". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Enteropeptidase
+- Die "Aconitase" enthält welche zwei Metalle? Dieses "Eisen-Schwefel Protein" enthält: (1) "Eisen" (2) "Schwefel
+- Die "Carbamoylphosphat-Synthetase" kommt, zumindest beim Menschen, in wievielen Varianten vor? In zwei Varianten.
+- Nenne ein Enzym das Glucose zu Fructose isomerisieren kann. A: "Xylose-Isomerase".
+- Die "Carbamoylphosphat-Synthetasen" sind Enyzme aus welcher Enyzm-Gruppe? "Ligasen".
+- Wie können wir, einfach formuliert, "Reaktionsmechanismen von Enzymen" untersuchen? Mit Hilfe sogenannter "Inhibitorstudien". URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/11325042
+- Was meinen wir mit "Nebenaktivitäten" eines Enzyms? Dies ist bei manchen Enzymen der Fall, wenn diese auch andere Substrate als das eigentliche "Hauptsubstrat" umsetzen.
+- Welche Krankheit manifestiert sich bei zu wenig "Vitamin B1"? Die "Beri-Beri Krankheit".
+- Benötigt die "Lactate-Dehydrogenase" ein Coenzzym? Ja, und zwar "NADH".
+- Nenne ein Enzym das "Cholesterin" verkleinern kann. A: Die "Cholesterin-Oxidase".
+- Which enzyme breaks down Glycogen into Glucose? The enzyme "glycogen phosphorylase".
+- Die "Cytochrom-Oxidase" mag welches Metall? "Kupfer".
+- Was machen "Mechanoenzyme"? Sie konvertieren Energie aus der "ATP-Hydrolyse" - also chemischer Energie - in mechanische Energie um, im Zuge einer Kontraktion (also mechanische Arbeit).
+- Enzyme, die mittels Phosphat eine Bindung spalten, nennt man ... ? "Phosphorylasen".
+- Dehydrogenasen gehören zu welcher Gruppe? Sie gehören zu den "Oxidoreduktasen".
+- What is the fastest known enzyme today (2018)? "Carbonic anhydrase". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Carbonic_anhydrase
+- Was ist die einfachste Regulationsform bei Enzymen? Die "Produkthemmung".
+- Die "Aldolase" konvertiert Fructose-1,6 bisphosphat in? Glycerinaldehyd-3P und Dihydroxyaceton.
+- Vor allem welche Enzymgruppe verwendet "Riboflavin"? Die Oxidoreduktasen, über FMN/FAD.
+- Biotin ist ein Kofaktor der ... ? Acetyl-CoA-Carboxylase.
+- Besitzen Menschen die "Acetyl-CoA-Synthetase"? Ja.
+- Das Cosubstrat der GADPDH ist ...? NAD+.
+- The enzyme "adenylate kinase" does perform which reaction? 2 ADP -> AMP + ATP. (BUT CHECK THiS ON WIKIPEDIA).
+- Nenne 1 Enzym, das Ammoniak direkt in Glutamat einbauen kann. A: Die "Glutamin-Synthetase". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Glutamat-Ammonium-Ligase
+- Das Enzym "Fumarase" erzeugt ...? Malat. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Fumarase
+- Was für Enzymgruppen erkennen PEST-Sequenzen? Vor allem "proteolytische Enzyme".
+- Wieso können wir NADH und NADPH benutzen, um die Enzymakvitität zu bestimmen, zumindest mancher Enzyme? NADH/NADPH wirken auch als Coenzyme und im Gegensatz zu den oxidierten formen, also NAD+ und NADP+, erreichen sie bei 340 nm ein Absorptionsmaximum.
+- Nenne 1 prominente Enzymgruppe, die auf die "Säure-Base-Katalyse" setzt. A: Proteolytische Enzyme.
+- Temperaturoptima mesophiler Enzyme? Bei etwa 37°C.
+- Input / Output der "Tryptophanase"? (1) I: Tryptophan (2) O: Indole
+- What is the enzyme "Aspartokinase" doing? It catalyzes the phosphorylation of the amino acid "aspartate".
+- Flavin-Koenyzme (FAD, FMN) sind vor allem in welcher Enzymgruppe wichtig? Nenne auch ein Beispiel hierzu. A: Oxidoruktasen, wie die "NADH-Dehydrogenase".
+- Welches Enzym nimmt GTP+ADP und erzeugt so ATP (und GDP)? Die "Nucleosiddiphosphat-Kinase".
+- FAD als prosthetische Gruppe findet man vor allem bei welcher Enzymklasse? Bei den "Dehydrogenasen".
+- TPP (Thiaminpyrophosphat) finde ich als prosthetische Gruppe in welchem Enzym? In der "Transketolase".
+- Sind Enzyme nett zu ihren Substraten? Nein. Sie "schränken deren Translations- und Rotationsbewegungen ein". (Dies ist wichtig für den Übergangszustand.)
+- In der praktischen Enzymologie, wieso mögen wir eine "pH-Kurve" erstellen mögen? Dadurch können wir zum Beispiel den "optimalen pH-Wert" ermitteln.
+- Statine inhibieren welches Enzym? Die "HMG-CoA-Reduktase", die in der menschlichen Cholesterinsynthese wichtig ist.
+- Die Alkohol-Dehydrogenase hat welches Metall im katalytischen Zentrum? Zink.
+- Input und Output des Enzyms "Adenosin-Desaminase"? (1) Input: Adenosin (2) Output: Inosin
+- Was macht die <one>Aconitase</one>? A: Dieses Enzym aus dem Citratzyklus, konvertiert "Citrat" -> "Isocitrat". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Aconitase
+- Metalloproteases often have what "metal ion" in their active centers? Zinc.
+- Hydrolasen sind eine eigene Enzymklasse, aber eigentlich gehören sie zur Klasse ... ? Der "Hydrolysen". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Hydrolase
+- Nenne 1 funktionellen Unterschied zwischen Enzymen und Ribozymen. A: Enzyme weisen eine wesentlich "höhere Aktivität" als Ribozyme auf.
+- Nenne 2 mit dem PDH-Komplex assoziierte Proteine. A: (1) PDH-Kinase (2) PDH-Phosphatase
+- Nenne die 2 Nebenprodukte des Pyruvat-Dehydrogenase Komplexes. A: (1) CO2 (2) NADH
+- Das Coenzym FAD ist mit welcher Untereinheit des "Pyruvat-Dehydrogenase-Komplexes" assoziiert? Mit "E3".
+- Nenne 2 Cysteinproteasen die mit "C" beginnen. A: (1) Caspasen (2) Cathepsin
+- Energie für die "Phosphoenolpyruvate-Carboxykinase" von ... ? GTP.
+- Was machen die "Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen"? Sie beschleunigen die Umwandlung zwischen der cis- und der trans-Form der "Prolylpeptidbindung", also cis-Prolin und trans-Prolin.
+- Cyclophiline gehören zur Enzymklasse der ... (genau)? Isomerasen; genauer der "Peptidyl-Prolyl-cis/trans-Isomerasen".
+- Was macht das Enzym "alkalische Phosphatase"? Es entfernt Phosphat-Gruppen (= "Dephosphorylierung"). Dieses Enzym arbeitet am besten bei einem alkalischen pH-Wert. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Alkalische_Phosphatase
+- Welches Enzym konvertiert Phosphoenolpyruvat in Pyruvat? Die "Pyruvat-Kinase".
+- How do we call the enzymes that "hydrolyze glycosidic bonds"? Glycosidases.
+- Die Tyrosinhydroxylase, die L-DOPA aus Tyrosin herstellen kann, verwendet was genau als Cofaktor? "Tetrahydrobiopterin",
+- Nenne 2 Aminosäuren, an denen das Enzym "Elastase" schneiden kann. A: (1) Alanin (2) Serin
+- Was ist eine "Lyase"? Eine Lyase ist ein Enzym, das eine Molekülspaltung katalysieren kann.
+- What are "Phosphorylases"? These are enzymes that catalyze the addition of a phosphate group from an inorganic phosphate to an acceptor.
+- Wo spielt das Enzym "Phosphorylase" eine Rolle? Beim "Abbau von Glykogen".
+- Die Epimerasen gehören zu welcher Enzymklasse? Sie gehören zu den "Isomerasen".
+- Gib ein Beispiel für eine Epimerase. A: Das Enzym "UDP-Glucose-4-Epimerase", welches "UDP-Galactose" in "UDP Glucose" konvertiert.
+- Chymotrypsin gehört zu welcher der 6 Enzymklassen? Es gehört zu den "Hydrolasen".
+- Die "Pyruvat-Decarboxylase" gehört zu welcher Enzymklasse? Zu den "Lyasen".
+- Größte Subklasse der "Oxidoreduktasen" nimmt welche Gruppe ein? Die "Dehydrogenasen".
+- Dehydrogenasen sind ... ? Oxidoreduktasen.
+- Was machen "Lyasen"? Gruppeneliminierungen unter Bildung von Doppelbindungen oder Addition einer Gruppe an eine Doppelbindung.
+- Which enzymes can interconvert enantiomers? Racemases.
+- Kinasen gehören zu welcher Enzymklasse? Kinasen gehören zur Klasse der "Transferasen".
+- Welche Reaktion katalysiert die "Alkohol-Dehydrogenase"? Von Ethanol zu Acetaldehyd.
+- In der Zelle, welches Enzym kann Disulfid-Brücken umlagern? Die "Disulfidisomerase".
+- A. W. für "Aminotransferasen"? Transaminasen.
+- Wieviele Stellen enthält die Klassifikationsnummer der Enzyme? 4.
+- Die Ornithin-Decarboxylase in Säugetieren hat eine Halbwertszeit von ~11 Minuten. Dieses Enzym is an der Synthese von ... beteiligt? Polyamin.
+- Was machen "Oxidoreduktasen"? Transfer von H-Atomen, O-Atomen oder Elektronen zwischen Metaboliten.
+- Was machen "Hydrolasen"? Katalyse hydrolytischer Reaktionen.
+- Was machen "Ligasen"? Knüpfung kovalenter Bindungen unter gleichzeitiger Spaltung von Nucleosidtriphosphaten.
+- Give the archetypical general example for a "Transferase". A: The Kinases.
+- Zu welcher Enzymklasse gehört das Enzym "Galaktose 6-Oxidase" ("GalOx")? Es gehört zu den "Oxidoreduktasen".
+- Merkslogan für die 6 Enzymklassen? OTH-LIL ("Otto-Lyli").
+- Charakteristisch für den "aeroben Abbau von Glukose" ist die Aktivität welchen Enzyms? "Pyruvat-Dehydrogenase". 
+- Nenne ein wichtiges "Einbahn-Enzym". A: Die "Pyruvat-Dehydrogenase".
+- Was macht das Enzym "Fumarase" (Angabe des Endprodukts ist ausreichend)? Katalysiert Fumarat + Wasser-> L-Malat (stellt also L-Malat her).
+- Eine "Carboxylase" ist ein Enzym, das mit Hilfe von ... und ATP Carbonat überträgt. A: Biotin.
+- Was machen die "Dehydrogenasen" in der Biochemie? Sie katalysieren die Entfernung von 2 Wasserstoffatomen (2 Protonen + 2 Elektronen).
+- Dehydrogenasen gehören eigentlich zu den ... ? Oxidoreduktasen.
+- n% aller bekannten Enzyme benötigt Metallkationen zum Erreichen ihrer vollen, katalytischen Aktivität? Etwa 25%.
+- The Dehydrogenases are a subclass of ...? Oxidoreductases.
+- TPP in der Transketolase benötigt welche Cofaktor? Mg2+.
+- Was können wir pauschal über Enzyme sagen, deren Aktivität reguliert wird? Ihre Struktur ist komplizierter als die Struktur anderer Enzyme.
+- Name an enzyme that requires NADPH and that is also important for DNA. A: The "ribonucleotide reductase".
+- The enzyme "pyruvate carboxylase" takes Pyruvat as input and yields what substance? Oxalacetate.
+- Nenne 1 Enzym, das überschüssiges Pyruvat aus dem Körper entfernt. A: Die "Lactat-Dehydrogenase".
+- In welchem Enzym mögen wir "Pyrrolysin" finden? In der "Methyltransferase" (in Archaea).
+- Wieviele Konformationen hat das Enzym "Hexokinase"? 2 - eine mit gebundener Glucose, eine ohne gebundene Glucose.
+- "DNA Glycosylases" are classified under which EC number? EC 3.2.2
+- Das Enzym "Muraminidase" hat n Alpha-Helices? 27.
+- Was für ein Enzym katalysiert die Bildung von Phenylpyruvat? Ein bifunktionelles Enzym (Chorismat-Mutase & Prephenat Dehydratase).
+- What is the "net reaction" for the "ATP synthase"? ADP + Pi + 4H <- -> ATP + H2O + 4H+ (matrix)
+- Die "Glutamin-Synthase" hat n Untereinheiten? 12 identische Untereinheiten.
+- Die "Ribonuclease" hat n Disulfidbrücken? 4.
+- Gesamter Output der "Pyruvat-Dehydrogenase"? Acetyl-CoA und CO2.
+- What do "fatty acid desaturase" create?  It creates a carbon/carbon double bond.
+- Enzymtyp Katalase? Die Katalase ist eine "Oxidoreduktase".
+- What is an "Endopeptidase"? A proteolytic peptidase that breaks peptide bonds of "nonterminal amino acids". 
+- Nenne 1 Enzym der "biotin-dependent carboxylases". A: Acetyl-CoA Carboxylase.
+- A. W. für die "Transketolase"? Glycoaldehyd-Transferase.
+- Input, Output bei der "Pyruvat-Dehydrogenase"? A: Input ist Pyruvat, Output ist Acetyl-CoA.
+- What is the "apoenzyme"? The purely protein component of an enzyme.
+- Wovon sind die Transferasen immer abhängig? Von Coenzymen.
+- Wieviele Isomere hat die "Lactat-Dehydrogenase" im Menschen? 5.
+- Was macht Chymosin? Hydrolysiert Alpha-Kasein der Milch.
+- Was macht die "Glucose-Oxidase"? Konvertiert Glucose und Sauerstoff zu Gluconolacton und Wasserstoffperoxid.
+- Spaltungsreaktionen sind in der Biochemie überwiegend homo- oder heterolytisch? Heterolytisch.
+- Die "Nitratreduktase" von Ecoli akzeptiert Elektronen von ... ? Cytochrom B.
+- Welches Enzym kann Citronensäure abbauen? Aconitase.
+- Nenne 1 Enzym, das Acetaldehyd in Ethanol umwandelt. A: Alkohol-Dehydrogenase.
+- Welches Enzym ist schneller - die Hexokinase IV oder die Hexokinase I? Hexokinase I. Sie ist wichtig für die Regulation der Blutzuckerkonzentration. Das erklärt auch ihre eigenwillige Aktivitätskurve.
+- Welche Rolle in der Zelle erfüllt die AMPK ("AMP-aktivierte Proteinkinase")? Die Aufgabe der AMPK ist es, Zellen vor ATP-Mangel, also einem Energiemangel, zu schützen. Sie ist ein AMP Sensor.
+- What are "Isoenzymes"? These are enzymes that catalyze the same reaction but are subject to different regulatory controls.
+- Wie viele Restriktionsendonucleasen sind bekannt? A: Über 3000. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme
+- Was machen "Aminotransferasen"? Aminotransferasen sind Enzyme, welche die Übertragung von Alpha-Aminogruppen von einem Donor- auf ein Akzeptormolekül katalysieren (= "Transaminierung").
+- Ligningspaltende Enzyme sind vor allem in welchen 3 Enzymgruppen zu finden? Häm-Enzyme, Ligninperoxide, Mn-abhängige Peroxidase.
+- Nenne die 5 Koenzyme des Pyruvat-Dehydrogenase Komplexes. A: (1) TPP (2) Lipoat (3) NAD (4) FAD (5) CoA
+- A. W. für "Enzym"? Biokatalysator.
+- Welches Enzym konvertiert Pyruvat zu Lactat? Die "Lactat-Dehydrogenase".
+- How do we call the rate at which an enzyme converts its substrate into product? Velocity (v).
+- Was ist wenn ein Substrat extrem fest an sein Enzym bindet? Dann gibt es so gut wie keine katalytische Aktivität.
+- Was genau macht die "Pyruvate Dehydrogenase"? Transfers an acetyl group from pyruvate to coenzyme A via TPP and dihydroxyliponamid.
+- What is the enzyme "RNase H" doing? It cleaves RNA of a hybrid DNA/RNA strand.
+- A. W. für "Enzyminduktion"! A: Gezielte Synthese von Enzymen.
+- Definiere "Kinases". A: An enzyme that transfers a phosphoryl group from ATP to another substance.
+- A. W. für "Hexokinase"? Glucokinase. Die Glucokinase wird nicht durch Glucose gehemmt.
+- Nenne das Substrat der Peroxidase. A: Wasserstoffperoxid.
+- Welches Enzym konvertiert Ribose zu Desoxyribose? Ribonukleotidreduktase.
+- Glutamat-Dehydrogenase. Input-Output? Input ist Alpha-Ketoglutarat, Output ist Glutamat.
+- Die "Pyruvat-Decarboxylase" erzeugt welches Molekül? Acetaldehyd. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Acetaldehyde
+- Nenne 1 temporären CO2-Carrier der ein Bestandteil einer Carboxylase ist. A: Die Biotinylgruppe bei der "Biotin-Carboxylase".
+- Welches Enzym wurde als erstes kristallisiert? Urease.
+- A. W. für "qualifizierte Enzyme"? Cofaktor.
+- Das Enzym "Lactase" macht was? Spaltet Lactose in Glucose und Galactose.
+- Wann wurde die Xylose-Isomerase entdeckt? 1957.
+- Was sind "Oxidoreduktasen"? Das sind Enzyme, die Redoxreaktionen katalysieren.
+- Coenzyme erhöhen was? Die "Vielfalt der Redoxreaktionen".
+- Die "Squalen-Monooxygenase" ist eine Oxidase die wichtig bei der Cholesterin-Biosynthese ist. Welches Cosubstrat benötigt sie? NADPH.
+- Was macht die "Cytochrom-Oxidase"? Konvertiert H2 zu Wasser.
+- Was produziert die Hydrogenase? H2.
+- What coenzyme is used by "glyceraldehyde-3-P-dehydrogenase"? NAD-.
+- Wie arbeitet "Trypsin"? Spaltet auf der Carboxylseite von Lysin (K) & Argininresten (R).
+- Was kann das Enzym "Nitrilase"? A: Inaktiviert Bromxynil (welcher seinerseits die Photosynthese hemmen kann.)
+- Nenne ein Enzym das Pyruvat als Input akzeptiert. A: Pyruvat-Decarboxylase.
+- A. W. für "Ligasen"? Synthetasen.
+- Unterschied Phosphatase zu Nuclease? Phosphatase hydrolysiert nur einen "terminal ester bond", Nuclease hydrolysiert "internal ester bond".
+- Welche Polymerase tauscht RNA-Primer durch DNA aus? Die DNA Polymerase I.
+- Die Dinitrogenase hat n Untereinheiten? 4 (Tetramer).
+- Die "DNA-Polymerase" nutzt ein funktionelles Nucleophil, das wichtig ist für die Polymerisationsreaktion. Welches? Am 3-Prime Ende hat DNA eine freie OH-Gruppe. Diese greift die Alpha-Phosphatgruppe des hinzukommenden Basenpaar an. Obwohl die Bildung einer neuen Phosphodiesterbindung reversibel ist, macht die nachfolgende Hydrolyse des PPi die gesamte Reaktion irreversibel.
+- Gib 1 Beispiel für eine "enzymatische Phosphorylgruppenübertragung". A: Das Glykolyseenzym "Hexokinase".
+- Welche Reaktion führen die "Transferasen" durch? Sie übertragen "funktionelle Gruppen".
+- Trypsin gehört zu welcher der 6 Enzymklassen? Hydrolase (Klasse 3 also) URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Trypsin .
+- Mutasen gehören zu welcher Enzymuntergruppe und machen was? Gehören zu den "Isomerasen". Sie verändern ein Molekül indem sie intramolekular funktionelle Gruppen verschieben.
+- Welches Enzym wandelt "Glucose-1-phosphat" in "Glucose-6-phosphat" um? Die "Glucosephosphat-Mutase".
+- Nenne 3 Enzyme die TPP benötigen. A: (1) Transketolase (2) Pyruvat-Decarboxylase (3) Alpha-Ketoglutarat-Dehydrogenase
+- Nenne ein Enzym das die Umwandlung von 2-Oxoglutarat zu Citronensäure katalysiert. A: Die "Oxoglutarat-Dehydrogenase".
+- Welches Enzym konvertiert "2-Oxoglutarat" im Citronensäurezyklus? Oxoglutarat-Dehydrogenase.
+- Gib ein Beispiel für eine "NAD+ abhängige Oxidoreduktase". A: GAP-DH.
+- Welches Enzym hydrolysiert cAMP zu 5-Strich-AMP? cyclic AMP phosphodiesterase.
+- In der Glykolyse wird "2-Phosphoglycerat" zu PEP konvertiert. Welches Enzym macht dies? Die Enolase.
+- Was machen "Proteasen"? Sie spalten Peptidbindungen.
+- Wann wurde der Begriff "Enzyme" eingeführt? 1878.
+- Welche allgemeine Reaktion werden von den "Lyasen" durchgeführt? Eine Eliminierung von Gruppen unter Ausbildung von Doppelbindungen.
+- Die "Lactat-Dehydrogenase" erzeugt ausgehend von Pyruvat, Lactat. Dabei verbraucht sie was? NADH.
+- Nenne ein Enzym mit einem [4Fe-4S]-Eisen-Schwefel-Cluster. A: Aconitase.
+- Die Phosphoglycerat-Kinase erzeugt 3PG (3-Phosphoglycerat) sowie welche weitere Substanz? ATP.
+- What are "Metalloproteases"? These are Proteases that contain a metal ion at their active site, which acts as a catalyst.
+- Welches Enzym interkonvertiert Dihydroxyacetone phosphate und D-glyceraldehyde 3-phosphate? A: Die Triosephosphat-Isomerase. URL: en.wikipedia.org/wiki/Triosephosphate_isomerase
+- The activity of "Glutamine Synthetase" requires what? ATP.
+- Wir haben 6 Enzymklassen. Nenne diese in korrekter Reihenfolge, und erkläre kurz die Art der Tätigkeit. A: (1) Oxidoreduktasen: Oxidations-Reduktions-Reaktionen (2) Transferasen: Übertragen funktionelle Gruppen (3) Hydrolasen: Hydrolasereaktionen (4) Lyasen: Eliminierung von Gruppen, unter Ausbildung von Doppelbindungen (5) Isomerasen: Isomerisierungen (6) Ligasen: mit ATP-Hydrolyse gekoppelte Knüpfungen von Bindungen
+- Adenylylcyclasen gehören zu welcher Enzymklasse? Zur Klasse der "Lyasen".
+- Prosthetische Gruppe bei der "Glucose-Oxidase"? FAD.
+- Was produziert das Enzym "Pyruvat-Dehydrogenase"? A: Acetyl-CoA.
+- Enzymtyp DNA-Polymerase? Ist eine Transferase.
+- Output der "Citrat-Lyase"? Oxalacetat + Acetat.
+- In der Glykolyse gibt es das Enzym "Phosphofructokinase". Es bildet Fructose 1.6-Bisphosphat aus Fructose 6-Phosphat. Was benötigt es hierzu? ATP.
+- Biotin ist das Coenzym sämtlicher ...reaktionen? Carboxylierungsreaktionen.
+- Das Enzym "Pyruvate Carboxylase" gehört zu welcher Enzymklasse? Ligase.
+- Wie sollten wir das Enzym "Aspartokinase" eigentlich nennen? Aspartatkinase.
+- Für die Nitrogenase-Reduktion brauche ich ein starkes Oxidationsmittel? Nein, ein starkes Reduktionsmittel.
+- Was macht das bakterielle Enzym "Alaninracemase"? Wandelt Alanin um, und zwar konvertiert es L-Alanin in D-Alanin.
+- Gib ein Beispiel für eine "Glycosylase" die mit dem Buchstaben "M" beginnt. A: MBD4.
+- Wieviele Enzyme sind bis heute beschrieben? 3000.
+- Name an Enzyme without -ase as part of its name! A: Trypsin.
+- Was macht das Enzym "Katalase" genau, inklusive ihrer Endprodukte? Spaltet Wasserstoffperoxid (H2O2), in Sauerstoff und Wasser.
+- Niacin fehlt. Welche Enzymklasse funktioniert nicht mehr? Und welche Krankheit mag daraus resultieren? Die Enzymklase der "Dehydrogenasen", einer Unterklasse der Oxidoreductasen. Pellagra ist die Krankheit. URL: http://de.wikipedia.org/wiki/Pellagra
+- Enzymklasse DNA-Polymerasen? Transferase.
+- Desaturasen gehören zu welcher Enzymklasse? Zu den Oxidoreduktasen (1).
+- In 1868, Friedrich Miescher used which enzyme on cells? Pepsin.
+- Das Enzym "Phosphoglycerat-Mutase" hat in seinem katalytischen Zentrum eine Modifikation an His 8. Welche? Eine gebundene Phosphorylgruppe.
+- Welches Enzym produziert Inosin? Adenosin-Desaminase. (Aus Adenin.)
+- Die meisten Oxidoreduktasen gehören zu den? Dehydrogenasen.
+- Inwiefern unterscheiden sich Hydrolasen von Lyasen? Hydrolasen führen eine hydrolytische Spaltung durch, Lyasen führen eine nicht-hydrolytische Spaltung durch.
+- Welches Enzym würde gegen Skorbut helfen? Gulonolacton-Oxidase.
+- Die Hexokinase ist das erste Enzym der Glykolyse. Welches Enzym kommt danach? Die "Phosphoglucoisomerase".
+- In der Enzymkinetik, andere Bezeichnung für "maximale Reaktionsgeschwindigkeit"? V max.
+- Die "Transketolase" ist ein Schlüsselenzym wo genau? Im Pentosephosphatzyklus.
+- Name the two types of "enzyme inhibition". A: (1) Suicide substrates (2) Transition state analogues
+- Enzymes can be incativated by "suicide substrates". How do these work? They build a covalent linkage with the catalytic centre. The enzyme thus "kills itself", by accepting these substrates.
+- Nenne ein "Biotinabhängiges-Enzym". A: Die ACC, die "Acetyl-CoA-Carboxylase".
+- Die Separase ist was für ein Enzym? Die Separase ist eine "Cystein-Protease".
+- Nenne ein Enzym das 6-Mercaptopurin inaktivieren kann. A: Die "Thiopurine methyltransferase". URL: http://emedicine.medscape.com/article/1829596-overview
+- Welches Enzym in der Biochemie steht für "ACC", und wo kommen dessen zwei Isoformen vor? ACC steht für "Acetyl-CoA-Carboxylase", die in der Fettsäurebiosynthese eine Rolle spielt. Die eine Isoform kommt im Fettgewebe vor, die andere in Herzmuskelzellen.
+- Die Isocitratlyase akzeptiert Isocitrat und erstellt welche 2 Produkte? (1) Glyoxylat (2) Succinat
+- Was für ein Enzymtyp kann 3-Phosphoglycerate in 2-Phosphoglycerate konvertieren? Eine Mutase.
+- Nenne das "cheese enzyme" (auf deutsch). A: Rennin.
+- Optimaler pH Wert der meisten Enzyme? 7.2
+- Hexokinasen haben eine hohe Affinität zu ...? Glucose.
+- Nenne die 3 Enzyme des Glykogen-Abbaus. A: (1) Phosphorylase (2) Transferase (3) Alpha-1,6-Glucosidase
+- Englisch für "Schrittmacher-Enzym". A: Pacemaker enzyme.
+- Welche Enzyme führen "Proteolyse" durch? Peptidasen.
+- Was genau macht die "Adenylat-Zyklase" im biochemischen Detail? A: Sie: (1) spaltet zwei Phosphate von ATP ab, und (2) verbindet den Rest zu einem cAMP Molekül (an C3 Strich und C5 Strich).

data/lib/studium/exam_topics/epigenetik

@@ -0,0 +1,177 @@
+# =========================================================================== #
+# === Epigenetik
+#
+# Epi tag. Epigenetics Tag. Epitag. Epigenetik tag. Epi tag.
+# Epigen tag. Epigenome tag.
+# =========================================================================== #
+
+- Which <one>epigenetic modification of the histones</one> does not affect their charge? <one>Methylation</one>. []
+- What does the <one>XIC locus</one> produce? It expresses XIST, which spreads over the entire Xi-chromosome.
+- What does the special <one>Histone Variant H3.3</one> do? This variant replaces H3 and differs at position 31 and a few residues on helix 2 that enable deposition outside of replication. Variant H3.3 is deposited at particular loci, including active rDNA arrays. While the major H3 is incorporated strictly during DNA replication, amino acid changes toward H3.3 allow replication-independent ("RI") deposition. In contrast to replication-coupled ("RC") deposition, RI deposition does not require the N-terminal tail! H3.3 is the exclusive substrate for RI deposition, and its counterpart is the only substrate retained in yeast. RI substitution of H3.3 provides a mechanism for the immediate activation of genes that are silenced by histone modification.
+- Das Phänomen "Position-effect variegation" (PEV) wurde bei Drosophila erstmals von "Hermann Muller" beschrieben. In welchem Jahr? <one>1938</one>.
+- Give an example for an <one>epigenetic mosaic</one>. A: <one>PEV</one>.
+- How does <one>DNA methylation</one> suppress gene expression? The methyl group of 5-methylcytosine sits within the major groove of the DNA.
+- How is a <one>paramutation</one> defined? An interaction between two alleles that leads to a heritable change in expression of one of the alleles.
+- The <one>affinity enrichment of methylated region</one> makes use of ...? It employs antibodies that are specific for methylcytosines.
+- How many (in %) of the human genes have <one>CpG Islands</one>? About <one>60%</one> of all human genes have CpG-Islands.
+- In Epigenetics: w. h. "HMTase"? <one>Histone methyltransferase</one>.
+- Give an example of a true, <one>genetic mosaic</one>. A: The <one>coat colour of some cats</one>.
+- Unterscheide zwischen <one>epigenetic change</one> und "somatic epitype". A: Der epigenetic change ist vererbbar (heritable), somatic epitype ist nicht vererbbar. Im englischen heisst dies schön: "somatic epitype is when the change in information status is not heritable"
+- <one>PEV</one> can happen in mammals as well? Yes - for example in the <one>Agouti mouse</one>.
+- Wo genau findet man die <one>Mig1-Site</one>? Zwischen <one>UAS</one> und GAL1.
+- Wie wirkt sich eine <one>Histon-Acetylierung</one> an Lysinen, wie zum Beispiel <two>H3K9Ac</two>, aus? Die Hauptwirkung der Acetylgruppe ist <one>die Neutralisierung der positiven Ladung des Lysins</one>.
+- In <one>mammals</one>: where does X chromosome inactivation start? It starts at the <one>XIC</one> (<two>X-Inactivation Center</two>).
+- Warum können wir die Substanz <one>5-Azacytidine</one> bei manchen epigenetischen Experimenten einsetzen? Da es 1 Stickstoffatom hat, das nicht methyliert werden kann.
+- When a <one>lysine</one> in a histone is acetylated, how will the "terminal NH3 group" look like? <one>-NH-C=O-CH₃</one>.
+- In der <one>Epigenetik</one>: was heisst <two>SUV39H1</two>, vor allem das <three>SUV</three>? <one>Suppressor of position effect variegation</one>.
+- Nenne zwei Methoden, wie wir <one>DNA-Methylierung</one> kartieren können. A: (1) Immunpräzipitation (2) <one>Bisulfitsequenziermethode<one>
+- Molekulare Ursache des <one>Rett-Syndroms</one>? Eine <one>Mutation</one> im <two>MeCP2 Gen</two> auf dem X-Chromosom.
+- Is <one>Heterochromatin</one> a defensive measure? Yes, it can be, when it <one>silences foreign transposons</one>.
+- Who first coined the specific term "epigenetics"? "Conrad Waddington". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Conrad_Hal_Waddington
+- In der Epigenetik, was heisst "KMT" und "KDM"? (1) "KMT" heisst "lysine methyltransferase". (2) "KDM" heisst "lysine demethylases".
+- Is "histone phosphorylation" linked to the "condensation of chromatin"? Yes. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Histone#Serine/threonine/tyrosine_phosphorylation
+- Zellulär betrachtet, wo finden wir die "XIST-RNA"? Nur "im Nucleus".
+- In der Epigenetik, was kann das "Mig1-Protein"? Es kann die Aktivierung der Gal-Gene verhindern.
+- When does the Barr body decondense? During the "S phase".
+- Beim Histon-Code, welche Aminosäuren werden acetyliert? Nur "Lysin-Reste".
+- Name a technique that can be used to do a genome-wide analysis of methylation. A: "Microarray-based methods".
+- Can the same lysine in a "Histone N-terminus", be both acetylated and methylated at the same time? No - these (epigenetic) modifications are typically "mutually exclusive".
+- Name a protein that can bind to the "H3K4me3 mark". A: The "NURF protein". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/H3K4me3
+- Which molecule creates the "H3K27me3" epigenetic mark? "PRC2". URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/18931660
+- Wie können wir den Methylierungsstatus eines Gens analysieren? Durch "Restriktionsverdau mit Enzymen", die methylierte DNA schneiden können (oder eben nicht).
+- Bromodomain and Chromodomain recognize what, respectively? (1) Bromodomain  recognize acetylated lysine. (2) Chromodomain recognize methylated lysines.
+- Was erhalten wir wenn wir 5-Methylcytosin deaminieren? Wir erhalten "Thymin".
+- Unmethylated CpGs are usually associated with ...? With the promoters of "active housekeeping genes".
+- Can you give an example for "epigenetics in Candida albicans"? An epigenetic switch underlies the transition between white and opaque cells - two states that are heritable for many generations.
+- In mammals in general, what percentage of the CG dinucleotides are methylated? 70-80% - save for CpG islands near gene promoters.
+- Name one factor that may inhibit the spreading process of PEV-Heterochromatin. A: An "active promoter" may inhibit spreading.
+- Which enzyme would you use for "cutting linker DNA"? Micrococcal Nuclease.
+- Welche Zellen produzieren besonders viel MECP2? Die "Nervenzellen".
+- Wie lange ist das "X-inactivation center" (von-bis)? 100.000 - 500.000 bp
+- Gib ein Beispiel für "transgenerationale Epigenetik". A: Wenn Mäuse bestimmten Gerüchen ausgesetzt werden, reagieren ihre Nachkommen auf die gleichen Gerüche, obwohl sie sie zuvor nicht kannten.
+- A "tudor domain" can read which particular epigenetic modification? It can read "arginine methylation".
+- Does "DNA Methylation" occur in Bacteria? Yes.
+- Wer hat den Begriff "Epigenetik" ursprünglich geprägt? Conrad Hal Waddington, im Jahr 1942.
+- Some genes on the inactivated X-chromosome escape repression and are actively transcribed from both X chromosomes. Name 1 characteristic of most of these genes! A: They possess functional Homologs on the Y chromosome and therefore dosage compensation is achieved, by keeping both genes active.
+- In DNA methylation of humans, what 2 classes of DNA methylase can we distinguish? (1) "de-novo methylases" (2) "maintenance-methylases"
+- MeCP2 can recruit with Histone deacetylase? It can recruit the "Sin3A histone deacetylase".
+- In mammals, which three conserved enzymes are important for methylation of Cytosine at position 5? (1) DNA methyltransferase 1 aka "DNMT1" (2) DNMT3A (3) DNMT3B
+- In general, which enzymes recognize CpG islands? Methyltransferase enzymes.
+- What is the "Epigenome"? This is the complete set of chromatin modifications possessed by an individual organism.
+- In sperm chromatin, what replaces the histones? Polyamines such as "spermidine".
+- MeCP2 can recruit which complex? It can recruit the "Sin3A histone deacetylase complex".
+- Nenne 5 Veränderungen an Histon-Proteinen mit Hilfe eines Mnemonic. A: "AMPUS", so wie in Campus. (1) Acetylierung (2) Methylierung (3) Phosphorylierung (4) Ubiquitinierung (5) Sumoylierung
+- Gender of C. elegans XO and XX? XO are males, XX are hermaphrodites.
+- Compare the two restriction enzymes "HpaII" and "MspI". A: Both recognize the sequence "CCGG". HpaII cuts only when the DNA is unmethylated, whereas MspI is the stronger cutter - it cuts always. In other words, methylation partially protects against HpaII digestions.
+- How can we "reverse methylation"? We make use of "azacitidine".
+- Name an "epigenetic drug". A: Azacitidine. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Azacitidine
+- Name an "epigenetic disease". A: The Angelman Syndrome.
+- Which gene is critical for "human X chromosome inactivation"? The Xist gene.
+- Was können wir über Gene sagen, die über Imprinting reguliert werden? Sie sind oft in Cluster angeordnet.
+- Gib ein Beispiel für ein Histon, an das Ubiquitin angeheftet werden kann. A: Histon H2A.
+- In general, the activity of HATs correlates with? It correlates with "increased gene expression".
+- The Polycomb-group proteins can silence which genes? They can silence "Hox genes".
+- In Epigenetics, we may employ "Zebularine". Why? Zebularine is a nucleoside analog of Cytidine. It can inhibit DNA methylation. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Zebularine
+- In order to preserve "methylation signature", we may make use of bisulfite. But after bisulfite treatment, we have to employ which other technique? We have to use a PCR.
+- What is an "epidrug"? This is a drug that can effect "epigenomic modifications".
+- What is the effect of applying Sodium Bisulfite to DNA? Sodium Bisulfite converts unmethylated cytosine to uracil. URL: http://en.wikipedia.org/wiki/Sodium_bisulfite
+- Im menschlichen Genom sind wieviel % der Cytosine methyliert? 3-4%
+- DNA-methylation in plants also occurs at which sequence? C-p-N-p-G
+- Länge der Xist-RNA? 17.000 bases.
+- How would we, in general, call all changes possible through epigenetics? "Alterations".
+- What is the "methylome"? This is the set of nucleic acid methylation modifications in an organisms genome. 
+- Name 3 different ways how to study DNA methylation. A: (1) Bisulfite sequencing (2) Methylated DNA Immunoprecipitation (MeDIP) with antibodies against methylcytosine (3) Endonucleases distinguishing between methylated and unmethylated nucleotides
+- Explain from a molecular genetics view why "royal gelly" is so powerful. A: It silences the expression of the Dnmt3 gene.
+- A. W. für "Epigenetic variation"? Epimutations.
+- In a developing fetus, damage can occur against epigenetic mechanisms, thus unrelated to DNA changes. Name 3 common causes for "direct effects" here. A: (1) tobacco smoke (2) bisphenol A (3) alcohol
+- Which Igf2-copy is inactive in the fetus? The maternal copy.
+- Aufgabe der Polycomb-Proteine? Sie schalten Gene dauerhaft ab.
+- The "Maintenance DNA Methyltransferase Dnmt1" prefers what as substrate? It prefers "hemimethylated DNA".
+- Name one common "epigenetic signal". A: CG.
+- Was ist die "fünfte Base der DNA"? Methylcytosin.
+- In the Histone Code, which Aminoacid is subject to most modifications? Lysine.
+- Which enzymes add methyl groups (CH3) onto cytosines? The DNA methyltransferases.
+- Paramutation in corn is brought about by ...? siRNAs
+- What is the best understood mechanism of "epigenetic change"? Methylation of DNA.
+- "Affinity purification" methylierter DNA können wir mit welchen zwei Systemen durchführen? Sowohl mit anti-5-meC Antibody, als auch mit dem MBD-Protein.
+- Give an example for a RNA that is "poly-adenylated" yet remains in the nucleus. A: The XIST-RNA.
+- How does the Xist-gene work in female mice? One X chromosome becomes coated with Xist RNA - the one that allows transcription from the XIC locus of that mRNA - and the other does not.
+- How is a "replicon" defined? This is any molecule of DNA that possesses its own origin of replication.
+- How can a cell disable potentially dangerous transposable elements? It can simply try to methylate them.
+- Wenn ich "sodium bisulfite" auf ssDNA loslasse, was passiert? Die Cytosine werden Uracil, aber nur wenn sie nicht methyliert vorliegen.
+- H3K3me3 is an active chromatin mark, that is associated with ... ? It is associated with "transcriptional activation".
+- 5-Azocytidine wird an Stelle von ... in DNA eingebaut? An Stelle von Cytosine.
+- Was ist das "Rett Syndrom"? Eine Form schweren Autismus.
+- Name 3 ways how we can study cytosine methylation in e. g. the human genome. A: (1) methylation-sensitive restriction enzyme mapping (2) deamination of unmethylated cytosines with sodium bisulphite (3) enrichment with targeting antibodies
+- In the human genome, we can find so called CpG islands, which are CG-dense regions. They are prevalent at transcription start sites of ... which two general class of genes? (1) housekeeping genes (2) developmental regulator genes
+- How many CpGs can we find in the human genome? About 28 million.
+- How many human genes, in percent, have CpG-Islands? About 60%. 
+- Name a protein that can recruit Dnmt1. A: The SRA Protein Np95 (Uhrf1).
+- Name 3 general erasers in Epigenetics. A: (1) Phosphatases (2) Deacetylases (3) Demethylases
+- Durchmesser eines Nucleosomes? 30nm.
+- What are "Readers" in Epigenetics? Readers are detector proteins that specifically recognize and bind to modified histone tails.
+- Nenne das erste Protein in dem eine Chromodomäne gefunden wurde. A: Drosophila melanogaster Polycomb (Pc).
+- Name 6 "classic epigenetic phenomens". A: (1) PEV "position effect variegation" in Drosophila (2) Dosage compensation such as in X-inactivation in mammals (3) Mating type switching in yeast (4) Heterochromatin formation (5) Imprinting (6) Polycomb and Trithorax Group proteins (differentiation, cell identity)
+- Wann wurde "Position effect variegation" in Drosophila erstmals beschrieben? 1941.
+- What does "DNase I" do? It cleaves DNA moleulces and degrades them into their constituent nucleotides.
+- Name 2 categories of DNA methyltransferases. A: (1) Maintenance Methyltransferases (2) de-novo methyltransferases
+- What is "Bisulfite sequencing"? The use of bisulfite treatment of DNA to determine its "pattern of methylation".
+- W. h. "Dnmt" in der Epigenetik? DNA-Methyltransferase.
+- Bei den Histone, wo finden wir die "histone fold"? Eher C-Terminal.
+- What was the first discovered epigenetic mark? DNA methylation.
+- What means "chromatin remodeling"? The changing of nuleosome positions.
+- Name the six steps used in RRBS ("Reduced representation bisulfite sequencing"). A: (1) Enzyme Digestion (2) Library Preparation (3) Size Selection (4) Bisulfite Conversion (5) PCR Amplification (6) Sequencing
+- When was the "Maintenance DNA Methyltransferase Dnmt1" purified? 1983.
+- Who coined the term "Epigenesis"? Aristotle.
+- Nenne eine Erweiterung der "sodium bisulfite" Methodik. A: RRBS: Reduced representation bisulfite sequencing. Sie erlaubt es uns "genome-wide methylation profiles" zu erstellen.
+- Welche 3 Teilschritte kann man bei der Konversion von C nach U mittels sodium bisulfite unterscheiden? (1) Sulfonation (2) Hydrolytic deamination (3) alkali-desulphonation
+- Woran bindet das Protein HP1? Es bindet an methyliertes Histone H3.
+- Name one CG-binding protein that organises genome structure at CG islands. A: Cfp1
+- Give one example for a E(var) mutation. A: SWI/SNF complex.
+- In der Epigenetik, was heisst "CIMP"? "CpG island methylator phenotype".
+- Im menschlichen Genom findet man zahlenmässig, anhand der Basenpaare, häufiger SINES oder LINES? LINES (21%) - sie sind länger.
+- Can licking be considered "epigenetic"? Yes, by rats. Increased licking by rat mothers altered the offspring epigenome at a glucocorticoid receptor (GR) gene promoter in the hippocampus. These offspring showed differences in DNA methylation.
+- What are Su(var) genes? Genes that, when mutated, reduce the spread of heterochromatin. The wild-type products of these genes are required for spreading.
+- Was ist der "Position Effekt"? Gene, welche in der Nähe des Heterochromatins liegen, können durch Ausbreitung des Heterochromatins abgeschaltet werden.
+- W. h. "XIST"? XIC inactivation X-chromosome Xi specific transcript.
+- Nenne 2 Modelle zur Funktionsweise genetischer Imprints. A: (1) Insulator Model (2) ncRNA Model
+- In Mammals, how many genes are produced either by paternal or maternal gene (in %)? 1%.
+- What are the XIST molecules doing? About 300 of them cover the X chromosome.
+- Name a very important, genetically important, feature about chromatin structure. A: It can be inherited.
+- In the Histone code, where do methyl groups, acetyl groups and phosphate groups end up? (1) Methyl groups are added to either lysine or arginine (2) acetyl groups to lysine residues (3) phosphate groups to serine residues
+- What does RepA do? It introduces chromatin modifications into the XIST promoter that lead to transcriptional activation.
+- Where can we find H3K9me2 und H3K9me3? In promoter regions.
+- Enhancer-blocking insulators must be placed between ...? An enhancer and a promoter.
+- Does CpG-methylation in Eukarya interfere with base pairing? No, the methyle-group lies outside in the major groove of the DNA double helix.
+- What exactly is "position-effect variegation"? The phenomen in which heterochromatin can spread into euchromatin and silence genes.
+- The ChIP technique allows us what effectively? It allows us to separate heterochromatin and euchromatin.
+- Give an example for a Su(var) protein. A: HP-1.
+- What does "maternal imprinting" mean? The copy of a gene derived from the mother is inactivated.
+- Why do we require "barrier insulators" in Epigenetics? Barrier insulators prevent the spreading of heterochromatin, by creating a local environment unfavourable to heterochromatin formation.
+- Define "genomic imprinting". A: In genomic imprinting, certain autosomal genes have unusual inheritance patterns.
+- Was "vererbt" die Epigenetik? DNA-Methylierungsmuster.
+- Name a "chromatin remodeling complex". A: Swi/Snf.
+- Welchen Effekt hat das Protein HP-1? When it binds to epigenetic marks, like H3K9me, it can form heterochromatin.
+- Wann werden Histone synthetisiert? In der S-Phase.
+- Enzymtyp Mcm (bei DNA-Replikation wichtig)? Helikase.
+- Which proteins "read" acetylated histones (reading means = recognize and bind to)? Proteins with bromo-domains.
+- In Epigenetics, we have the SET domain which is 130 amino acids long. Why the name SET? Su(var)3-9, E(z) (enhancer of zeste) and trithorax.
+- What is "reverse modeling"? Active chromatin becomes inactive chromatin.
+- Acetylation of Lyseine Histone H4 is often preceded by ...? Phosphorylation of Serine-10 in that molecule.
+- Wie können wir experimentell XX-Mäusemänner erstellen? Wir übertragen das Sry-Gen in die Maus.
+- What is the effect when K4 becomes methylated in a Histone? It HDAC recruitment.
+- In a typical genome, where could we expect to find cytosine methylation in general? In genes that are NOT transcribed.
+- Affinity enrichment of methylated DNA was first demonstrated with ..? With the methyl-binding protein 2 (MeCP2).
+- What is the MeDIP technique? MeDIP is short for "Methylated DNA immunoprecipitation". This technique involves the immunoprecipitation of the methylated fraction of a genomic DNA sample with a monoclonal antibody against methylcytosine, followed either by hybridization of the immunprecipitated raction against the input fraction on a microarray or next-generation sequencing (MeDIP-seq).
+- Warum verwenden wir Sodium Bisulfite in der Epigenetik und wie gehen wir vor? Wir können damit methylierte Cytosine detektieren. Sodium Bisulfite konvertiert unmethylierte Cytosine zu Uracil, und danach via PCR zu Thymidine. Methylierte Cytosine hingegen sind gegenüber Bisulfite resistent und verändert sich nicht.
+- Name 3 mechanisms of dosage compensation for X-linked genes. A: (1) Inactivation (2) hyperactivation (3) hypoactivation
+- In Epigenetics, what are "readers"? These are detector proteins that specifically recognize and bind modified histone tails.
+- In Epigenetics, for histone modifications, name three "erasers". A: (1) Phosphatases (2) Deacetylases (3) Demethylases
+- Wie können wir Acetylierung an Histonen nachweisen? Mittels CHiP und Antikörpern gegen acetylierte Histone.
+- How many different histone modifications are known? 150.
+- In Epigenetics, which protein recruits Dnmt1? The SRA Protein Np95 (Uhrf1).
+- Name 5 different Histone Modifications. A: A,M,P,U,S (1) Acetylation (2) Methylation (3) Phosphorylation (4) Ubiquitination (5) Sumoylation
+- In Epigenetic, the protein Mig1 recruits what ...? Tup1.
+- In der Epigenetik, welche Aminosäuren können durch Methylgruppen modifiziert werden? (1) Lysin (2) Arginin
+- Wenn ich genomische DNA mit "sodium bisulphite" behandle, was passiert mit dieser DNA? Unmethylierte Cytosine werden in Uracil konvertiert, methylierte Cytosine sind hingegen geschützt.
+- Welches Molekül war das erste entdeckte "histone modifying enzyme"? Gcn5 Histone Acetyltransferase.