studium 0.10.1

data/lib/studium/exam_topics/fortgeschrittene_gentechnik

@@ -0,0 +1,189 @@
+# =========================================================================== #
+# === Gentechnik2 tag
+#
+# Gentech2 tag. Gen2 tag. Gtech2 tag. Genetech2 tag.
+#
+# Auch Zellbiologie tierischer Systeme und Methoden in der Zellbiologie -
+# letzteres zumindest zum Teil.
+# Methods tag. Methoden Tag. Methoden in der Zellbiologie. Sowie Flow
+# Cytometry tag. Method tag. Vektoren sollten in der Datei "vektoren"
+# gesammelt werden. Auch Golden Gate Cloning.
+#
+# Fragen über Zellkulturen werden in der Datei cell_cultures gesammelt.
+# =========================================================================== #
+
+- In <one>quantitative Realtime-PCR</one>: what is actually measured? The fluorescence of the dye intercalating into the ds DNA, which usually is SYBR green. Bound SYBR green is 1000x more fluorescent than the unbound one.
+- Name the <one>subunits</one> of the <two>E. coli gyrase</two>. A: (1) GyrA subunit (2) GyrA subunit (3) GyrB subunit (4) <one>GyrB subunit<one>
+- <one>pH</one> of the <two>electrophoresis buffer</two> is ... ? <one>8</one>.
+- Name two different techniques of <one>viral propagation</one> in the laboratory. A: (1) cell culture (2) <one>embryonated eggs</one>
+- In order for <one>FRET</one> to work the fluorophores have to be approximately how many nm apart? <one>5 nm or less</one>.
+- <one>Morpholino-Oligos</one> haben anstatt der Phosphorgruppe welche Gruppe? Ein <one>Phosphorodiamidate</one>.
+- How are <one>Meganucleases</one> defined? These are endodeoxyribonucleases characterized by <one>a large recognition site</one> of about 12-40 base pairs.
+- What do we mean with "Golden Gate cloning"? This is the efficient and seamless assembly of DNA fragments.
+- What enzymes are used in "Golden Gate assembly"? "Type II endonucleases".
+- Is "Golden Gate cloning" performed in-vivo or in-vitro? It is performed "in-vitro".
+- In "Golden Gate cloning", which ligase is commonly used? The "T4 DNA ligase".
+- Gib 2 Beispiele für "PCR-Inhibitoren". A: (1) "Heparin" (2) "Hämoglobin"
+- How can we purify mRNA? Via an "affinity chromatography".
+- Illumina sequencing technology works in which three basic steps? (1) "amplify" (2) "sequence" (3) "analyze"
+- Wir möchten ein rekombinantes Protein, das mehrere Untereinheiten besitzt, in Säugetierzellen exprimieren. Welches Problem mag hierbei existieren? Die Untereinheiten müssen erst in einer Säugetierzelle zusammengebaut werden; stellt man sie in separaten Kulturen her und vermischt sie später, so erhält man kein aktives Protein.
+- The "HACs" (human artificial chromosomes) can accept how much DNA? Up to "10 Mb".
+- Nenne zwei mögliche Nachteile von "E. coli" für die Verwendung in der Molekularbiologie/Biotechnologie/Gentechnik. A: (1) Es sind "keine Glykosylierungen möglich". (2) Wenn "Inclusion Bodies intrazellulär akkumulieren", ist die Aufreinigung mitunter kompliziert ("French Press")
+- Nenne eine Alternative zu SYBR Green in der Gentechnik. A: "TaqMan".
+- Why do we actually require "PFGE Electrophoresis"? We require "Pulsed Field Gel Electrophoresis" when we have "very large DNA fragments", such as 100 kb and large, which can not be separated in normal agarose gels.
+- Die "native Fällung", wo Proteine ihre natürlichen Struktur beibehalten, mit Hilfe von "Ammoniumsulfat", hat zumindest einen gravierenden Nachteil. Welchen? Es verbleibt eine "hohe Salzkonzentration" zurück, die wieder abgetrennt werden muss.
+- Wo finden wir eine "Affinitätsmatrix"? Bei der "Affinitätschromatographie".
+- In "chemical synthesis of DNA", "depurination" happens when a olignucleotide is exposed to .., in order to remove the '-DMT group? To "Acid".
+- Nenne eine Möglichkeit wie wir die Entstehung von "Inclusion Bodies" eines rekombinanten Proteins unterdrücken können. A: Mittels "Herstellung des rekombinanten Proteins als Fusionsprotein".
+- Wofür steht die Abkürzung "MS-HRM"? Methylation sensitive high resolution melt analysis.
+- Nenne ein gentechnisch-basiertes Argument, das gegen die Freisetzung von GVOs (gentechnisch veränderte Organismen) spricht. A: Es werden oft, im Zuge der Selektion auf Zellen mit einem modifizierten Gen, auch die Marker-Sequenz freigesetzt. Dies ist dann üblicherweise ein Antibiotika-Resistenz-Gen.
+- Warum wollen wir ein "konstantes Absorptions- und Migrationsverhalten" erreichen bei Immuno-Tests? Diese garantieren eine "Test-zu-Test Reproduzierbarkeit".
+- We can use the 3C ("Chromosome conformation capture") for ...? For the identification of distal gene regulatory elements within a threedimensional chromatin context.
+- FRET ("Förster resonance energy transfer") can be used to detect protein-protein interactions. We have two general components here. How do we call them? "Donor" and "Acceptor".
+- Was ist der größte Nachteil aller auf PCR basierender Klonierungen? Die hohe Fehlerrate der Polymerase bei der DNA-Synthese.
+- Wieso wird bei der Mikroinjektion in den männlichen statt in den weiblichen Vorkern injiziert? Da dieser größer ist.
+- Wie können wir den "Metallothionein-Promotor" aktivieren? Durch Zugabe von "Zink".
+- Extra amino acid sequences to expression vectors often come with what "site"? A "protease cleavage site".
+- Name a resistance gene commonly used in "YIp vectors". A: The "Ampicillin gene".
+- Der "Edman-Abbau" findet in was für einer Phase statt? In der "Gasphase".
+- Why do we use the "two hybrid system"? To "study protein-protein interactions".
+- Name the 3 main classes of S. cerevisiae expression vectors. A: (1) eppisomal (2) plasmid (3) vectors (such as YEPs)
+- The YEp vectors are based on ...  ? The high-copy number 2µm plasmid.
+- Name 3 techniques that are commonly used to transform yeast. A: (1) electroporation (2) lithium acetate treatment (3) cell wall removal (aka protoplasts)
+- Why are most "eukaryotic vectors" shuttle vectors? Because recombinant DNA procedures are technically difficult to carry out with eukaryotic cells.
+- Nenne zwei Beispiele, wie wir "nichtkovalente Verbindungen" in einem Protein zerstören können. A: (1) "Harnstoff" (2) "Guanidiniumchlorid" https://en.wikipedia.org/wiki/Guanidinium_chloride
+- Which "radioactive isotopes" are especially important in molecular biology? (1) 32P (2) 35S
+- The halflife of "thermostable DNA-Polymerases" is typically measured at which temperature? At 95°C.
+- Nenne eine sehr "deutsche", thermostabile DNA-Polymerase. A: Das "Stoffel Fragment".
+- Why was "plasmid pCP3" created? To obtain the highest possible level of "foreign protein production" in a recombinant E. coli strain. URl: http://www.cabri.org/CABRI/srs-bin/wgetz?-newId+-e+-page+qResult+[NCCB_PLASMID-id:%27NCCB%203060%27]
+- What is the "minimal requirement" for an "effective gene expression system"? The presence of a strong and regulatable promoter sequence upstream rom a cloned gene.
+- Bei der "DMT-Schutzgruppe"... wofür steht DMT? Dimethoxytrityl. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/DMT-Schutzgruppe
+- Wann wurde das "two-hybrid system" entwickelt? 1989. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Two-hybrid_screening#History
+- What do we mean with "R-M system"? A restriction-modification system.
+- Name the major innovative part that the "pUC vectors" have over the pBR322 vectos. A: They have a MCS site ("multiple cloning site").
+- What is, in general, the "ideal temperature for protein purification"? 4°C.
+- What is "Base Calling" in Illumina? Fluorescence Signals are converted into sequence data.
+- Erkennungstelle des Restriktionsenzyms "NcoI"? CCATGG; cuts between the two C.
+- Name 3 advantages of FACS. A: (1) Quantitative (2) Fast (3) Sorting
+- Nenne eine Substanz, die RNase denaturieren kann. A: Guanidinium-Thiocyanat.
+- What do we mean with the term "allozymes"? Allozymes are enzymes from different alleles of the same gene.
+- Wieso verwenden wir bei der cDNA-Synthese Oligo(dT)-CTCGAG-Primer? Um eine Schnittstelle für XhoI hinzuzufügen.
+- The DamID method targets which sequence usually? GATC.
+- What is the principle idea behind the "DamID" method? Binding of the protein of interest to DNA localizes the methyltransferase in the region of the binding site. Adenosine methylation does not occur naturally in eukaryotes and therefore adenine methylation in any region can be concluded to have been caused by the fusion protein.
+- Why is the "DamID" technique employed? So that we can map the binding sites of DNA- and chromatin-binding proteins in eukaryotes.
+- Was heisst "DamID"? DNA adenine methyltransferase identification.
+- Nenne die 5 Schritte beim "Western-Blotting". A: (1) Absättigen (2) Primären Antikörper zugeben (3) Waschen (4) Sekundären Antikörper zugeben (5) Farbreagenz hinzufügen
+- When was the yeast two-hybrid system developed? In 1989.
+- What means "full restriction"? To cut at every possibility.
+- Name a way how to detect "bent DNA". A: Via electrophoresis.
+- Was kommt vor der Giemsa-Färbung? Eine "Vorbehandlung mit Trypsin".
+- In CRISPR system, name one component that has a "NLS sequence". A: The "protein Cas9".
+- In gene technology, what means the abbreviation "DIGE"? Difference gel electrophoresis.
+- Wieso sollten wir bei der "cDNA-Klonierung" eine "gekühlte Zentrifuge" verwenden? Um Hydrolyse durch unspezifische Nucleasen zu vermeiden.
+- A. W. für "Lipofektion". A: Liposomenfusion.
+- Wie nennen wir eine "DNA-Übertragung in eukaryotische Tierzellen"? Transfektion. 
+- Wie schnell kann 1 Ultrazentrifuge sein (upm)? Etwa 130.000 Umdrehungen pro Minute.
+- A. W. für "Differenzieller Interferenzkontrast"? Nomarski-Kontrast.
+- Between Excitation and Emission, for a fluorescent molecule, lies what range? The "Stokes Shift".
+- What type is "Cas9"? It is a RNA-guided nuclease.
+- How can we delete the central parts of a protein coding sequence? We could use the "template-switching PCR".
+- In gene technology, what do we mean with "off-target cleavage"? This is when not the target site is used but another site, usually because of lack of specificity, or because the same sequence may occur multiple times in a genome.
+- TALENs are derived from ...? From the "Xanthomonas Effector AvrBs3".
+- What is "Fiber-FISH"? Fluorescence in situ hybridization on deproteinized, stretched DNA.
+- Name 1 fluorescent and 1 non-fluorescent stain. A: (1) fluorescent stain: Quinacrin (2) non-fluorescent stain: Giemsa
+- Who gave the "Giemsa-stain" its name? Gustav Giemsa.
+- When were cosmids first described? Cosmids were first described by Collins and Hohn in 1978.
+- Bei wieviel Volt passiert die Elektroporation, in Bakterien und Hefen jeweils? (1) Bakterien: 2500 Volt (2) Hefen: 1500 Volt
+- Half-life of 32P? 14 days
+- Was ist das Substrat der Glutathion-S-Transferase? Glutathion.
+- Histidine-Tags have a high affinity for ...? Nickel.
+- Give another word for "in silico". A: Without cells.
+- What is the defining characteristic for the "penicillin antibiotics"? They all contain a "Beta-lactam ring".
+- Einschränkung der NMR in der Molekularbiologie? Sie kann nicht für sehr grosse RNA Moleküle verwendet werden.
+- Name a difference between the araBAD promoter or the araC promoter. A: araC is constitutively on, the araBAD promoter is inducible with arabinose.
+- What is the "biological function of restriction endonucleases"? Degrade foreign DNA, e. g. viral DNA.
+- Give 1 example for a "sequence-specific fluorescent probe". A: The TaqMan probe.
+- The process of collecting data from samples using the flow cytometer is termed ... ? acquisition.
+- Name the 3 major elements of validation of a cell line. A: (1) authentication (2) provenance (3) contamination
+- Eines der heute gebräuchlichsten Systeme bei der Gelelektrophorse ist die Markierung mit ...? Digoxigenin. Es kann mit spezifischen Antikörpern sehr einfach nachgewiesen werden.
+- A. W. für "Electroporation"? Electropermeabilization.
+- Bei FRET, wie nennen wir Input und Output noch? Input: Excitation, Output: Emission
+- W. h "GOI" in der Gentechnik? gene of interest
+- Das Enzym "Apyrase" hat welche Aufgabe? Die Apyrase katalysiert die Hydrolyse von ATP zu AMP und PPi. URL: en.wikipedia.org/wiki/Apyrase
+- How can we remove supercoils from cccDNA? Treat the DNA mildly with DNase I.
+- Which company created MiSeq? Illumina.
+- What happens if we supply manganese rather than magnesium into a PCR mix? Mutations will be introduced.
+- Die ESTs (expressed sequence tags) stammen aus ...? mRNA.
+- How can we measure DNA denaturation? By measuring the absorbance of UV light passed through a solution of DNA.
+- Nenne 1 Nachteil der Fällung mit PEG. A: Die Methode ist ungeeignet für die Präzipitation kleiner DNA Mengen.
+- Name a technique we could use to find out where the nucleosomes are sitting. A: N-ChIP.
+- In the yeast-two-hybrid system, what is the purpose of the "Activation Domain"? It has to interact with RNA-Pol II; and thus, "active transcription".
+- What is the major advantage of "A-T cloning" through Taq polymerase? If we use a vector with T overhangs, then we can use these directly to clone a PCR product without digesting it with restriction enzymes.
+- Was ist "Aussalzen" in der Biochemie? Die Z ugabe hoher Salzkonetrnationen. Dies setzt die Löslichkeit der meisten Proteine herab.
+- Name 6 vectors for the "multiplication of DNA". A: (1) Plasmids (2) Phages (3) Cosmids (4) Phagemids (5) BAC (6) YAC
+- What is the difference between "ddNTPS" and "dNTPs"? ddNTPs have a H on the 3-prime carbon of the deoxyribose sugar, instead of the normal OH found at that position in a dNTPs.
+- A. W. für "DNA footprinting"? Dnase I protection analysis.
+- Luciferase needs ATP as fuel, and can then convert which substance into what other substance? It can then convert luciferin to oxyluciferin.
+- Das Enzym "ATP sulfurylase" akzeptiert welches Molekül als Input? PPi.
+- How can we determine whether there is a protein bound to a DNA? By using DNA Footprint experiments.
+- Why was the "shrimp alkaline phosphatase" such a success? Because it comes from cold-water shrimp and is thus readily destroyed by heat.
+- Welches Enzym negiert die Wirkung von "Polynucleotide Kinase"? Alkaline Phosphatase.
+- Polynucleotide kinase can transfer a phosphate from ATP to both DNA and RNA? Yes, it works on DNA and RNA.
+- Why the name "binary vector" of Agrobacterium? Because it contains the ORIs for A. tumefaciens und E.coli.
+- Difference between "transient transfection" and "stable transfection"? In "transient transfection" the plasmid remains outside of the genome and is slowly lost.
+- In gene tech, what does the name "RSL-method" stand for? reverse strand labeling method
+- If we wish to renature dsDNA, which temperature would be ideal? The optimal temperature is 20°C below the Tm.
+- In "Cot Curves", what does "cot" mean? concentration of time
+- Are "homing endonucleases" better than restriction enzymes? Somewhat. Single base changes in their recognition sequence does not abolish their cleavage, but instead reduces their efficiency to variable extents.
+- The gusA gene from E. coli codes for Beta-glucuronidase, also known as GUS. What does it cleave? It cleaves D-glucuronic acid conjugates.
+- Is the ccdB helpful for E. coli? No, it is a lethal gene that targets DNA gyrase. If E. coli has a mutation in its gyrase gene, such as DB3.1, then it can be used to propagate ccdB. The lethal gene is useful for ensuring that the plasmid containing it cannot be propagated in standard E. coli strains (for cloning purposes). The ccdB positive-selection marker acts by killing the background of cells with no cloned DNA, only cells containing a recombinant DNA giving rise to viable clones (insertional inactivation of ccdB).
+- The E. coli gyrase is a heterotetrameric enzyme. Which subunit contains the catalytic domain? The GyrA subunit contains the catalytic domain.
+- Does the Lambda "Replacement Vector" or the Lambda "Insertion Vector" have a larger coding capacity? The replacement vector does - it has about 10-20 kb.
+- In Topo Cloning, which brand name do we use if we wish to stick together blunt ends of DNA? Zero Blunt Topo.
+- What do we mean with a "terminal transferase activity"? This is to add a single nucleotide to the 3-prime end, usually Adenine.
+- Name an enzyme with a "terminal transferase activity". A: The TAQ polymerase.
+- The T4 DNA Ligase, aside from DNA, needs which two components in order to function properly? (1) Mg 2+ Ions (2) ATP as energy source
+- A restriction enzyme functions as a heterodimer. What may we assume about this enzyme? It recognizes asymmetrical sequences.
+- What do we mean with an "isoschizomer"? This is the case when different enzymes recognize the same target sequence. For example, DraI and AhaIII both recognize and cut at -TTT_cut_AAA-.
+- Why the name "restrict" in "restriction endonucleases"? Because they restrict incoming DNA of viruses.
+- Wann wurde pBR322 erstmals verwendet? 1977.
+- Nenne 2 gebräuchliche Farbstoffe, die wir an Antikörper koppeln. A: (1) Fluoreszein (2) Rhodamin
+- By 1940, how many enzymes had been obtained in pure form? 20.
+- Die ATCC hat wieviele "tumor-derived cell lines"? Mehr als 4000.
+- Maximalspannung bei der Elektroporation? Etwa 2500 Volt.
+- Nenne 2 Real-Time PCR Begriffe. A: (1) Threshold (2) Baseline
+- Wir können 32P-markierte 16S rRNA scheiden mit RNAse T1. Wo schneidet dieses Enzym? Am 3-prime von G.
+- In flow cytometry, what is the difference between "forward scatter" and "side scatter"? Forward scatter is light bounced off at small angles from the cell, side scatter is light bounced off in other directions.
+- Why do we use a "flow chamber" in flow cytometry? Cells flow through the flow chamber one at a time very quickly, about or 500 cells per second. They are then passed over to the light detector and the laser.
+- Bisbenzimide is a "fluorescent stain". It binds where to? It binds to A-T rich regions of DNA and can decrease its density.
+- Was ist eine "Multiplex-PCR"? Dies ist eine spezielle Variante der PCR, bei der simultan durch mehrere Primerpaare mehrere Zielsequenzen in einem PCR-Ansatz gleichzeitig amplifiziert werden können. 
+- Ist die Elektrophorese eine Chromatographie? Ja.
+- Where does "native protein electrophoresis" start? In the middle of the gel.
+- SAGE is "serial analysis of gene expression". In order to use this technique, what must be known beforehand? The 3-prime sequence.
+- Sequenz von SmaI? CCCGGG.
+- In a Southern Blot, do we use dsDNA or ssDNA? ssDNA.
+- Name a technique that allows us to measure nucleic acid and protein synthesis. A: An "incorporation assay".
+- What is the LASL technique in gene technology? "Construction of Linker Library."
+- Ist die "gezielte Mutagenese" bei Proteinen für die Forschung hilfreich? Ja, denn sie kann bei der Aufklärung von Proteinfunktionen helfen.
+- In der Gentechnik bei der PCR, vor allem bei der qPCR, wieso mögen wir die Uracil-N-Glykosylase (UNG) verwenden? Dieses Enzym kann verwendet werden um Kontaminationen zu vermeiden, die auf Verschleppung ("carry over") von PCR-Produkten beruhen. Mit anderen Worten, kontaminierte DNA wird abgebaut und in kleine Fragmente gespalten, DNA die uns interessiert jedoch nicht.
+- At which temperature should we reannel two DNA-strands? At a temperature 20-25°C below the Tm.
+- What is an "ORFTRAP"? A selection system for the cloning of open reading frames (ORFs). 
+- In what direction does chemical DNA synthesis occur? In 3-prime to 5-prime direction.
+- What does the word "DGGE" mean in Gene Technology? Denaturing Gradient Gel Electorphoresis.
+- When we wish to sort cells, we have at least two modes available - exclusion and recovery mode. Which one do we use if we wish to aim for high purity? The Exclusion-Mode.
+- In gene technology, what does "RAPD" mean? Randomly amplified polymorphic DNA.
+- For "Biotinylation", name two high affinity binding partners. A: (1) Avidin (2) Streptavidin
+- Wie heissen die beiden Fluorophore bei FRET? (1) Reporter (2) Quencher
+- The lambda vector can include n kb of foreign DNA? Up to 23 kb.
+- Give two examples for "chemical Transfection Methods". A: (1) DNA-Calcium precipitates (2) Liposome mediated transfection
+- We can use the Reportergene "EGFP". What does it mean? Enhanced Green Fluorescent Protein.
+- What exactly are "Transfections"? This is the incorporation of DNA into mammalian cells.
+- In DNA-cassettes, what does the "npt gene" encode? Neomycin phosphotransferase. 
+- Was heisst "STED"-Technik in der Gentechnik? "Stimulated emission depletion".
+- We need growth factors for many eukaryotic cell cultures. What do we use for that? Serum from fetal calf.
+- Name a disadvantage of Fetal Calf Serum. A: It is fairly expensive, approximately 100 Euro per Liter.
+- Why could a scientist say that gene knock-ins may be artificial? The transgene may be expressed at higher levels with strong promoters. 
+- Classical knock-out studies in mice seem great, but what disadvantage do they often have? They may often be embryonically lethal, if the gene is essential in embryonic development.
+- In xenograft systems, what feature must the target cells possess? They must belong to an immuno-compromized mice (a nude mouse or SCI mouse).
+- In der Gentechnik, was heisst iCLIP-Methode? individual-nucleotide resolution Cross-Linking and ImmunoPrecipitation
+- Nenne 1 Reagenz mit dem wir Disulfidbrücken spalten können. A: Beta-Mercaptoethanol.

data/lib/studium/exam_topics/fortgeschrittene_physik

@@ -0,0 +1,6 @@
+# =========================================================================== #
+# Physik2 tag.
+# =========================================================================== #
+
+- Was ist <one>Kinematik</one>? <one>Kinematik</one> ist <two>die Beschreibung der Bewegung von Körpern</two> in Raum und Zeit.
+- Was ist "Dynamik" in der Physik? Dynamik ist die Beschreibung des Zusammenhangs zwischen Bewegung und Kraft.

data/lib/studium/exam_topics/fungi

@@ -0,0 +1,78 @@
+# =========================================================================== #
+# === FUNGI
+#
+# FUNGI TAG. PILZ TAG. Pilze tag. Fungus tag.
+# Note that yeast is gathered in another file, called "yeast".
+#
+# Pilzkrankheiten von Kuchler werden in einer anderen Datei gesammelt;
+# mögen aber langfristig hier eingegliedert werden.
+# =========================================================================== #
+
+- Besitzen Pilze <one>Chitin</one> in ihrer Zellwand? Ja.
+- Nenne 4 Fakten zu den <one>Ascomycota</one>. A: Es sind Pilze, mit mehr als 64.000 Arten. Sie besitze einen Ascus, in dem die Ascosporen gebildet werden. Sie wachsen in Form von Hyphen.
+- Besitzen Pilze Vakuolen? Ja.
+- Was sind "endophytische Pilze"? Dies sind Pilze, die "in oberirdischen Pflanzenteilen leben ohne die Pflanze zu schädigen.
+- Was meinen wir mit einer "Fungistase"? Dies ist die "Hemmung der Vermehrung von Pilzen".
+- Wie heißen die 4 Pilzarten, die den Menschen am häufigsten infizieren? (1) "Cryptococcus" (2) "Candida" (3) "Aspergillus" (4) "Pneumocystis"
+- What do we mean with the "Minimum Inhibitory Concentration" (MIC), in regards to fungi? The "MIC" is the lowest drug concentration that still visibly inhibits fungal growth.
+- "Superficial mycoses" affect ... give three examples here. A: (1) affect the "skin" (2) affect the "hair" (3) affect the "nails"
+- A. W. für "Ergot"? Mutterkorn.
+- What is the most wanted and/or most used fungal biochemical reaction? This is the conversion of sugar into alcohol and CO2, aka "fermentation. The chemical formula is: "C6H12O6 <--> 2xC2H5OH + 2xCO2".
+- Was meinen wir mit "Mykorrhizapilzen"? Dies sind Pilze, die mit Waldbäumen in einer engen Lebensgemeinschaft leben.
+- N Pilze sind bis heute (~2019) klassifiziert worden? "70.000".
+- How do we call the "cross walls of hyphae" from fungi? Septae.
+- What is the "dominant fungal membrane sterol"? Ergosterol.
+- Name three components of fungal cell walls. A: (1) chitin (2) glucans (3) mannose-proteins
+- Do fungi have cell walls? Yes, they do.
+- Besitzen Pilze Chlorophyll? Nein.
+- Schlauchpilze n Arten? 20.000.
+- Speichersubstanz bei den Pilzen? Glykogen, wie bei den Tieren.
+- Wie heissen "Schimmelpilze"? Fusarien. URL: http://de.wikipedia.org/wiki/Fusarium
+- Wer entdeckte die "Cephalosporine"? Guiseppe Brotzu.
+- Was sind die poky-Mutanten in Neurospora crassa? Dies ist eine mitochondriale Deletion, die zu einer geringeren Anzahl an Ribosomen (auf Grund verminderter rRNA-Synthese) führt.
+- Was fehlt höheren Pilzen, zellulär betrachtet? Sie besitzen keinen Golgi-Apparat sondern nur "Golgi-Zisternen".
+- Deutsche Bezeichnung für die "Chytridiomycota"? Töpfchenpilze.
+- Nenne einen "räuberischen Pilz" der mit dem Buchstaben "A" beginnt. A: "Arthrobotrys anchonia"
+- Wie nennen wir "Pilzvergiftungen" lateinisch? Mycotoxicose.
+- Haben Pilze Chloroplasten? Nein.
+- Was sind "Trichothecenes"? Trichothecenes sind Mykotoxine, die von Trichoderma und Fusarium produziert werden.
+- Was sind "Mykotoxine"? Dies ist eine kollektive Bezeichnung für Toxine, die als sekundäre Stoffwechselprodukte von Schimmelpilzen produziert werden.
+- Nenne einen Vertreter der "Deuteromyceten". A: Penicillium candidum
+- Unterschied zwischen Teleomorphen und Anamorphen? Teleomorphe haben eine sexuelle Vermehrung mit typischen Fruchtkörpern; Anamorphe haben eine asexuelle Vermehrung mit typischen asexuellen Sporen.
+- Nenne einen Vertreter der "Fungi imperfecti". A: Penicillium.
+- Fungi cause n% of all plant diseases? About ~70%.
+- Was heisst "ignis sacer"? "heiliges Feuer".
+- Welcher Pilz setzte den GIs im Pazifikkrieg zu? Trichoderma.
+- Nenne 1 wichtigen Unterschied zwischen Hefe und Schimmelpilzen. A: Schimmelpilze sind mehrzellige Lebewesen.
+- Some fungi develop a so called "Bullers drop." How does it start? Sugar is released on top of the apiculus, and water condenses there.
+- Are there fungi with flagella? Yes, the "chytrids".
+- The most is the most precise description of Trichoderma life style is ...? Mycotrophy on fungi.
+- What happens to Trichoderma when the host plant dies? Trichoderma also dies.
+- How do we call the study of fungi? Mycology.
+- Warum heisst der "Fliegenpilz" so? Weil man damit Fliegen töten kann, indem man den Pilz zerkleinert und in Milch gibt. Die Fliegen trinken davon und sterben. Oder auch nicht - sie leben noch und fliegen nach 10 Minuten wieder, leicht betäubt, weg.
+- Are mice natural Candida hosts? No.
+- A. W. für "Cryptococcosis"? fungal meningitis.
+- What is "cryptococcis"? This is a potentially fatal fungal disease, a defining opportunistic infection for AIDS. A: URL: en.wikipedia.org/wiki/Cryptococcosis
+- We have the "DHS System" in the Human Fungal Pathogens. What does DHS stand for? (1) Dermatophytes (2) Hefen (3) Schimmel
+- Was heisst "Phytophthora infestans" übersetzt? Die Blattvernichtende.
+- Ähneln Eukaryoten den Mikrosporidien? Ja, aber Mikrosporidien haben keine Mitochondrien.
+- A. W. für "Ascomyceten"? Schlauchpilze.
+- Name a fungi that can create Aflatoxins. A: Aspergillus flavus
+- Give an example for a "superficial mycose". A: Infection of the nails.
+- Wie vermehren sich die Ascomycota vegetativ? Durch Konidienbildung.
+- Bei den "Champignons", wo findet die Meiose statt? In der Basidie.
+- Welchen Speicherstoff verwenden Pilze? "Glykogen" (wie die Tiere auch).
+- Was bewirken Azol-Antimykotika wenn sie gegen Pilze eingesetzt werden? Sie hemmen die Ergosterol-Biosynthese in Pilzen.
+- Warum besteht die Zellwand von Pilzen nicht aus Zellulose? Da sie sich sonst selbst aufessen würden.
+- Was ist der "Homothallismus" bei Pilzen? Dies ist die Fähigkeit zum Paarungstypwechsel.
+- Bilden Steinpilze haploide Sporen? Ja.
+- Was ist ein "Myzel"? Ein Geflecht von Pilzfäden, das jedoch kein echtes Gewebe ist.
+- Wieviele Pilzarten wurden bis heute beschrieben? Etwa 100.000 Arten.
+- What is the "Plectenchyma"? This is a term that is used to describe "fungal tissues".
+- Bei welchen Pilzen finden wir die Konidien-Bildung? Bei den Schlauchpilzen.
+- Was sind "Mykorrhiza"? Zusammenschluss von Pilz und Wurzel.
+- Nenne eine Gruppe die Konidien bildet. A: Die Schlauchpilze.
+- Welche Farbe hat die "Bärentatze"? Gelb. Ist ein Pilz.
+- For Fungi, what do the terms "teleomorph","anamorph" and "holomorph" mean? (1) Teleomorph is the sexual reproductive stage (morph), typically a fruiting body (2) Anamorph is the asexual reproductive stage (morph), often mold-like (3) Holomorph is the whole fungus, including anamorphs and teleomorph
+- Nenne zwei Pilzgruppen. A: (1) Basidiomyceten (2) Ascomyceten
+- Der "Woronin-Körper" bei Pilzen besteht aus welchem Protein? Aus dem HEX-1 Protein.

data/lib/studium/exam_topics/genetische_krankheiten

@@ -0,0 +1,150 @@
+# =========================================================================== #
+# === Genetische Krankheiten
+#
+# Alles über genetische Krankheiten wird hier gesammelt. Auch Fakten die
+# dazu Bezug nehmen.
+#
+# Auch "Pathophysiology for Biotechnologists".
+# Genetic diseases tag, genetic disease tag. Gendisease tag.
+# =========================================================================== #
+
+- Patients affected by the <one>PKU disease</one> (the <one>Phenylketonuria disease</one>) typically have a mutation in the PAH gene that tends to be ... where? The mutations tend to typically be affecting the initiation codon <one>AUG</one>, which means that these patients fail to produce any <two>PAH polypeptide</two>.
+- Is the <one>Huntington's disease</one> transmitted in an "autosomal recessive" or in a "dominant" manner? It is <one>transmitted dominantly</one>.
+- In gene therapy we can treat <one>X-SCID patients</one> through <three>stem cell transplantation</three>, but this may have potential side effects. Name one such side effect. A: A <one>virus infection</one>, e.g. through "EBV".
+- Wann wurde die <one>Leber's Congenital Amaurosis</one> erstmals beschrieben (+- 5 Jahre sind ok)? A: <one>1869</one>.
+- Give another name for <one>alkaptonuria</one>. A: <one>Black urine disease</one>.
+- Take the following statement: <one>"Any hereditary disease in which cellular metabolism is abnormal results from an inherited defect in an enzyme."</one>. Which person coined this statement? <one>Archibald Garrot</one>.
+- If the <one>PSEN1 gene</one> is mutated, what disease may follow? <one>Early onset Alzheimer</one>.
+- In the <one>sickle cell disease</one>, the amino acid E is changed into a V. But within that particular codon, which nucleotide position is changed? The <one>second one</one>; <two>position two</two> within that codon. []
+- In <one>sickle cell disease</one>, for homozygous carriers, how can we label the alleles? HbS + HbS.
+- Give another name for the <one>Gilbert's syndrome</one>. A: <one>Hyperbilirubinemia</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Gilbert's_syndrome
+- Bei der <one>PKU</one> liegt was erhöht vor? <one>Phenylalanin</one> (zumindest <two>im Blut</two>).
+- Nenne eine molekularbiologische Ursache der Diagnose <one>Situs Inversus</one> beim Menschen. A: Ein <one>Ciliendefekt</one> ist dafür verantwortlich das die inneren Organe schliesslich in der jeweils anderen Körperhälfte liegen.
+- <one>Spinal muscular atrophy</one> is linked to a genetic mutation in which gene? In the <one>SMN1 gene</one>.
+- Nenne drei Merkmale des <one>Angelman-Syndroms</one>. A: (1) <one>geistige Behinderung</one> (2) Krampfanfälle (3) Störungen des Spracherwerbs
+- When the <one>Dyskerin gene</one> is mutated, which genetic disease may be the consequence? <tomato>X-linked dyskeratosis congenita</tomato>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Dyskerin
+- Wie lange dauert es bis man nach Auftreten der <one>Huntington Symptome</one> verstirbt? <one>15-20 Jahre</one>.
+- Bei welchem genetischen Phänomen treten sehr häufig genetische Störungen auf? Bei der <one>Inzucht</one>.
+- Give another name for the <one>progerin</one> protein. A: <one>Prelamin A protein</one>.
+- Wenn der <one>Harnstoffzyklus blockiert</one> ist, nach Synthese des "Argininosuccinat", entsteht <three>welche Krankheit</three>? <one>Hyperammonämie</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Hyperammon%C3%A4mie []
+- The <one>Werner's syndrome</one> has been described by <violet>Otto Werner</violet>, in the year ... ? <one>1904</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Werner_syndrome#Background_and_history []
+- Name a human disease where we may encounter "hypogonadism and sterility". A: The <one>Klinefelter syndrome</one>.
+- What is the cause of the <one>Bowen-Conrad syndrome</one>? <one>Defective ribosome biosynthesis</one>.
+- <two>When</two> was it discovered that the <one>fragile X syndrome</one> was due to <three>expanded trinucleotide repeats</three>? In <one>1991</one>.
+- What is the cause of <one>Xeroderma pigmentosum</one>? A defect in one of the proteins that "help correct damaged DNA".
+- <one>Xeroderma pigmentosum</one> (XP) is a genetic disorder. Is it a recessive or dominant disease? It is <one>a recessive disease</one>.
+- Bei der <one>spinalen Muskelatrophie</one> ist oft ein Gendefekt im Gen "SMN1" entscheidend. Wofür steht SMN hier? <one>Survival of motor neuron</one>.
+- <one>Every childbearing couple</one> faces an approximately n percent risk of having a child with a genetic anomaly? About <one>3%</one> (at the least in the USA).
+- The disease <one>Azoospermia</one> refers to ... ? The <one>absence of sperm in semen</one>.
+- Name two ways how we can <one>treat SCID</one> effectively, past the year 2017. A: (1) Hematopoietic stem cell transplantation (HSCT) (2) gene therapy
+- Das <one>Retinoblastomgen</one> ist auf welchem Chromosom zu finden? Auf <one>Chromosom 13</one>.
+- <one>Mutations in the dystrophin gene</one> can cause ... ? <one>Duchenne muscular dystrophy</one>.
+- Das Gen <one>HYLS1</one> geht beim Menschen mit welchem Syndrom einher? Mit dem <one>Hydroletalus-Syndrom</one>.
+- Give an example, how we can show, that genetics of the host is involved in infectious diseases. A: Individuals in a population, infected with the same microbe, show a <one>high clinical variability</one>.
+- Nenne ein Beispiel für ein <one>dominant lethales</one> Allel beim Menschen. A: Die <one>Huntington-Krankheit</one>.
+- Nenne zwei Genprodukte, die bei der <one>Hutchinson-Gilford Progeria</one> betroffen sind. A: (1) <one>Lamin A</one> (2) <one>Lamin C</one> URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Progeria#Lamin_A []
+- Patients with the "Diamond-Blackfan anemia" (DBA) disease, often have a mutation in which gene? They often have a mutation in the ribosomal protein gene called <one>RPS19</one>.
+- Nenne eine Krankheit, die aufgrund einer defekten <one>Nucleotide Excision repair</one> im Menschen entsteht. A: <one>Xeroderma Pigmentosum</one>; die <two>Mondscheinkinder</two>.
+- The <one>L1 (LINE) element</one> can cause genetic diseases. Give one such example. A: <one>Hemophilia A</one>.
+- On which human chromosome can we find the <one>Huntingtin Gene</one>? On the <one>short arm of chromosome 4</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Huntingtin#Gene
+- Give an example for a <one>amino acid disorder</one> in humans. A: <one>Phenylketonuria</one> (<two>PKU</two>).
+- Was passiert wenn ein Mensch einen genetischen Defekt in "MyD88" hat? Dann kommt es zum Beispiel zu einer vermehrten Infektion mit <one>Streptococcus pneumoniae</one>.
+- By the year <one>2009</one>: how many diseases could we <two>detect by genetic tests</two>? About <one>2000</one>. []
+- How may <one>Xeroderma pigmentosum</one> be treated? Affected individuals should <one>avoid the sun</one>. []
+- <one>Duchenne-Muskeldystrophie</one>: weches Gen ist defekt? Das <one>Dystrophingen</one>.
+- What happens if a "chromosome breakage" occurs within a gene? The result will be the <one>functional disruption of that gene</one>.
+- Inzidenz bei der Krankheit <one>Alkaptonuria</one>? <one>1 : 200.000</one>. []
+- Name one way how to demonstrate <one>reciprocal translocation</one>? By <one>chromosome painting</one>.
+- How many men are <one>red-green colour blind</one>, in percent? About <one>8%</one>. []
+- Warum ist gerade <one>Trisomie 21</one> beim Menschen so häufig? Weil das Chromosom 21 so klein ist; daher ist es relativ gesehen nicht so ein Problem verglichen mit, zum Beispiel, dem grössten Chromosom Nr. 1.
+- In general: what kind of <one>mutation</one> can cause <two>anticipation</two>? <one>Dynamic mutations</one>.
+- A point mutation in collagen can lead to which disease? <one>Osteogenesis imperfecta</one>.
+- In <one>osteogenesis imperfecta</one> there is a point mutation in ... ? The <one>collagen sequence</one>.
+- Name two lysosomal storage disorders/diseases in mankind. A: (1) the <one>Gaucher disease</one> (2) the <one>Fabry disease</one>
+- How many different lysosomal storage diseases have been described up until 2019, give or take? More than 40.
+- Are lysosomal storage disorders multis-ystem? Yes - they typically affect several organs.
+- Is <one>achondroplasia</one> <two>a dominant mutation</two>? Yes.
+- Name <one>a genetic disease</one> that can be translated with the words <two>hereditary dwarfism</two> (in humans). A: <one>Achondroplasia</one>.
+- The first disease interpretable at the molecular level was ... ? <one>Sickle-cell anaemia</one>.
+- Nenne eine Krankheit, bei der <one>ein angeborener Defekt in der Kollagenbiosynthese</one> vorliegt. A: Die <one>Osteogenesis imperfecta</one> - die Glasknochenkrankheit.
+- In der Biochemie: was bedeuten die Buchstaben beim <one>LHON</one> disease? <one>Leber's Hereditary Optic Neuropathy</one>.
+- Males are quite often affected by "hemophilia". Two factors are usually modified, "factor 9" or "factor 8". Which one is more commonly mutated? <tomato>Factor 9 deficiency</tomato> is more common than <tomato>Factor 8 deficiency</tomato> (<royalblue>9 > 8</royalblue>).
+- Ursache der <one>CML Krankheit</one>? Translokation des Chromosoms 22-9.
+- Wenn das <cadetblue>ATM-Gen</cadetblue> mutiert ist, haben betroffene Menschen welches Problem? Ein gehäuftes Auftreten von Tumoren.
+- Wie hoch ist die <one>Inzidenz bei SCID</one>? A: 1 : 1_000_000.
+- The strongest genetic risk factor for rheumatoid arthritis is which gene (or rather, variants in that gene)? The <tomato>HLA-DRB1 gene</tomato>. 
+- Bei der PKU (<tomato>Phenylketonurie</tomato>) kommt es nach Ausfall der Phenylalaninhydroxylase auch zu einer mentalen Retardation. Wieso eigentlich? Da <one>Dopamin</tomato> nicht gebildet wird.
+- Normal red blood cells last about 4 months in the bloodstream. <one>Fragile sickle cells</one> break down after ...? After about <tomato>10-20 days</tomato>, which causes anemia.
+- Is the <tomato>Cockayne syndrome</tomate>, a rare inherited disorder, associated with cancer? No.
+- Nenne eine Möglichkeit die Krankheit <tomato>PKU</tomato> zu diagnostizieren. A: Mit Hilfe des Guthrie-Tests, bei dem das Bakterium <tomato>Bacillus subtilis</tomato> eingesetzt wird.
+- Bei der PKU (Phenylketonurie) ist welches Enzym defekt? Die <tomato>Phenylalaninhydroxylase</tomato>. 
+- Welches Problem haben Phenylketonurie-Personen? Sie können die Aminosäure Phenylalanin nicht abbauen. Dadurch reichert sich diese Aminosäure im Körper an.
+- Wofür steht die Abkürzung "BRCA-1 gene"? Breast cancer 1, early onset gene. URL: https://www.wikigenes.org/e/gene/e/672.html
+- If we can detect the <orange>Bence Jones protein</orange> in the urine, this may be indicative of which disease? <tomato>Multiple myeloma</tomato>. 
+- The "Werner syndrome helicase" (WRN helicase) is associated with some sort of genetic disease / aging-related effects. We could use a <tomato>slightly longer</tomato> but better name for this helicase. Which one would that be? "<u>Werner syndrome ATP-dependent helicase</u>". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Werner_syndrome_helicase
+- "<u>Dyslipoproteinämie</u>" können auch vererbt werden. Was meinen wir mit einer Dyslipoproteinämie eigentlich? Dies bezeichnet ein gestörtes Verhältnis der Lipoproteinfraktionen im Blutserum, insbesonders ein Missverhältnis von "HDL" zu "LDL". 
+- Name a "X-chromosomal recessive disease". A: "Haemophilia" - only male carriers are affected by this disease. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Haemophilia
+- Beim menschlichen "malignen Gliom" (Glioblastoma) wird oft welcher Wachstumsfaktor überproduziert? IGF: "insulin-like growth factor. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4559821/
+- Is "polydactyly" dominant? Yes.
+- Ursache von "Xeroderma Pigmentosum" Defekt? "Nucleotide Excision Repair" ("NER") ist fehlerhaft.
+- Name a human, genetic disease able to cause blindness. A: "Leber's congenital amaurosis". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Leber%27s_congenital_amaurosis
+- "Sickle hemoglobin" unterscheidet sich von normalen Hemoglobin inwiefern? An "Position 6" der "Hämoglobin Beta-Untereinheit" ist E gegen V ausgetauscht. (Mnemonic: "SicklE-V"; Delta 6, E -> V, Glutaminsäure wird zu Valin) URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Sickle-cell_disease
+- What may be the "world's most common genetic diseases"? "Hemoglobinopathies".
+- Eine ("genetische") Störungen der Chromosomenzahl durch ...? "Non-Disjunction".
+- Name a genetic disease in which a "missense mutation" is the genetic culpri. A: The "sickle cell disease". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Sickle_cell_disease
+- In people diagnosed with sickle cell disease, at least one of the beta-globin subunits in hemoglobin is replaced with another hemoglobin variant. How do we call this hemoglobin variant? "Hemoglobin S".
+- The "Li-Fraumeni syndrome" arises through a mutation in which gene? "TP53" (the one that codes for p53).
+- Cystic fibrosis is caused by ... ? A deletion of "Phenylalanin-508" ("delta F508").
+- Name 4 single-gene disorders in humans. A: (1) cystic fibrosis (2) sickle cell anemia (3) Huntingtons disease (4) hereditary hemochromatosis
+- When was the human disease "cystic fibrosis" discovered? 1938.
+- What is the main cause of morbidity and mortality in individuals with "cystic fibrosis"? "Lung disease".
+- Das CFTR-Gen, das bei der cystischen Fibrose involviert ist (und mutiert vorliegt), findet sich auf welchem Chrosomon im menschlichen Genom? Auf "Chromosom 7".
+- Bei der cystischen Fibrose ist oft das CFTR-Protein defekt. Wieviele Aminosäuren hat dieses Protein? 1480.
+- The disease called "Diamond-Blackfan anemia" is caused by a mutation in which gene? The "RPS19 gene".
+- Beim Menschen, gib eine andere Bezeichnung jeweils für "Trisomie 21", "Trisomie 18" und "Trisomie 13". A: (a) Trisomie 21: Down-Syndrom (b) Trisomie 18: Edwards-Syndrom (c) Trisomie 13: Pätau-Syndrom
+- Give another term for "Hypertrichosis". A: "Werewolf Syndrome".
+- Ein Mangel an B12 führt zu welcher Krankheit? "Perniziöser Anämie".
+- In SCID, in humans, are more male or female people affected? "More males" are affected by SCID.
+- Was ist die "Achondroplasie" und wie entsteht sie? Dies ist eine Mutation, welche das Wachstum des Skelettsystems betrifft, und zu einer "verfrühten Verknöcherung" führt. Ursache für diese Krankeht ist eine Punktmutation im Gen FGFR-3 (fibroblast growth factor receptor 3).
+- In welchem Gen liegt die "Ursache für die Sichelzellanämie" begründet? Dies ist eine Punktmutation im Beta-Globingen.
+- "Achromatopsie" ist die "totale Farbenblindheit". Wieviele Personen sind hierbei, in Deutschland, betroffen? Etwa 3000 Personen.
+- Name a common cause for the "Swyer-Syndrom". A: A point mutation or a deletion in the "SRY gene".
+- What do we mean with the "Swyer-Syndrom"? These are "XY females". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Swyer-Syndrom
+- Give another term for "Achromatopsia". A: "Total color blindness".
+- If the "Factor VIII gene" is defect, what disease may result from this? "Hemophilia A".
+- What will be the effect of "high levels of deoxyadenosine" in the human body? This will kill B and T cells of the immune system. Thus, the body will be open to infection by bacteria and viruses.
+- What are the typical symptoms of "X-SCID"? The symptoms include "life threatening infections", already in newborns.
+- Name a typical therapy for "X-SCID". A: Via "stem cell transplantation".
+- When was the "Leber's Congenital Amaurosis" first described? In "1869".
+- Welche Krankheit haben "Alkaptonuria Patienten" häufig? "Arthritis".
+- In the Rett syndrome, the MECP2-gene is the major functional cause of this syndrome. Of what type is the product of the MECP2-gene? It is a "transcriptional repressor".
+- 2 Beispiele für autosomal recessive diseases caused by defects in Nucleotide excision repair? (1) "Cockayne Syndrome" (2) "Xeroderma Pigmentosum"
+- Warum verstarb der berühmte "bubble boy" David bei einer Transplantation? Die Spenderin, seine Schwester, trug den "Epstein-Barr-Virus" in sich.
+- Was sind "orphan diseases"? Das ist der Fall wenn wir nur wenige PatientInnen haben bei seltenen Erkrankungen.
+- The "age of onset" in the Huntington diseas, correlates with ... ? The repeat length.
+- Genetische Ursache für die "Progeria" Krankheit? "Frame shift mutation" in Lamin A und Lamin C.
+- Bei der Sichelzellanämie, im Hb(S) Allel, wieso ergibt sich ein Unterschied auf molekularer Ebene? Weil eine polare Aminosäure gegen eine unpolare Aminosäure umgetauscht wird.
+- Give 3 examples for conventional "primary immunodeficiencies" (PID). A: (1) SCN: Severe congenital neutropenia (2) XLA: lack of B cells (3) SCID: lack of T cells
+- Wofür steht "MSMD"? Mendelian susceptibility to mycobacterial disease.
+- Can we treat "XLA" (X-linked agammaglobulinemia)? Yes, via gammaglobulins, in particular IgG.
+- In the disease "Diamond-Blackfan anemia", which gene is mutated? The ribosomal protein gene called "RPS19".
+- Frequency of the Huntingon disease in Western countries? About 5 people per 100_000 are affected by HD.
+- Nenne 1 genetische Ursache für eine "chronische Granulomatose". A: Ein Defekt im "NADPH-Oxidase-System".
+- MeCP2 kann im Komplex-Verbund was? Histone deacetylieren (also Acetylgruppen von Histonen entfernen). Dies "silenced" ein Gene (schaltet es also aus).
+- Beim Rett-Syndrom ist das Gen MeCP2 ("Methyl-CpG-Binding Protein 2") betroffen. Wo genau liegt dieses Gen? Es liegt in der chromosomalen Region "Xq28".
+- Das "Rett-Syndrom" betrifft Mädchen. Welches Gen liegt mutiert vor? Das MeCP2-Gen.
+- Mit welcher Krankheit ist "MECP2" assoziiert? Mit dem "Rett syndrome". (Merkschema: "MacRett")
+- Does "Pentasomy X" (XXXXX) exist in humans? Yes.
+- PKU Inzidenz beim Menschen? 1: 10_000
+- Name an "early method" that could be used to identify "disease genes"? positional cloning.
+- Humans may have "XXXX" chromosomes, Tetrasomy X. When was this first described? In 1961.
+- "X0 monosomy" patients may show "gonadal dysfunction". Give another term for the latter. A: Sterility.
+- What do we mean with the term "genetic load"? Virtually all members of a diploid species carry a number of deleterious recessive mutations.
+- Huntington disease occurs at which frequency? About 1 patient per 100.000 individuals.
+- Nenne eine genetische Krankheit bei der wir die "Bildung eines schädlichen Produkts durch Substratentzug" verhindern mögen. A: Die "Phenylketonurie", PKU.
+- Mukoviszidose entsteht aus einem Defekt im "CFTR-Gen". Auf welchem Chromosom finden wir dieses Gen? Auf dem Chromosom 7.
+- Wie nennen wir die Krankheit "Mukoviszidose" in der deutschen Sprache? "Zäher Schleim".
+- Wie nennen wir die genetisch Krankheit "44XXX" mit trivialer Bezeichnung? "Superfemale".
+- Welches disease ist "XLA"? X-linked Agammaglobulinemia.
+- How many single-gene disorders are known in humans? 6.000.
+- Ein Mensch hat "Chorea Huntington". Ist es etwas besser wenn dies vom Vater oder von der Mutter stammt? Von der Mutter, da die Krankheit dann etwas weniger schlimm verläuft.

data/lib/studium/exam_topics/genexpression

@@ -0,0 +1,1008 @@
+# =========================================================================== #
+# === Gene expression
+#
+# Genex tag. Gen-Techniques. Genexpression tag.
+# Vor allem mRNA Synthese und differenzielle Genexpression.
+# Auch Translationskontrolle.
+# =========================================================================== #
+
+- In der Genexpression, wie lange ist das <one>MTE Element</one>? "10 bp", von 18 - 28.
+- Was kommt nach der A-branch point im Intron? A: Ein <one>Py-Tract</one>.
+- Was haben Proteine gemeinsam die <one>sekretiert</one> werden? Eine <one>Amino-terminale Sequenz</one>, die reich an hydrophoben Aminosäuren ist.
+- Wo beginnt <one>PIC formation</one>? A: An der <one>TATA Box</one> (-30).
+- Allgemein betrachtet: wie können <one>Regulatorproteine</one> spezifische Sequenzen in der geschlossene DNA Doppelhelix erkennen? Die <one>Außenseite der DNA Helix</one> kann von Proteinen gelesen werden. Genregulatorproteine können somit spezifische Nucleotidsequenzen erkennen ohne dass die Doppelhelix geöffnet werden muß.
+- In CRISPR/Cas9: what is the <one>apo state</one>? Where Cas9 has <one>not yet bound the guide RNA</one>. URL: http://science.sciencemag.org/content/early/2016/01/13/science.aad8282.full
+- Between an activator and the basal apparatus, we may be able to find ... ? The <one>coactivator</one>.
+- Wer ist der <one>Transkriptionsaktivator</one> im PhoB/PhoR System? A: <one>PhoB</one>.
+- Welche Fähigkeit verliert <one>acetyliertes HMGA1</one>? A: Kann nicht mehr an DNA binden.
+- <one>mRNA in Eukaryotes</one> is degraded where? In <one>P-bodies</one>.
+- Was ist eine <one>onco-miR</one>? Eine onco-mIR ist <one>eine microRNA die mit Krebs (cancer) assoziiert ist</one>. MicroRNA (miRNA) sind kurze RNA Moleküle, die in etwa 22 Nukleotide lang sind.
+- <one>eIF2</one> bindet an? Methionyl-tRNA.
+- Nenne zwei Strukturelemente, die charakteristisch für ein <one>Intron</one> sind und auch darin vorkommen. A: Ein internes A ("branch point site") und ein <one>Py tract</one>.
+- Man findet ein <one>Ribozyme</one> in einer Zelle. Was könnte man zuerst annehmen? Das dieses Ribozyme auch RNA abbauen mag.
+- Give an example where <one>hydroxyprolin</one> can be found. A: In <one>collagen</one>. []
+- <one>hSPT5</one> ist was? A: <one>hSPT5</one> ist ein <two>Elongationsfaktor</two>.
+- <one>Alpha-CTD</one> erkennt was? Das <one>UP-Element</one>.
+- Wer entfernt <one>Introns</one>? A: Das <one>Spliceosome</one>. []
+- The protein called <one>Maskin</one> binds to ... ? To the <one>CPE</one> (<two>cytoplasmic polyadenylation element</two>).
+- Das <one>U6 snRNA Gen</one> hat ein besonderes Strukturmerkmal. Welches? A: Eine <one>TATA Box</one> bei Region-30.
+- Mit welchem Protein beginnt die <one>PIC Formation</one>? A: Mit <one>TBP</one>. []
+- Wie finden wir heraus <one>ob DNA methyliert ist oder nicht</one>? Durch <one>Restriktionsanalysen</one>, wie mit dem <two>Enzym HpaII</two> (erkennt <three>CCGG</three> Sequenzen).
+- What is the normal task of the enzyme <one>Polynucleotide Phosphorylase</one>? Breaks down RNA.
+- Können Antikörper <one>Histonmodifikationen</one> erkennen? Ja. []
+- Wo beginnen wir mit dem Zählen bei den tRNAs? Vom <one>5' Ende</one> heraus. []
+- <one>mTORC1</one> can be regulated by growth factors, amino acids, stress or energy status. Name an additional way how mTORC1 can be regulated. A: <one>Oxygen</one>.
+- What is the immediate effect of the <one>lacI-Repressor</one> binding to DNA? It <one>causes looping of the DNA</one>.
+- The <one>81-nucleotide long RybB RNA</one> can cause mRNA in E. coli to be degraded, by association with which nuclease? <one>RNase E</one>.
+- A. W. für <one>Gal4 Enhancers</one>? <one>UAS</one>.
+- Was können <one>SH2 Domänen</one>? Sie können an die P-Tyr-Reste eines Proteinpartners binden.
+- Methylated and acetylated lysines are important for ... in the nucleus. A: <one>Chromatin regulation</one>.
+- Warum der Name <one>14-3-3</one> Proteine? 14-3-3 bezeichnet ein bestimmtes <one>Elutions- und Wanderungsmuster</one> jener Proteine in DEAE-cellulose Chromatograpie und Gelelektrophorese. Die 14-3-3 Proteine eluiert man in der 14th fraction of bovine brain homogenate, an Position 3.3 der nachfolgenden Elektrophorese (bereits 1967).
+- DNA und RNA can be <one>nonspecifically stained</one> with ... ? <one>Ethidium bromide</one>.
+- Name two domains that can be found in <one>HP1</one>. A: (1) <one>chromodomain</one> (2) <one>chromoshadow domain</one>
+- Das <one>MTE Element</one> (<two>motif ten</two>) befindet sich wo? Stromabwärts von der TSS; es unterstützt das <one>Inr-Element</one>.
+- <one>UBE3A</one> kodiert für? Eine Ubiquitin-Protein Ligase.
+- Name three differences between <one>promoters</one> and <one>enhancer elements</one>. A: Enhancer elements: (1) usually lie more distant to the target gene (2) can be active in both directions of the DNA strand and (3) lack binding sites for RNA polymerase II.
+- Wie können <one>DNA Sonden</one> radioaktiv markiert werden? A: Mittels 32P-ATP und dem Enzym <one>Polynukleotid Kinase</one>.
+- How can we define a <one>strong promoter</one>? A strong promoter, by defintion, is a promoter that leads to a high rate of transcription initiation.
+- The <one>DNA-recognition rules</one> are of which two types? (1) <one>chemical</one> (2) <one>stereochemical</one>
+- Wie gewinne ich das <one>Nucleoid</one>? Wir müssen viel <one>NaCl</one> verwenden, sowie <two>Lysozym</two> und eine <three>Sucrose-Gradienten-Zentrifugation</three>.
+- Name 3 general ways how <one>translation initiation</one> can be blocked. A: (1) starvation (2) drugs (3) genetic manipulation
+- Wie lange <one>"überlebt"</one> der Sigmafaktor 32 normalerweise, bevor er degradiert wird? Vergleiche dies bei Hitze. A: Etwa 2 Minuten, bei Hitze ist er allerdings viel stabiler.
+- Welche Proteine bilden den <one>cap-binding complex</one>? A: <one>A, E, G</one> (eIF4A, eIF4E, eIF4G)
+- Was ist <one>template recognition</one>? A: Bindung der RNA Polymerase an den Promoter.
+- Andere Bezeichnung für <one>cAMP</one>? Wieso ist <one>cAMP</one> so wichtig? A: <one>Second messenger</one>. Ein Ändern des cAMP-Gehalts führt dazu das eine ganze Reihe von Genen eingeschaltet bzw ausgeschaltet werden.
+- In welchen <one>Protein-Typen</one> ist <three>Arginin</three> vor allem wichtig? A: Bei Proteinen die an DNA binden.
+- Was für eine <one>Schleife</one> kann der lac-Repressor ausbilden? Eine <one>Repressionsschleife</one>. []
+- Was geht dem <one>Anticodon loop</one> voraus? Immer <one>2 Pyrimidine</one>.
+- Welche Region im Sigmafaktor agiert als <one>molecular mimic</one> von DNA? A: Der Sigmafaktor Bereich <one>1.1</one>.
+- <one>Metallothionein Promotoren</one> können künstlich wie aktivieren werden? Durch <one>ZnSO4</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Zinksulfat
+- What <one>bridge</one> can we find in the eukaryotic cap? A tri-phosphate bridge.
+- Ist <one>RNA-Editing</one> bei Säugetieren <three>Gewebe-spezifisch</three>? Ja. []
+- Which motif is associated with <one>Selenocysteine</one> and what exactly is the effect of this motif? <one>SECIS</one>. <two>Selenocystein Insertion Sequence</two>. Is involved in "misreading of UGA".
+- What happens in <one>NGD</one>, the <one>no-go decay</one>? mRNAs have a strong secondary structure that can block ribosome progression.
+- <one>CBP</one> und p300 sind was (haben was gemeinsam)? A: Es sind beides <one>Co-Aktivatoren</one>.
+- What do we mean with the <one>ribosome code</one>? The functional specifity among ribosomal proteins regulates gene expression.
+- Für die Initiation der Transkription von rRNA-Genen durch die <one>Pol I</one> ist welches Kontrollelement wichtig? <two>UCE</two> - <one>upstream control element</one>.
+- Der <one>Sp1-Transkriptionsfaktor</one> besteht aus 1x Beta Faltblatt und einer Alpha-Helix. Wer von den beiden erkennt die DNA-Sequenzfolge? Die <one>Alpha-Helix</one>.
+- Was ist die <one>H1RNA</one> in Säugetieren? Das ist der RNA Anteil in der RNase P.
+- Warum war damals die Herstellung von <one>Poly-G</one> ein Problem? Die Guanine Reste in Poly-G bilden Wasserstoffbrückenbindungen zueinander aus. Es entstehen dadurch <one>Tripel-Helici</one> die nicht ans Ribosom binden.
+- Was macht <one>UDPE</one>? A: UDPE <one>bindet Vitamin D</one>.
+- In <one>mRNA decay</one>, which variant is more common - the "decapping pathway" or the "exosome pathway"? The <one>decapping pathway</one> is more common.
+- Name <one>a mRNA in Eukarya</one> that has a stem-loop structure in the 3'-UTR. A: <one>Histone mRNA</one>.
+- Where does <one>RNase A</one> and <one>RNase T</one> cut, respectively? <one>RNase T</one> cuts after G, RNase A cuts after C + U.
+- Nenne einen <one>safety mechanism</one> bei den <three>tRNAs</three>. A: Die Nukleotide in der 3. Position der Anticodon Loop kodieren alle für die selbe Aminosäure wenn die Nukleotide davor G oder C sind. Der Grund ist das 3 Wasserstoffbrückenbindungen zwischen G und C entstehen.
+- At which stage is the "Ser5 position" phosphorylated by "TFIIH"? During <one>transcription initiation</one>.
+- In general: <one>transcription</one> that takes place in the nucleus, occurs in ... ? <one>Transcription factories</one>. []
+- Nenne eine Region, an die ein <one>U2AF-Protein</one> binden kann. A: Die <one>3'-Spleißstelle einer prä-mRNA</one>.
+- Provide one example for a <one>post-transcriptional control factor</one>. A: <one>miRNA molecules</one>.
+- What is the major task of the <one>tmRNA</one>? The <two>tmRNA</two> <one>frees stalled ribosomes</two>.
+- Es gibt <one>Akt</one> in der Zelle, die wichtig bei der Signaltransduktion ist. Aber was ist <one>Akt</one> genau? <two>Akt</two> ist eine <one>Serine</one>/<one>Threonine Kinase</one>.
+- Was macht die <one>PKA</one> im Zellkern? A: Sie überträgt eine Phosphat-Gruppe auf das <one>CRE-Bindeprotein</one>.
+- The <one>protein S1</one> is part of ...? The <one>30S ribosomal subunit</one>.
+- Was heisst <one>mTORC1</one>, vor allem das <three>C</three> dabei? <one>mTOR Complex 1</one>.
+- Nenne einen Cofaktor der RNA Pol III! A: Das <one>La-Protein</one>.
+- In a <one>tRNA</one>: what is the "D-nucleotide"? This is the <one>Discriminator nucleotide</one>.
+- Wo findet man <one>IRES</one> im strukturellen Detail aus gesehen? A: In der <one>5' NCR</one>.
+- <one>Wovor schützt</one> die eukaryotische Cap primär? A: Vor <one>5'→3' Exonucleasen</one>.
+- <one>TRCF</one> hat was für eine Aktivität? A: TRCF hat eine <one>ATPase Aktivität</one>.
+- Was genau ist ein <one>Thymin-Dimer</one>? Eine kovalente Bindung zweier übereinanderliegender Pyrimidinbasen, eben 2x Thymine.
+- Bei der <one>Methylierung von Histonen</one>: wieviele Methylgruppen können wir hier finden? <one>Bis zu 3 Methylgruppen</one>. []
+- Give a general example for <one>constitutively active genes</one>. A: The <one>housekeeping genes</one>. []
+- In der Genexpression, bei E. coli: wofür steht die Abkürzung beim <one>Transkriptionsfaktor FIS</one>? <one>Factor for inversion stimulation</one>.
+- Welche TAFs erkennen das <cadetblue>Inr-Element</cadetblue>? (1) <one>TAF1</one> (2) <one>TAF2</one>
+- Im CRISPR/Cas system: what does <one>Cas</one> stand for? <one>CRIRPS-associated proteins</one>.
+- In eukaryotes, which RNA Polymerase can be found in the <one>nucleolus</one>? <one>RNA Polymerase I</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RNA_polymerase_I []
+- <one>FACT</one> ist ein Heterodimer und besteht aus ...? A: (1) <one>Spt16</one> (2) <one>SSRP1</one>
+- Das <cadetblue>Inr-Element</cadetblue> trägt an der +1 Position welches Nukleotid? <one>A</one>.
+- Was heisst <one>ESEs</one>? A: <one>Exon Splicing Enhancers</one> (URL:ESE)
+- Was macht <one>TFIIH</one>? TFIIH <one>phosphoryliert</one> die carboxyterminale Domäne der Pol II.
+- Give an example for <three>a hypothetical nucleotide sequence</three>, 9 nucleotides in length, that would be able to trigger the <one>nonsense-mediate decay</one>. A: <one>AUG-UAA-UAG</one>.
+- <one>Promotor Escape</one> ist assoziiert mit Phosphorylierung von welchem Serin, und wie ist es bei Elongation? A: <one>Serin 5</one>, und bei Elongation <one>Serin 2</one>.
+- A. W. für <one>allgemeine Transkriptionsfaktoren</one>? <one>Basale Transkriptionsfaktoren</one>. []
+- Welche Aufgabe hat die <one>Beta-Galactosidase</one>? A: Die Beta-Galactosidase spaltet das Disaccharid <one>Lactose</one> in <two>Glucose</two> und <two>Galactose</two>. []
+- Wann wurde die <one>Struktur einer tRNA</one> erstmals aufgeklärt? <one>1974</one>.
+- Nenne ein <one>zelluläres Gen</one> dessen mRNA eine IRES besitzt. A: Das Chaperon <one>BiP-Protein</one>.
+- Physische Form von <one>hnRNA</one>? A: Komplexiert mit <one>hnRNP Proteinen</one>.
+- Was genau bewirkt der <one>lac-Repressor</one>? A: Er verhindert die Trennung der Promoter-DNA Stränge und somit die Initiation der Transkription.
+- Welche Aufgabe hat <one>TF-II A</one>? A: TF-II A stabilisiert die Bindung von <one>TFIID</one>.
+- Nenne <one>eine biochemische Methode</one>, wie wir zwischen Euchromatin und Heterochromatin unterscheiden können. A: Behandlung mittels <one>DNase I</one>.
+- <one>Small silencing RNAs</one> associate with which protein family? With the "Argonaute protein family" (<one>AGO</one>).
+- Which general role does <one>chromatin</one> have, in regards to gene expression? Chromatin in general <one>represses the expression of genes</one>.
+- Was sind <one>uORFs</one>? <one>Upstream ORFs</one>. []
+- Nenne eine Methode mit der wir Ribosome gut untersuchen können. A: Die <one>Kryoelektronenmikroskopie</one>.
+- What is <one>the native PAM sequence</one> of <three>S. pyogenes Cas9</three>? <one>5'-NGG-3'</one>.
+- Wie wirken <one>HMGN-Proteine</one> allgemein in Bezug auf die Genexpression? <one>HMGN-Proteine</one> fördern die Transkription von Genen im Chromatin. []
+- What does a <one>ribosome frameshift</one> produce? An elongated version of the ORF1 protein.
+- Das <one>Schlüsselenzym der Genexpression</one> ist ... ? RNA-Polymerase (genauer: die <one>DNA-abhängige RNA-Polymerase</one>).
+- Which two substrates are used by the <one>CCA-adding enzyme</one>? (1) <one>ATP</one> (2) <one>CTP</one>
+- What happens with the non-coding NORAD when DNA is damaged? NORAD will be <one>relocated into the nucleus</one>. URL: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901641-4
+- Name the two components of every <one>riboswitch</one>. A: (1) <one>aptamer</one> (2) <one>expression platform</one>
+- Nenne ein Beispiel für eine "RNA-abhängige DNA Polymerase". A: Die <one>reverse Transkriptase</one>.
+- What is <one>the best known ribozyme</one>? The <one>Ribosome</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ribosome []
+- Wie kann ein <one>Transkriptionsfaktor</one> (für ein wissenschaftliches Experiment) nachgewiesen werden? Mit Hilfe eines <one>EMSA</one> (<one>Electrophoretic mobility shift assay</one>).
+- How can <one>the initiator tRNA</one> be recognized by <three>initiation factors</three>? It has a nucleotide sequence distinct from that of the tRNA that normally carriers methionine.
+- Nenne eine chemische Substanz für die Zellfusion! A: <one>Polyethylenglycol</one>.
+- In <one>splicing</one>: the abbreviation <three>SD</three> may stand for ...? <one>Splice donor</one>.
+- What are the <one>transcription factors</one> of tRNA genes? TFIII A, B and D.
+- Why do we use <one>Luciferase</one> as a <three>reporter gene</three> in eukaryotic cells? Because it is normally missing and thus there will be no interfering background activity.
+- Welche <one>ribosomale subunit</one> trägt <three>E, P, A</three>? Die (prokaryote) <one>30S Untereinheit</one>. []
+- What are the <one>R-Proteins</one>? <one>Ribosomal proteins</one>.
+- Why is <one>leaky scanning</one> employed? It allows for some genes to produce the same protein with and without a signal sequence attached at its N-Terminus.
+- Wo kann man <one>Hämoglobine</one> detektieren? A: Nur <one>in roten Blutkörperchen</one>.
+- How can codons contribute to the duration of gene expression? mRNAs containing <one>many rare codons</one> will take longer to translate.
+- Was heisst <one>TransCon</one>? <one>Translational Control</one>. []
+- Was macht <one>FACT</one>? A: Trennt <one>H2A</one>/<one>H2B</one> ab.
+- Die <one>U4-snRNA</one> geht eine Basenpaarung mit ... ein? Mit der <one>U6-snRNA</one>; später auch mit der U2-snRNA.
+- Give another expression for <one>alternative splicing</one>. A: <one>Exon skipping</one>.
+- Das Genom von <one>Mycoplasma genitalium</one> umfasst wieviele Gene? A: <one>477 Gene</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Mykoplasmen []
+- Who or what determines whether to interpret the Stop Codon <one>UGA</one> as a stop codon, or as <one>Selenocystein</one>? The <one>SECIS element</one>.
+- Name the six <one>CHiP-steps</one>. A: (1) Crosslink sample with formaldehyde, (2) extract crosslinked chromatin, (3) shear chromatins, (4) immunoprecipitate target protein, (5) purify DNA from immunoprecipitat, (6) detect sequences of interest.
+- Abstand zwischen den <violet>Polysomen</violet>, in <one>n Nukleotide</one>? Etwa <one>80 Nukleotide</one>. []
+- Nenne die 3 Stoppcodons. A: (1) <one>UGA</one> (2) <one>UAA</one> (3) <one>UAG</one> []
+- A. W. für <one>initial transcription</one>? <one>Abortive Synthesis</one>.
+- Which 3 sequences do we require for the addition of the Poly(A) tail to eukaryotic mRNA? (1) the tail signal <one>AAUAAA</one> (2) a CA dinucleotide a few bases downstream (3) a GU-rich tract
+- In eukaryotes, <one>at the capping step</one> - is the addition of the guanine residue, thus forming the cap, genetically encoded? No, it is not.
+- Give another word for the <one>splicing machinery</one>. A: The <one>spliceosome</one>. []
+- Welchen Unterschied gibt es zwischen <one>pyrophosphorolytic editing PE</one> und "hydrolytic editing HE"? A: (1) Beim PE wird das letzte Nukleotid der wachsenden RNA Kette durch ein "Polyphosphat" ersetzt. (2) Beim HE geht die Polymerase zurück und entfernt das fehlerhafte Stück.
+- What is the meaning of <one>H3K4me3</one>? Lysin 4 of histone H3 is trimethylated.
+- Warum braucht die <one>Aminoacyl-tRNA Synthetase</one> ein editing center? Um zwischen Isoleucin und Valin zu unterscheiden.
+- Nenne zwei wichtige sekundäre Botenstoff beim Menschen. A: (1) <one>Ca2⁺</one> und (2) <one>cAMP</one>
+- Die <one>Tryptophansynthese in E. coli</one> benötigt wieviele Gene? <one>5</one>. []
+- Name a protein that can bind the cap structure. A: <one>eIF4C</one> (Mnemonic: C ... Cap).
+- In <one>Saccharomyces. cerevisiae</one>: wieviel % der Gene produzieren RNA als Endprodukt? Mehr als 10% (also mehr als <two>750 Gene</two>).
+- What is <one>the terminal nucleotide</one> of the tRNA 5-prime end? <one>G</one>.
+- Was liegt in der <one>active site</one> der <three>RNA Polymerase</three>? <one>Mg2⁺</one>. []
+- Welchen <one>Vorteil</one> hat die RNA Polymerase gegenüber der DNA-Polymerase? Die <one>RNA Polymerase</one> benötigt keinen Primer.
+- Verändert die Polymerase ihre Form während der Transkriptions-Elongation? Ja - sie wird <one>kompakter</one>.
+- How do we call the interval between <one>transcription</one> and <one>translation</one>? <one>Post-transcriptional phase</one>; or rather, <two>co-transcriptional phase</two> in bacteria.
+- In der <one>tRNA</one>: nenne 2 Komponenten die man am "T-Arm" findet. A: Thymidin und <one>Pseudouridin</one>.
+- In humans: how many of their genes undergo alternative splicing? More than 90%.
+- Wo finden wir die <one>BRE-box</on>? <one>Stromaufwärts</one> der TATA Box.
+- When does the <one>packaging of chromatin</one> change? It changes during the eukaryotic cell cycle.
+- Is <one>Xeroderma pigmentosum</one> dominant or recessive? It is <one>a recessive disease</one>.
+- Why is the <one>RNA polymerase II CTD</one> important in eukaryotes? Because the CTD <one> coordinates transcription and RNA processing</one>.
+- <one>Histones</one> typically have what charge? <two>Histones</two> have a net <one>positive</one> charge. []
+- In <one>gene expression</one>: what type is the <three>FtsK protein</three>? The <one>FtsK</one> is a dsDNA translocase, a motor that converts the chemical energy from ATP into movement of a DNA substrate.
+- Wann wurde <one>Tyrosine phosphorylation</one> entdeckt? <one>1979</one>.
+- What is the general action of the enzyme "RNase H"? RNase H cleaves RNA in a "DNA-RNA Hybrid Duplex".
+- Which two domains does the <one>RNase P</one> have? The <one>S-domain</one> ("specificity domain") and the C-domain ("catalytic domain").
+- Fehlerrate bei den tRNA-Synthetasen im Zuge der Aminosäurebeladung, in %? Etwa <one>0.1%</one>.
+- Antisense RNA ist komplementär ...? Zu <one>mRNA</one>.
+- Does <one>slow decoding</one> (aka the codon match between tRNA and ribosome) have an effect on mRNA stability? Yes - slower decoding is <one>coupled to reduced mRNA stability</one>.
+- Name two difficulties that are encountered by Pol II during transcriptional elongation. A: (1) <one>Transcriptional pausing</one> (2) <one>Transcriptional arrest</one>
+- In <two>eukaryotes</two>: which transcription factor remains bound to the polymerase during <one>transcriptional elongation</one>? <one>TFIIF</one>.
+- Was produziert das <one>lin4 Gen</one>? A: Zwei RNA-Produkte: miRNA.
+- Who enters the <one>RISC complex</one>? <one>miRNA</one>.
+- How do we call the rotational movement of the ribosomal subunits relative to each other? <one>Ratchet</one>.
+- Nenne ein Enzym in allen <one>RNA-Viren</one>. A: Die <one>RNA-abhängige RNA-Polymerase</one>.
+- Das <one>core enzyme</one> der E. coli RNA Polymerase besteht aus welchen Untereinheiten? Beta, Beta-Strich, 2x Alpha.
+- Which <one>elongation factor</one> causes the small ribosomal subunit to translocate? <one>EF-G</one>, bound with <two>GTP</two>.
+- Who precisely can decode <one>Lysine Methylation</one>? The <one>Chromodomain</one>.
+- Finden wir <one>Kinasen</one> im Zellkern einer eukaryoten Zelle? Ja, dies ist möglich. []
+- In <one>gene expression</one>: where can we find an "anchor region"? In <one>gRNAs</one> ("guide RNAs").
+- Welche Polymerasen sind an <one>Ereignissen im Nucleolus</one> beteiligt? A: Alle 3.
+- The <one>tRNAse Z enzymes</one> are what kind/type of enzymes? They are <one>endonucleases</one>.
+- Was bedeutet <one>positive control of transcription</one>? Give an example as well. A: Transcription requires the binding of an activator protein to the DNA. The Maltose-catabolism in E. coli is an example.
+- Was produziert die RNAse <one>Dicer</one>? A: "dsRNA", zwischen 21-25 Nukleotide lang, mit je 2 Nukleotiden Überhang.
+- Was können die Enzyme <one>TuTases</one>? Dies sind "U-adding enzymes", die 1 U oder viele U an das 3-Prime Ende gespaltener mRNA hinzufügen können.
+- In bacteria, <one>EF-Tu</one> and <one>EF-G</one>, complexed with <two>GTP</two>, interact with which center of the prokaryotic ribosome? With <one>the factor-binding center</one>.
+- <one>CTCF</one> kann an welche Sequenz binden? A: An <one>ICR</one>.
+- Wie geht die "Consensus Sequenz" der -35 Region? A: <one>TTGACAT</one>.
+- What is a <one>transcriptase</one>? A <two>transcriptase</two> is a general term for <one>an enzyme that carries out transcription</one>.
+- Was ist mit dem Begriff <one>RNA-Editing</one> gemeint? RNA-Editing ist eine posttranskriptionale Modifikation von RNA deren Sequenz verändert wird.
+- In <one>mRNA decay</one> in eukaryotes: what is usually the first step? <one>Deadenylation</one> - that is, the removal or shortening of the Poly-A tail.
+- Nenne ein Protein das <one>AAUAAA</one> erkennt. Aus wievielen Untereinheiten besteht dieses Protein? A: <one>CPSF</one> (Cleavage and polyadenylation specificity factor), aus 4 Untereinheiten.
+- <one>Transcribing RNA polymerases</one> swap between which three states? (1) pre-translocated (2) reverse-translocated (3) post-translocated
+- In <one>Prokaryotes</one>: <two>which enzyme</two> synthesizes new DNA molecules? <one>DNA Polymerase III</one>.
+- Wann kommt es zur Bildung eines <one>closed complex</one> bei der Transkription? In der ersten Phase der Initiation.
+- U1 snRNA gene contains <one>DSE</one> and <one>PSE</one>. What do these abbreviations stand for? (1) DSE: "distal   sequence element" (2) PSE: "proximal sequence element"
+- How do the <one>rut-sites</one> look like? A: They contain about 40-60 nucleotides, and are rich in <one>C</one>.
+- Name <one>a protein group</one> that often contains a "histon deacetylase". A: <one>Corepressors</one>.
+- Wie hiess die <one>tmRNA</one> früher? <one>10S RNA</one>.
+- In Eukarya: <one>Ser5</one> of the RNA-Polymerase is phosphorylated by ...? <one>TFIIH</one>.
+- The protein <one>maskin</one> can bind which initiation factor? <one>eIF-4E</one>.
+- Wo ist das <one>decoding center</one>? A: Auf der <one>30S Untereinheit</one>, in der Nähe der A-Site.
+- Was heisst <one>b-ZIP</one> und welches Charakteristikum hat dieses Motiv? A: Basic Zipper (entsteht aufgrund mehrere Leucin-Reste).
+- Why is the <one>glmS ribozyme</one> more than <three>just a ribozyme</three>? Because it is also <one>a riboswitch</one>.
+- Major advantage of <one>translational control</one>? <one>Speed</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Translational_regulation []
+- Which 3 enzymes are required for the <one>mRNA capping event</one>? (1) <one>RNA triphosphatase</one> (2) guanylyltransferase (3) guanine-N7-methyltransferase
+- Die <one>RNA-Pol II</one> besitzt <two>n AA</two>? <one>4500</one>.
+- Wie ist ein <one>Transkriptionsfaktor</one> definiert? Dies ist ein Protein, das an definierte DNA-Sequenzen binden kann.
+- Nenne zwei <one>transkriptionale Aktivatoren</one>. A: (1) <one>NtrC</one> und (2) <one>MerR</one>
+- Das Protein <one>FACT</one> bei der Genexpression kann was genau? Es kann die H2A/H2B Dimere des Nukleosoms abtrennen.
+- Precursor von mRNA (auch der ausgeschriebene Name)? "Heterogeneous nuclear RNA" (<two>hnRNA</two>).
+- Nenne ein Beispiel für einen Organismus der <one>Antitermination</one> verwendet. A: Der Phage <one>Lambda</one>.
+- Wo genau findet man die <one>Shine-Dalgarno-Sequenz</one>? Auf der mRNA (von Prokaryoten), etwa 8 Basenpaare Upstream des (AUG) Startcodons.
+- How can scientists <one>follow the progress of protein synthesis</one>? By <one>radioactive labelling of the amino acids</one>.
+- Gib ein Beispiel in der Genexpression für <one>Substratrepression</one>. A: Das <one>trp-Operon</one> in E. coli.
+- Wie nennen wir in Eukaryoten den Bereich, in den ein (wichtiges) <one>AUG</one> eingebettet sein muss? <one>Kozak-Sequenz</one>.
+- Warum geben wir <one>NaOH</one> zur DNA? Um die <one>Wasserstoffbrücken zwischen der dsDNA-Doppelhelix zu zerstören</one>. []
+- Does the <one>RNA-Polymerase</one> only release pyrophosphate? No, it also releases one <one>Mg2⁺⁺</one>.
+- Wie lange dauert die <one>S-Phase in Säugetierzellen</one>? Etwa <one>8 Stunden</one>. []
+- Was heisst <one>ADAR</one>? A: (<one>RNA editing</one>) by Adenosine Deaminases that acts on RNA (ADARs)
+- Welche 3 Aufgaben hat <one>p-TEFb</one>? A: (1) Er phosphoryliert Serin 2 in der Heptapeptid-Sequenz YSPTSPS (2) er rekrutiert danach hSPT5 und (3) danach rekrutiert er TAT-SF1
+- TFIIS hilft der Polymerase vor allem wobei? Beim <one>Proofreading</one>.
+- Was sind die normalen zellulären Aktivitäten der <one>microRNA</one>? Sie unterdrücken genetische Aktivitäten in der Zelle.
+- What are <one>isoaccepting tRNAs</one>? These are tRNAs that accept the same aminoacid, but have different anticodons.
+- What do we mean with the term <one>monosome</one>? A monosome is <one>a single ribosome</one> - its two subunits are joined.
+- Das <one>bakterielle Holoenzym</one> besteht aus? Dem core Enzym sowie dem assoziierten Sigma-Faktor.
+- Was für eine Aufgabe hat <one>TFIIA</one>? Stabilisiert die TFIID-Bindung.
+- Welcher <one>eukaryotische Elongationsfaktor</one> hat als strukturelle Besonderheit Diphthamid? <one>eEF-2</one>. []
+- Name a <one>cytoplasmic tyrosine kinase</one>. A: Src.
+- <one>IPTG</one> hat wieviele Methylgruppen? <one>2</one>. []
+- We can <one>profile total mRNA from cells</one> and can thus find out which genes are <two>transcriptionally induced</two> and which genes are <two>transcriptionally repressed</two>. But is there a problem with this technique? Yes. mRNAs that are potentially regulated by translational control are not detected.
+- The <one>sigma factor</one> helps separate what exactly? <one>dsDNA</one>, at the <two>-10 Region</two>.
+- When we see a gene in bacteria also have <one>an associated antisense-RNA</one>, what may we assume about this gene? It may encode a <one>potentially toxic product</one>.
+- Name a Polymerase associated with <one>transcriptional silencing</one>. A: The <one>Pol V</one>.
+- What is the job of the <one>ribosome modulation factor</one>? It binds to ribosomes and inactivates them.
+- Give one good example for an <one>archael repressor</one>. A: The <one>NrpR Protein</one>.
+- Was braucht <one>Promoter Melting</one> in <three>Eukaryoten</three> genau? A: ATP (für TFII H).
+- In der Gentechnik: was heisst "SELEX"? A: <one>Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment</one>.
+- Was machen <one>Deiminasen</one>? A: Entfernen Arginin-Methylierung.
+- What are <one>ribosomopathies</one>? <three>Ribosomopathies</three> are <one>human disorders of ribosome dysfunction</one>.
+- Wie kann man die beiden Untereinheiten des Ribosomes trennen? Mit Hilfe eines <one>Sucrose-Gradienten</one>.
+- <one>Rel-Homologe</one> sind Transkriptionsfaktoren die in ihrer DNA-Bindungsdomäne welch anderen Proteinen ähneln? Der NF-Kappa B Familie.
+- Was ist das Besondere an der <one>SD-Sequenz</one>? Sie enthält nur <one>Purine</one>.
+- Wie nennt man die Basis der beiden Polymerase Pincers? A: <one>Beta-flap</one>.
+- Eine Zelle besitzt in etwa wieviele <one>La-Proteine</one>? A: <one>10 Millionen</one>.
+- Bei welchen Genen findet man die <one>E-Box</one>? A: Vor allem vor "Proliferationsgenen".
+- Das <one>Bantam-Gen</one> in Drosophila kodiert für ...? A: Eine 21 Nukleotide lange miRNA.
+- Allgemein: wie wirken jeweils <one>Enhancer</one> und <one>Silencer</one>? (1) <one>Enhancer</one>: die Transkription eines Gens wird erhöht. (2) <one>Silencer</one>: die Transkription eines Gens wird erniedrigt.
+- Nenne die zwei wichtigsten Funktionen der <one>mTOR-Signalstation</one>. A: (1) <one>Einleiten der Translation</one> über eIF4E (2) verstärkte Synthese von ribosomalen Proteinen (und damit mehr Ribosomen in der Zelle)
+- The <one>amino acid</one> is connected to the CCA-’3 part of a tRNA through which linked group? Through an <one>ester bond</one>.
+- Der <one>Sigmafaktor</one> erlaubt es der RNA-Polymerase Promotor DNA von anderer DNA zu unterscheiden. Nenne ein besseres Wort für <two>unterscheiden</two>. A: <one>Diskriminieren</one>.
+- Die <one>Pol II</one> n Heptapeptidrepeats bei Hefe / Drosophila / Säugetier? <one>26</one>/44/52.
+- Within the <one>nucleus</one> of eukaryotic cells, which RNA constitutes the <two>most abundant non-coding RNA</two> there? <one>Spliceosomal U snRNAs</one>.
+- Name four steps that can be found as part of <one>tRNA processing</one>. A: (1) <one>cleavage</one> (2) <one>splicing</one> (3) <one>base addition</one> (4) <one>base modification</one>
+- Nucleotides may be removed one at a time from the 5' and 3' of a tRNA, in a process known as ... ? <one>Trimming</one>.
+- Do <one>eukaryotes</one> typically have many copies of each tRNA gene? Yes.
+- Which <violet>kinase</violet> controls <two>ribosome abundance</two>? The <one>mTORC1 kinase</one>.
+- <one>Puromycin</one> mimics ... ? <one>Tyrosyl tRNA</one>.
+- The forkhead box transcription factors were found in which organism? In <one>Drosophila</one>.
+- Der <one>Fructosetransporter</one> ist ... ? <one>GLUT5</one>. 
+- The inducible form of nitric oxide synthase (NOS2) catalyzes the synthesis of nitric oxide (NO) from arginine in response to ... ? Injury and infection.
+- Sp1 is linked to the maintenance of ... ? <one>methylation-free CpG islands</one>.
+- Do <one>pH changes</one> modulate the activity of <two>Sp1</two>? Yes. 
+- Why is <one>rifampicin</one> so useful in "molecular biology research"? Because rifampicin will inhibit transcription - unless an "open promoter complex" has already formed.
+- What is the "opposite" of the term <one>inducer</one>? A <one>corepressor</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Corepressor
+- Sind <one>Leucin-Zipper</one> Beispiele amphipathicher Helices? Ja.
+- Der <violet>EJC</violet> (<cadetblue>Exon-Junction Complex</cadetblue>) wird durch das Spliceosome stromaufwärts oder stromabwärts von einer exon-exon-junction deponiert? <one>Stromaufwärts</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Exon_junction_complex
+- Nenne eine andere Bezeichnung für <one>SF1</one>. A: <one>BBP</one> - branch binding protein.
+- <one>U4</one> arbeitet als Komplex mit ... ? A: <one>U6</one>.
+- Nenne 1 Protein das an <one>Sigmafaktor 32</one> bindet. A: DNA j.
+- Name a huge advantage of <one>group I introns</one>. A: They do not require the help of protein factors.
+- Wo liegt die Signalsequenz die die Steuerung ins Peroxisom bedingt? A: An <one>C-Terminaler Seite</one>.
+- <one>How long</one> does it take a cell to transcribe the "dystrophin gene"? About <one>6 hours</one>.
+- Die <one>MAPK-Kaskade</one> reguliert Gene, deren Produkte die ... ? <one>Zellproliferation stimulieren</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/MAPK/ERK_pathway
+- Wie häufig ist eine TATA-Box bei Haushaltsgenen? Eher selten.
+- Andere Bezeichnung für die <one>heat shock response</one>? <one>Unfolded protein response</one>.
+- Wie nennen wir Gene die strändig transkribiert werden? <one>Konstitutiv exprimierte Gene</one>.
+- Was ist ein <one>Regulon</one>? Ein Regulon ist eine Gruppe aus gemeinsam regulierten Genen. Sie können im (bakteriellen) Genom oft weit verteilt sein. Ein Beispiel ist das <one>Hitzeschockregulon</one>.
+- Die Energie beim <one>supercoiling</one> stammt von ... ? Von <one>ATP</one>. Das Induzieren von <one>supercoils</one> benötigt Energie; das Entfernen (relaxieren) hingegen benötigt keine Energie.
+- What is the <one>SWI-SNF complex</one> capable of doing? Repositions nucleosomes (in a test-tube assay) if ATP is present.
+- Was heisst <one>Raptor</one>? A: <one>Regulator associated protein of mTor</one>.
+- What does a <one>bromodomain</one> bind? Acetyllysin (<one>acetylated lysines</one>).
+- Womit interagiert der <one>Mediator</one>? A: Mit dem CTD Tail der Polymerase.
+- Inside of a cell, <one>codon bias</one> is correlated with ... ? <one>tRNA availability</one>.
+- A. W. für "knock in transfer"? <one>Exchange of function</one>.
+- Nenne ein Beispiel für einen <one>mammalian splicing repressor</one>. A: <one>hnRNPI Protein</one>.
+- Nenne einen Grund wieso es so schwierig war Ribosomen zu kristallisieren. A: Weil sie so <one>heterogen</one> waren.
+- Is the micronucleus of ciliates "transcriptionally active"? No - it is <one>transcriptionally inactive</one>.
+- Was sind <one>Aptamere</one>? DNA oder RNA-Oligonucleotide (15-16 Nukleotide) die an Proteine binden kann.
+- Das Poly(A)-Signal ist entweder <violet>AAUAAA</violet> oder <violet>AUUAAA</violet>. Welches davon ist seltener anzutreffen? <one>AUUAAA</one>.
+- Welche Scherkräfte wenden wir meistens bei der ChIP-Technik in der Genexpression an? <one>Ultraschall</one>.
+- Welchen Effekt hat Rapamycin auf mTOR, und davon ausgehend, auf die Zelle? Rapamycin inaktiviert mTOR - und <one>reduziert dadurch die Proteinbiosynthese</one>.
+- A. W. für "Aconitase"? <one>Iron response regulatory protein</one>.
+- Which part of the RNA polymerase II contains the CTD? The <one>beta subunit</one>.
+- In Eukaryoten: wie kann die <cadetblue>Adenylatzyklase</cadetblue> aktiviert werden? Durch <one>Glukaogen</one>, das an die Adenylatzyklase binden kann.
+- <cadetblue>cAMP</cadetblue> in Eukaryoten aktiviert welches cytoplasmatisches Protein? Die <one>Proteinkinase A</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_kinase_A
+- Welcher Initiationsfaktor fällt zuerst ab? A: <one>IF3</one>.
+- Ein "Leucin-Zipper" hat wieviele Alpha-Helices? Zwei.
+- Does the Polymerase I have a <cadetblue>CTD</cadetblue>? No.
+- In general: an enhancer is a binding site for ... ? An activator protein.What do we mean with <one>circRNA</one>? This is simply circular mRNA.
+- Name three different RNA products of Polymerase II. A: (1) <one>hnRNA</one> (2) <one>mRNA</one> (3) <one>snRNA</one>
+- Nenne eine kurze Erkennungssequenz die wir in/an Exons finden können - zumindest bei prä-mRNAs. A: ESEs: <one>Exon-Spleiß-Enhancers</one>.
+- Nenne zwei <cadetblue>Poly(A)-Signale</cadetblue>. A: (1) <one>AAUAAA</one> (2) <one>AUUAAA</one>
+- Give one example for a "regulatory nucleotide". A: cyclic AMP (<violet>cAMP</violet>).
+- <violet>WNT</violet> baut was ab? A: Beta-Catenin.
+- What is meant with <one>aa-tRNA</one>? This refers to an <cadetblue>aminoacyl tRNA</cadetblue>.
+- Polyadenylation typically involves which two events? (1) cleavage of the RNA-trascript (2) addition of A residues onto the resulting free 3' end of that RNA
+- Dyskerin is responsible for the conversion of ... to ... ? uridine -> pseudouridine
+- Nenne ein Enzym das "Inosine" produzieren kann. A: <one>ADAR</one> ("Adenosine Deaminase acting on RNA")
+- Was meinen wir mit Hotspot Mutationen in PI3K? Dies sind Mutationen die die Kinase Aktivität erhöhen.
+- Die <violet>PI3K</violet> (Phosphoinositide-3-Kinase) hat welche Untereinheiten? 2. p85: die regulatorische Untereinheit, die an den Rezeptor bindet; sowie p110: die katalytische Untereinheit.
+- pTEFB ist was für ein Enzymtyp? A: Ist eine <one>Kinase</one>.
+- Was meinen wir mit einer "bicistronischen mRNA"? Dies ist eine mRNA mit zumindest zwei offenen Leserahmen (<one>2 ORFs</one>).
+- Der eukaroytische eIF4E wird durch welchen Komplex inaktiv gehalten? A: Durch <violet>4E-BP</violet>.
+- Das <violet>src-Protein</violet> hat wieviele Untereinheiten? Nenne sie. A: 4 Domänen. (1) Kleine Kinase-Domäne (2) grosse Kinase-Domäne (3) SH2-Domäne sowie (4) SH3-Domäne
+- Wann wurden <violet>Ribozymes</violet> entdeckt? 1982.
+- Masse einer tRNA, in kd? <violet>25 kd</violet>.
+- Wo findet man "Riboswitches"? In der "5-prime UTR" Region von Genen.
+- Das Paradebeispiel eines "Ribozyme", ausgenommen dem Ribozyme-Anteil im Ribosom, ist ...? <one>RNase P</one>.
+- Name a way how we could induce <one>hsp70</one> in the lab. A: We can add "heavy metals", such as <cadetblue>cadmium chloride</cadetblue>.
+- Elongation und Promotor Escape. Welche Serin-Positionen werden phosphoryliert? A: (1) Bei "Elongation" <one>Serin 2</one>. (2) Bei "Promotor Escape" <one>Serin 5</one>.
+- Name one way how to inhibit sigmafactors. A: With <one>anti-sigma factors</one>.
+- Bei <violet>bZIP Proteinen</violet>, wo liegt die DNA Bindedomäne? A: Die liegt genau vor dem Leucin-Zipper Motiv.
+- Who or what acts as "<u>signal for degradation</u>" in a cell? <one>Ubiquitin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ubiquitin
+- The eukaryotic cap is protected from decapping enzymes by which protein? By the cap-binding protein <cadetblue>eIF4E</cadetblue>.
+- Wie gross (in kDa) muss ein Protein sein, um die Zellkern-Poren noch passieren zu können? <one>40 kDa</one>.
+- Warum ist das Wort "Homöostase" ein eher falscher Begriff, aus Sicht der Genexpression? Da eigentlich ein <violet>dynamisches Equilibrium</violet> gemeint ist; also laufend weiterhin Veränderungen und somit auch aktive Genexpression. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Hom%C3%B6ostase
+- Nenne ein "Restriktionsenzym" das nur methylierte DNA schneidet. A: <violet>Dpn I</violet>.
+- Wo finden wir die Destabilisierungselemente in einer mRNA? In der <one>5'-UTR</one>.
+- Which "eukaryotic polymerase" uses a transcription factor called "UBF"? The <one>RNA polymerase I</one>.
+- Wo findet man die "Anti-Shine-Dalgarno" Sequenz? A: Auf der <one>16S rRNA</one>.
+- Wo finden wir einen upstream ORF? <one>Innerhalb</one> der 5-prime UTR einer mRNA.
+- Im Jahr 2009 wurden "self-replicated ribozymes" erstellt. Wie lang waren diese RNAs? Jedes war etwa <one>70 Nucleotide</one> lang.
+- Der Glucocorticoid-Rezeptor erkennt welche Sequenz? A: <one>AGA ACA</one>.
+- Why is control of enzyme activity important in gene expression? Because it <one>allows for a fast response</one>.
+- Can the removal of intervening sequences in eukaryotes occur before or after polyadenylation has occurred? Yes.
+- The addition of up to 200 adenosine residues onto a nascent RNA is also called ... ? Polyadenylation.
+- uAUGs finden wir allgemein wo genau? In der 5'UTR region.
+- If any given cell may contain lots of (RNA) helicases, what may we conclude from this? It may be that this cell has quite some mRNAs that have a secondary structure which has to be removed.
+- Was heisst TAFs? TBF-assoziierte Faktoren. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/TBP-associated_factor
+- Substrat für die "Luciferase"? <one>Luciferin</one>.
+- <violet>UBF</violet> hat eine besondere Domäne. Welche Eigenschaft hat diese Domäne? A: Sie besitzt eine saure carboxymale Domäne (mit viel Asparaginsäure und Glutaminsäure).
+- Proteinkinase A phosphoryliert welchen Transkriptionsfaktor im Zellkern? <one>CREB</one>.
+- <royalblue>CREB</royalblue> ist was für ein Typ eines Transkriptionsfaktors? <royalblue>CREB</royalblue> ist ein <one>bZip-Protein</one>.
+- Was heisst das "H" in <one>rpoH</one>? Heat shock response.
+- In Eukaryoten: welche Proteine erkennen <one>premature termination codons</one>? UPF-Proteine (up frameshift). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/UPF1
+- Name a subunit/component of mTORC2 (mammalian target of rapamycin complex 2). A: RICTOR. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RICTOR
+- We know mTOR, but what is meant with mTORC, the "C" here? This stands for "complex". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/MTOR#Complexes
+- 4E-BP bindet an (und inaktiviert dadurch) welches Protein? <one>eIF4E</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/EIF4E
+- Welchen Effekt sehen wir wenn mTOR das Protein S6 aktiviert? Dies fördert die Synthese ribosomaler Proteine, was wiederum die <one>Translationskapazität</one> der Zelle fördert.
+- Do <one>transcribed snRNAs</one> contains a Poly-A tail? No.
+- Sirtuins are De-Acetylases. They depend on which cofactor? <one>NAD+</one>.
+- mTOR ist was für ein Protein (Typ)? mTOR ist eine <one>Proteinkinase</one>.
+- mTOR ist eine Proteinkinase. Welche Aminosäure oder welche Aminosäuren sind das Ziele von mTOR? (1) Serin (2) Threonin
+- mTOR kann 4E-BP phosphorylieren. Hierzu benötigt es welches Protein? <one>Raptor</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RPTOR#Function 
+- Bei mTOR: wofür steht das <one>m</one>? Für <orange>mammalian</orange>.
+- Allgemein: wenn ein Promotor methyliert wird, so führt dies zu welchem Effekt? Dies führt zum <orange>Abschalten des Gens</orange>.
+- Bei <slateblue>PolI Promotoren</slateblue>, wie liegt TBP vor? A: Im Verbund mit SL1.
+- Do Eukaryotes have a "SRP" ("<u>signal recognition particle</u>")? Yes. 
+- Gib ein Beispiel für ein Protein mit Bromodomäne! A: Der "Swi-SNF Komplex".
+- Werden "eukaryote Chromosomen" wie "prokaryote Chromosomen" repliziert? Nein. Verschiedene Abschnitte im Chromosom werden zu unterschiedlichen Zeiten in der S-Phase repliziert.
+- During cold shock and heat shock response, which proteins are synthesized significantly more often? "Chaperones" that "help refold unfolded proteins".
+- How was the "non-colinearity of eukaryotic genes" discovered? DNA was hybridized with the mRNA transcribed from it.
+- Im "lac-Operon", damit CAP eine positive Wirkung erzielen kann, muss es welches Molekül gebunden haben? cAMP. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Catabolite_activator_protein
+- Is CREB (the "cAMP response element binding protein") phosphorylated? Yes; this can be determined via an antibody, against the "phosphorylation status of serine 133".
+- Wieviele Basenpaare umfasst der "open complex"? "14".
+- Are the "three different initiation codons" functionally the same? No - GUG and UUG are "used less frequently" due to a less strong base-to-base interaction.
+- Was macht der "allosteric effector" allgemein? It "binds to the allosteric site" of the regulatory protein in such a way as to change its activity.
+- Which "protease" activates the anti-sigma factor RseA? DegS.
+- Nenne ein Kennzeichen der "Initiator-Elemente". A: Sie sind sehr "pyrimidinreich".
+- "Dimerisierte Rezeptor-Tyrosinkinasen" stellen eine Bindungsstelle für welches Protein dar? Das "Adapterprotein Grb2". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/GRB2
+- Name two different "chromatin-remodeling complex families". A: (1) the "SWI/SNF family" (2) the "ISWI family"
+- Rtt103 bindet woran genau? A: An phosphoryliertes Serin 2 der "YSPTSPS-Sequenz".
+- Give two specific examples for "Gene Regulation by Riboswitches". A: (1) Translation activation of virulence genes in Listeria (2) Translation activation by binding and stabilisation of mRNA by E.coli sigma factor
+- What do we mean with an "internal promoter"? This is a promoter "located within the transcribed region".
+- Who is the "most well studied eukaryotic activator"? "Gal4".
+- Wo (zellulär betrachtet) finden wir "Drosha" und in welcher Organismengruppe? A: Nur im Nucleus, und nur bei Tieren (nicht bei Pflanzen)
+- Can "protein levels" be reliably predicted from mRNA abundance? No.
+- In der Genexpression, wofür steht die ABkürzung "RTF"? "Regulatorische Transkriptionsfaktoren".
+- Du musst terminal phosphate von 1 Polynucleotide chain entfernen. Was tun? Das Enzym "Phosphatase" verwenden.
+- Gib ein Beispiel für ein "Zinkfingerprotein". A: Der Transkriptionsfaktor SP1.
+- Woher nehmen die "Histon-Acetlytransferasen" die Acetylgruppen? Von "Acetyl-Coenzym A".
+- Was heisst "RACE"? "Rapid Amplification of cDNA Ends".
+- Anderes Wort für eine Reversion an einem anderen Ort? A: "Double Mutant Reversion".
+- "Aktivierungsdomänen" besitzen allgemein oft was für Aminosäuren? Überdurchschnittlich viele "saure Aminosäure".
+- Welche Terminationsarten der Transkription sind in Ecoli bekannt, und welche tritt häufiger auf? A: "Rho-abhängig" und "rho-unabhängig".
+- Welche Sequenzfolge hat die "Kozak sequence"? 5-prime ACCAUGG 3-prime
+- How is the DNA positioned, in regards to the histones? Histones form the "interior core"; the DNA lies on the "surface of the histone discs".
+- Minimum number of genes required to make a living cell? "470 genes" (but this is a parasite).
+- Which U-snurp creates the intron RNA loop? "U5".
+- Welche Proteine regulieren die Stabilität von mRNAs? Die "ARE-Bindungsproteine".
+- Beim "mRNA Export" - welcher Teil der mRNA verlässt den Zellkern zuerst? Die 5'cap Struktur gelangt als erstes ins Cytoplasma.
+- "Alternative Polyadenylierung" wird oft kombiniert mit ... welch anderem zellulären Prozess? "Alternativem Splicing".
+- Die "alternative Polyadenylierung" führt zu ... ? Sie führt dazu, das die mRNAs unterschiedlich lang sind an ihrem 3'-Ende. Es führt zudem dazu, das die Proteine am C-Terminus unterschiedlich lang sind.
+- Viele Genregulatorproteine bestehen aus zwei unabhängigen Domänen mit definierten Funktionen. Welche Domänen sind dies, typischerweise? (1) eine "DNA-bindende Domäne" (2) eine (oder mehrere) "Protein-bindende Domäne"; auch "Transaktivierungsdomäne" genannt
+- Anderer Name für eine "Protein-bindende Domäne"? "Transaktivierungsdomäne".
+- Welche "intrazellulären Rezeptoren" verwenden "Zinkfinger-Motife"? Die Rezeptoren für Steroide, zum Beispiel.
+- Rezeptoren lassen sich charakterisieren nach welchen drei Kriterien? (1) ihrer "Lokalisation": Zytoplasma/Zellkern, Zellmembran (2) ihrer "molekularen Struktur" (3) dem "beteiligten Signalübertragungsweg"
+- How long are "eukaryotic replicons", from-to? About 40 kb to 100 kb in length.
+- UBF Proteine ähneln welchen anderen Proteinen? "HMG1 Chromatin Proteinen".
+- Why are Enhanceosomes necessary? So "to overcome the inertia of chromatin".
+- Name two functions of RISC. A: (1) "represses translation" (2) "promotes mRNA degradation"
+- Can "RISC" remove poly(A) tails? Yes, that is a possibility - see the following URL. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4163081/
+- Who recognizes the TATA element in eukaryotes? "TFIID".
+- Nenne einen "Ribozyme-Typ". A: Das "Hammerhead-Ribozyme".
+- Welcher Teil der bakteriellen Polymerase bindet DNA? Die "Beta' Untereinheit".
+- Name a protein that can bind to AREs and thus destabilize mRNA. A: TTP: "Tristetraprolin". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/ZFP36 Tristetraprolin
+- Wann erschien das Wort "Ribozyme" zum ersten Mal? Im Jahre "1982".
+- What is "LacUV5"? This is a variant of the lac promoter with an altered sequence in its -10 region. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/LacUV5
+- What is the "general impact of chromatin" in regards to gene expression? Chromatin itself "represses gene expression".
+- What are "ncRNAs"? non-coding RNAs.
+- Welche Zielaminosäuren haben SH2- und SH3-Domänen? (1) SH2: "Prolin" (2) SH3: "Phosphotyrosin"
+- Name one way (a technique) how to store "protein-protein interaction" on a combinatorial scale. A: "Phage display".
+- Was heisst "siRNA"? "Small interfering RNA".
+- If we see an "Up element", what may we conclude? That this is a "very strong promoters".
+- Bei der Genexpression, der Regulation, worauf bezieht sich positive und negative Regulation? Auf die Transkription: negativ schaltet sie ab, Positiv schaltet sie ein.
+- Is the "TATA box" special, from its sequence alone? Yes - "TATAAT" is an A/T-rich sequence, so melting this apart is quite simple.
+- Which polymerase transcribes the "U1 snRNA"? "RNA Polymerase II".
+- Name a technique with which we can identify sequences bound by "transcription factors" in-vivo. A: "Chromatin immunoprecipitation". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_immunoprecipitation
+- Which polymerase transcribes the "snoRNAs"? The "RNA Polymerase II". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Small_nucleolar_RNA
+- All "transcription factors" have which domain, in general? A "DNA-binding domain".
+- In the human genome, are "transcription factors" more likely to bind downstream or upstream of the transcription start site? They are about equally likely to bind either upstream or downstream of the "transcription start site".
+- "Adenosin Desaminase" oder "Adenosin Deaminase"? Da kann nur "Adenosin Desaminase" richtig sein, da dies die deutsche Bezeichnung ist. Im Englischen heisst das Enzym hingegen "Adenosine deaminase".
+- "Karyopherins" are nuclear transport receptors that bind to ... ? "Nups".
+- Gib ein Beispiel für einen Anti-Sigma Faktor mit Organismus der ihn kodiert hat! A: Faktor "AsiA" aus dem <two>Bakteriophagen T4</two>.
+- Was heisst "SIR"? A: "Silent Information Regulator". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/SIR_proteins
+- Wo in der Zelle finden wir "snoRNPs"? Im "Nucleolus".
+- Wofür steht die Abkürzung "JAK"? A: "Just Another Kinase".
+- What is the most important enzyme for an Okazaki fragment? The "DNA ligase".
+- Worum geht es bei LRP und GATC Sequenzen? A: Um "Pap Pilus Synthesis".
+- Nenne einen "key-step" in transcription initiation von RNA Pol II? A: "Phosphorylierung von CTD".
+- The U6 snRNA is transcribed by which enzyme? By the "RNA Polymerase III".
+- Was heisst "MRP", als Teil der Genexpression/Zellbiologie? A: "Mitochondrial RNA Processing".
+- What could happen if there is a point mutation in the "SD sequence"? This "could prevent a mRNA from being translated".
+- Nur wann/wie können STATs in den Zellkern wandern? Nur wenn sie im dimeren Zustand vorliegen.
+- Antisense RNA hat was für einen Einfluss auf die Genexpression? Antisense-RNA "inhibiert allgemein die Genexpression".
+- Wie gross (in kDa) ist Transferrin und wieviel Eisen kann es binden? A: "80 kDa", und kann "2 Eisen / Transferrin" binden.
+- The <one>tmRNA</one> carries which amino acid? "Alanine" (Mnemonic: tmRNA... ends with A; thus "Alanine").
+- Riboswitches in a cell function as ...? "Sensors", by binding to metabolites with high affinitay and specificity.
+- Wo wird ein "Stop Codon" erkannt? In der "A site eines Ribosoms".
+- Nenne eine ungewöhnliche Base im Anticodon-Loop von tRNA! A: "Methylinosin".
+- What is the "effector molecule" for the "glmS ribozyme"? "Glucosamine-6-phosphat".
+- Wann wurde die "Shine-Dalgarno-Sequenz" entdeckt? "1975".
+- The "Wnt proteins" are rich in which amino acid? "Cysteines".
+- Where in Eukarya can we find "diphthamide"? In the elongation factor "eEF2".
+- Die tmRNA ist mit welchem Protein assoziiert? "SmpB".
+- Wo liegen die Ecoli Lac O2 und Lac O3 Repressorstellen? A: (1) O2 bei +410 (2) O3 bei -83
+- Can a tRNA recognize more than one codon? Often it can, so yes.
+- Which enzyme processes the 5' end of (pre)tRNAs? The "RNase P", an Endonuclease. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RNase_P
+- Can the Lysines of Histones be "ubiquitinylated"? Yes.
+- In der Genexpression, was heisst "ppGpp" und "pppGpp"? (1) ppGpp:  "guanosine tetraphosphate" (2) pppGpp: "guanosine pentaphosphate"
+- What cool tunnel can we find in the RNA-Polymerase? The "Ribonucleotide triphosphate tunnel".
+- Wo in der Zelle finden wir "MRP-RNPs"? (1) Nucleolus (2) Mitochondrien
+- Are tRNAs ever methylated? Yes, some are - on their 2'OH to produce "2'-OH-methyl tRNA".
+- Welcher Teil einer Aminosäure wird mit der tRNA verknüpft? Der "Carboxyterminus" - es entsteht eine C=O Verbindung bzw. ein "-C=O-O Ester".
+- "Acetyl groups" are added to "histone proteins", by ... ? "Histone Acetyltransferase enzymes". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_acetyltransferase
+- Wieso ist die Kozak-Sequenz wichtig? Die Kozak Sequenz ist für die "Initiation der Translation" wichtig, bei eukaryotischer mRNA. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Kozak_consensus_sequence
+- Name a disadvantage of the "DNA Microinjection" technique. A: There will be "random Integration" of the foreign DNA.
+- Durchmesser Ribosom? "25 Nanometer".
+- The PABP (Poly(A)-binding protein) covers how many nucleotides? Around "50 nucleotides".
+- Steroid-Hormone binden im Zellkern an ...? HRE ("Hormone-Responsive-Elements").
+- We add acetyl-groups to N-terminal area of a protein. What is the effect, in regards to such proteins? These proteins are "more resistant to degradation".
+- Histones containing the "H3K4me3 modification" are frequently found near ... ? Near "promoters of transcriptionally active genes".
+- Give another term for "histone modifications. A: The "histone code".
+- How can we experimentally determine regions in a given eukaryotic genome, that are "transcriptionally active"? We can employ the enzyme "DNase I". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Deoxyribonuclease_I
+- What is the task of the "snoRNAs"? snoRNAs "modify ribosomal RNAs".
+- Nenne einen Faktor der die Elongation stimuliert. A: "TFIIS".
+- "SP1" binds to which sequence? "GGCGCC".
+- Wie geht das "Polyadenylierungssignal" (zwei Möglichkeiten)? (1) "AAUAAA" (2) "AUUAAA"
+- Welche Kontrolle gibt es beim "ara-operon"? A: Positive Kontrolle, durch "CRP".
+- How do we call the ligand-binding part of a riboswitch? "Aptamer".
+- Nenne eine RNA die wir im eukaryoten SRP ("Signal Recognition Particle") finden können. A: Die "7SL-RNA".
+- Was meinen wir mit einem "reprimierbaren Promotor"? Dies ist ein Promotor, bei dem die Expression durch ein Repressormolekül gehemmt wird.
+- Welche Strategie verwendet Poliovirus gegen eIF4G? A: Es spaltet den "aminoterminalen Teil" von eIF4G ab, mit dem Effekt das die Synthese zellulärer Proteine zum Erliegen kommt.
+- "CrcZ" has how many "Hfq binding motifs"? 6.
+- Wie häufig ist das "minor spliceosome" in Menschen zu finden? A: 1 in 1000 (also 0.1%).
+- Ein Beispiel eines "Anti-VEGF" nennen. A: "Avastin".
+- What is the role of the snoRNAs? They are required for "rRNA processing".
+- Where are Riboswitches typically found, from a genetic point of view? In the "5' UTR".
+- Von welchen zwei Dingen ist die DNA-Ligase abhängig? Von "ATP" und von einem Lysin-Rest im Enzym.
+- In the cell, mRNA decay competes with ...? "mRNA translation".
+- Compare the size of Histone H2A with the variant macro-H2A. A: "Macro-H2A" is 3x as large as "H2A". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/H2AFY
+- We have found histone variants for all "core histones", except for ... ? Histone "H4".
+- Wann werden "leaky" Promotoren zu einem Problem? Wenn da Genprodukt "toxisch" ist.
+- "Histone phosphorylation" occurs on ... ? The "hydroxyl-group of serine and threonine".
+- Name two histone modifications that start with the letter "A". A: (1) "Acetylation" (2) "ADP-ribosylation"
+- Welche "Proofreading Eigenschaften" hat RNA Polymerase? A: "Hydrolytic editing" und "Pyrolytic editing".
+- Nenne alle Basen die in tRNA Anticodon vorkommen können. A: Folgende fünf Basen können vorkommen: (1) "A" (2) "C" (3) "U" (4) "G" (5) "I"
+- Name five improtant levels of "gene regulation in prokaryotes". A: (1) "Transcription" (2) "RNA processing" (3) "RNA stability" (4) "Translation" (5) "Post-Translation"
+- Nenne eine allgemeine Einschränkung jeder DNA Polymerase. A: Alle DNA-Polymerasen benötigen einen DNA-Primer.
+- Phosphorylation requires what? ATP.
+- Gib zwei Beispiele für "bZIP Proteine"! A: (1) CREB (2) JunD
+- Was heisst "MITE"? Miniature inverted repeat transposable Element.
+- Mit welchem Organell ist mTORC1 assoziiert? Mit dem "Lysosom".
+- Ringförmige RNA kann welche merkwürdige Form annehmen? Aufgrund zahlreicher Basenpaarungen kann das "Potato spindle tuber viroid" die Form eines "Stäbchens" annehmen.
+- Was heisst "FACT"? A: "Facilitates Chromatin Transcription".
+- The fMet Initiation tRNA starts out where in the ribosome? In the "P site" (thus: "in the middle").
+- Wie können wir die His-Tags purifien, also reinigen? Mittels einer "Nickel-Säule".
+- Do we regard "coactivators" as "transcription factors"? Yes.
+- Der "Mediator-Komplex" lagert sich woran genau an? An die "C-terminale Region" der RNA-Polymerase II.
+- What do we mean with an "ubiquitous promoter"? This is a promoter that can drive expression of a gene "in all tissues".
+- What is meant with the term "enzyme induction"? The appearance of specific enzyme(s) only in the presence of its substrate(s).
+- Can one gene have two transcripts with opposite effects? Yes.
+- "Gene expression" may be compared in several different experimental conditions. Giave two examples here. A: (1) normal versus diseases tissue (2) cell lines with or without drug treatment
+- Activation of eukaryotic genes requires change in ... what "state"? The "state of chromatin".
+- Name two elements to which an "activator" binds to. A: (1) a specific DNA target region (2) a component of the "basal transcription apparatus"
+- Which protein coats the Poly(A) tail? "PABP": the poly(A) binding protein.
+- Why is mRNA unstable? Due to the action of ribonucleases.
+- Nenne einen Organismus", der "Pyrrolysin" verwendet. A: Methanosarcina barkeri.
+- Gib ein Beispiel für einen "heterodimeren Transkriptionsfaktor". A: AP-1.
+- Gib zwei konkrete Beispiele für "irreversible Proteinveränderungen". A: (1) Hitzeinaktivierung (2) Proteolyse
+- For PAM recognition in CRISPR/Cas systems, which "amino acid" is extremely important? Arginine.
+- CRISPR-medated adaptive immunity occurs in which 3 stages? A, E, I. (1) acquisition  stage (2) expression   stage (3) interference stage
+- Can "riboswitches" control "alternative splicing"? Yes.
+- Which bacterial protein helps a sRNA bind to its target mRNA? The protein "Hfq".
+- What effect does the 6S RNA have in regards to transcription? It down-regulates transcription from many sigma-70 promoters.
+- Where in an eukaryotic cell can we find dipthamide? In the eukaryotic elongation factor "eEF2".
+- "Histone Acetyl Transferases" (HATs) are countered by which enzymes? The "Histone Deacetylases" (HDACs).
+- Wenn eine Proteinkinase 2 ATP für seine Aktivität benötigt, was mögen wir (etwas naiv) annehmen? Das es sich hierbei um einen "Dimer" handelt; 1 ATP pro Untereinheit.
+- Was heisst "NRPS"? Nichtribosomale Peptidsynthetase. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Nichtribosomales_Peptid
+- Wann entstand Crick's tRNA Adapter Hypothesis? A: 1958. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Adaptor_hypothesis
+- How do "primary tRNAs" differ from "mature tRNAs"? Primary tRNAs contain a 5' leader and a 3' trailer; mature tRNAs do not.
+- Which "eukaryotic transcription factor" is the most similar one to Sigma? TFIIF.
+- Ago2 (Argonaute 2) is similar to which other cellular protein? RNaseH.
+- CTD trägt welche 2 Protein-Komplexe? A: (1) CPSF (2) CSTF
+- Pol II Heptapeptidfolge findet man an welchem Ende? Carboxyterminal.
+- The sigma factor is responsible for ...? Promoter selection.
+- Where can we find "uORFs"? In between the 5-prime and the start of the gene.
+- Do eukaryotic mRNAs have a "ribosome binding site"? No.
+- Wofür steht die Abkürzung "PTGS" in der Genexpression? Post Transcriptional Gene Silencing.
+- Name an advantage for a cell to "regulate post transcription-initiation"? The "response time can be reduced".
+- How is an exon defined? This is "any region retained in a mature RNA".
+- Give another name for the transcriptional repressor CTCF. A: "CCCTC-binding factor".
+- Name a nonspecific RNAase inhibitor. A: The polysaccharide "heparin".
+- Wie können wir den lacUV5-Promotor induzieren? Mit Hilfe von "IPGT", dem Induktor.
+- Im "in-vitro System" mit RNA hören die RNA-Stränge oft auf sich selbst zu replizieren. Wieso? Die Bindung zwischen Catalyst und Produkt wird zu stark, das System kann sich daher nicht selbst aufrecht erhalten.
+- Wo findet man "rut-sites"? A: Upstream von Sequenzmotiven, die die Geschwindigkeit der RNA Polymerase verringern können.
+- Name a modification of tRNAs that can protect it against "hydrolysis by ribonucleases". A; Methylation.
+- How many "different tRNA modifications" are known? At the least 70.
+- What is the main job of the RNase P enzyme complex? To remove the 5' leader sequence of tRNAs.
+- Wieso verwenden wir "tagged proteins"? Da wir sie (a) einfach über Antikörper einfangen können und (b) diese Tags mit Proteasen abspalten können.
+- In Gene expression, what is "PYLSI"? This is the "pyrrolysine insertion sequence".
+- Does the TBP bind to the minor or the major groove of DNA? It binds to the minor groove of DNA.
+- Was für eine Aufgabe hat Region 2.3 des Sigmafaktor? A: "Promoter Melting" (Transcription Initiation).
+- Aminoacyl tRNA-synthetase link amino acid to ... of tRNA? The 3' end of a tRNA.
+- Give one example for a "strong promoter" not starting with the letter "T". A: The "SV40 promoter".
+- Why may some proteins have a "hinge-domain"? Because this allows for more "flexibility", in particular for "transcription factors".
+- What is the most important part of a tRNA? The "anticodon arm".
+- Was passiert wenn wir das Hormon "Thyroid" zu menschlichen Erythroblasten geben? Wir sehen ein "erhöhtes Maß an Differenzierung".
+- In which direction does the Rho-factor move? It moves from "5-prime" to "3-prime" direction along the mRNA strand.
+- piggyBac verwendet man vor allem bei welchen Tieren? Insekten.
+- Wie unterscheidet sich "Dihydrouridine" von "Uridine"? Dihydrouridine hat "2 H-Atome" mehr als Uridine; der Name deutet dies auch an.
+- Wer genau erkennt das UP-Element? A: Die "Alpha-CTD Region" der Polymerase.
+- Which bacterial, ribosomal subunit binds the mRNA? The 30S subunit, the "small subunit".
+- Wo finden wir die 5S-rRNA? Sie ist "Teil der großen ribosomalen Untereinheit".
+- Der Swi-SNF Komplex ist was für ein Typ? Dieser "Chromatin-Remodeling-Complex" ist ein Coaktivator, der für seine Arbeit "ATP" benötigt.
+- Wo finden wir den genetischen Mechanismus der "Attenuation"? Nur in "Bakterien", da hier Transkription und Translation gekoppelt ablaufen.
+- Gib ein Beispiel für ein Protein das einen "Leucine zipper" enthält. A: Das "CREB-Dimer".
+- Wo findet man POL II und POL III? A: Im "Nucleoplasma". URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Karyoplasma
+- Wovor schützt die Methylierung? Vor "Restriktion".
+- DNAsen kann man unterscheiden in? Endonucleases und Exonucleases.
+- In mammals, who or what recognizes "nonsense codons" within a mRNA? "Exon-junction complexes".
+- LexA is what kind of protein? LexA is "a bacterial repressor protein".
+- Name a step in "eukaroytic gene expression" that can not be found in "Prokaryotes". A: Splicing.
+- The RNA for the globin protein is found ...? Only in "reticulocytes".
+- Nenne 2 Beispiele für RNAs die für "genome defence" zuständig sind! A: (1) piRNA (2) siRNA
+- Lac ZYA kodiert für 3 Gene. Welche? A: (1) Z: Galactosidase (2) Y: Permease (3) A: Thiogalactoside Transacetylase
+- Definiere "trans-splicing"! A: Hierbei wird "die Information von zwei oder mehr verschiedenen mRNAs kombiniert" (findet man in "Trypanosomen" und "Euglenoiden").
+- RNA-Polymerases may undergo "slippage", especially where? When it encounters "CA-repeats".
+- In der "Shine-Dalgarno Sequenz" finden wir vor allem welches Nukleotid? G - "AGGAGG". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Shine-Dalgarno_sequence
+- What is the "CPE-consensus sequence"? UUUAU.
+- Was heisst "Max" in der Genetik? A: Myc associated factor X.
+- In gene expression, what is "Rat 1"? This is a nuclear "5'-to-3' exonuclease", involved in mRNA Degradation.
+- Give 4 examples for "specific histone marks" associated with transcriptionally active genes. A: (1) acetylated H3K9 (2) acetylated H4K16 (3) methylated H3K4 (4) methylated H3K36
+- Wer erkennt TATA Box? A: TBP.
+- Warum ist Poly-A bei Eukarya nicht immer praktisch zur Isolation geeignet? A: Weil man manchmal nur cytoplasmatische mRNA isolieren möchte, bei der Isolation jedoch die gesamte mRNA Fraktion isoliert die einen Poly-A Schwanz hat - auch jene des Zellkerns.
+- Welcher Release-Faktor bindet GTP? RF3.
+- Woraus besteht die Transaktivierungsdomäne von CRE verwandten Proteinen? A: Aus "Q1", der "P-Box" und "Q2".
+- DNA Bindemotiv in CREB besteht aus? A: Vielen basischen Aminosäuren wie "Lysin" oder "Arginin".
+- Wie entsteht Cap0? A: Nach dem Anheften des G und der ersten Methylierung dieses G. Das entstehende Produkt wird Cap0 genannt.
+- Welche 3 Enzyme führen die eukaryotische CAP-Reaktion durch? A: In Reihenfolge: RNA-Phosphatase, Guanyl-Transferase, Methylase
+- The protein "maskin" can bind to ... ? CPE aka "cytoplasmic polyadenylation element".
+- Explain the role of the protein maskin in not more than three words. A: "Impedes initiation factors".
+- Was kann das Protein SUMO1? Es kann "Ubiquitinierungen unterdrücken".
+- Wie nennt man den Übergang vom "closed binary complex" in den "open binary complex"? A: Transition bzw genauer "Isomerization".
+- Does "alternative splicing" occur before capping? No.
+- Wie lang ist das "optimum spacing" zwischen -10 und -35 Region? 17 bp.
+- Wieviele Nukleotide umfasst das Tetrahymena self-splicing Intron? A: 413.
+- Which Sigmafactor controls the "heat shock response"? RpoH "Sigmafaktor 32". Merkhilfe: H für "Heat" oder "Hitze".
+- Gib einen "common cause" für RNA Polymerase arrest an! A: Geschädgite DNA.
+- Kuriosität von "Pol-III Promotoren"? A: Sie befinden sich "downstream" von der Startstelle.
+- Inosine entsteht aus welcher Base? Hypoxanthine.
+- Wie lautet die "anti-SD Sequenz"? 5'-CCUCCU-3'.
+- Wie heisst das weltweit erste "anti-Sense Medikament"? Vitravene.
+- HATs add acetyl groups from where, where to? From "Acetyl-CoA" to "Lysin residues".
+- Nenne 1 Protein das den Zellzyklus stoppen kann! A: p21.
+- Nenne zwei Hormonklassen. A: (1) Peptide (2) Steroide.
+- Typische Länge eines core promoter (in Eukaryoten, von-bis in Nukleotide)? A: 40-60 Nukleotide.
+- How can we reveal if a protein codes for a functional "nuclear localization signal"? Via "translational fusion experiments".
+- Which 2 histones are sometimes replaced? (1) H2A (2) H3
+- What is a "nested gene"? When a complete gene is found within the intron of a larger host gene. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nested_gene
+- Wie ergibt sich die Identität der tRNA? Über die "Anticodon-Loops".
+- In Genetics, what do we mean with an "Inducer"? An inducer is an effector molecule involved in the "induction of gene expression".
+- Welche Verbesserung erreichte man durch die Verwendung der "Taq-DNA-Polymerase"? Die Spezifität der PCR-Reaktion wurde erhöht, da DNA bei 72°C kopiert wird.
+- Vorläufer der aromatischen Aminosäure Tryptophan für seine Biosynthese? A: chorismic acid URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Chorismic_acid
+- Do we find "attentuation control" in Eukarya? No.
+- Wie geht die "Shine-Dalgarno (SD) Sequenz"? 5'-AGGAGGU.
+- A. W. für "Polyadenylierungssignal"? Schwanzsignal.
+- Why the name "stabilizing helix" in a helix-turn-helix? Because it stabilizes the first helix, by interacting hydrophobically with it.
+- Nenne einen markanten Unterschied zwischen tRNA-Synthetase Klasse I und Klasse II! A: (1) Klasse I heftet an 2 Strich-OH der Ribose an (2) Klasse I heftet hingegen an 3 Strich OH an
+- Augabe der snoRNAs? Chemische Modifikation von rRNAs.
+- Name 3 DNA-binding proteins that contain a "helix-turn-helix structure". A: (1) lac repressor (2) trp repressor (3) lambda repressor
+- How was the existence of the Ribosome of the A and P sites originally determined? With the antibiotic "puromycin".
+- Was macht die "RNase D"? RNase D ist bei der Reifung von tRNAs wichtig, und zwar reift sie die 3-prime Enden der tRNA.
+- Nenne 1 "strukturelle" Eigenschaft der snRNAs. A: Sie besitzen "viele Uridinnucleotide".
+- Is "RNA turnover" a defense system? Yes - it can also help defend against viruses and parasitic elements.
+- The proofreading of DNA polymerase III requires what specific activity? 3 Prime to 5 Prime exonuclease activity.
+- Which part of Methionine is modified with "N-formyl"? The +H3N end (Aminoterminus).
+- Können beladene tRNAs korrigiert werden? Ja.
+- Unbeladene tRNAs tragen was an ihrem eigenen 5-prime Ende, also terminal? Ein G.
+- What does it mean when a promoter lacks an UP-element? It is probably a "weak promoter".
+- What is the job of the "tmRNA in Bacteria"? The tmRNA rescues "stalled ribosomes".
+- When Arabinose is absent, how does the "Arabinose operon" behave? It is repressed in this case.
+- Which polymerase transcribes "Alu-Sequences"? The RNA-Polymerase III. But it only transcribes them - these RNA sequences are not translated.
+- Was "können" Ribozyme? Zum Beispiel sich selbst ausschneiden.
+- In Eukarya, which factors are required for "correct initiation"? (1) IF1 (2) IF2 (3) IF3
+- Gib zwei Beispiele für Proteine mit Zinkfingermotiven an! A: (1) Sp1 (2) TFIIIA
+- When would bacteria generate more "non-stop mRNAs" than normal? During "stress-response".
+- Wie kann ich RNA-Polymerase irreversibel hemmen? Durch "Alpha-Amanitin".
+- Nenne ein Enzym das "RNAse H" inkludiert. A: Die "reverse Transkriptase".
+- Aminoacyl-tRNA Synthasen benötigen welche 3 Moleküle? A: (1) Die Aminosäure (2) die dazugehörende tRNA (3) ATP
+- Can a protein recognize DNA segments without unwinding DNA? Yes, it can.
+- Is SUMOylation is "reversible"? Yes.
+- What is a "dead kinase" mutation? This is a mutation that inactivates a kinase, which means that this kinase is now "incapable of phosphorylation".
+- There is the "C3H1-type zinc finger" motiv. It interacts with ...? With the 3-prime untranslated region of mRNAs.
+- Nenne eine möglichst einfache Möglichkeit für eine Zelle einen Aminosäure Mangel wahrzunehmen. A: Der Anstieg unbeladener tRNA aufgrund des Fehlens der zugehörigen Aminosäure.
+- We wish to decrease the overall rate of protein synthesis, by modifying only one cellular factor. Which one? eIF2.
+- Wir wollen beim Menschen Transkriptionsfaktoren nachweisen. Welche 3 allgemeinen Regeln sollten wir hierzu befolgen, die uns dabei helfen herauszufinden ob ein bestimmtes Protein ein Transkriptionsfaktor ist? (1) Fähigkeit an spezifische DNA-Sequenzen zu binden (2) Gewebe-Spezifität der Wirkung (3) Gebundener Transkriptionsfaktor beeinflusst die Transkription entweder positiv oder negativ
+- Der Transkriptionsfaktor Sp1 hat in seiner DNA-Bindungsdomäne wieviele aufeinanderfolgende Zinkfinger? 3. 
+- Nenne ein Protein das der Telomerase den Zugang zu den Telomeren erschwert. A: POT1.
+- A. W. für "DNA-Sequenzelemente zur Unterdrückung der Genexpression"? Silencer.
+- Which two domains can we find in "Gal4"? (1) Activation Domain (2) DNA-Binding Domain
+- mTORC kann einen Überschuss von Aminosäuren registrieren, insbesondere welcher Aminosäure? Leucin.
+- Die TFIIH vereint welche zwei Aktivitäten? (1) Helikase-Aktivität (2) Kinase-Aktivität
+- Wir können Pol I, Pol II und Pol III isolieren. Wie aber können wir diese in ihre Untereinheiten zerlegen? In Gegenwart von SDS.
+- Die Steroid-Transkriptionsfaktoren besitzen wieviele funktionellen Domänen? 4 (A/B, C, D, E(/F))
+- Why must the reversal of chromatin-state be sometimes rapid? So that a cell can quickly switch on or off a gene, in response to external signals.
+- What is a Twintron? A "Twintron" is an intron-within-intron, excised by sequential splicing reactions. 
+- Name the two major nuclear mRNA decay enzymes. A: (1) 5 prime- 3 prime exoribonuclease Rat1p (Xrn2 in humans) (2) Nuclear Exosome.
+- Why not have all strong promoters? Primarily because strong promoters will keep gene expression tuned to the highest level, which represents a significant metabolic load. 
+- Das TFII-I Protein in Eukaryoten, kann woran binden? An das Inr-Element. 
+- Die U5-snRNA tritt an Stelle von welcher anderen snRNA? Der U1-snRNA.
+- Nenne eine nicht-tRNA, die durch die RNA Polymerase III transkribiert wird. A: 5S rRNA
+- Der SP1-Transkriptionsfaktor besteht aus n Domänen? Er besteht aus 2 Domänen.
+- Welcher Teil des TBP Proteins bindet an DNA? Der C-terminale Bereich.
+- Name a kinase that phosphorylates lipids. A: Die PI 3-kinase.
+- In der Genexpression, gib ein Beispiel für ein "Substrat-unähnlichen Effektor". A: Licht.
+- S. cerevisie hat n Kopien an "YSPTSPS", Säugetiere n? S. cerevisiae: 26 Kopien von YSPTSPS, Säugetiere: 52 Kopien von YSPTSPS.
+- TFIIH consist of n subunits? 9.
+- An amino acid can be adenylated at which terminus? At its carboxyterminus.
+- Histone H1 is rich in which amino acid? Lysine.
+- How do we denote microRNA genes? With the symbol "mir".
+- For eukaryotic promoters, name two additional regulatory elements aside from the TATA box. A: (1) CCAAT-Box (2) GC-rich regions
+- At the eukaryotic cap, the Cap II group is ...? -CH3; a methyl group.
+- SmpB structurally mimics ...? The anticodon arm of a canonical tRNA.
+- tmRNA has which partner protein? SmpB - small protein.
+- How long is the final tmRNA? 363 nucleotides.
+- In gene expression, we have the "CPE". What does CPE stand for? "cytoplasmic polyadenylation element"
+- Welche 2 Schleifen kann die trp mRNA ausbilden? (1) Terminatorhaarnadelschleife (2) Antiterminatorhaarnadelschleife
+- Was macht das Enzym "Disulfidisomerase"? Es baut Disulfidbrücken um.
+- Name a famous deadenylase in mammalian cells. A: The PARN-deadenylase.
+- Which enzyme introduces positive supercoils into DNA? The reverse DNA gyrase.
+- Who recognizes the BRE-element? The TFB (transcription factor B).
+- Where can we find "Polysomes"? In both bacteria and eukaryota.
+- In gene expression, what does "ITAFs" stand for? IRES trans-acting factors.
+- What is the effect of binding of EF-1? This displaces the empty tRNA from the E-site under hydrolysis of GTP. 
+- Wann wird die Initiator-Methyl-tRNA in Eukaryoten verwendet? Die 40S Untereinheit hat diese tRNA bereits gebunden bevor sie mit dem "scanning" entlang der mRNA beginnt.
+- Why can we say that translation is accurate? Because of the consistency found when we determine the sequence of a polypeptide.
+- What do we mean with "leaky scanning"? When we overlook ORF1 and initiate translation at the start of ORF2.
+- Was heisst "PI3K"? Phosphoinositide 3-Kinase.
+- How many classes of tRNA synthetases exist? 2
+- In E. coli, AUG, GUG and UUG can serve as initiation codon. What additional codon can serve as initiation codon in E. coli? AUU.
+- Drosha belongs to which pathway? Drosha belongs to the "miRNA pathway".
+- What is the 1st product of tRNA-Synthetase? aminoacyl-AMP (+ PPi)
+- How many steps are required for the formation of the eukaryotic cap? 3.
+- In welchen mRNA Typ kann man viele uORFs finden? In mRNAs die für "Wachstum-regulierende Proteine" kodieren.
+- Es gibt die Lipidkinase PI3K. Was heisst PI3K? Phosphoinositid-3-Kinase.
+- Name the two major substrates of mTORC1. A: (1) S6K1 (2) 4E-BP1
+- mTORC1 has 7 important biologiches processes. Which ones? A: (1) Protein Synthesis (2) Lipid Synthesis (3) Autophagy (4) Lysosome Biogenesis (5) Energy metabolism (6) Cell survival/metabolism (7) Cytoskeletal Organization
+- How many vertebrate mRNA contain at least one uORF (Upstream open reading frame)? About 10%.
+- Was heisst "TOP mRNA"? Terminal oligo-pyrimidine tract.
+- Wann wurde mTOR im Menschen entdeckt? 1994.
+- Was heisst "uORF"? upstream open reading frame.
+- Welche Aufgabe hat IF3? IF3 bindet an eine 30S Untereinheit und verhindert dessen Interaktion mit einer 50S Untereinheit.
+- Name 2 factors that help dissociate ribosomal subunits. A: (1) RRF (2) EF-G
+- Merkslogan zu tRNA Wobble rules? C,A,G,U,I.
+- Why does a cell employ "mRNA surveillance"? So that it can detect and deal with errors in RNAs that may create problems in the cause of translation.
+- Aktivator der tRNA? ATP.
+- For "translational repression of riboswitches", where may we be able to find these riboswitches? Around the initiation site of translation.
+- The Eukaryotic initiation factor eIF4GI is a component of the ...? The cap-binding protein complex eIF4F.
+- Name 5 ways to assess the amount of transcripts in the tissue. A: (1) RNAseq (2) Northern blot (3) semi-quantitative RT PCR (4) quantitative (real time) RT PCR (5) Microarray
+- Activators recognize DNA sequences in which area? In Enhancers.
+- Name 2 areas of a tRNA that are close together in 3D. A: The T-Loop and D loop.
+- Give 2 examples for single-subunit RNA polymerase enzymes. A: (1) phages (2) organelles
+- Where can we find the "peptide anticodon"? This 3-amino acid can be found in the Ribosome.
+- A. W. für "intron containing genes"? Split genes.
+- What means the abbreviation "shRNA"? Small hairpin RNA.
+- Welche 2 Bindings Sites hat eine "Aminoacyl-tRNA-Synthetase"? (1) tRNA binding site (2) Aminoacid
+- Wie funktionieren Release Factors? Sie lösen die Hydrolysis der Peptidyl-tRNA aus, die an der P-Site ist. Das Protein wird dadurch freigesetzt.
+- Wie stabil kann mRNA maximal sein? Die mRNAs in Oocyten kann Jahre lang stabil bleiben.
+- Wo liegt das Gen für den Gerinnungsfaktor VIII im Menschen? Auf dem X-Chromosom.
+- Why do we make use of "polysome gradients"? We can use them to show that different mRNAs will have a different amount of ribosomes attached, and thus will show a differential amount of translation, and subsequently, protein level.
+- The peptidyl transferase reaction occurs between which 2 types of tRNA? (1) peptidyl-tRNA (2) aminoacyl-tRNA
+- The La-Protein binds to ... ? It binds to the 3-prime end of transcripts.
+- Ein anderes Wort für "minor spliceosome"? A: AT-AC Spliceosome ("attack spliceosome")
+- Bei der Translokation des Ribosoms während der Elongationsphase in der Translation wird Energie in Form von ... benötigt? In Form von GTP, das hydrolysiert wird.
+- Welchen Nachteil haben Proteine die Selenocystein verwenden? Selen ist anfällig gegenüber Oxidationen. Diese Proteine müssen ergo vor Sauerstoff geschützt werden.
+- Das "Iron regulatory protein 1" hat welche 2 Funktionen? A: Es wirkt als cytoplasmatische Aconitase, und es bildet in Gegenwart von Eisen einen Eisen-Schwefel-Komplex.
+- Was heisst "Fen1"? Flap-Endonuclease.
+- Was wird in einem "pulse-chase" Experiment verwendet? A: Radioaktiv markiertes Uracil.
+- Bacterial enhancers employ which sigma factor? Sigma 54.
+- Who recognizes the cap during initiation? eIF4E.
+- Was bedeutet "Translationskontrolle"? Auswählen der zu translatierenden mRNAs.
+- Nenne 3 Typen cis-regulatorischer Sequenzen, die die Transkription beeinflussen können. A: (1) Promotoren (2) Silencer (3) Enhancer
+- Translation initiation comprises a mechanism in which the eIF4F ternary complex recruits a 43S preinitiation complex. The eIF4F ternary complex consists of which three components? (1) eIF4E (2) eIF4A (3) eIF4G
+- Helici in Homöobox-Domänen haben eine "Erkennungshelix". Welche ist es? A: Helix 3 ist diese Erkennungshelix.
+- What is "RNAsin"? A RNAse inhibitor.
+- Bei der eukaryoten 5-prime cap, wo finden wir die 5-prime-to-5-prime triphosphate bridge? Zwischen dem 7-methylguanosine und dem 5-prime Ende der mRNA.
+- In Bacteria, which complex couples transcription with translation? The NusEG complex.
+- Does the transcriptome faithfully represent the proteome? No.
+- Name a human hormone that can cause differentiation of human erythroblasts. A: The thyroid hormone.
+- Yanofsky untersuchte welches Enzym? A: Die Tryptophan Synthetase.
+- In Apoptosis, what means "DISC"? Death inducing signalling complex.
+- Welchen Zweck erfüllt die "Kozak-Sequenz"? Sie stellt die richtige Umgebung für das Initiationscodon (AUG) her.
+- What are "Isochizomers"? They have identical recognition sites, but not always the same cutting site.
+- Why is RNA polymerase arrest a problem? If the gene transcribed is essential then no new product is made - the cell may die.
+- The cap in eukaryotic mRNA has the methyl group where? At position-7.
+- What are the "Polycomb-group proteins" and what are they doing? These proteins, discovered in fruit flies, can remodel chromatin such that epigenetic silencing of genes takes place.
+- Was heisst "EMSA" in derGentechnik? Electrophoretic mobility shift assay.
+- Was macht die "Peptidyl-prolyl-Isomerase"? Konvertiert zwischen cis und trans Formen eines Proteins.
+- Nenne eine super-family für nukleare Rezeptoren. A: Steroidhormon-Rezeptoren.
+- Der CTD-Schwanz einer eukaryoten Polymerase ist Teil welcher Untereinheit? A: TFIID.
+- How can we experimentally distinguish between protein synthesized anew? Via cycloheximide.
+- Was ist der Hauptunterschied zwischen class I Topoisomerases und class II Topoisomerase? class I Topoisomerase macht einen ss-break, class II hingegen macht einen ds-DNA break.
+- What happens in the "R-looping technique"? RNA is hybridized to its DNA template.
+- What is "ratcheting" in molecular biology? The two tRNAs at the A and the P site are tilted relatively.
+- Die 23S rRNA in Prokaryoten entspricht was in Eukaryoten? Der 28S rRNA.
+- Enzymatische Strukturanalyse durch ... ? RNasen.
+- Wieviel % der Proteine in einer typischen Säugetierzelle ist, bei einer beliebigen Zeit, phosphoryliert? Etwa 1/3.
+- Which enzym in E. coli does the de-novo synthesis of DNA strands? DNA polymerase IV.
+- The DNA-Polymerase V is also called ..? Error-pron polymerase.
+- Alpha-Amanitin ist ein zyklisches Peptid das aus wievielen Aminosäuren besteht? Es besteht aus 8 Aminosäuren.
+- The protein U2AF binds where to? To the 3-prime splice site.
+- Where can we find a 5-prime to 5-prime triphosphate bridge? In the eukaryotic 5-prime cap structure.
+- What is "R-loop mapping"? When RNA is incubated with dsDNA, the RNA displaces one RNA stretch.
+- Sulfolobus species have n replicons? 3.
+- Was finden wir an der "active site" einer Topoisomerase? Einen "tyrosine residue".
+- Are Transitions or Transversions more likely to occur? Transitions occur twice as frequently as Transversions.
+- Was bewirkt ein release factor der an die A site im Ribosom andockt? It alters the activity of the peptidyl transferase such that it adds a water molecule to the carboxyl terminus of the nascent polypeptide.
+- Protein-Phosphorylation can occur on Serin, Threonine and Tyrosine. In Plants and Prokaryotes, on which additional Aminoacid? Histidine.
+- Die tRNA ist mit der Aminosäure über welche Bindung verknüpft? Über eine Esterbindung.
+- Which protein recognizes both tRNA-sec and the stem-loop in Prokarya? SelB.
+- Why may mammalian mRNA require Cap2? Because it can increase the efficiency of translation.
+- Welche Besonderheit haben U1 und U2 Gene? Sie sind "TATA-less" - haben also keine TATA Box.
+- Is the Poly-A tail important? Give a natural example to explain. A: Yes, for translation. Certain mRNAs within the early embryo lack Poly A-tail and can not be translated. 
+- The snRNAs of the snurps recognize which 3 sites? (1) 5-prime splice site (2) 3-prime splice site (3) branch site
+- The MTE (motif ten element) requires which other element? The INR element.
+- The "transcription cycle" of Pol II transcription has which 5 points? (1) preinitiation (2) initiation (3) promoter clearance (4) elongation (5) termination
+- Was genau bezeichnet man mit dem Begriff "RNA-Edition"? Dies ist der Fall wenn die Nucleotid-Sequenz einer RNA nach der Transkription verändert wird.
+- Wie unterscheidet sich Pseudouridine von Uridine? Pseudouridine besitzt Ribose an einem C des Ringes.
+- Nenne 2 Metallionen die von der RNA-Polymerase verwendet werden. A: (1) Mg2+ (2) Mn2+
+- One gene, one enzyme. Name 3 general exceptions of this scheme. A: (1) alternative splicing (2) polyprotein (3) frameshift
+- Welche Funktion erfüllt die Pol 5-prime -> 3-prime exconuclease activity? Entfernt RNA Primer.
+- Warum finden wir Attenuation nicht in Eukaryoten? Weil Transkription und Translation räumlich getrennt ablaufen.
+- Name 2 eukaryotic replication initiation factors. A: (1) Orc1 (2) Cdc6
+- Where may we find "diphtamide"? In the eukaryotic elongation factor eEF2.
+- The CCA-adding enzyme uses what as input? Only ATP or CTP.
+- A. W. für snoRNA? "U-RNA".
+- Nenne die 3 Sequenzmotive um PolyA in Eukaryoten anzufügen. A: (1) AAUAAA (tail signal) (2) CA-dinucleotide (3) GU-rich tract
+- Nenne einen zellulären Prozess bei dem zwei Transester-Reaktionen involviert sind. A: Splicing.
+- Was genau heisst fMet? N-formyl-methionin.
+- Which type of genes make use of GUG rather than AUG in prokarya? Regulatory proteins such as LacI.
+- Name the four steps in Translation. A: (1) Initiation (2) Elongation (3) Termination (4) Ribosome recycling
+- What happens when Arabinose binds to AraC? It converts AraC from being a repressor to become an activator.
+- Which TF can bind to the TATA Box? TFIID.
+- Was zeigten die jeweiligen swi und snf Mutanten? swi could not switch mating type, snf could not grow well on sucrose.
+- Welchen Vorteil beitet der "deadenylation-independent mRNA decay pathway"? It is initiated by decapping and is not dependent on prior deadenylation.
+- What must happen before "decapping" of mRNA can occur? Deadenylation.
+- What means "deadenylation"? The removal of poly(a) tail from the 3-prime end.
+- Was ist die normale Aufgabe des Elongation Factor 2? It brings a charged tRNA to the Ribosome.
+- Why does a cell encode DNA-Ligase? Because it is required for DNA replication.
+- In einem eukaryoten Strukturgen, wo finden wir die GC-Boxen? -90bp.
+- Name 4 regulatory nucleotides. A: (1) cyclic AMP (2) cyclic GMP (3) ppGpp (4) cyclic di-GMP
+- What is the main difference between Type I and Type II riboswitches upon metabolite binding? Type I undergoes only minor changes in its secondary structure, Type II riboswitches however undergo global conformational changes during metabolite binding.
+- Welche Aufgabe hat das "rudder" in der Polymerase? Diese Schlaufe trennt die DNA-Stränge.
+- RNA Polymerase III in eukaryotes transcribes which genes? tRNA genes.
+- Wann wird das trp-Operon gehemmt? Nur wenn Tryptophan vorhanden ist, und der resultierende trp-Repressorkomplex an den Operator binden kann.
+- How can "modification enzymes" protect? They transfer a methyl group onto the DNA.
+- What means "gene knockdown"? This is an experimental technique by which the expression of an organisms gene is reduced.
+- Welchen Einfluss hat Glucose auf die Adenylatcyclase? Sie hemmt dieses Enzym.
+- Was sind "Strukturanaloga"? Dies sind Substanzen, die wie natürliche Induktoren wirken können, jedoch nicht von dem Enzym metabolisiert werden können.
+- Welche Relation gibt es zwischen ppGpp und GTPasen? ppGpp can bind and inhibit GTPases.
+- Nenne einen zellulären Vorgang auf Protein-Ebene der nicht ohne weiteres reversibel ist. A: Proteolysis.
+- In order for the lac-genes to be transcribed, which 2 requirements must be met? (1) An inducer, like Allolactose, must bind to lacI-repressor (negative control) (2) The level of cyclic AMP must be high enough for the CRP-protein to bind to the CRP-binding site (positive control)
+- In Genetics, the Tm is proportional to ... ? Tm is proportional to the GC content of the DNA.
+- What are "recognition helices"? Domains that bind DNA.
+- Was sind eigentlich "Inteins"? Proteine die sich selbst heraus exzisieren können. Der andere Teil des Proteins, der nicht herausgeschnitten wird, wird Exteine genannt. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Intein
+- Name 3 reasons why we require the eukaryotic cap. A: (1) It protects the mRNA from exonucleases (2) it is required for initiation of translation (3) aids mRNA transport from nucleus to the cytoplasm
+- What is the substrate for RNA Editing events? Double stranded RNA molecules.
+- What auxiliary factor does RNaseP require for cleavage? Mg2+ Ion.
+- Nenne 3 Unterschiede zwischen "primary tRNAs und "mature tRNAs". A: (1) no 5-prime leader sequence (2) no 3-trailer sequence (3) no introns
+- Der Glucocorticoid-Rezeptor kann was genau binden? Cortisol. Cortisol (ein Glucocorticoid) bindet bindet an die sogenannte LBD Domäne des Glucocorticoid-Rezeptors.
+- Welche Aufgabe haben die "guide regions" der guide RNAs? This region templates U insertion or deletion via A-U G-U pairing.
+- Was ist eine "Heteroduplex"? Eine DNA-Helix aus Strängen, welche von 2 verschiedenen DNA-Moleküle stammen.
+- Name 3 pathways that remove mRNA from a cell. A: (1) deadenylation-dependent mRNA decay (2) deadenylation-independent mRNA decay (3) Endoribonuclease-mediated mRNA decay
+- Which 3 RNA degradation pathways exist. A: (1) RNA Turnover (2) RNA Processing (3) Quality Control
+- Ionenkanäle zeigen welche 3 Kontrollmöglichkeiten? (1) spannungskontrolliert (2) ligandenkontrolliert (3) mechanisch kontrolliert
+- Wie erkennen DNA-Glycosylasen falsche Nukleotide? Mittels "bbase-flipping".
+- Warum ist es so schwer die Replikationsursprünge in Säugetierzellen zu identifieren? Da außenliegende Sequenzen einen grossen Einfluss haben können.
+- Welches Protein ladet Histone H3+H4 und welches andere Protein ladet H2A+H2B auf die DNA? NAP-1 für H2A+H2B, CAF-1 für H3-H4.
+- Wie schnell ist die "DNA-Helicase"? Etwa 1000 Nukleotide pro Sekunde.
+- Who matures tRNA 5-Prime Ends? The RNase P Enzyme complex.
+- Nenne die 2 Polyadenylation-Signals. A: (1) AAUAAA (2) AUUAAA
+- Warum sind viele der Nukleotide in der rRNA methyliert? Das schützt die rRNA vor Abbau durch Ribonucleasen.
+- SRP (signal recognition particle) binden woran? An das Signal peptide eines secretory proteins.
+- Give 3 examples how "transcriptional arrests" can be caused. A: (1) intrinsic DNA structures (2) DNA Binding proteins (3) drugs that bind DNA
+- A. W. für "Metagenomics"? Environmental genomics.
+- Bei DNA Typ I Isomerasen finden wir welche Aminosäure an der aktiven Stelle? Tyrosin.
+- Welche zwei traditionellen Verfahren gibt es zur Identifizierung des Transkriptionsstartes von PolII? (1) S1-Nuclease Kartierung und (2) Primer Extension Methode
+- Welches Ende der RNA liegt im aktiven Zentrum bei PolyII? Das 3 Strich-OH Ende.
+- TAF3 hat eine PHD-domain, den PHD-finger. Was kann diese Domain? Sie kann dimethylierte und trimethylierte H3K4 erkennen.
+- Das Ribosom bedeckt wieviele Basen auf der mRNA? Etwa 35.
+- Was ist gRNA? guide-RNA, die ist an RNA-editing beteiligt.
+- Welche RNA splicing Klassen existieren (mit langem Namen nennen)? Es existieren folgende 3 Klassen: Nuclear, group I Introns, group II Introns.
+- tRNA Länge (von / bis)? 73-94 Nukleotide.
+- Wie wirkt der FACT Complex molekular? Der FACT-Komplex blockiert eine starke DNA-Bindestelle auf den Histonen.
+- Wie viele Restriktionsendonucleasen sind bekannt? A: Über 3000. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme
+- Definiere den Begriff <one>Amplicon</one>. A: "Primer-to-primer" Grenze in DNA.
+- Was ist die katalytische Untereinheit des SAGA-Complex? <one>GCN5</one>.
+- Was sind "chromosomale Domänen"? Sie definieren transkribierte und nicht-transkribierte Bereiche.
+- Die MAPK Kinase kann welchen Transkriptionsfaktor im Zellkern aktivieren? Elk-1.
+- Was kann eine <one>Chromodomain</one> erkennen? Methylierte DNA.
+- Die TFII H hat eine Helikase als auch eine Kinase-Aktivität. Wieso braucht sie diese beiden Aktivitäten? Die Helikase-Aufgabe entwindet die DNA. Die Kinase phosphoryliert den C-Terminus von Pol II. 
+- Welche Aminosäuren können im Zuge der Interpretation des Histone Codes methyliert werden? Lysin und Arginin.
+- In der Genexpression, was meint man mit der "nucleosomal response"? Die Phosphorylierung von H3.
+- In der Genexpression, was heisst STATs? Signal transducers and activators of transcription.
+- Gib ein Beispiel für ein "Phosphoprotein. A: Alpha-Synuclein (alpha-Syn)
+- NtrC erhält wie Energie? Durch ATP Hydrolyse.
+- Was genau ist "Genexpression"? Das sind all diejenigen Schritte, welche dazu führen, dass der DNA-Code in eine definierte Menge und Aktivität eines Genprodukts (RNA, Protein) übertragen wird.
+- The KH domain interacts with ...? ssDNA and ssRNA.
+- Die SD-Sequenz ist welcher Region komplementär? Der 16S rRNA.
+- Nenne 2 fettlösliche Liganden. A: (1) Tyroxin (2) Steroidhormone
+- Nenne die 4 Gruppen von Steroid-Hormone in Säugetieren. A: (1) Sexualhormone (2) Glucocorticoids (3) Mineralcorticoids (4) Progestagens
+- In der Genetik, wie ist eine "Attenuatorregion" definiert? A: Dies ist eine DNA-Region an der sich entscheidet ob die RNA-Polymerase die Transkription fortsetzt oder nicht.
+- Der Rho-Faktor bindet an? Rut-sites.
+- What are the two essential functions of DNA-Polymerases? (1) primer function (2) Template function
+- Woher nimmt die beladene tRNA ihre Energie um eine Aminosäure im Ribosom zu verknüpfen? Von ATP, das in AMP und PPi gespalten wird.
+- Anderes Wort für "Enhancer"? A: UAS (Upstream Activating Sequence)
+- In Genetics, what is an "Antiterminator"? A regulatory protein that acts by preventing transcription termination.
+- Welche 2 Motive haben "Leucine-Zipper Proteins"? (1) A basic region recognizing DNA sequence (2) a series of repeated leucin residues that mediate dimerization. 
+- What is a "riboswitch"? An RNA whose activity is controlled by the metabolic product or another small ligand.
+- Wie wirken Tetracycline genau? Sie lagern sich an die 30 S-Ribosomenuntereinheit an und verhindern damit die Anlagerung der tRNA.
+- A. W. für "Nucleolus"? Ribosomen-Fabrik.
+- Definiere ein "antigene-oligonucleotide". A: An Oligonucleotide that is designed to bind to a gene and block transcription.
+- Name one key change in the transformation of silent to active chromatin. A: The acetylation of histones. HATs do this transformation.
+- Was ist STAB-SD in der Genetik? Sogenannte "stabilizer SD Sequences".
+- Welche allgemeine Aufgabe haben snoRNAs? Modifizieren RNA-Basen chemisch.
+- In der Genexpression, was heisst "SH2 domain"? Src Homology 2.
+- Which receptor binds Testosterone? The Androgen Receptor.
+- Warum der Name "positive regulation"? Because an activator protein must bind to its target DNA site for transcription to begin.
+- Name one advantage of "constitutive expression" over an inducible system. A: You do not need an inducer!
+- Nenne zwei Motife im Leucine Zipper Protein. A: (1) Basic region that recognizes DNA sequence and (2) a series of repeated Leucine residues.
+- Der Holorepressor besteht aus? Aporepressor und Corepressor.
+- Nenne einen Organismus mit catalytic RNA. A: Oxytricha nova.
+- Die Gegenspieler von Protein-Kinasen? Protein-Phosphatasen.
+- Der cAMP-CAP Komplex verstärkt die Ablesung der DNA um ...? Das 50-fache.
+- Spc-mRNA ähnelt wem? Der 16S rRNA.
+- MukB kann was? DNA-Stränge umklammern.
+- Welche 2 Enzymaktivitäten hat die Reverse Transkriptase? Eine RNAse Aktivität und eine DNA-Polymerase-Aktivität.
+- BamH1 schneidet wo? GGATCC.
+- Endonuclease UvrABC ist mit welchem Phänomen assoziiert? A: Transcription coupled repair.
+- RNase A schneidet wo? Nach einem Pyrimidine.
+- Nenne 3 Gründe warum Oligonucleotide wichtig sind. A: (1) DNA-Sonde (2) Primer für PCR (3) Sequenzierung
+- mTOR phosphoryliert was? 4E-BP.
+- Beim freien Signal-Aptamer, wie wird die Fluoreszenz unterdrückt? Durch die räumliche Nähe von Quencher und Fluorophor.
+- Nenne 3 Methoden zum Einschleusen von Fremd-DNA in Mäuse! A: (1) Einschleusen gentechnisch veränderter Stammzellen (2) Mikroinjektion (3) Retrovirusvektoren
+- Input der Aminoacyl-tRNA-Synthetase? ATP, tRNA + Aminosäure.
+- Die Rossman-Schleife bei tRNA-Klasse-I-Synthetase macht was? Bindet ATP und heftet Aminosäure an die 2 Strich OH-Gruppe der entständigen Ribose.
+- Primase: Wie lange sind die generierten Nukleotide? 8-12.
+- Was macht Ef-Ts? Regeneriert Ef-Tu.
+- Exonucleases generate what? Mononucleotides.
+- Die Beta-Clamp kooperiert mit welcher Polymerase? Pol III.
+- Def. insertional Mutagenesis! A: This technique causes Mutations through random insertion of foreign DNA Fragments.
+- Welche 3 Domänen hat die lac-Repressor UE? DNA bindende Domäne, Core Domain, und Tetramisierungs-domain.
+- Wie geht der Gal Pathway? Gal 2,1,7,10,7 Glycosis.
+- Nenne eine Gemeinsamkeit von group II introns und Spliceosome? A: Wahrscheinlich ein gemeinsamer Vorfahre.
+- Können Enhancer in Introns liegen? A: Ja.
+- Zellen ohne TK-Gen (Thymidin-Kinase) können was nicht? Sie können nicht überleben. Die Thymidinkinase (TK) konvertiert Desoxythymidin zu Desoxythymidinphosphat. Sie ist essentiell beim Aufbau der DNA.
+- Trivialname für NtrC? Stickstoff-Regulator Protein (NtrC).
+- Was ist der Non-sense-mediated RNA Decay und wann tritt er ein? A: Ein RNA-Abbau der die Zelle vor der Produktion funktionsunfähiger, verkürzter Proteine schützt, und immer dann einsetzt, wenn mRNAs mit "premature stop-Codons" im Cytoplasma auftreten. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nonsense-mediated_decay
+- Die U2-snRNP ersetzt welche zwei Faktoren wenn sie an die interne A-Site im Intron bindet? A: U2AF und BBP
+- Ein Intron das 300kb lang ist braucht wie lange zum transkribieren? 2.8 Stunden.
+- Die ältesten Introns gehören wahrscheinlich zur ... ? A: Group II Introns.
+- Die Aktivität von CAP wird woduch gesteuert? Durch den intrazellulären Gehalt von cAMP.
+- Wie wird CAP aktiviert? Durch cAMP.
+- TFIIF entspricht in Bakterien was ...? A: Dem <one>Sigmafaktor</one>.
+- Wer bindet an Poly-A? PABP.
+- Nenne 3 post-translationale Modifikationen! A: (1) Glykosylierung (2) Myristylierung (3) Phosphorylierung
+- Nenne 1 Thymin-Analog! A: Bromouracil.
+- When was splicing discovered? 1977.
+- Typische Exon Grösse? 150 Nukleotide.
+- Wie viele Regionen hat der Sigmafaktor? A: Vier
+- Warum der Name Cosuppression? Weil sowohl das Transgen als auch das endogene Gen unterdrückt werden (suppression).
+- Gib 2 Beispiele für Organismen die "trans-splicing" verwenden! A: (1) Trypanosomen (2) Euglenoiden
+- Welches ist der Standard-Sigmafaktor? Sigma-70.
+- Was erlaubt der NTP-Uptake channel? Das neue Nukleotide an die active site der Polymerase gelangen können.
+- Warum wird mRNA verpackt mit Proteinen durch die eukaryotische Membran geschleust? Weil die RNA negativ geladen ist, und es ohne Abschirmung der Proteine schwer möglich ist, diese durch die Membran zu transportieren.
+- Nenne eine Region im Sigmafaktor die als molecular mimic von DNA agiert! A: Region 1.1
+- Nenne 2 Beispiele für sequence motif Typen! A: Enhancers und Silencers.
+- Warum ist die Kenntnis der alternativen Tautomers wichtig? Da sie einen häufigen Fehler bei der DNA Replikation darstellen können.
+- Woran bindet SNP U1 respektive U2? U1 bindet an das AG innerhalb der GU-AG und U2 bindet an das A der "internal branch point".
+- Aufgabe von IF3? Ist an die kleine ribosomale Untereinheit gebunden und verhindert das sich diese UE zu schnell mit der grossen ribosomalen UE verbindet.
+- FACT hilft bei welchem "genetischem" Vorgang? Bei der Elongation (da er die H2A und H2B Dimere trennt).
+- Bei copolymers ohne AUG, wo starten die Ribosomen ihre Synthese? An zufälligen Stellen.
+- Sigmafaktor 70 hat wie viele Regionen? 4.
+- Slogan: rRNA folds how? By "intramolecular base pairing".
+- Release Factors binden wo genau? An der A-Site im Ribosom.
+- Bei DNA Replikation, was geschieht mit dem Pyrophosphat das abgespalten wird? Es wird mittels dem Enzym Pyrophosphatase sehr schnell in 2 Phosphor umgewandelt.
+- SL1 besteht aus welchen Untereinheiten? A: TBP sowie 3 weiteren TAFs, 48, 63, 110
+- Nenne 2 Möglichkeiten wie Proteine zur Regulation in der Genexpression beitragen können! A: Mittels ihrer (1) Half-life, sowie mit Interaktion von (2) Cofaktoren.
+- Wie kann man mRNA inaktivieren? Mittels anti-sense mRNA.
+- trn1 und trnA liegen wo? Neben der 16S rRNA.
+- SL1 bindet an DNA nur wenn ... ? A: Nur wenn sein Kofaktor UBF an die DNA gebunden ist.
+- Was war Yanofsky grosse Leistung 1963? A: He showed that mutations appear in the same order ("colinearity of mutations").
+- Beschreibe die Rolle von IF1 IF2 und IF3. A: IF3 sorgt dafür das die beiden Ribosomen-UEs getrennt bleiben (wirkt an der 30S UE), IF1 und IF2 sorgen dafür das nur cognate tRNA an den P-Ort gelangen können.
+- Wie wirkt Proflavin auf dsDNA? A: Fügt ein Nucleotidpaar hinzu, oder entfernt eines.
+- Nenne 4 Beispiele für zelluläre mRNAs die IRES verwenden und so keine 5 Strich Cap brauchen. A: BiP der schweren Immunglobulin-Kette, das Myc-Protein, ODC und FGF-2
+- Was produziert ODC? A: Polyamine.
+- Aufgabe TAT-SF1? A: Rekrutiert Komponenten des Splicing Apparates (wenn Serin 2 im Heptapeptid-Schwanz phosphoryliert ist)
+- Definiere Scanning und nenne 3 Punkte die es erfordert. A: Scanning bezeichnet das Suchen des Ribosom nach dem AUG Startcodon, unter ATP-Verbrauch. Zudem benötigt es eIF1 und eIF1A.
+- Nenne 2 RNA Chaperones. A: Hfq und Fin-O Protein.
+- Die Methylgruppe am Cytosin ragt in die grosse Rinne der DNA hinein. Welchen Effekt kann dies haben? Proteine die Methylgruppen erkennen, können nun binden. Zudem können Transkriptionsfaktoren verdrängt werden.
+- Was macht das Enzyme Cytidine-Deaminase? A: Konvertiert C nach U.
+- Was bewirken Cycline molekular betrachtet? A: Eine konformationelle Änderung in den Cdk-Kinasen (einschalten, ausschalten)
+- SPT6 bindet an ...? A: H3.
+- Nenne 2 Elongation-Factors! A: TFIIS und hSPT5.
+- Wie kann bei Eukaryoten die 2. mRNA von der 1. mRNA unterschieden werden wenn das Genende erreicht wird und weiter transkribiert wird? A: Diese kurze mRNA ist uncapped, im Gegensatz zur ersten mRNA.
+- Der Output von Drosha ist wie lange? A: Etwa 70 Nukleotide
+- Proteine, die im Endoplasmatischen Retikulum sind, haben am C-Terminal ein Tetrapeptide. Wie lautet dessen Sequenz? A: KDEL (Merkschema: C-KDEL)
+- Wo finde ich Dipthamid? A: Im eukaryotischen Elongationsfaktor eEF-2
+- RISC akzeptiert was für einen Input? A: ssRNA
+- Nenne einen Faktor der bei "hydrolytic editing" stimuliert! A: Gre factors.
+- H-NS protein silenced gene expression an mindestens 2 Promotoren. Welchen? A: an proU und bgl operons
+- Tup1 ist ein ..? A: Corepressor.
+- Nenne 2 Fakten zu TRCF! A: hat eine ATPase Aktivität und kann stehengebliebene RNA Polymerase zur Dissoziation bringen.
+- Nenne 1 Proteingruppe die RNA Pol II während der Elongation hilft. A: Nus Protein.
+- MRP-RNP ist womit verwandt? A: Mit RNAse P, welches korrekte 5-Prime Enden bei tRNA herstellt.
+- Wo befindet sich die RBS Stelle typischerweise? A: Etwa 3-9 Basenpaare vor dem Startcodon der 5-Strich mRNA.
+- TFIIF bindet woran? A: An den Non-Template strand.
+- Was macht Rtt103? A: Ladet eine RNAse auf den CTD Tail der Polymerase.
+- H4K8, was fällt einem dazu ein? A: Bromodomain im Swi-SNF Komplex. Er bindet an H4K8.
+- U2AF hat zwei Motive. Welche? A: RRM und RS Motiv.
+- Was ermöglicht NXF1? A: Den Übertritt der mRNA ins Cytoplasma.
+- Steroidhormon-Rezeptoren haben welche gemeinsame Grundstruktur? A: C,D,E: hoch konservierte DNA Bindedomäne C, flexibles Zwischenstück D, wenig konservierte Liganden-Bindedomäne E.
+- 5S gehört zu ... ? A: rRNA
+- TAFs haben strukturelle Ähnlichkeit zu ...? A: Histonen.
+- Was heisst GCN? A: General Control of Amino Acid Synthesis.
+- Alternative Splicing produziert was? A: Verschiedene Isoformen.
+- Wir löschen Subunits des Mediator Komplexes. Was können wir beobachten? A: Verschiedene Gene werden nun nicht mehr abgelesen, wahrscheinlich weil die Mediator-Subunits mit verschiedenen Coaktivatoren zusammenarbeiten.
+- Warum heisst der Mediator Mediator? A: Er vermittelt zwischen stromaufwärts gelegenen Enhancern (Aktivatoren) und der RNA Polymerase II.
+- Das Exosome hat wie viele Exonucleasen? A: Mindestens 9.
+- Was ist das int-1 Gen? A: Ein Maus-Gen das durch die Integration eines Retrovirus aktiviert wird.
+- Was heisst MAP im MAP-Kinase Pathway? A: Mitogen Activated Protein.
+- Was bewirkt "ChIP" effektiv? A: Ein Auftrennen zwischen Euchromatin und Heterochromatin.
+- Wie kann TBP spezifisch die TATA Box erkennen? A: Durch zwei Phenylalanin-Reste.
+- Was heisst PIC, und woraus besteht er? A: Präinitiationscomplex. Er besteht aus DAB-PolII-FEH
+- Was bewirken Terminators? A: Sie triggeren das die Polymerase von der DNA dissoziiert.
+- Was lässt sich zum Sigma-Release sagen? A: Er benötigt fast immer mehrere Anläufe.
+- Was ist schwächer: A-U oder A-T? A: A-U Basenpaarungen. Die sind am schwächsten überhaupt.
+- Wo findet man die active site bei der Polymerase? A: An der Basis der Pincers, innerhalb der active site cleft.
+- Was haben starke Promotoren und womit interagieren sie? A: Ein UP Element, welches mit dem Carboxyteil der Alpha-Untereinheit der Polymerase interagiert.
+- Was heisst CBP? A: CREB-Bindeprotein.
+- Proteine mit Bromodomäne erwerben welche Bindungseigenschaft? A: Sie können an Acetyl-Lysin Seitengruppen binden.
+- Welche Aufgabe hat hSPT5? A: Er rekrutiert die 5-Strich Capping Enzymes an den (phosphorylierten) CTD-Teil der Polymerase.
+- Was heisst p-TEFb? A: positive transcription elongation factor b
+- Woran genau bindet SP1? A: An GC-Boxen (GGGCGG)
+- Nenne 3 Vertreter für HAT Komplexe! A: Yeast SAGA, PCAF, NuA3
+- Nenne 3 Beispiele für HDAC Komplexe (Histon-deacetylase)! A: Der Sin3-Komplex, NuRD und SIR2.
+- Welche Transkriptionsfaktoren haben eine SH2 Domäne? A: STATs (Signaltransduktoren und Aktivatoren der Transkription)
+- In der Genexpression, was heisst STAT? A: Signaltransduktoren und Aktivatoren der Transkription
+- Was ist SUMO1? A: Small ubiquitine-like modifier.
+- Nenne einen Vertreter der Tyrosinkinasen. A: Protein-Tyrosinkinase (PTK)
+- Nenne 4 verschiedene Gentypen, die die RNA Polymerase III transkribiert! A: tRNA, 5S rRNA, 7SL RNA, U6sn RNA. 
+- AraB, AraA, AraD kodieren für ... (jeweils)? A: (1) L-Ribulokinase (2) L-Arabinose-Isomerase (3) L-Ribulose-5-phosphat-4-Epimerase
+- Woran bindet SP1? A: An GC-Boxen.
+- Wie wirkt cAMP bei Eukaryoten? A: Indirekt, über Protein-Kinase A.
+- Wie geht die CRE Sequenz? A: 5-Strich TGACGTCA
+- Ab welchem Zeitpunkt kann man sagen, das die Polymerase dem Promoter entflohen ("escaped") ist? A: Nachdem sie 10 Nukleotide synthetisiert hat.
+- CREB gehört zu welcher Familie? A: ATF-1 (Activating Transcription Factor 1)
+- Woher stammt meistens das P für die Proteinkinasen? A: Meistens aus ATP.
+- TBP ist Bestandteil welchen Komplexes bei RNA-Polymerasen III Genen? A: TFIIIB.
+- Wer stellt 5-Strich Ende, wer stellt 3-Strich Ende von tRNA her? A: RNase P stellt 5-Strich Ende her, RNase Z stellt 3-Strich Ende her.
+- Welches Enzym stellt das korrekte 3-Strich CCA Ende bei tRNA her? A: tRNA Nucleotidyltransferase.
+- Die Alpha-Helix die den-10 Bereich erkennt, besitzt welche besonders charakteristische Eigenschaft? A: Aromatische Aminosäuren.
+- Was ist ein Anti-Sigmafaktor? A: Ein Protein das mit einem Sigmafaktor interagieren kann (und ihn inhibiert, sprich seine Fähigkeit an Promotor DNA zu binden unterbindet)