search_biomodel 0.1.2 → 1.0.0

data/search_biomodel/ruby/1.8/gems/nokogiri-1.4.6/ext/nokogiri/depend

@@ -0,0 +1,358 @@
+html_document.o: html_document.c html_document.h nokogiri.h xml_io.h	\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h xml_node.h xml_text.h		\
+  xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h			\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
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+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+html_element_description.o: html_element_description.c			\
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+ html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
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+ xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+ xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+ xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h xml_namespace.h		\
+ xml_encoding_handler.h
+
+html_entity_lookup.o: html_entity_lookup.c html_entity_lookup.h		\
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+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
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+  xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h			\
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+
+html_sax_parser_context.o: html_sax_parser_context.c			\
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+ xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+ xml_reader.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h		\
+ xml_relax_ng.h html_element_description.h xml_namespace.h		\
+ xml_encoding_handler.h
+
+nokogiri.o: nokogiri.c nokogiri.h xml_io.h xml_document.h		\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
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+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
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+
+xml_attr.o: xml_attr.c xml_attr.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h	\
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+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
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+
+xml_attribute_decl.o: xml_attribute_decl.c xml_attribute_decl.h		\
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+
+xml_cdata.o: xml_cdata.c xml_cdata.h nokogiri.h xml_io.h		\
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+
+xml_comment.o: xml_comment.c xml_comment.h nokogiri.h xml_io.h		\
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+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
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+
+xml_document.o: xml_document.c xml_document.h nokogiri.h xml_io.h	\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
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+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h			\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_document_fragment.o: xml_document_fragment.c			\
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+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
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+
+xml_dtd.o: xml_dtd.c xml_dtd.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h	\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
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+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
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+
+xml_element_content.o: xml_element_content.c xml_element_content.h	\
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+  xml_xpath_context.h xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h		\
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+
+xml_element_decl.o: xml_element_decl.c xml_element_decl.h nokogiri.h	\
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+  xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h				\
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+  xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
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+
+xml_encoding_handler.o: xml_encoding_handler.c xml_encoding_handler.h	\
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+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
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+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
+  xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h
+
+xml_entity_decl.o: xml_entity_decl.c xml_entity_decl.h nokogiri.h	\
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+  xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h				\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_xpath_context.h		\
+  xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h	\
+  xml_sax_push_parser.h xml_reader.h html_sax_parser_context.h		\
+  xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_entity_reference.o: xml_entity_reference.c xml_entity_reference.h	\
+  nokogiri.h xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h		\
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+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h			\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_io.o: xml_io.c xml_io.h nokogiri.h xml_document.h			\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
+  xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h			\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h			\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_namespace.o: xml_namespace.c xml_namespace.h nokogiri.h xml_io.h	\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h	\
+  xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h	\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h			\
+  html_element_description.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_node.o: xml_node.c xml_node.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h	\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_text.h xml_cdata.h		\
+  xml_attr.h xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h	\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
+  xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_node_set.o: xml_node_set.c xml_node_set.h nokogiri.h xml_io.h	\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h	\
+  xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h	\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h	\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
+  xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_processing_instruction.o: xml_processing_instruction.c		\
+ xml_processing_instruction.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h	\
+ html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
+ xml_cdata.h xml_attr.h xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h	\
+ xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h		\
+ xml_element_decl.h xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h		\
+ xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h	\
+ xml_sax_push_parser.h xml_reader.h html_sax_parser_context.h		\
+ xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
+ html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_reader.o: xml_reader.c xml_reader.h nokogiri.h xml_io.h		\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h	\
+  xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h	\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
+  xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_relax_ng.o: xml_relax_ng.c xml_relax_ng.h nokogiri.h xml_io.h	\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h	\
+  xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h	\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_schema.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_sax_parser.o: xml_sax_parser.c xml_sax_parser.h nokogiri.h		\
+  xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h		\
+  xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h				\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_push_parser.h xml_reader.h html_sax_parser_context.h		\
+  xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_sax_parser_context.o: xml_sax_parser_context.c			\
+ xml_sax_parser_context.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h		\
+ html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_text.h		\
+ xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h			\
+ xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+ xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+ xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+ xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+ html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h		\
+ xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h			\
+ xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_sax_push_parser.o: xml_sax_push_parser.c xml_sax_push_parser.h	\
+  nokogiri.h xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h		\
+  html_document.h xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h		\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
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+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
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+  xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
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+
+xml_schema.o: xml_schema.c xml_schema.h nokogiri.h xml_io.h		\
+  xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h	\
+  xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h xml_processing_instruction.h	\
+  xml_entity_reference.h xml_document_fragment.h xml_comment.h		\
+  xml_node_set.h xml_dtd.h xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h	\
+  xml_entity_decl.h xml_xpath_context.h xml_element_content.h		\
+  xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h	\
+  xml_reader.h html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h		\
+  xml_syntax_error.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_syntax_error.o: xml_syntax_error.c xml_syntax_error.h nokogiri.h	\
+  xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h		\
+  xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h				\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_schema.h		\
+  xml_relax_ng.h html_element_description.h xml_namespace.h		\
+  xml_encoding_handler.h
+
+xml_text.o: xml_text.c xml_text.h nokogiri.h xml_io.h xml_document.h	\
+  html_entity_lookup.h html_document.h xml_node.h xml_cdata.h		\
+  xml_attr.h xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h	\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h	\
+  xml_schema.h xml_relax_ng.h html_element_description.h		\
+  xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xml_xpath_context.o: xml_xpath_context.c xml_xpath_context.h		\
+  nokogiri.h xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h		\
+  html_document.h xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h		\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h xml_sax_parser.h	\
+  xml_sax_push_parser.h xml_reader.h html_sax_parser_context.h		\
+  xslt_stylesheet.h xml_syntax_error.h xml_schema.h xml_relax_ng.h	\
+  html_element_description.h xml_namespace.h xml_encoding_handler.h
+
+xslt_stylesheet.o: xslt_stylesheet.c xslt_stylesheet.h nokogiri.h	\
+  xml_io.h xml_document.h html_entity_lookup.h html_document.h		\
+  xml_node.h xml_text.h xml_cdata.h xml_attr.h				\
+  xml_processing_instruction.h xml_entity_reference.h			\
+  xml_document_fragment.h xml_comment.h xml_node_set.h xml_dtd.h	\
+  xml_attribute_decl.h xml_element_decl.h xml_entity_decl.h		\
+  xml_xpath_context.h xml_element_content.h xml_sax_parser_context.h	\
+  xml_sax_parser.h xml_sax_push_parser.h xml_reader.h			\
+  html_sax_parser_context.h xml_syntax_error.h xml_schema.h		\
+  xml_relax_ng.h html_element_description.h xml_namespace.h		\
+  xml_encoding_handler.h

data/search_biomodel/ruby/1.8/gems/nokogiri-1.4.6/ext/nokogiri/extconf.rb

@@ -0,0 +1,118 @@
+ENV['RC_ARCHS'] = '' if RUBY_PLATFORM =~ /darwin/
+
+# :stopdoc:
+
+require 'mkmf'
+
+RbConfig::MAKEFILE_CONFIG['CC'] = ENV['CC'] if ENV['CC']
+
+ROOT = File.expand_path(File.join(File.dirname(__FILE__), '..', '..'))
+LIBDIR = Config::CONFIG['libdir']
+INCLUDEDIR = Config::CONFIG['includedir']
+
+if defined?(RUBY_ENGINE) && RUBY_ENGINE == 'macruby'
+  $LIBRUBYARG_STATIC.gsub!(/-static/, '')
+end
+
+$CFLAGS << " #{ENV["CFLAGS"]}"
+$LIBS << " #{ENV["LIBS"]}"
+
+if Config::CONFIG['target_os'] == 'mingw32' || Config::CONFIG['target_os'] =~ /mswin32/
+  $CFLAGS << " -DXP_WIN -DXP_WIN32 -DUSE_INCLUDED_VASPRINTF"
+elsif Config::CONFIG['target_os'] =~ /solaris/
+  $CFLAGS << " -DUSE_INCLUDED_VASPRINTF"
+else
+  $CFLAGS << " -g -DXP_UNIX"
+end
+
+if RbConfig::MAKEFILE_CONFIG['CC'] =~ /mingw/
+  $CFLAGS << " -DIN_LIBXML"
+end
+
+if RbConfig::MAKEFILE_CONFIG['CC'] =~ /gcc/
+  $CFLAGS << " -O3 -Wall -Wcast-qual -Wwrite-strings -Wconversion -Wmissing-noreturn -Winline"
+end
+
+if Config::CONFIG['target_os'] =~ /mswin32/
+  lib_prefix = 'lib'
+
+  # There's no default include/lib dir on Windows. Let's just add the Ruby ones
+  # and resort on the search path specified by INCLUDE and LIB environment
+  # variables
+  HEADER_DIRS = [INCLUDEDIR]
+  LIB_DIRS = [LIBDIR]
+  XML2_HEADER_DIRS = [File.join(INCLUDEDIR, "libxml2"), INCLUDEDIR]
+
+else
+  lib_prefix = ''
+
+  HEADER_DIRS = [
+    # First search /opt/local for macports
+    '/opt/local/include',
+
+    # Then search /usr/local for people that installed from source
+    '/usr/local/include',
+
+    # Check the ruby install locations
+    INCLUDEDIR,
+
+    # Finally fall back to /usr
+    '/usr/include',
+    '/usr/include/libxml2',
+  ]
+
+  LIB_DIRS = [
+    # First search /opt/local for macports
+    '/opt/local/lib',
+
+    # Then search /usr/local for people that installed from source
+    '/usr/local/lib',
+
+    # Check the ruby install locations
+    LIBDIR,
+
+    # Finally fall back to /usr
+    '/usr/lib',
+  ]
+
+  XML2_HEADER_DIRS = [
+    '/opt/local/include/libxml2',
+    '/usr/local/include/libxml2',
+    File.join(INCLUDEDIR, "libxml2")
+  ] + HEADER_DIRS
+end
+
+dir_config('zlib', HEADER_DIRS, LIB_DIRS)
+dir_config('iconv', HEADER_DIRS, LIB_DIRS)
+dir_config('xml2', XML2_HEADER_DIRS, LIB_DIRS)
+dir_config('xslt', HEADER_DIRS, LIB_DIRS)
+
+def asplode(lib)
+  abort "-----\n#{lib} is missing.  please visit http://nokogiri.org/tutorials/installing_nokogiri.html for help with installing dependencies.\n-----"
+end
+
+pkg_config('libxslt') if RUBY_PLATFORM =~ /mingw/
+
+asplode "libxml2"  unless find_header('libxml/parser.h')
+asplode "libxslt"  unless find_header('libxslt/xslt.h')
+asplode "libexslt" unless find_header('libexslt/exslt.h')
+asplode "libiconv" unless have_func('iconv_open', 'iconv.h') or have_library('iconv', 'iconv_open', 'iconv.h')
+asplode "libxml2"  unless find_library("#{lib_prefix}xml2", 'xmlParseDoc')
+asplode "libxslt"  unless find_library("#{lib_prefix}xslt", 'xsltParseStylesheetDoc')
+asplode "libexslt" unless find_library("#{lib_prefix}exslt", 'exsltFuncRegister')
+
+have_func 'xmlFirstElementChild'
+have_func('xmlRelaxNGSetParserStructuredErrors')
+have_func('xmlRelaxNGSetParserStructuredErrors')
+have_func('xmlRelaxNGSetValidStructuredErrors')
+have_func('xmlSchemaSetValidStructuredErrors')
+have_func('xmlSchemaSetParserStructuredErrors')
+
+if ENV['CPUPROFILE']
+  unless find_library('profiler', 'ProfilerEnable', *LIB_DIRS)
+    abort "google performance tools are not installed"
+  end
+end
+
+create_makefile('nokogiri/nokogiri')
+# :startdoc: