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- data/doc/gpmaxmin.html +32 -0
- data/doc/gpprint.html +35 -0
- data/doc/gpview.html +349 -0
- data/doc/grads2nc_with_gphys.html +21 -0
- data/doc/grads_gridded.html +307 -0
- data/doc/grib.html +149 -0
- data/doc/grid.html +224 -0
- data/doc/index.html +145 -0
- data/doc/index.rd +138 -0
- data/doc/netcdf_convention.html +136 -0
- data/doc/unumeric.html +176 -0
- data/doc/update +69 -0
- data/doc/update_rdoc +8 -0
- data/doc/varray.html +299 -0
- data/doc/varraycomposite.html +67 -0
- data/ext_init.c +1 -0
- data/extconf.rb +16 -6
- data/gphys.gemspec +33 -26
- data/interpo.c +1 -1
- data/lib/numru/dclext.rb +718 -546
- data/lib/numru/derivative.rb +2 -0
- data/lib/numru/ganalysis.rb +38 -0
- data/lib/numru/ganalysis/beta_plane.rb +103 -0
- data/lib/numru/ganalysis/eof.rb +3 -2
- data/lib/numru/ganalysis/fitting.rb +559 -0
- data/lib/numru/ganalysis/histogram.rb +36 -19
- data/lib/numru/ganalysis/log_p.rb +130 -0
- data/lib/numru/ganalysis/met.rb +396 -2
- data/lib/numru/ganalysis/met_z.rb +300 -0
- data/lib/numru/ganalysis/planet.rb +17 -7
- data/lib/numru/ganalysis/qg.rb +685 -0
- data/lib/numru/ganalysis/sigma_coord.rb +90 -0
- data/lib/numru/gdir.rb +2 -1
- data/lib/numru/ggraph.rb +204 -60
- data/lib/numru/ggraph_on_merdional_section.rb +1 -1
- data/lib/numru/gphys.rb +6 -0
- data/lib/numru/gphys/assoccoords.rb +18 -3
- data/lib/numru/gphys/axis.rb +209 -8
- data/lib/numru/gphys/derivative.rb +11 -0
- data/lib/numru/gphys/gphys.rb +539 -48
- data/lib/numru/gphys/gphys_dim_op.rb +331 -0
- data/lib/numru/gphys/gphys_fft.rb +48 -2
- data/lib/numru/gphys/gphys_io.rb +241 -13
- data/lib/numru/gphys/gphys_netcdf_io.rb +77 -39
- data/lib/numru/gphys/gphys_nusdas_io.rb +3 -0
- data/lib/numru/gphys/grib.rb +133 -54
- data/lib/numru/gphys/grib_params.rb +26 -3
- data/lib/numru/gphys/grid.rb +75 -34
- data/lib/numru/gphys/interpolate.rb +24 -10
- data/lib/numru/gphys/mdstorage.rb +160 -0
- data/lib/numru/gphys/netcdf_convention.rb +4 -2
- data/lib/numru/gphys/subsetmapping.rb +0 -1
- data/lib/numru/gphys/unumeric.rb +50 -5
- data/lib/numru/gphys/varray.rb +15 -30
- data/lib/numru/gphys/varraycomposite.rb +107 -24
- data/lib/numru/gphys/varraynetcdf.rb +9 -3
- data/lib/numru/gphys/version.rb +5 -0
- data/sample/druby_cli1.rb +2 -0
- data/sample/druby_cli2.rb +0 -6
- data/sample/druby_serv2.rb +0 -13
- data/spec/gphys_spec.rb +11 -0
- data/spec/spec_helper.rb +2 -0
- data/test/test_assoccoords.rb +102 -0
- data/test/test_axis.rb +61 -0
- data/test/test_fitting.rb +116 -0
- data/test/test_gphys.rb +20 -0
- data/test/test_met_z.rb +96 -0
- data/test/test_sigma_coord.rb +50 -0
- data/{test → test_old}/eof_slp.rb +0 -0
- data/{test → test_old}/mltbit.dat +0 -0
- data/{test → test_old}/test_ep_flux.rb +0 -0
- data/{test → test_old}/test_multibitIO.rb +0 -0
- metadata +530 -191
- data/README.md +0 -29
- data/lib/gphys.rb +0 -2
- data/lib/numru/dclext_datetime_ax.rb +0 -220
- data/lib/version.rb +0 -3
data/README.md
DELETED
@@ -1,29 +0,0 @@
|
|
1
|
-
# GPhys
|
2
|
-
|
3
|
-
TODO: Write a gem description
|
4
|
-
|
5
|
-
## Installation
|
6
|
-
|
7
|
-
Add this line to your application's Gemfile:
|
8
|
-
|
9
|
-
gem 'gphys'
|
10
|
-
|
11
|
-
And then execute:
|
12
|
-
|
13
|
-
$ bundle
|
14
|
-
|
15
|
-
Or install it yourself as:
|
16
|
-
|
17
|
-
$ gem install gphys
|
18
|
-
|
19
|
-
## Usage
|
20
|
-
|
21
|
-
TODO: Write usage instructions here
|
22
|
-
|
23
|
-
## Contributing
|
24
|
-
|
25
|
-
1. Fork it
|
26
|
-
2. Create your feature branch (`git checkout -b my-new-feature`)
|
27
|
-
3. Commit your changes (`git commit -am 'Add some feature'`)
|
28
|
-
4. Push to the branch (`git push origin my-new-feature`)
|
29
|
-
5. Create new Pull Request
|
data/lib/gphys.rb
DELETED
@@ -1,220 +0,0 @@
|
|
1
|
-
require "numru/dcl"
|
2
|
-
require "numru/misc"
|
3
|
-
require "date" # needs ruby >= 1.8 for DateTime class
|
4
|
-
|
5
|
-
|
6
|
-
module NumRu
|
7
|
-
module DCLExt
|
8
|
-
|
9
|
-
module_function
|
10
|
-
|
11
|
-
@@datetime_ax_options = Misc::KeywordOptAutoHelp.new(
|
12
|
-
['yax', false, 'true => y-axis, false => x-axis'],
|
13
|
-
['cside', nil, '"b", "t", "l", "r", nil (=>left/bottom), or false (=>right/top)'],
|
14
|
-
['dtick1', 1, 'small tick interval in hours'],
|
15
|
-
['dtick2', nil, 'large tick (with hour labels) interval in hours'],
|
16
|
-
['year', false, 'true => add year to date label'],
|
17
|
-
['month', true, 'true => add month to date label']
|
18
|
-
)
|
19
|
-
|
20
|
-
def datetime_ax(date_from, date_to, options=nil)
|
21
|
-
# date_from [a DateTime] : start on this date&time
|
22
|
-
# date_to [a DateTime] : end on this date&time
|
23
|
-
|
24
|
-
opt = @@datetime_ax_options.interpret(options)
|
25
|
-
|
26
|
-
yax = opt['yax']
|
27
|
-
xax = !yax
|
28
|
-
if xax
|
29
|
-
xy='x'
|
30
|
-
else
|
31
|
-
xy='y'
|
32
|
-
end
|
33
|
-
|
34
|
-
if opt['cside']
|
35
|
-
cside = opt['cside']
|
36
|
-
elsif opt['cside'].nil?
|
37
|
-
if xax
|
38
|
-
cside='b'
|
39
|
-
else
|
40
|
-
cside='l'
|
41
|
-
end
|
42
|
-
else
|
43
|
-
if xax
|
44
|
-
cside='t'
|
45
|
-
else
|
46
|
-
cside='r'
|
47
|
-
end
|
48
|
-
end
|
49
|
-
|
50
|
-
if opt['year']
|
51
|
-
datefmt = '%Y/%m/%d'
|
52
|
-
elsif opt['month']
|
53
|
-
datefmt = '%m/%d'
|
54
|
-
else
|
55
|
-
datefmt = '%d'
|
56
|
-
end
|
57
|
-
|
58
|
-
# < window parameters >
|
59
|
-
|
60
|
-
ux1,ux2,uy1,uy2 = DCL.sgqwnd
|
61
|
-
if xax
|
62
|
-
u1, u2 = ux1, ux2
|
63
|
-
else
|
64
|
-
u1, u2 = uy1, uy2
|
65
|
-
end
|
66
|
-
|
67
|
-
loffset_save = DCL.uzpget('loffset')
|
68
|
-
xyfact_save = DCL.uzpget(xy+'fact')
|
69
|
-
xyoffset_save = DCL.uzpget(xy+'offset')
|
70
|
-
|
71
|
-
tu1 = date_from.day_fraction.to_f
|
72
|
-
range_day = date_to - date_from # time btwn start and end (in days)
|
73
|
-
tu2 = tu1 + range_day
|
74
|
-
|
75
|
-
# < axis in hours >
|
76
|
-
|
77
|
-
DCL.uzpset('loffset',true)
|
78
|
-
|
79
|
-
DCL.uzpset(xy+'fact',24.0)
|
80
|
-
DCL.uzpset(xy+'offset',(tu1-u1)*24)
|
81
|
-
|
82
|
-
dtick1 = opt['dtick1']
|
83
|
-
if opt['dtick2']
|
84
|
-
dtick2 = opt['dtick2']
|
85
|
-
else
|
86
|
-
if range_day >= 4
|
87
|
-
dtick2 = 24
|
88
|
-
elsif range_day >= 2
|
89
|
-
dtick2 = 12
|
90
|
-
elsif range_day >= 1
|
91
|
-
dtick2 = 6
|
92
|
-
elsif range_day >= 0.5
|
93
|
-
dtick2 = 3
|
94
|
-
elsif range_day >= 0.25
|
95
|
-
dtick2 = 2
|
96
|
-
else
|
97
|
-
dtick2 = 1
|
98
|
-
end
|
99
|
-
end
|
100
|
-
|
101
|
-
str_hour = (tu1*24).ceil
|
102
|
-
end_hour = (tu2*24).floor
|
103
|
-
tick1=Array.new
|
104
|
-
tick2=Array.new
|
105
|
-
labels=Array.new
|
106
|
-
h1 = str_hour + (-str_hour % dtick1)
|
107
|
-
(h1..end_hour).step(dtick1){|i| tick1.push(i)}
|
108
|
-
h2 = str_hour + (-str_hour % dtick2)
|
109
|
-
(h2..end_hour).step(dtick2) do |i|
|
110
|
-
tick2.push(i)
|
111
|
-
labels.push((i%24).to_s)
|
112
|
-
end
|
113
|
-
if xax
|
114
|
-
DCL.uxaxlb(cside, tick1, tick2, labels, 2)
|
115
|
-
else
|
116
|
-
irotl_save = DCL.uzpget('irotly'+cside)
|
117
|
-
icent_save = DCL.uzpget('icenty'+cside)
|
118
|
-
DCL.uzpset('irotly'+cside,1)
|
119
|
-
DCL.uzpset('icenty'+cside,0)
|
120
|
-
DCL.uyaxlb(cside, tick1, tick2, labels, 2)
|
121
|
-
end
|
122
|
-
|
123
|
-
# < labels in days >
|
124
|
-
|
125
|
-
if DCL.uzpget('label'+xy+cside)
|
126
|
-
DCL.uzpset(xy+'fact',1.0)
|
127
|
-
DCL.uzpset(xy+'offset',0.0)
|
128
|
-
|
129
|
-
str_day = tu1.floor
|
130
|
-
end_day = tu2.floor
|
131
|
-
pos=Array.new
|
132
|
-
labels=Array.new
|
133
|
-
(str_day..end_day).step(1) do |i|
|
134
|
-
u = i.to_f + 0.5 + (u1- tu1)
|
135
|
-
u = (u1+u+0.5)/2 if u < u1
|
136
|
-
u = (u2+u-0.5)/2 if u > u2
|
137
|
-
pos.push(u)
|
138
|
-
str = (date_from+i).strftime(datefmt)
|
139
|
-
str.sub!(/^0/,'') if !opt['year'] && opt['month']
|
140
|
-
labels.push(str)
|
141
|
-
end
|
142
|
-
|
143
|
-
if xax
|
144
|
-
DCL.uxsaxz(cside,DCL.uzpget('roffx'+cside))
|
145
|
-
DCL.uxplbl(cside,1,pos,labels,10)
|
146
|
-
else
|
147
|
-
DCL.uysaxz(cside,DCL.uzpget('roffy'+cside))
|
148
|
-
DCL.uyplbl(cside,1,pos,labels,10)
|
149
|
-
# DCL.uzpset('irotly'+cside,irotl_save)
|
150
|
-
# DCL.uzpset('icenty'+cside,icent_save)
|
151
|
-
end
|
152
|
-
|
153
|
-
end
|
154
|
-
|
155
|
-
if xax
|
156
|
-
else
|
157
|
-
DCL.uzpset('irotly'+cside,irotl_save)
|
158
|
-
DCL.uzpset('icenty'+cside,icent_save)
|
159
|
-
end
|
160
|
-
|
161
|
-
# < to finish >
|
162
|
-
|
163
|
-
DCL.uzpset('loffset',loffset_save)
|
164
|
-
DCL.uzpset(xy+'fact',xyfact_save)
|
165
|
-
DCL.uzpset(xy+'offset',xyoffset_save)
|
166
|
-
|
167
|
-
end
|
168
|
-
end
|
169
|
-
end
|
170
|
-
|
171
|
-
|
172
|
-
######## test program ######
|
173
|
-
|
174
|
-
if $0 == __FILE__
|
175
|
-
|
176
|
-
include NumRu
|
177
|
-
|
178
|
-
iws = (ARGV[0] || (puts ' WORKSTATION ID (I) ? ;'; DCL.sgpwsn; gets)).to_i
|
179
|
-
DCL.swpset('ldump',true) if iws==4
|
180
|
-
DCL.gropn iws
|
181
|
-
DCL.sldiv('y',2,1)
|
182
|
-
|
183
|
-
date_from = DateTime.parse('2005-06-30 17:00')
|
184
|
-
date_to = DateTime.parse('2005-07-01 5:00')
|
185
|
-
date_from2 = DateTime.parse('2005-06-29 17:00')
|
186
|
-
date_to2 = DateTime.parse('2005-07-02 5:00')
|
187
|
-
|
188
|
-
any_offst = 10
|
189
|
-
|
190
|
-
DCL.grfrm
|
191
|
-
DCL.grswnd(0.0, date_to-date_from, any_offst, date_to2-date_from2+any_offst)
|
192
|
-
DCL.grsvpt(0.2, 0.8, 0.2, 0.8)
|
193
|
-
DCL.grstrn(1)
|
194
|
-
DCL.grstrf
|
195
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'year'=>true)
|
196
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'cside'=>'t', 'year'=>true)
|
197
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true)
|
198
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true, 'cside'=>'r')
|
199
|
-
DCL.uxsttl('b','TIME AND DATE',0.0)
|
200
|
-
DCL.uysttl('l','TIME AND DATE',0.0)
|
201
|
-
|
202
|
-
DCL.grfrm
|
203
|
-
DCL.grswnd(0.0, date_to-date_from, 0, date_to2-date_from2)
|
204
|
-
DCL.grsvpt(0.2, 0.8, 0.2, 0.8)
|
205
|
-
DCL.grstrn(1)
|
206
|
-
DCL.grstrf
|
207
|
-
DCL.uzpset('inner',-1)
|
208
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'dtick2'=>2)
|
209
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'cside'=>'t', 'dtick2'=>2)
|
210
|
-
DCL.uzpset('inner',1)
|
211
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true,
|
212
|
-
'dtick1'=>2, 'dtick2'=>24)
|
213
|
-
DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true, 'cside'=>'r',
|
214
|
-
'dtick1'=>2, 'dtick2'=>24)
|
215
|
-
DCL.uxsttl('b','TIME AND DATE',0.0)
|
216
|
-
DCL.uysttl('l','TIME AND DATE',0.0)
|
217
|
-
|
218
|
-
DCL.grcls
|
219
|
-
|
220
|
-
end
|
data/lib/version.rb
DELETED