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  277. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img9.png +0 -0
  278. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img90.png +0 -0
  279. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img91.png +0 -0
  280. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img92.png +0 -0
  281. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img93.png +0 -0
  282. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img94.png +0 -0
  283. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img95.png +0 -0
  284. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img96.png +0 -0
  285. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img97.png +0 -0
  286. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img98.png +0 -0
  287. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img99.png +0 -0
  288. data/doc/ep_flux/math-doc/document/index.html +101 -0
  289. data/doc/ep_flux/math-doc/document/internals.pl +258 -0
  290. data/doc/ep_flux/math-doc/document/labels.pl +265 -0
  291. data/doc/ep_flux/math-doc/document/next.png +0 -0
  292. data/doc/ep_flux/math-doc/document/next_g.png +0 -0
  293. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node1.html +104 -0
  294. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node10.html +164 -0
  295. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node11.html +86 -0
  296. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node12.html +166 -0
  297. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node13.html +897 -0
  298. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node14.html +1065 -0
  299. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node15.html +72 -0
  300. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node16.html +81 -0
  301. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node2.html +82 -0
  302. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node3.html +91 -0
  303. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node4.html +149 -0
  304. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node5.html +330 -0
  305. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node6.html +99 -0
  306. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node7.html +98 -0
  307. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node8.html +83 -0
  308. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node9.html +140 -0
  309. data/doc/ep_flux/math-doc/document/prev.png +0 -0
  310. data/doc/ep_flux/math-doc/document/prev_g.png +0 -0
  311. data/doc/ep_flux/math-doc/document/up.png +0 -0
  312. data/doc/ep_flux/math-doc/document/up_g.png +0 -0
  313. data/doc/gdir.html +412 -0
  314. data/doc/gdir_client.html +16 -0
  315. data/doc/gdir_connect_ftp-like.html +61 -0
  316. data/doc/gdir_server.html +45 -0
  317. data/doc/ggraph.html +1119 -0
  318. data/doc/gpcat.html +45 -0
  319. data/doc/gpcut.html +47 -0
  320. data/doc/gphys.html +624 -0
  321. data/doc/gphys_fft.html +324 -0
  322. data/doc/gphys_grads_io.html +69 -0
  323. data/doc/gphys_grib_io.html +82 -0
  324. data/doc/gphys_io.html +183 -0
  325. data/doc/gphys_io_common.html +18 -0
  326. data/doc/gphys_netcdf_io.html +283 -0
  327. data/doc/gplist.html +24 -0
  328. data/doc/gpmath.html +52 -0
  329. data/doc/gpmaxmin.html +32 -0
  330. data/doc/gpprint.html +35 -0
  331. data/doc/gpview.html +349 -0
  332. data/doc/grads2nc_with_gphys.html +21 -0
  333. data/doc/grads_gridded.html +307 -0
  334. data/doc/grib.html +149 -0
  335. data/doc/grid.html +224 -0
  336. data/doc/index.html +145 -0
  337. data/doc/index.rd +138 -0
  338. data/doc/netcdf_convention.html +136 -0
  339. data/doc/unumeric.html +176 -0
  340. data/doc/update +69 -0
  341. data/doc/update_rdoc +8 -0
  342. data/doc/varray.html +299 -0
  343. data/doc/varraycomposite.html +67 -0
  344. data/ext_init.c +1 -0
  345. data/extconf.rb +16 -6
  346. data/gphys.gemspec +33 -26
  347. data/interpo.c +1 -1
  348. data/lib/numru/dclext.rb +718 -546
  349. data/lib/numru/derivative.rb +2 -0
  350. data/lib/numru/ganalysis.rb +38 -0
  351. data/lib/numru/ganalysis/beta_plane.rb +103 -0
  352. data/lib/numru/ganalysis/eof.rb +3 -2
  353. data/lib/numru/ganalysis/fitting.rb +559 -0
  354. data/lib/numru/ganalysis/histogram.rb +36 -19
  355. data/lib/numru/ganalysis/log_p.rb +130 -0
  356. data/lib/numru/ganalysis/met.rb +396 -2
  357. data/lib/numru/ganalysis/met_z.rb +300 -0
  358. data/lib/numru/ganalysis/planet.rb +17 -7
  359. data/lib/numru/ganalysis/qg.rb +685 -0
  360. data/lib/numru/ganalysis/sigma_coord.rb +90 -0
  361. data/lib/numru/gdir.rb +2 -1
  362. data/lib/numru/ggraph.rb +204 -60
  363. data/lib/numru/ggraph_on_merdional_section.rb +1 -1
  364. data/lib/numru/gphys.rb +6 -0
  365. data/lib/numru/gphys/assoccoords.rb +18 -3
  366. data/lib/numru/gphys/axis.rb +209 -8
  367. data/lib/numru/gphys/derivative.rb +11 -0
  368. data/lib/numru/gphys/gphys.rb +539 -48
  369. data/lib/numru/gphys/gphys_dim_op.rb +331 -0
  370. data/lib/numru/gphys/gphys_fft.rb +48 -2
  371. data/lib/numru/gphys/gphys_io.rb +241 -13
  372. data/lib/numru/gphys/gphys_netcdf_io.rb +77 -39
  373. data/lib/numru/gphys/gphys_nusdas_io.rb +3 -0
  374. data/lib/numru/gphys/grib.rb +133 -54
  375. data/lib/numru/gphys/grib_params.rb +26 -3
  376. data/lib/numru/gphys/grid.rb +75 -34
  377. data/lib/numru/gphys/interpolate.rb +24 -10
  378. data/lib/numru/gphys/mdstorage.rb +160 -0
  379. data/lib/numru/gphys/netcdf_convention.rb +4 -2
  380. data/lib/numru/gphys/subsetmapping.rb +0 -1
  381. data/lib/numru/gphys/unumeric.rb +50 -5
  382. data/lib/numru/gphys/varray.rb +15 -30
  383. data/lib/numru/gphys/varraycomposite.rb +107 -24
  384. data/lib/numru/gphys/varraynetcdf.rb +9 -3
  385. data/lib/numru/gphys/version.rb +5 -0
  386. data/sample/druby_cli1.rb +2 -0
  387. data/sample/druby_cli2.rb +0 -6
  388. data/sample/druby_serv2.rb +0 -13
  389. data/spec/gphys_spec.rb +11 -0
  390. data/spec/spec_helper.rb +2 -0
  391. data/test/test_assoccoords.rb +102 -0
  392. data/test/test_axis.rb +61 -0
  393. data/test/test_fitting.rb +116 -0
  394. data/test/test_gphys.rb +20 -0
  395. data/test/test_met_z.rb +96 -0
  396. data/test/test_sigma_coord.rb +50 -0
  397. data/{test → test_old}/eof_slp.rb +0 -0
  398. data/{test → test_old}/mltbit.dat +0 -0
  399. data/{test → test_old}/test_ep_flux.rb +0 -0
  400. data/{test → test_old}/test_multibitIO.rb +0 -0
  401. metadata +530 -191
  402. data/README.md +0 -29
  403. data/lib/gphys.rb +0 -2
  404. data/lib/numru/dclext_datetime_ax.rb +0 -220
  405. data/lib/version.rb +0 -3
data/README.md DELETED
@@ -1,29 +0,0 @@
1
- # GPhys
2
-
3
- TODO: Write a gem description
4
-
5
- ## Installation
6
-
7
- Add this line to your application's Gemfile:
8
-
9
- gem 'gphys'
10
-
11
- And then execute:
12
-
13
- $ bundle
14
-
15
- Or install it yourself as:
16
-
17
- $ gem install gphys
18
-
19
- ## Usage
20
-
21
- TODO: Write usage instructions here
22
-
23
- ## Contributing
24
-
25
- 1. Fork it
26
- 2. Create your feature branch (`git checkout -b my-new-feature`)
27
- 3. Commit your changes (`git commit -am 'Add some feature'`)
28
- 4. Push to the branch (`git push origin my-new-feature`)
29
- 5. Create new Pull Request
@@ -1,2 +0,0 @@
1
- require "version"
2
- require "numru/gphys.rb"
@@ -1,220 +0,0 @@
1
- require "numru/dcl"
2
- require "numru/misc"
3
- require "date" # needs ruby >= 1.8 for DateTime class
4
-
5
-
6
- module NumRu
7
- module DCLExt
8
-
9
- module_function
10
-
11
- @@datetime_ax_options = Misc::KeywordOptAutoHelp.new(
12
- ['yax', false, 'true => y-axis, false => x-axis'],
13
- ['cside', nil, '"b", "t", "l", "r", nil (=>left/bottom), or false (=>right/top)'],
14
- ['dtick1', 1, 'small tick interval in hours'],
15
- ['dtick2', nil, 'large tick (with hour labels) interval in hours'],
16
- ['year', false, 'true => add year to date label'],
17
- ['month', true, 'true => add month to date label']
18
- )
19
-
20
- def datetime_ax(date_from, date_to, options=nil)
21
- # date_from [a DateTime] : start on this date&time
22
- # date_to [a DateTime] : end on this date&time
23
-
24
- opt = @@datetime_ax_options.interpret(options)
25
-
26
- yax = opt['yax']
27
- xax = !yax
28
- if xax
29
- xy='x'
30
- else
31
- xy='y'
32
- end
33
-
34
- if opt['cside']
35
- cside = opt['cside']
36
- elsif opt['cside'].nil?
37
- if xax
38
- cside='b'
39
- else
40
- cside='l'
41
- end
42
- else
43
- if xax
44
- cside='t'
45
- else
46
- cside='r'
47
- end
48
- end
49
-
50
- if opt['year']
51
- datefmt = '%Y/%m/%d'
52
- elsif opt['month']
53
- datefmt = '%m/%d'
54
- else
55
- datefmt = '%d'
56
- end
57
-
58
- # < window parameters >
59
-
60
- ux1,ux2,uy1,uy2 = DCL.sgqwnd
61
- if xax
62
- u1, u2 = ux1, ux2
63
- else
64
- u1, u2 = uy1, uy2
65
- end
66
-
67
- loffset_save = DCL.uzpget('loffset')
68
- xyfact_save = DCL.uzpget(xy+'fact')
69
- xyoffset_save = DCL.uzpget(xy+'offset')
70
-
71
- tu1 = date_from.day_fraction.to_f
72
- range_day = date_to - date_from # time btwn start and end (in days)
73
- tu2 = tu1 + range_day
74
-
75
- # < axis in hours >
76
-
77
- DCL.uzpset('loffset',true)
78
-
79
- DCL.uzpset(xy+'fact',24.0)
80
- DCL.uzpset(xy+'offset',(tu1-u1)*24)
81
-
82
- dtick1 = opt['dtick1']
83
- if opt['dtick2']
84
- dtick2 = opt['dtick2']
85
- else
86
- if range_day >= 4
87
- dtick2 = 24
88
- elsif range_day >= 2
89
- dtick2 = 12
90
- elsif range_day >= 1
91
- dtick2 = 6
92
- elsif range_day >= 0.5
93
- dtick2 = 3
94
- elsif range_day >= 0.25
95
- dtick2 = 2
96
- else
97
- dtick2 = 1
98
- end
99
- end
100
-
101
- str_hour = (tu1*24).ceil
102
- end_hour = (tu2*24).floor
103
- tick1=Array.new
104
- tick2=Array.new
105
- labels=Array.new
106
- h1 = str_hour + (-str_hour % dtick1)
107
- (h1..end_hour).step(dtick1){|i| tick1.push(i)}
108
- h2 = str_hour + (-str_hour % dtick2)
109
- (h2..end_hour).step(dtick2) do |i|
110
- tick2.push(i)
111
- labels.push((i%24).to_s)
112
- end
113
- if xax
114
- DCL.uxaxlb(cside, tick1, tick2, labels, 2)
115
- else
116
- irotl_save = DCL.uzpget('irotly'+cside)
117
- icent_save = DCL.uzpget('icenty'+cside)
118
- DCL.uzpset('irotly'+cside,1)
119
- DCL.uzpset('icenty'+cside,0)
120
- DCL.uyaxlb(cside, tick1, tick2, labels, 2)
121
- end
122
-
123
- # < labels in days >
124
-
125
- if DCL.uzpget('label'+xy+cside)
126
- DCL.uzpset(xy+'fact',1.0)
127
- DCL.uzpset(xy+'offset',0.0)
128
-
129
- str_day = tu1.floor
130
- end_day = tu2.floor
131
- pos=Array.new
132
- labels=Array.new
133
- (str_day..end_day).step(1) do |i|
134
- u = i.to_f + 0.5 + (u1- tu1)
135
- u = (u1+u+0.5)/2 if u < u1
136
- u = (u2+u-0.5)/2 if u > u2
137
- pos.push(u)
138
- str = (date_from+i).strftime(datefmt)
139
- str.sub!(/^0/,'') if !opt['year'] && opt['month']
140
- labels.push(str)
141
- end
142
-
143
- if xax
144
- DCL.uxsaxz(cside,DCL.uzpget('roffx'+cside))
145
- DCL.uxplbl(cside,1,pos,labels,10)
146
- else
147
- DCL.uysaxz(cside,DCL.uzpget('roffy'+cside))
148
- DCL.uyplbl(cside,1,pos,labels,10)
149
- # DCL.uzpset('irotly'+cside,irotl_save)
150
- # DCL.uzpset('icenty'+cside,icent_save)
151
- end
152
-
153
- end
154
-
155
- if xax
156
- else
157
- DCL.uzpset('irotly'+cside,irotl_save)
158
- DCL.uzpset('icenty'+cside,icent_save)
159
- end
160
-
161
- # < to finish >
162
-
163
- DCL.uzpset('loffset',loffset_save)
164
- DCL.uzpset(xy+'fact',xyfact_save)
165
- DCL.uzpset(xy+'offset',xyoffset_save)
166
-
167
- end
168
- end
169
- end
170
-
171
-
172
- ######## test program ######
173
-
174
- if $0 == __FILE__
175
-
176
- include NumRu
177
-
178
- iws = (ARGV[0] || (puts ' WORKSTATION ID (I) ? ;'; DCL.sgpwsn; gets)).to_i
179
- DCL.swpset('ldump',true) if iws==4
180
- DCL.gropn iws
181
- DCL.sldiv('y',2,1)
182
-
183
- date_from = DateTime.parse('2005-06-30 17:00')
184
- date_to = DateTime.parse('2005-07-01 5:00')
185
- date_from2 = DateTime.parse('2005-06-29 17:00')
186
- date_to2 = DateTime.parse('2005-07-02 5:00')
187
-
188
- any_offst = 10
189
-
190
- DCL.grfrm
191
- DCL.grswnd(0.0, date_to-date_from, any_offst, date_to2-date_from2+any_offst)
192
- DCL.grsvpt(0.2, 0.8, 0.2, 0.8)
193
- DCL.grstrn(1)
194
- DCL.grstrf
195
- DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'year'=>true)
196
- DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'cside'=>'t', 'year'=>true)
197
- DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true)
198
- DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true, 'cside'=>'r')
199
- DCL.uxsttl('b','TIME AND DATE',0.0)
200
- DCL.uysttl('l','TIME AND DATE',0.0)
201
-
202
- DCL.grfrm
203
- DCL.grswnd(0.0, date_to-date_from, 0, date_to2-date_from2)
204
- DCL.grsvpt(0.2, 0.8, 0.2, 0.8)
205
- DCL.grstrn(1)
206
- DCL.grstrf
207
- DCL.uzpset('inner',-1)
208
- DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'dtick2'=>2)
209
- DCLExt.datetime_ax(date_from, date_to, 'cside'=>'t', 'dtick2'=>2)
210
- DCL.uzpset('inner',1)
211
- DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true,
212
- 'dtick1'=>2, 'dtick2'=>24)
213
- DCLExt.datetime_ax(date_from2, date_to2, 'yax'=>true, 'cside'=>'r',
214
- 'dtick1'=>2, 'dtick2'=>24)
215
- DCL.uxsttl('b','TIME AND DATE',0.0)
216
- DCL.uysttl('l','TIME AND DATE',0.0)
217
-
218
- DCL.grcls
219
-
220
- end
@@ -1,3 +0,0 @@
1
- class GPhys
2
- VERSION = "1.2.2.1"
3
- end