tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/TreeCli.java

@@ -0,0 +1,75 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.TreeTreeTree.TreeTreeTree;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot tree — TBtools 树+注释图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: TreeCli <treeMeta.config> <out> [pad] [width] [height]
+ *   treeMeta.config: 行导向配置（# 注释）:
+ *     [TYPE]:Tree                # 树类型（必须）
+ *     [NEWICK]:<newick 同行>      # Newick 树（与 [NEWICK]: 同行，允许含冒号）
+ *     [setting]                  # 设置节（可选）
+ *     [TYPE]:TextAnno/HeatMap/BarPlot/Tile/StackBar/Domain/GeneStructure/Motifs/ManualAssigned <file> ...
+ *   pad: 面板间距（默认 20）
+ *
+ * 引擎: TreeTreeTree.showMeYourPower() 返回 ArrayList<JIGSubPanel>（各轨道）
+ *       （GRAS 12sp 树 926 叶 + TextAnno + HeatMap 轨道验证 SVG 1.19MB，08/28）
+ */
+public class TreeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: TreeCli <treeMeta.config> <out> [pad] [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String configFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        int pad = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 20;
+        int width = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 1200;
+        int height = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 800;
+
+        // FIX(G2): TreeTreeTree 在配置解析失败时会从 System.in 读入（挂起元凶，
+        // WorkBuddy 报告「tree draw 挂起无响应」；本地复现：喂 .nwk 挂 30s+，
+        // stdin 关死即立即返回）。两道防线：
+        // ① 预检配置必须含 [TYPE]: 行，否则快速报错并指路 phylotree
+        // ② System.in 置空流，引擎任何 stdin 读立即 EOF
+        try {
+            String content = new String(java.nio.file.Files.readAllBytes(new File(configFile).toPath()));
+            if (!content.contains("[TYPE]:")) {
+                System.err.println("❌ 输入不是 TreeTab 配置（缺 [TYPE]: 行）: " + configFile);
+                System.err.println("   配置文件示例:");
+                System.err.println("     [TYPE]:Tree");
+                System.err.println("     [NEWICK]:((A:0.1,B:0.2):0.3,C:0.4);");
+                System.err.println("   💡 如果只想直接画 newick 树: tbtools tree phylotree <in.nwk> <out.svg>");
+                System.exit(2);
+            }
+        } catch (java.io.IOException ioe) {
+            System.err.println("❌ 无法读取配置文件: " + configFile + " (" + ioe.getMessage() + ")");
+            System.exit(2);
+        }
+        System.setIn(new java.io.ByteArrayInputStream(new byte[0]));
+
+        TreeTreeTree ttt = new TreeTreeTree();
+        ttt.setInConfig(new File(configFile));
+        ttt.setScaleFactor(1.0);
+
+        ArrayList<JIGSubPanel> panels = ttt.showMeYourPower();
+        if (panels == null || panels.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: showMeYourPower 返回空");
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 轨道面板数: " + panels.size());
+
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile + " (" + panels.size() + " 轨道)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/TreeRootingCli.java

@@ -0,0 +1,30 @@
+import java.io.File;
+import java.nio.file.Files;
+import java.nio.charset.StandardCharsets;
+
+/**
+ * tbplot treeRooting — MAD 系统发育定根 CLI（08/29，第 49 引擎）
+ *
+ * 用法: TreeRootingCli <in.nwk> <out.nwk>
+ *   in.nwk: 未定根 NEWICK 树（单树）
+ *   out.nwk: MAD 定根后的 NEWICK 树
+ *
+ * ⚠️ MAD.main() 硬编码输入路径（args 被覆盖）——不能直接调 main。
+ *    改用公开静态入口 quickMadRoot(String)：NEWICK 字符串 → 定根后字符串。
+ *    算法引用：Tria et al. 2017, Nat Ecol Evol (MAD rooting, DOI:10.1038/s41559-017-0193)
+ */
+public class TreeRootingCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: TreeRootingCli <in.nwk> <out.nwk>");
+            System.exit(1);
+        }
+        String in = args[0];
+        String out = args[1];
+        String nwk = new String(Files.readAllBytes(new File(in).toPath()), StandardCharsets.UTF_8).trim();
+        String rooted = biocjava.bioDoer.TreeRooting.MAD.quickMadRoot(nwk);
+        Files.write(new File(out).toPath(), (rooted + "\n").getBytes(StandardCharsets.UTF_8));
+        System.err.println("[tbplot] MAD 定根完成: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/TrimMSACli.java

@@ -0,0 +1,33 @@
+import biocjava.bioIO.TrimMSA.trimMSA;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli trimMSA 桥 — MSA 修剪 CLI（08/31）
+ *
+ * 用法: TrimMSACli <in.aln.fa> <out.aln.fa> [ratio]
+ *   in.aln.fa: 多序列比对 (Fasta)
+ *   out.aln.fa: 修剪后比对
+ *   ratio: 每列保留阈值 (默认 0.5)
+ *
+ * ⚠️ trimMSA.main 是硬编码演示路径（不走 ArgsParser）→ 桥直接用 setter + process()
+ */
+public class TrimMSACli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: TrimMSACli <in.aln.fa> <out.aln.fa> [ratio]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        float ratio = args.length > 2 ? Float.parseFloat(args[2]) : 0.5f;
+
+        trimMSA tm = new trimMSA();
+        tm.setInMSAfa(new File(inFile));
+        tm.setOutMSAfa(new File(outFile));
+        tm.setRatio(ratio);
+        tm.process();
+        System.err.println("[tbcli] 已保存: " + outFile + " (ratio=" + ratio + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/UnrootedTreeCli.java

@@ -0,0 +1,44 @@
+import unrootedtree.engine.UnrootedTreePanelNew;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot unrooted — 无根树可视化 CLI（08/31 第六十四波）
+ *
+ * 用法: UnrootedTreeCli <in.nwk> <out> [layout] [width] [height] [iterations]
+ *   in.nwk: Newick 树文件
+ *   out:    .svg / .png / .pdf
+ *   layout: Circular|Radial|Force-Directed|Equal Angle|N-Body|Equal-Daylight（默认 Circular）
+ *   iterations: Force-Directed/N-Body 迭代次数（默认 200）
+ *
+ * 引擎: UnrootedTreePanelNew.loadNewickFile() → getJIGPanel() 返回 JIGBasePanel
+ *       （独立引擎，与已判死局的 UnrootedTreeViz 无关；08/31 攻下）
+ */
+public class UnrootedTreeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: UnrootedTreeCli <in.nwk> <out> [layout] [width] [height] [iterations]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String nwk = args[0];
+        String out = args[1];
+        String layout = args.length > 2 ? args[2] : "Circular";
+        int width = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 1000;
+        int height = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 900;
+        int iterations = args.length > 5 ? Integer.parseInt(args[5]) : 200;
+
+        UnrootedTreePanelNew ut = new UnrootedTreePanelNew();
+        ut.setLayoutType(layout);
+        ut.setIterations(iterations);
+        ut.loadNewickFile(new File(nwk));
+
+        JIGBasePanel panel = ut.getJIGPanel();
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(out));
+        else panel.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out + " (layout=" + layout + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/UpSetCli.java

@@ -0,0 +1,90 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+import java.util.HashSet;
+import java.util.LinkedHashMap;
+
+/**
+ * tbplot upset — UpSet 图 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: UpSetCli <set1.txt> <set2.txt> [<set3.txt>...] <out.svg> [--min-overlap N]
+ *        [--rank1 Size|Count|Name] [--rank2 Size|Count|Name] [--rank3 Size|Count|Name]
+ *        [--size-mode Increasing|Decreasing] [--count-mode ...] [--name-mode ...]
+ *        [--width N] [--height N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 QuickUpSetPlotGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   每个文件读成 HashSet（文件名→ID 集合）：
+ *   UpSetPlotControl usp = new UpSetPlotControl();
+ *   usp.setInSetHashMap(map); usp.setMinOverlapSetSize(N);
+ *   usp.setFristRank/setSecondRank/setThirdRank(rankKey);
+ *   usp.setSetSizeRankMode/setSetCountRankMode/setSetNameRankMode(rankMode);
+ *   usp.show();    // show() = plot() + JFrame 壳（headless 崩）
+ * 规避：直调 plot()（public，返回 JIGBasePanel）→ save2* 保存。
+ */
+public class UpSetCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        int minOverlap = 0, width = 1200, height = 800;
+        String rank1 = "Size", rank2 = "Count", rank3 = "Name";
+        String sizeMode = "Decreasing", countMode = "Decreasing", nameMode = "Increasing";
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--min-overlap") && i+1 < args.length) minOverlap = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--rank1") && i+1 < args.length) rank1 = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--rank2") && i+1 < args.length) rank2 = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--rank3") && i+1 < args.length) rank3 = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--size-mode") && i+1 < args.length) sizeMode = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--count-mode") && i+1 < args.length) countMode = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--name-mode") && i+1 < args.length) nameMode = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 3) {
+            System.err.println("用法: UpSetCli <set1.txt> <set2.txt> [<set3.txt>...] <out.svg> [--min-overlap N] [--rank1 Size|Count|Name] ...");
+            System.exit(1);
+        }
+        String outPath = pos.remove(pos.size() - 1);
+        // 读集合（文件内容每行一个 ID，集合标题 = 文件名）
+        LinkedHashMap<String, HashSet<String>> map = new LinkedHashMap<String, HashSet<String>>();
+        for (String fp : pos) {
+            File f = new File(fp);
+            HashSet<String> ids = new HashSet<String>();
+            java.io.BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new java.io.FileReader(f));
+            String line;
+            while ((line = br.readLine()) != null) {
+                String t = line.trim();
+                if (!t.isEmpty()) ids.add(t);
+            }
+            br.close();
+            map.put(f.getName(), ids);
+        }
+        // show() 内部实际是 new UpSetPlot()（控件的 setter 会转投到它）——
+        // 直接实例化 UpSetPlot：setInSetHashMap + plot() 返回 JIGBasePanel
+        Object usp = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.UpSetPloter.UpSetPlot")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = usp.getClass();
+        c.getMethod("setInSetHashMap", LinkedHashMap.class).invoke(usp, map);
+        c.getMethod("setMinOverlapSetSize", int.class).invoke(usp, minOverlap);
+        Class<?> rk = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.UpSetPloter.UpSetPlot$rankKey");
+        c.getMethod("setFristRank", rk).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rk, rank1));
+        c.getMethod("setSecondRank", rk).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rk, rank2));
+        c.getMethod("setThirdRank", rk).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rk, rank3));
+        Class<?> rm = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.UpSetPloter.UpSetPlot$rankMode");
+        c.getMethod("setSetSizeRankMode", rm).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rm, sizeMode));
+        c.getMethod("setSetCountRankMode", rm).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rm, countMode));
+        c.getMethod("setSetNameRankMode", rm).invoke(usp, Enum.valueOf((Class)rm, nameMode));
+        Object panel = c.getMethod("plot").invoke(usp);
+        if (!(panel instanceof JIGBasePanel)) {
+            System.err.println("❌ plot 未返回 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        File outf = new File(outPath);
+        String low = outPath.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) ((JIGBasePanel) panel).save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) ((JIGBasePanel) panel).save2PDF(outf);
+        else ((JIGBasePanel) panel).save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outPath);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/Venn5Cli.java

@@ -0,0 +1,60 @@
+import biocjava.bioDoer.JJplot2Toolkit.WonderfulVenn.venn5.Venn5;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * tbplot venn5 — TBtools 五集合韦恩图 CLI（08/29 新增，第 29 引擎）
+ *
+ * 用法: Venn5Cli <out> <setA.txt> <setB.txt> <setC.txt> <setD.txt> <setE.txt> [labelA] [labelB] [labelC] [labelD] [labelE]
+ *   每个 setN.txt: 每行一个成员 ID
+ *
+ * 引擎: Venn5（setInArrA~E + setTitleA~E + setOutGraph + getVennGraph）
+ */
+public class Venn5Cli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 6) {
+            System.err.println("用法: Venn5Cli <out> <setA.txt> <setB.txt> <setC.txt> <setD.txt> <setE.txt> [labelA-E]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String outFile = args[0];
+        ArrayList<HashSet<String>> sets = new ArrayList<HashSet<String>>();
+        for (int i = 1; i <= 5; i++) {
+            sets.add(readSet(args[i]));
+        }
+        String[] labels = args.length > 6 ? new String[]{args[6], args.length>7?args[7]:"B", args.length>8?args[8]:"C", args.length>9?args[9]:"D", args.length>10?args[10]:"E"} : new String[]{"A","B","C","D","E"};
+
+        Venn5 v = new Venn5();
+        v.setInArrA(sets.get(0));
+        v.setInArrB(sets.get(1));
+        v.setInArrC(sets.get(2));
+        v.setInArrD(sets.get(3));
+        v.setInArrE(sets.get(4));
+        v.setTitleA(labels[0]);
+        v.setTitleB(labels[1]);
+        v.setTitleC(labels[2]);
+        v.setTitleD(labels[3]);
+        v.setTitleE(labels[4]);
+        v.setOutGraph(new File(outFile));
+        v.getOverlap(); // 必须先计算交集，否则 maskToSet 为空 → 全部计数 0（08/31 盲测 P0 bug）
+        v.getVennGraph();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static HashSet<String> readSet(String path) throws Exception {
+        HashSet<String> set = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(path));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) set.add(line);
+        }
+        br.close();
+        System.err.println("[tbplot] " + path + ": " + set.size() + " 成员");
+        return set;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/Venn6Cli.java

@@ -0,0 +1,65 @@
+import biocjava.bioDoer.JJplot2Toolkit.WonderfulVenn.venn6.Venn6;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * tbplot venn6 — TBtools 六集合韦恩图 CLI（08/29 新增，第 30 引擎）
+ *
+ * 用法: Venn6Cli <out> <setA.txt> ... <setF.txt> [labelA-F]
+ *   每个 setN.txt: 每行一个成员 ID
+ *
+ * 引擎: Venn6（setInArrA~F + setTitleA~F + setOutGraph + getVennGraph）
+ */
+public class Venn6Cli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 7) {
+            System.err.println("用法: Venn6Cli <out> <setA.txt> <setB.txt> <setC.txt> <setD.txt> <setE.txt> <setF.txt> [labelA-F]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String outFile = args[0];
+        ArrayList<HashSet<String>> sets = new ArrayList<HashSet<String>>();
+        for (int i = 1; i <= 6; i++) {
+            sets.add(readSet(args[i]));
+        }
+        String[] labels = new String[6];
+        for (int i = 0; i < 6; i++) {
+            labels[i] = args.length > 7 + i ? args[7 + i] : String.valueOf((char)('A' + i));
+        }
+
+        Venn6 v = new Venn6();
+        v.setInArrA(sets.get(0));
+        v.setInArrB(sets.get(1));
+        v.setInArrC(sets.get(2));
+        v.setInArrD(sets.get(3));
+        v.setInArrE(sets.get(4));
+        v.setInArrF(sets.get(5));
+        v.setTitleA(labels[0]);
+        v.setTitleB(labels[1]);
+        v.setTitleC(labels[2]);
+        v.setTitleD(labels[3]);
+        v.setTitleE(labels[4]);
+        v.setTitleF(labels[5]);
+        v.setOutGraph(new File(outFile));
+        v.getOverlap(); // 必须先计算交集，否则 maskToSet 为空 → 全部计数 0（08/31 盲测 P0 bug）
+        v.getVennGraph();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static HashSet<String> readSet(String path) throws Exception {
+        HashSet<String> set = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(path));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) set.add(line);
+        }
+        br.close();
+        System.err.println("[tbplot] " + path + ": " + set.size() + " 成员");
+        return set;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/ViolinCli.java

@@ -0,0 +1,66 @@
+import jigplot.geom.violin.ViolinPlot;
+
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot violin — 独立小提琴图 CLI（08/31 第六十五波）
+ *
+ * 用法: ViolinCli <in.tsv> <out> [width] [height]
+ *   in.tsv: 组别\t值（每行一个观测；第一行可作表头）
+ *   out:    .svg / .png / .pdf
+ *
+ * 引擎: ViolinPlot.generate() + saveToSVG/PNG/PDF（独立引擎，非 groupedbar VIOLIN 模式）
+ */
+public class ViolinCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: ViolinCli <in.tsv> <out> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        String out = args[1];
+        int width = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 800;
+        int height = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 500;
+
+        // 读取 组别\t值（跳过表头）
+        ArrayList<double[]> dataSets = new ArrayList<>();
+        ArrayList<String> labels = new ArrayList<>();
+        java.io.BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new java.io.FileReader(inFile));
+        String line;
+        java.util.LinkedHashMap<String, ArrayList<Double>> groups = new java.util.LinkedHashMap<>();
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            String t = line.trim();
+            if (t.isEmpty() || t.startsWith("#")) continue;
+            String[] cols = t.split("\t");
+            if (cols.length < 2) continue;
+            String g = cols[0];
+            // 跳过表头（组别非数字且第一行）
+            try { Double.parseDouble(cols[1]); } catch (Exception e) { continue; }
+            groups.computeIfAbsent(g, k -> new ArrayList<>()).add(Double.parseDouble(cols[1]));
+        }
+        br.close();
+        for (String g : groups.keySet()) {
+            ArrayList<Double> vals = groups.get(g);
+            double[] arr = new double[vals.size()];
+            for (int i = 0; i < vals.size(); i++) arr[i] = vals.get(i);
+            dataSets.add(arr);
+            labels.add(g);
+        }
+        if (dataSets.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 无数据（需 组别\t值 每行）");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        ViolinPlot vp = new ViolinPlot(dataSets, labels.toArray(new String[0]));
+        vp.setTotalGraphWidth(width);
+        vp.setTotalGraphHeight(height);
+        vp.generate();
+
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".pdf")) vp.saveToPDF(new File(out));
+        else vp.saveToSVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out + " (" + labels.size() + " 组)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/VisualizeCli.java

@@ -0,0 +1,57 @@
+import java.io.File;
+import java.nio.file.Files;
+import java.nio.charset.StandardCharsets;
+import java.util.List;
+
+/**
+ * tbplot visualizePseudoBlock — 伪共线性区块可视化 CLI（08/29，第 51 引擎）
+ *
+ * 用法: VisualizeCli <inBlockOut> <outGraph.pdf> [--labels "Genome1,Genome2"]
+ *   inBlockOut: FindBlockDual 输出（行=一个基因组区块; 基因格式 name(chr:start-end):strand[:matchIDs]）
+ *   outGraph:  输出 PDF（引擎只支持 PDF）
+ *   --labels:  每行对应的基因组标签（默认 Genome1,Genome2,...；不传则自动加）
+ *
+ * ⚠️ main() 硬编码 13 个 queryId 循环——改直接调 visualize(File outGraph)。
+ * ⚠️ Visualize 输入格式要求每行 `标签:基因1\t基因2...`（第一个冒号前是标签），
+ *    FindBlockDual 输出无标签 → 桥自动补齐（默认 Genome1/Genome2/...，或用 --labels 指定）。
+ *
+ * 例: VisualizeCli examples/data/findblockdual/block_Cr_Cs_real.out.txt out.pdf --labels "Camellia_reticulata,Camellia_sinensis"
+ */
+public class VisualizeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: VisualizeCli <inBlockOut> <outGraph.pdf> [--labels \"Genome1,Genome2\"]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String in = args[0];
+        String out = args[1];
+        String labels = null;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--labels") && i+1 < args.length) labels = args[++i];
+        }
+        // 读入 FindBlockDual 输出并加标签前缀（Visualize 需要 标签:基因1\t基因2 格式）
+        List<String> lines = Files.readAllLines(new File(in).toPath(), StandardCharsets.UTF_8);
+        String[] labelArr = labels == null ? null : labels.split(",");
+        StringBuilder sb = new StringBuilder();
+        for (int i = 0; i < lines.size(); i++) {
+            String line = lines.get(i).trim();
+            if (line.isEmpty()) continue;
+            String label;
+            if (labelArr != null && i < labelArr.length) label = labelArr[i];
+            else label = "Genome" + (i + 1);
+            // 若行首已是 `单词:` 标签格式则跳过（兼容已带标签输入）
+            sb.append(label).append(":").append(line).append("\n");
+        }
+        File tmpIn = File.createTempFile("vpsb_in", ".tab");
+        Files.write(tmpIn.toPath(), sb.toString().getBytes(StandardCharsets.UTF_8));
+        Object obj = Class.forName("biocjava.bioDoer.PseudoSyntenyBlock.VisualizePseudoSyntenyBlock")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        obj.getClass().getMethod("setInFindBlockResultTab", File.class)
+                .invoke(obj, tmpIn);
+        obj.getClass().getMethod("visualize", File.class)
+                .invoke(obj, new File(out));
+        tmpIn.delete();
+        System.err.println("[tbplot] 区块可视化完成: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/VizGFACli.java

@@ -0,0 +1,39 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Network.GFAGraphLayout;
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Network.NetworkInfo;
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Network.VizGFA;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+import jigplot.OtherTools.JIGUtils;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * VizGFACli — TBtools GFA 网络图 CLI（子任务 A 新增）
+ *
+ * 引擎链: GFAGraphLayout.process(gfa, w, h) → NetworkInfo → VizGFA.visualize(info, w, h) → JIGSubPanel
+ * GFA 格式（tab 分隔）:
+ *   S\t<nodeName>\t<sequence>          # 节点
+ *   L\t<from>\t<strand1>\t<to>\t<strand2>\t<overlap>   # 边
+ *
+ * 用法: VizGFACli <in.gfa> <out.svg|png> [width] [height]
+ */
+public class VizGFACli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: VizGFACli <in.gfa> <out> [width] [height]");
+            System.err.println("GFA: S 行=节点, L 行=边（tab 分隔）");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gfa = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        int w = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 1200;
+        int h = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 900;
+
+        NetworkInfo info = GFAGraphLayout.process(gfa, w, h);
+        JIGSubPanel panel = VizGFA.visualize(info, w, h);
+
+        File outf = new File(outFile);
+        JIGUtils.quickSave(outf, new JIGSubPanel[]{panel});
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outf + " (节点 " + info.node2Pos.size() + ", 边 " + info.nodeLinks.size() + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}