tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MicroSynCli.java

@@ -0,0 +1,118 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.MicroSyntenicAdvance;
+import biocjava.bioIO.GXF.gxfTree.Region;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot microsyn — TBtools 双基因组微共线性图 CLI（08/29 新增，第 31 引擎）
+ *
+ * 用法: MicroSynCli <gxf1> <gxf2> <collinearity> <out>
+ *       [--chr1 LG03 --start1 13207612 --end1 13990030]
+ *       [--chr2 chr08 --start2 10660849 --end2 11367883]
+ *       [--highlight1 chr1:start:end] [--highlight2 chr2:start:end]
+ *   gxf1/gxf2: 两物种 GFF/GXF 注释
+ *   collinearity: MCScanX 输出（*.collinearity 文件）
+ *   区域默认取全基因范围（若不指定则自动）
+ *
+ * 引擎: MicroSyntenicAdvance（setInGxf/setInGxf2/setCollinerFile/setRegion/setRegion2 + process）
+ * 方案: 窗口遍历 —— process() 后遍历 Window 找 JIGBasePanel 再保存
+ */
+public class MicroSynCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: MicroSynCli <gxf1> <gxf2> <collinearity> <out> [--chr1 C --start1 S --end1 E --chr2 C --start2 S --end2 E]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gxf1 = args[0];
+        String gxf2 = args[1];
+        String collinear = args[2];
+        String outFile = args[3];
+
+        String chr1 = null, chr2 = null, start1 = null, end1 = null, start2 = null, end2 = null;
+        String hl1 = null, hl2 = null;
+        for (int i = 4; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--chr1": chr1 = args[++i]; break;
+                case "--start1": start1 = args[++i]; break;
+                case "--end1": end1 = args[++i]; break;
+                case "--chr2": chr2 = args[++i]; break;
+                case "--start2": start2 = args[++i]; break;
+                case "--end2": end2 = args[++i]; break;
+                case "--highlight1": hl1 = args[++i]; break;
+                case "--highlight2": hl2 = args[++i]; break;
+            }
+        }
+
+        // 若未指定区域，扫描 GXF 自动取 chr 范围（简化：用基因组坐标估算——从 GXF 找最后染色体并粗略范围）
+        Region region1 = new Region();
+        if (chr1 != null && start1 != null && end1 != null) {
+            region1.setChrId(chr1); region1.setStart(start1); region1.setEnd(end1);
+        } else {
+            // 需要从 GXF 提取——先尝试让引擎自动处理：设置空 region
+            region1.setChrId(""); region1.setStart("0"); region1.setEnd("0");
+        }
+        Region region2 = new Region();
+        if (chr2 != null && start2 != null && end2 != null) {
+            region2.setChrId(chr2); region2.setStart(start2); region2.setEnd(end2);
+        } else {
+            region2.setChrId(""); region2.setStart("0"); region2.setEnd("0");
+        }
+
+        MicroSyntenicAdvance msa = new MicroSyntenicAdvance();
+        msa.setInGxf(new File(gxf1));
+        msa.setInGxf2(new File(gxf2));
+        msa.setCollinerFile(new File(collinear));
+        msa.setRegion(region1);
+        msa.setRegion2(region2);
+
+        if (hl1 != null) {
+            String[] p = hl1.split(":");
+            Region hl = new Region();
+            hl.setChrId(p[0]); hl.setStart(p[1]); hl.setEnd(p[2]);
+            msa.setUpHighlightRegion(hl);
+        }
+        if (hl2 != null) {
+            String[] p = hl2.split(":");
+            Region hl = new Region();
+            hl.setChrId(p[0]); hl.setStart(p[1]); hl.setEnd(p[2]);
+            msa.setDownHighlightRegion(hl);
+        }
+
+        msa.process(); // 内部弹窗
+
+        // 窗口遍历
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) { panel = found; break; }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof Container) {
+            Component[] comps = ((Container) c).getComponents();
+            for (Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MirIdentifyCli.java

@@ -0,0 +1,55 @@
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot mirIdentify — miRNA 前体鉴定 CLI（08/29，第 78 引擎）
+ *
+ * 用法: MirIdentifyCli <inGenome.fa> <inTargetSo.tsv> <outPredict> <outChecklog> [--checkARM BOTH|FIVE|THREE] [--maxAsy N] [--maxMatureAsy N] [--maxStarAsy N] [--maxBulge N]
+ *   inGenome.fa : 参考基因组（HiC_scaffold 命名，如油茶 Co_chroms.fa）
+ *   inTargetSo.tsv : TargetSo 引擎输出（mirnatarget 命令产物：miRNA target strand beg end score ...）
+ *   outPredict : miRNA 前体预测表；outChecklog : 检查日志表
+ *
+ * ⚠️ 前体提取需要 RNAfold（检查 PATH）；基因组大（2.7GB 级）需 -Xmx>=8g + -Djava.io.tmpdir=<磁盘>
+ * ⚠️ 靶标表 subject 染色体名必须与基因组 fasta 头匹配
+ */
+public class MirIdentifyCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: MirIdentifyCli <inGenome.fa> <inTargetSo.tsv> <outPredict> <outChecklog> [--checkARM BOTH|FIVE|THREE] [--maxAsy N] [--maxMatureAsy N] [--maxStarAsy N] [--maxBulge N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File genome = new File(args[0]);
+        File target = new File(args[1]);
+        File outPredict = new File(args[2]);
+        File outChecklog = new File(args[3]);
+        String checkARM = "BOTH";
+        int maxAsy = 1, maxMatureAsy = 1, maxStarAsy = 0, maxBulge = 2;
+        for (int i = 4; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--checkARM") && i+1 < args.length) checkARM = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--maxAsy") && i+1 < args.length) maxAsy = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxMatureAsy") && i+1 < args.length) maxMatureAsy = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxStarAsy") && i+1 < args.length) maxStarAsy = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxBulge") && i+1 < args.length) maxBulge = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+        Object o = Class.forName("biocjava.bioDoer.miRNA.MIRidentifierBasedOnTargetSoResult")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = o.getClass();
+        c.getMethod("setInGenomeFile", File.class).invoke(o, genome);
+        c.getMethod("setInTargetSoResultFile", File.class).invoke(o, target);
+        c.getMethod("setOutResult", File.class).invoke(o, outPredict);
+        c.getMethod("setCheckLogResult", File.class).invoke(o, outChecklog);
+        c.getMethod("setMaxAsy", int.class).invoke(o, maxAsy);
+        c.getMethod("setMaxMatureAsy", int.class).invoke(o, maxMatureAsy);
+        c.getMethod("setMaxStarAsy", int.class).invoke(o, maxStarAsy);
+        c.getMethod("setMaxBulge", int.class).invoke(o, maxBulge);
+        // ⚠️ ARM 枚举只写 Three/Five（驼峰），BOTH=不设置（null 默认）
+        if (!checkARM.equalsIgnoreCase("BOTH")) {
+            String armVal = checkARM.equalsIgnoreCase("THREE") ? "Three" : "Five";
+            c.getMethod("setCheckARM", Class.forName("biocjava.bioIO.RNAfold.FoldStructureAnalyzer$ARM"))
+                    .invoke(o, Enum.valueOf((Class) Class.forName("biocjava.bioIO.RNAfold.FoldStructureAnalyzer$ARM"), armVal));
+        }
+        // ⚠️ 引擎主流程方法名是 preict()（拼写错误），不是 process()！
+        c.getMethod("preict").invoke(o);
+        System.err.println("[tbplot] miRNA 前体鉴定完成: " + outPredict);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MotifCli.java

@@ -0,0 +1,75 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot motif — TBtools Motif 分布图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: MotifCli <meme.xml> <idList.txt> <out.svg/png> [width] [height]
+ *   meme.xml: MEME suite 输出（含 motif 定义）
+ *   idList.txt: 序列 ID 列表（每行一个，指定画哪些序列）
+ *   outFile: 输出 SVG/PNG
+ *   width/height: 画布尺寸（默认 1200x600）
+ *
+ * 引擎: DrawMotifPatternFromMEMEResult
+ *   关键: setMaxMotif 设大避免 isTooMuchMotif 弹窗（headless 卡死）
+ *   postGraph(null, basePanel) 返回 JIGSubPanel（第一参数 Newick 传 null）
+ */
+public class MotifCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MotifCli <meme.xml> <idList.txt> <outFile> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String memeFile = args[0];
+        String idFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        int width = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 1200;
+        int height = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 600;
+
+        // 读取 ID 列表
+        ArrayList<String> idList = new ArrayList<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(idFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) idList.add(line);
+        }
+        br.close();
+        if (idList.isEmpty()) {
+            System.err.println("警告: idList 为空，将绘制全部序列");
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 目标序列数: " + idList.size());
+
+        DrawMotifPatternFromMEMEResult drawer = new DrawMotifPatternFromMEMEResult();
+        drawer.setInFile(new File(memeFile));
+        drawer.setMaxMotif(10000); // 关键：设大避免 isTooMuchMotif → JOptionPane → headless 卡死
+        if (!idList.isEmpty()) {
+            drawer.setDefinedRankOrSubSet(idList);
+        }
+
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        JIGSubPanel panel = drawer.postGraph(null, base);
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: postGraph 返回 null");
+            System.exit(1);
+        }
+        base.addSubPanel(panel);
+
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) {
+            base.save2PNG(new File(outFile));
+        } else if (low.endsWith(".pdf")) {
+            base.save2PDF(new File(outFile));
+        } else {
+            base.save2SVG(new File(outFile));
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MotifPatternCli.java

@@ -0,0 +1,67 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot mpattern — MEME/MAST motif 图案标注图 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: MotifPatternCli <mast.xml> <out.svg> [--max-motif N] [--shape RoundRect|Rect|Oval]
+ *        [--line Middle|Up|Down|Splice] [--gradient] [--show-num] [--width N] [--height N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 MemeMastMotifPatternGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   DrawMotifPatternFromMEMEResult dmp = new ...;
+ *   dmp.setInFile(mastXml); setMaxMotif(N); setGradient/setShowMotifNum/
+ *     setMotifShape(MotifShape)/setLineStyle(LineStyle); [setSeqNotationInfo...]
+ *   dmp.postGraph();   // 无参版尾部 GUI 弹窗
+ * 规避：postGraph(String, JIGBasePanel) 重载返回 JIGSubPanel → 自己保存
+ *   （newickString 参数传空串即可，面板由调用方提供）。
+ */
+public class MotifPatternCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        int maxMotif = 20, width = 1200, height = 600;
+        String shape = "RoundRect", line = "Middle";
+        boolean gradient = false, showNum = false;
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--max-motif") && i+1 < args.length) maxMotif = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--shape") && i+1 < args.length) shape = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--line") && i+1 < args.length) line = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--gradient")) gradient = true;
+            else if (args[i].equals("--show-num")) showNum = true;
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 2) {
+            System.err.println("用法: MotifPatternCli <mast.xml> <out.svg> [--max-motif N] [--shape RoundRect|Rect|Oval] [--line Middle|Up|Down|Splice] [--gradient] [--show-num]");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object dmp = Class.forName("biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = dmp.getClass();
+        c.getMethod("setInFile", File.class).invoke(dmp, new File(pos.get(0)));
+        c.getMethod("setMaxMotif", int.class).invoke(dmp, Math.min(maxMotif, 20));
+        c.getMethod("setGradient", boolean.class).invoke(dmp, gradient);
+        c.getMethod("setShowMotifNum", boolean.class).invoke(dmp, showNum);
+        Class<?> ms = Class.forName("biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult$MotifShape");
+        c.getMethod("setMotifShape", ms).invoke(dmp, Enum.valueOf((Class)ms, shape));
+        Class<?> ls = Class.forName("biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromMEMEResult$LineStyle");
+        c.getMethod("setLineStyle", ls).invoke(dmp, Enum.valueOf((Class)ls, line));
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        Object result = c.getMethod("postGraph", String.class, JIGBasePanel.class).invoke(dmp, "", base);
+        if (!(result instanceof JIGSubPanel)) {
+            System.err.println("❌ postGraph 未返回 JIGSubPanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        base.addSubPanel((JIGSubPanel) result);
+        File outf = new File(pos.get(1));
+        String low = pos.get(1).toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + pos.get(1));
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MotifShiftCli.java

@@ -0,0 +1,30 @@
+/**
+ * tbplot tfbsShift — 植物 TF 结合 motif 偏移分析 CLI（插件 P00551 CLI 化）
+ *
+ * 用法: MotifShiftCli <query.pep> <outPrefix> [threads]
+ *   query.pep:  待分析植物蛋白（TF 候选）
+ *   outPrefix:  输出前缀（文件，非目录）
+ *   threads:    线程数（默认 4）
+ *
+ * 引擎: motfiShift.MotifShift（插件 jar）。参考数据随插件发行：
+ *   plugins/lib/plantTF/ath.pep（拟南芥 TF 蛋白集）
+ *   plugins/lib/plantTF/binding.motifs（MEME 4.4 格式结合 motif 库）
+ */
+public class MotifShiftCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: MotifShiftCli <ath.pep> <binding.motifs> <query.pep> <outPrefix> [threads]");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object e = Class.forName("motfiShift.MotifShift").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = e.getClass();
+        c.getMethod("setAthPep", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[0]));
+        c.getMethod("setBindingMotifInfo", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[1]));
+        c.getMethod("setQueryPep", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[2]));
+        c.getMethod("setOutDirAndPrefix", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[3]));
+        c.getMethod("setNumberOfThreads", String.class).invoke(e, args.length > 4 ? args[4] : "4");
+        c.getMethod("process").invoke(e);
+        System.err.println("[tbplot] TFBS motif shift 完成: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MountainPlotCli.java

@@ -0,0 +1,44 @@
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.FileReader;
+
+/**
+ * tbplot mountain — TBtools RNA 山峰图数据 CLI（08/29，第 43 引擎）
+ *
+ * 用法: MountainPlotCli <fold.txt> <out.tsv>
+ *   fold.txt: RNA 二级结构折叠字符串（() 和 . 表示），如 ".((((..))))"
+ *   out.tsv: 每碱基位置的山峰高度（位置\t高度）
+ *
+ * 引擎: MountainPlot.process() 逻辑（fold 字符串→堆积高度）
+ */
+public class MountainPlotCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: MountainPlotCli <fold.txt> <out.tsv>");
+            System.exit(1);
+        }
+        // 读 fold 字符串（第一行非空）
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(args[0]));
+        String line;
+        String fold = null;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            String t = line.trim();
+            if (!t.isEmpty() && !t.startsWith(">")) { fold = t; break; }
+        }
+        br.close();
+        if (fold == null) { System.err.println("错误: 未找到 fold 字符串"); System.exit(1); }
+        // 计算山峰高度（模仿 MountainPlot.process）
+        StringBuilder sb = new StringBuilder();
+        int cummuHeight = 0;
+        for (int i = 0; i < fold.length(); i++) {
+            char c = fold.charAt(i);
+            if (c == '(') cummuHeight++;
+            else if (c == ')') cummuHeight--;
+            sb.append(i + 1).append('\t').append(cummuHeight).append('\n');
+        }
+        java.io.FileWriter fw = new java.io.FileWriter(args[1]);
+        fw.write(sb.toString());
+        fw.close();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MultiSuperHeatCli.java

@@ -0,0 +1,64 @@
+import biocjava.bioDoer.SimpleEfpBrowser.generateMultipleSuperHeatMap;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot multiEfp — TBtools 多矩阵组织表达热图 CLI（engine 110，08/31 攻克）
+ *
+ * 用法: MultiSuperHeatCli <inTGA> <sample2cc> <expMat1.tsv[,expMat2.tsv,...]> <geneId> <out> [--imageWidth N] [--imageHeight N]
+ *   inTGA: 底图（植物/组织示意图，必须 TrueColor RGB 非灰度）
+ *   sample2cc: SampleName\tRGB 映射
+ *   expMat(逗号分隔): 首列基因名 + 样本列，可多个矩阵叠加
+ *   geneId: 要可视化的基因
+ *   out: .svg/.pdf/.png
+ *
+ * 引擎: generateMultipleSuperHeatMap
+ *   main() 硬编码了第二个矩阵路径（ExpressData1.txt）→ 不能直接用 main
+ *   核心 API 完好：setter + private initExp()（反射）+ showHeatMapOf(geneId) → JIGBasePanel → save2SVG/PNG/PDF
+ *   ⚠️ 需 fake DatatypeConverter（build/javax/xml/bind/，JDK9+ jaxb hack）
+ */
+public class MultiSuperHeatCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 5) {
+            System.err.println("用法: MultiSuperHeatCli <inTGA> <sample2cc> <expMat1[,expMat2,...]> <geneId> <out> [--imageWidth N] [--imageHeight N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inTGA = args[0], sample2cc = args[1], expMats = args[2], geneId = args[3], outFile = args[4];
+        int W = 0, H = 0;
+        for (int i = 5; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--imageWidth") && i+1<args.length) W = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--imageHeight") && i+1<args.length) H = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+
+        generateMultipleSuperHeatMap g = new generateMultipleSuperHeatMap();
+        g.setInTGAFile(new File(inTGA));
+        g.setSampleName2CodeFile(new File(sample2cc));
+        ArrayList<File> mats = new ArrayList<>();
+        for (String m : expMats.split(",")) {
+            if (!m.trim().isEmpty()) mats.add(new File(m.trim()));
+        }
+        g.setExpressMatrixFileArr(mats);
+        g.setOutImageFile(new File(outFile));
+        if (W > 0) g.setImageWidth(W);
+        if (H > 0) g.setImageHeight(H);
+
+        // private initExp() → 反射
+        java.lang.reflect.Method init = generateMultipleSuperHeatMap.class.getDeclaredMethod("initExp");
+        init.setAccessible(true);
+        init.invoke(g);
+
+        JIGBasePanel panel = g.showHeatMapOf(geneId);
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: showHeatMapOf 返回 null（基因 " + geneId + " 是否在矩阵中？）");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/NeedlemanWunschCli.java

@@ -0,0 +1,76 @@
+/**
+ * tbplot nwalign — Needleman-Wunsch 全局比对 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: NeedlemanWunschCli <seq1.fa> <seq2.fa> <out> [--protein|--dna] [--format EMBOSS|FASTA]
+ *        [--gap-open 10] [--gap-extend 0.5] [--end-gap-open 10] [--end-gap-extend 0.5] [--end-weight]
+ *
+ * 接口来源：反编译 NeedlemanWunschGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   NeedleManWunschAlign nmwa = new NeedleManWunschAlign(SeqType.Protein|DNA);
+ *   nmwa.setxId/setyId/setxSeq/setySeq/setOutFormat/setGapOpen/setGapExtension/
+ *        setEndGapOpen/setEndGapExtend/setEndWeight;
+ *   FileUtils.stringToFile(nmwa.align().toString(), out);
+ * 输入：两条单序列 FASTA（仅取每条的第一条序列）。
+ * 输出：EMBOSS/FASTA 格式比对文本。
+ */
+public class NeedlemanWunschCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: NeedlemanWunschCli <seq1.fa> <seq2.fa> <out> [--protein|--dna] [--format EMBOSS|FASTA] [--gap-open N] [--gap-extend N] [--end-gap-open N] [--end-gap-extend N] [--end-weight]");
+            System.exit(1);
+        }
+        boolean protein = false, dna = false, endWeight = false;
+        String fmt = "EMBOSS";
+        float gapOpen = 10f, gapExtend = 0.5f, endGapOpen = 10f, endGapExtend = 0.5f;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--protein")) protein = true;
+            else if (args[i].equals("--dna")) dna = true;
+            else if (args[i].equals("--format") && i+1 < args.length) fmt = args[++i].toUpperCase();
+            else if (args[i].equals("--gap-open") && i+1 < args.length) gapOpen = Float.parseFloat(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--gap-extend") && i+1 < args.length) gapExtend = Float.parseFloat(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--end-gap-open") && i+1 < args.length) endGapOpen = Float.parseFloat(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--end-gap-extend") && i+1 < args.length) endGapExtend = Float.parseFloat(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--end-weight")) endWeight = true;
+        }
+        Seq s1 = readFirst(args[0]), s2 = readFirst(args[1]);
+        Class<?> seqType = Class.forName("biocjava.bioDoer.Aligner.NeedleMan.NeedleManWunschAlign$SeqType");
+        Object tp = protein ? Enum.valueOf((Class)seqType, "Protein")
+                  : dna ? Enum.valueOf((Class)seqType, "DNA")
+                  : Enum.valueOf((Class)seqType, "Protein");
+        Class<?> alnCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.Aligner.NeedleMan.NeedleManWunschAlign");
+        Object nmwa = alnCls.getConstructor(seqType).newInstance(tp);
+        Class<?> fmtCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.Aligner.NeedleMan.NeedleManWunschAlign$ALNFORMAT");
+        Object fmtEnum = Enum.valueOf((Class)fmtCls, fmt);
+        alnCls.getMethod("setxId", String.class).invoke(nmwa, s1.id);
+        alnCls.getMethod("setyId", String.class).invoke(nmwa, s2.id);
+        alnCls.getMethod("setxSeq", String.class).invoke(nmwa, s1.seq);
+        alnCls.getMethod("setySeq", String.class).invoke(nmwa, s2.seq);
+        alnCls.getMethod("setOutFormat", fmtCls).invoke(nmwa, fmtEnum);
+        alnCls.getMethod("setGapOpen", float.class).invoke(nmwa, gapOpen);
+        alnCls.getMethod("setGapExtension", float.class).invoke(nmwa, gapExtend);
+        alnCls.getMethod("setEndGapOpen", float.class).invoke(nmwa, endGapOpen);
+        alnCls.getMethod("setEndGapExtend", float.class).invoke(nmwa, endGapExtend);
+        alnCls.getMethod("setEndWeight", boolean.class).invoke(nmwa, endWeight);
+        Object result = alnCls.getMethod("align").invoke(nmwa);
+        String text = result.toString();
+        java.io.FileWriter fw = new java.io.FileWriter(args[2]);
+        fw.write(text); fw.close();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2] + " (" + text.length() + " 字符)");
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static class Seq { String id, seq; }
+    static Seq readFirst(String path) throws Exception {
+        java.io.BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new java.io.FileReader(path));
+        String id = null; StringBuilder sb = new StringBuilder(); String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (line.isEmpty()) continue;
+            if (line.startsWith(">")) { if (id == null) id = line.substring(1).trim(); continue; }
+            if (id != null) sb.append(line);
+        }
+        br.close();
+        if (id == null) throw new Exception("输入不是 FASTA: " + path);
+        Seq s = new Seq(); s.id = id; s.seq = sb.toString();
+        return s;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PafGC.java

@@ -0,0 +1,15 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Paf.PafGenomeComp;
+
+/**
+ * tbplot pafcomp — TBtools PAF 基因组比较图 CLI（08/29，第 38 引擎）
+ *
+ * 用法: PafGC <--inPaf paf> <--outGraph out> [--colorMode Target|Query|None] [--size N] [--colorSeed N] [--switchQnT] [--minLen N]
+ *
+ * ⚠️ 入口是 main1（不是 main）——main 不 setInPaf 用默认路径；main1 完整 ArgsParser + quickSave
+ */
+public class PafGC {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        java.lang.reflect.Method m = PafGenomeComp.class.getMethod("main1", String[].class);
+        m.invoke(null, (Object) args);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PafVizCli.java

@@ -0,0 +1,67 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot pafviz — PAF 基因组比对可视化 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: PafVizCli <in.paf> <out.svg> [--graph-size N] [--color Target|Query|None]
+ *        [--seed N] [--min-len N] [--switch-qnt] [--rc-color] [--width N] [--height N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 PAFVizGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   PafViz pv = new PafViz();
+ *   pv.setInPaf/setGraphSize/setCurColorMode/setColorRandSeed/setMinAlnLen/
+ *      setSwitchQnT/setRcColor;
+ *   pv.viz_process();          // 尾部 quickShow GUI 弹窗（headless 崩）
+ * 规避：viz_process = process()（public，返回 JIGSubPanel）+ quickShow。
+ *   直调 process() 拿 panel → JIGBasePanel.save2* 保存（同 qdot/DeHist 模式）。
+ */
+public class PafVizCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: PafVizCli <in.paf> <out.svg> [--graph-size N] [--color Target|Query|None] [--seed N] [--min-len N] [--switch-qnt] [--rc-color] [--width N] [--height N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int graphSize = 600, seed = 1, minLen = 0, width = 1200, height = 800;
+        String color = "Target";
+        boolean switchQnT = false, rcColor = false;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--graph-size") && i+1 < args.length) graphSize = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--color") && i+1 < args.length) color = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--seed") && i+1 < args.length) seed = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--min-len") && i+1 < args.length) minLen = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--switch-qnt")) switchQnT = true;
+            else if (args[i].equals("--rc-color")) rcColor = true;
+        }
+        Object pv = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Paf.PafViz").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = pv.getClass();
+        c.getMethod("setInPaf", File.class).invoke(pv, new File(args[0]));
+        c.getMethod("setGraphSize", int.class).invoke(pv, graphSize);
+        Class<?> cm = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Paf.PafViz$ColorMode");
+        Object cmEnum = Enum.valueOf((Class)cm, color);
+        c.getMethod("setCurColorMode", cm).invoke(pv, cmEnum);
+        c.getMethod("setColorRandSeed", int.class).invoke(pv, seed);
+        c.getMethod("setMinAlnLen", int.class).invoke(pv, minLen);
+        c.getMethod("setSwitchQnT", boolean.class).invoke(pv, switchQnT);
+        c.getMethod("setRcColor", boolean.class).invoke(pv, rcColor);
+        Method process = c.getMethod("process");
+        Object result = process.invoke(pv);
+        if (!(result instanceof JIGSubPanel)) {
+            System.err.println("❌ process 未返回 JIGSubPanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        base.addSubPanel((JIGSubPanel) result);
+        File outf = new File(args[1]);
+        String low = args[1].toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}