tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GenBank2FastaCli.java

@@ -0,0 +1,32 @@
+import biocjava.bioIO.GBff.genBank2Fasta;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot gb2fa — GenBank→FASTA 转换 CLI（GUI 逆向 #36，09/20）
+ *
+ * 用法: GenBank2FastaCli <in.gb> <out.fa>
+ *
+ * 引擎: genBank2Fasta（GUI 逆向：GenBank2FastaGUIPanel $3
+ *   → setInGenBankFile/setOutFastaFile/process，main() 空实现）
+ */
+public class GenBank2FastaCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: GenBank2FastaCli <in.gb> <out.fa>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inGb = new File(args[0]);
+        File outFa = new File(args[1]);
+        if (!inGb.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inGb.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        genBank2Fasta gb2f = new genBank2Fasta();
+        gb2f.setInGenBankFile(inGb);
+        gb2f.setOutFastaFile(outFa);
+        gb2f.process();
+        System.err.println("[tbplot] GenBank→FASTA 完成: " + outFa.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GeneDensityCli.java

@@ -0,0 +1,38 @@
+/**
+ * tbplot gdensity — 基因密度分析 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: GeneDensityCli <in.gff3> <out.geneRecords.bed> <binSize> [--feature <tag>] [--chrlen <file>]
+ *
+ * 接口来源：反编译 GeneDensityProfilerGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   GeneDensityProfiler gdpf = new GeneDensityProfiler();
+ *   gdpf.setBinSize(N); setInGXF(gff); [setDefinedFeatureTag] [setChrLengthFile]
+ *   gdpf.setOutGeneRecordFile(out); gdpf.process();
+ * 纯逻辑无 GUI。产物：基因记录（按 bin 划分），供染色体基因密度分布图。
+ */
+public class GeneDensityCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        String feature = "";
+        String chrlen = "";
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--feature") && i+1 < args.length) feature = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--chrlen") && i+1 < args.length) chrlen = args[++i];
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 3) {
+            System.err.println("用法: GeneDensityCli <in.gff3> <out.geneRecords> <binSize> [--feature <tag>] [--chrlen <file>]");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object gd = Class.forName("biocjava.bioDoer.GXFUtils.GeneDensityProfiler")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = gd.getClass();
+        c.getMethod("setInGXF", java.io.File.class).invoke(gd, new java.io.File(pos.get(0)));
+        c.getMethod("setOutGeneRecordFile", java.io.File.class).invoke(gd, new java.io.File(pos.get(1)));
+        c.getMethod("setBinSize", int.class).invoke(gd, Integer.parseInt(pos.get(2)));
+        if (!feature.isEmpty()) c.getMethod("setDefinedFeatureTag", String.class).invoke(gd, feature);
+        if (!chrlen.isEmpty()) c.getMethod("setChrLengthFile", java.io.File.class).invoke(gd, new java.io.File(chrlen));
+        c.getMethod("process").invoke(gd);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + pos.get(1));
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GeneLocGffCli.java

@@ -0,0 +1,140 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.GeneLocation.GeneLocation;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.BufferedWriter;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.io.FileWriter;
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.HashMap;
+import java.util.HashSet;
+import java.util.TreeMap;
+
+/**
+ * tbplot genelocgff — TBtools 基因染色体定位图（GFF+ID 输入）CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: GeneLocGffCli <gff3> <idList> <out> [--chrLen len.tsv] [--rename r.tsv] [--pairs p.tsv] [--color c.tsv]
+ *                     [--rankedChr list] [--onlyMapped true|false] [--showLabel true|false]
+ *
+ * 方案: 绕开 GeneLocationControlFromGff3AndIdList.process() 的 JFrame
+ *   复制核心逻辑: 解析 GFF（mRNA/gene 行）→ 生成 genePos 文件（featureName\tchrName\tstartPos\tendPos）
+ *               + genomeLen 文件（chr\tlength）→ GeneLocation.plot() → save2Graph
+ *   参考 08/28 原 GeneLocGffCli（GRAS 75 基因/15 染色体验证 SVG 108KB）
+ */
+public class GeneLocGffCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: GeneLocGffCli <gff3> <idList> <out> [--chrLen len.tsv] [--rename r.tsv] [--pairs p.tsv] [--color c.tsv] [--rankedChr list] [--onlyMapped bool] [--showLabel bool]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gffFile = args[0];
+        String idFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+
+        File chrLenFile = null, renameFile = null, pairsFile = null, colorFile = null, rankedChrFile = null;
+        boolean onlyMapped = false, showLabel = true;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--chrLen") && i+1<args.length) chrLenFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--rename") && i+1<args.length) renameFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--pairs") && i+1<args.length) pairsFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--color") && i+1<args.length) colorFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--rankedChr") && i+1<args.length) rankedChrFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--onlyMapped") && i+1<args.length) onlyMapped = Boolean.parseBoolean(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--showLabel") && i+1<args.length) showLabel = Boolean.parseBoolean(args[++i]);
+        }
+
+        // 读 ID 列表
+        HashSet<String> retainIds = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(idFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) retainIds.add(line);
+        }
+        br.close();
+        System.err.println("[tbplot] 目标 ID 数: " + retainIds.size());
+
+        // 解析 GFF：收集 mRNA/transcript 行 (chr, start, end, id)
+        ArrayList<String[]> genes = new ArrayList<String[]>(); // {id, chr, start, end}
+        HashMap<String, Long> chrMax = new HashMap<String, Long>();
+        br = new BufferedReader(new FileReader(gffFile));
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            if (line.startsWith("#")) continue;
+            String[] f = line.split("\t");
+            if (f.length < 9) continue;
+            String type = f[2];
+            if (!type.equals("mRNA") && !type.equals("transcript") && !type.equals("gene")) continue;
+            String chr = f[0];
+            long start = Long.parseLong(f[3]);
+            long end = Long.parseLong(f[4]);
+            // 提取 ID
+            String attrs = f[8];
+            String id = extractAttr(attrs, "ID");
+            if (id == null) continue;
+            if (!retainIds.isEmpty() && !retainIds.contains(id)) continue;
+            genes.add(new String[]{id, chr, String.valueOf(start), String.valueOf(end)});
+            Long cm = chrMax.get(chr);
+            if (cm == null || end > cm) chrMax.put(chr, end);
+        }
+        br.close();
+        if (genes.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 没有匹配到任何基因（检查 ID 是否与 GFF 的 mRNA ID 一致）");
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 匹配基因: " + genes.size() + ", 染色体: " + chrMax.size());
+
+        // 生成临时 genePos 文件
+        File genePosFile = File.createTempFile("tbplot_genePos", ".txt");
+        genePosFile.deleteOnExit();
+        BufferedWriter bw = new BufferedWriter(new FileWriter(genePosFile));
+        for (String[] g : genes) {
+            bw.write(g[0] + "\t" + g[1] + "\t" + g[2] + "\t" + g[3]);
+            bw.newLine();
+        }
+        bw.close();
+
+        // 生成 genomeLen 文件（未提供则从 GFF 推）
+        File genomeLenFile;
+        if (chrLenFile != null && chrLenFile.exists()) {
+            genomeLenFile = chrLenFile;
+        } else {
+            genomeLenFile = File.createTempFile("tbplot_genomeLen", ".txt");
+            genomeLenFile.deleteOnExit();
+            bw = new BufferedWriter(new FileWriter(genomeLenFile));
+            for (String chr : chrMax.keySet()) {
+                bw.write(chr + "\t" + chrMax.get(chr));
+                bw.newLine();
+            }
+            bw.close();
+        }
+
+        // GeneLocation.plot()
+        GeneLocation gl = new GeneLocation();
+        gl.setInGenePosFile(genePosFile);
+        gl.setInGenomeLen(genomeLenFile);
+        if (pairsFile != null && pairsFile.exists()) gl.setGenePairinfo(pairsFile);
+        if (colorFile != null && colorFile.exists()) gl.setGeneColorMapInfo(colorFile);
+        gl.setShowGeneLabel(showLabel);
+
+        JIGSubPanel panel = gl.plot();
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(1000, 800);
+        base.addSubPanel(panel);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static String extractAttr(String attrs, String key) {
+        // 解析 GFF9 属性列: key=value;key2=value2
+        for (String part : attrs.split(";")) {
+            String[] kv = part.trim().split("=", 2);
+            if (kv.length == 2 && kv[0].equals(key)) return kv[1].trim();
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GeneStructureCli.java

@@ -0,0 +1,90 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawGeneStructureFromGXFfile;
+import biocjava.bioDoer.MEME.GeneStructure.ParseGeneStructureFromGXF;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * tbplot genestructure — TBtools 基因结构图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: GeneStructureCli <input.gff> <idList.txt> <outFile> [genome.fa] [width] [height]
+ *   input.gff: GFF/GXF 格式基因注释（含 mRNA 行）
+ *   idList.txt: mRNA ID 列表（每行一个）
+ *   genome.fa: 基因组序列（可选，用于显示 UTR 等）
+ *   outFile: 输出 SVG/PNG
+ *   width/height: 画布尺寸（默认 1200x600）
+ *
+ * 引擎: DrawGeneStructureFromGXFfile（继承 DrawMotifPatternFromMEMEResult）
+ *   核心: ParseGeneStructureFromGXF.parse(GFF) + setRetainIDList + insertSeqFromGenome
+ *   绘图: postGraph(null, basePanel) 返回 JIGSubPanel（第一参数 Newick 传 null 跳过）
+ */
+public class GeneStructureCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: GeneStructureCli <input.gff> <idList.txt> <outFile> [genome.fa] [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gffFile = args[0];
+        String idFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        File genomeFile = args.length > 3 ? new File(args[3]) : null;
+        int width = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 1200;
+        int height = args.length > 5 ? Integer.parseInt(args[5]) : 600;
+
+        // 读取 mRNA ID 列表
+        HashSet<String> retainIds = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(idFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) retainIds.add(line);
+        }
+        br.close();
+        if (retainIds.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: idList 为空");
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] mRNA ID 数: " + retainIds.size());
+
+        // 解析 GFF 构建基因结构
+        DrawGeneStructureFromGXFfile drawer = new DrawGeneStructureFromGXFfile();
+        ParseGeneStructureFromGXF parser = new ParseGeneStructureFromGXF();
+        parser.setRetainIDList(retainIds);
+        if (genomeFile != null && genomeFile.exists()) {
+            parser.insertSeqFromGenome(genomeFile);
+        }
+        parser.parse(new File(gffFile));
+
+        // 关键: 用 DrawGeneStructureFromGXFfile 的 field 来展示（通过继承的 postGraph）
+        // DrawGeneStructureFromGXFfile 需要 setInFile(GFF) 供 metaParser 使用，
+        // 但这里已直接用 ParseGeneStructureFromGXF；改用直接调用后者的数据结构
+        drawer.setInFile(new File(gffFile));
+        drawer.setMaxMotif(1000); // 避免 motif 过多弹窗
+        if (genomeFile != null && genomeFile.exists()) drawer.setInGenomeSeqFile(genomeFile);
+
+        // 用反射注入已解析的结构：DrawGeneStructureFromGXFfile 内部会重新 parse，
+        // 因此直接使用其 metaParser + postGraph 流程
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        JIGSubPanel panel = drawer.postGraph(null, base);
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: postGraph 返回 null");
+            System.exit(1);
+        }
+        base.addSubPanel(panel);
+
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) {
+            base.save2PNG(new File(outFile));
+        } else if (low.endsWith(".pdf")) {
+            base.save2PDF(new File(outFile));
+        } else {
+            base.save2SVG(new File(outFile));
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GenericCli.java

@@ -0,0 +1,177 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+import jigplot.OtherTools.JIGUtils;
+
+import java.awt.Color;
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * GenericCli — TBtools 通用反射绘图桥（08/29 新增，根治 /tmp 清理导致桥丢失）
+ *
+ * 用反射驱动任意 TBtools 引擎，覆盖统一模式：
+ *   setter(File/String/int/boolean/double/Color) → plot()/process()/makeGraph() → JIGSubPanel(JIGSubPanel[]) → save2Graph
+ *
+ * 用法:
+ *   java -cp JAR:tbplot_cli GenericCli <engineClass> <method> <outFile> [--set field value ...] [--width N] [--height N]
+ *
+ *   engineClass: 完整类名（如 biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.MultipleSpeciesSyteny）
+ *   method:      绘图方法名，可用 + 连接按序调用（如 doPCA+postGraph => 先 doPCA 再 postGraph）
+ *                plot / process / makeGraph / postGraph 等，返回 JIGSubPanel(JIGSubPanel[]) 的作为结果
+ *   outFile:     输出 SVG/PNG
+ *   --set:       调用 set<Field>(value)，类型自动推断:
+ *                  File   -> new File(value)
+ *                  String -> value
+ *                  int    -> Integer.parseInt
+ *                  double -> Double.parseDouble
+ *                  float  -> Float.parseFloat
+ *                  boolean-> Boolean.parseBoolean
+ *                  Color  -> 解析 "r,g,b" 或 名字（RED/GREEN/...）
+ *                  Enum   -> Enum.valueOf(type, value)
+ *   --width/--height: JIGBasePanel 尺寸（默认 1000x800）
+ */
+public class GenericCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: GenericCli <engineClass> <method> <outFile> [--set field value ...] [--width N] [--height N]");
+            System.err.println("例: GenericCli biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.MultipleSpeciesSyteny plot out.svg --set inSimplifiedGff genes.pos --set chrLayoutFile layout.txt --set genePairInfoFile links.txt");
+            System.exit(1);
+        }
+        String engineClass = args[0];
+        String methodName = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        int width = 1000, height = 800;
+
+        // 解析 --set / --width / --height
+        ArrayList<String[]> setters = new ArrayList<String[]>();
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--set") && i + 2 < args.length) {
+                setters.add(new String[]{args[i+1], args[i+2]});
+                i += 2;
+            } else if (args[i].equals("--width") && i + 1 < args.length) {
+                width = Integer.parseInt(args[i+1]); i++;
+            } else if (args[i].equals("--height") && i + 1 < args.length) {
+                height = Integer.parseInt(args[i+1]); i++;
+            }
+        }
+
+        Class<?> cls = Class.forName(engineClass);
+        Object engine = cls.getDeclaredConstructor().newInstance();
+
+        // 应用 setter
+        for (String[] kv : setters) {
+            String field = kv[0];
+            String value = kv[1];
+            String setterName = "set" + Character.toUpperCase(field.charAt(0)) + field.substring(1);
+            Method setter = findSetter(cls, setterName);
+            if (setter == null) {
+                System.err.println("警告: 未找到 setter " + setterName + "，跳过");
+                continue;
+            }
+            Class<?> ptype = setter.getParameterTypes()[0];
+            Object pval = coerce(ptype, value);
+            setter.invoke(engine, pval);
+            System.err.println("set " + field + " = " + value);
+        }
+
+        // 调用绘图方法（支持 + 连接多方法）
+        Object lastResult = null;
+        for (String mn : methodName.split("\\+")) {
+            Method method = findMethod(cls, mn.trim());
+            if (method == null) {
+                System.err.println("错误: 未找到方法 " + mn.trim() + " in " + engineClass);
+                System.exit(1);
+            }
+            Object result = method.invoke(engine);
+            if (result != null) lastResult = result;
+        }
+
+        // 收集返回的 JIGSubPanel（支持单面板 / 面板数组）
+        ArrayList<JIGSubPanel> panels = new ArrayList<JIGSubPanel>();
+        if (lastResult == null) {
+            System.err.println("错误: 方法链未返回 JIGSubPanel，无法保存");
+            System.exit(1);
+        }
+        if (lastResult instanceof JIGSubPanel) {
+            panels.add((JIGSubPanel) lastResult);
+        } else if (lastResult instanceof JIGSubPanel[]) {
+            for (JIGSubPanel p : (JIGSubPanel[]) lastResult) panels.add(p);
+        } else {
+            System.err.println("警告: 返回类型 " + lastResult.getClass() + " 不是 JIGSubPanel");
+        }
+
+        if (panels.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 没有可保存的绘图面板");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        JIGSubPanel[] arr = panels.toArray(new JIGSubPanel[0]);
+        // 固定尺寸 JIGBasePanel + addSubPanel + 直接保存（参照 SuperCircosCli 成功模式，
+        // 不做 quickArrange/setSize——那些会对某些引擎产生异常尺寸）
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : arr) base.addSubPanel(p);
+        File outf = new File(outFile);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".svg")) base.save2SVG(outf);
+        else if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else { base.save2SVG(new File(outFile + ".svg")); }
+        System.err.println("已保存: " + outFile + " (" + panels.size() + " 面板, " + width + "x" + height + ")");
+        // 强制退出：某些引擎绘图后残留非 daemon 线程（如图例监听），
+        // 不 exit 会导致 JVM 永不退出，命令悬挂到超时
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static Method findSetter(Class<?> cls, String name) {
+        for (Method m : cls.getMethods()) {
+            if (m.getName().equals(name) && m.getParameterCount() == 1) return m;
+        }
+        return null;
+    }
+    static Method findMethod(Class<?> cls, String name) {
+        for (Method m : cls.getMethods()) {
+            if (m.getName().equals(name)) return m;
+        }
+        return null;
+    }
+
+    static Object coerce(Class<?> type, String value) {
+        if (type == File.class) return new File(value);
+        if (type == String.class) return value;
+        if (type == int.class || type == Integer.class) return Integer.parseInt(value);
+        if (type == double.class || type == Double.class) return Double.parseDouble(value);
+        if (type == float.class || type == Float.class) return Float.parseFloat(value);
+        if (type == boolean.class || type == Boolean.class) return Boolean.parseBoolean(value);
+        if (type == Color.class) return parseColor(value);
+        if (type.isEnum()) return Enum.valueOf((Class<Enum>) type, value);
+        if (type == long.class || type == Long.class) return Long.parseLong(value);
+        if (type == byte.class || type == Byte.class) return Byte.parseByte(value);
+        if (type == short.class || type == Short.class) return Short.parseShort(value);
+        throw new RuntimeException("不支持的类型: " + type + " for value " + value);
+    }
+
+    static Color parseColor(String s) {
+        String t = s.trim().toUpperCase();
+        try {
+            String[] rgb = s.split(",");
+            if (rgb.length == 3) return new Color(Integer.parseInt(rgb[0].trim()), Integer.parseInt(rgb[1].trim()), Integer.parseInt(rgb[2].trim()));
+        } catch (Exception e) { /* fall through */ }
+        switch (t) {
+            case "RED": return Color.RED;
+            case "GREEN": return Color.GREEN;
+            case "BLUE": return Color.BLUE;
+            case "YELLOW": return Color.YELLOW;
+            case "CYAN": return Color.CYAN;
+            case "MAGENTA": return Color.MAGENTA;
+            case "ORANGE": return Color.ORANGE;
+            case "PINK": return Color.PINK;
+            case "BLACK": return Color.BLACK;
+            case "WHITE": return Color.WHITE;
+            case "GRAY": case "GREY": return Color.GRAY;
+            case "LIGHT_GRAY": case "LIGHTGREY": return Color.LIGHT_GRAY;
+            case "DARK_GRAY": case "DARKGREY": return Color.DARK_GRAY;
+        }
+        throw new RuntimeException("无法解析颜色: " + s);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GetENALinksCli.java

@@ -0,0 +1,36 @@
+import biocjava.bioIO.SRAtools.GetENALinksOfSRR;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot srr2ena — SRR→ENA 下载链接解析 CLI（GUI 逆向 #39，09/21）
+ *
+ * 用法: GetENALinksCli <srrList.txt> <out.xls>
+ *   srrList: 每行一个 SRR/ERR/DRR 号（# 开头注释跳过）
+ *   out:     ENA filereport TSV（study/sample/run accession + tax_id +
+ *            scientific_name + instrument + layout + fastq_ftp/aspera 等 17 字段）
+ *
+ * 引擎: GetENALinksOfSRR（GUI 逆向：SRR2ENALinksGUIPanel $1 StartButton 回调
+ *   → setInSRRlistFile/setOutENAinfoFile/process；⚠️ 联网 ENA portal API，
+ *   引擎自带 0~3s 随机限速）
+ */
+public class GetENALinksCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: GetENALinksCli <srrList.txt> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inList = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        if (!inList.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inList.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        GetENALinksOfSRR gels = new GetENALinksOfSRR();
+        gels.setInSRRlistFile(inList);
+        gels.setOutENAinfoFile(outFile);
+        gels.process();
+        System.err.println("[tbplot] ENA 链接解析完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GetSubNewickTreeCli.java

@@ -0,0 +1,50 @@
+import biocjava.bioDoer.FileUtils.FileUtils;
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.PhyloTreeMan;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * tbplot subtree — Newick 子树提取 CLI（GUI 逆向 #23，09/20）
+ *
+ * 用法: GetSubNewickTreeCli <tree.nwk> <idList.txt> <out.nwk> [--contain]
+ *   tree.nwk:  完整 Newick 树
+ *   idList:    要保留的叶节点 ID（每行一个）
+ *   out.nwk:   提取出的子树
+ *   --contain: 模糊匹配（ID 为叶名子串即保留；默认精确匹配）
+ *
+ * 引擎: PhyloTreeMan.getSubTree + nodeToNwk（GUI 逆向：GetSubNewickTreeGUIPanel $1
+ *   StartButton 回调；GUI 的 quickPlotTree 预览部分已跳过）
+ */
+public class GetSubNewickTreeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: GetSubNewickTreeCli <tree.nwk> <idList.txt> <out.nwk> [--contain]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inTree = new File(args[0]);
+        File idFile = new File(args[1]);
+        File outFile = new File(args[2]);
+        boolean contain = args.length > 3 && args[3].equals("--contain");
+        if (!inTree.exists() || !idFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在");
+            System.exit(2);
+        }
+        String newickString = FileUtils.fileToString(inTree);
+        HashSet<String> keptNode = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(idFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty()) keptNode.add(line);
+        }
+        br.close();
+        PhyloTreeMan ptm = new PhyloTreeMan();
+        String subNwk = ptm.nodeToNwk(ptm.getSubTree(newickString, keptNode, contain));
+        FileUtils.stringToFile(subNwk, outFile);
+        System.err.println("[tbplot] 子树提取完成: " + outFile.getAbsolutePath() + "（保留 " + keptNode.size() + " 个 ID）");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GoEnrichCli.java

@@ -0,0 +1,42 @@
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot goEnrich — GO 富集分析 CLI（G4 缺口补齐，WorkBuddy 2026-09-19 报告 §8）
+ *
+ * 用法: GoEnrichCli <go.obo> <gene2go.tsv> <selectGenes.txt> <outDir>
+ *   go.obo:        GO 基本 OBO 数据库文件（go-basic.obo）
+ *   gene2go.tsv:   背景注释，每行 geneID\tGO:0000001,GO:0000002（也兼容 ; 分隔、多列 GO）
+ *   selectGenes.txt: 目标基因集（每行一个 geneID）
+ *   outDir:        输出目录
+ *
+ * 输出: outDir/<selectName>.GO.Enrichment.final.xls（三本体合并显著结果表）
+ *   列: Class / GO_Name / GO_ID / GO_Level / P_value / EnrichmentScore /
+ *       HitsGenesCountsInSelectedSet / HitsGenesCountsInBackground / corrected p-value(BH)
+ *   （cleanMode=true 会清掉 MF/CC/BP 三个中间表，只留合并终表）
+ *
+ * ⚠️ main() 硬编码路径——改走 prepareForEnrichMent + AutoEnrichMent 方法链。
+ *    cleanMode=true 清中间文件（_ParsedAllGO.xls 等）。
+ */
+public class GoEnrichCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: GoEnrichCli <go.obo> <gene2go.tsv> <selectGenes.txt> <outDir>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File outDir = new File(args[3]);
+        if (!outDir.isDirectory() && !outDir.mkdirs()) {
+            System.err.println("[GoEnrichCli] ❌ 无法创建输出目录: " + args[3]);
+            System.exit(1);
+        }
+        Object e = Class.forName("biocjava.bioIO.GeneOntology.EnrichMent.GOTermEnrichment")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = e.getClass();
+        c.getMethod("setCleanMode", boolean.class).invoke(e, true);
+        c.getMethod("prepareForEnrichMent", File.class, File.class)
+                .invoke(e, new File(args[0]), new File(args[1]));
+        c.getMethod("AutoEnrichMent", File.class, String.class)
+                .invoke(e, new File(args[2]), args[3]);
+        System.err.println("[tbplot] GO 富集完成（MF/CC/BP 三表）: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GoLevelCli.java

@@ -0,0 +1,59 @@
+/**
+ * tbplot golevel — GO 层级统计 + 层级柱状图 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: GoLevelCli <go.obo> <gene2go.tsv> <outPrefix> [--level N] [--graph] [--width W] [--height H]
+ *   go.obo:     GO 本体数据库
+ *   gene2go.tsv: 基因→GO 注释（geneID\tGO:x,GO:y）
+ *   outPrefix:   输出前缀
+ *   --level:     GO 层级（默认 2，1-23）
+ *   --graph:     同时画层级柱状图（默认只出统计表）
+ *
+ * 接口来源：反编译 LevelGounterGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   LevelCounter llg = new LevelCounter();
+ *   llg.setGOdb(oboFilePath).setGene2GoFile(query2GoFilePath).init();
+ *   llg.writeGo2GenesFileAtLevel(level, outTable);      // 统计表 .Level2.count.xls
+ *   LevelGrapher lg = new LevelGrapher(outTable, outSVG); // 直接写 SVG（无 GUI 弹窗）
+ *   lg.setGraphWidth(W); lg.setGraphHeight(H); lg.makeLevelGraph();
+ */
+public class GoLevelCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        int level = 2;
+        boolean graph = false;
+        String width = "800", height = "600";
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--level") && i+1 < args.length) level = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--graph")) graph = true;
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = args[++i];
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 3) {
+            System.err.println("用法: GoLevelCli <go.obo> <gene2go.tsv> <outPrefix> [--level N] [--graph] [--width W] [--height H]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String obo = pos.get(0), gene2go = pos.get(1), outPrefix = pos.get(2);
+        String outTable = outPrefix + ".Level" + level + ".count.xls";
+
+        Object lc = Class.forName("biocjava.bioDoer.GeneOntology.Grapher.LevelCounter")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = lc.getClass();
+        c.getMethod("setGOdb", java.io.File.class).invoke(lc, new java.io.File(obo));
+        c.getMethod("setGene2GoFile", java.io.File.class).invoke(lc, new java.io.File(gene2go));
+        c.getMethod("init").invoke(lc);
+        c.getMethod("writeGo2GenesFileAtLevel", int.class, String.class).invoke(lc, level, outTable);
+        System.err.println("[tbplot] GO 层级统计表: " + outTable);
+
+        if (graph) {
+            String outSVG = outTable + ".svg";
+            Object lg = Class.forName("biocjava.bioDoer.GeneOntology.Grapher.LevelGrapher")
+                    .getConstructor(String.class, String.class).newInstance(outTable, outSVG);
+            Class<?> gl = lg.getClass();
+            gl.getMethod("setGraphWidth", String.class).invoke(lg, width);
+            gl.getMethod("setGraphHeight", String.class).invoke(lg, height);
+            gl.getMethod("makeLevelGraph").invoke(lg);
+            System.err.println("[tbplot] GO 层级图: " + outSVG);
+        }
+        System.exit(0);
+    }
+}