tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/DegramdomCli.java

@@ -0,0 +1,33 @@
+import biocjava.bioDoer.JJplot2Toolkit.BuildDegramdomFromTable;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli degramdom — 亲子表构建 Newick 树 CLI（08/31 第七十波）
+ *
+ * 用法: DegramdomCli <in.tsv> [out.nwk]
+ *   in.tsv: 子节点\t父节点\t枝长（每行一个父子关系；表头/空行自动跳过）
+ *   out.nwk: 输出 Newick（可选，默认打印到 stdout）
+ *
+ * 引擎: BuildDegramdomFromTable.process() 返回 Newick 字符串（main 硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class DegramdomCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 1) {
+            System.err.println("用法: DegramdomCli <in.tsv> [out.nwk]");
+            System.exit(1);
+        }
+        BuildDegramdomFromTable bdf = new BuildDegramdomFromTable();
+        bdf.setInTable(new File(args[0]));
+        String tree = bdf.process();
+        if (args.length > 1) {
+            java.io.FileWriter fw = new java.io.FileWriter(new File(args[1]));
+            fw.write(tree);
+            fw.close();
+            System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        } else {
+            System.out.println(tree);
+        }
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/DiffExpCli.java

@@ -0,0 +1,44 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.RNAseqViz.DiffExpDualHistPlot;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot dehist — TBtools 差异表达双直方图 CLI（08/29 新增，第 27 引擎）
+ *
+ * 用法: DiffExpCli <deg.txt> <out> [width] [height]
+ *   deg.txt: 每行至少 3 列（tab 分隔）：任意ID\t值1\t值2
+ *     值1/值2: 两个样本/条件的数值（如表达量、Log2FC 对）
+ *     # 开头行跳过；第 2 列必须是数字
+ *     引擎按 值1 vs 值2 大小分左右两个直方图
+ *
+ * 引擎: DiffExpDualHistPlot.process(File) 返回 JIGSubPanel[]（双直方图）
+ */
+public class DiffExpCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: DiffExpCli <deg.txt> <out> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        int width = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 1000;
+        int height = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 700;
+
+        DiffExpDualHistPlot plot = new DiffExpDualHistPlot();
+        JIGSubPanel[] panels = plot.process(new File(inFile));
+        if (panels == null || panels.length == 0) {
+            System.err.println("错误: process 返回空");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile + " (" + panels.length + " 面板)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/DistanceCli.java

@@ -0,0 +1,53 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Dist.Distance;
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot distance — TBtools 距离计算 CLI（08/29，第 42 引擎）
+ *
+ * 用法: DistanceCli <in.tsv> <col1> <col2> <method>
+ *   in.tsv: tab 分隔表；col1/col2: 列索引（从 0 开始，取两列数值）
+ *   method: euclidean|pearson|pearsonDist
+ *   输出: 两列数值的距离/相关系数（所有行合并计算）
+ *
+ * 引擎: Distance 静态方法（getEuclideanDistance/getPearsonCorrelationCoefficient/getPearsonDistance）
+ */
+public class DistanceCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: DistanceCli <in.tsv> <col1> <col2> <euclidean|pearson|pearsonDist>");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        int c1 = Integer.parseInt(args[1]);
+        int c2 = Integer.parseInt(args[2]);
+        String method = args[3];
+        ArrayList<Double> v1 = new ArrayList<>(), v2 = new ArrayList<>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(inFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            if (line.startsWith("#")) continue;
+            String[] cols = line.split("\t");
+            if (cols.length <= Math.max(c1, c2)) continue;
+            try {
+                v1.add(Double.parseDouble(cols[c1]));
+                v2.add(Double.parseDouble(cols[c2]));
+            } catch (NumberFormatException e) { /* skip non-numeric */ }
+        }
+        br.close();
+        if (v1.size() != v2.size() || v1.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 两列数值数量不一致或为空 (" + v1.size() + " vs " + v2.size() + ")");
+            System.exit(1);
+        }
+        double result;
+        switch (method) {
+            case "euclidean": result = Distance.getEuclideanDistance(v1, v2); break;
+            case "pearson": result = Distance.getPearsonCorrelationCoefficient(v1, v2); break;
+            case "pearsonDist": result = Distance.getPearsonDistance(v1, v2); break;
+            default: System.err.println("未知方法: " + method); System.exit(1); return;
+        }
+        System.out.println(method + "\t" + result);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/DualSynCli.java

@@ -0,0 +1,147 @@
+import JJpolt2.Example.DualSyntenyPlotterAdvance;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+import java.io.FileWriter;
+import java.lang.reflect.Field;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot dualsyn — TBtools 双基因组共线性图 CLI v3（08/31，旧 JJplot2 框架保存破解）
+ *
+ * 用法: DualSynCli <simplifiedGff> <collinearity> <out> [--chr1 "1,2"] [--chr2 "3,4"] [--rows N] [--gap N]
+ *   simplifiedGff: Chr\tGeneName\tStart\tEnd（染色体名必须数字！如 1/2/3 或 "1-1"）
+ *   collinearity: MCScanX 输出（*.collinearity）
+ *
+ * 引擎: DualSyntenyPlotterAdvance（旧 JJplot2 框架）
+ *   plot() 内部用静态工厂 prepareBackgroundCoordinateWithoutAxis 建 GUI，
+ *   GUI 实例被内部类（$5/$6/$7，含 Ljjplot2/JJplot2GUI 字段）以监听器形式挂在组件树上。
+ * 保存: 调 plot() 后反射深度扫描所有窗口+组件+监听器对象，提取 JJplot2GUI 实例
+ *       → saveImageAsPNG/PDF/SVG。
+ */
+public class DualSynCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: DualSynCli <simplifiedGff> <collinearity> <out> [--chr1 \"1,2\"] [--chr2 \"3,4\"] [--rows N] [--gap N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gffFile = args[0];
+        String collinearFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        String chr1 = null, chr2 = null;
+        int rows = 3, gap = 3;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--chr1") && i+1<args.length) chr1 = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--chr2") && i+1<args.length) chr2 = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--rows") && i+1<args.length) rows = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--gap") && i+1<args.length) gap = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+        if (chr1 == null || chr2 == null) {
+            System.err.println("错误: 必须提供 --chr1 和 --chr2");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        File ctlFile = File.createTempFile("dualsyn", ".ctl");
+        ctlFile.deleteOnExit();
+        FileWriter fw = new FileWriter(ctlFile);
+        fw.write(rows + "\n");
+        fw.write(gap + "\n");
+        fw.write(chr1 + "\n");
+        fw.write(chr2 + "\n");
+        fw.close();
+
+        DualSyntenyPlotterAdvance dsp = new DualSyntenyPlotterAdvance();
+        dsp.setCtlFile(ctlFile.getAbsolutePath());
+        dsp.setCollinerFile(collinearFile);
+        dsp.setInSimplifiedGff(gffFile);
+        dsp.setGeneColorFile("");
+        dsp.plot(); // 内部 JustShowIt 创建窗口
+
+        // 反射扫描窗口树 + 监听器对象，提取 JJplot2GUI 实例
+        Object gui = null;
+        java.util.Set<Object> visited = new java.util.HashSet<>();
+        for (Window w : Window.getWindows()) {
+            gui = scan(w, visited);
+            if (gui != null) break;
+        }
+        if (gui == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JJplot2GUI 实例（窗口数=" + Window.getWindows().length + "）");
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 找到 JJplot2GUI 实例: " + gui.getClass().getName());
+
+        // headless 下 GUI 未布局（offScreenImage=3x3）→ 保存前设置目标尺寸，确保图像不糊
+        try {
+            gui.getClass().getMethod("setWidth", int.class).invoke(gui, 2400);
+            gui.getClass().getMethod("setHeight", int.class).invoke(gui, 900);
+        } catch (Exception e) { /* 非关键 */ }
+
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        Method mSave;
+        // 正确 API: saveImageAsPNG/SVG/PDF（private，反射调用）——内部用 getAdjusteParamers 创建正确尺寸图像重绘
+        if (low.endsWith(".svg")) {
+            mSave = gui.getClass().getDeclaredMethod("saveImageAsSVG", String.class);
+            mSave.setAccessible(true);
+            mSave.invoke(gui, outFile);
+        } else if (low.endsWith(".pdf")) {
+            mSave = gui.getClass().getMethod("saveImageAsPDF", String.class);
+            mSave.invoke(gui, outFile);
+        } else {
+            mSave = gui.getClass().getMethod("saveImageAsPNG", String.class);
+            mSave.invoke(gui, outFile);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    /** 深度扫描：组件树 + 所有对象字段里的监听器，找 JJplot2GUI 类型字段的值 */
+    static Object scan(Object obj, java.util.Set<Object> visited) {
+        if (obj == null || visited.contains(obj)) return null;
+        visited.add(obj);
+        Class<?> cls = obj.getClass();
+        // 本身是 JJplot2GUI？
+        if (cls.getName().equals("jjplot2.JJplot2GUI")) return obj;
+        // 遍历所有字段（含私有/继承）
+        for (Class<?> c = cls; c != null && c != Object.class; c = c.getSuperclass()) {
+            for (Field f : c.getDeclaredFields()) {
+                try {
+                    f.setAccessible(true);
+                    Object v = f.get(obj);
+                    if (v == null) continue;
+                    if (v.getClass().getName().equals("jjplot2.JJplot2GUI")) return v;
+                    // 递归：容器/监听器/集合里的对象
+                    if (v instanceof Container || v instanceof java.awt.event.ActionListener
+                        || v instanceof java.awt.event.MouseListener || v instanceof java.awt.event.MouseMotionListener
+                        || v instanceof java.util.Collection || v instanceof java.util.Map
+                        || v.getClass().getName().startsWith("JJpolt2.Example.DualSyntenyPlotterAdvance$")) {
+                        Object found = scan(v, visited);
+                        if (found != null) return found;
+                    }
+                } catch (Exception e) { /* ignore */ }
+            }
+        }
+        // 递归子组件
+        if (obj instanceof Container) {
+            for (Component comp : ((Container) obj).getComponents()) {
+                Object found = scan(comp, visited);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        // 监听器数组（getListeners）
+        if (obj instanceof Component) {
+            try {
+                Method gL = obj.getClass().getMethod("getListeners", Class.class);
+                java.util.EventListener[] ls = (java.util.EventListener[]) gL.invoke(obj, java.util.EventListener.class);
+                if (ls != null) {
+                    for (java.util.EventListener l : ls) {
+                        Object found = scan(l, visited);
+                        if (found != null) return found;
+                    }
+                }
+            } catch (Exception e) { /* ignore */ }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/EggnogCli.java

@@ -0,0 +1,39 @@
+/**
+ * tbplot eggnog — eggNOG-mapper 直系同源注释 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: EggnogCli <in.fa> -o <prefix> --output_dir <outDir> --data_dir <eggNOGdb> [--dmnd_db <db>] [--cpu N] [--evalue 0.001] [--override] [其他官方参数...]
+ *
+ * 接口来源：反编译 EggnogMapperGUIPanel.onStart()（GUI 真实调用链）——
+ *   CliArgs cli = CliParser.parse(args);
+ *   EmapperPipeline pipeline = new EmapperPipeline(cli);
+ *   pipeline.run();
+ * GUI 传参（11 项）：-m diamond -i <in.fa> -o <prefix> --output_dir <outDir>
+ *   --data_dir <dataDir> --dmnd_db <dmndPath> --cpu <n> --evalue <e> --override
+ *
+ * ⚠️ 前置：eggNOG 数据库需先就位（TBtools GUI 的 EggnogDbProvider 走飞纪盘
+ *   分片下载且依赖 Swing 确认框——headless 不可用）。数据库目录结构：
+ *   <data_dir>/<taxScope>/eggnog.db + <taxScope>.dmnd + taxa 文件
+ *   （也可用官方 eggNOG-mapper 的 eggNOG_db 目录，经 --eggnog_db/--tax_db 指定）
+ */
+public class EggnogCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length == 0) {
+            System.err.println("用法: EggnogCli <in.fa> -o <prefix> --output_dir <outDir> --data_dir <eggNOGdb> [--dmnd_db <db>] [--cpu N] [--evalue 0.001] [--override]");
+            System.err.println("     传参方式与 GUI 完全一致（-m diamond 为默认模式）");
+            System.exit(1);
+        }
+        eggnogmapper.cli.CliArgs cli = eggnogmapper.cli.CliParser.parse(args);
+        if (cli.help) {
+            eggnogmapper.cli.CliParser.printHelp();
+            System.exit(0);
+        }
+        if (cli.inputPath == null) {
+            System.err.println("❌ 缺少输入文件（-i <in.fa>）");
+            System.exit(1);
+        }
+        eggnogmapper.emapper.EmapperPipeline pipeline = new eggnogmapper.emapper.EmapperPipeline(cli);
+        pipeline.run();
+        System.err.println("[tbplot] eggNOG-mapper 完成");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/ExprCorrCli.java

@@ -0,0 +1,27 @@
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot exprCorr — 表达相关矩阵 CLI（08/29，第 60 引擎）
+ *
+ * 用法: ExprCorrCli <inFPKM> <outCorrMat>
+ *   inFPKM: 表达矩阵（首列基因名 + 样本列）
+ *   outCorrMat: 样本间 Pearson 相关矩阵（共表达/聚类分析输入）
+ *
+ * ⚠️ main() 硬编码路径——改走 setInFPKM/setOutCorrMat + process()。
+ */
+public class ExprCorrCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: ExprCorrCli <inFPKM> <outCorrMat>");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object o = Class.forName("biocjava.bioDoer.Table.ExpressionCorr")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = o.getClass();
+        c.getMethod("setInFPKM", File.class).invoke(o, new File(args[0]));
+        c.getMethod("setOutCorrMat", File.class).invoke(o, new File(args[1]));
+        c.getMethod("process").invoke(o);
+        System.err.println("[tbplot] 表达相关矩阵完成: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FastaMergerCli.java

@@ -0,0 +1,36 @@
+import biocjava.bioDoer.Fasta.FastaMergerAndSpliter;
+
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot famerge — 多 FASTA 合并 CLI（GUI 逆向 #33，09/20）
+ *
+ * 用法: FastaMergerCli <out.fa> <in1.fa> <in2.fa> [in3.fa ...]
+ *   out: 合并输出
+ *   inN: 输入 FASTA 列表（≥1 个）
+ *
+ * 引擎: FastaMergerAndSpliter.Merge(ArrayList, String)（GUI 逆向：
+ *   FastaMergeAndSplitGUIPanel $3 mergedStartButton 回调；
+ *   面板还有 QuickSpiltFasta 拆分 → 已由 fasplit direct 覆盖）
+ */
+public class FastaMergerCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: FastaMergerCli <out.fa> <in1.fa> <in2.fa> [in3.fa ...]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String outFile = args[0];
+        ArrayList<String> inList = new ArrayList<String>();
+        for (int i = 1; i < args.length; i++) {
+            if (!new File(args[i]).exists()) {
+                System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + args[i]);
+                System.exit(2);
+            }
+            inList.add(args[i]);
+        }
+        FastaMergerAndSpliter.Merge(inList, outFile);
+        System.err.println("[tbplot] 合并完成: " + inList.size() + " 个文件 → " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FastaTableConvertCli.java

@@ -0,0 +1,38 @@
+import biocjava.bioDoer.Fasta.Tools.FastaTable;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot fa2tab / tab2fa — FASTA↔表格互转 CLI（GUI 逆向 #26，09/20）
+ *
+ * 用法: FastaTableConvertCli <fa2tab|tab2fa> <in> <out>
+ *   fa2tab: FASTA → 表格（ID\t序列）
+ *   tab2fa: 表格 → FASTA
+ *
+ * 引擎: FastaTable 双向静态方法（GUI 逆向：Fasta2TableGUIPanel $3
+ *   fasta2tabRadioButton/tab2fastaRadioButton 单选，main() 无 ArgsParser）
+ */
+public class FastaTableConvertCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: FastaTableConvertCli <fa2tab|tab2fa> <in> <out>");
+            System.exit(1);
+        }
+        String mode = args[0];
+        File inFile = new File(args[1]);
+        File outFile = new File(args[2]);
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        switch (mode) {
+            case "fa2tab": FastaTable.fa2tab(inFile, outFile); break;
+            case "tab2fa": FastaTable.tab2fa(inFile, outFile); break;
+            default:
+                System.err.println("错误: 未知模式 " + mode + "（可选 fa2tab|tab2fa）");
+                System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] FASTA↔表转换完成(" + mode + "): " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FileCleanerCli.java

@@ -0,0 +1,31 @@
+import biocjava.bioDoer.FileCleaner;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot clearchar — 文件非法字符清理 CLI（GUI 逆向 #34，09/20）
+ *
+ * 用法: FileCleanerCli <in.txt> <out.txt>
+ *   in:  任意文本文件
+ *   out: 清理后文件（非可打印 ASCII/非 tab 字符替换为 _；空白行跳过）
+ *
+ * 引擎: FileCleaner.simplifyFile（GUI 逆向：InvalidCharCleanerGUIPanel $3；
+ *   逐行扫描，保留 tab 与 0x20~0x7E，其余→_，非法字符逐行报告 stderr）
+ */
+public class FileCleanerCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: FileCleanerCli <in.txt> <out.txt>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        FileCleaner.simplifyFile(inFile, outFile);
+        System.err.println("[tbplot] 清理完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FileSplitCli.java

@@ -0,0 +1,15 @@
+import biocjava.bioDoer.FileUtils.FileLineSplit;
+import java.io.File;
+/**
+ * tbcli filesplit — 文件按份数分割 CLI（工具 99）
+ * 用法: FileSplitCli <inFile> <numParts>
+ * 引擎: FileLineSplit.Split(File, int) 静态方法
+ */
+public class FileSplitCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) { System.err.println("用法: FileSplitCli <inFile> <numParts>"); System.exit(1); }
+        File[] parts = FileLineSplit.Split(new File(args[0]), Integer.parseInt(args[1]));
+        for (File p : parts) System.err.println("[tbplot] 生成: " + p.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FindBlockDualCli.java

@@ -0,0 +1,71 @@
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot findBlockDual — 双基因组伪共线性区块搜索 CLI（08/29，第 50 引擎）
+ *
+ * 用法: FindBlockDualCli <queryGenome.fa> <query.gff> <subjectGenome.fa> <subject.gff> <queryId> <out.txt>
+ *   queryGenome.fa / subjectGenome.fa : 两物种基因组 FASTA
+ *   query.gff / subject.gff            : 两物种 GFF/GXF 注释（含 mRNA 行）
+ *   queryId                            : 查询基因 ID（mRNA ID，如 AT1G70000.2）
+ *   out.txt                            : 伪共线性区块匹配结果
+ *
+ * 可选参数（默认值）:
+ *   --leftEdge N(5) --rightEdge N(5) --expand N(10) --threads N(2) --evalue 1e-5 --minIdentity 0.33 --bestHit N(10)
+ *
+ * ⚠️ FindBlockDual.main() 硬编码路径——改走完整 setter + process()。
+ *    内部用 blastp 找 query 侧边缘基因在 subject 侧的同源，推断共线性区块。
+ *    ⚠️ 需真实双基因组数据验证（本地无拟南芥 TAIR10 对照数据）。
+ */
+public class FindBlockDualCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 6) {
+            System.err.println("用法: FindBlockDualCli <queryGenome.fa> <query.gff> <subjectGenome.fa> <subject.gff> <queryId> <out.txt> [--leftEdge N] [--rightEdge N] [--expand N] [--threads N] [--evalue X] [--minIdentity X] [--bestHit N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File qGenome = new File(args[0]);
+        File qGxf = new File(args[1]);
+        File sGenome = new File(args[2]);
+        File sGxf = new File(args[3]);
+        String queryId = args[4];
+        File out = new File(args[5]);
+        // 默认值（与引擎默认一致）
+        int left = 5, right = 5, expand = 10, threads = 2, bestHit = 10;
+        double evalue = 1.0e-5, minIdentity = 0.33;
+        for (int i = 6; i < args.length; i++) {
+            String a = args[i];
+            if (a.equals("--leftEdge") && i+1 < args.length) left = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (a.equals("--rightEdge") && i+1 < args.length) right = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (a.equals("--expand") && i+1 < args.length) expand = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (a.equals("--threads") && i+1 < args.length) threads = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (a.equals("--evalue") && i+1 < args.length) evalue = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (a.equals("--minIdentity") && i+1 < args.length) minIdentity = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (a.equals("--bestHit") && i+1 < args.length) bestHit = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+        Object obj = Class.forName("biocjava.bioDoer.PseudoSyntenyBlock.FindBlockDual").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> cls = obj.getClass();
+        cls.getMethod("setInGenomeSequence_Query", File.class).invoke(obj, qGenome);
+        cls.getMethod("setInGxf_Query", File.class).invoke(obj, qGxf);
+        cls.getMethod("setInGenomeSequence_Subject", File.class).invoke(obj, sGenome);
+        cls.getMethod("setInGxf_Subject", File.class).invoke(obj, sGxf);
+        cls.getMethod("setQueryId", String.class).invoke(obj, queryId);
+        cls.getMethod("setOutMatchInfo", File.class).invoke(obj, out);
+        cls.getMethod("setLeftEdgeCount", int.class).invoke(obj, left);
+        cls.getMethod("setRightEdgeCount", int.class).invoke(obj, right);
+        cls.getMethod("setTargetEdgeExpandCount", int.class).invoke(obj, expand);
+        // numOfThread / evalue / minIdentity / retainBestHitNum 无公开 setter，用反射
+        try { cls.getMethod("setNumOfThread", int.class).invoke(obj, threads); } catch (NoSuchMethodException e) {}
+        try { cls.getMethod("setEvalue", double.class).invoke(obj, evalue); } catch (NoSuchMethodException e) {}
+        try { cls.getMethod("setSpecifiedMinIdentity", double.class).invoke(obj, minIdentity); } catch (NoSuchMethodException e) {}
+        try { cls.getMethod("setRetainBestHitNum", int.class).invoke(obj, bestHit); } catch (NoSuchMethodException e) {}
+        Method process = cls.getMethod("process");
+        String result = (String) process.invoke(obj);
+        if (result != null && !result.trim().isEmpty()) {
+            java.io.FileWriter fw = new java.io.FileWriter(out);
+            fw.write(result);
+            fw.close();
+        }
+        System.err.println("[tbplot] findBlockDual 完成: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FindBlockMultipleCli.java

@@ -0,0 +1,67 @@
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot findBlockMultiple — 多基因组伪共线性区块搜索 CLI（08/29，第 52 引擎）
+ *
+ * 用法: FindBlockMultipleCli <queryGenome.fa> <query.gff> <queryId> <out.txt> <sub1Genome.fa> <sub1.gff> [<sub2Genome.fa> <sub2.gff> ...] [--leftEdge N --rightEdge N --expand N --threads N]
+ *   queryGenome.fa / query.gff : 查询物种基因组 + 注释
+ *   queryId                    : 查询基因 ID（基因组中部，避开首个基因 get(-1) 边界 bug）
+ *   out.txt                    : 区块结果（含 query + 各 subject 行）
+ *   subNGenome.fa / subN.gff   : 1 或多个比对物种（成对给出）
+ *
+ * ⚠️ main1() 硬编码路径——改走完整 setter + processMultipleGenome()。
+ * ⚠️ 大数据引擎：必须 -Djava.io.tmpdir=<磁盘>（/tmp=tmpfs 16G 会被 3GB 基因组 init 撑爆）。
+ *
+ * 例: FindBlockMultipleCli Cr.fa Cr.gff evm.model.Chr06.1064 out.txt Cs.fa Cs.gff Ni.fa Ni.gff
+ */
+public class FindBlockMultipleCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 7 || (args.length - 4) % 2 != 0) {
+            System.err.println("用法: FindBlockMultipleCli <queryGenome.fa> <query.gff> <queryId> <out.txt> <sub1Genome.fa> <sub1.gff> [<sub2Genome.fa> <sub2.gff> ...] [--leftEdge N --rightEdge N --expand N --threads N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File qGenome = new File(args[0]);
+        File qGxf = new File(args[1]);
+        String queryId = args[2];
+        File out = new File(args[3]);
+        ArrayList<File> subGenomes = new ArrayList<>();
+        ArrayList<File> subGxfs = new ArrayList<>();
+        int i = 4;
+        int left = 10, right = 10, expand = 15, threads = 8;
+        // 顺序解析：-- 开头=选项，否则是 subject 基因组/gff 对
+        while (i < args.length) {
+            String a = args[i];
+            if (a.equals("--leftEdge") && i+1 < args.length) { left = Integer.parseInt(args[++i]); i++; }
+            else if (a.equals("--rightEdge") && i+1 < args.length) { right = Integer.parseInt(args[++i]); i++; }
+            else if (a.equals("--expand") && i+1 < args.length) { expand = Integer.parseInt(args[++i]); i++; }
+            else if (a.equals("--threads") && i+1 < args.length) { threads = Integer.parseInt(args[++i]); i++; }
+            else if (a.startsWith("--")) { System.err.println("未知选项: " + a); System.exit(1); }
+            else {
+                if (i+1 >= args.length) { System.err.println("subject gff 缺失: " + a); System.exit(1); }
+                subGenomes.add(new File(a));
+                subGxfs.add(new File(args[i+1]));
+                i += 2;
+            }
+        }
+        if (subGenomes.isEmpty()) { System.err.println("至少需要一个 subject 基因组"); System.exit(1); }
+        Object obj = Class.forName("biocjava.bioDoer.PseudoSyntenyBlock.FindBlockMultiple")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> cls = obj.getClass();
+        cls.getMethod("setInGenomeSequence_Query", File.class).invoke(obj, qGenome);
+        cls.getMethod("setInGxf_Query", File.class).invoke(obj, qGxf);
+        cls.getMethod("setQueryId", String.class).invoke(obj, queryId);
+        cls.getMethod("setInSubjectGenomeFileArr", ArrayList.class).invoke(obj, subGenomes);
+        cls.getMethod("setInSubjectGxfFileArr", ArrayList.class).invoke(obj, subGxfs);
+        cls.getMethod("setOutResultFile", File.class).invoke(obj, out);
+        cls.getMethod("setLeftEdgeCount", int.class).invoke(obj, left);
+        cls.getMethod("setRightEdgeCount", int.class).invoke(obj, right);
+        cls.getMethod("setTargetEdgeExpandCount", int.class).invoke(obj, expand);
+        try { cls.getMethod("setNumOfThread", int.class).invoke(obj, threads); } catch (NoSuchMethodException e) {}
+        Method pm = cls.getMethod("processMultipleGenome");
+        pm.invoke(obj);
+        System.err.println("[tbplot] findBlockMultiple 完成: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/FindPathCli.java

@@ -0,0 +1,15 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.BloomSynteny.FindPathBySynteny;
+
+/**
+ * tbcli findpath 桥 — 共线性基因块进化路径 CLI（08/31 第六十七波）
+ *
+ * 用法: FindPathCli --inGffArr <gff1,gff2,...> --inGenePairs <pairs> --inRegion <geneID> [--flankGeneNum N] [--highlightGene ID] --outGraph <out>
+ *
+ * ⚠️ FindPathBySynteny.main1 是完整 CLI，但 main 是硬编码演示 → 桥直接调 main1
+ */
+public class FindPathCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        FindPathBySynteny.main1(args);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GSEAWrapperCli.java

@@ -0,0 +1,33 @@
+/**
+ * tbplot gsea — GO 预排序 GSEA 富集 CLI（插件 P00342 CLI 化）
+ *
+ * 用法: GSEAWrapperCli <go.obo> <query2go.tsv> <rank.rnk> <outDir>
+ *   go.obo:       GO OBO 数据库
+ *   query2go.tsv: 基因→GO 注释（geneID\tGO:x,GO:y）
+ *   rank.rnk:     预排序列表（geneID\tscore，按 score 排）
+ *   outDir:       输出目录
+ *
+ * 引擎: GSEAWrapper.PreRankGSEA（插件 jar），setter + process()。
+ */
+public class GSEAWrapperCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: GSEAWrapperCli <go.obo> <query2go.tsv> <rank.rnk> <outDir>");
+            System.exit(1);
+        }
+        java.io.File outDir = new java.io.File(args[3]);
+        if (!outDir.isDirectory() && !outDir.mkdirs()) {
+            System.err.println("❌ 无法创建输出目录: " + args[3]);
+            System.exit(1);
+        }
+        Object e = Class.forName("GSEAWrapper.PreRankGSEA").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = e.getClass();
+        c.getMethod("setInOboFile", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[0]));
+        c.getMethod("setInQuery2GoFile", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[1]));
+        c.getMethod("setInRankFile", java.io.File.class).invoke(e, new java.io.File(args[2]));
+        c.getMethod("setOutDir", java.io.File.class).invoke(e, outDir);
+        c.getMethod("process").invoke(e);
+        System.err.println("[tbplot] GSEA 完成: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}