tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MCScanXFastCli.java

@@ -0,0 +1,41 @@
+/**
+ * tbplot mcscanxd — OneStep MCScanX-SuperFast CLI（插件 P00370 CLI 化）
+ *
+ * 用法: MCScanXFastCli <wkDir> <genome1.fa> <genome2.fa> <gxf1> <gxf2> [threads] [blastHits] [evalue]
+ *   wkDir:    工作目录（中间文件+结果，须可写）
+ *   genome1/2: 两个物种的蛋白 FASTA（diamond 比对）
+ *   gxf1/2:    对应 GXF 注释（GFF/GTF）
+ *   threads:   线程（默认 4）；blastHits: 每基因 hits（默认 5）；evalue: 阈值（默认 1e-5）
+ *
+ * 引擎: OneStepMCSCanXDiamond.OneStepMCScanXSuperFast（插件 jar），
+ *   diamond 二进制 plugins/lib/bin/diamond（Linux 随包）。
+ */
+public class MCScanXFastCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 5) {
+            System.err.println("用法: MCScanXFastCli <wkDir> <genome1.fa> <genome2.fa> <gxf1> <gxf2> [threads] [blastHits] [evalue]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int threads = args.length > 5 ? Integer.parseInt(args[5]) : 4;
+        int hits = args.length > 6 ? Integer.parseInt(args[6]) : 5;
+        double evalue = args.length > 7 ? Double.parseDouble(args[7]) : 1e-5;
+        java.io.File wk = new java.io.File(args[0]);
+        if (!wk.isDirectory() && !wk.mkdirs()) {
+            System.err.println("❌ 无法创建工作目录: " + args[0]);
+            System.exit(1);
+        }
+        Object w = Class.forName("OneStepMCSCanXDiamond.OneStepMCScanXSuperFast").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = w.getClass();
+        c.getMethod("setWkDirectory", java.io.File.class).invoke(w, wk);
+        c.getMethod("setInGenome_1", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[1]));
+        c.getMethod("setInGenome_2", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[2]));
+        c.getMethod("setInGxf_1", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[3]));
+        c.getMethod("setInGxf_2", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[4]));
+        c.getMethod("setNumberOfThread", int.class).invoke(w, threads);
+        c.getMethod("setNumberOfBlastHit", int.class).invoke(w, hits);
+        c.getMethod("setEvalue", double.class).invoke(w, evalue);
+        c.getMethod("process").invoke(w);
+        System.err.println("[tbplot] MCScanX-SuperFast 完成: " + args[0]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MSACli.java

@@ -0,0 +1,46 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.MSA.MSAviewer;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot msa — TBtools MSA 序列比对图 CLI（08/29 重建，替代损坏的恢复件）
+ *
+ * 用法: MSACli <aligned.fasta> <out> [padding]
+ *   尺寸按子面板自动计算，勿传 w/h（NPE 根因=缺 setInMSAtextFile）
+ *
+ * 引擎: MSAviewer.setInMSAtextFile + processed() 返回 panel 列表
+ *       （PIN 14 序列验证 SVG 4.1MB；长序列建议 PNG，08/28）
+ */
+public class MSACli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: MSACli <aligned.fasta> <out> [padding]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFasta = args[0];
+        String outFile = args[1];
+
+        MSAviewer viewer = new MSAviewer();
+        viewer.setInMSAtextFile(new File(inFasta));
+        ArrayList<JIGSubPanel> panels = viewer.processed();
+        System.err.println("[tbplot] processed() 完成, subpanels=" + panels.size());
+        if (panels == null || panels.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 没有生成面板");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        // 尺寸按最后 subpanel 反推（勿传固定 w/h）
+        JIGSubPanel last = panels.get(panels.size() - 1);
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(1000, 800);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MakeMotifCli.java

@@ -0,0 +1,39 @@
+/**
+ * tbplot makemotif — 从序列生成 MEME motif 文件 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: MakeMotifCli <in.seqs.txt> <out.meme> [--mol DNA|RNA|Protein]
+ *
+ * 接口来源：反编译 MakeMotifGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   GenerateMotifFromSequences gmfs = new GenerateMotifFromSequences();
+ *   gmfs.setInSeqLines(File); gmfs.setOutMotifMatrix(File);
+ *   gmfs.setMoleculeType(MotifMolType); gmfs.process();
+ * 输入：每行一条待对齐的等长序列（GUI 粘贴框逐行 = 等长片段）；
+ * 输出：MEME 格式 letter-probability matrix motif 文件（可直接喂 fimo/mast）。
+ */
+public class MakeMotifCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        String mol = "DNA";
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--mol") && i+1 < args.length) mol = args[++i];
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 2) {
+            System.err.println("用法: MakeMotifCli <in.seqs.txt> <out.meme> [--mol DNA|RNA|Protein]");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object gmfs = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.GenerateMotifFromSequences")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = gmfs.getClass();
+        c.getMethod("setInSeqLines", java.io.File.class).invoke(gmfs, new java.io.File(pos.get(0)));
+        c.getMethod("setOutMotifMatrix", java.io.File.class).invoke(gmfs, new java.io.File(pos.get(1)));
+        Class<?> mm = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.GenerateMotifFromSequences$MotifMolType");
+        Object mt = mol.equalsIgnoreCase("RNA") ? Enum.valueOf((Class)mm, "RNA")
+                  : mol.equalsIgnoreCase("Protein") ? Enum.valueOf((Class)mm, "Protein")
+                  : Enum.valueOf((Class)mm, "DNA");
+        c.getMethod("setMoleculeType", mm).invoke(gmfs, mt);
+        c.getMethod("process").invoke(gmfs);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + pos.get(1));
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MarkerDesignCli.java

@@ -0,0 +1,62 @@
+import java.io.File;
+import java.io.PrintStream;
+import java.io.ByteArrayOutputStream;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot marker — TBtools 标记设计工具 CLI（08/29，第 46-48 引擎）
+ *
+ * 用法: MarkerDesignCli <engineClass> <inMarker> <out.txt> [--maxPoint N]
+ *   engineClass: MarkerDist|MarkerFilter|SampleDist（biocjava.bioDoer.markerDesign 下）
+ *   inMarker: 标记 0-1 矩阵（tab 分隔）
+ *   --maxPoint: MarkerDist 专用（最大点数）
+ *
+ * ⚠️ 引擎输出模式差异（08/29 反编译确认，统一兼容）：
+ *   - MarkerDist:   process() 返回结果字符串（result 非空）→ 直接写文件
+ *   - MarkerFilter: process() 返回 null，结果走 System.err.println
+ *   - SampleDist:   process() 返回 ""，结果走 System.err.println
+ *   桥在 process() 期间重定向 System.err 到缓冲，若返回字符串为空则把捕获的 stderr 写入文件。
+ */
+public class MarkerDesignCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MarkerDesignCli <MarkerDist|MarkerFilter|SampleDist> <inMarker> <out.txt> [--maxPoint N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String engine = args[0];
+        String inMarker = args[1];
+        String out = args[2];
+        String clsName = "biocjava.bioDoer.markerDesign." + engine;
+        int maxPoint = -1;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--maxPoint") && i+1 < args.length) maxPoint = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+        Object obj = Class.forName(clsName).getDeclaredConstructor().newInstance();
+        obj.getClass().getMethod("setInMarker", File.class).invoke(obj, new File(inMarker));
+        if (maxPoint >= 0) {
+            try { obj.getClass().getMethod("setMaxPoint", int.class).invoke(obj, maxPoint); }
+            catch (NoSuchMethodException e) { /* engine doesn't have setMaxPoint */ }
+        }
+        Method process = obj.getClass().getMethod("process");
+
+        // 重定向 System.err 捕获引擎结果输出
+        PrintStream origErr = System.err;
+        ByteArrayOutputStream buf = new ByteArrayOutputStream();
+        PrintStream capture = new PrintStream(buf, true);
+        String result;
+        try {
+            System.setErr(capture);
+            result = (String) process.invoke(obj);
+        } finally {
+            System.setErr(origErr);
+            capture.flush();
+        }
+        // 返回字符串为空 → 用捕获的 stderr 内容
+        String content = (result == null || result.trim().isEmpty()) ? buf.toString() : result;
+        java.io.FileWriter fw = new java.io.FileWriter(out);
+        fw.write(content == null ? "" : content);
+        fw.close();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MarkerToolsCli.java

@@ -0,0 +1,57 @@
+import biocjava.bioDoer.markerDesign.MarkerDist;
+import biocjava.bioDoer.markerDesign.MarkerFilter;
+import biocjava.bioDoer.markerDesign.SampleDist;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli markertools — 分子标记分析 CLI（08/31 第七十七波）
+ *
+ * 用法:
+ *   MarkerToolsCli filter <in.marker.tab>            # 标记过滤(minor allele 统计,输出 stderr)
+ *   MarkerToolsCli dist <in.marker.tab> <maxPoint>   # 标记距离计算
+ *   MarkerToolsCli sampledist <in.marker.tab>        # 样本距离计算
+ *
+ * in.marker.tab: 0/1 标记矩阵,行=样本/个体,列=标记,首行列名+首列行名
+ *
+ * 引擎: MarkerFilter/MarkerDist/SampleDist 的 setInMarker + process()（main 均硬编码演示）
+ */
+public class MarkerToolsCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: MarkerToolsCli <filter|dist|sampledist> <in.marker.tab> [maxPoint]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String mode = args[0];
+        File inFile = new File(args[1]);
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 文件不存在: " + args[1]);
+            System.exit(1);
+        }
+        switch (mode) {
+            case "filter": {
+                MarkerFilter mf = new MarkerFilter();
+                mf.setInMarker(inFile);
+                mf.process();
+                break;
+            }
+            case "dist": {
+                MarkerDist md = new MarkerDist();
+                md.setInMarker(inFile);
+                if (args.length > 2) md.setMaxPoint(Integer.parseInt(args[2]));
+                md.process();
+                break;
+            }
+            case "sampledist": {
+                SampleDist sd = new SampleDist();
+                sd.setInMarker(inFile);
+                sd.process();
+                break;
+            }
+            default:
+                System.err.println("未知模式: " + mode + " (支持 filter|dist|sampledist)");
+                System.exit(1);
+        }
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/Mast2TabCli.java

@@ -0,0 +1,27 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.MEMESuiteXMLtoTab;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli mast2tab — MEME/Mast XML → tab CLI（08/31 第八十三波，工具 93）
+ *
+ * 用法: Mast2TabCli <mast|meme.xml> <out.tab>
+ *   mast/meme.xml: MEME Suite XML 输出（mast.xml 或 meme.xml）
+ *   out.tab: 表格化结果
+ *
+ * 引擎: MEMESuiteXMLtoTab.setInMastXML/setOutTab + process()（main 完全硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class Mast2TabCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: Mast2TabCli <mast|meme.xml> <out.tab>");
+            System.exit(1);
+        }
+        MEMESuiteXMLtoTab mxt = new MEMESuiteXMLtoTab();
+        mxt.setInMastXML(new File(args[0]));
+        mxt.setOutTab(new File(args[1]));
+        mxt.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MastCli.java

@@ -0,0 +1,54 @@
+/**
+ * tbplot mast — MAST motif 搜索 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: MastCli <sequence.fa> <motifs.meme|meme.xml> <workingDir> [--motif-to-use N] [--max-motif-pvalue 1e-4] [--max-seq-evalue 10] [--extra "..."]
+ *
+ * 接口来源：反编译 MASTGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   QuickRunMAST qrm = new QuickRunMAST();
+ *   qrm.setSequenceFile/setMotifFile/setWorkingDir/setMaxMotifPvalue/
+ *      setMaxSequenceEvalue/setMotifToUse;
+ *   qrm.process();   // 内部 `mast <seq> -d <motifs> -ev <p> -mev <e> [--motif N]`
+ *
+ * 依赖系统 mast 二进制（meme-suite）；产物 mast.txt/mast.xml 在 workingDir。
+ * MEME 管线闭环：meme(发现) → fimo(扫描) / mast(搜索) → memeViz(可视化)。
+ */
+public class MastCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        String motifToUse = "";
+        double maxMotifP = 1e-4, maxSeqE = 10.0;
+        String extra = "";
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--motif-to-use") && i+1 < args.length) motifToUse = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--max-motif-pvalue") && i+1 < args.length) maxMotifP = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--max-seq-evalue") && i+1 < args.length) maxSeqE = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--extra") && i+1 < args.length) extra = args[++i];
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 3) {
+            System.err.println("用法: MastCli <sequence.fa> <motifs.meme|meme.xml> <workingDir> [--motif-to-use N] [--max-motif-pvalue 1e-4] [--max-seq-evalue 10]");
+            System.exit(1);
+        }
+        java.io.File wd = new java.io.File(pos.get(2));
+        if (!wd.isDirectory() && !wd.mkdirs()) {
+            System.err.println("❌ 无法创建 workingDir: " + pos.get(2));
+            System.exit(1);
+        }
+        Object qrm = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.QuickRunMAST")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = qrm.getClass();
+        c.getMethod("setSequenceFile", java.io.File.class).invoke(qrm, new java.io.File(pos.get(0)));
+        c.getMethod("setMotifFile", java.io.File.class).invoke(qrm, new java.io.File(pos.get(1)));
+        c.getMethod("setWorkingDir", java.io.File.class).invoke(qrm, wd);
+        c.getMethod("setMaxMotifPvalue", double.class).invoke(qrm, maxMotifP);
+        c.getMethod("setMaxSequenceEvalue", double.class).invoke(qrm, maxSeqE);
+        if (!motifToUse.isEmpty()) c.getMethod("setMotifToUse", String.class).invoke(qrm, motifToUse);
+        if (!extra.isEmpty()) {
+            try { c.getMethod("setOtherParas", String.class).invoke(qrm, extra); }
+            catch (Exception ignore) {}
+        }
+        c.getMethod("process").invoke(qrm);
+        System.err.println("[tbplot] MAST 完成，结果在: " + wd.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MastRunCli.java

@@ -0,0 +1,39 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.QuickRunMAST;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli mastrun — 一步法 MAST motif 扫描 CLI（08/31 第八十九波，工具 101）
+ *
+ * 用法: MastRunCli <meme.xml> <seq.fasta> <workingDir> [--motifs M] [--seqEvalue X] [--motifPvalue X] [--other "..."]
+ *   meme.xml:  MEME 输出（motif 定义）
+ *   seq.fasta: 待扫描序列
+ *   workingDir: 输出目录
+ *
+ * 引擎: QuickRunMAST.setMotifFile/setSequenceFile/setWorkingDir/... + process()
+ *   （调系统 mast；与 memerun 配套——memerun 发现 motif → mastrun 扫描）
+ */
+public class MastRunCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MastRunCli <meme.xml> <seq.fasta> <workingDir> [--motifs M] [--seqEvalue X] [--motifPvalue X] [--other \"...\"]");
+            System.exit(1);
+        }
+        QuickRunMAST qrm = new QuickRunMAST();
+        qrm.setMotifFile(new File(args[0]));
+        qrm.setSequenceFile(new File(args[1]));
+        qrm.setWorkingDir(new File(args[2]));
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--motifs": qrm.setMotifToUse(args[++i]); break;
+                case "--seqEvalue": qrm.setMaxSequenceEvalue(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--motifPvalue": qrm.setMaxMotifPvalue(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--other": qrm.setOtherParas(args[++i]); break;
+                default: System.err.println("未知参数: " + args[i]); break;
+            }
+        }
+        qrm.process();
+        System.err.println("[tbplot] MAST 完成，输出目录: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/Meme2TabCli.java

@@ -0,0 +1,26 @@
+/**
+ * tbplot meme2tab — MEME/MAST XML → 表格 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: Meme2TabCli <meme.xml|mast.xml> <out.tab>
+ *
+ * 接口来源：反编译 MemeOrMastXmlToTabGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   MEMESuiteXMLtoTab mxt = new MEMESuiteXMLtoTab();
+ *   mxt.setInMastXML(inXML); mxt.setOutTab(outTab); mxt.process();
+ * 纯逻辑无 GUI。产物：motif 域注释表（序列 × motif 位置/pvalue）。
+ */
+public class Meme2TabCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: Meme2TabCli <meme.xml|mast.xml> <out.tab>");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object mxt = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.MEMESuiteXMLtoTab")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = mxt.getClass();
+        c.getMethod("setInMastXML", java.io.File.class).invoke(mxt, new java.io.File(args[0]));
+        c.getMethod("setOutTab", java.io.File.class).invoke(mxt, new java.io.File(args[1]));
+        c.getMethod("process").invoke(mxt);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MemeCli.java

@@ -0,0 +1,74 @@
+/**
+ * tbplot meme — MEME motif 发现 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: MemeCli <in.fa> <workingDir> <outMemeXml> [--nmotifs N] [--minw N] [--maxw N]
+ *        [--evt 0.05] [--mod zoops|oops|anr] [--extra "额外 meme 参数"]
+ *
+ * 接口来源：反编译 MEMEGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   QuickRunMEME qrm = new QuickRunMEME();
+ *   qrm.setInFile/setWorkingDir/setMaxEvalue/setNumberOfMotif/
+ *      setMiningMode/setMinMotifWidth/setMaxMotifWidth;
+ *   qrm.process();
+ * 内部执行 `meme <in> -evt E -nmotifs N -minw W -maxw X -mod zoops|oops|anr`
+ *   （cwd=workingDir，依赖系统 meme 二进制；产物 meme.xml 于 workingDir）
+ *
+ * 输出：workingDir/meme.xml 复制到 <outMemeXml>。
+ */
+public class MemeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MemeCli <in.fa> <workingDir> <outMemeXml> [--nmotifs N] [--minw N] [--maxw N] [--evt 0.05] [--mod zoops|oops|anr] [--extra \"...\"]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int nmotifs = 3, minw = 6, maxw = 50;
+        double evt = 0.05;
+        String mod = "zoops", extra = "";
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--nmotifs") && i+1 < args.length) nmotifs = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--minw") && i+1 < args.length) minw = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxw") && i+1 < args.length) maxw = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--evt") && i+1 < args.length) evt = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--mod") && i+1 < args.length) mod = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--extra") && i+1 < args.length) extra = args[++i];
+        }
+        java.io.File wd = new java.io.File(args[1]);
+        if (!wd.isDirectory() && !wd.mkdirs()) {
+            System.err.println("❌ 无法创建 workingDir: " + args[1]);
+            System.exit(1);
+        }
+        Object qrm = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.QuickRunMEME")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = qrm.getClass();
+        c.getMethod("setInFile", java.io.File.class).invoke(qrm, new java.io.File(args[0]));
+        c.getMethod("setWorkingDir", java.io.File.class).invoke(qrm, wd);
+        c.getMethod("setMaxEvalue", double.class).invoke(qrm, evt);
+        c.getMethod("setNumberOfMotif", int.class).invoke(qrm, nmotifs);
+        c.getMethod("setMinMotifWidth", int.class).invoke(qrm, minw);
+        c.getMethod("setMaxMotifWidth", int.class).invoke(qrm, maxw);
+        Class<?> sm = Class.forName("biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.QuickRunMEME$SITEDISTRIBUTION");
+        Object mode = mod.equalsIgnoreCase("oops") ? Enum.valueOf((Class)sm, "OneOccurPerSeq")
+                    : mod.equalsIgnoreCase("anr") ? Enum.valueOf((Class)sm, "AnyNumberOfOccurPerSeq")
+                    : Enum.valueOf((Class)sm, "ZeroOrOneOccurPerSeq");
+        c.getMethod("setMiningMode", sm).invoke(qrm, mode);
+        if (!extra.isEmpty()) {
+            try { c.getMethod("setOtherParas", String.class).invoke(qrm, extra); }
+            catch (Exception ignore) { /* otherParas 图层面不可见时忽略 */ }
+        }
+        c.getMethod("process").invoke(qrm);
+        // meme 5.x 输出到 meme_out/ 子目录；旧版输出到 wd 根（GUI 面板是 wd 根）
+        java.io.File xml = new java.io.File(new java.io.File(wd, "meme_out"), "meme.xml");
+        if (!xml.isFile()) xml = new java.io.File(wd, "meme.xml");
+        if (!xml.isFile()) {
+            java.io.File[] anyXml = wd.listFiles((d, n) -> n.endsWith(".xml"));
+            if (anyXml != null && anyXml.length > 0) xml = anyXml[0];
+        }
+        if (!xml.isFile()) {
+            System.err.println("❌ 未找到 meme.xml（meme 运行失败？检查系统 meme 安装）");
+            System.exit(1);
+        }
+        java.nio.file.Files.copy(xml.toPath(), new java.io.File(args[2]).toPath(),
+                java.nio.file.StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
+        System.err.println("[tbplot] meme.xml 已保存: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MemeRunCli.java

@@ -0,0 +1,40 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.MEMEsuiteWrapper.QuickRunMEME;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli memerun — 一步法 MEME motif 发现 CLI（08/31 第八十八波，工具 100）
+ *
+ * 用法: MemeRunCli <in.fasta> <workingDir> [--motif N] [--minW N] [--maxW N] [--evalue X] [--mode ZeroOrOneOccurPerSeq|OneOccurPerSeq|AnyNumberOfOccurPerSeq]
+ *   in.fasta:   未比对蛋白/核酸序列
+ *   workingDir: 输出目录
+ *
+ * 引擎: QuickRunMEME.setInFile/setWorkingDir/... + process()（main 硬编码演示 → setter+process）
+ *   （调系统 meme；GRAS motif 分析统一 CLI 入口）
+ */
+public class MemeRunCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: MemeRunCli <in.fasta> <workingDir> [--motif N] [--minW N] [--maxW N] [--evalue X] [--mode ...]");
+            System.exit(1);
+        }
+        QuickRunMEME qrm = new QuickRunMEME();
+        qrm.setInFile(new File(args[0]));
+        qrm.setWorkingDir(new File(args[1]));
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--motif": qrm.setNumberOfMotif(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--minW": qrm.setMinMotifWidth(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--maxW": qrm.setMaxMotifWidth(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--evalue": qrm.setMaxEvalue(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--mode":
+                    qrm.setMiningMode(QuickRunMEME.SITEDISTRIBUTION.valueOf(args[++i]));
+                    break;
+                default: System.err.println("未知参数: " + args[i]); break;
+            }
+        }
+        qrm.process();
+        System.err.println("[tbplot] MEME 完成，输出目录: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MgGxfCli.java

@@ -0,0 +1,35 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.MultipleGffViewer.FormatTranformerForMultipleGffViewer;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli mggxf — 多 GFF 视图格式转换 CLI（08/31 第九十波，工具 103）
+ *
+ * 用法: MgGxfCli <inGenePair|blastTab6> <in.simplified.gff> <out.LinkedRegion> [GenePair|BlastTab6]
+ *   inGenePair: 基因对文件（GenePair 模式）
+ *   in.simplified.gff: 简化 GFF（chr\tgene\tstart\tend）
+ *   out.LinkedRegion: 输出共线性区域
+ *
+ * 引擎: FormatTranformerForMultipleGffViewer.setInFile/setInGffFile/setOutFile/setInputFormat + transform()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process；多物种共线性可视化的格式转换）
+ */
+public class MgGxfCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MgGxfCli <inGenePair|blastTab6> <in.simplified.gff> <out.LinkedRegion> [GenePair|BlastTab6]");
+            System.exit(1);
+        }
+        FormatTranformerForMultipleGffViewer.InputFormat fmt =
+            (args.length > 3 && args[3].equals("BlastTab6"))
+                ? FormatTranformerForMultipleGffViewer.InputFormat.BlastTab6
+                : FormatTranformerForMultipleGffViewer.InputFormat.GenePair;
+        FormatTranformerForMultipleGffViewer ftfmg = new FormatTranformerForMultipleGffViewer();
+        ftfmg.setInFile(new File(args[0]));
+        ftfmg.setInGffFile(new File(args[1]));
+        ftfmg.setOutFile(new File(args[2]));
+        ftfmg.setInputFormat(fmt);
+        ftfmg.transform();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}