tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli/scenarios.py

@@ -0,0 +1,92 @@
+"""tbtools new 交互式向导 — 场景映射表
+把用户「我想做什么」（中文场景）映射到具体命令 + 参数收集提示。
+"""
+
+# 场景表: 键 = 中文场景名, 值 = [分组, 命令名, 一句话说明, 参数收集器描述]
+# 参数收集器: 每个元素 = (参数位置标签, 默认值或None, 可选标志help)
+def _scen(name, group, cmd, desc, args):
+    return {
+        "scenario": name, "group": group, "cmd": cmd,
+        "desc": desc, "args": args, "usage": _usage(group, cmd),
+    }
+
+def _usage(group, cmd):
+    import tbtools_cli.auto_commands as _ac
+    impl = getattr(_ac, f'_{cmd}_impl', None)
+    if impl and (impl.__doc__ or ''):
+        d = impl.__doc__.strip()
+        if ':' in d:
+            return d.split(':', 1)[1].strip()
+    # 从已注册命令找
+    from .cli_load import _groups  # 批次B: _groups 移至 cli_load
+    g = _groups.get(group)
+    if g and cmd in g.commands:
+        h = g.commands[cmd].help or ''
+        return h.split('\n')[0][:80]
+    return f"{group} {cmd}"
+
+# 常用场景（覆盖 80% 使用）——按用户「想做什么」组织
+SCENARIOS = {
+    # ---- 序列 ----
+    "多序列比对可视化（MSA）": _scen("多序列比对可视化（MSA）", "seq", "msa",
+        "把比对好的多序列（如蛋白/CDS）画成可视化图", [("输入比对文件 .fa", None)]),
+    "蛋白序列 Logo（conserved motif）": _scen("蛋白序列 Logo", "seq", "logo",
+        "把多序列比对的保守位点画成序列 Logo", [("输入比对文件 .fa", None), ("输出 Logo 图片", "logo.svg")]),
+    "Motif 分布图（MEME 结果）": _scen("Motif 分布图", "seq", "motif",
+        "把 MEME 发现的 motif 沿基因画分布图", [("MEME xml", None), ("输出图", "motif.svg")]),
+    "基因结构图（外显子/UTR）": _scen("基因结构图", "seq", "structure",
+        "从 GFF 画基因外显子/内含子/U TR 结构图", [("GFF 文件", None), ("输出图", "structure.svg")]),
+    "序列统计（长度/GC/组成）": _scen("序列统计", "tool", "stat-fasta",
+        "统计 FASTA 每条序列长度/GC 含量/组成", [("FASTA 文件", None), ("输出表", "stat.xls")]),
+
+    # ---- 表达 ----
+    "火山图（差异表达）": _scen("火山图", "expr", "volcano",
+        "差异表达分析结果画火山图（log2FC vs -log10P）", [("DEG 表", None), ("输出图", "volcano.svg")]),
+    "热图（表达矩阵）": _scen("热图", "expr", "heatmap",
+        "基因×样本表达矩阵画热图（支持聚类）", [("表达矩阵 .tsv", None), ("输出图", "heatmap.svg")]),
+    "PCA 聚类（样本分群）": _scen("PCA 聚类", "expr", "pca",
+        "表达矩阵样本 PCA 降维分群", [("表达矩阵 .tsv", None), ("输出图", "pca.svg")]),
+    "层次聚类树（距离矩阵）": _scen("层次聚类树", "expr", "hclust",
+        "三列距离矩阵（GeneA GeneB dist）画聚类树", [("距离文件 GeneA GeneB dist", None), ("输出图", "hclust.svg")]),
+    "差异表达双直方图": _scen("差异表达双直方图", "expr", "dehist",
+        "上下调基因数画左右直方图", [("任意 ID\\t值 文件", None), ("输出图", "dehist.svg")]),
+
+    # ---- 树 ----
+    "系统发育树（ML 一步法）": _scen("系统发育树", "tree", "onesteptree",
+        "蛋白序列快速建 ML 树（muscle→trimal→IQ-TREE）", [("蛋白多序列 .fa", None), ("输出前缀", "tree")]),
+    "可视化已有树（Newick）": _scen("可视化树", "tree", "tree",
+        "画 Newick 树的图", [("Newick 树文件", None), ("输出图", "tree.svg")]),
+    "无根树可视化": _scen("无根树", "tree", "unrooted",
+        "把树画成无根（放射状）风格", [("Newick 树文件", None), ("输出图", "unrooted.svg")]),
+
+    # ---- 共线性/基因组 ----
+    "共线性 Dot-plot": _scen("共线性 Dot-plot", "syn", "dotplot",
+        "两基因组共线性点图", [("简化 GFF 1", None), ("简化 GFF 2", None), ("blast 结果", None), ("输出图", "dotplot.svg")]),
+    "MCScanX 共线性分析": _scen("MCScanX 共线性", "syn", "mcscanx",
+        "跑 MCScanX 找共线性区块", [("简化 GFF", None), ("blast 结果", None)]),
+    "环形共线性图（Circos）": _scen("环形共线性图", "syn", "circos",
+        "多染色体环形共线性图", [("chromLen", None), ("link 文件", None), ("genePos", None), ("输出图", "circos.svg")]),
+    "染色体基因定位图": _scen("染色体定位图", "tool", "genelocation",
+        "基因在染色体上的位置分布图", [("chromLen 文件", None), ("FeaturePos", None), ("输出图", "geneloc.svg")]),
+    "基因密度分布（染色体）": _scen("基因密度", "tool", "genedensity",
+        "染色体基因密度分布统计", [("GFF3", None), ("输出表", "density.tsv")]),
+
+    # ---- 集合 ----
+    "Venn 图（2-6 集合交集）": _scen("Venn 图", "sets", "venn",
+        "多个基因集合交集 Venn 图（2/3/4/5/6 集）", [("集合数目 2-6", "3"), ("集合文件前缀", None), ("输出图", "venn.svg")]),
+    "UpSet 图（交集可视化）": _scen("UpSet 图", "sets", "upset",
+        "多个集合交集用 UpSet 图展示", [("集合文件", None), ("输出图", "upset.svg")]),
+
+    # ---- 表操作 ----
+    "表格行列转换/合并/拆分": _scen("表格操作", "table", "tableMerge",
+        "表格合并/转置/筛选等（见 list tools）", []),
+}
+
+_categories = {
+    "序列/结构": ["多序列比对可视化（MSA）", "蛋白序列 Logo（conserved motif）", "Motif 分布图（MEME 结果）", "基因结构图（外显子/UTR）", "序列统计（长度/GC/组成）"],
+    "表达/统计": ["火山图（差异表达）", "热图（表达矩阵）", "PCA 聚类（样本分群）", "层次聚类树（距离矩阵）", "差异表达双直方图"],
+    "系统发育": ["系统发育树（ML 一步法）", "可视化已有树（Newick）", "无根树可视化"],
+    "共线性/基因组": ["共线性 Dot-plot", "MCScanX 共线性分析", "环形共线性图（Circos）", "染色体基因定位图", "基因密度分布（染色体）"],
+    "集合分析": ["Venn 图（2-6 集合交集）", "UpSet 图（交集可视化）"],
+    "表格处理": ["表格行列转换/合并/拆分"],
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/AdmixtureCli.java

@@ -0,0 +1,91 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot admixtureViz — ADMIXTURE Q 矩阵可视化 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: AdmixtureCli <q1.txt> <q2.txt> [<q3.txt>...] <out.svg> [--id <samples.txt>]
+ *        [--group <group.txt>] [--sort Qraito|Lexical|None] [--width N] [--height N] [--interval N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 AdmixtureVizGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   AdmixtureQmatViz aqv = new AdmixtureQmatViz();
+ *   aqv.setSampleIDFile/setInGroupFile/setSortMode/setWidth/setHeight/setPanelInterval;
+ *   JIGUtils.quickShow(aqv.process(fileArr));
+ * 规避：直调 process(File[])（返回 JIGSubPanel）→ JIGBasePanel.save2*。
+ *
+ * 输入：ADMIIX 输出的 Q 矩阵（每行=样本，每列=群体占比）+ 可选样本 ID 文件
+ *   （旧格式每行 sampleId+数值；新 Q 文件无 ID 列时用 --id）与群体分组文件。
+ */
+public class AdmixtureCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        String idFile = null, groupFile = null, sort = "Qraito";
+        int width = 800, height = 600, interval = 0;
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--id") && i+1 < args.length) idFile = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--group") && i+1 < args.length) groupFile = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--sort") && i+1 < args.length) sort = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--interval") && i+1 < args.length) interval = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 2) {
+            System.err.println("用法: AdmixtureCli <q1.txt> <q2.txt> [<q3.txt>...] <out.svg> [--id samples.txt] [--group group.txt] [--sort Qraito|Lexical|None]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String outPath = pos.remove(pos.size() - 1);
+        // 支持两种输入：直接 Q 文件 / *.lst 清单（每行一个 Q 文件路径，GUI 传统格式）
+        java.util.ArrayList<File> qList = new java.util.ArrayList<File>();
+        for (String fp : pos) {
+            File f = new File(fp);
+            if (f.getName().toLowerCase().endsWith(".lst")) {
+                java.io.BufferedReader br = new java.io.BufferedReader(new java.io.FileReader(f));
+                String line;
+                while ((line = br.readLine()) != null) {
+                    String t = line.trim();
+                    if (!t.isEmpty()) qList.add(new File(t));
+                }
+                br.close();
+            } else {
+                qList.add(f);
+            }
+        }
+        File[] qFiles = qList.toArray(new File[0]);
+
+        Object aqv = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.PopulationGenetics.AdmixtureQmatViz")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = aqv.getClass();
+        if (idFile != null) c.getMethod("setSampleIDFile", File.class).invoke(aqv, new File(idFile));
+        if (groupFile != null) c.getMethod("setInGroupFile", File.class).invoke(aqv, new File(groupFile));
+        Class<?> sm = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.PopulationGenetics.AdmixtureQmatViz$SortMode");
+        c.getMethod("setSortMode", sm).invoke(aqv, Enum.valueOf((Class)sm, sort));
+        c.getMethod("setWidth", int.class).invoke(aqv, width);
+        c.getMethod("setHeight", int.class).invoke(aqv, height);
+        c.getMethod("setPanelInterval", int.class).invoke(aqv, interval);
+        Object result = c.getMethod("process", File[].class).invoke(aqv, (Object) qFiles);
+        JIGSubPanel[] panels;
+        if (result instanceof JIGSubPanel[]) {
+            panels = (JIGSubPanel[]) result;
+        } else if (result instanceof JIGSubPanel) {
+            panels = new JIGSubPanel[]{ (JIGSubPanel) result };
+        } else {
+            System.err.println("❌ process 未返回 JIGSubPanel/JIGSubPanel[]");
+            System.exit(1);
+            panels = new JIGSubPanel[0];
+        }
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        System.err.println("[tbplot] " + panels.length + " 个 Q 面板");
+        File outf = new File(outPath);
+        String low = outPath.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outPath);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/AmazingMetaCli.java

@@ -0,0 +1,78 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawAmazingMetaPlot;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli amazmeta — Amazing Meta Plot CLI（08/31 第七十八波，引擎 120）
+ *
+ * 用法: AmazingMetaCli <meme.xml> <newick.treefile> <out.svg|png|pdf> [seqLen.txt] [geneRename.txt]
+ *   meme.xml:      MEME 结果（必选）
+ *   newick.treefile: 进化树（必选，控制基因顺序）
+ *   seqLen.txt:    可选序列长度文件（gene\tlen）
+ *   geneRename.txt: 可选基因重命名
+ *
+ * 引擎: DrawAmazingMetaPlot.plot() —— 组合 进化树+Motif模式+基因结构+蛋白域 到一张图
+ *   （论文级组合图；plot() 内部 JFrame 显示 → Window 反射取 JIGBasePanel → save2SVG/PNG/PDF）
+ */
+public class AmazingMetaCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: AmazingMetaCli <meme.xml> <newick.treefile> <out.svg|png|pdf> [seqLen.txt] [geneRename.txt]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File memeFile = new File(args[0]);
+        File treeFile = new File(args[1]);
+        String out = args[2];
+        File seqLenFile = args.length > 3 ? new File(args[3]) : null;
+        File renameFile = args.length > 4 ? new File(args[4]) : null;
+
+        String newick = new String(java.nio.file.Files.readAllBytes(treeFile.toPath()), "UTF-8").trim();
+
+        DrawAmazingMetaPlot damp = new DrawAmazingMetaPlot();
+        damp.setMemeXmlFile(memeFile);
+        damp.setNewickTreeString(newick);
+        damp.setGradient(true);
+        damp.setTotalGraphWidth(2000);
+        damp.setTotalGraphHeight(2800);
+        damp.setTreeLayOut(biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.PhyloTreeMan.TreeBranchTranForm.Cladogram);
+        if (seqLenFile != null && seqLenFile.exists()) damp.setInCoverMEMESeqLenFile(seqLenFile);
+        if (renameFile != null && renameFile.exists()) damp.setGeneRenameFile(renameFile);
+
+        damp.plot();
+
+        // plot() 内部 JFrame 显示 → Window.getWindows() 反射取 JIGBasePanel
+        JIGBasePanel panel = null;
+        for (int i = 0; i < 20 && panel == null; i++) {
+            for (Window w : Window.getWindows()) {
+                if (w == null || !w.isVisible()) continue;
+                JIGBasePanel p = findPanel(w);
+                if (p != null) { panel = p; break; }
+            }
+            if (panel == null) Thread.sleep(200);
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 无法从 JFrame 提取 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(out));
+        else panel.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    private static JIGBasePanel findPanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof java.awt.Container) {
+            for (Component child : ((java.awt.Container) c).getComponents()) {
+                JIGBasePanel p = findPanel(child);
+                if (p != null) return p;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/AssemblyRecommandCli.java

@@ -0,0 +1,47 @@
+import biocjava.bioDoer.NGSDataAnalysis.SequencingDataRecommand.AssemblyGenomeDataSizeRecommand;
+import biocjava.bioDoer.NGSDataAnalysis.SequencingDataRecommand.AssemblyGenomeDataSizeRecommand.AssemblyObject;
+import biocjava.bioDoer.NGSDataAnalysis.SequencingDataRecommand.RecommendSize;
+
+/**
+ * tbplot seqrecommend — 基因组组装测序量推荐 CLI（GUI 逆向 #43，09/21）
+ *
+ * 用法: AssemblyRecommandCli <genomeSize1n_bp> [--polyploid] [--het 0.01] [--level Minimum|Draft|Haplotyped_Resolved|Haplotyped_T2T]
+ *   genomeSize1n_bp: 1n 基因组大小（bp，如 400000000）
+ *   --polyploid: 多倍体
+ *   --het:       杂合率（如 0.01 = 1%）
+ *   --level:     组装目标（默认 Draft）
+ *
+ * 引擎: AssemblyGenomeDataSizeRecommand（GUI 逆向：AssemblyGenomeDataSizeRecommandGUIPanel $2
+ *   → process(size, polyploid, het, object) → RecommendSize.getReportString()；纯计算离线）
+ */
+public class AssemblyRecommandCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 1) {
+            System.err.println("用法: AssemblyRecommandCli <genomeSize1n_bp> [--polyploid] [--het 0.01] [--level Minimum|Draft|Haplotyped_Resolved|Haplotyped_T2T]");
+            System.exit(1);
+        }
+        double genomeSize1n = Double.parseDouble(args[0]);
+        boolean isPolyPoid = false;
+        double het = 0.01;
+        AssemblyObject obj = AssemblyObject.Draft;
+        for (int i = 1; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--polyploid": isPolyPoid = true; break;
+                case "--het": het = Double.parseDouble(args[++i]); break;
+                case "--level":
+                    String lv = args[++i];
+                    if (lv.equalsIgnoreCase("Minimum") || lv.equalsIgnoreCase("Mininum")) obj = AssemblyObject.Mininum;
+                    else if (lv.equalsIgnoreCase("Haplotyped_Resolved")) obj = AssemblyObject.Haplotyped_Resolved;
+                    else if (lv.equalsIgnoreCase("Haplotyped_T2T")) obj = AssemblyObject.Haplotyped_T2T;
+                    else obj = AssemblyObject.Draft;
+                    break;
+                default:
+                    System.err.println("警告: 忽略未知参数 " + args[i]);
+            }
+        }
+        AssemblyGenomeDataSizeRecommand agdsr = new AssemblyGenomeDataSizeRecommand();
+        RecommendSize rs = agdsr.process(genomeSize1n, isPolyPoid, het, obj);
+        System.out.println(rs.getReportString());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BamIndexCli.java

@@ -0,0 +1,31 @@
+import biocjava.bioIO.HTSData.SAMBAM.Utils.BAMIndexCreater;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli bamindex — BAM 索引创建 CLI（08/31 第七十二波）
+ *
+ * 用法: BamIndexCli <in.sorted.bam> [out.bai]
+ *   in.sorted.bam: 已排序 BAM
+ *   out.bai:       输出 .bai（默认 <in>.bai）
+ *
+ * 引擎: BAMIndexCreater.setInSortedBamFile/setOutBaiFile + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class BamIndexCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 1) {
+            System.err.println("用法: BamIndexCli <in.sorted.bam> [out.bai]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inBam = args[0];
+        String outBai = args.length > 1 ? args[1] : inBam + ".bai";
+
+        BAMIndexCreater bic = new BAMIndexCreater();
+        bic.setInSortedBamFile(new File(inBam));
+        bic.setOutBaiFile(new File(outBai));
+        bic.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outBai);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BamSortCli.java

@@ -0,0 +1,43 @@
+import biocjava.bioIO.HTSData.SAMBAM.Utils.SAMBAMSorter;
+import htsjdk.samtools.SAMFileHeader;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli bamsort — BAM 排序 CLI（08/31 第七十二波）
+ *
+ * 用法: BamSortCli <in.bam> <out.bam> [sortOrder] [tmpDir]
+ *   sortOrder: coordinate|queryname|unsorted|duplicate（默认 coordinate）
+ *   tmpDir:    临时目录（默认系统临时）
+ *
+ * 引擎: SAMBAMSorter.setInFile/setOutFile/setSo/setTmpDir + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class BamSortCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: BamSortCli <in.bam> <out.bam> [sortOrder] [tmpDir]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String soStr = args.length > 2 ? args[2] : "coordinate";
+        String tmpDir = args.length > 3 ? args[3] : null;
+
+        SAMFileHeader.SortOrder so;
+        switch (soStr.toLowerCase()) {
+            case "coordinate": so = SAMFileHeader.SortOrder.coordinate; break;
+            case "queryname": so = SAMFileHeader.SortOrder.queryname; break;
+            case "unsorted": so = SAMFileHeader.SortOrder.unsorted; break;
+            case "duplicate": so = SAMFileHeader.SortOrder.duplicate; break;
+            default: so = SAMFileHeader.SortOrder.coordinate; break;
+        }
+
+        SAMBAMSorter sbs = new SAMBAMSorter();
+        sbs.setInFile(new File(args[0]));
+        sbs.setOutFile(new File(args[1]));
+        sbs.setSo(so);
+        if (tmpDir != null) sbs.setTmpDir(new File(tmpDir));
+        sbs.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1] + " (sort=" + soStr + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BamStateCli.java

@@ -0,0 +1,49 @@
+import java.io.File;
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.List;
+
+/**
+ * tbplot bamstate — BAM 覆盖状态评估 CLI（08/29，第 57 引擎）
+ *
+ * 用法: BamStateCli <gff3> <out.tsv> <bam1> [bam2 ...] [--coverageThr X] [--depthThr X]
+ *   gff3: 标准 GFF3（gene/mRNA/exon 特征）
+ *   out.tsv: 每 BAM 的 coverage 比例 / depth / 总基因数 / 表达基因数
+ *   bamN: 比对 BAM（需 samtools index 建立 .bai）
+ *
+ * ⚠️ BAM 参考染色体名必须与 GFF3 seqid 匹配（HiC_scaffold_* 等）
+ *    实测：GRAS RNA-seq bam_subset + arrb21 GFF3（HiC_scaffold）验证通过
+ */
+public class BamStateCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: BamStateCli <gff3> <out.tsv> <bam1> [bam2 ...] [--coverageThr X] [--depthThr X]");
+            System.exit(1);
+        }
+        // 解析选项（-- 开头），其余为 bam
+        ArrayList<String> bams = new ArrayList<>();
+        double covThr = 0.5, depthThr = 3.0;
+        boolean gffDone = false;
+        String gff = args[0];
+        String out = args[1];
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--coverageThr") && i+1 < args.length) covThr = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--depthThr") && i+1 < args.length) depthThr = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else bams.add(args[i]);
+        }
+        if (bams.isEmpty()) { System.err.println("至少需要一个 BAM"); System.exit(1); }
+        ArrayList<File> bamFiles = new ArrayList<>();
+        for (String b : bams) bamFiles.add(new File(b));
+        Object o = Class.forName("biocjava.bioDoer.GenomeAnnotation.BAMStateAssessor")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = o.getClass();
+        c.getMethod("setBamFiles", List.class).invoke(o, bamFiles);
+        c.getMethod("setGffFile", File.class).invoke(o, new File(gff));
+        c.getMethod("setCoverageThreshold", double.class).invoke(o, covThr);
+        c.getMethod("setDepthThreshold", double.class).invoke(o, depthThr);
+        c.getMethod("setOutputFile", File.class).invoke(o, new File(out));
+        c.getMethod("setThreads", int.class).invoke(o, 4);
+        c.getMethod("process").invoke(o);
+        System.err.println("[tbplot] BAM 状态评估完成: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BarPlotterCli.java

@@ -0,0 +1,18 @@
+import biocjava.bioDoer.bar_plotter;
+
+/**
+ * tbcli barplotter 桥 — 合成共线性柱状图 CLI（08/31 第六十六波）
+ *
+ * 用法: BarPlotterCli -g <gff> -s <synteny> -c <ctl> -o <out.png>
+ *   gff: chr\tgene\tend（简化 GFF）
+ *   synteny: MCScanX 式 collinearity（# Alignment 分段，行=基因1\t基因2\t...）
+ *   ctl: 4 行 = xdim / ydim / xchr列表(逗号分隔) / ychr列表(逗号分隔)
+ *
+ * ⚠️ bar_plotter.main 是死代码（打印 -4）→ 真入口是 main1（main1≠main 规律）
+ */
+public class BarPlotterCli {
+    public static void main(String[] args) {
+        bar_plotter.main1(args);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BarplotCli.java

@@ -0,0 +1,168 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.EnrichmentAnalysisGraph.Barplot;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Field;
+
+/**
+ * Barplot CLI — 富集柱状图（-log10 P-value 横向柱状图）
+ * 
+ * 用法:
+ *   java -cp JAR:tbplot BarplotCli <enrichment.xls> <outFile> <termCol> <pvalCol> [classCol] [maxTerms] [xlab] [ylab] [mode]
+ * 
+ * 参数:
+ *   enrichment.xls  — 富集结果表（TSV 带表头）
+ *   outFile         — 输出文件 (.svg/.png/.pdf)
+ *   termCol         — Term 列名（如 GO_Name / Pathway）
+ *   pvalCol         — P-value 列名（如 P_value）
+ *   classCol        — 分 class 列名（可选，如 Class）
+ *   maxTerms        — 最多显示 Term 数（默认 50）
+ *   xlab            — X 轴标签（默认 "-log10(P-value)"）
+ *   ylab            — Y 轴标签（默认 "GO Term"）
+ *   mode            — 图模式: Normal|TextOnLeft|BarOnLeft（默认 Normal）
+ * 
+ * 数据格式（TSV，首行表头）:
+ *   GO_Name\tP_value\tClass
+ *   photosynthesis\t0.0001\tBP
+ *   ...
+ */
+public class BarplotCli {
+    
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: BarplotCli <enrichment.xls> <outFile> <termCol> <pvalCol> [classCol] [maxTerms] [xlab] [ylab] [mode]");
+            System.exit(1);
+        }
+        
+        String inFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        String termCol = args[2];
+        String pvalCol = args[3];
+        String classCol = args.length > 4 ? args[4] : null;
+        int maxTerms = args.length > 5 ? Integer.parseInt(args[5]) : 50;
+        String xlab = args.length > 6 ? args[6] : "-log10(P-value)";
+        String ylab = args.length > 7 ? args[7] : "GO Term";
+        String modeStr = args.length > 8 ? args[8] : "Normal";
+        
+        Barplot.GraphMode mode;
+        switch (modeStr.trim().toUpperCase()) {
+            case "TEXTONLEFT": mode = Barplot.GraphMode.TextOnLeft; break;
+            case "BARONLEFT": mode = Barplot.GraphMode.BarOnLeft; break;
+            default: mode = Barplot.GraphMode.Normal; break;
+        }
+        
+        // 记录当前窗口数
+        int windowCountBefore = Window.getWindows().length;
+        
+        // 构建 Barplot
+        Barplot bp = new Barplot();
+        bp.setInTabFile(new File(inFile));
+        bp.setTermColName(termCol);
+        bp.setpValueColName(pvalCol);
+        if (classCol != null && !classCol.equals("-")) {
+            bp.setClassColName(classCol);
+        }
+        bp.setMaxTermToShow(maxTerms);
+        bp.setXlab(xlab);
+        bp.setYlab(ylab);
+        bp.setGraphMode(mode);
+        
+        // 调用 generate()（会弹 JFrame，但 xvfb 下不阻塞）
+        bp.generate();
+        
+        // 等待 Swing 完成渲染
+        Thread.sleep(500);
+        
+        // 遍历所有窗口找 JIGBasePanel
+        JIGBasePanel targetPanel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        for (Window w : windows) {
+            // 搜索组件树找 JIGBasePanel
+            targetPanel = findJIGBasePanel(w);
+            if (targetPanel != null) break;
+        }
+        
+        if (targetPanel == null) {
+            // 反射从 Barplot 实例抓 jigPanel 字段（如果存在）
+            System.err.println("窗口遍历未找到 JIGBasePanel，尝试反射...");
+            // Barplot 内部 jigPanel 是局部变量，无法反射
+            // 但 JScrollPane 包含 JIGBasePanel
+            for (Window w : windows) {
+                if (w instanceof javax.swing.JFrame) {
+                    java.awt.Container content = ((javax.swing.JFrame) w).getContentPane();
+                    targetPanel = findJIGBasePanelDeep(content);
+                    if (targetPanel != null) break;
+                }
+            }
+        }
+        
+        if (targetPanel != null) {
+            // 保存
+            if (outFile.toLowerCase().endsWith(".svg")) {
+                targetPanel.save2SVG(new java.io.File(outFile));
+            } else if (outFile.toLowerCase().endsWith(".png")) {
+                targetPanel.save2PNG(new java.io.File(outFile));
+            } else if (outFile.toLowerCase().endsWith(".pdf")) {
+                targetPanel.save2PDF(new java.io.File(outFile));
+            } else {
+                targetPanel.save2SVG(new java.io.File(outFile + ".svg"));
+            }
+            System.err.println("Barplot saved: " + outFile);
+            
+            // 关闭窗口
+            for (Window w : windows) {
+                if (w instanceof java.awt.Frame) {
+                    ((java.awt.Frame) w).dispose();
+                }
+            }
+        } else {
+            System.err.println("ERROR: 未找到 JIGBasePanel，无法保存。");
+            System.err.println("Windows count: " + windows.length);
+            for (Window w : windows) {
+                System.err.println("  Window: " + w.getClass().getName() + " visible=" + w.isVisible());
+            }
+            System.exit(2);
+        }
+    }
+    
+    static JIGBasePanel findJIGBasePanel(java.awt.Container c) {
+        for (int i = 0; i < c.getComponentCount(); i++) {
+            java.awt.Component comp = c.getComponent(i);
+            if (comp instanceof JIGBasePanel) {
+                return (JIGBasePanel) comp;
+            }
+            if (comp instanceof java.awt.Container) {
+                JIGBasePanel found = findJIGBasePanel((java.awt.Container) comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+    
+    static JIGBasePanel findJIGBasePanelDeep(java.awt.Container c) {
+        // 搜索 JScrollPane -> JViewport -> JIGBasePanel
+        for (int i = 0; i < c.getComponentCount(); i++) {
+            java.awt.Component comp = c.getComponent(i);
+            if (comp instanceof JIGBasePanel) {
+                return (JIGBasePanel) comp;
+            }
+            if (comp instanceof javax.swing.JScrollPane) {
+                javax.swing.JScrollPane jsp = (javax.swing.JScrollPane) comp;
+                java.awt.Component view = jsp.getViewport().getView();
+                if (view instanceof JIGBasePanel) {
+                    return (JIGBasePanel) view;
+                }
+                if (view instanceof java.awt.Container) {
+                    JIGBasePanel found = findJIGBasePanelDeep((java.awt.Container) view);
+                    if (found != null) return found;
+                }
+            }
+            if (comp instanceof java.awt.Container) {
+                JIGBasePanel found = findJIGBasePanelDeep((java.awt.Container) comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}