tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GroupedBarCli.java

@@ -0,0 +1,95 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot gbar — 分组柱状图 + 显著性标注 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: GroupedBarCli <data.tsv> <out.svg> [--header|--no-header] [--group-order FIRST_OCCURRENCE|ALPHABETICAL]
+ *        [--errorbar SEM|SD|CI95] [--plot BAR_ERROR|BOXPLOT|VIOLIN|SWARM]
+ *        [--title <t>] [--homoscedastic-t] [--width N] [--height N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 GroupedBarSignificanceGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   GroupedBarRawData raw = GroupedBarRawData.load(file, hasHeader, groupOrder, charset);
+ *   GroupedBarStatistics.Options opt = new Options(); opt.homoscedasticT = ...;
+ *   AnalysisResult ar = GroupedBarStatistics.analyze(raw.getGroups(), opt);
+ *   GroupedBarPlotWithSignificance.showFrame(...);   // showFrame = buildPanel + JFrame 壳
+ * 规避：直调 public static buildPanel(raw, ar, eb, pt, title, null) → JIGBasePanel
+ *
+ * 数据格式（行=样本，列=group value [optionalVariable]）：
+ *   Group1 10.2
+ *   Group1 12.1
+ *   Group2 8.4
+ *   ...（首行可选表头）
+ */
+public class GroupedBarCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        boolean hasHeader = true, homoscedastic = false;
+        String groupOrder = "FIRST_OCCURRENCE", eb = "SEM", plot = "BAR_ERROR", title = "";
+        int width = 1200, height = 800;
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--header")) hasHeader = true;
+            else if (args[i].equals("--no-header")) hasHeader = false;
+            else if (args[i].equals("--group-order") && i+1 < args.length) groupOrder = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--errorbar") && i+1 < args.length) eb = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--plot") && i+1 < args.length) plot = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--title") && i+1 < args.length) title = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--homoscedastic-t")) homoscedastic = true;
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1 < args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1 < args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 2) {
+            System.err.println("用法: GroupedBarCli <data.tsv> <out.svg> [--header|--no-header] [--errorbar SEM|SD|CI95] [--plot BAR_ERROR|BOXPLOT|VIOLIN|SWARM] [--homoscedastic-t]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File in = new File(pos.get(0));
+        String outPath = pos.get(1);
+        java.nio.charset.Charset utf8 = java.nio.charset.StandardCharsets.UTF_8;
+
+        Class<?> rawCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarRawData");
+        Class<?> go = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarRawData$GroupOrder");
+        Object order = Enum.valueOf((Class)go, groupOrder);
+        Object raw = rawCls.getMethod("load", File.class, boolean.class, go, java.nio.charset.Charset.class)
+                .invoke(null, in, hasHeader, order, utf8);
+
+        Class<?> statsCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarStatistics");
+        Object opt = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarStatistics$Options")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        opt.getClass().getField("homoscedasticT").setBoolean(opt, homoscedastic);
+        Class<?> gsCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarRawData$GroupSummary");
+        Method analyze = statsCls.getMethod("analyze",
+                java.util.List.class,
+                Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarStatistics$Options"));
+        Object ar = analyze.invoke(null, raw.getClass().getMethod("getGroups").invoke(raw), opt);
+
+        Class<?> ebCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarStatistics$ErrorBarType");
+        Class<?> ptCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedPlotType");
+        Class<?> vcCls = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.PlotVisualConfig");
+        Object cfg = vcCls.getDeclaredConstructor().newInstance();
+        java.lang.reflect.Field f;
+        f = vcCls.getField("baseFontName"); f.set(cfg, "Arial");
+        f = vcCls.getField("fontSize"); f.set(cfg, 14);
+        f = vcCls.getField("xLabelAngle"); f.set(cfg, 45f);
+        f = vcCls.getField("textColor"); f.set(cfg, java.awt.Color.BLACK);
+        f = vcCls.getField("axisColor"); f.set(cfg, java.awt.Color.BLACK);
+        f = vcCls.getField("errorBarColor"); f.set(cfg, java.awt.Color.BLACK);
+        f = vcCls.getField("lineStroke"); f.set(cfg, 1.2f);
+        f = vcCls.getField("significanceGapFactor"); f.set(cfg, 0.05);
+        f = vcCls.getField("barHalfWidth"); f.set(cfg, 0.8);
+        f = vcCls.getField("boxHalfWidth"); f.set(cfg, 0.8);
+        Object panel = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.groupedBarPlot.GroupedBarPlotWithSignificance")
+                .getMethod("buildPanel",
+                        rawCls, ar.getClass(), ebCls, ptCls, String.class, vcCls)
+                .invoke(null, raw, ar, Enum.valueOf((Class)ebCls, eb), Enum.valueOf((Class)ptCls, plot), title, cfg);
+        File outf = new File(outPath);
+        String low = outPath.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) ((JIGBasePanel) panel).save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) ((JIGBasePanel) panel).save2PDF(outf);
+        else ((JIGBasePanel) panel).save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outPath);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GsaDiagCli.java

@@ -0,0 +1,45 @@
+import biocjava.bioDoer.GXFUtils.GSAssess.GsaQuickDiagnosis;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli gsadiag — 基因结构快速诊断 CLI（08/31 第八十四波，工具 94）
+ *
+ * 用法: GsaDiagCli <in.fixed.gff3> <out.stat.xls> [genome.fasta] [relax] [--checkUTR]
+ *   in.fixed.gff3: 注释 GFF3（建议已相位校正）
+ *   out.stat.xls: 诊断统计输出
+ *   genome.fasta: 可选基因组（编码潜能检查）
+ *   relax: 长度异常 relax 参数（默认 0.5）
+ *   --checkUTR: 检查 UTR 比例异常
+ *
+ * 引擎: GsaQuickDiagnosis.setInFixedGXF/setOutStat/setOptionalGenomeSequence/setRelax + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process；Gff3PhaseValidator + LengthAnomalyChecker 内部检查）
+ */
+public class GsaDiagCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: GsaDiagCli <in.fixed.gff3> <out.stat.xls> [genome.fasta] [relax] [--checkUTR]");
+            System.exit(1);
+        }
+        GsaQuickDiagnosis gqd = new GsaQuickDiagnosis();
+        gqd.setInFixedGXF(new File(args[0]));
+        gqd.setOutStat(new File(args[1]));
+        boolean checkUtr = false;
+        double relax = 0.5;
+        for (String a : args) {
+            if (a.equals("--checkUTR")) checkUtr = true;
+        }
+        if (args.length > 2 && !args[2].equals("--checkUTR")) {
+            File g = new File(args[2]);
+            if (g.exists()) gqd.setOptionalGenomeSequence(g);
+        }
+        if (args.length > 3 && !args[3].equals("--checkUTR")) {
+            try { relax = Double.parseDouble(args[3]); } catch (Exception e) {}
+        }
+        gqd.setRelax(relax);
+        gqd.setCheckUTR(checkUtr);
+        gqd.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GxfFilterCli.java

@@ -0,0 +1,39 @@
+import biocjava.bioDoer.GXFUtils.GXFfilter;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.HashSet;
+
+/**
+ * tbcli gxffilter — GFF 按 ID 列表过滤 CLI（08/31 第八十六波，工具 96）
+ *
+ * 用法: GxfFilterCli <in.gff3|gtf> <idList.txt> <out.gff3|gtf>
+ *   idList.txt: 每行一个基因/转录本 ID
+ *
+ * 引擎: GXFfilter.setInGXF/setIDList/setOutGXF + process()（main 硬编码演示 → setter+process）
+ *   （保留 ID 列表中基因/转录本及其子特征的子注释——基因家族子注释提取刚需）
+ */
+public class GxfFilterCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: GxfFilterCli <in.gff3|gtf> <idList.txt> <out.gff3|gtf>");
+            System.exit(1);
+        }
+        HashSet<String> ids = new HashSet<String>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(new File(args[1])));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            String t = line.trim();
+            if (!t.isEmpty()) ids.add(t);
+        }
+        br.close();
+        GXFfilter gf = new GXFfilter();
+        gf.setInGXF(new File(args[0]));
+        gf.setIDList(ids);
+        gf.setOutGXF(new File(args[2]));
+        gf.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2] + " (过滤 ID " + ids.size() + " 个)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/GxfSortCli.java

@@ -0,0 +1,23 @@
+import biocjava.bioDoer.GXFUtils.GXFfixer.GXFSort;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli gxfsort — GFF 按坐标排序 CLI（08/31 第八十五波，工具 95）
+ *
+ * 用法: GxfSortCli <in.gff3|gtf> <out.sorted>
+ *   in/out: 注释文件（按染色体+坐标排序，注释预处理刚需）
+ *
+ * 引擎: GXFSort.sortByPretty(File, File)（main 硬编码演示 → 实例方法直接调）
+ */
+public class GxfSortCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: GxfSortCli <in.gff3|gtf> <out.sorted>");
+            System.exit(1);
+        }
+        new GXFSort().sortByPretty(new File(args[0]), new File(args[1]));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/HclustCli.java

@@ -0,0 +1,43 @@
+import JJpolt2.Clustering.Hclust.Hclust;
+
+import java.io.File;
+import java.io.FileWriter;
+
+/**
+ * tbplot hclust — TBtools Hclust 聚类 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: HclustCli <expr.matrix.tsv> <out.nwk> [distMethod] [clusterMethod]
+ *   expr.matrix.tsv: 首列基因名 + 列样本名表头，其余数值
+ *   distMethod: 距离方法（默认 Euclidean，如 PearsonCorrelation / Manhattan 等）
+ *   clusterMethod: 聚类方法（默认 UPGA，如 NeighborJoining / ML / MP 等）
+ *
+ * 引擎: Hclust.buildDendrogram() 返回 Newick 字符串
+ * 注意: 此引擎输出 Newick 树文本（不是图）
+ */
+public class HclustCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: HclustCli <expr.tsv> <out.nwk> [distMethod] [clusterMethod]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+
+        Hclust hclust = new Hclust();
+        hclust.setDistanceMap(new File(inFile));
+        if (args.length > 2) {
+            hclust.setUseClusteringMethod(Hclust.Method.valueOf(args[2]));
+        }
+        // clusterMethod: 若提供，尝试设置（若无对应 setter 忽略）
+        String newick = hclust.buildDendrogram();
+        if (newick == null || newick.trim().isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: buildDendrogram 返回空");
+            System.exit(1);
+        }
+        FileWriter fw = new FileWriter(outFile);
+        fw.write(newick);
+        fw.close();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile + " (" + newick.length() + " chars)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/HeatmapCli.java

@@ -0,0 +1,89 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.HeatMap.heatmap;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Color;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot heatmap2 — TBtools 热图（引擎级，支持聚类/缩放/颜色映射）CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: HeatmapCli <expr.matrix.tsv> <out> [--options]
+ *   expr.matrix.tsv: 首列基因名 + 列名表头 + 数值
+ *   --options:
+ *     --log2 / --log10         对数变换
+ *     --rowScale               行归一化
+ *     --clusterRow / --clusterCol  行列聚类
+ *     --noRowNames / --noColNames  隐藏行列名
+ *     --noLegend / --noValue   隐藏图例/数值
+ *     --minColor r,g,b --midColor r,g,b --maxColor r,g,b
+ *     --width px --height px
+ *
+ * 引擎: HeatMap.heatmap.show() 返回 JIGBasePanel（GRAS 70基因×81样本验证 SVG 2.08MB，08/28）
+ */
+public class HeatmapCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: HeatmapCli <expr.tsv> <out> [--log2 --rowScale --clusterRow --clusterCol --width px --height px ...]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String exprFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        boolean log2 = false, log10 = false, rowScale = false, clusterRow = false, clusterCol = false;
+        boolean showRowNames = true, showColNames = true, showLegend = true, showValue = false;
+        int width = 1200, height = 1000;
+        Color minC = Color.BLUE, midC = Color.WHITE, maxC = Color.RED;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--log2")) log2 = true;
+            else if (args[i].equals("--log10")) log10 = true;
+            else if (args[i].equals("--rowScale")) rowScale = true;
+            else if (args[i].equals("--clusterRow")) clusterRow = true;
+            else if (args[i].equals("--clusterCol")) clusterCol = true;
+            else if (args[i].equals("--noRowNames")) showRowNames = false;
+            else if (args[i].equals("--noColNames")) showColNames = false;
+            else if (args[i].equals("--noLegend")) showLegend = false;
+            else if (args[i].equals("--showValue")) showValue = true;
+            else if (args[i].equals("--minColor") && i+1<args.length) minC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--midColor") && i+1<args.length) midC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxColor") && i+1<args.length) maxC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1<args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1<args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+
+        heatmap hm = new heatmap();
+        hm.setInExpFile(new File(exprFile));
+        if (log2) { hm.setLogScale(true); hm.setLogBase(2.0); }
+        else if (log10) { hm.setLogScale(true); hm.setLogBase(10.0); }
+        hm.setRowScale(rowScale);
+        hm.setClusterRow(clusterRow);
+        hm.setClusterCol(clusterCol);
+        hm.setShowRowNames(showRowNames);
+        hm.setShowColNames(showColNames);
+        hm.setShowlegend(showLegend);
+        hm.setShowValue(showValue);
+        hm.setMinValueColor(minC);
+        hm.setMidColor(midC);
+        hm.setMaxValueColor(maxC);
+        hm.setTotalGraphWidth(width);
+        hm.setTotalGraphHeight(height);
+
+        JIGBasePanel panel = hm.show();
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: show() 返回 null");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static Color parseColor(String s) {
+        try {
+            String[] rgb = s.split(",");
+            if (rgb.length == 3) return new Color(Integer.parseInt(rgb[0].trim()), Integer.parseInt(rgb[1].trim()), Integer.parseInt(rgb[2].trim()));
+        } catch (Exception e) {}
+        return Color.WHITE;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/HmmerSuiteCli.java

@@ -0,0 +1,47 @@
+/**
+ * tbplot hmmerSearch — Advanced HMMer Search CLI（插件 P00680 CLI 化）
+ *
+ * 用法: HmmerSuiteCli <target.fa> <hmmDb> <out.tsv>
+ *   target.fa: 待扫描序列（蛋白）
+ *   hmmDb:     HMM 数据库（.hmm，需 hmmpress 过或单 HMM 文件）
+ *   out.tsv:   解析后的 domtblout 结果表
+ *
+ * 引擎: HmmerSuite.HMMSearchWrapper（插件 jar），setIn* + process()。
+ *
+ * ⚠️ 已知插件缺陷 + 桥层规避：
+ *   插件对 inHMMDb 的跨目录 hard link（Files.createLink）**没有异常兜底**，
+ *   输入输出不同目录且跨文件系统时抛 FileSystemException 崩溃
+ *   （实测: /home vs /tmp 即触发）。规避: 把输入复制到输出目录，
+ *   使其与 outFile 同目录 → 插件跳过 link 分支。
+ *   二进制: 优先 plugins/lib/bin（随包/environment）；缺失回退系统 PATH。
+ */
+public class HmmerSuiteCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: HmmerSuiteCli <target.fa> <hmmDb> <out.tsv>");
+            System.exit(1);
+        }
+        java.io.File inSeq = new java.io.File(args[0]);
+        java.io.File inDb = new java.io.File(args[1]);
+        java.io.File out = new java.io.File(args[2]);
+        java.io.File outDir = out.getAbsoluteFile().getParentFile();
+        if (outDir == null) outDir = new java.io.File(".");
+        java.io.File tmpSeq = new java.io.File(outDir, inSeq.getName());
+        java.io.File tmpDb = new java.io.File(outDir, inDb.getName());
+        java.nio.file.Files.copy(inSeq.toPath(), tmpSeq.toPath(),
+                java.nio.file.StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
+        java.nio.file.Files.copy(inDb.toPath(), tmpDb.toPath(),
+                java.nio.file.StandardCopyOption.REPLACE_EXISTING);
+        tmpSeq.deleteOnExit();
+        tmpDb.deleteOnExit();
+
+        Object w = Class.forName("HmmerSuite.HMMSearchWrapper").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = w.getClass();
+        c.getMethod("setInSequence", java.io.File.class).invoke(w, tmpSeq);
+        c.getMethod("setInHMMDb", java.io.File.class).invoke(w, tmpDb);
+        c.getMethod("setOutFile", java.io.File.class).invoke(w, out);
+        c.getMethod("process").invoke(w);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/JgblocksCli.java

@@ -0,0 +1,65 @@
+import biocjava.bioIO.TrimMSA.Jgblocks;
+import biocjava.bioIO.TrimMSA.Jgblocks.GapTreatment;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot gblocks — Gblocks 保守区修剪 CLI（GUI 逆向 #30，09/20）
+ *
+ * 用法: JgblocksCli <in.aln.fa> <out.aln.fa> [--is 0.5] [--fs 0.85] [--cp 8]
+ *                   [--bl1 15] [--bl2 10] [--nongap 0.5] [--gaptreat none|half|all]
+ *   in:   比对后 FASTA
+ *   out:  修剪后比对（保守 block）
+ *   --is:      保守位点最小一致度（默认 0.5）
+ *   --fs:      高保守位点最小一致度（默认 0.85）
+ *   --cp:      非保守区最大连续长度（默认 8）
+ *   --bl1:     block 最小初始长度（默认 15）
+ *   --bl2:     block 最小最终长度（默认 10， flank 处理后）
+ *   --nongap:  定义 gap 的最大比例（默认 0.5）
+ *   --gaptreat: gap 处理（默认 half）
+ *
+ * 引擎: Jgblocks（纯 Java Gblocks 实现，非外部二进制；GUI 逆向：
+ *   JGblocksGUIPanel $3 StartButton 回调 → 6 setter + process()；
+ *   main() 仅 --inMSAfa/--outMSAfa 暴露，全参数须走 setter）
+ */
+public class JgblocksCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: JgblocksCli <in.aln.fa> <out.aln.fa> [--is 0.5] [--fs 0.85] [--cp 8] [--bl1 15] [--bl2 10] [--nongap 0.5] [--gaptreat none|half|all]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        Jgblocks jgb = new Jgblocks();
+        jgb.setIS(0.5); jgb.setFS(0.85); jgb.setCP(8);
+        jgb.setBL1(15); jgb.setBL2(10); jgb.setNonGapRatio(0.5);
+        jgb.setGapTreatment(GapTreatment.HALF);
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--is": jgb.setIS(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--fs": jgb.setFS(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--cp": jgb.setCP(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--bl1": jgb.setBL1(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--bl2": jgb.setBL2(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--nongap": jgb.setNonGapRatio(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--gaptreat":
+                    String g = args[++i].toLowerCase();
+                    if (g.equals("none")) jgb.setGapTreatment(GapTreatment.NONE);
+                    else if (g.equals("all")) jgb.setGapTreatment(GapTreatment.ALL);
+                    else jgb.setGapTreatment(GapTreatment.HALF);
+                    break;
+                default:
+                    System.err.println("警告: 忽略未知参数 " + args[i]);
+            }
+        }
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        jgb.setInMSAfa(inFile);
+        jgb.setOutMSAfa(outFile);
+        jgb.process();
+        System.err.println("[tbplot] Gblocks 修剪完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/KeggEnrichCli.java

@@ -0,0 +1,31 @@
+/**
+ * tbplot keggEnrich — KEGG 富集分析 CLI（G4 缺口补齐，WorkBuddy 2026-09-19 报告 §8）
+ *
+ * 用法: KeggEnrichCli <reference.keg> <annotation.tsv> <selectIds.txt> <out.xls>
+ *   reference.keg:  KEGG 参考通路层次文件（.keg，KEGG FTP 获取）
+ *   annotation.tsv: 背景注释（gene ↔ K number 对应表）
+ *   selectIds.txt:  目标基因集（每行一个 ID）
+ *   out.xls:        富集结果输出
+ *
+ * ⚠️ main() 硬编码路径——改走 4 setter + initializedBackground + conductEnrichment。
+ *    注意: 需要真实 .keg 参考文件才能完整验证（合成数据仅验证到参数接线）。
+ */
+public class KeggEnrichCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: KeggEnrichCli <reference.keg> <annotation.tsv> <selectIds.txt> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object k = Class.forName("biocjava.bioDoer.Kegg.AdvancedForEnrichment.KeggEnrichment")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = k.getClass();
+        c.getMethod("setInRefenceKeg", String.class).invoke(k, args[0]);
+        c.getMethod("setAnnotation", String.class).invoke(k, args[1]);
+        c.getMethod("setSelectIdsFile", String.class).invoke(k, args[2]);
+        c.getMethod("setOutFile", String.class).invoke(k, args[3]);
+        c.getMethod("initializedBackground").invoke(k);
+        c.getMethod("conductEnrichment").invoke(k);
+        System.err.println("[tbplot] KEGG 富集完成: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/LayoutHeatmapCli.java

@@ -0,0 +1,90 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.HeatMap.LayoutHeatmap;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.awt.Color;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot layoutheatmap — TBtools 布局热图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: LayoutHeatmapCli <layout.tsv> <expr.tsv> <out> [--options]
+ *   layout.tsv: 样本名矩阵（TSV，定义样本在热图中的布局位置；空位用 NA）
+ *   expr.tsv: 表达矩阵（首列基因名 + 样本名表头 + 数值）
+ *   --options: --cellWidth --cellHeight --yGap --log2 --log10 --rowScale --minColor r,g,b
+ *              --midColor r,g,b --maxColor r,g,b --nanColor r,g,b --noLegend --noValue --rename f --topLeft
+ *
+ * 引擎: LayoutHeatmap.plot() 返回 JIGSubPanel[]（3×3 布局+5 基因验证 SVG 67KB，08/28）
+ */
+public class LayoutHeatmapCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: LayoutHeatmapCli <layout.tsv> <expr.tsv> <out> [--options]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String layoutFile = args[0];
+        String exprFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        int cellWidth = 50, cellHeight = 50, yGap = 30;
+        boolean log2 = false, log10 = false, rowScale = false, showLegend = true, showValue = true;
+        Color minC = Color.BLUE, midC = Color.WHITE, maxC = Color.RED, nanC = Color.GRAY;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--cellWidth") && i+1<args.length) cellWidth = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--cellHeight") && i+1<args.length) cellHeight = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--yGap") && i+1<args.length) yGap = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--log2")) log2 = true;
+            else if (args[i].equals("--log10")) log10 = true;
+            else if (args[i].equals("--rowScale")) rowScale = true;
+            else if (args[i].equals("--noLegend")) showLegend = false;
+            else if (args[i].equals("--noValue")) showValue = false;
+            else if (args[i].equals("--minColor") && i+1<args.length) minC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--midColor") && i+1<args.length) midC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--maxColor") && i+1<args.length) maxC = parseColor(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--nanColor") && i+1<args.length) nanC = parseColor(args[++i]);
+        }
+
+        LayoutHeatmap hm = new LayoutHeatmap();
+        hm.setLayoutFile(new File(layoutFile));
+        hm.setInExpFile(new File(exprFile));
+        // 绕过引擎硬编码的 Windows 测试路径 I:\\TBtools用户测试数据\\...\\renamingInfo.txt
+        // （构造函数默认指向该不存在路径，plot() 读取时 FileNotFoundException）
+        File renamingFile = File.createTempFile("tbplot_renaming", ".txt");
+        renamingFile.deleteOnExit();
+        hm.setRenamingInfo(renamingFile);
+        hm.setCellWidth(cellWidth);
+        hm.setCellHeight(cellHeight);
+        hm.setyGap(yGap);
+        if (log2) { hm.setLogScale(true); hm.setLogBase(2.0); }
+        else if (log10) { hm.setLogScale(true); hm.setLogBase(10.0); }
+        hm.setRowScale(rowScale);
+        hm.setMinValueColor(minC);
+        hm.setMidColor(midC);
+        hm.setMaxValueColor(maxC);
+        hm.setNaNColor(nanC);
+        hm.setShowLegend(showLegend);
+        // 数值显示（若 setter 存在）
+        try { hm.getClass().getMethod("setShowValue", boolean.class).invoke(hm, showValue); } catch (Exception e) {}
+
+        JIGSubPanel[] panels = hm.plot();
+        if (panels == null || panels.length == 0) {
+            System.err.println("错误: plot() 返回空");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(1200, 800);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile + " (" + panels.length + " 面板)");
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static Color parseColor(String s) {
+        try {
+            String[] rgb = s.split(",");
+            if (rgb.length == 3) return new Color(Integer.parseInt(rgb[0].trim()), Integer.parseInt(rgb[1].trim()), Integer.parseInt(rgb[2].trim()));
+        } catch (Exception e) {}
+        return Color.WHITE;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/MCScanXCli.java

@@ -0,0 +1,80 @@
+import org.mcscanx.api.MCScanXAPI;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli mcscanx — 纯 Java MCScanX 共线性检测 + 重复基因分类 CLI（08/31 第六十八波）
+ *
+ * 用法:
+ *   MCScanXCli <gff> <blast> <outPrefix> [--html]              # 共线性检测
+ *   MCScanXCli classify <gff> <blast> <outPrefix>              # 重复基因分类（WGD/tandem 等）
+ *
+ *   gff:      简化 GFF（MCScanX 格式）
+ *   blast:    BLAST tab 结果（12 列，蛋白互相比对）
+ *   outPrefix: 输出前缀（生成 <prefix>.collinearity / .duptype）
+ *   --html:   可选生成 HTML 可视化
+ *
+ * 引擎: org.mcscanx.api.MCScanXAPI — 纯 Java 实现，无需外部 MCScanX 二进制
+ *   （GRAS WGD/共线性分析刚需；与外部 MCScanX 输出 100% 一致验证）
+ */
+public class MCScanXCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        // 模式 1: classify 子命令 → 重复基因分类
+        if (args.length >= 1 && args[0].equals("classify")) {
+            if (args.length < 4) {
+                System.err.println("用法: MCScanXCli classify <gff> <blast> <outPrefix>");
+                System.exit(1);
+            }
+            String gff = args[1];
+            String blast = args[2];
+            String outPrefix = args[3];
+            File gffFile = new File(gff);
+            File blastFile = new File(blast);
+            if (!gffFile.exists() || !blastFile.exists()) {
+                System.err.println("错误: 文件不存在: " + gff + " / " + blast);
+                System.exit(1);
+            }
+            // ⚠️ classifyDuplicateGenes(String) 的 String API 只设 geneTypeFile，但 validate 要求 collinearityFile → 必须用完整 InputFiles/OutputOptions API
+            org.mcscanx.config.InputFiles inputFiles = org.mcscanx.config.InputFiles.builder()
+                .gffFile(gffFile.getAbsolutePath())
+                .blastFile(blastFile.getAbsolutePath())
+                .build();
+            org.mcscanx.config.OutputOptions outputOptions = org.mcscanx.config.OutputOptions.builder()
+                .collinearityFile(outPrefix + ".collinearity")
+                .geneTypeFile(outPrefix + ".gene_type")
+                .build();
+            MCScanXAPI api = new MCScanXAPI();
+            MCScanXAPI.ClassificationResult cl = api.classifyDuplicateGenes(inputFiles, outputOptions);
+            File outGeneType = new File(outPrefix + ".gene_type");
+            System.err.println("[tbplot] 重复基因分类: " + (outGeneType.exists() ? outGeneType.getAbsolutePath() : "(未生成)"));
+            System.err.println("[tbplot] 分类结果文件: " + cl.getOutputFile());
+            System.exit(0);
+        }
+
+        // 模式 2: 共线性检测
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: MCScanXCli <gff> <blast> <outPrefix> [--html] | MCScanXCli classify <gff> <blast> <outPrefix>");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gff = args[0];
+        String blast = args[1];
+        String outPrefix = args[2];
+        boolean html = false;
+        for (String a : args) if (a.equals("--html")) html = true;
+
+        File gffFile = new File(gff);
+        File blastFile = new File(blast);
+        if (!gffFile.exists() || !blastFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 文件不存在: " + gff + " / " + blast);
+            System.exit(1);
+        }
+
+        MCScanXAPI api = new MCScanXAPI();
+        MCScanXAPI.SyntenyResult result = api.detectSynteny(gffFile.getAbsolutePath(), blastFile.getAbsolutePath(), outPrefix, html);
+
+        File outCollinearity = new File(outPrefix + ".collinearity");
+        System.err.println("[tbplot] 共线性结果: " + (outCollinearity.exists() ? outCollinearity.getAbsolutePath() : "(未生成)"));
+        System.err.println("[tbplot] blocks: " + result.getSegmentCount() + " segments");
+        System.exit(0);
+    }
+}