tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BatchVizMotifsCli.java

@@ -0,0 +1,47 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot memeViz — MEME motif 批量可视化 CLI（插件 P00700 CLI 化）
+ *
+ * 用法: BatchVizMotifsCli <meme.xml> <out.svg> [width] [height]
+ *   meme.xml: MEME suite 输出（meme.xml 格式）
+ *   out:      SVG/PNG/PDF 图
+ *
+ * 引擎: BatchVizMotifs.BatchVizMotifs（插件 jar），setInMEMEXml + process()
+ *   → JIGSubPanel[]（每个 motif 一个面板）→ JIGBasePanel 保存。
+ */
+public class BatchVizMotifsCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: BatchVizMotifsCli <meme.xml> <out.svg> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int width = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 1000;
+        int height = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 800;
+
+        Object engine = Class.forName("BatchVizMotifs.BatchVizMotifs")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = engine.getClass();
+        c.getMethod("setInMEMEXml", File.class).invoke(engine, new File(args[0]));
+        Method process = c.getMethod("process");
+        Object result = process.invoke(engine);
+        if (!(result instanceof JIGSubPanel[])) {
+            System.err.println("❌ process 未返回 JIGSubPanel[]");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGSubPanel[] panels = (JIGSubPanel[]) result;
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        File outf = new File(args[1]);
+        String low = args[1].toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1] + " (" + panels.length + " motif 面板)");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BlastXmlConvertCli.java

@@ -0,0 +1,45 @@
+import biocjava.bioIO.BlastXml.BlastXMLToPairwise;
+import biocjava.bioIO.BlastXml.BlastXmlToBlastFoolTable;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot xml2blasttab / xml2pairwise — BLAST XML 转表 CLI（GUI 逆向 #25，09/20）
+ *
+ * 用法: BlastXmlConvertCli <mode> <in.xml> <out.txt>
+ *   mode: blasttab  → BlastXmlToBlastFoolTable.xml2ShowerTable（BLAST 标准 m7 风格表）
+ *         pairwise  → BlastXMLToPairwise.parse（BLAST 网页 pairwise 对齐文本）
+ *
+ * 引擎: GUI 逆向 BlastXML2TableGUIPanel $3 四模式单选：
+ *   OutBlastTab→FoolTable / OutTBtoolsTab→SelfDefined（已有 blastXmlToTable）/
+ *   Summary→SummaryTable（已有 blastXmlSummaryTable）/ 默认→Pairwise
+ *   本桥补齐前两者缺的 FoolTable 和 Pairwise
+ */
+public class BlastXmlConvertCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: BlastXmlConvertCli <blasttab|pairwise> <in.xml> <out.txt>");
+            System.exit(1);
+        }
+        String mode = args[0];
+        File inXml = new File(args[1]);
+        File outTxt = new File(args[2]);
+        if (!inXml.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inXml.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        switch (mode) {
+            case "blasttab":
+                BlastXmlToBlastFoolTable.xml2ShowerTable(inXml, outTxt);
+                break;
+            case "pairwise":
+                BlastXMLToPairwise.parse(inXml, outTxt);
+                break;
+            default:
+                System.err.println("错误: 未知模式 " + mode + "（可选 blasttab|pairwise）");
+                System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] BLAST XML 转换完成(" + mode + "): " + outTxt.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/BlatExecutorCli.java

@@ -0,0 +1,66 @@
+import biocjava.bioDoer.BLAT.BlatExecutor;
+import org.ucsc.blat.api.BlatRunResult;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot blat — BLAT 序列比对 CLI（GUI 逆向 #42，09/21）
+ *
+ * 用法: BlatExecutorCli <db.fa> <query.fa> <out> [--format blast9|psl|pslx|axt|maf|sim4|wublast|blast|blast8]
+ *       [--minScore N] [--minIdentity 0.x] [--noHead] [--mode auto|dnadna|dnarna]
+ *       [--tileSize N] [--stepSize N] [--maxGap N] [--maxIntron N] [--extra "opts"]
+ *
+ * 引擎: BlatExecutor（GUI 逆向：BlatGUIPanel runBlatInBackground；
+ *   **org.ucsc.blat 纯 Java BLAT 实现内嵌 jar，无需外部二进制**；
+ *   main() 无 ArgsParser → 桥）
+ */
+public class BlatExecutorCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: BlatExecutorCli <db.fa> <query.fa> <out> [--format blast9] [--minScore N] [--minIdentity 0.x] [--noHead] [--mode auto|dnadna|dnarna] [--tileSize N] [--stepSize N] [--maxGap N] [--maxIntron N] [--extra \"opts\"]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File dbFile = new File(args[0]);
+        File queryFile = new File(args[1]);
+        File outFile = new File(args[2]);
+        BlatExecutor executor = new BlatExecutor();
+        executor.setDatabaseFile(dbFile);
+        executor.setQueryFile(queryFile);
+        executor.setOutputFile(outFile);
+        executor.setOutFormat("blast9");
+        executor.setAutoDetectMode(true);
+        StringBuilder extra = new StringBuilder();
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--format": executor.setOutFormat(args[++i]); break;
+                case "--minScore": executor.setMinScore(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--minIdentity": executor.setMinIdentity(Double.parseDouble(args[++i])); break;
+                case "--noHead": executor.setNoHead(true); break;
+                case "--mode":
+                    String m = args[++i].toLowerCase();
+                    if (m.equals("dnadna")) { executor.setAutoDetectMode(false); extra.append("-t=dna -q=dna "); }
+                    else if (m.equals("dnarna")) { executor.setAutoDetectMode(false); extra.append("-t=dna -q=rna "); }
+                    else executor.setAutoDetectMode(true);
+                    break;
+                case "--tileSize": executor.setTileSize(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--stepSize": executor.setStepSize(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--maxGap": executor.setMaxGap(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--maxIntron": executor.setMaxIntron(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--extra": extra.append(args[++i]); break;
+                default:
+                    System.err.println("警告: 忽略未知参数 " + args[i]);
+            }
+        }
+        if (!dbFile.exists() || !queryFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在");
+            System.exit(2);
+        }
+        if (extra.length() > 0) {
+            executor.setExtraOptionsRaw(extra.toString().trim());
+        }
+        BlatRunResult result = executor.run();
+        System.err.println("[tbplot] BLAT 比对完成: " + outFile.getAbsolutePath()
+                + (result != null ? "（" + result + "）" : ""));
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CalcRepeatCli.java

@@ -0,0 +1,62 @@
+import biocjava.bioDoer.repeatScoreCompute.calcRepeatScore;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot calcRepeat — TBtools 重复序列得分计算 CLI（tool 39，08/31 攻克）
+ *
+ * 用法: CalcRepeatCli <genome.fa> <outRepeat.txt> [--kmerSize N] [--minFreq N] [--threads N]
+ *   genome.fa: 基因组 FASTA
+ *   outRepeat.txt: 输出重复得分（chr\tstart\tend\tscore）
+ *
+ * 引擎: calcRepeatScore（需 jellyfish 可执行）
+ *   process() 内部用默认 numOfThreads=60 + -s 2000M 调 jellyfish count → 小数据/慢环境易挂
+ * 破解: 预生成 <genome>.<kmer>.kmer.jf 文件（ProcessBuilder 用合理线程数，参数 -m -L -C 同引擎），
+ *   process() 检测 .jf 已存在 → 跳过内部 jellyfish count → JellyfishServer 直接 query → 输出得分
+ */
+public class CalcRepeatCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: CalcRepeatCli <genome.fa> <outRepeat.txt> [--kmerSize N] [--minFreq N] [--threads N]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFa = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        int kmerSize = 15, minFreq = 2, threads = 4;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--kmerSize") && i+1<args.length) kmerSize = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--minFreq") && i+1<args.length) minFreq = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--threads") && i+1<args.length) threads = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+
+        // 预生成 .jf（引擎命名: <genome>.<kmer>.kmer.jf）
+        File jf = new File(inFa + "." + kmerSize + ".kmer.jf");
+        if (!jf.exists()) {
+            System.err.println("[tbplot] 生成 jellyfish 计数: " + jf.getAbsolutePath());
+            ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("jellyfish", "count",
+                    "-m", String.valueOf(kmerSize),
+                    "-s", "100M",
+                    "-t", String.valueOf(threads),
+                    "-L", String.valueOf(minFreq),
+                    "-C",
+                    inFa, "-o", jf.getAbsolutePath());
+            pb.redirectErrorStream(true);
+            Process p = pb.start();
+            p.waitFor();
+            if (!jf.exists()) {
+                System.err.println("错误: jellyfish count 失败");
+                System.exit(1);
+            }
+        }
+
+        // 调引擎 process()
+        calcRepeatScore c = new calcRepeatScore();
+        c.setInGenomeSequence(new File(inFa));
+        c.setOutRepeatFile(new File(outFile));
+        c.setKmerSize(kmerSize);
+        c.setMinFreq(minFreq);
+        c.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CalculateSimilarityCli.java

@@ -0,0 +1,34 @@
+import biocjava.bioDoer.Aligner.SequenceSimilarityMatrix.CalculateSimilarity;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot protsim — 蛋白两两相似度矩阵 CLI（GUI 逆向 #24，09/20）
+ *
+ * 用法: CalculateSimilarityCli <pep.fa> <out.matrix>
+ *   in:  蛋白 FASTA（多条序列）
+ *   out: 两两相似度矩阵（百分比）
+ *
+ * 引擎: CalculateSimilarity（GUI 逆向：ProteinPairwiseSimilarityMatrixGUIPanel $1
+ *   → setInFile/setOutSimMat/process，main() 硬编码路径无 ArgsParser）
+ */
+public class CalculateSimilarityCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: CalculateSimilarityCli <pep.fa> <out.matrix>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        CalculateSimilarity cs = new CalculateSimilarity();
+        cs.setInFile(inFile);
+        cs.setOutSimMat(outFile);
+        cs.process();
+        System.err.println("[tbplot] 相似度矩阵完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CddMotifCli.java

@@ -0,0 +1,46 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromCDDResult;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli cddmotif — CDD 保守域模式图 CLI（08/31 第七十九波，引擎 121）
+ *
+ * 用法: CddMotifCli <cdd.hitdata.txt> <in.fasta> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]
+ *   cdd.hitdata.txt: NCBI Batch CD-search hitsConcise 结果（# 注释头 + Query/Hit type/PSSM-ID/From/To/... 表）
+ *   in.fasta:       蛋白序列（ID 与 hitdata 的 Query 一致）
+ *   newick.treefile: 可选进化树（排序基因）
+ *
+ * 引擎: DrawMotifPatternFromCDDResult.setInFile/setInFasta + postGraph(newick, jigPanel) → JIGSubPanel
+ *   （论文级 CDD 保守域模式图；GRAS 真实 hitdata.txt 验证）
+ */
+public class CddMotifCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: CddMotifCli <cdd.hitdata.txt> <in.fasta> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String newick = "";
+        if (args.length > 3) {
+            File tf = new File(args[3]);
+            if (tf.exists()) newick = new String(java.nio.file.Files.readAllBytes(tf.toPath()), "UTF-8").trim();
+        }
+
+        DrawMotifPatternFromCDDResult dmp = new DrawMotifPatternFromCDDResult();
+        dmp.setInFile(new File(args[0]));
+        dmp.setInFasta(new File(args[1]));
+
+        JIGBasePanel jigPanel = new JIGBasePanel(1200, 1000);
+        JIGSubPanel sp = dmp.postGraph(newick, jigPanel);
+        jigPanel.addSubPanel(sp);
+
+        String out = args[2];
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) jigPanel.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) jigPanel.save2PDF(new File(out));
+        else jigPanel.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CircleGeneViewerCli.java

@@ -0,0 +1,81 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Circos.CircleGeneViewer;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot circlegene — TBtools 环形基因位置图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: CircleGeneViewerCli <gff> <geneID.txt> <out> [--rename f] [--link f] [--rankedChr f] [--onlyMapped true|false]
+ *   gff: 基因注释 GFF（含 mRNA 行）
+ *   geneID.txt: mRNA ID 列表（每行一个，可第二列 1/0 控制颜色）
+ *   --rename: 基因重命名文件（可选）
+ *   --link: 基因对文件 (GeneA\tGeneB\t[r,g,b]) 绘制共线性链接（可选）
+ *   --rankedChr: 染色体排序列表（可选）
+ *
+ * 引擎: CircleGeneViewer（process() 内部 JFrame 弹窗；核心 JIGCircos.plot() 返回 JIGSubPanel）
+ * 方案: 窗口遍历 —— process() 后遍历 Window 找 JIGBasePanel 再保存
+ *       （GRAS 13 染色体+40 基因+6 同源 link 验证 SVG 25KB，08/28）
+ */
+public class CircleGeneViewerCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: CircleGeneViewerCli <gff> <geneID.txt> <out> [--rename f] [--link f] [--rankedChr f] [--onlyMapped true|false]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gffFile = args[0];
+        String idFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        File renameFile = null, linkFile = null, rankedChrFile = null;
+        boolean onlyMapped = false, showLabel = true;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--rename") && i+1<args.length) renameFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--link") && i+1<args.length) linkFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--rankedChr") && i+1<args.length) rankedChrFile = new File(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--onlyMapped") && i+1<args.length) onlyMapped = Boolean.parseBoolean(args[++i]);
+        }
+
+        CircleGeneViewer cgv = new CircleGeneViewer();
+        cgv.setGffFile(new File(gffFile));
+        cgv.setGeneIDFile(new File(idFile));
+        if (renameFile != null && renameFile.exists()) cgv.setGeneRenameFile(renameFile);
+        if (linkFile != null && linkFile.exists()) cgv.setDupGenePairInfoFile(linkFile);
+        if (rankedChrFile != null && rankedChrFile.exists()) cgv.setRankedChrListFile(rankedChrFile);
+        cgv.setOnlyShowChrContainGenes(onlyMapped);
+        cgv.process(); // 内部 JFrame 弹窗 + JIGBasePanel
+
+        // 窗口遍历
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) { panel = found; break; }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof Container) {
+            Component[] comps = ((Container) c).getComponents();
+            for (Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CircosCli.java

@@ -0,0 +1,76 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Circos.AmazingSimpleCircos;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot circos — TBtools Circos 共线性环形图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: CircosCli <chrLen.txt> <link.txt> <genePos.txt> <out> [width] [height]
+ *   chrLen.txt: ChrID\tLength（每行一条染色体）
+ *   link.txt:   chrA sA eA chrB sB eB [color]（共线性连线，可空文件）
+ *   genePos.txt: Chr\tGene\tStart\tEnd [color]（基因位置，可空文件）
+ *   out: 输出 SVG/PNG
+ *
+ * 引擎: AmazingSimpleCircos（process() 内部解析 3 文件 → JIGCircosAdvanced.plot() → JFrame）
+ * 方案: 窗口遍历 —— process() 后遍历 Window 找 JIGBasePanel 再保存
+ *       （08/28 原 CircosCli：JIGCircosAdvanced.plot，30 连线验证）
+ */
+public class CircosCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: CircosCli <chrLen.txt> <link.txt> <genePos.txt> <out> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String chrLenFile = args[0];
+        String linkFile = args[1];
+        String genePosFile = args[2];
+        String outFile = args[3];
+
+        File linkF = new File(linkFile);
+        File geneF = new File(genePosFile);
+        if (!linkF.exists()) { linkF = File.createTempFile("empty_link", ".txt"); linkF.deleteOnExit(); }
+        if (!geneF.exists()) { geneF = File.createTempFile("empty_gene", ".txt"); geneF.deleteOnExit(); }
+
+        AmazingSimpleCircos circos = new AmazingSimpleCircos();
+        circos.setInChrInfo(new File(chrLenFile));
+        circos.setLinkInfo(linkF);
+        circos.setGeneInfo(geneF);
+        circos.setLeftUpSpace(30);
+        circos.process(); // 内部 JFrame 弹窗 + JIGBasePanel
+
+        // 窗口遍历
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) { panel = found; break; }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel（检查输入文件格式）");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof Container) {
+            Component[] comps = ((Container) c).getComponents();
+            for (Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/ColorSchemeCli.java

@@ -0,0 +1,29 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.ColorSchemeGenerator.ColorSchemeGenerator;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli colorscheme — 表格分组着色 CLI（08/31 第七十四波）
+ *
+ * 用法: ColorSchemeCli <in.tab> <out.tab> <refColIndex(1-based)>
+ *   in.tab: 输入表（任意列，取第 refColIndex 列为分组键）
+ *   out.tab: 输出 = 原表 + RGB 颜色列（如 255,0,0）
+ *
+ * 引擎: ColorSchemeGenerator.setInTab/setOutTab/setRefColIndex + process()
+ *   （⚠️ isContinue/predifinedColorFile 无 setter——固定走随机色板分支）
+ */
+public class ColorSchemeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: ColorSchemeCli <in.tab> <out.tab> <refColIndex(1-based)>");
+            System.exit(1);
+        }
+        ColorSchemeGenerator csg = new ColorSchemeGenerator();
+        csg.setInTab(new File(args[0]));
+        csg.setOutTab(new File(args[1]));
+        csg.setRefColIndex(Integer.parseInt(args[2]) - 1);
+        csg.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CtgGroupCli.java

@@ -0,0 +1,29 @@
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot ctgGroup — miniprot 等位基因 contig 分组 CLI（08/29，第 72 引擎）
+ *
+ * 用法: CtgGroupCli <in.miniprot.gff> <polyPoid> <outContigGrpMap>
+ *   in.miniprot.gff: miniprot --gff 输出（蛋白→contigs）
+ *   polyPoid: 目标倍性；outContigGrpMap: contig → 同源组
+ *
+ * 组装辅助链: miniprot → CtgGroupCli → HomoConflictBasedPartition(自带CLI) → SeperateChrByAlleles
+ * ⚠️ main() 硬编码路径——改走 setInMiniprotGff/setPloyPoid/setOutContigGrpMap + process()。
+ */
+public class CtgGroupCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: CtgGroupCli <in.miniprot.gff> <polyPoid> <outContigGrpMap>");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object o = Class.forName("biocjava.bioDoer.GenomeAssembly.ContigGroupByAlleleMap")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = o.getClass();
+        c.getMethod("setInMiniprotGff", File.class).invoke(o, new File(args[0]));
+        c.getMethod("setPloyPoid", int.class).invoke(o, Integer.parseInt(args[1]));
+        c.getMethod("setOutContigGrpMap", File.class).invoke(o, new File(args[2]));
+        c.getMethod("process").invoke(o);
+        System.err.println("[tbplot] contig 等位分组完成: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/CubeHeatmapCli.java

@@ -0,0 +1,70 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.HeatMap.CubeHeatMap;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot cubeheatmap — TBtools 3D 立方体热图 CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: CubeHeatmapCli <expr.tsv> <group.tsv> <out> [--log10] [--minColor r,g,b] [--midColor r,g,b] [--maxColor r,g,b]
+ *   expr.tsv: 表达矩阵（首列基因名 + 样本名表头 + 数值）
+ *   group.tsv: Sample\tFirstDim\tSecondDim（定义 3D 三面维度）
+ *
+ * 引擎: CubeHeatMap（plot() 内部 JIGUtils.quickShow 创建窗口，不返回 panel）
+ * 方案: 窗口遍历 —— plot() 后遍历 Window 找 JIGBasePanel 再保存
+ *       （08/28 原 CubeHeatmapCli 同方案，需 -Xmx4g 避免 quickShow OOM）
+ */
+public class CubeHeatmapCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: CubeHeatmapCli <expr.tsv> <group.tsv> <out> [--log10] [--minColor r,g,b] [--midColor r,g,b] [--maxColor r,g,b]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String exprFile = args[0];
+        String groupFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        boolean log10 = false;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--log10")) log10 = true;
+        }
+
+        CubeHeatMap cube = new CubeHeatMap();
+        cube.setInExpFile(new File(exprFile));
+        cube.setInGroupFile(new File(groupFile));
+        cube.plot(); // 内部 quickShow 创建窗口
+
+        // 窗口遍历
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) { panel = found; break; }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof Container) {
+            Component[] comps = ((Container) c).getComponents();
+            for (Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/DeHistCli.java

@@ -0,0 +1,46 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot dehist — 差异表达双直方图 CLI（G5 死命令修复）
+ *
+ * 用法: DeHistCli <deg.tsv> <out.svg> [width] [height]
+ *   deg.tsv: 差异表达统计表（gene + log2FC 等数值列）
+ *
+ * 背景: cli.py 原注册类 biocjava...DiffExp.DualHistPlot.DiffExpDualHistPlot
+ *   在 2.535 jar 中不存在（tbtools doctor 死命令探测发现）；真实类为
+ *   biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.RNAseqViz.DiffExpDualHistPlot，
+ *   其 main() 硬编码作者机器路径 → 走 process(File)→JIGSubPanel[] 桥。
+ */
+public class DeHistCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: DeHistCli <deg.tsv> <out.svg> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int width = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 1000;
+        int height = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 800;
+
+        Object engine = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.RNAseqViz.DiffExpDualHistPlot")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Method process = engine.getClass().getMethod("process", File.class);
+        Object result = process.invoke(engine, new File(args[0]));
+        if (!(result instanceof JIGSubPanel[])) {
+            System.err.println("❌ process 未返回 JIGSubPanel[]");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGSubPanel[] panels = (JIGSubPanel[]) result;
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        for (JIGSubPanel p : panels) base.addSubPanel(p);
+        File outf = new File(args[1]);
+        String low = args[1].toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1] + " (" + panels.length + " 面板)");
+        System.exit(0);
+    }
+}