tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PeakDistCli.java

@@ -0,0 +1,58 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.MACS2viz.peakDistribution;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot peakdist — TBtools Peak 染色体分布图 CLI（08/29 新增，第 26 引擎）
+ *
+ * 用法: PeakDistCli <chrLen.tsv> <macs2_peak.xls> <out> [--chrHeight H] [--topLenRank N] [--width W] [--height H]
+ *   chrLen.tsv: Chr\tLength（染色体长度）
+ *   macs2_peak.xls: MACS2 peaks 表格（chr/start/end 列）
+ *
+ * 引擎: peakDistribution（process() 是 private，用反射 setAccessible 调用）
+ *   setInChrLen + setInMACS2Peak + process() -> JIGSubPanel -> save2Graph
+ */
+public class PeakDistCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: PeakDistCli <chrLen.tsv> <macs2_peak.xls> <out> [--chrHeight H] [--topLenRank N] [--width W] [--height H]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String chrLenFile = args[0];
+        String peakFile = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        double chrHeight = 0.3;
+        int topLenRank = 12;
+        int width = 1000, height = 800;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--chrHeight") && i+1<args.length) chrHeight = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--topLenRank") && i+1<args.length) topLenRank = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--width") && i+1<args.length) width = Integer.parseInt(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--height") && i+1<args.length) height = Integer.parseInt(args[++i]);
+        }
+
+        peakDistribution pd = new peakDistribution();
+        pd.setInChrLen(new File(chrLenFile));
+        pd.setInMACS2Peak(new File(peakFile));
+        // process() 是 private，反射调用
+        Method m = peakDistribution.class.getDeclaredMethod("process");
+        m.setAccessible(true);
+        JIGSubPanel panel = (JIGSubPanel) m.invoke(pd);
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: process() 返回 null");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(width, height);
+        base.addSubPanel(panel);
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/Pep2CodonCli.java

@@ -0,0 +1,26 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.pepAln2CodonAln;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli pep2codon — 蛋白比对回译密码子比对 CLI（08/31 第八十二波，工具 91）
+ *
+ * 用法: Pep2CodonCli <cds.fa> <pep.aln.fa> <codon.aln.out>
+ *   cds.fa:       CDS 序列（ID 与 pep.aln 一致）
+ *   pep.aln.fa:   蛋白比对（含 gap 的比对结果）
+ *   codon.aln.out: 输出密码子比对（Ka/Ks 分析输入）
+ *
+ * 引擎: pepAln2CodonAln.transformat(File, File, File) —— 静态方法直接调用（main 硬编码演示）
+ *   （PairWiseKaKsCalculator 内部回译逻辑的独立版——Ka/Ks 分析刚需）
+ */
+public class Pep2CodonCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: Pep2CodonCli <cds.fa> <pep.aln.fa> <codon.aln.out>");
+            System.exit(1);
+        }
+        pepAln2CodonAln.transformat(new File(args[0]), new File(args[1]), new File(args[2]));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PfamMotifCli.java

@@ -0,0 +1,43 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawMotifPatternFromPfamResult;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli pfammotif — Pfam 保守域模式图 CLI（08/31 第八十一波，引擎 123）
+ *
+ * 用法: PfamMotifCli <pfamscan.txt> <in.fasta> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]
+ *   pfamscan.txt: PfamScan/pfam_scan.pl 16 列输出（seqid alnStart alnEnd envStart envEnd hmmAcc hmmName type hmmStart hmmEnd hmmLen bitscore evalue ...）
+ *   in.fasta:     蛋白序列（ID 与 pfamscan 一致）
+ *   newick.treefile: 可选进化树
+ *
+ * 引擎: DrawMotifPatternFromPfamResult.setInFile/setInFasta + postGraph(newick, jigPanel) → JIGSubPanel
+ *   （⚠️ 委托 PfamDomainHitsTableParser，期望 PfamScan 16/15 列；可用 hmmscan --domtblout 转换）
+ */
+public class PfamMotifCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: PfamMotifCli <pfamscan.txt> <in.fasta> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String newick = "";
+        if (args.length > 3) {
+            File tf = new File(args[3]);
+            if (tf.exists()) newick = new String(java.nio.file.Files.readAllBytes(tf.toPath()), "UTF-8").trim();
+        }
+        DrawMotifPatternFromPfamResult dmp = new DrawMotifPatternFromPfamResult();
+        dmp.setInFile(new File(args[0]));
+        dmp.setInFasta(new File(args[1]));
+        JIGBasePanel jigPanel = new JIGBasePanel(1200, 1000);
+        JIGSubPanel sp = dmp.postGraph(newick, jigPanel);
+        jigPanel.addSubPanel(sp);
+        String out = args[2];
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) jigPanel.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) jigPanel.save2PDF(new File(out));
+        else jigPanel.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PhyloTreeCli.java

@@ -0,0 +1,92 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.PhyloTreeMan;
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.PhyloTreeNode;
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.newickParser.PhyloTreeView;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+
+/**
+ * tbplot phylotree — 系统发育树视图 CLI（08/31 第五十一波）
+ *
+ * 用法: PhyloTreeCli <in.nwk> <out> [vertical] [width] [height]
+ *   in.nwk: Newick 树文件（支持枝长）
+ *   out:    .svg / .png / .pdf
+ *   vertical: true=纵向（默认 false 横向）
+ *
+ * 引擎: PhyloTreeMan.build() → calcForPlotEignine() 生成 TreeTab →
+ *       PhyloTreeView.showTree() 返回 JIGSubPanel
+ *       （08/29 误判「需 TreeTab 格式跳过」——实际 build 直接吃 newick，
+ *         calcForPlotEignine 内部自动算坐标；08/31 复核攻下）
+ */
+public class PhyloTreeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: PhyloTreeCli <in.nwk> <out> [vertical] [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String nwkFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        boolean vertical = args.length > 2 && Boolean.parseBoolean(args[2]);
+        int width = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 800;
+        int height = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 1400;
+
+        // 读 newick（合并多行）
+        StringBuilder sb = new StringBuilder();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(nwkFile));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) sb.append(line.trim());
+        br.close();
+        String nwk = sb.toString().trim();
+        if (nwk.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: newick 为空");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        PhyloTreeMan ptm = new PhyloTreeMan();
+        PhyloTreeNode root = ptm.build(nwk);
+        ptm.setTranFormType(PhyloTreeMan.TreeBranchTranForm.Origin);
+
+        File tab = File.createTempFile("TBtools", ".tmpTreeTab");
+        ptm.calcForPlotEignine(root, tab);
+
+        // 枝长和为 0 → 自动降级 Cladogram（复刻 quickPlotTree 逻辑）
+        double sumBranchLength = 0.0;
+        BufferedReader br2 = new BufferedReader(new FileReader(tab));
+        String l2;
+        while ((l2 = br2.readLine()) != null) {
+            String[] cols = l2.split("\t");
+            if (cols.length > 2 && !"NaN".equals(cols[2])) {
+                try { sumBranchLength += Double.parseDouble(cols[2]); } catch (Exception e) {}
+            }
+        }
+        br2.close();
+        if (sumBranchLength == 0.0) {
+            System.err.println("[tbplot] 枝长和为 0，自动转 Cladogram");
+            ptm.setTranFormType(PhyloTreeMan.TreeBranchTranForm.Cladogram);
+            ptm.calcForPlotEignine(root, tab);
+        }
+
+        JIGBasePanel jigPanel = new JIGBasePanel(width, height);
+        PhyloTreeView ptv = new PhyloTreeView();
+        ptv.setShowBranchLabel(true);
+        ptv.setPlotAxis(true);
+        ptv.setShowNodeName(true);
+        ptv.setShowHolderNodeName(false);
+        ptv.setVertical(vertical);
+
+        JIGSubPanel treePanel = ptv.showTree(tab, jigPanel);
+        jigPanel.addSubPanel(treePanel);
+
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) jigPanel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) jigPanel.save2PDF(new File(outFile));
+        else jigPanel.save2SVG(new File(outFile));
+
+        tab.delete();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PileUpCli.java

@@ -0,0 +1,55 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.BlastVisulization.ncbiPileUpPlot;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+import biocjava.bioIO.BlastXml.BlastXmlReader;
+import biocjava.bioIO.BlastXml.Iteration;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot pileup — TBtools BLAST pile-up 可视化 CLI（08/29，第 44 引擎）
+ *
+ * 用法: PileUpCli <blast.xml> <out.svg> [--query NAME]
+ *   blast.xml: BLAST XML 输出（BLAST+ -outfmt 5）
+ *   --query: 指定 query（缺省自动选第一个）
+ *
+ * 引擎: ncbiPileUpPlot.showIteration(Iteration)（绕过 GUI 弹窗，自动选 query）
+ */
+public class PileUpCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: PileUpCli <blast.xml> <out.svg> [--query NAME]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String xmlFile = args[0], out = args[1];
+        String queryName = null;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--query") && i+1 < args.length) queryName = args[++i];
+        }
+        // 读 BLAST XML，取指定/第一个 query
+        BlastXmlReader bxr = new BlastXmlReader();
+        bxr.setTargetFile(new File(xmlFile));
+        Iteration target = null;
+        while (bxr.hasNext()) {
+            Iteration iter = bxr.getNextIteration();
+            if (queryName == null || iter.getQueryDef().equals(queryName)) {
+                target = iter;
+                break;
+            }
+        }
+        bxr.close();
+        if (target == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 query" + (queryName != null ? " " + queryName : ""));
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("绘图 query: " + target.getQueryDef() + " len=" + target.getQueryLen());
+        JIGSubPanel panel = ncbiPileUpPlot.showIteration(target);
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(900, 600);
+        base.addSubPanel(panel);
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(out));
+        else base.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PlantCAREResultClassifyCli.java

@@ -0,0 +1,36 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.PlantCAREResult.PlantCAREResultClassify;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot careclassify — PlantCARE 顺式元件结果分类 CLI（GUI 逆向 #22，09/20）
+ *
+ * 用法: PlantCAREResultClassifyCli <plantcare.tab> <out.xls>
+ *   in:  PlantCARE 网站输出 .tab（第 8 列 = motif/site 名）
+ *   out: 原行 + 追加「大类\t亚类」两列（如 TF\tMYB Binding Site）
+ *
+ * 引擎: PlantCAREResultClassify（GUI 逆向：PlantCAREResultClassifyGUIPanel $1
+ *   → setInPlantCAREResultFile/setOutClassifyFile/process，main() 硬编码路径）
+ * 原理: jar 内置 97 类分类表（Phytohormone/Environment/Tissue/TF/Common），
+ *   按第 8 列 motif 名查表追加；查不到填 NA\tNA
+ */
+public class PlantCAREResultClassifyCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: PlantCAREResultClassifyCli <plantcare.tab> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        PlantCAREResultClassify pcrc = new PlantCAREResultClassify();
+        pcrc.setInPlantCAREResultFile(inFile);
+        pcrc.setOutClassifyFile(outFile);
+        pcrc.process();
+        System.err.println("[tbplot] PlantCARE 分类完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/PubmedSearchCli.java

@@ -0,0 +1,25 @@
+import biocjava.bioWeb.Pubmed.PubmedSearch;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot pubmed — PubMed 文献检索汇总 CLI（GUI 逆向 #45，09/21）
+ *
+ * 用法: PubmedSearchCli <query> <out.xls>
+ *   query: PubMed 检索式（如 "GRAS transcription factor plant"）
+ *   out:   文献汇总表（期刊/标题/年份/影响因子/DOI 等）
+ *
+ * 引擎: PubmedSearch.process(query, file)（GUI 逆向：PubmedSummaryGUIPanel $2；
+ *   ⚠️ 联网 NCBI PubMed eutils；main() 硬编码演示查询）
+ */
+public class PubmedSearchCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: PubmedSearchCli <query> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        new PubmedSearch().process(args[0], new File(args[1]));
+        System.err.println("[tbplot] PubMed 检索完成: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QpcrCli.java

@@ -0,0 +1,69 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.qPCRBarPlot.barPlotWithErrorBar;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Window;
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot qpcr — TBtools qPCR 柱状图（带误差棒）CLI（08/29 重建）
+ *
+ * 用法: QpcrCli <data.txt> <out.svg/png> [width] [height]
+ *   data.txt: name\tmean\tsd（每行一个样本/处理）
+ *
+ * 引擎: barPlotWithErrorBar（plot() 只弹窗不返回 panel）
+ * 方案: 窗口遍历 —— plot() 后遍历所有 java.awt.Window 找到 JIGBasePanel 再保存
+ *       （参考 08/28 原 QpcrCli 的窗口遍历方案）
+ */
+public class QpcrCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: QpcrCli <data.txt> <outFile> [width] [height]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inFile = args[0];
+        String outFile = args[1];
+
+        barPlotWithErrorBar plotter = new barPlotWithErrorBar();
+        plotter.setInFile(new File(inFile));
+        plotter.plot(); // 内部 setVisible 弹窗（xvfb 下无显示但仍创建 Window）
+
+        // 窗口遍历：找 JIGBasePanel
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) {
+                panel = found;
+                break;
+            }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel（可能绘图失败）");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) {
+            panel.save2PNG(new File(outFile));
+        } else if (low.endsWith(".pdf")) {
+            panel.save2PDF(new File(outFile));
+        } else {
+            panel.save2SVG(new File(outFile));
+        }
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(java.awt.Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof java.awt.Container) {
+            java.awt.Component[] comps = ((java.awt.Container) c).getComponents();
+            for (java.awt.Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QpcrDdctCli.java

@@ -0,0 +1,28 @@
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot qpcrDdct — qPCR 相对定量（ΔΔCt）CLI（08/29，第 58 引擎）
+ *
+ * 用法: QpcrDdctCli <in.qpcr.tab> <out.xls>
+ *   in.qpcr.tab: tab 分隔 3 列（基因名\t对照Ct\t实验Ct），同名多行取平均
+ *   out.xls: 相对表达量（2^-ΔΔCt 等）
+ *
+ * ⚠️ main() 硬编码路径——改走 setInqPCRTabFile/setOutProcessedFile + process()。
+ *    多基因重复样本自动平均。TBtools 官方用于 qPCR 相对定量。
+ */
+public class QpcrDdctCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: QpcrDdctCli <in.qpcr.tab> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object o = Class.forName("biocjava.bioDoer.LinuxPipe.SimpleQPCRProcessser")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = o.getClass();
+        c.getMethod("setInqPCRTabFile", File.class).invoke(o, new File(args[0]));
+        c.getMethod("setOutProcessedFile", File.class).invoke(o, new File(args[1]));
+        c.getMethod("process").invoke(o);
+        System.err.println("[tbplot] qPCR 相对定量完成: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QpcrProcCli.java

@@ -0,0 +1,28 @@
+import biocjava.bioDoer.LinuxPipe.SimpleQPCRProcessser;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli qpcrproc — qPCR 相对表达分析 CLI（08/31 第八十七波，工具 97）
+ *
+ * 用法: QpcrProcCli <in.qpcr.tab> <out.xls>
+ *   in.qpcr.tab: Sample\tRefCt\tExpCt（列1=内参基因 Ct，列2=目标基因 Ct；同样本多行求均值）
+ *   out.xls: Sample\tMean\tStdev（2^-ΔΔCt 相对表达）
+ *
+ * 引擎: SimpleQPCRProcessser.setInqPCRTabFile/setOutProcessedFile + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process；qPCR 数据分析，与绘图类 qpcr 互补）
+ */
+public class QpcrProcCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: QpcrProcCli <in.qpcr.tab> <out.xls>");
+            System.exit(1);
+        }
+        SimpleQPCRProcessser sqp = new SimpleQPCRProcessser();
+        sqp.setInqPCRTabFile(new File(args[0]));
+        sqp.setOutProcessedFile(new File(args[1]));
+        sqp.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QuickGenomeDotCli.java

@@ -0,0 +1,66 @@
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+import java.lang.reflect.Method;
+
+/**
+ * tbplot qdot — Quick Genome Dot Plot CLI（插件 P00380 CLI 化）
+ *
+ * 用法: QuickGenomeDotCli <blast.tab> <in.gff> <chrLayout.txt> <out.svg> [--point-size N] [--high N] [--mid N] [--low N] [--highlight genes.txt]
+ *   blast.tab:    基因对比对结果（diamond 输出，mcscanxd 已产 <g1>vs<g2>.blast）
+ *   in.gff:       合并 GFF（mcscanxd 产出 <g1>vs<g2>.gff）
+ *   chrLayout.txt: 染色体布局（mcscanxd 产出 *.ChrLayout.tab.xls）
+ *   out:          输出 SVG/PNG/PDF
+ *
+ * 背景: 插件 QuickGenomeDotPlot.process() 尾部调用 JIGUtils.quickShow（GUI 弹窗），
+ *   headless 下抛 HeadlessException（实测）。其上游 diamond blast + MCScanX 已由
+ *   mcscanxd 完成——本桥直接驱动 dotdotdot 引擎（setChrLayoutFile/setGenePair/setInGff
+ *   + process()→JIGSubPanel→JIGBasePanel 保存），绕开 quickShow。
+ */
+public class QuickGenomeDotCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: QuickGenomeDotCli <blast.tab> <in.gff> <chrLayout.txt> <out.svg> [--point-size N] [--high N] [--mid N] [--low N] [--highlight genes.txt]");
+            System.exit(1);
+        }
+        double pointSize = 2.0, high = 0.8, mid = 0.5, low = 0.1;
+        String highlight = null;
+        for (int i = 4; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--point-size") && i+1 < args.length) pointSize = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--high") && i+1 < args.length) high = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--mid") && i+1 < args.length) mid = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--low") && i+1 < args.length) low = Double.parseDouble(args[++i]);
+            else if (args[i].equals("--highlight") && i+1 < args.length) highlight = args[++i];
+        }
+        Object e = Class.forName("biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.DotPlot.dotdotdot").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = e.getClass();
+        c.getMethod("setGenePair", File.class).invoke(e, new File(args[0]));
+        c.getMethod("setInGff", File.class).invoke(e, new File(args[1]));
+        c.getMethod("setChrLayoutFile", File.class).invoke(e, new File(args[2]));
+        c.getMethod("setPointSize", double.class).invoke(e, pointSize);
+        c.getMethod("setHighConfValue", double.class).invoke(e, high);
+        c.getMethod("setMidConfValue", double.class).invoke(e, mid);
+        c.getMethod("setLowConfValue", double.class).invoke(e, low);
+        c.getMethod("setColorIndex", int.class).invoke(e, 10);
+        c.getMethod("setHighColor", java.awt.Color.class).invoke(e, java.awt.Color.RED);
+        c.getMethod("setMidColor", java.awt.Color.class).invoke(e, java.awt.Color.ORANGE);
+        c.getMethod("setLowColor", java.awt.Color.class).invoke(e, java.awt.Color.WHITE);
+        if (highlight != null) c.getMethod("setHighlightGeneFile", File.class).invoke(e, new File(highlight));
+        Method process = c.getMethod("process");
+        Object result = process.invoke(e);
+        if (!(result instanceof JIGSubPanel)) {
+            System.err.println("❌ process 未返回 JIGSubPanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(1200, 800);
+        base.addSubPanel((JIGSubPanel) result);
+        File outf = new File(args[3]);
+        String low2 = args[3].toLowerCase();
+        if (low2.endsWith(".png")) base.save2PNG(outf);
+        else if (low2.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(outf);
+        else base.save2SVG(outf);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QuickProteinAnnoCli.java

@@ -0,0 +1,34 @@
+/**
+ * tbplot quickAnno — Quick Protein Anno CLI（插件 P00480 CLI 化）
+ *
+ * 用法: QuickProteinAnnoCli <query.pep> <swissprotDb> <out.txt> [threads] [maxHits]
+ *   query.pep:    待注释蛋白 FASTA
+ *   swissprotDb:  Swiss-Prot 库（FASTA 即可，diamond 自动 makedb 到工作区；
+ *                 推荐用完整 UniProt Swiss-Prot 或自建库）
+ *   out.txt:      注释汇总表（diamond 比对 + BlastXMLSummaryTable 取 Top N hits）
+ *   threads:      线程（默认 4）；maxHits: 每蛋白保留命中数（默认 10）
+ *
+ * 引擎: QuickGenomeDot.QuickProteinAnno（插件 jar）——diamond 二进制
+ *   plugins/lib/bin/diamond（Linux ELF）。⚠️ 无 swissprot 库时不建议跑
+ *   （几 GB 级），本桥允许用户自带库文件。
+ */
+public class QuickProteinAnnoCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: QuickProteinAnnoCli <query.pep> <swissprotDb> <out.txt> [threads] [maxHits]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int threads = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 4;
+        int hits = args.length > 4 ? Integer.parseInt(args[4]) : 10;
+        Object w = Class.forName("QuickGenomeDot.QuickProteinAnno").getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = w.getClass();
+        c.getMethod("setInFile", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[0]));
+        c.getMethod("setInSwissprotDb", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[1]));
+        c.getMethod("setOutFile", java.io.File.class).invoke(w, new java.io.File(args[2]));
+        c.getMethod("setNumberOfTreads", int.class).invoke(w, threads);
+        c.getMethod("setNumberOfhit", int.class).invoke(w, hits);
+        c.getMethod("process").invoke(w);
+        System.err.println("[tbplot] 蛋白注释完成: " + args[2]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QuickRunIQtreeCli.java

@@ -0,0 +1,69 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.QuickRunIQtree;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot iqtree — IQ-TREE 最大似然建树 CLI（GUI 逆向 #28，09/20）
+ *
+ * 用法: QuickRunIQtreeCli <aln.fa> <outPrefix> [--model MFP] [--ufboot N] [--boot N]
+ *                         [--freerate] [--asc] [--threads N] [--redo]
+ *   aln.fa:    比对后 FASTA（可用 tbplot muscle 产物）
+ *   outPrefix: 输出前缀（产物 outPrefix.treefile/.iqtree/.log 等）
+ *   --model:    替换模型（默认 MFP=自动选模；如 GTR+G、JTT+G）
+ *   --ufboot N: 超快 bootstrap 次数（如 1000；推荐）
+ *   --boot N:   标准 bootstrap 次数（与 ufboot 二选一）
+ *   --freerate: +R 自由速率模型
+ *   --asc:      +ASC  ascertainment bias 校正
+ *   --threads:  线程数（默认 0=AUTO）
+ *   --redo:     覆盖已有输出
+ *
+ * 引擎: QuickRunIQtree（GUI 逆向：IQtreeGUIPanel $5 StartButton 回调；
+ *   引擎拼 iqtree -s -pre -bb/-b -m -nt 调系统二进制，v2 语法兼容）
+ * 依赖: 系统 iqtree/iqtree2
+ */
+public class QuickRunIQtreeCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: QuickRunIQtreeCli <aln.fa> <outPrefix> [--model MFP] [--ufboot N] [--boot N] [--freerate] [--asc] [--threads N] [--redo]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outPrefix = new File(args[1]);
+        QuickRunIQtree qta = new QuickRunIQtree();
+        qta.setInFile(inFile);
+        qta.setOutPrefix(outPrefix);
+        qta.setModel("MFP");
+        qta.setNumberOfThread(0);
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--model": qta.setModel(args[++i]); break;
+                case "--ufboot":
+                    int ub = Integer.parseInt(args[++i]);
+                    if (ub > 0 && ub < 1000) {
+                        System.err.println("错误: IQ-TREE 2 要求 UFBoot ≥ 1000（传了 " + ub + "，引擎会静默失败）");
+                        System.exit(1);
+                    }
+                    qta.setUltraFastBS(true); qta.setBootStrapNum(ub); break;
+                case "--boot": qta.setUltraFastBS(false); qta.setBootStrapNum(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--freerate": qta.setFreeRate(true); break;
+                case "--asc": qta.setAscertainmentBias(true); break;
+                case "--threads": qta.setNumberOfThread(Integer.parseInt(args[++i])); break;
+                case "--redo": qta.setRedo(true); break;
+                default:
+                    System.err.println("警告: 忽略未知参数 " + args[i]);
+            }
+        }
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        qta.build();
+        File treefile = new File(outPrefix.getAbsolutePath() + ".treefile");
+        if (treefile.exists()) {
+            System.err.println("[tbplot] IQ-TREE 建树完成: " + treefile.getAbsolutePath());
+        } else {
+            System.err.println("[tbplot] IQ-TREE 完成但未找到 .treefile（查 " + outPrefix.getAbsolutePath() + ".log）");
+        }
+        System.exit(0);
+    }
+}