tbtools-cli 1.2.0__py3-none-any.whl

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/QuickTrimALCli.java

@@ -0,0 +1,67 @@
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.QuickTrimAL;
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.QuickTrimAL.AUTOMOD;
+import biocjava.bioIO.BioSoftPipeServer.QuickTrimAL.OUTFORMAT;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot trimal — trimAl 比对修剪 CLI（GUI 逆向 #29，09/20）
+ *
+ * 用法: QuickTrimALCli <in.aln> <out.aln> [--mode gappyout|strict|strictplus|automated1]
+ *                       [--format fasta|clustal|phylip|nexus|mega|nbrf] [--keepheader]
+ *   in:   比对后 FASTA（muscle 产物）
+ *   out:  修剪后比对
+ *   --mode:       自动修剪模式（默认 automated1；gappyout=按 gap 分布/strict=严格/strictplus=更严格）
+ *   --format:     输出格式（默认 fasta）
+ *   --keepheader: 保留完整序列头
+ *
+ * 引擎: QuickTrimAL（GUI 逆向：TrimalGUIPanel $3 StartButton 回调
+ *   → setInFile/setOutFile/setOutfmt/setTrimMode/setKeepallheader/trim；
+ *   引擎调系统 trimal 二进制，v1.5 语法兼容）
+ * 依赖: 系统 trimal
+ */
+public class QuickTrimALCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: QuickTrimALCli <in.aln> <out.aln> [--mode gappyout|strict|strictplus|automated1] [--format fasta|clustal|phylip|nexus|mega|nbrf] [--keepheader]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFile = new File(args[0]);
+        File outFile = new File(args[1]);
+        QuickTrimAL qta = new QuickTrimAL();
+        qta.setInFile(inFile);
+        qta.setOutFile(outFile);
+        qta.setTrimMode(AUTOMOD.ML_AUTOMATED1);
+        qta.setOutfmt(OUTFORMAT.FASTA);
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            switch (args[i]) {
+                case "--mode":
+                    String m = args[++i].toLowerCase();
+                    if (m.equals("gappyout")) qta.setTrimMode(AUTOMOD.GAPPYOUT);
+                    else if (m.equals("strict")) qta.setTrimMode(AUTOMOD.STRICT);
+                    else if (m.equals("strictplus")) qta.setTrimMode(AUTOMOD.NJ_STRICTPLUS);
+                    else qta.setTrimMode(AUTOMOD.ML_AUTOMATED1);
+                    break;
+                case "--format":
+                    String f = args[++i].toLowerCase();
+                    if (f.equals("clustal")) qta.setOutfmt(OUTFORMAT.CLUSTAL);
+                    else if (f.equals("phylip")) qta.setOutfmt(OUTFORMAT.PHYLIP);
+                    else if (f.equals("nexus")) qta.setOutfmt(OUTFORMAT.NEXUS);
+                    else if (f.equals("mega")) qta.setOutfmt(OUTFORMAT.MEGA);
+                    else if (f.equals("nbrf")) qta.setOutfmt(OUTFORMAT.NBRF);
+                    else qta.setOutfmt(OUTFORMAT.FASTA);
+                    break;
+                case "--keepheader": qta.setKeepallheader(true); break;
+                default:
+                    System.err.println("警告: 忽略未知参数 " + args[i]);
+            }
+        }
+        if (!inFile.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFile.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        qta.trim();
+        System.err.println("[tbplot] trimAl 修剪完成: " + outFile.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/RNAplotCli.java

@@ -0,0 +1,129 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.miRCoverage.RNAplotAdvance;
+import biocjava.bioIO.RNAfold.FoldInfo;
+import biocjava.bioIO.RNAfold.RNAfoldInvoker;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.awt.geom.Point2D;
+import java.io.File;
+import java.io.FileWriter;
+import java.util.ArrayList;
+
+/**
+ * tbplot rnaplot — TBtools RNA 二级结构绘图 CLI（engine 111，08/31 攻克）
+ *
+ * 用法: RNAplotCli <seq.fa|rawSeq> <out> [--colorMap "seq1=R,G,B;seq2=R,G,B"] [--interactive false]
+ *   seq: FASTA 或单行序列
+ *   out: .svg/.pdf/.png
+ *
+ * 引擎: RNAplotAdvance（需要 RNAfold/RNAplot 可执行）
+ *   main() 用 RNAplotInvoker.generatePlotPsFile 管道调 RNAplot → 本机 RNAplot 2.7 不读 stdin 管道，
+ *   导致 temp PS 文件不生成 → FileNotFoundException
+ * 破解: 绕开 generatePlotPsFile——
+ *   1) RNAfoldInvoker.fold(seq) 拿 FoldInfo（seq+structure+mfe）
+ *   2) 写 temp.fa（>seq + seq + structure(mfe)）→ 本机 RNAplot -i 生成 EPS（含 /sequence /coor /pairs）
+ *   3) RNAplotAdvance.transform(EPS, interactive) → JIGSubPanel
+ *   4) JIGBasePanel + addSubPanel + save2SVG/PNG/PDF
+ */
+public class RNAplotCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: RNAplotCli <seq.fa|rawSeq> <out> [--colorMap \"seq1=R,G,B;...\"] [--interactive false]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String inSeq = args[0];
+        String outFile = args[1];
+        String colorMap = null;
+        boolean interactive = false;
+        for (int i = 2; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--colorMap") && i+1<args.length) colorMap = args[++i];
+            else if (args[i].equals("--interactive") && i+1<args.length) interactive = Boolean.parseBoolean(args[++i]);
+        }
+
+        // 1. 读序列
+        String seq = inSeq;
+        if (new File(inSeq).exists()) {
+            StringBuilder sb = new StringBuilder();
+            for (String l : java.nio.file.Files.readAllLines(new File(inSeq).toPath())) {
+                if (l.startsWith(">")) continue;
+                sb.append(l.trim());
+            }
+            seq = sb.toString();
+        }
+        seq = seq.replaceAll("[^ACGUacguTt]", "").toUpperCase().replace('T','U');
+        if (seq.isEmpty()) {
+            System.err.println("错误: 序列为空");
+            System.exit(1);
+        }
+
+        // 2. RNAfold 折叠
+        FoldInfo fi = RNAfoldInvoker.fold(seq);
+        System.err.println("[tbplot] 折叠完成: mfe=" + fi.getMfe() + " len=" + fi.getInpuSeq().length());
+
+        // 3. 写 temp.fa → RNAplot -i 生成 EPS
+        File fa = File.createTempFile("rnaplot", ".fa");
+        FileWriter fw = new FileWriter(fa);
+        fw.write(">seq\n" + fi.getInpuSeq() + "\n" + fi.getFoldStructure() + " (" + String.format("%.1f", fi.getMfe()) + ")\n");
+        fw.close();
+        String workDir = fa.getParent();
+        String epsPrefix = workDir + File.separator + "seq_ss";
+        ProcessBuilder pb = new ProcessBuilder("RNAplot", "-i", fa.getAbsolutePath());
+        pb.directory(new File(workDir));
+        pb.redirectErrorStream(true);
+        Process p = pb.start();
+        p.waitFor();
+        // RNAplot 输出 <name>_ss.eps
+        File eps = new File(epsPrefix + ".eps");
+        if (!eps.exists()) {
+            // 兜底：找目录里任何 *_ss.eps
+            File dir = new File(workDir);
+            for (File f : dir.listFiles()) {
+                if (f.getName().endsWith("_ss.eps") || f.getName().endsWith("_ss.ps")) { eps = f; break; }
+            }
+        }
+        if (!eps.exists()) {
+            System.err.println("错误: RNAplot 未生成 EPS（工作目录=" + workDir + "）");
+            System.exit(1);
+        }
+        System.err.println("[tbplot] RNAplot EPS: " + eps.getAbsolutePath());
+
+        // 4. transformat 解析
+        RNAplotAdvance ra = new RNAplotAdvance();
+        ra.setIsInteractive(interactive);
+        JIGSubPanel sub = ra.transformat(eps, interactive);
+
+        // 5. JIGBasePanel + addSubPanel
+        Point2D[] pts = sub.getPoints();
+        double minX = Double.MAX_VALUE, minY = Double.MAX_VALUE, maxX = -Double.MAX_VALUE, maxY = -Double.MAX_VALUE;
+        if (pts != null) {
+            for (Point2D pt : pts) {
+                minX = Math.min(minX, pt.getX()); minY = Math.min(minY, pt.getY());
+                maxX = Math.max(maxX, pt.getX()); maxY = Math.max(maxY, pt.getY());
+            }
+        }
+        int w = (int)(maxX - minX) + 200, h = (int)(maxY - minY) + 200;
+        if (w < 600) w = 600;
+        if (h < 400) h = 400;
+        JIGBasePanel base = new JIGBasePanel(w, h);
+        base.addSubPanel(sub);
+
+        // 6. colorMap 高亮（元素引用 subpanel 内部，直接改色即可）
+        if (colorMap != null && !colorMap.isEmpty()) {
+            ArrayList<jigplot.engine.JIGElement> els = ra.selectEle(colorMap);
+            if (els != null) {
+                for (jigplot.engine.JIGElement el : els) {
+                    // 用 colorMap 解析颜色：引擎内部 selectEle 已按 colorMap 上色，这里仅确保刷新
+                }
+            }
+            base.repaint();
+        }
+
+        // 7. 保存
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) base.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) base.save2PDF(new File(outFile));
+        else base.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/RegionBedToGFF3Cli.java

@@ -0,0 +1,43 @@
+import biocjava.bioDoer.GXFUtils.RegionBedToGFF3;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot bed2gff3 — exon BED → GFF3 转换 CLI（GUI 逆向 #21，09/20）
+ *
+ * 用法: RegionBedToGFF3Cli <in.bed> <out.gff3> [genome.fa]
+ *   in:    BED 文件（染色体 起始 结束 ID:链向:编码）
+ *          ⚠️ 第 4 列必须是 ID:strand:coding 格式，如 G01:+:C（coding=C 编码/N 非编码；
+ *          同 ID 多行会按坐标排序合并出 mRNA+exon 层级，start 自动 +1 转 1-based）
+ *   out:   GFF3（自动补 .gff3 后缀）
+ *   genome.fa: 可选基因组（存在则做 ORF 相关注释）
+ *
+ * 引擎: RegionBedToGFF3（GUI 逆向：ExonBedToGFF3GUIPanel $4 StartButton 回调
+ *   → setInBedFile/setOutGff3/[setInGenomeFile]/process，main() 无 ArgsParser）
+ */
+public class RegionBedToGFF3Cli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: RegionBedToGFF3Cli <in.bed> <out.gff3> [genome.fa]");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inBed = new File(args[0]);
+        File outGff3 = new File(args[1]);
+        if (!outGff3.getName().toLowerCase().endsWith(".gff3")) {
+            outGff3 = new File(outGff3.getAbsolutePath() + ".gff3");
+        }
+        if (!inBed.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入 BED 不存在: " + inBed.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        RegionBedToGFF3 rbtg = new RegionBedToGFF3();
+        rbtg.setInBedFile(inBed);
+        rbtg.setOutGff3(outGff3);
+        if (args.length > 2 && new File(args[2]).exists()) {
+            rbtg.setInGenomeFile(new File(args[2]));
+        }
+        rbtg.process();
+        System.err.println("[tbplot] BED→GFF3 完成: " + outGff3.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/RegionDepthCli.java

@@ -0,0 +1,29 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.miRCoverage.CalcRegionDepth;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli regiondepth — SAM 区域覆盖深度 CLI（08/31 第七十六波）
+ *
+ * 用法: RegionDepthCli <in.sam> <region> <out.depth> [scaleFactor]
+ *   in.sam: 已排序或未排序 SAM（内部自动按位置排序+建索引）
+ *   region: ChrID:Start-End 或 ChrID#Start#End（1-based）
+ *   out.depth: 每碱基覆盖深度
+ *   scaleFactor: 缩放因子（默认 1）
+ *
+ * 引擎: CalcRegionDepth.init() + processRegion()（main 硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class RegionDepthCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: RegionDepthCli <in.sam> <region> <out.depth> [scaleFactor]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int scale = args.length > 3 ? Integer.parseInt(args[3]) : 1;
+        CalcRegionDepth crd = new CalcRegionDepth();
+        crd.init(new File(args[0]));
+        crd.processRegion(args[1], new File(args[2]), scale);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[2] + " (region=" + args[1] + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SamBamCovCli.java

@@ -0,0 +1,33 @@
+import biocjava.bioIO.HTSData.SAMBAM.SamBamBINCov;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli sambamcov — BAM bin 覆盖统计 CLI（08/31 第七十一波）
+ *
+ * 用法: SamBamCovCli <in.bam> <out.tsv> [binSize] [countMode]
+ *   binSize:   窗口大小 bp（默认 1000）
+ *   countMode: Overlap|StartPos|EndPos（默认 Overlap）
+ *
+ * 引擎: SamBamBINCov.setInXamFile/setOutBINCovFile/setBINsize/setCountMode + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process）
+ */
+public class SamBamCovCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: SamBamCovCli <in.bam> <out.tsv> [binSize] [countMode]");
+            System.exit(1);
+        }
+        int binSize = args.length > 2 ? Integer.parseInt(args[2]) : 1000;
+        String cm = args.length > 3 ? args[3] : "Overlap";
+
+        SamBamBINCov sbbc = new SamBamBINCov();
+        sbbc.setInXamFile(new File(args[0]));
+        sbbc.setOutBINCovFile(new File(args[1]));
+        sbbc.setBINsize(binSize);
+        sbbc.setCountMode(SamBamBINCov.CountMode.valueOf(cm));
+        sbbc.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[1] + " (binSize=" + binSize + ", mode=" + cm + ")");
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SeqConverterCli.java

@@ -0,0 +1,17 @@
+import biocjava.bioIO.SeqFormatConvert.seqFactory.SeqConverter;
+
+/**
+ * tbcli seqConverter 桥 — 序列格式转换 CLI（08/31）
+ *
+ * 用法: SeqConverterCli -i <in> -o <out> -iF <fmt> -oF <fmt>
+ *   fmt: fasta|clustal|MEGA|nexus|PAML|phylip
+ *
+ * ⚠️ SeqConverter.main 是硬编码演示 → 真实 CLI 入口是 main1(public static)
+ *   （main1 ≠ main 规律：PafGenomeComp/SeqConverter 同型）
+ */
+public class SeqConverterCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        SeqConverter.main1(args);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SeqLenTrackCli.java

@@ -0,0 +1,41 @@
+import biocjava.bioDoer.MEME.DrawMotifPattern.DrawSequenceFromSeqLenInfo;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+import jigplot.engine.JIGSubPanel;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli seqlentrack — 序列长度骨架图 CLI（08/31 第八十波，引擎 122）
+ *
+ * 用法: SeqLenTrackCli <seqlen.txt> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]
+ *   seqlen.txt: gene\tlength（每行一个基因；# 开头跳过）
+ *   newick.treefile: 可选进化树（排序基因）
+ *
+ * 引擎: DrawSequenceFromSeqLenInfo（继承 DrawMotifPatternFromMEMEResult.postGraph(newick, panel)）
+ *   （AmazingMetaPlot 的 CDD 面板底层——基因长度骨架图）
+ */
+public class SeqLenTrackCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: SeqLenTrackCli <seqlen.txt> <out.svg|png|pdf> [newick.treefile]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String newick = "";
+        if (args.length > 2) {
+            File tf = new File(args[2]);
+            if (tf.exists()) newick = new String(java.nio.file.Files.readAllBytes(tf.toPath()), "UTF-8").trim();
+        }
+        DrawSequenceFromSeqLenInfo dmp = new DrawSequenceFromSeqLenInfo();
+        dmp.setInFile(new File(args[0]));
+        JIGBasePanel jigPanel = new JIGBasePanel(1200, 800);
+        JIGSubPanel sp = dmp.postGraph(newick, jigPanel);
+        jigPanel.addSubPanel(sp);
+        String out = args[1];
+        String low = out.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) jigPanel.save2PNG(new File(out));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) jigPanel.save2PDF(new File(out));
+        else jigPanel.save2SVG(new File(out));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + out);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SeveralSpeciesCli.java

@@ -0,0 +1,132 @@
+import biocjava.bioDoer.JIGplotToolkit.Synteny.SeveralSpeciesMicroSyntenicAnalysisAdvance;
+import jigplot.engine.JIGBasePanel;
+
+import java.awt.Component;
+import java.awt.Container;
+import java.awt.Window;
+import java.io.BufferedReader;
+import java.io.File;
+import java.io.FileReader;
+import java.util.ArrayList;
+import java.util.LinkedHashSet;
+
+/**
+ * tbplot multisyn — TBtools 多物种微共线性分析图 CLI（08/29 新增，第 33 引擎）
+ *
+ * 用法: SeveralSpeciesCli <gxf.lst> <collinear.lst> <out> [--genes idlist.txt]
+ *   gxf.lst: 每行一个 GXF/GFF 注释文件路径
+ *   collinear.lst: 每行一个 MCScanX collinearity 文件路径（与 GXF 对应配对）
+ *   --genes: 高亮基因 ID 列表（可选）
+ *
+ * 引擎: SeveralSpeciesMicroSyntenicAnalysisAdvance
+ *   setGxfArr(ArrayList<File>) + setCollinearFileArr + setSpecificGenesList
+ *   process() 内部用 JIG 引擎（JIGBasePanel）→ 窗口遍历保存
+ */
+public class SeveralSpeciesCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 3) {
+            System.err.println("用法: SeveralSpeciesCli <gxf.lst> <collinear.lst> <out> [--genes idlist.txt]");
+            System.exit(1);
+        }
+        String gxfLst = args[0];
+        String collinearLst = args[1];
+        String outFile = args[2];
+        String genesFile = null;
+        for (int i = 3; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--genes") && i+1<args.length) genesFile = args[++i];
+        }
+
+        // 读 GXF 列表
+        ArrayList<File> gxfArr = new ArrayList<File>();
+        BufferedReader br = new BufferedReader(new FileReader(gxfLst));
+        String line;
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) gxfArr.add(new File(line));
+        }
+        br.close();
+        System.err.println("[tbplot] GXF 数: " + gxfArr.size());
+
+        // 读 collinearity 列表
+        ArrayList<File> collinearArr = new ArrayList<File>();
+        br = new BufferedReader(new FileReader(collinearLst));
+        while ((line = br.readLine()) != null) {
+            line = line.trim();
+            if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) collinearArr.add(new File(line));
+        }
+        br.close();
+        System.err.println("[tbplot] collinearity 数: " + collinearArr.size());
+
+        SeveralSpeciesMicroSyntenicAnalysisAdvance engine = new SeveralSpeciesMicroSyntenicAnalysisAdvance();
+        engine.setGxfArr(gxfArr);
+        engine.setCollinearFileArr(collinearArr);
+        // specificGenesList 是必需（process() 检查 isEmpty）——无 --genes 时从第一个 GXF 提取所有基因
+        LinkedHashSet<String> genes = new LinkedHashSet<String>();
+        if (genesFile != null) {
+            br = new BufferedReader(new FileReader(genesFile));
+            while ((line = br.readLine()) != null) {
+                line = line.trim();
+                if (!line.isEmpty() && !line.startsWith("#")) genes.add(line);
+            }
+            br.close();
+        } else {
+            // 自动从第一个 GXF 提取所有 mRNA 基因名
+            BufferedReader gxfr = new BufferedReader(new FileReader(gxfArr.get(0)));
+            while ((line = gxfr.readLine()) != null) {
+                if (line.startsWith("#")) continue;
+                String[] f = line.split("\t");
+                if (f.length >= 9 && (f[2].equals("mRNA") || f[2].equals("transcript"))) {
+                    String id = extractAttr(f[8], "ID");
+                    if (id != null) genes.add(id);
+                }
+            }
+            gxfr.close();
+            System.err.println("[tbplot] 自动提取基因数: " + genes.size());
+        }
+        engine.setSpecificGenesList(genes);
+        System.err.println("[tbplot] 高亮基因: " + genes.size());
+        engine.process(); // 内部 JIGBasePanel 弹窗
+
+        // 窗口遍历
+        JIGBasePanel panel = null;
+        Window[] windows = Window.getWindows();
+        System.err.println("[tbplot] 窗口数: " + windows.length);
+        for (Window w : windows) {
+            JIGBasePanel found = findBasePanel(w);
+            if (found != null) { panel = found; break; }
+        }
+        if (panel == null) {
+            System.err.println("错误: 未找到 JIGBasePanel");
+            System.exit(1);
+        }
+        // 多物种引擎内部 panel 可能未设置尺寸 → 保存前显式设置（避免 BufferedImage 0 尺寸崩溃）
+        panel.setSize(new java.awt.Dimension(1600, 1200));
+        panel.setPreferredSize(new java.awt.Dimension(1600, 1200));
+        String low = outFile.toLowerCase();
+        if (low.endsWith(".png")) panel.save2PNG(new File(outFile));
+        else if (low.endsWith(".pdf")) panel.save2PDF(new File(outFile));
+        else panel.save2SVG(new File(outFile));
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + outFile);
+        System.exit(0);
+    }
+
+    static JIGBasePanel findBasePanel(Component c) {
+        if (c instanceof JIGBasePanel) return (JIGBasePanel) c;
+        if (c instanceof Container) {
+            Component[] comps = ((Container) c).getComponents();
+            for (Component comp : comps) {
+                JIGBasePanel found = findBasePanel(comp);
+                if (found != null) return found;
+            }
+        }
+        return null;
+    }
+
+    static String extractAttr(String attrs, String key) {
+        for (String part : attrs.split(";")) {
+            String[] kv = part.trim().split("=", 2);
+            if (kv.length == 2 && kv[0].equals(key)) return kv[1].trim();
+        }
+        return null;
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SimpleEnricherCli.java

@@ -0,0 +1,44 @@
+/**
+ * tbplot sricher — 简单富集分析 CLI（GUI 面板逆向接口，09/20）
+ *
+ * 用法: SimpleEnricherCli <in.tsv> <out.xls> <totalAnnoIdx> <totalHitIdx> <selAnnoIdx> <selHitIdx>
+ *        [--header] [--sample-id-col N]
+ *
+ * 接口来源：反编译 SimpleEnricherGUIPanel（GUI 真实调用链）：
+ *   SimpleEnricher se = new SimpleEnricher();
+ *   se.setTotalAnnoCountIndex(i); se.setTotalHitCountIndex(j);
+ *   se.setSelectedAnnoCountIndex(k); se.setSelectedHitCountIndex(l);
+ *   se.setHeader(bool); se.setInTable(file); se.setOutTable(file); se.process();
+ *
+ * 输入表要求：每行一个条目，含 4 个计数列（列索引 0-based）：
+ *   [.., 总注释数, 总命中数, 选择集注释数, 选择集命中数, ..]
+ * 引擎对每行做超几何/Fisher 富集，输出 P 值（富集显著性排序）。
+ * 这是 goEnrich 的轻量版——无需 OBO，直接喂计数表。
+ */
+public class SimpleEnricherCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        boolean header = false;
+        java.util.ArrayList<String> pos = new java.util.ArrayList<String>();
+        for (int i = 0; i < args.length; i++) {
+            if (args[i].equals("--header")) header = true;
+            else pos.add(args[i]);
+        }
+        if (pos.size() < 6) {
+            System.err.println("用法: SimpleEnricherCli <in.tsv> <out.xls> <totalAnnoIdx> <totalHitIdx> <selAnnoIdx> <selHitIdx> [--header]");
+            System.exit(1);
+        }
+        Object se = Class.forName("biocjava.bioIO.GeneOntology.EnrichMent.SimpleEnricher")
+                .getDeclaredConstructor().newInstance();
+        Class<?> c = se.getClass();
+        c.getMethod("setInTable", java.io.File.class).invoke(se, new java.io.File(pos.get(0)));
+        c.getMethod("setOutTable", java.io.File.class).invoke(se, new java.io.File(pos.get(1)));
+        c.getMethod("setTotalAnnoCountIndex", int.class).invoke(se, Integer.parseInt(pos.get(2)));
+        c.getMethod("setTotalHitCountIndex", int.class).invoke(se, Integer.parseInt(pos.get(3)));
+        c.getMethod("setSelectedAnnoCountIndex", int.class).invoke(se, Integer.parseInt(pos.get(4)));
+        c.getMethod("setSelectedHitCountIndex", int.class).invoke(se, Integer.parseInt(pos.get(5)));
+        c.getMethod("setHeader", boolean.class).invoke(se, header);
+        c.getMethod("process").invoke(se);
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + pos.get(1));
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SimpleHmmscanCli.java

@@ -0,0 +1,32 @@
+import biocjava.bioDoer.LinuxPipe.simpleHmmscan;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbcli simpleHmmscan — Pfam 域快速扫描 CLI（08/31 第七十三波）
+ *
+ * 用法: SimpleHmmscanCli <pfamA.hmm> <target.pep> <idList.txt> <out.txt>
+ *   pfamA.hmm: Pfam-A.hmm 数据库（需已 hmmindex）
+ *   target.pep: 待扫描蛋白
+ *   idList.txt: 感兴趣 Pfam ID 列表（每行一个，如 GRAS）
+ *   out.txt: 输出
+ *
+ * 引擎: simpleHmmscan.setPfamHmmA/setTargetPep/setPfamIdList/setFinalOutFile + process()
+ *   （main 硬编码演示 → setter+process；调系统 hmmsearch）
+ */
+public class SimpleHmmscanCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 4) {
+            System.err.println("用法: SimpleHmmscanCli <pfamA.hmm> <target.pep> <idList.txt> <out.txt>");
+            System.exit(1);
+        }
+        simpleHmmscan sh = new simpleHmmscan();
+        sh.setPfamHmmA(new File(args[0]));
+        sh.setTargetPep(new File(args[1]));
+        sh.setPfamIdList(new File(args[2]));
+        sh.setFinalOutFile(new File(args[3]));
+        sh.process();
+        System.err.println("[tbplot] 已保存: " + args[3]);
+        System.exit(0);
+    }
+}

tbtools_cli-1.2.0.data/data/tbtools_cli/bridges/SixFrameTranlaterCli.java

@@ -0,0 +1,35 @@
+import biocjava.bioIO.ORF.SixFrameTranlater;
+
+import java.io.File;
+
+/**
+ * tbplot sixframe — TBtools 六框翻译 CLI（GUI 逆向 #16，09/20）
+ *
+ * 用法: SixFrameTranlaterCli <in.fa> <out.fa>
+ *   in:  核酸 FASTA
+ *   out: 六框翻译蛋白 FASTA（+1/+2/+3/-1/-2/-3 六条序列）
+ *
+ * 引擎: SixFrameTranlater（GUI 逆向：SixFrameTranslatorGUIPanel StartButton 回调
+ *   → setInFile/setOutFile/process 三连，main() 是硬编码路径演示无 ArgsParser）
+ * 注意引擎类名拼写是 SixFrameTranlater（少一个 s），不要按英文习惯拼对。
+ */
+public class SixFrameTranlaterCli {
+    public static void main(String[] args) throws Exception {
+        if (args.length < 2) {
+            System.err.println("用法: SixFrameTranlaterCli <in.fa> <out.fa>");
+            System.exit(1);
+        }
+        File inFa = new File(args[0]);
+        File outFa = new File(args[1]);
+        if (!inFa.exists()) {
+            System.err.println("错误: 输入文件不存在: " + inFa.getAbsolutePath());
+            System.exit(2);
+        }
+        SixFrameTranlater sft = new SixFrameTranlater();
+        sft.setInFile(inFa);
+        sft.setOutFile(outFa);
+        sft.process();
+        System.err.println("[tbplot] 六框翻译完成: " + outFa.getAbsolutePath());
+        System.exit(0);
+    }
+}