studium 0.14.16

data/lib/studium/exam_topics/genexpression

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+# =========================================================================== #
+# === Gene expression
+#
+# Genex tag. Gen-Techniques. Genexpression tag.
+# Vor allem mRNA Synthese und differenzielle Genexpression.
+# Auch Translationskontrolle.
+# =========================================================================== #
+
+- The first caps to be characteriszed by researchers originally came from ... ? <one>Viral mRNA</one>.
+- A <one>Tudor domain</one> is a conserved protein structural domain originally identified in the Tudor protein encoded in ... which organism? <one>Drosophila</one>.
+- Wenn der <one>Transkriptionsfaktor</one> BCL11A aktiv ist, was geschieht? Wenn der Zinkfinger-Transkriptionsfaktor BCL11A aktiv ist so steigt der Gehalt an adultem Hämoglobin an. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/53335
+- Give an example for a <one>histone-modifying chromatin remodeling protein</one> that begins with the letter <two>C</two>. A: The <one>CREB-binding protein</one>.
+- <one>Enhancers</one> in eukaryotes can lie in which of three different juxtapositions? (1) <one>upstream</one> (2) <one>downstream</one> (3) <one>intronic non-protein-coding genomic regions</one>
+- Alternative splicing is most commonly found in/for ... which mRNAs? For regulatory sequences in mRNAs.
+- <one>Welchen Unterschied</one> gibt es zwischen <one>pyrophosphorolytic editing PE</one> und <one>hydrolytic editing HE</one>? A: (1) Beim PE wird das letzte Nukleotid der wachsenden RNA Kette durch ein "Polyphosphat" ersetzt. (2) Beim HE geht die Polymerase zurück und entfernt das fehlerhafte Stück.
+- Wie entsteht <one>Cap0</one>? A: Nach dem Anheften des G und der ersten Methylierung dieses G. Das entstehende Produkt wird Cap0 genannt.
+- In order for the <one>lac-genes</one> to be transcribed, <two>which two requirements must be met</two>? (1) An inducer, like Allolactose, must bind to lacI-repressor (negative control) (2) The level of cyclic AMP must be high enough for the CRP-protein to bind to the CRP-binding site (positive control)
+- The <one>fMet Initiation tRNA</one> <two>starts out where in the ribosome</two>? In the <one>P site</one> (thus: <two>in the middle</two>). []
+- <one>Aktivierungsdomänen</one> besitzen allgemein oft was für Aminosäuren? Überdurchschnittlich viele <one>saure Aminosäure</one>.
+- What is the <one>opposite</one> of the term <two>inducer</two>? A <one>corepressor</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Corepressor
+- <one>AraB</one>, <one>AraA</one>, <one>AraD</one> kodieren jeweils für ... ? A: (1) L-Ribulokinase (2) L-Arabinose-Isomerase (3) <one>L-Ribulose-5-phosphat-4-Epimerase</one>
+- <one>When</one> would bacteria generate more <two>non-stop mRNAs</two> than normal? During <one>stress-response</one>.
+- <one>When</one> was <two>splicing</two> discovered? <one>1977</one>.
+- Die histidinähnliche Aminosäure <one>Diphthamid</one> kann <two>in welchem Protein in Eukaryoten</two> gefunden werden? Im <one>eukaryotischen Elongationsfaktor eEF-2</one>.
+- Name <one>three DNA-binding proteins</one> that contain a <two>helix-turn-helix structure</two>. A: (1) <one>lac repressor</one> (2) trp repressor (3) lambda repressor
+- Nenne ein Beispiel für einen Anti-Sigma Faktor mit Organismus der ihn kodiert hat. A: Faktor <one>AsiA</one> aus dem <two>Bakteriophagen T4</two>.
+- Does the <one>TBP</one> bind to the minor or the major groove of DNA? <one>TBP</one> binds to the minor groove of DNA.
+- Nenne <one>drei Beispiele</one> für <two>HDAC Komplexe</two> (Histon-deacetylase). A: Der Sin3-Komplex, NuRD und <one>SIR2</one>.
+- <one>Antisense RNA</one> hat was für einen Einfluss auf die Genexpression? <one>Antisense-RNA</one> <two>inhibiert allgemein die Genexpression</two>.
+- Give another name for <one>initial transcription</one>. A: <one>Abortive Synthesis</one>.
+- Nenne einen Grund wieso es so schwierig war Ribosomen zu kristallisieren. A: Weil Ribosomen so <one>heterogen</one> waren.
+- Nenne zwei Beispiele für Organismen die "trans-splicing" verwenden! A: (1) Trypanosomen (2) Euglenoiden
+- <one>Welche Besonderheit</one> haben <two>U1</two> und U2 Gene? Sie sind <one>TATA-less</one> - <two>haben also keine TATA Box</two>.
+- <one>How</one> is an exon defined? This is <one>any region retained in a mature RNA</one>.
+- In genetics: <one>the Tm is proportional to ... </one>? <one>Tm</one> <two>is proportional to the GC content of the DNA</two>.
+- In <one>Prokaryotes</one>: <two>which enzyme</two> <three>synthesizes new DNA molecules</three>? <one>DNA Polymerase III</one>. []
+- Nenne <one>zwei fettlösliche Liganden</one>. A: (1) <one>Tyroxin</one> (2) <one>Steroidhormone</one>
+- A. W. für <one>Polyadenylierungssignal</one>? <one>Schwanzsignal</one>.
+- Was zeigten die jeweiligen <one>swi</one> und <one>snf</one> Mutanten? (1) <one>swi</one> could not switch mating type. (2) <one>snf</one> could not grow well on sucrose.
+- Was macht <one>UDPE</one>? A: <one>UDPE</one> <two>bindet Vitamin D</two>.
+- Bei <one>copolymers ohne AUG</one>, <two>wo</two> starten die Ribosomen ihre Synthese? An zufälligen Stellen.
+- <one>TFIIH</one> <two>consists of n subunits</two>? <one>9</one>.
+- <one>FACT</one> hilft bei welchem <two>genetischen</two> Vorgang? Bei der <one>Elongation</one> (da FACT die H2A und H2B Dimere trennt).
+- Was heißt <one>b-ZIP</one> und welches Charakteristikum hat dieses Motiv? A: <one>Basic Zipper</one> (entsteht aufgrund mehrere Leucin-Reste).
+- Der <one>Glucocorticoid-Rezeptor</one> <two>erkennt welche Sequenz</two>? A: <one>AGA ACA</one>.
+- Give another name for <one>DNA-Sequenzelemente zur Unterdrückung der Genexpression</one>. A: <one>Silencer</one>. []
+- <one>Welche drei Domänen</one> hat die lac-Repressor UE? DNA bindende Domäne, Core Domain, und Tetramisierungs-domain.
+- Was kann das Protein <one>SUMO1</one>? <one>SUMO1</one> kann <two>Ubiquitinierungen unterdrücken</two>. []
+- Nenne <one>eine nicht-tRNA</one>, die durch die RNA Polymerase III transkribiert wird. A: <one>5S rRNA</one>.
+- Die <one>Beta-Clamp</one> kooperiert mit welcher Polymerase? <one>Pol III</one>.
+- The <one>peptidyl transferase reaction</one> <two>occurs between which two types of tRNA</two>? (1) <one>aminoacyl-tRNA</one> (2) <one>peptidyl-tRNA</one>
+- Was macht <one>Ef-Ts</one>? Ef-Ts regeneriert Ef-Tu.
+- Welche <one>RNA splicing Klassen</one> existieren (mit langem Namen nennen)? Es existieren folgende <one>3 Klassen</one>: Nuclear, group I Introns, <two>group II Introns</two>.
+- In der Genexpression: wofür steht die ABkürzung "RTF"? <one>Regulatorische Transkriptionsfaktoren</one>.
+- <one>Wo</one> liegen die E. coli <two>Lac O2</two> und Lac O3 Repressorstellen? A: (1) O2 bei <two>+410</two> (2) O3 bei <two>-83</two>
+- <one>Wo</one> liegt die Signalsequenz die die Steuerung ins Peroxisom bedingt? A: An <one>C-Terminaler Seite</one>.
+- <one>Welchen Nachteil</one> <two>haben Proteine die Selenocystein verwenden</two>? <one>Selen</one> ist anfällig gegenüber Oxidationen. Diese Proteine müssen ergo vor Sauerstoff geschützt werden.
+- <one>How</one> can we define a <one>strong promoter</one>? <one>A strong promoter</one>, by defintion, is a promoter that <one>leads to a high rate of transcription initiation</one>.
+- Wir können <one>Pol I</one>, <one>Pol II</one> und <one>Pol III</one> isolieren. <two>Wie aber können wir diese in ihre Untereinheiten zerlegen</two>? In Gegenwart von <one>SDS</one>.
+- In gene expression: what does "ITAFs" stand for? <one>IRES trans-acting factors</one>.
+- In Eukaryoten: <one>welche Proteine</one> erkennen <two>premature termination codons</two>? UPF-Proteine (up frameshift). URL: https://en.wikipedia.org/wiki/UPF1
+- <one>Steroidhormon-Rezeptoren</one> haben welche gemeinsame Grundstruktur? A: <one>C, D, E</one>: hoch konservierte DNA Bindedomäne C, flexibles Zwischenstück D, wenig konservierte Liganden-Bindedomäne E.
+- <one>Wo</one> findet man <two>riboswitches</two>? In der <one>5' UTR</one> Region von Genen.
+- Was heißt <one>RACE</one>? <one>Rapid Amplification of cDNA ends</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Rapid_amplification_of_cDNA_ends []
+- In the cell, <one>mRNA decay</one> competes with ...? <one>mRNA translation</one>.
+- Wie nennen wir allgemein <one>die Proteine</one>, die sich an Enhancer anlagern und so die Transkription fördern können? <one>Transkriptionsaktivatoren</one>.
+- Die <one>rRNA-Gen Cluster</one> besitzen ein <two>Terminatorelement</two> (T). Welches Protein bindet daran? A: <one>TTF1</one>. URL: https://www.genecards.org/cgi-bin/carddisp.pl?gene=TTF1
+- Nenne die vier Gruppen von Steroid-Hormone in Säugetieren. A: (1) Sexualhormone (2) Glucocorticoids (3) <one>Mineralcorticoids</one> (4) <one>Progestagens</one>
+- How do the <one>rut-sites</one> look like? A: They contain about <one>40-60 nucleotides</one>, and are rich in <two>C</two>.
+- Give another name for an <one>enhancer</one>. A: <one>UAS</one> (<two>Upstream Activating Sequence</two>).
+- <one>Why</one> is <two>mRNA</two> unstable? Due to <one>the action of ribonucleases</one>.
+- <one>How</one> can we <two>experimentally distinguish between protein synthesized anew</two>? Via <one>cycloheximide</one>.
+- <one>Die ältesten Introns</one> gehören wahrscheinlich zur ... ? A: <one>Group II Introns</one>.
+- <one>Wo</one> in der Zelle finden wir "snoRNPs"? Im <one>Nucleolus</one>.
+- Aufgabe von <one>IF3</one>? Ist an die kleine ribosomale Untereinheit gebunden und verhindert das sich diese UE zu schnell mit der grossen ribosomalen UE verbindet.
+- Wer stellt 5' Ende, wer stellt 3' Ende von tRNA her? A: RNase P stellt 5-Strich Ende her, RNase Z stellt 3-Strich Ende her.
+- Nenne <one>zwei RNA Chaperones</one>. A: Hfq und das <one>Fin-O Protein</one>.
+- Wie könnte man verhindern, das das <one>Arabinose Operon</one> aktiv transkribiert wird? Durch <one>Zugabe von Glucose</one>. Glucose wirkt als Repressor des Arabinose Operon.
+- Does <one>the transcriptome</one> faithfully represent <two>the proteome</two>? <one>No</one>. []
+- In einem <one>in-vitro System</one> mit RNA hören die RNA-Stränge oft auf sich selbst zu replizieren. Wieso? Die Bindung zwischen Catalyst und Produkt wird zu stark, das System kann sich daher nicht selbst aufrecht erhalten.
+- <one>Which factor</one> <two>recognizes the TATA element</two> in eukaryotes? <one>TFIID</one>.
+- <one>Ago2</one> (Argonaute 2) is similar to which other cellular protein? <one>RNaseH</one>.
+- Was heisst das <one>H</one> in <two>rpoH</two>? <one>Heat shock response</one>.
+- The RNA for the globin protein is found ...? Only in <one>reticulocytes</one>.
+- <one>What happens</one> when <two>Arabinose</two> binds to AraC? It converts AraC from being a repressor to become an activator.
+- Wir wollen beim Menschen <one>Transkriptionsfaktoren nachweisen</one>. Welche drei allgemeinen Regeln sollten wir hierzu befolgen, die uns dabei helfen herauszufinden ob ein bestimmtes Protein ein Transkriptionsfaktor ist? (1) Fähigkeit an spezifische DNA-Sequenzen zu binden (2) Gewebe-Spezifität der Wirkung (3) Gebundener Transkriptionsfaktor beeinflusst die Transkription entweder positiv oder negativ
+- Is the lacI gene part of the lac operon? <one>No</one>.
+- Was heißt <one>PIC</one>, und <two>woraus besteht dieser</two>? A: <one>Präinitiationscomplex</one>. Er besteht aus DAB-PolII-FEH.
+- The protein <one>U2AF</one> binds where to? To the 3' splice site.
+- Das Substrat für die <one>Luciferase</one> ist ... ? <one>Luciferin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Luciferine []
+- <one>Which part of the RNA polymerase II</one> <two>contains the CTD</two>? The <one>beta subunit</one>. []
+- Nenne einen markanten <one>Unterschied</one> zwischen tRNA-Synthetase Klasse I und Klasse II. A: (1) <one>Klasse I</one> heftet an 2'-OH der Ribose an (2) <one>Klasse II</one> heftet hingegen an 3' OH an.
+- <one>Where</one> in Eukarya can we find "diphthamide"? In the elongation factor <one>eEF2</one>.
+- <one>Wann</one> wurde die "Shine-Dalgarno-Sequenz" entdeckt? <one>1975</one>.
+- In Bacteria: <one>which complex</one> <two>couples transcription with translation</two>? The <one>NusEG complex</one>.
+- The <one>brachyury gene</one> encodes a transcription factor required for mammalian ... ? <one>Gastrulation</one>.
+- <one>Which polymerase</one> transcribes the <two>U1 snRNA</two>? <one>RNA Polymerase II</one>.
+- <one>TAFs</one> haben eine strukturelle Ähnlichkeit zu ...? A: <one>Histonen</one>.
+- Name <one>two histone modifications</one> that start with the letter "A". A: (1) "Acetylation" (2) <one>ADP-ribosylation</one>
+- <one>Activation of eukaryotic genes</one> requires change in ... what <two>state</two>? The <one>state of chromatin</one>.
+- Proteine mit <one>Bromodomäne</one> erwerben welche Bindungseigenschaft? A: Sie <one>können an Acetyl-Lysin Seitengruppen binden</one>.
+- Nenne <one>ein Beispiel</one> für <two>ein Protein mit Bromodomäne</two>. A: Der <one>Swi-SNF Komplex</one>.
+- What is meant with <one>aa-tRNA</one>? This refers to an <one>aminoacyl tRNA</one>. []
+- Nenne die <one>2 Polyadenylation-Signale</one>. A: (1) AAUAAA (2) <one>AUUAAA</one>
+- Wie häufig ist eine <one>TATA-Box</one> <two>bei Haushaltsgenen</two>? <one>Eher selten</one>.
+- Was ist ein <one>Anti-Sigmafaktor</one>? A: Ein Protein das mit einem Sigmafaktor interagieren kann und ihn inhibiert, sprich seine Fähigkeit an Promotor DNA zu binden unterbindet.
+- <one>Welche Zielaminosäuren</one> haben <two>SH2-</two> und SH3-Domänen? (1) <one>SH2</one>: <two>Prolin</two> (2) <one>SH3</one>: <two>Phosphotyrosin</two>
+- <one>Wo genau</one> findet man die <two>Shine-Dalgarno-Sequenz</two>? Auf der <one>mRNA</one> (von Prokaryoten), <two>etwa 8 Basenpaare Upstream des (AUG) Startcodons</two>.
+- Andere Bezeichnung für <one>snoRNA</one>? <one>U-RNA</one>.
+- Nenne eine chemische Substanz für die <one>Zellfusion</one>. A: <one>Polyethylenglycol</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Polyethylenglycol []
+- In welchen mRNA Typ kann man viele uORFs finden? In mRNAs die für <one>Wachstum-regulierende Proteine</one> kodieren.
+- Wie lange <one>"überlebt"</one> der <two>Sigmafaktor 32</two> normalerweise, bevor er degradiert wird? Vergleiche dies bei Hitze. A: Etwa <one>2 Minuten</one>; bei Hitze ist der Sigmafaktor allerdings viel stabiler.
+- Name <one>three general ways</one> how <two>translation initiation</two> can be blocked. A: (1) starvation (2) drugs (3) <one>genetic manipulation</one>
+- <one>TFIIF</one> entspricht in Bakterien welchem Protein ...? A: Dem <one>Sigmafaktor</one>.
+- What is <one>the role of the snoRNAs</one>? They are required for <one>rRNA processing</one>.
+- <one>What auxiliary factor</one> does <two>RNaseP</two> require for cleavage? <one>Mg²⁺ Ion</one>.
+- Give another term for <one>histone modifications</one>. A: The <one>histone code</one>.
+- <one>Which receptor</one> binds <two>testosterone</two>? The <one>androgen receptor</one>. []
+- What is the <one>effector molecule</one> for the "glmS ribozyme"? <one>Glucosamine-6-phosphat</one>.
+- Bei der Genexpression, im Zuge der <one>Regulation</one>: <two>worauf bezieht sich positive und negative Regulation</two>? <one>Auf die Transkription</one>: negativ schaltet sie ab, Positiv schaltet sie ein.
+- <one>Histones</one> containing the <two>H3K4me3 modification</two> are frequently found near ... ? Near <one>promoters of transcriptionally active genes</one>.
+- <one>cAMP</one> in Eukaryoten <two>aktiviert welches cytoplasmatisches Protein</two>? Die <one>Proteinkinase A</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Protein_kinase_A
+- What means <one>deadenylation</one>? Deadenylation refers to <two>the removal of poly(A) tail from the 3' end</two>.
+- What was <one>Yanofsky's</one> great achievement in the year <two>1963</two>? A: <one>Yanofsky</one> showed that mutations appear in the same order ("colinearity of mutations").
+- <one>CBP</one> und <one>p300</one> sind was (haben was gemeinsam)? A: Es sind beides <one>Co-Aktivatoren</one>. []
+- Wofür steht die Abkürzung <one>SIR</one>? A: <one>Silent Information Regulator</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/SIR_proteins []
+- <one>How</one> can we reveal if a protein codes for a functional <two>nuclear localization signal</two>? Via <one>translational fusion experiments</one>.
+- <one>mTOR</one> kann 4E-BP phosphorylieren. Hierzu benötigt es welches Protein? <one>Raptor</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RPTOR#Function
+- What happens in <one>NGD</one>, the <two>no-go decay</two>? <one>mRNAs</one> displaying a <two>strong secondary structure</two> <three>can block ribosome progression</three>.
+- <one>DNAsen</one> kann man <two>unterscheiden in ...</two>? <one>Endonucleases</one> und <one>Exonucleases</one>. []
+- Is <one>CREB</one> (the "cAMP response element binding protein") phosphorylated? <one>Yes</one>; <two>this can be determined via an antibody</two>, against the "phosphorylation status of serine 133".
+- <one>Transcribing RNA polymerases</one> <two>swap between which three states</two>? (1) pre-translocated (2) reverse-translocated (3) post-translocated
+- The <one>H-NS protein</one> <two>silences gene expression</two> at, at the least, two different promoters. Which ones? A: Onto <one>proU</one> and <one>bgl operons</one>.
+- <one>Ringförmige RNA</one> kann welche merkwürdige Form annehmen? Aufgrund zahlreicher Basenpaarungen kann das <one>potato spindle tuber viroid</one> die Form eines <two>Stäbchens</two> annehmen.
+- What is <one>the terminal nucleotide</one> of the <two>tRNA 5' end</two>? <one>G</one>.
+- Do <one>pH changes</one> modulate the activity of <two>Sp1</two>? <one>Yes</one>. []
+- Nenne ein Protein das den Zellzyklus stoppen kann. A: <one>p21</one>.
+- Name <one>two different</one> <two>chromatin-remodeling complex families</two>. A: (1) the <one>SWI</one>/<one>SNF family</one> (2) the <one>ISWI family</one>
+- Die <one>tRNA</one> ist mit der Aminosäure über welche Bindung verknüpft? Über eine <one>Esterbindung</one>. []
+- Typische Länge eines core promoter (in Eukaryoten, von-bis in Nukleotide)? A: <one>40-60 Nukleotide</one>.
+- Behindert <one>Glucose</one> das <two>Arabinose Operon</two>? <one>Ja</one>. Die <two>Arabinose abbauenden Enzyme</two> werden nur bei Fehlen von Glucose bereitgestellt. []
+- U1 snRNA gene contains <one>DSE</one> and <one>PSE</one>. What do these abbreviations stand for? (1) DSE: "distal   sequence element" (2) <one>PSE</one>: <two>proximal sequence element</two>
+- <one>CREB</one> <two>gehört zu welcher Familie</two>? A: <one>ATF-1</one> (<one>Activating Transcription Factor 1</one>).
+- In der Genetik: wie ist eine <one>Attenuatorregion</one> definiert? A: Dies ist <one>eine DNA-Region an der sich entscheidet ob die RNA-Polymerase die Transkription fortsetzt oder nicht</one>.
+- <one>NtrC</one> <two>erhält wie Energie</two>? Durch <one>ATP Hydrolyse</one>.
+- Was genau ist ein <one>Thymin-Dimer</one>? Ein Thymin-Dimer bezeichnet eine kovalente Bindung zweier übereinanderliegender Pyrimidinbasen, eben 2x Thymine.
+- In E. coli, <one>AUG</one>, <one>GUG</one> and <one>UUG</one> can serve as initiation codon. What additional codon can serve as initiation codon in E. coli? <one>AUU</one>.
+- <one>Wo</one> finden wir die <two>BRE-box</two>? <one>Stromaufwärts</one> von der <two>TATA Box</two>.
+- Angenommen wir müssen <one>terminal phosphate</one> von einer Polynucleotide chain entfernen. Welche Strategie könnte hier angewendet werden? Das Enzym <one>Phosphatase</one> kann hier verwendet werden.
+- Give another name for <one>metagenomics</one>. A: <one>Environmental genomics</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Metagenomics []
+- <one>Which three enzymes</one> are required for the <one>mRNA capping event</one>? (1) <one>RNA triphosphatase</one> (2) <one>guanylyltransferase</one> (3) <one>guanine-N7-methyltransferase</one>
+- <one>Which enzyme</one> <two>introduces positive supercoils into DNA</two>? The <one>reverse DNA gyrase</one>. URL: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/28331998/ []
+- How can <one>modification enzymes</one> protect? <one>Modification enzymes</one> transfer a methyl group onto the DNA.
+- Der <one>Transkriptionsfaktor Sp1</one> hat <two>in seiner DNA-Bindungsdomäne</two> <three>wieviele aufeinanderfolgende Zinkfinger</three>? <one>3</one>. []
+- We add <one>acetyl-groups</one> to the <two>N-terminal area of a protein</two>. What is the effect, in regards to such proteins? These proteins will be <one>more resistant to degradation</one>.
+- Nenne <one>drei Gründe</one> warum Oligonucleotide wichtig sind. A: (1) DNA-Sonde (2) Primer für PCR (3) Sequenzierung
+- Nenne <one>zwei Strukturelemente</one>, die charakteristisch für ein <two>Intron</two> sind und auch darin vorkommen. A: Ein <one>internes A</one> (<two>branch point site</two>) und ein <three>Py tract</three>.
+- What is <one>LacUV5</one>? <one>LacUV5</one> is <two>a variant of the lac promoter</two> with an altered sequence in its -10 region. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/LacUV5
+- The <one>proofreading of DNA polymerase III</one> requires what specific activity? 3' to 5' exonuclease activity.
+- In einem eukaryoten Strukturgen, <one>wo</one> finden wir die GC-Boxen? <one>-90bp</one>.
+- Nenne <one>drei Methoden</one> zum Einschleusen von Fremd-DNA in Mäuse. A: (1) Einschleusen gentechnisch veränderter Stammzellen (2) Mikroinjektion (3) <one>Retrovirusvektoren</one>
+- Woran bindet <one>SNP U1</one> respektive U2? <one>U1</one> bindet an das AG innerhalb der GU-AG und <one>U2</one> bindet an das A der <two>internal branch point</two>.
+- Nenne eine <one>super-family</one> für <two>nukleare Rezeptoren</two>. A: <one>Steroidhormon-Rezeptoren</one>.
+- <one>Welcher Teil</one> des <two>TBP Proteins</two> <three>bindet an DNA</three>? Der <one>C-terminale Bereich</one>. []
+- The <one>Wnt proteins</one> <two>are rich in which amino acid</two>? <one>Cysteines</one>.
+- Name <one>two factors</one> that help dissociate ribosomal subunits. A: (1) RRF (2) EF-G
+- Das <one>core enzyme</one> der <two>E. coli RNA Polymerase</two> besteht aus welchen Untereinheiten? Beta, Beta-Strich, 2x Alpha.
+- Why do we make use of <one>polysome gradients</one>? We can use them <one>to show that different mRNAs will have a different amount of ribosomes attached</one>, and thus will show a differential amount of translation, and subsequently, protein level.
+- Die <one>U5-snRNA</one> tritt an Stelle von welcher anderen snRNA? Der <one>U1-snRNA</one>.
+- Welchen <one>Vorteil</one> hat die RNA Polymerase gegenüber der DNA-Polymerase? Die <one>RNA Polymerase</one> <two>benötigt keinen Primer</two>.
+- Was sind <one>chromosomale Domänen</one>? Sie definieren transkribierte und nicht-transkribierte Bereiche.
+- Nenne einen Vertreter der Tyrosinkinasen. A: Protein-Tyrosinkinase (PTK).
+- Name <one>two domains</one> that can be found in <two>HP1</two>. A: (1) <one>chromodomain</one> (2) <one>chromoshadow domain</one>
+- If we see an "Up element", what may we conclude? That this is a <one>very strong promoter</one>.
+- What is the <one>SWI-SNF complex</one> capable of doing? The <one>SWI-SNF complex</one> can reposition nucleosomes (in a test-tube assay) if ATP is present.
+- Wie wirkt <one>Proflavin</one> auf dsDNA? A: Proflavin fügt ein Nucleotidpaar hinzu, oder entfernt eines.
+- <one>Wie erkennen</one> <two>DNA-Glycosylasen</two> falsche Nukleotide? Mittels <one>base-flipping</one>.
+- Das <one>Exosome</one> umfasst <two>wieviele Exonucleasen</two>? A: Mindestens <one>9</one>. []
+- <one>mTOR</one> ist eine Proteinkinase. Welche Aminosäure oder welche Aminosäuren sind das Ziele von mTOR? (1) <one>Serin</one> (2) <one>Threonin</one>
+- Die <one>SD-Sequenz</one> ist zu welcher Region komplementär? Der <one>16S rRNA</one>.
+- DNA Polymerase II in eukaryotes is composed of n subunits? <one>12</one>.
+- What is meant with the term <one>internal promoter</one>? This is a promoter <one>located within the transcribed region</one>.
+- Die <one>23S rRNA in Prokaryoten</one> entspricht was in Eukaryoten? Der <one>28S rRNA</one>. []
+- Name <one>the four steps in translation</one>. A: (1) Initiation (2) Elongation (3) Termination (4) <one>Ribosome recycling</one>
+- Was ist <one>gRNA</one>? <one>guide-RNA</one>, die ist an RNA-editing beteiligt. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Guide_RNA []
+- Die <one>RNA-Polymerase II</one> besteht aus <two>n Untereinheiten</two>? <one>Zwölf</one> (<two>12</two>). []
+- In <one>apoptosis</one>: what means "DISC"? <one>Death inducing signalling complex</one>.
+- <one>Welchen Effekt</one> sehen wir wenn <two>mTOR</two> das Protein S6 aktiviert? Dies fördert die Synthese ribosomaler Proteine, was wiederum die <one>Translationskapazität</one> der Zelle fördert.
+- Was sind <one>Strukturanaloga</one>? Dies sind Substanzen, die wie natürliche Induktoren wirken können, jedoch nicht von dem Enzym metabolisiert werden können.
+- <one>Wo</one> beginnt <two>PIC formation</two>? A: An der <one>TATA Box</one> (-30).
+- <one>Who</one> precisely can decode <two>Lysine Methylation</two>? The <one>Chromodomain</one>.
+- Das <one>Ribosom</one> bedeckt wieviele Basen auf der mRNA? Etwa <one>35</one>.
+- <one>Which protein</one> recognizes both tRNA-sec and the stem-loop in Prokarya? <one>SelB</one>.
+- Name <one>a factor</one> that recognizes the BRE-element. A: The <one>TFB</one> (<two>transcription factor B</two>).
+- <one>Wie</one> ergibt sich <two>die Identität einer tRNA</two>? Über die <one>Anticodon-Loops</one>. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6462517/ []
+- <one>Wie häufig</one> ist das <two>minor spliceosome</two> in Menschen zu finden? A: 1 in 1000 (also nur etwa <two>0.1%</two>). 
+- Was haben <one>starke Promotoren</one> und womit interagieren sie? A: Starke Promotoren besitzen ein UP Element, welches mit dem Carboxyteil der Alpha-Untereinheit der Polymerase interagiert.
+- Welchen Effekt hat Rapamycin auf mTOR, und davon ausgehend, auf die Zelle? <one>Rapamycin inaktiviert mTOR</one> - und <two>reduziert dadurch die Proteinbiosynthese</two>.
+- Name <one>two difficulties</one> that are encountered by Pol II during transcriptional elongation. A: (1) <one>Transcriptional arrest</one> (2) <one>Transcriptional pausing</one>
+- <one>Nucleotides may be removed one at a time</one> from the 5' and 3' of a <two>tRNA</two>, in a process known as ... ? <one>Trimming</one>. []
+- <one>SRP</one> (<two>signal recognition particle</two>) binden woran? An das <one>Signal peptide</one> eines secretory proteins.
+- Was heisst <one>MITE</one>? <one>Miniature inverted repeat transposable Element</one>.
+- Das <one>Schlüsselenzym der Genexpression</one> ist ... ? Die <one>RNA-Polymerase</one> (genauer: die <two>DNA-abhängige RNA-Polymerase</two>).
+- Der <one>Mediator-Komplex</one> lagert sich woran genau an? An die <one>C-terminale Region</one> der RNA-Polymerase II.
+- What is the <one>general impact of chromatin</one> in regards to gene expression? <one>Chromatin</one> itself <two>represses gene expression</two>. []
+- <one>Aminoacyl tRNA-synthetase</one> link amino acid to ... of tRNA? The 3' end of a tRNA.
+- Der <one>cAMP-CAP Komplex</one> <two>verstärkt die Ablesung der DNA um ...</two>? Das <one>50-fache</one>. []
+- Nenne einen <one>common cause</one> für RNA Polymerase arrest an. A: <one>Geschädigte DNA</one>.
+- Die <one>TFII H</one> besitzt sowohl eine <two>Helikase-Aktivität</two> als auch eine <two>Kinase-Aktivität</two>. Wieso braucht sie diese beiden Aktivitäten? Die Helikase-Aufgabe entwindet die DNA. Die Kinase phosphoryliert den C-Terminus von Pol II.
+- Nenne <one>eine biochemische Methode</one>, wie wir zwischen <two>Euchromatin</two> und <two>Heterochromatin</two> unterscheiden können. A: Behandlung mittels <one>DNase I</one>.
+- <one>Wovor</one> schützt die <two>Methylierung</two>? Vor <one>Restriktion</one>.
+- Name <one>four regulatory nucleotides</one>. A: (1) cyclic AMP (2) <one>cyclic GMP</one> (3) ppGpp (4) <one>cyclic di-GMP</one>
+- <one>Which two domains</one> can be found in <two>Gal4</two>? (1) <one>Activation Domain</one> (2) <one>DNA-Binding Domain</one>
+- Nenne ein Beispiel in der Genexpression für <one>Substratrepression</one>. A: Das <one>trp-Operon</one> in <i>E. coli</i>.
+- Der <one>eukaroytische eIF4E</one> wird durch welchen Komplex inaktiv gehalten? A: Durch <one>4E-BP</one>.
+- What is a <one>dead kinase</one> <two>mutation</two>? This is <one>a mutation that inactivates a kinase</one>, which means that this kinase is now <two>incapable of phosphorylation</two>.
+- <one>Welche zwei Schleifen</one> kann die trp mRNA ausbilden? (1) Terminatorhaarnadelschleife (2) Antiterminatorhaarnadelschleife
+- <one>Promotor Escape</one> <two>ist assoziiert mit Phosphorylierung von welchem Serin</two>, und wie ist es bei Elongation? A: <one>Serin 5</one>, und <two>bei Elongation</two> <one>Serin 2</one>.
+- What is <one>ratcheting</one> in molecular biology? The two tRNAs at the A and the P site are tilted relatively.
+- <one>Wo</one> innerhalb einer Zelle findet man <two>POL II</two> und <two>POL III</two>? A: Im <one>Nucleoplasma</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Karyoplasma
+- <one>Wo</one> finden wir <two>upstream ORFs</two> allgemein? <one>Innerhalb</one> der <two>5' UTR einer mRNA</two>.
+- <one>BamH1</one> schneidet an welcher Sequenzfolge? <one>GGATCC</one>.
+- Define the term <one>insertional mutagenesis</one>. A: This technique causes Mutations through random insertion of foreign DNA Fragments.
+- Das <one>DNA Bindemotiv in CREB</one> besteht aus ... ? A: <one>Vielen basischen Aminosäuren</one> wie <two>Lysin</two> oder <two>Arginin</two>.
+- Was produziert das <one>lin4 Gen</one>? A: Zwei RNA-Produkte: <two>miRNA</two>.
+- Welche <one>intrazellulären Rezeptoren</one> verwenden <two>Zinkfinger-Motife</two>? Die <one>Rezeptoren für Steroide</one>, zum Beispiel.
+- What is meant with an <one>ubiquitous promoter</one>? This is <one>a promoter that can drive expression of a gene</one> <two>in all tissues</two>.
+- Is <one>Xeroderma pigmentosum</one> <two>dominant</two> or <two>recessive</two>? It is <one>a recessive disease</one>.
+- Wie wirken <one>Tetracycline</one> genau? <one>Tetracycline</one> lagern sich an die 30 S-Ribosomenuntereinheit an und verhindern damit die Anlagerung der tRNA.
+- Was produziert die RNAse <one>Dicer</one>? A: <one>dsRNA</one>, zwischen 21-25 Nukleotide lang, mit je 2 Nukleotiden Überhang.
+- Warum ist <one>Poly-A</one> bei Eukarya nicht immer praktisch zur Isolation geeignet? A: Weil man manchmal nur cytoplasmatische mRNA isolieren möchte, bei der Isolation jedoch die gesamte mRNA Fraktion isoliert die einen Poly-A Schwanz hat - auch jene des Zellkerns.
+- Es gibt die <one>Lipidkinase PI3K</one>. Was heißt PI3K? <one>Phosphoinositid-3-Kinase</one>.
+- <one>Warum</one> ist es so schwer die <two>Replikationsursprünge in Säugetierzellen</two> zu identifieren? Da außenliegende Sequenzen einen großen Einfluss haben können.
+- <one>Release Factors</one> binden wo genau? An die A-Stelle im Ribosom.
+- Der <one>SP1-Transkriptionsfaktor</one> besteht aus n Domänen? Er besteht aus <one>zwei Domänen</one>.
+- Ein <one>Intron</one> das 300kb lang ist braucht wie lange zum transkribieren? <one>2.8 Stunden</one>.
+- <one>WNT</one> baut was ab? A: <one>Beta-Catenin</one>. []
+- <one>Warum</one> sind <two>viele der Nukleotide in der rRNA</two> <three>methyliert</three>? Das schützt die rRNA vor Abbau durch Ribonucleasen.
+- Nenne <one>zwei Fakten</one> zu <two>TRCF</two>. A: <one>TRCF</one> hat eine ATPase Aktivität und kann stehengebliebene RNA Polymerase zur Dissoziation bringen.
+- <one>Andere Bezeichnung</one> für die <two>heat shock response</two>? <one>Unfolded protein response</one>.
+- <one>Alpha-Amanitin</one> ist ein zyklisches Peptid das aus wievielen Aminosäuren besteht? <one>Alpha-Amanitin</one> besteht aus <two>8 Aminosäuren</two>. []
+- Was für eine Aufgabe hat <one>Region 2.3</one> des <two>Sigmafaktor</two>? A: <one>Promoter Melting</one> (<two>Transcription Initiation</two>). []
+- In eukaryotes, <one>at the capping step</one> - is the addition of the guanine residue, thus forming the cap, genetically encoded? <one>No</one>, it is not. []
+- The <one>DNA-Polymerase V</one> is also called ..? <one>Error-prone polymerase</one>.
+- <one>How</one> is <two>the rotational movement of the ribosomal subunits relative to each other</two> called? <one>Ratchet</one>.
+- <one>How</one> are <two>microRNA genes</two> denoted? With the symbol <one>mir</one>. []
+- Werden <one>eukaryote Chromosomen</one> wie <two>prokaryote Chromosomen</two> repliziert? <one>Nein</one>. Verschiedene Abschnitte im Chromosom werden zu unterschiedlichen Zeiten in der S-Phase repliziert.
+- <one>SmpB</one> structurally mimics ...? The anticodon arm of a canonical tRNA.
+- <one>Dyskerin</one> is responsible for <two>the conversion of ... to ... </two>? <one>Uridine</one> → <two>pseudouridine</two>.
+- Wo zum Beispiel finden wir <one>Dipthamid</one>? A: Im eukaryotischen Elongationsfaktor <one>eEF-2</one>.
+- Was macht <one>Rtt103</one>? A: Rtt103 Ladet eine RNAse auf den CTD Tail der Polymerase.
+- Nenne einen "Ribozyme-Typ". A: Das <one>Hammerhead-Ribozyme</one>.
+- <one>S. cerevisie</one> besitzt <two>n Kopien</two> an <three>YSPTSPS</three>, <four>Säugetiere</four> hingegen n? <one>S. cerevisiae</one>: 26 Kopien von YSPTSPS, <one>Säugetiere</one>: 52 Kopien von YSPTSPS.
+- <one>How long</one> is the final tmRNA? 363 nucleotides.
+- What is meant with the term <one>nested gene</one>? When a complete gene is found within the intron of a larger host gene. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nested_gene
+- Why are <one>enhanceosomes</one> necessary in eukaryotes? So as <one>to overcome the inertia of chromatin</one>.
+- The <one>inducible form of nitric oxide synthase</one> (NOS2) <two>catalyzes the synthesis of nitric oxide</two> (NO) from arginine in response to ... ? Injury and infection.
+- Nenne <one>3 post-translationale Modifikationen</one>. A: (1) Glykosylierung (2) <one>Myristylierung</one> (3) <one>Phosphorylierung</one>
+- What <one>bridge</one> can we find in the eukaryotic cap? A <one>tri-phosphate bridge</one>.
+- Was heißt <one>TOP mRNA</one>? <one>Terminal oligo-pyrimidine tract</one>.
+- <one>H4K8</one>: <two>was fällt einem dazu ein</two>? A: <one>Bromodomain</one> im Swi-SNF Komplex. Er bindet an H4K8.
+- <one>Exonucleases</one> <one>generate what</one>? <one>Mononucleotides</one>. []
+- Nenne ein Beispiel für einen <one>heterodimeren Transkriptionsfaktor</one>. A: <one>AP-1</one>.
+- The <one>PABP</one> (<two>Poly(A)-binding protein</two>) covers how many nucleotides? Around <one>50 nucleotides</one>.
+- <one>Welche TAFs</one> erkennen das <two>Inr-Element</two>? (1) <one>TAF1</one> (2) <one>TAF2</one>
+- <one>Mit welchem Organell</one> ist mTORC1 assoziiert? Mit dem <one>Lysosom</one.
+- <one>Wann</one> wird die Initiator-Methyl-tRNA in Eukaryoten verwendet? Die 40S Untereinheit hat diese tRNA bereits gebunden bevor sie mit dem "scanning" entlang der mRNA beginnt.
+- Which <one>protease</one> activates the anti-sigma factor RseA? DegS.
+- During <one>cold shock</one> and heat shock response, which proteins are synthesized significantly more often? <one>Chaperones</one> that may <two>help refold unfolded proteins</two>.
+- The <one>DNA-recognition rules</one> are of <two>which two types</two>? (1) <one>chemical</one> (2) <one>stereochemical</one>
+- Nenne ein <one>Restriktionsenzym</one> welches <two>nur methylierte DNA schneidet</two>. A: <one>Dpn I</one>. []
+- Nenne einen <one>Cofaktor</one> der RNA Pol III. A: Das <one>La-Protein</one>.
+- What is the effect of binding of <one>EF-1</one>? This displaces the empty tRNA from the E-site under hydrolysis of GTP.
+- Im Jahr 2009 wurden <one>self-replicated ribozymes</one> erstellt. <two>Wie lang waren diese RNAs</two>? Jedes war etwa <one>70 Nucleotide</one> lang.
+- <one>Welche allgemeine Aufgabe</one> haben <two>snoRNAs</two>? Modifizieren RNA-Basen chemisch.
+- Allgemein: <one>wenn ein Promotor methyliert wird</one>, so <two>führt dies zu welchem Effekt</two>? Dies führt zum <one>Abschalten des Gens</one>.
+- How can <one>codons</one> contribute to the duration of gene expression? mRNAs containing <one>many rare codons</one> <two>will take longer to translate</two>.
+- Do <one>eukaryotes</one> <two>typically have many copies of each tRNA gene</two>? <one>Yes</one>. []
+- <one>Where</one> can we find a <two>5' to 5' triphosphate bridge</two>? In the <one>eukaryotic 5' cap structure</one>. []
+- <one>Welchen Zweck</one> erfüllt die <two>Kozak-Sequenz</two>? Sie stellt die richtige Umgebung für das Initiationscodon (AUG) her.
+- Nenne <one>zwei wichtige sekundäre Botenstoff beim Menschen</one>. A: (1) <one>Ca²⁺</one> und (2) <one>cAMP</one>
+- Die <one>U2-snRNP</one> <two>ersetzt welche zwei Faktoren</two> wenn sie an die interne A-Site im Intron bindet? A: <one>U2AF</one> und <one>BBP</one>.
+- Was meinen wir mit einer <one>bicistronischen mRNA</one>? Dies ist eine mRNA mit zumindest zwei offenen Leserahmen (<one>2 ORFs</one>).
+- <one>SL1</one> bindet an DNA nur wenn ... ? A: Nur <one>wenn sein Kofaktor UBF an die DNA gebunden ist</one>.
+- <one>What happens</one> in the <two>R-looping technique</two>? RNA is hybridized to its DNA template.
+- <one>When</one> does the <two>packaging of chromatin</two> change? It <one>changes during the eukaryotic cell cycle</one>.
+- <one>Sp1</one> is linked to the maintenance of ... ? <one>methylation-free CpG islands</one>.
+- <one>UBF</one> besitzt <two>eine besondere Domäne</two>. Welche Eigenschaft hat diese Domäne? A: Sie besitzt eine saure carboxymale Domäne (mit viel Asparaginsäure und Glutaminsäure).
+- <one>Welcher Teil einer Aminosäure</one> wird mit der tRNA verknüpft? Der <one>Carboxyterminus</one> - es entsteht eine C=O Verbindung beziehungsweise ein <two>-C=O-O Ester</two>.
+- <one>Bei welchen Genen</one> kann die <two>E-Box</two> gefunden werden? A: Vor allem vor <one>Proliferationsgenen</one>.
+- Wie werden Gene genannt die strändig transkribiert werden? <one>Konstitutiv exprimierte Gene</one>.
+- <one>Steroid-Hormone</one> binden im Zellkern an ...? HRE (<two>Hormone-Responsive-Elements</two>).
+- <one>Why</one> must <two>the reversal of chromatin-state</two> be sometimes rapid? So that a cell can quickly switch on or off a gene, in response to external signals.
+- Der <one>Sigmafaktor 70</one> besitzt wie viele Regionen? <one>4</one>. []
+- <one>RNA-Polymerases</one> may undergo <two>slippage</two>, especially where? When they encounter <one>CA-repeats</one>.
+- <one>One gene, one enzyme</one>. Name 3 general exceptions of this scheme. A: (1) alternative splicing (2) polyprotein (3) frameshift
+- Aufgabe der <one>snoRNAs</one>? <one>Chemische Modifikation von rRNAs</one>.
+- How many <one>different tRNA modifications</one> are known? At the least <one>70</one>.
+- Bei den <one>DNA Typ I Isomerasen</one> finden wir <two>welche Aminosäure an der aktiven Stelle</two>? <one>Tyrosin</one>. []
+- <one>Wo</one> findet man die <two>active site</two> bei der Polymerase? A: An der Basis der Pincers, innerhalb der active site cleft.
+- <one>SP1</one> binds to which sequence? <one>GGCGCC</one>.
+- Das <one>U6 snRNA Gen</one> besitzt <two>ein besonderes Strukturmerkmal</two>. <three>Welches</three>? A: Eine <one>TATA Box</one> bei Region-30.
+- <one>In which direction</one> does the <two>Rho-factor</two> move? The <one>Rho-factor</one> moves from <two>5'</two> to <two>3'</two> direction along the mRNA strand. []
+- Die <one>Pol II</one> <two>besitzt n Heptapeptidrepeats</two> bei Hefe / Drosophila / Säugetier? <one>26</one>/<one>44</one>/<one>52</one>.
+- The <one>CCA-adding enzyme</one> uses what as input? Only <one>ATP</one> or <one>CTP</one>. []
+- Wer genau erkennt das <one>UP-Element</one>? A: Die <one>Alpha-CTD Region</one> der Polymerase.
+- Nenne ein Thymin-Analog! A: <one>Bromouracil</one>.
+- Wofür steht die Abkürzung <one>PTGS</one> in der Genexpression? <one>Post Transcriptional Gene Silencing</one>. []
+- Give one example for a <one>strong promoter</one> not starting with the letter <two>T</two>. A: The <one>SV40 promoter</one>.
+- Name <one>three pathways</one> that <two>remove mRNA from a cell</two>. A: (1) deadenylation-dependent mRNA decay (2) deadenylation-independent mRNA decay (3) Endoribonuclease-mediated mRNA decay
+- Name <one>three differences</one> between <two>promoters</two> and <two>enhancer elements</two>. A: Enhancer elements: (1) usually lie more distant to the target gene (2) can be active in both directions of the DNA strand and (3) lack binding sites for RNA polymerase II.
+- <one>Wer</one> <two>bindet an Poly-A</two>? <one>PABP</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Poly(A)-binding_protein []
+- Name one immediate advantage of <one>constitutive expression</one> over an inducible system. A: You do not need an inducer!
+- What is the task of the <one>snoRNAs</one>? <one>snoRNAs</one> <two>modify ribosomal RNAs</two>.
+- Durchmesser eines Ribosom, in n Nanometer? <one>25 Nanometer</one>. []
+- Was geht dem <one>Anticodon loop</one> voraus? Immer <one>zwei Pyrimidine</one>.
+- <one>Lac ZYA</one> kodiert <two>für drei Gene</two>. Welche? A: (1) <one>Z</one>: <two>Galactosidase</two> (2) <one>Y</one>: <two>Permease</two> (3) <one>A</one>: <two>Thiogalactoside Transacetylase</two>
+- <one>Welche Relation</one> gibt es zwischen ppGpp und GTPasen? ppGpp can bind and inhibit GTPases.
+- <one>UBF Proteine</one> ähneln welchen anderen Proteinen? <one>HMG1 Chromatin Proteinen</one>.
+- <one>Welche Sigmafaktor-70 Region</one> ist für das promoter melting zuständig? <one>Region 2.3</one>.
+- Was meinen wir mit <one>Hotspot Mutationen</one> in PI3K? Dies sind Mutationen die die Kinase Aktivität erhöhen.
+- <one>Von welchen zwei Dingen</one> ist die <two>DNA-Ligase</two> abhängig? Von <one>ATP</one> und von einem <two>Lysin-Rest im Enzym</two>.
+- <one>Wie schnell</one> ist die <two>DNA-Helicase</two>? Etwa 1000 Nukleotide pro Sekunde. []
+- Another word for <one>Gal4 Enhancers</one>? <one>UAS</one>.
+- What is meant with the term positive regulation? The presence of a bound protein is required for transcription.
+- <one>Where</one> can we find <two>polysomes</two>? In both bacteria and <one>eukaryota</one>.
+- <one>Small silencing RNAs</one> <two>associate with which protein family</two>? With the <one>Argonaute protein family</one> (<two>AGO</two>).
+- <one>Wieviele Basenpaare</one> umfasst der "open complex"? <one>14</one>.
+- Was erlaubt der <one>NTP-Uptake channel</one>? Das neue Nukleotide an die active site der Polymerase gelangen können.
+- Die Gegenspieler von Protein-Kinasen sind die ...? <one>Protein-Phosphatasen</one>.
+- Die <one>Methylgruppe am Cytosin</one> ragt in die große Rinne der DNA hinein. <two>Welchen Effekt kann dies haben</two>? Proteine die Methylgruppen erkennen, können nun binden. Zudem können Transkriptionsfaktoren verdrängt werden.
+- Do we find <one>attentuation control</one> <two>in Eukarya</two>? <one>No</one>. []
+- <one>U2AF</one> besitzt <two>zwei Motive</two>. Welche? A: RRM und <one>RS Motiv</one>.
+- <one>Welches Enzym</one> stellt das korrekte <two>3' CCA Ende</two> bei einer <three>tRNA</three> her? A: <one>tRNA Nucleotidyltransferase</one>.
+- Das <one>iron regulatory protein 1</one> hat welche 2 Funktionen? A: Es wirkt als cytoplasmatische Aconitase, und es bildet in Gegenwart von Eisen einen Eisen-Schwefel-Komplex.
+- Are all eukaryotic polymerases multimeric enzymes? Yes.
+- Nenne ein Protein das <one>AAUAAA</one> erkennt. <two>Aus wievielen Untereinheiten besteht dieses Protein</two>? A: <one>CPSF</one> (Cleavage and polyadenylation specificity factor), aus <two>vier Untereinheiten</two>.
+- <one>Welche drei Aufgaben</one> hat <two>p-TEFb</two>? A: (1) Er phosphoryliert Serin 2 in der Heptapeptid-Sequenz YSPTSPS (2) er rekrutiert danach hSPT5 und (3) danach rekrutiert er TAT-SF1
+- Name <one>a biological way</one> how gene expression patterns can change. A: When a <one>transposon</one> moves into a regulatory region.
+- Was heisst <one>ESEs</one>? A: <one>Exon Splicing Enhancers</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Exonic_splicing_enhancer []
+- Der <one>Fructosetransporter</one> ist ... ? <one>GLUT5</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/GLUT-5
+- <one>Welcher Teil</one> der bakteriellen Polymerase bindet DNA? Die <one>Beta' Untereinheit</one>.
+- <one>Wie stabil</one> kann <two>mRNA</two> maximal sein? Die <one>mRNAs in Oocyten</one> kann Jahre lang stabil bleiben.
+- <one>Welche zwei Enzymaktivitäten</one> hat die Reverse Transkriptase? Eine RNAse Aktivität und eine DNA-Polymerase-Aktivität.
+- Merkslogan zu <one>tRNA Wobble rules</one>? <one>C,A,G,U,I</one>. []
+- <one>Sulfolobus</one> species have <two>n replicons</two>? <one>3</one>. []
+- Name <one>an organism</one> <two>containig catalytic RNA</two>. A: <i>Oxytricha nova</i>.
+- <one>Welche Aufgabe</one> hat IF3? <one>IF3</one> bindet an eine 30S Untereinheit und verhindert dessen Interaktion mit einer 50S Untereinheit.
+- <one>mTORC</one> <two>kann einen Überschuß von Aminosäuren registrieren</two> - insbesondere von <three>welcher Aminosäure</three>? <one>Leucin</one>. []
+- Bei <slateblue>PolI Promotoren</slateblue>: <two>wie liegt TBP vor</two>? A: Im Verbund mit SL1.
+- Nenne ein Beispiel für ein <one>Phosphoprotein</one>. A: <one>Alpha-Synuclein</one> (alpha-Syn).
+- Welche <one>zwei Motive</one> haben <two>Leucine-Zipper Proteins</two>? (1) A basic region recognizing DNA sequence (2) a series of repeated leucin residues that mediate dimerization.
+- Welche <one>Proofreading Eigenschaften</one> hat RNA Polymerase? A: <one>Hydrolytic editing</one> und <one>Pyrolytic editing</one>.
+- <one>Wann</one> wird das <two>trp-Operon</two> gehemmt? <one>Nur wenn Tryptophan vorhanden ist</one>, und der resultierende trp-Repressorkomplex an den Operator binden kann. []
+- The <one>KH domain</one> <two>interacts with ...</two>? <one>ssDNA</one> and <one>ssRNA</one>.
+- <one>How</one> can scientists <two>follow the progress of protein synthesis</two>? By <one>radioactive labelling of the amino acids</one>.
+- Beim <one>mRNA Export</one>: <two>welcher Teil der mRNA verläßt den Zellkern zuerst</two>? Die <one>5'cap Struktur</one> <two>gelangt als erstes ins Cytoplasma</two>. []
+- <one>How</one> is the DNA positioned, in regards to the histones? <one>Histones</one> form the <two>interior core</two>; the DNA lies on the "surface of the histone discs".
+- <one>Wo</one> befinden sich Destabilisierungselemente in einer mRNA generell? In der <one>5'-UTR</one>.
+- Nenne <one>eine allgemeine Einschränkung jeder DNA Polymerase</one>. A: Alle <one>DNA-Polymerasen benötigen einen DNA-Primer</one>.
+- <one>UBE3A</one> kodiert für ... ? Eine <one>Ubiquitin-Protein Ligase</one>.
+- In der Genexpression: was heisst STATs? <one>Signal transducers and activators of transcription</one>.
+- What <one>fancy tunnel</one> can be found in the RNA-Polymerase? The <one>ribonucleotide triphosphate tunnel</one>.
+- Was heisst "EMSA" in der Gentechnik? <one>Electrophoretic mobility shift assay</one>.
+- Does <one>histone acetylation</one> <two>occur in insects</two>? <one>Yes</one>.
+- Nenne <one>zwei Metallionen</one> die von der RNA-Polymerase verwendet werden. A: (1) Mg2+ (2) <one>Mn2+</one>
+- <one>pTEFB</one> ist was für ein Enzymtyp? A: <one>pTEFB</one> ist eine <two>Kinase</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/P-TEFb []
+- <one>Welche Fähigkeit</one> verliert <two>acetyliertes HMGA1</two>? A: Kann nicht mehr an DNA binden.
+- In a <one>tRNA</one>: what is the <two>D-nucleotide</two>? This is the <one>Discriminator nucleotide</one>.
+- <one>How long</one> are "eukaryotic replicons", from-to? About 40 kb to 100 kb in length.
+- <one>Which U-snurp</one> creates the intron RNA loop? <one>U5</one>. []
+- Was kann an der <one>active site</one> einer Topoisomerase gefunden werden? Einen <one>Tyrosin-Rest</one>, also die Aminosäure Tyrosin.
+- <one>Where</one> may we find <two>diphtamide</two>? In the eukaryotic elongation factor <one>eEF2</one>.
+- In gene expression: what is <one>PYLSI</one>? <one>PYLSI</one> is the <two>pyrrolysine insertion sequence</two>.
+- <one>Nur wann</one>/<one>wie</one> können <two>STATs</two> in den Zellkern wandern? Nur wenn sie <one>im dimeren Zustand vorliegen</one>.
+- In <one>gene expression</one>: where can we find an <two>anchor region</two>? In <one>gRNAs</one> (<two>guide RNAs</two>).
+- Which <one>two substrates</one> are used by the <two>CCA-adding enzyme</two>? (1) <one>ATP</one> (2) <one>CTP</one>
+- Worum geht es bei <one>LRP</one> und GATC Sequenzen? A: Um <one>Pap Pilus Synthesis</one>.
+- Nenne ein Beispiel für einen <one>Anti-VEGF</one> Wirkstoff. A: <one>Avastin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Bevacizumab []
+- <one>Wie</one> geht die CRE Sequenz? A: <one>5' TGACGTCA</one>.
+- <one>4E-BP</one> bindet an (und inaktiviert dadurch) welches Protein? <one>eIF4E</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/EIF4E
+- <one>mTORC1</one> is involved in at the least <two>7 important biological processes</two>. Which ones are these? A: (1) protein synthesis (2) lipid synthesis (3) autophagy (4) lysosome biogenesis (5) energy metabolism (6) cell survival/metabolism (7) <one>cytoskeletal organization</one>
+- <one>CTD</one> trägt welche 2 Protein-Komplexe? A: (1) CPSF (2) <one>CSTF</one>
+- Nenne <one>zwei Beispiele</one> für Proteine mit Zinkfingermotiven an! A: (1) Sp1 (2) <one>TFIIIA</one>
+- <one>Wieviele Nukleotide</one> umfasst das Tetrahymena self-splicing Intron? A: <one>413</one>.
+- ... are the major repositories of epigenetic information. A: <one>Histones</one>.
+- Was heisst <one>siRNA</one>? <one>Small interfering RNA</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Small_interfering_RNA
+- <one>Wo</one> kann man <two>Hämoglobine</two> detektieren? A: Nur <one>in roten Blutkörperchen</one> (<two>Erythrocyten</two>). []
+- <one>RNase A</one> schneidet wo? Nach einem <two>Pyrimidine</two>.
+- <one>Which factor</one> <two>recognizes the cap during initiation</two>? <one>eIF4E</one>. []
+- A regulatory site that binds more negative regulators than positive regulators to control transcription is called ... ? A <one>silencer</one>.
+- Besitzen <one>Housekeeping genes</one> <two>schwache Promotoren</two>? <one>Nein</one>, da ihre Produkte immer benötigt werden, per Definition.
+- What is <one>the first product of tRNA-Synthetase</one>? <one>Aminoacyl-AMP</one> (<two>+ PPi</two>).
+- Give another name for <one>intron containing genes</one>. A: <one>Split genes</one>.
+- Das <one>src-Protein</one> <two>hat wieviele Untereinheiten</two>? Nenne diese. A: 4 Domänen. (1) Kleine Kinase-Domäne (2) grosse Kinase-Domäne (3) SH2-Domäne sowie (4) <one>SH3-Domäne</one>
+- Die <one>Auslösung einer gesteigerten Genexpression</one> <two>durch ein Hormon nennt man ... </two>? <one>Hormonelle Induktion</one>.
+- <one>Woher</one> nimmt die beladene tRNA ihre Energie um eine Aminosäure im Ribosom zu verknüpfen? Von <one>ATP</one>, das in AMP und PPi gespalten wird. []
+- For <one>translational repression of riboswitches</one>, <two>where</two> may we be able to find these riboswitches? Around the initiation site of translation.
+- <one>At which stage</one> is the <two>Ser5 position</two> phosphorylated by "TFIIH"? During <one>transcription initiation</one>.
+- <one>FACT</one> ist <two>ein Heterodimer</two> und <three>besteht aus ...</three>? A: (1) <one>Spt16</one> (2) <one>SSRP1</one>
+- What are <one>the two essential functions of DNA-Polymerases</one>? (1) primer function (2) <one>template function</one>
+- Name a way how we could induce <one>hsp70</one> in the lab. A: We can add <one>heavy metals</one>, such as <two>cadmium chloride</two>.
+- <one>Riboswitches</one> in a cell function as ...? <one>Sensors</one>, <two>by binding to metabolites with high affinitay and specificity</two>.
+- In gene expression, we have the <one>CPE</one>. What does <one>CPE</one> stand for? <one>Cytoplasmic polyadenylation element</one>.
+- Helici in Homöobox-Domänen haben eine <one>Erkennungshelix</one>. <two>Welche ist es</two>? A: <one>Helix 3</one> ist diese <two>Erkennungshelix</two>.
+- <one>Which enzyme</one> in E. coli does the de-novo synthesis of DNA strands? <one>DNA polymerase IV</one>.
+- Why may some proteins have a <one>hinge-domain</one>? Because this allows for more <one>flexibility</one>, in particular for <two>transcription factors</two>.
+- We know <one>mTOR</one>, but what is meant with <two>mTORC</two>, the <three>C</three> here? The <one>C</one> there stands for <two>complex</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/MTOR#Complexes []
+- Name a disadvantage of the <one>DNA Microinjection</one> technique. A: There will be <one>random integration</one> of the foreign DNA.
+- <one>Bacterial enhancers</one> employ which sigma factor? <one>Sigma 54</one>.
+- <one>Histone phosphorylation</one> occurs on ... ? The <one>hydroxyl-group of serine and threonine</one>.
+- Wie heißt das weltweit erste <one>anti-Sense Medikament</one>? <one>Vitravene</one>.
+- Name <one>two eukaryotic replication initiation factors</one>. A: (1) <one>Orc1</one> (2) <one>Cdc6</one>
+- Typische <one>Exon</one> Größe? <one>150 Nukleotide</one>.
+- Anderes Wort für eine <one>Reversion</one> an einem anderen Ort? A: <one>Double Mutant Reversion</one>.
+- Was sind eigentlich <one>Inteins</one>? <one>Inteins</one> sind Proteine die sich selbst heraus exzisieren können. Der andere Teil des Proteins, der nicht herausgeschnitten wird, wird Exteine genannt. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Intein
+- Bei der <one>DNA Replikation</one>: <two>was geschieht mit dem Pyrophosphat das abgespalten wird</two>? Es wird mittels des Enzyms <one>Pyrophosphatase</one> sehr schnell in 2 Phosphor umgewandelt.
+- Nenne einen <one>Faktor</one> der die Elongation stimuliert. A: <one>TFIIS</one>.
+- Nenne <one>zwei Beispiele</one> für RNAs die für "genome defence" zuständig sind. A: (1) piRNA (2) <one>siRNA</one>
+- <one>Inosin</one> <two>entsteht aus welcher Base</two>? <one>Hypoxanthin</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Inosin []
+- Die <one>PI3K</one> (<one>Phosphoinositide-3-Kinase</one>) besitzt <two>welche Untereinheiten</two>? <one>2</one>. p85: die regulatorische Untereinheit, die an den Rezeptor bindet; sowie p110: die <two>katalytische Untereinheit</two>.
+- <one>Which two domains</one> does the <two>RNase P</two> have? The <one>S-domain</one> (<two>specificity domain</two>) and the C-domain ("catalytic domain").
+- <one>Histone Acetyl Transferases</one> (<one>HATs</one>) are countered by which enzymes? The <one>Histone Deacetylases</one> (<two>HDACs</two>). []
+- Bei <one>bZIP Proteinen</one>, <two>wo</two> liegt die DNA Bindedomäne? A: Die liegt genau <one>vor</one> dem Leucin-Zipper Motiv.
+- Nenne <one>zwei Möglichkeiten</one> wie Proteine zur Regulation in der Genexpression beitragen können. A: Mittels ihrer (1) Half-life, sowie mit Interaktion von (2) Cofaktoren.
+- <one>Metallothionein Promotoren</one> können künstlich wie aktivieren werden? Durch <one>ZnSO₄</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Zinksulfat
+- Name a step in <one>eukaroytic gene expression</one> that can not be found in "Prokaryotes". A: <one>Splicing</one>.
+- Verändert die Polymerase ihre Form während der Transkriptions-Elongation? Ja - sie wird <one>kompakter</one>. []
+- <one>Which sigmafactor</one> controls the <two>heat shock response</two>? <one>RpoH</one> aka <two>Sigmafactor 32</two>. Mnemonic: <three>H</three> for <three>Heat</three> (or <three>Hitze</three> in german). []
+- <one>Wie viele Restriktionsendonucleasen</one> sind bekannt? A: <one>Über 3000</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Restriction_enzyme
+- Nenne einen <one>zellulären Prozess</one> bei dem <two>zwei Transester-Reaktionen</two> involviert sind. A: <one>Splicing</one>.
+- Nenne <one>ein Protein</one> das der Telomerase den Zugang zu den Telomeren erschwert. A: <one>POT1</one> - Protector of Telomeres. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/POT1 []
+- What ist he normal job of <one>Elongation Factor 2</one>? It brings a charged tRNA to the Ribosome.
+- <one>Gene expression</one> may be compared in several different experimental conditions. <two>Provide two examples here</two>. A: (1) normal versus diseases tissue (2) cell lines with or without drug treatment
+- What is the effect of a <one>release factor</one> that binds to the A site of a ribosome? It alters the activity of the peptidyl transferase such that it adds a water molecule to the carboxyl terminus of the nascent polypeptide.
+- <one>Acetyl groups</one> are added to <two>histone proteins</two>, by ... ? <one>Histone Acetyltransferase enzymes</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_acetyltransferase []
+- Molekular betrachtet: was bewirken <one>Cycline</one>? A: Cycline bewirken eine konformationelle Änderung in den Cdk-Kinasen (einschalten, ausschalten).
+- Nenne eine Methode mit der <one>Ribosome</one> gut untersucht werden können. A: Die <one>Kryoelektronenmikroskopie</one>.
+- <one>Rezeptoren</one> lassen sich charakterisieren nach welchen drei Kriterien? (1) ihrer "Lokalisation": Zytoplasma/Zellkern, Zellmembran (2) ihrer "molekularen Struktur" (3) dem <one>beteiligten Signalübertragungsweg</one>
+- <one>Phosphorylation</one> <two>requires what</two>? <one>ATP</one>. []
+- Name <one>three differences</one> between <two>primary tRNAs</two> and <two>mature tRNAs</two>. A: (1) no 5-prime leader sequence (2) no 3-trailer sequence (3) no introns
+- Die Energie beim <one>supercoiling</one> stammt von ... ? Von <one>ATP</one>. Das <two>Induzieren von supercoils</two> benötigt Energie; das Entfernen (relaxieren) hingegen benötigt keine Energie. []
+- Die Endonuclease <one>UvrABC</one> ist mit welchem Phänomen assoziiert? A: <one>Transcription coupled repair</one>.
+- Was ist <one>SUMO1</one>? A: Small ubiquitine-like modifier.
+- What is the job of the <one>tmRNA in bacteria</one>? The <one>tmRNA</one> can rescue <two>stalled ribosomes</two>.
+- What is the primary advantage of the <one>deadenylation-independent mRNA decay pathway</one>? It is initiated by decapping and is not dependent on prior deadenylation.
+- Was macht das Enzym <one>Disulfidisomerase</one>? Die Disulfidisomerase baut Disulfidbrücken um.
+- Können <one>Enhancer</one> <two>in Introns</two> liegen? A: <one>Ja</one>. []
+- Der <one>precursor von mRNA</one> (auch der ausgeschriebene Name) ist ... ? <one>Heterogeneous nuclear RNA</one> (<two>hnRNA</two>).
+- <one>Which general role</one> does <two>chromatin</two> have, in regards to gene expression? Chromatin in general <one>represses the expression of genes</one>. []
+- Das <one>TFII-I Protein</one> in Eukaryoten, kann woran binden? An das <one>Inr-Element</one>.
+- Elongation und Promotor Escape. Welche Serin-Positionen werden phosphoryliert? A: (1) Bei "Elongation" <one>Serin 2</one>. (2) Bei <one>Promotor Escape</one> <two>Serin 5</two>.
+- Are the <one>three different initiation codons</one> functionally the same? <one>No</one> - <two>GUG</two> and <two>UUG</two> are <three>used less frequently</three> due to a less strong base-to-base interaction.
+- There is the <one>C3H1-type zinc finger</one> motiv. <two>It interacts with ...</two>? With the 3' untranslated region of mRNAs.
+- Die <one>Alpha-Helix</one> die den-10 Bereich erkennt, besitzt welche besonders charakteristische Eigenschaft? A: <one>Aromatische Aminosäuren</one>.
+- In genetics: what is meant with the term <one>Inducer</one>? An <one>inducer</one> is <two>an effector molecule</two> involved in the <three>induction of gene expression</three>. []
+- Are <one>Transitions</one> or <two>Transversions</two> more likely to occur? <one>Transitions</one> occur twice as frequently as Transversions. []
+- How do <one>primary tRNAs</one> <two>differ</two> from <three>mature tRNAs</three>? Primary tRNAs contain a 5' leader and a 3' trailer; mature tRNAs do not.
+- Why may <one>mammalian mRNA</one> <two>require Cap2</two>? Because it can increase the efficiency of translation.
+- In der Gentechnik: was heißt <one>SELEX</one>? A: <one>Systematic Evolution of Ligands by EXponential Enrichment</one>.
+- Was passiert wenn wir das Hormon <one>Thyroid</one> zu menschlichen Erythroblasten geben? Wir sehen ein <one>erhöhtes Maß an Differenzierung</one>.
+- Nenne die <one>drei Sequenzmotive</one> um PolyA in Eukaryoten anzufügen. A: (1) AAUAAA (tail signal) (2) CA-dinucleotide (3) <one>GU-rich tract</one>
+- Wie unterscheidet sich <one>Pseudouridine</one> von <one>Uridine</one>? Pseudouridine besitzt Ribose an einem C des Ringes.
+- Which <one>elongation factor</one> <two>causes the small ribosomal subunit to translocate</two>? <one>EF-G</one>, bound with <two>GTP</two>.
+- Was können die Enzyme <one>TuTases</one>? TuTases sind <one>U-adding enzymes</one>, die 1 U oder viele U an das 3' Ende gespaltener mRNA hinzufügen können.
+- Nenne eine Region im Sigmafaktor die als molecular mimic von DNA agiert. A: <one>Region 1.1</one>.
+- Was können <one>SH2 Domänen</one>? <one>SH2 Domänen</one> können an die P-Tyr-Reste eines Proteinpartners binden. []
+- <one>Wie groß</one> (in kDa) ist <two>Transferrin</two> und wieviel Eisen kann es binden? A: <one>80 kDa</one>, und kann <two>2 Eisen</two> / <two>Transferrin</two> binden.
+- Give one example for a <one>regulatory nucleotide</one>. A: <one>cyclic AMP</one> (<two>cAMP</two>).
+- Nenne ein Beispiel für ein Protein das einen "Leucine zipper" enthält. A: Das <one>CREB-Dimer</one>.
+- Warum ist das Wort <one>Homöostase</one> ein eher falscher Begriff, aus Sicht der Genexpression? Da eigentlich ein <one>dynamisches Equilibrium</one> gemeint ist; also laufend weiterhin Veränderungen und somit auch aktive Genexpression. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Hom%C3%B6ostase
+- <one>Which protein</one> coats the Poly(A) tail? <one>PABP</one>: the poly(A) binding protein.
+- <one>Alternative Polyadenylierung</one> wird oft kombiniert mit ... welch anderem zellulären Prozess? <one>Alternativem Splicing</one>.
+- Name <one>three reasons</one> why we require the eukaryotic cap. A: (1) It protects the mRNA from exonucleases (2) it is required for initiation of translation (3) aids mRNA transport from nucleus to the cytoplasm
+- <one>Methyliertes Lysin</one> erhält eine neue Eigenschaft, denn es kann nun mit hoher Affinität an welche Proteine binden? <one>An Proteine die eine Chromodomäne besitzen</one>.
+- <one>Welche Aufgabe</one> hat das <two>rudder</two> in der Polymerase? Diese Schlaufe trennt die DNA-Stränge.
+- In Eukaryoten: wie kann die <one>Adenylatzyklase</one> aktiviert werden? Durch <one>Glukaogen</one>, das an die Adenylatzyklase binden kann.
+- Trivialname für <one>NtrC</one>? Stickstoff-Regulator Protein (NtrC).
+- What is <one>the most important enzyme for an Okazaki fragment</one>? The <one>DNA ligase</one>. []
+- <one>Who or what</one> enters the <one>RISC complex</one>? <one>miRNA</one>.
+- <one>Welche Aminosäuren</one> können <two>im Zuge der Interpretation des Histone Codes</two> <three>methyliert werden</three>? <one>Lysin</one> und <one>Arginin</one>. []
+- <one>How long</one> does it take a cell to transcribe the <two>dystrophin gene</two>? About <one>6 hours</one>.
+- In bacteria, <one>EF-Tu</one> and <one>EF-G</one>, complexed with <two>GTP</two>, <three>interact with which center of the prokaryotic ribosome</three>? With <one>the factor-binding center</one>.
+- Name <one>two elements</one> to which an <two>activator</two> binds to. A: (1) a specific DNA target region (2) a component of the "basal transcription apparatus"
+- <one>How many vertebrate mRNA</one> <two>contain at least one uORF</two> (<three>Upstream open reading frame</three>), in %? About <one>10%</one>.
+- <one>How many steps</one> are required for the formation of the eukaryotic cap? <one>3</one>. []
+- Nenne ein Beispiel für eine <one>RNA-abhängige DNA Polymerase</one>. A: Die <one>reverse Transkriptase</one>. []
+- <one>Why</one> does a cell employ <two>mRNA surveillance</two>? So that it can detect and deal with errors in RNAs that may create problems in the cause of translation.
+- Name a subunit/component of <one>mTORC2</one> (mammalian target of rapamycin complex 2). A: <one>RICTOR</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RICTOR
+- <one>HATs</one> add acetyl groups from where, where to? From "Acetyl-CoA" to <two>Lysine residues</two>.
+- In Eukarya: which factors are required for <one>correct initiation</one>? (1) IF1 (2) IF2 (3) <one>IF3</one>
+- Nenne <one>eine Gemeinsamkeit</one> von <two>group II introns</two> und dem <two>spliceosome</two>. A: Wahrscheinlich ein gemeinsamer Vorfahre.
+- <one>5S</one> gehört zu ... ? A: <one>rRNA</one>.
+- <one>Karyopherins</one> are nuclear transport receptors that bind to ... ? <one>Nups</one>.
+- Beschreibe die Rolle von <one>IF1</one>, IF2 und IF3. A: IF3 sorgt dafür das die beiden Ribosomen-UEs getrennt bleiben (wirkt an der 30S UE), IF1 und IF2 sorgen dafür das nur cognate tRNA an den P-Ort gelangen können.
+- Name <one>a human hormone</one> that <two>can cause differentiation of human erythroblasts</two>. A: The <one>thyroid hormone</one>. []
+- Sollte man <one>Adenosin Desaminase</one> oder <one>Adenosin Deaminase</one> verwenden? Da kann nur der Begriff <one>Adenosin Desaminase</one> richtig sein, da dies die deutsche Bezeichnung ist. Im Englischen heisst das Enzym hingegen <two>Adenosine deaminase</two>. []
+- Where are <one>riboswitches</one> typically found, from a genetic point of view? In the <one>5' UTR</one>.
+- <one>Wann</one> kommt es zur Bildung eines <two>closed complex</two> bei der Transkription? In der ersten Phase der Initiation.
+- The <one>addition of up to 200 adenosine residues onto a nascent RNA</one> is also <two>called ... </two>? <one>Polyadenylation</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Polyadenylation []
+- Does <one>slow decoding</one> (aka the codon match between tRNA and ribosome) have an effect on mRNA stability? Yes - <one>slower decoding</one> is <two>coupled to reduced mRNA stability</two>.
+- <one>Wo</one> ist das <two>decoding center</two>? A: Auf der <one>30S Untereinheit</one>, in der Nähe der A-Site.
+- The <one>La-Protein</one> binds to ... ? The La-protein binds to the 3' end of transcripts.
+- What must happen before <one>decapping</one> of mRNA can occur? <one>Deadenylation</one>.
+- <one>Wo</one> (zellulär betrachtet) finden wir <two>Drosha</two> und in welcher Organismengruppe? A: Nur im Nucleus, und nur bei Tieren (nicht bei Pflanzen)
+- <one>Ab welchem Zeitpunkt</one> kann man sagen, das die Polymerase dem Promoter entflohen (<two>escaped</two>) ist? A: Nachdem sie 10 Nukleotide synthetisiert hat.
+- What is the major task of the <one>tmRNA</one>? The <one>tmRNA</one> <two>frees stalled ribosomes</two>.
+- <one>Rtt103</one> bindet woran genau? A: <one>An phosphoryliertes Serin 2</one> in der <two>YSPTSPS-Sequenz</two>.
+- Was heißt <one>PI3K</one>? <one>Phosphoinositide 3-Kinase</one>.
+- Wie wirkt der <one>FACT Komplex</one> molekular? Der FACT-Komplex blockiert eine starke DNA-Bindestelle auf den Histonen.
+- <one>Welche drei Enzyme</one> führen die eukaryotische CAP-Reaktion durch? A: In Reihenfolge: RNA-Phosphatase, Guanyl-Transferase, Methylase
+- <one>Welcher Release-Faktor</one> <two>bindet GTP</two>? <one>RF3</one>.
+- Wie können <one>DNA Sonden</one> <two>radioaktiv markiert werden</two>? A: Mittels <one>3²P-ATP</one> und dem Enzym <two>Polynukleotid Kinase</two>.
+- Welche Aufgabe hat <one>hSPT5</one>? A: <one>hSPT5</one> rekrutiert die 5' Capping Enzymes an den (phosphorylierten) CTD-Teil der Polymerase.
+- Was heisst <one>FACT</one>? A: <one>Facilitates Chromatin Transcription</one>.
+- <one>Yanofsky</one> untersuchte welches Enzym? A: Die <one>Tryptophan Synthetase</one>.
+- Was ist <one>der Hauptunterschied</one> zwischen class I Topoisomerases und class II Topoisomerase? class I Topoisomerase macht einen ss-break, class II hingegen macht einen ds-DNA break.
+- In der Genexpression: nenne ein Beispiel für ein "Substrat-unähnlichen Effektor". A: <one>Licht</one>.
+- <one>uAUGs</one> finden wir allgemein wo genau? In der <one>5'UTR region</one>.
+- Why is <one>rifampicin</one> so useful in <two>molecular biology research</two>? Because <one>rifampicin</one> will inhibit transcription - unless an "open promoter complex" has already formed.
+- Name a protein that can bind to AREs and thus destabilize mRNA. A: <one>TTP</one>: <two>Tristetraprolin</two>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/ZFP36 Tristetraprolin
+- The <one>amino acid</one> is connected to the <two>CCA-3'</two> part of a tRNA through which linked group? Through an <one>ester bond</one>.
+- Der <one>Rho-Faktor</one> bindet an ... ? <one>Rut-sites</one>.
+- Wie kann man <one>mRNA inaktivieren</one>? Mittels <one>anti-sense mRNA</one>.
+- What is the main job of the <one>RNase P enzyme complex</one>? To remove the 5' leader sequence of tRNAs.
+- <one>Drosha</one> belongs to which pathway? <one>Drosha</one> belongs to the <two>miRNA pathway</two>.
+- What is <one>RNAsin</one>? A RNAse inhibitor.
+- The <one>sigma factor</one> <two>helps separate what exactly</two>? <one>dsDNA</one>, at the <two>-10 Region</two>.
+- Wie kann die RNA-Polymerase II irreversibel gehemmt werden? Durch <one>Alpha-Amanitin</one>.
+- <one>Welche Proteine</one> bilden den <two>cap-binding complex</two>? A: <one>A, E, G</one> (<two>eIF4A</two>, <two>eIF4E</two>, <two>eIF4G</two>).
+- Der <one>Glucocorticoid-Rezeptor</one> kann was genau binden? <one>Cortisol</one>. Cortisol (ein Glucocorticoid) bindet bindet an die sogenannte LBD Domäne des Glucocorticoid-Rezeptors.
+- Nenne alle Basen die im <one>tRNA Anticodon</one> vorkommen können. A: Folgende <one>fünf Basen</one> können vorkommen: (1) <two>A</two> (2) C (3) U (4) <two>G</two> (5) <two>I</two>
+- <one>tRNA Länge</one> (von / bis)? <one>73-94 Nukleotide</one>.
+- Was machen <one>Deiminasen</one>? A: <one>Deiminasen</one> <two>entfernen Arginin-Methylierung</two>.
+- <one>Welches Protein</one> ladet Histone H3+H4 und welches andere Protein ladet H2A+H2B auf die DNA? NAP-1 für H2A+H2B, CAF-1 für H3-H4.
+- Complete the following slogan fitting to gene expression: <one>rRNA folds</one> how? By <one>intramolecular base pairing</one>.
+- Was bewirkt <one>ChIP</one> effektiv? A: Ein Auftrennen zwischen Euchromatin und Heterochromatin.
+- Die <one>MAPK Kinase</one> kann welchen Transkriptionsfaktor im Zellkern aktivieren? <one>Elk-1</one>.
+- Was heisst <one>ADAR</one>? A: (<one>RNA editing</one>) by <two>Adenosine Deaminases that acts on RNA</two> (ADARs).
+- Was heisst <one>NRPS</one>? <one>Nichtribosomale Peptidsynthetase</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Nichtribosomales_Peptid
+- <one>Anderer Name</one> für eine <two>Protein-bindende Domäne</two>? <one>Transaktivierungsdomäne</one>.
+- Die Aktivität von CAP wird woduch gesteuert? Durch den <one>intrazellulären Gehalt von cAMP</one>.
+- <one>Polyadenylation</one> typically involves which two events? (1) cleavage of the RNA-trascript (2) addition of A residues onto the resulting free 3' end of that RNA
+- <one>Welche Kontrolle</one> gibt es beim <two>ara-operon</two>? A: <one>Positive Kontrolle</one>, durch <two>CRP</two>.
+- Können <one>beladene tRNAs</one> <two>korrigiert werden</two>? <one>Ja</one>. []
+- Aufgabe von <one>TAT-SF1</one>? A: TAT-SF1 rekrutiert Komponenten des Splicing Apparates (wenn Serin 2 im Heptapeptid-Schwanz phosphoryliert ist)
+- Wie kann der <one>lacUV5-Promotor</one> im Labor künstlich induziert werden? Mit Hilfe von <one>IPGT</one>, dem Induktor.
+- <one>Bromodomains</one> and <one>Chromodomains</one> can recognize ..., respectively? (1) <one>Bromodomain</one>:  can <two>recognize acetylated Lysines in histones</two>. (2) <one>Chromodomain</one>: can <two>recognize methylated Lysines in histones</two>.
+- <one>mTORC1</one> can be regulated by growth factors, amino acids, stress or energy status. <two>Name an additional way how mTORC1 can be regulated</two>. A: <one>Oxygen</one>.
+- For <one>eukaryotic promoters</one>, name two additional regulatory elements aside from the TATA box. A: (1) CCAAT-Box (2) <one>GC-rich regions</one>
+- <one>Which bacterial protein</one> helps a sRNA bind to its target mRNA? The protein <one>Hfq</one>.
+- Why do not all genes have <one>strong promoters</one>? Primarily because strong promoters will keep gene expression tuned to the highest level, which represents a significant metabolic load.
+- Why do we use <one>Luciferase</one> as a <three>reporter gene</three> in eukaryotic cells? Because <one>Luciferase</one> is normally missing in eukaryotes and thus there will be no interfering background activity. []
+- Wieso verwenden wir <one>tagged proteins</one>? Da wir sie (a) einfach über Antikörper einfangen können und (b) diese Tags mit Proteasen abspalten können.
+- Nenne <one>zwei Hormonklassen</one>. A: (1) <one>Peptidhormone</one> (2) <one>Steroidhormone</one> []
+- Wie geht das <one>Polyadenylierungssignal</one> (zwei Möglichkeiten)? (1) "AAUAAA" (2) <one>AUUAAA</one>
+- <one>TFIIS</one> hilft der Polymerase vor allem wobei? Beim <one>Proofreading</one>.
+- <one>Which type of genes</one> make use of <two>GUG</two> rather than <two>AUG</two> in prokarya? Regulatory proteins such as LacI.
+- Was ist mit dem Ausdruck ein <one>reprimierbarer Promotor</one> gemeint? Dies bezeichnet einen Promotor, bei dem die Expression durch ein Repressormolekül gehemmt wird.
+- Was heisst <one>Max</one> in der Genetik? A: <one>Myc associated factor X</one>.
+- Nenne zwei <one>Poly(A)-Signale</one>. A: (1) <one>AAUAAA</one> (2) <one>AUUAAA</one>
+- <one>Warum</one> finden wir <two>Attenuation</two> <three>nicht in Eukaryoten</three>? Weil Transkription und Translation räumlich getrennt ablaufen. []
+- <one>Which three sequences</one> do we require for the addition of the Poly(A) tail to eukaryotic mRNA? (1) the tail signal <one>AAUAAA</one> (2) a CA dinucleotide a few bases downstream (3) a <one>GU-rich tract</one>
+- Define the term <one>antigene-oligonucleotide</one>. A: This refers to an <one>oligonucleotide</one> that <two>is designed to bind to a gene and block transcription</two>.
+- RNA that can respond allosterically to regulate gene expression is called ... ? A <one>riboswitches</one>.
+- Give another name for the transcriptional repressor <one>CTCF</one>. A: <one>CCCTC-binding factor</one>.
+- Do <one>Histone-modifying proteins</one> have an <two>intrinsic sequence specificity</two>? No they do not. Some have been shown to associate with RNA 'promiscuously', that is to bind to many different RNAs.
+- Was genau heisst <one>fMet</one>? <one>N-formyl-methionin</one>.
+- In der Genexpression: was heißt STAT? A: Signaltransduktoren und Aktivatoren der Transkription
+- <one>SL1</one> <two>besteht aus welchen Untereinheiten</two>? A: <one>TBP</one> sowie 3 weiteren TAFs, 48, 63, 110.
+- An <one>amino acid</one> can be <two>adenylated at which terminus</two>? At its <one>carboxyterminus</one>. []
+- Was wird in einem <one>pulse-chase</one> Experiment verwendet? A: <one>Radioaktiv markiertes Uracil</one>.
+- <one>How</one> was the <two>non-colinearity of eukaryotic genes</two> discovered? DNA was hybridized with the mRNA transcribed from it.
+- In <one>mRNA decay</one>, which variant is more common - the <two>decapping pathway</two> or the <two>exosome pathway</two>? The <one>decapping pathway</one> is more common.
+- Can <one>Alu elements</one> regulate genes? Yes, to some extent, typically via <two>ADARs</two> (<three>adenosine deaminase that acts on RNA</three>).
+- Can the <one>Lysines</one> <two>of Histones</two> be <three>ubiquitinylated</three>? <one>Yes</one>. []
+- Give another name for <one>knock in transfer</one>. A: <one>Exchange of function</one>.
+- Die <one>Pol II Heptapeptidfolge</one> findet man an welchem Ende? <one>Carboxyterminal</one>.
+- <one>LexA</one> is what kind of protein? <one>LexA</one> is <two>a bacterial repressor protein</two>.
+- The Eukaryotic initiation factor eIF4GI is a component of the ...? The <one>cap-binding protein complex</one> <two>eIF4F</two>.
+- Do <one>Eukaryotes</one> have a <two>SRP</two> (<two>signal recognition particle</two>)? <one>Yes</one>. []
+- <one>Aktivator</one> der tRNA? <one>ATP</one>.
+- What is the main task of the <one>guide regions</one> found in <two>guide RNAs</two>? This region templates U insertion or deletion via A-U G-U pairing.
+- <one>Welche Polymerasen</one> sind an <two>Ereignissen im Nucleolus</two> beteiligt? A: <one>Alle drei</one>. []
+- Name two functions of RISC. A: (1) "represses translation" (2) <one>RISC</one> <two>promotes mRNA degradation</two>
+- Wofür steht die Abkürzung <one>JAK</one>? A: <one>Just Another Kinase</one>.
+- Was ist STAB-SD in der Genetik? Sogenannte <one>stabilizer SD Sequences</one>.
+- Die <one>alternative Polyadenylierung</one> führt zu ... ? Sie führt dazu, das die mRNAs unterschiedlich lang sind an ihrem 3'-Ende. Es führt zudem dazu, das die Proteine am C-Terminus unterschiedlich lang sind.
+- Nenne eine <one>Proteingruppe</one>, die RNA Pol II während der Elongation hilft. A: Das <one>Nus Protein</one>.
+- Eine (bakterielle) Zelle besitzt in etwa wieviele <one>La-Proteine</one>? A: <one>10 Millionen</one>. []
+- Wie können wir die <one>His-Tags</one> purifien, also reinigen? Mit Hilfe einer <one>Nickel-Säule</one>. []
+- Was lässt sich zum <one>Sigma-Release</one> sagen? A: Er benötigt fast immer mehrere Anläufe.
+- <one>Wie viele Regionen</one> hat der Sigmafaktor? A: <one>Vier</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Sigma-Faktoren []
+- Was heisst <one>MRP</one>, als Teil der Genexpression/Zellbiologie? A: <one>Mitochondrial RNA Processing</one>.
+- Was macht die <one>Peptidyl-prolyl-Isomerase</one>? Konvertiert zwischen cis und trans Formen eines Proteins.
+- Wie lautet die <one>anti-SD Sequenz</one>? <one>5'-CCUCCU-3'</one>.
+- Are <one>coactivators</one> regarded as <two>transcription factors</two>? <one>Yes</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Coactivator_(genetics) []
+- <one>Wo</one> wird ein <two>Stop Codon</two> erkannt? In der <one>A site eines Ribosoms</one>.
+- Wie wirkt cAMP bei Eukaryoten? A: Indirekt, über die <one>Protein-Kinase A</one>. []
+- Andere Bezeichnung für den <one>Nucleolus</one>? <one>Ribosomen-Fabrik</one>.
+- Why is <one>RNA polymerase arrest</one> considered to be a problem? If the gene transcribed is essential then no new product is made - the cell may die.
+- Im CRISPR/Cas system: what does <one>Cas</one> stand for? <one>CRISPR-associated proteins</one>.
+- In der Genexpression in Bakterien: was heisst <one>ppGpp</one> und <one>pppGpp</one>? (1) <one>ppGpp</one>:  <two>guanosine tetraphosphate</two> (2) <one>pppGpp</one>: <two>guanosine pentaphosphate</two>
+- Wofür steht die Abkürzung <one>CBP</one>? A: <one>CREB-Bindeprotein</one>.
+- Input der <one>Aminoacyl-tRNA-Synthetase</one> ist ... ? <one>ATP</one>, <one>tRNA</one> sowie die <one>Aminosäure</one>.
+- Definiere den Begriff <one>trans-splicing</one>. A: Hierbei wird "die Information von zwei oder mehr verschiedenen mRNAs kombiniert" (findet man in "Trypanosomen" und <two>Euglenoiden</two>).
+- <one>Welchen Einfluss</one> hat <two>Glucose</two> auf die <three>Adenylatcyclase</three>? Glucose hemmt die Adenylatcyclase. []
+- Is the <one>Poly-A tail</one> important? Give a natural example to explain. A: Yes, for translation. Certain mRNAs within the early embryo lack Poly A-tail and can not be translated.
+- What is <one>the substrate for RNA Editing events</one>? <one>Double stranded RNA molecules</one>.
+- <one>piggyBac</one> verwendet man vor allem <two>bei welchen Tieren</two>? Bei <one>Insekten</one>. []
+- Nenne eine <one>ungewöhnliche Base</one> im Anticodon-Loop von tRNA. A: <one>Methylinosin</one>.
+- Was heisst das <one>MAP</one> im <two>MAP-Kinase Pathway</two>? A: <one>Mitogen Activated Protein</one>. []
+- Im <one>lac-Operon</one>, damit CAP eine positive Wirkung erzielen kann, muss es welches Molekül gebunden haben? <one>cAMP</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Catabolite_activator_protein []
+- Which protein matures <one>tRNA 5' ends</one>? The <one>RNase P Enzyme complex</one>. []
+- Nenne einen <one>Organismus</one>, der <two>Pyrrolysin</two> verwendet. A: <one>Methanosarcina barkeri</one>.
+- Who or what acts as <one>signal for degradation</one> in a cell? <one>Ubiquitin</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Ubiquitin []
+- Do <one>eukaryotic mRNAs</one> have a <two>ribosome binding site</two>? No.
+- <one>eIF2</one> bindet an? <one>Methionyl-tRNA</one>.
+- <one>Spc-mRNA</one> ähnelt wem? Der <one>16S rRNA</one>.
+- Warum braucht die <one>Aminoacyl-tRNA Synthetase</one> ein <two>editing center</two>? Um zwischen Isoleucin und Valin zu unterscheiden.
+- Was braucht <one>Promoter Melting</one> in <three>Eukaryoten</three> genau? A: <one>ATP</one> (für TFII H).
+- What are <one>recognition helices</one>? Recognition helices are domains that bind DNA.
+- Gib ein Beispiel für ein <one>Zinkfingerprotein</one>. A: Der Transkriptionsfaktor <one>SP1</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Sp1_transcription_factor []
+- <one>Histone H1</one> is particularly <two>rich in which amino acid</two>? <one>Lysine</one>. []
+- <one>Chromatin remodelling</one> kann bei der ... ... von Transkriptionsfaktoren notwendig sein. A: Bei der <one>kooperativen Bindung von Transkriptionsfaktoren</one> notwending sein.
+- In genetics: what is an <one>antiterminator</one>? A regulatory protein that acts by preventing transcription termination.
+- Was heisst <one>p-TEFb</one>? A: <one>Positive transcription elongation factor b</one>.
+- What are <one>ncRNAs</one>? <one>non-coding RNAs</one>. []
+- What is meant with the term <one>enzyme induction</one>? The appearance of specific enzyme(s) only in the presence of its substrate(s).
+- Masse einer <one>tRNA</one>, in kd? <one>25 kd</one>. []
+- Welche zwei <one>Bindings Sites</one> hat eine "Aminoacyl-tRNA-Synthetase"? (1) tRNA binding site (2) Aminoacid
+- Can a <one>tRNA</one> recognize more than one codon? Often it can, so yes. []
+- <one>Tup1</one> ist ein ..? A: <one>Corepressor</one>.
+- Do <one>transcribed snRNAs</one> contain <two>a Poly-A tail</two>? No they do not. []
+- Definiere den Begriff <one>Amplicon</one>. A: <one>Primer-to-primer</one> Grenze in DNA.
+- Why the name <one>stabilizing helix</one> in a helix-turn-helix? Because it stabilizes the first helix, by interacting hydrophobically with it.
+- <one>mTOR</one> ist was für ein Protein (Typ)? mTOR ist eine <one>Proteinkinase</one>.
+- Wie kann <one>TBP</one> spezifisch die TATA Box erkennen? A: Durch zwei Phenylalanin-Reste.
+- Die <one>tmRNA</one> ist mit welchem Protein assoziiert? <one>SmpB</one>.
+- Was heisst <one>Fen1</one>? <one>Flap-Endonuclease</one>.
+- Name one way (a technique) how to store <one>protein-protein interaction</one> on a combinatorial scale. A: <one>Phage display</one>.
+- Woher nehmen die "Histon-Acetlytransferasen" die Acetylgruppen? Von <one>Acetyl-Coenzym A</one>.
+- Can a protein recognize DNA segments <one>without unwinding DNA</one>? Yes, it can. []
+- What does it mean when a promoter lacks an UP-element? This promoter is probably a <one>weak promoter</one>.
+- <one>RNA Polymerase III</one> in eukaryotes transcribes which genes? <one>tRNA genes</one>. []
+- What are <one>recognition helices</one>? Domains that bind DNA.
+- <one>Aminoacyl-tRNA Synthasen</one> benötigen welche 3 Moleküle? A: (1) Die <one>Aminosäure</one> (2) die <one>dazugehörende tRNA</one> (3) <one>ATP</one> []
+- Das <cadetblue>Inr-Element</cadetblue> trägt an der +1 Position <one>welches Nukleotid</one>? <one>A</one>. []
+- Which TF can bind to the <one>TATA Box</one>? <one>TFIID</one>. []
+- Welche Sequenzfolge hat die <one>Kozak sequence</one>? 5' ACCAUGG 3'.
+- Wann werden <one>leaky</one> Promotoren zu einem Problem? Wenn da Genprodukt "toxisch" ist.
+- Was ist die katalytische Untereinheit des <one>SAGA-Complex</one>? <one>GCN5</one>.
+- Was heisst <one>mTORC1</one>, vor allem das <three>C</three> dabei? <one>mTOR Complex 1</one>. []
+- <one>Wo</one> finden wir den genetischen Mechanismus der <two>Attenuation</two>? Nur in <one>Bakterien</one>, da hier Transkription und Translation gekoppelt ablaufen kann.
+- <one>Welches Ende</one> der RNA liegt im aktiven Zentrum bei PolyII? Das <one>3'OH Ende</one>. []
+- Give 4 examples for <one>specific histone marks</one> associated with transcriptionally active genes. A: (1) acetylated H3K9 (2) acetylated H4K16 (3) methylated H3K4 (4) <one>methylated H3K36</one>
+- What are the <one>Polycomb-group proteins</one> and what are they doing? These proteins, discovered in fruit flies, can remodel chromatin such that epigenetic silencing of genes takes place.
+- For <one>PAM recognition</one> in CRISPR/Cas systems, which "amino acid" is extremely important? <one>Arginine</one>.
+- <one>trn1</one> und <one>trnA</one> liegen wo? Neben der 16S rRNA.
+- <one>Welche Proteine</one> regulieren die Stabilität von mRNAs? Die <one>ARE-Bindungsproteine</one>.
+- Is <one>SUMOylation</one> is <two>reversible</two>? Yes. []
+- How do we call <one>the ligand-binding part of a riboswitch</one>? <one>Aptamer</one>. []
+- Name <one>a protein group</one> that often contains a <two>histon deacetylase</two>. A: <one>Corepressors</one>.
+- Can <one>the removal of intervening sequences in eukaryotes</one> occur before or after polyadenylation has occurred? Yes. []
+- Die <one>Rossman-Schleife</one> bei tRNA-Klasse-I-Synthetase macht was? Bindet ATP und heftet Aminosäure an die 2 Strich OH-Gruppe der entständigen Ribose.
+- Can <one>riboswitches</one> control <two>alternative splicing</two>? Yes. []
+- Wer erkennt TATA Box? A: TBP. []
+- What is the general role of the <one>allosteric effector</one>? It "binds to the allosteric site" of the regulatory protein in such a way as to change its activity.
+- Wie geht die <one>Shine-Dalgarno (SD) Sequenz</one>? <one>5'-AGGAGGU</one>.
+- Why was the name <one>positive regulation</one> chosen? Because an activator protein must bind to its target DNA site for transcription to begin.
+- In der Genexpression: was meint man mit der <one>nucleosomal response</one>? Die Phosphorylierung von H3.
+- <one>SPT6</one> bindet an ...? A: <one>H3</one>.
+- Was heisst <one>TAFs</one>? TBF-assoziierte Faktoren. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/TBP-associated_factor
+- In der Genexpression, wie lange ist das <one>MTE Element</one>? "10 bp", von 18 - 28.
+- Was kommt nach der A-branch point im Intron? A: Ein <one>Py-Tract</one>.
+- Was haben Proteine gemeinsam die <one>sekretiert</one> werden? Eine <one>Amino-terminale Sequenz</one>, die reich an hydrophoben Aminosäuren ist.
+- Allgemein betrachtet: wie können <one>Regulatorproteine</one> spezifische Sequenzen in der geschlossene DNA Doppelhelix erkennen? Die <one>Außenseite der DNA Helix</one> kann von Proteinen gelesen werden. Genregulatorproteine können somit spezifische Nucleotidsequenzen erkennen ohne dass die Doppelhelix geöffnet werden muß.
+- In CRISPR/Cas9: what is the <one>apo state</one>? Where Cas9 has <one>not yet bound the guide RNA</one>. URL: http://science.sciencemag.org/content/early/2016/01/13/science.aad8282.full
+- Between an activator and the basal apparatus, we may be able to find ... ? The <one>coactivator</one>.
+- Wer ist der <one>Transkriptionsaktivator</one> im PhoB/PhoR System? A: <one>PhoB</one>.
+- <one>mRNA in Eukaryotes</one> is degraded where? In <one>P-bodies</one>.
+- Was ist eine <one>onco-miR</one>? Eine onco-mIR ist <one>eine microRNA die mit Krebs (cancer) assoziiert ist</one>. MicroRNA (miRNA) sind kurze RNA Moleküle, die in etwa 22 Nukleotide lang sind.
+- Man findet ein <one>Ribozyme</one> in einer Zelle. Was könnte man zuerst annehmen? Das dieses Ribozyme auch RNA abbauen mag.
+- Give an example where <one>hydroxyprolin</one> can be found. A: In <one>collagen</one>. []
+- <one>hSPT5</one> ist was? A: <one>hSPT5</one> ist ein <two>Elongationsfaktor</two>.
+- <one>Alpha-CTD</one> erkennt was? Das <one>UP-Element</one>.
+- Wer entfernt <one>Introns</one>? A: Das <one>Spliceosome</one>. []
+- The protein called <one>Maskin</one> binds to ... ? To the <one>CPE</one> (<two>cytoplasmic polyadenylation element</two>).
+- Mit welchem Protein beginnt die <one>PIC Formation</one>? A: Mit <one>TBP</one>. []
+- Wie finden wir heraus <one>ob DNA methyliert ist oder nicht</one>? Durch <one>Restriktionsanalysen</one>, wie mit dem <two>Enzym HpaII</two> (erkennt <three>CCGG</three> Sequenzen).
+- What is the normal task of the enzyme <one>Polynucleotide Phosphorylase</one>? Breaks down RNA.
+- Können Antikörper <one>Histonmodifikationen</one> erkennen? Ja. []
+- Wo beginnen wir mit dem Zählen bei den tRNAs? Vom <one>5' Ende</one> heraus. []
+- What is the immediate effect of the <one>lacI-Repressor</one> binding to DNA? It <one>causes looping of the DNA</one>.
+- The <one>81-nucleotide long RybB RNA</one> can cause mRNA in E. coli to be degraded, by association with which nuclease? <one>RNase E</one>.
+- Methylated and acetylated lysines are important for ... in the nucleus. A: <one>Chromatin regulation</one>.
+- Warum der Name <one>14-3-3</one> Proteine? 14-3-3 bezeichnet ein bestimmtes <one>Elutions- und Wanderungsmuster</one> jener Proteine in DEAE-cellulose Chromatograpie und Gelelektrophorese. Die 14-3-3 Proteine eluiert man in der 14th fraction of bovine brain homogenate, an Position 3.3 der nachfolgenden Elektrophorese (bereits 1967).
+- DNA und RNA can be <one>nonspecifically stained</one> with ... ? <one>Ethidium bromide</one>.
+- Das <one>MTE Element</one> (<two>motif ten</two>) befindet sich wo? Stromabwärts von der TSS; es unterstützt das <one>Inr-Element</one>.
+- Wie gewinne ich das <one>Nucleoid</one>? Wir müssen viel <one>NaCl</one> verwenden, sowie <two>Lysozym</two> und eine <three>Sucrose-Gradienten-Zentrifugation</three>.
+- Was ist <one>template recognition</one>? A: Bindung der RNA Polymerase an den Promoter.
+- Andere Bezeichnung für <one>cAMP</one>? Wieso ist <one>cAMP</one> so wichtig? A: <one>Second messenger</one>. Ein Ändern des cAMP-Gehalts führt dazu das eine ganze Reihe von Genen eingeschaltet bzw ausgeschaltet werden.
+- In welchen <one>Protein-Typen</one> ist <three>Arginin</three> vor allem wichtig? A: Bei Proteinen die an DNA binden.
+- Was für eine <one>Schleife</one> kann der lac-Repressor ausbilden? Eine <one>Repressionsschleife</one>. []
+- Welche Region im Sigmafaktor agiert als <one>molecular mimic</one> von DNA? A: Der Sigmafaktor Bereich <one>1.1</one>.
+- Ist <one>RNA-Editing</one> bei Säugetieren <three>Gewebe-spezifisch</three>? Ja. []
+- Which motif is associated with <one>Selenocysteine</one> and what exactly is the effect of this motif? <one>SECIS</one>. <two>Selenocystein Insertion Sequence</two>. Is involved in "misreading of UGA".
+- What do we mean with the <one>ribosome code</one>? The functional specifity among ribosomal proteins regulates gene expression.
+- Für die Initiation der Transkription von rRNA-Genen durch die <one>Pol I</one> ist welches Kontrollelement wichtig? <two>UCE</two> - <one>upstream control element</one>.
+- Der <one>Sp1-Transkriptionsfaktor</one> besteht aus 1x Beta Faltblatt und einer Alpha-Helix. Wer von den beiden erkennt die DNA-Sequenzfolge? Die <one>Alpha-Helix</one>.
+- Was ist die <one>H1RNA</one> in Säugetieren? Das ist der RNA Anteil in der RNase P.
+- Warum war damals die Herstellung von <one>Poly-G</one> ein Problem? Die Guanine Reste in Poly-G bilden Wasserstoffbrückenbindungen zueinander aus. Es entstehen dadurch <one>Tripel-Helici</one> die nicht ans Ribosom binden.
+- Name <one>a mRNA in Eukarya</one> that has a stem-loop structure in the 3'-UTR. A: <one>Histone mRNA</one>.
+- Where does <one>RNase A</one> and <one>RNase T</one> cut, respectively? <one>RNase T</one> cuts after G, RNase A cuts after C + U.
+- Nenne einen <one>safety mechanism</one> bei den <three>tRNAs</three>. A: Die Nukleotide in der 3. Position der Anticodon Loop kodieren alle für die selbe Aminosäure wenn die Nukleotide davor G oder C sind. Der Grund ist das 3 Wasserstoffbrückenbindungen zwischen G und C entstehen.
+- Nenne eine Region, an die ein <one>U2AF-Protein</one> binden kann. A: Die <one>3'-Spleißstelle einer prä-mRNA</one>.
+- Es gibt <one>Akt</one> in der Zelle, die wichtig bei der Signaltransduktion ist. Aber was ist <one>Akt</one> genau? <two>Akt</two> ist eine <one>Serine</one>/<one>Threonine Kinase</one>.
+- Was macht die <one>PKA</one> im Zellkern? A: Sie überträgt eine Phosphat-Gruppe auf das <one>CRE-Bindeprotein</one>.
+- The <one>protein S1</one> is part of ...? The <one>30S ribosomal subunit</one>.
+- Wo findet man <one>IRES</one> im strukturellen Detail aus gesehen? A: In der <one>5' NCR</one>.
+- <one>Wovor schützt</one> die eukaryotische Cap primär? A: Vor <one>5'→3' Exonucleasen</one>.
+- <one>TRCF</one> hat was für eine Aktivität? A: TRCF hat eine <one>ATPase Aktivität</one>.
+- Bei der <one>Methylierung von Histonen</one>: wieviele Methylgruppen können wir hier finden? <one>Bis zu 3 Methylgruppen</one>. []
+- Give a general example for <one>constitutively active genes</one>. A: The <one>housekeeping genes</one>. []
+- In eukaryotes, which RNA Polymerase can be found in the <one>nucleolus</one>? <one>RNA Polymerase I</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RNA_polymerase_I []
+- Was macht <one>TFIIH</one>? TFIIH <one>phosphoryliert</one> die carboxyterminale Domäne der Pol II.
+- Give an example for <three>a hypothetical nucleotide sequence</three>, 9 nucleotides in length, that would be able to trigger the <one>nonsense-mediate decay</one>. A: <one>AUG-UAA-UAG</one>.
+- A. W. für <one>allgemeine Transkriptionsfaktoren</one>? <one>Basale Transkriptionsfaktoren</one>. []
+- Welche Aufgabe hat die <one>Beta-Galactosidase</one>? A: Die Beta-Galactosidase spaltet das Disaccharid <one>Lactose</one> in <two>Glucose</two> und <two>Galactose</two>. []
+- Wann wurde die <one>Struktur einer tRNA</one> erstmals aufgeklärt? <one>1974</one>.
+- Nenne ein <one>zelluläres Gen</one> dessen mRNA eine IRES besitzt. A: Das Chaperon <one>BiP-Protein</one>.
+- Physische Form von <one>hnRNA</one>? A: Komplexiert mit <one>hnRNP Proteinen</one>.
+- Was genau bewirkt der <one>lac-Repressor</one>? A: Er verhindert die Trennung der Promoter-DNA Stränge und somit die Initiation der Transkription.
+- Welche Aufgabe hat <one>TF-II A</one>? A: TF-II A stabilisiert die Bindung von <one>TFIID</one>.
+- Was sind <one>uORFs</one>? <one>Upstream ORFs</one>. []
+- What is <one>the native PAM sequence</one> of <three>S. pyogenes Cas9</three>? <one>5'-NGG-3'</one>.
+- Wie wirken <one>HMGN-Proteine</one> allgemein in Bezug auf die Genexpression? <one>HMGN-Proteine</one> fördern die Transkription von Genen im Chromatin. []
+- What does a <one>ribosome frameshift</one> produce? An elongated version of the ORF1 protein.
+- What happens with the non-coding NORAD when DNA is damaged? NORAD will be <one>relocated into the nucleus</one>. URL: https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674%2815%2901641-4
+- Name the two components of every <one>riboswitch</one>. A: (1) <one>aptamer</one> (2) <one>expression platform</one>
+- Wie kann ein <one>Transkriptionsfaktor</one> (für ein wissenschaftliches Experiment) nachgewiesen werden? Mit Hilfe eines <one>EMSA</one> (<one>Electrophoretic mobility shift assay</one>).
+- How can <one>the initiator tRNA</one> be recognized by <three>initiation factors</three>? It has a nucleotide sequence distinct from that of the tRNA that normally carriers methionine.
+- In <one>splicing</one>: the abbreviation <three>SD</three> may stand for ...? <one>Splice donor</one>.
+- Welche <one>ribosomale subunit</one> trägt <three>E, P, A</three>? Die (prokaryote) <one>30S Untereinheit</one>. []
+- What are the <one>R-Proteins</one>? <one>Ribosomal proteins</one>.
+- Why is <one>leaky scanning</one> employed? It allows for some genes to produce the same protein with and without a signal sequence attached at its N-Terminus.
+- Was heisst <one>TransCon</one>? <one>Translational Control</one>. []
+- Was macht <one>FACT</one>? A: Trennt <one>H2A</one>/<one>H2B</one> ab.
+- Die <one>U4-snRNA</one> geht eine Basenpaarung mit ... ein? Mit der <one>U6-snRNA</one>; später auch mit der U2-snRNA.
+- Give another expression for <one>alternative splicing</one>. A: <one>Exon skipping</one>.
+- Das Genom von <one>Mycoplasma genitalium</one> umfasst wieviele Gene? A: <one>477 Gene</one>. URL: https://de.wikipedia.org/wiki/Mykoplasmen []
+- Who or what determines whether to interpret the Stop Codon <one>UGA</one> as a stop codon, or as <one>Selenocystein</one>? The <one>SECIS element</one>.
+- Name the six <one>CHiP-steps</one>. A: (1) Crosslink sample with formaldehyde, (2) extract crosslinked chromatin, (3) shear chromatins, (4) immunoprecipitate target protein, (5) purify DNA from immunoprecipitat, (6) detect sequences of interest.
+- Abstand zwischen den <one>Polysomen</one>, in <one>n Nukleotide</one>? Etwa <one>80 Nukleotide</one>. []
+- Nenne die 3 Stoppcodons. A: (1) <one>UGA</one> (2) <one>UAA</one> (3) <one>UAG</one> []
+- Give another word for the <one>splicing machinery</one>. A: The <one>spliceosome</one>. []
+- What is the meaning of <one>H3K4me3</one>? Lysin 4 of histone H3 is trimethylated.
+- Die <one>Tryptophansynthese in E. coli</one> benötigt wieviele Gene? <one>5</one>. []
+- Name a protein that can bind the cap structure. A: <one>eIF4C</one> (Mnemonic: C ... Cap).
+- In <one>Saccharomyces. cerevisiae</one>: wieviel % der Gene produzieren RNA als Endprodukt? Mehr als 10% (also mehr als <two>750 Gene</two>).
+- Was liegt in der <one>active site</one> der <three>RNA Polymerase</three>? <one>Mg2⁺</one>. []
+- How do we call the interval between <one>transcription</one> and <one>translation</one>? <one>Post-transcriptional phase</one>; or rather, <two>co-transcriptional phase</two> in bacteria.
+- In der <one>tRNA</one>: nenne 2 Komponenten die man am "T-Arm" findet. A: Thymidin und <one>Pseudouridin</one>.
+- In humans: how many of their genes undergo alternative splicing? More than 90%.
+- Why is the <one>RNA polymerase II CTD</one> important in eukaryotes? Because the CTD <one> coordinates transcription and RNA processing</one>.
+- <one>Histones</one> typically have what charge? <two>Histones</two> have a net <one>positive</one> charge. []
+- In <one>gene expression</one>: what type is the <three>FtsK protein</three>? The <one>FtsK</one> is a dsDNA translocase, a motor that converts the chemical energy from ATP into movement of a DNA substrate.
+- Wann wurde <one>Tyrosine phosphorylation</one> entdeckt? <one>1979</one>.
+- What is the general action of the enzyme "RNase H"? RNase H cleaves RNA in a "DNA-RNA Hybrid Duplex".
+- Fehlerrate bei den tRNA-Synthetasen im Zuge der Aminosäurebeladung, in %? Etwa <one>0.1%</one>.
+- Antisense RNA ist komplementär ...? Zu <one>mRNA</one>.
+- In <two>eukaryotes</two>: which transcription factor remains bound to the polymerase during <one>transcriptional elongation</one>? <one>TFIIF</one>.
+- Nenne ein Enzym in allen <one>RNA-Viren</one>. A: Die <one>RNA-abhängige RNA-Polymerase</one>.
+- Finden wir <one>Kinasen</one> im Zellkern einer eukaryoten Zelle? Ja, dies ist möglich. []
+- The <one>tRNAse Z enzymes</one> are what kind/type of enzymes? They are <one>endonucleases</one>.
+- <one>CTCF</one> kann an welche Sequenz binden? A: An <one>ICR</one>.
+- Wie geht die "Consensus Sequenz" der -35 Region? A: <one>TTGACAT</one>.
+- What is a <one>transcriptase</one>? A <two>transcriptase</two> is a general term for <one>an enzyme that carries out transcription</one>.
+- Was ist mit dem Begriff <one>RNA-Editing</one> gemeint? RNA-Editing ist eine posttranskriptionale Modifikation von RNA deren Sequenz verändert wird.
+- In <one>mRNA decay</one> in eukaryotes: what is usually the first step? <one>Deadenylation</one> - that is, the removal or shortening of the Poly-A tail.
+- Wie hiess die <one>tmRNA</one> früher? <one>10S RNA</one>.
+- In Eukarya: <one>Ser5</one> of the RNA-Polymerase is phosphorylated by ...? <one>TFIIH</one>.
+- The protein <one>maskin</one> can bind which initiation factor? <one>eIF-4E</one>.
+- Why is the <one>glmS ribozyme</one> more than <three>just a ribozyme</three>? Because it is also <one>a riboswitch</one>.
+- Major advantage of <one>translational control</one>? <one>Speed</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Translational_regulation []
+- Die <one>RNA-Pol II</one> besitzt <two>n AA</two>? <one>4500</one>.
+- Nenne zwei <one>transkriptionale Aktivatoren</one>. A: (1) <one>NtrC</one> und (2) <one>MerR</one>
+- Das Protein <one>FACT</one> bei der Genexpression kann was genau? Es kann die H2A/H2B Dimere des Nukleosoms abtrennen.
+- Nenne ein Beispiel für einen Organismus der <one>Antitermination</one> verwendet. A: Der Phage <one>Lambda</one>.
+- Wie nennen wir in Eukaryoten den Bereich, in den ein (wichtiges) <one>AUG</one> eingebettet sein muss? <one>Kozak-Sequenz</one>.
+- Warum geben wir <one>NaOH</one> zur DNA? Um die <one>Wasserstoffbrücken zwischen der dsDNA-Doppelhelix zu zerstören</one>. []
+- Does the <one>RNA-Polymerase</one> only release pyrophosphate? No, it also releases one <one>Mg2⁺⁺</one>.
+- Was sind die normalen zellulären Aktivitäten der <one>microRNA</one>? Sie unterdrücken genetische Aktivitäten in der Zelle.
+- What are <one>isoaccepting tRNAs</one>? These are tRNAs that accept the same aminoacid, but have different anticodons.
+- What do we mean with the term <one>monosome</one>? A monosome is <one>a single ribosome</one> - its two subunits are joined.
+- Das <one>bakterielle Holoenzym</one> besteht aus? Dem core Enzym sowie dem assoziierten Sigma-Faktor.
+- Was für eine Aufgabe hat <one>TFIIA</one>? Stabilisiert die TFIID-Bindung.
+- Welcher <one>eukaryotische Elongationsfaktor</one> hat als strukturelle Besonderheit Diphthamid? <one>eEF-2</one>. []
+- Name a <one>cytoplasmic tyrosine kinase</one>. A: Src.
+- <one>IPTG</one> hat wieviele Methylgruppen? <one>2</one>. []
+- We can <one>profile total mRNA from cells</one> and can thus find out which genes are <two>transcriptionally induced</two> and which genes are <two>transcriptionally repressed</two>. But is there a problem with this technique? Yes. mRNAs that are potentially regulated by translational control are not detected.
+- When we see a gene in bacteria also have <one>an associated antisense-RNA</one>, what may we assume about this gene? It may encode a <one>potentially toxic product</one>.
+- Name a Polymerase associated with <one>transcriptional silencing</one>. A: The <one>Pol V</one>.
+- What is the job of the <one>ribosome modulation factor</one>? It binds to ribosomes and inactivates them.
+- Give one good example for an <one>archael repressor</one>. A: The <one>NrpR Protein</one>.
+- What are <one>ribosomopathies</one>? <three>Ribosomopathies</three> are <one>human disorders of ribosome dysfunction</one>.
+- Wie kann man die beiden Untereinheiten des Ribosomes trennen? Mit Hilfe eines <one>Sucrose-Gradienten</one>.
+- Was ist das Besondere an der <one>SD-Sequenz</one>? Sie enthält nur <one>Purine</one>.
+- Wie nennt man die Basis der beiden Polymerase Pincers? A: <one>Beta-flap</one>.
+- Das <one>Bantam-Gen</one> in Drosophila kodiert für ...? A: Eine 21 Nukleotide lange miRNA.
+- Allgemein: wie wirken jeweils <one>Enhancer</one> und <one>Silencer</one>? (1) <one>Enhancer</one>: die Transkription eines Gens wird erhöht. (2) <one>Silencer</one>: die Transkription eines Gens wird erniedrigt.
+- Nenne die zwei wichtigsten Funktionen der <one>mTOR-Signalstation</one>. A: (1) <one>Einleiten der Translation</one> über eIF4E (2) verstärkte Synthese von ribosomalen Proteinen (und damit mehr Ribosomen in der Zelle)
+- Der <one>Sigmafaktor</one> erlaubt es der RNA-Polymerase Promotor DNA von anderer DNA zu unterscheiden. Nenne ein besseres Wort für <two>unterscheiden</two>. A: <one>Diskriminieren</one>.
+- Within the <one>nucleus</one> of eukaryotic cells, which RNA constitutes the <two>most abundant non-coding RNA</two> there? <one>Spliceosomal U snRNAs</one>.
+- Name four steps that can be found as part of <one>tRNA processing</one>. A: (1) <one>cleavage</one> (2) <one>splicing</one> (3) <one>base addition</one> (4) <one>base modification</one>
+- Which <one>kinase</one> controls <two>ribosome abundance</two>? The <one>mTORC1 kinase</one>.
+- <one>Puromycin</one> mimics ... ? <one>Tyrosyl tRNA</one>.
+- The forkhead box transcription factors were found in which organism? In <one>Drosophila</one>.
+- Sind <one>Leucin-Zipper</one> Beispiele amphipathicher Helices? Ja.
+- Der <one>EJC</one> (<cadetblue>Exon-Junction Complex</cadetblue>) wird durch das Spliceosome stromaufwärts oder stromabwärts von einer exon-exon-junction deponiert? <one>Stromaufwärts</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Exon_junction_complex
+- Nenne eine andere Bezeichnung für <one>SF1</one>. A: <one>BBP</one> - branch binding protein.
+- <one>U4</one> arbeitet als Komplex mit ... ? A: <one>U6</one>.
+- Nenne 1 Protein das an <one>Sigmafaktor 32</one> bindet. A: DNA j.
+- Name a huge advantage of <one>group I introns</one>. A: They do not require the help of protein factors.
+- Die <one>MAPK-Kaskade</one> reguliert Gene, deren Produkte die ... ? <one>Zellproliferation stimulieren</one>. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/MAPK/ERK_pathway
+- Was ist ein <one>Regulon</one>? Ein Regulon ist eine Gruppe aus gemeinsam regulierten Genen. Sie können im (bakteriellen) Genom oft weit verteilt sein. Ein Beispiel ist das <one>Hitzeschockregulon</one>.
+- Was heisst <one>Raptor</one>? A: <one>Regulator associated protein of mTor</one>.
+- What does a <one>bromodomain</one> bind? Acetyllysin (<one>acetylated lysines</one>).
+- Womit interagiert der <one>Mediator</one>? A: Mit dem CTD Tail der Polymerase.
+- Inside of a cell, <one>codon bias</one> is correlated with ... ? <one>tRNA availability</one>.
+- Nenne ein Beispiel für einen <one>mammalian splicing repressor</one>. A: <one>hnRNPI Protein</one>.
+- Is the micronucleus of ciliates "transcriptionally active"? No - it is <one>transcriptionally inactive</one>.
+- Was sind <one>Aptamere</one>? DNA oder RNA-Oligonucleotide (15-16 Nukleotide) die an Proteine binden kann.
+- Das Poly(A)-Signal ist entweder <one>AAUAAA</one> oder <one>AUUAAA</one>. Welches davon ist seltener anzutreffen? <one>AUUAAA</one>.
+- Welche Scherkräfte wenden wir meistens bei der ChIP-Technik in der Genexpression an? <one>Ultraschall</one>.
+- A. W. für "Aconitase"? <one>Iron response regulatory protein</one>.
+- Welcher Initiationsfaktor fällt zuerst ab? A: <one>IF3</one>.
+- Ein "Leucin-Zipper" hat wieviele Alpha-Helices? Zwei.
+- Does the Polymerase I have a <cadetblue>CTD</cadetblue>? No.
+- In general: an enhancer is a binding site for ... ? An activator protein.What do we mean with <one>circRNA</one>? This is simply circular mRNA.
+- Name three different RNA products of Polymerase II. A: (1) <one>hnRNA</one> (2) <one>mRNA</one> (3) <one>snRNA</one>
+- Nenne eine kurze Erkennungssequenz die wir in/an Exons finden können - zumindest bei prä-mRNAs. A: ESEs: <one>Exon-Spleiß-Enhancers</one>.
+- Nenne ein Enzym das "Inosine" produzieren kann. A: <one>ADAR</one> ("Adenosine Deaminase acting on RNA")
+- Wann wurden <one>Ribozymes</one> entdeckt? 1982.
+- Das Paradebeispiel eines "Ribozyme", ausgenommen dem Ribozyme-Anteil im Ribosom, ist ...? <one>RNase P</one>.
+- Name one way how to inhibit sigmafactors. A: With <one>anti-sigma factors</one>.
+- The eukaryotic cap is protected from decapping enzymes by which protein? By the cap-binding protein <cadetblue>eIF4E</cadetblue>.
+- Wie gross (in kDa) muss ein Protein sein, um die Zellkern-Poren noch passieren zu können? <one>40 kDa</one>.
+- Wo findet man die "Anti-Shine-Dalgarno" Sequenz? A: Auf der <one>16S rRNA</one>.
+- Why is control of enzyme activity important in gene expression? Because it <one>allows for a fast response</one>.
+- If any given cell may contain lots of (RNA) helicases, what may we conclude from this? It may be that this cell has quite some mRNAs that have a secondary structure which has to be removed.
+- <royalblue>CREB</royalblue> ist was für ein Typ eines Transkriptionsfaktors? <royalblue>CREB</royalblue> ist ein <one>bZip-Protein</one>.
+- Sirtuins are De-Acetylases. They depend on which cofactor? <one>NAD+</one>.
+- Bei mTOR: wofür steht das <one>m</one>? Für <orange>mammalian</orange>.
+- Nenne ein Kennzeichen der "Initiator-Elemente". A: Sie sind sehr "pyrimidinreich".
+- "Dimerisierte Rezeptor-Tyrosinkinasen" stellen eine Bindungsstelle für welches Protein dar? Das "Adapterprotein Grb2". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/GRB2
+- Give two specific examples for "Gene Regulation by Riboswitches". A: (1) Translation activation of virulence genes in Listeria (2) Translation activation by binding and stabilisation of mRNA by E.coli sigma factor
+- Who is the "most well studied eukaryotic activator"? "Gal4".
+- Can "protein levels" be reliably predicted from mRNA abundance? No.
+- Minimum number of genes required to make a living cell? "470 genes" (but this is a parasite).
+- Viele Genregulatorproteine bestehen aus zwei unabhängigen Domänen mit definierten Funktionen. Welche Domänen sind dies, typischerweise? (1) eine "DNA-bindende Domäne" (2) eine (oder mehrere) "Protein-bindende Domäne"; auch "Transaktivierungsdomäne" genannt
+- Can "RISC" remove poly(A) tails? Yes, that is a possibility - see the following URL. URL: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4163081/
+- Wann erschien das Wort "Ribozyme" zum ersten Mal? Im Jahre "1982".
+- Is the "TATA box" special, from its sequence alone? Yes - "TATAAT" is an A/T-rich sequence, so melting this apart is quite simple.
+- Name a technique with which we can identify sequences bound by "transcription factors" in-vivo. A: "Chromatin immunoprecipitation". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Chromatin_immunoprecipitation
+- What could happen if there is a point mutation in the "SD sequence"? This "could prevent a mRNA from being translated".
+- The <one>tmRNA</one> carries which amino acid? "Alanine" (Mnemonic: tmRNA... ends with A; thus "Alanine").
+- Which enzyme processes the 5' end of (pre)tRNAs? The "RNase P", an Endonuclease. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/RNase_P
+- Wo in der Zelle finden wir "MRP-RNPs"? (1) Nucleolus (2) Mitochondrien
+- Are tRNAs ever methylated? Yes, some are - on their 2'OH to produce "2'-OH-methyl tRNA".
+- Wieso ist die Kozak-Sequenz wichtig? Die Kozak Sequenz ist für die "Initiation der Translation" wichtig, bei eukaryotischer mRNA. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Kozak_consensus_sequence
+- Nenne eine RNA die wir im eukaryoten SRP ("Signal Recognition Particle") finden können. A: Die "7SL-RNA".
+- Welche Strategie verwendet Poliovirus gegen eIF4G? A: Es spaltet den "aminoterminalen Teil" von eIF4G ab, mit dem Effekt das die Synthese zellulärer Proteine zum Erliegen kommt.
+- "CrcZ" has how many "Hfq binding motifs"? 6.
+- Compare the size of Histone H2A with the variant macro-H2A. A: "Macro-H2A" is 3x as large as "H2A". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/H2AFY
+- We have found histone variants for all "core histones", except for ... ? Histone "H4".
+- Name five improtant levels of "gene regulation in prokaryotes". A: (1) "Transcription" (2) "RNA processing" (3) "RNA stability" (4) "Translation" (5) "Post-Translation"
+- Gib zwei Beispiele für "bZIP Proteine"! A: (1) CREB (2) JunD
+- Gib zwei konkrete Beispiele für "irreversible Proteinveränderungen". A: (1) Hitzeinaktivierung (2) Proteolyse
+- CRISPR-medated adaptive immunity occurs in which 3 stages? A, E, I. (1) acquisition  stage (2) expression   stage (3) interference stage
+- Where in an eukaryotic cell can we find dipthamide? In the eukaryotic elongation factor "eEF2".
+- Wenn eine Proteinkinase 2 ATP für seine Aktivität benötigt, was mögen wir (etwas naiv) annehmen? Das es sich hierbei um einen "Dimer" handelt; 1 ATP pro Untereinheit.
+- Wann entstand Crick's tRNA Adapter Hypothesis? A: 1958. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Adaptor_hypothesis
+- The sigma factor is responsible for ...? Promoter selection.
+- Where can we find "uORFs"? In between the 5-prime and the start of the gene.
+- Name an advantage for a cell to "regulate post transcription-initiation"? The "response time can be reduced".
+- Name a nonspecific RNAase inhibitor. A: The polysaccharide "heparin".
+- Wo findet man "rut-sites"? A: Upstream von Sequenzmotiven, die die Geschwindigkeit der RNA Polymerase verringern können.
+- Name a modification of tRNAs that can protect it against <one>hydrolysis by ribonucleases</one>. A: <one>Methylation</one>.
+- What is the most important part of a tRNA? The "anticodon arm".
+- Wie unterscheidet sich "Dihydrouridine" von "Uridine"? Dihydrouridine hat "2 H-Atome" mehr als Uridine; der Name deutet dies auch an.
+- Which bacterial, ribosomal subunit binds the mRNA? The 30S subunit, the "small subunit".
+- Wo finden wir die 5S-rRNA? Sie ist "Teil der großen ribosomalen Untereinheit".
+- Der Swi-SNF Komplex ist was für ein Typ? Dieser "Chromatin-Remodeling-Complex" ist ein Coaktivator, der für seine Arbeit "ATP" benötigt.
+- In mammals, who or what recognizes "nonsense codons" within a mRNA? "Exon-junction complexes".
+- In der "Shine-Dalgarno Sequenz" finden wir vor allem welches Nukleotid? G - "AGGAGG". URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Shine-Dalgarno_sequence
+- What is the "CPE-consensus sequence"? UUUAU.
+- In gene expression, what is "Rat 1"? This is a nuclear "5'-to-3' exonuclease", involved in mRNA Degradation.
+- Woraus besteht die Transaktivierungsdomäne von CRE verwandten Proteinen? A: Aus "Q1", der "P-Box" und "Q2".
+- The protein "maskin" can bind to ... ? CPE aka "cytoplasmic polyadenylation element".
+- Explain the role of the protein maskin in not more than three words. A: "Impedes initiation factors".
+- Wie nennt man den Übergang vom "closed binary complex" in den "open binary complex"? A: Transition bzw genauer "Isomerization".
+- Does "alternative splicing" occur before capping? No.
+- Wie lang ist das "optimum spacing" zwischen -10 und -35 Region? 17 bp.
+- Kuriosität von "Pol-III Promotoren"? A: Sie befinden sich "downstream" von der Startstelle.
+- Which 2 histones are sometimes replaced? (1) H2A (2) H3
+- Welche Verbesserung erreichte man durch die Verwendung der "Taq-DNA-Polymerase"? Die Spezifität der PCR-Reaktion wurde erhöht, da DNA bei 72°C kopiert wird.
+- How was the existence of the Ribosome of the A and P sites originally determined? With the antibiotic "puromycin".
+- Was macht die "RNase D"? RNase D ist bei der Reifung von tRNAs wichtig, und zwar reift sie die 3' Enden der tRNA.
+- Nenne 1 "strukturelle" Eigenschaft der snRNAs. A: Sie besitzen "viele Uridinnucleotide".
+- Is "RNA turnover" a defense system? Yes - it can also help defend against viruses and parasitic elements.
+- Which part of Methionine is modified with "N-formyl"? The +H3N end (Aminoterminus).
+- Unbeladene tRNAs tragen was an ihrem eigenen 5-prime Ende, also terminal? Ein G.
+- When Arabinose is absent, how does the "Arabinose operon" behave? It is repressed in this case.
+- Which polymerase transcribes "Alu-Sequences"? The RNA-Polymerase III. But it only transcribes them - these RNA sequences are not translated.
+- Was "können" Ribozyme? Zum Beispiel sich selbst ausschneiden.
+- Nenne ein Enzym das "RNAse H" inkludiert. A: Die "reverse Transkriptase".
+- Nenne eine möglichst einfache Möglichkeit für eine Zelle einen Aminosäure Mangel wahrzunehmen. A: Der Anstieg unbeladener tRNA aufgrund des Fehlens der zugehörigen Aminosäure.
+- We wish to decrease the overall rate of protein synthesis, by modifying only one cellular factor. Which one? eIF2.
+- Die TFIIH vereint welche zwei Aktivitäten? (1) Helikase-Aktivität (2) Kinase-Aktivität
+- What is a Twintron? A "Twintron" is an intron-within-intron, excised by sequential splicing reactions. 
+- Name the two major nuclear mRNA decay enzymes. A: (1) 5 prime- 3 prime exoribonuclease Rat1p (Xrn2 in humans) (2) Nuclear Exosome.
+- Name a kinase that phosphorylates lipids. A: Die PI 3-kinase.
+- At the eukaryotic cap, the Cap II group is ...? -CH3; a methyl group.
+- tmRNA has which partner protein? SmpB - small protein.
+- Name a famous deadenylase in mammalian cells. A: The PARN-deadenylase.
+- Why can we say that translation is accurate? Because of the consistency found when we determine the sequence of a polypeptide.
+- What do we mean with "leaky scanning"? When we overlook ORF1 and initiate translation at the start of ORF2.
+- How many classes of tRNA synthetases exist? 2
+- Name the two major substrates of mTORC1. A: (1) S6K1 (2) 4E-BP1
+- Wann wurde mTOR im Menschen entdeckt? 1994.
+- Was heisst "uORF"? upstream open reading frame.
+- Activators recognize DNA sequences in which area? In Enhancers.
+- Name 2 areas of a tRNA that are close together in 3D. A: The T-Loop and D loop.
+- Give 2 examples for single-subunit RNA polymerase enzymes. A: (1) phages (2) organelles
+- Where can we find the "peptide anticodon"? This 3-amino acid can be found in the Ribosome.
+- What means the abbreviation "shRNA"? Small hairpin RNA.
+- Wie funktionieren Release Factors? Sie lösen die Hydrolysis der Peptidyl-tRNA aus, die an der P-Site ist. Das Protein wird dadurch freigesetzt.
+- Wo liegt das Gen für den Gerinnungsfaktor VIII im Menschen? Auf dem X-Chromosom.
+- Ein anderes Wort für "minor spliceosome"? A: AT-AC Spliceosome ("attack spliceosome")
+- Bei der Translokation des Ribosoms während der Elongationsphase in der Translation wird Energie in Form von ... benötigt? In Form von GTP, das hydrolysiert wird.
+- Was bedeutet "Translationskontrolle"? Auswählen der zu translatierenden mRNAs.
+- Translation initiation comprises a mechanism in which the eIF4F ternary complex recruits a 43S preinitiation complex. The eIF4F ternary complex consists of which three components? (1) eIF4E (2) eIF4A (3) eIF4G
+- Bei der eukaryoten 5-prime cap, wo finden wir die 5-prime-to-5-prime triphosphate bridge? Zwischen dem 7-methylguanosine und dem 5-prime Ende der mRNA.
+- What are "Isochizomers"? They have identical recognition sites, but not always the same cutting site.
+- The cap in eukaryotic mRNA has the methyl group where? At position-7.
+- Der CTD-Schwanz einer eukaryoten Polymerase ist Teil welcher Untereinheit? A: TFIID.
+- Enzymatische Strukturanalyse durch ... ? RNasen.
+- Wieviel % der Proteine in einer typischen Säugetierzelle ist, bei einer beliebigen Zeit, phosphoryliert? Etwa 1/3.
+- What is "R-loop mapping"? When RNA is incubated with dsDNA, the RNA displaces one RNA stretch.
+- Protein-Phosphorylation can occur on Serin, Threonine and Tyrosine. In Plants and Prokaryotes, on which additional Aminoacid? Histidine.
+- The snRNAs of the snurps recognize which 3 sites? (1) 5-prime splice site (2) 3' splice site (3) branch site
+- The MTE (motif ten element) requires which other element? The INR element.
+- Was genau bezeichnet man mit dem Begriff "RNA-Edition"? Dies ist der Fall wenn die Nucleotid-Sequenz einer RNA nach der Transkription verändert wird.
+- Welche Funktion erfüllt die Pol 5-prime -> 3' exconuclease activity? Entfernt RNA Primer.
+- Why does a cell encode DNA-Ligase? Because it is required for DNA replication.
+- What is the main difference between Type I and Type II riboswitches upon metabolite binding? Type I undergoes only minor changes in its secondary structure, Type II riboswitches however undergo global conformational changes during metabolite binding.
+- What means "gene knockdown"? This is an experimental technique by which the expression of an organisms gene is reduced.
+- Nenne einen zellulären Vorgang auf Protein-Ebene der nicht ohne weiteres reversibel ist. A: Proteolysis.
+- Was ist eine "Heteroduplex"? Eine DNA-Helix aus Strängen, welche von 2 verschiedenen DNA-Moleküle stammen.
+- Which 3 RNA degradation pathways exist. A: (1) RNA Turnover (2) RNA Processing (3) Quality Control
+- Ionenkanäle zeigen welche 3 Kontrollmöglichkeiten? (1) spannungskontrolliert (2) ligandenkontrolliert (3) mechanisch kontrolliert
+- Welche zwei traditionellen Verfahren gibt es zur Identifizierung des Transkriptionsstartes von PolII? (1) S1-Nuclease Kartierung und (2) Primer Extension Methode
+- TAF3 hat eine PHD-domain, den PHD-finger. Was kann diese Domain? Sie kann dimethylierte und trimethylierte H3K4 erkennen.
+- Was kann eine <one>Chromodomain</one> erkennen? Methylierte DNA.
+- Was genau ist "Genexpression"? Das sind all diejenigen Schritte, welche dazu führen, dass der DNA-Code in eine definierte Menge und Aktivität eines Genprodukts (RNA, Protein) übertragen wird.
+- What is a "riboswitch"? An RNA whose activity is controlled by the metabolic product or another small ligand.
+- Name one key change in the transformation of silent to active chromatin. A: The acetylation of histones. HATs do this transformation.
+- In der Genexpression, was heisst "SH2 domain"? Src Homology 2.
+- Nenne zwei Motife im Leucine Zipper Protein. A: (1) Basic region that recognizes DNA sequence and (2) a series of repeated Leucine residues.
+- Der Holorepressor besteht aus? Aporepressor und Corepressor.
+- MukB kann was? DNA-Stränge umklammern.
+- mTOR phosphoryliert was? 4E-BP.
+- Beim freien Signal-Aptamer, wie wird die Fluoreszenz unterdrückt? Durch die räumliche Nähe von Quencher und Fluorophor.
+- Primase: Wie lange sind die generierten Nukleotide? 8-12.
+- Wie geht der Gal Pathway? Gal 2,1,7,10,7 Glycosis.
+- Zellen ohne TK-Gen (Thymidin-Kinase) können was nicht? Sie können nicht überleben. Die Thymidinkinase (TK) konvertiert Desoxythymidin zu Desoxythymidinphosphat. Sie ist essentiell beim Aufbau der DNA.
+- Was ist der Non-sense-mediated RNA Decay und wann tritt er ein? A: Ein RNA-Abbau der die Zelle vor der Produktion funktionsunfähiger, verkürzter Proteine schützt, und immer dann einsetzt, wenn mRNAs mit "premature stop-Codons" im Cytoplasma auftreten. URL: https://en.wikipedia.org/wiki/Nonsense-mediated_decay
+- Wie wird CAP aktiviert? Durch cAMP.
+- Warum der Name Cosuppression? Weil sowohl das Transgen als auch das endogene Gen unterdrückt werden (suppression).
+- Welches ist der Standard-Sigmafaktor? Sigma-70.
+- Warum wird mRNA verpackt mit Proteinen durch die eukaryotische Membran geschleust? Weil die RNA negativ geladen ist, und es ohne Abschirmung der Proteine schwer möglich ist, diese durch die Membran zu transportieren.
+- Nenne 2 Beispiele für sequence motif Typen! A: Enhancers und Silencers.
+- Warum ist die Kenntnis der alternativen Tautomers wichtig? Da sie einen häufigen Fehler bei der DNA Replikation darstellen können.
+- Nenne 4 Beispiele für zelluläre mRNAs die IRES verwenden und so keine 5 Strich Cap brauchen. A: BiP der schweren Immunglobulin-Kette, das Myc-Protein, ODC und FGF-2
+- Was produziert ODC? A: Polyamine.
+- Definiere Scanning und nenne 3 Punkte die es erfordert. A: Scanning bezeichnet das Suchen des Ribosom nach dem AUG Startcodon, unter ATP-Verbrauch. Zudem benötigt es eIF1 und eIF1A.
+- Was macht das Enzyme Cytidine-Deaminase? A: Konvertiert C nach U.
+- Nenne 2 Elongation-Factors! A: TFIIS und hSPT5.
+- Wie kann bei Eukaryoten die 2. mRNA von der 1. mRNA unterschieden werden wenn das Genende erreicht wird und weiter transkribiert wird? A: Diese kurze mRNA ist uncapped, im Gegensatz zur ersten mRNA.
+- Der Output von Drosha ist wie lange? A: Etwa 70 Nukleotide
+- Proteine, die im Endoplasmatischen Retikulum sind, haben am C-Terminal ein Tetrapeptide. Wie lautet dessen Sequenz? A: KDEL (Merkschema: C-KDEL)
+- RISC akzeptiert was für einen Input? A: ssRNA
+- Nenne einen Faktor der bei "hydrolytic editing" stimuliert! A: Gre factors.
+- MRP-RNP ist womit verwandt? A: Mit RNAse P, welches korrekte 5-Prime Enden bei tRNA herstellt.
+- Wo befindet sich die RBS Stelle typischerweise? A: Etwa 3-9 Basenpaare vor dem Startcodon der 5-Strich mRNA.
+- TFIIF bindet woran? A: An den Non-Template strand.
+- Was ermöglicht NXF1? A: Den Übertritt der mRNA ins Cytoplasma.
+- Was heisst GCN? A: General Control of Amino Acid Synthesis.
+- Alternative Splicing produziert was? A: Verschiedene Isoformen.
+- Wir löschen Subunits des Mediator Komplexes. Was können wir beobachten? A: Verschiedene Gene werden nun nicht mehr abgelesen, wahrscheinlich weil die Mediator-Subunits mit verschiedenen Coaktivatoren zusammenarbeiten.
+- Warum heisst der Mediator Mediator? A: Er vermittelt zwischen stromaufwärts gelegenen Enhancern (Aktivatoren) und der RNA Polymerase II.
+- Was bewirken Terminators? A: Sie triggeren das die Polymerase von der DNA dissoziiert.
+- Woran genau bindet SP1? A: An GC-Boxen (GGGCGG)
+- Nenne 3 Vertreter für HAT Komplexe! A: Yeast SAGA, PCAF, NuA3
+- Nenne 4 verschiedene Gentypen, die die RNA Polymerase III transkribiert! A: tRNA, 5S rRNA, 7SL RNA, U6sn RNA. 
+- Woran bindet SP1? A: An GC-Boxen.
+- TBP ist Bestandteil welchen Komplexes bei RNA-Polymerasen III Genen? A: TFIIIB.