gphys 1.1.1a

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  277. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img89.png +0 -0
  278. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img9.png +0 -0
  279. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img90.png +0 -0
  280. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img91.png +0 -0
  281. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img92.png +0 -0
  282. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img93.png +0 -0
  283. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img94.png +0 -0
  284. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img95.png +0 -0
  285. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img96.png +0 -0
  286. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img97.png +0 -0
  287. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img98.png +0 -0
  288. data/doc/ep_flux/math-doc/document/img99.png +0 -0
  289. data/doc/ep_flux/math-doc/document/index.html +101 -0
  290. data/doc/ep_flux/math-doc/document/internals.pl +258 -0
  291. data/doc/ep_flux/math-doc/document/labels.pl +265 -0
  292. data/doc/ep_flux/math-doc/document/next.png +0 -0
  293. data/doc/ep_flux/math-doc/document/next_g.png +0 -0
  294. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node1.html +104 -0
  295. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node10.html +164 -0
  296. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node11.html +86 -0
  297. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node12.html +166 -0
  298. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node13.html +897 -0
  299. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node14.html +1065 -0
  300. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node15.html +72 -0
  301. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node16.html +81 -0
  302. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node2.html +82 -0
  303. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node3.html +91 -0
  304. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node4.html +149 -0
  305. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node5.html +330 -0
  306. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node6.html +99 -0
  307. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node7.html +98 -0
  308. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node8.html +83 -0
  309. data/doc/ep_flux/math-doc/document/node9.html +140 -0
  310. data/doc/ep_flux/math-doc/document/prev.png +0 -0
  311. data/doc/ep_flux/math-doc/document/prev_g.png +0 -0
  312. data/doc/ep_flux/math-doc/document/up.png +0 -0
  313. data/doc/ep_flux/math-doc/document/up_g.png +0 -0
  314. data/doc/ep_flux/math-doc/document.pdf +0 -0
  315. data/doc/ep_flux/math-doc/document.tex +2018 -0
  316. data/doc/gdir.html +412 -0
  317. data/doc/gdir_client.html +16 -0
  318. data/doc/gdir_connect_ftp-like.html +61 -0
  319. data/doc/gdir_server.html +45 -0
  320. data/doc/ggraph.html +1615 -0
  321. data/doc/gpcat.html +44 -0
  322. data/doc/gpcut.html +41 -0
  323. data/doc/gphys.html +532 -0
  324. data/doc/gphys_fft.html +324 -0
  325. data/doc/gphys_grads_io.html +69 -0
  326. data/doc/gphys_grib_io.html +82 -0
  327. data/doc/gphys_io.html +120 -0
  328. data/doc/gphys_io_common.html +18 -0
  329. data/doc/gphys_netcdf_io.html +283 -0
  330. data/doc/gplist.html +24 -0
  331. data/doc/gpmath.html +51 -0
  332. data/doc/gpmaxmin.html +31 -0
  333. data/doc/gpprint.html +34 -0
  334. data/doc/gpview.html +270 -0
  335. data/doc/grads2nc_with_gphys.html +21 -0
  336. data/doc/grads_gridded.html +307 -0
  337. data/doc/grib.html +144 -0
  338. data/doc/grid.html +212 -0
  339. data/doc/index.html +133 -0
  340. data/doc/index.rd +127 -0
  341. data/doc/netcdf_convention.html +136 -0
  342. data/doc/unumeric.html +176 -0
  343. data/doc/update +64 -0
  344. data/doc/varray.html +299 -0
  345. data/doc/varraycomposite.html +67 -0
  346. data/ext_coord.c +209 -0
  347. data/ext_init.c +7 -0
  348. data/extconf.rb +42 -0
  349. data/install.rb +130 -0
  350. data/interpo.c +497 -0
  351. data/lib/numru/dcl_mouse.rb +71 -0
  352. data/lib/numru/dclext_datetime_ax.rb +220 -0
  353. data/lib/numru/derivative.rb +348 -0
  354. data/lib/numru/ganalysis/covariance.rb +154 -0
  355. data/lib/numru/ganalysis/eof.rb +298 -0
  356. data/lib/numru/ganalysis/histogram.rb +252 -0
  357. data/lib/numru/ganalysis/met.rb +317 -0
  358. data/lib/numru/ganalysis/planet.rb +182 -0
  359. data/lib/numru/ganalysis.rb +7 -0
  360. data/lib/numru/gdir.rb +1038 -0
  361. data/lib/numru/gdir_connect_ftp-like.rb +149 -0
  362. data/lib/numru/ggraph.rb +5838 -0
  363. data/lib/numru/ggraph_on_merdional_section.rb +178 -0
  364. data/lib/numru/gphys/assoccoords.rb +359 -0
  365. data/lib/numru/gphys/attribute.rb +129 -0
  366. data/lib/numru/gphys/attributenetcdf.rb +80 -0
  367. data/lib/numru/gphys/axis.rb +963 -0
  368. data/lib/numru/gphys/coordmapping.rb +286 -0
  369. data/lib/numru/gphys/coordtransform.rb +209 -0
  370. data/lib/numru/gphys/derivative.rb +314 -0
  371. data/lib/numru/gphys/ep_flux.rb +868 -0
  372. data/lib/numru/gphys/gpcommon.rb +52 -0
  373. data/lib/numru/gphys/gphys.rb +1207 -0
  374. data/lib/numru/gphys/gphys_fft.rb +886 -0
  375. data/lib/numru/gphys/gphys_grads_io.rb +212 -0
  376. data/lib/numru/gphys/gphys_grib_io.rb +214 -0
  377. data/lib/numru/gphys/gphys_gtool3_io.rb +162 -0
  378. data/lib/numru/gphys/gphys_hdfeos5_io.rb +672 -0
  379. data/lib/numru/gphys/gphys_io.rb +452 -0
  380. data/lib/numru/gphys/gphys_io_common.rb +126 -0
  381. data/lib/numru/gphys/gphys_netcdf_io.rb +800 -0
  382. data/lib/numru/gphys/gphys_nusdas_io.rb +132 -0
  383. data/lib/numru/gphys/grads_gridded.rb +1638 -0
  384. data/lib/numru/gphys/grib.rb +2049 -0
  385. data/lib/numru/gphys/grib_params.rb +1465 -0
  386. data/lib/numru/gphys/grid.rb +723 -0
  387. data/lib/numru/gphys/gtool3.rb +771 -0
  388. data/lib/numru/gphys/interpolate.rb +854 -0
  389. data/lib/numru/gphys/narray_ext.rb +34 -0
  390. data/lib/numru/gphys/netcdf_convention.rb +406 -0
  391. data/lib/numru/gphys/subsetmapping.rb +332 -0
  392. data/lib/numru/gphys/unumeric.rb +522 -0
  393. data/lib/numru/gphys/varray.rb +1109 -0
  394. data/lib/numru/gphys/varraycomposite.rb +415 -0
  395. data/lib/numru/gphys/varraygrads.rb +225 -0
  396. data/lib/numru/gphys/varraygrib.rb +177 -0
  397. data/lib/numru/gphys/varraygtool3.rb +226 -0
  398. data/lib/numru/gphys/varrayhdfeos5.rb +451 -0
  399. data/lib/numru/gphys/varraynetcdf.rb +350 -0
  400. data/lib/numru/gphys/varraynusdas.rb +59 -0
  401. data/lib/numru/gphys.rb +9 -0
  402. data/lib/numru/htdir.rb +170 -0
  403. data/multibitIO.c +567 -0
  404. data/sample/cira86_to_nc.rb +122 -0
  405. data/sample/druby_cli1.rb +21 -0
  406. data/sample/druby_cli2.rb +34 -0
  407. data/sample/druby_serv1.rb +30 -0
  408. data/sample/druby_serv2.rb +64 -0
  409. data/sample/ep_flux/demo_NCEP_1.rb +48 -0
  410. data/sample/ep_flux/demo_NCEP_2.rb +57 -0
  411. data/sample/ep_flux/demo_NCEP_3.rb +81 -0
  412. data/sample/ggraph_latlon_labelling_dr002690.rb +159 -0
  413. data/sample/ggraph_mapfit-axes_dr002687.rb +131 -0
  414. data/sample/map_projection.rb +121 -0
  415. data/sample/ncep_theta_coord.rb +79 -0
  416. data/test/eof_slp.rb +28 -0
  417. data/test/mltbit.dat +0 -0
  418. data/test/test_ep_flux.rb +533 -0
  419. data/test/test_multibitIO.rb +19 -0
  420. data/testdata/T.jan.ctl +12 -0
  421. data/testdata/T.jan.dat +0 -0
  422. data/testdata/T.jan.grib +0 -0
  423. data/testdata/T.jan.nc +0 -0
  424. data/testdata/T.jan.packed.withmiss.nc +0 -0
  425. data/testdata/UV.jan.nc +0 -0
  426. data/testdata/assoc_crds.nc +0 -0
  427. data/testdata/cira86.dat +1332 -0
  428. metadata +621 -0
@@ -0,0 +1,121 @@
1
+ =begin
2
+ =map_projection.rb
3
+ ==USAGE
4
+ % ruby map_projection.rb [wsn]
5
+ where wsn is 1,2,3,or 4.
6
+ PNG files will be dumped if wsn==4.
7
+ =end
8
+
9
+ require 'numru/ggraph'
10
+ include NumRu
11
+
12
+ wsn = ( ARGV[0] ? ARGV[0].to_i : 1 )
13
+
14
+ path = '../testdata/T.jan.nc'
15
+ var = 'T'
16
+ gp = GPhys::IO.open(path,var)
17
+
18
+ DCL.swpset('ldump',true) if wsn == 4
19
+ DCL.gropn(wsn)
20
+ DCL.sldiv('t',3,2)
21
+ DCL.uzfact(1.1)
22
+ DCL.sgpset('lcntl',false)
23
+
24
+ # < defalut: itr==1 >
25
+ GGraph.set_fig('viewport'=>[0.2,0.8,0.21,0.81])
26
+ GGraph.tone( gp )
27
+ DCL.grfrm
28
+
29
+ # < map projection >
30
+
31
+ GGraph.set_map('vpt_boundary'=>true, 'coast_world'=>true)
32
+
33
+ itr=11
34
+ GGraph.set_fig('itr'=>itr)
35
+ [ [180.0,0.0,0.0], [180.0,0.0,180.0] ].each do |axis|
36
+ GGraph.next_fig('map_axis'=>axis)
37
+ GGraph.tone( gp.cut('lat'=>-70.0..-20.0) )
38
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" map_axis=#{axis.inspect}",
39
+ 0.03, 0, 0, 3)
40
+
41
+ GGraph.next_fig('map_axis'=>axis, 'map_window'=>[-180.0,180.0,-70.0,-20.0])
42
+ GGraph.tone( gp.cut('lat'=>-70.0..-20.0) )
43
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" map_axis=#{axis.inspect}",
44
+ 0.03, 0, 0, 3)
45
+ end
46
+
47
+ [ [180.0,0.0,90.0], [180.0,0.0,60.0] ].each do |axis|
48
+ GGraph.next_fig('map_axis'=>axis)
49
+ GGraph.tone( gp.cut('lat'=>-70.0..-20.0) )
50
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" map_axis=#{axis.inspect}",
51
+ 0.03, 0, 0, 3)
52
+ end
53
+
54
+ GGraph.set_map('vpt_boundary'=>false)
55
+
56
+ [10,11,12,13,14,15].each do |itr|
57
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
58
+ GGraph.tone( gp )
59
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr), 0.03, 0, 0, 3)
60
+ end
61
+
62
+ [20,21,22,23,30,31,32,33].each do |itr|
63
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
64
+ if itr==31 # polar stereo
65
+ GGraph.next_map('vpt_boundary'=>3)
66
+ DCL::sgpset('lclip', true)
67
+ else
68
+ DCL::sgpset('lclip', false)
69
+ end
70
+ GGraph.tone( gp )
71
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr), 0.03, 0, 0, 3)
72
+
73
+ axis = [135,60,0]
74
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr,'map_axis'=>axis,'map_radius'=>60.0)
75
+ GGraph.next_map('vpt_boundary'=>3) if itr==31 # polar stereo
76
+ GGraph.tone( gp.cut('lat'=>0..90) )
77
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" map_axis=#{axis.inspect}",
78
+ 0.03, 0, 0, 3)
79
+ end
80
+
81
+ # < cylindrical and mercator; effects of 'map_fit' >
82
+
83
+ gpjpn = gp.cut(110..160,10..70,false)
84
+
85
+ itr = 10
86
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
87
+ GGraph.tone( gpjpn )
88
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+' defaut', 0.03, 0, 0, 3)
89
+
90
+ itr = 10
91
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr, 'map_fit'=>false )
92
+ GGraph.tone( gpjpn )
93
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" 'map_fit'=>false", 0.03, 0, 0, 3)
94
+
95
+ itr=11
96
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
97
+ GGraph.tone( gpjpn )
98
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+' defaut', 0.03, 0, 0, 3)
99
+
100
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr, 'map_fit'=>true)
101
+ GGraph.tone( gpjpn)
102
+ DCL::sgtxzr(0.5, 0.15, DCL::sgtrnl(itr).strip+" 'map_fit'=>true", 0.03, 0, 0, 3)
103
+
104
+ itr = 10
105
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
106
+ GGraph.tone( gpjpn, true, 'map_axes'=>true, 'title'=>'itr=10 & map_axes=true' )
107
+ GGraph.contour( gpjpn, false, 'map_axes'=>true, 'title'=>'itr=10 & map_axes=true' )
108
+
109
+ gpjpn2 = gp.cut(110..180,10..70,false)
110
+
111
+ itr = 10
112
+ GGraph.next_fig('itr'=>itr)
113
+ GGraph.contour( gpjpn2, true, 'map_axes'=>true, 'title'=>'itr=10 & map_axes=true' )
114
+
115
+ #itr = 10
116
+ #GGraph.next_fig('itr'=>itr)
117
+ #GGraph.vector( gpjpn, gpjpn, true, 'map'=>true, 'title'=>'itr=10 & map_axes=true', 'unit_vect'=>true )
118
+
119
+
120
+ DCL.grcls
121
+
@@ -0,0 +1,79 @@
1
+ # = Sample program to use GPhys#interpolation by using NCEP reanalysis data
2
+ #
3
+ # USAGE
4
+ #
5
+ # % ruby ncep_theta_coord.rb [data_directory [varname [year [day_of_yr_from0]]]]
6
+ #
7
+ # COMMAND-LINE OPTIONS
8
+ #
9
+ # * data_directory : directory where the NCEP data situated -- by default
10
+ # an existing OPeNDAP directory is specified -- so it should work,
11
+ # though it may be slow for network data transfer.
12
+ # * others : you can guess -- see the source code.
13
+ #
14
+ # DESCRIPTION
15
+ #
16
+ # Here are two samples: one is a simple interpolation along a coordinate
17
+ # and the other is a coordinate transformation from pressure to potential
18
+ # temperature (isentropic coordinate).
19
+
20
+ require "numru/ggraph"
21
+ include NumRu
22
+
23
+
24
+ dir = ARGV[0] || "http://db-dods.rish.kyoto-u.ac.jp/cgi-bin/nph-dods/ncep/ncep.reanalysis.dailyavgs/pressure"
25
+
26
+ vname = ARGV[1] || "uwnd" # name of the variable to be interpolated
27
+
28
+ year = ARGV[2] || 2008
29
+ iday = ( ARGV[3] || 0 ).to_i # day of the year
30
+
31
+
32
+ xsel = 0
33
+ temp = GPhys::IO.open(dir+"/air.#{year}.nc","air")[xsel,false,2..-1,iday]
34
+ gp = GPhys::IO.open(dir+"/#{vname}.#{year}.nc",vname)[xsel,false,2..-1,iday]
35
+
36
+ prs = temp.axis("level").to_gphys
37
+ p00 = UNumeric[1000.0, "millibar"]
38
+ kappa = 2.0 / 7.0
39
+ pfact = (prs/p00)**(-kappa)
40
+
41
+ theta = temp * pfact
42
+ theta.name = "theta"
43
+ theta.long_name = "potential theta"
44
+
45
+ gp.set_assoc_coords([theta])
46
+
47
+ tht_crd = VArray.new( NArray[300.0,350.0, 400.0, 500.0, 700.0, 800.0] ).rename("theta")
48
+ gp_ontht = gp.interpolate("level"=>tht_crd)
49
+
50
+ p_crd = VArray.new( NArray[25.0, 15.0] ).rename("level")
51
+ p_crd.units = "hPa"
52
+ gp_onp = gp.interpolate(p_crd) # 1D: same as interpolate("level"=>p_crd)
53
+
54
+ DCL.swpset('iwidth',800)
55
+ DCL.swpset('iheight',800)
56
+
57
+ DCL.gropn(1)
58
+ DCL.sgpset('isub', 96) # control character of subscription: '_' --> '`'
59
+ DCL.glpset('lmiss',true)
60
+ DCL.sldiv('y',2,2)
61
+
62
+ GGraph::set_fig "itr"=>2
63
+
64
+ GGraph::tone_and_contour theta[false],true,"int"=>50
65
+ GGraph::color_bar
66
+
67
+ GGraph::tone_and_contour gp[false],true
68
+ GGraph::color_bar
69
+
70
+ GGraph::set_fig "itr"=>1
71
+
72
+ GGraph::tone_and_contour gp_onp[false],true,"keep"=>true
73
+ GGraph::color_bar
74
+
75
+ GGraph::tone_and_contour gp_ontht[false],true,"keep"=>true
76
+ GGraph::color_bar
77
+
78
+
79
+ DCL.grcls
data/test/eof_slp.rb ADDED
@@ -0,0 +1,28 @@
1
+ require "numru/gphys"
2
+ require "numru/ganalysis"
3
+ require "numru/ggraph"
4
+ include NumRu
5
+
6
+ slp = GPhys::IO.open("slp.mon.mean.nc","slp") # ftp://ftp.cdc.noaa.gov/Datasets/ncep.reanalysis.derived/surface/slp.mon.mean.nc
7
+ slp = slp.cut("lat"=>30..90) # 北緯30度以北のデータを使用する
8
+ slp = slp[{0..-1,4},{0..-1,2},true] # 経度, 緯度について4, 2点おきに読む
9
+ # 計算時間を速めるため(∴不要)
10
+ nt = slp.shape[2]
11
+ mon = NArray.sint(12,nt/12).indgen #=> [ [0,1,..,11], [12,13,..,23], .. ]
12
+ mon = mon[[0,1,11],true] # [0,1,11]: Jan,Feb,Dec (use [0] to include only Jan)
13
+ mon = mon.reshape!(mon.total) # to 1D (list of months to use)
14
+ slp = slp[true,true,mon] # 12,1,2月のデータを切取り
15
+
16
+ vec,val = slp.eof("time","norder"=>2) # EOF第2モードまで計算する
17
+
18
+ DCL::gropn(4)
19
+ GGraph.set_fig("itr"=>32)
20
+ eof = vec[true,true,0]
21
+ if eof.cut("lat"=>90).mean > 0
22
+ eof = -eof # 北極における値がが負になるようにする
23
+ end
24
+ GGraph.tone(eof, true, "min"=>-7.0, "max"=>7.0)
25
+ GGraph.contour(eof,false, "min"=>-7.0, "max"=>7.0)
26
+ GGraph.map("coast_world"=>true)
27
+
28
+ DCL::grcls
data/test/mltbit.dat ADDED
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