roebe 0.5.187

data/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.rb

@@ -0,0 +1,1055 @@
+require 'roebe/www/module_www.rb'
+
+german('Mikrobielle Physiologie') {
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+ruby_favicon
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+
+p.default {
+  margin-left: 1em;
+  padding: 0.5em;
+}
+
+a,
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+}
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+
+# =========================================================================== #
+# === COMMON_CSS_CLASS
+# =========================================================================== #
+COMMON_CSS_CLASS = 'mars2em BOLD'
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+# =========================================================================== #
+# === MAIN_DOCU_CSS_CLASS
+# =========================================================================== #
+MAIN_DOCU_CSS_CLASS = 'mar0px pad0px s0_5em marr2em'
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+  h1 dot(106, 'marr8px')+
+     string_span(
+       'Mikrobielle Physiologie',
+       css_class: 's4px BOLD',
+       css_style: 'border-bottom: 2px dotted royalblue'
+     ), 'mart1px marb0_5em'
+  # ========================================================================= #
+  # === Introduction
+  # ========================================================================= #
+  p_default_le {
+    e 'Die <b>mikrobielle Physiologie</b> beschäftigt sich mit den
+    <b>Grundmechanismen des Stoffwechsels und der Energieumwandlung
+    in Mikroorganismen</b>.'
+    br
+    e 'Mikroorganismen sind generell betrachtet die größten Chemiker auf
+    dem Planeten Erde. Ohne sie wäre höheres Leben auf dem Planeten
+    nicht möglich - der Sauerstoff ist, um ein Beispiel zu
+    bringen, das Ergebnis mikrobiellen Stoffwechsels.'
+    br
+    ee 'Auch für die Biotechnologie sind Mikroorganismen wichtig -
+    siehe Gärungsprozesse in der Lebensmittelbiotechnologie.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Die metabolischen Eigenschaften der Clostridien
+  #
+  # Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt
+  # Buttersäuregärung.
+  #
+  # Zwei Substratgruppen der Clostridien + Gärungsverlauf aller
+  # Gärungsprodukte wie gehabt mit Strukturformeln, Enzymen etc.
+  # Physiologie von Clostridien:
+  #
+  # - Beschreibung von Clostridien (Taxonomie und Merkmale). (2 Punkte)
+  # - Wie und woraus können Clostridien angereichert werden? (1 Punkt)
+  # - Welche Substrate können Clostridien verwerten? Jeweils ein
+  #   Bakterium aus jeder Substratgruppe nennen (3 Punkte)
+  # - Beschreiben Sie detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien
+  #   der zwei gängigsten Substratgruppen (samt Enzymen, Strukturformeln
+  #   aller Intermediate und Bilanz). (8 Punkte)
+  # - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen Substratgruppen auf
+  #   die menschliche Gesundheit? Nennen Sie die betreffenden Bakterien.
+  #   (1 Punkt)
+  # - Detailliert den Gärungsverlauf von Clostridien der zwei
+  #   gängigsten Substratgruppen beschreiben (Bilanz, Enzyme,
+  #   Strukturformel aller Intermediäre) (11 Punkte)
+  # - Welche Effekte haben Clostridien aus diesen substratgruppen auf 
+  #   die menschliche Gesundheit? Betreffenden Bakterien benennen. (1 Punkt)
+  #   Oxidation von molekularem Wasserstoff zur Energie- Generation bei Prokaryonten
+  # - Welche Bakterien können durch Ox zu mol Wasserstoff Energie
+  #   generieren? Wie heißen diese Bakterien? 2 Vertreter
+  #   nennen. (1 Punkt)
+  # - Die zugrunde liegende Bioenergetik beschreiben (2 Punkte)
+  #
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#clostridium_und_dessen_metabolische_eigenschaften_mitsamt_butters%C3%A4ureg%C3%A4rung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Clostridium und dessen metabolische Eigenschaften, mitsamt Buttersäuregärung'
+  p_default_le {
+    e '<i>Clostridien</i> sind <b>grampositive</b>, Sporen-bildende Bakterien
+    aus der Familie der <i>Clostridiaceae</i>. Die meisten Clostridien
+    sind <b>strikte Anaerobier</b> (und somit obligate Gärer). Zudem können
+    Clostridien nicht bei einem sauren pH-Wert wachsen.'
+    br
+    e 'Die <b>Endosporen</b> der Clostridien sind hitzeresistent und können
+    in siedendem Wasser viele Stunden überleben.'
+    br
+    e 'Ein bekannter Vertreter ist <i>Clostridium botulinum</i> -
+    bekannt aufgrund des Botulinus-Toxins.'
+    br
+    e 'Unter dem Aspekt ihrer bevorzugten Energiequelle können
+    Clostridien in drei große Gruppen eingeteilt werden:'
+    br; reset_the_counter
+    counter '<b>Proteolytische Clostridien</b>: Spaltung von
+    Eiweißen und/oder paarweise Umsetzung von Aminosäuren','mars3em'
+    counter '<b>Harnsäure-spaltende Clostridien</b>, zum Beispiel
+    <i>Clostridium acidi-urici</i>','mars3em'
+    counter '<b>Saccharolytische Clostridien</b>: Vergärung von
+    Kohlenhydraten (Zucker, Zellulose, Stärke)','mars3em'
+    br
+    e 'Hauptgärungsprodukte der saccharolytischen Clostridien sind
+    <b>Buttersäure</b>, <b>Aceton</b>, <b>Butanol</b>, <b>Kohlenstoffdioxid</b>
+    und <b>molekularer Wasserstoff</b> (<b>H₂</b>).'
+    br
+    e '<i>Clostridium ljungdahlii</i> wird in der Biotechnologie für
+    die Produktion von <b>Synthesegas</b> eingesetzt.
+    Synthesegas besteht aus Kohlenmonoxid (CO), Wasserstoff
+    (H₂) und Kohlendioxid (CO₂).'
+    br
+    e 'Es gibt zudem Vertreter von <i>Clostridien</i> die Stickstoff
+    fixieren können. Ein Beispiel hierzu ist <i>Clostridium
+    pasteurianum</i>.'
+    br
+    e 'Clostridien sind für die <b>Buttersäuregärung</b> berühmt.
+    Hierbei wird Zucker zu Buttersäure (Butyrat; Summenformel: C₄H₈O₂),
+    elementarem Wasserstoff (H₂) und Kohlenstoffdioxid (CO₂) abgebaut.'
+    br
+    e 'Buttersäuregärer können eingeteilt werden in
+    <b>saccharolytische Arten</b> (diese vergären
+    Kohlehydrate) oder in <b>peptolytische Arten</b> (diese
+    vergären Aminosäuren).'
+    br
+    selfy_newtab 'https://www.chemie.de/lexikon/Butters%C3%A4ureg%C3%A4rung.html',
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Der KDPG Weg                                               (KDPG tag)
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_kdpg_weg
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Der KDPG Weg'
+  p_default_le {
+    e 'Der KDPG Weg wird auch <b>Entner-Doudoroff-Weg</b> genannt. Benannt
+    wurde dieser Weg nach den amerikanischen Biochemikern <b>N. Entner</b>
+    und <b>M. Doudoroff</b>. Beim KDPG-Weg handelt es sich um einen 
+    <b>Hexose-Abbauweg</b>.'
+    br
+    e '<b>KDPG</b> steht für die Substanz
+    <b><a href="https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fbioe.2020.00185/full">
+    2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</a></b>.'
+    br
+    e 'Der <b>KDPG Weg</b> kommt ausschließlich bei einigen Bakterien vor,
+    insbesondere bei den <b>Pseudomonaden</b> und bei <b>Zymomonas</b>, aber
+    auch bei <i>Rhizobium</i>, <i>Azotobacter</i> sowie <i>Agrobacterium</i>;
+    bei den <b>Pseudomonaden</b> ist der KDPG-Weg sogar die Hauptroute des
+    Glucose-Katabolismus, da sie die Glykolyse nicht verwenden können. Diesen
+    Bakterien fehlen oft bestimmte Enzyme, wie die <b>Phosphofructokinase-1</b>.
+    In <b>Zymomonas</b> ist der KDPG Weg überhaupt nur der einzige Weg für
+    den Abbau von Glucose.'
+    br
+    e 'Nur wenige gram-positive Bakterien verwenden den KDPG Weg. Ein
+    Beispiel für ein gram-positives Bakterium, welches den KDPG Weg
+    verwendet, ist <i>Enterococcus faecalis</i>.'
+    br
+    e 'Der KDPG Weg ist eine <b>Alternative</b> zum <b>Embden-Meyerhof-Weg</b>
+    (== der <b>klassischen Glykolyse</b>).'
+    br
+    e 'Die Energieausbeute in Form von Adenosintriphosphat (ATP) beträgt
+    jedoch nur <b>1 ATP pro Glucose</b> (<i>net yield of 1 ATP per every one
+    glucose molecule processed</i>); im Embden-Meyerhof Weg werden 
+    hingegen <b>2 ATP pro Glucose</b> gewonnen. Auch 1x NADH und
+    1x NADPH werden pro Zyklus im KDPG Weg gewonnen.'
+    br
+    boldbr 'Die <b>Nettobilanz</b> des KDPG Wegs geht wie folgt:'
+    br
+    cmd2 'D-Glucose + NADP⁺ + NAD⁺ + ADP + P<sub>i</sub> '+
+         gleichgewicht+' 2 Pyruvat + NADPH + NADH + ATP + 2 H⁺ + H₂O',
+         'darkblue mars3em BOLD'
+    br
+    e 'Folgendes Bild zeigt die wichtigsten Schritte des KDPG Wegs
+    an:'
+    br
+    dimg find_image('KDPG_Pathway'),
+         'round_black2 mars3em'
+    br
+    dimg find_image('colourized_KDPG_pathway'),
+         'round_black3 mars3em'
+    brbr
+    e 'Im ersten Schritt des KDPG Wegs wird <b>D-Glucose</b> zu
+    <b>Glucose-6-phosphat</b> (über die <b>Hexokinase</b>)
+    konvertiert. Hierbei wird <b>ATP verbraucht</b>.
+    <b>Glucose-6-phosphat</b> kann als Eintrittsmolekül
+    in den Zyklus aufgefasst werden.'
+    br
+    e 'Glucose-6-phosphat wird danach zu 6-Phosphogluconat dehydrogeniert,
+    über das Enzym <b>Glucose-6-phosphat-Dehydrogenase</b>.'
+    br
+    e 'Das nächste Substrat ist <b>6-Phosphogluconat</b>. Danach konvertiert
+    die Phosphogluconat-Dehydratase <b>6-Phosphogluconat</b> zu KDPG
+    (<b>2-Keto-3-desoxy-6-phosphogluconat</b>). Es entsteht danach
+    <b>Glycerinaldehyd-3-phosphat</b> (<b>GAP</b>) (synthetisiert durch das
+    Enzym <b>KDPG-Aldolase</b>) und schließlich <b>Pyruvat</b>. Das hierbei
+    entstehende Pyruvat kann dann, zum Beispiel von <i>Zymomonas mobilis</i>,
+    für die <b>alkoholische Gärung</b> (= Entstehung von Ethanol) verwendet
+    werden (über Acetaldehyd als Zwischenschritt).
+    Generell ist der KPDG-Weg ein Einstieg in den Gärungsstoffwechsel
+    mancher Bakterien.'
+    br
+    e 'Der KDPG Weg besitzt <b>zwei Schlüsselenzyme</b>:'
+    br; reset_the_counter
+    counter_li '6-PG-Dehydrogenase','mars3em'
+		counter_li 'KDPG-Aldolase','mars3em'
+    br
+    e 'Manche Bakterien, wie zum Beispiel <i>Escherichia coli</i>, nutzen
+    sowohl den <b>KDPG Weg</b> als auch die klassische Form der Glykolyse.'
+    br
+    e 'Wie gelangt <b>D-Glucose</b> in die bakterielle Zelle?'
+    br
+    e 'Dies geschieht über einen <b>H⁺-Symporter</b>, oder - bei
+    <i>Zymomonas mobilis</i> - durch <b>erleichterte Diffusion</b>.'
+    br
+    e 'Der KDPG Weg erlaubt die Verstoffwechslung von Gluconat,
+    sowie verwandter organischer Säuren, die in die Glykolyse nicht 
+    eintreten können. In <i>E. coli</i> können die beteiligten Gene
+    (wie zum Beispiel die <i>gluconate permease</i>)
+    durch Wachstum auf Gluconat als Substrat eingeschaltet
+    werden (== <i>induced by growth on gluconate</i>).'
+    br
+    selfy_newtab 'https://ocm.govtsciencecollegedurg.ac.in/Document/595_101944.pdf',
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Stickstofffixierung und Symbiose                     (stickstoff tag)
+  #
+  # Auch das Enzym im Detail hierzu genau beschreiben.
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#stickstofffixierung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2('Stickstofffixierung - eine symbiotische Beziehung, als '\
+        'Teil des Stickstoffkreislaufs')
+  p_default_le(id: 'stickstofffixierung') {
+    e 'Einige Bakterien können <b>atmosphärischen Stickstoff</b> (N₂) fixieren
+    (= <i>"nitrogen fixation"</i>), sprich, in Assoziation mit Pflanzen 
+    <b class="darkblue">(bio)verfügbar</b> machen, als Teil des
+    <b>Stickstoffkreislaufs</b> auf dem Planeten Erde. Dabei entsteht
+    üblicherweise <b>Ammoniak</b> (<b>NH₃</b>) beziehungsweise
+    eigentlich <b>Ammonium-Ionen</b> (<b>NH₄⁺</b>).'
+    br
+    e 'Chemisch betrachtet ist diese Fixierung schwierig, da <b>N₂</b> aufgrund seiner 
+    <b>Dreifachbindung</b> sehr <b class="italic underline">reaktionsträge</b> ist -
+    also <b>chemisch relativ inert</b> ist. Dies bedingt daher das die Fixierung
+    von Stickstoff für das Bakterium äußerst <b>energieaufwändig</b> ist.'
+    br
+    dimg2 'science/plants/leguminosen_und_knöllchen_für_die_stickstoffixierung.png',
+          'https://i.imgur.com/BQcbdH1.png',
+          'marl5em rounded_black3'
+    dimg 'science/chemistry/N2.jpg','round_black2 marl1em'
+    dimg 'science/plants/Root_Nodules.jpg','round_black2 marl1em'
+    brbr # Freilebende versus symbiontische stickstofffixierende Bakterien
+    br
+    e 'Das Enzym, das für die Stickstofffixierung verwendet wird
+    (die Nitrogenase) wird an späterer Stelle genauer beschrieben.'
+    br
+    e 'Generell kann man stickstofffixierende Bakterien einteilen in
+    <b>freilebende Bakterien</b> und <b>symbiontische Bakterien</b>. Letztere
+    fixieren deutlich mehr Stickstoff als die freilebenden Bakterien.
+    In Summe werden in etwa 10¹¹ kg N₂ pro Jahr von Bakterien fixiert.'
+    br
+    e 'Bakterien die atmosphärischen Stickstoff fixieren können, wie zum
+    Beispiel die <i class="BOLD"> <a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Rhizobia">Rhizobia</a></i>,
+    nennt man <b class="italic">diazotroph</b>. Ein englischer Name hierfür,
+    welcher recht gut zu merken ist, ist <b class="italic">Bacterial fertilizers</b>.'
+    br
+    e 'Es handelt sich hierbei um eine <b>Symbiose</b>, die diese stickstofffixierende
+    Bakterien mit <b>Leguminosen</b> - wie zum Beispiel der <b>Sojabohne</b>
+    (<i>Glycine max</i>) - eingehen. Ohne diese Symbiose könnte <i>Rhizobia</i>
+    keinen Stickstoff fixieren. <i>Rhizobia</i> erhält hier von der Wirtspflanze
+    <b>Kohlenhydrate</b> und <b>Nährstoffe</b>, und versorgt seinerseits die Pflanze
+    eben mit diesem <b>fixierten Stickstoff</b>. Für die Leguminosen wiederum
+    gibt es auch einen <b>Selektionsvorteil</b>: sie können dank dieser Symbiose
+    auch <b>in unfruchtbaren Böden gedeihen</b>.'
+    br
+    e 'Die Rhizobien werden durch Substanzen von der Pflanze angelockt
+    und können sich - Dank ihrer Geisseln - zu der Pflanze hinbewegen.
+    Danach bilden sie sogenannte "<i class="BOLD">root nodules</i>" in
+    der Pflanze, wie am Bild oben zu sehen ist.'
+    br
+    e '<b>Stickstoff</b> ist für eine Pflanze eminent wichtig - es wirkt
+    oft als <b>ein <u>wachstumslimitierender Faktor</u></b>.'
+    br
+    e 'Auch Bäume gehen solche Symbiosen mit stickstofffixierenden
+    Mikroorganismen ein, wie zum Beispiel die <b>'+
+    string_link(:die_erle, content: 'Erle')+'</b>.'
+    br
+    dimg 'science/biology/Heterocyst_from_Anabaena.jpg',
+         'round_black2 mar0_5em mart2px'
+    e '<b>'+slink(:die_cyanobakterien, content: 'Cyanobakterien')+
+    '</b> die Stickstoff fixieren können bilden spezialisierte
+    Zellen aus: die sogenannten <b>Heterozysten</b>.
+    Man findet Cyanobakterien meistens im Wasser - insbesonders im Ozean,
+    aber auch in der Landwirtschaft (Reisenbau in den Tropen).
+    Auch Flechten sollten an dieser Stelle genannt werden, als
+    Beispiel für eine symbiotische Vergesellschaftung zwischen
+    einem Cyanobakterium und einem Pilz. Flechten sind oft die
+    Erstbesiedler einer unfruchtbaren Umgebung und ebnen den
+    Weg für eine spätere Ansiedlung von Pflanzen, die
+    einen anspruchsvolleren Nahrungsbedarf haben.'
+    br
+    e 'Die Gattung <b>Frankia</b> findet man oft bei verholzenden
+    Pflanzen, wie zum Beispiel bei <b>Erlen</b>.'
+    br
+    e 'Bei anderen Bakterien entstehen im Zuge dieser Symbiosen 
+    <b>Wurzelknöllchen</b> in der Pflanze selbst, wo dann die
+    <b>Stickstofffixierung</b> stattfindet.'
+    br
+    e 'Ein Beispiel für freilebende N₂-Fixierer ist <b>
+    Azotobacter</b>. Azotobacter sind obligate Aerobier.'
+    br
+    e 'Das <b>Schlüsselenzym</b>, das hierbei bei der Stickstofffixierung zum
+    Einsatz kommt, ist die <b>'+string_href(:nitrogenase,
+    content: 'Nitrogenase')+'</b>. Erstmals wurde die <b>Nitrogenase</b>
+    im Jahre 1960 isoliert, aus dem Bakterium <i class="BOLD">Clostridium
+    pasteruianum</i>.'
+    br
+    e 'Die <b>Nitrogenase</b> selbst besteht aus <b>zwei Untereinheiten</b>:
+    <b>Dinitrogenase</b> sowie <b>Dinitrogenase Reduktase</b>. Beide
+    Untereinheiten enthalten <b>Eisen</b>; die <b>Dinitrogenase</b>
+    enthält zudem <b>Molybdän</b> sehr wichtigen Kofaktor <b>FeMo-co</b>,
+    der für die Reduktion von <b>N₂</b> zu <b>NH₃</b> (Ammoniak)
+    verantwortlich ist. Der FeMo-co cluster bindet <b>Homocitrat</b>
+    sowie zwei Aminosäuren der Nitrogenase (Histidin 442 und Cystein 275).
+    Man kann die Nitrogenase daher auch als Nitrogenase-Komplex
+    bezeichnen, als Enzymsystem. Dieses komplexe Enzymsystem
+    besitzt mehrere Redoxzentren.'
+    br
+    e 'Die Dinitrogenase ist sehr langsam: sie fixiert nur etwa
+    3 N₂ pro Sekunde.'
+    br
+    e 'Im Zuge der Reaktion, die die <b>Nitrogenase</b> durchführt,
+    bindet der <b>FeMo-co Kofaktor</b> 2x H⁺ und entlässt danach
+    (gasförmiges) <b>H₂</b>. Die Aufgabe der <b>Dinitrogenase Reduktase</b>
+    ist es Elektronen an die <b>Dinitrogenase</b> zu liefern.
+    Die <b>Hydrolyse von ATP</b> bewirkt hier eine
+    <b>Konformationsänderung</b>.'
+    dimg 'science/molecular_biology/nitrogenase_3D_structure.png',
+         'mar0_5em mars5em round_black3'
+    br
+    dimg 'science/biochemistry/nitrogen-fixation-formula.png',
+         'round_black3 mars5em marb0_5em'
+    br
+    e 'Die <b>Stickstofffixierung</b> wird über die <b>nif</b> Gene
+    kodiert. Die drei primären Strukturgene sind <b>nif-K</b> (grün), 
+    <b>nif-D</b> (blau) sowie <b>nif-H</b> (rot) - siehe 
+    das Bild oben. Die Gene <b>nif-K</b> (grün) und <b>nif-D</b>
+    (blau) kodieren für die beiden primären Untereinheiten der
+    Dinitrogenase.'
+    br
+    e 'Pro fixiertem N₂ verbraucht die Nitrogenase <b>16 ATP</b> -
+    es ist somit ein sehr kostenintensiver Prozess. Zudem werden
+    8 Elektronen benötigt.'
+    br
+    e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden
+    durch <b>Ferredoxin</b> (ein FeS-Protein) bereitgestellt;
+    <b>Ferredoxin</b> ist somit der eigentliche
+    <b>Elektronendonor</b>.'
+    br
+    e 'Für den Transfer eines Elektronenpaars weden <b>vier Moleküle
+    ATP</b> benötigt.'
+    br 
+    e 'Die <b>Nitrogenase</b> ist gegenüber O₂ meistens sensitiv. Eine
+    Strategie gegen dieses Problem ist es eine <b>Schleimschicht</b> zu
+    bilden - dies wird von dem Bakterium <i>Azotobacter vinelandii</i>
+    eingesetzt. Beweisen kann man dies indem man das Bakterium bei
+    niedrigem O₂ Gehalt wachsen lässt, und dann im Vergleich hierzu
+    bei einem hohem O₂ Gehalt wachsen lässt. Man sieht dann das die
+    Schleimschicht wesentlich dicker ist.'
+    br
+    e 'Mikroorganismen verwenden verschiedene Strategien um
+    mit O₂ umzugehen. Eine Strategie ist die <u class="BOLD">Kompartimentierung</u>
+    der Stickstofffixierung: so führt <i>Anabaena spiroides</i>
+    die Stickstofffixierung in sogenannten <b>Heterocysten</b>
+    durch; hier ist somit ein räumlicher Schutz gegeben. In diesen
+    <b>Heterocysten</b> ist die Photosynthese abgeschalten, damit
+    die Nitrogenase <b>anaerob</b> arbeiten kann. Die Entwicklung
+    hin zu einter <b>Heterocyste</b> wird durch einen <b>Mangel an
+    Stickstoff</b> (genetisch) induziert.'
+    br # === Schutzsysteme für die Nitrogenase:
+    boldbr 'Schutzsysteme für die Nitrogenase:'
+    br
+    e 'Die Nitrogenase ist generell <b>sauerstoffempfindlich</b> -
+    Sauerstoff inaktiviert dieses Enzym irreversibel.'
+    br
+    e 'Azotobacter verwendet eine Schleimschicht als Strategie
+    um die Nitrogenase zu schützen.'
+    br
+    e 'Interessanterweise enthalten Rhizobien keine Hydrogenase. Sie
+    verwenden jedoch <b>Leghämoglobin</b> als Schutzsystem.'
+    br # === Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:
+    boldbr 'Nachweis von N₂-fixierenden Bakterien:'
+    br
+    e 'Die meisten Nitrogenasen können auch <b>Acetylene</b> reduzieren.
+    Dabei entsteht <b>Ethylene</b> (H₂C=CH₂). Diese Reaktion ist auch
+    Grundlage für den <i class="BOLD">acetylene reduction assay</i>,
+    mit Hilfe eines <b>Gaschromatographen</b> - somit können
+    Stickstoffixierende Bakterien nachgewiesen werden.'
+    br
+    e 'Ein weiteres Nebenprodukt der Nitrogenase ist Wasserstoffgas,
+    also H₂.'
+    br
+    e 'Die <b>Elektronen für die Stickstoffixierung</b> werden durch
+    <b>Ferredoxin</b> (einem <b>FeS-Protein</b>) bereitgestellt.'
+    br
+    e 'Es gibt auch <b>alternative Dinitrogenasen</b>. Diese verwenden
+    anstelle von Molybdän <b>Eisen</b> oder <b>Vanadium</b>.
+    Man kann sie als einen '+squote('zellulären Backup-Mechanismus')+
+    ' ansehen. Ein Beispiel für einen Organismus der
+    eine alternative Nitrogenase verwendet ist
+    <i>Streptomyces thermoautotrophicus</i>. Dessen Nitrogenase
+    wird durch molekularen Sauerstoff <b>nicht</b> inhibiert.'
+    br
+    e 'Die Regulation der Stickstoff-Fixierung erfolgt hauptsächlich
+    auf Transkriptionsebene. Das NifA-Protein fungiert als
+    Transkriptionsfaktor und aktiviert Transkription der nif-Gene.'
+    br
+    boldbr 'Welche Mikroorganismen können Stickstoff fixieren?'
+    br
+    e 'Man kann hier unterscheiden zwischen:'
+    br
+    le2 '- <b>frei-lebenden</b>, nicht-symbiotischen Bakterien wie
+    die Cyanobakterien, aber auch <i>Anabaena</i> oder <i>Nostoc</i>'
+    br
+    le2 '- mutualistischen (symbiotischen) Bakterien wie
+    <i>Rhizobium</i>. Diese sind mit Leguminosen (Pflanzen)
+    vergesellschaftet. Weitere Beispiele inkludieren
+    <i>Azospirillum</i> und deren Symbiose mit Gräsern.'
+    br
+    e '<b>N₂-Fixierung</b> ist einer der energieaufwendigsten
+    Prozesse in der Natur.'
+    br
+    boldbr 'Links und Quellen:'
+    br
+    selfy 'https://www.britannica.com/science/nitrogen-fixation',
+             css_class: COMMON_CSS_CLASS
+    selfy 'https://www.youtube.com/watch?v=44g83bAB0FI',
+             css_class: COMMON_CSS_CLASS
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_sulfatatmung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Die Sulfatatmung (= dissimilatorische Sulfatreduktion = Desulfurikation)'
+  p_default_le(id: 'sulfatatmung') {
+    e 'In anaeroben Meeressedimenten ist Sulfat ein fast unerschöpflicher
+    Elektronenakzeptor. Hier gibt es natürlich keinen Sauerstoff -
+    die Sulfatatmung ist daher eine Form der anaeroben Atmung.'
+    br
+    e 'Obligat anaerobe Bakterien können die Sulfatatmung durchführen,
+    insbesonders:'
+    br; reset_the_counter
+    counter 'Desulfovibrio'
+    counter 'Desulfomonas'
+    counter 'Desulfotomaculum'
+    br
+    e 'Das Hauptprodukt der Sulfat-Atmung ist <b>H₂S</b>.'
+    br
+    e 'Die Formel lautet:'
+    br
+    cmd '  8 [H] + 2 H+ + SO₄²⁻ → H₂S + 4 H₂O'
+    br
+    e 'Durchgeführt wird die Sulfatatmung von
+    <b>obligat anaeroben Bakterien</b>.'
+    br
+    e 'Drei Genera sind zu nennen:'
+    br; reset_the_counter
+    counter 'Desulfovibrio'
+    counter 'Desulfobacter'
+    counter 'Desulfuromonas'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Autotrophe CO2-Fixierung
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#auxotrophe_co2_fixierung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Autotrophe CO₂-Fixierung'
+  p_default_le(id: 'auxotrophe_co2_fixierung') {
+    le 'Mit der <b>Kohlenstoffdioxid-Assimilation</b> bezeichnet man bei
+    Lebewesen die Aufnahme von Kohlenstoff und Sauerstoff aus
+    Kohlenstoffdioxid (CO₂) zum Aufbau von organischen, körpereigenen
+    Kohlenstoffverbindungen.'
+    br
+    e 'Der erste Schritt dazu ist die Bildung einer Carboxygruppe. Da
+    Kohlenstoffdioxid hierbei in den organischen Stoffen gebunden
+    wird, spricht man auch von einer <b>Kohlenstoffdioxid-Fixierung</b>.'
+    br
+    e 'Man unterscheidet autotrophe und heterotrophe
+    Kohlenstoffdioxid-Assimilation. Bei autotrophen Lebewesen
+    ist Kohlenstoffdioxid die einzige Kohlenstoffquelle für den
+    Aufbau körpereigener Baustoffe. Heterotrophe Lebewesen
+    verwenden dagegen hauptsächlich organische Kohlenstoffverbindungen
+    als Baustoffquelle.'
+    br
+    e 'Pflanzen und Cyanobakterien verwenden den Calvin-Zyklus zur
+    auxotrophen CO₂-Fixierung.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Calvin-Zyklus
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#der_calvin_zyklus
+  # ========================================================================= #
+  show_calvin_cycle
+  # ========================================================================= #
+  # === (1) Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase  (hydrogenase tag)
+  #
+  # Knallgasbakterien: Lebensweise + Vertreter (3 Punkte)
+  # Welche Bakterien können durch Oxidation von molekularem
+  # Wasserstoff Energie generieren? Wie heißen sie? Vertreter?
+  # Beschreibe die zugrunde liegende Bioenergetik.
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_knallgasreaktion_und_das_enzym_hydrogenase
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Die Knallgasreaktion und das Enzym Hydrogenase'
+  p_default_le(id: 'knallgasreaktion') {
+    e '<b>Knallgasbakterien</b> werden eigentlich
+    <b>Wasserstoff-oxidierende Bakterien</b> genannt.
+    Im Englischen werden sie <b>Hydrogen-oxidizing bacteria</b> 
+    genannt, oder, etwas kurios, <b>Knallgas bacteria</b>.
+    Es handelt sich hierbei um eine sehr <b>heterogene Gruppe</b>.'
+    br
+    e 'Ihnen dient <b>molekularer Wasserstoff</b> ('+wasserstoff+')
+    als Elektronen-Donor. Die bekannten Arten <b>wachsen relativ
+    schnell</b>, mit Verdopplungszeiten von 1–3 Stunden.'
+    br
+    e 'Sauerstoff (O₂) dient als der Elektronen-Akzeptor.'
+    br
+    e 'Die Reaktion wird auch <b>Knallgasreaktion</b> genannt.'
+    br
+    e 'Das Enzym <b>'+string_remote_link(:hydrogenase, 'Hydrogenase')+
+      '</b> führt folgende Reaktion durch:'
+    br
+    cmd2 '  H₂ + 1/2 O₂ → H₂O'
+    br
+    e 'Hierbei überführt die <b>Hydrogenase</b> die Elektronen von
+    H₂ auf einen <b>quinone</b> Akzeptor. Als Kofaktor verwendet
+    die Hydrogenase <b>Ni²⁺</b>. Die meisten Hydrogenasen
+    sind <b>sensitiv</b> (also <b>empfindlich</b>) gegenüber Sauerstoff.'
+    br
+    e 'Knallgasbaktieren bevorzugen ein <b>mikroaerophiles Milieu</b>:
+    also einen <b>O₂-Gehalt</b> zwischen <b>5 und 10%</b>.'
+    br
+    e 'Ein Beispiel für ein Bakterium welches die Hydrogenase verwendet,
+    und daher "<b>Knallgasbakterium</b>" genannt werden kann, ist <i class="BOLD">
+    Ralstonia eutropha</i> (auch <i>Alcaligenes eutrophus</i> genannt); hier erfolgt
+    die Reaktion bei Vorhandensein von molekularem Sauerstoff. Ein weiteres
+    Beispiel für einen Mikroorganismus der die Hydrogenase verwendet ist
+    <i class="BOLD"><a href="https://en.wikipedia.org/wiki/Acidovorax_facilis#History">
+    Pseudomonas facilis</a></i>. Auch Archaea verwenden diese Reaktion - so
+    zum Beispiel <i>Aquifex pyrophilus</i>.'
+    br
+    e 'Allgemein werden Bakterien, die diese Reaktion katalysieren
+    können, "<b class="italic">Hydrogen bacteria</b>" (auch
+    <b>Wasserstoffoxidierer</b>) genannt.'
+    br
+    e 'Aerobe Knallgasbakterien verwenden etwa ein Drittel des
+    H₂ zur Synthese von Zellmasse.'
+    br
+    e 'Die meisten der Bakterien die diese Reaktion durchführen können
+    auch <b>CO₂</b> fixieren - sie sind somit <b>autotroph</b> (=
+    "Carboxidotrophe Bakterien"). Bei dieser Reaktion wird Kohlenmonoxid
+    zu Kohlendioxid konvertiert. Das dadurch entstehende CO₂ wird
+    in den <b>Calvin Zyklus</b> eingespeist.'
+    br
+    e 'Interessanterweise gibt es <b>zwei Varianten an
+    Hydrogenasen</b>:'
+    br
+    le2 '- Die eine Variante ist <b>membrangebunden</b>. Diese Variante
+    ist <b>für die ATP-Synthese wichtig</b>, über den Aufbau der
+    <b class="italic">proton motife force</b>.'
+    le2 '- Die andere Variante ist <b>cytoplasmatisch</b> vorzufinden.
+    Sie verwendet <b>NAD⁺</b> als Kofaktor, der im Zuge der Reaktion
+    zu <b>NADH</b> reduziert wird. Dieses NADH wird danach zumindest
+    in <i>Ralstonia eutropha</i> für den Calvin Zyklus verwendet.
+    (Ralstonia hat sowohl eine membrangebundene Hydrogenase
+    als auch eine cytoplasmatische Hydrogenase.)'
+    br
+    e 'Die Reaktion der <b>cytoplasmatischen Hydrogenase</b> ist im
+    folgenden Bild dargestellt:'
+
+    dimg2 'science/microbiology/Cytosolic_Hydrogenase.jpg',
+          'https://i.imgur.com/61DznBf.jpg',
+          'round_black3 mar1em mars4em'
+    br
+    e 'Bis heute kennt man <b>drei Klassen an Hydrogenasen</b> 
+    (<i>H₂asen</i>). Diese haben entweder einen <b>FeFe</b>, einen
+    <b>NiFe</b> oder einen <b>Fe Kern</b>.'
+    br
+    e 'Warum ist die Knallgasreaktion wichtig, aus Sicht der
+    mikrobiellen Physiologie?'
+    br
+    e '<b>'+wasserstoff+'</b> entsteht beim anaeroben Abbau
+    organischer Substanzen durch Gärer.'
+    br
+    boldbr 'Links und Quellen:'
+    br
+    selfy_newtab 'https://en.wikipedia.org/wiki/Hydrogen_oxidizing_bacteria',
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
+    selfy_newtab :article_hydrogenase_enzymes_2016,
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
+    selfy_newtab 'https://www.sciencedirect.com/science/article/abs/pii/S0048969722026559',
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS # 20.08.2022
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes
+  #
+  # - Beschreiben Sie die Gärungsphysiologien von Enterobacter aerogenes
+  # und
+  # Escherichia coli im Detail mit allen Enzymen, Strukturformeln,
+  # Intermediaten und Bilanz.
+  # Durch welche Tests kann man die beiden Bakterien unterscheiden?
+  #
+  # - E.coli: beschreibe seine Lebensweise in aeroben und anaeroben
+  #   Bedingungen mit allen Reaktionswegen und Formeln sowie  Enzymen.
+  #   E. coli Stoffwechsel im aeroben und im anaeroben Millieu.
+  #
+  # - Stoffwechsel von E. coli in aerober Umgebung (12 punkte) und anaerober
+  #   umgebung (6 punkte)
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#ecoli
+  # ========================================================================= #
+  fancy2('Energiegewinnung bei Escherichia coli und Enterobacter aerogenes')
+  p_default_le {
+    e 'In <i>E. coli</i> wird Pyruvat phosphoryliert, über die
+    <b>Phosphoenolpyruvat-Synthase</b>, hin zu PEP.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # Show the glycolytic pathway next:
+  # ========================================================================= #
+  show_glycolysis
+  show_pentose_phosphate_pathway
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#pentose_phosphate_pathway
+  # ========================================================================= #
+  # ========================================================================= #
+  # === (3) Lactic Acid Fermentation
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Lactic Acid Fermentation'
+  p_default_le {
+    e 'Lactic acid bacteria are gram-positive organism. They will produce
+    lactic acid as part of their fermentation.'
+    br
+    e 'We can distinguish two groups:'
+    br
+    le '(1) <b>Homofermentative</b>: these will only yield lactic acid
+    as fermentation product. They produce 2 ATP per glucose consumed.'
+    le '(2) <b>Heterofermentative</b>: these will yield lactic acid,
+    but also ethanol and CO₂. They produce only 1 ATP per glucose
+    consumed.'
+    br
+    e 'The primary difference can be explained by the enzyme aldolase.
+    Homofermentative bacteria contain aldolase, whereas heterofermentative
+    bacteria do <b>not</b> contain aldolase.'
+    br
+    e 'Because only heterofermentative lactic acid bacteria produce
+    CO₂ this lends itself well to observe for the production of
+    CO₂ in the laboratory, in order to distinguish between these
+    two fermenters.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Acetogenese
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Acetogenese'
+  p_default_le {
+    e 'Acetogenese wird von acetogenen Bakterien durchgeführt.'
+    br
+    e 'Die Reaktionsgleichung ist:'
+    br
+    cmd '  2 CO₂ + 4 H₂ ←→ Acetat + 2 H₂O'
+    br
+    e 'Diese Reaktion wird auch <b>Wood-Ljungdahl-Weg</b> genannt. Als
+    <b>Elektronendonor</b> dienen die 4 Wasserstoff-Moleküle.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Die Nitratatmung
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_nitratatmung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Die Nitratatmung'
+  p_default_le {
+    e 'Die Nitratatmung - eine Form der anaeroben Atmung - wird auch
+    <b>Denitrifikation</b> genannt. Anstatt Sauerstoff tritt hier
+    <b>Nitrat</b> (NO₃⁻) als terminaler Elektronenakzeptor dient. '
+    br
+    dimg2 'science/biochemistry/DENITRIFIKATION.jpg',
+          'https://i.imgur.com/0s2Tupy.jpg',
+          'mar1em mars4em round_black3'
+    br
+    e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist eine Form der anaeroben Atmung, bei
+    der an Stelle von Sauerstoff <b>Nitrat</b> (<b>NO₃⁻</b>) als
+    terminaler Elektronenakzeptor dient.'
+    br
+    e 'Der Energiegewinn erfolgt hierbei durch eine oxidative Phosphorylierung
+    an einer Elektronentransportkette.'
+    br
+    e 'Der wichtigste Typ der Nitratatmung ist die <b>Denitrifikation</b>,
+    in der Nitrat (<b>NO₃⁻</b>) bis zum <b>molekularen Stickstoff</b> (N₂)
+    reduziert wird (durch Bakterien).'
+    br
+    e 'Der Vorteil der Nitratatmung liegt darin das Bakterien dies auch in
+    Lebensräumen umsetzen können, die keinen Sauerstoff bieten.'
+    br
+    e 'Ein Beispiel für ein denitrifizierendes Bakterium ist
+    <b>Pseudomonas stutzeri</b>. Solche Bakterien werden auch
+    <b>Denitrifizierer</b> genannt.'
+    br
+    e 'Die <b>Nitratatmung</b> ist somit <b>ein wesentlicher Bestandteil
+    des global Stickstoffkreislaufes</b>.'
+    br
+    e 'Ein Beispiel für <b>Denitrifikanten</b> sind die
+    <b>Pseudomonaden</b>. Auch unter den Propionibakterien
+    gibt es Bakterien die die Nitratatmung verwenden,
+    wie zum Beispiel <i>Thiobacillus denitrificans</i>.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Fumarat- und aerobe Atmung vergleichen bezüglich Energie'
+  p_default_le {
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Glykolyse, PP-Weg
+  #
+  # Prüfungsfrage:
+  #
+  #   Glykolyse, PP-Weg: alle Strukturformeln zeichnen, alle Enzyme
+  #   benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.
+  #
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Glykolyse: alle Strukturformeln zeichnen, alle
+  Enzyme benennen, Vergleich bezüglich ATP und NAD(P)H.'
+  p_default_le {
+    e 'Die <b>Glykolyse</b> bei Prokaryoten:'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Cyanobakterien
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Cyanobakterien'
+  p_default_le {
+    e 'Cyanobakterien sind einzigartig unter den Bakterien in dem Sinne
+    als das die meisten von ihnen die <b>Fähigkeit zur oxygenen
+    Photosynthese</b> besitzen.'
+    br
+    e 'Cyanobakterien besitzen meist blaues Phycocyanin und ihre Farbe ist
+    deshalb blaugrün - daher wurden sie früher <b>Blaualgen</b> genannt.'
+    br
+    e 'Cyanobakterien können die Richtung des Lichteinfalls wahrnehmen.'
+    br
+    e 'Etwa 2000 Arten von Cyanobakterien sind bekannt und benannt.'
+    br
+    e 'Cyanobakterien mit oxygener Photosynthese werden auch 
+    <b>Oxyphotobacteria</b> genannt.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === (4) NADH und FAD⁺
+  #
+  # Prüfungsfrage hierzu ist:
+  #
+  #   "NADH und FAD zeichnen, beschreiben, sowie den Reaktionsmechanismus
+  #    erklären."
+  #
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#fad%E2%81%BA
+  # ========================================================================= #
+  fancy1 'FAD⁺ und NADH - wichtige, biochemische Reaktionen'
+  div_default_le('mars2em') {
+    # ======================================================================= #
+    # === FADH₂
+    # ======================================================================= #
+    fancy2 'FADH<sub>2</sub>'
+    p_default_le {
+      dimg find_image(:FAD), 'mars3em'
+      br
+      e '<b>FAD⁺</b> (flavin adenine dinucleotide) can be
+      converted (via a reduction) into <b>FADH<sub>2</sub></b>.
+      Two H⁺ and two electrons (e−) have to be supplied here.'
+      br
+      e '<b>FADH<sub>2</sub></b> contains <b>stored energy</b>. Much of
+      the energy transfer in a biological cell involves redox reactions;
+      <b>FADH<sub>2</sub></b> is important in many of
+      these reactions. To use an analogy: <b>FADH<sub>2</sub></b> can
+      be assumed to work similar to a '+squote('<b>charged battery</b>')+'.'
+      br
+      e 'This reaction is reversible meaning that <b>FADH<sub>2</sub></b>
+      can be reoxidized back to <b>FAD⁺</b> again.'
+      br
+      e 'When <b>FADH<sub>2</sub></b> is reoxidized to FAD, two
+      molecules of ATP can be synthesized.'
+      br
+      e 'The <b>citric acid cycle</b> produces most of the
+      <b>FADH<sub>2</sub></b> in the cell.'
+      br
+      e 'FAD is derived from riboflavin (vitamin B2).'
+    }
+    # ======================================================================= #
+    # === NADH
+    # ======================================================================= #
+    fancy2 'NAD⁺'
+    p_default_le {
+      e '<b>NAD</b> steht für <b>Nicotinamidadenindinukleotid</b>.'
+      br
+      e 'Es überträgt formal ein Hydridion, also ein <b>H⁺ Proton</b>.'
+      br
+      e 'Enzyme die NADH verwenden:'
+      br
+      cmd 'Die Alkoholdehydrogenase (ADH)'
+    }
+  }
+  # =========================================================================== #
+  # === Phototrophie
+  # =========================================================================== #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#phototrophie
+  # =========================================================================== #
+  fancy1 'Phototrophie'
+  div_default_le('mars2em') {
+    p_default_le {
+      e 'Unter Phototrophie versteht man <b>die Nutzung von Licht
+      als Energiequelle</b>.'
+      br
+      e 'Anders formuliert wandeln <b>phototrophe Organismen</b> Lichtenergie
+      in chemische Energie um. Hierbei spielt, wenig überraschend,
+      das Licht der Sonne in unserem Solarsystem eine wesentliche Rolle,
+      als die wichtigste Energiequelle für das Leben auf dem Planeten
+      Erde generell.'
+    }
+    p_default_le {
+      e 'Was geschieht mit dieser chemischen Energie?'
+      br
+      e 'Diese Energie wird zum Aufbau eines Protonengradienten über
+      der Membran eingesetzt. Dieser Gradient wird anschließend
+      von der <b>ATP-Synthase</b> zur Erzeugung von ATP
+      (= Elektronentransportphosphorylierung) verwendet. Dies
+      wird auch <b>Photophosphorylierung</b> genannt.'
+    }
+    p_default_le {
+      e 'Eine Unterscheidung der phototrophen Organismen wird danach
+      getroffen, ob sie bei der Photosynthese Sauerstoff aus Wasser
+      freisetzen (= <b>oxygene Photosynthese</b>) oder eben nicht
+      (= <b>anoxygene Photosynthese</b>).'
+      br
+      e 'Cyanobakterien verwenden als einzige Bakterien Wasser
+      als Elektronendonator für ihre Biosynthesen.'
+    }
+    # ========================================================================= #
+    # === Die oxygene Photosynthese
+    # ========================================================================= #
+    fancy2 'Die oxygene Photosynthese'
+    p_default_le {
+      e 'Die <b>oxygene Photosynthese</b> wird von Cyanobakterien und grünen
+      Pflanzen durchgeführt.'
+    }
+    # ========================================================================= #
+    # === Die anoxygene Photosynthese
+    # ========================================================================= #
+    fancy2 'Die anoxygene Photosynthese'
+    p_default_le {
+      e 'Anoxygene Photosynthese ist bakterielle Photosynthese unter
+      anaeroben Bedingungen, in der <b>kein</b> molekularer Sauerstoff (O₂)
+      entsteht. Die Bakterien die diese Reaktion durchführen sind
+      <b>phototrophe Bakterien</b> - sie verwenden somit <b>Lichtenergie</b>
+      als Energiequelle.'
+    }
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Die Carbonatatmung (dies ist Acetogenese und Methanogenese)
+  # ========================================================================= #
+  # http://localhost/programming/ruby/src/roebe/lib/roebe/www/mikrobielle_physiologie/mikrobielle_physiologie.cgi#die_carbonatatmung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Die Carbonatatmung'
+  p_default_le {
+    e 'Die <b>Carbonatatmung</b> ist ein chemolithotropher Energiestoffwechsel
+    obligat anaerober, wasserstoffoxidierender Bakterien. CO₂ kann als
+    Elektronenakzeptor fungieren - er ist zwar kein guter Elektronenakzeptor,
+    jedoch an anoxischen Standorten reichlich vorhanden.'
+    br
+    e 'Diese Bakterien verwenden <b>Carbonat</b> (CO₂, HCO3-) als
+    Elektronenakzeptor bei der <b>Oxidation von molekularem Wasserstoff</b>
+    (= Elektronendonor). <b>CO₂</b> wird hierbei zu organischen Molekülen
+    reduziert.'
+    br
+    e 'Bei den <b>acetogenen Bakterien</b> entsteht dabei <b>Acetat</b>.
+    Ein Beispiel für ein solches Bakterium ist
+    <i>Clostridium aceticum</i>.'
+    br
+    e 'Bei den <b>methanbildenden Archaea</b> - wie zum
+    Beispiel bei <i>Methanosarcina</i>, einem methanogenen
+    Archaeon - entsteht dabei <b>Methan</b> (= Methanogenese).
+    Hierbei werden nur zwei Substrate verwendet:
+    <b>Wasserstoff</b> oder </b>Acetat</b>.'
+    br
+    e 'Die Summenformel lautet:'
+    br
+    cmd 'CO₂ + 4H₂ '+chem_gleichgewicht+' CH₄ + 2H₂O'
+    br
+    e 'Der <b>Energiegewinn</b> (<b>ATP-Bildung</b>) erfolgt über einen
+    Protonen- oder einen Natriumgradienten durch eine
+    Elektronentransportphosphorylierung. Als Elektronenüberträger
+    fungiert bei den Methanogenen das Coenzym <b>Faktor F420</b>,
+    das durch seine Fluoreszenz bei UV-Bestrahlung
+    im Mikroskop erkennbar gemacht werden kann.'
+    br
+    e 'Wird die Art des Energiegewinns nicht berücksichtigt, kann
+    dieser Energiestoffwechsel auch als eine Form der
+    Essigsäuregärung beziehungsweise als Methangärung bezeichnet
+    werden.'
+    br
+    e 'Eine zusätzliche Carbonatatmung mit Wasserstoff als
+    Elektronendonor und Acetat sowie Buttersäure oder Formiat
+    als Endprodukt kann auch bei Butyribacterium- und Eubacterium-Arten
+    (sowie einigen Spirochäten im Termitendarm) stattfinden.'
+    br
+    selfy_newtab 'https://www.spektrum.de/lexikon/biologie-kompakt/carbonatatmung/2110',
+                  css_class: COMMON_CSS_CLASS
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Die alkoholische Gärung
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Die alkoholische Gärung'
+  p_default_le {
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Microbial growth
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Microbial growth'
+  p_default_le {
+    e 'One factor limiting microbial growth is the finite supply of
+    nutrients.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Der Phosphoketolase-Weg
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Der Phosphoketolase-Weg'
+  p_default_le {
+    e 'Die <b>heterofermentativen Milchsäurebakterien</b> verwenden
+    den <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
+    br
+    e 'Das Schlüsselenzym dieses Stoffwechselwegs ist die
+    <b>Phosphoketolase</b>. Ihr Substrat - die C5-Verbindung
+    <one>Xylulose-5-Phosphat</one> - entsteht im <b>Phosphoketolase-Weg</b>.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Autotrophs and Heterotrophs
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Autotrophs and Heterotrophs'
+  p_default_le {
+    e 'Many microorganisms, such as the <a href="https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2215017X20306093">
+    phototrophic soil bacteria</a>, can use both heterotrophy and autotrophy 
+    to gain energy.'
+    br
+    e '<b>Autotrophs</b> - such as cyanobacteria - assimilate CO₂ as a carbon
+    source. Autotrophs can be classified into chemoautotrophs
+    or photoautotrophs, depending on how they obtain energy.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Fermentations
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Fermentations'
+  p_default_le {
+    e 'This paragraph will keep track of some general information
+    pertaining to fermentations in bacteria.'
+    br
+    e 'Compared with respirations, fermentations are typically energetically
+    marginal.'
+    br
+    e 'Why is fermentation used by bacteria, then, if it is energetically
+    fairly inefficient?'
+    br
+    e 'There are several reasons for that. One is that many microbial
+    habitats are <b>anoxic</b> - that is, they lack oxygen. In such a
+    habitat bacteria simply can not make use of oxygen, quite
+    logically. So they need alternatives anyway.'
+    br
+    e 'An organism faces two major problems when it catabolizes organic
+    compounds for the purpose of energy conservation:'
+    br
+    cmd '  ATP synthesis'
+    cmd '  redox balance'
+    br
+    e 'In fermentations, ATP is typically synthesized by 
+    <b>substrate-level phosphorylation</b>. Here, a phosphate bond is
+    transferred directly to ADP, in order to form ATP.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Litotrophie
+  # ========================================================================= #
+  fancy2 'Litotrophie'
+  p_default_le {
+    e '<b>Litotrophie</b> bezeichnet die Verwendung eines anorganischen
+    Elektronendonors.'
+  }
+  # ========================================================================= #
+  # === Slogans                                                 (slogans tag)
+  # ========================================================================= #
+  fancy1 'Slogans'
+  p_default_le {
+    e 'Catabolic reactions provide building blocks for anabolic reactions.'
+    br
+    e 'The remarkable plasticity of microbial genomes enables
+    microorganisms <b>to adapt to new food sources</b>.'
+    br
+    e 'Learning how bacteria grow provides a window through which to view
+    the core processes of life.'
+    br
+    e 'Energy, once obtained, must be converted to a form useful
+    to the bacterial cell.'
+    br
+    e 'Ohne Mikroorganismen würde höheres Leben nicht existieren.'
+    br
+    e 'Mikroorganismen sind die effizientesten Biochemiker auf dem
+    Planeten Erde.'
+    br
+    e 'Microbial genomes evolve in response to nutrient availability.'
+    br
+    e 'Microbes must overcome the problem of low nutrient concentrations
+    in their natural environment - in particular in <b>lakes</b>.'
+    br
+    e 'Heterotrophs gain energy from degrading complex organic compounds -
+    such as polysaccharides - to smaller compounds - such as glucose.'
+    br
+    e 'Mikroorganismen sind <b>Energiewandler</b>.'
+    br
+    e 'The energy stored in the proton motife force can be used directly
+    to move nutrients into the cell via specific tansport proteins, to
+    drive motors that rotate flagellar.'
+    br
+    e 'Novel strategies for anaerobic growth are a hallmark of
+    prokaryotic diversity.'
+    br
+    e 'Die mikrobielle Physiologie beschäftigt sich mit der
+    Energieumwandlung in Mikroorganismen.'
+    br
+    e 'Virtually any kind of molecule in our biosphere can yield
+    energy for some kind of microbe.'
+    br
+    e 'Enzymes direct the transfer of energy onto carriers such
+    as <b>ATP</b>.'
+    br
+    e 'Leben ist ein hoch organisierte Prozess: daher ist
+    Energie unbedingt notwendig.'
+  }
+}}