RubyGems - genevalidator - Versions diffs - 1.6.1 → 1.6.2 - Mend

genevalidator 1.6.1 → 1.6.2

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data/README.md +78 -30
data/Rakefile +11 -8
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data/aux/app_template_header.erb +12 -32
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data/aux/files/js/script.js +10 -0
data/aux/json_footer.erb +8 -0
data/aux/json_header.erb +19 -0
data/aux/json_query.erb +14 -0
data/aux/template_footer.erb +9 -58
data/aux/template_header.erb +18 -58
data/aux/template_query.erb +8 -36
data/bin/genevalidator +45 -32
data/genevalidator.gemspec +11 -7
data/lib/genevalidator.rb +75 -455
data/lib/genevalidator/arg_validation.rb +78 -107
data/lib/genevalidator/blast.rb +57 -60
data/lib/genevalidator/clusterization.rb +15 -15
data/lib/genevalidator/exceptions.rb +32 -5
data/lib/genevalidator/get_raw_sequences.rb +70 -33
data/lib/genevalidator/hsp.rb +1 -4
data/lib/genevalidator/json_to_gv_results.rb +109 -0
data/lib/genevalidator/output.rb +177 -185
data/lib/genevalidator/pool.rb +2 -1
data/lib/genevalidator/sequences.rb +3 -3
data/lib/genevalidator/tabular_parser.rb +24 -18
data/lib/genevalidator/validation.rb +279 -0
data/lib/genevalidator/validation_alignment.rb +31 -47
data/lib/genevalidator/validation_blast_reading_frame.rb +19 -18
data/lib/genevalidator/validation_duplication.rb +23 -19
data/lib/genevalidator/validation_gene_merge.rb +30 -65
data/lib/genevalidator/validation_length_cluster.rb +14 -53
data/lib/genevalidator/validation_length_rank.rb +10 -11
data/lib/genevalidator/validation_open_reading_frame.rb +18 -19
data/lib/genevalidator/validation_report.rb +2 -5
data/lib/genevalidator/validation_test.rb +8 -4
data/lib/genevalidator/version.rb +1 -1
data/test/test_all_validations.rb +51 -66
data/test/test_blast.rb +68 -51
data/test/test_clusterization.rb +1 -1
data/test/test_clusterization_2d.rb +19 -13
data/test/test_extended_array_methods.rb +1 -1
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data/test/test_files/all_validations_mrna/mrna.blast_tab7 +1865 -0
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data/test/test_files/all_validations_prot/{all_validations_prot.fasta.blast_xml.index → prot.blast_xml.index} +408 -0
data/test/test_files/all_validations_prot/{all_validations_prot.fasta → prot.fa} +0 -0
data/test/test_files/all_validations_prot/{all_validations_prot.fasta.blast_xml.raw_seq → prot.raw_seq} +2735 -0
data/test/test_files/all_validations_prot/{all_validations_prot.fasta.blast_xml.raw_seq.idx → prot.raw_seq.idx} +3032 -1808
data/test/test_sequences.rb +46 -41
data/test/test_validation_open_reading_frame.rb +318 -202
data/test/test_validations.rb +48 -32
metadata +76 -102
data/doc/AliasDuplicationError.html +0 -134
data/doc/AlignmentValidation.html +0 -1687
data/doc/AlignmentValidationOutput.html +0 -659
data/doc/Blast.html +0 -1905
data/doc/BlastRFValidationOutput.html +0 -545
data/doc/BlastReadingFrameValidation.html +0 -370
data/doc/BlastUtils.html +0 -875
data/doc/ClasspathError.html +0 -134
data/doc/Cluster.html +0 -1316
data/doc/DuplciationValidationOutput.html +0 -564
data/doc/DuplicationValidation.html +0 -920
data/doc/DuplicationValidationOutput.html +0 -564
data/doc/FileNotFoundException.html +0 -134
data/doc/GeneMergeValidation.html +0 -935
data/doc/GeneMergeValidationOutput.html +0 -652
data/doc/HierarchicalClusterization.html +0 -994
data/doc/Hsp.html +0 -1485
data/doc/InconsistentTabularFormat.html +0 -135
data/doc/LengthClusterValidation.html +0 -982
data/doc/LengthClusterValidationOutput.html +0 -515
data/doc/LengthRankValidation.html +0 -496
data/doc/LengthRankValidationOutput.html +0 -517
data/doc/NoInternetError.html +0 -135
data/doc/NoMafftInstallationError.html +0 -134
data/doc/NoPIdentError.html +0 -134
data/doc/NoValidationError.html +0 -134
data/doc/NotEnoughHitsError.html +0 -135
data/doc/ORFValidationOutput.html +0 -593
data/doc/OpenReadingFrameValidation.html +0 -1107
data/doc/OtherError.html +0 -123
data/doc/Output.html +0 -1540
data/doc/Pair.html +0 -309
data/doc/PairCluster.html +0 -767
data/doc/Plot.html +0 -837
data/doc/QueryError.html +0 -134
data/doc/ReportClassError.html +0 -135
data/doc/Sequence.html +0 -1299
data/doc/SequenceTypeError.html +0 -135
data/doc/TabularEntry.html +0 -837
data/doc/TabularParser.html +0 -1104
data/doc/Validation.html +0 -2147
data/doc/ValidationClassError.html +0 -134
data/doc/ValidationOutput.html +0 -460
data/doc/ValidationReport.html +0 -940
data/doc/ValidationTest.html +0 -939
data/doc/_index.html +0 -449
data/doc/class_list.html +0 -54
data/doc/css/common.css +0 -1
data/doc/css/full_list.css +0 -57
data/doc/css/style.css +0 -338
data/doc/file.README.html +0 -151
data/doc/file_list.html +0 -56
data/doc/frames.html +0 -26
data/doc/index.html +0 -151
data/doc/js/app.js +0 -214
data/doc/js/full_list.js +0 -178
data/doc/js/jquery.js +0 -4
data/doc/method_list.html +0 -1505
data/doc/top-level-namespace.html +0 -112
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data/test/test_files/all_validations_mrna/all_validations_mrna.fasta.blast_tab.index +0 -967
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data/test/test_files/all_validations_mrna/all_validations_mrna.fasta.blast_tab.raw_seq.idx +0 -1006
data/test/test_files/all_validations_mrna/all_validations_mrna.fasta.blast_xml.raw_seq +0 -2075
data/test/test_files/all_validations_prot/all_validations_prot.fasta.blast_tab.index +0 -1864
data/test/test_files/all_validations_prot/all_validations_prot.fasta.blast_tab.raw_seq +0 -42411
data/test/test_files/all_validations_prot/all_validations_prot.fasta.blast_tab.raw_seq.idx +0 -3751

data/test/test_files/all_validations_prot/all_validations_prot.fasta.blast_tab.raw_seq.idx DELETED

@@ -1,3751 +0,0 @@
----
-sp|Q8N302|AGGF1_HUMAN:
-- 746
-- 1492
-sp|Q7TN31|AGGF1_MOUSE:
-- 1492
-- 2235
-sp|Q4JVU0|ODHI_CORJK:
-- 2235
-- 2403
-sp|Q5YCC7|TMC3_CHICK:
-- 3578
-- 4753
-sp|Q7Z5M5|TMC3_HUMAN:
-- 5889
-- 7025
-sp|Q7TQ69|TMC3_MOUSE:
-- 8192
-- 9359
-sp|Q8TDI7|TMC2_HUMAN:
-- 10299
-- 11239
-sp|Q8R4P4|TMC2_MOUSE:
-- 12161
-- 13083
-sp|D3KZG3|TMC1_CAEEL:
-- 14407
-- 15731
-sp|Q11069|TMC2_CAEEL:
-- 16972
-- 18213
-sp|Q8TDI8|TMC1_HUMAN:
-- 19005
-- 19797
-sp|Q8R4P5|TMC1_MOUSE:
-- 20586
-- 21375
-sp|Q7Z402|TMC7_HUMAN:
-- 22130
-- 22885
-sp|Q4R7U0|TMC7_MACFA:
-- 23640
-- 24395
-sp|Q5YCC5|TMC7_CHICK:
-- 25162
-- 25929
-sp|Q8C428|TMC7_MOUSE:
-- 26687
-- 27445
-sp|Q496Z4|TMC4_RAT:
-- 28172
-- 28899
-sp|Q7TQ65|TMC4_MOUSE:
-- 29624
-- 30349
-sp|Q7Z404|TMC4_HUMAN:
-- 31092
-- 31835
-sp|Q8IU68|TMC8_HUMAN:
-- 32593
-- 33351
-sp|Q6UXY8|TMC5_HUMAN:
-- 34392
-- 35433
-sp|Q7TN58|TMC8_MOUSE:
-- 36187
-- 36941
-sp|Q5M7W4|TMC5_RAT:
-- 37939
-- 38937
-sp|Q32NZ6|TMC5_MOUSE:
-- 39939
-- 40941
-sp|Q7Z403|TMC6_HUMAN:
-- 40941
-- 41779
-sp|Q7TN60|TMC6_MOUSE:
-- 41779
-- 42622
-sp|Q9CYH6|RRS1_MOUSE:
-- 42622
-- 43014
-sp|Q15050|RRS1_HUMAN:
-- 43014
-- 43406
-sp|A1A5P2|RRS1_RAT:
-- 43406
-- 43796
-sp|Q2KIH4|RRS1_BOVIN:
-- 43796
-- 44188
-sp|A8WY26|RRS1_CAEBR:
-- 44188
-- 44544
-sp|Q9XVT0|RRS1_CAEEL:
-- 44544
-- 44904
-sp|Q869Q2|RRS1_DICDI:
-- 44904
-- 45247
-sp|O59678|RRS1_SCHPO:
-- 45247
-- 45438
-sp|Q08746|RRS1_YEAST:
-- 45438
-- 45666
-sp|Q9SH88|RRS1_ARATH:
-- 45666
-- 46010
-sp|Q17R09|PRP16_BOVIN:
-- 47276
-- 48542
-sp|Q92620|PRP16_HUMAN:
-- 49808
-- 51074
-sp|P34498|MOG1_CAEEL:
-- 52242
-- 53410
-sp|Q9P774|PRP16_SCHPO:
-- 54621
-- 55832
-sp|P15938|PRP16_YEAST:
-- 56940
-- 58048
-sp|Q14562|DHX8_HUMAN:
-- 59306
-- 60564
-sp|A2A4P0|DHX8_MOUSE:
-- 61846
-- 63128
-sp|Q54F05|DHX8_DICDI:
-- 64325
-- 65522
-sp|Q09530|MOG5_CAEEL:
-- 66759
-- 67996
-sp|Q38953|DHX8_ARATH:
-- 69201
-- 70406
-sp|O42643|PRP22_SCHPO:
-- 71612
-- 72818
-sp|O45244|DHX16_CAEEL:
-- 73862
-- 74906
-sp|O60231|DHX16_HUMAN:
-- 75984
-- 77062
-sp|Q7YR39|DHX16_PANTR:
-- 78143
-- 79224
-sp|Q767K6|DHX16_PIG:
-- 80304
-- 81384
-sp|P24384|PRP22_YEAST:
-- 82567
-- 83750
-sp|Q54MH3|DHX16_DICDI:
-- 84893
-- 86036
-sp|O42945|DHX15_SCHPO:
-- 86804
-- 87572
-sp|Q10752|CDC28_SCHPO:
-- 88664
-- 89756
-sp|O22899|DHX15_ARATH:
-- 90518
-- 91280
-sp|Q54NJ4|DHX15_DICDI:
-- 92040
-- 92800
-sp|P53131|PRP43_YEAST:
-- 93600
-- 94400
-sp|P20095|PRP2_YEAST:
-- 95309
-- 96218
-sp|O35286|DHX15_MOUSE:
-- 97046
-- 97874
-sp|O43143|DHX15_HUMAN:
-- 98702
-- 99530
-sp|Q5RAZ4|DHX15_PONAB:
-- 100358
-- 101186
-sp|Q5XI69|DHX40_RAT:
-- 101996
-- 102806
-sp|Q9H5Z1|DHX35_HUMAN:
-- 103541
-- 104276
-sp|Q6PE54|DHX40_MOUSE:
-- 105088
-- 105900
-sp|Q8IX18|DHX40_HUMAN:
-- 106712
-- 107524
-sp|Q5R864|DHX40_PONAB:
-- 108336
-- 109148
-sp|Q20875|DHX15_CAEEL:
-- 109920
-- 110692
-sp|Q5RBD4|DHX35_PONAB:
-- 111444
-- 112196
-sp|Q80VY9|DHX33_MOUSE:
-- 112926
-- 113656
-sp|Q9H6R0|DHX33_HUMAN:
-- 114395
-- 115134
-sp|Q03319|PRH1_SCHPO:
-- 115884
-- 116634
-sp|Q9BKQ8|DHX35_CAEEL:
-- 117399
-- 118164
-sp|Q9HE06|YK99_SCHPO:
-- 118842
-- 119520
-sp|P36009|DHR2_YEAST:
-- 120287
-- 121054
-sp|P45018|HRPA_HAEIN:
-- 122397
-- 123740
-sp|P43329|HRPA_ECOLI:
-- 125079
-- 126418
-sp|O17438|DHX15_STRPU:
-- 126902
-- 127386
-sp|O46072|KZ_DROME:
-- 128613
-- 129840
-sp|Q9HDY4|YK16_SCHPO:
-- 131060
-- 132280
-sp|Q04217|DHR1_YEAST:
-- 133585
-- 134890
-sp|Q14147|DHX34_HUMAN:
-- 136071
-- 137252
-sp|Q9DBV3|DHX34_MOUSE:
-- 138435
-- 139618
-sp|Q8IY37|DHX37_HUMAN:
-- 140813
-- 142008
-sp|P34305|RHA2_CAEEL:
-- 143193
-- 144378
-sp|A3KMI0|DHX29_XENLA:
-- 145781
-- 147184
-sp|O94536|UCP12_SCHPO:
-- 148551
-- 149918
-sp|P24785|MLE_DROME:
-- 151249
-- 152580
-sp|Q7Z478|DHX29_HUMAN:
-- 153990
-- 155400
-sp|Q8BZS9|DHX32_MOUSE:
-- 156177
-- 156954
-sp|Q924H9|DQX1_MOUSE:
-- 156954
-- 157703
-sp|Q06698|YL419_YEAST:
-- 159179
-- 160655
-sp|Q6P158|DHX57_HUMAN:
-- 162082
-- 163509
-sp|Q3ZBE0|DQX1_BOVIN:
-- 164259
-- 165009
-sp|Q6PGC1|DHX29_MOUSE:
-- 166415
-- 167821
-sp|Q7L7V1|DHX32_HUMAN:
-- 168597
-- 169373
-sp|B2RR83|YTDC2_MOUSE:
-- 170860
-- 172347
-sp|Q9H6S0|YTDC2_HUMAN:
-- 173818
-- 175289
-sp|Q8TE96|DQX1_HUMAN:
-- 176037
-- 176785
-sp|Q8VHK9|DHX36_MOUSE:
-- 177822
-- 178859
-sp|P0CE10|Y4102_ARATH:
-- 180692
-- 182525
-sp|Q9H2U1|DHX36_HUMAN:
-- 183569
-- 184613
-sp|Q5XH12|DHX32_XENLA:
-- 185394
-- 186175
-sp|Q6P5D3|DHX57_MOUSE:
-- 187604
-- 189033
-sp|Q5ZI74|DHX30_CHICK:
-- 190303
-- 191573
-sp|Q7QCW2|SPNE_ANOGA:
-- 193077
-- 194581
-sp|Q7L2E3|DHX30_HUMAN:
-- 195813
-- 197045
-sp|Q5R607|DHX30_PONAB:
-- 198277
-- 199509
-sp|B4LX81|SPNE_DROVI:
-- 200982
-- 202455
-sp|Q5R874|DHX9_PONAB:
-- 203762
-- 205069
-sp|Q08211|DHX9_HUMAN:
-- 206377
-- 207685
-sp|Q2NKY8|DHX30_BOVIN:
-- 208944
-- 210203
-sp|Q28141|DHX9_BOVIN:
-- 211529
-- 212855
-sp|Q22307|DHX9_CAEEL:
-- 214195
-- 215535
-sp|P0C7L7|YUM14_USTMA:
-- 217145
-- 218755
-sp|Q99PU8|DHX30_MOUSE:
-- 220011
-- 221267
-sp|Q68FK8|DHX9_XENLA:
-- 222567
-- 223867
-sp|Q5BJS0|DHX30_RAT:
-- 225097
-- 226327
-sp|Q16JS8|SPNE_AEDAE:
-- 227741
-- 229155
-sp|B4JT42|SPNE_DROGR:
-- 230629
-- 232103
-sp|Q296Q5|SPNE_DROPS:
-- 233576
-- 235049
-sp|B4NBB0|SPNE_DROWI:
-- 236521
-- 237993
-sp|B8A4F4|TDRD9_DANRE:
-- 239375
-- 240757
-sp|B0XDC4|SPNE_CULQU:
-- 242193
-- 243629
-sp|P37024|HRPB_ECOLI:
-- 244471
-- 245313
-sp|O70133|DHX9_MOUSE:
-- 246733
-- 248153
-sp|B4PRJ9|SPNE_DROYA:
-- 249629
-- 251105
-sp|B4GEU5|SPNE_DROPE:
-- 252579
-- 254053
-sp|B3M383|SPNE_DROAN:
-- 255522
-- 256991
-sp|B4K5R2|SPNE_DROMO:
-- 258462
-- 259933
-sp|B3P3W1|SPNE_DROER:
-- 261405
-- 262877
-sp|Q8NDG6|TDRD9_HUMAN:
-- 264300
-- 265723
-sp|B4HLH4|SPNE_DROSE:
-- 267197
-- 268671
-sp|Q3MHU3|TDRD9_RAT:
-- 270094
-- 271517
-sp|Q9VF26|SPNE_DROME:
-- 272991
-- 274465
-sp|Q14BI7|TDRD9_MOUSE:
-- 275889
-- 277313
-sp|O22243|C3H31_ARATH:
-- 277313
-- 278364
-sp|O60114|YG65_SCHPO:
-- 279832
-- 281300
-sp|Q1EHT7|C3H4_ORYSJ:
-- 281300
-- 282342
-sp|Q8V9U2|H962L_ASFM2:
-- 282342
-- 283341
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