RubyGems - genevalidator - Versions diffs - 1.6.1 → 1.6.2 - Mend

genevalidator 1.6.1 → 1.6.2

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data/aux/template_header.erb +18 -58
data/aux/template_query.erb +8 -36
data/bin/genevalidator +45 -32
data/genevalidator.gemspec +11 -7
data/lib/genevalidator.rb +75 -455
data/lib/genevalidator/arg_validation.rb +78 -107
data/lib/genevalidator/blast.rb +57 -60
data/lib/genevalidator/clusterization.rb +15 -15
data/lib/genevalidator/exceptions.rb +32 -5
data/lib/genevalidator/get_raw_sequences.rb +70 -33
data/lib/genevalidator/hsp.rb +1 -4
data/lib/genevalidator/json_to_gv_results.rb +109 -0
data/lib/genevalidator/output.rb +177 -185
data/lib/genevalidator/pool.rb +2 -1
data/lib/genevalidator/sequences.rb +3 -3
data/lib/genevalidator/tabular_parser.rb +24 -18
data/lib/genevalidator/validation.rb +279 -0
data/lib/genevalidator/validation_alignment.rb +31 -47
data/lib/genevalidator/validation_blast_reading_frame.rb +19 -18
data/lib/genevalidator/validation_duplication.rb +23 -19
data/lib/genevalidator/validation_gene_merge.rb +30 -65
data/lib/genevalidator/validation_length_cluster.rb +14 -53
data/lib/genevalidator/validation_length_rank.rb +10 -11
data/lib/genevalidator/validation_open_reading_frame.rb +18 -19
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data/lib/genevalidator/validation_test.rb +8 -4
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data/test/test_all_validations.rb +51 -66
data/test/test_blast.rb +68 -51
data/test/test_clusterization.rb +1 -1
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metadata +76 -102
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data/doc/DuplicationValidation.html +0 -920
data/doc/DuplicationValidationOutput.html +0 -564
data/doc/FileNotFoundException.html +0 -134
data/doc/GeneMergeValidation.html +0 -935
data/doc/GeneMergeValidationOutput.html +0 -652
data/doc/HierarchicalClusterization.html +0 -994
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data/doc/InconsistentTabularFormat.html +0 -135
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data/doc/NoInternetError.html +0 -135
data/doc/NoMafftInstallationError.html +0 -134
data/doc/NoPIdentError.html +0 -134
data/doc/NoValidationError.html +0 -134
data/doc/NotEnoughHitsError.html +0 -135
data/doc/ORFValidationOutput.html +0 -593
data/doc/OpenReadingFrameValidation.html +0 -1107
data/doc/OtherError.html +0 -123
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data/doc/ReportClassError.html +0 -135
data/doc/Sequence.html +0 -1299
data/doc/SequenceTypeError.html +0 -135
data/doc/TabularEntry.html +0 -837
data/doc/TabularParser.html +0 -1104
data/doc/Validation.html +0 -2147
data/doc/ValidationClassError.html +0 -134
data/doc/ValidationOutput.html +0 -460
data/doc/ValidationReport.html +0 -940
data/doc/ValidationTest.html +0 -939
data/doc/_index.html +0 -449
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data/doc/css/style.css +0 -338
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data/test/test_files/all_validations_mrna/all_validations_mrna.fasta.blast_tab.raw_seq.idx DELETED

@@ -1,1006 +0,0 @@
----
-sp|P67970|INS_CHICK:
-- 16572
-- 16702
-sp|P51463|INS_SELRF:
-- 16316
-- 16442
-sp|P01333|INS_ANAPL:
-- 16806
-- 16910
-sp|P12707|INS2_XENLA:
-- 17040
-- 17170
-sp|P12706|INS1_XENLA:
-- 17300
-- 17430
-sp|Q62587|INS_PSAOB:
-- 19687
-- 19820
-sp|P01323|INS2_RAT:
-- 17826
-- 17958
-sp|P01326|INS2_MOUSE:
-- 18092
-- 18226
-sp|P01322|INS1_RAT:
-- 18358
-- 18490
-sp|P30406|INS_MACFA:
-- 18889
-- 19022
-sp|P01321|INS_CANFA:
-- 20485
-- 20618
-sp|P30407|INS_CHLAE:
-- 19155
-- 19288
-sp|P01313|INS_CRILO:
-- 19421
-- 19554
-sp|Q8HXV2|INS_PONPY:
-- 21017
-- 21150
-sp|P30410|INS_PANTR:
-- 20751
-- 20884
-sp|P01318|INS_SHEEP:
-- 21800
-- 21928
-sp|P01308|INS_HUMAN:
-- 19953
-- 20086
-sp|Q6YK33|INS_GORGO:
-- 20219
-- 20352
-sp|P01325|INS1_MOUSE:
-- 17562
-- 17694
-sp|Q98TA8|INS_PANBU:
-- 18623
-- 18756
-sp|P01317|INS_BOVIN:
-- 21544
-- 21672
-sp|P01315|INS_PIG:
-- 22867
-- 22996
-sp|Q91XI3|INS_SPETR:
-- 23395
-- 23528
-sp|P01311|INS_RABIT:
-- 21283
-- 21416
-sp|P06306|INS_FELCA:
-- 23129
-- 23262
-sp|P04667|INS_ONCKE:
-- 22610
-- 22738
-sp|P69045|INS_LOPAM:
-- 22067
-- 22206
-sp|P67972|INS_AOTTR:
-- 24193
-- 24324
-sp|P01335|INS_CYPCA:
-- 23659
-- 23790
-sp|Q9W7R2|INS_VERMO:
-- 22344
-- 22482
-sp|P68243|INS_CAIMO:
-- 24659
-- 24732
-sp|P68245|INS_ANSAN:
-- 24805
-- 24878
-sp|P81025|INS_ORENI:
-- 23926
-- 24062
-sp|O73727|INS_DANRE:
-- 24455
-- 24586
-sp|P13190|INS_CALMI:
-- 24990
-- 25102
-sp|P01327|INS_CHICH:
-- 25211
-- 25320
-sp|P69048|INS_TRASC:
-- 25611
-- 25684
-sp|P69047|INS_TRADO:
-- 25757
-- 25830
-sp|P67969|INS_STRCA:
-- 25903
-- 25976
-sp|P67968|INS_MELGA:
-- 26049
-- 26122
-sp|P01310|INS_HORSE:
-- 25429
-- 25538
-sp|P81423|INS_ACIGU:
-- 26342
-- 26416
-sp|C0HJI8|INS2_HUSDA:
-- 27075
-- 27150
-sp|C0HJI7|INS1_HUSDA:
-- 28939
-- 29020
-sp|P12703|INS_ALLMI:
-- 28053
-- 28126
-sp|P01320|INS_CAMDR:
-- 26635
-- 26708
-sp|P01316|INS_ELEMA:
-- 26195
-- 26268
-sp|P21563|INS_RODSP:
-- 27427
-- 27558
-sp|P01314|INS_BALBO:
-- 26489
-- 26562
-sp|P09476|INS_ATRSP:
-- 28638
-- 28712
-sp|P67974|INS_PHYCD:
-- 26781
-- 26854
-sp|P67973|INS_BALPH:
-- 26927
-- 27000
-sp|P12708|INS_PTYDH:
-- 28345
-- 28418
-sp|P01334|INS_CROAT:
-- 28199
-- 28272
-sp|P01324|INS_ACOCA:
-- 27223
-- 27296
-sp|P01319|INS_CAPHI:
-- 27631
-- 27704
-sp|P18109|INS_DIDVI:
-- 28491
-- 28564
-sp|P0C236|INS_POLSE:
-- 29682
-- 29756
-sp|P67971|INS_SAISC:
-- 28785
-- 28858
-sp|P01342|INS_MYXGL:
-- 27842
-- 27980
-sp|P01329|INS_CAVPO:
-- 32995
-- 33128
-sp|P17715|INS_OCTDE:
-- 29152
-- 29284
-sp|P29335|INS_AMICA:
-- 31618
-- 31692
-sp|C0HJI3|INS2_KATPE:
-- 31036
-- 31110
-sp|P68992|INS_HYDCO:
-- 29365
-- 29446
-sp|P68991|INS_CHIMO:
-- 29527
-- 29608
-sp|P68990|INS_ONCKI:
-- 31182
-- 31254
-sp|P68989|INS_ONCGO:
-- 31326
-- 31398
-sp|P68987|INS_PETMA:
-- 30725
-- 30804
-sp|P68988|INS_LAMFL:
-- 30883
-- 30962
-sp|C0HJI5|INS1_THUOR:
-- 30427
-- 30500
-sp|P01328|INS_HYSCR:
-- 32643
-- 32716
-sp|C0HJI2|INS1_KATPE:
-- 30573
-- 30646
-sp|P01340|INS_KATPE:
-- 33824
-- 33896
-sp|P42633|INS_ANGRO:
-- 32351
-- 32424
-sp|Q9TQY7|INS_ORNAN:
-- 32789
-- 32862
-sp|F8WCM5|INSR2_HUMAN:
-- 29982
-- 30208
-sp|P01339|INS_THUTH:
-- 31911
-- 31984
-sp|C0HJI1|INS_CARSE:
-- 32057
-- 32130
-sp|C0HJI6|INS2_THUOR:
-- 32204
-- 32278
-sp|P69046|INS_LOPPI:
-- 31765
-- 31838
-sp|P81881|INS_PIAME:
-- 33530
-- 33604
-sp|C0HJI4|INS_PAGMA:
-- 32497
-- 32570
-sp|P09477|INS_PLAFE:
-- 31471
-- 31544
-sp|P01336|INS_GADMC:
-- 30281
-- 30354
-sp|P01337|INS1_BATSP:
-- 33678
-- 33752
-sp|P12705|INS_TORMA:
-- 33220
-- 33312
-sp|P07453|INS_MYOSC:
-- 33384
-- 33456
-sp|P12704|INS_SQUAC:
-- 33972
-- 34048
-sp|P01338|INS2_BATSP:
-- 34121
-- 34194
-sp|P83770|INSL_VIGUN:
-- 34268
-- 34342
-sp|P22334|ILP_BRACL:
-- 34342
-- 34672
-sp|Q02815|IGF1_ONCMY:
-- 34884
-- 35085
-sp|P17085|IGF1_ONCKI:
-- 35085
-- 35298
-sp|Q02816|IGF2_ONCMY:
-- 37659
-- 37898
-sp|P51462|IGF1_COTJA:
-- 37114
-- 37262
-sp|P33717|IGF2_CHICK:
-- 34672
-- 34884
-sp|Q90326|IGF1B_CYPCA:
-- 35851
-- 36038
-sp|P22618|IGF_MYXGL:
-- 35298
-- 35460
-sp|P18254|IGF1_CHICK:
-- 10768
-- 10945
-sp|Q90325|IGF1A_CYPCA:
-- 35664
-- 35851
-sp|P07456|IGF2_BOVIN:
-- 36038
-- 36242
-sp|P10764|IGF2_SHEEP:
-- 35460
-- 35664
-sp|Q90WW4|IGF2A_XENLA:
-- 38044
-- 38287
-sp|P16501|IGF1A_XENLA:
-- 11783
-- 11961
-sp|Q08279|IGF2_CAVPO:
-- 36242
-- 36394
-sp|Q95222|IGF1_RABIT:
-- 12113
-- 12280
-sp|Q28933|IGF1_SUNMU:
-- 36394
-- 36499
-sp|P17647|IGF1_CAVPO:
-- 37262
-- 37416
-sp|P51459|IGF2_HORSE:
-- 36499
-- 36705
-sp|P51458|IGF1_HORSE:
-- 37898
-- 38044
-sp|Q68LC0|IGF1_RHIRO:
-- 12891
-- 13068
-sp|Q6IVA5|IGF1_AILFU:
-- 13068
-- 13245
-sp|P07455|IGF1_BOVIN:
-- 13245
-- 13423
-sp|P10763|IGF1_SHEEP:
-- 38464
-- 38642
-sp|P51457|IGF1_CAPHI:
-- 13601
-- 13779
-sp|P01344|IGF2_HUMAN:
-- 36705
-- 36910
-sp|Q6JLX1|IGF1_AILME:
-- 13984
-- 14161
-sp|Q6GUL6|IGF1_PANTA:
-- 38287
-- 38464
-sp|P16545|IGF1_PIG:
-- 14338
-- 14513
-sp|P23695|IGF2_PIG:
-- 36910
-- 37114
-sp|P05019|IGF1_HUMAN:
-- 14717
-- 14937
-sp|Q6INW9|IGF2B_XENLA:
-- 37416
-- 37659
-sp|P33712|IGF1_CANFA:
-- 15180
-- 15357
-sp|P01346|IGF2_RAT:
-- 15357
-- 15560
-sp|P09535|IGF2_MOUSE:
-- 15560
-- 15765
-sp|P05017|IGF1_MOUSE:
-- 15765
-- 15942
-sp|P08025|IGF1_RAT:
-- 15942
-- 16117
-sp|P01330|INS_MYOCO:
-- 16117
-- 16190
-sp|Q9D067|MDM1_MOUSE:
-- 53311
-- 54050
-sp|Q5PQN4|MDM1_RAT:
-- 55546
-- 56294
-sp|Q8TC05|MDM1_HUMAN:
-- 57784
-- 58529
-sp|Q5RC32|MDM1_PONAB:
-- 60041
-- 60797
-sp|Q5ZMW6|MDM1_CHICK:
-- 61519
-- 62241
-sp|Q5RHU7|MDM1_DANRE:
-- 62928
-- 63615
-sp|P0C540|ACT7_ORYSJ:
-- 64421
-- 64824
-sp|P0C542|ACT7_ORYSI:
-- 65630
-- 66033
-sp|P53492|ACT7_ARATH:
-- 66841
-- 67245
-sp|A3C6D7|ACT2_ORYSJ:
-- 68053
-- 68457
-sp|P0C539|ACT2_ORYSI:
-- 69265
-- 69669
-sp|Q05214|ACT1_TOBAC:
-- 70477
-- 70881
-sp|P46258|ACT3_PEA:
-- 71685
-- 72087
-sp|P53497|ACT12_ARATH:
-- 72897
-- 73302
-sp|P53494|ACT4_ARATH:
-- 74110
-- 74514
-sp|P07829|ACT3_DICDI:
-- 75320
-- 75723
-sp|P30168|ACT6_SOLTU:
-- 76531
-- 76935
-sp|Q964E1|ACTC_BIOOB:
-- 77741
-- 78144
-sp|P02580|ACT3_SOYBN:
-- 78950
-- 79353
-sp|P12716|ACTC_PISOC:
-- 80159
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