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package/docs/zh/05_TUI_GUIDE.md

@@ -64,6 +64,21 @@ ds --stop
 - `ds --status`：查看 daemon 状态。
 - `ds --stop`：停止 daemon 本身，不只是停止某个 quest。
 
+排查 TUI 渲染或路由问题时，可以临时打开 debug 模式：
+
+```bash
+ds --tui --debug
+ds --tui --debug --debug-log /tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl
+```
+
+也可以用环境变量启动：
+
+```bash
+DEEPSCIENTIST_TUI_DEBUG=1 DEEPSCIENTIST_TUI_DEBUG_LOG=/tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl ds --tui
+```
+
+debug 模式只用于排障，不建议长期打开。
+
 ## 3. 进入 TUI 后，第一眼应该怎么看
 
 如果你是第一次进来，欢迎区最重要的信息有三类：
@@ -124,6 +139,7 @@ ds --tui
 
 - quest 已经被绑定
 - 历史区开始出现消息、artifact 或操作记录
+- 对于长时间运行的 quest，TUI 会先恢复最近一段历史，保证重新打开时依然流畅，然后再从最新 cursor 继续接收新事件
 - 状态栏显示当前 quest id
 
 ### Step 4. 再发一条普通消息
@@ -176,6 +192,7 @@ ds --tui
 - `/config qq`：直接进 QQ 配置
 - `/config weixin`：直接进微信配置
 - `/config lingzhu`：直接进 Lingzhu 配置
+- `/debug`：打开当前 TUI debug inspector
 
 ### 按键
 
@@ -186,6 +203,7 @@ ds --tui
 - `Ctrl+R`：强制刷新
 - `Ctrl+O`：打开 Web 工作区
 - `Ctrl+G`：从任意位置直接打开配置首页
+- `Ctrl+D`：从任意位置打开 debug inspector；在 config editor 里也是非破坏式 overlay
 - `Ctrl+B`：离开当前 quest；如果你在配置页，则先关闭配置页
 - `Ctrl+C`：退出 TUI
 - `Shift+↑/↓`：滚动历史区
@@ -451,7 +469,141 @@ TUI、Web、connector 共用同一套 mailbox 语义。
 所以如果你只是“先停一下”，优先用 `/pause`。
 如果你要明确切断当前一轮，优先用 `/stop`。
 
-## 15. 排错
+## 15. TUI debug 模式
+
+TUI debug 模式用来回答三个问题：
+
+1. 当前屏幕到底是什么 surface
+2. 按 Enter 后会走本地命令、后端命令、quest chat，还是被本地拦截
+3. 这个 TUI surface 在 Web 里最接近哪个页面
+
+打开方式：
+
+```bash
+ds --tui --debug
+```
+
+指定日志路径：
+
+```bash
+ds --tui --debug --debug-log /tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl
+```
+
+如果你是直接运行 TUI bundle，也可以使用：
+
+```bash
+node src/tui/dist/index.js --base-url http://127.0.0.1:20999 --debug --debug-log /tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl
+```
+
+### 屏幕上会看到什么
+
+debug 模式会在输入区上方显示一条小型诊断条：
+
+- `surface`：当前 TUI surface，例如 `home`、`quest:<id>`、`config:root:browse`、`config:files:edit`
+- `web`：最接近的 Web 页面，例如 `Web Settings`、`Web quest workspace`
+- `route`：当前输入会走的路由类型
+- `target`：目标 endpoint、utility panel 或本地动作
+- `parse / preview`：当前输入的解析结果
+
+在任何页面按 `Ctrl+D` 可以打开 `TUI Debug` 面板。这个面板会显示：
+
+- `Submitted Route`：触发 debug 前，当前输入按 Enter 会提交到哪里
+- `Input`：当前输入摘要
+- `Screen`：当前主屏、composer、选中项和 redaction 状态
+- `Render`：quest/config/utility 数量和选中索引
+- `Capture`：status line、session id、日志路径和快照签名
+
+### JSONL 日志
+
+debug 模式会把快照写成 JSONL。默认路径是：
+
+```text
+/tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl
+```
+
+每一行都是一个快照。典型字段：
+
+- `surface`
+- `web_analog`
+- `route`
+- `input`
+- `screen`
+- `counts`
+- `status_line`
+
+config editor 和 connector secret 字段会被脱敏。例如：
+
+```json
+{
+  "surface": "config:files:edit",
+  "route": {
+    "kind": "config-save",
+    "arg": "[redacted: config editor buffer; 53 chars]"
+  },
+  "input": {
+    "raw": "[redacted: config editor buffer; 53 chars]",
+    "redacted": true,
+    "redaction_reason": "config editor buffer"
+  },
+  "screen": {
+    "main": "Config editor: config.yaml",
+    "input_redacted": true
+  }
+}
+```
+
+注意：debug JSONL 会脱敏 config buffer；但如果你用 `script`、tmux 日志或终端录屏捕获真实 TUI 屏幕，config editor 本身仍会显示文件内容。这是编辑器的正常行为，不要把包含真实 token 的终端 transcript 发到公共 issue。
+
+### 什么时候应该打开 debug
+
+适合打开 debug 的情况：
+
+- `/config`、`/benchstore`、`/tasks` 等命令看起来没有进入预期页面
+- 输入了 slash command，但不确定它是本地处理、后端转发，还是被 TUI 拦截
+- config editor 里按 Enter 后不知道会保存哪个 draft
+- TUI 和 Web 看起来不一致，需要比较 `web_analog`
+- 写 issue 或回归测试时，需要可复现的 route/screen 快照
+
+不建议打开 debug 的情况：
+
+- 日常聊天或运行 quest
+- 正在编辑大量真实密钥，并且你还会额外录制完整终端输出
+- 只是想调 daemon 日志级别；这种情况应该改 `logging.level`
+
+### 和 Web debug 的关系
+
+Web 端也有一个轻量 debug inspector，目前先覆盖 Settings surface。可以用 query flag 打开：
+
+```text
+/settings/connector/qq?debug=1
+```
+
+也可以在浏览器 console 里持久打开：
+
+```js
+localStorage.setItem('deepscientist.debug', '1')
+```
+
+如果要为当前页面会话保留浏览器内 JSONL buffer：
+
+```js
+localStorage.setItem('deepscientist.debug.log', '1')
+```
+
+删除这个 localStorage key，或使用 `?debug=0` 可以关闭。
+
+Web inspector 会出现在右下角。它会显示当前 Settings surface、route、选中的 section/connector、dirty/loading/saving/testing 状态、config/connector/quest 数量、action disabled reason、最近 API 请求状态，以及脱敏后的 JSON snapshot。提交 issue 或回归证据时，可以使用 `Copy JSON` 或 `Download JSONL`。当 `deepscientist.debug.log` 打开时，`Download JSONL` 会导出浏览器内累计 snapshot 日志；否则只导出当前 snapshot。
+
+如果要做严格的 Web/TUI 对照，建议：
+
+1. 在 TUI 用 `--debug-log` 记录 JSONL
+2. 在 Web 打开对应页面并加 `?debug=1`，例如 `/settings/connector/qq?debug=1`
+3. 对比 TUI 的 `surface`、`web_analog`、`route.target` 与 Web 的 `surface`、`route`、`selected`、`flags`、`actions`
+4. 确认两边 snapshot 都没有真实 token、secret、password、API key、credential、auth AK 或 app secret
+
+当前范围：第一版 Web debug 先覆盖 Settings，尤其是 connector/config 页面。quest workspace 和 BenchStore snapshot 是后续扩展项。
+
+## 16. 排错
 
 ### 问题 1：我进了 TUI，但输入普通文本没反应
 
@@ -505,7 +657,24 @@ TUI、Web、connector 共用同一套 mailbox 语义。
 - 不是 `localhost` / `127.0.0.1` / 内网地址
 - Rokid 平台里填的是顶部 guide 给出的值，而不是本地地址
 
-## 16. 最后给一个简单判断标准
+### 问题 6：TUI 看起来没有执行我输入的命令
+
+打开 debug：
+
+```bash
+ds --tui --debug --debug-log /tmp/deepscientist_tui_debug.jsonl
+```
+
+然后复现一次输入，重点看：
+
+- `route.kind` 是不是 `blocked`
+- `route.target` 是不是你预期的 endpoint 或 panel
+- `surface` 有没有跳到预期页面
+- `web_analog` 是否指向你预期的 Web 页面
+
+如果在 config editor 里排查，按 `Ctrl+D` 打开 debug inspector；不要输入 `/debug`，因为普通文本会进入 editor buffer。
+
+## 17. 最后给一个简单判断标准
 
 如果你想判断自己是否真的“会用 TUI 跑通流程”，看下面四条是否都能做到：
 

package/docs/zh/07_MEMORY_AND_MCP.md

@@ -242,9 +242,10 @@ bash_exec.bash_exec(command="python train.py --config configs/main.yaml", mode="
 ```text
 bash_exec.bash_exec(mode="list", status="running")
 bash_exec.bash_exec(mode="read", id="<bash_id>")
+bash_exec.bash_exec(mode="await", id="<bash_id>", wait_timeout_seconds=1800)
 ```
 
-只有在确实需要停止时才使用 `kill`。
+如果这个有界 `await` 返回时 session 仍然是 `running`，说明进程还在后台继续跑。此时先读取保存的日志、判断是否存在真实前进，再决定是否还要继续等下一个 `1800s` 窗口。只有在确实需要停止时才使用 `kill`。
 
 ## 6. Prompt 级纪律（建议）
 
@@ -257,7 +258,33 @@ bash_exec.bash_exec(mode="read", id="<bash_id>")
 5. 长任务 shell 用 `bash_exec`
 6. 有真正的可复用发现才 `memory.write(...)`
 
-## 7. UI 期望
+## 7. 通过文件系统做跨 quest recall
+
+因为 memory card 默认是 quest-scoped，`memory.search` 也是 substring-only，所以跨 quest 的稳定通道是文件系统，而不是把所有历史都塞进 card index。这个通道只有在 runtime prompt 明确写出 `cross_quest_recall_enabled: true` 时可用；对应配置是 `memory.read_visibility_mode = shared_across_quests`。
+
+启用时，`idea` 以及其他确实需要 prior-quest context 的 stage 可以：
+
+1. 用 `bash_exec ls -t ~/DeepScientist/quests/*/brief.md` 枚举 sibling quests
+2. 读取 brief 找同领域旧 quest
+3. 对确实相关的旧 quest，深读 `~/DeepScientist/quests/<id>/paper/latex/main.tex`，尤其是 `Conclusion` 和 `Limitations / Discussion`
+4. 读取 `~/DeepScientist/framework_quirks.md`，确认是否有相关 framework-layer 坑
+
+未启用时，agent 不应扫描 sibling quests，也不应读写全局 quirks 文件，除非用户在当前任务里显式提供这些文件。
+
+## 8. Framework quirks 与 system quirks
+
+`~/DeepScientist/framework_quirks.md` 是 runtime-wide 的 append-only 文档，用于记录 framework-layer 坑，例如 validator path quirk、closure protocol gotcha、artifact/memory/prompt 契约中未来 quest 容易重复踩的问题。文件由 `ensure_home_layout` scaffold，但只有 runtime prompt 允许 cross-quest recall 时才应使用。
+
+`~/DeepScientist/system_quirks.md` 是 runtime-wide 的 append-only 文档，用于记录已确认的 DeepScientist runtime / system bug。它和 `framework_quirks.md` 分开：
+
+- `framework_quirks.md` 服务 idea / decision / finalize 等研究流程判断
+- `system_quirks.md` 服务 admin / debug / settings issue 报告
+
+`system_quirks.md` 每条应包含预期行为、实际行为、复现步骤、影响范围、临时绕过、建议修复、证据路径和状态。不要写入 secret、token、私有 hostname、私有路径或 raw logs。Settings 的 Issue Report 只有在 operator 显式勾选时才会把它附带到 GitHub issue 草稿。
+
+Agent 只有在 runtime prompt 启用 cross-quest recall 时才应读取或追加 `system_quirks.md`。Settings Issue Report 的勾选项是单独的提交开关，只决定是否把当前文件内容复制到 issue 草稿里供 operator 审阅。
+
+## 9. UI 期望
 
 在 `/projects/{id}` 的 Studio trace 中：
 

package/docs/zh/09_DOCTOR.md

@@ -15,7 +15,7 @@
    默认 OpenAI 路径：
 
    ```bash
-   codex --login
+   codex login
    ```
 
    provider-backed profile 路径：
@@ -30,7 +30,7 @@
    npm install -g @openai/codex
    ```
 
-   如果你的 Codex CLI 版本没有 `--login`，就运行 `codex` 并在交互式界面里完成认证。
+   如果你更喜欢交互式首次配置，就运行 `codex` 并在交互式界面里完成认证。
 
 3. 先直接尝试启动：
 
@@ -57,10 +57,22 @@
 - 必需配置文件是否有效
 - 当前开源版本是否仍然使用 `codex` 作为可运行 runner
 - Codex CLI 是否存在并通过启动探测
+- 最近一次 quest 真实运行失败是否已经能指向已知的 provider / 协议 / retry 问题
 - 是否已经具备可选的本地 `pdflatex` 运行时，以便编译论文 PDF
 - Web / TUI bundle 是否存在
 - 当前 Web 端口是否空闲，或者是否已运行正确的 daemon
 
+注意 Codex 这里有一个关键区别：`codex login` 只说明 Codex CLI 完成了登录流程；`ds doctor` 的 runner 检查更严格，它会发起一次真实的非交互式 `codex exec` 请求，并要求模型返回 `HELLO`。所以即使 `codex login` 输出 `Successfully logged in`，`ds doctor` 仍然可能因为模型不可用、provider key 没被 DeepScientist 进程继承、代理环境没传入、或者 `CODEX_HOME` / `~/.codex` 不一致而失败。
+
+现在 `ds doctor` 会尽量把失败项渲染成更可执行的结构：
+
+- `Problem`：出了什么问题
+- `Why`：为什么系统认为它是这个问题
+- `Fix`：现在应该先做什么修复动作
+- `Evidence`：命中的 quest/run/request 线索
+
+对于失败的 runner probe，报告还会尽量显示 exit code、实际 probe command、profile / model、stdout excerpt 和 stderr excerpt。先看这些证据，再决定是否继续重试。
+
 ## 常见修复方式
 
 ### 没有安装 Codex
@@ -82,13 +94,27 @@ npm install -g @openai/codex
 运行：
 
 ```bash
-codex --login
+codex login
 ```
 
-如果你的 Codex CLI 版本没有 `--login`，就运行 `codex` 并在交互式界面里完成认证。
+如果你更喜欢交互式首次配置，就运行 `codex` 并在交互式界面里完成认证。
 
 先完成一次登录，再重新执行 `ds doctor`。
 
+如果 `codex login` 已经显示成功，但 `ds doctor` 仍然失败，请直接运行 DeepScientist 使用的同类非交互式 smoke test：
+
+```bash
+printf 'Reply with exactly HELLO.' | codex --search exec --json --cd /tmp --skip-git-repo-check -
+```
+
+如果这个命令失败，优先修 Codex 本身、模型、profile、provider key 或代理。如果这个命令成功但 `ds doctor` 失败，再对比：
+
+- `which codex`
+- `CODEX_HOME`
+- `HTTP_PROXY`、`HTTPS_PROXY`、`NO_PROXY`
+- `~/DeepScientist/config/runners.yaml`
+- provider-backed profile 需要的 `runners.codex.env`
+
 ### Codex profile 在终端里可用，但 DeepScientist 还是失败
 
 请显式让 DeepScientist 使用同一个 profile：
@@ -110,7 +136,9 @@ ds --codex /absolute/path/to/codex --codex-profile m27
 同时检查：
 
 - 启动 DeepScientist 的这个 shell 中，provider API key 仍然可见
+- 如果 `codex --profile <name>` 能跑，但 `ds doctor` 或 `ds docker` 仍然提示缺少 provider 环境变量，还要把这个 key 写进 `~/DeepScientist/config/runners.yaml` 的 `runners.codex.env`
 - 该 profile 指向的是 provider 的 Coding Plan endpoint，而不是普通通用 API endpoint
+- 如果你走的是阿里百炼上的 Qwen，只能使用百炼 Coding Plan endpoint；普通百炼 / DashScope 平台的 Qwen API 这里不支持
 - 如果模型应该由 profile 自己决定，请在 `~/DeepScientist/config/runners.yaml` 中使用 `model: inherit`
 
 MiniMax 补充说明：
@@ -127,6 +155,8 @@ MiniMax 补充说明：
 - 当 provider 设置了 `requires_openai_auth = false` 时，DeepScientist 也会自动移除冲突的 `OPENAI_*` 认证环境变量
 - 如果你还希望终端里的 `codex --profile <name>` 也直接可用，再在 `~/.codex/config.toml` 顶层补上 `model_provider = "minimax"`，以及对应的顶层 `model`，例如 `MiniMax-M2.7` 或 `MiniMax-M2.5`
 - 当 DeepScientist 检测到 Codex CLI 版本低于 `0.63.0` 时，会自动把 `xhigh` 降级成 `high`
+- 如果 provider 返回 `tool call result does not follow tool call (2013)`，应优先把它当作 tool call / tool result 顺序错误，而不是普通网络抖动
+- 如果 provider 返回 `invalid function arguments json string` 或 `failed to parse tool call arguments` 这类错误，应该先修正 tool 调用串行化/参数编码路径，再继续重试
 
 ### 当前配置的 Codex 模型不可用
 
@@ -178,6 +208,15 @@ ds --stop
 
 然后重新执行 `ds`。
 
+如果 `ds doctor` 明确提示当前端口正在服务另一个 DeepScientist home，请使用报错里打印的 home 路径。例如：
+
+```bash
+ds --home /doctor/打印出来的/home doctor
+ds --home /doctor/打印出来的/home --stop
+```
+
+这通常说明你之前从一个目录/home 启动了 DeepScientist，现在又在另一个 home 上运行 `ds doctor`。要么继续使用已经运行的那个 home，要么给当前 home 换一个端口。
+
 如果是其他服务占用了端口，请修改：
 
 ```text
@@ -222,16 +261,23 @@ git config --global user.name "Your Name"
 git config --global user.email "you@example.com"
 ```
 
-### 误开启了 Claude
+### Runner 切换与启用检查
+
+当前版本已经支持 `codex`、`claude`、`kimi`、`opencode`。
 
-当前开源版本里，`claude` 仍然只是 TODO / 预留位，并不能正常运行。
-请在：
+如果你误启用了某个 runner，先检查：
 
 ```text
+~/DeepScientist/config/config.yaml
 ~/DeepScientist/config/runners.yaml
 ```
 
-里把它重新设为禁用。
+然后确认：
+
+- `default_runner` 指向你真正想用的 runner
+- 目标 runner 的 `enabled: true`
+- 不用的 runner 保持禁用
+- 在把 quest 切过去之前，先确保 `ds doctor` 对该 runner 已通过
 
 ## 说明
 

package/docs/zh/10_WEIXIN_CONNECTOR_GUIDE.md

@@ -55,7 +55,7 @@ DeepScientist 已经内置了微信 iLink 运行时，因此你不需要再额
 
 打开：
 
-- [Settings > Connectors > WeChat](/settings/connectors#connector-weixin)
+- [Settings > Connectors > WeChat](/settings/connector/weixin)
 
 然后按顺序做：
 
@@ -148,6 +148,29 @@ userfiles/...
 
 如果二维码过期，DeepScientist 会自动刷新。
 
+### 代理环境下二维码不显示或登录一直等待
+
+如果启动 DeepScientist 时使用了 `ds --proxy ...`，或者当前 shell 里设置了
+`HTTP_PROXY`、`HTTPS_PROXY`、`ALL_PROXY`，微信登录和长轮询请求可能会继承这条代理。
+有些本地 HTTP 代理隧道对模型请求可用，但会导致微信 iLink 二维码加载失败、二维码图片不显示，
+或者手机确认后页面仍然一直等待。
+
+遇到这种情况时，可以保留全局代理给模型、GitHub 等其他请求使用，同时通过 `NO_PROXY`
+和 `no_proxy` 让微信 iLink 与 CDN 域名直连：
+
+```bash
+export NO_PROXY="ilinkai.weixin.qq.com,novac2c.cdn.weixin.qq.com,127.0.0.1,localhost"
+export no_proxy="$NO_PROXY"
+ds --proxy http://127.0.0.1:7890
+```
+
+如果你原本已经设置了 `NO_PROXY`，不要直接覆盖；把上面的微信域名追加到原列表后面即可。
+
+这样做的效果是：模型请求、GitHub 下载等仍然走配置的代理，而微信二维码登录、长轮询和媒体 CDN
+请求会绕过代理直连。如果仍然无法显示二维码，可以临时取消
+`HTTP_PROXY`、`HTTPS_PROXY`、`ALL_PROXY`、`http_proxy`、`https_proxy`、`all_proxy`，
+重启 DeepScientist 后重新绑定。
+
 ### 为什么我只看到文本，没有看到入站多媒体
 
 请用真实图片、视频或文件重测一次。成功后，quest 目录里应该能看到：

package/docs/zh/11_LICENSE_AND_RISK.md

@@ -14,10 +14,14 @@ DeepScientist 采用 Apache 2.0 开源协议发布。
 你可以在仓库根目录查看完整协议文本：
 
 - [LICENSE](../../LICENSE)
+- [TRADEMARK.md](../../TRADEMARK.md)
+- [26 引用与致谢说明](./26_CITATION_AND_ATTRIBUTION.md)
 
 需要明确的是：
 
 - DeepScientist 按 Apache 2.0 协议发布
+- 软件许可证本身不授予 `DeepScientist` 名称或 Logo 的商标权
+- 引用与致谢说明属于独立的学术归因请求，不是额外的软件许可证条件
 - DeepScientist 按“现状”提供，不提供任何明示或暗示担保
 - 因使用、部署、修改、二次开发、共享或暴露 DeepScientist 而产生的任何直接或间接后果，项目作者与维护者概不负责
 - 你需要自行负责运行环境、权限设置、对外暴露、第三方账号绑定、结果审查、数据处理和合规问题

package/docs/zh/12_GUIDED_WORKFLOW_TOUR.md

@@ -42,6 +42,12 @@ DeepScientist 常见有两种使用方式：
 
 第一次使用时，优先点击 `Start Research`。
 
+如果你只记一条最实用的规则：
+
+- 已经知道要启动什么项目，就点 `Start Research`
+- 还不知道做哪个 benchmark，就先去 `BenchStore`
+- 只是想改配置，还不打算启动项目，就去 `Settings`
+
 ## 3. 先理解这个弹窗到底在做什么
 
 `Start Research` 弹窗有两个同样重要的任务：
@@ -245,6 +251,15 @@ DeepScientist 常见有两种使用方式：
 
 这是整个流程里成本最低、收益最高的纠错点。
 
+如果你想记住一条最短真实项目路径，可以直接照这个顺序做：
+
+1. `Start Research`
+2. `Autonomous`
+3. 填 `Project title`
+4. 填 `Primary research request`
+5. 检查右侧生成的 prompt
+6. 点击 `Create project`
+
 ## 5. 点击 `Create project`
 
 在真实项目模式下，这一步会创建真实的本地 quest，并打开真实工作区。

package/docs/zh/14_PROMPT_SKILLS_AND_MCP_GUIDE.md

@@ -345,6 +345,10 @@ DeepScientist 当前有两层 skill：
 | `intake-audit` | quest 里已经有不少历史状态 | 给旧资产做 trust-rank，并决定下一个 anchor |
 | `review` | 已经有比较完整的 draft | 在宣布完成前做一次 skeptical audit |
 | `rebuttal` | 已经有 reviewer comments 或 revision request | 把 reviewer pressure 映射成实验、文字修改和 response artifact |
+| `nature-polishing` | 需要 Nature 风格论文措辞或中译英学术润色 | 在证据和 claim 边界明确后润色论文文字 |
+| `nature-data` | 需要 Data Availability、source data、数据引用、仓库、受限数据或 FAIR metadata | 基于已验证记录写 Nature-ready 数据可用性与元数据内容 |
+| `nature-figure` | 交付物是 Nature / 高水平期刊投稿级图表包 | 定义 figure contract、后端、导出方案和 QA 路径 |
+| `nature-paper2ppt` | 交付物是基于论文的 PPT/PPTX | 制作中文论文分享、组会或 journal-club deck |
 
 ### 6.3 最关键的设计点
 
@@ -376,6 +380,10 @@ DeepScientist 的 daemon 不应该变成一个巨大的硬编码科研调度器
 | `review` | review report、revision log、experiment TODO list |
 | `rebuttal` | review matrix、response letter、text deltas、evidence-update plan |
 | `figure-polish` | 最终 polished figure 资产和已检查过的导出结果 |
+| `nature-polishing` | 润色后的论文段落，以及未解决的证据或 claim 边界说明 |
+| `nature-data` | Data Availability statement、repository plan、dataset citation checklist、未解决 metadata 字段 |
+| `nature-figure` | figure contract、选定后端、导出图表资产、QA notes |
+| `nature-paper2ppt` | PPTX deck、必要的论文图表/笔记素材、轻量 QA report |
 
 ## 8. 内建 MCP 结构
 
@@ -502,6 +510,7 @@ artifact 名字虽然多，但本质上还是一个家族。
 
 - 任何 shell-like 的执行都应该走 `bash_exec`
 - 不要把关键执行藏在一次性 shell 片段里
+- 对已经在跑的 managed session，优先使用有界等待，例如 `bash_exec.bash_exec(mode='await', id=..., wait_timeout_seconds=1800)`；如果等待窗口先结束，进程仍会继续运行，下一步通常应该先读日志，而不是直接杀掉 session
 
 ## 9. 这三个 MCP namespace 是怎么分工的