biointerchange 0.2.2 → 1.0.0
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- data/Gemfile +1 -0
- data/README.md +269 -19
- data/VERSION +1 -1
- data/examples/bininda_emonds_mammals.new +1 -0
- data/examples/rdfization.rb +17 -0
- data/examples/tree1.new +1 -0
- data/examples/tree2.new +1 -0
- data/examples/vocabulary.rb +26 -5
- data/generators/javaify.rb +12 -18
- data/generators/make_supplement_releases.rb +2 -0
- data/generators/pythonify.rb +21 -8
- data/generators/rdfxml.rb +15 -1
- data/lib/biointerchange/cdao.rb +2014 -0
- data/lib/biointerchange/core.rb +70 -77
- data/lib/biointerchange/genomics/gff3_rdf_ntriples.rb +16 -0
- data/lib/biointerchange/genomics/gff3_reader.rb +18 -4
- data/lib/biointerchange/genomics/gvf_reader.rb +14 -0
- data/lib/biointerchange/phylogenetics/cdao_rdf_ntriples.rb +108 -0
- data/lib/biointerchange/phylogenetics/newick_reader.rb +81 -0
- data/lib/biointerchange/phylogenetics/tree_set.rb +50 -0
- data/lib/biointerchange/registry.rb +50 -8
- data/lib/biointerchange/so.rb +150 -0
- data/lib/biointerchange/textmining/pdfx_xml_reader.rb +21 -2
- data/lib/biointerchange/textmining/pubannos_json_reader.rb +24 -1
- data/lib/biointerchange/textmining/text_mining_rdf_ntriples.rb +9 -0
- data/lib/biointerchange/textmining/text_mining_reader.rb +5 -5
- data/spec/phylogenetics_spec.rb +79 -0
- data/supplemental/java/biointerchange/pom.xml +1 -1
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/CDAO.java +2602 -0
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/FALDO.java +30 -28
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/GFF3O.java +136 -104
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/GVF1O.java +367 -278
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/SIO.java +4388 -3127
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/SO.java +5970 -4351
- data/supplemental/java/biointerchange/src/main/java/org/biointerchange/vocabulary/SOFA.java +733 -544
- data/supplemental/java/biointerchange/src/test/java/org/biointerchange/AppTest.java +3 -1
- data/supplemental/python/biointerchange/cdao.py +2021 -0
- data/supplemental/python/biointerchange/faldo.py +37 -38
- data/supplemental/python/biointerchange/gff3o.py +156 -157
- data/supplemental/python/biointerchange/goxref.py +172 -172
- data/supplemental/python/biointerchange/gvf1o.py +428 -429
- data/supplemental/python/biointerchange/sio.py +3133 -3134
- data/supplemental/python/biointerchange/so.py +6626 -6527
- data/supplemental/python/biointerchange/sofa.py +790 -791
- data/supplemental/python/example.py +23 -5
- data/supplemental/python/setup.py +2 -2
- data/web/about.html +1 -0
- data/web/api.html +223 -15
- data/web/biointerchange.js +27 -6
- data/web/cli.html +8 -3
- data/web/index.html +6 -2
- data/web/ontologies.html +3 -0
- data/web/service/rdfizer.fcgi +7 -15
- data/web/webservices.html +6 -2
- metadata +30 -3
@@ -14,75 +14,75 @@ import org.apache.commons.collections.Predicate;
|
|
14
14
|
public class SOFA {
|
15
15
|
|
16
16
|
public static Resource adjacent_to() {
|
17
|
-
return _namespace_SOFA("
|
17
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:adjacent_to");
|
18
18
|
}
|
19
19
|
|
20
20
|
public static Resource complete_evidence_for_feature() {
|
21
|
-
return _namespace_SOFA("
|
21
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:complete_evidence_for_feature");
|
22
22
|
}
|
23
23
|
|
24
24
|
public static Resource contained_by() {
|
25
|
-
return _namespace_SOFA("
|
25
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:contained_by");
|
26
26
|
}
|
27
27
|
|
28
28
|
public static Resource contains() {
|
29
|
-
return _namespace_SOFA("
|
29
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:contains");
|
30
30
|
}
|
31
31
|
|
32
32
|
public static Resource derives_from() {
|
33
|
-
return _namespace_SOFA("
|
33
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:derives_from");
|
34
34
|
}
|
35
35
|
|
36
36
|
public static Resource evidence_for_feature() {
|
37
|
-
return _namespace_SOFA("
|
37
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:evidence_for_feature");
|
38
38
|
}
|
39
39
|
|
40
40
|
public static Resource has_integral_part() {
|
41
|
-
return _namespace_SOFA("
|
41
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:has_integral_part");
|
42
42
|
}
|
43
43
|
|
44
44
|
public static Resource has_part() {
|
45
|
-
return _namespace_SOFA("
|
45
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:has_part");
|
46
46
|
}
|
47
47
|
|
48
48
|
public static Resource homologous_to() {
|
49
|
-
return _namespace_SOFA("
|
49
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:homologous_to");
|
50
50
|
}
|
51
51
|
|
52
52
|
public static Resource integral_part_of() {
|
53
|
-
return _namespace_SOFA("
|
53
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:integral_part_of");
|
54
54
|
}
|
55
55
|
|
56
56
|
public static Resource member_of() {
|
57
|
-
return _namespace_SOFA("
|
57
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:member_of");
|
58
58
|
}
|
59
59
|
|
60
60
|
public static Resource non_functional_homolog_of() {
|
61
|
-
return _namespace_SOFA("
|
61
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:non_functional_homolog_of");
|
62
62
|
}
|
63
63
|
|
64
64
|
public static Resource orthologous_to() {
|
65
|
-
return _namespace_SOFA("
|
65
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:orthologous_to");
|
66
66
|
}
|
67
67
|
|
68
68
|
public static Resource paralogous_to() {
|
69
|
-
return _namespace_SOFA("
|
69
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:paralogous_to");
|
70
70
|
}
|
71
71
|
|
72
72
|
public static Resource part_of() {
|
73
|
-
return _namespace_SOFA("
|
73
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:part_of");
|
74
74
|
}
|
75
75
|
|
76
76
|
public static Resource partial_evidence_for_feature() {
|
77
|
-
return _namespace_SOFA("
|
77
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:partial_evidence_for_feature");
|
78
78
|
}
|
79
79
|
|
80
80
|
public static Resource similar_to() {
|
81
|
-
return _namespace_SOFA("
|
81
|
+
return _namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:similar_to");
|
82
82
|
}
|
83
83
|
|
84
84
|
public static Resource Sequence_Ontology() {
|
85
|
-
return _namespace_SOFA("
|
85
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000000");
|
86
86
|
}
|
87
87
|
|
88
88
|
/**
|
@@ -90,11 +90,11 @@ public class SOFA {
|
|
90
90
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000001)
|
91
91
|
*/
|
92
92
|
public static Resource region() {
|
93
|
-
return _namespace_SOFA("
|
93
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000001");
|
94
94
|
}
|
95
95
|
|
96
96
|
public static Resource interior_coding_exon() {
|
97
|
-
return _namespace_SOFA("
|
97
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000004");
|
98
98
|
}
|
99
99
|
|
100
100
|
/**
|
@@ -102,7 +102,7 @@ public class SOFA {
|
|
102
102
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000005)
|
103
103
|
*/
|
104
104
|
public static Resource satellite_DNA() {
|
105
|
-
return _namespace_SOFA("
|
105
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000005");
|
106
106
|
}
|
107
107
|
|
108
108
|
/**
|
@@ -110,7 +110,7 @@ public class SOFA {
|
|
110
110
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000006)
|
111
111
|
*/
|
112
112
|
public static Resource PCR_product() {
|
113
|
-
return _namespace_SOFA("
|
113
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000006");
|
114
114
|
}
|
115
115
|
|
116
116
|
/**
|
@@ -118,7 +118,7 @@ public class SOFA {
|
|
118
118
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000007)
|
119
119
|
*/
|
120
120
|
public static Resource read_pair() {
|
121
|
-
return _namespace_SOFA("
|
121
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000007");
|
122
122
|
}
|
123
123
|
|
124
124
|
/**
|
@@ -126,7 +126,7 @@ public class SOFA {
|
|
126
126
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000013)
|
127
127
|
*/
|
128
128
|
public static Resource scRNA() {
|
129
|
-
return _namespace_SOFA("
|
129
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000013");
|
130
130
|
}
|
131
131
|
|
132
132
|
/**
|
@@ -134,7 +134,7 @@ public class SOFA {
|
|
134
134
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000038)
|
135
135
|
*/
|
136
136
|
public static Resource match_set() {
|
137
|
-
return _namespace_SOFA("
|
137
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000038");
|
138
138
|
}
|
139
139
|
|
140
140
|
/**
|
@@ -142,7 +142,7 @@ public class SOFA {
|
|
142
142
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000039)
|
143
143
|
*/
|
144
144
|
public static Resource match_part() {
|
145
|
-
return _namespace_SOFA("
|
145
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000039");
|
146
146
|
}
|
147
147
|
|
148
148
|
/**
|
@@ -150,7 +150,7 @@ public class SOFA {
|
|
150
150
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000050)
|
151
151
|
*/
|
152
152
|
public static Resource gene_part() {
|
153
|
-
return _namespace_SOFA("
|
153
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000050");
|
154
154
|
}
|
155
155
|
|
156
156
|
/**
|
@@ -158,7 +158,7 @@ public class SOFA {
|
|
158
158
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000057)
|
159
159
|
*/
|
160
160
|
public static Resource operator() {
|
161
|
-
return _namespace_SOFA("
|
161
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000057");
|
162
162
|
}
|
163
163
|
|
164
164
|
/**
|
@@ -166,7 +166,7 @@ public class SOFA {
|
|
166
166
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000059)
|
167
167
|
*/
|
168
168
|
public static Resource nuclease_binding_site() {
|
169
|
-
return _namespace_SOFA("
|
169
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000059");
|
170
170
|
}
|
171
171
|
|
172
172
|
/**
|
@@ -174,7 +174,7 @@ public class SOFA {
|
|
174
174
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000101)
|
175
175
|
*/
|
176
176
|
public static Resource transposable_element() {
|
177
|
-
return _namespace_SOFA("
|
177
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000101");
|
178
178
|
}
|
179
179
|
|
180
180
|
/**
|
@@ -182,7 +182,7 @@ public class SOFA {
|
|
182
182
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000102)
|
183
183
|
*/
|
184
184
|
public static Resource expressed_sequence_match() {
|
185
|
-
return _namespace_SOFA("
|
185
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000102");
|
186
186
|
}
|
187
187
|
|
188
188
|
/**
|
@@ -190,7 +190,7 @@ public class SOFA {
|
|
190
190
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000103)
|
191
191
|
*/
|
192
192
|
public static Resource clone_insert_end() {
|
193
|
-
return _namespace_SOFA("
|
193
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000103");
|
194
194
|
}
|
195
195
|
|
196
196
|
/**
|
@@ -198,7 +198,7 @@ public class SOFA {
|
|
198
198
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000104)
|
199
199
|
*/
|
200
200
|
public static Resource polypeptide() {
|
201
|
-
return _namespace_SOFA("
|
201
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000104");
|
202
202
|
}
|
203
203
|
|
204
204
|
/**
|
@@ -206,7 +206,7 @@ public class SOFA {
|
|
206
206
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000109)
|
207
207
|
*/
|
208
208
|
public static Resource sequence_variant_obs() {
|
209
|
-
return _namespace_SOFA("
|
209
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000109");
|
210
210
|
}
|
211
211
|
|
212
212
|
/**
|
@@ -214,7 +214,7 @@ public class SOFA {
|
|
214
214
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000110)
|
215
215
|
*/
|
216
216
|
public static Resource sequence_feature() {
|
217
|
-
return _namespace_SOFA("
|
217
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000110");
|
218
218
|
}
|
219
219
|
|
220
220
|
/**
|
@@ -222,7 +222,7 @@ public class SOFA {
|
|
222
222
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000112)
|
223
223
|
*/
|
224
224
|
public static Resource primer() {
|
225
|
-
return _namespace_SOFA("
|
225
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000112");
|
226
226
|
}
|
227
227
|
|
228
228
|
/**
|
@@ -230,7 +230,7 @@ public class SOFA {
|
|
230
230
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000113)
|
231
231
|
*/
|
232
232
|
public static Resource proviral_region() {
|
233
|
-
return _namespace_SOFA("
|
233
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000113");
|
234
234
|
}
|
235
235
|
|
236
236
|
/**
|
@@ -238,7 +238,7 @@ public class SOFA {
|
|
238
238
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000114)
|
239
239
|
*/
|
240
240
|
public static Resource methylated_C() {
|
241
|
-
return _namespace_SOFA("
|
241
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000114");
|
242
242
|
}
|
243
243
|
|
244
244
|
/**
|
@@ -246,7 +246,7 @@ public class SOFA {
|
|
246
246
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000120)
|
247
247
|
*/
|
248
248
|
public static Resource protein_coding_primary_transcript() {
|
249
|
-
return _namespace_SOFA("
|
249
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000120");
|
250
250
|
}
|
251
251
|
|
252
252
|
/**
|
@@ -254,7 +254,7 @@ public class SOFA {
|
|
254
254
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000139)
|
255
255
|
*/
|
256
256
|
public static Resource ribosome_entry_site() {
|
257
|
-
return _namespace_SOFA("
|
257
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000139");
|
258
258
|
}
|
259
259
|
|
260
260
|
/**
|
@@ -262,7 +262,7 @@ public class SOFA {
|
|
262
262
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000140)
|
263
263
|
*/
|
264
264
|
public static Resource attenuator() {
|
265
|
-
return _namespace_SOFA("
|
265
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000140");
|
266
266
|
}
|
267
267
|
|
268
268
|
/**
|
@@ -270,7 +270,7 @@ public class SOFA {
|
|
270
270
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000141)
|
271
271
|
*/
|
272
272
|
public static Resource terminator() {
|
273
|
-
return _namespace_SOFA("
|
273
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000141");
|
274
274
|
}
|
275
275
|
|
276
276
|
/**
|
@@ -278,7 +278,7 @@ public class SOFA {
|
|
278
278
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000143)
|
279
279
|
*/
|
280
280
|
public static Resource assembly_component() {
|
281
|
-
return _namespace_SOFA("
|
281
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000143");
|
282
282
|
}
|
283
283
|
|
284
284
|
/**
|
@@ -286,7 +286,7 @@ public class SOFA {
|
|
286
286
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000147)
|
287
287
|
*/
|
288
288
|
public static Resource exon() {
|
289
|
-
return _namespace_SOFA("
|
289
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000147");
|
290
290
|
}
|
291
291
|
|
292
292
|
/**
|
@@ -294,7 +294,7 @@ public class SOFA {
|
|
294
294
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000148)
|
295
295
|
*/
|
296
296
|
public static Resource supercontig() {
|
297
|
-
return _namespace_SOFA("
|
297
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000148");
|
298
298
|
}
|
299
299
|
|
300
300
|
/**
|
@@ -302,7 +302,7 @@ public class SOFA {
|
|
302
302
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000149)
|
303
303
|
*/
|
304
304
|
public static Resource contig() {
|
305
|
-
return _namespace_SOFA("
|
305
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000149");
|
306
306
|
}
|
307
307
|
|
308
308
|
/**
|
@@ -310,7 +310,7 @@ public class SOFA {
|
|
310
310
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000150)
|
311
311
|
*/
|
312
312
|
public static Resource read() {
|
313
|
-
return _namespace_SOFA("
|
313
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000150");
|
314
314
|
}
|
315
315
|
|
316
316
|
/**
|
@@ -318,7 +318,7 @@ public class SOFA {
|
|
318
318
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000151)
|
319
319
|
*/
|
320
320
|
public static Resource _clone_() {
|
321
|
-
return _namespace_SOFA("
|
321
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000151");
|
322
322
|
}
|
323
323
|
|
324
324
|
/**
|
@@ -326,7 +326,7 @@ public class SOFA {
|
|
326
326
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000159)
|
327
327
|
*/
|
328
328
|
public static Resource deletion() {
|
329
|
-
return _namespace_SOFA("
|
329
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000159");
|
330
330
|
}
|
331
331
|
|
332
332
|
/**
|
@@ -334,7 +334,7 @@ public class SOFA {
|
|
334
334
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000161)
|
335
335
|
*/
|
336
336
|
public static Resource methylated_A() {
|
337
|
-
return _namespace_SOFA("
|
337
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000161");
|
338
338
|
}
|
339
339
|
|
340
340
|
/**
|
@@ -342,7 +342,7 @@ public class SOFA {
|
|
342
342
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000162)
|
343
343
|
*/
|
344
344
|
public static Resource splice_site() {
|
345
|
-
return _namespace_SOFA("
|
345
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000162");
|
346
346
|
}
|
347
347
|
|
348
348
|
/**
|
@@ -350,7 +350,7 @@ public class SOFA {
|
|
350
350
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000163)
|
351
351
|
*/
|
352
352
|
public static Resource five_prime_cis_splice_site() {
|
353
|
-
return _namespace_SOFA("
|
353
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000163");
|
354
354
|
}
|
355
355
|
|
356
356
|
/**
|
@@ -358,7 +358,7 @@ public class SOFA {
|
|
358
358
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000164)
|
359
359
|
*/
|
360
360
|
public static Resource three_prime_cis_splice_site() {
|
361
|
-
return _namespace_SOFA("
|
361
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000164");
|
362
362
|
}
|
363
363
|
|
364
364
|
/**
|
@@ -366,7 +366,7 @@ public class SOFA {
|
|
366
366
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000165)
|
367
367
|
*/
|
368
368
|
public static Resource enhancer() {
|
369
|
-
return _namespace_SOFA("
|
369
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000165");
|
370
370
|
}
|
371
371
|
|
372
372
|
/**
|
@@ -374,7 +374,7 @@ public class SOFA {
|
|
374
374
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000167)
|
375
375
|
*/
|
376
376
|
public static Resource promoter() {
|
377
|
-
return _namespace_SOFA("
|
377
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000167");
|
378
378
|
}
|
379
379
|
|
380
380
|
/**
|
@@ -382,7 +382,7 @@ public class SOFA {
|
|
382
382
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000177)
|
383
383
|
*/
|
384
384
|
public static Resource cross_genome_match() {
|
385
|
-
return _namespace_SOFA("
|
385
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000177");
|
386
386
|
}
|
387
387
|
|
388
388
|
/**
|
@@ -390,7 +390,7 @@ public class SOFA {
|
|
390
390
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000178)
|
391
391
|
*/
|
392
392
|
public static Resource operon() {
|
393
|
-
return _namespace_SOFA("
|
393
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000178");
|
394
394
|
}
|
395
395
|
|
396
396
|
/**
|
@@ -398,7 +398,7 @@ public class SOFA {
|
|
398
398
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000179)
|
399
399
|
*/
|
400
400
|
public static Resource clone_insert_start() {
|
401
|
-
return _namespace_SOFA("
|
401
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000179");
|
402
402
|
}
|
403
403
|
|
404
404
|
/**
|
@@ -406,7 +406,7 @@ public class SOFA {
|
|
406
406
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000181)
|
407
407
|
*/
|
408
408
|
public static Resource translated_nucleotide_match() {
|
409
|
-
return _namespace_SOFA("
|
409
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000181");
|
410
410
|
}
|
411
411
|
|
412
412
|
/**
|
@@ -414,7 +414,7 @@ public class SOFA {
|
|
414
414
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000183)
|
415
415
|
*/
|
416
416
|
public static Resource non_transcribed_region() {
|
417
|
-
return _namespace_SOFA("
|
417
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000183");
|
418
418
|
}
|
419
419
|
|
420
420
|
/**
|
@@ -422,7 +422,7 @@ public class SOFA {
|
|
422
422
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000185)
|
423
423
|
*/
|
424
424
|
public static Resource primary_transcript() {
|
425
|
-
return _namespace_SOFA("
|
425
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000185");
|
426
426
|
}
|
427
427
|
|
428
428
|
/**
|
@@ -430,7 +430,7 @@ public class SOFA {
|
|
430
430
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000187)
|
431
431
|
*/
|
432
432
|
public static Resource repeat_family() {
|
433
|
-
return _namespace_SOFA("
|
433
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000187");
|
434
434
|
}
|
435
435
|
|
436
436
|
/**
|
@@ -438,7 +438,7 @@ public class SOFA {
|
|
438
438
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000188)
|
439
439
|
*/
|
440
440
|
public static Resource intron() {
|
441
|
-
return _namespace_SOFA("
|
441
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000188");
|
442
442
|
}
|
443
443
|
|
444
444
|
/**
|
@@ -446,7 +446,7 @@ public class SOFA {
|
|
446
446
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000193)
|
447
447
|
*/
|
448
448
|
public static Resource RFLP_fragment() {
|
449
|
-
return _namespace_SOFA("
|
449
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000193");
|
450
450
|
}
|
451
451
|
|
452
452
|
/**
|
@@ -454,7 +454,7 @@ public class SOFA {
|
|
454
454
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000195)
|
455
455
|
*/
|
456
456
|
public static Resource coding_exon() {
|
457
|
-
return _namespace_SOFA("
|
457
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000195");
|
458
458
|
}
|
459
459
|
|
460
460
|
/**
|
@@ -462,7 +462,7 @@ public class SOFA {
|
|
462
462
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000196)
|
463
463
|
*/
|
464
464
|
public static Resource five_prime_coding_exon_coding_region() {
|
465
|
-
return _namespace_SOFA("
|
465
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000196");
|
466
466
|
}
|
467
467
|
|
468
468
|
/**
|
@@ -470,7 +470,7 @@ public class SOFA {
|
|
470
470
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000197)
|
471
471
|
*/
|
472
472
|
public static Resource three_prime_coding_exon_coding_region() {
|
473
|
-
return _namespace_SOFA("
|
473
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000197");
|
474
474
|
}
|
475
475
|
|
476
476
|
/**
|
@@ -478,7 +478,7 @@ public class SOFA {
|
|
478
478
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000198)
|
479
479
|
*/
|
480
480
|
public static Resource noncoding_exon() {
|
481
|
-
return _namespace_SOFA("
|
481
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000198");
|
482
482
|
}
|
483
483
|
|
484
484
|
/**
|
@@ -486,7 +486,7 @@ public class SOFA {
|
|
486
486
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000200)
|
487
487
|
*/
|
488
488
|
public static Resource five_prime_coding_exon() {
|
489
|
-
return _namespace_SOFA("
|
489
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000200");
|
490
490
|
}
|
491
491
|
|
492
492
|
/**
|
@@ -494,7 +494,7 @@ public class SOFA {
|
|
494
494
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000203)
|
495
495
|
*/
|
496
496
|
public static Resource UTR() {
|
497
|
-
return _namespace_SOFA("
|
497
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000203");
|
498
498
|
}
|
499
499
|
|
500
500
|
/**
|
@@ -502,7 +502,7 @@ public class SOFA {
|
|
502
502
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000204)
|
503
503
|
*/
|
504
504
|
public static Resource five_prime_UTR() {
|
505
|
-
return _namespace_SOFA("
|
505
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000204");
|
506
506
|
}
|
507
507
|
|
508
508
|
/**
|
@@ -510,7 +510,7 @@ public class SOFA {
|
|
510
510
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000205)
|
511
511
|
*/
|
512
512
|
public static Resource three_prime_UTR() {
|
513
|
-
return _namespace_SOFA("
|
513
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000205");
|
514
514
|
}
|
515
515
|
|
516
516
|
/**
|
@@ -518,7 +518,7 @@ public class SOFA {
|
|
518
518
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000209)
|
519
519
|
*/
|
520
520
|
public static Resource rRNA_primary_transcript() {
|
521
|
-
return _namespace_SOFA("
|
521
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000209");
|
522
522
|
}
|
523
523
|
|
524
524
|
/**
|
@@ -526,7 +526,7 @@ public class SOFA {
|
|
526
526
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000233)
|
527
527
|
*/
|
528
528
|
public static Resource mature_transcript() {
|
529
|
-
return _namespace_SOFA("
|
529
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000233");
|
530
530
|
}
|
531
531
|
|
532
532
|
/**
|
@@ -534,7 +534,7 @@ public class SOFA {
|
|
534
534
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000234)
|
535
535
|
*/
|
536
536
|
public static Resource mRNA() {
|
537
|
-
return _namespace_SOFA("
|
537
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000234");
|
538
538
|
}
|
539
539
|
|
540
540
|
/**
|
@@ -542,7 +542,7 @@ public class SOFA {
|
|
542
542
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000235)
|
543
543
|
*/
|
544
544
|
public static Resource TF_binding_site() {
|
545
|
-
return _namespace_SOFA("
|
545
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000235");
|
546
546
|
}
|
547
547
|
|
548
548
|
/**
|
@@ -550,7 +550,7 @@ public class SOFA {
|
|
550
550
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000236)
|
551
551
|
*/
|
552
552
|
public static Resource ORF() {
|
553
|
-
return _namespace_SOFA("
|
553
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000236");
|
554
554
|
}
|
555
555
|
|
556
556
|
/**
|
@@ -558,7 +558,7 @@ public class SOFA {
|
|
558
558
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000239)
|
559
559
|
*/
|
560
560
|
public static Resource flanking_region() {
|
561
|
-
return _namespace_SOFA("
|
561
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000239");
|
562
562
|
}
|
563
563
|
|
564
564
|
/**
|
@@ -566,7 +566,7 @@ public class SOFA {
|
|
566
566
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000252)
|
567
567
|
*/
|
568
568
|
public static Resource rRNA() {
|
569
|
-
return _namespace_SOFA("
|
569
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000252");
|
570
570
|
}
|
571
571
|
|
572
572
|
/**
|
@@ -574,7 +574,7 @@ public class SOFA {
|
|
574
574
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000253)
|
575
575
|
*/
|
576
576
|
public static Resource tRNA() {
|
577
|
-
return _namespace_SOFA("
|
577
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000253");
|
578
578
|
}
|
579
579
|
|
580
580
|
/**
|
@@ -582,7 +582,7 @@ public class SOFA {
|
|
582
582
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000274)
|
583
583
|
*/
|
584
584
|
public static Resource snRNA() {
|
585
|
-
return _namespace_SOFA("
|
585
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000274");
|
586
586
|
}
|
587
587
|
|
588
588
|
/**
|
@@ -590,7 +590,7 @@ public class SOFA {
|
|
590
590
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000275)
|
591
591
|
*/
|
592
592
|
public static Resource snoRNA() {
|
593
|
-
return _namespace_SOFA("
|
593
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000275");
|
594
594
|
}
|
595
595
|
|
596
596
|
/**
|
@@ -598,7 +598,7 @@ public class SOFA {
|
|
598
598
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000276)
|
599
599
|
*/
|
600
600
|
public static Resource miRNA() {
|
601
|
-
return _namespace_SOFA("
|
601
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000276");
|
602
602
|
}
|
603
603
|
|
604
604
|
/**
|
@@ -606,7 +606,7 @@ public class SOFA {
|
|
606
606
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000289)
|
607
607
|
*/
|
608
608
|
public static Resource microsatellite() {
|
609
|
-
return _namespace_SOFA("
|
609
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000289");
|
610
610
|
}
|
611
611
|
|
612
612
|
/**
|
@@ -614,7 +614,7 @@ public class SOFA {
|
|
614
614
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000294)
|
615
615
|
*/
|
616
616
|
public static Resource inverted_repeat() {
|
617
|
-
return _namespace_SOFA("
|
617
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000294");
|
618
618
|
}
|
619
619
|
|
620
620
|
/**
|
@@ -622,7 +622,7 @@ public class SOFA {
|
|
622
622
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000296)
|
623
623
|
*/
|
624
624
|
public static Resource origin_of_replication() {
|
625
|
-
return _namespace_SOFA("
|
625
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000296");
|
626
626
|
}
|
627
627
|
|
628
628
|
/**
|
@@ -630,7 +630,7 @@ public class SOFA {
|
|
630
630
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000303)
|
631
631
|
*/
|
632
632
|
public static Resource clip() {
|
633
|
-
return _namespace_SOFA("
|
633
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000303");
|
634
634
|
}
|
635
635
|
|
636
636
|
/**
|
@@ -638,7 +638,7 @@ public class SOFA {
|
|
638
638
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000305)
|
639
639
|
*/
|
640
640
|
public static Resource modified_base() {
|
641
|
-
return _namespace_SOFA("
|
641
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000305");
|
642
642
|
}
|
643
643
|
|
644
644
|
/**
|
@@ -646,7 +646,7 @@ public class SOFA {
|
|
646
646
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000306)
|
647
647
|
*/
|
648
648
|
public static Resource methylated_base_feature() {
|
649
|
-
return _namespace_SOFA("
|
649
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000306");
|
650
650
|
}
|
651
651
|
|
652
652
|
/**
|
@@ -654,7 +654,7 @@ public class SOFA {
|
|
654
654
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000307)
|
655
655
|
*/
|
656
656
|
public static Resource CpG_island() {
|
657
|
-
return _namespace_SOFA("
|
657
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000307");
|
658
658
|
}
|
659
659
|
|
660
660
|
/**
|
@@ -662,7 +662,7 @@ public class SOFA {
|
|
662
662
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000314)
|
663
663
|
*/
|
664
664
|
public static Resource direct_repeat() {
|
665
|
-
return _namespace_SOFA("
|
665
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000314");
|
666
666
|
}
|
667
667
|
|
668
668
|
/**
|
@@ -670,7 +670,7 @@ public class SOFA {
|
|
670
670
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000315)
|
671
671
|
*/
|
672
672
|
public static Resource TSS() {
|
673
|
-
return _namespace_SOFA("
|
673
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000315");
|
674
674
|
}
|
675
675
|
|
676
676
|
/**
|
@@ -678,7 +678,7 @@ public class SOFA {
|
|
678
678
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000316)
|
679
679
|
*/
|
680
680
|
public static Resource CDS() {
|
681
|
-
return _namespace_SOFA("
|
681
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000316");
|
682
682
|
}
|
683
683
|
|
684
684
|
/**
|
@@ -686,7 +686,7 @@ public class SOFA {
|
|
686
686
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000318)
|
687
687
|
*/
|
688
688
|
public static Resource start_codon() {
|
689
|
-
return _namespace_SOFA("
|
689
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000318");
|
690
690
|
}
|
691
691
|
|
692
692
|
/**
|
@@ -694,7 +694,7 @@ public class SOFA {
|
|
694
694
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000319)
|
695
695
|
*/
|
696
696
|
public static Resource stop_codon() {
|
697
|
-
return _namespace_SOFA("
|
697
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000319");
|
698
698
|
}
|
699
699
|
|
700
700
|
/**
|
@@ -702,7 +702,7 @@ public class SOFA {
|
|
702
702
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000324)
|
703
703
|
*/
|
704
704
|
public static Resource tag() {
|
705
|
-
return _namespace_SOFA("
|
705
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000324");
|
706
706
|
}
|
707
707
|
|
708
708
|
/**
|
@@ -710,7 +710,7 @@ public class SOFA {
|
|
710
710
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000325)
|
711
711
|
*/
|
712
712
|
public static Resource rRNA_large_subunit_primary_transcript() {
|
713
|
-
return _namespace_SOFA("
|
713
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000325");
|
714
714
|
}
|
715
715
|
|
716
716
|
/**
|
@@ -718,7 +718,7 @@ public class SOFA {
|
|
718
718
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000326)
|
719
719
|
*/
|
720
720
|
public static Resource SAGE_tag() {
|
721
|
-
return _namespace_SOFA("
|
721
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000326");
|
722
722
|
}
|
723
723
|
|
724
724
|
/**
|
@@ -726,7 +726,7 @@ public class SOFA {
|
|
726
726
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000330)
|
727
727
|
*/
|
728
728
|
public static Resource conserved_region() {
|
729
|
-
return _namespace_SOFA("
|
729
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000330");
|
730
730
|
}
|
731
731
|
|
732
732
|
/**
|
@@ -734,7 +734,7 @@ public class SOFA {
|
|
734
734
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000331)
|
735
735
|
*/
|
736
736
|
public static Resource STS() {
|
737
|
-
return _namespace_SOFA("
|
737
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000331");
|
738
738
|
}
|
739
739
|
|
740
740
|
/**
|
@@ -742,7 +742,7 @@ public class SOFA {
|
|
742
742
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000332)
|
743
743
|
*/
|
744
744
|
public static Resource coding_conserved_region() {
|
745
|
-
return _namespace_SOFA("
|
745
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000332");
|
746
746
|
}
|
747
747
|
|
748
748
|
/**
|
@@ -750,7 +750,7 @@ public class SOFA {
|
|
750
750
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000333)
|
751
751
|
*/
|
752
752
|
public static Resource exon_junction() {
|
753
|
-
return _namespace_SOFA("
|
753
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000333");
|
754
754
|
}
|
755
755
|
|
756
756
|
/**
|
@@ -758,7 +758,7 @@ public class SOFA {
|
|
758
758
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000334)
|
759
759
|
*/
|
760
760
|
public static Resource nc_conserved_region() {
|
761
|
-
return _namespace_SOFA("
|
761
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000334");
|
762
762
|
}
|
763
763
|
|
764
764
|
/**
|
@@ -766,7 +766,7 @@ public class SOFA {
|
|
766
766
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000336)
|
767
767
|
*/
|
768
768
|
public static Resource pseudogene() {
|
769
|
-
return _namespace_SOFA("
|
769
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000336");
|
770
770
|
}
|
771
771
|
|
772
772
|
/**
|
@@ -774,7 +774,7 @@ public class SOFA {
|
|
774
774
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000337)
|
775
775
|
*/
|
776
776
|
public static Resource RNAi_reagent() {
|
777
|
-
return _namespace_SOFA("
|
777
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000337");
|
778
778
|
}
|
779
779
|
|
780
780
|
/**
|
@@ -782,7 +782,7 @@ public class SOFA {
|
|
782
782
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000340)
|
783
783
|
*/
|
784
784
|
public static Resource chromosome() {
|
785
|
-
return _namespace_SOFA("
|
785
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000340");
|
786
786
|
}
|
787
787
|
|
788
788
|
/**
|
@@ -790,7 +790,7 @@ public class SOFA {
|
|
790
790
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000341)
|
791
791
|
*/
|
792
792
|
public static Resource chromosome_band() {
|
793
|
-
return _namespace_SOFA("
|
793
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000341");
|
794
794
|
}
|
795
795
|
|
796
796
|
/**
|
@@ -798,7 +798,7 @@ public class SOFA {
|
|
798
798
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000343)
|
799
799
|
*/
|
800
800
|
public static Resource match() {
|
801
|
-
return _namespace_SOFA("
|
801
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000343");
|
802
802
|
}
|
803
803
|
|
804
804
|
/**
|
@@ -806,7 +806,7 @@ public class SOFA {
|
|
806
806
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000344)
|
807
807
|
*/
|
808
808
|
public static Resource splice_enhancer() {
|
809
|
-
return _namespace_SOFA("
|
809
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000344");
|
810
810
|
}
|
811
811
|
|
812
812
|
/**
|
@@ -814,7 +814,7 @@ public class SOFA {
|
|
814
814
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000345)
|
815
815
|
*/
|
816
816
|
public static Resource EST() {
|
817
|
-
return _namespace_SOFA("
|
817
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000345");
|
818
818
|
}
|
819
819
|
|
820
820
|
/**
|
@@ -822,7 +822,7 @@ public class SOFA {
|
|
822
822
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000347)
|
823
823
|
*/
|
824
824
|
public static Resource nucleotide_match() {
|
825
|
-
return _namespace_SOFA("
|
825
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000347");
|
826
826
|
}
|
827
827
|
|
828
828
|
/**
|
@@ -830,7 +830,7 @@ public class SOFA {
|
|
830
830
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000349)
|
831
831
|
*/
|
832
832
|
public static Resource protein_match() {
|
833
|
-
return _namespace_SOFA("
|
833
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000349");
|
834
834
|
}
|
835
835
|
|
836
836
|
/**
|
@@ -838,7 +838,7 @@ public class SOFA {
|
|
838
838
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000353)
|
839
839
|
*/
|
840
840
|
public static Resource sequence_assembly() {
|
841
|
-
return _namespace_SOFA("
|
841
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000353");
|
842
842
|
}
|
843
843
|
|
844
844
|
/**
|
@@ -846,7 +846,7 @@ public class SOFA {
|
|
846
846
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000360)
|
847
847
|
*/
|
848
848
|
public static Resource codon() {
|
849
|
-
return _namespace_SOFA("
|
849
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000360");
|
850
850
|
}
|
851
851
|
|
852
852
|
/**
|
@@ -854,7 +854,7 @@ public class SOFA {
|
|
854
854
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000366)
|
855
855
|
*/
|
856
856
|
public static Resource insertion_site() {
|
857
|
-
return _namespace_SOFA("
|
857
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000366");
|
858
858
|
}
|
859
859
|
|
860
860
|
/**
|
@@ -862,7 +862,7 @@ public class SOFA {
|
|
862
862
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000368)
|
863
863
|
*/
|
864
864
|
public static Resource transposable_element_insertion_site() {
|
865
|
-
return _namespace_SOFA("
|
865
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000368");
|
866
866
|
}
|
867
867
|
|
868
868
|
/**
|
@@ -870,7 +870,7 @@ public class SOFA {
|
|
870
870
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000370)
|
871
871
|
*/
|
872
872
|
public static Resource small_regulatory_ncRNA() {
|
873
|
-
return _namespace_SOFA("
|
873
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000370");
|
874
874
|
}
|
875
875
|
|
876
876
|
/**
|
@@ -878,7 +878,7 @@ public class SOFA {
|
|
878
878
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000372)
|
879
879
|
*/
|
880
880
|
public static Resource enzymatic_RNA() {
|
881
|
-
return _namespace_SOFA("
|
881
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000372");
|
882
882
|
}
|
883
883
|
|
884
884
|
/**
|
@@ -886,7 +886,7 @@ public class SOFA {
|
|
886
886
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000374)
|
887
887
|
*/
|
888
888
|
public static Resource ribozyme() {
|
889
|
-
return _namespace_SOFA("
|
889
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000374");
|
890
890
|
}
|
891
891
|
|
892
892
|
/**
|
@@ -894,7 +894,7 @@ public class SOFA {
|
|
894
894
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000375)
|
895
895
|
*/
|
896
896
|
public static Resource rRNA_5_8S() {
|
897
|
-
return _namespace_SOFA("
|
897
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000375");
|
898
898
|
}
|
899
899
|
|
900
900
|
/**
|
@@ -902,7 +902,7 @@ public class SOFA {
|
|
902
902
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000380)
|
903
903
|
*/
|
904
904
|
public static Resource hammerhead_ribozyme() {
|
905
|
-
return _namespace_SOFA("
|
905
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000380");
|
906
906
|
}
|
907
907
|
|
908
908
|
/**
|
@@ -910,7 +910,7 @@ public class SOFA {
|
|
910
910
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000385)
|
911
911
|
*/
|
912
912
|
public static Resource RNase_MRP_RNA() {
|
913
|
-
return _namespace_SOFA("
|
913
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000385");
|
914
914
|
}
|
915
915
|
|
916
916
|
/**
|
@@ -918,7 +918,7 @@ public class SOFA {
|
|
918
918
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000386)
|
919
919
|
*/
|
920
920
|
public static Resource RNase_P_RNA() {
|
921
|
-
return _namespace_SOFA("
|
921
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000386");
|
922
922
|
}
|
923
923
|
|
924
924
|
/**
|
@@ -926,7 +926,7 @@ public class SOFA {
|
|
926
926
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000390)
|
927
927
|
*/
|
928
928
|
public static Resource telomerase_RNA() {
|
929
|
-
return _namespace_SOFA("
|
929
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000390");
|
930
930
|
}
|
931
931
|
|
932
932
|
/**
|
@@ -934,7 +934,7 @@ public class SOFA {
|
|
934
934
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000391)
|
935
935
|
*/
|
936
936
|
public static Resource U1_snRNA() {
|
937
|
-
return _namespace_SOFA("
|
937
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000391");
|
938
938
|
}
|
939
939
|
|
940
940
|
/**
|
@@ -942,7 +942,7 @@ public class SOFA {
|
|
942
942
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000392)
|
943
943
|
*/
|
944
944
|
public static Resource U2_snRNA() {
|
945
|
-
return _namespace_SOFA("
|
945
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000392");
|
946
946
|
}
|
947
947
|
|
948
948
|
/**
|
@@ -950,7 +950,7 @@ public class SOFA {
|
|
950
950
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000393)
|
951
951
|
*/
|
952
952
|
public static Resource U4_snRNA() {
|
953
|
-
return _namespace_SOFA("
|
953
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000393");
|
954
954
|
}
|
955
955
|
|
956
956
|
/**
|
@@ -958,7 +958,7 @@ public class SOFA {
|
|
958
958
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000394)
|
959
959
|
*/
|
960
960
|
public static Resource U4atac_snRNA() {
|
961
|
-
return _namespace_SOFA("
|
961
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000394");
|
962
962
|
}
|
963
963
|
|
964
964
|
/**
|
@@ -966,7 +966,7 @@ public class SOFA {
|
|
966
966
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000395)
|
967
967
|
*/
|
968
968
|
public static Resource U5_snRNA() {
|
969
|
-
return _namespace_SOFA("
|
969
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000395");
|
970
970
|
}
|
971
971
|
|
972
972
|
/**
|
@@ -974,7 +974,7 @@ public class SOFA {
|
|
974
974
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000396)
|
975
975
|
*/
|
976
976
|
public static Resource U6_snRNA() {
|
977
|
-
return _namespace_SOFA("
|
977
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000396");
|
978
978
|
}
|
979
979
|
|
980
980
|
/**
|
@@ -982,7 +982,7 @@ public class SOFA {
|
|
982
982
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000397)
|
983
983
|
*/
|
984
984
|
public static Resource U6atac_snRNA() {
|
985
|
-
return _namespace_SOFA("
|
985
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000397");
|
986
986
|
}
|
987
987
|
|
988
988
|
/**
|
@@ -990,7 +990,7 @@ public class SOFA {
|
|
990
990
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000398)
|
991
991
|
*/
|
992
992
|
public static Resource U11_snRNA() {
|
993
|
-
return _namespace_SOFA("
|
993
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000398");
|
994
994
|
}
|
995
995
|
|
996
996
|
/**
|
@@ -998,7 +998,7 @@ public class SOFA {
|
|
998
998
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000399)
|
999
999
|
*/
|
1000
1000
|
public static Resource U12_snRNA() {
|
1001
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1001
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000399");
|
1002
1002
|
}
|
1003
1003
|
|
1004
1004
|
/**
|
@@ -1006,7 +1006,7 @@ public class SOFA {
|
|
1006
1006
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000403)
|
1007
1007
|
*/
|
1008
1008
|
public static Resource U14_snoRNA() {
|
1009
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1009
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000403");
|
1010
1010
|
}
|
1011
1011
|
|
1012
1012
|
/**
|
@@ -1014,7 +1014,7 @@ public class SOFA {
|
|
1014
1014
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000404)
|
1015
1015
|
*/
|
1016
1016
|
public static Resource vault_RNA() {
|
1017
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1017
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000404");
|
1018
1018
|
}
|
1019
1019
|
|
1020
1020
|
/**
|
@@ -1022,7 +1022,7 @@ public class SOFA {
|
|
1022
1022
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000405)
|
1023
1023
|
*/
|
1024
1024
|
public static Resource Y_RNA() {
|
1025
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1025
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000405");
|
1026
1026
|
}
|
1027
1027
|
|
1028
1028
|
/**
|
@@ -1030,7 +1030,7 @@ public class SOFA {
|
|
1030
1030
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000407)
|
1031
1031
|
*/
|
1032
1032
|
public static Resource rRNA_18S() {
|
1033
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1033
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000407");
|
1034
1034
|
}
|
1035
1035
|
|
1036
1036
|
/**
|
@@ -1038,7 +1038,7 @@ public class SOFA {
|
|
1038
1038
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000409)
|
1039
1039
|
*/
|
1040
1040
|
public static Resource binding_site() {
|
1041
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1041
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000409");
|
1042
1042
|
}
|
1043
1043
|
|
1044
1044
|
/**
|
@@ -1046,7 +1046,7 @@ public class SOFA {
|
|
1046
1046
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000410)
|
1047
1047
|
*/
|
1048
1048
|
public static Resource protein_binding_site() {
|
1049
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1049
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000410");
|
1050
1050
|
}
|
1051
1051
|
|
1052
1052
|
/**
|
@@ -1054,7 +1054,7 @@ public class SOFA {
|
|
1054
1054
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000412)
|
1055
1055
|
*/
|
1056
1056
|
public static Resource restriction_fragment() {
|
1057
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1057
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000412");
|
1058
1058
|
}
|
1059
1059
|
|
1060
1060
|
/**
|
@@ -1062,7 +1062,7 @@ public class SOFA {
|
|
1062
1062
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000413)
|
1063
1063
|
*/
|
1064
1064
|
public static Resource sequence_difference() {
|
1065
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1065
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000413");
|
1066
1066
|
}
|
1067
1067
|
|
1068
1068
|
/**
|
@@ -1070,7 +1070,7 @@ public class SOFA {
|
|
1070
1070
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000418)
|
1071
1071
|
*/
|
1072
1072
|
public static Resource signal_peptide() {
|
1073
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1073
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000418");
|
1074
1074
|
}
|
1075
1075
|
|
1076
1076
|
/**
|
@@ -1078,7 +1078,7 @@ public class SOFA {
|
|
1078
1078
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000419)
|
1079
1079
|
*/
|
1080
1080
|
public static Resource mature_protein_region() {
|
1081
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1081
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000419");
|
1082
1082
|
}
|
1083
1083
|
|
1084
1084
|
/**
|
@@ -1086,7 +1086,7 @@ public class SOFA {
|
|
1086
1086
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000436)
|
1087
1087
|
*/
|
1088
1088
|
public static Resource ARS() {
|
1089
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1089
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000436");
|
1090
1090
|
}
|
1091
1091
|
|
1092
1092
|
/**
|
@@ -1094,7 +1094,7 @@ public class SOFA {
|
|
1094
1094
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000441)
|
1095
1095
|
*/
|
1096
1096
|
public static Resource ss_oligo() {
|
1097
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1097
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000441");
|
1098
1098
|
}
|
1099
1099
|
|
1100
1100
|
/**
|
@@ -1102,7 +1102,7 @@ public class SOFA {
|
|
1102
1102
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000442)
|
1103
1103
|
*/
|
1104
1104
|
public static Resource ds_oligo() {
|
1105
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1105
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000442");
|
1106
1106
|
}
|
1107
1107
|
|
1108
1108
|
/**
|
@@ -1110,7 +1110,7 @@ public class SOFA {
|
|
1110
1110
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000454)
|
1111
1111
|
*/
|
1112
1112
|
public static Resource rasiRNA() {
|
1113
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1113
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000454");
|
1114
1114
|
}
|
1115
1115
|
|
1116
1116
|
/**
|
@@ -1118,7 +1118,7 @@ public class SOFA {
|
|
1118
1118
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000462)
|
1119
1119
|
*/
|
1120
1120
|
public static Resource pseudogenic_region() {
|
1121
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1121
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000462");
|
1122
1122
|
}
|
1123
1123
|
|
1124
1124
|
/**
|
@@ -1126,7 +1126,7 @@ public class SOFA {
|
|
1126
1126
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000464)
|
1127
1127
|
*/
|
1128
1128
|
public static Resource decayed_exon() {
|
1129
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1129
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000464");
|
1130
1130
|
}
|
1131
1131
|
|
1132
1132
|
/**
|
@@ -1134,7 +1134,7 @@ public class SOFA {
|
|
1134
1134
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000468)
|
1135
1135
|
*/
|
1136
1136
|
public static Resource golden_path_fragment() {
|
1137
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1137
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000468");
|
1138
1138
|
}
|
1139
1139
|
|
1140
1140
|
/**
|
@@ -1142,7 +1142,7 @@ public class SOFA {
|
|
1142
1142
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000472)
|
1143
1143
|
*/
|
1144
1144
|
public static Resource tiling_path() {
|
1145
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1145
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000472");
|
1146
1146
|
}
|
1147
1147
|
|
1148
1148
|
/**
|
@@ -1150,7 +1150,7 @@ public class SOFA {
|
|
1150
1150
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000474)
|
1151
1151
|
*/
|
1152
1152
|
public static Resource tiling_path_fragment() {
|
1153
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1153
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000474");
|
1154
1154
|
}
|
1155
1155
|
|
1156
1156
|
/**
|
@@ -1158,7 +1158,7 @@ public class SOFA {
|
|
1158
1158
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000483)
|
1159
1159
|
*/
|
1160
1160
|
public static Resource nc_primary_transcript() {
|
1161
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1161
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000483");
|
1162
1162
|
}
|
1163
1163
|
|
1164
1164
|
/**
|
@@ -1166,7 +1166,7 @@ public class SOFA {
|
|
1166
1166
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000484)
|
1167
1167
|
*/
|
1168
1168
|
public static Resource three_prime_coding_exon_noncoding_region() {
|
1169
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1169
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000484");
|
1170
1170
|
}
|
1171
1171
|
|
1172
1172
|
/**
|
@@ -1174,7 +1174,7 @@ public class SOFA {
|
|
1174
1174
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000486)
|
1175
1175
|
*/
|
1176
1176
|
public static Resource five_prime_coding_exon_noncoding_region() {
|
1177
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1177
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000486");
|
1178
1178
|
}
|
1179
1179
|
|
1180
1180
|
/**
|
@@ -1182,7 +1182,7 @@ public class SOFA {
|
|
1182
1182
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000499)
|
1183
1183
|
*/
|
1184
1184
|
public static Resource virtual_sequence() {
|
1185
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1185
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000499");
|
1186
1186
|
}
|
1187
1187
|
|
1188
1188
|
/**
|
@@ -1190,7 +1190,7 @@ public class SOFA {
|
|
1190
1190
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000502)
|
1191
1191
|
*/
|
1192
1192
|
public static Resource transcribed_region() {
|
1193
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1193
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000502");
|
1194
1194
|
}
|
1195
1195
|
|
1196
1196
|
/**
|
@@ -1198,7 +1198,7 @@ public class SOFA {
|
|
1198
1198
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000551)
|
1199
1199
|
*/
|
1200
1200
|
public static Resource polyA_signal_sequence() {
|
1201
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1201
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000551");
|
1202
1202
|
}
|
1203
1203
|
|
1204
1204
|
/**
|
@@ -1206,7 +1206,7 @@ public class SOFA {
|
|
1206
1206
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000553)
|
1207
1207
|
*/
|
1208
1208
|
public static Resource polyA_site() {
|
1209
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1209
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000553");
|
1210
1210
|
}
|
1211
1211
|
|
1212
1212
|
/**
|
@@ -1214,7 +1214,7 @@ public class SOFA {
|
|
1214
1214
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000577)
|
1215
1215
|
*/
|
1216
1216
|
public static Resource centromere() {
|
1217
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1217
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000577");
|
1218
1218
|
}
|
1219
1219
|
|
1220
1220
|
/**
|
@@ -1222,7 +1222,7 @@ public class SOFA {
|
|
1222
1222
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000581)
|
1223
1223
|
*/
|
1224
1224
|
public static Resource cap() {
|
1225
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1225
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000581");
|
1226
1226
|
}
|
1227
1227
|
|
1228
1228
|
/**
|
@@ -1230,7 +1230,7 @@ public class SOFA {
|
|
1230
1230
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000587)
|
1231
1231
|
*/
|
1232
1232
|
public static Resource group_I_intron() {
|
1233
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1233
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000587");
|
1234
1234
|
}
|
1235
1235
|
|
1236
1236
|
/**
|
@@ -1238,7 +1238,7 @@ public class SOFA {
|
|
1238
1238
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000588)
|
1239
1239
|
*/
|
1240
1240
|
public static Resource autocatalytically_spliced_intron() {
|
1241
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1241
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000588");
|
1242
1242
|
}
|
1243
1243
|
|
1244
1244
|
/**
|
@@ -1246,7 +1246,7 @@ public class SOFA {
|
|
1246
1246
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000590)
|
1247
1247
|
*/
|
1248
1248
|
public static Resource SRP_RNA() {
|
1249
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1249
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000590");
|
1250
1250
|
}
|
1251
1251
|
|
1252
1252
|
/**
|
@@ -1254,7 +1254,7 @@ public class SOFA {
|
|
1254
1254
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000593)
|
1255
1255
|
*/
|
1256
1256
|
public static Resource C_D_box_snoRNA() {
|
1257
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1257
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000593");
|
1258
1258
|
}
|
1259
1259
|
|
1260
1260
|
/**
|
@@ -1262,7 +1262,7 @@ public class SOFA {
|
|
1262
1262
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000602)
|
1263
1263
|
*/
|
1264
1264
|
public static Resource guide_RNA() {
|
1265
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1265
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000602");
|
1266
1266
|
}
|
1267
1267
|
|
1268
1268
|
/**
|
@@ -1270,7 +1270,7 @@ public class SOFA {
|
|
1270
1270
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000603)
|
1271
1271
|
*/
|
1272
1272
|
public static Resource group_II_intron() {
|
1273
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1273
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000603");
|
1274
1274
|
}
|
1275
1275
|
|
1276
1276
|
/**
|
@@ -1278,7 +1278,7 @@ public class SOFA {
|
|
1278
1278
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000605)
|
1279
1279
|
*/
|
1280
1280
|
public static Resource intergenic_region() {
|
1281
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1281
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000605");
|
1282
1282
|
}
|
1283
1283
|
|
1284
1284
|
/**
|
@@ -1286,7 +1286,7 @@ public class SOFA {
|
|
1286
1286
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000610)
|
1287
1287
|
*/
|
1288
1288
|
public static Resource polyA_sequence() {
|
1289
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1289
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000610");
|
1290
1290
|
}
|
1291
1291
|
|
1292
1292
|
/**
|
@@ -1294,7 +1294,7 @@ public class SOFA {
|
|
1294
1294
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000611)
|
1295
1295
|
*/
|
1296
1296
|
public static Resource branch_site() {
|
1297
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1297
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000611");
|
1298
1298
|
}
|
1299
1299
|
|
1300
1300
|
/**
|
@@ -1302,7 +1302,7 @@ public class SOFA {
|
|
1302
1302
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000612)
|
1303
1303
|
*/
|
1304
1304
|
public static Resource polypyrimidine_tract() {
|
1305
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1305
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000612");
|
1306
1306
|
}
|
1307
1307
|
|
1308
1308
|
/**
|
@@ -1310,7 +1310,7 @@ public class SOFA {
|
|
1310
1310
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000616)
|
1311
1311
|
*/
|
1312
1312
|
public static Resource transcription_end_site() {
|
1313
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1313
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000616");
|
1314
1314
|
}
|
1315
1315
|
|
1316
1316
|
/**
|
@@ -1318,7 +1318,7 @@ public class SOFA {
|
|
1318
1318
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000624)
|
1319
1319
|
*/
|
1320
1320
|
public static Resource telomere() {
|
1321
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1321
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000624");
|
1322
1322
|
}
|
1323
1323
|
|
1324
1324
|
/**
|
@@ -1326,7 +1326,7 @@ public class SOFA {
|
|
1326
1326
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000625)
|
1327
1327
|
*/
|
1328
1328
|
public static Resource silencer() {
|
1329
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1329
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000625");
|
1330
1330
|
}
|
1331
1331
|
|
1332
1332
|
/**
|
@@ -1334,11 +1334,11 @@ public class SOFA {
|
|
1334
1334
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000627)
|
1335
1335
|
*/
|
1336
1336
|
public static Resource insulator() {
|
1337
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1337
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000627");
|
1338
1338
|
}
|
1339
1339
|
|
1340
1340
|
public static Resource chromosomal_structural_element() {
|
1341
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1341
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000628");
|
1342
1342
|
}
|
1343
1343
|
|
1344
1344
|
/**
|
@@ -1346,7 +1346,7 @@ public class SOFA {
|
|
1346
1346
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000643)
|
1347
1347
|
*/
|
1348
1348
|
public static Resource minisatellite() {
|
1349
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1349
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000643");
|
1350
1350
|
}
|
1351
1351
|
|
1352
1352
|
/**
|
@@ -1354,7 +1354,7 @@ public class SOFA {
|
|
1354
1354
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000644)
|
1355
1355
|
*/
|
1356
1356
|
public static Resource antisense_RNA() {
|
1357
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1357
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000644");
|
1358
1358
|
}
|
1359
1359
|
|
1360
1360
|
/**
|
@@ -1362,7 +1362,7 @@ public class SOFA {
|
|
1362
1362
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000645)
|
1363
1363
|
*/
|
1364
1364
|
public static Resource antisense_primary_transcript() {
|
1365
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1365
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000645");
|
1366
1366
|
}
|
1367
1367
|
|
1368
1368
|
/**
|
@@ -1370,7 +1370,7 @@ public class SOFA {
|
|
1370
1370
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000646)
|
1371
1371
|
*/
|
1372
1372
|
public static Resource siRNA() {
|
1373
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1373
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000646");
|
1374
1374
|
}
|
1375
1375
|
|
1376
1376
|
/**
|
@@ -1378,7 +1378,7 @@ public class SOFA {
|
|
1378
1378
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000649)
|
1379
1379
|
*/
|
1380
1380
|
public static Resource stRNA() {
|
1381
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1381
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000649");
|
1382
1382
|
}
|
1383
1383
|
|
1384
1384
|
/**
|
@@ -1386,7 +1386,7 @@ public class SOFA {
|
|
1386
1386
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000650)
|
1387
1387
|
*/
|
1388
1388
|
public static Resource small_subunit_rRNA() {
|
1389
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1389
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000650");
|
1390
1390
|
}
|
1391
1391
|
|
1392
1392
|
/**
|
@@ -1394,7 +1394,7 @@ public class SOFA {
|
|
1394
1394
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000651)
|
1395
1395
|
*/
|
1396
1396
|
public static Resource large_subunit_rRNA() {
|
1397
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1397
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000651");
|
1398
1398
|
}
|
1399
1399
|
|
1400
1400
|
/**
|
@@ -1402,7 +1402,7 @@ public class SOFA {
|
|
1402
1402
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000652)
|
1403
1403
|
*/
|
1404
1404
|
public static Resource rRNA_5S() {
|
1405
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1405
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000652");
|
1406
1406
|
}
|
1407
1407
|
|
1408
1408
|
/**
|
@@ -1410,7 +1410,7 @@ public class SOFA {
|
|
1410
1410
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000653)
|
1411
1411
|
*/
|
1412
1412
|
public static Resource rRNA_28S() {
|
1413
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1413
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000653");
|
1414
1414
|
}
|
1415
1415
|
|
1416
1416
|
/**
|
@@ -1418,7 +1418,7 @@ public class SOFA {
|
|
1418
1418
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000655)
|
1419
1419
|
*/
|
1420
1420
|
public static Resource ncRNA() {
|
1421
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1421
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000655");
|
1422
1422
|
}
|
1423
1423
|
|
1424
1424
|
/**
|
@@ -1426,7 +1426,7 @@ public class SOFA {
|
|
1426
1426
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000657)
|
1427
1427
|
*/
|
1428
1428
|
public static Resource repeat_region() {
|
1429
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1429
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000657");
|
1430
1430
|
}
|
1431
1431
|
|
1432
1432
|
/**
|
@@ -1434,7 +1434,7 @@ public class SOFA {
|
|
1434
1434
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000658)
|
1435
1435
|
*/
|
1436
1436
|
public static Resource dispersed_repeat() {
|
1437
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1437
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000658");
|
1438
1438
|
}
|
1439
1439
|
|
1440
1440
|
/**
|
@@ -1442,7 +1442,7 @@ public class SOFA {
|
|
1442
1442
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000662)
|
1443
1443
|
*/
|
1444
1444
|
public static Resource spliceosomal_intron() {
|
1445
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1445
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000662");
|
1446
1446
|
}
|
1447
1447
|
|
1448
1448
|
/**
|
@@ -1450,7 +1450,7 @@ public class SOFA {
|
|
1450
1450
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000667)
|
1451
1451
|
*/
|
1452
1452
|
public static Resource insertion() {
|
1453
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1453
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000667");
|
1454
1454
|
}
|
1455
1455
|
|
1456
1456
|
/**
|
@@ -1458,7 +1458,7 @@ public class SOFA {
|
|
1458
1458
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000668)
|
1459
1459
|
*/
|
1460
1460
|
public static Resource EST_match() {
|
1461
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1461
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000668");
|
1462
1462
|
}
|
1463
1463
|
|
1464
1464
|
/**
|
@@ -1466,7 +1466,7 @@ public class SOFA {
|
|
1466
1466
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000673)
|
1467
1467
|
*/
|
1468
1468
|
public static Resource transcript() {
|
1469
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1469
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000673");
|
1470
1470
|
}
|
1471
1471
|
|
1472
1472
|
/**
|
@@ -1474,7 +1474,7 @@ public class SOFA {
|
|
1474
1474
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000684)
|
1475
1475
|
*/
|
1476
1476
|
public static Resource nuclease_sensitive_site() {
|
1477
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1477
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000684");
|
1478
1478
|
}
|
1479
1479
|
|
1480
1480
|
/**
|
@@ -1482,7 +1482,7 @@ public class SOFA {
|
|
1482
1482
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000687)
|
1483
1483
|
*/
|
1484
1484
|
public static Resource deletion_junction() {
|
1485
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1485
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000687");
|
1486
1486
|
}
|
1487
1487
|
|
1488
1488
|
/**
|
@@ -1490,7 +1490,7 @@ public class SOFA {
|
|
1490
1490
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000688)
|
1491
1491
|
*/
|
1492
1492
|
public static Resource golden_path() {
|
1493
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1493
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000688");
|
1494
1494
|
}
|
1495
1495
|
|
1496
1496
|
/**
|
@@ -1498,7 +1498,7 @@ public class SOFA {
|
|
1498
1498
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000689)
|
1499
1499
|
*/
|
1500
1500
|
public static Resource cDNA_match() {
|
1501
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1501
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000689");
|
1502
1502
|
}
|
1503
1503
|
|
1504
1504
|
/**
|
@@ -1506,7 +1506,7 @@ public class SOFA {
|
|
1506
1506
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000694)
|
1507
1507
|
*/
|
1508
1508
|
public static Resource SNP() {
|
1509
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1509
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000694");
|
1510
1510
|
}
|
1511
1511
|
|
1512
1512
|
/**
|
@@ -1514,7 +1514,7 @@ public class SOFA {
|
|
1514
1514
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000695)
|
1515
1515
|
*/
|
1516
1516
|
public static Resource reagent() {
|
1517
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1517
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000695");
|
1518
1518
|
}
|
1519
1519
|
|
1520
1520
|
/**
|
@@ -1522,7 +1522,7 @@ public class SOFA {
|
|
1522
1522
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000696)
|
1523
1523
|
*/
|
1524
1524
|
public static Resource oligo() {
|
1525
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1525
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000696");
|
1526
1526
|
}
|
1527
1527
|
|
1528
1528
|
/**
|
@@ -1530,7 +1530,7 @@ public class SOFA {
|
|
1530
1530
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000699)
|
1531
1531
|
*/
|
1532
1532
|
public static Resource junction() {
|
1533
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1533
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000699");
|
1534
1534
|
}
|
1535
1535
|
|
1536
1536
|
/**
|
@@ -1538,7 +1538,7 @@ public class SOFA {
|
|
1538
1538
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000700)
|
1539
1539
|
*/
|
1540
1540
|
public static Resource remark() {
|
1541
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1541
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000700");
|
1542
1542
|
}
|
1543
1543
|
|
1544
1544
|
/**
|
@@ -1546,7 +1546,7 @@ public class SOFA {
|
|
1546
1546
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000701)
|
1547
1547
|
*/
|
1548
1548
|
public static Resource possible_base_call_error() {
|
1549
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1549
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000701");
|
1550
1550
|
}
|
1551
1551
|
|
1552
1552
|
/**
|
@@ -1554,7 +1554,7 @@ public class SOFA {
|
|
1554
1554
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000702)
|
1555
1555
|
*/
|
1556
1556
|
public static Resource possible_assembly_error() {
|
1557
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1557
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000702");
|
1558
1558
|
}
|
1559
1559
|
|
1560
1560
|
/**
|
@@ -1562,7 +1562,7 @@ public class SOFA {
|
|
1562
1562
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000703)
|
1563
1563
|
*/
|
1564
1564
|
public static Resource experimental_result_region() {
|
1565
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1565
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000703");
|
1566
1566
|
}
|
1567
1567
|
|
1568
1568
|
/**
|
@@ -1570,7 +1570,7 @@ public class SOFA {
|
|
1570
1570
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000704)
|
1571
1571
|
*/
|
1572
1572
|
public static Resource gene() {
|
1573
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1573
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000704");
|
1574
1574
|
}
|
1575
1575
|
|
1576
1576
|
/**
|
@@ -1578,7 +1578,7 @@ public class SOFA {
|
|
1578
1578
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000705)
|
1579
1579
|
*/
|
1580
1580
|
public static Resource tandem_repeat() {
|
1581
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1581
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000705");
|
1582
1582
|
}
|
1583
1583
|
|
1584
1584
|
/**
|
@@ -1586,7 +1586,7 @@ public class SOFA {
|
|
1586
1586
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000706)
|
1587
1587
|
*/
|
1588
1588
|
public static Resource trans_splice_acceptor_site() {
|
1589
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1589
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000706");
|
1590
1590
|
}
|
1591
1591
|
|
1592
1592
|
/**
|
@@ -1594,7 +1594,7 @@ public class SOFA {
|
|
1594
1594
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000714)
|
1595
1595
|
*/
|
1596
1596
|
public static Resource nucleotide_motif() {
|
1597
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1597
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000714");
|
1598
1598
|
}
|
1599
1599
|
|
1600
1600
|
/**
|
@@ -1602,7 +1602,7 @@ public class SOFA {
|
|
1602
1602
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000715)
|
1603
1603
|
*/
|
1604
1604
|
public static Resource RNA_motif() {
|
1605
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1605
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000715");
|
1606
1606
|
}
|
1607
1607
|
|
1608
1608
|
/**
|
@@ -1610,7 +1610,7 @@ public class SOFA {
|
|
1610
1610
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000717)
|
1611
1611
|
*/
|
1612
1612
|
public static Resource reading_frame() {
|
1613
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1613
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000717");
|
1614
1614
|
}
|
1615
1615
|
|
1616
1616
|
/**
|
@@ -1618,7 +1618,7 @@ public class SOFA {
|
|
1618
1618
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000719)
|
1619
1619
|
*/
|
1620
1620
|
public static Resource ultracontig() {
|
1621
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1621
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000719");
|
1622
1622
|
}
|
1623
1623
|
|
1624
1624
|
/**
|
@@ -1626,7 +1626,7 @@ public class SOFA {
|
|
1626
1626
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000724)
|
1627
1627
|
*/
|
1628
1628
|
public static Resource oriT() {
|
1629
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1629
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000724");
|
1630
1630
|
}
|
1631
1631
|
|
1632
1632
|
/**
|
@@ -1634,7 +1634,7 @@ public class SOFA {
|
|
1634
1634
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000725)
|
1635
1635
|
*/
|
1636
1636
|
public static Resource transit_peptide() {
|
1637
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1637
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000725");
|
1638
1638
|
}
|
1639
1639
|
|
1640
1640
|
/**
|
@@ -1642,7 +1642,7 @@ public class SOFA {
|
|
1642
1642
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000727)
|
1643
1643
|
*/
|
1644
1644
|
public static Resource CRM() {
|
1645
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1645
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000727");
|
1646
1646
|
}
|
1647
1647
|
|
1648
1648
|
/**
|
@@ -1650,11 +1650,11 @@ public class SOFA {
|
|
1650
1650
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000730)
|
1651
1651
|
*/
|
1652
1652
|
public static Resource gap() {
|
1653
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1653
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000730");
|
1654
1654
|
}
|
1655
1655
|
|
1656
1656
|
public static Resource gene_group_regulatory_region() {
|
1657
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1657
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000752");
|
1658
1658
|
}
|
1659
1659
|
|
1660
1660
|
/**
|
@@ -1662,7 +1662,7 @@ public class SOFA {
|
|
1662
1662
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000753)
|
1663
1663
|
*/
|
1664
1664
|
public static Resource clone_insert() {
|
1665
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1665
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000753");
|
1666
1666
|
}
|
1667
1667
|
|
1668
1668
|
/**
|
@@ -1670,7 +1670,7 @@ public class SOFA {
|
|
1670
1670
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000777)
|
1671
1671
|
*/
|
1672
1672
|
public static Resource pseudogenic_rRNA() {
|
1673
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1673
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000777");
|
1674
1674
|
}
|
1675
1675
|
|
1676
1676
|
/**
|
@@ -1678,7 +1678,7 @@ public class SOFA {
|
|
1678
1678
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000778)
|
1679
1679
|
*/
|
1680
1680
|
public static Resource pseudogenic_tRNA() {
|
1681
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1681
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000778");
|
1682
1682
|
}
|
1683
1683
|
|
1684
1684
|
/**
|
@@ -1686,7 +1686,7 @@ public class SOFA {
|
|
1686
1686
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000830)
|
1687
1687
|
*/
|
1688
1688
|
public static Resource chromosome_part() {
|
1689
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1689
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000830");
|
1690
1690
|
}
|
1691
1691
|
|
1692
1692
|
/**
|
@@ -1694,7 +1694,7 @@ public class SOFA {
|
|
1694
1694
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000831)
|
1695
1695
|
*/
|
1696
1696
|
public static Resource gene_member_region() {
|
1697
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1697
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000831");
|
1698
1698
|
}
|
1699
1699
|
|
1700
1700
|
/**
|
@@ -1702,7 +1702,7 @@ public class SOFA {
|
|
1702
1702
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000833)
|
1703
1703
|
*/
|
1704
1704
|
public static Resource transcript_region() {
|
1705
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1705
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000833");
|
1706
1706
|
}
|
1707
1707
|
|
1708
1708
|
/**
|
@@ -1710,7 +1710,7 @@ public class SOFA {
|
|
1710
1710
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000834)
|
1711
1711
|
*/
|
1712
1712
|
public static Resource mature_transcript_region() {
|
1713
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1713
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000834");
|
1714
1714
|
}
|
1715
1715
|
|
1716
1716
|
/**
|
@@ -1718,7 +1718,7 @@ public class SOFA {
|
|
1718
1718
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000835)
|
1719
1719
|
*/
|
1720
1720
|
public static Resource primary_transcript_region() {
|
1721
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1721
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000835");
|
1722
1722
|
}
|
1723
1723
|
|
1724
1724
|
/**
|
@@ -1726,7 +1726,7 @@ public class SOFA {
|
|
1726
1726
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000836)
|
1727
1727
|
*/
|
1728
1728
|
public static Resource mRNA_region() {
|
1729
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1729
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000836");
|
1730
1730
|
}
|
1731
1731
|
|
1732
1732
|
/**
|
@@ -1734,7 +1734,7 @@ public class SOFA {
|
|
1734
1734
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000837)
|
1735
1735
|
*/
|
1736
1736
|
public static Resource UTR_region() {
|
1737
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1737
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000837");
|
1738
1738
|
}
|
1739
1739
|
|
1740
1740
|
/**
|
@@ -1742,7 +1742,7 @@ public class SOFA {
|
|
1742
1742
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000839)
|
1743
1743
|
*/
|
1744
1744
|
public static Resource polypeptide_region() {
|
1745
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1745
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000839");
|
1746
1746
|
}
|
1747
1747
|
|
1748
1748
|
/**
|
@@ -1750,11 +1750,11 @@ public class SOFA {
|
|
1750
1750
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000841)
|
1751
1751
|
*/
|
1752
1752
|
public static Resource spliceosomal_intron_region() {
|
1753
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1753
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000841");
|
1754
1754
|
}
|
1755
1755
|
|
1756
1756
|
public static Resource gene_component_region() {
|
1757
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1757
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000842");
|
1758
1758
|
}
|
1759
1759
|
|
1760
1760
|
/**
|
@@ -1762,7 +1762,7 @@ public class SOFA {
|
|
1762
1762
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000851)
|
1763
1763
|
*/
|
1764
1764
|
public static Resource CDS_region() {
|
1765
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1765
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000851");
|
1766
1766
|
}
|
1767
1767
|
|
1768
1768
|
/**
|
@@ -1770,7 +1770,7 @@ public class SOFA {
|
|
1770
1770
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000852)
|
1771
1771
|
*/
|
1772
1772
|
public static Resource exon_region() {
|
1773
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1773
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0000852");
|
1774
1774
|
}
|
1775
1775
|
|
1776
1776
|
/**
|
@@ -1778,7 +1778,7 @@ public class SOFA {
|
|
1778
1778
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001000)
|
1779
1779
|
*/
|
1780
1780
|
public static Resource rRNA_16S() {
|
1781
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1781
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001000");
|
1782
1782
|
}
|
1783
1783
|
|
1784
1784
|
/**
|
@@ -1786,7 +1786,7 @@ public class SOFA {
|
|
1786
1786
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001001)
|
1787
1787
|
*/
|
1788
1788
|
public static Resource rRNA_23S() {
|
1789
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1789
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001001");
|
1790
1790
|
}
|
1791
1791
|
|
1792
1792
|
/**
|
@@ -1794,7 +1794,7 @@ public class SOFA {
|
|
1794
1794
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001002)
|
1795
1795
|
*/
|
1796
1796
|
public static Resource rRNA_25S() {
|
1797
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1797
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001002");
|
1798
1798
|
}
|
1799
1799
|
|
1800
1800
|
/**
|
@@ -1802,7 +1802,7 @@ public class SOFA {
|
|
1802
1802
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001019)
|
1803
1803
|
*/
|
1804
1804
|
public static Resource copy_number_variation() {
|
1805
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1805
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001019");
|
1806
1806
|
}
|
1807
1807
|
|
1808
1808
|
/**
|
@@ -1810,7 +1810,7 @@ public class SOFA {
|
|
1810
1810
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001037)
|
1811
1811
|
*/
|
1812
1812
|
public static Resource mobile_genetic_element() {
|
1813
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1813
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001037");
|
1814
1814
|
}
|
1815
1815
|
|
1816
1816
|
/**
|
@@ -1818,7 +1818,7 @@ public class SOFA {
|
|
1818
1818
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001039)
|
1819
1819
|
*/
|
1820
1820
|
public static Resource integrated_mobile_genetic_element() {
|
1821
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1821
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001039");
|
1822
1822
|
}
|
1823
1823
|
|
1824
1824
|
/**
|
@@ -1826,7 +1826,7 @@ public class SOFA {
|
|
1826
1826
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001055)
|
1827
1827
|
*/
|
1828
1828
|
public static Resource transcriptional_cis_regulatory_region() {
|
1829
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1829
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001055");
|
1830
1830
|
}
|
1831
1831
|
|
1832
1832
|
/**
|
@@ -1834,7 +1834,7 @@ public class SOFA {
|
|
1834
1834
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001056)
|
1835
1835
|
*/
|
1836
1836
|
public static Resource splicing_regulatory_region() {
|
1837
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1837
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001056");
|
1838
1838
|
}
|
1839
1839
|
|
1840
1840
|
/**
|
@@ -1842,7 +1842,7 @@ public class SOFA {
|
|
1842
1842
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001059)
|
1843
1843
|
*/
|
1844
1844
|
public static Resource sequence_alteration() {
|
1845
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1845
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001059");
|
1846
1846
|
}
|
1847
1847
|
|
1848
1848
|
/**
|
@@ -1850,7 +1850,7 @@ public class SOFA {
|
|
1850
1850
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001063)
|
1851
1851
|
*/
|
1852
1852
|
public static Resource immature_peptide_region() {
|
1853
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1853
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001063");
|
1854
1854
|
}
|
1855
1855
|
|
1856
1856
|
/**
|
@@ -1858,7 +1858,7 @@ public class SOFA {
|
|
1858
1858
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001214)
|
1859
1859
|
*/
|
1860
1860
|
public static Resource noncoding_region_of_exon() {
|
1861
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1861
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001214");
|
1862
1862
|
}
|
1863
1863
|
|
1864
1864
|
/**
|
@@ -1866,7 +1866,7 @@ public class SOFA {
|
|
1866
1866
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001215)
|
1867
1867
|
*/
|
1868
1868
|
public static Resource coding_region_of_exon() {
|
1869
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1869
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001215");
|
1870
1870
|
}
|
1871
1871
|
|
1872
1872
|
/**
|
@@ -1874,7 +1874,7 @@ public class SOFA {
|
|
1874
1874
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001235)
|
1875
1875
|
*/
|
1876
1876
|
public static Resource replicon() {
|
1877
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1877
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001235");
|
1878
1878
|
}
|
1879
1879
|
|
1880
1880
|
/**
|
@@ -1882,7 +1882,7 @@ public class SOFA {
|
|
1882
1882
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001236)
|
1883
1883
|
*/
|
1884
1884
|
public static Resource base() {
|
1885
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1885
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001236");
|
1886
1886
|
}
|
1887
1887
|
|
1888
1888
|
/**
|
@@ -1890,7 +1890,7 @@ public class SOFA {
|
|
1890
1890
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001248)
|
1891
1891
|
*/
|
1892
1892
|
public static Resource assembly() {
|
1893
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1893
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001248");
|
1894
1894
|
}
|
1895
1895
|
|
1896
1896
|
/**
|
@@ -1898,7 +1898,7 @@ public class SOFA {
|
|
1898
1898
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001409)
|
1899
1899
|
*/
|
1900
1900
|
public static Resource biomaterial_region() {
|
1901
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1901
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001409");
|
1902
1902
|
}
|
1903
1903
|
|
1904
1904
|
/**
|
@@ -1906,7 +1906,7 @@ public class SOFA {
|
|
1906
1906
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001410)
|
1907
1907
|
*/
|
1908
1908
|
public static Resource experimental_feature() {
|
1909
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1909
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001410");
|
1910
1910
|
}
|
1911
1911
|
|
1912
1912
|
/**
|
@@ -1914,7 +1914,7 @@ public class SOFA {
|
|
1914
1914
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001411)
|
1915
1915
|
*/
|
1916
1916
|
public static Resource biological_region() {
|
1917
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1917
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001411");
|
1918
1918
|
}
|
1919
1919
|
|
1920
1920
|
/**
|
@@ -1922,7 +1922,7 @@ public class SOFA {
|
|
1922
1922
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001412)
|
1923
1923
|
*/
|
1924
1924
|
public static Resource topologically_defined_region() {
|
1925
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1925
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001412");
|
1926
1926
|
}
|
1927
1927
|
|
1928
1928
|
/**
|
@@ -1930,7 +1930,7 @@ public class SOFA {
|
|
1930
1930
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001419)
|
1931
1931
|
*/
|
1932
1932
|
public static Resource cis_splice_site() {
|
1933
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1933
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001419");
|
1934
1934
|
}
|
1935
1935
|
|
1936
1936
|
/**
|
@@ -1938,7 +1938,7 @@ public class SOFA {
|
|
1938
1938
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001420)
|
1939
1939
|
*/
|
1940
1940
|
public static Resource trans_splice_site() {
|
1941
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1941
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001420");
|
1942
1942
|
}
|
1943
1943
|
|
1944
1944
|
/**
|
@@ -1946,7 +1946,7 @@ public class SOFA {
|
|
1946
1946
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001483)
|
1947
1947
|
*/
|
1948
1948
|
public static Resource SNV() {
|
1949
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1949
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001483");
|
1950
1950
|
}
|
1951
1951
|
|
1952
1952
|
/**
|
@@ -1954,7 +1954,7 @@ public class SOFA {
|
|
1954
1954
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001527)
|
1955
1955
|
*/
|
1956
1956
|
public static Resource peptide_localization_signal() {
|
1957
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1957
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001527");
|
1958
1958
|
}
|
1959
1959
|
|
1960
1960
|
/**
|
@@ -1962,7 +1962,7 @@ public class SOFA {
|
|
1962
1962
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001647)
|
1963
1963
|
*/
|
1964
1964
|
public static Resource kozak_sequence() {
|
1965
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1965
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001647");
|
1966
1966
|
}
|
1967
1967
|
|
1968
1968
|
/**
|
@@ -1970,7 +1970,7 @@ public class SOFA {
|
|
1970
1970
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001654)
|
1971
1971
|
*/
|
1972
1972
|
public static Resource nucleotide_to_protein_binding_site() {
|
1973
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1973
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001654");
|
1974
1974
|
}
|
1975
1975
|
|
1976
1976
|
/**
|
@@ -1978,7 +1978,7 @@ public class SOFA {
|
|
1978
1978
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001679)
|
1979
1979
|
*/
|
1980
1980
|
public static Resource transcription_regulatory_region() {
|
1981
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1981
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001679");
|
1982
1982
|
}
|
1983
1983
|
|
1984
1984
|
/**
|
@@ -1986,7 +1986,7 @@ public class SOFA {
|
|
1986
1986
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001683)
|
1987
1987
|
*/
|
1988
1988
|
public static Resource sequence_motif() {
|
1989
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1989
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001683");
|
1990
1990
|
}
|
1991
1991
|
|
1992
1992
|
/**
|
@@ -1994,7 +1994,7 @@ public class SOFA {
|
|
1994
1994
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001720)
|
1995
1995
|
*/
|
1996
1996
|
public static Resource epigenetically_modified_region() {
|
1997
|
-
return _namespace_SOFA("
|
1997
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001720");
|
1998
1998
|
}
|
1999
1999
|
|
2000
2000
|
/**
|
@@ -2002,7 +2002,7 @@ public class SOFA {
|
|
2002
2002
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001790)
|
2003
2003
|
*/
|
2004
2004
|
public static Resource paired_end_fragment() {
|
2005
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2005
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0001790");
|
2006
2006
|
}
|
2007
2007
|
|
2008
2008
|
/**
|
@@ -2010,7 +2010,7 @@ public class SOFA {
|
|
2010
2010
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0005836)
|
2011
2011
|
*/
|
2012
2012
|
public static Resource regulatory_region() {
|
2013
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2013
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0005836");
|
2014
2014
|
}
|
2015
2015
|
|
2016
2016
|
/**
|
@@ -2018,7 +2018,7 @@ public class SOFA {
|
|
2018
2018
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0005855)
|
2019
2019
|
*/
|
2020
2020
|
public static Resource gene_group() {
|
2021
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2021
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0005855");
|
2022
2022
|
}
|
2023
2023
|
|
2024
2024
|
/**
|
@@ -2026,7 +2026,7 @@ public class SOFA {
|
|
2026
2026
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0100011)
|
2027
2027
|
*/
|
2028
2028
|
public static Resource cleaved_peptide_region() {
|
2029
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2029
|
+
return _namespace_SOFA("SO_0100011");
|
2030
2030
|
}
|
2031
2031
|
|
2032
2032
|
/**
|
@@ -2034,7 +2034,7 @@ public class SOFA {
|
|
2034
2034
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_1000002)
|
2035
2035
|
*/
|
2036
2036
|
public static Resource substitution() {
|
2037
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2037
|
+
return _namespace_SOFA("SO_1000002");
|
2038
2038
|
}
|
2039
2039
|
|
2040
2040
|
/**
|
@@ -2042,7 +2042,7 @@ public class SOFA {
|
|
2042
2042
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_1000005)
|
2043
2043
|
*/
|
2044
2044
|
public static Resource complex_substitution() {
|
2045
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2045
|
+
return _namespace_SOFA("SO_1000005");
|
2046
2046
|
}
|
2047
2047
|
|
2048
2048
|
/**
|
@@ -2050,7 +2050,7 @@ public class SOFA {
|
|
2050
2050
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_1000008)
|
2051
2051
|
*/
|
2052
2052
|
public static Resource point_mutation() {
|
2053
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2053
|
+
return _namespace_SOFA("SO_1000008");
|
2054
2054
|
}
|
2055
2055
|
|
2056
2056
|
/**
|
@@ -2058,7 +2058,7 @@ public class SOFA {
|
|
2058
2058
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_1000036)
|
2059
2059
|
*/
|
2060
2060
|
public static Resource inversion() {
|
2061
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2061
|
+
return _namespace_SOFA("SO_1000036");
|
2062
2062
|
}
|
2063
2063
|
|
2064
2064
|
/**
|
@@ -2066,7 +2066,7 @@ public class SOFA {
|
|
2066
2066
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_1001284)
|
2067
2067
|
*/
|
2068
2068
|
public static Resource regulon() {
|
2069
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2069
|
+
return _namespace_SOFA("SO_1001284");
|
2070
2070
|
}
|
2071
2071
|
|
2072
2072
|
/**
|
@@ -2074,7 +2074,7 @@ public class SOFA {
|
|
2074
2074
|
* (http://purl.obolibrary.org/obo/SO_2000061)
|
2075
2075
|
*/
|
2076
2076
|
public static Resource databank_entry() {
|
2077
|
-
return _namespace_SOFA("
|
2077
|
+
return _namespace_SOFA("SO_2000061");
|
2078
2078
|
}
|
2079
2079
|
|
2080
2080
|
/**
|
@@ -2083,55 +2083,55 @@ public class SOFA {
|
|
2083
2083
|
* @param uri URI that is tested for being an object property
|
2084
2084
|
*/
|
2085
2085
|
public static boolean isObjectProperty(Resource uri) {
|
2086
|
-
if (uri
|
2086
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:adjacent_to"))) {
|
2087
2087
|
return true;
|
2088
2088
|
}
|
2089
|
-
if (uri
|
2089
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:complete_evidence_for_feature"))) {
|
2090
2090
|
return true;
|
2091
2091
|
}
|
2092
|
-
if (uri
|
2092
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:contained_by"))) {
|
2093
2093
|
return true;
|
2094
2094
|
}
|
2095
|
-
if (uri
|
2095
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:contains"))) {
|
2096
2096
|
return true;
|
2097
2097
|
}
|
2098
|
-
if (uri
|
2098
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:derives_from"))) {
|
2099
2099
|
return true;
|
2100
2100
|
}
|
2101
|
-
if (uri
|
2101
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:evidence_for_feature"))) {
|
2102
2102
|
return true;
|
2103
2103
|
}
|
2104
|
-
if (uri
|
2104
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:has_integral_part"))) {
|
2105
2105
|
return true;
|
2106
2106
|
}
|
2107
|
-
if (uri
|
2107
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:has_part"))) {
|
2108
2108
|
return true;
|
2109
2109
|
}
|
2110
|
-
if (uri
|
2110
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:homologous_to"))) {
|
2111
2111
|
return true;
|
2112
2112
|
}
|
2113
|
-
if (uri
|
2113
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:integral_part_of"))) {
|
2114
2114
|
return true;
|
2115
2115
|
}
|
2116
|
-
if (uri
|
2116
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:member_of"))) {
|
2117
2117
|
return true;
|
2118
2118
|
}
|
2119
|
-
if (uri
|
2119
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:non_functional_homolog_of"))) {
|
2120
2120
|
return true;
|
2121
2121
|
}
|
2122
|
-
if (uri
|
2122
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:orthologous_to"))) {
|
2123
2123
|
return true;
|
2124
2124
|
}
|
2125
|
-
if (uri
|
2125
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:paralogous_to"))) {
|
2126
2126
|
return true;
|
2127
2127
|
}
|
2128
|
-
if (uri
|
2128
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:part_of"))) {
|
2129
2129
|
return true;
|
2130
2130
|
}
|
2131
|
-
if (uri
|
2131
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:partial_evidence_for_feature"))) {
|
2132
2132
|
return true;
|
2133
2133
|
}
|
2134
|
-
if (uri
|
2134
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("http_//purl.org/obo/owl:similar_to"))) {
|
2135
2135
|
return true;
|
2136
2136
|
}
|
2137
2137
|
return false;
|
@@ -2152,760 +2152,760 @@ public class SOFA {
|
|
2152
2152
|
* @param uri URI that is tested for being a class
|
2153
2153
|
*/
|
2154
2154
|
public static boolean isClass(Resource uri) {
|
2155
|
-
if (uri
|
2155
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000000"))) {
|
2156
2156
|
return true;
|
2157
2157
|
}
|
2158
|
-
if (uri
|
2158
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000001"))) {
|
2159
2159
|
return true;
|
2160
2160
|
}
|
2161
|
-
if (uri
|
2161
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000004"))) {
|
2162
2162
|
return true;
|
2163
2163
|
}
|
2164
|
-
if (uri
|
2164
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000005"))) {
|
2165
2165
|
return true;
|
2166
2166
|
}
|
2167
|
-
if (uri
|
2167
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000006"))) {
|
2168
2168
|
return true;
|
2169
2169
|
}
|
2170
|
-
if (uri
|
2170
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000007"))) {
|
2171
2171
|
return true;
|
2172
2172
|
}
|
2173
|
-
if (uri
|
2173
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000013"))) {
|
2174
2174
|
return true;
|
2175
2175
|
}
|
2176
|
-
if (uri
|
2176
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000038"))) {
|
2177
2177
|
return true;
|
2178
2178
|
}
|
2179
|
-
if (uri
|
2179
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000039"))) {
|
2180
2180
|
return true;
|
2181
2181
|
}
|
2182
|
-
if (uri
|
2182
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000050"))) {
|
2183
2183
|
return true;
|
2184
2184
|
}
|
2185
|
-
if (uri
|
2185
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000057"))) {
|
2186
2186
|
return true;
|
2187
2187
|
}
|
2188
|
-
if (uri
|
2188
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000059"))) {
|
2189
2189
|
return true;
|
2190
2190
|
}
|
2191
|
-
if (uri
|
2191
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000101"))) {
|
2192
2192
|
return true;
|
2193
2193
|
}
|
2194
|
-
if (uri
|
2194
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000102"))) {
|
2195
2195
|
return true;
|
2196
2196
|
}
|
2197
|
-
if (uri
|
2197
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000103"))) {
|
2198
2198
|
return true;
|
2199
2199
|
}
|
2200
|
-
if (uri
|
2200
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000104"))) {
|
2201
2201
|
return true;
|
2202
2202
|
}
|
2203
|
-
if (uri
|
2203
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000109"))) {
|
2204
2204
|
return true;
|
2205
2205
|
}
|
2206
|
-
if (uri
|
2206
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000110"))) {
|
2207
2207
|
return true;
|
2208
2208
|
}
|
2209
|
-
if (uri
|
2209
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000112"))) {
|
2210
2210
|
return true;
|
2211
2211
|
}
|
2212
|
-
if (uri
|
2212
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000113"))) {
|
2213
2213
|
return true;
|
2214
2214
|
}
|
2215
|
-
if (uri
|
2215
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000114"))) {
|
2216
2216
|
return true;
|
2217
2217
|
}
|
2218
|
-
if (uri
|
2218
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000120"))) {
|
2219
2219
|
return true;
|
2220
2220
|
}
|
2221
|
-
if (uri
|
2221
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000139"))) {
|
2222
2222
|
return true;
|
2223
2223
|
}
|
2224
|
-
if (uri
|
2224
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000140"))) {
|
2225
2225
|
return true;
|
2226
2226
|
}
|
2227
|
-
if (uri
|
2227
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000141"))) {
|
2228
2228
|
return true;
|
2229
2229
|
}
|
2230
|
-
if (uri
|
2230
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000143"))) {
|
2231
2231
|
return true;
|
2232
2232
|
}
|
2233
|
-
if (uri
|
2233
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000147"))) {
|
2234
2234
|
return true;
|
2235
2235
|
}
|
2236
|
-
if (uri
|
2236
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000148"))) {
|
2237
2237
|
return true;
|
2238
2238
|
}
|
2239
|
-
if (uri
|
2239
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000149"))) {
|
2240
2240
|
return true;
|
2241
2241
|
}
|
2242
|
-
if (uri
|
2242
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000150"))) {
|
2243
2243
|
return true;
|
2244
2244
|
}
|
2245
|
-
if (uri
|
2245
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000151"))) {
|
2246
2246
|
return true;
|
2247
2247
|
}
|
2248
|
-
if (uri
|
2248
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000159"))) {
|
2249
2249
|
return true;
|
2250
2250
|
}
|
2251
|
-
if (uri
|
2251
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000161"))) {
|
2252
2252
|
return true;
|
2253
2253
|
}
|
2254
|
-
if (uri
|
2254
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000162"))) {
|
2255
2255
|
return true;
|
2256
2256
|
}
|
2257
|
-
if (uri
|
2257
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000163"))) {
|
2258
2258
|
return true;
|
2259
2259
|
}
|
2260
|
-
if (uri
|
2260
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000164"))) {
|
2261
2261
|
return true;
|
2262
2262
|
}
|
2263
|
-
if (uri
|
2263
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000165"))) {
|
2264
2264
|
return true;
|
2265
2265
|
}
|
2266
|
-
if (uri
|
2266
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000167"))) {
|
2267
2267
|
return true;
|
2268
2268
|
}
|
2269
|
-
if (uri
|
2269
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000177"))) {
|
2270
2270
|
return true;
|
2271
2271
|
}
|
2272
|
-
if (uri
|
2272
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000178"))) {
|
2273
2273
|
return true;
|
2274
2274
|
}
|
2275
|
-
if (uri
|
2275
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000179"))) {
|
2276
2276
|
return true;
|
2277
2277
|
}
|
2278
|
-
if (uri
|
2278
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000181"))) {
|
2279
2279
|
return true;
|
2280
2280
|
}
|
2281
|
-
if (uri
|
2281
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000183"))) {
|
2282
2282
|
return true;
|
2283
2283
|
}
|
2284
|
-
if (uri
|
2284
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000185"))) {
|
2285
2285
|
return true;
|
2286
2286
|
}
|
2287
|
-
if (uri
|
2287
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000187"))) {
|
2288
2288
|
return true;
|
2289
2289
|
}
|
2290
|
-
if (uri
|
2290
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000188"))) {
|
2291
2291
|
return true;
|
2292
2292
|
}
|
2293
|
-
if (uri
|
2293
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000193"))) {
|
2294
2294
|
return true;
|
2295
2295
|
}
|
2296
|
-
if (uri
|
2296
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000195"))) {
|
2297
2297
|
return true;
|
2298
2298
|
}
|
2299
|
-
if (uri
|
2299
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000196"))) {
|
2300
2300
|
return true;
|
2301
2301
|
}
|
2302
|
-
if (uri
|
2302
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000197"))) {
|
2303
2303
|
return true;
|
2304
2304
|
}
|
2305
|
-
if (uri
|
2305
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000198"))) {
|
2306
2306
|
return true;
|
2307
2307
|
}
|
2308
|
-
if (uri
|
2308
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000200"))) {
|
2309
2309
|
return true;
|
2310
2310
|
}
|
2311
|
-
if (uri
|
2311
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000203"))) {
|
2312
2312
|
return true;
|
2313
2313
|
}
|
2314
|
-
if (uri
|
2314
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000204"))) {
|
2315
2315
|
return true;
|
2316
2316
|
}
|
2317
|
-
if (uri
|
2317
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000205"))) {
|
2318
2318
|
return true;
|
2319
2319
|
}
|
2320
|
-
if (uri
|
2320
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000209"))) {
|
2321
2321
|
return true;
|
2322
2322
|
}
|
2323
|
-
if (uri
|
2323
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000233"))) {
|
2324
2324
|
return true;
|
2325
2325
|
}
|
2326
|
-
if (uri
|
2326
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000234"))) {
|
2327
2327
|
return true;
|
2328
2328
|
}
|
2329
|
-
if (uri
|
2329
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000235"))) {
|
2330
2330
|
return true;
|
2331
2331
|
}
|
2332
|
-
if (uri
|
2332
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000236"))) {
|
2333
2333
|
return true;
|
2334
2334
|
}
|
2335
|
-
if (uri
|
2335
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000239"))) {
|
2336
2336
|
return true;
|
2337
2337
|
}
|
2338
|
-
if (uri
|
2338
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000252"))) {
|
2339
2339
|
return true;
|
2340
2340
|
}
|
2341
|
-
if (uri
|
2341
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000253"))) {
|
2342
2342
|
return true;
|
2343
2343
|
}
|
2344
|
-
if (uri
|
2344
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000274"))) {
|
2345
2345
|
return true;
|
2346
2346
|
}
|
2347
|
-
if (uri
|
2347
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000275"))) {
|
2348
2348
|
return true;
|
2349
2349
|
}
|
2350
|
-
if (uri
|
2350
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000276"))) {
|
2351
2351
|
return true;
|
2352
2352
|
}
|
2353
|
-
if (uri
|
2353
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000289"))) {
|
2354
2354
|
return true;
|
2355
2355
|
}
|
2356
|
-
if (uri
|
2356
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000294"))) {
|
2357
2357
|
return true;
|
2358
2358
|
}
|
2359
|
-
if (uri
|
2359
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000296"))) {
|
2360
2360
|
return true;
|
2361
2361
|
}
|
2362
|
-
if (uri
|
2362
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000303"))) {
|
2363
2363
|
return true;
|
2364
2364
|
}
|
2365
|
-
if (uri
|
2365
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000305"))) {
|
2366
2366
|
return true;
|
2367
2367
|
}
|
2368
|
-
if (uri
|
2368
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000306"))) {
|
2369
2369
|
return true;
|
2370
2370
|
}
|
2371
|
-
if (uri
|
2371
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000307"))) {
|
2372
2372
|
return true;
|
2373
2373
|
}
|
2374
|
-
if (uri
|
2374
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000314"))) {
|
2375
2375
|
return true;
|
2376
2376
|
}
|
2377
|
-
if (uri
|
2377
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000315"))) {
|
2378
2378
|
return true;
|
2379
2379
|
}
|
2380
|
-
if (uri
|
2380
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000316"))) {
|
2381
2381
|
return true;
|
2382
2382
|
}
|
2383
|
-
if (uri
|
2383
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000318"))) {
|
2384
2384
|
return true;
|
2385
2385
|
}
|
2386
|
-
if (uri
|
2386
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000319"))) {
|
2387
2387
|
return true;
|
2388
2388
|
}
|
2389
|
-
if (uri
|
2389
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000324"))) {
|
2390
2390
|
return true;
|
2391
2391
|
}
|
2392
|
-
if (uri
|
2392
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000325"))) {
|
2393
2393
|
return true;
|
2394
2394
|
}
|
2395
|
-
if (uri
|
2395
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000326"))) {
|
2396
2396
|
return true;
|
2397
2397
|
}
|
2398
|
-
if (uri
|
2398
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000330"))) {
|
2399
2399
|
return true;
|
2400
2400
|
}
|
2401
|
-
if (uri
|
2401
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000331"))) {
|
2402
2402
|
return true;
|
2403
2403
|
}
|
2404
|
-
if (uri
|
2404
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000332"))) {
|
2405
2405
|
return true;
|
2406
2406
|
}
|
2407
|
-
if (uri
|
2407
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000333"))) {
|
2408
2408
|
return true;
|
2409
2409
|
}
|
2410
|
-
if (uri
|
2410
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000334"))) {
|
2411
2411
|
return true;
|
2412
2412
|
}
|
2413
|
-
if (uri
|
2413
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000336"))) {
|
2414
2414
|
return true;
|
2415
2415
|
}
|
2416
|
-
if (uri
|
2416
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000337"))) {
|
2417
2417
|
return true;
|
2418
2418
|
}
|
2419
|
-
if (uri
|
2419
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000340"))) {
|
2420
2420
|
return true;
|
2421
2421
|
}
|
2422
|
-
if (uri
|
2422
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000341"))) {
|
2423
2423
|
return true;
|
2424
2424
|
}
|
2425
|
-
if (uri
|
2425
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000343"))) {
|
2426
2426
|
return true;
|
2427
2427
|
}
|
2428
|
-
if (uri
|
2428
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000344"))) {
|
2429
2429
|
return true;
|
2430
2430
|
}
|
2431
|
-
if (uri
|
2431
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000345"))) {
|
2432
2432
|
return true;
|
2433
2433
|
}
|
2434
|
-
if (uri
|
2434
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000347"))) {
|
2435
2435
|
return true;
|
2436
2436
|
}
|
2437
|
-
if (uri
|
2437
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000349"))) {
|
2438
2438
|
return true;
|
2439
2439
|
}
|
2440
|
-
if (uri
|
2440
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000353"))) {
|
2441
2441
|
return true;
|
2442
2442
|
}
|
2443
|
-
if (uri
|
2443
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000360"))) {
|
2444
2444
|
return true;
|
2445
2445
|
}
|
2446
|
-
if (uri
|
2446
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000366"))) {
|
2447
2447
|
return true;
|
2448
2448
|
}
|
2449
|
-
if (uri
|
2449
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000368"))) {
|
2450
2450
|
return true;
|
2451
2451
|
}
|
2452
|
-
if (uri
|
2452
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000370"))) {
|
2453
2453
|
return true;
|
2454
2454
|
}
|
2455
|
-
if (uri
|
2455
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000372"))) {
|
2456
2456
|
return true;
|
2457
2457
|
}
|
2458
|
-
if (uri
|
2458
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000374"))) {
|
2459
2459
|
return true;
|
2460
2460
|
}
|
2461
|
-
if (uri
|
2461
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000375"))) {
|
2462
2462
|
return true;
|
2463
2463
|
}
|
2464
|
-
if (uri
|
2464
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000380"))) {
|
2465
2465
|
return true;
|
2466
2466
|
}
|
2467
|
-
if (uri
|
2467
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000385"))) {
|
2468
2468
|
return true;
|
2469
2469
|
}
|
2470
|
-
if (uri
|
2470
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000386"))) {
|
2471
2471
|
return true;
|
2472
2472
|
}
|
2473
|
-
if (uri
|
2473
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000390"))) {
|
2474
2474
|
return true;
|
2475
2475
|
}
|
2476
|
-
if (uri
|
2476
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000391"))) {
|
2477
2477
|
return true;
|
2478
2478
|
}
|
2479
|
-
if (uri
|
2479
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000392"))) {
|
2480
2480
|
return true;
|
2481
2481
|
}
|
2482
|
-
if (uri
|
2482
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000393"))) {
|
2483
2483
|
return true;
|
2484
2484
|
}
|
2485
|
-
if (uri
|
2485
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000394"))) {
|
2486
2486
|
return true;
|
2487
2487
|
}
|
2488
|
-
if (uri
|
2488
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000395"))) {
|
2489
2489
|
return true;
|
2490
2490
|
}
|
2491
|
-
if (uri
|
2491
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000396"))) {
|
2492
2492
|
return true;
|
2493
2493
|
}
|
2494
|
-
if (uri
|
2494
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000397"))) {
|
2495
2495
|
return true;
|
2496
2496
|
}
|
2497
|
-
if (uri
|
2497
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000398"))) {
|
2498
2498
|
return true;
|
2499
2499
|
}
|
2500
|
-
if (uri
|
2500
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000399"))) {
|
2501
2501
|
return true;
|
2502
2502
|
}
|
2503
|
-
if (uri
|
2503
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000403"))) {
|
2504
2504
|
return true;
|
2505
2505
|
}
|
2506
|
-
if (uri
|
2506
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000404"))) {
|
2507
2507
|
return true;
|
2508
2508
|
}
|
2509
|
-
if (uri
|
2509
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000405"))) {
|
2510
2510
|
return true;
|
2511
2511
|
}
|
2512
|
-
if (uri
|
2512
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000407"))) {
|
2513
2513
|
return true;
|
2514
2514
|
}
|
2515
|
-
if (uri
|
2515
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000409"))) {
|
2516
2516
|
return true;
|
2517
2517
|
}
|
2518
|
-
if (uri
|
2518
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000410"))) {
|
2519
2519
|
return true;
|
2520
2520
|
}
|
2521
|
-
if (uri
|
2521
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000412"))) {
|
2522
2522
|
return true;
|
2523
2523
|
}
|
2524
|
-
if (uri
|
2524
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000413"))) {
|
2525
2525
|
return true;
|
2526
2526
|
}
|
2527
|
-
if (uri
|
2527
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000418"))) {
|
2528
2528
|
return true;
|
2529
2529
|
}
|
2530
|
-
if (uri
|
2530
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000419"))) {
|
2531
2531
|
return true;
|
2532
2532
|
}
|
2533
|
-
if (uri
|
2533
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000436"))) {
|
2534
2534
|
return true;
|
2535
2535
|
}
|
2536
|
-
if (uri
|
2536
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000441"))) {
|
2537
2537
|
return true;
|
2538
2538
|
}
|
2539
|
-
if (uri
|
2539
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000442"))) {
|
2540
2540
|
return true;
|
2541
2541
|
}
|
2542
|
-
if (uri
|
2542
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000454"))) {
|
2543
2543
|
return true;
|
2544
2544
|
}
|
2545
|
-
if (uri
|
2545
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000462"))) {
|
2546
2546
|
return true;
|
2547
2547
|
}
|
2548
|
-
if (uri
|
2548
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000464"))) {
|
2549
2549
|
return true;
|
2550
2550
|
}
|
2551
|
-
if (uri
|
2551
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000468"))) {
|
2552
2552
|
return true;
|
2553
2553
|
}
|
2554
|
-
if (uri
|
2554
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000472"))) {
|
2555
2555
|
return true;
|
2556
2556
|
}
|
2557
|
-
if (uri
|
2557
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000474"))) {
|
2558
2558
|
return true;
|
2559
2559
|
}
|
2560
|
-
if (uri
|
2560
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000483"))) {
|
2561
2561
|
return true;
|
2562
2562
|
}
|
2563
|
-
if (uri
|
2563
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000484"))) {
|
2564
2564
|
return true;
|
2565
2565
|
}
|
2566
|
-
if (uri
|
2566
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000486"))) {
|
2567
2567
|
return true;
|
2568
2568
|
}
|
2569
|
-
if (uri
|
2569
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000499"))) {
|
2570
2570
|
return true;
|
2571
2571
|
}
|
2572
|
-
if (uri
|
2572
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000502"))) {
|
2573
2573
|
return true;
|
2574
2574
|
}
|
2575
|
-
if (uri
|
2575
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000551"))) {
|
2576
2576
|
return true;
|
2577
2577
|
}
|
2578
|
-
if (uri
|
2578
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000553"))) {
|
2579
2579
|
return true;
|
2580
2580
|
}
|
2581
|
-
if (uri
|
2581
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000577"))) {
|
2582
2582
|
return true;
|
2583
2583
|
}
|
2584
|
-
if (uri
|
2584
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000581"))) {
|
2585
2585
|
return true;
|
2586
2586
|
}
|
2587
|
-
if (uri
|
2587
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000587"))) {
|
2588
2588
|
return true;
|
2589
2589
|
}
|
2590
|
-
if (uri
|
2590
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000588"))) {
|
2591
2591
|
return true;
|
2592
2592
|
}
|
2593
|
-
if (uri
|
2593
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000590"))) {
|
2594
2594
|
return true;
|
2595
2595
|
}
|
2596
|
-
if (uri
|
2596
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000593"))) {
|
2597
2597
|
return true;
|
2598
2598
|
}
|
2599
|
-
if (uri
|
2599
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000602"))) {
|
2600
2600
|
return true;
|
2601
2601
|
}
|
2602
|
-
if (uri
|
2602
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000603"))) {
|
2603
2603
|
return true;
|
2604
2604
|
}
|
2605
|
-
if (uri
|
2605
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000605"))) {
|
2606
2606
|
return true;
|
2607
2607
|
}
|
2608
|
-
if (uri
|
2608
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000610"))) {
|
2609
2609
|
return true;
|
2610
2610
|
}
|
2611
|
-
if (uri
|
2611
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000611"))) {
|
2612
2612
|
return true;
|
2613
2613
|
}
|
2614
|
-
if (uri
|
2614
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000612"))) {
|
2615
2615
|
return true;
|
2616
2616
|
}
|
2617
|
-
if (uri
|
2617
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000616"))) {
|
2618
2618
|
return true;
|
2619
2619
|
}
|
2620
|
-
if (uri
|
2620
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000624"))) {
|
2621
2621
|
return true;
|
2622
2622
|
}
|
2623
|
-
if (uri
|
2623
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000625"))) {
|
2624
2624
|
return true;
|
2625
2625
|
}
|
2626
|
-
if (uri
|
2626
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000627"))) {
|
2627
2627
|
return true;
|
2628
2628
|
}
|
2629
|
-
if (uri
|
2629
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000628"))) {
|
2630
2630
|
return true;
|
2631
2631
|
}
|
2632
|
-
if (uri
|
2632
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000643"))) {
|
2633
2633
|
return true;
|
2634
2634
|
}
|
2635
|
-
if (uri
|
2635
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000644"))) {
|
2636
2636
|
return true;
|
2637
2637
|
}
|
2638
|
-
if (uri
|
2638
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000645"))) {
|
2639
2639
|
return true;
|
2640
2640
|
}
|
2641
|
-
if (uri
|
2641
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000646"))) {
|
2642
2642
|
return true;
|
2643
2643
|
}
|
2644
|
-
if (uri
|
2644
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000649"))) {
|
2645
2645
|
return true;
|
2646
2646
|
}
|
2647
|
-
if (uri
|
2647
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000650"))) {
|
2648
2648
|
return true;
|
2649
2649
|
}
|
2650
|
-
if (uri
|
2650
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000651"))) {
|
2651
2651
|
return true;
|
2652
2652
|
}
|
2653
|
-
if (uri
|
2653
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000652"))) {
|
2654
2654
|
return true;
|
2655
2655
|
}
|
2656
|
-
if (uri
|
2656
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000653"))) {
|
2657
2657
|
return true;
|
2658
2658
|
}
|
2659
|
-
if (uri
|
2659
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000655"))) {
|
2660
2660
|
return true;
|
2661
2661
|
}
|
2662
|
-
if (uri
|
2662
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000657"))) {
|
2663
2663
|
return true;
|
2664
2664
|
}
|
2665
|
-
if (uri
|
2665
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000658"))) {
|
2666
2666
|
return true;
|
2667
2667
|
}
|
2668
|
-
if (uri
|
2668
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000662"))) {
|
2669
2669
|
return true;
|
2670
2670
|
}
|
2671
|
-
if (uri
|
2671
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000667"))) {
|
2672
2672
|
return true;
|
2673
2673
|
}
|
2674
|
-
if (uri
|
2674
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000668"))) {
|
2675
2675
|
return true;
|
2676
2676
|
}
|
2677
|
-
if (uri
|
2677
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000673"))) {
|
2678
2678
|
return true;
|
2679
2679
|
}
|
2680
|
-
if (uri
|
2680
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000684"))) {
|
2681
2681
|
return true;
|
2682
2682
|
}
|
2683
|
-
if (uri
|
2683
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000687"))) {
|
2684
2684
|
return true;
|
2685
2685
|
}
|
2686
|
-
if (uri
|
2686
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000688"))) {
|
2687
2687
|
return true;
|
2688
2688
|
}
|
2689
|
-
if (uri
|
2689
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000689"))) {
|
2690
2690
|
return true;
|
2691
2691
|
}
|
2692
|
-
if (uri
|
2692
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000694"))) {
|
2693
2693
|
return true;
|
2694
2694
|
}
|
2695
|
-
if (uri
|
2695
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000695"))) {
|
2696
2696
|
return true;
|
2697
2697
|
}
|
2698
|
-
if (uri
|
2698
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000696"))) {
|
2699
2699
|
return true;
|
2700
2700
|
}
|
2701
|
-
if (uri
|
2701
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000699"))) {
|
2702
2702
|
return true;
|
2703
2703
|
}
|
2704
|
-
if (uri
|
2704
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000700"))) {
|
2705
2705
|
return true;
|
2706
2706
|
}
|
2707
|
-
if (uri
|
2707
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000701"))) {
|
2708
2708
|
return true;
|
2709
2709
|
}
|
2710
|
-
if (uri
|
2710
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000702"))) {
|
2711
2711
|
return true;
|
2712
2712
|
}
|
2713
|
-
if (uri
|
2713
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000703"))) {
|
2714
2714
|
return true;
|
2715
2715
|
}
|
2716
|
-
if (uri
|
2716
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000704"))) {
|
2717
2717
|
return true;
|
2718
2718
|
}
|
2719
|
-
if (uri
|
2719
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000705"))) {
|
2720
2720
|
return true;
|
2721
2721
|
}
|
2722
|
-
if (uri
|
2722
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000706"))) {
|
2723
2723
|
return true;
|
2724
2724
|
}
|
2725
|
-
if (uri
|
2725
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000714"))) {
|
2726
2726
|
return true;
|
2727
2727
|
}
|
2728
|
-
if (uri
|
2728
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000715"))) {
|
2729
2729
|
return true;
|
2730
2730
|
}
|
2731
|
-
if (uri
|
2731
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000717"))) {
|
2732
2732
|
return true;
|
2733
2733
|
}
|
2734
|
-
if (uri
|
2734
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000719"))) {
|
2735
2735
|
return true;
|
2736
2736
|
}
|
2737
|
-
if (uri
|
2737
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000724"))) {
|
2738
2738
|
return true;
|
2739
2739
|
}
|
2740
|
-
if (uri
|
2740
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000725"))) {
|
2741
2741
|
return true;
|
2742
2742
|
}
|
2743
|
-
if (uri
|
2743
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000727"))) {
|
2744
2744
|
return true;
|
2745
2745
|
}
|
2746
|
-
if (uri
|
2746
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000730"))) {
|
2747
2747
|
return true;
|
2748
2748
|
}
|
2749
|
-
if (uri
|
2749
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000752"))) {
|
2750
2750
|
return true;
|
2751
2751
|
}
|
2752
|
-
if (uri
|
2752
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000753"))) {
|
2753
2753
|
return true;
|
2754
2754
|
}
|
2755
|
-
if (uri
|
2755
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000777"))) {
|
2756
2756
|
return true;
|
2757
2757
|
}
|
2758
|
-
if (uri
|
2758
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000778"))) {
|
2759
2759
|
return true;
|
2760
2760
|
}
|
2761
|
-
if (uri
|
2761
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000830"))) {
|
2762
2762
|
return true;
|
2763
2763
|
}
|
2764
|
-
if (uri
|
2764
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000831"))) {
|
2765
2765
|
return true;
|
2766
2766
|
}
|
2767
|
-
if (uri
|
2767
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000833"))) {
|
2768
2768
|
return true;
|
2769
2769
|
}
|
2770
|
-
if (uri
|
2770
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000834"))) {
|
2771
2771
|
return true;
|
2772
2772
|
}
|
2773
|
-
if (uri
|
2773
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000835"))) {
|
2774
2774
|
return true;
|
2775
2775
|
}
|
2776
|
-
if (uri
|
2776
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000836"))) {
|
2777
2777
|
return true;
|
2778
2778
|
}
|
2779
|
-
if (uri
|
2779
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000837"))) {
|
2780
2780
|
return true;
|
2781
2781
|
}
|
2782
|
-
if (uri
|
2782
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000839"))) {
|
2783
2783
|
return true;
|
2784
2784
|
}
|
2785
|
-
if (uri
|
2785
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000841"))) {
|
2786
2786
|
return true;
|
2787
2787
|
}
|
2788
|
-
if (uri
|
2788
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000842"))) {
|
2789
2789
|
return true;
|
2790
2790
|
}
|
2791
|
-
if (uri
|
2791
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000851"))) {
|
2792
2792
|
return true;
|
2793
2793
|
}
|
2794
|
-
if (uri
|
2794
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0000852"))) {
|
2795
2795
|
return true;
|
2796
2796
|
}
|
2797
|
-
if (uri
|
2797
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001000"))) {
|
2798
2798
|
return true;
|
2799
2799
|
}
|
2800
|
-
if (uri
|
2800
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001001"))) {
|
2801
2801
|
return true;
|
2802
2802
|
}
|
2803
|
-
if (uri
|
2803
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001002"))) {
|
2804
2804
|
return true;
|
2805
2805
|
}
|
2806
|
-
if (uri
|
2806
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001019"))) {
|
2807
2807
|
return true;
|
2808
2808
|
}
|
2809
|
-
if (uri
|
2809
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001037"))) {
|
2810
2810
|
return true;
|
2811
2811
|
}
|
2812
|
-
if (uri
|
2812
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001039"))) {
|
2813
2813
|
return true;
|
2814
2814
|
}
|
2815
|
-
if (uri
|
2815
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001055"))) {
|
2816
2816
|
return true;
|
2817
2817
|
}
|
2818
|
-
if (uri
|
2818
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001056"))) {
|
2819
2819
|
return true;
|
2820
2820
|
}
|
2821
|
-
if (uri
|
2821
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001059"))) {
|
2822
2822
|
return true;
|
2823
2823
|
}
|
2824
|
-
if (uri
|
2824
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001063"))) {
|
2825
2825
|
return true;
|
2826
2826
|
}
|
2827
|
-
if (uri
|
2827
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001214"))) {
|
2828
2828
|
return true;
|
2829
2829
|
}
|
2830
|
-
if (uri
|
2830
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001215"))) {
|
2831
2831
|
return true;
|
2832
2832
|
}
|
2833
|
-
if (uri
|
2833
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001235"))) {
|
2834
2834
|
return true;
|
2835
2835
|
}
|
2836
|
-
if (uri
|
2836
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001236"))) {
|
2837
2837
|
return true;
|
2838
2838
|
}
|
2839
|
-
if (uri
|
2839
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001248"))) {
|
2840
2840
|
return true;
|
2841
2841
|
}
|
2842
|
-
if (uri
|
2842
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001409"))) {
|
2843
2843
|
return true;
|
2844
2844
|
}
|
2845
|
-
if (uri
|
2845
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001410"))) {
|
2846
2846
|
return true;
|
2847
2847
|
}
|
2848
|
-
if (uri
|
2848
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001411"))) {
|
2849
2849
|
return true;
|
2850
2850
|
}
|
2851
|
-
if (uri
|
2851
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001412"))) {
|
2852
2852
|
return true;
|
2853
2853
|
}
|
2854
|
-
if (uri
|
2854
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001419"))) {
|
2855
2855
|
return true;
|
2856
2856
|
}
|
2857
|
-
if (uri
|
2857
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001420"))) {
|
2858
2858
|
return true;
|
2859
2859
|
}
|
2860
|
-
if (uri
|
2860
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001483"))) {
|
2861
2861
|
return true;
|
2862
2862
|
}
|
2863
|
-
if (uri
|
2863
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001527"))) {
|
2864
2864
|
return true;
|
2865
2865
|
}
|
2866
|
-
if (uri
|
2866
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001647"))) {
|
2867
2867
|
return true;
|
2868
2868
|
}
|
2869
|
-
if (uri
|
2869
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001654"))) {
|
2870
2870
|
return true;
|
2871
2871
|
}
|
2872
|
-
if (uri
|
2872
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001679"))) {
|
2873
2873
|
return true;
|
2874
2874
|
}
|
2875
|
-
if (uri
|
2875
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001683"))) {
|
2876
2876
|
return true;
|
2877
2877
|
}
|
2878
|
-
if (uri
|
2878
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001720"))) {
|
2879
2879
|
return true;
|
2880
2880
|
}
|
2881
|
-
if (uri
|
2881
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0001790"))) {
|
2882
2882
|
return true;
|
2883
2883
|
}
|
2884
|
-
if (uri
|
2884
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0005836"))) {
|
2885
2885
|
return true;
|
2886
2886
|
}
|
2887
|
-
if (uri
|
2887
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0005855"))) {
|
2888
2888
|
return true;
|
2889
2889
|
}
|
2890
|
-
if (uri
|
2890
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_0100011"))) {
|
2891
2891
|
return true;
|
2892
2892
|
}
|
2893
|
-
if (uri
|
2893
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_1000002"))) {
|
2894
2894
|
return true;
|
2895
2895
|
}
|
2896
|
-
if (uri
|
2896
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_1000005"))) {
|
2897
2897
|
return true;
|
2898
2898
|
}
|
2899
|
-
if (uri
|
2899
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_1000008"))) {
|
2900
2900
|
return true;
|
2901
2901
|
}
|
2902
|
-
if (uri
|
2902
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_1000036"))) {
|
2903
2903
|
return true;
|
2904
2904
|
}
|
2905
|
-
if (uri
|
2905
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_1001284"))) {
|
2906
2906
|
return true;
|
2907
2907
|
}
|
2908
|
-
if (uri
|
2908
|
+
if (uri.equals(_namespace_SOFA("SO_2000061"))) {
|
2909
2909
|
return true;
|
2910
2910
|
}
|
2911
2911
|
return false;
|
@@ -2938,7 +2938,7 @@ public class SOFA {
|
|
2938
2938
|
*/
|
2939
2939
|
public static boolean hasParent(Resource uri, Resource parent) {
|
2940
2940
|
if (__parent_properties.containsKey(uri)) {
|
2941
|
-
if (__parent_properties.get(uri)
|
2941
|
+
if (__parent_properties.get(uri).equals(parent)) {
|
2942
2942
|
return true;
|
2943
2943
|
}
|
2944
2944
|
return hasParent((Resource)__parent_properties.get(uri), parent);
|
@@ -2947,11 +2947,7 @@ public class SOFA {
|
|
2947
2947
|
}
|
2948
2948
|
|
2949
2949
|
private static Resource _namespace_SOFA(String accession) {
|
2950
|
-
|
2951
|
-
return ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/" + accession);
|
2952
|
-
} else {
|
2953
|
-
return ResourceFactory.createProperty("http://purl.obolibrary.org/obo/" + accession);
|
2954
|
-
}
|
2950
|
+
return ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/" + accession);
|
2955
2951
|
}
|
2956
2952
|
|
2957
2953
|
|
@@ -2960,6 +2956,199 @@ public class SOFA {
|
|
2960
2956
|
private static Map<Resource, Resource> _init___parent_properties() {
|
2961
2957
|
Map<Resource, Resource> map = new HashMap<Resource, Resource>();
|
2962
2958
|
|
2959
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000001"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000110"));
|
2960
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000004"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000195"));
|
2961
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000005"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000705"));
|
2962
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000006"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000695"));
|
2963
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000057"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000752"));
|
2964
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000059"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001654"));
|
2965
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000101"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001039"));
|
2966
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000102"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000347"));
|
2967
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000112"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000441"));
|
2968
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000113"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001039"));
|
2969
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000114"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000306"));
|
2970
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000120"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000185"));
|
2971
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000139"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000836"));
|
2972
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000143"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001410"));
|
2973
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000147"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000833"));
|
2974
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000151"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000695"));
|
2975
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000159"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001411"));
|
2976
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000161"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000306"));
|
2977
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000162"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000835"));
|
2978
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000163"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001419"));
|
2979
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000164"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001419"));
|
2980
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000165"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000727"));
|
2981
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000167"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0001055"));
|
2982
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000177"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000347"));
|
2983
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000178"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0005855"));
|
2984
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000181"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000347"));
|
2985
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000183"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000842"));
|
2986
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000185"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000673"));
|
2987
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000188"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000835"));
|
2988
|
+
map.put(ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000193"), ResourceFactory.createResource("http://purl.obolibrary.org/obo/SO_0000412"));
|
2989
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