partis-bcr 1.0.8.post1.dev1__py3-none-any.whl → 1.0.9.post1.dev1__py3-none-any.whl

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  1. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/METADATA +1 -1
  2. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/RECORD +95 -95
  3. test/new-results/get-selection-metrics-new-simu.yaml +1 -1
  4. test/new-results/test.log +2 -2
  5. test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/log +4 -4
  6. test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/log +4 -4
  7. test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/log +1 -1
  8. test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh/fasttree/iclust-1/log +3 -3
  9. test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igl/fasttree/iclust-0/log +1 -1
  10. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/flcount-matrix.svg +107 -107
  11. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/func-non-func-per-drop-log.svg +83 -83
  12. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/func-non-func-per-drop.svg +61 -61
  13. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/paired-seqs-per-seq-after.svg +18 -18
  14. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/paired-seqs-per-seq-before.svg +24 -24
  15. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/pseq-matrix.svg +35 -35
  16. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/seqs-per-droplet.svg +22 -22
  17. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-correct-family.svg +45 -45
  18. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-correct.svg +45 -45
  19. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-mispaired.svg +45 -45
  20. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-multiple.svg +15 -15
  21. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-near-family.svg +15 -15
  22. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-total.svg +47 -47
  23. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-unpaired.svg +48 -48
  24. test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance.svg +27 -27
  25. test/paired/new-results/run-times.csv +6 -6
  26. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-0/partition.log +6 -6
  27. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-1/partition.log +5 -5
  28. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-partition.log +3 -3
  29. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igh/sw-cache.yaml +1 -1
  30. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igk/sw-cache.yaml +1 -1
  31. test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igl/sw-cache.yaml +1 -1
  32. test/paired/new-results/test.log +33 -33
  33. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/log +187 -151
  34. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.ckp.gz +0 -0
  35. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.iqtree +34 -34
  36. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.log +187 -151
  37. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.model.gz +0 -0
  38. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.state +2820 -2820
  39. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.treefile +1 -1
  40. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/log +166 -207
  41. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.ckp.gz +0 -0
  42. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.iqtree +151 -151
  43. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.log +166 -207
  44. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.model.gz +0 -0
  45. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.state +740 -740
  46. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.treefile +1 -1
  47. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/log +134 -135
  48. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.ckp.gz +0 -0
  49. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.iqtree +17 -17
  50. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.log +134 -135
  51. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.model.gz +0 -0
  52. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.state +763 -763
  53. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.treefile +1 -1
  54. test/ref-results/partition-new-simu/iqtree-annotations.yaml +1 -1
  55. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralProbs +30 -30
  56. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralStates +7 -7
  57. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -1
  58. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestModel +1 -1
  59. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -1
  60. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -1
  61. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.log +87 -87
  62. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -20
  63. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -20
  64. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/log +198 -197
  65. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -1
  66. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -1
  67. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -1
  68. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.log +54 -54
  69. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -20
  70. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -20
  71. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/log +112 -112
  72. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralProbs +22 -22
  73. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralStates +6 -6
  74. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -1
  75. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestModel +1 -1
  76. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -1
  77. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -1
  78. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.log +84 -84
  79. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -20
  80. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -20
  81. test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/log +182 -182
  82. test/ref-results/partition-new-simu/raxml-annotations.yaml +1 -1
  83. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/cf-alleles.py +0 -0
  84. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/cf-germlines.py +0 -0
  85. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/compare-plotdirs.py +0 -0
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  91. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/split-loci.py +0 -0
  92. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/WHEEL +0 -0
  93. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
  94. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/licenses/COPYING +0 -0
  95. {partis_bcr-1.0.8.post1.dev1.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/top_level.txt +0 -0
test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.state CHANGED
@@ -7,764 +7,6 @@
7
7
  # State: Most likely state assignment
8
8
  # p_X: Posterior probability for state X (empirical Bayesian method)
9
9
  Node Site State p_A p_C p_G p_T
10
- Node5 1 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
11
- Node5 2 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
12
- Node5 3 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
13
- Node5 4 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
14
- Node5 5 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
15
- Node5 6 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
16
- Node5 7 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
17
- Node5 8 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
18
- Node5 9 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
19
- Node5 10 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
20
- Node5 11 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
21
- Node5 12 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
22
- Node5 13 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
23
- Node5 14 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
24
- Node5 15 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
25
- Node5 16 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
26
- Node5 17 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
27
- Node5 18 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
28
- Node5 19 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
29
- Node5 20 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
30
- Node5 21 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
31
- Node5 22 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
32
- Node5 23 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
33
- Node5 24 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
34
- Node5 25 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
35
- Node5 26 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
36
- Node5 27 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
37
- Node5 28 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
38
- Node5 29 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
39
- Node5 30 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
40
- Node5 31 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
41
- Node5 32 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
42
- Node5 33 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
43
- Node5 34 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
44
- Node5 35 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
45
- Node5 36 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
46
- Node5 37 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
47
- Node5 38 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
48
- Node5 39 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
49
- Node5 40 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
50
- Node5 41 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
51
- Node5 42 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
52
- Node5 43 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
53
- Node5 44 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
54
- Node5 45 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
55
- Node5 46 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
56
- Node5 47 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
57
- Node5 48 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
58
- Node5 49 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
59
- Node5 50 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
60
- Node5 51 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
61
- Node5 52 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
62
- Node5 53 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
63
- Node5 54 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
64
- Node5 55 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
65
- Node5 56 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
66
- Node5 57 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
67
- Node5 58 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
68
- Node5 59 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
69
- Node5 60 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
70
- Node5 61 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
71
- Node5 62 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
72
- Node5 63 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
73
- Node5 64 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
74
- Node5 65 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
75
- Node5 66 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
76
- Node5 67 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
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- Node5 85 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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872
- Node4 105 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
114
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874
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875
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@@ -903,7 +145,7 @@ Node4 135 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
903
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904
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@@ -949,7 +191,7 @@ Node4 181 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
949
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  Node4 188 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
@@ -1091,7 +333,7 @@ Node4 323 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
1091
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1097
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@@ -1123,7 +365,7 @@ Node4 355 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
1123
365
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1124
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1125
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  Node4 358 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
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  Node4 362 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
@@ -1144,6 +386,764 @@ Node4 376 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
1144
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1145
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1146
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510
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