faiss 0.1.7 → 0.2.3
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- checksums.yaml +4 -4
- data/CHANGELOG.md +18 -0
- data/README.md +7 -7
- data/ext/faiss/ext.cpp +1 -1
- data/ext/faiss/extconf.rb +8 -2
- data/ext/faiss/index.cpp +102 -69
- data/ext/faiss/index_binary.cpp +24 -30
- data/ext/faiss/kmeans.cpp +20 -16
- data/ext/faiss/numo.hpp +867 -0
- data/ext/faiss/pca_matrix.cpp +13 -14
- data/ext/faiss/product_quantizer.cpp +23 -24
- data/ext/faiss/utils.cpp +10 -37
- data/ext/faiss/utils.h +2 -13
- data/lib/faiss/version.rb +1 -1
- data/lib/faiss.rb +0 -5
- data/vendor/faiss/faiss/AutoTune.cpp +292 -291
- data/vendor/faiss/faiss/AutoTune.h +55 -56
- data/vendor/faiss/faiss/Clustering.cpp +334 -195
- data/vendor/faiss/faiss/Clustering.h +88 -35
- data/vendor/faiss/faiss/IVFlib.cpp +171 -195
- data/vendor/faiss/faiss/IVFlib.h +48 -51
- data/vendor/faiss/faiss/Index.cpp +85 -103
- data/vendor/faiss/faiss/Index.h +54 -48
- data/vendor/faiss/faiss/Index2Layer.cpp +139 -164
- data/vendor/faiss/faiss/Index2Layer.h +22 -22
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinary.cpp +45 -37
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinary.h +140 -132
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryFlat.cpp +73 -53
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryFlat.h +29 -24
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryFromFloat.cpp +46 -43
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryFromFloat.h +16 -15
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryHNSW.cpp +215 -232
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryHNSW.h +25 -24
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryHash.cpp +182 -177
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryHash.h +41 -34
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryIVF.cpp +489 -461
- data/vendor/faiss/faiss/IndexBinaryIVF.h +97 -68
- data/vendor/faiss/faiss/IndexFlat.cpp +116 -147
- data/vendor/faiss/faiss/IndexFlat.h +35 -46
- data/vendor/faiss/faiss/IndexHNSW.cpp +372 -348
- data/vendor/faiss/faiss/IndexHNSW.h +57 -41
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVF.cpp +474 -454
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVF.h +146 -113
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFFlat.cpp +248 -250
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFFlat.h +48 -51
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQ.cpp +457 -516
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQ.h +74 -66
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQFastScan.cpp +406 -372
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQFastScan.h +82 -57
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQR.cpp +104 -102
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFPQR.h +33 -28
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFSpectralHash.cpp +125 -133
- data/vendor/faiss/faiss/IndexIVFSpectralHash.h +19 -21
- data/vendor/faiss/faiss/IndexLSH.cpp +75 -96
- data/vendor/faiss/faiss/IndexLSH.h +21 -26
- data/vendor/faiss/faiss/IndexLattice.cpp +42 -56
- data/vendor/faiss/faiss/IndexLattice.h +11 -16
- data/vendor/faiss/faiss/IndexNNDescent.cpp +231 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexNNDescent.h +72 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexNSG.cpp +303 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexNSG.h +85 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPQ.cpp +405 -464
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPQ.h +64 -67
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPQFastScan.cpp +143 -170
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPQFastScan.h +46 -32
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPreTransform.cpp +120 -150
- data/vendor/faiss/faiss/IndexPreTransform.h +33 -36
- data/vendor/faiss/faiss/IndexRefine.cpp +115 -131
- data/vendor/faiss/faiss/IndexRefine.h +22 -23
- data/vendor/faiss/faiss/IndexReplicas.cpp +147 -153
- data/vendor/faiss/faiss/IndexReplicas.h +62 -56
- data/vendor/faiss/faiss/IndexResidual.cpp +291 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexResidual.h +152 -0
- data/vendor/faiss/faiss/IndexScalarQuantizer.cpp +120 -155
- data/vendor/faiss/faiss/IndexScalarQuantizer.h +41 -45
- data/vendor/faiss/faiss/IndexShards.cpp +256 -240
- data/vendor/faiss/faiss/IndexShards.h +85 -73
- data/vendor/faiss/faiss/MatrixStats.cpp +112 -97
- data/vendor/faiss/faiss/MatrixStats.h +7 -10
- data/vendor/faiss/faiss/MetaIndexes.cpp +135 -157
- data/vendor/faiss/faiss/MetaIndexes.h +40 -34
- data/vendor/faiss/faiss/MetricType.h +7 -7
- data/vendor/faiss/faiss/VectorTransform.cpp +652 -474
- data/vendor/faiss/faiss/VectorTransform.h +61 -89
- data/vendor/faiss/faiss/clone_index.cpp +77 -73
- data/vendor/faiss/faiss/clone_index.h +4 -9
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuAutoTune.cpp +33 -38
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuAutoTune.h +11 -9
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuCloner.cpp +197 -170
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuCloner.h +53 -35
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuClonerOptions.cpp +12 -14
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuClonerOptions.h +27 -25
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuDistance.h +116 -112
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuFaissAssert.h +1 -2
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndex.h +134 -137
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexBinaryFlat.h +76 -73
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexFlat.h +173 -162
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexIVF.h +67 -64
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexIVFFlat.h +89 -86
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexIVFPQ.h +150 -141
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndexIVFScalarQuantizer.h +101 -103
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuIndicesOptions.h +17 -16
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuResources.cpp +116 -128
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/GpuResources.h +182 -186
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/StandardGpuResources.cpp +433 -422
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/StandardGpuResources.h +131 -130
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/impl/InterleavedCodes.cpp +468 -456
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/impl/InterleavedCodes.h +25 -19
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/impl/RemapIndices.cpp +22 -20
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/impl/RemapIndices.h +9 -8
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/perf/IndexWrapper-inl.h +39 -44
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/perf/IndexWrapper.h +16 -14
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/perf/PerfClustering.cpp +77 -71
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/perf/PerfIVFPQAdd.cpp +109 -88
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/perf/WriteIndex.cpp +75 -64
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestCodePacking.cpp +230 -215
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuIndexBinaryFlat.cpp +80 -86
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuIndexFlat.cpp +284 -277
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuIndexIVFFlat.cpp +416 -416
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuIndexIVFPQ.cpp +611 -517
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuIndexIVFScalarQuantizer.cpp +166 -164
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestGpuMemoryException.cpp +61 -53
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestUtils.cpp +274 -238
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/TestUtils.h +73 -57
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/test/demo_ivfpq_indexing_gpu.cpp +47 -50
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/DeviceUtils.h +79 -72
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/StackDeviceMemory.cpp +140 -146
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/StackDeviceMemory.h +69 -71
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/StaticUtils.h +21 -16
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/Timer.cpp +25 -29
- data/vendor/faiss/faiss/gpu/utils/Timer.h +30 -29
- data/vendor/faiss/faiss/impl/AdditiveQuantizer.cpp +270 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/AdditiveQuantizer.h +115 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/AuxIndexStructures.cpp +90 -120
- data/vendor/faiss/faiss/impl/AuxIndexStructures.h +81 -65
- data/vendor/faiss/faiss/impl/FaissAssert.h +73 -58
- data/vendor/faiss/faiss/impl/FaissException.cpp +56 -48
- data/vendor/faiss/faiss/impl/FaissException.h +41 -29
- data/vendor/faiss/faiss/impl/HNSW.cpp +595 -611
- data/vendor/faiss/faiss/impl/HNSW.h +179 -200
- data/vendor/faiss/faiss/impl/LocalSearchQuantizer.cpp +672 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/LocalSearchQuantizer.h +172 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/NNDescent.cpp +487 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/NNDescent.h +154 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/NSG.cpp +682 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/NSG.h +199 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/PolysemousTraining.cpp +484 -454
- data/vendor/faiss/faiss/impl/PolysemousTraining.h +52 -55
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ProductQuantizer-inl.h +26 -47
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ProductQuantizer.cpp +469 -459
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ProductQuantizer.h +76 -87
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ResidualQuantizer.cpp +448 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ResidualQuantizer.h +130 -0
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ResultHandler.h +96 -132
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ScalarQuantizer.cpp +648 -701
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ScalarQuantizer.h +48 -46
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ThreadedIndex-inl.h +129 -131
- data/vendor/faiss/faiss/impl/ThreadedIndex.h +61 -55
- data/vendor/faiss/faiss/impl/index_read.cpp +547 -479
- data/vendor/faiss/faiss/impl/index_write.cpp +497 -407
- data/vendor/faiss/faiss/impl/io.cpp +75 -94
- data/vendor/faiss/faiss/impl/io.h +31 -41
- data/vendor/faiss/faiss/impl/io_macros.h +40 -29
- data/vendor/faiss/faiss/impl/lattice_Zn.cpp +137 -186
- data/vendor/faiss/faiss/impl/lattice_Zn.h +40 -51
- data/vendor/faiss/faiss/impl/platform_macros.h +29 -8
- data/vendor/faiss/faiss/impl/pq4_fast_scan.cpp +77 -124
- data/vendor/faiss/faiss/impl/pq4_fast_scan.h +39 -48
- data/vendor/faiss/faiss/impl/pq4_fast_scan_search_1.cpp +41 -52
- data/vendor/faiss/faiss/impl/pq4_fast_scan_search_qbs.cpp +80 -117
- data/vendor/faiss/faiss/impl/simd_result_handlers.h +109 -137
- data/vendor/faiss/faiss/index_factory.cpp +269 -218
- data/vendor/faiss/faiss/index_factory.h +6 -7
- data/vendor/faiss/faiss/index_io.h +23 -26
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/BlockInvertedLists.cpp +67 -75
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/BlockInvertedLists.h +22 -24
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/DirectMap.cpp +96 -112
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/DirectMap.h +29 -33
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/InvertedLists.cpp +307 -364
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/InvertedLists.h +151 -151
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/InvertedListsIOHook.cpp +29 -34
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/InvertedListsIOHook.h +17 -18
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/OnDiskInvertedLists.cpp +257 -293
- data/vendor/faiss/faiss/invlists/OnDiskInvertedLists.h +50 -45
- data/vendor/faiss/faiss/python/python_callbacks.cpp +23 -26
- data/vendor/faiss/faiss/python/python_callbacks.h +9 -16
- data/vendor/faiss/faiss/utils/AlignedTable.h +79 -44
- data/vendor/faiss/faiss/utils/Heap.cpp +40 -48
- data/vendor/faiss/faiss/utils/Heap.h +186 -209
- data/vendor/faiss/faiss/utils/WorkerThread.cpp +67 -76
- data/vendor/faiss/faiss/utils/WorkerThread.h +32 -33
- data/vendor/faiss/faiss/utils/distances.cpp +301 -310
- data/vendor/faiss/faiss/utils/distances.h +133 -118
- data/vendor/faiss/faiss/utils/distances_simd.cpp +456 -516
- data/vendor/faiss/faiss/utils/extra_distances-inl.h +117 -0
- data/vendor/faiss/faiss/utils/extra_distances.cpp +113 -232
- data/vendor/faiss/faiss/utils/extra_distances.h +30 -29
- data/vendor/faiss/faiss/utils/hamming-inl.h +260 -209
- data/vendor/faiss/faiss/utils/hamming.cpp +375 -469
- data/vendor/faiss/faiss/utils/hamming.h +62 -85
- data/vendor/faiss/faiss/utils/ordered_key_value.h +16 -18
- data/vendor/faiss/faiss/utils/partitioning.cpp +393 -318
- data/vendor/faiss/faiss/utils/partitioning.h +26 -21
- data/vendor/faiss/faiss/utils/quantize_lut.cpp +78 -66
- data/vendor/faiss/faiss/utils/quantize_lut.h +22 -20
- data/vendor/faiss/faiss/utils/random.cpp +39 -63
- data/vendor/faiss/faiss/utils/random.h +13 -16
- data/vendor/faiss/faiss/utils/simdlib.h +4 -2
- data/vendor/faiss/faiss/utils/simdlib_avx2.h +88 -85
- data/vendor/faiss/faiss/utils/simdlib_emulated.h +226 -165
- data/vendor/faiss/faiss/utils/simdlib_neon.h +832 -0
- data/vendor/faiss/faiss/utils/utils.cpp +304 -287
- data/vendor/faiss/faiss/utils/utils.h +53 -48
- metadata +26 -12
- data/lib/faiss/index.rb +0 -20
- data/lib/faiss/index_binary.rb +0 -20
- data/lib/faiss/kmeans.rb +0 -15
- data/lib/faiss/pca_matrix.rb +0 -15
- data/lib/faiss/product_quantizer.rb +0 -22
@@ -9,332 +9,340 @@
|
|
9
9
|
|
10
10
|
#include <faiss/IndexIVFFlat.h>
|
11
11
|
|
12
|
+
#include <omp.h>
|
13
|
+
|
12
14
|
#include <cinttypes>
|
13
15
|
#include <cstdio>
|
14
16
|
|
15
17
|
#include <faiss/IndexFlat.h>
|
16
18
|
|
19
|
+
#include <faiss/impl/AuxIndexStructures.h>
|
20
|
+
#include <faiss/impl/FaissAssert.h>
|
17
21
|
#include <faiss/utils/distances.h>
|
18
22
|
#include <faiss/utils/utils.h>
|
19
|
-
#include <faiss/impl/FaissAssert.h>
|
20
|
-
#include <faiss/impl/AuxIndexStructures.h>
|
21
|
-
|
22
23
|
|
23
24
|
namespace faiss {
|
24
25
|
|
25
|
-
|
26
26
|
/*****************************************
|
27
27
|
* IndexIVFFlat implementation
|
28
28
|
******************************************/
|
29
29
|
|
30
|
-
IndexIVFFlat::IndexIVFFlat
|
31
|
-
|
32
|
-
|
33
|
-
|
30
|
+
IndexIVFFlat::IndexIVFFlat(
|
31
|
+
Index* quantizer,
|
32
|
+
size_t d,
|
33
|
+
size_t nlist,
|
34
|
+
MetricType metric)
|
35
|
+
: IndexIVF(quantizer, d, nlist, sizeof(float) * d, metric) {
|
34
36
|
code_size = sizeof(float) * d;
|
35
37
|
}
|
36
38
|
|
39
|
+
void IndexIVFFlat::add_core(
|
40
|
+
idx_t n,
|
41
|
+
const float* x,
|
42
|
+
const int64_t* xids,
|
43
|
+
const int64_t* coarse_idx)
|
37
44
|
|
38
|
-
void IndexIVFFlat::add_with_ids (idx_t n, const float * x, const idx_t *xids)
|
39
45
|
{
|
40
|
-
|
41
|
-
|
42
|
-
|
43
|
-
|
44
|
-
const int64_t *precomputed_idx)
|
46
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT(is_trained);
|
47
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT(coarse_idx);
|
48
|
+
assert(invlists);
|
49
|
+
direct_map.check_can_add(xids);
|
45
50
|
|
46
|
-
{
|
47
|
-
FAISS_THROW_IF_NOT (is_trained);
|
48
|
-
assert (invlists);
|
49
|
-
direct_map.check_can_add (xids);
|
50
|
-
const int64_t * idx;
|
51
|
-
ScopeDeleter<int64_t> del;
|
52
|
-
|
53
|
-
if (precomputed_idx) {
|
54
|
-
idx = precomputed_idx;
|
55
|
-
} else {
|
56
|
-
int64_t * idx0 = new int64_t [n];
|
57
|
-
del.set (idx0);
|
58
|
-
quantizer->assign (n, x, idx0);
|
59
|
-
idx = idx0;
|
60
|
-
}
|
61
51
|
int64_t n_add = 0;
|
62
|
-
|
63
|
-
|
64
|
-
|
65
|
-
|
66
|
-
|
67
|
-
|
68
|
-
|
69
|
-
|
70
|
-
|
71
|
-
|
72
|
-
|
73
|
-
|
52
|
+
|
53
|
+
DirectMapAdd dm_adder(direct_map, n, xids);
|
54
|
+
|
55
|
+
#pragma omp parallel reduction(+ : n_add)
|
56
|
+
{
|
57
|
+
int nt = omp_get_num_threads();
|
58
|
+
int rank = omp_get_thread_num();
|
59
|
+
|
60
|
+
// each thread takes care of a subset of lists
|
61
|
+
for (size_t i = 0; i < n; i++) {
|
62
|
+
idx_t list_no = coarse_idx[i];
|
63
|
+
|
64
|
+
if (list_no >= 0 && list_no % nt == rank) {
|
65
|
+
idx_t id = xids ? xids[i] : ntotal + i;
|
66
|
+
const float* xi = x + i * d;
|
67
|
+
size_t offset =
|
68
|
+
invlists->add_entry(list_no, id, (const uint8_t*)xi);
|
69
|
+
dm_adder.add(i, list_no, offset);
|
70
|
+
n_add++;
|
71
|
+
} else if (rank == 0 && list_no == -1) {
|
72
|
+
dm_adder.add(i, -1, 0);
|
73
|
+
}
|
74
74
|
}
|
75
|
-
direct_map.add_single_id (id, list_no, offset);
|
76
75
|
}
|
77
76
|
|
78
77
|
if (verbose) {
|
79
|
-
printf("IndexIVFFlat::add_core: added %" PRId64 " / %" PRId64
|
80
|
-
|
78
|
+
printf("IndexIVFFlat::add_core: added %" PRId64 " / %" PRId64
|
79
|
+
" vectors\n",
|
80
|
+
n_add,
|
81
|
+
n);
|
81
82
|
}
|
82
83
|
ntotal += n;
|
83
84
|
}
|
84
85
|
|
85
|
-
void IndexIVFFlat::encode_vectors(
|
86
|
-
|
87
|
-
|
88
|
-
|
89
|
-
|
86
|
+
void IndexIVFFlat::encode_vectors(
|
87
|
+
idx_t n,
|
88
|
+
const float* x,
|
89
|
+
const idx_t* list_nos,
|
90
|
+
uint8_t* codes,
|
91
|
+
bool include_listnos) const {
|
90
92
|
if (!include_listnos) {
|
91
|
-
memcpy
|
93
|
+
memcpy(codes, x, code_size * n);
|
92
94
|
} else {
|
93
|
-
size_t coarse_size = coarse_code_size
|
95
|
+
size_t coarse_size = coarse_code_size();
|
94
96
|
for (size_t i = 0; i < n; i++) {
|
95
|
-
int64_t list_no = list_nos
|
96
|
-
uint8_t
|
97
|
-
const float
|
97
|
+
int64_t list_no = list_nos[i];
|
98
|
+
uint8_t* code = codes + i * (code_size + coarse_size);
|
99
|
+
const float* xi = x + i * d;
|
98
100
|
if (list_no >= 0) {
|
99
|
-
encode_listno
|
100
|
-
memcpy
|
101
|
+
encode_listno(list_no, code);
|
102
|
+
memcpy(code + coarse_size, xi, code_size);
|
101
103
|
} else {
|
102
|
-
memset
|
104
|
+
memset(code, 0, code_size + coarse_size);
|
103
105
|
}
|
104
|
-
|
105
106
|
}
|
106
107
|
}
|
107
108
|
}
|
108
109
|
|
109
|
-
void IndexIVFFlat::sa_decode
|
110
|
-
|
111
|
-
{
|
112
|
-
size_t coarse_size = coarse_code_size ();
|
110
|
+
void IndexIVFFlat::sa_decode(idx_t n, const uint8_t* bytes, float* x) const {
|
111
|
+
size_t coarse_size = coarse_code_size();
|
113
112
|
for (size_t i = 0; i < n; i++) {
|
114
|
-
const uint8_t
|
115
|
-
float
|
116
|
-
memcpy
|
113
|
+
const uint8_t* code = bytes + i * (code_size + coarse_size);
|
114
|
+
float* xi = x + i * d;
|
115
|
+
memcpy(xi, code + coarse_size, code_size);
|
117
116
|
}
|
118
117
|
}
|
119
118
|
|
120
|
-
|
121
119
|
namespace {
|
122
120
|
|
123
|
-
|
124
|
-
|
125
|
-
struct IVFFlatScanner: InvertedListScanner {
|
121
|
+
template <MetricType metric, class C>
|
122
|
+
struct IVFFlatScanner : InvertedListScanner {
|
126
123
|
size_t d;
|
127
124
|
bool store_pairs;
|
128
125
|
|
129
|
-
IVFFlatScanner(size_t d, bool store_pairs)
|
130
|
-
|
126
|
+
IVFFlatScanner(size_t d, bool store_pairs)
|
127
|
+
: d(d), store_pairs(store_pairs) {}
|
131
128
|
|
132
|
-
const float
|
133
|
-
void set_query
|
129
|
+
const float* xi;
|
130
|
+
void set_query(const float* query) override {
|
134
131
|
this->xi = query;
|
135
132
|
}
|
136
133
|
|
137
134
|
idx_t list_no;
|
138
|
-
void set_list
|
135
|
+
void set_list(idx_t list_no, float /* coarse_dis */) override {
|
139
136
|
this->list_no = list_no;
|
140
137
|
}
|
141
138
|
|
142
|
-
float distance_to_code
|
143
|
-
const float
|
144
|
-
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
145
|
-
|
139
|
+
float distance_to_code(const uint8_t* code) const override {
|
140
|
+
const float* yj = (float*)code;
|
141
|
+
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
142
|
+
? fvec_inner_product(xi, yj, d)
|
143
|
+
: fvec_L2sqr(xi, yj, d);
|
146
144
|
return dis;
|
147
145
|
}
|
148
146
|
|
149
|
-
size_t scan_codes
|
150
|
-
|
151
|
-
|
152
|
-
|
153
|
-
|
154
|
-
|
155
|
-
|
147
|
+
size_t scan_codes(
|
148
|
+
size_t list_size,
|
149
|
+
const uint8_t* codes,
|
150
|
+
const idx_t* ids,
|
151
|
+
float* simi,
|
152
|
+
idx_t* idxi,
|
153
|
+
size_t k) const override {
|
154
|
+
const float* list_vecs = (const float*)codes;
|
156
155
|
size_t nup = 0;
|
157
156
|
for (size_t j = 0; j < list_size; j++) {
|
158
|
-
const float
|
159
|
-
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
160
|
-
|
161
|
-
|
162
|
-
|
163
|
-
|
157
|
+
const float* yj = list_vecs + d * j;
|
158
|
+
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
159
|
+
? fvec_inner_product(xi, yj, d)
|
160
|
+
: fvec_L2sqr(xi, yj, d);
|
161
|
+
if (C::cmp(simi[0], dis)) {
|
162
|
+
int64_t id = store_pairs ? lo_build(list_no, j) : ids[j];
|
163
|
+
heap_replace_top<C>(k, simi, idxi, dis, id);
|
164
164
|
nup++;
|
165
165
|
}
|
166
166
|
}
|
167
167
|
return nup;
|
168
168
|
}
|
169
169
|
|
170
|
-
void scan_codes_range
|
171
|
-
|
172
|
-
|
173
|
-
|
174
|
-
|
175
|
-
|
176
|
-
const float
|
170
|
+
void scan_codes_range(
|
171
|
+
size_t list_size,
|
172
|
+
const uint8_t* codes,
|
173
|
+
const idx_t* ids,
|
174
|
+
float radius,
|
175
|
+
RangeQueryResult& res) const override {
|
176
|
+
const float* list_vecs = (const float*)codes;
|
177
177
|
for (size_t j = 0; j < list_size; j++) {
|
178
|
-
const float
|
179
|
-
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
180
|
-
|
181
|
-
|
182
|
-
|
183
|
-
|
178
|
+
const float* yj = list_vecs + d * j;
|
179
|
+
float dis = metric == METRIC_INNER_PRODUCT
|
180
|
+
? fvec_inner_product(xi, yj, d)
|
181
|
+
: fvec_L2sqr(xi, yj, d);
|
182
|
+
if (C::cmp(radius, dis)) {
|
183
|
+
int64_t id = store_pairs ? lo_build(list_no, j) : ids[j];
|
184
|
+
res.add(dis, id);
|
184
185
|
}
|
185
186
|
}
|
186
187
|
}
|
187
|
-
|
188
|
-
|
189
188
|
};
|
190
189
|
|
191
|
-
|
192
190
|
} // anonymous namespace
|
193
191
|
|
194
|
-
|
195
|
-
|
196
|
-
InvertedListScanner* IndexIVFFlat::get_InvertedListScanner
|
197
|
-
(bool store_pairs) const
|
198
|
-
{
|
192
|
+
InvertedListScanner* IndexIVFFlat::get_InvertedListScanner(
|
193
|
+
bool store_pairs) const {
|
199
194
|
if (metric_type == METRIC_INNER_PRODUCT) {
|
200
|
-
return new IVFFlatScanner<
|
201
|
-
|
195
|
+
return new IVFFlatScanner<METRIC_INNER_PRODUCT, CMin<float, int64_t>>(
|
196
|
+
d, store_pairs);
|
202
197
|
} else if (metric_type == METRIC_L2) {
|
203
|
-
return new IVFFlatScanner<
|
204
|
-
|
198
|
+
return new IVFFlatScanner<METRIC_L2, CMax<float, int64_t>>(
|
199
|
+
d, store_pairs);
|
205
200
|
} else {
|
206
201
|
FAISS_THROW_MSG("metric type not supported");
|
207
202
|
}
|
208
203
|
return nullptr;
|
209
204
|
}
|
210
205
|
|
211
|
-
|
212
|
-
|
213
|
-
|
214
|
-
|
215
|
-
|
216
|
-
{
|
217
|
-
memcpy (recons, invlists->get_single_code (list_no, offset), code_size);
|
206
|
+
void IndexIVFFlat::reconstruct_from_offset(
|
207
|
+
int64_t list_no,
|
208
|
+
int64_t offset,
|
209
|
+
float* recons) const {
|
210
|
+
memcpy(recons, invlists->get_single_code(list_no, offset), code_size);
|
218
211
|
}
|
219
212
|
|
220
213
|
/*****************************************
|
221
214
|
* IndexIVFFlatDedup implementation
|
222
215
|
******************************************/
|
223
216
|
|
224
|
-
IndexIVFFlatDedup::IndexIVFFlatDedup
|
225
|
-
|
226
|
-
|
227
|
-
|
228
|
-
|
229
|
-
|
217
|
+
IndexIVFFlatDedup::IndexIVFFlatDedup(
|
218
|
+
Index* quantizer,
|
219
|
+
size_t d,
|
220
|
+
size_t nlist_,
|
221
|
+
MetricType metric_type)
|
222
|
+
: IndexIVFFlat(quantizer, d, nlist_, metric_type) {}
|
230
223
|
|
231
|
-
void IndexIVFFlatDedup::train(idx_t n, const float* x)
|
232
|
-
{
|
224
|
+
void IndexIVFFlatDedup::train(idx_t n, const float* x) {
|
233
225
|
std::unordered_map<uint64_t, idx_t> map;
|
234
|
-
float
|
235
|
-
ScopeDeleter<float> del
|
226
|
+
float* x2 = new float[n * d];
|
227
|
+
ScopeDeleter<float> del(x2);
|
236
228
|
|
237
229
|
int64_t n2 = 0;
|
238
230
|
for (int64_t i = 0; i < n; i++) {
|
239
|
-
uint64_t hash = hash_bytes((uint8_t
|
231
|
+
uint64_t hash = hash_bytes((uint8_t*)(x + i * d), code_size);
|
240
232
|
if (map.count(hash) &&
|
241
|
-
!memcmp
|
233
|
+
!memcmp(x2 + map[hash] * d, x + i * d, code_size)) {
|
242
234
|
// is duplicate, skip
|
243
235
|
} else {
|
244
|
-
map
|
245
|
-
memcpy
|
246
|
-
n2
|
236
|
+
map[hash] = n2;
|
237
|
+
memcpy(x2 + n2 * d, x + i * d, code_size);
|
238
|
+
n2++;
|
247
239
|
}
|
248
240
|
}
|
249
241
|
if (verbose) {
|
250
|
-
printf
|
251
|
-
|
242
|
+
printf("IndexIVFFlatDedup::train: train on %" PRId64
|
243
|
+
" points after dedup "
|
244
|
+
"(was %" PRId64 " points)\n",
|
245
|
+
n2,
|
246
|
+
n);
|
252
247
|
}
|
253
|
-
IndexIVFFlat::train
|
248
|
+
IndexIVFFlat::train(n2, x2);
|
254
249
|
}
|
255
250
|
|
251
|
+
void IndexIVFFlatDedup::add_with_ids(
|
252
|
+
idx_t na,
|
253
|
+
const float* x,
|
254
|
+
const idx_t* xids) {
|
255
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT(is_trained);
|
256
|
+
assert(invlists);
|
257
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT_MSG(
|
258
|
+
direct_map.no(), "IVFFlatDedup not implemented with direct_map");
|
259
|
+
int64_t* idx = new int64_t[na];
|
260
|
+
ScopeDeleter<int64_t> del(idx);
|
261
|
+
quantizer->assign(na, x, idx);
|
256
262
|
|
263
|
+
int64_t n_add = 0, n_dup = 0;
|
257
264
|
|
258
|
-
|
259
|
-
|
260
|
-
|
265
|
+
#pragma omp parallel reduction(+ : n_add, n_dup)
|
266
|
+
{
|
267
|
+
int nt = omp_get_num_threads();
|
268
|
+
int rank = omp_get_thread_num();
|
261
269
|
|
262
|
-
|
263
|
-
|
264
|
-
|
265
|
-
"IVFFlatDedup not implemented with direct_map");
|
266
|
-
int64_t * idx = new int64_t [na];
|
267
|
-
ScopeDeleter<int64_t> del (idx);
|
268
|
-
quantizer->assign (na, x, idx);
|
270
|
+
// each thread takes care of a subset of lists
|
271
|
+
for (size_t i = 0; i < na; i++) {
|
272
|
+
int64_t list_no = idx[i];
|
269
273
|
|
270
|
-
|
271
|
-
|
272
|
-
|
273
|
-
idx_t id = xids ? xids[i] : ntotal + i;
|
274
|
-
int64_t list_no = idx [i];
|
274
|
+
if (list_no < 0 || list_no % nt != rank) {
|
275
|
+
continue;
|
276
|
+
}
|
275
277
|
|
276
|
-
|
277
|
-
|
278
|
-
}
|
279
|
-
const float *xi = x + i * d;
|
278
|
+
idx_t id = xids ? xids[i] : ntotal + i;
|
279
|
+
const float* xi = x + i * d;
|
280
280
|
|
281
|
-
|
282
|
-
|
281
|
+
// search if there is already an entry with that id
|
282
|
+
InvertedLists::ScopedCodes codes(invlists, list_no);
|
283
283
|
|
284
|
-
|
285
|
-
|
286
|
-
|
287
|
-
|
288
|
-
|
289
|
-
|
290
|
-
|
284
|
+
int64_t n = invlists->list_size(list_no);
|
285
|
+
int64_t offset = -1;
|
286
|
+
for (int64_t o = 0; o < n; o++) {
|
287
|
+
if (!memcmp(codes.get() + o * code_size, xi, code_size)) {
|
288
|
+
offset = o;
|
289
|
+
break;
|
290
|
+
}
|
291
291
|
}
|
292
|
-
}
|
293
292
|
|
294
|
-
|
295
|
-
|
296
|
-
|
297
|
-
|
298
|
-
|
299
|
-
|
300
|
-
|
301
|
-
|
293
|
+
if (offset == -1) { // not found
|
294
|
+
invlists->add_entry(list_no, id, (const uint8_t*)xi);
|
295
|
+
} else {
|
296
|
+
// mark equivalence
|
297
|
+
idx_t id2 = invlists->get_single_id(list_no, offset);
|
298
|
+
std::pair<idx_t, idx_t> pair(id2, id);
|
299
|
+
|
300
|
+
#pragma omp critical
|
301
|
+
// executed by one thread at a time
|
302
|
+
instances.insert(pair);
|
303
|
+
|
304
|
+
n_dup++;
|
305
|
+
}
|
306
|
+
n_add++;
|
302
307
|
}
|
303
|
-
n_add++;
|
304
308
|
}
|
305
309
|
if (verbose) {
|
306
|
-
printf("IndexIVFFlat::add_with_ids: added %" PRId64 " / %" PRId64
|
310
|
+
printf("IndexIVFFlat::add_with_ids: added %" PRId64 " / %" PRId64
|
311
|
+
" vectors"
|
307
312
|
" (out of which %" PRId64 " are duplicates)\n",
|
308
|
-
n_add,
|
313
|
+
n_add,
|
314
|
+
na,
|
315
|
+
n_dup);
|
309
316
|
}
|
310
317
|
ntotal += n_add;
|
311
318
|
}
|
312
319
|
|
313
|
-
void IndexIVFFlatDedup::search_preassigned
|
314
|
-
|
315
|
-
|
316
|
-
|
317
|
-
|
318
|
-
|
319
|
-
|
320
|
-
|
321
|
-
|
322
|
-
|
323
|
-
|
324
|
-
|
325
|
-
|
326
|
-
|
327
|
-
|
328
|
-
|
329
|
-
|
330
|
-
std::vector
|
320
|
+
void IndexIVFFlatDedup::search_preassigned(
|
321
|
+
idx_t n,
|
322
|
+
const float* x,
|
323
|
+
idx_t k,
|
324
|
+
const idx_t* assign,
|
325
|
+
const float* centroid_dis,
|
326
|
+
float* distances,
|
327
|
+
idx_t* labels,
|
328
|
+
bool store_pairs,
|
329
|
+
const IVFSearchParameters* params,
|
330
|
+
IndexIVFStats* stats) const {
|
331
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT_MSG(
|
332
|
+
!store_pairs, "store_pairs not supported in IVFDedup");
|
333
|
+
|
334
|
+
IndexIVFFlat::search_preassigned(
|
335
|
+
n, x, k, assign, centroid_dis, distances, labels, false, params);
|
336
|
+
|
337
|
+
std::vector<idx_t> labels2(k);
|
338
|
+
std::vector<float> dis2(k);
|
331
339
|
|
332
340
|
for (int64_t i = 0; i < n; i++) {
|
333
|
-
idx_t
|
334
|
-
float
|
341
|
+
idx_t* labels1 = labels + i * k;
|
342
|
+
float* dis1 = distances + i * k;
|
335
343
|
int64_t j = 0;
|
336
344
|
for (; j < k; j++) {
|
337
|
-
if (instances.find
|
345
|
+
if (instances.find(labels1[j]) != instances.end()) {
|
338
346
|
// a duplicate: special handling
|
339
347
|
break;
|
340
348
|
}
|
@@ -344,11 +352,11 @@ void IndexIVFFlatDedup::search_preassigned (
|
|
344
352
|
int64_t j0 = j;
|
345
353
|
int64_t rp = j;
|
346
354
|
while (j < k) {
|
347
|
-
auto range = instances.equal_range
|
355
|
+
auto range = instances.equal_range(labels1[rp]);
|
348
356
|
float dis = dis1[rp];
|
349
357
|
labels2[j] = labels1[rp];
|
350
358
|
dis2[j] = dis;
|
351
|
-
j
|
359
|
+
j++;
|
352
360
|
for (auto it = range.first; j < k && it != range.second; ++it) {
|
353
361
|
labels2[j] = it->second;
|
354
362
|
dis2[j] = dis;
|
@@ -356,21 +364,18 @@ void IndexIVFFlatDedup::search_preassigned (
|
|
356
364
|
}
|
357
365
|
rp++;
|
358
366
|
}
|
359
|
-
memcpy
|
360
|
-
|
361
|
-
|
362
|
-
|
367
|
+
memcpy(labels1 + j0,
|
368
|
+
labels2.data() + j0,
|
369
|
+
sizeof(labels1[0]) * (k - j0));
|
370
|
+
memcpy(dis1 + j0, dis2.data() + j0, sizeof(dis2[0]) * (k - j0));
|
363
371
|
}
|
364
372
|
}
|
365
|
-
|
366
373
|
}
|
367
374
|
|
368
|
-
|
369
|
-
size_t IndexIVFFlatDedup::remove_ids(const IDSelector& sel)
|
370
|
-
{
|
375
|
+
size_t IndexIVFFlatDedup::remove_ids(const IDSelector& sel) {
|
371
376
|
std::unordered_map<idx_t, idx_t> replace;
|
372
|
-
std::vector<std::pair<idx_t, idx_t
|
373
|
-
for (auto it = instances.begin(); it != instances.end();
|
377
|
+
std::vector<std::pair<idx_t, idx_t>> toadd;
|
378
|
+
for (auto it = instances.begin(); it != instances.end();) {
|
374
379
|
if (sel.is_member(it->first)) {
|
375
380
|
// then we erase this entry
|
376
381
|
if (!sel.is_member(it->second)) {
|
@@ -378,8 +383,8 @@ size_t IndexIVFFlatDedup::remove_ids(const IDSelector& sel)
|
|
378
383
|
if (replace.count(it->first) == 0) {
|
379
384
|
replace[it->first] = it->second;
|
380
385
|
} else { // remember we should add an element
|
381
|
-
std::pair<idx_t, idx_t> new_entry
|
382
|
-
|
386
|
+
std::pair<idx_t, idx_t> new_entry(
|
387
|
+
replace[it->first], it->second);
|
383
388
|
toadd.push_back(new_entry);
|
384
389
|
}
|
385
390
|
}
|
@@ -393,32 +398,34 @@ size_t IndexIVFFlatDedup::remove_ids(const IDSelector& sel)
|
|
393
398
|
}
|
394
399
|
}
|
395
400
|
|
396
|
-
instances.insert
|
401
|
+
instances.insert(toadd.begin(), toadd.end());
|
397
402
|
|
398
403
|
// mostly copied from IndexIVF.cpp
|
399
404
|
|
400
|
-
FAISS_THROW_IF_NOT_MSG
|
401
|
-
|
405
|
+
FAISS_THROW_IF_NOT_MSG(
|
406
|
+
direct_map.no(), "direct map remove not implemented");
|
402
407
|
|
403
408
|
std::vector<int64_t> toremove(nlist);
|
404
409
|
|
405
410
|
#pragma omp parallel for
|
406
411
|
for (int64_t i = 0; i < nlist; i++) {
|
407
|
-
int64_t l0 = invlists->list_size
|
408
|
-
InvertedLists::ScopedIds idsi
|
412
|
+
int64_t l0 = invlists->list_size(i), l = l0, j = 0;
|
413
|
+
InvertedLists::ScopedIds idsi(invlists, i);
|
409
414
|
while (j < l) {
|
410
|
-
if (sel.is_member
|
415
|
+
if (sel.is_member(idsi[j])) {
|
411
416
|
if (replace.count(idsi[j]) == 0) {
|
412
417
|
l--;
|
413
|
-
invlists->update_entry
|
414
|
-
|
415
|
-
|
416
|
-
|
418
|
+
invlists->update_entry(
|
419
|
+
i,
|
420
|
+
j,
|
421
|
+
invlists->get_single_id(i, l),
|
422
|
+
InvertedLists::ScopedCodes(invlists, i, l).get());
|
417
423
|
} else {
|
418
|
-
invlists->update_entry
|
419
|
-
|
420
|
-
|
421
|
-
|
424
|
+
invlists->update_entry(
|
425
|
+
i,
|
426
|
+
j,
|
427
|
+
replace[idsi[j]],
|
428
|
+
InvertedLists::ScopedCodes(invlists, i, j).get());
|
422
429
|
j++;
|
423
430
|
}
|
424
431
|
} else {
|
@@ -432,37 +439,28 @@ size_t IndexIVFFlatDedup::remove_ids(const IDSelector& sel)
|
|
432
439
|
for (int64_t i = 0; i < nlist; i++) {
|
433
440
|
if (toremove[i] > 0) {
|
434
441
|
nremove += toremove[i];
|
435
|
-
invlists->resize(
|
436
|
-
i, invlists->list_size(i) - toremove[i]);
|
442
|
+
invlists->resize(i, invlists->list_size(i) - toremove[i]);
|
437
443
|
}
|
438
444
|
}
|
439
445
|
ntotal -= nremove;
|
440
446
|
return nremove;
|
441
447
|
}
|
442
448
|
|
443
|
-
|
444
449
|
void IndexIVFFlatDedup::range_search(
|
445
|
-
idx_t
|
446
|
-
const float
|
447
|
-
float
|
448
|
-
RangeSearchResult*
|
449
|
-
|
450
|
-
FAISS_THROW_MSG ("not implemented");
|
450
|
+
idx_t,
|
451
|
+
const float*,
|
452
|
+
float,
|
453
|
+
RangeSearchResult*) const {
|
454
|
+
FAISS_THROW_MSG("not implemented");
|
451
455
|
}
|
452
456
|
|
453
|
-
void IndexIVFFlatDedup::update_vectors
|
454
|
-
|
455
|
-
FAISS_THROW_MSG ("not implemented");
|
457
|
+
void IndexIVFFlatDedup::update_vectors(int, const idx_t*, const float*) {
|
458
|
+
FAISS_THROW_MSG("not implemented");
|
456
459
|
}
|
457
460
|
|
458
|
-
|
459
|
-
|
460
|
-
|
461
|
-
{
|
462
|
-
FAISS_THROW_MSG ("not implemented");
|
461
|
+
void IndexIVFFlatDedup::reconstruct_from_offset(int64_t, int64_t, float*)
|
462
|
+
const {
|
463
|
+
FAISS_THROW_MSG("not implemented");
|
463
464
|
}
|
464
465
|
|
465
|
-
|
466
|
-
|
467
|
-
|
468
466
|
} // namespace faiss
|