bio 0.7.0

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (201) hide show
  1. data/bin/bioruby +107 -0
  2. data/bin/br_biofetch.rb +59 -0
  3. data/bin/br_bioflat.rb +294 -0
  4. data/bin/br_biogetseq.rb +57 -0
  5. data/bin/br_pmfetch.rb +431 -0
  6. data/doc/BioRuby.rd.ja +225 -0
  7. data/doc/Changes-0.7.rd +236 -0
  8. data/doc/Design.rd.ja +341 -0
  9. data/doc/KEGG_API.rd +1437 -0
  10. data/doc/KEGG_API.rd.ja +1399 -0
  11. data/doc/TODO.rd.ja +138 -0
  12. data/doc/Tutorial.rd +1138 -0
  13. data/doc/Tutorial.rd.ja +2110 -0
  14. data/etc/bioinformatics/seqdatabase.ini +210 -0
  15. data/lib/bio.rb +256 -0
  16. data/lib/bio/alignment.rb +1906 -0
  17. data/lib/bio/appl/bl2seq/report.rb +350 -0
  18. data/lib/bio/appl/blast.rb +269 -0
  19. data/lib/bio/appl/blast/format0.rb +1402 -0
  20. data/lib/bio/appl/blast/format8.rb +95 -0
  21. data/lib/bio/appl/blast/report.rb +652 -0
  22. data/lib/bio/appl/blast/rexml.rb +151 -0
  23. data/lib/bio/appl/blast/wublast.rb +553 -0
  24. data/lib/bio/appl/blast/xmlparser.rb +222 -0
  25. data/lib/bio/appl/blat/report.rb +392 -0
  26. data/lib/bio/appl/clustalw.rb +191 -0
  27. data/lib/bio/appl/clustalw/report.rb +154 -0
  28. data/lib/bio/appl/emboss.rb +68 -0
  29. data/lib/bio/appl/fasta.rb +262 -0
  30. data/lib/bio/appl/fasta/format10.rb +428 -0
  31. data/lib/bio/appl/fasta/format6.rb +37 -0
  32. data/lib/bio/appl/genscan/report.rb +570 -0
  33. data/lib/bio/appl/hmmer.rb +129 -0
  34. data/lib/bio/appl/hmmer/report.rb +556 -0
  35. data/lib/bio/appl/mafft.rb +222 -0
  36. data/lib/bio/appl/mafft/report.rb +119 -0
  37. data/lib/bio/appl/psort.rb +555 -0
  38. data/lib/bio/appl/psort/report.rb +473 -0
  39. data/lib/bio/appl/sim4.rb +134 -0
  40. data/lib/bio/appl/sim4/report.rb +501 -0
  41. data/lib/bio/appl/sosui/report.rb +166 -0
  42. data/lib/bio/appl/spidey/report.rb +604 -0
  43. data/lib/bio/appl/targetp/report.rb +283 -0
  44. data/lib/bio/appl/tmhmm/report.rb +238 -0
  45. data/lib/bio/command.rb +166 -0
  46. data/lib/bio/data/aa.rb +354 -0
  47. data/lib/bio/data/codontable.rb +740 -0
  48. data/lib/bio/data/na.rb +226 -0
  49. data/lib/bio/db.rb +340 -0
  50. data/lib/bio/db/aaindex.rb +280 -0
  51. data/lib/bio/db/embl/common.rb +332 -0
  52. data/lib/bio/db/embl/embl.rb +446 -0
  53. data/lib/bio/db/embl/sptr.rb +954 -0
  54. data/lib/bio/db/embl/swissprot.rb +32 -0
  55. data/lib/bio/db/embl/trembl.rb +31 -0
  56. data/lib/bio/db/embl/uniprot.rb +32 -0
  57. data/lib/bio/db/fantom.rb +604 -0
  58. data/lib/bio/db/fasta.rb +869 -0
  59. data/lib/bio/db/genbank/common.rb +299 -0
  60. data/lib/bio/db/genbank/ddbj.rb +34 -0
  61. data/lib/bio/db/genbank/genbank.rb +354 -0
  62. data/lib/bio/db/genbank/genpept.rb +73 -0
  63. data/lib/bio/db/genbank/refseq.rb +31 -0
  64. data/lib/bio/db/gff.rb +106 -0
  65. data/lib/bio/db/go.rb +497 -0
  66. data/lib/bio/db/kegg/brite.rb +51 -0
  67. data/lib/bio/db/kegg/cell.rb +88 -0
  68. data/lib/bio/db/kegg/compound.rb +130 -0
  69. data/lib/bio/db/kegg/enzyme.rb +125 -0
  70. data/lib/bio/db/kegg/expression.rb +173 -0
  71. data/lib/bio/db/kegg/genes.rb +293 -0
  72. data/lib/bio/db/kegg/genome.rb +362 -0
  73. data/lib/bio/db/kegg/glycan.rb +213 -0
  74. data/lib/bio/db/kegg/keggtab.rb +418 -0
  75. data/lib/bio/db/kegg/kgml.rb +299 -0
  76. data/lib/bio/db/kegg/ko.rb +178 -0
  77. data/lib/bio/db/kegg/reaction.rb +97 -0
  78. data/lib/bio/db/litdb.rb +131 -0
  79. data/lib/bio/db/medline.rb +317 -0
  80. data/lib/bio/db/nbrf.rb +199 -0
  81. data/lib/bio/db/pdb.rb +38 -0
  82. data/lib/bio/db/pdb/atom.rb +60 -0
  83. data/lib/bio/db/pdb/chain.rb +117 -0
  84. data/lib/bio/db/pdb/model.rb +106 -0
  85. data/lib/bio/db/pdb/pdb.rb +1682 -0
  86. data/lib/bio/db/pdb/residue.rb +122 -0
  87. data/lib/bio/db/pdb/utils.rb +234 -0
  88. data/lib/bio/db/prosite.rb +616 -0
  89. data/lib/bio/db/rebase.rb +417 -0
  90. data/lib/bio/db/transfac.rb +387 -0
  91. data/lib/bio/feature.rb +201 -0
  92. data/lib/bio/io/brdb.rb +103 -0
  93. data/lib/bio/io/das.rb +471 -0
  94. data/lib/bio/io/dbget.rb +212 -0
  95. data/lib/bio/io/ddbjxml.rb +614 -0
  96. data/lib/bio/io/fastacmd.rb +123 -0
  97. data/lib/bio/io/fetch.rb +114 -0
  98. data/lib/bio/io/flatfile.rb +496 -0
  99. data/lib/bio/io/flatfile/bdb.rb +266 -0
  100. data/lib/bio/io/flatfile/index.rb +1308 -0
  101. data/lib/bio/io/flatfile/indexer.rb +778 -0
  102. data/lib/bio/io/higet.rb +92 -0
  103. data/lib/bio/io/keggapi.rb +863 -0
  104. data/lib/bio/io/pubmed.rb +189 -0
  105. data/lib/bio/io/registry.rb +308 -0
  106. data/lib/bio/io/soapwsdl.rb +114 -0
  107. data/lib/bio/io/sql.rb +428 -0
  108. data/lib/bio/location.rb +650 -0
  109. data/lib/bio/pathway.rb +991 -0
  110. data/lib/bio/reference.rb +308 -0
  111. data/lib/bio/sequence.rb +593 -0
  112. data/lib/bio/shell.rb +51 -0
  113. data/lib/bio/shell/core.rb +512 -0
  114. data/lib/bio/shell/plugin/codon.rb +228 -0
  115. data/lib/bio/shell/plugin/entry.rb +85 -0
  116. data/lib/bio/shell/plugin/flatfile.rb +119 -0
  117. data/lib/bio/shell/plugin/keggapi.rb +187 -0
  118. data/lib/bio/shell/plugin/midi.rb +448 -0
  119. data/lib/bio/shell/plugin/obda.rb +63 -0
  120. data/lib/bio/shell/plugin/seq.rb +238 -0
  121. data/lib/bio/shell/session.rb +214 -0
  122. data/lib/bio/util/color_scheme.rb +214 -0
  123. data/lib/bio/util/color_scheme/buried.rb +78 -0
  124. data/lib/bio/util/color_scheme/helix.rb +78 -0
  125. data/lib/bio/util/color_scheme/hydropathy.rb +83 -0
  126. data/lib/bio/util/color_scheme/nucleotide.rb +50 -0
  127. data/lib/bio/util/color_scheme/strand.rb +78 -0
  128. data/lib/bio/util/color_scheme/taylor.rb +69 -0
  129. data/lib/bio/util/color_scheme/turn.rb +78 -0
  130. data/lib/bio/util/color_scheme/zappo.rb +69 -0
  131. data/lib/bio/util/contingency_table.rb +337 -0
  132. data/lib/bio/util/sirna.rb +306 -0
  133. data/lib/bioruby.rb +34 -0
  134. data/sample/biofetch.rb +475 -0
  135. data/sample/color_scheme_na.rb +99 -0
  136. data/sample/dbget +37 -0
  137. data/sample/fasta2tab.rb +99 -0
  138. data/sample/fsplit.rb +51 -0
  139. data/sample/gb2fasta.rb +31 -0
  140. data/sample/gb2tab.rb +325 -0
  141. data/sample/gbtab2mysql.rb +161 -0
  142. data/sample/genes2nuc.rb +33 -0
  143. data/sample/genes2pep.rb +33 -0
  144. data/sample/genes2tab.rb +81 -0
  145. data/sample/genome2rb.rb +29 -0
  146. data/sample/genome2tab.rb +76 -0
  147. data/sample/goslim.rb +311 -0
  148. data/sample/gt2fasta.rb +47 -0
  149. data/sample/pmfetch.rb +42 -0
  150. data/sample/pmsearch.rb +42 -0
  151. data/sample/psortplot_html.rb +222 -0
  152. data/sample/ssearch2tab.rb +96 -0
  153. data/sample/tdiary.rb +158 -0
  154. data/sample/tfastx2tab.rb +100 -0
  155. data/sample/vs-genes.rb +212 -0
  156. data/test/data/SOSUI/sample.report +11 -0
  157. data/test/data/TMHMM/sample.report +21 -0
  158. data/test/data/blast/eco:b0002.faa +15 -0
  159. data/test/data/blast/eco:b0002.faa.m0 +128 -0
  160. data/test/data/blast/eco:b0002.faa.m7 +65 -0
  161. data/test/data/blast/eco:b0002.faa.m8 +1 -0
  162. data/test/data/embl/AB090716.embl +65 -0
  163. data/test/data/genscan/sample.report +63 -0
  164. data/test/data/prosite/prosite.dat +2233 -0
  165. data/test/data/refseq/nm_126355.entret +64 -0
  166. data/test/data/uniprot/p53_human.uniprot +1456 -0
  167. data/test/runner.rb +10 -0
  168. data/test/unit/bio/appl/blast/test_report.rb +427 -0
  169. data/test/unit/bio/appl/blast/test_xmlparser.rb +400 -0
  170. data/test/unit/bio/appl/genscan/test_report.rb +195 -0
  171. data/test/unit/bio/appl/sosui/test_report.rb +94 -0
  172. data/test/unit/bio/appl/targetp/test_report.rb +159 -0
  173. data/test/unit/bio/appl/test_blast.rb +159 -0
  174. data/test/unit/bio/appl/test_fasta.rb +142 -0
  175. data/test/unit/bio/appl/tmhmm/test_report.rb +139 -0
  176. data/test/unit/bio/data/test_aa.rb +103 -0
  177. data/test/unit/bio/data/test_codontable.rb +120 -0
  178. data/test/unit/bio/data/test_na.rb +89 -0
  179. data/test/unit/bio/db/embl/test_common.rb +130 -0
  180. data/test/unit/bio/db/embl/test_embl.rb +227 -0
  181. data/test/unit/bio/db/embl/test_sptr.rb +268 -0
  182. data/test/unit/bio/db/embl/test_uniprot.rb +44 -0
  183. data/test/unit/bio/db/kegg/test_genes.rb +58 -0
  184. data/test/unit/bio/db/test_fasta.rb +263 -0
  185. data/test/unit/bio/db/test_gff.rb +140 -0
  186. data/test/unit/bio/db/test_prosite.rb +1450 -0
  187. data/test/unit/bio/io/test_ddbjxml.rb +87 -0
  188. data/test/unit/bio/io/test_soapwsdl.rb +45 -0
  189. data/test/unit/bio/shell/plugin/test_seq.rb +175 -0
  190. data/test/unit/bio/test_alignment.rb +1028 -0
  191. data/test/unit/bio/test_command.rb +71 -0
  192. data/test/unit/bio/test_db.rb +109 -0
  193. data/test/unit/bio/test_feature.rb +128 -0
  194. data/test/unit/bio/test_location.rb +51 -0
  195. data/test/unit/bio/test_pathway.rb +485 -0
  196. data/test/unit/bio/test_sequence.rb +386 -0
  197. data/test/unit/bio/test_shell.rb +31 -0
  198. data/test/unit/bio/util/test_color_scheme.rb +45 -0
  199. data/test/unit/bio/util/test_contingency_table.rb +106 -0
  200. data/test/unit/bio/util/test_sirna.rb +258 -0
  201. metadata +295 -0
@@ -0,0 +1,1399 @@
1
+ =begin
2
+
3
+ $Id: KEGG_API.rd.ja,v 1.7 2005/08/31 13:29:01 k Exp $
4
+
5
+ Copyright (C) 2003-2005 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
6
+
7
+ = KEGG API
8
+
9
+ KEGG API �ϥץ������ʤɤ��� KEGG �����Ѥ��뤿��Υ����֥����ӥ��Ǥ���
10
+ ��Ⱦ�Ǥϡ�KEGG �ǡ����١�������������������긡�������ꤹ�뤿���
11
+ KEGG API ��Ȥ���ˡ���������ޤ�����Ⱦ�Υ�ե���󥹤� KEGG API ������ǽ��
12
+ ���⤷�ޤ�����Ȥ��Ƽ�� Ruby �����ȤäƲ��⤷�ޤ�����SOAP �� WSDL ��
13
+ �������ȤΤǤ�������Perl, Python, Java �ʤɡˤǤ���д�ñ�� KEGG API ��
14
+ ���Ѥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
15
+
16
+ == �ܼ�
17
+
18
+ * ((<����ȥ����������>))
19
+ * ((<KEGG API �λȤ���>))
20
+ * ((<Ruby ��>))
21
+ * ((<Perl ��>))
22
+ * ((<Python ��>))
23
+ * ((<Java ��>))
24
+ * ((<KEGG API ��ե����>))
25
+ * ((<WSDL �ե�����>))
26
+ * ((<�Ѹ������>))
27
+ * ((<����ͤΥǡ�����>))
28
+ * ((<SSDBRelation ��>)), ((<ArrayOfSSDBRelation ��>))
29
+ * ((<MotifResult ��>)), ((<ArrayOfMotifResult ��>))
30
+ * ((<Definition ��>)), ((<ArrayOfDefinition ��>))
31
+ * ((<LinkDBRelation ��>)), ((<ArrayOfLinkDBRelation ��>))
32
+ * ((<�᥽�åɰ���>))
33
+ * ((<�᥿����>))
34
+ * ((<list_databases>)),
35
+ ((<list_organisms>)),
36
+ ((<list_pathways>))
37
+ * ((<DBGET>))
38
+ * ((<binfo>)),
39
+ ((<bfind>)),
40
+ ((<bget>)),
41
+ ((<btit>))
42
+ * ((<LinkDB>))
43
+ * ((<get_linkdb_by_entry>))
44
+ * ((<SSDB>))
45
+ * ((<get_best_best_neighbors_by_gene>)),
46
+ ((<get_best_neighbors_by_gene>)),
47
+ ((<get_reverse_best_neighbors_by_gene>)),
48
+ ((<get_paralogs_by_gene>))
49
+ # * ((<get_neighbors_by_gene>)),
50
+ # ((<get_similarity_between_genes>))
51
+ * ((<Motif>))
52
+ * ((<get_motifs_by_gene>)),
53
+ ((<get_genes_by_motifs>))
54
+ * ((<KO, OC, PC>))
55
+ * ((<get_ko_by_gene>)),
56
+ ((<get_ko_by_ko_class>)),
57
+ ((<get_genes_by_ko_class>)),
58
+ ((<get_genes_by_ko>)),
59
+ ((<get_oc_members_by_gene>)),
60
+ ((<get_pc_members_by_gene>))
61
+ # ((<get_ko_members>)),
62
+ * ((<PATHWAY>))
63
+ * ((<mark_pathway_by_objects>)),
64
+ ((<color_pathway_by_objects>)),
65
+ ((<get_html_of_marked_pathway_by_objects>)),
66
+ ((<get_html_of_colored_pathway_by_objects>))
67
+ * ((<get_genes_by_pathway>)),
68
+ ((<get_enzymes_by_pathway>)),
69
+ ((<get_compounds_by_pathway>)),
70
+ ((<get_glycans_by_pathway>)),
71
+ ((<get_reactions_by_pathway>)),
72
+ ((<get_kos_by_pathway>))
73
+ * ((<get_pathways_by_genes>)),
74
+ ((<get_pathways_by_enzymes>)),
75
+ ((<get_pathways_by_compounds>)),
76
+ ((<get_pathways_by_glycans>)),
77
+ ((<get_pathways_by_reactions>)),
78
+ ((<get_pathways_by_kos>))
79
+ * ((<get_linked_pathways>))
80
+ * ((<get_genes_by_enzyme>)),
81
+ ((<get_enzymes_by_gene>))
82
+ * ((<get_enzymes_by_compound>)),
83
+ ((<get_enzymes_by_glycan>)),
84
+ ((<get_enzymes_by_reaction>)),
85
+ ((<get_compounds_by_enzyme>)),
86
+ ((<get_compounds_by_reaction>)),
87
+ ((<get_glycans_by_enzyme>)),
88
+ ((<get_glycans_by_reaction>)),
89
+ ((<get_reactions_by_enzyme>)),
90
+ ((<get_reactions_by_compound>)),
91
+ ((<get_reactions_by_glycan>))
92
+ * ((<GENES>))
93
+ * ((<get_genes_by_organism>))
94
+ * ((<GENOME>))
95
+ * ((<get_number_of_genes_by_organism>))
96
+ * ((<LIGAND>))
97
+ * ((<convert_mol_to_kcf>))
98
+
99
+ == ����ȥ����������
100
+
101
+ �����֥����ӥ��Ȥϡ����饤����Ȥ�����׵�򥤥󥿡��ͥåȤ�𤷤ƥ����Ф�
102
+ ���ꡢ�����Ф��ץ������μ¹Է�̤򥯥饤����Ȥ��֤����Ȥߤǡ�����Ū�ˤ�
103
+ �����֥ڡ����ǻȤ��� HTTP �ץ��ȥ���ȡ���¤����ĥǡ�����ɽ����ˡ�Ȥ���
104
+ ��ڤ��Ƥ��� XML �ޡ������å�ʸ��������Ѥ�����Τ�ؤ��ޤ���
105
+
106
+ �����֥����ӥ��ϥץ�����फ�����ѤǤ��뤿�ᡢ���Ū�˸�����Ԥä��ꡢ
107
+ ���������ͤ��Ѥ����͡����׵��ưŪ�˽��������ꤹ��Τ˸����Ƥ��ޤ���
108
+ ���Τ��ᡢ������ŷ��������䤤��碌��Google �ؤ�ʣ�縡���ʤɤǤ�Ȥ���
109
+ ���ޤ���
110
+
111
+ HTTP ���Ѥ�����åȤˤϡ�ï�Ǥ�Ȥ��뤳�Ȥ�ե�������������ʤɤ����¤�
112
+ �����ˤ������Ȥ����ꡢXML �����ˤϴ�Ϣ���Ѥ�·�äƤ��뤳�Ȥ�ʣ���ʥǡ���
113
+ ��¤��ɽ���Ǥ���Ȥ��ä��ݥ���Ȥ�����ޤ���
114
+
115
+ �����֥����ӥ��Ǥ� XML ��Ϣ���Ѥ���Ǥ� SOAP �� WSDL ��Ȥ����Ȥ�¿���ʤä�
116
+ ���ޤ���SOAP �ϥ��饤����Ȥȥ����Ф����Ȥꤹ���å�������ɽ����ˡ��
117
+ ɸ�ಽ������Τǡ������� Simple Object Access Method ��ά�Ȥ���Ƥ��ޤ���
118
+ (���� Service Oriented Access Protocol �Ȥ������Ȥ⤢��褦�Ǥ�)��
119
+ WSDL �� SOAP �˴�Ť������ӥ��򥳥�ԥ塼������ñ�����ѤǤ���褦�ˤ���
120
+ ����Τ�Τǡ�Web Service Description Language ��ά�ȤʤäƤ��ޤ���
121
+
122
+ KEGG API �Ϥ����ε��Ѥ�Ȥäơ���ʬ�ζ�̣��������Ҥ�ѥ��������ʤɤ�
123
+ �����ͳ�˸�����������Ϥ��Ѥ����ꤹ�뤿��μ��ʤ��󶡤��ޤ����桼����
124
+ KEGG ��¿���ε�ǽ�򡢥����֥ڡ����򥯥�å���������˼�ʬ�Υץ�������
125
+ �椫�鼡���ȼ¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ���褦�ˤʤ�ޤ���
126
+
127
+ KEGG API �˴ؤ���ǿ��ξ���ϰʲ��� URL �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
128
+
129
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/>))
130
+
131
+ == KEGG API �λȤ���
132
+
133
+ �ʲ��Ǥ� Ruby, Perl, Python, Java �γƸ���ˤ�� KEGG API �δ�ñ�ʻȤ�����
134
+ �Ҳ𤷤ޤ����Ƹ���� SOAP �� WSDL �򰷤���饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤹��
135
+ ɬ�פ�����ޤ���
136
+
137
+ === Ruby ��
138
+
139
+ Ruby 1.8.1 �ʹߤǤϡ�ɸ��� SOAP ��Ȥ������Ǥ��ޤ��Τ��ɲå��󥹥ȡ�
140
+ ���ɬ�פ���ޤ���
141
+
142
+ Ruby 1.8.0 �Ǥ�
143
+ ((<SOAP4R|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=soap4r>)),
144
+ ((<devel-logger|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=devel-logger>)),
145
+ ((<http-access2|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=http-access2>))
146
+ �ʤɤΥ饤�֥��򥤥󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ���
147
+
148
+ Ruby 1.6.8 �ξ��Ϥ���� SOAP4R ��ɬ�פȤ���¾�Υ饤�֥�� (date2, uconv,
149
+ XML �Υѡ����ʤ�) �⥤�󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ��Τǡ����餫���� SOAP4R
150
+ �Υɥ�����Ȥ˽��ä�����Ƥ����ޤ���
151
+
152
+ �ʲ��Υ���ץ륳���ɤϡ���IJ�ݤ� b0002 �����ҤȺǤ���Ʊ���ι⤤������
153
+ ��Smith-Waterman �������ι⤤��� 5 �ĸ�������ɽ������ץ������Ǥ���
154
+
155
+ #!/usr/bin/env ruby
156
+
157
+ require 'soap/wsdlDriver'
158
+
159
+ wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
160
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
161
+ serv.generate_explicit_type = true # SOAP �� Ruby �η��Ѵ���ͭ���ˤ���
162
+
163
+ start = 1
164
+ max_results = 5
165
+
166
+ top5 = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', start, max_results)
167
+ top5.each do |hit|
168
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
169
+ end
170
+
171
+ �ץ���������� 'get_best_neighbors_by_gene' �ϡ�KEGG �� SSDB �ǡ���
172
+ �١�����Ȥä� KEGG �� GENES �˴ޤޤ�Ƥ������ʪ����椫��Ǥ���Ʊ��
173
+ �ι⤤�����Ҥ�õ���Ƥ��� API �Ǥ�����̤ϼ��Τ褦��ɽ������ޤ���
174
+
175
+ eco:b0002 eco:b0002 5283
176
+ eco:b0002 ecj:JW0001 5283
177
+ eco:b0002 sfx:S0002 5271
178
+ eco:b0002 sfl:SF0002 5271
179
+ eco:b0002 ecc:c0003 5269
180
+
181
+ ���ޤ�ư���ʤ����ϡ�
182
+
183
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
184
+ serv.wiredump_dev = STDERR # �����ιԤ��­��
185
+ serv.generate_explicit_type = true
186
+
187
+ �Τ褦�� wiredump_dev �� STDERR ����ꤷ���Ԥ��ɲä��Ƽ¹Ԥ��뤳�Ȥǡ�
188
+ �����ФȤΤ���꤬ɸ�२�顼�˽��Ϥ���ޤ���
189
+
190
+ KEGG API v3.0 ���顢�����Ф���ô��ڤ������꥿���ॢ���Ȥ��ɤ���Ū�ǡ�
191
+ ���̤η�̤��֤��᥽�åɤˤ� start, max_results ������Ƴ�����졢���٤�
192
+ �������̤ο������¤����褦�ˤʤ�ޤ��������Τ��ᡢ�����Υ᥽��
193
+ �ɤ����Ƥη�̤����뤿��ˤϥ롼�פ��Ѥ���ɬ�פ�����ޤ���
194
+
195
+ #!/usr/bin/env ruby
196
+
197
+ require 'soap/wsdlDriver'
198
+
199
+ wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
200
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_driver
201
+ serv.generate_explicit_type = true
202
+
203
+ start = 1
204
+ max_results = 100
205
+
206
+ loop do
207
+ results = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', start, max_results)
208
+ break unless results # ��̤��֤äƤ��ʤ���н�λ
209
+ results.each do |hit|
210
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
211
+ end
212
+ start += max_results
213
+ end
214
+
215
+ WSDL ���Ѥ��Ƥ��뤿�ᡢ��������Ǥ� Ruby �ξ��Ͻ�ʬ�˴�ñ�˽񤱤�
216
+ ������((<BioRuby|URL:http://bioruby.org/>)) ��Ȥ��Ȥ���˥��å����
217
+ ���Ȥ��Ǥ��ޤ���
218
+
219
+ #!/usr/bin/env ruby
220
+
221
+ require 'bio'
222
+
223
+ serv = Bio::KEGG::API.new
224
+
225
+ results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
226
+ results.each do |hit|
227
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
228
+ end
229
+
230
+ BioRuby �Ǥ� 'get_all_best_neighbors_by_gene' �᥽�åɤ��������Ƥ��ꡢ
231
+ ��ư�Ǿ嵭����Υ롼�פ�󤷤����Ƥη�̤��֤��Ƥ���ޤ����ޤ�������
232
+ ������̾���Υꥹ�Ȥ��Ϥ����б������ͤ�������֤��Ƥ���� filter �᥽��
233
+ �ɤ�Ȥ����Ȥ�Ǥ��ޤ���
234
+
235
+ #!/usr/bin/env ruby
236
+
237
+ require 'bio'
238
+
239
+ serv = Bio::KEGG::API.new
240
+
241
+ results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
242
+
243
+ # �ߤ����ͤ�������̾�Υڥ��� SW �����������ξ�����
244
+ fields = [:genes_id1, :genes_id2, :sw_score]
245
+ results.each do |hit|
246
+ puts hit.filter(fields).join("\t")
247
+ end
248
+
249
+ # ���줾��ΰ����Ҥǥ��饤���Ȥ��줿�ݥ������ʤɤ�ɽ����������
250
+ fields1 = [:genes_id1, :start_position1, :end_position1, :best_flag_1to2]
251
+ fields2 = [:genes_id2, :start_position2, :end_position2, :best_flag_2to1]
252
+ results.each do |hit|
253
+ print "> score: ", hit.sw_score, ", identity: ", hit.identity, "\n"
254
+ print "1:\t", hit.filter(fields1).join("\t"), "\n"
255
+ print "2:\t", hit.filter(fields2).join("\t"), "\n"
256
+ end
257
+
258
+ ���ϡ���IJ�� (eco) ���Ф��� KEGG �ѥ��������ΰ������֤���Ǥ���
259
+
260
+ #!/usr/bin/env ruby
261
+
262
+ require 'bio'
263
+
264
+ serv = Bio::KEGG::API.new
265
+
266
+ list = serv.list_pathways("eco")
267
+ list.each do |path|
268
+ print path.entry_id, "\t", path.definition, "\n"
269
+ end
270
+
271
+ ArrayOfDefinition �����֤����Τǡ����줾��ˤĤ��� Definition ������
272
+ �� entry_id (�ѥ���������ID) �� definition (�ѥ��������Υ����ȥ�) ���
273
+ ��Ф��ޤ������ SSDB ����⡢�¤� SSDBRelation �������� genes_id1 ��
274
+ sw_score �ʤɤ���Ф��Ƥ����ΤǤ����ˡ�
275
+
276
+ �Ǹ����ϡ���IJ�ݤΰ����� b1002 �� b2388 ���б�����ܥå����˿����դ�
277
+ ���ѥ������� eco00010 �β������������ơ��ե��������¸������Ǥ���
278
+
279
+ #!/usr/bin/env ruby
280
+
281
+ require 'bio'
282
+
283
+ serv = Bio::KEGG::API.new
284
+
285
+ genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"]
286
+ url = serv.mark_pathway_by_objects("path:eco00010", genes)
287
+
288
+ puts url
289
+
290
+ # BioRuby �ξ�硢���������������¸����Τ� save_image �᥽�åɤ��Ȥ���
291
+ serv.save_image(url, "filename.gif")
292
+
293
+ === Perl ��
294
+
295
+ Perl �Ǥϡ��ʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
296
+
297
+ * ((<SOAP::Lite|URL://soaplite.com/>))
298
+ * ((<MIME-Base64|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/MIME-Base64/>))
299
+ * ((<libwww-perl|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/libwww-perl/>))
300
+ * ((<URI|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/URI/>))
301
+
302
+ �ʲ���Ruby �κǽ�����Ʊ��������¹Ԥ��륵��ץ륳���ɤǤ���
303
+
304
+ #!/usr/bin/env perl
305
+
306
+ use SOAP::Lite;
307
+
308
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
309
+
310
+ $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
311
+
312
+ $start = 1;
313
+ $max_results = 5;
314
+
315
+ $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $start, $max_results);
316
+
317
+ foreach $hit (@{$top5}) {
318
+ print "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id2}\t$hit->{sw_score}\n";
319
+ }
320
+
321
+ Ʊ��������IJ�ݤ� KEGG �ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤���Ǥ���
322
+
323
+ #!/usr/bin/env perl
324
+
325
+ use SOAP::Lite;
326
+
327
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
328
+
329
+ $results = SOAP::Lite
330
+ -> service($wsdl)
331
+ -> list_pathways("eco");
332
+
333
+ foreach $path (@{$results}) {
334
+ print "$path->{entry_id}\t$path->{definition}\n";
335
+ }
336
+
337
+ SOAP::Lite �Ǥϰ�����������Ϥ����ˤϡ�
338
+
339
+ SOAP::Data->type(array => [value1, value2, .. ])
340
+
341
+ �Τ褦���Ѵ�����ɬ�פ�����Τ����դ�ɬ�פǤ������Ȥ��Хѥ��������ؤο�
342
+ �Ť��ǰ����ҤΥꥹ�Ȥ��Ϥ����ϡ�
343
+
344
+ #!/usr/bin/env perl
345
+
346
+ use SOAP::Lite;
347
+
348
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
349
+
350
+ $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
351
+
352
+ $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
353
+
354
+ $result = $serv -> mark_pathway_by_objects("path:eco00010", $genes);
355
+
356
+ print $result;
357
+
358
+ �Τ褦�ˤʤ�ޤ���
359
+
360
+
361
+ === Python ��
362
+
363
+ Python �Ǥϰʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
364
+
365
+ * ((<SOAPpy|URL:http://pywebsvcs.sourceforge.net/>))
366
+
367
+ �ޤ���SOAPpy ����¸���Ƥ��뤤���Ĥ��Υѥå����� (fpconst, PyXML �ʤ�) ��
368
+ ɬ�פˤʤ�ޤ���
369
+
370
+ �ʲ���KEGG/PATHWAY �� 00020 �֤Υѥ��������˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����Ҥ�
371
+ �ꥹ�Ȥ��֤�����ץ륳���ɤǤ���
372
+
373
+ #!/usr/bin/env python
374
+
375
+ from SOAPpy import WSDL
376
+
377
+ wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl'
378
+ serv = WSDL.Proxy(wsdl)
379
+
380
+ results = serv.get_genes_by_pathway('path:eco00020')
381
+ print results
382
+
383
+
384
+ === Java ��
385
+
386
+ Java �Ǥ� Apache Axis �饤�֥��� axis-1.2alpha ��꿷�����С������
387
+ (axis-1_1 �ǤϤ��ޤ�ư���ޤ���ˤ����ꤷ�ơ�ɬ�פ� jar �ե������Ŭ��
388
+ �ʥǥ��쥯�ȥ���֤��Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
389
+
390
+ * ((<Apache Axis|URL:http://ws.apache.org/axis/>))
391
+
392
+ ���Ȥ��� Apache Axis �С������ axis-1_2beta �ΥХ��ʥ����ۤξ�硢
393
+ axis-1_2beta/lib �ʲ��ˤ��� jar �ե�����򥤥󥹥ȡ�����Υǥ��쥯��
394
+ ��˥��ԡ����ޤ���
395
+
396
+ % cp axis-1_2beta/lib/* /path/to/lib/
397
+
398
+ �ʲ��Τ褦�˼¹Ԥ��� WSDL ���� KEGG API �ѤΥ��饹��ư�������ޤ���
399
+ �ޤ����������줿�ե�������Զ���ľ������ˡ�
400
+ ((<axisfix.pl|URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/support/axisfix.pl>))
401
+ ������ץȤ����ꤷ�Ƥ����ޤ���
402
+
403
+ % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. org.apache.axis.wsdl.WSDL2Java -p keggapi http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl
404
+ % perl -i axisfix.pl keggapi/KEGGBindingStub.java
405
+ % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. keggapi/KEGGLocator.java
406
+ % jar cvf keggapi.jar keggapi/*
407
+ % javadoc -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar -d keggapi_javadoc keggapi/*.java
408
+
409
+ javadoc �αѸ��Ǥ�ɬ�פʾ��� javadoc �� -locale en_US ���ץ�����
410
+ �Ĥ��Ƽ¹Ԥ��ޤ���
411
+
412
+ �ʲ��ϡ�Python �����Ʊ�ͤˡ����ꤷ�� KEGG/PATHWAY �˺ܤäƤ�������Ҥ�
413
+ �ꥹ�Ȥ�ɽ�����륵��ץ륳���ɤǤ���
414
+
415
+ import keggapi.*;
416
+
417
+ class GetGenesByPathway {
418
+ public static void main(String[] args) throws Exception {
419
+ KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
420
+ KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
421
+
422
+ String query = args[0];
423
+ String[] results = serv.get_genes_by_pathway(query);
424
+
425
+ for (int i = 0; i < results.length; i++) {
426
+ System.out.println(results[i]);
427
+ }
428
+ }
429
+ }
430
+
431
+ ���ϡ�SSDBRelation ����������äƤ�����Ǥ���
432
+
433
+ import keggapi.*;
434
+
435
+ class GetBestNeighborsByGene {
436
+ public static void main(String[] args) throws Exception {
437
+ KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
438
+ KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
439
+
440
+ String query = args[0];
441
+ SSDBRelation[] results = null;
442
+
443
+ results = serv.get_best_neighbors_by_gene(query, 1, 50);
444
+
445
+ for (int i = 0; i < results.length; i++) {
446
+ String gene1 = results[i].getGenes_id1();
447
+ String gene2 = results[i].getGenes_id2();
448
+ int score = results[i].getSw_score();
449
+ System.out.println(gene1 + "\t" + gene2 + "\t" + score);
450
+ }
451
+ }
452
+ }
453
+
454
+ ���Υץ������ϰʲ��Τ褦�� -classpath ���ץ����� keggapi.jar �ե�
455
+ �����ä��ƥ���ѥ��롢�¹Ԥ��ޤ���
456
+
457
+ % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar GetBestNeighborsByGene.java
458
+
459
+ % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar:. GetBestNeighborsByGene eco:b0002
460
+
461
+ �Ķ��ѿ� CLASSPATH ����ꤷ�Ƥ����ȡ�Ĺ�����ץ���������ɬ�פ���
462
+ ���ʤ�ޤ���
463
+
464
+ bash �ޤ��� zsh �ξ�硧
465
+
466
+ % for i in /path/to/lib/*.jar
467
+ do
468
+ CLASSPATH="${CLASSPATH}:${i}"
469
+ done
470
+ % export CLASSPATH
471
+
472
+ tcsh �ξ�硧
473
+
474
+ % foreach i ( /path/to/lib/*.jar )
475
+ setenv CLASSPATH ${CLASSPATH}:${i}
476
+ end
477
+
478
+ ¾������ͤȷ����Ȥ��ͤμ��Ф����ʤɤˤĤ��Ƥϡ�WSDL2Java �ˤ������
479
+ ���줿�ʲ��Υɥ�����Ȥ򻲾Ȥ��Ƥ���������
480
+
481
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_javadoc_ja/>))
482
+
483
+
484
+ == KEGG API ��ե����
485
+
486
+ �ʲ��Ǥϡ�KEGG API ��Ȥ��Τ�ɬ�פʾ�������ƤΥ᥽�åɤ���⤷�ޤ���
487
+
488
+ === WSDL �ե�����
489
+
490
+ SOAP �Ǥϡ������Ф��ɤΤ褦�ʥ᥽�åɤ���äƤ��뤫�ΤäƤ���ɬ�פ�
491
+ ����ޤ�����WSDL ��Ȥ��Ȥ��μ���ư���Ǥ��ޤ���WSDL �ե������
492
+ �������ƥ��饤����ȥɥ饤�Ф���������Ȥ����ޤǡ��̾�� SOAP/WSDL ��
493
+ �饤�֥�꤬�������Ƥ����Ϥ��Ǥ���KEGG API �� WSDL �ե�����ϰʲ���
494
+ URL �ˤ���ޤ���
495
+
496
+ * ((<URL:http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl>))
497
+
498
+ === �Ѹ������
499
+
500
+ �ʲ��β���ǽФƤ��� KEGG ��Ϣ�Ѹ�������򤷤Ƥ����ޤ���
501
+
502
+ * org �� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ��򤽤줾�죳ʸ�������ɤ�
503
+ ɽ��������Τǡ�eco ����IJ�ݡ�sce ���в����ʤɤȤʤäƤ��ޤ���
504
+ ��ʸ�������ɤΥꥹ�Ȥ� list_organisms �᥽�åɤ�ʲ��Υڡ�����
505
+ ���Ȥ��Ƥ���������
506
+
507
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
508
+
509
+ * db �� GenomeNet ���󶡤���Ƥ���ǡ����١���̾�Ǥ����ǡ����١���̾��
510
+ �ꥹ�ȤˤĤ��Ƥ� list_databases �᥽�åɤ򻲾Ȥ��Ƥ���������
511
+
512
+ * entry_id �� db_name �ȥ���ȥ�̾�� ':' �Ƿ�礷�����ƤΥǡ����١����֤�
513
+ ��ˡ����� ID �Ǥ������Ȥ��� embl:J00231 �� EMBL �Υ���ȥ� J00231 ��
514
+ �ؤ��ޤ���entry_id �ϡ��ʲ��� genes_id, enzyme_id, compound_id,
515
+ glycan_id, reaction_id, pathway_id, motif_id �ʤɤ�ޤߤޤ���
516
+
517
+ * genes_id �� keggorg �Ȱ�����̾�� ':' �Ƿ�礷�� KEGG �ΰ����� ID �Ǥ���
518
+ eco:b0001 ����IJ�ݤΰ����� b0001 ��ؤ��ޤ���
519
+
520
+ * enzyme_id �� ec: ��Ĥ��������ֹ�� ID �Ǥ���ec:1.1.1.1 �Ϲ����ֹ�
521
+ 1.1.1.1 �ι��ǤǤ��륢�륳���롦�ǥҥɥ����ʡ�����ؤ��ޤ���
522
+
523
+ * compound_id �� cpd: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���cpd:C00158 �ϲ���ʪ�ֹ�
524
+ C00158 �β���ʪ�Ǥ��륯�������ؤ��ޤ���
525
+
526
+ * glycan_id �� gl: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���gl:G00050 �������ֹ�
527
+ G00050 �������Ǥ��� Paragloboside ��ؤ��ޤ���
528
+
529
+ * reaction_id �� REACTION �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�rn:R00959 ��
530
+ �ꥢ��������ֹ� R00959 ��ȿ�� (cpd:C00103 �� cpd:00668 �֤��Ѵ�) ��
531
+ �ؤ��ޤ���
532
+
533
+ * pathway_id �� KEGG/PATHWAY �ǡ����١����Υѥ��������ֹ�ǡ��ѥ�������
534
+ �ֹ�Υץ�ե��å����� map �ξ��ϥ�ե���󥹥ѥ���������keggorg ��
535
+ ���Ϥ�����ʪ��λ��İ����Ҥκܤä��ѥ���������ɽ���ޤ����㤨��
536
+ path:map00020 �ϥ�ե���󥹥ѥ��������� 00020 �֤�path:eco00020 ��
537
+ ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤�ؤ��ޤ���
538
+
539
+ * motif_id �ϥ�����եǡ����١����Υ���ȥ�̾�ǡ�pf:DnaJ �� Pfam �Υ���ȥ�
540
+ DnaJ ��ؤ��ޤ���'pf' ��¾��'ps' �� PROSITE, 'bl' �� BLOCS, 'pr' ��
541
+ PRINTS, 'pd' �� PRODOM ��ؤ��ޤ���
542
+
543
+ * ko_id �� KO (KEGG Orthology) �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�ko:K02598
544
+ �� KO �ֹ� K02598 �� nitrite transporter NirC �Υ������������ʰ�����
545
+ ���롼�פ�ؤ��ޤ���
546
+
547
+ * ko_class_id �� KO ����Ū��ʬ�ष���Ƴ��ءʥ��饹�ˤ� ID �ǡ�
548
+ '01110' �� Carbohydrate Metabolism ���饹�ˤʤ�ޤ���
549
+ KO ���饹�� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
550
+
551
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?KO>))
552
+
553
+ * start, max_results �ϰ��٤��֤äƤ����̤ο�����ꤹ�륪�ץ����ǡ�
554
+ start ���ܤ��� max_results �Ĥη�̤�������ޤ������Ƥη�̤�����ˤ�
555
+ start = start + max_results �Ȥ��ƶ��������֤äƤ���ޤǷ����֤�
556
+ �᥽�åɤ�ƤӤޤ���
557
+
558
+ * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ�ʸ����������
559
+ ������ꤹ������Ǥ���
560
+
561
+ * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ��طʤ�
562
+ ������ꤹ������Ǥ���
563
+
564
+ === ����ͤΥǡ�����
565
+
566
+ KEGG API �Υ᥽�åɤ�ʸ����ʤ�ñ����ͤ��֤���Τ����Ǥʤ���ʣ���ʥǡ���
567
+ ��¤����ä��ͤ��֤����⤢�ꡢ���Τ���Υǡ��������������Ƥ��ޤ���
568
+ API �Υ᥽�åɤˤ��ʸ����ʤɤΡ˷�̤��ʤ��ä���硢���ˤ�äưʲ���
569
+ ����ͤ��֤���ޤ���
570
+ * �������� -- ��Ȥ�� ArrayOfOBJ �ʥ��֥������Ȥ�����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
571
+ * ����ʸ���� -- ��Ȥ�� String ��ʸ����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
572
+ * -1 -- ��Ȥ�� int �ʿ��͡ˤ��֤��᥽�åɤξ��
573
+ * NULL -- ��Ȥ�Ȱʲ���������줿���֥������ȤΤɤ줫���֤��᥽�åɤξ��
574
+
575
+ + SSDBRelation ��
576
+
577
+ SSDB �ǡ����١����γƥե�����ɤ��б������ͤ����ä��ǡ������Ǥ���
578
+
579
+ genes_id1 �����꡼�� genes_id (string)
580
+ genes_id2 �������åȤ� genes_id (string)
581
+ sw_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� Smith-Waterman ������ (int)
582
+ bit_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� bit ������ (float)
583
+ identity genes_id1 �� genes_id2 �֤� �����ǥ�ƥ��ƥ� (float)
584
+ overlap genes_id1 �� genes_id2 �Υ����С���å��ΰ��Ĺ�� (int)
585
+ start_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
586
+ end_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
587
+ start_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
588
+ end_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
589
+ best_flag_1to2 genes_id1 ���鸫�� genes_id2 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
590
+ best_flag_2to1 genes_id2 ���鸫�� genes_id1 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
591
+ definition1 genes_id1 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
592
+ definition2 genes_id2 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
593
+ length1 genes_id1 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
594
+ length2 genes_id2 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
595
+
596
+ + ArrayOfSSDBRelation ��
597
+
598
+ ʣ���� SSDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
599
+
600
+ + MotifResult ��
601
+
602
+ motif_id ������եǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
603
+ definition ������դΥǥե��˥���� (string)
604
+ genes_id ������դ���äƤ�������Ҥ� genes_id (string)
605
+ start_position ������դγ��ϻĴ���� (int)
606
+ end_position ������դν�λ�Ĵ���� (int)
607
+ score ������� (PROSITE Profile, TIGRFAM) ������ (float)
608
+ evalue ������� (Pfam) �� E-value (double)
609
+
610
+ ����score �� evalue �Τ������б������ͤ�̵����ΤˤĤ��Ƥ� -1 ���֤��ޤ���
611
+
612
+ + ArrayOfMotifResult ��
613
+
614
+ ʣ���� MotifResult ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
615
+
616
+ + Definition ��
617
+
618
+ entry_id �ǡ����١�������ȥ꡼��ID (string)
619
+ definition ����ȥ꡼�Υǥե��˥������� (string)
620
+
621
+ + ArrayOfDefinition ��
622
+
623
+ ʣ���� Definitioin ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
624
+
625
+ + LinkDBRelation ��
626
+
627
+ entry_id1 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
628
+ entry_id2 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
629
+ type "direct" �ޤ��� "indirect" �Υ�󥯤μ��� (string)
630
+ path ��󥯤η�ϩ (string)
631
+
632
+ + ArrayOfLinkDBRelation ��
633
+
634
+ ʣ���� LinkDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
635
+
636
+ === �᥽�åɰ���
637
+
638
+ �ʲ���KEGG API �����᥽�åɤΥꥹ�ȤǤ����᥽�åɤˤϥ᥿������֤���Τ�
639
+ �ƥǡ����١������Ф����Τ�����ޤ������ߡ�KEGG �ˤ���ǡ����١����Τ���
640
+ KEGG API ���оݤȤʤäƤ����Τ� SSDB, PATHWAY, GENES, LIGAND �Ǥ�������
641
+ �ʳ��Υǡ����١����ؤ��б���᥽�åɤ��ɲä�缡�����ʤ�ͽ��Ǥ���
642
+
643
+ �ʲ�����Ǥϡ������ʤɤ� Ruby �����ɽ������äƽ񤫤�Ƥ��ޤ������ºݤ�
644
+ �������ä˥ꥹ�Ȥ��Ϥ����ʤɡˤϻ��Ѥ������ˤ�äưۤʤ��ǽ��������ޤ���
645
+
646
+
647
+ ==== �᥿����
648
+
649
+ �ǿ��Υǡ����١�������ʤɤ��֤�����Υ᥽�åɤǤ���
650
+
651
+ --- list_databases
652
+
653
+ KEGG ���󶡤��Ƥ��륲�Υ�ͥåȤǸ������ѤǤ���ǡ����١����ΰ������֤��ޤ���
654
+
655
+ ���͡�
656
+ ArrayOfDefinition (db, definition)
657
+
658
+ --- list_organisms
659
+
660
+ ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ�� (org) �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
661
+
662
+ ���͡�
663
+ ArrayOfDefinition (org, definition)
664
+
665
+ --- list_pathways(org)
666
+
667
+ ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ꤷ����ʪ�Υѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������
668
+ 'map' �Ȥ���ʸ�����Ϳ����ȥ�ե���󥹥ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
669
+
670
+ ���͡�
671
+ ArrayOfDefinition (pathway_id, definition)
672
+
673
+
674
+ ==== DBGET
675
+
676
+ DBGET �����ƥ���Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���DBGET �ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ���
677
+ �ڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
678
+
679
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/dbget_manual.html>))
680
+
681
+ --- binfo(string)
682
+
683
+ ���ꤷ���ǡ����١����Υ���ȥ���乹�����ʤɾܤ����ǿ�������֤��ޤ���
684
+ 'all' ���Ϥ������Ѳ�ǽ�����ƤΥǡ����١����ξ�����֤��ޤ���
685
+ binfo ���ޥ�ɤؤΰ�����ʸ������Ϥ��ޤ���
686
+
687
+ ���͡�
688
+ string
689
+
690
+ �㡧
691
+ # GenBank �ǡ����١����κǿ�����
692
+ binfo('gb')
693
+ # ���ƤΥǡ����١����κǿ�����
694
+ binfo('all')
695
+
696
+ --- bfind(string)
697
+
698
+ DBGET �� bfind ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ���������ɤˤ�ꥨ��ȥ��
699
+ �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ������٤�Ϳ�����륭����ɤο��� 100 �İʲ���
700
+ ���¤���Ƥ��ޤ���
701
+
702
+ ���͡�
703
+ string
704
+
705
+ �㡧
706
+ # �ǥե��˥����� E-cadherin �� human ����� GenBank �Υ���ȥ�򸡺�
707
+ bfind("gb E-cadherin human")
708
+
709
+
710
+ --- bget(string)
711
+
712
+ ���ꤷ�� entry_id �Υ���ȥ���֤��ޤ���GENES �ΰ����ҥ���ȥ��Ϥ��ᡢ
713
+ ���Υ�ͥåȤ� DBGET �����ƥ���󶡤���Ƥ����͡��ʥǡ����١���
714
+ (list_databases �򻲾�) �Υ���ȥ�����Ƽ����Ǥ��ޤ���bget ���ޥ�ɤؤ�
715
+ ���ޥ�ɥ饤�󥪥ץ�����ʸ������Ϥ��ޤ������٤˼����Ǥ��륨��ȥ��
716
+ ���� 100 �İʲ������¤���Ƥ��ޤ���
717
+
718
+ ���͡�
719
+ string
720
+
721
+ �㡧
722
+ # ʣ���Υ���ȥ�����
723
+ bget("eco:b0002 bsu:BG10065 cpd:C00209")
724
+ # FASTA �ե����ޥåȤΥ��ߥλ���������
725
+ bget("-f -n a eco:b0002 bsu:BG10065")
726
+ # FASTA �ե����ޥåȤα�����������
727
+ bget("-f -n n eco:b0002 hin:tRNA-Cys-1")
728
+
729
+ --- btit(string)
730
+
731
+ DBGET �� btit ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ������ꤷ������ȥ�� ID ���б���
732
+ ��ǥե��˥������֤��ޤ������٤�Ϳ�����륨��ȥ�ο��� 100 �İʲ���
733
+ ���¤���Ƥ��ޤ���
734
+
735
+ ���͡�
736
+ string
737
+
738
+ �㡧
739
+ # ����飴�Ĥΰ����ҤΥǥե��˥����򸡺�
740
+ btit("hsa:1798 mmu:13478 dme:CG5287-PA cel:Y60A3A.14")
741
+
742
+
743
+ ==== LinkDB
744
+
745
+ --- get_linkdb_by_entry(entry_id, db, start, max_results)
746
+
747
+ ���ꤷ�� entry_id ����ľ�ܤޤ��ϴ���Ū�˥�󥯤���Ƥ��륨��ȥ�η�ϩ��
748
+ db �ǻ��ꤷ���ǡ����١����ˤ��ɤ��ޤǸ������ޤ���
749
+
750
+ ���͡�
751
+ ArrayOfLinkDBRelation
752
+
753
+ �㡧
754
+ # E. coli �ΰ����� b0002 �����󥯤Τ��ɤ�� KEGG/PATHWAY �Υ���ȥ�򸡺�
755
+ get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 1, 10)
756
+ get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 11, 10)
757
+
758
+
759
+ ==== SSDB
760
+
761
+ SSDB �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���SSDB �� KEGG/GENES �˴ޤޤ��
762
+ ����ʪ��������Ҵ֤� ssearch ���Ѥ��� Smith-Waterman ���르�ꥺ���
763
+ ��븡����Ԥä���̤ȡ��������ҤΥ�����ո�����̤���Ͽ�����ǡ����١����ǡ�
764
+ ���֤Τ�����׻������餫���Ὢ��äƤ��뤿���®�ʸ�������ǽ�ˤʤäƤ��ޤ���
765
+
766
+ KEGG �����Υ�����η�ޤä���ʪ����濴���оݤȤ��Ƥ��뤳�Ȥȡ�Smith-
767
+ Waterman �������ˤ����Ӥ��Ǥ��뤳�Ȥ��饪����������ѥ�����ط��ˤ���
768
+ �����Ҥ�õ������ʪ���ͭ�ΰ����Ҥθ�����Ϥ����͡��ʱ��Ѥ��ͤ����ޤ���
769
+
770
+ SSDB �ǡ����١����ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
771
+
772
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ssdb/>))
773
+
774
+ #--- get_neighbors_by_gene(genes_id, org, start, max_results)
775
+ #
776
+ #���ꤷ�� genes_id �ΰ����Ҥ˥ۥ�������Τ����������Ҥ���ꤷ����ʪ����
777
+ #�������ޤ����ޤ� org �� 'all' ����ꤹ�������ʪ�狼�鸡�����ޤ���
778
+ #
779
+ #���͡�
780
+ # ArrayOfSSDBRelation
781
+ #
782
+ #�㡧
783
+ # # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ����Ʊ���Τ�������Ҥ����Ƹ������ơ���̤Σ���
784
+ # # ���飱�����ܤޤǤ��֤��ޤ�
785
+ # get_neighbors_by_gene('eco:b0002', 'all' 1, 10)
786
+ # # ���Σ����Ĥ� start = start + max_results �Ȥ��Ƽ��ޤ�
787
+ # get_neighbors_by_gene('eco:b0002', 'all' 11, 10)
788
+
789
+ --- get_best_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
790
+
791
+ ������ȥ������åȤ� best-best �δط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
792
+
793
+ ���͡�
794
+ ArrayOfSSDBRelation
795
+
796
+ �㡧
797
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best-best �δط��ˤ��������
798
+ get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
799
+ get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
800
+
801
+ --- get_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
802
+
803
+ �����꤫�鸫�ƥ٥��ȥҥåȤδط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
804
+
805
+ ���͡�
806
+ ArrayOfSSDBRelation
807
+
808
+ �㡧
809
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best neighbor �δط��ˤ��������
810
+ get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
811
+ get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
812
+
813
+ --- get_reverse_best_neighbors_by_gene(genes_id, start, max_results)
814
+
815
+ �������å�¦����ʪ�狼�鸫�ƥ����꤬�٥��ȥҥåȤȤʤ�����Ҥ򸡺����ޤ���
816
+
817
+ ���͡�
818
+ ArrayOfSSDBRelation
819
+
820
+ �㡧
821
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �� reverse best neighbor �δط��ˤ��������
822
+ get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
823
+ get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
824
+
825
+ --- get_paralogs_by_gene(genes_id, start, max_results)
826
+
827
+ �������Ʊ����ʪ����ǥѥ���������Ҥ򸡺����ޤ���
828
+
829
+ ���͡�
830
+ ArrayOfSSDBRelation
831
+
832
+ �㡧
833
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �ȥѥ�����δط��ˤ��������
834
+ get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
835
+ get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
836
+
837
+ #--- get_similarity_between_genes(genes_id1, genes_id2)
838
+ #
839
+ #���ꤷ�����Ĥΰ����Ҵ֤� Smith-Waterman ��������ޤ�ǡ������֤��ޤ���
840
+ #
841
+ #���͡�
842
+ # SSDBRelation
843
+ #
844
+ #�㡧
845
+ # # ��IJ�ݤ� b0002 �����Ҥ� b3940 �����Ҵ֤Υ������䥢�饤�����ΰ������
846
+ # get_similarity_between_genes('eco:b0002', 'eco:b3940')
847
+
848
+
849
+ ==== Motif
850
+
851
+ --- get_motifs_by_gene(genes_id, db)
852
+
853
+ ���ꤷ�������Ҥ�¸�ߤ��������դΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������եǡ����١���
854
+ �Υꥹ�Ȥˤϡ�Pfam (pfam), TIGRFAM (tfam), PROSITE pattern (pspt), PROSITE
855
+ profile (pspf) �ޤ��Ϥ�������� (all) ��������ޤ���
856
+
857
+ ���͡�
858
+ ArrayOfMotifResult
859
+
860
+ �㡧
861
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ����Pfam������դΥꥹ��
862
+ get_motifs_by_gene('eco:b0002', 'pfam')
863
+
864
+ --- get_genes_by_motifs(motif_id_list, start, max_results)
865
+
866
+ ���ꤷ��������դ����ƻ��İ����Ҥ򸡺����ޤ���
867
+
868
+ ���͡�
869
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
870
+
871
+ �㡧
872
+ # Pfam �� DnaJ �� Prosite �� DNAJ_2 �˥ҥåȤ�������Ҥ򸡺�
873
+ list = ['pf:DnaJ', 'ps:DNAJ_2']
874
+ get_genes_by_motifs(list, 1, 10)
875
+ get_genes_by_motifs(list, 11, 10)
876
+
877
+
878
+ ==== KO, OC, PC
879
+
880
+ KO (KEGG orthology), OC (KEGG ortholog cluster), PC (KEGG paralog cluster) ��
881
+ ��������뤿��Υ᥽�åɤǤ���KO �ϥ���졼����󤵤줿���������������ҷ���
882
+ OC �� PC �ϵ���Ū�˥��饹����󥰤��줿��Ʊ���Τ�������ҷ��Υǡ����١����Ǥ���
883
+
884
+ --- get_ko_by_gene(genes_id)
885
+
886
+ ���ꤷ�������Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υ���ȥ��ֹ�������֤��ޤ���
887
+
888
+ ���͡�
889
+ ArrayOfstring (ko_id)
890
+
891
+ �㡧
892
+ # eco:b0002 �����Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υꥹ��
893
+ get_ko_by_gene('eco:b0002')
894
+
895
+ #--- get_ko_members(ko_id)
896
+ #
897
+ #���ꤷ�� ko_id �� KO ����ȥ�˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
898
+ #
899
+ #���͡�
900
+ # ArrayOfstring (genes_id)
901
+ #
902
+ #�㡧
903
+ # # KO �ֹ� K02208 �Υ������󤵤�Ƥ�������ҤΥꥹ��
904
+ # get_ko_by_gene('ko:K02598')
905
+
906
+ --- get_ko_by_ko_class(ko_class_id)
907
+
908
+ ���ꤷ�� ko_class_id �˴ޤޤ�� ko_id �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
909
+
910
+ ���͡�
911
+ ArrayOfDefinition (ko_id)
912
+
913
+ �㡧
914
+ # KO class '01196' �˴ޤޤ�� KO �Υꥹ��
915
+ get_ko_by_ko_class('01196')
916
+
917
+ --- get_genes_by_ko_class(ko_class_id, org, start, max_results)
918
+
919
+ ���ꤷ����ʪ��� ko_class_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
920
+
921
+ ���͡�
922
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
923
+
924
+ �㡧
925
+ # KO ���饹 '00930' �˴ޤޤ��ҥȰ����ҤΥꥹ��
926
+ get_genes_by_ko_class('00903', 'hsa' , 1, 100)
927
+
928
+ --- get_genes_by_ko(ko_id, org)
929
+
930
+ ���ꤷ����ʪ��� ko_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
931
+ ��ʪ�拾���ɤ� all ����ꤹ�������ʪ��ΰ����Ҥ��֤��ޤ���
932
+
933
+ ���͡�
934
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
935
+
936
+ �㡧
937
+ # KO �ֹ� 'K00001' �˴ޤޤ����IJ�ݰ����ҤΥꥹ��
938
+ get_genes_by_ko('ko:K00010', 'eco')
939
+
940
+ # KO �ֹ� 'K00010' �˴ޤޤ������ʪ��ΰ����ҥꥹ��
941
+ get_genes_by_ko('ko:K00010', 'all')
942
+
943
+ --- get_oc_members_by_gene(genes_id, start, max_results)
944
+
945
+ ���ꤷ�������Ҥ�Ʊ�� OC ��°��������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
946
+
947
+ ���͡�
948
+ ArrayOfstring (genes_id)
949
+
950
+ �㡧
951
+ # eco:b0002 �����Ҥ�Ʊ���������������饹�����˴ޤޤ������ҤΥꥹ��
952
+ get_oc_members_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
953
+ get_oc_members_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
954
+
955
+ --- get_pc_members_by_gene(genes_id, start, max_results)
956
+
957
+ ���ꤷ�������Ҥ�Ʊ�� PC ��°��������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
958
+
959
+ ���͡�
960
+ ArrayOfstring (genes_id)
961
+
962
+ �㡧
963
+ # eco:b0002 �����Ҥ�Ʊ���ѥ�������饹�����˴ޤޤ������ҤΥꥹ��
964
+ get_pc_members_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
965
+ get_pc_members_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
966
+
967
+
968
+ ==== PATHWAY
969
+
970
+ PATHWAY �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���PATHWAY �ǡ����١�����
971
+ �Ĥ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
972
+
973
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#pathway>))
974
+
975
+ + �ѥ��������ؤο��Ť�
976
+
977
+ --- mark_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list)
978
+
979
+ ���ꤷ����ʪ��ǡ�Ϳ����줿�ѥ��������ޥåפ�Ϳ����줿���֥�������
980
+ �ʰ����ҡ�����ʪ�������ֹ�ˤ��б������Ȥ˿���Ĥ���������������
981
+ ������ URL ���֤��ޤ���
982
+
983
+ ���͡�
984
+ string (URL)
985
+
986
+ �㡧
987
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� path:eco00260 ��ΰ����� eco:b0002 �� Homoserine
988
+ # �� cpd:C00263 ���б�����ܥå������֤��忧���������� URL
989
+ obj_list = ['eco:b0002', 'cpd:C00263']
990
+ mark_pathway_by_objects('path:eco00260', obj_list)
991
+
992
+ --- color_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
993
+
994
+ ���ꤷ���ѥ���������Ϳ����줿���֥������ȡʰ����ҡ�����ʪ�����ǡˤ��Ф���
995
+ ʸ�����Ȥ� fg_color_list �ǻ��ꤷ�������طʤ� bg_color_list �ǻ��ꤷ������
996
+ �Ĥ��������������������� URL ���֤��ޤ���object_id_list �� fg_color_list,
997
+ bg_color_list �����Ǥο��Ƚ��֤�·����褦�����դ���ɬ�פ�����ޤ���
998
+
999
+ ���͡�
1000
+ string (URL)
1001
+
1002
+ �㡧
1003
+ # �ѥ������� path:eco00053 ��˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����� eco:b0207 ��
1004
+ # �طʤ��֡�ʸ�����Ȥ��Ĥ��忧����eco:b1300 ���طʤ򲫿���ʸ�����Ȥ��Ф�
1005
+ # �忧���������� URL ���֤��ޤ���
1006
+ obj_list = ['eco:b0207', 'eco:b1300']
1007
+ fg_list = ['blue', '#00ff00']
1008
+ bg_list = ['#ff0000', 'yellow']
1009
+ color_pathway_by_objects('path:eco00053', obj_list, fg_list, bg_list)
1010
+
1011
+ --- get_html_of_marked_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list)
1012
+
1013
+ ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1014
+ �С������� 'mark_pathway_by_objects' �᥽�åɤǤ���
1015
+
1016
+ ���͡�
1017
+ string (URL)
1018
+
1019
+ �㡧
1020
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258'������ʪ 'cpd:C00135'
1021
+ # KO �ֹ� 'ko:K01881' ���ֿ��ǥޡ�����Ĥ��������Υ���å��֥�ޥåפ�
1022
+ # ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1023
+ obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1024
+ get_html_of_marked_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list)
1025
+
1026
+ --- get_html_of_colored_pathway_by_objects(pathway_id, object_id_list, fg_color_list, bg_color_list)
1027
+
1028
+ ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1029
+ �С������� 'color_pathway_by_object' �᥽�åɤǤ���
1030
+
1031
+ ���͡�
1032
+ string (URL)
1033
+
1034
+ �㡧
1035
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258' �����Ϥ˳���������ʪ
1036
+ # 'cpd:C00135' �򲫿��Ϥ��С�KO �ֹ� 'ko:K01881' �����Ϥ��Ĥο��Ť��򤷤�
1037
+ # �����Υ���å��֥�ޥåפ�ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1038
+ obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1039
+ fg_list = ['gray', '#00ff00', 'blue']
1040
+ bg_list = ['#ff0000', 'yellow', 'orange']
1041
+ get_html_of_colored_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list, fg_list, bg_list)
1042
+
1043
+ + �ѥ���������Υ��֥������ȸ���
1044
+
1045
+ --- get_genes_by_pathway(pathway_id)
1046
+
1047
+ ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ�����ʪ��̾��
1048
+ pathway_id �˴ޤޤ�� keggorg �ǻ��ꤷ�ޤ���
1049
+
1050
+ ���͡�
1051
+ ArrayOfstring (genes_id)
1052
+
1053
+ �㡧
1054
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ��
1055
+ get_genes_by_pathway('path:eco00020')
1056
+
1057
+ --- get_enzymes_by_pathway(pathway_id)
1058
+
1059
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1060
+
1061
+ ���͡�
1062
+ ArrayOfstring (enzyme_id)
1063
+
1064
+ �㡧
1065
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ��
1066
+ get_enzymes_by_pathway('path:eco00020')
1067
+
1068
+ --- get_compounds_by_pathway(pathway_id)
1069
+
1070
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1071
+
1072
+ ���͡�
1073
+ ArrayOfstring (compound_id)
1074
+
1075
+ �㡧
1076
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ��
1077
+ get_compounds_by_pathway('path:eco00020')
1078
+
1079
+ --- get_glycans_by_pathway(pathway_id)
1080
+
1081
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1082
+
1083
+ ���͡�
1084
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1085
+
1086
+ �㡧
1087
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00510 �˺ܤäƤ��������Υꥹ��
1088
+ get_glycans_by_pathway('path:eco00510')
1089
+
1090
+ --- get_reactions_by_pathway(pathway_id)
1091
+
1092
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ���ꥢ��������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1093
+
1094
+ ���͡�
1095
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1096
+
1097
+ �㡧
1098
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00260 �֤˺ܤäƤ���ꥢ�������Υꥹ��
1099
+ get_reactions_by_pathways('path:eco00260')
1100
+
1101
+ --- get_kos_by_pathway(pathway_id)
1102
+
1103
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1104
+
1105
+ ���͡�
1106
+ ArrayOfstring (ko_id)
1107
+
1108
+ �㡧
1109
+ # �ҥȤΥѥ������� 00010 �˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ��
1110
+ get_kos_by_pathway('path:hsa00010')
1111
+
1112
+
1113
+
1114
+ + ���֥������Ȥ���ѥ�����������
1115
+
1116
+ --- get_pathways_by_genes(genes_id_list)
1117
+
1118
+ ���ꤷ�������Ҥ����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1119
+
1120
+ ���͡�
1121
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1122
+
1123
+ �㡧
1124
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0077 �� b0078 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1125
+ get_pathways_by_genes(['eco:b0077', 'eco:b0078'])
1126
+
1127
+ --- get_pathways_by_enzymes(enzyme_id_list)
1128
+
1129
+ ���ꤷ�������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1130
+
1131
+ ���͡�
1132
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1133
+
1134
+ �㡧
1135
+ # �����ֹ� 1.3.99.1 �ι��Ǥ��ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1136
+ get_pathways_by_enzymes(['ec:1.3.99.1'])
1137
+
1138
+ --- get_pathways_by_compounds(compound_id_list)
1139
+
1140
+ ���ꤷ������ʪ�����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1141
+
1142
+ ���͡�
1143
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1144
+
1145
+ �㡧
1146
+ # ����ʪ C00033 �� C00158 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1147
+ get_pathways_by_compounds(['cpd:C00033', 'cpd:C00158'])
1148
+
1149
+ --- get_pathways_by_glycans(compound_id_list)
1150
+
1151
+ ���ꤷ�����������ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1152
+
1153
+ ���͡�
1154
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1155
+
1156
+ �㡧
1157
+ # ���� G00009 �� G00011 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1158
+ get_pathways_by_glycans(['gl:G00009', 'gl:G00011'])
1159
+
1160
+ --- get_pathways_by_reactions(reaction_id_list)
1161
+
1162
+ ���ꤷ���ꥢ��������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1163
+
1164
+ ���͡�
1165
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1166
+
1167
+ �㡧
1168
+ # �ꥢ��������ֹ� rn:R00959, rn:R02740, rn:R00960, rn:R01786 �����Ƥ�
1169
+ # ȿ����ޤ�ѥ��������Υꥹ��
1170
+ get_pathways_by_reactions(['rn:R00959', 'rn:R02740', 'rn:R00960', 'rn:R01786'])
1171
+
1172
+ --- get_pathways_by_kos(ko_id_list, org)
1173
+
1174
+ ���ꤷ����ʪ�� KO �ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1175
+
1176
+ ���͡�
1177
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1178
+
1179
+ �㡧
1180
+ # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�ҥȤΥѥ��������Υꥹ��
1181
+ get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'hsa')
1182
+
1183
+ # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�����ʪ��Υѥ��������Υꥹ��
1184
+ get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'all')
1185
+
1186
+
1187
+ + �ѥ��������֤δط�
1188
+
1189
+ --- get_linked_pathways(pathway_id)
1190
+
1191
+ ���ꤷ���ѥ��������ֹ�Υѥ������������󥯤���Ƥ���ѥ���������
1192
+ �ꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1193
+
1194
+ ���͡�
1195
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1196
+
1197
+ �㡧
1198
+ # �ѥ������� path:eco00620 �����󥯤���Ƥ���ѥ��������Υꥹ��
1199
+ get_linked_pathways('path:eco00620')
1200
+
1201
+
1202
+ + �����Ҥȹ����ֹ�δط�
1203
+
1204
+ --- get_genes_by_enzyme(enzyme_id, org)
1205
+
1206
+ �о���ʪ��ˤ����ơ����ꤷ�������ֹ����İ����ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1207
+
1208
+ ���͡�
1209
+ ArrayOfstring (genes_id)
1210
+
1211
+ �㡧
1212
+ # �����ֹ� 1.1.1.1 �������IJ�ݤΰ����ҤΥꥹ��
1213
+ get_genes_by_enzyme('ec:1.1.1.1', 'eco')
1214
+
1215
+ --- get_enzymes_by_gene(genes_id)
1216
+
1217
+ ���ꤷ�������Ҥ��б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1218
+
1219
+ ���͡�
1220
+ ArrayOfstring (enzyme_id)
1221
+
1222
+ �㡧
1223
+ # ��IJ�ݰ����� 'eco:b0002' �ι����ֹ�Υꥹ��
1224
+ get_enzymes_by_gene(eco:b0002)
1225
+
1226
+
1227
+ + ���ǡ�����ʪ���ꥢ�������δط�
1228
+
1229
+ --- get_enzymes_by_compound(compound_id)
1230
+
1231
+ ���ꤷ������ʪ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1232
+
1233
+ ���͡�
1234
+ ArrayOfstring (compound_id)
1235
+
1236
+ �㡧
1237
+ # ����ʪ 'cpd:C00345' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1238
+ get_enzymes_by_compound('cpd:C00345')
1239
+
1240
+ --- get_enzymes_by_glycan(compound_id)
1241
+
1242
+ ���ꤷ���������б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1243
+
1244
+ ���͡�
1245
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1246
+
1247
+ �㡧
1248
+ # ���� 'gl:G00001' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1249
+ get_enzymes_by_glycan('gl:G00001')
1250
+
1251
+ --- get_enzymes_by_reaction(reaction_id)
1252
+
1253
+ ���ꤷ���ꥢ��������ֹ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1254
+
1255
+ ���͡�
1256
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1257
+
1258
+ �㡧
1259
+ # �ꥢ��������ֹ� R00100 ����Ĺ��ǤΥꥹ��
1260
+ get_enzymes_by_reaction('rn:R00100')
1261
+
1262
+ --- get_compounds_by_enzyme(enzyme_id)
1263
+
1264
+ ���ꤷ�������ֹ���б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1265
+
1266
+ ���͡�
1267
+ ArrayOfstring (compound_id)
1268
+
1269
+ �㡧
1270
+ # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ����դ˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1271
+ get_compounds_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1272
+
1273
+ --- get_compounds_by_reaction(reaction_id)
1274
+
1275
+ ���ꤷ���ꥢ���������б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1276
+
1277
+ ���͡�
1278
+ ArrayOfstring (compound_id)
1279
+
1280
+ �㡧
1281
+ # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R00100' ��ȿ���˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1282
+ get_compounds_by_reaction('rn:R00100')
1283
+
1284
+ --- get_glycans_by_enzyme(enzyme_id)
1285
+
1286
+ ���ꤷ�������ֹ���б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1287
+
1288
+ ���͡�
1289
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1290
+
1291
+ �㡧
1292
+ # �����ֹ� 'ec:2.4.1.141' ����դ˴ؤ�������Υꥹ��
1293
+ get_glycans_by_enzyme('ec:2.4.1.141')
1294
+
1295
+ --- get_glycans_by_reaction(reaction_id)
1296
+
1297
+ ���ꤷ���ꥢ���������б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1298
+
1299
+ ���͡�
1300
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1301
+
1302
+ �㡧
1303
+ # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R06164' ��ȿ���˴ؤ�������Υꥹ��
1304
+ get_glycans_by_reaction('rn:R06164')
1305
+
1306
+ --- get_reactions_by_enzyme(enzyme_id)
1307
+
1308
+ ���ꤷ�������ֹ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1309
+
1310
+ ���͡�
1311
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1312
+
1313
+ �㡧
1314
+ # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ��ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1315
+ get_reactions_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1316
+
1317
+ --- get_reactions_by_compound(compound_id)
1318
+
1319
+ ���ꤷ������ʪ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1320
+
1321
+ ���͡�
1322
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1323
+
1324
+ �㡧
1325
+ # ����ʪ 'cpd:C00199' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1326
+ get_reactions_by_compound('cpd:C00199')
1327
+
1328
+ --- get_reactions_by_glycan(glycan_id)
1329
+
1330
+ ���ꤷ���������б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1331
+
1332
+ ���͡�
1333
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1334
+
1335
+ �㡧
1336
+ # ���� 'gl:G00001' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1337
+ get_reactions_by_glycan('gl:G00001')
1338
+
1339
+
1340
+ ==== GENES
1341
+
1342
+ GENES �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENES �ǡ����١����ˤĤ���
1343
+ �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1344
+
1345
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genes>))
1346
+
1347
+ --- get_genes_by_organism(org, start, max_results)
1348
+
1349
+ ���ꤷ����ʪ����� GENES ����ȥ�Τ�����start ���ܤ��� max_results ʬ��
1350
+ ��̤��֤��ޤ���
1351
+
1352
+ ���͡�
1353
+ ArrayOfstring (genes_id)
1354
+
1355
+ �㡧
1356
+ # ����ե륨�󥶶ݤΰ����ҥꥹ�Ȥ� 100 �Ĥ�������
1357
+ get_genes_by_organism('hin', 1, 100)
1358
+ get_genes_by_organism('hin', 101, 100)
1359
+
1360
+
1361
+ ==== GENOME
1362
+
1363
+ GENOME �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENOME �ǡ����١����ˤĤ���
1364
+ �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1365
+
1366
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genome>))
1367
+
1368
+ --- get_number_of_genes_by_organism(org)
1369
+
1370
+ ���ꤷ����ʪ�郎���İ����ҿ����֤��ޤ���
1371
+
1372
+ ���͡�
1373
+ int
1374
+
1375
+ �㡧
1376
+ # ��IJ�ݤ����İ����Ҥο�
1377
+ get_number_of_genes_by_organism('eco')
1378
+
1379
+
1380
+ ==== LIGAND
1381
+
1382
+ LIGAND �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���
1383
+
1384
+ --- convert_mol_to_kcf(mol_text)
1385
+
1386
+ MOL �ե����ޥåȤΥ���ȥ�� KCF �ե����ޥåȤ��Ѵ����ޤ���
1387
+
1388
+ ���͡�
1389
+ String
1390
+
1391
+ �㡧
1392
+ convert_mol_to_kcf(mol_str)
1393
+
1394
+
1395
+ == Notes
1396
+
1397
+ Last updated: May 31, 2005
1398
+
1399
+ =end