partis-bcr 1.0.8__py3-none-any.whl → 1.0.9.post1.dev1__py3-none-any.whl
This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
- packages/ham/bcrham +0 -0
- packages/ig-sw/src/ig_align/ig-sw +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/METADATA +1 -1
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/RECORD +155 -73
- test/new-results/get-selection-metrics-new-simu.yaml +1 -0
- test/new-results/test.log +12 -16
- test/paired/new-results/get-selection-metrics-new-simu-chosen-abs.csv +8 -8
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/log +8 -8
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/log +7 -7
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/log +9 -9
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh/fasttree/iclust-0/log +8 -8
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh/fasttree/iclust-1/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh/fasttree/iclust-1/log +9 -9
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igh-selection-metrics.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igk/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igk/fasttree/iclust-0/log +8 -8
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igk/fasttree/iclust-1/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igk/fasttree/iclust-1/log +4 -4
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igk/partition-igk-selection-metrics.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igh/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igh/fasttree/iclust-0/log +9 -9
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- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igl/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igl/fasttree/iclust-0/log +9 -9
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igl/fasttree/iclust-1/log +3 -3
- test/paired/new-results/partition-new-simu/igh+igl/partition-igl-selection-metrics.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/selection-metrics.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu/single-chain/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/flcount-matrix.svg +107 -107
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/func-non-func-per-drop-log.svg +83 -83
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/func-non-func-per-drop.svg +61 -61
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/paired-seqs-per-seq-after.svg +18 -18
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/paired-seqs-per-seq-before.svg +24 -24
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/pseq-matrix.svg +35 -35
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/seqs-per-droplet.svg +22 -22
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-correct-family.svg +45 -45
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-correct.svg +45 -45
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-mispaired.svg +45 -45
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-multiple.svg +15 -15
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-near-family.svg +15 -15
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-total.svg +47 -47
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance-unpaired.svg +48 -48
- test/paired/new-results/partition-new-simu-annotation-performance/plots/true-pair-clean-performance.svg +27 -27
- test/paired/new-results/run-times.csv +6 -6
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-0/partition.log +86 -102
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-1/igh+igk/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-1/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-1/partition.log +84 -100
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/isub-1/single-chain/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-partition.log +50 -54
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/igh+igk/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igh/sw-cache.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igk/sw-cache.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/parameters/igl/sw-cache.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/subset-partition-new-simu/merged-subsets/partition-igh.yaml +1 -1
- test/paired/new-results/test.log +203 -236
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/fasttree.out +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/input-seqs.fa +24 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-0/log +23 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/fasttree.out +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-1/log +23 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/fasttree.out +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/fasttree/iclust-2/log +22 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/input-seqs.fa +24 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/log +430 -0
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- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.ckp.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.iqtree +282 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.log +429 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.mldist +13 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.model.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.state +3529 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.treefile +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/log +373 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.bionj +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.ckp.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.iqtree +279 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.log +372 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.mldist +9 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.model.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.state +2229 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-1/out.treefile +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/log +375 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.bionj +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.ckp.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.iqtree +274 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.log +374 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.mldist +9 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.model.gz +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.state +2283 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-2/out.treefile +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/iqtree-annotations.yaml +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa +24 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralProbs +3461 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralStates +10 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestModel +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.log +216 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.rba +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.reduced.phy +9 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/log +454 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-0/run.sh +3 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.ancestralProbs +2203 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.ancestralStates +6 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.bestModel +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.log +217 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.rba +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.reduced.phy +4 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/log +440 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-1/run.sh +3 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa +16 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralProbs +2275 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralStates +6 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.ancestralTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestModel +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestTree +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.bestTreeCollapsed +1 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.log +207 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.mlTrees +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.rba +0 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/input-seqs.fa.raxml.startTree +20 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/log +420 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml/iclust-2/run.sh +3 -0
- test/ref-results/partition-new-simu/raxml-annotations.yaml +1 -0
- bin/FastTree-macos +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/cf-alleles.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/cf-germlines.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/compare-plotdirs.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/extract-pairing-info.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/gctree-run.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/get-naive-probabilities.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/parse-output.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/partis-test.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.data → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.data}/scripts/split-loci.py +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/WHEEL +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/licenses/COPYING +0 -0
- {partis_bcr-1.0.8.dist-info → partis_bcr-1.0.9.post1.dev1.dist-info}/top_level.txt +0 -0
|
@@ -0,0 +1,3529 @@
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1
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+
# Ancestral state reconstruction for all nodes in /home/runner/work/partis/partis/test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.treefile
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2
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+
# This file can be read in MS Excel or in R with command:
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3
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+
# tab=read.table('/home/runner/work/partis/partis/test/ref-results/partition-new-simu/iqtree/iclust-0/out.state',header=TRUE)
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4
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+
# Columns are tab-separated with following meaning:
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5
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+
# Node: Node name in the tree
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6
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+
# Site: Alignment site ID
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7
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+
# State: Most likely state assignment
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8
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+
# p_X: Posterior probability for state X (empirical Bayesian method)
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9
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+
Node Site State p_A p_C p_G p_T
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10
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+
Node5 1 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
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11
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+
Node5 2 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
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12
|
+
Node5 3 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
|
13
|
+
Node5 4 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
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14
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+
Node5 5 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
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15
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+
Node5 6 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
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16
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+
Node5 7 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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17
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+
Node5 8 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
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18
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+
Node5 9 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
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19
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+
Node5 10 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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20
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+
Node5 11 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
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21
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+
Node5 12 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
22
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+
Node5 13 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
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23
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+
Node5 14 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
24
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+
Node5 15 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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25
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+
Node5 16 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
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26
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+
Node5 17 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
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27
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+
Node5 18 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
28
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+
Node5 19 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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29
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+
Node5 20 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
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30
|
+
Node5 21 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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31
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+
Node5 22 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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32
|
+
Node5 23 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
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33
|
+
Node5 24 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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34
|
+
Node5 25 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
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35
|
+
Node5 26 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
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36
|
+
Node5 27 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
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37
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+
Node5 28 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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38
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+
Node5 29 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
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39
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+
Node5 30 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
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40
|
+
Node5 31 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
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41
|
+
Node5 32 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
42
|
+
Node5 33 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
43
|
+
Node5 34 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
44
|
+
Node5 35 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
45
|
+
Node5 36 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
46
|
+
Node5 37 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
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47
|
+
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|
|
326
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
352
|
+
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|
|
353
|
+
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|
|
354
|
+
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|
|
355
|
+
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|
|
356
|
+
Node5 347 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
357
|
+
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|
|
358
|
+
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|
|
359
|
+
Node5 350 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
360
|
+
Node5 351 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
361
|
+
Node5 352 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
362
|
+
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|
|
363
|
+
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|
|
364
|
+
Node8 3 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
|
365
|
+
Node8 4 - 0.25000 0.25000 0.25000 0.25000
|
|
366
|
+
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|
|
367
|
+
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|
|
368
|
+
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|
|
369
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
382
|
+
Node8 21 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
383
|
+
Node8 22 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
384
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
392
|
+
Node8 31 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
393
|
+
Node8 32 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
394
|
+
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|
|
395
|
+
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|
|
396
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
398
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
400
|
+
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|
|
401
|
+
Node8 40 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
402
|
+
Node8 41 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
403
|
+
Node8 42 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
404
|
+
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|
|
405
|
+
Node8 44 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
406
|
+
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|
|
407
|
+
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|
|
408
|
+
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|
|
409
|
+
Node8 48 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
410
|
+
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|
|
411
|
+
Node8 50 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
412
|
+
Node8 51 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
413
|
+
Node8 52 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
414
|
+
Node8 53 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
415
|
+
Node8 54 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
416
|
+
Node8 55 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
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|
+
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|
|
418
|
+
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|
|
419
|
+
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|
|
420
|
+
Node8 59 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
421
|
+
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|
|
422
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
426
|
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|
|
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|
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|
|
428
|
+
Node8 67 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
429
|
+
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|
|
430
|
+
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|
|
431
|
+
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|
|
432
|
+
Node8 71 T 0.00000 0.00000 0.00048 0.99952
|
|
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|
+
Node8 72 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
434
|
+
Node8 73 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
435
|
+
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|
|
436
|
+
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|
|
437
|
+
Node8 76 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
438
|
+
Node8 77 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
439
|
+
Node8 78 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
440
|
+
Node8 79 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
441
|
+
Node8 80 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
442
|
+
Node8 81 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
443
|
+
Node8 82 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
444
|
+
Node8 83 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
445
|
+
Node8 84 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
446
|
+
Node8 85 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
447
|
+
Node8 86 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
448
|
+
Node8 87 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
449
|
+
Node8 88 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
450
|
+
Node8 89 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
451
|
+
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|
|
452
|
+
Node8 91 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
453
|
+
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|
|
454
|
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|
|
455
|
+
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|
|
456
|
+
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|
|
457
|
+
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|
|
458
|
+
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|
|
459
|
+
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|
|
460
|
+
Node8 99 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
461
|
+
Node8 100 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
462
|
+
Node8 101 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
463
|
+
Node8 102 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
464
|
+
Node8 103 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
465
|
+
Node8 104 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
466
|
+
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|
|
467
|
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|
|
468
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
499
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
502
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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+
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|
|
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|
|
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+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
511
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
+
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|
|
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+
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|
|
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|
+
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|
|
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+
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|
|
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|
|
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|
+
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|
|
520
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
522
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
524
|
+
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|
|
525
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
530
|
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|
|
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|
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|
|
532
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
538
|
+
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|
|
539
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
541
|
+
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|
|
542
|
+
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|
|
543
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
545
|
+
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|
|
546
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
548
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
550
|
+
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|
|
551
|
+
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|
|
552
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
555
|
+
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|
|
556
|
+
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|
|
557
|
+
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|
|
558
|
+
Node8 197 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
559
|
+
Node8 198 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
560
|
+
Node8 199 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
561
|
+
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|
|
562
|
+
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|
|
563
|
+
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|
|
564
|
+
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|
|
565
|
+
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|
|
566
|
+
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|
|
567
|
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|
|
568
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
582
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
591
|
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|
|
592
|
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|
|
593
|
+
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|
|
594
|
+
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|
|
595
|
+
Node8 234 C 0.00000 1.00000 0.00000 0.00000
|
|
596
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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Node8 239 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
601
|
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Node8 240 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
602
|
+
Node8 241 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
603
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
686
|
+
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|
|
687
|
+
Node8 326 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
688
|
+
Node8 327 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
689
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
699
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
714
|
+
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|
|
715
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
726
|
+
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|
|
727
|
+
Node7 14 A 1.00000 0.00000 0.00000 0.00000
|
|
728
|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
742
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+
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
1152
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
1156
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+
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
1290
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
1798
|
+
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|
|
1799
|
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|
|
1800
|
+
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|
|
1801
|
+
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|
|
1802
|
+
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|
|
1803
|
+
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|
|
1804
|
+
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|
|
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|
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|
|
1806
|
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|
|
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|
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|
|
1808
|
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|
|
1809
|
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|
|
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|
+
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|
|
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|
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|
|
1812
|
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|
|
1813
|
+
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|
|
1814
|
+
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|
|
1815
|
+
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|
|
1816
|
+
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|
|
1817
|
+
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|
|
1818
|
+
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|
|
1819
|
+
Node6 50 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
1820
|
+
Node6 51 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
1821
|
+
Node6 52 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
1822
|
+
Node6 53 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
1823
|
+
Node6 54 G 0.00000 0.00000 1.00000 0.00000
|
|
1824
|
+
Node6 55 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
1825
|
+
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|
|
1826
|
+
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|
|
1827
|
+
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
|
1830
|
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|
|
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|
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|
|
1832
|
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|
|
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|
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|
|
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|
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Node6 65 T 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000
|
|
1835
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
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|
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|
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|
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|
|
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|
|
2930
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