nabu 2024.1.1__py3-none-any.whl → 2024.1.2__py3-none-any.whl
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- nabu/__init__.py +1 -1
- nabu/app/cast_volume.py +11 -2
- nabu/app/multicor.py +24 -2
- nabu/io/cast_volume.py +3 -3
- nabu/io/utils.py +2 -2
- nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +0 -1
- nabu/stitching/z_stitching.py +3 -3
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/METADATA +2 -2
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- nabu-2024.1.2.dist-info/top_level.txt +2 -0
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/doc/create_conf_doc.py +0 -38
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/doc/get_mathjax.py +0 -34
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/__init__.py +0 -17
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/bootstrap.py +0 -88
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/bootstrap_stitching.py +0 -69
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/cast_volume.py +0 -272
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/cli_configs.py +0 -626
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/compare_volumes.py +0 -94
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/composite_cor.py +0 -144
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/correct_rot.py +0 -70
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/create_distortion_map_from_poly.py +0 -153
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/diag_to_pix.py +0 -358
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/diag_to_rot.py +0 -449
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/double_flatfield.py +0 -143
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/generate_header.py +0 -261
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/histogram.py +0 -197
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/parse_reconstruction_log.py +0 -151
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/reconstruct.py +0 -120
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- build/lib/nabu/estimation/tests/test_translation.py +0 -78
- build/lib/nabu/estimation/tilt.py +0 -214
- build/lib/nabu/estimation/translation.py +0 -193
- build/lib/nabu/estimation/utils.py +0 -39
- build/lib/nabu/io/__init__.py +0 -2
- build/lib/nabu/io/cast_volume.py +0 -371
- build/lib/nabu/io/detector_distortion.py +0 -305
- build/lib/nabu/io/reader.py +0 -628
- build/lib/nabu/io/reader_helical.py +0 -114
- build/lib/nabu/io/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_cast_volume.py +0 -339
- build/lib/nabu/io/tests/test_detector_distortion.py +0 -178
- build/lib/nabu/io/tests/test_writers.py +0 -187
- build/lib/nabu/io/tiffwriter_zmm.py +0 -99
- build/lib/nabu/io/utils.py +0 -263
- build/lib/nabu/io/writer.py +0 -892
- build/lib/nabu/misc/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/misc/binning.py +0 -98
- build/lib/nabu/misc/fftshift.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/filters.py +0 -24
- build/lib/nabu/misc/fourier_filters.py +0 -152
- build/lib/nabu/misc/histogram.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/histogram_cuda.py +0 -8
- build/lib/nabu/misc/kernel_base.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/padding.py +0 -83
- build/lib/nabu/misc/padding_base.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/processing_base.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/rotation.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/rotation_cuda.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/misc/tests/test_binning.py +0 -48
- build/lib/nabu/misc/tests/test_interpolation.py +0 -70
- build/lib/nabu/misc/transpose.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/unsharp.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/unsharp_cuda.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/unsharp_opencl.py +0 -8
- build/lib/nabu/misc/utils.py +0 -117
- build/lib/nabu/opencl/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/fft.py +0 -6
- build/lib/nabu/opencl/kernel.py +0 -135
- build/lib/nabu/opencl/memcpy.py +0 -35
- build/lib/nabu/opencl/padding.py +0 -6
- build/lib/nabu/opencl/processing.py +0 -62
- build/lib/nabu/opencl/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/utils.py +0 -292
- build/lib/nabu/pipeline/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config.py +0 -265
- build/lib/nabu/pipeline/config_validators.py +0 -589
- build/lib/nabu/pipeline/datadump.py +0 -164
- build/lib/nabu/pipeline/dataset_validator.py +0 -211
- build/lib/nabu/pipeline/detector_distortion_provider.py +0 -20
- build/lib/nabu/pipeline/estimators.py +0 -1012
- build/lib/nabu/pipeline/fallback_utils.py +0 -149
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked.py +0 -849
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked_cuda.py +0 -152
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/computations.py +0 -260
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/dataset_validator.py +0 -63
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/nabu_config.py +0 -590
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/processconfig.py +0 -825
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/reconstruction.py +0 -851
- build/lib/nabu/pipeline/helical/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/dataset_validator.py +0 -19
- build/lib/nabu/pipeline/helical/fbp.py +0 -147
- build/lib/nabu/pipeline/helical/filtering.py +0 -246
- build/lib/nabu/pipeline/helical/gridded_accumulator.py +0 -575
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded.py +0 -1670
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded_cuda.py +0 -119
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_reconstruction.py +0 -598
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_utils.py +0 -42
- build/lib/nabu/pipeline/helical/nabu_config.py +0 -175
- build/lib/nabu/pipeline/helical/processconfig.py +0 -62
- build/lib/nabu/pipeline/helical/span_strategy.py +0 -483
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_accumulator.py +0 -157
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_pipeline_elements_full.py +0 -355
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_strategy.py +0 -61
- build/lib/nabu/pipeline/helical/utils.py +0 -51
- build/lib/nabu/pipeline/helical/weight_balancer.py +0 -101
- build/lib/nabu/pipeline/params.py +0 -163
- build/lib/nabu/pipeline/processconfig.py +0 -210
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_chunk_reader.py +0 -78
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_estimators.py +0 -149
- build/lib/nabu/pipeline/utils.py +0 -116
- build/lib/nabu/pipeline/writer.py +0 -193
- build/lib/nabu/pipeline/xrdct/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/preproc/__init__.py +0 -7
- build/lib/nabu/preproc/alignment.py +0 -11
- build/lib/nabu/preproc/ccd.py +0 -161
- build/lib/nabu/preproc/ccd_cuda.py +0 -169
- build/lib/nabu/preproc/ctf.py +0 -361
- build/lib/nabu/preproc/ctf_cuda.py +0 -142
- build/lib/nabu/preproc/distortion.py +0 -92
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield.py +0 -212
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_cuda.py +0 -174
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_variable_region.py +0 -68
- build/lib/nabu/preproc/flatfield.py +0 -448
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_cuda.py +0 -144
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_variable_region.py +0 -79
- build/lib/nabu/preproc/phase.py +0 -425
- build/lib/nabu/preproc/phase_cuda.py +0 -143
- build/lib/nabu/preproc/shift.py +0 -95
- build/lib/nabu/preproc/shift_cuda.py +0 -102
- build/lib/nabu/preproc/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ccd_corr.py +0 -59
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ctf.py +0 -250
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_double_flatfield.py +0 -86
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_flatfield.py +0 -626
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_paganin.py +0 -67
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_vshift.py +0 -73
- build/lib/nabu/processing/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/convolution_cuda.py +0 -375
- build/lib/nabu/processing/fft_base.py +0 -163
- build/lib/nabu/processing/fft_cuda.py +0 -256
- build/lib/nabu/processing/fft_opencl.py +0 -54
- build/lib/nabu/processing/fftshift.py +0 -134
- build/lib/nabu/processing/histogram.py +0 -286
- build/lib/nabu/processing/histogram_cuda.py +0 -103
- build/lib/nabu/processing/kernel_base.py +0 -126
- build/lib/nabu/processing/medfilt_cuda.py +0 -159
- build/lib/nabu/processing/muladd.py +0 -29
- build/lib/nabu/processing/muladd_cuda.py +0 -68
- build/lib/nabu/processing/padding_base.py +0 -71
- build/lib/nabu/processing/padding_cuda.py +0 -75
- build/lib/nabu/processing/padding_opencl.py +0 -77
- build/lib/nabu/processing/processing_base.py +0 -123
- build/lib/nabu/processing/roll_opencl.py +0 -64
- build/lib/nabu/processing/rotation.py +0 -63
- build/lib/nabu/processing/rotation_cuda.py +0 -66
- build/lib/nabu/processing/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fft.py +0 -268
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fftshift.py +0 -71
- build/lib/nabu/processing/tests/test_histogram.py +0 -55
- build/lib/nabu/processing/tests/test_medfilt.py +0 -77
- build/lib/nabu/processing/tests/test_muladd.py +0 -54
- build/lib/nabu/processing/tests/test_padding.py +0 -247
- build/lib/nabu/processing/tests/test_roll.py +0 -63
- build/lib/nabu/processing/tests/test_rotation.py +0 -83
- build/lib/nabu/processing/tests/test_transpose.py +0 -72
- build/lib/nabu/processing/tests/test_unsharp.py +0 -106
- build/lib/nabu/processing/transpose.py +0 -126
- build/lib/nabu/processing/unsharp.py +0 -79
- build/lib/nabu/processing/unsharp_cuda.py +0 -53
- build/lib/nabu/processing/unsharp_opencl.py +0 -75
- build/lib/nabu/reconstruction/__init__.py +0 -3
- build/lib/nabu/reconstruction/cone.py +0 -241
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp.py +0 -124
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_base.py +0 -391
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_opencl.py +0 -78
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering.py +0 -220
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_cuda.py +0 -103
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_opencl.py +0 -111
- build/lib/nabu/reconstruction/projection.py +0 -240
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor.py +0 -174
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor_cuda.py +0 -44
- build/lib/nabu/reconstruction/rings.py +0 -248
- build/lib/nabu/reconstruction/rings_cuda.py +0 -322
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram.py +0 -467
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_cuda.py +0 -250
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_opencl.py +0 -40
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_cone.py +0 -308
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_deringer.py +0 -220
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_fbp.py +0 -252
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_filtering.py +0 -133
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_halftomo.py +0 -100
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_projector.py +0 -164
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_reconstructor.py +0 -93
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_sino_normalization.py +0 -85
- build/lib/nabu/resources/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cli/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cor.py +0 -5
- build/lib/nabu/resources/dataset_analyzer.py +0 -469
- build/lib/nabu/resources/gpu.py +0 -169
- build/lib/nabu/resources/logger.py +0 -130
- build/lib/nabu/resources/nxflatfield.py +0 -217
- build/lib/nabu/resources/templates/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_nxflatfield.py +0 -104
- build/lib/nabu/resources/tests/test_units.py +0 -47
- build/lib/nabu/resources/utils.py +0 -174
- build/lib/nabu/stitching/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/alignment.py +0 -184
- build/lib/nabu/stitching/config.py +0 -1286
- build/lib/nabu/stitching/definitions.py +0 -6
- build/lib/nabu/stitching/frame_composition.py +0 -155
- build/lib/nabu/stitching/overlap.py +0 -373
- build/lib/nabu/stitching/sample_normalization.py +0 -60
- build/lib/nabu/stitching/slurm_utils.py +0 -204
- build/lib/nabu/stitching/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_alignment.py +0 -99
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_config.py +0 -226
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_frame_composition.py +0 -180
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_overlap.py +0 -98
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_sample_normalization.py +0 -49
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_slurm_utils.py +0 -146
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_utils.py +0 -21
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +0 -1183
- build/lib/nabu/stitching/utils.py +0 -563
- build/lib/nabu/stitching/z_stitching.py +0 -2279
- build/lib/nabu/tests.py +0 -51
- build/lib/nabu/testutils.py +0 -375
- build/lib/nabu/thirdparty/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/algotom_convert_sino.py +0 -276
- build/lib/nabu/thirdparty/pore3d_deringer_munch.py +0 -108
- build/lib/nabu/thirdparty/tomocupy_remove_stripe.py +0 -586
- build/lib/nabu/thirdparty/tomopy_phase.py +0 -239
- build/lib/nabu/thirdparty/tomwer_load_flats_darks.py +0 -162
- build/lib/nabu/utils.py +0 -836
- nabu-2024.1.1.dist-info/RECORD +0 -2375
- nabu-2024.1.1.dist-info/top_level.txt +0 -4
- {build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app → nabu/app/tests}/__init__.py +0 -0
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/LICENSE +0 -0
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
@@ -1,119 +0,0 @@
|
|
1
|
-
import numpy as np
|
2
|
-
from ...preproc.shift_cuda import CudaVerticalShift
|
3
|
-
|
4
|
-
from ...reconstruction.sinogram_cuda import CudaSinoBuilder, CudaSinoNormalization
|
5
|
-
from ...processing.histogram_cuda import CudaPartialHistogram
|
6
|
-
from .fbp import BackprojectorHelical
|
7
|
-
|
8
|
-
|
9
|
-
try:
|
10
|
-
from ...reconstruction.hbp import HierarchicalBackprojector # pylint: disable=E0401,E0611
|
11
|
-
|
12
|
-
print("Successfully imported hbp")
|
13
|
-
except:
|
14
|
-
HierarchicalBackprojector = None
|
15
|
-
|
16
|
-
from ...cuda.utils import get_cuda_context, __has_pycuda__, __pycuda_error_msg__
|
17
|
-
from .helical_chunked_regridded import HelicalChunkedRegriddedPipeline
|
18
|
-
|
19
|
-
if __has_pycuda__:
|
20
|
-
import pycuda.gpuarray as garray
|
21
|
-
|
22
|
-
|
23
|
-
class CudaHelicalChunkedRegriddedPipeline(HelicalChunkedRegriddedPipeline):
|
24
|
-
"""
|
25
|
-
Cuda backend of HelicalChunkedPipeline
|
26
|
-
"""
|
27
|
-
|
28
|
-
VerticalShiftClass = CudaVerticalShift
|
29
|
-
SinoBuilderClass = CudaSinoBuilder
|
30
|
-
FBPClass = BackprojectorHelical
|
31
|
-
HBPClass = HierarchicalBackprojector
|
32
|
-
|
33
|
-
HistogramClass = CudaPartialHistogram
|
34
|
-
SinoNormalizationClass = CudaSinoNormalization
|
35
|
-
|
36
|
-
def __init__(
|
37
|
-
self,
|
38
|
-
process_config,
|
39
|
-
sub_region,
|
40
|
-
logger=None,
|
41
|
-
extra_options=None,
|
42
|
-
phase_margin=None,
|
43
|
-
cuda_options=None,
|
44
|
-
reading_granularity=10,
|
45
|
-
span_info=None,
|
46
|
-
num_weight_radios_per_app=1000,
|
47
|
-
diag_zpro_run=0,
|
48
|
-
):
|
49
|
-
self._init_cuda(cuda_options)
|
50
|
-
super().__init__(
|
51
|
-
process_config,
|
52
|
-
sub_region,
|
53
|
-
logger=logger,
|
54
|
-
extra_options=extra_options,
|
55
|
-
phase_margin=phase_margin,
|
56
|
-
reading_granularity=reading_granularity,
|
57
|
-
span_info=span_info,
|
58
|
-
diag_zpro_run=diag_zpro_run,
|
59
|
-
)
|
60
|
-
self._register_callbacks()
|
61
|
-
|
62
|
-
self.num_weight_radios_per_app = num_weight_radios_per_app
|
63
|
-
|
64
|
-
def _init_cuda(self, cuda_options):
|
65
|
-
if not (__has_pycuda__):
|
66
|
-
raise ImportError(__pycuda_error_msg__)
|
67
|
-
cuda_options = cuda_options or {}
|
68
|
-
self.ctx = get_cuda_context(**cuda_options)
|
69
|
-
self._d_radios = None
|
70
|
-
self._d_radios_weights = None
|
71
|
-
self._d_sinos = None
|
72
|
-
self._d_recs = None
|
73
|
-
|
74
|
-
def _allocate_array(self, shape, dtype, name=None):
|
75
|
-
name = name or "tmp" # should be mandatory
|
76
|
-
d_name = "_d_" + name
|
77
|
-
d_arr = getattr(self, d_name, None)
|
78
|
-
if d_arr is None:
|
79
|
-
self.logger.debug("Allocating %s: %s" % (name, str(shape)))
|
80
|
-
d_arr = garray.zeros(shape, dtype)
|
81
|
-
setattr(self, d_name, d_arr)
|
82
|
-
return d_arr
|
83
|
-
|
84
|
-
def _process_finalize(self):
|
85
|
-
pass
|
86
|
-
|
87
|
-
def _post_primary_data_reduction(self, i_slice):
|
88
|
-
self._allocate_array((self.num_weight_radios_per_app,) + self.radios_slim.shape[1:], "f", name="radios_weights")
|
89
|
-
|
90
|
-
if self.process_config.nabu_config["reconstruction"]["angular_tolerance_steps"]:
|
91
|
-
self.radios[:, i_slice, :][np.isnan(self.radios[:, i_slice, :])] = 0
|
92
|
-
self.radios_slim.set(self.radios[:, i_slice, :])
|
93
|
-
|
94
|
-
def _register_callbacks(self):
|
95
|
-
pass
|
96
|
-
|
97
|
-
#
|
98
|
-
# Pipeline execution (class specialization)
|
99
|
-
#
|
100
|
-
|
101
|
-
def _compute_histogram(self, data=None, i_slice=None, num_slices=None):
|
102
|
-
if self.histogram is None:
|
103
|
-
return
|
104
|
-
if data is None:
|
105
|
-
data = self.recs
|
106
|
-
my_histo = self.histogram.compute_histogram(data)
|
107
|
-
self.histo_stack.append(my_histo)
|
108
|
-
if i_slice == num_slices - 1:
|
109
|
-
self.recs_histogram = self.histogram.merge_histograms(self.histo_stack)
|
110
|
-
self.histo_stack.clear()
|
111
|
-
|
112
|
-
def _dump_data_to_file(self, step_name, data=None):
|
113
|
-
if data is None:
|
114
|
-
data = self.radios
|
115
|
-
if step_name not in self._data_dump:
|
116
|
-
return
|
117
|
-
if isinstance(data, garray.GPUArray):
|
118
|
-
data = data.get()
|
119
|
-
super()._dump_data_to_file(step_name, data=data)
|