nabu 2024.1.1__py3-none-any.whl → 2024.1.2__py3-none-any.whl
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- nabu/__init__.py +1 -1
- nabu/app/cast_volume.py +11 -2
- nabu/app/multicor.py +24 -2
- nabu/io/cast_volume.py +3 -3
- nabu/io/utils.py +2 -2
- nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +0 -1
- nabu/stitching/z_stitching.py +3 -3
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/METADATA +2 -2
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- nabu-2024.1.2.dist-info/top_level.txt +2 -0
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/doc/create_conf_doc.py +0 -38
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/doc/get_mathjax.py +0 -34
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/__init__.py +0 -17
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/bootstrap.py +0 -88
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/bootstrap_stitching.py +0 -69
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/cast_volume.py +0 -272
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/cli_configs.py +0 -626
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/compare_volumes.py +0 -94
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/composite_cor.py +0 -144
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/correct_rot.py +0 -70
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/create_distortion_map_from_poly.py +0 -153
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/diag_to_pix.py +0 -358
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/diag_to_rot.py +0 -449
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/double_flatfield.py +0 -143
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/generate_header.py +0 -261
- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/histogram.py +0 -197
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/parse_reconstruction_log.py +0 -151
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- build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app/reconstruct.py +0 -120
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- build/lib/nabu/estimation/tests/test_translation.py +0 -78
- build/lib/nabu/estimation/tilt.py +0 -214
- build/lib/nabu/estimation/translation.py +0 -193
- build/lib/nabu/estimation/utils.py +0 -39
- build/lib/nabu/io/__init__.py +0 -2
- build/lib/nabu/io/cast_volume.py +0 -371
- build/lib/nabu/io/detector_distortion.py +0 -305
- build/lib/nabu/io/reader.py +0 -628
- build/lib/nabu/io/reader_helical.py +0 -114
- build/lib/nabu/io/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_cast_volume.py +0 -339
- build/lib/nabu/io/tests/test_detector_distortion.py +0 -178
- build/lib/nabu/io/tests/test_writers.py +0 -187
- build/lib/nabu/io/tiffwriter_zmm.py +0 -99
- build/lib/nabu/io/utils.py +0 -263
- build/lib/nabu/io/writer.py +0 -892
- build/lib/nabu/misc/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/misc/binning.py +0 -98
- build/lib/nabu/misc/fftshift.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/filters.py +0 -24
- build/lib/nabu/misc/fourier_filters.py +0 -152
- build/lib/nabu/misc/histogram.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/histogram_cuda.py +0 -8
- build/lib/nabu/misc/kernel_base.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/padding.py +0 -83
- build/lib/nabu/misc/padding_base.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/processing_base.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/rotation.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/rotation_cuda.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/misc/tests/test_binning.py +0 -48
- build/lib/nabu/misc/tests/test_interpolation.py +0 -70
- build/lib/nabu/misc/transpose.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/unsharp.py +0 -4
- build/lib/nabu/misc/unsharp_cuda.py +0 -6
- build/lib/nabu/misc/unsharp_opencl.py +0 -8
- build/lib/nabu/misc/utils.py +0 -117
- build/lib/nabu/opencl/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/fft.py +0 -6
- build/lib/nabu/opencl/kernel.py +0 -135
- build/lib/nabu/opencl/memcpy.py +0 -35
- build/lib/nabu/opencl/padding.py +0 -6
- build/lib/nabu/opencl/processing.py +0 -62
- build/lib/nabu/opencl/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/utils.py +0 -292
- build/lib/nabu/pipeline/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config.py +0 -265
- build/lib/nabu/pipeline/config_validators.py +0 -589
- build/lib/nabu/pipeline/datadump.py +0 -164
- build/lib/nabu/pipeline/dataset_validator.py +0 -211
- build/lib/nabu/pipeline/detector_distortion_provider.py +0 -20
- build/lib/nabu/pipeline/estimators.py +0 -1012
- build/lib/nabu/pipeline/fallback_utils.py +0 -149
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked.py +0 -849
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked_cuda.py +0 -152
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/computations.py +0 -260
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/dataset_validator.py +0 -63
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/nabu_config.py +0 -590
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/processconfig.py +0 -825
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/reconstruction.py +0 -851
- build/lib/nabu/pipeline/helical/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/dataset_validator.py +0 -19
- build/lib/nabu/pipeline/helical/fbp.py +0 -147
- build/lib/nabu/pipeline/helical/filtering.py +0 -246
- build/lib/nabu/pipeline/helical/gridded_accumulator.py +0 -575
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded.py +0 -1670
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded_cuda.py +0 -119
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_reconstruction.py +0 -598
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_utils.py +0 -42
- build/lib/nabu/pipeline/helical/nabu_config.py +0 -175
- build/lib/nabu/pipeline/helical/processconfig.py +0 -62
- build/lib/nabu/pipeline/helical/span_strategy.py +0 -483
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_accumulator.py +0 -157
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_pipeline_elements_full.py +0 -355
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_strategy.py +0 -61
- build/lib/nabu/pipeline/helical/utils.py +0 -51
- build/lib/nabu/pipeline/helical/weight_balancer.py +0 -101
- build/lib/nabu/pipeline/params.py +0 -163
- build/lib/nabu/pipeline/processconfig.py +0 -210
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_chunk_reader.py +0 -78
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_estimators.py +0 -149
- build/lib/nabu/pipeline/utils.py +0 -116
- build/lib/nabu/pipeline/writer.py +0 -193
- build/lib/nabu/pipeline/xrdct/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/preproc/__init__.py +0 -7
- build/lib/nabu/preproc/alignment.py +0 -11
- build/lib/nabu/preproc/ccd.py +0 -161
- build/lib/nabu/preproc/ccd_cuda.py +0 -169
- build/lib/nabu/preproc/ctf.py +0 -361
- build/lib/nabu/preproc/ctf_cuda.py +0 -142
- build/lib/nabu/preproc/distortion.py +0 -92
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield.py +0 -212
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_cuda.py +0 -174
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_variable_region.py +0 -68
- build/lib/nabu/preproc/flatfield.py +0 -448
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_cuda.py +0 -144
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_variable_region.py +0 -79
- build/lib/nabu/preproc/phase.py +0 -425
- build/lib/nabu/preproc/phase_cuda.py +0 -143
- build/lib/nabu/preproc/shift.py +0 -95
- build/lib/nabu/preproc/shift_cuda.py +0 -102
- build/lib/nabu/preproc/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ccd_corr.py +0 -59
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ctf.py +0 -250
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_double_flatfield.py +0 -86
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_flatfield.py +0 -626
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_paganin.py +0 -67
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_vshift.py +0 -73
- build/lib/nabu/processing/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/convolution_cuda.py +0 -375
- build/lib/nabu/processing/fft_base.py +0 -163
- build/lib/nabu/processing/fft_cuda.py +0 -256
- build/lib/nabu/processing/fft_opencl.py +0 -54
- build/lib/nabu/processing/fftshift.py +0 -134
- build/lib/nabu/processing/histogram.py +0 -286
- build/lib/nabu/processing/histogram_cuda.py +0 -103
- build/lib/nabu/processing/kernel_base.py +0 -126
- build/lib/nabu/processing/medfilt_cuda.py +0 -159
- build/lib/nabu/processing/muladd.py +0 -29
- build/lib/nabu/processing/muladd_cuda.py +0 -68
- build/lib/nabu/processing/padding_base.py +0 -71
- build/lib/nabu/processing/padding_cuda.py +0 -75
- build/lib/nabu/processing/padding_opencl.py +0 -77
- build/lib/nabu/processing/processing_base.py +0 -123
- build/lib/nabu/processing/roll_opencl.py +0 -64
- build/lib/nabu/processing/rotation.py +0 -63
- build/lib/nabu/processing/rotation_cuda.py +0 -66
- build/lib/nabu/processing/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fft.py +0 -268
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fftshift.py +0 -71
- build/lib/nabu/processing/tests/test_histogram.py +0 -55
- build/lib/nabu/processing/tests/test_medfilt.py +0 -77
- build/lib/nabu/processing/tests/test_muladd.py +0 -54
- build/lib/nabu/processing/tests/test_padding.py +0 -247
- build/lib/nabu/processing/tests/test_roll.py +0 -63
- build/lib/nabu/processing/tests/test_rotation.py +0 -83
- build/lib/nabu/processing/tests/test_transpose.py +0 -72
- build/lib/nabu/processing/tests/test_unsharp.py +0 -106
- build/lib/nabu/processing/transpose.py +0 -126
- build/lib/nabu/processing/unsharp.py +0 -79
- build/lib/nabu/processing/unsharp_cuda.py +0 -53
- build/lib/nabu/processing/unsharp_opencl.py +0 -75
- build/lib/nabu/reconstruction/__init__.py +0 -3
- build/lib/nabu/reconstruction/cone.py +0 -241
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp.py +0 -124
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_base.py +0 -391
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_opencl.py +0 -78
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering.py +0 -220
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_cuda.py +0 -103
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_opencl.py +0 -111
- build/lib/nabu/reconstruction/projection.py +0 -240
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor.py +0 -174
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor_cuda.py +0 -44
- build/lib/nabu/reconstruction/rings.py +0 -248
- build/lib/nabu/reconstruction/rings_cuda.py +0 -322
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram.py +0 -467
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_cuda.py +0 -250
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_opencl.py +0 -40
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/__init__.py +0 -1
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_cone.py +0 -308
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_deringer.py +0 -220
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_fbp.py +0 -252
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_filtering.py +0 -133
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_halftomo.py +0 -100
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_projector.py +0 -164
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_reconstructor.py +0 -93
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_sino_normalization.py +0 -85
- build/lib/nabu/resources/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cli/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cor.py +0 -5
- build/lib/nabu/resources/dataset_analyzer.py +0 -469
- build/lib/nabu/resources/gpu.py +0 -169
- build/lib/nabu/resources/logger.py +0 -130
- build/lib/nabu/resources/nxflatfield.py +0 -217
- build/lib/nabu/resources/templates/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_nxflatfield.py +0 -104
- build/lib/nabu/resources/tests/test_units.py +0 -47
- build/lib/nabu/resources/utils.py +0 -174
- build/lib/nabu/stitching/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/alignment.py +0 -184
- build/lib/nabu/stitching/config.py +0 -1286
- build/lib/nabu/stitching/definitions.py +0 -6
- build/lib/nabu/stitching/frame_composition.py +0 -155
- build/lib/nabu/stitching/overlap.py +0 -373
- build/lib/nabu/stitching/sample_normalization.py +0 -60
- build/lib/nabu/stitching/slurm_utils.py +0 -204
- build/lib/nabu/stitching/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_alignment.py +0 -99
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_config.py +0 -226
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_frame_composition.py +0 -180
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_overlap.py +0 -98
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_sample_normalization.py +0 -49
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_slurm_utils.py +0 -146
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_utils.py +0 -21
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +0 -1183
- build/lib/nabu/stitching/utils.py +0 -563
- build/lib/nabu/stitching/z_stitching.py +0 -2279
- build/lib/nabu/tests.py +0 -51
- build/lib/nabu/testutils.py +0 -375
- build/lib/nabu/thirdparty/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/algotom_convert_sino.py +0 -276
- build/lib/nabu/thirdparty/pore3d_deringer_munch.py +0 -108
- build/lib/nabu/thirdparty/tomocupy_remove_stripe.py +0 -586
- build/lib/nabu/thirdparty/tomopy_phase.py +0 -239
- build/lib/nabu/thirdparty/tomwer_load_flats_darks.py +0 -162
- build/lib/nabu/utils.py +0 -836
- nabu-2024.1.1.dist-info/RECORD +0 -2375
- nabu-2024.1.1.dist-info/top_level.txt +0 -4
- {build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app → nabu/app/tests}/__init__.py +0 -0
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/LICENSE +0 -0
- {nabu-2024.1.1.dist-info → nabu-2024.1.2.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
@@ -1,265 +0,0 @@
|
|
1
|
-
from os import linesep
|
2
|
-
from configparser import ConfigParser
|
3
|
-
from ..utils import check_supported, deprecated
|
4
|
-
|
5
|
-
#
|
6
|
-
# option "type":
|
7
|
-
# - required: always visible, user must provide a valid value
|
8
|
-
# - optional: visible, but might be left blank
|
9
|
-
# - advanced: optional and not visible by default
|
10
|
-
# - unsupported: hidden (not implemented yet)
|
11
|
-
_options_levels = {
|
12
|
-
"required": 0,
|
13
|
-
"optional": 1,
|
14
|
-
"advanced": 2,
|
15
|
-
"unsupported": 10,
|
16
|
-
}
|
17
|
-
|
18
|
-
|
19
|
-
class NabuConfigParser:
|
20
|
-
@deprecated(
|
21
|
-
"The class 'NabuConfigParser' is deprecated and will be removed in a future version. Please use parse_nabu_config_file instead",
|
22
|
-
do_print=True,
|
23
|
-
)
|
24
|
-
def __init__(self, fname):
|
25
|
-
"""
|
26
|
-
Nabu configuration file parser.
|
27
|
-
|
28
|
-
Parameters
|
29
|
-
----------
|
30
|
-
fname: str
|
31
|
-
File name of the configuration file
|
32
|
-
"""
|
33
|
-
parser = ConfigParser(inline_comment_prefixes=("#",)) # allow in-line comments
|
34
|
-
with open(fname) as fid:
|
35
|
-
file_content = fid.read()
|
36
|
-
parser.read_string(file_content)
|
37
|
-
self.parser = parser
|
38
|
-
self.get_dict()
|
39
|
-
self.file_content = file_content.split(linesep)
|
40
|
-
|
41
|
-
def get_dict(self):
|
42
|
-
# Is there an officially supported way to do this ?
|
43
|
-
self.conf_dict = self.parser._sections
|
44
|
-
return self.conf_dict
|
45
|
-
|
46
|
-
def __str__(self):
|
47
|
-
return self.conf_dict.__str__()
|
48
|
-
|
49
|
-
def __repr__(self):
|
50
|
-
return self.conf_dict.__repr__()
|
51
|
-
|
52
|
-
def __getitem__(self, key):
|
53
|
-
return self.conf_dict[key]
|
54
|
-
|
55
|
-
|
56
|
-
def parse_nabu_config_file(fname, allow_no_value=False):
|
57
|
-
"""
|
58
|
-
Parse a configuration file and returns a dictionary.
|
59
|
-
|
60
|
-
Parameters
|
61
|
-
----------
|
62
|
-
fname: str
|
63
|
-
File name of the configuration file
|
64
|
-
|
65
|
-
Returns
|
66
|
-
-------
|
67
|
-
conf_dict: dict
|
68
|
-
Dictionary with the configuration
|
69
|
-
"""
|
70
|
-
parser = ConfigParser(
|
71
|
-
inline_comment_prefixes=("#",), # allow in-line comments
|
72
|
-
allow_no_value=allow_no_value,
|
73
|
-
)
|
74
|
-
with open(fname) as fid:
|
75
|
-
file_content = fid.read()
|
76
|
-
parser.read_string(file_content)
|
77
|
-
conf_dict = parser._sections # Is there an officially supported way to do this ?
|
78
|
-
return conf_dict
|
79
|
-
|
80
|
-
|
81
|
-
def generate_nabu_configfile(
|
82
|
-
fname,
|
83
|
-
default_config,
|
84
|
-
config=None,
|
85
|
-
sections=None,
|
86
|
-
sections_comments=None,
|
87
|
-
comments=True,
|
88
|
-
options_level=None,
|
89
|
-
prefilled_values=None,
|
90
|
-
):
|
91
|
-
"""
|
92
|
-
Generate a nabu configuration file.
|
93
|
-
|
94
|
-
Parameters
|
95
|
-
-----------
|
96
|
-
fname: str
|
97
|
-
Output file path.
|
98
|
-
config: dict
|
99
|
-
Configuration to save. If section and / or key missing will store the
|
100
|
-
default value
|
101
|
-
sections: list of str, optional
|
102
|
-
Sections which should be included in the configuration file
|
103
|
-
comments: bool, optional
|
104
|
-
Whether to include comments in the configuration file
|
105
|
-
options_level: str, optional
|
106
|
-
Which "level" of options to embed in the file. Can be "required", "optional", "advanced".
|
107
|
-
Default is "optional".
|
108
|
-
"""
|
109
|
-
if options_level is None:
|
110
|
-
options_level = "optional"
|
111
|
-
if prefilled_values is None:
|
112
|
-
prefilled_values = {}
|
113
|
-
check_supported(options_level, list(_options_levels.keys()), "options_level")
|
114
|
-
options_level = _options_levels[options_level]
|
115
|
-
if config is None:
|
116
|
-
config = {}
|
117
|
-
if sections is None:
|
118
|
-
sections = default_config.keys()
|
119
|
-
|
120
|
-
def dump_help(fid, help_sequence):
|
121
|
-
for help_line in help_sequence.split(linesep):
|
122
|
-
content = "# %s" % (help_line) if help_line.strip() != "" else ""
|
123
|
-
content = content + linesep
|
124
|
-
fid.write(content)
|
125
|
-
|
126
|
-
with open(fname, "w") as fid:
|
127
|
-
for section, section_content in default_config.items():
|
128
|
-
if section not in sections:
|
129
|
-
continue
|
130
|
-
if section != "dataset":
|
131
|
-
fid.write("%s%s" % (linesep, linesep))
|
132
|
-
fid.write("[%s]%s" % (section, linesep))
|
133
|
-
if sections_comments is not None and section in sections_comments:
|
134
|
-
dump_help(fid, sections_comments[section])
|
135
|
-
|
136
|
-
for key, values in section_content.items():
|
137
|
-
if options_level < _options_levels[values["type"]]:
|
138
|
-
continue
|
139
|
-
if comments and values["help"].strip() != "":
|
140
|
-
dump_help(fid, values["help"])
|
141
|
-
|
142
|
-
value = values["default"]
|
143
|
-
if section in prefilled_values and key in prefilled_values[section]:
|
144
|
-
value = prefilled_values[section][key]
|
145
|
-
if section in config and key in config[section]:
|
146
|
-
value = config[section][key]
|
147
|
-
fid.write("%s = %s%s" % (key, value, linesep))
|
148
|
-
|
149
|
-
|
150
|
-
def _extract_nabuconfig_section(section, default_config):
|
151
|
-
res = {}
|
152
|
-
for key, val in default_config[section].items():
|
153
|
-
res[key] = val["default"]
|
154
|
-
return res
|
155
|
-
|
156
|
-
|
157
|
-
def _extract_nabuconfig_keyvals(default_config):
|
158
|
-
res = {}
|
159
|
-
for section in default_config.keys():
|
160
|
-
res[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
161
|
-
return res
|
162
|
-
|
163
|
-
|
164
|
-
def get_default_nabu_config(default_config):
|
165
|
-
"""
|
166
|
-
Return a dictionary with the default nabu configuration.
|
167
|
-
"""
|
168
|
-
return _extract_nabuconfig_keyvals(default_config)
|
169
|
-
|
170
|
-
|
171
|
-
def _handle_modified_key(key, val, section, default_config, renamed_keys):
|
172
|
-
if val is not None:
|
173
|
-
return key, val, section
|
174
|
-
if key in renamed_keys and renamed_keys[key]["section"] == section:
|
175
|
-
info = renamed_keys[key]
|
176
|
-
print(info["message"])
|
177
|
-
print("This is deprecated since version %s and will result in an error in futures versions" % (info["since"]))
|
178
|
-
section = info.get("new_section", section)
|
179
|
-
if info["new_name"] == "":
|
180
|
-
return None, None, section # deleted key
|
181
|
-
val = default_config[section].get(info["new_name"], None)
|
182
|
-
return info["new_name"], val, section
|
183
|
-
else:
|
184
|
-
return key, None, section # unhandled renamed/deleted key
|
185
|
-
|
186
|
-
|
187
|
-
def validate_config(config, default_config, renamed_keys, errors="warn"):
|
188
|
-
"""
|
189
|
-
Validate a configuration dictionary against a "default" configuration dict.
|
190
|
-
|
191
|
-
Parameters
|
192
|
-
----------
|
193
|
-
config: dict
|
194
|
-
configuration dict to be validated
|
195
|
-
default_config: dict
|
196
|
-
Reference configuration. Missing keys/sections from 'config' will be updated with
|
197
|
-
keys from this dictionary.
|
198
|
-
errors: str, optional
|
199
|
-
What to do when an unknonw key/section is encountered. Possible actions are:
|
200
|
-
- "warn": throw a warning, continue the validation
|
201
|
-
- "raise": raise an error and exit
|
202
|
-
"""
|
203
|
-
|
204
|
-
def error(msg):
|
205
|
-
if errors == "raise":
|
206
|
-
raise ValueError(msg)
|
207
|
-
else:
|
208
|
-
print("Error: %s" % msg)
|
209
|
-
|
210
|
-
res_config = {}
|
211
|
-
for section, section_content in config.items():
|
212
|
-
# Ignore the "other" section
|
213
|
-
if section.lower() == "other":
|
214
|
-
continue
|
215
|
-
if section not in default_config:
|
216
|
-
error("Unknown section [%s]" % section)
|
217
|
-
continue
|
218
|
-
res_config[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
219
|
-
res_config[section].update(section_content)
|
220
|
-
for key, value in res_config[section].items():
|
221
|
-
opt = default_config[section].get(key, None)
|
222
|
-
key, opt, section_updated = _handle_modified_key(key, opt, section, default_config, renamed_keys)
|
223
|
-
if key is None:
|
224
|
-
continue # deleted key
|
225
|
-
if opt is None:
|
226
|
-
error("Unknown option '%s' in section [%s]" % (key, section_updated))
|
227
|
-
continue
|
228
|
-
validator = default_config[section_updated][key]["validator"]
|
229
|
-
if section_updated not in res_config: # missing section - handled later
|
230
|
-
continue
|
231
|
-
res_config[section_updated][key] = validator(section_updated, key, value)
|
232
|
-
# Handle sections missing in config
|
233
|
-
for section in set(default_config.keys()) - set(res_config.keys()):
|
234
|
-
res_config[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
235
|
-
for key, value in res_config[section].items():
|
236
|
-
validator = default_config[section][key]["validator"]
|
237
|
-
res_config[section][key] = validator(section, key, value)
|
238
|
-
return res_config
|
239
|
-
|
240
|
-
|
241
|
-
validate_nabu_config = deprecated("validate_nabu_config is renamed validate_config", do_print=True)(validate_config)
|
242
|
-
|
243
|
-
|
244
|
-
def overwrite_config(conf, overwritten_params):
|
245
|
-
"""
|
246
|
-
Overwrite a (validated) configuration with a new parameters dict.
|
247
|
-
|
248
|
-
Parameters
|
249
|
-
----------
|
250
|
-
conf: dict
|
251
|
-
Configuration dictionary, usually output from validate_config()
|
252
|
-
overwritten_params: dict
|
253
|
-
Configuration dictionary with the same layout, containing parameters to overwrite
|
254
|
-
"""
|
255
|
-
overwritten_params = overwritten_params or {}
|
256
|
-
for section, params in overwritten_params.items():
|
257
|
-
if section not in conf:
|
258
|
-
raise ValueError("Unknown section %s" % section)
|
259
|
-
current_section = conf[section]
|
260
|
-
for key in params.keys():
|
261
|
-
if key not in current_section:
|
262
|
-
raise ValueError("Unknown parameter '%s' in section '%s'" % (key, section))
|
263
|
-
conf[section][key] = overwritten_params[section][key]
|
264
|
-
# ---
|
265
|
-
return conf
|