jandot-bio 1.2.1

Sign up to get free protection for your applications and to get access to all the features.
Files changed (335) hide show
  1. data/bin/bioruby +44 -0
  2. data/bin/br_biofetch.rb +47 -0
  3. data/bin/br_bioflat.rb +282 -0
  4. data/bin/br_biogetseq.rb +45 -0
  5. data/bin/br_pmfetch.rb +421 -0
  6. data/doc/Changes-0.7.rd +369 -0
  7. data/doc/KEGG_API.rd +1843 -0
  8. data/doc/KEGG_API.rd.ja +1834 -0
  9. data/doc/Tutorial.rd +1296 -0
  10. data/doc/Tutorial.rd.ja +2640 -0
  11. data/etc/bioinformatics/seqdatabase.ini +210 -0
  12. data/lib/bio.rb +279 -0
  13. data/lib/bio/alignment.rb +2518 -0
  14. data/lib/bio/appl/bl2seq/report.rb +334 -0
  15. data/lib/bio/appl/blast.rb +351 -0
  16. data/lib/bio/appl/blast/format0.rb +1438 -0
  17. data/lib/bio/appl/blast/format8.rb +83 -0
  18. data/lib/bio/appl/blast/report.rb +516 -0
  19. data/lib/bio/appl/blast/rexml.rb +135 -0
  20. data/lib/bio/appl/blast/rpsblast.rb +176 -0
  21. data/lib/bio/appl/blast/wublast.rb +550 -0
  22. data/lib/bio/appl/blast/xmlparser.rb +228 -0
  23. data/lib/bio/appl/blat/report.rb +489 -0
  24. data/lib/bio/appl/clustalw.rb +219 -0
  25. data/lib/bio/appl/clustalw/report.rb +152 -0
  26. data/lib/bio/appl/emboss.rb +203 -0
  27. data/lib/bio/appl/fasta.rb +237 -0
  28. data/lib/bio/appl/fasta/format10.rb +325 -0
  29. data/lib/bio/appl/gcg/msf.rb +212 -0
  30. data/lib/bio/appl/gcg/seq.rb +195 -0
  31. data/lib/bio/appl/genscan/report.rb +552 -0
  32. data/lib/bio/appl/hmmer.rb +126 -0
  33. data/lib/bio/appl/hmmer/report.rb +683 -0
  34. data/lib/bio/appl/iprscan/report.rb +374 -0
  35. data/lib/bio/appl/mafft.rb +259 -0
  36. data/lib/bio/appl/mafft/report.rb +226 -0
  37. data/lib/bio/appl/muscle.rb +52 -0
  38. data/lib/bio/appl/phylip/alignment.rb +129 -0
  39. data/lib/bio/appl/phylip/distance_matrix.rb +96 -0
  40. data/lib/bio/appl/probcons.rb +41 -0
  41. data/lib/bio/appl/psort.rb +548 -0
  42. data/lib/bio/appl/psort/report.rb +457 -0
  43. data/lib/bio/appl/pts1.rb +263 -0
  44. data/lib/bio/appl/sim4.rb +124 -0
  45. data/lib/bio/appl/sim4/report.rb +485 -0
  46. data/lib/bio/appl/sosui/report.rb +151 -0
  47. data/lib/bio/appl/spidey/report.rb +593 -0
  48. data/lib/bio/appl/targetp/report.rb +267 -0
  49. data/lib/bio/appl/tcoffee.rb +55 -0
  50. data/lib/bio/appl/tmhmm/report.rb +222 -0
  51. data/lib/bio/command.rb +337 -0
  52. data/lib/bio/data/aa.rb +349 -0
  53. data/lib/bio/data/codontable.rb +722 -0
  54. data/lib/bio/data/na.rb +223 -0
  55. data/lib/bio/db.rb +329 -0
  56. data/lib/bio/db/aaindex.rb +357 -0
  57. data/lib/bio/db/embl/common.rb +336 -0
  58. data/lib/bio/db/embl/embl.rb +402 -0
  59. data/lib/bio/db/embl/sptr.rb +1283 -0
  60. data/lib/bio/db/embl/swissprot.rb +42 -0
  61. data/lib/bio/db/embl/trembl.rb +41 -0
  62. data/lib/bio/db/embl/uniprot.rb +42 -0
  63. data/lib/bio/db/fantom.rb +599 -0
  64. data/lib/bio/db/fasta.rb +907 -0
  65. data/lib/bio/db/genbank/common.rb +290 -0
  66. data/lib/bio/db/genbank/ddbj.rb +22 -0
  67. data/lib/bio/db/genbank/genbank.rb +215 -0
  68. data/lib/bio/db/genbank/genpept.rb +60 -0
  69. data/lib/bio/db/genbank/refseq.rb +18 -0
  70. data/lib/bio/db/gff.rb +174 -0
  71. data/lib/bio/db/go.rb +481 -0
  72. data/lib/bio/db/kegg/brite.rb +41 -0
  73. data/lib/bio/db/kegg/compound.rb +131 -0
  74. data/lib/bio/db/kegg/drug.rb +98 -0
  75. data/lib/bio/db/kegg/enzyme.rb +148 -0
  76. data/lib/bio/db/kegg/expression.rb +155 -0
  77. data/lib/bio/db/kegg/genes.rb +263 -0
  78. data/lib/bio/db/kegg/genome.rb +241 -0
  79. data/lib/bio/db/kegg/glycan.rb +170 -0
  80. data/lib/bio/db/kegg/keggtab.rb +357 -0
  81. data/lib/bio/db/kegg/kgml.rb +256 -0
  82. data/lib/bio/db/kegg/orthology.rb +136 -0
  83. data/lib/bio/db/kegg/reaction.rb +82 -0
  84. data/lib/bio/db/kegg/taxonomy.rb +331 -0
  85. data/lib/bio/db/lasergene.rb +209 -0
  86. data/lib/bio/db/litdb.rb +107 -0
  87. data/lib/bio/db/medline.rb +323 -0
  88. data/lib/bio/db/nbrf.rb +191 -0
  89. data/lib/bio/db/newick.rb +658 -0
  90. data/lib/bio/db/nexus.rb +1854 -0
  91. data/lib/bio/db/pdb.rb +29 -0
  92. data/lib/bio/db/pdb/atom.rb +77 -0
  93. data/lib/bio/db/pdb/chain.rb +210 -0
  94. data/lib/bio/db/pdb/chemicalcomponent.rb +224 -0
  95. data/lib/bio/db/pdb/model.rb +148 -0
  96. data/lib/bio/db/pdb/pdb.rb +1911 -0
  97. data/lib/bio/db/pdb/residue.rb +176 -0
  98. data/lib/bio/db/pdb/utils.rb +399 -0
  99. data/lib/bio/db/prosite.rb +597 -0
  100. data/lib/bio/db/rebase.rb +457 -0
  101. data/lib/bio/db/soft.rb +404 -0
  102. data/lib/bio/db/transfac.rb +375 -0
  103. data/lib/bio/feature.rb +226 -0
  104. data/lib/bio/io/das.rb +461 -0
  105. data/lib/bio/io/dbget.rb +194 -0
  106. data/lib/bio/io/ddbjxml.rb +581 -0
  107. data/lib/bio/io/ebisoap.rb +158 -0
  108. data/lib/bio/io/ensembl.rb +229 -0
  109. data/lib/bio/io/fastacmd.rb +163 -0
  110. data/lib/bio/io/fetch.rb +181 -0
  111. data/lib/bio/io/flatfile.rb +1309 -0
  112. data/lib/bio/io/flatfile/bdb.rb +253 -0
  113. data/lib/bio/io/flatfile/index.rb +1371 -0
  114. data/lib/bio/io/flatfile/indexer.rb +787 -0
  115. data/lib/bio/io/higet.rb +73 -0
  116. data/lib/bio/io/hinv.rb +442 -0
  117. data/lib/bio/io/keggapi.rb +805 -0
  118. data/lib/bio/io/ncbirest.rb +256 -0
  119. data/lib/bio/io/ncbisoap.rb +155 -0
  120. data/lib/bio/io/pubmed.rb +307 -0
  121. data/lib/bio/io/registry.rb +292 -0
  122. data/lib/bio/io/soapwsdl.rb +119 -0
  123. data/lib/bio/io/sql.rb +365 -0
  124. data/lib/bio/location.rb +772 -0
  125. data/lib/bio/map.rb +410 -0
  126. data/lib/bio/pathway.rb +854 -0
  127. data/lib/bio/reference.rb +623 -0
  128. data/lib/bio/sequence.rb +475 -0
  129. data/lib/bio/sequence/aa.rb +125 -0
  130. data/lib/bio/sequence/common.rb +333 -0
  131. data/lib/bio/sequence/compat.rb +123 -0
  132. data/lib/bio/sequence/format.rb +181 -0
  133. data/lib/bio/sequence/generic.rb +24 -0
  134. data/lib/bio/sequence/na.rb +491 -0
  135. data/lib/bio/shell.rb +44 -0
  136. data/lib/bio/shell/core.rb +578 -0
  137. data/lib/bio/shell/demo.rb +146 -0
  138. data/lib/bio/shell/interface.rb +218 -0
  139. data/lib/bio/shell/irb.rb +95 -0
  140. data/lib/bio/shell/object.rb +71 -0
  141. data/lib/bio/shell/plugin/blast.rb +42 -0
  142. data/lib/bio/shell/plugin/codon.rb +218 -0
  143. data/lib/bio/shell/plugin/das.rb +58 -0
  144. data/lib/bio/shell/plugin/emboss.rb +23 -0
  145. data/lib/bio/shell/plugin/entry.rb +105 -0
  146. data/lib/bio/shell/plugin/flatfile.rb +101 -0
  147. data/lib/bio/shell/plugin/keggapi.rb +181 -0
  148. data/lib/bio/shell/plugin/midi.rb +430 -0
  149. data/lib/bio/shell/plugin/obda.rb +45 -0
  150. data/lib/bio/shell/plugin/psort.rb +56 -0
  151. data/lib/bio/shell/plugin/seq.rb +247 -0
  152. data/lib/bio/shell/plugin/soap.rb +87 -0
  153. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/bioruby_generator.rb +29 -0
  154. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/_classes.rhtml +4 -0
  155. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/_log.rhtml +27 -0
  156. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/_methods.rhtml +11 -0
  157. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/_modules.rhtml +4 -0
  158. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/_variables.rhtml +7 -0
  159. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby-bg.gif +0 -0
  160. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby-gem.png +0 -0
  161. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby-link.gif +0 -0
  162. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby.css +368 -0
  163. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby.rhtml +47 -0
  164. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby_controller.rb +144 -0
  165. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/bioruby_helper.rb +47 -0
  166. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/commands.rhtml +8 -0
  167. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/history.rhtml +10 -0
  168. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/index.rhtml +26 -0
  169. data/lib/bio/shell/rails/vendor/plugins/bioruby/generators/bioruby/templates/spinner.gif +0 -0
  170. data/lib/bio/shell/script.rb +25 -0
  171. data/lib/bio/shell/setup.rb +109 -0
  172. data/lib/bio/shell/web.rb +102 -0
  173. data/lib/bio/tree.rb +850 -0
  174. data/lib/bio/util/color_scheme.rb +191 -0
  175. data/lib/bio/util/color_scheme/buried.rb +59 -0
  176. data/lib/bio/util/color_scheme/helix.rb +59 -0
  177. data/lib/bio/util/color_scheme/hydropathy.rb +64 -0
  178. data/lib/bio/util/color_scheme/nucleotide.rb +31 -0
  179. data/lib/bio/util/color_scheme/strand.rb +59 -0
  180. data/lib/bio/util/color_scheme/taylor.rb +50 -0
  181. data/lib/bio/util/color_scheme/turn.rb +59 -0
  182. data/lib/bio/util/color_scheme/zappo.rb +50 -0
  183. data/lib/bio/util/contingency_table.rb +370 -0
  184. data/lib/bio/util/restriction_enzyme.rb +228 -0
  185. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/analysis.rb +249 -0
  186. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/analysis_basic.rb +217 -0
  187. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/cut_symbol.rb +107 -0
  188. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded.rb +321 -0
  189. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/aligned_strands.rb +130 -0
  190. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/cut_location_pair.rb +103 -0
  191. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/cut_location_pair_in_enzyme_notation.rb +38 -0
  192. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/cut_locations.rb +76 -0
  193. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/cut_locations_in_enzyme_notation.rb +107 -0
  194. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/enzymes.yaml +7061 -0
  195. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/cut_range.rb +24 -0
  196. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/cut_ranges.rb +47 -0
  197. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/horizontal_cut_range.rb +67 -0
  198. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/sequence_range.rb +257 -0
  199. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/sequence_range/calculated_cuts.rb +242 -0
  200. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/sequence_range/fragment.rb +51 -0
  201. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/sequence_range/fragments.rb +41 -0
  202. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/range/vertical_cut_range.rb +77 -0
  203. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/single_strand.rb +199 -0
  204. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/single_strand/cut_locations_in_enzyme_notation.rb +135 -0
  205. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/single_strand_complement.rb +23 -0
  206. data/lib/bio/util/restriction_enzyme/string_formatting.rb +111 -0
  207. data/lib/bio/util/sirna.rb +288 -0
  208. data/sample/any2fasta.rb +59 -0
  209. data/sample/biofetch.rb +475 -0
  210. data/sample/color_scheme_na.rb +91 -0
  211. data/sample/dbget +37 -0
  212. data/sample/enzymes.rb +78 -0
  213. data/sample/fasta2tab.rb +99 -0
  214. data/sample/fastagrep.rb +72 -0
  215. data/sample/fastasort.rb +54 -0
  216. data/sample/fsplit.rb +51 -0
  217. data/sample/gb2fasta.rb +30 -0
  218. data/sample/gb2tab.rb +325 -0
  219. data/sample/gbtab2mysql.rb +161 -0
  220. data/sample/genes2nuc.rb +33 -0
  221. data/sample/genes2pep.rb +33 -0
  222. data/sample/genes2tab.rb +81 -0
  223. data/sample/genome2rb.rb +29 -0
  224. data/sample/genome2tab.rb +76 -0
  225. data/sample/goslim.rb +303 -0
  226. data/sample/gt2fasta.rb +47 -0
  227. data/sample/na2aa.rb +34 -0
  228. data/sample/pmfetch.rb +42 -0
  229. data/sample/pmsearch.rb +42 -0
  230. data/sample/psortplot_html.rb +214 -0
  231. data/sample/ssearch2tab.rb +96 -0
  232. data/sample/tdiary.rb +158 -0
  233. data/sample/tfastx2tab.rb +100 -0
  234. data/sample/vs-genes.rb +212 -0
  235. data/test/data/HMMER/hmmpfam.out +64 -0
  236. data/test/data/HMMER/hmmsearch.out +88 -0
  237. data/test/data/SOSUI/sample.report +11 -0
  238. data/test/data/TMHMM/sample.report +21 -0
  239. data/test/data/aaindex/DAYM780301 +30 -0
  240. data/test/data/aaindex/PRAM900102 +20 -0
  241. data/test/data/bl2seq/cd8a_cd8b_blastp.bl2seq +53 -0
  242. data/test/data/bl2seq/cd8a_p53_e-5blastp.bl2seq +37 -0
  243. data/test/data/blast/2.2.15.blastp.m7 +876 -0
  244. data/test/data/blast/b0002.faa +15 -0
  245. data/test/data/blast/b0002.faa.m0 +128 -0
  246. data/test/data/blast/b0002.faa.m7 +65 -0
  247. data/test/data/blast/b0002.faa.m8 +1 -0
  248. data/test/data/embl/AB090716.embl +65 -0
  249. data/test/data/embl/AB090716.embl.rel89 +63 -0
  250. data/test/data/fasta/example1.txt +75 -0
  251. data/test/data/fasta/example2.txt +21 -0
  252. data/test/data/genscan/sample.report +63 -0
  253. data/test/data/iprscan/merged.raw +32 -0
  254. data/test/data/iprscan/merged.txt +74 -0
  255. data/test/data/prosite/prosite.dat +2233 -0
  256. data/test/data/refseq/nm_126355.entret +64 -0
  257. data/test/data/soft/GDS100_partial.soft +92 -0
  258. data/test/data/soft/GSE3457_family_partial.soft +874 -0
  259. data/test/data/uniprot/p53_human.uniprot +1456 -0
  260. data/test/functional/bio/io/test_ensembl.rb +186 -0
  261. data/test/functional/bio/io/test_soapwsdl.rb +52 -0
  262. data/test/runner.rb +14 -0
  263. data/test/unit/bio/appl/bl2seq/test_report.rb +134 -0
  264. data/test/unit/bio/appl/blast/test_report.rb +417 -0
  265. data/test/unit/bio/appl/blast/test_xmlparser.rb +388 -0
  266. data/test/unit/bio/appl/genscan/test_report.rb +182 -0
  267. data/test/unit/bio/appl/hmmer/test_report.rb +342 -0
  268. data/test/unit/bio/appl/iprscan/test_report.rb +338 -0
  269. data/test/unit/bio/appl/mafft/test_report.rb +63 -0
  270. data/test/unit/bio/appl/sosui/test_report.rb +81 -0
  271. data/test/unit/bio/appl/targetp/test_report.rb +146 -0
  272. data/test/unit/bio/appl/test_blast.rb +163 -0
  273. data/test/unit/bio/appl/test_fasta.rb +130 -0
  274. data/test/unit/bio/appl/test_pts1.rb +140 -0
  275. data/test/unit/bio/appl/tmhmm/test_report.rb +126 -0
  276. data/test/unit/bio/data/test_aa.rb +90 -0
  277. data/test/unit/bio/data/test_codontable.rb +107 -0
  278. data/test/unit/bio/data/test_na.rb +80 -0
  279. data/test/unit/bio/db/embl/test_common.rb +117 -0
  280. data/test/unit/bio/db/embl/test_embl.rb +214 -0
  281. data/test/unit/bio/db/embl/test_embl_rel89.rb +219 -0
  282. data/test/unit/bio/db/embl/test_sptr.rb +1775 -0
  283. data/test/unit/bio/db/embl/test_uniprot.rb +31 -0
  284. data/test/unit/bio/db/kegg/test_genes.rb +45 -0
  285. data/test/unit/bio/db/pdb/test_pdb.rb +152 -0
  286. data/test/unit/bio/db/test_aaindex.rb +197 -0
  287. data/test/unit/bio/db/test_fasta.rb +250 -0
  288. data/test/unit/bio/db/test_gff.rb +127 -0
  289. data/test/unit/bio/db/test_lasergene.rb +95 -0
  290. data/test/unit/bio/db/test_newick.rb +293 -0
  291. data/test/unit/bio/db/test_nexus.rb +360 -0
  292. data/test/unit/bio/db/test_prosite.rb +1437 -0
  293. data/test/unit/bio/db/test_rebase.rb +101 -0
  294. data/test/unit/bio/db/test_soft.rb +138 -0
  295. data/test/unit/bio/io/test_ddbjxml.rb +75 -0
  296. data/test/unit/bio/io/test_ensembl.rb +109 -0
  297. data/test/unit/bio/io/test_fastacmd.rb +42 -0
  298. data/test/unit/bio/io/test_flatfile.rb +237 -0
  299. data/test/unit/bio/io/test_soapwsdl.rb +32 -0
  300. data/test/unit/bio/sequence/test_aa.rb +103 -0
  301. data/test/unit/bio/sequence/test_common.rb +174 -0
  302. data/test/unit/bio/sequence/test_compat.rb +69 -0
  303. data/test/unit/bio/sequence/test_na.rb +330 -0
  304. data/test/unit/bio/shell/plugin/test_seq.rb +185 -0
  305. data/test/unit/bio/test_alignment.rb +1025 -0
  306. data/test/unit/bio/test_command.rb +288 -0
  307. data/test/unit/bio/test_db.rb +96 -0
  308. data/test/unit/bio/test_feature.rb +116 -0
  309. data/test/unit/bio/test_location.rb +39 -0
  310. data/test/unit/bio/test_map.rb +230 -0
  311. data/test/unit/bio/test_pathway.rb +473 -0
  312. data/test/unit/bio/test_reference.rb +224 -0
  313. data/test/unit/bio/test_sequence.rb +329 -0
  314. data/test/unit/bio/test_shell.rb +18 -0
  315. data/test/unit/bio/test_tree.rb +593 -0
  316. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/analysis/test_calculated_cuts.rb +299 -0
  317. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/analysis/test_cut_ranges.rb +103 -0
  318. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/analysis/test_sequence_range.rb +240 -0
  319. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/test_aligned_strands.rb +101 -0
  320. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/test_cut_location_pair.rb +75 -0
  321. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/test_cut_location_pair_in_enzyme_notation.rb +73 -0
  322. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/test_cut_locations.rb +53 -0
  323. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/double_stranded/test_cut_locations_in_enzyme_notation.rb +104 -0
  324. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/single_strand/test_cut_locations_in_enzyme_notation.rb +83 -0
  325. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_analysis.rb +246 -0
  326. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_cut_symbol.rb +44 -0
  327. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_double_stranded.rb +115 -0
  328. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_single_strand.rb +147 -0
  329. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_single_strand_complement.rb +147 -0
  330. data/test/unit/bio/util/restriction_enzyme/test_string_formatting.rb +60 -0
  331. data/test/unit/bio/util/test_color_scheme.rb +33 -0
  332. data/test/unit/bio/util/test_contingency_table.rb +94 -0
  333. data/test/unit/bio/util/test_restriction_enzyme.rb +42 -0
  334. data/test/unit/bio/util/test_sirna.rb +245 -0
  335. metadata +479 -0
@@ -0,0 +1,1834 @@
1
+ =begin
2
+
3
+ $Id: KEGG_API.rd.ja,v 1.11 2006/12/27 13:40:45 k Exp $
4
+
5
+ Copyright (C) 2003-2006 Toshiaki Katayama <k@bioruby.org>
6
+
7
+ = KEGG API
8
+
9
+ KEGG API �ϥץ������ʤɤ��� KEGG �����Ѥ��뤿��Υ����֥����ӥ��Ǥ���
10
+ ��Ⱦ�Ǥϡ�KEGG �ǡ����١�������������������긡�������ꤹ�뤿���
11
+ KEGG API ��Ȥ���ˡ���������ޤ�����Ⱦ�Υ�ե���󥹤� KEGG API ������ǽ��
12
+ ���⤷�ޤ�����Ȥ��Ƽ�� Ruby �����ȤäƲ��⤷�ޤ�����SOAP �� WSDL ��
13
+ �������ȤΤǤ�������Perl, Python, Java �ʤɡˤǤ���д�ñ�� KEGG API ��
14
+ ���Ѥ��뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
15
+
16
+ == �ܼ�
17
+
18
+ * ((<����ȥ����������>))
19
+ * ((<KEGG API �λȤ���>))
20
+ * ((<Ruby ��>))
21
+ * ((<Perl ��>))
22
+ * ((<Perl ��������>))
23
+ * ((<Python ��>))
24
+ * ((<Java ��>))
25
+ * ((<KEGG API ��ե����>))
26
+ * ((<WSDL �ե�����>))
27
+ * ((<�Ѹ������>))
28
+ * ((<����ͤΥǡ�����>))
29
+ * ((<SSDBRelation ��>)), ((<ArrayOfSSDBRelation ��>))
30
+ * ((<MotifResult ��>)), ((<ArrayOfMotifResult ��>))
31
+ * ((<Definition ��>)), ((<ArrayOfDefinition ��>))
32
+ * ((<LinkDBRelation ��>)), ((<ArrayOfLinkDBRelation ��>))
33
+ * ((<PathwayElement ��>)), ((<ArrayOfPathwayElement ��>))
34
+ * ((<PathwayElementRelation ��>)), ((<ArrayOfPathwayElementRelation ��>))
35
+ * ((<Subtype ��>)), ((<ArrayOfSubtype ��>))
36
+ * ((<StructureAlignment ��>)), ((<ArrayOfStructureAlignment ��>))
37
+ * ((<�᥽�åɰ���>))
38
+ * ((<�᥿����>))
39
+ * ((<list_databases>))
40
+ * ((<list_organisms>))
41
+ * ((<list_pathways>))
42
+ * ((<DBGET>))
43
+ * ((<binfo>))
44
+ * ((<bfind>))
45
+ * ((<bget>))
46
+ * ((<btit>))
47
+ * ((<bconv>))
48
+ * ((<LinkDB>))
49
+ * ((<�ǡ����١����֤Υ��>))
50
+ * ((<get_linkdb_by_entry>))
51
+ * ((<get_linkdb_between_databases>))
52
+ * ((<�����Ҥȹ����ֹ�δط�>))
53
+ * ((<get_genes_by_enzyme>))
54
+ * ((<get_enzymes_by_gene>))
55
+ * ((<���ǡ�����ʪ���ꥢ�������δط�>))
56
+ * ((<get_enzymes_by_compound>))
57
+ * ((<get_enzymes_by_glycan>))
58
+ * ((<get_enzymes_by_reaction>))
59
+ * ((<get_compounds_by_enzyme>))
60
+ * ((<get_compounds_by_reaction>))
61
+ * ((<get_glycans_by_enzyme>))
62
+ * ((<get_glycans_by_reaction>))
63
+ * ((<get_reactions_by_enzyme>))
64
+ * ((<get_reactions_by_compound>))
65
+ * ((<get_reactions_by_glycan>))
66
+ * ((<SSDB>))
67
+ * ((<get_best_best_neighbors_by_gene>))
68
+ * ((<get_best_neighbors_by_gene>))
69
+ * ((<get_reverse_best_neighbors_by_gene>))
70
+ * ((<get_paralogs_by_gene>))
71
+ * ((<Motif>))
72
+ * ((<get_motifs_by_gene>))
73
+ * ((<get_genes_by_motifs>))
74
+ * ((<KO>))
75
+ * ((<get_ko_by_gene>))
76
+ * ((<get_ko_by_ko_class>))
77
+ * ((<get_genes_by_ko_class>))
78
+ * ((<get_genes_by_ko>))
79
+ * ((<PATHWAY>))
80
+ * ((<�ѥ��������ؤο��Ť�>))
81
+ * ((<mark_pathway_by_objects>))
82
+ * ((<color_pathway_by_objects>))
83
+ * ((<color_pathway_by_elements>))
84
+ * ((<get_html_of_marked_pathway_by_objects>))
85
+ * ((<get_html_of_colored_pathway_by_objects>))
86
+ * ((<get_html_of_colored_pathway_by_elements>))
87
+ * ((<�ѥ���������Υ��֥������ȴ֤δط�>))
88
+ * ((<get_element_relations_by_pathway>))
89
+ * ((<�ѥ���������Υ��֥������ȸ���>))
90
+ * ((<get_elements_by_pathway>))
91
+ * ((<get_genes_by_pathway>))
92
+ * ((<get_enzymes_by_pathway>))
93
+ * ((<get_compounds_by_pathway>))
94
+ * ((<get_glycans_by_pathway>))
95
+ * ((<get_reactions_by_pathway>))
96
+ * ((<get_kos_by_pathway>))
97
+ * ((<���֥������Ȥ���ѥ�����������>))
98
+ * ((<get_pathways_by_genes>))
99
+ * ((<get_pathways_by_enzymes>))
100
+ * ((<get_pathways_by_compounds>))
101
+ * ((<get_pathways_by_glycans>))
102
+ * ((<get_pathways_by_reactions>))
103
+ * ((<get_pathways_by_kos>))
104
+ * ((<�ѥ��������֤δط�>))
105
+ * ((<get_linked_pathways>))
106
+ * ((<GENES>))
107
+ * ((<get_genes_by_organism>))
108
+ * ((<GENOME>))
109
+ * ((<get_number_of_genes_by_organism>))
110
+ * ((<LIGAND>))
111
+ * ((<convert_mol_to_kcf>))
112
+ * ((<search_compounds_by_name>))
113
+ * ((<search_drugs_by_name>))
114
+ * ((<search_glycans_by_name>))
115
+ * ((<search_compounds_by_composition>))
116
+ * ((<search_drugs_by_composition>))
117
+ * ((<search_glycans_by_composition>))
118
+ * ((<search_compounds_by_mass>))
119
+ * ((<search_drugs_by_mass>))
120
+ * ((<search_glycans_by_mass>))
121
+ * ((<search_compounds_by_subcomp>))
122
+ * ((<search_drugs_by_subcomp>))
123
+ * ((<search_glycans_by_kcam>))
124
+
125
+ == ����ȥ����������
126
+
127
+ �����֥����ӥ��Ȥϡ����饤����Ȥ�����׵�򥤥󥿡��ͥåȤ�𤷤ƥ����Ф�
128
+ ���ꡢ�����Ф��ץ������μ¹Է�̤򥯥饤����Ȥ��֤����Ȥߤǡ�����Ū�ˤ�
129
+ �����֥ڡ����ǻȤ��� HTTP �ץ��ȥ���ȡ���¤����ĥǡ�����ɽ����ˡ�Ȥ���
130
+ ��ڤ��Ƥ��� XML �ޡ������å�ʸ��������Ѥ�����Τ�ؤ��ޤ���
131
+
132
+ �����֥����ӥ��ϥץ�����फ�����ѤǤ��뤿�ᡢ���Ū�˸�����Ԥä��ꡢ
133
+ ���������ͤ��Ѥ����͡����׵��ưŪ�˽��������ꤹ��Τ˸����Ƥ��ޤ���
134
+ ���Τ��ᡢ������ŷ��������䤤��碌��Google �ؤ�ʣ�縡���ʤɤǤ�Ȥ���
135
+ ���ޤ���
136
+
137
+ HTTP ���Ѥ�����åȤˤϡ�ï�Ǥ�Ȥ��뤳�Ȥ�ե�������������ʤɤ����¤�
138
+ �����ˤ������Ȥ����ꡢXML �����ˤϴ�Ϣ���Ѥ�·�äƤ��뤳�Ȥ�ʣ���ʥǡ���
139
+ ��¤��ɽ���Ǥ���Ȥ��ä��ݥ���Ȥ�����ޤ���
140
+
141
+ �����֥����ӥ��Ǥ� XML ��Ϣ���Ѥ���Ǥ� SOAP �� WSDL ��Ȥ����Ȥ�¿���ʤä�
142
+ ���ޤ���SOAP �ϥ��饤����Ȥȥ����Ф����Ȥꤹ���å�������ɽ����ˡ��
143
+ ɸ�ಽ������Τǡ������� Simple Object Access Method ��ά�Ȥ���Ƥ��ޤ���
144
+ (���� Service Oriented Access Protocol �Ȥ������Ȥ⤢��褦�Ǥ�)��
145
+ WSDL �� SOAP �˴�Ť������ӥ��򥳥�ԥ塼������ñ�����ѤǤ���褦�ˤ���
146
+ ����Τ�Τǡ�Web Service Description Language ��ά�ȤʤäƤ��ޤ���
147
+
148
+ KEGG API �Ϥ����ε��Ѥ�Ȥäơ���ʬ�ζ�̣��������Ҥ�ѥ��������ʤɤ�
149
+ �����ͳ�˸�����������Ϥ��Ѥ����ꤹ�뤿��μ��ʤ��󶡤��ޤ����桼����
150
+ KEGG ��¿���ε�ǽ�򡢥����֥ڡ����򥯥�å���������˼�ʬ�Υץ�������
151
+ �椫�鼡���ȼ¹Ԥ��뤳�Ȥ��Ǥ���褦�ˤʤ�ޤ���
152
+
153
+ KEGG API �˴ؤ���ǿ��ξ���ϰʲ��� URL �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
154
+
155
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/>))
156
+
157
+ == KEGG API �λȤ���
158
+
159
+ �ʲ��Ǥ� Ruby, Perl, Python, Java �γƸ���ˤ�� KEGG API �δ�ñ�ʻȤ�����
160
+ �Ҳ𤷤ޤ����Ƹ���� SOAP �� WSDL �򰷤���饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤹��
161
+ ɬ�פ�����ޤ���
162
+
163
+ === Ruby ��
164
+
165
+ Ruby 1.8.1 �ʹߤǤϡ�ɸ��� SOAP ��Ȥ������Ǥ��ޤ��Τ��ɲå��󥹥ȡ�
166
+ ���ɬ�פ���ޤ���
167
+
168
+ Ruby 1.8.0 �Ǥ�
169
+ ((<SOAP4R|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=soap4r>)),
170
+ ((<devel-logger|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=devel-logger>)),
171
+ ((<http-access2|URL:http://raa.ruby-lang.org/list.rhtml?name=http-access2>))
172
+ �ʤɤΥ饤�֥��򥤥󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ���
173
+
174
+ Ruby 1.6.8 �ξ��Ϥ���� SOAP4R ��ɬ�פȤ���¾�Υ饤�֥�� (date2, uconv,
175
+ XML �Υѡ����ʤ�) �⥤�󥹥ȡ��뤹��ɬ�פ�����ޤ��Τǡ����餫���� SOAP4R
176
+ �Υɥ�����Ȥ˽��ä�����Ƥ����ޤ���
177
+
178
+ �ʲ��Υ���ץ륳���ɤϡ���IJ�ݤ� b0002 �����ҤȺǤ���Ʊ���ι⤤������
179
+ ��Smith-Waterman �������ι⤤��� 5 �ĸ�������ɽ������ץ������Ǥ���
180
+
181
+ #!/usr/bin/env ruby
182
+
183
+ require 'soap/wsdlDriver'
184
+
185
+ wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
186
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
187
+ serv.generate_explicit_type = true # SOAP �� Ruby �η��Ѵ���ͭ���ˤ���
188
+
189
+ offset = 1
190
+ limit = 5
191
+
192
+ top5 = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
193
+ top5.each do |hit|
194
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
195
+ end
196
+
197
+ �ץ���������� 'get_best_neighbors_by_gene' �ϡ�KEGG �� SSDB �ǡ���
198
+ �١�����Ȥä� KEGG �� GENES �˴ޤޤ�Ƥ������ʪ����椫��Ǥ���Ʊ��
199
+ �ι⤤�����Ҥ�õ���Ƥ��� API �Ǥ�����̤ϼ��Τ褦��ɽ������ޤ���
200
+
201
+ eco:b0002 eco:b0002 5283
202
+ eco:b0002 ecj:JW0001 5283
203
+ eco:b0002 sfx:S0002 5271
204
+ eco:b0002 sfl:SF0002 5271
205
+ eco:b0002 ecc:c0003 5269
206
+
207
+ ���ޤ�ư���ʤ����ϡ�
208
+
209
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
210
+ serv.wiredump_dev = STDERR # �����ιԤ��­��
211
+ serv.generate_explicit_type = true
212
+
213
+ �Τ褦�� wiredump_dev �� STDERR ����ꤷ���Ԥ��ɲä��Ƽ¹Ԥ��뤳�Ȥǡ�
214
+ �����ФȤΤ���꤬ɸ�२�顼�˽��Ϥ���ޤ���
215
+
216
+ KEGG API v3.0 ���顢�����Ф���ô��ڤ������꥿���ॢ���Ȥ��ɤ���Ū�ǡ�
217
+ ���̤η�̤��֤��᥽�åɤˤ� offset, limit ������Ƴ�����졢���٤�
218
+ �������̤ο������¤����褦�ˤʤ�ޤ�����KEGG API v3.0��v5.0 �Ǥ�
219
+ ���줾�� start, max_results �ȸƤФ�Ƥ��ޤ�������KEGG API v6.0 ��
220
+ offset, limit ��̾���ѹ����ޤ����ˡ����Τ��ᡢ�����Υ᥽�åɤ�
221
+ ���Ƥη�̤����뤿��ˤϥ롼�פ��Ѥ���ɬ�פ�����ޤ���
222
+
223
+ #!/usr/bin/env ruby
224
+
225
+ require 'soap/wsdlDriver'
226
+
227
+ wsdl = "http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl"
228
+ serv = SOAP::WSDLDriverFactory.new(wsdl).create_rpc_driver
229
+ serv.generate_explicit_type = true
230
+
231
+ offset = 1
232
+ limit = 100
233
+
234
+ loop do
235
+ results = serv.get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', offset, limit)
236
+ break unless results # ��̤��֤äƤ��ʤ���н�λ
237
+ results.each do |hit|
238
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
239
+ end
240
+ offset += limit
241
+ end
242
+
243
+ WSDL ���Ѥ��Ƥ��뤿�ᡢ��������Ǥ� Ruby �ξ��Ͻ�ʬ�˴�ñ�˽񤱤�
244
+ ������((<BioRuby|URL:http://bioruby.org/>)) ��Ȥ��Ȥ���˥��å����
245
+ ���Ȥ��Ǥ��ޤ���
246
+
247
+ #!/usr/bin/env ruby
248
+
249
+ require 'bio'
250
+
251
+ serv = Bio::KEGG::API.new
252
+
253
+ results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
254
+ results.each do |hit|
255
+ print hit.genes_id1, "\t", hit.genes_id2, "\t", hit.sw_score, "\n"
256
+ end
257
+
258
+ BioRuby �Ǥ� 'get_all_best_neighbors_by_gene' �᥽�åɤ��������Ƥ��ꡢ
259
+ ��ư�Ǿ嵭����Υ롼�פ�󤷤����Ƥη�̤��֤��Ƥ���ޤ����ޤ�������
260
+ ������̾���Υꥹ�Ȥ��Ϥ����б������ͤ�������֤��Ƥ���� filter �᥽��
261
+ �ɤ�Ȥ����Ȥ�Ǥ��ޤ���
262
+
263
+ #!/usr/bin/env ruby
264
+
265
+ require 'bio'
266
+
267
+ serv = Bio::KEGG::API.new
268
+
269
+ results = serv.get_all_best_neighbors_by_gene('eco:b0002')
270
+
271
+ # �ߤ����ͤ�������̾�Υڥ��� SW �����������ξ�����
272
+ fields = [:genes_id1, :genes_id2, :sw_score]
273
+ results.each do |hit|
274
+ puts hit.filter(fields).join("\t")
275
+ end
276
+
277
+ # ���줾��ΰ����Ҥǥ��饤���Ȥ��줿�ݥ������ʤɤ�ɽ����������
278
+ fields1 = [:genes_id1, :start_position1, :end_position1, :best_flag_1to2]
279
+ fields2 = [:genes_id2, :start_position2, :end_position2, :best_flag_2to1]
280
+ results.each do |hit|
281
+ print "> score: ", hit.sw_score, ", identity: ", hit.identity, "\n"
282
+ print "1:\t", hit.filter(fields1).join("\t"), "\n"
283
+ print "2:\t", hit.filter(fields2).join("\t"), "\n"
284
+ end
285
+
286
+ ���ϡ���IJ�� (eco) ���Ф��� KEGG �ѥ��������ΰ������֤���Ǥ���
287
+
288
+ #!/usr/bin/env ruby
289
+
290
+ require 'bio'
291
+
292
+ serv = Bio::KEGG::API.new
293
+
294
+ list = serv.list_pathways("eco")
295
+ list.each do |path|
296
+ print path.entry_id, "\t", path.definition, "\n"
297
+ end
298
+
299
+ ArrayOfDefinition �����֤����Τǡ����줾��ˤĤ��� Definition ������
300
+ �� entry_id (�ѥ���������ID) �� definition (�ѥ��������Υ����ȥ�) ���
301
+ ��Ф��ޤ������ SSDB ����⡢�¤� SSDBRelation �������� genes_id1 ��
302
+ sw_score �ʤɤ���Ф��Ƥ����ΤǤ����ˡ�
303
+
304
+ �Ǹ����ϡ���IJ�ݤΰ����� b1002 �� b2388 ���б�����ܥå����˿����դ�
305
+ ���ѥ������� eco00010 �β������������ơ��ե��������¸������Ǥ���
306
+
307
+ #!/usr/bin/env ruby
308
+
309
+ require 'bio'
310
+
311
+ serv = Bio::KEGG::API.new
312
+
313
+ genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"]
314
+ url = serv.mark_pathway_by_objects("path:eco00010", genes)
315
+
316
+ puts url
317
+
318
+ # BioRuby �ξ�硢���������������¸����Τ� save_image �᥽�åɤ��Ȥ���
319
+ serv.save_image(url, "filename.gif")
320
+
321
+ === Perl ��
322
+
323
+ Perl �Ǥϡ��ʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
324
+
325
+ * ((<SOAP::Lite|URL://www.soaplite.com/>)) (Ver. 0.60 ��ư���ǧ)
326
+ * �������� 0.60 ��꿷�����С������ǤϤ����Ĥ��Υ᥽�åɤ��Ȥ��ʤ��褦�Ǥ�
327
+ * ((<MIME-Base64|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/MIME-Base64/>))
328
+ * ((<libwww-perl|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/libwww-perl/>))
329
+ * ((<URI|URL:http://search.cpan.org/author/GAAS/URI/>))
330
+
331
+ �ʲ���Ruby �κǽ�����Ʊ��������¹Ԥ��륵��ץ륳���ɤǤ���
332
+
333
+ #!/usr/bin/env perl
334
+
335
+ use SOAP::Lite;
336
+
337
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
338
+
339
+ $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
340
+
341
+ $offset = 1;
342
+ $limit = 5;
343
+
344
+ $top5 = $serv->get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', $offset, $limit);
345
+
346
+ foreach $hit (@{$top5}) {
347
+ print "$hit->{genes_id1}\t$hit->{genes_id2}\t$hit->{sw_score}\n";
348
+ }
349
+
350
+ Ʊ��������IJ�ݤ� KEGG �ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤���Ǥ���
351
+
352
+ #!/usr/bin/env perl
353
+
354
+ use SOAP::Lite;
355
+
356
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
357
+
358
+ $results = SOAP::Lite
359
+ -> service($wsdl)
360
+ -> list_pathways("eco");
361
+
362
+ foreach $path (@{$results}) {
363
+ print "$path->{entry_id}\t$path->{definition}\n";
364
+ }
365
+
366
+ SOAP::Lite �Ǥϰ�����������Ϥ����ˤϡ�
367
+
368
+ SOAP::Data->type(array => [value1, value2, .. ])
369
+
370
+ �Τ褦���Ѵ�����ɬ�פ�����Τ����դ�ɬ�פǤ������Ȥ��Хѥ��������ؤο�
371
+ �Ť��ǰ����ҤΥꥹ�Ȥ��Ϥ����ϡ�
372
+
373
+ #!/usr/bin/env perl
374
+
375
+ use SOAP::Lite;
376
+
377
+ $wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl';
378
+
379
+ $serv = SOAP::Lite -> service($wsdl);
380
+
381
+ $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
382
+
383
+ $result = $serv -> mark_pathway_by_objects("path:eco00010", $genes);
384
+
385
+ print $result;
386
+
387
+ �Τ褦�ˤʤ�ޤ���
388
+
389
+ === Perl ��������
390
+
391
+ KEGG API �ˤ�ʸ�������ͤ����������˼��᥽�åɤ������Ĥ�����ޤ�����
392
+ ���Ѥ��� SOAP::Lite �ΥС������˱����ơ�ɬ���ʲ��Τɤ��餫���н褬ɬ�פǤ���
393
+
394
+ ==== SOAP::Lite v0.60 �ޤ�
395
+
396
+ Perl ������ (array) ���֥������Ȥ�����Ȥ��� KEGG API ���Ϥ����ϡ�
397
+ ɬ���ʲ��Τ褦�� SOAP ���֥������Ȥ�����Ū���Ѵ�����ɬ�פ�����ޤ���
398
+
399
+ SOAP::Data->type(array => [value1, value2, ... ])
400
+
401
+ ==== SOAP::Lite v0.61 �ʹ�
402
+
403
+ SOAP::Lite v0.68 �ޤǤϥХ�������ޤ��Τ� v0.69 �ʹߤ����Ѥ򤪴��ᤷ�ޤ���
404
+
405
+ Perl ��ʸ���� (string) ����� (int) ������ (array) ���֥������Ȥ�
406
+ ArrayOfstring �� ArrayOfint ���� SOAP ���֥������Ȥ��Ѵ�����
407
+ ���֥롼����������ɲä���ɬ�פ�����ޤ���
408
+
409
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
410
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
411
+
412
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
413
+ }
414
+
415
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
416
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
417
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
418
+ }
419
+
420
+ �ޤ���������ץ���ˤ��������񤤤Ƥ������Ȥǡ�
421
+
422
+ $genes = SOAP::Data->type(array => ["eco:b1002", "eco:b2388"]);
423
+
424
+ �ǤϤʤ�
425
+
426
+ $genes = ["eco:b1002", "eco:b2388"];
427
+
428
+ �Τ褦�˾�ά���ƽ񤯤��Ȥ��Ǥ���褦�ˤʤ�ޤ��ʾ�ά���ʤ��Ƥ⹽���ޤ���ˡ�
429
+
430
+ ==== �ƥ��ȥץ������
431
+
432
+ SOAP::Lite v0.69 �� ArrayOfstring ���Ѵ������ޤ�Ư���Ƥ��뤫�ɤ�����
433
+ �ʲ��Υץ������ǥƥ��ȤǤ��ޤ��������� URL ��ɽ�������� OK �Ǥ���
434
+
435
+ #!/usr/bin/env perl
436
+
437
+ use SOAP::Lite +trace => [qw(debug)];
438
+
439
+ print "SOAP::Lite = ", $SOAP::Lite::VERSION, "\n";
440
+
441
+ my $serv = SOAP::Lite -> service("http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl");
442
+
443
+ my $result = $serv->mark_pathway_by_objects("map:eco00010", $genes);
444
+ print $result, "\n";
445
+
446
+ # sub routines implicitly used in the above code
447
+
448
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfstring{
449
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
450
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
451
+ }
452
+
453
+ sub SOAP::Serializer::as_ArrayOfint{
454
+ my ($self, $value, $name, $type, $attr) = @_;
455
+ return [$name, {'xsi:type' => 'array', %$attr}, $value];
456
+ }
457
+
458
+ === Python ��
459
+
460
+ Python �Ǥϰʲ��Υ饤�֥����ɲå��󥹥ȡ��뤷�Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
461
+
462
+ * ((<SOAPpy|URL:http://pywebsvcs.sourceforge.net/>))
463
+
464
+ �ޤ���SOAPpy ����¸���Ƥ��뤤���Ĥ��Υѥå����� (fpconst, PyXML �ʤ�) ��
465
+ ɬ�פˤʤ�ޤ���
466
+
467
+ �ʲ���KEGG/PATHWAY �� 00020 �֤Υѥ��������˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����Ҥ�
468
+ �ꥹ�Ȥ��֤�����ץ륳���ɤǤ���
469
+
470
+ #!/usr/bin/env python
471
+
472
+ from SOAPpy import WSDL
473
+
474
+ wsdl = 'http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl'
475
+ serv = WSDL.Proxy(wsdl)
476
+
477
+ results = serv.get_genes_by_pathway('path:eco00020')
478
+ print results
479
+
480
+ === Java ��
481
+
482
+ Java �Ǥ� Apache Axis �饤�֥��� axis-1.2alpha ��꿷�����С������
483
+ (axis-1_1 �ǤϤ��ޤ�ư���ޤ���ˤ����ꤷ�ơ�ɬ�פ� jar �ե������Ŭ��
484
+ �ʥǥ��쥯�ȥ���֤��Ƥ���ɬ�פ�����ޤ���
485
+
486
+ * ((<Apache Axis|URL:http://ws.apache.org/axis/>))
487
+
488
+ ���Ȥ��� Apache Axis �С������ axis-1_2beta �ΥХ��ʥ����ۤξ�硢
489
+ axis-1_2beta/lib �ʲ��ˤ��� jar �ե�����򥤥󥹥ȡ�����Υǥ��쥯��
490
+ ��˥��ԡ����ޤ���
491
+
492
+ % cp axis-1_2beta/lib/* /path/to/lib/
493
+
494
+ �ʲ��Τ褦�˼¹Ԥ��� WSDL ���� KEGG API �ѤΥ��饹��ư�������ޤ���
495
+ �ޤ����������줿�ե�������Զ���ľ������ˡ�
496
+ ((<axisfix.pl|URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/support/axisfix.pl>))
497
+ ������ץȤ����ꤷ�Ƥ����ޤ���
498
+
499
+ % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. org.apache.axis.wsdl.WSDL2Java -p keggapi http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl
500
+ % perl -i axisfix.pl keggapi/KEGGBindingStub.java
501
+ % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:. keggapi/KEGGLocator.java
502
+ % jar cvf keggapi.jar keggapi/*
503
+ % javadoc -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar -d keggapi_javadoc keggapi/*.java
504
+
505
+ javadoc �αѸ��Ǥ�ɬ�פʾ��� javadoc �� -locale en_US ���ץ�����
506
+ �Ĥ��Ƽ¹Ԥ��ޤ���
507
+
508
+ �ʲ��ϡ�Python �����Ʊ�ͤˡ����ꤷ�� KEGG/PATHWAY �˺ܤäƤ�������Ҥ�
509
+ �ꥹ�Ȥ�ɽ�����륵��ץ륳���ɤǤ���
510
+
511
+ import keggapi.*;
512
+
513
+ class GetGenesByPathway {
514
+ public static void main(String[] args) throws Exception {
515
+ KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
516
+ KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
517
+
518
+ String query = args[0];
519
+ String[] results = serv.get_genes_by_pathway(query);
520
+
521
+ for (int i = 0; i < results.length; i++) {
522
+ System.out.println(results[i]);
523
+ }
524
+ }
525
+ }
526
+
527
+ ���ϡ�SSDBRelation ����������äƤ�����Ǥ���
528
+
529
+ import keggapi.*;
530
+
531
+ class GetBestNeighborsByGene {
532
+ public static void main(String[] args) throws Exception {
533
+ KEGGLocator locator = new KEGGLocator();
534
+ KEGGPortType serv = locator.getKEGGPort();
535
+
536
+ String query = args[0];
537
+ SSDBRelation[] results = null;
538
+
539
+ results = serv.get_best_neighbors_by_gene(query, 1, 50);
540
+
541
+ for (int i = 0; i < results.length; i++) {
542
+ String gene1 = results[i].getGenes_id1();
543
+ String gene2 = results[i].getGenes_id2();
544
+ int score = results[i].getSw_score();
545
+ System.out.println(gene1 + "\t" + gene2 + "\t" + score);
546
+ }
547
+ }
548
+ }
549
+
550
+ ���Υץ������ϰʲ��Τ褦�� -classpath ���ץ����� keggapi.jar �ե�
551
+ �����ä��ƥ���ѥ��롢�¹Ԥ��ޤ���
552
+
553
+ % javac -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar GetBestNeighborsByGene.java
554
+
555
+ % java -classpath /path/to/lib/axis.jar:/path/to/lib/jaxrpc.jar:/path/to/lib/commons-logging.jar:/path/to/lib/commons-discovery.jar:/path/to/lib/saaj.jar:/path/to/lib/wsdl4j.jar:/path/to/keggapi.jar:. GetBestNeighborsByGene eco:b0002
556
+
557
+ �Ķ��ѿ� CLASSPATH ����ꤷ�Ƥ����ȡ�Ĺ�����ץ���������ɬ�פ���
558
+ ���ʤ�ޤ���
559
+
560
+ bash �ޤ��� zsh �ξ�硧
561
+
562
+ % for i in /path/to/lib/*.jar
563
+ do
564
+ CLASSPATH="${CLASSPATH}:${i}"
565
+ done
566
+ % export CLASSPATH
567
+
568
+ tcsh �ξ�硧
569
+
570
+ % foreach i ( /path/to/lib/*.jar )
571
+ setenv CLASSPATH ${CLASSPATH}:${i}
572
+ end
573
+
574
+ ¾������ͤȷ����Ȥ��ͤμ��Ф����ʤɤˤĤ��Ƥϡ�WSDL2Java �ˤ������
575
+ ���줿�ʲ��Υɥ�����Ȥ򻲾Ȥ��Ƥ���������
576
+
577
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/soap/doc/keggapi_javadoc_ja/>))
578
+
579
+ == KEGG API ��ե����
580
+
581
+ �ʲ��Ǥϡ�KEGG API ��Ȥ��Τ�ɬ�פʾ�������ƤΥ᥽�åɤ���⤷�ޤ���
582
+
583
+ === WSDL �ե�����
584
+
585
+ SOAP �Ǥϡ������Ф��ɤΤ褦�ʥ᥽�åɤ���äƤ��뤫�ΤäƤ���ɬ�פ�
586
+ ����ޤ�����WSDL ��Ȥ��Ȥ��μ���ư���Ǥ��ޤ���WSDL �ե������
587
+ �������ƥ��饤����ȥɥ饤�Ф���������Ȥ����ޤǡ��̾�� SOAP/WSDL ��
588
+ �饤�֥�꤬�������Ƥ����Ϥ��Ǥ���KEGG API �� WSDL �ե�����ϰʲ���
589
+ URL �ˤ���ޤ���
590
+
591
+ * ((<URL:http://soap.genome.jp/KEGG.wsdl>))
592
+
593
+ === �Ѹ������
594
+
595
+ �ʲ��β���ǽФƤ��� KEGG ��Ϣ�Ѹ�������򤷤Ƥ����ޤ���
596
+
597
+ * org �� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ��򤽤줾�죳ʸ�������ɤ�
598
+ ɽ��������Τǡ�eco ����IJ�ݡ�sce ���в����ʤɤȤʤäƤ��ޤ���
599
+ ��ʸ�������ɤΥꥹ�Ȥ� list_organisms �᥽�åɤ�ʲ��Υڡ�����
600
+ ���Ȥ��Ƥ���������
601
+
602
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
603
+
604
+ * db �� GenomeNet ���󶡤���Ƥ���ǡ����١���̾�Ǥ����ǡ����١���̾��
605
+ �ꥹ�ȤˤĤ��Ƥ� list_databases �᥽�åɤ򻲾Ȥ��Ƥ���������
606
+
607
+ * entry_id �� db_name �ȥ���ȥ�̾�� ':' �Ƿ�礷�����ƤΥǡ����١����֤�
608
+ ��ˡ����� ID �Ǥ������Ȥ��� embl:J00231 �� EMBL �Υ���ȥ� J00231 ��
609
+ �ؤ��ޤ���entry_id �ϡ��ʲ��� genes_id, enzyme_id, compound_id,
610
+ drug_id, glycan_id, reaction_id, pathway_id, motif_id �ʤɤ�ޤߤޤ���
611
+
612
+ * genes_id �� keggorg �Ȱ�����̾�� ':' �Ƿ�礷�� KEGG �ΰ����� ID �Ǥ���
613
+ eco:b0001 ����IJ�ݤΰ����� b0001 ��ؤ��ޤ���
614
+
615
+ * enzyme_id �� ec: ��Ĥ��������ֹ�� ID �Ǥ���ec:1.1.1.1 �Ϲ����ֹ�
616
+ 1.1.1.1 �ι��ǤǤ��륢�륳���롦�ǥҥɥ����ʡ�����ؤ��ޤ���
617
+
618
+ * compound_id �� cpd: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���cpd:C00158 �ϲ���ʪ�ֹ�
619
+ C00158 �β���ʪ�Ǥ��륯�������ؤ��ޤ���
620
+
621
+ * drug_id �� dr: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���dr:D00201 �ϥɥ�å��ֹ�
622
+ D00201 �Υɥ�å��Ǥ���ƥȥ饵��������ؤ��ޤ���
623
+
624
+ * glycan_id �� gl: ��Ĥ�������ʪ�� ID �Ǥ���gl:G00050 �������ֹ�
625
+ G00050 �������Ǥ��� Paragloboside ��ؤ��ޤ���
626
+
627
+ * reaction_id �� REACTION �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�rn:R00959 ��
628
+ �ꥢ��������ֹ� R00959 ��ȿ�� (cpd:C00103 �� cpd:00668 �֤��Ѵ�) ��
629
+ �ؤ��ޤ���
630
+
631
+ * pathway_id �� KEGG/PATHWAY �ǡ����١����Υѥ��������ֹ�ǡ��ѥ�������
632
+ �ֹ�Υץ�ե��å����� map �ξ��ϥ�ե���󥹥ѥ���������keggorg ��
633
+ ���Ϥ�����ʪ��λ��İ����Ҥκܤä��ѥ���������ɽ���ޤ����㤨��
634
+ path:map00020 �ϥ�ե���󥹥ѥ��������� 00020 �֤�path:eco00020 ��
635
+ ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤�ؤ��ޤ���
636
+
637
+ * motif_id �ϥ�����եǡ����١����Υ���ȥ�̾�ǡ�pf:DnaJ �� Pfam �Υ���ȥ�
638
+ DnaJ ��ؤ��ޤ���'pf' ��¾��'ps' �� PROSITE, 'bl' �� BLOCS, 'pr' ��
639
+ PRINTS, 'pd' �� PRODOM ��ؤ��ޤ���
640
+
641
+ * ko_id �� KO (KEGG Orthology) �ǡ����١����Υ���ȥ��ֹ�ǡ�ko:K02598
642
+ �� KO �ֹ� K02598 �� nitrite transporter NirC �Υ������������ʰ�����
643
+ ���롼�פ�ؤ��ޤ���
644
+
645
+ * ko_class_id �� KO ����Ū��ʬ�ष���Ƴ��ءʥ��饹�ˤ� ID �ǡ�
646
+ '01110' �� Carbohydrate Metabolism ���饹�ˤʤ�ޤ���
647
+ KO ���饹�� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
648
+
649
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?KO>))
650
+
651
+ * offset, limit �ϰ��٤��֤äƤ����̤ο�����ꤹ�륪�ץ����ǡ�
652
+ offset ���ܤ��� limit �Ĥη�̤�������ޤ������Ƥη�̤�����ˤ�
653
+ offset = offset + limit �Ȥ��ƶ��������֤äƤ���ޤǷ����֤�
654
+ �᥽�åɤ�ƤӤޤ���
655
+
656
+ * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ�ʸ����������
657
+ ������ꤹ������Ǥ���
658
+
659
+ * fg_color_list �ϥѥ��������ؤο��Ť��ǥ��֥������Ȥ��Ȥ��طʤ�
660
+ ������ꤹ������Ǥ���
661
+
662
+ ��Ϣ URL��
663
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg3.html>))
664
+
665
+ === ����ͤΥǡ�����
666
+
667
+ KEGG API �Υ᥽�åɤ�ʸ����ʤ�ñ����ͤ��֤���Τ����Ǥʤ���ʣ���ʥǡ���
668
+ ��¤����ä��ͤ��֤����⤢�ꡢ���Τ���Υǡ��������������Ƥ��ޤ���
669
+ API �Υ᥽�åɤˤ��ʸ����ʤɤΡ˷�̤��ʤ��ä���硢���ˤ�äưʲ���
670
+ ����ͤ��֤���ޤ���
671
+ * �������� -- ��Ȥ�� ArrayOfOBJ �ʥ��֥������Ȥ�����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
672
+ * ����ʸ���� -- ��Ȥ�� String ��ʸ����ˤ��֤��᥽�åɤξ��
673
+ * -1 -- ��Ȥ�� int �ʿ��͡ˤ��֤��᥽�åɤξ��
674
+ * NULL -- ��Ȥ�Ȱʲ���������줿���֥������ȤΤɤ줫���֤��᥽�åɤξ��
675
+
676
+ + SSDBRelation ��
677
+
678
+ SSDB �ǡ����١����γƥե�����ɤ��б������ͤ����ä��ǡ������Ǥ���
679
+
680
+ genes_id1 �����꡼�� genes_id (string)
681
+ genes_id2 �������åȤ� genes_id (string)
682
+ sw_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� Smith-Waterman ������ (int)
683
+ bit_score genes_id1 �� genes_id2 �֤� bit ������ (float)
684
+ identity genes_id1 �� genes_id2 �֤� �����ǥ�ƥ��ƥ� (float)
685
+ overlap genes_id1 �� genes_id2 �Υ����С���å��ΰ��Ĺ�� (int)
686
+ start_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
687
+ end_position1 genes_id1 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
688
+ start_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥγ��ϻĴ���� (int)
689
+ end_position2 genes_id2 �Υ��饤���Ȥν�ü�Ĵ���� (int)
690
+ best_flag_1to2 genes_id1 ���鸫�� genes_id2 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
691
+ best_flag_2to1 genes_id2 ���鸫�� genes_id1 ���٥��ȥҥåȤ� (boolean)
692
+ definition1 genes_id1 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
693
+ definition2 genes_id2 �Υǥե��˥����ʸ���� (string)
694
+ length1 genes_id1 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
695
+ length2 genes_id2 �Υ��ߥλ������Ĺ�� (int)
696
+
697
+ + ArrayOfSSDBRelation ��
698
+
699
+ ʣ���� SSDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
700
+
701
+ + MotifResult ��
702
+
703
+ motif_id ������եǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
704
+ definition ������դΥǥե��˥���� (string)
705
+ genes_id ������դ���äƤ�������Ҥ� genes_id (string)
706
+ start_position ������դγ��ϻĴ���� (int)
707
+ end_position ������դν�λ�Ĵ���� (int)
708
+ score ������� (PROSITE Profile, TIGRFAM) ������ (float)
709
+ evalue ������� (Pfam) �� E-value (double)
710
+
711
+ ����score �� evalue �Τ������б������ͤ�̵����ΤˤĤ��Ƥ� -1 ���֤��ޤ���
712
+
713
+ + ArrayOfMotifResult ��
714
+
715
+ ʣ���� MotifResult ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
716
+
717
+ + Definition ��
718
+
719
+ entry_id �ǡ����١�������ȥ꡼��ID (string)
720
+ definition ����ȥ꡼�Υǥե��˥������� (string)
721
+
722
+ + ArrayOfDefinition ��
723
+
724
+ ʣ���� Definitioin ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
725
+
726
+ + LinkDBRelation ��
727
+
728
+ entry_id1 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
729
+ entry_id2 �ǡ����١����Υ���ȥ� ID (string)
730
+ type "direct" �ޤ��� "indirect" �Υ�󥯤μ��� (string)
731
+ path ��󥯤η�ϩ (string)
732
+
733
+ + ArrayOfLinkDBRelation ��
734
+
735
+ ʣ���� LinkDBRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
736
+
737
+ + PathwayElement ��
738
+
739
+ �ѥ����������������Ƥ���ġ���Ȣ��ݤʤɤΥ��֥������Ȥ�ɽ���ǡ������Ǥ���
740
+
741
+ element_id �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
742
+ type ���֥������Ȥμ��� ("gene", "enzyme" �ʤ�) (string)
743
+ names ���֥������ȤˤĤ���줿̾���Υꥹ�� (ArrayOfstring)
744
+ components ���롼�פξ��ʤɴޤޤ�륪�֥������ȤΥꥹ�� (ArrayOfint)
745
+
746
+ + ArrayOfPathwayElement ��
747
+
748
+ ʣ���� PathwayElement ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
749
+
750
+ + PathwayElementRelation ��
751
+
752
+ PathwayElement �֤δط���ɽ���ǡ������Ǥ���
753
+
754
+ element_id1 �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
755
+ element_id2 �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
756
+ type �ط��μ��� ("ECrel", "maplink" �ʤ�) (string)
757
+ subtypes �ط��˴ؤ�륪�֥������Ȥ����� (ArrayOfSubtype)
758
+
759
+ + ArrayOfPathwayElementRelation ��
760
+
761
+ ʣ���� PathwayElementRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
762
+
763
+ ++ Subtype ��
764
+
765
+ PathwayElementRelation ������ǻȤ�������Ǥǡ�PathwayElement �֤�
766
+ �ط��Ť��륪�֥������ȡʲ���ʪ�ʤɡˤ�ɽ���ǡ������Ǥ���
767
+
768
+ element_id �ѥ���������Υ��֥������Ȥ�ؤ���ˡ����� ID (int)
769
+ relation �ط��μ��� ("compound", "inhibition" �ʤ�) (string)
770
+ type �ط��ε��� ("+p", "--|" �ʤ�) (string)
771
+
772
+ ++ ArrayOfSubtype ��
773
+
774
+ ʣ���� PathwayElementRelation ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
775
+
776
+ + StructureAlignment ��
777
+
778
+ �桼���λ��ꤷ�����ع�¤�ȥǡ����١�����ι�¤����Ӥ�������
779
+ ���饤����ȤΥ��������б�����Ρ��ɡʸ��ǡˤΥꥹ�Ȥ�ɽ��
780
+ �ǡ������Ǥ���
781
+
782
+ target_id ��¤����оݤΥ���ȥ� ID (string)
783
+ score ��¤��ӤΥ����� (float)
784
+ query_nodes ���Ϲ�¤��ǥ��饤����Ȥ��줿�Ρ����ֹ� (ArrayOfint)
785
+ target_nodes �оݹ�¤����б�����Ρ����ֹ� (ArrayOfint)
786
+
787
+ + ArrayOfStructureAlignment ��
788
+
789
+ ʣ���� StructureAlignment ���ǡ�����ޤ�����Ǥ���
790
+
791
+ === �᥽�åɰ���
792
+
793
+ �ʲ���KEGG API �����᥽�åɤΥꥹ�ȤǤ����᥽�åɤˤϥ᥿������֤���Τ�
794
+ �ƥǡ����١������Ф����Τ�����ޤ������ߡ�KEGG �ˤ���ǡ����١����Τ���
795
+ KEGG API ���оݤȤʤäƤ����Τ� SSDB, PATHWAY, GENES, LIGAND �Ǥ�������
796
+ �ʳ��Υǡ����١����ؤ��б���᥽�åɤ��ɲä�缡�����ʤ�ͽ��Ǥ���
797
+
798
+ �ʲ�����Ǥϡ������ʤɤ� Ruby �����ɽ������äƽ񤫤�Ƥ��ޤ������ºݤ�
799
+ �������ä˥ꥹ�Ȥ��Ϥ����ʤɡˤϻ��Ѥ������ˤ�äưۤʤ��ǽ��������ޤ���
800
+
801
+ ==== �᥿����
802
+
803
+ �ǿ��Υǡ����١�������ʤɤ��֤�����Υ᥽�åɤǤ���
804
+
805
+ --- list_databases
806
+
807
+ KEGG ���󶡤��Ƥ��륲�Υ�ͥåȤǸ������ѤǤ���ǡ����١����ΰ������֤��ޤ���
808
+
809
+ ���͡�
810
+ ArrayOfDefinition (db, definition)
811
+
812
+ ��Ϣ URL��
813
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/>))
814
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/about_genomenet/service.html>)) (section 2.2)
815
+
816
+ --- list_organisms
817
+
818
+ ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ʪ�� (org) �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
819
+
820
+ ���͡�
821
+ ArrayOfDefinition (org, definition)
822
+
823
+ ��Ϣ URL��
824
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/catalog/org_list.html>))
825
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/get_htext?Organisms+-n>))
826
+
827
+ --- list_pathways(string:org)
828
+
829
+ ���� KEGG �˴ޤޤ�Ƥ�����ꤷ����ʪ�Υѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������
830
+ 'map' �Ȥ���ʸ�����Ϳ����ȥ�ե���󥹥ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
831
+
832
+ ���͡�
833
+ ArrayOfDefinition (pathway_id, definition)
834
+
835
+ ��Ϣ URL��
836
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/pathway.html>))
837
+
838
+ ==== DBGET
839
+
840
+ DBGET �����ƥ���Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���DBGET �ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ���
841
+ �ڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
842
+
843
+ ��Ϣ URL��
844
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget/dbget_manual.html>))
845
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/binfo>))
846
+
847
+ --- binfo(string:db)
848
+
849
+ ���ꤷ���ǡ����١����Υ���ȥ���乹�����ʤɾܤ����ǿ�������֤��ޤ���
850
+ 'all' ���Ϥ������Ѳ�ǽ�����ƤΥǡ����١����ξ�����֤��ޤ���
851
+ binfo ���ޥ�ɤؤΰ�����ʸ������Ϥ��ޤ���
852
+
853
+ ���͡�
854
+ string
855
+
856
+ �㡧
857
+ # GenBank �ǡ����١����κǿ�����
858
+ binfo('gb')
859
+ # ���ƤΥǡ����١����κǿ�����
860
+ binfo('all')
861
+
862
+ --- bfind(string:str)
863
+
864
+ DBGET �� bfind ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ���������ɤˤ�ꥨ��ȥ��
865
+ �������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ������٤�Ϳ�����륭����ɤο��� 100 �İʲ���
866
+ ���¤���Ƥ��ޤ���
867
+
868
+ ���͡�
869
+ string
870
+
871
+ �㡧
872
+ # �ǥե��˥����� E-cadherin �� human ����� GenBank �Υ���ȥ�򸡺�
873
+ bfind("gb E-cadherin human")
874
+
875
+
876
+ --- bget(string:str)
877
+
878
+ ���ꤷ�� entry_id �Υ���ȥ���֤��ޤ���GENES �ΰ����ҥ���ȥ��Ϥ��ᡢ
879
+ ���Υ�ͥåȤ� DBGET �����ƥ���󶡤���Ƥ����͡��ʥǡ����١���
880
+ (list_databases �򻲾�) �Υ���ȥ�����Ƽ����Ǥ��ޤ���bget ���ޥ�ɤؤ�
881
+ ���ޥ�ɥ饤�󥪥ץ�����ʸ������Ϥ��ޤ������٤˼����Ǥ��륨��ȥ��
882
+ ���� 100 �İʲ������¤���Ƥ��ޤ���
883
+
884
+ ���͡�
885
+ string
886
+
887
+ �㡧
888
+ # ʣ���Υ���ȥ�����
889
+ bget("eco:b0002 bsu:BG10065 cpd:C00209")
890
+ # FASTA �ե����ޥåȤΥ��ߥλ���������
891
+ bget("-f -n a eco:b0002 bsu:BG10065")
892
+ # FASTA �ե����ޥåȤα�����������
893
+ bget("-f -n n eco:b0002 hin:tRNA-Cys-1")
894
+
895
+ --- btit(string:str)
896
+
897
+ DBGET �� btit ���ޥ�ɤؤΥ�åѡ��Ǥ������ꤷ������ȥ�� ID ���б���
898
+ ��ǥե��˥������֤��ޤ������٤�Ϳ�����륨��ȥ�ο��� 100 �İʲ���
899
+ ���¤���Ƥ��ޤ���
900
+
901
+ ���͡�
902
+ string
903
+
904
+ �㡧
905
+ # ����飴�Ĥΰ����ҤΥǥե��˥����򸡺�
906
+ btit("hsa:1798 mmu:13478 dme:CG5287-PA cel:Y60A3A.14")
907
+
908
+ --- bconv(string:str)
909
+
910
+ �����ǡ����١����� ID �� KEGG �� ID ���Ѵ����ޤ���
911
+ ��̤ϡ���������䤤��碌 ID ���Ѵ� ID �Υ����ڤ�ʸ����Ȥ����֤���ޤ���
912
+ ���ߡ��ʲ��γ����ǡ����١������б����Ƥ��ޤ���
913
+
914
+ �����ǡ����١��� �ǡ����١���̾�� prefix
915
+ ---------------- -----------------------
916
+ NCBI GI ncbi-gi:
917
+ NCBI GeneID ncbi-geneid:
918
+ GenBank genbank:
919
+ UniGene unigene:
920
+ UniProt uniprot:
921
+ OMIM omim:
922
+
923
+ ���Ȥ��� UniProt ID �ϡ����Ǥ� KEGG GENES �˵��ܤ���Ƥ��� UniProt
924
+ �ؤΥ�󥯤�¾��EBI �� Genome Reviews �˵��ܤ���Ƥ��� UniProt ID
925
+ �ȥ����������� ID ���б����Ѥ��ơ�NCBI �ȶ��̤Υ����������� ID ��
926
+ KEGG GENES ���б�ɽ���Ȥ��Ѵ�����Ƥ��ޤ���
927
+
928
+ ���͡�
929
+ string
930
+
931
+ �㡧
932
+ # NCBI GI �� Gene ID �� KEGG genes_id ���Ѵ�
933
+ serv.bconv("ncbi-gi:10047086 ncbi-gi:10047090 ncbi-geneid:14751")
934
+
935
+ ��Ϣ URL��
936
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/genes.html>)) (Gene name conversion)
937
+
938
+ ==== LinkDB
939
+
940
+ + �ǡ����١����֤Υ��
941
+
942
+ --- get_linkdb_by_entry(string:entry_id, string:db, int:offset, int:limit)
943
+
944
+ ���ꤷ�� entry_id ����ľ�ܤޤ��ϴ���Ū�˥�󥯤���Ƥ��륨��ȥ�η�ϩ��
945
+ db �ǻ��ꤷ���ǡ����١����ˤ��ɤ��ޤǸ������ޤ���
946
+
947
+ ���͡�
948
+ ArrayOfLinkDBRelation
949
+
950
+ �㡧
951
+ # E. coli �ΰ����� b0002 �����󥯤Τ��ɤ�� KEGG/PATHWAY �Υ���ȥ�򸡺�
952
+ get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 1, 10)
953
+ get_linkdb_by_entry('eco:b0002', 'pathway', 11, 10)
954
+
955
+ ��Ϣ URL��
956
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Single entry to database)
957
+
958
+ --- get_linkdb_between_databases(string:from_db, string:to_db, int:offset, int:limit)
959
+
960
+ ���ꤷ�����ĤΥǡ����١����ǡ�����ȥ�֤Υ�󥯤����Ƹ������ޤ���
961
+
962
+ ���͡�
963
+ ArrayOfLinkDBRelation
964
+
965
+ �㡧
966
+ # ��IJ�ݤ� KEGG GENES �� KEGG PATHWAY �δ֤Υ�󥯤����Ƹ���
967
+ get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
968
+
969
+ # Ruby �Ǽ���������󥯤����ɽ��������
970
+ links = get_linkdb_between_databases("eco", "pathway", 1, 100)
971
+ links.each do |link|
972
+ puts link.entry_id1 # => "eco:b0084"
973
+ puts link.entry_id2 # => "path:map00550"
974
+ puts link.type # => "indirect"
975
+ puts link.path # => "eco->ec->path"
976
+ end
977
+
978
+ ��Ϣ URL��
979
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/dbget-bin/www_linkdb>)) (Database to database)
980
+
981
+ + �����Ҥȹ����ֹ�δط�
982
+
983
+ --- get_genes_by_enzyme(string:enzyme_id, string:org)
984
+
985
+ �о���ʪ��ˤ����ơ����ꤷ�������ֹ����İ����ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
986
+
987
+ ���͡�
988
+ ArrayOfstring (genes_id)
989
+
990
+ �㡧
991
+ # �����ֹ� 1.1.1.1 �������IJ�ݤΰ����ҤΥꥹ��
992
+ get_genes_by_enzyme('ec:1.1.1.1', 'eco')
993
+
994
+ --- get_enzymes_by_gene(string:genes_id)
995
+
996
+ ���ꤷ�������Ҥ��б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
997
+
998
+ ���͡�
999
+ ArrayOfstring (enzyme_id)
1000
+
1001
+ �㡧
1002
+ # ��IJ�ݰ����� 'eco:b0002' �ι����ֹ�Υꥹ��
1003
+ get_enzymes_by_gene(eco:b0002)
1004
+
1005
+ + ���ǡ�����ʪ���ꥢ�������δط�
1006
+
1007
+ --- get_enzymes_by_compound(string:compound_id)
1008
+
1009
+ ���ꤷ������ʪ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1010
+
1011
+ ���͡�
1012
+ ArrayOfstring (compound_id)
1013
+
1014
+ �㡧
1015
+ # ����ʪ 'cpd:C00345' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1016
+ get_enzymes_by_compound('cpd:C00345')
1017
+
1018
+ --- get_enzymes_by_glycan(string:compound_id)
1019
+
1020
+ ���ꤷ���������б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1021
+
1022
+ ���͡�
1023
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1024
+
1025
+ �㡧
1026
+ # ���� 'gl:G00001' ����դ˴ؤ����ǤΥꥹ��
1027
+ get_enzymes_by_glycan('gl:G00001')
1028
+
1029
+ --- get_enzymes_by_reaction(string:reaction_id)
1030
+
1031
+ ���ꤷ���ꥢ��������ֹ���б���������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1032
+
1033
+ ���͡�
1034
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1035
+
1036
+ �㡧
1037
+ # �ꥢ��������ֹ� R00100 ����Ĺ��ǤΥꥹ��
1038
+ get_enzymes_by_reaction('rn:R00100')
1039
+
1040
+ --- get_compounds_by_enzyme(string:enzyme_id)
1041
+
1042
+ ���ꤷ�������ֹ���б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1043
+
1044
+ ���͡�
1045
+ ArrayOfstring (compound_id)
1046
+
1047
+ �㡧
1048
+ # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ����դ˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1049
+ get_compounds_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1050
+
1051
+ --- get_compounds_by_reaction(string:reaction_id)
1052
+
1053
+ ���ꤷ���ꥢ���������б����벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1054
+
1055
+ ���͡�
1056
+ ArrayOfstring (compound_id)
1057
+
1058
+ �㡧
1059
+ # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R00100' ��ȿ���˴ؤ�벽��ʪ�Υꥹ��
1060
+ get_compounds_by_reaction('rn:R00100')
1061
+
1062
+ --- get_glycans_by_enzyme(string:enzyme_id)
1063
+
1064
+ ���ꤷ�������ֹ���б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1065
+
1066
+ ���͡�
1067
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1068
+
1069
+ �㡧
1070
+ # �����ֹ� 'ec:2.4.1.141' ����դ˴ؤ�������Υꥹ��
1071
+ get_glycans_by_enzyme('ec:2.4.1.141')
1072
+
1073
+ --- get_glycans_by_reaction(string:reaction_id)
1074
+
1075
+ ���ꤷ���ꥢ���������б����������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1076
+
1077
+ ���͡�
1078
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1079
+
1080
+ �㡧
1081
+ # �ꥢ��������ֹ� 'rn:R06164' ��ȿ���˴ؤ�������Υꥹ��
1082
+ get_glycans_by_reaction('rn:R06164')
1083
+
1084
+ --- get_reactions_by_enzyme(string:enzyme_id)
1085
+
1086
+ ���ꤷ�������ֹ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1087
+
1088
+ ���͡�
1089
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1090
+
1091
+ �㡧
1092
+ # �����ֹ� 'ec:2.7.1.12' ��ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1093
+ get_reactions_by_enzyme('ec:2.7.1.12')
1094
+
1095
+ --- get_reactions_by_compound(string:compound_id)
1096
+
1097
+ ���ꤷ������ʪ���б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1098
+
1099
+ ���͡�
1100
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1101
+
1102
+ �㡧
1103
+ # ����ʪ 'cpd:C00199' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1104
+ get_reactions_by_compound('cpd:C00199')
1105
+
1106
+ --- get_reactions_by_glycan(string:glycan_id)
1107
+
1108
+ ���ꤷ���������б�����ꥢ�������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1109
+
1110
+ ���͡�
1111
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1112
+
1113
+ �㡧
1114
+ # ���� 'gl:G00001' �ο���ȿ���˴ؤ��ꥢ��������ֹ�Υꥹ��
1115
+ get_reactions_by_glycan('gl:G00001')
1116
+
1117
+ ==== SSDB
1118
+
1119
+ SSDB �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���SSDB �� KEGG/GENES �˴ޤޤ��
1120
+ ����ʪ��������Ҵ֤� ssearch ���Ѥ��� Smith-Waterman ���르�ꥺ���
1121
+ ��븡����Ԥä���̤ȡ��������ҤΥ�����ո�����̤���Ͽ�����ǡ����١����ǡ�
1122
+ ���֤Τ�����׻������餫���Ὢ��äƤ��뤿���®�ʸ�������ǽ�ˤʤäƤ��ޤ���
1123
+
1124
+ KEGG �����Υ�����η�ޤä���ʪ����濴���оݤȤ��Ƥ��뤳�Ȥȡ�Smith-
1125
+ Waterman �������ˤ����Ӥ��Ǥ��뤳�Ȥ��饪����������ѥ�����ط��ˤ���
1126
+ �����Ҥ�õ������ʪ���ͭ�ΰ����Ҥθ�����Ϥ����͡��ʱ��Ѥ��ͤ����ޤ���
1127
+
1128
+ SSDB �ǡ����١����ˤĤ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1129
+
1130
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ssdb/>))
1131
+
1132
+
1133
+ --- get_best_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1134
+
1135
+ ������ȥ������åȤ� best-best �δط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
1136
+
1137
+ ���͡�
1138
+ ArrayOfSSDBRelation
1139
+
1140
+ �㡧
1141
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best-best �δط��ˤ��������
1142
+ get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1143
+ get_best_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1144
+
1145
+ --- get_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1146
+
1147
+ �����꤫�鸫�ƥ٥��ȥҥåȤδط��ˤ�������Ҥ����򸡺����ޤ���
1148
+
1149
+ ���͡�
1150
+ ArrayOfSSDBRelation
1151
+
1152
+ �㡧
1153
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ��������ʪ��� best neighbor �δط��ˤ��������
1154
+ get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1155
+ get_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1156
+
1157
+ --- get_reverse_best_neighbors_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1158
+
1159
+ �������å�¦����ʪ�狼�鸫�ƥ����꤬�٥��ȥҥåȤȤʤ�����Ҥ򸡺����ޤ���
1160
+
1161
+ ���͡�
1162
+ ArrayOfSSDBRelation
1163
+
1164
+ �㡧
1165
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �� reverse best neighbor �δط��ˤ��������
1166
+ get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1167
+ get_reverse_best_neighbors_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1168
+
1169
+ --- get_paralogs_by_gene(string:genes_id, int:offset, int:limit)
1170
+
1171
+ �������Ʊ����ʪ����ǥѥ���������Ҥ򸡺����ޤ���
1172
+
1173
+ ���͡�
1174
+ ArrayOfSSDBRelation
1175
+
1176
+ �㡧
1177
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 �ȥѥ�����δط��ˤ��������
1178
+ get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 1, 10)
1179
+ get_paralogs_by_gene('eco:b0002', 11, 10)
1180
+
1181
+
1182
+ ==== Motif
1183
+
1184
+ --- get_motifs_by_gene(string:genes_id, string:db)
1185
+
1186
+ ���ꤷ�������Ҥ�¸�ߤ��������դΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���������եǡ����١���
1187
+ �Υꥹ�Ȥˤϡ�Pfam (pfam), TIGRFAM (tfam), PROSITE pattern (pspt), PROSITE
1188
+ profile (pspf) �ޤ��Ϥ�������� (all) ��������ޤ���
1189
+
1190
+ ���͡�
1191
+ ArrayOfMotifResult
1192
+
1193
+ �㡧
1194
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0002 ����Pfam������դΥꥹ��
1195
+ get_motifs_by_gene('eco:b0002', 'pfam')
1196
+
1197
+ --- get_genes_by_motifs([string]:motif_id_list, int:offset, int:limit)
1198
+
1199
+ ���ꤷ��������դ����ƻ��İ����Ҥ򸡺����ޤ���
1200
+
1201
+ ���͡�
1202
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1203
+
1204
+ �㡧
1205
+ # Pfam �� DnaJ �� Prosite �� DNAJ_2 �˥ҥåȤ�������Ҥ򸡺�
1206
+ list = ['pf:DnaJ', 'ps:DNAJ_2']
1207
+ get_genes_by_motifs(list, 1, 10)
1208
+ get_genes_by_motifs(list, 11, 10)
1209
+
1210
+ ==== KO
1211
+
1212
+ KO (KEGG orthology), OC (KEGG ortholog cluster), PC (KEGG paralog cluster) ��
1213
+ ��������뤿��Υ᥽�åɤǤ���KO �ϥ���졼����󤵤줿���������������ҷ���
1214
+ OC �� PC �ϵ���Ū�˥��饹����󥰤��줿��Ʊ���Τ�������ҷ��Υǡ����١����Ǥ���
1215
+
1216
+ --- get_ko_by_gene(string:genes_id)
1217
+
1218
+ ���ꤷ�������Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υ���ȥ��ֹ�������֤��ޤ���
1219
+
1220
+ ���͡�
1221
+ ArrayOfstring (ko_id)
1222
+
1223
+ �㡧
1224
+ # eco:b0002 �����Ҥ˥������󤵤�Ƥ��� KO �Υꥹ��
1225
+ get_ko_by_gene('eco:b0002')
1226
+
1227
+
1228
+ --- get_ko_by_ko_class(string:ko_class_id)
1229
+
1230
+ ���ꤷ�� ko_class_id �˴ޤޤ�� ko_id �Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1231
+
1232
+ ���͡�
1233
+ ArrayOfDefinition (ko_id)
1234
+
1235
+ �㡧
1236
+ # KO class '01196' �˴ޤޤ�� KO �Υꥹ��
1237
+ get_ko_by_ko_class('01196')
1238
+
1239
+ --- get_genes_by_ko_class(string:ko_class_id, string:org, int:offset, int:limit)
1240
+
1241
+ ���ꤷ����ʪ��� ko_class_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1242
+
1243
+ ���͡�
1244
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1245
+
1246
+ �㡧
1247
+ # KO ���饹 '00930' �˴ޤޤ��ҥȰ����ҤΥꥹ��
1248
+ get_genes_by_ko_class('00903', 'hsa' , 1, 100)
1249
+
1250
+ --- get_genes_by_ko(string:ko_id, string:org)
1251
+
1252
+ ���ꤷ����ʪ��� ko_id �˴ޤޤ������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1253
+ ��ʪ�拾���ɤ� all ����ꤹ�������ʪ��ΰ����Ҥ��֤��ޤ���
1254
+
1255
+ ���͡�
1256
+ ArrayOfDefinition (genes_id, definition)
1257
+
1258
+ �㡧
1259
+ # KO �ֹ� 'K00001' �˴ޤޤ����IJ�ݰ����ҤΥꥹ��
1260
+ get_genes_by_ko('ko:K00010', 'eco')
1261
+
1262
+ # KO �ֹ� 'K00010' �˴ޤޤ������ʪ��ΰ����ҥꥹ��
1263
+ get_genes_by_ko('ko:K00010', 'all')
1264
+
1265
+
1266
+
1267
+ ==== PATHWAY
1268
+
1269
+ PATHWAY �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���PATHWAY �ǡ����١�����
1270
+ �Ĥ��ƾܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1271
+
1272
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#pathway>))
1273
+
1274
+ + �ѥ��������ؤο��Ť�
1275
+
1276
+ ��Ϣ URL��
1277
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/color_pathway.html>))
1278
+
1279
+ --- mark_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
1280
+
1281
+ ���ꤷ����ʪ��ǡ�Ϳ����줿�ѥ��������ޥåפ�Ϳ����줿���֥�������
1282
+ �ʰ����ҡ�����ʪ�������ֹ�ˤ��б������Ȥ˿���Ĥ���������������
1283
+ ������ URL ���֤��ޤ���
1284
+
1285
+ ���͡�
1286
+ string (URL)
1287
+
1288
+ �㡧
1289
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� path:eco00260 ��ΰ����� eco:b0002 �� Homoserine
1290
+ # �� cpd:C00263 ���б�����ܥå������֤��忧���������� URL
1291
+ obj_list = ['eco:b0002', 'cpd:C00263']
1292
+ mark_pathway_by_objects('path:eco00260', obj_list)
1293
+
1294
+ --- color_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1295
+
1296
+ ���ꤷ���ѥ���������Ϳ����줿���֥������ȡʰ����ҡ�����ʪ�����ǡˤ��Ф���
1297
+ ʸ�����Ȥ� fg_color_list �ǻ��ꤷ�������طʤ� bg_color_list �ǻ��ꤷ������
1298
+ �Ĥ��������������������� URL ���֤��ޤ���object_id_list �� fg_color_list,
1299
+ bg_color_list �����Ǥο��Ƚ��֤�·����褦�����դ���ɬ�פ�����ޤ���
1300
+
1301
+ ���͡�
1302
+ string (URL)
1303
+
1304
+ �㡧
1305
+ # �ѥ������� path:eco00053 ��˺ܤäƤ�����IJ�ݤΰ����� eco:b0207 ��
1306
+ # �طʤ��֡�ʸ�����Ȥ��Ĥ��忧����eco:b1300 ���طʤ򲫿���ʸ�����Ȥ��Ф�
1307
+ # �忧���������� URL ���֤��ޤ���
1308
+ obj_list = ['eco:b0207', 'eco:b1300']
1309
+ fg_list = ['blue', '#00ff00']
1310
+ bg_list = ['#ff0000', 'yellow']
1311
+ color_pathway_by_objects('path:eco00053', obj_list, fg_list, bg_list)
1312
+
1313
+ --- color_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1314
+
1315
+ ���ꤷ�� element_id ���б�����ѥ���������Υ��֥������ȡ�Ĺ������ݤʤɡ�
1316
+ ���Ф���ʸ�����Ȥ� fg_color_list �ǻ��ꤷ�������طʤ� bg_color_list ��
1317
+ ���ꤷ������Ĥ��������������������� URL ���֤��ޤ���object_id_list ��
1318
+ fg_color_list, bg_color_list �����Ǥο��Ƚ��֤�·����褦�����դ���
1319
+ ɬ�פ�����ޤ���
1320
+
1321
+ KEGG PATHWAY �Ǥϡ�ʣ���ΰ����Ҥ���ĤΥܥå����˳�����Ƥ��Ƥ����ꡢ
1322
+ �դˣ��Ĥΰ����Ҥ�ʣ���Υܥå����˳�����Ƥ��Ƥ��뤳�Ȥ�����ޤ���
1323
+ ���Τ褦�ʾ�� color_pathway_by_objects �᥽�åɤǤ��ɤ�ʬ���뤳�Ȥ�
1324
+ ����ޤ��󤬡�color_pathway_by_elements ��Ȥ����ȤDz��Ǥ��ޤ���
1325
+
1326
+ element_id �� KEGG PATHWAY �� XML ɽ���Ǥ��� KGML �� <entry> ������
1327
+ ���ꤵ��롢�ѥ���������Υ���ե������������ˤĤ���줿��ˡ�����
1328
+ ���ͤǤ����ѥ���������� element_id �� get_elements_by_pathway �᥽�åɤ�
1329
+ PathwayElement ���֥������ȤΥꥹ�ȤȤ������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
1330
+ PathwayElement �� type �� name °���ˤ������ҡ����ǡ�����ʪ�ʤɤ�
1331
+ �б����ꡢelement_id ���ͤ�Ȥäƥ��֥������Ȥ����ꤷ�ޤ���
1332
+
1333
+ KGML �ˤĤ��ƾܤ����ϲ����Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1334
+
1335
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/xml/>))
1336
+
1337
+ ����͡�
1338
+ string (URL)
1339
+
1340
+ �㡧
1341
+ # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��롢
1342
+ # ������ bsu:BG11350 (element_id 78, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1343
+ # ������ bsu:BG11203 (element_id 79, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1344
+ # ������ bsu:BG11685 (element_id 51, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1345
+ # ������ bsu:BG11685 (element_id 47, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1346
+ # ���줾���忧���������� URL ���֤��ޤ���
1347
+ element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
1348
+ fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
1349
+ bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
1350
+ color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
1351
+
1352
+ --- get_html_of_marked_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list)
1353
+
1354
+ ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1355
+ �С������� 'mark_pathway_by_objects' �᥽�åɤǤ���
1356
+
1357
+ ���͡�
1358
+ string (URL)
1359
+
1360
+ �㡧
1361
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258'������ʪ 'cpd:C00135'
1362
+ # KO �ֹ� 'ko:K01881' ���ֿ��ǥޡ�����Ĥ��������Υ���å��֥�ޥåפ�
1363
+ # ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1364
+ obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1365
+ get_html_of_marked_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list)
1366
+
1367
+ --- get_html_of_colored_pathway_by_objects(string:pathway_id, [string]:object_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1368
+
1369
+ ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1370
+ �С������� 'color_pathway_by_objects' �᥽�åɤǤ���
1371
+
1372
+ ���͡�
1373
+ string (URL)
1374
+
1375
+ �㡧
1376
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� '00970' �Ρ������� 'eco:b4258' �����Ϥ˳���������ʪ
1377
+ # 'cpd:C00135' �򲫿��Ϥ��С�KO �ֹ� 'ko:K01881' �����Ϥ��Ĥο��Ť��򤷤�
1378
+ # �����Υ���å��֥�ޥåפ�ɽ������ HTML �� URL ���֤�
1379
+ obj_list = ['eco:b4258', 'cpd:C00135', 'ko:K01881']
1380
+ fg_list = ['gray', '#00ff00', 'blue']
1381
+ bg_list = ['#ff0000', 'yellow', 'orange']
1382
+ get_html_of_colored_pathway_by_objects('path:eco00970', obj_list, fg_list, bg_list)
1383
+
1384
+ --- get_html_of_colored_pathway_by_elements(string:pathway_id, [int]:element_id_list, [string]:fg_color_list, [string]:bg_color_list)
1385
+
1386
+ ����������˥���å��֥�ޥåפ�ޤ� HTML �ڡ����� URL ���֤�
1387
+ �С������� 'color_pathway_by_elements' �᥽�åɤǤ���
1388
+
1389
+ ���͡�
1390
+ string (URL)
1391
+
1392
+ �㡧
1393
+ # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��롢
1394
+ # ������ bsu:BG11350 (element_id 78, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1395
+ # ������ bsu:BG11203 (element_id 79, ec:3.2.1.86) ������/���طʤ�
1396
+ # ������ bsu:BG11685 (element_id 51, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1397
+ # ������ bsu:BG11685 (element_id 47, ec:2.7.1.2) ������/���طʤ�
1398
+ # �忧���������Υ���å��֥�ޥåפ�ɽ������ HTML �� URL ���֤��ޤ���
1399
+ element_id_list = [ 78, 79, 51, 47 ]
1400
+ fg_list = [ '#ff0000', '#0000ff', '#ff0000', '#0000ff' ]
1401
+ bg_list = [ '#ffff00', '#ffff00', '#ffcc00', '#ffcc00' ]
1402
+ color_pathway_by_elements('path:bsu00010', element_id_list, fg_list, bg_list)
1403
+
1404
+ + �ѥ���������Υ��֥������ȴ֤δط�
1405
+
1406
+ --- get_element_relations_by_pathway(string:pathway_id)
1407
+
1408
+ ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ��륪�֥����������Ǥδ֤δط����֤��ޤ���
1409
+ �ѥ��������������ˤ��������Ƥ���ط���ɽ����KGML �ˤ�����
1410
+ <relation> �������������ʥ���աˤ�������뤳�Ȥ��Ǥ��ޤ���
1411
+ ���� get_elements_by_pathway �᥽�åɤ⻲�ȡ�
1412
+
1413
+ ���͡�
1414
+ ArrayOfPathwayElementRelation
1415
+
1416
+ �㡧
1417
+ # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��� PathwayElement �֤�
1418
+ # �ط��Ǥ��� PathwayElementRelation �Υꥹ�Ȥ�������롣
1419
+ relations = get_element_relations_by_pathway('path:bsu00010')
1420
+
1421
+ # ���������ꥹ�Ȥ���Ȥ�ɽ�����롣
1422
+ relations.each do |rel|
1423
+ puts rel.element_id1
1424
+ puts rel.element_id2
1425
+ puts rel.type
1426
+ rel.subtypes.each do |sub|
1427
+ puts sub.element_id
1428
+ puts sub.relation
1429
+ puts sub.type
1430
+ end
1431
+ end
1432
+
1433
+ + �ѥ���������Υ��֥������ȸ���
1434
+
1435
+ --- get_elements_by_pathway(string:pathway_id)
1436
+
1437
+ ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ��륪�֥����������ǤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1438
+ ����ˡ�ˤĤ��Ƥ� color_pathway_by_elements �᥽�åɤ򻲾Ȥ��Ƥ���������
1439
+
1440
+ ���͡�
1441
+ ArrayOfPathwayElement
1442
+
1443
+ �㡧
1444
+ # ����ݤΥѥ������� path:bsu00010 ��˺ܤäƤ��� PathwayElement ��
1445
+ # �ꥹ�Ȥ�������롣
1446
+ get_elements_by_pathway('path:bsu00010')
1447
+
1448
+ # Ruby �ǰ����� bsu:BG11350, bsu:BG11203 �� bsu:BG11685 �� element_id ��
1449
+ # Ĵ�٤��㡣
1450
+ elems = serv.get_elements_by_pathway('path:bsu00010')
1451
+ genes = [ 'bsu:BG11350', 'bsu:BG11203', 'bsu:BG11685' ]
1452
+ elems.each do |elem|
1453
+ genes.each do |gene|
1454
+ if elem.names.include?(gene)
1455
+ puts gene, elem.element_id
1456
+ end
1457
+ end
1458
+ end
1459
+
1460
+ --- get_genes_by_pathway(string:pathway_id)
1461
+
1462
+ ���ꤷ���ѥ���������˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ�Ȥ��֤��ޤ�����ʪ��̾��
1463
+ pathway_id �˴ޤޤ�� keggorg �ǻ��ꤷ�ޤ���
1464
+
1465
+ ���͡�
1466
+ ArrayOfstring (genes_id)
1467
+
1468
+ �㡧
1469
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ҤΥꥹ��
1470
+ get_genes_by_pathway('path:eco00020')
1471
+
1472
+ --- get_enzymes_by_pathway(string:pathway_id)
1473
+
1474
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1475
+
1476
+ ���͡�
1477
+ ArrayOfstring (enzyme_id)
1478
+
1479
+ �㡧
1480
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �֤˺ܤäƤ�������ֹ�Υꥹ��
1481
+ get_enzymes_by_pathway('path:eco00020')
1482
+
1483
+ --- get_compounds_by_pathway(string:pathway_id)
1484
+
1485
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1486
+
1487
+ ���͡�
1488
+ ArrayOfstring (compound_id)
1489
+
1490
+ �㡧
1491
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00020 �˺ܤäƤ��벽��ʪ�Υꥹ��
1492
+ get_compounds_by_pathway('path:eco00020')
1493
+
1494
+ --- get_glycans_by_pathway(string:pathway_id)
1495
+
1496
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1497
+
1498
+ ���͡�
1499
+ ArrayOfstring (glycan_id)
1500
+
1501
+ �㡧
1502
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00510 �˺ܤäƤ��������Υꥹ��
1503
+ get_glycans_by_pathway('path:eco00510')
1504
+
1505
+ --- get_reactions_by_pathway(string:pathway_id)
1506
+
1507
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ���ꥢ��������ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1508
+
1509
+ ���͡�
1510
+ ArrayOfstring (reaction_id)
1511
+
1512
+ �㡧
1513
+ # ��IJ�ݤΥѥ������� 00260 �֤˺ܤäƤ���ꥢ�������Υꥹ��
1514
+ get_reactions_by_pathway('path:eco00260')
1515
+
1516
+ --- get_kos_by_pathway(string:pathway_id)
1517
+
1518
+ ���ꤷ���ѥ��������˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1519
+
1520
+ ���͡�
1521
+ ArrayOfstring (ko_id)
1522
+
1523
+ �㡧
1524
+ # �ҥȤΥѥ������� 00010 �˺ܤäƤ��� KO �ֹ�Υꥹ��
1525
+ get_kos_by_pathway('path:hsa00010')
1526
+
1527
+ + ���֥������Ȥ���ѥ�����������
1528
+
1529
+ ��Ϣ URL��
1530
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/tool/search_pathway.html>))
1531
+
1532
+ --- get_pathways_by_genes([string]:genes_id_list)
1533
+
1534
+ ���ꤷ�������Ҥ����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1535
+
1536
+ ���͡�
1537
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1538
+
1539
+ �㡧
1540
+ # ��IJ�ݤΰ����� b0077 �� b0078 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1541
+ get_pathways_by_genes(['eco:b0077', 'eco:b0078'])
1542
+
1543
+ --- get_pathways_by_enzymes([string]:enzyme_id_list)
1544
+
1545
+ ���ꤷ�������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1546
+
1547
+ ���͡�
1548
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1549
+
1550
+ �㡧
1551
+ # �����ֹ� 1.3.99.1 �ι��Ǥ��ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1552
+ get_pathways_by_enzymes(['ec:1.3.99.1'])
1553
+
1554
+ --- get_pathways_by_compounds([string]:compound_id_list)
1555
+
1556
+ ���ꤷ������ʪ�����ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1557
+
1558
+ ���͡�
1559
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1560
+
1561
+ �㡧
1562
+ # ����ʪ C00033 �� C00158 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1563
+ get_pathways_by_compounds(['cpd:C00033', 'cpd:C00158'])
1564
+
1565
+ --- get_pathways_by_glycans([string]:compound_id_list)
1566
+
1567
+ ���ꤷ�����������ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1568
+
1569
+ ���͡�
1570
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1571
+
1572
+ �㡧
1573
+ # ���� G00009 �� G00011 ��ξ���ܤäƤ���ѥ��������Υꥹ��
1574
+ get_pathways_by_glycans(['gl:G00009', 'gl:G00011'])
1575
+
1576
+ --- get_pathways_by_reactions([string]:reaction_id_list)
1577
+
1578
+ ���ꤷ���ꥢ��������ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1579
+
1580
+ ���͡�
1581
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1582
+
1583
+ �㡧
1584
+ # �ꥢ��������ֹ� rn:R00959, rn:R02740, rn:R00960, rn:R01786 �����Ƥ�
1585
+ # ȿ����ޤ�ѥ��������Υꥹ��
1586
+ get_pathways_by_reactions(['rn:R00959', 'rn:R02740', 'rn:R00960', 'rn:R01786'])
1587
+
1588
+ --- get_pathways_by_kos([string]:ko_id_list, string:org)
1589
+
1590
+ ���ꤷ����ʪ�� KO �ֹ椬���ƺܤäƤ���ѥ��������Υꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1591
+
1592
+ ���͡�
1593
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1594
+
1595
+ �㡧
1596
+ # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�ҥȤΥѥ��������Υꥹ��
1597
+ get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'hsa')
1598
+
1599
+ # KO �ֹ� 'ko:K00016' �� 'ko:K00382' ��ޤ�����ʪ��Υѥ��������Υꥹ��
1600
+ get_pathways_by_kos(['ko:K00016', 'ko:K00382'], 'all')
1601
+
1602
+ + �ѥ��������֤δط�
1603
+
1604
+ --- get_linked_pathways(string:pathway_id)
1605
+
1606
+ ���ꤷ���ѥ��������ֹ�Υѥ������������󥯤���Ƥ���ѥ���������
1607
+ �ꥹ�Ȥ��֤��ޤ���
1608
+
1609
+ ���͡�
1610
+ ArrayOfstring (pathway_id)
1611
+
1612
+ �㡧
1613
+ # �ѥ������� path:eco00620 �����󥯤���Ƥ���ѥ��������Υꥹ��
1614
+ get_linked_pathways('path:eco00620')
1615
+
1616
+ ==== GENES
1617
+
1618
+ GENES �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENES �ǡ����١����ˤĤ���
1619
+ �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1620
+
1621
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genes>))
1622
+
1623
+ --- get_genes_by_organism(string:org, int:offset, int:limit)
1624
+
1625
+ ���ꤷ����ʪ����� GENES ����ȥ�Τ�����offset ���ܤ��� limit ʬ��
1626
+ ��̤��֤��ޤ���
1627
+
1628
+ ���͡�
1629
+ ArrayOfstring (genes_id)
1630
+
1631
+ �㡧
1632
+ # ����ե륨�󥶶ݤΰ����ҥꥹ�Ȥ� 100 �Ĥ�������
1633
+ get_genes_by_organism('hin', 1, 100)
1634
+ get_genes_by_organism('hin', 101, 100)
1635
+
1636
+ ==== GENOME
1637
+
1638
+ GENOME �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���GENOME �ǡ����١����ˤĤ���
1639
+ �ܤ����ϰʲ��Υڡ����򻲾Ȥ��Ƥ���������
1640
+
1641
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/kegg2.html#genome>))
1642
+
1643
+ --- get_number_of_genes_by_organism(string:org)
1644
+
1645
+ ���ꤷ����ʪ�郎���İ����ҿ����֤��ޤ���
1646
+
1647
+ ���͡�
1648
+ int
1649
+
1650
+ �㡧
1651
+ # ��IJ�ݤ����İ����Ҥο�
1652
+ get_number_of_genes_by_organism('eco')
1653
+
1654
+ ==== LIGAND
1655
+
1656
+ LIGAND �ǡ����١������Ф���᥽�åɤΰ����Ǥ���
1657
+
1658
+ ��Ϣ URL��
1659
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/kegg/ligand.html>))
1660
+
1661
+ --- convert_mol_to_kcf(string:mol)
1662
+
1663
+ MOL �ե����ޥåȤΥ���ȥ�� KCF �ե����ޥåȤ��Ѵ����ޤ���
1664
+
1665
+ ���͡�
1666
+ string
1667
+
1668
+ �㡧
1669
+ convert_mol_to_kcf(mol_str)
1670
+
1671
+ --- search_compounds_by_name(string:name)
1672
+
1673
+ ����ʪ��̾���Ǹ������ޤ���
1674
+
1675
+ ���͡�
1676
+ ArrayOfstring (compound_id)
1677
+
1678
+ �㡧
1679
+ search_compounds_by_name("shikimic acid")
1680
+
1681
+ --- search_drugs_by_name(string:name)
1682
+
1683
+ �ɥ�å���̾���Ǹ������ޤ���
1684
+
1685
+ ���͡�
1686
+ ArrayOfstring (drug_id)
1687
+
1688
+ �㡧
1689
+ search_drugs_by_name("tetracyclin")
1690
+
1691
+ --- search_glycans_by_name(string:name)
1692
+
1693
+ ������̾���Ǹ������ޤ���
1694
+
1695
+ ���͡�
1696
+ ArrayOfstring
1697
+
1698
+ �㡧
1699
+ search_glycans_by_name("Paragloboside")
1700
+
1701
+ --- search_compounds_by_composition(string:composition)
1702
+
1703
+ ����ʪ�������Ǹ������ޤ���
1704
+ �����ϸ��ǤȸĿ���Ĥʤ���ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1705
+ ���Ǥν��֤�̵�ط��Ǥ���
1706
+
1707
+ ���͡�
1708
+ ArrayOfstring (compound_id)
1709
+
1710
+ �㡧
1711
+ search_compounds_by_composition("C7H10O5")
1712
+
1713
+ --- search_drugs_by_composition(string:composition)
1714
+
1715
+ �ɥ�å��������Ǹ������ޤ���
1716
+ �����ϸ��ǤȸĿ���Ĥʤ���ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1717
+ ���Ǥν��֤�̵�ط��Ǥ���
1718
+
1719
+ ���͡�
1720
+ ArrayOfstring (drug_id)
1721
+
1722
+ �㡧
1723
+ search_drugs_by_composition("HCl")
1724
+
1725
+ --- search_glycans_by_composition(string:composition)
1726
+
1727
+ �����������Ǹ������ޤ���
1728
+ �����ϥ��å��dz�ä����ȸĿ��򥹥ڡ����Ƕ��ڤä�ʸ����ǻ��ꤷ�ޤ���
1729
+ ���ν��֤ϼ�ͳ�Ǥ���
1730
+
1731
+ ���͡�
1732
+ ArrayOfstring
1733
+
1734
+ �㡧
1735
+ search_glycans_by_composition("(Man)4 (GalNAc)1")
1736
+
1737
+ --- search_compounds_by_mass(float:mass, float:range)
1738
+
1739
+ ����ʪ��ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1740
+ mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ��β���ʪ����������ޤ���
1741
+
1742
+ ���͡�
1743
+ ArrayOfstring (compound_id)
1744
+
1745
+ �㡧
1746
+ search_compounds_by_mass(174.05, 0.1)
1747
+
1748
+ --- search_drugs_by_mass(float:mass, float:range)
1749
+
1750
+ �ɥ�å���ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1751
+ mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ��Υɥ�å�����������ޤ���
1752
+
1753
+ ���͡�
1754
+ ArrayOfstring (drug_id)
1755
+
1756
+ �㡧
1757
+ search_drugs_by_mass(150, 1.0)
1758
+
1759
+ --- search_glycans_by_mass(float:mass, float:range)
1760
+
1761
+ ������ʬ���̤Ǹ������ޤ���
1762
+ mass ���濴�Ȥ��� ��range �νŤ�����������������ޤ���
1763
+
1764
+ ���͡�
1765
+ ArrayOfstring
1766
+
1767
+ �㡧
1768
+ search_glycans_by_mass(1200, 0.5)
1769
+
1770
+ --- search_compounds_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
1771
+
1772
+ ������ʬ��¤����IJ���ʪ�� subcomp �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1773
+
1774
+ ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1775
+ ���饤����Ȥ��줿����ʪ�ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f m"
1776
+ ���ץ�����Ĥ��� MOL �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1777
+
1778
+ ���͡�
1779
+ ArrayOfStructureAlignment
1780
+
1781
+ �㡧
1782
+ mol = bget("-f m cpd:C00111")
1783
+ search_compounds_by_subcomp(mol, 1, 5)
1784
+
1785
+ ��Ϣ URL��
1786
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
1787
+
1788
+ --- search_drugs_by_subcomp(string:mol, int:offset, int:limit)
1789
+
1790
+ ������ʬ��¤����ĥɥ�å��� subcomp �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1791
+
1792
+ ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1793
+ ���饤����Ȥ��줿�ɥ�å��ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f m"
1794
+ ���ץ�����Ĥ��� MOL �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1795
+
1796
+ ���͡�
1797
+ ArrayOfStructureAlignment
1798
+
1799
+ �㡧
1800
+ mol = bget("-f m dr:D00201")
1801
+ search_drugs_by_subcomp(mol, 1, 5)
1802
+
1803
+ ��Ϣ URL��
1804
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_compound>))
1805
+
1806
+ --- search_glycans_by_kcam(string:kcf, string:program, string:option, int:offset, int:limit)
1807
+
1808
+ ������ʬ��¤����������� KCaM �ץ�������ȤäƸ������ޤ���
1809
+
1810
+ ������ program �ˤ� approximate �ޥå���Ԥ� "gapped" �ޤ���
1811
+ exact �ޥå���Ԥ� "ungapped" ����ꤷ�ޤ����ޤ� option �ˤ�
1812
+ "global" �ޤ��� "local" ����ꤷ�ޤ���
1813
+
1814
+ ���饤����Ȥ��줿������ʬ�ΥΡ����ֹ椬������֤����Τǡ�
1815
+ ���饤����Ȥ��줿�����ι�¤�� bget ���ޥ�ɤ� "-f k"
1816
+ ���ץ�����Ĥ��� KCF �ե����ޥåȤǼ��������б����ǧ���ޤ���
1817
+
1818
+ ���͡�
1819
+ ArrayOfStructureAlignment
1820
+
1821
+ �㡧
1822
+ kcf = bget("-f k gl:G12922")
1823
+ search_glycans_by_kcam(kcf, "gapped", "local", 1, 5)
1824
+
1825
+ ��Ϣ URL��
1826
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand-bin/search_glycan.cgi>))
1827
+ * ((<URL:http://www.genome.jp/ligand/kcam/>))
1828
+
1829
+ == Notes
1830
+
1831
+ Last updated: December 27, 2006
1832
+
1833
+ =end
1834
+