nabu 2024.1.0rc4__py3-none-any.whl → 2024.1.1__py3-none-any.whl
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- build/lib/nabu/io/tests/test_detector_distortion.py +178 -0
- build/lib/nabu/io/tests/test_writers.py +187 -0
- build/lib/nabu/io/tiffwriter_zmm.py +99 -0
- build/lib/nabu/io/utils.py +263 -0
- build/lib/nabu/io/writer.py +892 -0
- build/lib/nabu/misc/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/misc/binning.py +98 -0
- build/lib/nabu/misc/fftshift.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/filters.py +24 -0
- build/lib/nabu/misc/fourier_filters.py +152 -0
- build/lib/nabu/misc/histogram.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/histogram_cuda.py +8 -0
- build/lib/nabu/misc/kernel_base.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/padding.py +83 -0
- build/lib/nabu/misc/padding_base.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/processing_base.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/rotation.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/rotation_cuda.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/test_binning.py +48 -0
- build/lib/nabu/misc/tests/test_interpolation.py +70 -0
- build/lib/nabu/misc/transpose.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp.py +4 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp_cuda.py +6 -0
- build/lib/nabu/misc/unsharp_opencl.py +8 -0
- build/lib/nabu/misc/utils.py +117 -0
- build/lib/nabu/opencl/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/fft.py +6 -0
- build/lib/nabu/opencl/kernel.py +135 -0
- build/lib/nabu/opencl/memcpy.py +35 -0
- build/lib/nabu/opencl/padding.py +6 -0
- build/lib/nabu/opencl/processing.py +62 -0
- build/lib/nabu/opencl/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/opencl/utils.py +292 -0
- build/lib/nabu/pipeline/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config.py +265 -0
- build/lib/nabu/pipeline/config_validators.py +589 -0
- build/lib/nabu/pipeline/datadump.py +164 -0
- build/lib/nabu/pipeline/dataset_validator.py +211 -0
- build/lib/nabu/pipeline/detector_distortion_provider.py +20 -0
- build/lib/nabu/pipeline/estimators.py +1012 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fallback_utils.py +149 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked.py +849 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/chunked_cuda.py +152 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/computations.py +260 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/dataset_validator.py +63 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/nabu_config.py +590 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/processconfig.py +825 -0
- build/lib/nabu/pipeline/fullfield/reconstruction.py +851 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/dataset_validator.py +19 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/fbp.py +147 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/filtering.py +246 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/gridded_accumulator.py +575 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded.py +1670 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_chunked_regridded_cuda.py +119 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_reconstruction.py +598 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/helical_utils.py +42 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/nabu_config.py +175 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/processconfig.py +62 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/span_strategy.py +483 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_accumulator.py +157 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_pipeline_elements_full.py +355 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/tests/test_strategy.py +61 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/utils.py +51 -0
- build/lib/nabu/pipeline/helical/weight_balancer.py +101 -0
- build/lib/nabu/pipeline/params.py +163 -0
- build/lib/nabu/pipeline/processconfig.py +210 -0
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_chunk_reader.py +78 -0
- build/lib/nabu/pipeline/tests/test_estimators.py +149 -0
- build/lib/nabu/pipeline/utils.py +116 -0
- build/lib/nabu/pipeline/writer.py +193 -0
- build/lib/nabu/pipeline/xrdct/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/preproc/__init__.py +7 -0
- build/lib/nabu/preproc/alignment.py +11 -0
- build/lib/nabu/preproc/ccd.py +161 -0
- build/lib/nabu/preproc/ccd_cuda.py +169 -0
- build/lib/nabu/preproc/ctf.py +361 -0
- build/lib/nabu/preproc/ctf_cuda.py +142 -0
- build/lib/nabu/preproc/distortion.py +92 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield.py +212 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_cuda.py +174 -0
- build/lib/nabu/preproc/double_flatfield_variable_region.py +68 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield.py +448 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_cuda.py +144 -0
- build/lib/nabu/preproc/flatfield_variable_region.py +79 -0
- build/lib/nabu/preproc/phase.py +425 -0
- build/lib/nabu/preproc/phase_cuda.py +143 -0
- build/lib/nabu/preproc/shift.py +95 -0
- build/lib/nabu/preproc/shift_cuda.py +102 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ccd_corr.py +59 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_ctf.py +250 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_double_flatfield.py +86 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_flatfield.py +626 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_paganin.py +67 -0
- build/lib/nabu/preproc/tests/test_vshift.py +73 -0
- build/lib/nabu/processing/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/convolution_cuda.py +375 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_base.py +163 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_cuda.py +256 -0
- build/lib/nabu/processing/fft_opencl.py +54 -0
- build/lib/nabu/processing/fftshift.py +134 -0
- build/lib/nabu/processing/histogram.py +286 -0
- build/lib/nabu/processing/histogram_cuda.py +103 -0
- build/lib/nabu/processing/kernel_base.py +126 -0
- build/lib/nabu/processing/medfilt_cuda.py +159 -0
- build/lib/nabu/processing/muladd.py +29 -0
- build/lib/nabu/processing/muladd_cuda.py +68 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_base.py +71 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_cuda.py +75 -0
- build/lib/nabu/processing/padding_opencl.py +77 -0
- build/lib/nabu/processing/processing_base.py +123 -0
- build/lib/nabu/processing/roll_opencl.py +64 -0
- build/lib/nabu/processing/rotation.py +63 -0
- build/lib/nabu/processing/rotation_cuda.py +66 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fft.py +268 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_fftshift.py +71 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_histogram.py +55 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_medfilt.py +77 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_muladd.py +54 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_padding.py +247 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_roll.py +63 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_rotation.py +83 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_transpose.py +72 -0
- build/lib/nabu/processing/tests/test_unsharp.py +106 -0
- build/lib/nabu/processing/transpose.py +126 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp.py +79 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp_cuda.py +53 -0
- build/lib/nabu/processing/unsharp_opencl.py +75 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/__init__.py +3 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/cone.py +241 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp.py +124 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_base.py +391 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/fbp_opencl.py +78 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering.py +220 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_cuda.py +103 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/filtering_opencl.py +111 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/projection.py +240 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor.py +174 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/reconstructor_cuda.py +44 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/rings.py +248 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/rings_cuda.py +322 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram.py +467 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_cuda.py +250 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/sinogram_opencl.py +40 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/__init__.py +1 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_cone.py +308 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_deringer.py +220 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_fbp.py +252 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_filtering.py +133 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_halftomo.py +100 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_projector.py +164 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_reconstructor.py +93 -0
- build/lib/nabu/reconstruction/tests/test_sino_normalization.py +85 -0
- build/lib/nabu/resources/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cli/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/cor.py +5 -0
- build/lib/nabu/resources/dataset_analyzer.py +469 -0
- build/lib/nabu/resources/gpu.py +169 -0
- build/lib/nabu/resources/logger.py +130 -0
- build/lib/nabu/resources/nxflatfield.py +217 -0
- build/lib/nabu/resources/templates/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_nxflatfield.py +104 -0
- build/lib/nabu/resources/tests/test_units.py +47 -0
- build/lib/nabu/resources/utils.py +174 -0
- build/lib/nabu/stitching/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/alignment.py +184 -0
- build/lib/nabu/stitching/config.py +1286 -0
- build/lib/nabu/stitching/definitions.py +6 -0
- build/lib/nabu/stitching/frame_composition.py +155 -0
- build/lib/nabu/stitching/overlap.py +373 -0
- build/lib/nabu/stitching/sample_normalization.py +60 -0
- build/lib/nabu/stitching/slurm_utils.py +204 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_alignment.py +99 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_config.py +226 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_frame_composition.py +180 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_overlap.py +98 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_sample_normalization.py +49 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_slurm_utils.py +146 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_utils.py +21 -0
- build/lib/nabu/stitching/tests/test_z_stitching.py +1183 -0
- build/lib/nabu/stitching/utils.py +563 -0
- build/lib/nabu/stitching/z_stitching.py +2279 -0
- build/lib/nabu/tests.py +51 -0
- build/lib/nabu/testutils.py +375 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/__init__.py +0 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/algotom_convert_sino.py +276 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/pore3d_deringer_munch.py +108 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomocupy_remove_stripe.py +586 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomopy_phase.py +239 -0
- build/lib/nabu/thirdparty/tomwer_load_flats_darks.py +162 -0
- build/lib/nabu/utils.py +836 -0
- nabu/__init__.py +1 -1
- nabu/io/cast_volume.py +10 -2
- nabu/stitching/config.py +2 -2
- nabu/stitching/z_stitching.py +3 -1
- {nabu-2024.1.0rc4.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/METADATA +1 -1
- nabu-2024.1.1.dist-info/RECORD +2375 -0
- {nabu-2024.1.0rc4.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/WHEEL +1 -1
- nabu-2024.1.1.dist-info/top_level.txt +4 -0
- nabu-2024.1.0rc4.dist-info/RECORD +0 -296
- nabu-2024.1.0rc4.dist-info/top_level.txt +0 -2
- {nabu/app/tests → build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/build/lib/nabu/app}/__init__.py +0 -0
- {nabu-2024.1.0rc4.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/LICENSE +0 -0
- {nabu-2024.1.0rc4.dist-info → nabu-2024.1.1.dist-info}/entry_points.txt +0 -0
@@ -0,0 +1,265 @@
|
|
1
|
+
from os import linesep
|
2
|
+
from configparser import ConfigParser
|
3
|
+
from ..utils import check_supported, deprecated
|
4
|
+
|
5
|
+
#
|
6
|
+
# option "type":
|
7
|
+
# - required: always visible, user must provide a valid value
|
8
|
+
# - optional: visible, but might be left blank
|
9
|
+
# - advanced: optional and not visible by default
|
10
|
+
# - unsupported: hidden (not implemented yet)
|
11
|
+
_options_levels = {
|
12
|
+
"required": 0,
|
13
|
+
"optional": 1,
|
14
|
+
"advanced": 2,
|
15
|
+
"unsupported": 10,
|
16
|
+
}
|
17
|
+
|
18
|
+
|
19
|
+
class NabuConfigParser:
|
20
|
+
@deprecated(
|
21
|
+
"The class 'NabuConfigParser' is deprecated and will be removed in a future version. Please use parse_nabu_config_file instead",
|
22
|
+
do_print=True,
|
23
|
+
)
|
24
|
+
def __init__(self, fname):
|
25
|
+
"""
|
26
|
+
Nabu configuration file parser.
|
27
|
+
|
28
|
+
Parameters
|
29
|
+
----------
|
30
|
+
fname: str
|
31
|
+
File name of the configuration file
|
32
|
+
"""
|
33
|
+
parser = ConfigParser(inline_comment_prefixes=("#",)) # allow in-line comments
|
34
|
+
with open(fname) as fid:
|
35
|
+
file_content = fid.read()
|
36
|
+
parser.read_string(file_content)
|
37
|
+
self.parser = parser
|
38
|
+
self.get_dict()
|
39
|
+
self.file_content = file_content.split(linesep)
|
40
|
+
|
41
|
+
def get_dict(self):
|
42
|
+
# Is there an officially supported way to do this ?
|
43
|
+
self.conf_dict = self.parser._sections
|
44
|
+
return self.conf_dict
|
45
|
+
|
46
|
+
def __str__(self):
|
47
|
+
return self.conf_dict.__str__()
|
48
|
+
|
49
|
+
def __repr__(self):
|
50
|
+
return self.conf_dict.__repr__()
|
51
|
+
|
52
|
+
def __getitem__(self, key):
|
53
|
+
return self.conf_dict[key]
|
54
|
+
|
55
|
+
|
56
|
+
def parse_nabu_config_file(fname, allow_no_value=False):
|
57
|
+
"""
|
58
|
+
Parse a configuration file and returns a dictionary.
|
59
|
+
|
60
|
+
Parameters
|
61
|
+
----------
|
62
|
+
fname: str
|
63
|
+
File name of the configuration file
|
64
|
+
|
65
|
+
Returns
|
66
|
+
-------
|
67
|
+
conf_dict: dict
|
68
|
+
Dictionary with the configuration
|
69
|
+
"""
|
70
|
+
parser = ConfigParser(
|
71
|
+
inline_comment_prefixes=("#",), # allow in-line comments
|
72
|
+
allow_no_value=allow_no_value,
|
73
|
+
)
|
74
|
+
with open(fname) as fid:
|
75
|
+
file_content = fid.read()
|
76
|
+
parser.read_string(file_content)
|
77
|
+
conf_dict = parser._sections # Is there an officially supported way to do this ?
|
78
|
+
return conf_dict
|
79
|
+
|
80
|
+
|
81
|
+
def generate_nabu_configfile(
|
82
|
+
fname,
|
83
|
+
default_config,
|
84
|
+
config=None,
|
85
|
+
sections=None,
|
86
|
+
sections_comments=None,
|
87
|
+
comments=True,
|
88
|
+
options_level=None,
|
89
|
+
prefilled_values=None,
|
90
|
+
):
|
91
|
+
"""
|
92
|
+
Generate a nabu configuration file.
|
93
|
+
|
94
|
+
Parameters
|
95
|
+
-----------
|
96
|
+
fname: str
|
97
|
+
Output file path.
|
98
|
+
config: dict
|
99
|
+
Configuration to save. If section and / or key missing will store the
|
100
|
+
default value
|
101
|
+
sections: list of str, optional
|
102
|
+
Sections which should be included in the configuration file
|
103
|
+
comments: bool, optional
|
104
|
+
Whether to include comments in the configuration file
|
105
|
+
options_level: str, optional
|
106
|
+
Which "level" of options to embed in the file. Can be "required", "optional", "advanced".
|
107
|
+
Default is "optional".
|
108
|
+
"""
|
109
|
+
if options_level is None:
|
110
|
+
options_level = "optional"
|
111
|
+
if prefilled_values is None:
|
112
|
+
prefilled_values = {}
|
113
|
+
check_supported(options_level, list(_options_levels.keys()), "options_level")
|
114
|
+
options_level = _options_levels[options_level]
|
115
|
+
if config is None:
|
116
|
+
config = {}
|
117
|
+
if sections is None:
|
118
|
+
sections = default_config.keys()
|
119
|
+
|
120
|
+
def dump_help(fid, help_sequence):
|
121
|
+
for help_line in help_sequence.split(linesep):
|
122
|
+
content = "# %s" % (help_line) if help_line.strip() != "" else ""
|
123
|
+
content = content + linesep
|
124
|
+
fid.write(content)
|
125
|
+
|
126
|
+
with open(fname, "w") as fid:
|
127
|
+
for section, section_content in default_config.items():
|
128
|
+
if section not in sections:
|
129
|
+
continue
|
130
|
+
if section != "dataset":
|
131
|
+
fid.write("%s%s" % (linesep, linesep))
|
132
|
+
fid.write("[%s]%s" % (section, linesep))
|
133
|
+
if sections_comments is not None and section in sections_comments:
|
134
|
+
dump_help(fid, sections_comments[section])
|
135
|
+
|
136
|
+
for key, values in section_content.items():
|
137
|
+
if options_level < _options_levels[values["type"]]:
|
138
|
+
continue
|
139
|
+
if comments and values["help"].strip() != "":
|
140
|
+
dump_help(fid, values["help"])
|
141
|
+
|
142
|
+
value = values["default"]
|
143
|
+
if section in prefilled_values and key in prefilled_values[section]:
|
144
|
+
value = prefilled_values[section][key]
|
145
|
+
if section in config and key in config[section]:
|
146
|
+
value = config[section][key]
|
147
|
+
fid.write("%s = %s%s" % (key, value, linesep))
|
148
|
+
|
149
|
+
|
150
|
+
def _extract_nabuconfig_section(section, default_config):
|
151
|
+
res = {}
|
152
|
+
for key, val in default_config[section].items():
|
153
|
+
res[key] = val["default"]
|
154
|
+
return res
|
155
|
+
|
156
|
+
|
157
|
+
def _extract_nabuconfig_keyvals(default_config):
|
158
|
+
res = {}
|
159
|
+
for section in default_config.keys():
|
160
|
+
res[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
161
|
+
return res
|
162
|
+
|
163
|
+
|
164
|
+
def get_default_nabu_config(default_config):
|
165
|
+
"""
|
166
|
+
Return a dictionary with the default nabu configuration.
|
167
|
+
"""
|
168
|
+
return _extract_nabuconfig_keyvals(default_config)
|
169
|
+
|
170
|
+
|
171
|
+
def _handle_modified_key(key, val, section, default_config, renamed_keys):
|
172
|
+
if val is not None:
|
173
|
+
return key, val, section
|
174
|
+
if key in renamed_keys and renamed_keys[key]["section"] == section:
|
175
|
+
info = renamed_keys[key]
|
176
|
+
print(info["message"])
|
177
|
+
print("This is deprecated since version %s and will result in an error in futures versions" % (info["since"]))
|
178
|
+
section = info.get("new_section", section)
|
179
|
+
if info["new_name"] == "":
|
180
|
+
return None, None, section # deleted key
|
181
|
+
val = default_config[section].get(info["new_name"], None)
|
182
|
+
return info["new_name"], val, section
|
183
|
+
else:
|
184
|
+
return key, None, section # unhandled renamed/deleted key
|
185
|
+
|
186
|
+
|
187
|
+
def validate_config(config, default_config, renamed_keys, errors="warn"):
|
188
|
+
"""
|
189
|
+
Validate a configuration dictionary against a "default" configuration dict.
|
190
|
+
|
191
|
+
Parameters
|
192
|
+
----------
|
193
|
+
config: dict
|
194
|
+
configuration dict to be validated
|
195
|
+
default_config: dict
|
196
|
+
Reference configuration. Missing keys/sections from 'config' will be updated with
|
197
|
+
keys from this dictionary.
|
198
|
+
errors: str, optional
|
199
|
+
What to do when an unknonw key/section is encountered. Possible actions are:
|
200
|
+
- "warn": throw a warning, continue the validation
|
201
|
+
- "raise": raise an error and exit
|
202
|
+
"""
|
203
|
+
|
204
|
+
def error(msg):
|
205
|
+
if errors == "raise":
|
206
|
+
raise ValueError(msg)
|
207
|
+
else:
|
208
|
+
print("Error: %s" % msg)
|
209
|
+
|
210
|
+
res_config = {}
|
211
|
+
for section, section_content in config.items():
|
212
|
+
# Ignore the "other" section
|
213
|
+
if section.lower() == "other":
|
214
|
+
continue
|
215
|
+
if section not in default_config:
|
216
|
+
error("Unknown section [%s]" % section)
|
217
|
+
continue
|
218
|
+
res_config[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
219
|
+
res_config[section].update(section_content)
|
220
|
+
for key, value in res_config[section].items():
|
221
|
+
opt = default_config[section].get(key, None)
|
222
|
+
key, opt, section_updated = _handle_modified_key(key, opt, section, default_config, renamed_keys)
|
223
|
+
if key is None:
|
224
|
+
continue # deleted key
|
225
|
+
if opt is None:
|
226
|
+
error("Unknown option '%s' in section [%s]" % (key, section_updated))
|
227
|
+
continue
|
228
|
+
validator = default_config[section_updated][key]["validator"]
|
229
|
+
if section_updated not in res_config: # missing section - handled later
|
230
|
+
continue
|
231
|
+
res_config[section_updated][key] = validator(section_updated, key, value)
|
232
|
+
# Handle sections missing in config
|
233
|
+
for section in set(default_config.keys()) - set(res_config.keys()):
|
234
|
+
res_config[section] = _extract_nabuconfig_section(section, default_config)
|
235
|
+
for key, value in res_config[section].items():
|
236
|
+
validator = default_config[section][key]["validator"]
|
237
|
+
res_config[section][key] = validator(section, key, value)
|
238
|
+
return res_config
|
239
|
+
|
240
|
+
|
241
|
+
validate_nabu_config = deprecated("validate_nabu_config is renamed validate_config", do_print=True)(validate_config)
|
242
|
+
|
243
|
+
|
244
|
+
def overwrite_config(conf, overwritten_params):
|
245
|
+
"""
|
246
|
+
Overwrite a (validated) configuration with a new parameters dict.
|
247
|
+
|
248
|
+
Parameters
|
249
|
+
----------
|
250
|
+
conf: dict
|
251
|
+
Configuration dictionary, usually output from validate_config()
|
252
|
+
overwritten_params: dict
|
253
|
+
Configuration dictionary with the same layout, containing parameters to overwrite
|
254
|
+
"""
|
255
|
+
overwritten_params = overwritten_params or {}
|
256
|
+
for section, params in overwritten_params.items():
|
257
|
+
if section not in conf:
|
258
|
+
raise ValueError("Unknown section %s" % section)
|
259
|
+
current_section = conf[section]
|
260
|
+
for key in params.keys():
|
261
|
+
if key not in current_section:
|
262
|
+
raise ValueError("Unknown parameter '%s' in section '%s'" % (key, section))
|
263
|
+
conf[section][key] = overwritten_params[section][key]
|
264
|
+
# ---
|
265
|
+
return conf
|