jbrowse-plugin-msaview 2.2.8 → 2.3.2

package/src/MsaViewPanel/pairwiseAlignment.ts

@@ -1,633 +1,4 @@
-// Pairwise alignment utilities for MSA-to-structure mapping
-// Based on code from jbrowse-plugin-protein3d
-
-// BLOSUM62 scoring matrix for protein sequence alignment
-const BLOSUM62: Record<string, Record<string, number>> = {
-  A: {
-    A: 4,
-    R: -1,
-    N: -2,
-    D: -2,
-    C: 0,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: 0,
-    H: -2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 1,
-    T: 0,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: 0,
-    B: -2,
-    Z: -1,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  R: {
-    A: -1,
-    R: 5,
-    N: 0,
-    D: -2,
-    C: -3,
-    Q: 1,
-    E: 0,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 2,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -3,
-    B: -1,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  N: {
-    A: -2,
-    R: 0,
-    N: 6,
-    D: 1,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: 0,
-    H: 1,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 0,
-    M: -2,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 1,
-    T: 0,
-    W: -4,
-    Y: -2,
-    V: -3,
-    B: 3,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  D: {
-    A: -2,
-    R: -2,
-    N: 1,
-    D: 6,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 2,
-    G: -1,
-    H: -1,
-    I: -3,
-    L: -4,
-    K: -1,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: 4,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  C: {
-    A: 0,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: 9,
-    Q: -3,
-    E: -4,
-    G: -3,
-    H: -3,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -3,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -3,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -2,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  Q: {
-    A: -1,
-    R: 1,
-    N: 0,
-    D: 0,
-    C: -3,
-    Q: 5,
-    E: 2,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 1,
-    M: 0,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  E: {
-    A: -1,
-    R: 0,
-    N: 0,
-    D: 2,
-    C: -4,
-    Q: 2,
-    E: 5,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 1,
-    M: -2,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 1,
-    Z: 4,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  G: {
-    A: 0,
-    R: -2,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: -2,
-    E: -2,
-    G: 6,
-    H: -2,
-    I: -4,
-    L: -4,
-    K: -2,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: -2,
-    W: -2,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: -1,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  H: {
-    A: -2,
-    R: 0,
-    N: 1,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: -2,
-    H: 8,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: -1,
-    M: -2,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -2,
-    W: -2,
-    Y: 2,
-    V: -3,
-    B: 0,
-    Z: 0,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  I: {
-    A: -1,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: -3,
-    E: -3,
-    G: -4,
-    H: -3,
-    I: 4,
-    L: 2,
-    K: -3,
-    M: 1,
-    F: 0,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -1,
-    V: 3,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  L: {
-    A: -1,
-    R: -2,
-    N: -3,
-    D: -4,
-    C: -1,
-    Q: -2,
-    E: -3,
-    G: -4,
-    H: -3,
-    I: 2,
-    L: 4,
-    K: -2,
-    M: 2,
-    F: 0,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -1,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: 1,
-    B: -4,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  K: {
-    A: -1,
-    R: 2,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: 1,
-    E: 1,
-    G: -2,
-    H: -1,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: 5,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  M: {
-    A: -1,
-    R: -1,
-    N: -2,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: 0,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: -2,
-    I: 1,
-    L: 2,
-    K: -1,
-    M: 5,
-    F: 0,
-    P: -2,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -1,
-    Y: -1,
-    V: 1,
-    B: -3,
-    Z: -1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  F: {
-    A: -2,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -2,
-    Q: -3,
-    E: -3,
-    G: -3,
-    H: -1,
-    I: 0,
-    L: 0,
-    K: -3,
-    M: 0,
-    F: 6,
-    P: -4,
-    S: -2,
-    T: -2,
-    W: 1,
-    Y: 3,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -3,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  P: {
-    A: -1,
-    R: -2,
-    N: -2,
-    D: -1,
-    C: -3,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: -1,
-    M: -2,
-    F: -4,
-    P: 7,
-    S: -1,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -2,
-    B: -2,
-    Z: -1,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  S: {
-    A: 1,
-    R: -1,
-    N: 1,
-    D: 0,
-    C: -1,
-    Q: 0,
-    E: 0,
-    G: 0,
-    H: -1,
-    I: -2,
-    L: -2,
-    K: 0,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 4,
-    T: 1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 0,
-    Z: 0,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  T: {
-    A: 0,
-    R: -1,
-    N: 0,
-    D: -1,
-    C: -1,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -2,
-    P: -1,
-    S: 1,
-    T: 5,
-    W: -2,
-    Y: -2,
-    V: 0,
-    B: -1,
-    Z: -1,
-    X: 0,
-    '*': -4,
-  },
-  W: {
-    A: -3,
-    R: -3,
-    N: -4,
-    D: -4,
-    C: -2,
-    Q: -2,
-    E: -3,
-    G: -2,
-    H: -2,
-    I: -3,
-    L: -2,
-    K: -3,
-    M: -1,
-    F: 1,
-    P: -4,
-    S: -3,
-    T: -2,
-    W: 11,
-    Y: 2,
-    V: -3,
-    B: -4,
-    Z: -3,
-    X: -2,
-    '*': -4,
-  },
-  Y: {
-    A: -2,
-    R: -2,
-    N: -2,
-    D: -3,
-    C: -2,
-    Q: -1,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: 2,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -2,
-    M: -1,
-    F: 3,
-    P: -3,
-    S: -2,
-    T: -2,
-    W: 2,
-    Y: 7,
-    V: -1,
-    B: -3,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  V: {
-    A: 0,
-    R: -3,
-    N: -3,
-    D: -3,
-    C: -1,
-    Q: -2,
-    E: -2,
-    G: -3,
-    H: -3,
-    I: 3,
-    L: 1,
-    K: -2,
-    M: 1,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: -2,
-    T: 0,
-    W: -3,
-    Y: -1,
-    V: 4,
-    B: -3,
-    Z: -2,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  B: {
-    A: -2,
-    R: -1,
-    N: 3,
-    D: 4,
-    C: -3,
-    Q: 0,
-    E: 1,
-    G: -1,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -4,
-    K: 0,
-    M: -3,
-    F: -3,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -4,
-    Y: -3,
-    V: -3,
-    B: 4,
-    Z: 1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  Z: {
-    A: -1,
-    R: 0,
-    N: 0,
-    D: 1,
-    C: -3,
-    Q: 3,
-    E: 4,
-    G: -2,
-    H: 0,
-    I: -3,
-    L: -3,
-    K: 1,
-    M: -1,
-    F: -3,
-    P: -1,
-    S: 0,
-    T: -1,
-    W: -3,
-    Y: -2,
-    V: -2,
-    B: 1,
-    Z: 4,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  X: {
-    A: 0,
-    R: -1,
-    N: -1,
-    D: -1,
-    C: -2,
-    Q: -1,
-    E: -1,
-    G: -1,
-    H: -1,
-    I: -1,
-    L: -1,
-    K: -1,
-    M: -1,
-    F: -1,
-    P: -2,
-    S: 0,
-    T: 0,
-    W: -2,
-    Y: -1,
-    V: -1,
-    B: -1,
-    Z: -1,
-    X: -1,
-    '*': -4,
-  },
-  '*': {
-    A: -4,
-    R: -4,
-    N: -4,
-    D: -4,
-    C: -4,
-    Q: -4,
-    E: -4,
-    G: -4,
-    H: -4,
-    I: -4,
-    L: -4,
-    K: -4,
-    M: -4,
-    F: -4,
-    P: -4,
-    S: -4,
-    T: -4,
-    W: -4,
-    Y: -4,
-    V: -4,
-    B: -4,
-    Z: -4,
-    X: -4,
-    '*': 1,
-  },
-}
+import BLOSUM62 from './blosum62'
 
 function getScore(a: string, b: string) {
   const upper_a = a.toUpperCase()
@@ -654,9 +25,6 @@ export interface PairwiseAlignment {
   alns: readonly [AlignmentRow, AlignmentRow]
 }
 
-/**
- * Needleman-Wunsch global alignment algorithm
- */
 export function needlemanWunsch(
   seq1: string,
   seq2: string,
@@ -781,10 +149,6 @@ export function runPairwiseAlignment(
   }
 }
 
-/**
- * Build coordinate mappings from a pairwise alignment
- * Maps between ungapped positions in seq1 and seq2
- */
 export function buildAlignmentMaps(pairwiseAlignment: PairwiseAlignment) {
   const seq1 = pairwiseAlignment.alns[0].seq
   const seq2 = pairwiseAlignment.alns[1].seq

package/src/MsaViewPanel/structureConnection.ts

@@ -64,9 +64,5 @@ export function ungappedToGappedPosition(
  * Convert Map to plain object for MST frozen storage
  */
 export function mapToRecord(map: Map<number, number>): Record<number, number> {
-  const record: Record<number, number> = {}
-  for (const [key, value] of map) {
-    record[key] = value
-  }
-  return record
+  return Object.fromEntries(map)
 }

package/src/MsaViewPanel/util.ts

@@ -1,4 +1,4 @@
-import { Feature } from '@jbrowse/core/util'
+import type { Feature } from '@jbrowse/core/util'
 
 export function checkHovered(hovered: unknown): hovered is {
   hoverFeature: Feature

package/src/index.ts

@@ -1,7 +1,6 @@
 import Plugin from '@jbrowse/core/Plugin'
-import PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager'
 import { ConfigurationSchema } from '@jbrowse/core/configuration'
-import { AbstractSessionModel, isAbstractMenuManager } from '@jbrowse/core/util'
+import { isAbstractMenuManager } from '@jbrowse/core/util'
 import { types } from '@jbrowse/mobx-state-tree'
 import GridOn from '@mui/icons-material/GridOn'
 
@@ -12,6 +11,9 @@ import LaunchMsaViewExtensionPointF from './LaunchMsaViewExtensionPoint'
 import MsaViewF from './MsaViewPanel'
 import { version } from './version'
 
+import type PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager'
+import type { AbstractSessionModel } from '@jbrowse/core/util'
+
 export default class MsaViewPlugin extends Plugin {
   name = 'MsaViewPlugin'
   version = version
@@ -36,8 +38,7 @@ export default class MsaViewPlugin extends Plugin {
     }
   }
 
-  // @ts-expect-error
-  rootConfigurationSchema(pluginManager: PluginManager) {
+  rootConfigurationSchema = (pluginManager: PluginManager) => {
     return {
       msa: ConfigurationSchema('MSA', {
         datasets: types.maybe(