jbrowse-plugin-msaview 2.2.8 → 2.3.2

package/src/MsaViewPanel/blosum62.ts

@@ -0,0 +1,628 @@
+const BLOSUM62: Record<string, Record<string, number>> = {
+  A: {
+    A: 4,
+    R: -1,
+    N: -2,
+    D: -2,
+    C: 0,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: 0,
+    H: -2,
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+    L: -1,
+    K: -1,
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+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  R: {
+    A: -1,
+    R: 5,
+    N: 0,
+    D: -2,
+    C: -3,
+    Q: 1,
+    E: 0,
+    G: -2,
+    H: 0,
+    I: -3,
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+    W: -3,
+    Y: -2,
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+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  N: {
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+    D: 1,
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+    G: 0,
+    H: 1,
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+    K: 0,
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+    F: -3,
+    P: -2,
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+    T: 0,
+    W: -4,
+    Y: -2,
+    V: -3,
+    B: 3,
+    Z: 0,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  D: {
+    A: -2,
+    R: -2,
+    N: 1,
+    D: 6,
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+  },
+  C: {
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+  },
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+    W: -2,
+    Y: -1,
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+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  E: {
+    A: -1,
+    R: 0,
+    N: 0,
+    D: 2,
+    C: -4,
+    Q: 2,
+    E: 5,
+    G: -2,
+    H: 0,
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+    F: -3,
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+    T: -1,
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+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  G: {
+    A: 0,
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+    Q: -2,
+    E: -2,
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+    L: -4,
+    K: -2,
+    M: -3,
+    F: -3,
+    P: -2,
+    S: 0,
+    T: -2,
+    W: -2,
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+    V: -3,
+    B: -1,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  H: {
+    A: -2,
+    R: 0,
+    N: 1,
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+    H: 8,
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+    F: -1,
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+    '*': -4,
+  },
+  I: {
+    A: -1,
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+  },
+  L: {
+    A: -1,
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+    '*': -4,
+  },
+  K: {
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+    H: -1,
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+    M: -1,
+    F: -3,
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+    T: -1,
+    W: -3,
+    Y: -2,
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+    Z: 1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  M: {
+    A: -1,
+    R: -1,
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+    M: 5,
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+    '*': -4,
+  },
+  F: {
+    A: -2,
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+    '*': -4,
+  },
+  P: {
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+    M: -2,
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+    P: 7,
+    S: -1,
+    T: -1,
+    W: -4,
+    Y: -3,
+    V: -2,
+    B: -2,
+    Z: -1,
+    X: -2,
+    '*': -4,
+  },
+  S: {
+    A: 1,
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+    E: 0,
+    G: 0,
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+    K: 0,
+    M: -1,
+    F: -2,
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+    T: 1,
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+    Y: -2,
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+    B: 0,
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+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  T: {
+    A: 0,
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+    Q: -1,
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+    H: -2,
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+    F: -2,
+    P: -1,
+    S: 1,
+    T: 5,
+    W: -2,
+    Y: -2,
+    V: 0,
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+    X: 0,
+    '*': -4,
+  },
+  W: {
+    A: -3,
+    R: -3,
+    N: -4,
+    D: -4,
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+    E: -3,
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+    K: -3,
+    M: -1,
+    F: 1,
+    P: -4,
+    S: -3,
+    T: -2,
+    W: 11,
+    Y: 2,
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+    X: -2,
+    '*': -4,
+  },
+  Y: {
+    A: -2,
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+    F: 3,
+    P: -3,
+    S: -2,
+    T: -2,
+    W: 2,
+    Y: 7,
+    V: -1,
+    B: -3,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  V: {
+    A: 0,
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+    L: 1,
+    K: -2,
+    M: 1,
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+    S: -2,
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+    W: -3,
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+    V: 4,
+    B: -3,
+    Z: -2,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  B: {
+    A: -2,
+    R: -1,
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+    Q: 0,
+    E: 1,
+    G: -1,
+    H: 0,
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+    K: 0,
+    M: -3,
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+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -4,
+    Y: -3,
+    V: -3,
+    B: 4,
+    Z: 1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  Z: {
+    A: -1,
+    R: 0,
+    N: 0,
+    D: 1,
+    C: -3,
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+    F: -3,
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+    S: 0,
+    T: -1,
+    W: -3,
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+    V: -2,
+    B: 1,
+    Z: 4,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  X: {
+    A: 0,
+    R: -1,
+    N: -1,
+    D: -1,
+    C: -2,
+    Q: -1,
+    E: -1,
+    G: -1,
+    H: -1,
+    I: -1,
+    L: -1,
+    K: -1,
+    M: -1,
+    F: -1,
+    P: -2,
+    S: 0,
+    T: 0,
+    W: -2,
+    Y: -1,
+    V: -1,
+    B: -1,
+    Z: -1,
+    X: -1,
+    '*': -4,
+  },
+  '*': {
+    A: -4,
+    R: -4,
+    N: -4,
+    D: -4,
+    C: -4,
+    Q: -4,
+    E: -4,
+    G: -4,
+    H: -4,
+    I: -4,
+    L: -4,
+    K: -4,
+    M: -4,
+    F: -4,
+    P: -4,
+    S: -4,
+    T: -4,
+    W: -4,
+    Y: -4,
+    V: -4,
+    B: -4,
+    Z: -4,
+    X: -4,
+    '*': 1,
+  },
+}
+
+export default BLOSUM62

package/src/MsaViewPanel/components/LoadingBLAST.tsx

@@ -5,9 +5,10 @@ import { Typography } from '@mui/material'
 import { observer } from 'mobx-react'
 import { makeStyles } from 'tss-react/mui'
 
-import { JBrowsePluginMsaViewModel } from '../model'
 import RIDLink from './RIDLink'
 
+import type { JBrowsePluginMsaViewModel } from '../model'
+
 const useStyles = makeStyles()(theme => ({
   margin: {
     padding: 20,

package/src/MsaViewPanel/components/MsaViewPanel.tsx

@@ -4,9 +4,10 @@ import { LoadingEllipses } from '@jbrowse/core/ui'
 import { observer } from 'mobx-react'
 import { MSAView } from 'react-msaview'
 
-import { JBrowsePluginMsaViewModel } from '../model'
 import LoadingBLAST from './LoadingBLAST'
 
+import type { JBrowsePluginMsaViewModel } from '../model'
+
 const MsaViewPanel = observer(function MsaViewPanel2({
   model,
 }: {

package/src/MsaViewPanel/doLaunchBlast.ts

@@ -1,4 +1,3 @@
-import { JBrowsePluginMsaViewModel } from './model'
 import { makeId, strip } from '../LaunchMsaView/components/util'
 import { cleanProteinSequence } from '../LaunchMsaView/util'
 import { saveBlastResult } from '../utils/blastCache'
@@ -6,6 +5,7 @@ import { launchMSA } from '../utils/msa'
 import { queryBlast, queryBlastFromRid } from '../utils/ncbiBlast'
 import { fetchTaxonomyInfo } from '../utils/taxonomyNames'
 
+import type { JBrowsePluginMsaViewModel } from './model'
 import type { TaxonomyInfo } from '../utils/taxonomyNames'
 import type { BlastHitDescription } from '../utils/types'
 

package/src/MsaViewPanel/genomeToMSA.ts

@@ -1,8 +1,9 @@
 import { getSession } from '@jbrowse/core/util'
 
-import { JBrowsePluginMsaViewModel } from './model'
 import { checkHovered } from './util'
 
+import type { JBrowsePluginMsaViewModel } from './model'
+
 /**
  * Convert a genome coordinate from session.hovered to a visible MSA column.
  *

package/src/MsaViewPanel/index.ts

@@ -1,10 +1,11 @@
 import { lazy } from 'react'
 
-import PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager'
 import ViewType from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes/ViewType'
 
 import stateModelFactory from './model'
 
+import type PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager'
+
 // lazies
 const MsaViewPanel = lazy(() => import('./components/MsaViewPanel'))