sequenceserver 2.0.0.rc8 → 2.1.0

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Potentially problematic release.

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Files changed (758) hide show
  1. checksums.yaml +4 -4
  2. data/bin/sequenceserver +22 -30
  3. data/lib/sequenceserver/api_errors.rb +29 -3
  4. data/lib/sequenceserver/blast/constants.rb +1 -1
  5. data/lib/sequenceserver/blast/hit.rb +5 -16
  6. data/lib/sequenceserver/blast/job.rb +49 -24
  7. data/lib/sequenceserver/blast/report.rb +38 -30
  8. data/lib/sequenceserver/config.rb +52 -27
  9. data/lib/sequenceserver/database.rb +69 -9
  10. data/lib/sequenceserver/job.rb +14 -4
  11. data/lib/sequenceserver/job_remover.rb +25 -29
  12. data/lib/sequenceserver/makeblastdb.rb +40 -45
  13. data/lib/sequenceserver/refinements.rb +15 -0
  14. data/lib/sequenceserver/routes.rb +70 -4
  15. data/lib/sequenceserver/sequence.rb +8 -7
  16. data/lib/sequenceserver/sys.rb +2 -2
  17. data/lib/sequenceserver/version.rb +1 -1
  18. data/lib/sequenceserver/zip_file_generator.rb +56 -0
  19. data/lib/sequenceserver.rb +16 -11
  20. data/public/config.js +62 -55
  21. data/public/css/fonts.css +23 -22
  22. data/public/css/grapher.css +598 -594
  23. data/public/css/sequenceserver.css +130 -27
  24. data/public/css/sequenceserver.min.css +3 -3
  25. data/public/js/alignment_exporter.js +30 -22
  26. data/public/js/circos.js +370 -234
  27. data/public/js/cloud_share_modal.js +216 -0
  28. data/public/js/databases.js +144 -0
  29. data/public/js/databases_tree.js +144 -0
  30. data/public/js/dnd.js +164 -0
  31. data/public/js/download_fasta.js +1 -1
  32. data/public/js/error_modal.js +4 -11
  33. data/public/js/exporter.js +7 -3
  34. data/public/js/form.js +260 -0
  35. data/public/js/grapher.js +113 -106
  36. data/public/js/hit.js +84 -67
  37. data/public/js/hits_overview.js +3 -3
  38. data/public/js/hsp.js +343 -288
  39. data/public/js/jquery_world.js +4 -4
  40. data/public/js/length_distribution.js +5 -5
  41. data/public/js/mailto.js +36 -0
  42. data/public/js/options.js +84 -0
  43. data/public/js/query.js +321 -64
  44. data/public/js/report.js +322 -288
  45. data/public/js/report_root.js +75 -0
  46. data/public/js/search.js +28 -992
  47. data/public/js/search_button.js +195 -0
  48. data/public/js/sequence.js +2409 -2411
  49. data/public/js/sequence_modal.js +152 -159
  50. data/public/js/share_url.js +23 -0
  51. data/public/js/sidebar.js +265 -86
  52. data/public/js/svgExporter.js +12 -12
  53. data/public/js/tests/database.spec.js +60 -0
  54. data/public/js/tests/mock_data/databases.json +91 -0
  55. data/public/js/tests/mock_data/long_response.json +269 -0
  56. data/public/js/tests/mock_data/short_response.json +2240 -0
  57. data/public/js/tests/report.spec.js +99 -0
  58. data/public/js/tests/search_button.spec.js +14 -0
  59. data/public/js/tests/search_query.spec.js +41 -0
  60. data/public/js/visualisation_helpers.js +4 -5
  61. data/public/packages/circosJS@1.7.0.js +1640 -0
  62. data/public/packages/jquery-ui@1.11.4.js +16624 -0
  63. data/public/sequenceserver-report.min.js +2425 -19
  64. data/public/sequenceserver-search.min.js +2337 -11
  65. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-assert@0.1.0/index.js +2 -0
  66. data/public/vendor/github/jspm/{nodelibs-buffer@0.1.0 → nodelibs-assert@0.1.0}/package.json +1 -1
  67. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-assert@0.1.0.js +1 -0
  68. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-buffer@0.1.1/package.json +6 -0
  69. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-buffer@0.1.1.js +1 -0
  70. data/public/vendor/github/jspm/{nodelibs-process@0.1.1 → nodelibs-process@0.1.2}/package.json +2 -2
  71. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-process@0.1.2.js +1 -0
  72. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-vm@0.1.0/index.js +2 -0
  73. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-vm@0.1.0/package.json +6 -0
  74. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-vm@0.1.0.js +1 -0
  75. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/LICENSE-MIT +22 -0
  76. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/README.md +663 -0
  77. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/bower.json +33 -0
  78. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/component.json +28 -0
  79. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/composer.json +46 -0
  80. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/README.md +2 -0
  81. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/basic/index.html +146 -0
  82. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/basic/root.json +1 -0
  83. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/jstree.js +8612 -0
  84. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/jstree.min.js +6 -0
  85. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/32px.png +0 -0
  86. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/40px.png +0 -0
  87. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/style.css +1102 -0
  88. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/style.min.css +1 -0
  89. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/throbber.gif +0 -0
  90. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/32px.png +0 -0
  91. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/40px.png +0 -0
  92. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/style.css +1146 -0
  93. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/style.min.css +1 -0
  94. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/throbber.gif +0 -0
  95. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/gruntfile.js +242 -0
  96. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/jstree.jquery.json +28 -0
  97. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/package.json +58 -0
  98. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/intro.js +14 -0
  99. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.changed.js +69 -0
  100. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.checkbox.js +976 -0
  101. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.conditionalselect.js +38 -0
  102. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.contextmenu.js +661 -0
  103. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.dnd.js +669 -0
  104. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.js +4931 -0
  105. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.massload.js +137 -0
  106. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.search.js +421 -0
  107. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.sort.js +74 -0
  108. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.state.js +138 -0
  109. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.types.js +372 -0
  110. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.unique.js +164 -0
  111. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.wholerow.js +122 -0
  112. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/misc.js +656 -0
  113. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/outro.js +1 -0
  114. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/sample.js +93 -0
  115. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/base.less +93 -0
  116. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/32px.png +0 -0
  117. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/40px.png +0 -0
  118. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/style.css +1102 -0
  119. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/style.less +22 -0
  120. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/throbber.gif +0 -0
  121. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/32px.png +0 -0
  122. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/40px.png +0 -0
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  124. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/style.less +50 -0
  125. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/throbber.gif +0 -0
  126. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/main.less +77 -0
  127. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/mixins.less +104 -0
  128. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/responsive.less +67 -0
  129. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/vakata-jstree.js +38 -0
  130. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/index.html +16 -0
  131. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/libs/qunit.css +244 -0
  132. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/libs/qunit.js +2212 -0
  133. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/test.js +11 -0
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  135. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/visual/mobile/index.html +42 -0
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  139. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/visual/screenshots/mobile/mobile.png +0 -0
  140. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8.js +3 -0
  141. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0/CHANGELOG.md +8 -0
  142. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0/README.md +105 -0
  143. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0/assert.js +327 -0
  144. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0/package.json +32 -0
  145. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0/test.js +288 -0
  146. data/public/vendor/npm/assert@1.5.0.js +1 -0
  147. data/public/vendor/npm/{base64-js@0.0.8/LICENSE.MIT → base64-js@1.5.1/LICENSE} +1 -1
  148. data/public/vendor/npm/{base64-js@0.0.8 → base64-js@1.5.1}/README.md +10 -7
  149. data/public/vendor/npm/base64-js@1.5.1/base64js.min.js +3 -0
  150. data/public/vendor/npm/base64-js@1.5.1/index.d.ts +3 -0
  151. data/public/vendor/npm/base64-js@1.5.1/index.js +151 -0
  152. data/public/vendor/npm/base64-js@1.5.1/package.json +47 -0
  153. data/public/vendor/npm/base64-js@1.5.1.js +1 -0
  154. data/public/vendor/npm/buffer@5.7.1/AUTHORS.md +70 -0
  155. data/public/vendor/npm/{buffer@3.4.3 → buffer@5.7.1}/README.md +111 -41
  156. data/public/vendor/npm/buffer@5.7.1/index.d.ts +186 -0
  157. data/public/vendor/npm/buffer@5.7.1/index.js +1817 -0
  158. data/public/vendor/npm/buffer@5.7.1/package.json +96 -0
  159. data/public/vendor/npm/buffer@5.7.1.js +1 -0
  160. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.3/LICENSE +19 -0
  161. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.3/lib/util.js +64 -0
  162. data/public/vendor/npm/{core-util-is@1.0.1 → core-util-is@1.0.3}/package.json +13 -1
  163. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.3.js +1 -0
  164. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/add-listeners.js +2 -2
  165. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/check-listener-leaks.js +3 -3
  166. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/common.js +1 -1
  167. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/index.js +13 -13
  168. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/listeners-side-effects.js +2 -2
  169. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/listeners.js +2 -2
  170. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/max-listeners.js +2 -2
  171. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/modify-in-emit.js +2 -2
  172. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/num-args.js +2 -2
  173. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/once.js +2 -2
  174. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/remove-all-listeners.js +3 -3
  175. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/remove-listeners.js +3 -3
  176. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/set-max-listeners-side-effects.js +2 -2
  177. data/public/vendor/npm/events@1.0.2/tests/subclass.js +3 -3
  178. data/public/vendor/npm/events@1.0.2.js +1 -1
  179. data/public/vendor/npm/ieee754@1.2.1/LICENSE +11 -0
  180. data/public/vendor/npm/{ieee754@1.1.6 → ieee754@1.2.1}/README.md +12 -8
  181. data/public/vendor/npm/ieee754@1.2.1/index.d.ts +10 -0
  182. data/public/vendor/npm/{ieee754@1.1.6 → ieee754@1.2.1}/index.js +6 -6
  183. data/public/vendor/npm/ieee754@1.2.1/package.json +52 -0
  184. data/public/vendor/npm/ieee754@1.2.1.js +1 -0
  185. data/public/vendor/npm/{is-array@1.0.1 → indexof@0.0.1}/Makefile +3 -3
  186. data/public/vendor/npm/indexof@0.0.1/Readme.md +15 -0
  187. data/public/vendor/npm/indexof@0.0.1/component.json +10 -0
  188. data/public/vendor/npm/indexof@0.0.1/index.js +11 -0
  189. data/public/vendor/npm/indexof@0.0.1/package.json +12 -0
  190. data/public/vendor/npm/indexof@0.0.1.js +1 -0
  191. data/public/vendor/npm/inherits@2.0.1/inherits.js +1 -1
  192. data/public/vendor/npm/inherits@2.0.1.js +1 -1
  193. data/public/vendor/npm/isarray@0.0.1.js +1 -1
  194. data/public/vendor/npm/js-tokens@4.0.0/index.js +23 -0
  195. data/public/vendor/npm/js-tokens@4.0.0/package.json +30 -0
  196. data/public/vendor/npm/js-tokens@4.0.0.js +1 -0
  197. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/LICENSE +21 -0
  198. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/README.md +45 -0
  199. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/cli.js +12 -0
  200. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/custom.js +3 -0
  201. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/index.js +5 -0
  202. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/loose-envify.js +33 -0
  203. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/package.json +36 -0
  204. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0/replace.js +52 -0
  205. data/public/vendor/npm/loose-envify@1.4.0.js +1 -0
  206. data/public/vendor/npm/object-assign@4.1.1/index.js +90 -0
  207. data/public/vendor/npm/object-assign@4.1.1/package.json +42 -0
  208. data/public/vendor/npm/object-assign@4.1.1.js +1 -0
  209. data/public/vendor/npm/path-browserify@0.0.0/index.js +1 -1
  210. data/public/vendor/npm/path-browserify@0.0.0.js +1 -1
  211. data/public/vendor/npm/{process@0.10.1 → process@0.11.10}/README.md +4 -1
  212. data/public/vendor/npm/process@0.11.10/browser.js +184 -0
  213. data/public/vendor/npm/{process@0.10.1 → process@0.11.10}/package.json +10 -1
  214. data/public/vendor/npm/process@0.11.10/test.js +185 -0
  215. data/public/vendor/npm/process@0.11.10.js +1 -0
  216. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/LICENSE +21 -0
  217. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/README.md +50 -0
  218. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server-legacy.browser.development.js +4771 -0
  219. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server-legacy.browser.production.min.js +85 -0
  220. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server-legacy.node.development.js +4813 -0
  221. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server-legacy.node.production.min.js +1705 -0
  222. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server.browser.development.js +4746 -0
  223. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server.browser.production.min.js +90 -0
  224. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server.node.development.js +4714 -0
  225. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-server.node.production.min.js +1746 -0
  226. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-test-utils.development.js +1017 -0
  227. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom-test-utils.production.min.js +617 -0
  228. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom.development.js +20092 -0
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  230. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/cjs/react-dom.profiling.min.js +364 -0
  231. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/client.js +27 -0
  232. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/index.js +23 -0
  233. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/package.json +62 -0
  234. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/profiling.js +23 -0
  235. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/server.browser.js +19 -0
  236. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/server.js +3 -0
  237. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/server.node.js +19 -0
  238. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/test-utils.js +9 -0
  239. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-server-legacy.browser.development.js +4770 -0
  240. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-server-legacy.browser.production.min.js +72 -0
  241. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-server.browser.development.js +4745 -0
  242. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-server.browser.production.min.js +74 -0
  243. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-test-utils.development.js +1013 -0
  244. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom-test-utils.production.min.js +625 -0
  245. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom.development.js +20106 -0
  246. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom.production.min.js +269 -0
  247. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0/umd/react-dom.profiling.min.js +285 -0
  248. data/public/vendor/npm/react-dom@18.0.0.js +1 -0
  249. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/LICENSE +21 -0
  250. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/README.md +13 -0
  251. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-dev-runtime.development.js +837 -0
  252. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-dev-runtime.production.min.js +10 -0
  253. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-dev-runtime.profiling.min.js +10 -0
  254. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-runtime.development.js +849 -0
  255. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-runtime.production.min.js +38 -0
  256. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react-jsx-runtime.profiling.min.js +38 -0
  257. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react.development.js +1746 -0
  258. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react.production.min.js +26 -0
  259. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react.shared-subset.development.js +10 -0
  260. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/cjs/react.shared-subset.production.min.js +12 -0
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  267. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/umd/react.production.min.js +33 -0
  268. data/public/vendor/npm/react@18.0.0/umd/react.profiling.min.js +33 -0
  269. data/public/vendor/npm/react@18.0.0.js +1 -0
  270. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/LICENSE +18 -0
  271. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/duplex.js +2 -0
  272. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/lib/_stream_duplex.js +5 -5
  273. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/lib/_stream_passthrough.js +3 -3
  274. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/lib/_stream_readable.js +10 -10
  275. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/lib/_stream_transform.js +4 -4
  276. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/lib/_stream_writable.js +6 -6
  277. data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/package.json +1 -1
  278. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/passthrough.js +2 -0
  279. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/readable.js +13 -0
  280. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/transform.js +2 -0
  281. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14/writable.js +2 -0
  282. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.14.js +1 -0
  283. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/LICENSE +21 -0
  284. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/README.md +9 -0
  285. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler-unstable_mock.development.js +530 -0
  286. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler-unstable_mock.production.min.js +20 -0
  287. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler-unstable_post_task.development.js +153 -0
  288. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler-unstable_post_task.production.min.js +14 -0
  289. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler.development.js +444 -0
  290. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/cjs/scheduler.production.min.js +19 -0
  291. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/index.js +9 -0
  292. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/package.json +36 -0
  293. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/umd/scheduler-unstable_mock.development.js +701 -0
  294. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/umd/scheduler-unstable_mock.production.min.js +21 -0
  295. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/umd/scheduler.development.js +154 -0
  296. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/umd/scheduler.production.min.js +148 -0
  297. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/umd/scheduler.profiling.min.js +148 -0
  298. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/unstable_mock.js +9 -0
  299. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0/unstable_post_task.js +9 -0
  300. data/public/vendor/npm/scheduler@0.21.0.js +1 -0
  301. data/public/vendor/npm/stream-browserify@1.0.0/index.js +7 -7
  302. data/public/vendor/npm/stream-browserify@1.0.0/test/buf.js +5 -5
  303. data/public/vendor/npm/stream-browserify@1.0.0.js +1 -1
  304. data/public/vendor/npm/string_decoder@0.10.31/index.js +2 -2
  305. data/public/vendor/npm/string_decoder@0.10.31.js +1 -1
  306. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/support/isBuffer.js +1 -1
  307. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/browser/inspect.js +2 -2
  308. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/browser/is.js +3 -3
  309. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/node/debug.js +4 -4
  310. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/node/format.js +2 -2
  311. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/node/inspect.js +3 -3
  312. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/node/log.js +3 -3
  313. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/test/node/util.js +3 -3
  314. data/public/vendor/npm/util@0.10.3/util.js +3 -3
  315. data/public/vendor/npm/util@0.10.3.js +1 -1
  316. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/LICENSE +18 -0
  317. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/example/run/bundle.js +376 -0
  318. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/example/run/entry.js +6 -0
  319. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/example/run/index.html +9 -0
  320. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/example/run/server.js +6 -0
  321. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/index.js +139 -0
  322. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/package.json +46 -0
  323. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/readme.markdown +67 -0
  324. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4/test/vm.js +34 -0
  325. data/public/vendor/npm/vm-browserify@0.0.4.js +1 -0
  326. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/Gruntfile.js +4 -4
  327. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/build/combobuild.js +2 -2
  328. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/color-picker.js +1 -1
  329. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/10.js +1 -1
  330. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/11.js +1 -1
  331. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/17.js +1 -1
  332. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/5.js +1 -1
  333. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/6.js +1 -1
  334. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/combos/9.js +1 -1
  335. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/es6.js +1 -1
  336. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/excanvas.js +1 -1
  337. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/form-number-date-ui.js +1 -1
  338. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/moxie/js/moxie-html4.js +1 -1
  339. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/moxie/js/moxie-swf.js +1 -1
  340. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/dev/shims/sizzle.js +1 -1
  341. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/js-webshim/minified/shims/es6.js +1 -1
  342. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/color-picker.js +1 -1
  343. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/10.js +1 -1
  344. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/11.js +1 -1
  345. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/17.js +1 -1
  346. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/5.js +1 -1
  347. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/6.js +1 -1
  348. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/combos/9.js +1 -1
  349. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/es6.js +1 -1
  350. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/excanvas.js +1 -1
  351. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/form-number-date-ui.js +1 -1
  352. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/moxie/js/moxie-html4.js +1 -1
  353. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/moxie/js/moxie-swf.js +1 -1
  354. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/src/shims/sizzle.js +1 -1
  355. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/dist/jquery.js +1 -1
  356. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/jquery/unit/core.js +1 -1
  357. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/jquery/unit/event.js +1388 -711
  358. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/qunit/qunit.js +1 -1
  359. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/test-ext/jquery-1-custom.js +1 -1
  360. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/test-ext/jquery-2-custom.js +1 -1
  361. data/public/vendor/npm/webshim@1.15.8/tests/test-ext/punycode.js +1 -1
  362. data/public/vendor/system-csp-production.js +3 -3
  363. data/public/vendor/system-csp-production.js.map +1 -1
  364. data/public/vendor/system-csp-production.src.js +146 -140
  365. data/public/vendor/system-polyfills.js +865 -1
  366. data/public/vendor/system-polyfills.js.map +1 -1
  367. data/public/vendor/system-polyfills.src.js +1 -0
  368. data/public/vendor/system.js +3 -3
  369. data/public/vendor/system.js.map +1 -1
  370. data/public/vendor/system.src.js +4771 -2383
  371. data/views/blastn_options.erb +291 -0
  372. data/views/blastp_options.erb +288 -0
  373. data/views/blastx_options.erb +318 -0
  374. data/views/error.erb +12 -0
  375. data/views/layout.erb +18 -47
  376. data/views/report.erb +0 -8
  377. data/views/search.erb +16 -9
  378. data/views/tblastn_options.erb +266 -0
  379. data/views/tblastx_options.erb +291 -0
  380. metadata +362 -424
  381. data/bin/chromedriver +0 -0
  382. data/bin/geckodriver +0 -0
  383. data/public/shims/form-core.js +0 -3
  384. data/public/shims/form-validation.js +0 -3
  385. data/public/shims/plugins/jquery.ui.position.js +0 -13
  386. data/public/shims/styles/shim.css +0 -1
  387. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-buffer@0.1.0.js +0 -1
  388. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-module@0.1.0/index.js +0 -1
  389. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-module@0.1.0.js +0 -1
  390. data/public/vendor/github/jspm/nodelibs-process@0.1.1.js +0 -1
  391. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0/LICENSE +0 -58
  392. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0/README.md +0 -171
  393. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0/amdefine.js +0 -200
  394. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0/intercept.js +0 -24
  395. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0/package.json +0 -16
  396. data/public/vendor/npm/amdefine@1.0.0.js +0 -1
  397. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1/LICENSE +0 -20
  398. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1/Readme.md +0 -30
  399. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1/base62.js +0 -28
  400. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1/package.json +0 -21
  401. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1/test/test.js +0 -13
  402. data/public/vendor/npm/base62@0.1.1.js +0 -1
  403. data/public/vendor/npm/base64-js@0.0.8/lib/b64.js +0 -125
  404. data/public/vendor/npm/base64-js@0.0.8/package.json +0 -34
  405. data/public/vendor/npm/base64-js@0.0.8/test/convert.js +0 -39
  406. data/public/vendor/npm/base64-js@0.0.8/test/url-safe.js +0 -15
  407. data/public/vendor/npm/base64-js@0.0.8.js +0 -1
  408. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/index.js +0 -1533
  409. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/package.json +0 -67
  410. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/_polyfill.js +0 -152
  411. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/base64.js +0 -33
  412. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/basic.js +0 -58
  413. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/compare.js +0 -53
  414. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/constructor.js +0 -132
  415. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/deprecated.js +0 -21
  416. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/from-string.js +0 -105
  417. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/methods.js +0 -109
  418. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/README.txt +0 -1
  419. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer-ascii.js +0 -20
  420. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer-bytelength.js +0 -38
  421. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer-concat.js +0 -26
  422. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer-indexof.js +0 -78
  423. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer-inspect.js +0 -31
  424. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node/test-buffer.js +0 -804
  425. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node-es6/README.txt +0 -1
  426. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node-es6/test-buffer-arraybuffer.js +0 -37
  427. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/node-es6/test-buffer-iterator.js +0 -32
  428. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/slice.js +0 -33
  429. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/static.js +0 -32
  430. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/to-string.js +0 -106
  431. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3/test/write.js +0 -90
  432. data/public/vendor/npm/buffer@3.4.3.js +0 -1
  433. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.1/float.patch +0 -604
  434. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.1/lib/util.js +0 -66
  435. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.1/util.js +0 -66
  436. data/public/vendor/npm/core-util-is@1.0.1.js +0 -1
  437. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/README.md +0 -145
  438. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/bin/envify +0 -17
  439. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/custom.js +0 -33
  440. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/index.js +0 -4
  441. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/package.json +0 -35
  442. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0/visitors.js +0 -33
  443. data/public/vendor/npm/envify@3.4.0.js +0 -1
  444. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/bin/esparse.js +0 -90
  445. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/bin/esvalidate.js +0 -145
  446. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/esprima.js +0 -6191
  447. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/package.json +0 -72
  448. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/test/compat.js +0 -167
  449. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/test/reflect.js +0 -421
  450. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/test/run.js +0 -34
  451. data/public/vendor/npm/esprima-fb@13001.1001.0-dev-harmony-fb/test/runner.js +0 -418
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  530. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/DOMChildrenOperations.js +0 -57
  531. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/DOMProperty.js +0 -96
  532. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/DOMPropertyOperations.js +0 -99
  533. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/Danger.js +0 -67
  534. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/DefaultEventPluginOrder.js +0 -5
  535. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EnterLeaveEventPlugin.js +0 -69
  536. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventConstants.js +0 -55
  537. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventListener.js +0 -34
  538. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventPluginHub.js +0 -103
  539. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventPluginRegistry.js +0 -115
  540. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventPluginUtils.js +0 -121
  541. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/EventPropagators.js +0 -62
  542. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ExecutionEnvironment.js +0 -42
  543. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/FallbackCompositionState.js +0 -45
  544. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/HTMLDOMPropertyConfig.js +0 -155
  545. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/LinkedStateMixin.js +0 -8
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  547. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/LocalEventTrapMixin.js +0 -26
  548. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/MobileSafariClickEventPlugin.js +0 -17
  549. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/Object.assign.js +0 -47
  550. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/PooledClass.js +0 -75
  551. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/React.js +0 -93
  552. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactBrowserComponentMixin.js +0 -7
  553. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactBrowserEventEmitter.js +0 -136
  554. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactCSSTransitionGroup.js +0 -34
  555. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactCSSTransitionGroupChild.js +0 -92
  556. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactChildReconciler.js +0 -57
  557. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactChildren.js +0 -67
  558. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactClass.js +0 -338
  559. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactComponent.js +0 -50
  560. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactComponentBrowserEnvironment.js +0 -14
  561. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactComponentEnvironment.js +0 -19
  562. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactComponentWithPureRenderMixin.js +0 -7
  563. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactCompositeComponent.js +0 -374
  564. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactContext.js +0 -27
  565. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactCurrentOwner.js +0 -32
  566. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOM.js +0 -146
  567. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMButton.js +0 -35
  568. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMComponent.js +0 -267
  569. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMForm.js +0 -21
  570. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMIDOperations.js +0 -63
  571. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMIframe.js +0 -20
  572. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMImg.js +0 -21
  573. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMInput.js +0 -94
  574. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMOption.js +0 -23
  575. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMSelect.js +0 -112
  576. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMSelection.js +0 -103
  577. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMTextComponent.js +0 -38
  578. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDOMTextarea.js +0 -70
  579. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDefaultBatchingStrategy.js +0 -37
  580. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDefaultInjection.js +0 -93
  581. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDefaultPerf.js +0 -183
  582. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactDefaultPerfAnalysis.js +0 -145
  583. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactElement.js +0 -151
  584. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactElementValidator.js +0 -218
  585. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactEmptyComponent.js +0 -47
  586. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactErrorUtils.js +0 -30
  587. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactEventEmitterMixin.js +0 -12
  588. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactEventListener.js +0 -93
  589. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactFragment.js +0 -110
  590. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactInjection.js +0 -27
  591. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactInputSelection.js +0 -75
  592. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactInstanceHandles.js +0 -113
  593. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactInstanceMap.js +0 -47
  594. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactLifeCycle.js +0 -9
  595. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactLink.js +0 -16
  596. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactMarkupChecksum.js +0 -17
  597. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactMount.js +0 -347
  598. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactMultiChild.js +0 -190
  599. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactMultiChildUpdateTypes.js +0 -10
  600. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactNativeComponent.js +0 -53
  601. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactOwner.js +0 -21
  602. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPerf.js +0 -42
  603. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPropTransferer.js +0 -40
  604. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPropTypeLocationNames.js +0 -13
  605. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPropTypeLocations.js +0 -9
  606. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPropTypes.js +0 -225
  607. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactPutListenerQueue.js +0 -31
  608. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactReconcileTransaction.js +0 -66
  609. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactReconciler.js +0 -44
  610. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactRef.js +0 -36
  611. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactRootIndex.js +0 -29
  612. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactServerRendering.js +0 -44
  613. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactServerRenderingTransaction.js +0 -47
  614. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactStateSetters.js +0 -104
  615. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactTestUtils.js +0 -249
  616. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactTransitionChildMapping.js +0 -53
  617. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactTransitionEvents.js +0 -68
  618. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactTransitionGroup.js +0 -140
  619. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactUpdateQueue.js +0 -107
  620. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactUpdates.js +0 -139
  621. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ReactWithAddons.js +0 -30
  622. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SVGDOMPropertyConfig.js +0 -76
  623. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SelectEventPlugin.js +0 -91
  624. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ServerReactRootIndex.js +0 -29
  625. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SimpleEventPlugin.js +0 -287
  626. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticClipboardEvent.js +0 -11
  627. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticCompositionEvent.js +0 -9
  628. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticDragEvent.js +0 -9
  629. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticEvent.js +0 -90
  630. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticFocusEvent.js +0 -9
  631. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticInputEvent.js +0 -9
  632. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticKeyboardEvent.js +0 -43
  633. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticMouseEvent.js +0 -38
  634. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticTouchEvent.js +0 -19
  635. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticUIEvent.js +0 -29
  636. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/SyntheticWheelEvent.js +0 -18
  637. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/Transaction.js +0 -90
  638. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/ViewportMetrics.js +0 -27
  639. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/accumulateInto.js +0 -26
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  652. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/escapeTextContentForBrowser.js +0 -38
  653. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/findDOMNode.js +0 -31
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  659. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/getEventKey.js +0 -72
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  664. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/getNodeForCharacterOffset.js +0 -73
  665. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/getReactRootElementInContainer.js +0 -33
  666. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/getTextContentAccessor.js +0 -11
  667. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/getUnboundedScrollPosition.js +0 -38
  668. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/hyphenate.js +0 -31
  669. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/hyphenateStyleName.js +0 -8
  670. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/instantiateReactComponent.js +0 -55
  671. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/invariant.js +0 -26
  672. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/isEventSupported.js +0 -24
  673. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/isNode.js +0 -25
  674. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/isTextInputElement.js +0 -41
  675. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/isTextNode.js +0 -6
  676. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/joinClasses.js +0 -39
  677. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/keyMirror.js +0 -18
  678. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/keyOf.js +0 -34
  679. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/mapObject.js +0 -51
  680. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/memoizeStringOnly.js +0 -31
  681. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/onlyChild.js +0 -11
  682. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/performance.js +0 -8
  683. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/performanceNow.js +0 -7
  684. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/quoteAttributeValueForBrowser.js +0 -7
  685. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/setInnerHTML.js +0 -40
  686. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/setTextContent.js +0 -16
  687. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/shallowEqual.js +0 -42
  688. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/shouldUpdateReactComponent.js +0 -51
  689. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/toArray.js +0 -21
  690. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/traverseAllChildren.js +0 -104
  691. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/update.js +0 -78
  692. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/lib/warning.js +0 -34
  693. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/package.json +0 -34
  694. data/public/vendor/npm/react@0.13.3/react.js +0 -2
  695. data/public/vendor/npm/react@0.13.3.js +0 -1
  696. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13/duplex.js +0 -2
  697. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13/passthrough.js +0 -2
  698. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13/readable.js +0 -8
  699. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13/transform.js +0 -2
  700. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13/writable.js +0 -2
  701. data/public/vendor/npm/readable-stream@1.1.13.js +0 -1
  702. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/CHANGELOG.md +0 -112
  703. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/LICENSE +0 -28
  704. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/Makefile.dryice.js +0 -89
  705. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/README.md +0 -434
  706. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/assert-shim.js +0 -58
  707. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/mini-require.js +0 -154
  708. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/prefix-source-map.jsm +0 -20
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  710. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/suffix-browser.js +0 -8
  711. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/suffix-source-map.jsm +0 -6
  712. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/suffix-utils.jsm +0 -21
  713. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/test-prefix.js +0 -10
  714. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/build/test-suffix.js +0 -5
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  717. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/lib/source-map/base64.js +0 -44
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  720. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/lib/source-map/source-map-generator.js +0 -231
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  723. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/lib/source-map.js +0 -4
  724. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/package.json +0 -52
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  731. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31/test/source-map/test-dog-fooding.js +0 -76
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  736. data/public/vendor/npm/source-map@0.1.31.js +0 -1
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  749. data/views/_options.erb +0 -135
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  755. /data/public/vendor/npm/{process@0.10.1 → process@0.11.10}/LICENSE +0 -0
  756. /data/public/vendor/npm/{process@0.10.1 → process@0.11.10}/index.js +0 -0
  757. /data/public/vendor/npm/{readable-stream@1.1.13 → readable-stream@1.1.14}/README.md +0 -0
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data/public/css/grapher.css CHANGED
@@ -2,15 +2,18 @@
2
2
  .grapher {
3
3
  margin: 0;
4
4
  }
5
+
5
6
  .grapher-header {
6
7
  padding-right: 1px;
7
8
  }
9
+
8
10
  .caption {
9
11
  display: inline-block;
10
12
  padding: 0 0 0 1px;
11
13
  margin: 0 0;
12
14
  cursor: pointer;
13
15
  }
16
+
14
17
  .graph-links {
15
18
  float: right;
16
19
  text-align: right;
@@ -21,9 +24,10 @@
21
24
 
22
25
  /* Font used within the graph */
23
26
  svg text {
24
- font-family: "Source sans pro","Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;
27
+ font-family: "Source sans pro", "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;
25
28
  font-size: 10px;
26
29
  }
30
+
27
31
  /* Thin, black axes. */
28
32
  svg .axis path,
29
33
  .axis line {
@@ -32,7 +36,6 @@ svg .axis path,
32
36
  shape-rendering: crispEdges;
33
37
  }
34
38
 
35
-
36
39
  /** Specific styles for each graph. **/
37
40
 
38
41
  .grapher.circos .caption {
@@ -50,6 +53,7 @@ svg .axis path,
50
53
  .length-distribution.svg-container {
51
54
  height: 150px;
52
55
  }
56
+
53
57
  svg .bar:hover {
54
58
  fill: orangered;
55
59
  }
@@ -58,609 +62,609 @@ svg .bar:hover {
58
62
  .kablammo.svg-container {
59
63
  height: 150px;
60
64
  }
65
+
61
66
  .polygon:hover {
62
67
  font-weight: bold;
63
68
  }
64
69
 
65
-
66
70
  /**
67
71
  * These are taken from Kablammo project I think and are necessary for
68
72
  * downloading functionality.
69
73
  */
70
- svg .RdYlBu .q0-2{fill:rgb(252,141,89)}
71
- svg .RdYlBu .q1-2{fill:rgb(255,255,191)}
72
-
73
- svg .RdYlBu .q0-3{fill:rgb(252,141,89)}
74
- svg .RdYlBu .q1-3{fill:rgb(255,255,191)}
75
- svg .RdYlBu .q2-3{fill:rgb(145,191,219)}
76
-
77
- svg .RdYlBu .q0-4{fill:rgb(215,25,28)}
78
- svg .RdYlBu .q1-4{fill:rgb(253,174,97)}
79
- svg .RdYlBu .q2-4{fill:rgb(171,217,233)}
80
- svg .RdYlBu .q3-4{fill:rgb(44,123,182)}
81
-
82
- svg .RdYlBu .q0-5{fill:rgb(215,25,28)}
83
- svg .RdYlBu .q1-5{fill:rgb(253,174,97)}
84
- svg .RdYlBu .q2-5{fill:rgb(255,255,191)}
85
- svg .RdYlBu .q3-5{fill:rgb(171,217,233)}
86
- svg .RdYlBu .q4-5{fill:rgb(44,123,182)}
87
-
88
- svg .RdYlBu .q0-6{fill:rgb(215,48,39)}
89
- svg .RdYlBu .q1-6{fill:rgb(252,141,89)}
90
- svg .RdYlBu .q2-6{fill:rgb(254,224,144)}
91
- svg .RdYlBu .q3-6{fill:rgb(224,243,248)}
92
- svg .RdYlBu .q4-6{fill:rgb(145,191,219)}
93
- svg .RdYlBu .q5-6{fill:rgb(69,117,180)}
94
-
95
- svg .RdYlBu .q0-7{fill:rgb(215,48,39)}
96
- svg .RdYlBu .q1-7{fill:rgb(252,141,89)}
97
- svg .RdYlBu .q2-7{fill:rgb(254,224,144)}
98
- svg .RdYlBu .q3-7{fill:rgb(255,255,191)}
99
- svg .RdYlBu .q4-7{fill:rgb(224,243,248)}
100
- svg .RdYlBu .q5-7{fill:rgb(145,191,219)}
101
- svg .RdYlBu .q6-7{fill:rgb(69,117,180)}
102
-
103
- svg .RdYlBu .q0-8{fill:rgb(215,48,39)}
104
- svg .RdYlBu .q1-8{fill:rgb(244,109,67)}
105
- svg .RdYlBu .q2-8{fill:rgb(253,174,97)}
106
- svg .RdYlBu .q3-8{fill:rgb(254,224,144)}
107
- svg .RdYlBu .q4-8{fill:rgb(224,243,248)}
108
- svg .RdYlBu .q5-8{fill:rgb(171,217,233)}
109
- svg .RdYlBu .q6-8{fill:rgb(116,173,209)}
110
- svg .RdYlBu .q7-8{fill:rgb(69,117,180)}
111
-
112
- svg .RdYlBu .q0-9{fill:rgb(215,48,39)}
113
- svg .RdYlBu .q1-9{fill:rgb(244,109,67)}
114
- svg .RdYlBu .q2-9{fill:rgb(253,174,97)}
115
- svg .RdYlBu .q3-9{fill:rgb(254,224,144)}
116
- svg .RdYlBu .q4-9{fill:rgb(255,255,191)}
117
- svg .RdYlBu .q5-9{fill:rgb(224,243,248)}
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- svg .RdYlBu .q6-9{fill:rgb(171,217,233)}
119
- svg .RdYlBu .q7-9{fill:rgb(116,173,209)}
120
- svg .RdYlBu .q8-9{fill:rgb(69,117,180)}
121
-
122
- svg .RdYlBu .q0-10{fill:rgb(165,0,38)}
123
- svg .RdYlBu .q1-10{fill:rgb(215,48,39)}
124
- svg .RdYlBu .q2-10{fill:rgb(244,109,67)}
125
- svg .RdYlBu .q3-10{fill:rgb(253,174,97)}
126
- svg .RdYlBu .q4-10{fill:rgb(254,224,144)}
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- svg .RdYlBu .q5-10{fill:rgb(224,243,248)}
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- svg .RdYlBu .q6-10{fill:rgb(171,217,233)}
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- svg .RdYlBu .q7-10{fill:rgb(116,173,209)}
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- svg .RdYlBu .q8-10{fill:rgb(69,117,180)}
131
- svg .RdYlBu .q9-10{fill:rgb(49,54,149)}
132
-
133
- svg .RdYlBu .q0-11{fill:rgb(165,0,38)}
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- svg .RdYlBu .q1-11{fill:rgb(215,48,39)}
135
- svg .RdYlBu .q2-11{fill:rgb(244,109,67)}
136
- svg .RdYlBu .q3-11{fill:rgb(253,174,97)}
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- svg .RdYlBu .q4-11{fill:rgb(254,224,144)}
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- svg .RdYlBu .q5-11{fill:rgb(255,255,191)}
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- svg .RdYlBu .q6-11{fill:rgb(224,243,248)}
140
- svg .RdYlBu .q7-11{fill:rgb(171,217,233)}
141
- svg .RdYlBu .q8-11{fill:rgb(116,173,209)}
142
- svg .RdYlBu .q9-11{fill:rgb(69,117,180)}
143
- svg .RdYlBu .q10-11{fill:rgb(49,54,149)}
74
+ svg .RdYlBu .q0-2 { fill: rgb(252, 141, 89); }
75
+ svg .RdYlBu .q1-2 { fill: rgb(255, 255, 191); }
76
+
77
+ svg .RdYlBu .q0-3 { fill: rgb(252, 141, 89); }
78
+ svg .RdYlBu .q1-3 { fill: rgb(255, 255, 191); }
79
+ svg .RdYlBu .q2-3 { fill: rgb(145, 191, 219); }
80
+
81
+ svg .RdYlBu .q0-4 { fill: rgb(215, 25, 28); }
82
+ svg .RdYlBu .q1-4 { fill: rgb(253, 174, 97); }
83
+ svg .RdYlBu .q2-4 { fill: rgb(171, 217, 233); }
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+ svg .RdYlBu .q3-4 { fill: rgb(44, 123, 182); }
85
+
86
+ svg .RdYlBu .q0-5 { fill: rgb(215, 25, 28); }
87
+ svg .RdYlBu .q1-5 { fill: rgb(253, 174, 97); }
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+ svg .RdYlBu .q2-5 { fill: rgb(255, 255, 191); }
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+ svg .RdYlBu .q4-5 { fill: rgb(44, 123, 182); }
91
+
92
+ svg .RdYlBu .q0-6 { fill: rgb(215, 48, 39); }
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+ svg .RdYlBu .q1-6 { fill: rgb(252, 141, 89); }
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+ svg .RdYlBu .q2-6 { fill: rgb(254, 224, 144); }
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+ svg .RdYlBu .q4-6 { fill: rgb(145, 191, 219); }
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+ svg .RdYlBu .q5-6 { fill: rgb(69, 117, 180); }
98
+
99
+ svg .RdYlBu .q0-7 { fill: rgb(215, 48, 39); }
100
+ svg .RdYlBu .q1-7 { fill: rgb(252, 141, 89); }
101
+ svg .RdYlBu .q2-7 { fill: rgb(254, 224, 144); }
102
+ svg .RdYlBu .q3-7 { fill: rgb(255, 255, 191); }
103
+ svg .RdYlBu .q4-7 { fill: rgb(224, 243, 248); }
104
+ svg .RdYlBu .q5-7 { fill: rgb(145, 191, 219); }
105
+ svg .RdYlBu .q6-7 { fill: rgb(69, 117, 180); }
106
+
107
+ svg .RdYlBu .q0-8 { fill: rgb(215, 48, 39); }
108
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