sequenceserver 2.0.0.rc8 → 2.0.0

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Files changed (116) hide show
  1. checksums.yaml +4 -4
  2. data/bin/sequenceserver +22 -30
  3. data/lib/sequenceserver/api_errors.rb +5 -1
  4. data/lib/sequenceserver/blast/constants.rb +1 -1
  5. data/lib/sequenceserver/blast/hit.rb +5 -16
  6. data/lib/sequenceserver/blast/job.rb +9 -18
  7. data/lib/sequenceserver/blast/report.rb +5 -3
  8. data/lib/sequenceserver/config.rb +4 -1
  9. data/lib/sequenceserver/database.rb +69 -9
  10. data/lib/sequenceserver/job.rb +1 -1
  11. data/lib/sequenceserver/makeblastdb.rb +40 -45
  12. data/lib/sequenceserver/routes.rb +4 -0
  13. data/lib/sequenceserver/version.rb +1 -1
  14. data/lib/sequenceserver.rb +15 -11
  15. data/public/config.js +143 -142
  16. data/public/css/fonts.css +23 -22
  17. data/public/css/grapher.css +598 -594
  18. data/public/css/sequenceserver.css +86 -24
  19. data/public/css/sequenceserver.min.css +2 -2
  20. data/public/js/alignment_exporter.js +14 -14
  21. data/public/js/databases_tree.js +215 -0
  22. data/public/js/download_fasta.js +1 -1
  23. data/public/js/hit.js +6 -2
  24. data/public/js/hits_overview.js +1 -1
  25. data/public/js/length_distribution.js +5 -5
  26. data/public/js/query.js +4 -7
  27. data/public/js/report.js +12 -24
  28. data/public/js/search.js +21 -2
  29. data/public/js/sidebar.js +4 -4
  30. data/public/js/svgExporter.js +12 -12
  31. data/public/js/visualisation_helpers.js +4 -5
  32. data/public/sequenceserver-report.min.js +11 -11
  33. data/public/sequenceserver-search.min.js +15 -11
  34. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/LICENSE-MIT +22 -0
  35. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/README.md +663 -0
  36. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/bower.json +33 -0
  37. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/component.json +28 -0
  38. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/composer.json +46 -0
  39. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/README.md +2 -0
  40. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/basic/index.html +146 -0
  41. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/demo/basic/root.json +1 -0
  42. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/jstree.js +8612 -0
  43. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/jstree.min.js +6 -0
  44. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/32px.png +0 -0
  45. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/40px.png +0 -0
  46. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/style.css +1102 -0
  47. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/style.min.css +1 -0
  48. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default/throbber.gif +0 -0
  49. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/32px.png +0 -0
  50. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/40px.png +0 -0
  51. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/style.css +1146 -0
  52. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/style.min.css +1 -0
  53. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/dist/themes/default-dark/throbber.gif +0 -0
  54. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/gruntfile.js +242 -0
  55. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/jstree.jquery.json +28 -0
  56. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/package.json +58 -0
  57. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/intro.js +14 -0
  58. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.changed.js +69 -0
  59. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.checkbox.js +976 -0
  60. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.conditionalselect.js +38 -0
  61. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.contextmenu.js +661 -0
  62. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.dnd.js +669 -0
  63. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.js +4931 -0
  64. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.massload.js +137 -0
  65. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.search.js +421 -0
  66. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.sort.js +74 -0
  67. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.state.js +138 -0
  68. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.types.js +372 -0
  69. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.unique.js +164 -0
  70. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/jstree.wholerow.js +122 -0
  71. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/misc.js +656 -0
  72. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/outro.js +1 -0
  73. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/sample.js +93 -0
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  75. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/32px.png +0 -0
  76. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default/40px.png +0 -0
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  81. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/40px.png +0 -0
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  83. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/style.less +50 -0
  84. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/default-dark/throbber.gif +0 -0
  85. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/main.less +77 -0
  86. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/mixins.less +104 -0
  87. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/themes/responsive.less +67 -0
  88. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/src/vakata-jstree.js +38 -0
  89. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/index.html +16 -0
  90. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/libs/qunit.css +244 -0
  91. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/libs/qunit.js +2212 -0
  92. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/unit/test.js +11 -0
  93. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/visual/desktop/index.html +44 -0
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  97. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/visual/screenshots/mobile/home.png +0 -0
  98. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8/test/visual/screenshots/mobile/mobile.png +0 -0
  99. data/public/vendor/github/vakata/jstree@3.3.8.js +3 -0
  100. data/public/vendor/system-csp-production.js +3 -3
  101. data/public/vendor/system-csp-production.js.map +1 -1
  102. data/public/vendor/system-csp-production.src.js +146 -140
  103. data/public/vendor/system-polyfills.js.map +1 -1
  104. data/public/vendor/system-polyfills.src.js +1 -0
  105. data/public/vendor/system.js +3 -3
  106. data/public/vendor/system.js.map +1 -1
  107. data/public/vendor/system.src.js +4771 -2383
  108. data/views/_options.erb +21 -0
  109. data/views/layout.erb +17 -18
  110. metadata +102 -43
  111. data/bin/chromedriver +0 -0
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data/public/css/grapher.css CHANGED
@@ -2,15 +2,18 @@
2
2
  .grapher {
3
3
  margin: 0;
4
4
  }
5
+
5
6
  .grapher-header {
6
7
  padding-right: 1px;
7
8
  }
9
+
8
10
  .caption {
9
11
  display: inline-block;
10
12
  padding: 0 0 0 1px;
11
13
  margin: 0 0;
12
14
  cursor: pointer;
13
15
  }
16
+
14
17
  .graph-links {
15
18
  float: right;
16
19
  text-align: right;
@@ -21,9 +24,10 @@
21
24
 
22
25
  /* Font used within the graph */
23
26
  svg text {
24
- font-family: "Source sans pro","Helvetica Neue",Helvetica,Arial,sans-serif;
27
+ font-family: "Source sans pro", "Helvetica Neue", Helvetica, Arial, sans-serif;
25
28
  font-size: 10px;
26
29
  }
30
+
27
31
  /* Thin, black axes. */
28
32
  svg .axis path,
29
33
  .axis line {
@@ -32,7 +36,6 @@ svg .axis path,
32
36
  shape-rendering: crispEdges;
33
37
  }
34
38
 
35
-
36
39
  /** Specific styles for each graph. **/
37
40
 
38
41
  .grapher.circos .caption {
@@ -50,6 +53,7 @@ svg .axis path,
50
53
  .length-distribution.svg-container {
51
54
  height: 150px;
52
55
  }
56
+
53
57
  svg .bar:hover {
54
58
  fill: orangered;
55
59
  }
@@ -58,609 +62,609 @@ svg .bar:hover {
58
62
  .kablammo.svg-container {
59
63
  height: 150px;
60
64
  }
65
+
61
66
  .polygon:hover {
62
67
  font-weight: bold;
63
68
  }
64
69
 
65
-
66
70
  /**
67
71
  * These are taken from Kablammo project I think and are necessary for
68
72
  * downloading functionality.
69
73
  */
70
- svg .RdYlBu .q0-2{fill:rgb(252,141,89)}
71
- svg .RdYlBu .q1-2{fill:rgb(255,255,191)}
72
-
73
- svg .RdYlBu .q0-3{fill:rgb(252,141,89)}
74
- svg .RdYlBu .q1-3{fill:rgb(255,255,191)}
75
- svg .RdYlBu .q2-3{fill:rgb(145,191,219)}
76
-
77
- svg .RdYlBu .q0-4{fill:rgb(215,25,28)}
78
- svg .RdYlBu .q1-4{fill:rgb(253,174,97)}
79
- svg .RdYlBu .q2-4{fill:rgb(171,217,233)}
80
- svg .RdYlBu .q3-4{fill:rgb(44,123,182)}
81
-
82
- svg .RdYlBu .q0-5{fill:rgb(215,25,28)}
83
- svg .RdYlBu .q1-5{fill:rgb(253,174,97)}
84
- svg .RdYlBu .q2-5{fill:rgb(255,255,191)}
85
- svg .RdYlBu .q3-5{fill:rgb(171,217,233)}
86
- svg .RdYlBu .q4-5{fill:rgb(44,123,182)}
87
-
88
- svg .RdYlBu .q0-6{fill:rgb(215,48,39)}
89
- svg .RdYlBu .q1-6{fill:rgb(252,141,89)}
90
- svg .RdYlBu .q2-6{fill:rgb(254,224,144)}
91
- svg .RdYlBu .q3-6{fill:rgb(224,243,248)}
92
- svg .RdYlBu .q4-6{fill:rgb(145,191,219)}
93
- svg .RdYlBu .q5-6{fill:rgb(69,117,180)}
94
-
95
- svg .RdYlBu .q0-7{fill:rgb(215,48,39)}
96
- svg .RdYlBu .q1-7{fill:rgb(252,141,89)}
97
- svg .RdYlBu .q2-7{fill:rgb(254,224,144)}
98
- svg .RdYlBu .q3-7{fill:rgb(255,255,191)}
99
- svg .RdYlBu .q4-7{fill:rgb(224,243,248)}
100
- svg .RdYlBu .q5-7{fill:rgb(145,191,219)}
101
- svg .RdYlBu .q6-7{fill:rgb(69,117,180)}
102
-
103
- svg .RdYlBu .q0-8{fill:rgb(215,48,39)}
104
- svg .RdYlBu .q1-8{fill:rgb(244,109,67)}
105
- svg .RdYlBu .q2-8{fill:rgb(253,174,97)}
106
- svg .RdYlBu .q3-8{fill:rgb(254,224,144)}
107
- svg .RdYlBu .q4-8{fill:rgb(224,243,248)}
108
- svg .RdYlBu .q5-8{fill:rgb(171,217,233)}
109
- svg .RdYlBu .q6-8{fill:rgb(116,173,209)}
110
- svg .RdYlBu .q7-8{fill:rgb(69,117,180)}
111
-
112
- svg .RdYlBu .q0-9{fill:rgb(215,48,39)}
113
- svg .RdYlBu .q1-9{fill:rgb(244,109,67)}
114
- svg .RdYlBu .q2-9{fill:rgb(253,174,97)}
115
- svg .RdYlBu .q3-9{fill:rgb(254,224,144)}
116
- svg .RdYlBu .q4-9{fill:rgb(255,255,191)}
117
- svg .RdYlBu .q5-9{fill:rgb(224,243,248)}
118
- svg .RdYlBu .q6-9{fill:rgb(171,217,233)}
119
- svg .RdYlBu .q7-9{fill:rgb(116,173,209)}
120
- svg .RdYlBu .q8-9{fill:rgb(69,117,180)}
121
-
122
- svg .RdYlBu .q0-10{fill:rgb(165,0,38)}
123
- svg .RdYlBu .q1-10{fill:rgb(215,48,39)}
124
- svg .RdYlBu .q2-10{fill:rgb(244,109,67)}
125
- svg .RdYlBu .q3-10{fill:rgb(253,174,97)}
126
- svg .RdYlBu .q4-10{fill:rgb(254,224,144)}
127
- svg .RdYlBu .q5-10{fill:rgb(224,243,248)}
128
- svg .RdYlBu .q6-10{fill:rgb(171,217,233)}
129
- svg .RdYlBu .q7-10{fill:rgb(116,173,209)}
130
- svg .RdYlBu .q8-10{fill:rgb(69,117,180)}
131
- svg .RdYlBu .q9-10{fill:rgb(49,54,149)}
132
-
133
- svg .RdYlBu .q0-11{fill:rgb(165,0,38)}
134
- svg .RdYlBu .q1-11{fill:rgb(215,48,39)}
135
- svg .RdYlBu .q2-11{fill:rgb(244,109,67)}
136
- svg .RdYlBu .q3-11{fill:rgb(253,174,97)}
137
- svg .RdYlBu .q4-11{fill:rgb(254,224,144)}
138
- svg .RdYlBu .q5-11{fill:rgb(255,255,191)}
139
- svg .RdYlBu .q6-11{fill:rgb(224,243,248)}
140
- svg .RdYlBu .q7-11{fill:rgb(171,217,233)}
141
- svg .RdYlBu .q8-11{fill:rgb(116,173,209)}
142
- svg .RdYlBu .q9-11{fill:rgb(69,117,180)}
143
- svg .RdYlBu .q10-11{fill:rgb(49,54,149)}
74
+ svg .RdYlBu .q0-2 { fill: rgb(252, 141, 89); }
75
+ svg .RdYlBu .q1-2 { fill: rgb(255, 255, 191); }
76
+
77
+ svg .RdYlBu .q0-3 { fill: rgb(252, 141, 89); }
78
+ svg .RdYlBu .q1-3 { fill: rgb(255, 255, 191); }
79
+ svg .RdYlBu .q2-3 { fill: rgb(145, 191, 219); }
80
+
81
+ svg .RdYlBu .q0-4 { fill: rgb(215, 25, 28); }
82
+ svg .RdYlBu .q1-4 { fill: rgb(253, 174, 97); }
83
+ svg .RdYlBu .q2-4 { fill: rgb(171, 217, 233); }
84
+ svg .RdYlBu .q3-4 { fill: rgb(44, 123, 182); }
85
+
86
+ svg .RdYlBu .q0-5 { fill: rgb(215, 25, 28); }
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+ svg .RdYlBu .q1-5 { fill: rgb(253, 174, 97); }
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+ svg .RdYlBu .q2-5 { fill: rgb(255, 255, 191); }
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+ svg .RdYlBu .q3-5 { fill: rgb(171, 217, 233); }
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+ svg .RdYlBu .q4-5 { fill: rgb(44, 123, 182); }
91
+
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+ svg .RdYlBu .q0-6 { fill: rgb(215, 48, 39); }
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+ svg .RdYlBu .q1-6 { fill: rgb(252, 141, 89); }
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+ svg .RdYlBu .q2-6 { fill: rgb(254, 224, 144); }
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+ svg .RdYlBu .q4-6 { fill: rgb(145, 191, 219); }
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+ svg .RdYlBu .q5-6 { fill: rgb(69, 117, 180); }
98
+
99
+ svg .RdYlBu .q0-7 { fill: rgb(215, 48, 39); }
100
+ svg .RdYlBu .q1-7 { fill: rgb(252, 141, 89); }
101
+ svg .RdYlBu .q2-7 { fill: rgb(254, 224, 144); }
102
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