graphica-plot 2.0.0__py3-none-any.whl

graphica/core/app_paths.py

@@ -0,0 +1,35 @@
+"""
+書き込み可能なユーザー単位のフォルダ(Windows では %LOCALAPPDATA%\\Graphica 配下)。
+
+読み取り専用の同梱リソースは resource_path() で読む。インストール先(Program Files)は
+書き込めないので、アプリが書くものは必ずここに置く。カレントディレクトリには依存しない。
+"""
+import os
+import re
+
+from graphica.core.version import APP_NAME
+
+
+def get_app_data_dir() -> str:
+    """無ければ作る。LOCALAPPDATA の無い環境では ~/.local/share/Graphica。"""
+    base = os.environ.get('LOCALAPPDATA')
+    if not base:
+        base = os.environ.get('XDG_DATA_HOME') or os.path.join(os.path.expanduser('~'), '.local', 'share')
+    app_dir = os.path.join(base, APP_NAME)
+    os.makedirs(app_dir, exist_ok=True)
+    return app_dir
+
+
+def get_user_plugins_dir() -> str:
+    """利用者が zip から入れたプラグインの置き場所。無ければ作る。"""
+    plugins_dir = os.path.join(get_app_data_dir(), 'plugins')
+    os.makedirs(plugins_dir, exist_ok=True)
+    return plugins_dir
+
+
+def get_plugin_data_dir(plugin_name: str) -> str:
+    """プラグインごとの書き込み用フォルダ。無ければ作る。名前はフォルダ名に使える文字だけ残す。"""
+    safe_name = re.sub(r'[^\w.-]', '_', plugin_name).strip('.') or '_'
+    data_dir = os.path.join(get_app_data_dir(), 'plugin_data', safe_name)
+    os.makedirs(data_dir, exist_ok=True)
+    return data_dir

graphica/core/axis_settings.py

@@ -0,0 +1,128 @@
+"""
+1つの軸の設定(保存形式は文字列キーの辞書)のキーと既定値。
+
+キーを持たない古いプロジェクトは、画面に戻すときも描画するときもここの既定値で読む。
+既定値を変えると既存のプロジェクトの見た目が変わるので、変えるときは保存形式の移行として扱う。
+"""
+import copy
+
+from graphica.core.unit_conversion import X_AXIS_UNIT_NONE
+from typing import Any
+
+AXIS_SETTING_DEFAULTS = {
+    'title': '',
+    'x_label': '',
+    'y_label': '',
+    'x_label_visible': True,
+    'y_label_visible': True,
+    'y2_label': '',
+
+    'x_autoscale': True,
+    'x_min': 0,
+    'x_max': 1,
+    'x_log': False,
+    'x_invert': False,
+    'x_major_tick_mode': 0,
+    'x_major_tick_interval': 1,
+    'x_minor_ticks_visible': False,
+    'x_minor_tick_interval': 0.5,
+    'x_log_minor_subs': 'auto',
+    'x_log_minor_labels': False,
+    'x_tick_format_mode': 0,
+    'x_tick_decimals': -1,
+    'x_secondary_axis_source_unit': X_AXIS_UNIT_NONE,
+    'x_secondary_axis_target_unit': X_AXIS_UNIT_NONE,
+
+    'y_autoscale': True,
+    'y_min': 0,
+    'y_max': 1,
+    'y_log': False,
+    'y_invert': False,
+    'y_major_tick_mode': 0,
+    'y_major_tick_interval': 1,
+    'y_minor_ticks_visible': False,
+    'y_minor_tick_interval': 0.5,
+    'y_log_minor_subs': 'auto',
+    'y_log_minor_labels': False,
+    'y_tick_format_mode': 0,
+    'y_tick_decimals': -1,
+
+    'legend_visible': True,
+    'legend_loc': 'best',
+    'grid_visible': False,
+    'minor_grid_visible': False,
+    'x_major_grid_linestyle': '-',
+    'x_major_grid_width': 0.8,
+    'x_major_grid_alpha': 1.0,
+    'x_minor_grid_linestyle': '--',
+    'x_minor_grid_width': 0.5,
+    'x_minor_grid_alpha': 1.0,
+    'y_major_grid_linestyle': '-',
+    'y_major_grid_width': 0.8,
+    'y_major_grid_alpha': 1.0,
+    'y_minor_grid_linestyle': '--',
+    'y_minor_grid_width': 0.5,
+    'y_minor_grid_alpha': 1.0,
+    'major_tick_direction': 'out',
+    'minor_tick_direction': 'out',
+    'major_tick_direction_y2': 'out',
+    'minor_tick_direction_y2': 'out',
+    'x_ticks_visible': True,
+    'x_tick_labels_visible': True,
+    'y_ticks_visible': True,
+    'y_tick_labels_visible': True,
+
+    # フォントは {family, size, weight, style}。空なら画面側・描画側の既定のフォント
+    'tick_font': {},
+    'tick_color': '#000000',
+    'tick_width': 0.8,
+    # matplotlib の既定(xtick.major.size)と同じ。-1(負値)の補助目盛は「主目盛から自動」
+    'major_tick_length': 3.5,
+    'minor_tick_length': -1,
+    'axis_label_font': {},
+    'axis_label_color': '#000000',
+    'legend_font': {},
+    'legend_color': '#000000',
+    'spine_width': 1.0,
+    'spine_color': '#000000',
+
+    'colorbar_enabled': True,
+    'colorbar_position': 'right',
+    'colorbar_width_fraction': 0.05,
+    'colorbar_label': '',
+
+    # 画面の欄を持たず、操作から直接書き込まれるもの
+    'annotations': [],
+    'legend_order': [],
+    'free_rect': None,
+    'legend_position': None,
+    # 第 2 Y 軸(主の Y 軸と同じ意味)。既定は範囲・目盛りとも自動
+    'y2_autoscale': True,
+    'y2_min': 0,
+    'y2_max': 1,
+    'y2_log': False,
+    'y2_invert': False,
+    'y2_major_tick_mode': 0,
+    'y2_major_tick_interval': 1,
+    'y2_minor_ticks_visible': False,
+    'y2_minor_tick_interval': 0.5,
+}
+
+# 軸ごとに分ける前の共通キー。新しいキーが無いプロジェクトでは、その値を X/Y 両方に使う。
+LEGACY_FALLBACK_KEYS = {
+    'x_ticks_visible': 'ticks_visible',
+    'y_ticks_visible': 'ticks_visible',
+    'x_tick_labels_visible': 'tick_labels_visible',
+    'y_tick_labels_visible': 'tick_labels_visible',
+}
+
+
+def axis_setting(settings: dict[str, Any], key: str) -> Any:
+    """settings の key の値。無ければ(古いキーがあればその値、それも無ければ)既定値。"""
+    if key in settings:
+        return settings[key]
+    legacy_key = LEGACY_FALLBACK_KEYS.get(key)
+    if legacy_key is not None and legacy_key in settings:
+        return settings[legacy_key]
+    # 既定値のリストや辞書を呼び出し側が書き換えても、既定値が変わらないように
+    return copy.deepcopy(AXIS_SETTING_DEFAULTS[key])

graphica/core/caption_export.py

@@ -0,0 +1,47 @@
+"""論文用の LaTeX のコードとキャプションを作る。GUI には依存しない。"""
+import re
+
+# 1文字ずつ1回だけ置き換える(順に replace すると、置き換えで生まれた \ まで二重にエスケープしてしまう)
+_LATEX_SPECIAL_CHARS = {
+    '\\': r'\textbackslash{}',
+    '{': r'\{',
+    '}': r'\}',
+    '$': r'\$',
+    '&': r'\&',
+    '%': r'\%',
+    '#': r'\#',
+    '_': r'\_',
+    '~': r'\textasciitilde{}',
+    '^': r'\textasciicircum{}',
+}
+
+DEFAULT_WIDTH = r'\linewidth'
+
+
+def escape_latex(text: str) -> str:
+    if not text:
+        return ''
+    return ''.join(_LATEX_SPECIAL_CHARS.get(ch, ch) for ch in text)
+
+
+def sanitize_label(text: str, prefix: str = 'fig:') -> str:
+    """タイトルなどから \\label{} に使える文字列を作る(英数字・-・_ だけ残す)。何も残らなければ既定の名前。"""
+    cleaned = re.sub(r'[^A-Za-z0-9_-]+', '', (text or '').strip().replace(' ', '-'))
+    # 日本語だけのタイトルなどで、ハイフンだけの意味の無いラベルにならないように
+    if not re.search(r'[A-Za-z0-9]', cleaned):
+        return f"{prefix}plot"
+    return f"{prefix}{cleaned}"
+
+
+def generate_latex_figure(image_filename: str, caption: str, label: str, width: str = DEFAULT_WIDTH) -> str:
+    """figure 環境一式。image_filename が空なら 'figure.pdf'(後で差し替える前提)、label が空なら \\label 行を省く。"""
+    lines = [
+        r'\begin{figure}[htbp]',
+        r'    \centering',
+        f"    \\includegraphics[width={width}]{{{image_filename or 'figure.pdf'}}}",
+        f"    \\caption{{{escape_latex(caption)}}}",
+    ]
+    if label:
+        lines.append(f"    \\label{{{label}}}")
+    lines.append(r'\end{figure}')
+    return '\n'.join(lines)

graphica/core/color_palettes.py

@@ -0,0 +1,56 @@
+"""
+組み込みの配色パレット(読み取り専用)と、利用者のパレットの検証。
+利用者のパレットは QSettings の custom_color_palettes_json に保存する(gui/mixins/dataset_mixin.py)。
+"""
+
+from graphica.core.named_colors import normalize_color
+from typing import Any
+
+# 出典: Tableau 10、ColorBrewer(Set2/Dark2/Paired、パブリックドメイン)、
+# Okabe & Ito (2008) Color Universal Design(1型/2型色覚でも判別しやすい8色)。
+BUILTIN_PALETTES = {
+    'Okabe-Ito(色覚多様性対応)': [
+        '#000000', '#e69f00', '#56b4e9', '#009e73',
+        '#f0e442', '#0072b2', '#d55e00', '#cc79a7',
+    ],
+    'Tableau 10': [
+        '#4e79a7', '#f28e2b', '#e15759', '#76b7b2', '#59a14f',
+        '#edc949', '#af7aa1', '#ff9da7', '#9c755f', '#bab0ab',
+    ],
+    'ColorBrewer Set2': [
+        '#66c2a5', '#fc8d62', '#8da0cb', '#e78ac3', '#a6d854',
+        '#ffd92f', '#e5c494', '#b3b3b3',
+    ],
+    'ColorBrewer Dark2': [
+        '#1b9e77', '#d95f02', '#7570b3', '#e7298a', '#66a61e',
+        '#e6ab02', '#a6761d', '#666666',
+    ],
+    'ColorBrewer Paired': [
+        '#a6cee3', '#1f78b4', '#b2df8a', '#33a02c', '#fb9a99',
+        '#e31a1c', '#fdbf6f', '#ff7f00', '#cab2d6', '#6a3d9a',
+    ],
+}
+
+
+def normalize_palettes(palettes: Any) -> dict[str, list[str]]:
+    """利用者のパレット {名前: [色, ...]} を検証し、色を小文字の #rrggbb にしたコピーを返す。"""
+    if not isinstance(palettes, dict):
+        raise ValueError("パレットは {名前: [色, ...]} の形で渡してください。")
+    result = {}
+    for name, colors in palettes.items():
+        if not isinstance(name, str) or not name.strip():
+            raise ValueError("パレット名が空です。")
+        if name in BUILTIN_PALETTES:
+            raise ValueError(f"「{name}」は組み込みのパレットと同じ名前です。")
+        if not isinstance(colors, (list, tuple)):
+            raise ValueError(f"パレット「{name}」の色はリストで渡してください。")
+        result[name] = [normalize_color(c) for c in colors]
+    return result
+
+
+def default_color_cycle() -> list[str]:
+    """matplotlib の既定の色の並びを #rrggbb で返す。3.11 からは RGB の組で返り、QColor などに渡せない。"""
+    import matplotlib as mpl
+    from matplotlib.colors import to_hex
+
+    return [to_hex(color) for color in mpl.rcParams['axes.prop_cycle'].by_key()['color']]

graphica/core/commands.py

@@ -0,0 +1,226 @@
+import logging
+from PySide6.QtGui import QUndoCommand
+from typing import TYPE_CHECKING, Any, Callable
+if TYPE_CHECKING:
+    from graphica.core.dataset import Dataset
+    from graphica.models.project import ProjectModel
+
+logger = logging.getLogger(__name__)
+
+
+# コマンドは Dataset の公開メソッドだけを呼び、GUI を知らない。表の描き直しと通知は
+# DataEditorDialog が QUndoStack.indexChanged で行う。
+
+class EditCellCommand(QUndoCommand):
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", row_idx: Any, col_name: str, old_value: Any, new_value: Any,
+                 description: str = "セル編集") -> None:
+        """row_idx は dataset.df の index ラベル。"""
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.row_idx = row_idx
+        self.col_name = col_name
+        self.old_value = old_value
+        self.new_value = new_value
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.set_cell(self.row_idx, self.col_name, self.new_value)
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.set_cell(self.row_idx, self.col_name, self.old_value)
+
+
+class AddRowCommand(QUndoCommand):
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", description: str = "行追加") -> None:
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.add_row()
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.delete_last_row()
+
+
+class DeleteRowsCommand(QUndoCommand):
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", row_indices: list[Any], deleted_data: Any, description: str = "行削除") -> None:
+        """row_indices は df の index ラベル、deleted_data は Undo 用の消した行。"""
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.row_indices = row_indices
+        self.deleted_data = deleted_data
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.delete_rows(self.row_indices)
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.restore_rows(self.deleted_data)
+
+
+class AddColumnCommand(QUndoCommand):
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", col_name: str, description: str = "列追加") -> None:
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.col_name = col_name
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.add_column(self.col_name)
+
+    def undo(self) -> None:
+        # 足した後にその列を X/Y にされていたら、消すと描画が壊れるので取り消さない
+        if self.dataset.is_column_in_use(self.col_name):
+            logger.warning("Undo不可: 列 '%s' はプロットに使用されています。", self.col_name)
+            self.setObsolete(True)
+            return
+        self.dataset.remove_column(self.col_name)
+
+
+class DeleteColumnCommand(QUndoCommand):
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", col_name: str, deleted_column_data: Any, description: str = "列削除") -> None:
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.col_name = col_name
+        self.deleted_column_data = deleted_column_data
+
+    def redo(self) -> None:
+        # 取り消し → 列を X/Y に設定 → やり直し、の順でも壊れないよう、ここでも確かめる
+        if self.dataset.is_column_in_use(self.col_name):
+            logger.warning("Redo不可: 列 '%s' はプロットに使用されています。", self.col_name)
+            self.setObsolete(True)
+            return
+        self.dataset.remove_column(self.col_name)
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.restore_column(self.col_name, self.deleted_column_data)
+
+
+class RenameColumnCommand(QUndoCommand):
+    """X/Y などの参照は Dataset.rename_column が新しい名前に付け替える。"""
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", old_name: str, new_name: str, description: str = "列名の変更") -> None:
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.old_name = old_name
+        self.new_name = new_name
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.rename_column(self.old_name, self.new_name)
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.rename_column(self.new_name, self.old_name)
+
+
+class SetDatasetPropertiesCommand(QUndoCommand):
+    """Dataset の属性(色、線種、名前、描画先など)をまとめて変える。"""
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", old_values: dict[str, Any], new_values: dict[str, Any],
+                 on_applied: Callable[[], Any], description: str = "プロパティ変更") -> None:
+        """old_values / new_values は {属性名: 値}。on_applied は適用後の再描画など(GUI 側の仕事)。"""
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.old_values = old_values
+        self.new_values = new_values
+        self.on_applied = on_applied
+
+    def redo(self) -> None:
+        for attr, value in self.new_values.items():
+            setattr(self.dataset, attr, value)
+        self.on_applied()
+
+    def undo(self) -> None:
+        for attr, value in self.old_values.items():
+            setattr(self.dataset, attr, value)
+        self.on_applied()
+
+
+class SetMaskedRowsCommand(QUndoCommand):
+    """行のマスクをまとめて切り替える。"""
+    def __init__(self, dataset: "Dataset", old_masked_indices: list[Any], new_masked_indices: list[Any],
+                 description: str = "行の除外/解除") -> None:
+        """マスクする行は df の index ラベルのリスト。"""
+        super().__init__(description)
+        self.dataset = dataset
+        self.old_masked_indices = list(old_masked_indices)
+        self.new_masked_indices = list(new_masked_indices)
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.dataset.masked_row_indices = list(self.new_masked_indices)
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.dataset.masked_row_indices = list(self.old_masked_indices)
+
+
+class SetAnnotationsCommand(QUndoCommand):
+    """1つの軸の注釈のリストを丸ごと置き換える(追加も削除もこれ)。"""
+    def __init__(self, project: "ProjectModel", axis_index: int, old_annotations: list[dict[str, Any]],
+                 new_annotations: list[dict[str, Any]], on_applied: Callable[[], Any],
+                 description: str = "注釈の変更") -> None:
+        super().__init__(description)
+        self.project = project
+        self.axis_index = axis_index
+        self.old_annotations = list(old_annotations)
+        self.new_annotations = list(new_annotations)
+        self.on_applied = on_applied
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.project.all_plot_settings[self.axis_index]['annotations'] = list(self.new_annotations)
+        self.on_applied()
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.project.all_plot_settings[self.axis_index]['annotations'] = list(self.old_annotations)
+        self.on_applied()
+
+
+class AddDatasetCommand(QUndoCommand):
+    """データセットを1つ追加する(プラグインの処理と解析の結果用)。
+
+    追加にはツリーの項目(フォルダの中の位置)が伴うので、追加と削除の処理そのものを GUI から受け取る。
+    """
+    def __init__(self, add_callback: Callable[[], Any], remove_callback: Callable[[], Any],
+                 description: str = "データセットの追加") -> None:
+        """remove_callback は、直前に add_callback が足したものを取り除く。"""
+        super().__init__(description)
+        self.add_callback = add_callback
+        self.remove_callback = remove_callback
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.add_callback()
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.remove_callback()
+
+
+class RemoveDatasetCommand(QUndoCommand):
+    """データセットやフォルダの削除。
+
+    元の親フォルダの元の位置へ戻す必要があるので、削除と復元の処理そのものを GUI から受け取る。
+    """
+    def __init__(self, remove_callback: Callable[[], Any], restore_callback: Callable[[], Any],
+                 description: str = "データセットの削除") -> None:
+        """restore_callback は、datasets の順とツリーの親・位置の両方を元に戻す。"""
+        super().__init__(description)
+        self.remove_callback = remove_callback
+        self.restore_callback = restore_callback
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.remove_callback()
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.restore_callback()
+
+
+class ReorderDatasetsCommand(QUndoCommand):
+    """project.datasets の並び(描画の順と重なり)を変える。"""
+    def __init__(self, project: "ProjectModel", old_order: "list[Dataset]", new_order: "list[Dataset]",
+                 on_applied: Callable[[], Any], description: str = "データセットの並べ替え") -> None:
+        """on_applied は一覧の同期と再描画。"""
+        super().__init__(description)
+        self.project = project
+        self.old_order = list(old_order)
+        self.new_order = list(new_order)
+        self.on_applied = on_applied
+
+    def redo(self) -> None:
+        self.project.datasets = list(self.new_order)
+        self.on_applied()
+
+    def undo(self) -> None:
+        self.project.datasets = list(self.old_order)
+        self.on_applied()

graphica/core/cvd_simulation.py

@@ -0,0 +1,49 @@
+"""色覚のシミュレーション。GUI には依存しない。
+
+sRGB に直接掛ける近似の行列(Brettel / Viénot を簡略化したもの)で、プレビュー用。各行の和が 1 なので白・黒・灰は変わらない。
+"""
+import numpy as np
+
+# 1型(赤)・2型(緑)・3型(青)
+CVD_MATRICES = {
+    'protanopia': np.array([
+        [0.567, 0.433, 0.000],
+        [0.558, 0.442, 0.000],
+        [0.000, 0.242, 0.758],
+    ]),
+    'deuteranopia': np.array([
+        [0.625, 0.375, 0.000],
+        [0.700, 0.300, 0.000],
+        [0.000, 0.300, 0.700],
+    ]),
+    'tritanopia': np.array([
+        [0.950, 0.050, 0.000],
+        [0.000, 0.433, 0.567],
+        [0.000, 0.475, 0.525],
+    ]),
+}
+
+CVD_TYPE_LABELS = {
+    'protanopia': '1型(P型、赤色覚異常)',
+    'deuteranopia': '2型(D型、緑色覚異常)',
+    'tritanopia': '3型(T型、青色覚異常)',
+}
+
+
+def simulate_rgb_array(rgb_array: np.ndarray, cvd_type: str) -> np.ndarray:
+    """形が (..., 3) の RGB に行列を掛ける。0〜255 のままでよい(スケールは保たれる)。クリップと型の変換は呼び出し側。"""
+    if cvd_type not in CVD_MATRICES:
+        raise ValueError(f"未知の色覚タイプです: {cvd_type}")
+    matrix = CVD_MATRICES[cvd_type]
+    original_shape = rgb_array.shape
+    flat = np.asarray(rgb_array, dtype=np.float64).reshape(-1, 3)
+    simulated = flat @ matrix.T
+    return simulated.reshape(original_shape)
+
+
+def simulate_hex_color(hex_color: str, cvd_type: str) -> str:
+    """#RRGGBB を1つ変換する(画像を介さない単色用)。"""
+    hex_color = hex_color.lstrip('#')
+    rgb = np.array([int(hex_color[i:i + 2], 16) for i in (0, 2, 4)], dtype=np.float64)
+    simulated = np.clip(simulate_rgb_array(rgb, cvd_type), 0, 255).astype(np.uint8)
+    return '#' + ''.join(f'{v:02x}' for v in simulated)