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package/dist/neighborJoining.js

@@ -1,635 +1,44 @@
 // Neighbor Joining tree construction using BLOSUM62 distances
 // Based on Saitou & Nei (1987) "The neighbor-joining method"
-const BLOSUM62 = {
-    A: {
-        A: 4,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -2,
-        C: 0,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: 0,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    R: {
-        A: -1,
-        R: 5,
-        N: 0,
-        D: -2,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 2,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    N: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 6,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: 1,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 0,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 1,
-        T: 0,
-        W: -4,
-        Y: -2,
-        V: -3,
-        B: 3,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    D: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: 1,
-        D: 6,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 2,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: -1,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    C: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: 9,
-        Q: -3,
-        E: -4,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -3,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Q: {
-        A: -1,
-        R: 1,
-        N: 0,
-        D: 0,
-        C: -3,
-        Q: 5,
-        E: 2,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 1,
-        M: 0,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    E: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 2,
-        C: -4,
-        Q: 2,
-        E: 5,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -2,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    G: {
-        A: 0,
-        R: -2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: 6,
-        H: -2,
-        I: -4,
-        L: -4,
-        K: -2,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: -1,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    H: {
-        A: -2,
-        R: 0,
-        N: 1,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: -2,
-        H: 8,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -2,
-        W: -2,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    I: {
-        A: -1,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 4,
-        L: 2,
-        K: -3,
-        M: 1,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 3,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    L: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -3,
-        D: -4,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -4,
-        H: -3,
-        I: 2,
-        L: 4,
-        K: -2,
-        M: 2,
-        F: 0,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -1,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    K: {
-        A: -1,
-        R: 2,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: 1,
-        E: 1,
-        G: -2,
-        H: -1,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: 5,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    M: {
-        A: -1,
-        R: -1,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -2,
-        I: 1,
-        L: 2,
-        K: -1,
-        M: 5,
-        F: 0,
-        P: -2,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -1,
-        Y: -1,
-        V: 1,
-        B: -3,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    F: {
-        A: -2,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -3,
-        E: -3,
-        G: -3,
-        H: -1,
-        I: 0,
-        L: 0,
-        K: -3,
-        M: 0,
-        F: 6,
-        P: -4,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 1,
-        Y: 3,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -3,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    P: {
-        A: -1,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -1,
-        C: -3,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: -1,
-        M: -2,
-        F: -4,
-        P: 7,
-        S: -1,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -2,
-        B: -2,
-        Z: -1,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    S: {
-        A: 1,
-        R: -1,
-        N: 1,
-        D: 0,
-        C: -1,
-        Q: 0,
-        E: 0,
-        G: 0,
-        H: -1,
-        I: -2,
-        L: -2,
-        K: 0,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 4,
-        T: 1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 0,
-        Z: 0,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    T: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: 0,
-        D: -1,
-        C: -1,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -2,
-        P: -1,
-        S: 1,
-        T: 5,
-        W: -2,
-        Y: -2,
-        V: 0,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: 0,
-        '*': -4,
-    },
-    W: {
-        A: -3,
-        R: -3,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -2,
-        Q: -2,
-        E: -3,
-        G: -2,
-        H: -2,
-        I: -3,
-        L: -2,
-        K: -3,
-        M: -1,
-        F: 1,
-        P: -4,
-        S: -3,
-        T: -2,
-        W: 11,
-        Y: 2,
-        V: -3,
-        B: -4,
-        Z: -3,
-        X: -2,
-        '*': -4,
-    },
-    Y: {
-        A: -2,
-        R: -2,
-        N: -2,
-        D: -3,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: 2,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -2,
-        M: -1,
-        F: 3,
-        P: -3,
-        S: -2,
-        T: -2,
-        W: 2,
-        Y: 7,
-        V: -1,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    V: {
-        A: 0,
-        R: -3,
-        N: -3,
-        D: -3,
-        C: -1,
-        Q: -2,
-        E: -2,
-        G: -3,
-        H: -3,
-        I: 3,
-        L: 1,
-        K: -2,
-        M: 1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: -2,
-        T: 0,
-        W: -3,
-        Y: -1,
-        V: 4,
-        B: -3,
-        Z: -2,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    B: {
-        A: -2,
-        R: -1,
-        N: 3,
-        D: 4,
-        C: -3,
-        Q: 0,
-        E: 1,
-        G: -1,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -4,
-        K: 0,
-        M: -3,
-        F: -3,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -4,
-        Y: -3,
-        V: -3,
-        B: 4,
-        Z: 1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    Z: {
-        A: -1,
-        R: 0,
-        N: 0,
-        D: 1,
-        C: -3,
-        Q: 3,
-        E: 4,
-        G: -2,
-        H: 0,
-        I: -3,
-        L: -3,
-        K: 1,
-        M: -1,
-        F: -3,
-        P: -1,
-        S: 0,
-        T: -1,
-        W: -3,
-        Y: -2,
-        V: -2,
-        B: 1,
-        Z: 4,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    X: {
-        A: 0,
-        R: -1,
-        N: -1,
-        D: -1,
-        C: -2,
-        Q: -1,
-        E: -1,
-        G: -1,
-        H: -1,
-        I: -1,
-        L: -1,
-        K: -1,
-        M: -1,
-        F: -1,
-        P: -2,
-        S: 0,
-        T: 0,
-        W: -2,
-        Y: -1,
-        V: -1,
-        B: -1,
-        Z: -1,
-        X: -1,
-        '*': -4,
-    },
-    '*': {
-        A: -4,
-        R: -4,
-        N: -4,
-        D: -4,
-        C: -4,
-        Q: -4,
-        E: -4,
-        G: -4,
-        H: -4,
-        I: -4,
-        L: -4,
-        K: -4,
-        M: -4,
-        F: -4,
-        P: -4,
-        S: -4,
-        T: -4,
-        W: -4,
-        Y: -4,
-        V: -4,
-        B: -4,
-        Z: -4,
-        X: -4,
-        '*': 1,
-    },
-};
+// prettier-ignore
+const BLOSUM62_KEYS = 'ARNDCQEGHILKMFPSTWYVBZX*';
+// prettier-ignore
+const BLOSUM62_DATA = [
+    [4, -1, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 0, -3, -2, 0, -2, -1, 0, -4],
+    [-1, 5, 0, -2, -3, 1, 0, -2, 0, -3, -2, 2, -1, -3, -2, -1, -1, -3, -2, -3, -1, 0, -1, -4],
+    [-2, 0, 6, 1, -3, 0, 0, 0, 1, -3, -3, 0, -2, -3, -2, 1, 0, -4, -2, -3, 3, 0, -1, -4],
+    [-2, -2, 1, 6, -3, 0, 2, -1, -1, -3, -4, -1, -3, -3, -1, 0, -1, -4, -3, -3, 4, 1, -1, -4],
+    [0, -3, -3, -3, 9, -3, -4, -3, -3, -1, -1, -3, -1, -2, -3, -1, -1, -2, -2, -1, -3, -3, -2, -4],
+    [-1, 1, 0, 0, -3, 5, 2, -2, 0, -3, -2, 1, 0, -3, -1, 0, -1, -2, -1, -2, 0, 3, -1, -4],
+    [-1, 0, 0, 2, -4, 2, 5, -2, 0, -3, -3, 1, -2, -3, -1, 0, -1, -3, -2, -2, 1, 4, -1, -4],
+    [0, -2, 0, -1, -3, -2, -2, 6, -2, -4, -4, -2, -3, -3, -2, 0, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -1, -4],
+    [-2, 0, 1, -1, -3, 0, 0, -2, 8, -3, -3, -1, -2, -1, -2, -1, -2, -2, 2, -3, 0, 0, -1, -4],
+    [-1, -3, -3, -3, -1, -3, -3, -4, -3, 4, 2, -3, 1, 0, -3, -2, -1, -3, -1, 3, -3, -3, -1, -4],
+    [-1, -2, -3, -4, -1, -2, -3, -4, -3, 2, 4, -2, 2, 0, -3, -2, -1, -2, -1, 1, -4, -3, -1, -4],
+    [-1, 2, 0, -1, -3, 1, 1, -2, -1, -3, -2, 5, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2, -2, 0, 1, -1, -4],
+    [-1, -1, -2, -3, -1, 0, -2, -3, -2, 1, 2, -1, 5, 0, -2, -1, -1, -1, -1, 1, -3, -1, -1, -4],
+    [-2, -3, -3, -3, -2, -3, -3, -3, -1, 0, 0, -3, 0, 6, -4, -2, -2, 1, 3, -1, -3, -3, -1, -4],
+    [-1, -2, -2, -1, -3, -1, -1, -2, -2, -3, -3, -1, -2, -4, 7, -1, -1, -4, -3, -2, -2, -1, -2, -4],
+    [1, -1, 1, 0, -1, 0, 0, 0, -1, -2, -2, 0, -1, -2, -1, 4, 1, -3, -2, -2, 0, 0, 0, -4],
+    [0, -1, 0, -1, -1, -1, -1, -2, -2, -1, -1, -1, -1, -2, -1, 1, 5, -2, -2, 0, -1, -1, 0, -4],
+    [-3, -3, -4, -4, -2, -2, -3, -2, -2, -3, -2, -3, -1, 1, -4, -3, -2, 11, 2, -3, -4, -3, -2, -4],
+    [-2, -2, -2, -3, -2, -1, -2, -3, 2, -1, -1, -2, -1, 3, -3, -2, -2, 2, 7, -1, -3, -2, -1, -4],
+    [0, -3, -3, -3, -1, -2, -2, -3, -3, 3, 1, -2, 1, -1, -2, -2, 0, -3, -1, 4, -3, -2, -1, -4],
+    [-2, -1, 3, 4, -3, 0, 1, -1, 0, -3, -4, 0, -3, -3, -2, 0, -1, -4, -3, -3, 4, 1, -1, -4],
+    [-1, 0, 0, 1, -3, 3, 4, -2, 0, -3, -3, 1, -1, -3, -1, 0, -1, -3, -2, -2, 1, 4, -1, -4],
+    [0, -1, -1, -1, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -1, -2, 0, 0, -2, -1, -1, -1, -1, -1, -4],
+    [-4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, -4, 1],
+];
+const BLOSUM62 = new Map();
+for (let i = 0; i < BLOSUM62_KEYS.length; i++) {
+    const row = new Map();
+    for (let j = 0; j < BLOSUM62_KEYS.length; j++) {
+        row.set(BLOSUM62_KEYS[j], BLOSUM62_DATA[i][j]);
+    }
+    BLOSUM62.set(BLOSUM62_KEYS[i], row);
+}
 function getBlosum62Score(a, b) {
-    const upper_a = a.toUpperCase();
-    const upper_b = b.toUpperCase();
-    return BLOSUM62[upper_a]?.[upper_b] ?? -4;
+    return BLOSUM62.get(a.toUpperCase())?.get(b.toUpperCase()) ?? -4;
 }
 function computePairwiseDistance(seq1, seq2) {
     if (seq1.length !== seq2.length) {
@@ -810,12 +219,10 @@ function neighborJoining(distances, names) {
 function nodeToNewick(node, branchLength) {
     let result;
     if (node.name !== undefined && !node.left && !node.right) {
-        // Leaf node - escape special characters in name
-        const escapedName = node.name.replace(/[():,;[\]]/g, '_');
-        result = escapedName;
+        const quotedName = node.name.replaceAll("'", "''");
+        result = `'${quotedName}'`;
     }
     else {
-        // Internal node
         const leftNewick = node.left ? nodeToNewick(node.left, node.leftLength) : '';
         const rightNewick = node.right
             ? nodeToNewick(node.right, node.rightLength)