jbrowse-plugin-protein3d 0.0.2

package/dist/ProteinView/css/molstar.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"molstar.js","sourceRoot":"","sources":["../../../src/ProteinView/css/molstar.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA,0DAA0D;AAC1D,eAAe;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;;EA8jGb,CAAA"}

package/dist/ProteinView/genomeToProtein.d.ts

@@ -0,0 +1,4 @@
+import { JBrowsePluginProteinViewModel } from './model';
+export declare function genomeToProtein({ model, }: {
+    model: JBrowsePluginProteinViewModel;
+}): number | undefined;

package/dist/ProteinView/genomeToProtein.js

@@ -0,0 +1,13 @@
+import { getSession } from '@jbrowse/core/util';
+import { checkHovered } from './util';
+export function genomeToProtein({ model, }) {
+    const { hovered } = getSession(model);
+    const { genomeToTranscriptSeqMapping, connectedView } = model;
+    if (!connectedView?.initialized ||
+        !genomeToTranscriptSeqMapping ||
+        !checkHovered(hovered)) {
+        return undefined;
+    }
+    return genomeToTranscriptSeqMapping.g2p[hovered.hoverPosition.coord];
+}
+//# sourceMappingURL=genomeToProtein.js.map

package/dist/ProteinView/genomeToProtein.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"genomeToProtein.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/genomeToProtein.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA,OAAO,EAAE,UAAU,EAAE,MAAM,oBAAoB,CAAA;AAC/C,OAAO,EAAE,YAAY,EAAE,MAAM,QAAQ,CAAA;AAGrC,MAAM,UAAU,eAAe,CAAC,EAC9B,KAAK,GAGN;IACC,MAAM,EAAE,OAAO,EAAE,GAAG,UAAU,CAAC,KAAK,CAAC,CAAA;IACrC,MAAM,EAAE,4BAA4B,EAAE,aAAa,EAAE,GAAG,KAAK,CAAA;IAC7D,IACE,CAAC,aAAa,EAAE,WAAW;QAC3B,CAAC,4BAA4B;QAC7B,CAAC,YAAY,CAAC,OAAO,CAAC,EACtB,CAAC;QACD,OAAO,SAAS,CAAA;IAClB,CAAC;IAED,OAAO,4BAA4B,CAAC,GAAG,CAAC,OAAO,CAAC,aAAa,CAAC,KAAK,CAAC,CAAA;AACtE,CAAC"}

package/dist/ProteinView/highlightResidue.d.ts

@@ -0,0 +1,7 @@
+import { PluginContext } from 'molstar/lib/mol-plugin/context';
+import { Structure } from 'molstar/lib/mol-model/structure';
+export default function highlightResidue({ structure, selectedResidue, plugin, }: {
+    structure: Structure;
+    selectedResidue: number;
+    plugin: PluginContext;
+}): void;

package/dist/ProteinView/highlightResidue.js

@@ -0,0 +1,14 @@
+import { StructureSelection } from 'molstar/lib/mol-model/structure';
+import { getMolstarStructureSelection } from './util';
+export default function highlightResidue({ structure, selectedResidue, plugin, }) {
+    const sel = getMolstarStructureSelection({
+        structure,
+        selectedResidue: selectedResidue + 1,
+    });
+    const loci = StructureSelection.toLociWithSourceUnits(sel);
+    plugin?.managers.interactivity.lociHighlights.clearHighlights();
+    plugin?.managers.interactivity.lociHighlights.highlight({
+        loci,
+    });
+}
+//# sourceMappingURL=highlightResidue.js.map

package/dist/ProteinView/highlightResidue.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"highlightResidue.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/highlightResidue.ts"],"names":[],"mappings":"AACA,OAAO,EAAa,kBAAkB,EAAE,MAAM,iCAAiC,CAAA;AAC/E,OAAO,EAAE,4BAA4B,EAAE,MAAM,QAAQ,CAAA;AAErD,MAAM,CAAC,OAAO,UAAU,gBAAgB,CAAC,EACvC,SAAS,EACT,eAAe,EACf,MAAM,GAKP;IACC,MAAM,GAAG,GAAG,4BAA4B,CAAC;QACvC,SAAS;QACT,eAAe,EAAE,eAAe,GAAG,CAAC;KACrC,CAAC,CAAA;IACF,MAAM,IAAI,GAAG,kBAAkB,CAAC,qBAAqB,CAAC,GAAG,CAAC,CAAA;IAC1D,MAAM,EAAE,QAAQ,CAAC,aAAa,CAAC,cAAc,CAAC,eAAe,EAAE,CAAA;IAC/D,MAAM,EAAE,QAAQ,CAAC,aAAa,CAAC,cAAc,CAAC,SAAS,CAAC;QACtD,IAAI;KACL,CAAC,CAAA;AACJ,CAAC"}

package/dist/ProteinView/index.d.ts

@@ -0,0 +1,2 @@
+import PluginManager from '@jbrowse/core/PluginManager';
+export default function ProteinViewF(pluginManager: PluginManager): void;

package/dist/ProteinView/index.js

@@ -0,0 +1,15 @@
+import { lazy } from 'react';
+import { ViewType } from '@jbrowse/core/pluggableElementTypes';
+import stateModelF from './model';
+const ReactComponent = lazy(() => import('./components/ProteinView'));
+export default function ProteinViewF(pluginManager) {
+    pluginManager.addViewType(() => {
+        return new ViewType({
+            name: 'ProteinView',
+            displayName: 'Protein view',
+            stateModel: stateModelF(),
+            ReactComponent,
+        });
+    });
+}
+//# sourceMappingURL=index.js.map

package/dist/ProteinView/index.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"index.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/index.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA,OAAO,EAAE,IAAI,EAAE,MAAM,OAAO,CAAA;AAE5B,OAAO,EAAE,QAAQ,EAAE,MAAM,qCAAqC,CAAA;AAE9D,OAAO,WAAW,MAAM,SAAS,CAAA;AAEjC,MAAM,cAAc,GAAG,IAAI,CAAC,GAAG,EAAE,CAAC,MAAM,CAAC,0BAA0B,CAAC,CAAC,CAAA;AAErE,MAAM,CAAC,OAAO,UAAU,YAAY,CAAC,aAA4B;IAC/D,aAAa,CAAC,WAAW,CAAC,GAAG,EAAE;QAC7B,OAAO,IAAI,QAAQ,CAAC;YAClB,IAAI,EAAE,aAAa;YACnB,WAAW,EAAE,cAAc;YAC3B,UAAU,EAAE,WAAW,EAAE;YACzB,cAAc;SACf,CAAC,CAAA;IACJ,CAAC,CAAC,CAAA;AACJ,CAAC"}

package/dist/ProteinView/launchRemotePairwiseAlignment.d.ts

@@ -0,0 +1,14 @@
+export declare function launchPairwiseAlignment({ algorithm, seq1, seq2, onProgress, }: {
+    algorithm: string;
+    seq1: string;
+    seq2: string;
+    onProgress: (arg: string) => void;
+}): Promise<{
+    alignment: {
+        consensus: string;
+        alns: {
+            id: any;
+            seq: any;
+        }[];
+    };
+}>;

package/dist/ProteinView/launchRemotePairwiseAlignment.js

@@ -0,0 +1,72 @@
+import { textfetch, timeout } from '../fetchUtils';
+import { parsePairwise } from 'clustal-js';
+const base = `https://www.ebi.ac.uk/Tools/services/rest`;
+async function runEmbossMatcher({ seq1, seq2, onProgress, }) {
+    const jobId = await textfetch(`${base}/emboss_matcher/run`, {
+        method: 'POST',
+        body: new URLSearchParams({
+            email: 'colin.diesh@gmail.com',
+            asequence: `>a\n${seq1}`,
+            bsequence: `>b\n${seq2}`,
+        }),
+    });
+    await wait({
+        jobId,
+        algorithm: 'emboss_matcher',
+        onProgress,
+    });
+    const ret = await textfetch(`${base}/emboss_matcher/result/${jobId}/aln`);
+    return {
+        alignment: parsePairwise(ret
+            .split('\n')
+            .filter(line => !line.startsWith('#'))
+            .join('\n')),
+    };
+}
+async function runEmbossNeedle({ seq1, seq2, onProgress, }) {
+    const jobId = await textfetch(`${base}/emboss_needle/run`, {
+        method: 'POST',
+        body: new URLSearchParams({
+            email: 'colin.diesh@gmail.com',
+            asequence: `>a\n${seq1}`,
+            bsequence: `>b\n${seq2}`,
+        }),
+    });
+    await wait({
+        jobId,
+        algorithm: 'emboss_needle',
+        onProgress,
+    });
+    const ret = await textfetch(`${base}/emboss_needle/result/${jobId}/aln`);
+    return {
+        alignment: parsePairwise(ret
+            .split('\n')
+            .filter(line => !line.startsWith('#'))
+            .join('\n')),
+    };
+}
+async function wait({ onProgress, jobId, algorithm, }) {
+    while (true) {
+        for (let i = 0; i < 10; i++) {
+            await timeout(1000);
+            onProgress(`Re-checking alignment to PDB seq1,seq2 in... ${10 - i}`);
+        }
+        const result = await textfetch(`${base}/${algorithm}/status/${jobId}`);
+        if (result === 'FINISHED') {
+            break;
+        }
+    }
+}
+export async function launchPairwiseAlignment({ algorithm, seq1, seq2, onProgress, }) {
+    onProgress(`Launching ${algorithm} MSA...`);
+    if (algorithm === 'emboss_matcher') {
+        return runEmbossMatcher({ seq1, seq2, onProgress });
+    }
+    else if (algorithm === 'emboss_needle') {
+        return runEmbossNeedle({ seq1, seq2, onProgress });
+    }
+    else {
+        throw new Error('unknown algorithm');
+    }
+}
+//# sourceMappingURL=launchRemotePairwiseAlignment.js.map

package/dist/ProteinView/launchRemotePairwiseAlignment.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"launchRemotePairwiseAlignment.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/launchRemotePairwiseAlignment.ts"],"names":[],"mappings":"AAAA,OAAO,EAAE,SAAS,EAAE,OAAO,EAAE,MAAM,eAAe,CAAA;AAClD,OAAO,EAAE,aAAa,EAAE,MAAM,YAAY,CAAA;AAE1C,MAAM,IAAI,GAAG,2CAA2C,CAAA;AAExD,KAAK,UAAU,gBAAgB,CAAC,EAC9B,IAAI,EACJ,IAAI,EACJ,UAAU,GAKX;IACC,MAAM,KAAK,GAAG,MAAM,SAAS,CAAC,GAAG,IAAI,qBAAqB,EAAE;QAC1D,MAAM,EAAE,MAAM;QACd,IAAI,EAAE,IAAI,eAAe,CAAC;YACxB,KAAK,EAAE,uBAAuB;YAC9B,SAAS,EAAE,OAAO,IAAI,EAAE;YACxB,SAAS,EAAE,OAAO,IAAI,EAAE;SACzB,CAAC;KACH,CAAC,CAAA;IACF,MAAM,IAAI,CAAC;QACT,KAAK;QACL,SAAS,EAAE,gBAAgB;QAC3B,UAAU;KACX,CAAC,CAAA;IACF,MAAM,GAAG,GAAG,MAAM,SAAS,CAAC,GAAG,IAAI,0BAA0B,KAAK,MAAM,CAAC,CAAA;IACzE,OAAO;QACL,SAAS,EAAE,aAAa,CACtB,GAAG;aACA,KAAK,CAAC,IAAI,CAAC;aACX,MAAM,CAAC,IAAI,CAAC,EAAE,CAAC,CAAC,IAAI,CAAC,UAAU,CAAC,GAAG,CAAC,CAAC;aACrC,IAAI,CAAC,IAAI,CAAC,CACd;KACF,CAAA;AACH,CAAC;AAED,KAAK,UAAU,eAAe,CAAC,EAC7B,IAAI,EACJ,IAAI,EACJ,UAAU,GAKX;IACC,MAAM,KAAK,GAAG,MAAM,SAAS,CAAC,GAAG,IAAI,oBAAoB,EAAE;QACzD,MAAM,EAAE,MAAM;QACd,IAAI,EAAE,IAAI,eAAe,CAAC;YACxB,KAAK,EAAE,uBAAuB;YAC9B,SAAS,EAAE,OAAO,IAAI,EAAE;YACxB,SAAS,EAAE,OAAO,IAAI,EAAE;SACzB,CAAC;KACH,CAAC,CAAA;IACF,MAAM,IAAI,CAAC;QACT,KAAK;QACL,SAAS,EAAE,eAAe;QAC1B,UAAU;KACX,CAAC,CAAA;IAEF,MAAM,GAAG,GAAG,MAAM,SAAS,CAAC,GAAG,IAAI,yBAAyB,KAAK,MAAM,CAAC,CAAA;IACxE,OAAO;QACL,SAAS,EAAE,aAAa,CACtB,GAAG;aACA,KAAK,CAAC,IAAI,CAAC;aACX,MAAM,CAAC,IAAI,CAAC,EAAE,CAAC,CAAC,IAAI,CAAC,UAAU,CAAC,GAAG,CAAC,CAAC;aACrC,IAAI,CAAC,IAAI,CAAC,CACd;KACF,CAAA;AACH,CAAC;AACD,KAAK,UAAU,IAAI,CAAC,EAClB,UAAU,EACV,KAAK,EACL,SAAS,GAKV;IACC,OAAO,IAAI,EAAE,CAAC;QACZ,KAAK,IAAI,CAAC,GAAG,CAAC,EAAE,CAAC,GAAG,EAAE,EAAE,CAAC,EAAE,EAAE,CAAC;YAC5B,MAAM,OAAO,CAAC,IAAI,CAAC,CAAA;YACnB,UAAU,CAAC,gDAAgD,EAAE,GAAG,CAAC,EAAE,CAAC,CAAA;QACtE,CAAC;QACD,MAAM,MAAM,GAAG,MAAM,SAAS,CAAC,GAAG,IAAI,IAAI,SAAS,WAAW,KAAK,EAAE,CAAC,CAAA;QAEtE,IAAI,MAAM,KAAK,UAAU,EAAE,CAAC;YAC1B,MAAK;QACP,CAAC;IACH,CAAC;AACH,CAAC;AAED,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,uBAAuB,CAAC,EAC5C,SAAS,EACT,IAAI,EACJ,IAAI,EACJ,UAAU,GAMX;IACC,UAAU,CAAC,aAAa,SAAS,SAAS,CAAC,CAAA;IAC3C,IAAI,SAAS,KAAK,gBAAgB,EAAE,CAAC;QACnC,OAAO,gBAAgB,CAAC,EAAE,IAAI,EAAE,IAAI,EAAE,UAAU,EAAE,CAAC,CAAA;IACrD,CAAC;SAAM,IAAI,SAAS,KAAK,eAAe,EAAE,CAAC;QACzC,OAAO,eAAe,CAAC,EAAE,IAAI,EAAE,IAAI,EAAE,UAAU,EAAE,CAAC,CAAA;IACpD,CAAC;SAAM,CAAC;QACN,MAAM,IAAI,KAAK,CAAC,mBAAmB,CAAC,CAAA;IACtC,CAAC;AACH,CAAC"}

package/dist/ProteinView/loadStructureFromData.d.ts

@@ -0,0 +1,17 @@
+import { PluginContext } from 'molstar/lib/mol-plugin/context';
+import { BuiltInTrajectoryFormat } from 'molstar/lib/mol-plugin-state/formats/trajectory';
+import { StructureRepresentationPresetProvider } from 'molstar/lib/mol-plugin-state/builder/structure/representation-preset';
+export interface LoadStructureOptions {
+    representationParams?: StructureRepresentationPresetProvider.CommonParams;
+}
+export declare function loadStructureFromData({ data, format, options, plugin, }: {
+    data: string;
+    format?: BuiltInTrajectoryFormat;
+    options?: LoadStructureOptions & {
+        label?: string;
+        dataLabel?: string;
+    };
+    plugin: PluginContext;
+}): Promise<{
+    seq: string;
+}>;

package/dist/ProteinView/loadStructureFromData.js

@@ -0,0 +1,20 @@
+// adapted from https://github.com/molstar/molstar/blob/ab4130d42d0ab2591f62460292ade0203207d4d2/src/apps/viewer/app.ts#L255C1-L259C6
+export async function loadStructureFromData({ data, format = 'pdb', options, plugin, }) {
+    await plugin.clear();
+    const _data = await plugin.builders.data.rawData({
+        data,
+        label: options?.dataLabel,
+    });
+    const trajectory = await plugin.builders.structure.parseTrajectory(_data, format);
+    const model = await plugin.builders.structure.createModel(trajectory);
+    const seq = model.obj?.data.sequence.sequences[0].sequence.label
+        .toArray()
+        // @ts-expect-error
+        .join('');
+    await plugin.builders.structure.hierarchy.applyPreset(trajectory, 'all-models', {
+        useDefaultIfSingleModel: true,
+        representationPresetParams: options?.representationParams,
+    });
+    return { seq: seq };
+}
+//# sourceMappingURL=loadStructureFromData.js.map

package/dist/ProteinView/loadStructureFromData.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"loadStructureFromData.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/loadStructureFromData.ts"],"names":[],"mappings":"AAQA,qIAAqI;AACrI,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,qBAAqB,CAAC,EAC1C,IAAI,EACJ,MAAM,GAAG,KAAK,EACd,OAAO,EACP,MAAM,GAMP;IACC,MAAM,MAAM,CAAC,KAAK,EAAE,CAAA;IAEpB,MAAM,KAAK,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,IAAI,CAAC,OAAO,CAAC;QAC/C,IAAI;QACJ,KAAK,EAAE,OAAO,EAAE,SAAS;KAC1B,CAAC,CAAA;IAEF,MAAM,UAAU,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,eAAe,CAChE,KAAK,EACL,MAAM,CACP,CAAA;IACD,MAAM,KAAK,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,WAAW,CAAC,UAAU,CAAC,CAAA;IACrE,MAAM,GAAG,GAAG,KAAK,CAAC,GAAG,EAAE,IAAI,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,CAAC,CAAC,CAAC,QAAQ,CAAC,KAAK;SAC7D,OAAO,EAAE;QACV,mBAAmB;SAClB,IAAI,CAAC,EAAE,CAAC,CAAA;IAEX,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,SAAS,CAAC,WAAW,CACnD,UAAU,EACV,YAAY,EACZ;QACE,uBAAuB,EAAE,IAAI;QAC7B,0BAA0B,EAAE,OAAO,EAAE,oBAAoB;KAC1D,CACF,CAAA;IAED,OAAO,EAAE,GAAG,EAAE,GAAa,EAAE,CAAA;AAC/B,CAAC"}

package/dist/ProteinView/loadStructureFromURL.d.ts

@@ -0,0 +1,17 @@
+import { PluginContext } from 'molstar/lib/mol-plugin/context';
+import { BuiltInTrajectoryFormat } from 'molstar/lib/mol-plugin-state/formats/trajectory';
+import { StructureRepresentationPresetProvider } from 'molstar/lib/mol-plugin-state/builder/structure/representation-preset';
+export interface LoadStructureOptions {
+    representationParams?: StructureRepresentationPresetProvider.CommonParams;
+}
+export declare function loadStructureFromURL({ url, format, isBinary, options, plugin, }: {
+    url: string;
+    format?: BuiltInTrajectoryFormat;
+    isBinary?: boolean;
+    options?: LoadStructureOptions & {
+        label?: string;
+    };
+    plugin: PluginContext;
+}): Promise<{
+    seq: string;
+}>;

package/dist/ProteinView/loadStructureFromURL.js

@@ -0,0 +1,17 @@
+// adapted from https://github.com/molstar/molstar/blob/ab4130d42d0ab2591f62460292ade0203207d4d2/src/apps/viewer/app.ts#L230
+export async function loadStructureFromURL({ url, format = 'mmcif', isBinary, options, plugin, }) {
+    await plugin.clear();
+    const data = await plugin.builders.data.download({ url, isBinary }, { state: { isGhost: true } });
+    const trajectory = await plugin.builders.structure.parseTrajectory(data, format);
+    const model = await plugin.builders.structure.createModel(trajectory);
+    const seq = model.obj?.data.sequence.sequences[0].sequence.label
+        .toArray()
+        // @ts-expect-error
+        .join('');
+    await plugin.builders.structure.hierarchy.applyPreset(trajectory, 'all-models', {
+        useDefaultIfSingleModel: true,
+        representationPresetParams: options?.representationParams,
+    });
+    return { seq: seq };
+}
+//# sourceMappingURL=loadStructureFromURL.js.map

package/dist/ProteinView/loadStructureFromURL.js.map

@@ -0,0 +1 @@
+{"version":3,"file":"loadStructureFromURL.js","sourceRoot":"","sources":["../../src/ProteinView/loadStructureFromURL.ts"],"names":[],"mappings":"AAQA,4HAA4H;AAC5H,MAAM,CAAC,KAAK,UAAU,oBAAoB,CAAC,EACzC,GAAG,EACH,MAAM,GAAG,OAAO,EAChB,QAAQ,EACR,OAAO,EACP,MAAM,GAOP;IACC,MAAM,MAAM,CAAC,KAAK,EAAE,CAAA;IAEpB,MAAM,IAAI,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,IAAI,CAAC,QAAQ,CAC9C,EAAE,GAAG,EAAE,QAAQ,EAAE,EACjB,EAAE,KAAK,EAAE,EAAE,OAAO,EAAE,IAAI,EAAE,EAAE,CAC7B,CAAA;IAED,MAAM,UAAU,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,eAAe,CAChE,IAAI,EACJ,MAAM,CACP,CAAA;IACD,MAAM,KAAK,GAAG,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,WAAW,CAAC,UAAU,CAAC,CAAA;IACrE,MAAM,GAAG,GAAG,KAAK,CAAC,GAAG,EAAE,IAAI,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,CAAC,CAAC,CAAC,QAAQ,CAAC,KAAK;SAC7D,OAAO,EAAE;QACV,mBAAmB;SAClB,IAAI,CAAC,EAAE,CAAC,CAAA;IAEX,MAAM,MAAM,CAAC,QAAQ,CAAC,SAAS,CAAC,SAAS,CAAC,WAAW,CACnD,UAAU,EACV,YAAY,EACZ;QACE,uBAAuB,EAAE,IAAI;QAC7B,0BAA0B,EAAE,OAAO,EAAE,oBAAoB;KAC1D,CACF,CAAA;IAED,OAAO,EAAE,GAAG,EAAE,GAAa,EAAE,CAAA;AAC/B,CAAC"}

package/dist/ProteinView/model.d.ts

@@ -0,0 +1,226 @@
+import { Region as IRegion } from '@jbrowse/core/util/types';
+import { Instance } from 'mobx-state-tree';
+import { SimpleFeatureSerialized } from '@jbrowse/core/util';
+import { parsePairwise } from 'clustal-js';
+import { LinearGenomeViewModel } from '@jbrowse/plugin-linear-genome-view';
+type LGV = LinearGenomeViewModel;
+type MaybeLGV = LGV | undefined;
+/**
+ * #stateModel Protein3dViewPlugin
+ * extends
+ * - BaseViewModel
+ */
+declare function stateModelFactory(): import("mobx-state-tree").IModelType<{
+    id: import("mobx-state-tree").IOptionalIType<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>, [undefined]>;
+    displayName: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    minimized: import("mobx-state-tree").IType<boolean | undefined, boolean, boolean>;
+} & {
+    id: import("mobx-state-tree").IOptionalIType<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>, [undefined]>;
+    type: import("mobx-state-tree").ISimpleType<"ProteinView">;
+    url: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    data: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    clickGenomeHighlights: import("mobx-state-tree").IArrayType<import("mobx-state-tree").IModelType<{
+        refName: import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>;
+        start: import("mobx-state-tree").ISimpleType<number>;
+        end: import("mobx-state-tree").ISimpleType<number>;
+        reversed: import("mobx-state-tree").IOptionalIType<import("mobx-state-tree" /**
+         * #property
+         */).ISimpleType<boolean>, [undefined]>;
+    } & {
+        assemblyName: import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>;
+    }, {
+        setRefName(newRefName: string): void;
+    }, import("mobx-state-tree")._NotCustomized, import("mobx-state-tree")._NotCustomized>>;
+    hoverGenomeHighlights: import("mobx-state-tree").IArrayType<import("mobx-state-tree").IModelType<{
+        refName: import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>;
+        start: import("mobx-state-tree").ISimpleType<number>;
+        end: import("mobx-state-tree").ISimpleType<number>;
+        reversed: import("mobx-state-tree").IOptionalIType<import("mobx-state-tree").ISimpleType<boolean>, [undefined]>;
+    } & {
+        assemblyName: import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>;
+    }, {
+        setRefName(newRefName: string): void;
+    }, import("mobx-state-tree")._NotCustomized, import("mobx-state-tree")._NotCustomized>>;
+    showControls: import("mobx-state-tree").IType<boolean | undefined, boolean, boolean>;
+    height: import("mobx-state-tree").IOptionalIType<import("mobx-state-tree").ISimpleType<number>, [undefined]>;
+    feature: import("mobx-state-tree").IType<SimpleFeatureSerialized, SimpleFeatureSerialized, SimpleFeatureSerialized>;
+    seq1: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    seq2: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    alignment: import("mobx-state-tree").IType<{
+        consensus: string;
+        alns: {
+            id: any;
+            seq: any;
+        }[];
+    } | undefined, {
+        consensus: string;
+        alns: {
+            id: any;
+            seq: any;
+        }[];
+    } | undefined, {
+        consensus: string;
+        alns: {
+            id: any;
+            seq: any;
+        }[];
+    } | undefined>;
+    connectedViewId: import("mobx-state-tree").IMaybe<import("mobx-state-tree").ISimpleType<string>>;
+    showHighlight: import("mobx-state-tree").IType<boolean | undefined, boolean, boolean>;
+    zoomToBaseLevel: import("mobx-state-tree").IType<boolean | undefined, boolean, boolean>;
+    showAlignment: import("mobx-state-tree").IType<boolean | undefined, boolean, boolean>;
+}, {
+    width: number;
+} & {
+    menuItems(): import("@jbrowse/core/ui").MenuItem[];
+} & {
+    setDisplayName(name: string): void;
+    setWidth(newWidth: number): void;
+    setMinimized(flag: boolean): void;
+} & {
+    /**
+     * #volatile
+     */
+    error: unknown;
+    /**
+     * #volatile
+     */
+    clickPosition: {
+        structureSeqPos: number;
+        code: string;
+        chain: string;
+    } | undefined;
+    /**
+     * #volatile
+     */
+    hoverPosition: {
+        structureSeqPos: number;
+        code?: string;
+        chain?: string;
+    } | undefined;
+    /**
+     * #volatile
+     */
+    progress: string;
+} & {
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly connectedView: MaybeLGV;
+} & {
+    /**
+     * #action
+     */
+    setShowAlignment(f: boolean): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setHoveredPosition(arg?: {
+        structureSeqPos: number;
+        chain?: string;
+        code?: string;
+    }): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setSeqs(str1?: string, str2?: string): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setShowControls(arg: boolean): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setProgress(str: string): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setClickedPosition(arg?: {
+        structureSeqPos: number;
+        code: string;
+        chain: string;
+    }): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setClickGenomeHighlights(r: IRegion[]): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    clearClickGenomeHighlights(): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setHoverGenomeHighlights(r: IRegion[]): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    clearHoverGenomeHighlights(): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setError(e: unknown): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setAlignment(r?: ReturnType<typeof parsePairwise>): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setShowHighlight(arg: boolean): void;
+    /**
+     * #action
+     */
+    setZoomToBaseLevel(arg: boolean): void;
+} & {
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly structureSeqToTranscriptSeqPosition: Record<string, number | undefined> | undefined;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly transcriptSeqToStructureSeqPosition: Record<string, number | undefined> | undefined;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly structurePositionToAlignmentMap: Record<string, number | undefined> | undefined;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly transcriptPositionToAlignmentMap: Record<string, number | undefined> | undefined;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly alignmentToTranscriptPosition: any;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly alignmentToStructurePosition: any;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly clickString: string;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly hoverString: string;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly genomeToTranscriptSeqMapping: {
+        g2p: Record<number, number | undefined>;
+        p2g: Record<number, number | undefined>;
+        refName: string;
+        strand: number;
+    } | undefined;
+    /**
+     * #getter
+     */
+    readonly structureSeqHoverPos: number | undefined;
+} & {
+    afterAttach(): void;
+}, import("mobx-state-tree")._NotCustomized, import("mobx-state-tree")._NotCustomized>;
+export default stateModelFactory;
+export type JBrowsePluginProteinViewStateModel = ReturnType<typeof stateModelFactory>;
+export type JBrowsePluginProteinViewModel = Instance<JBrowsePluginProteinViewStateModel>;