@xdev-asia/xdev-knowledge-mcp 1.0.55 → 1.0.57

package/content/series/architecture/omop-cdm-5-4-cho-nguoi-moi-bat-dau/chapters/06-phan-6-health-system-economics-derived/lessons/bai-19-condition-era-drug-era-dose-era.md

@@ -0,0 +1,418 @@
+---
+id: 019f1a00-a119-7b01-e001-omopcdm54019
+title: "Bài 19: CONDITION_ERA, DRUG_ERA & DOSE_ERA — Bảng tổng hợp tự động"
+slug: bai-19-condition-era-drug-era-dose-era
+description: >-
+  Ba bảng Derived Elements: CONDITION_ERA gộp chẩn đoán liên tiếp,
+  DRUG_ERA gộp đợt dùng thuốc, DOSE_ERA theo dõi liều lượng.
+  Thuật toán tạo ERA và ứng dụng phân tích.
+duration_minutes: 50
+is_free: true
+video_url: null
+sort_order: 19
+section_title: "Phần 6: Health System, Economics & Derived Elements"
+course:
+  id: 019f1a00-a100-7b01-e001-omopcdm54001
+  title: "OMOP CDM 5.4 cho Người mới — Hiểu từ A đến Z"
+  slug: omop-cdm-5-4-cho-nguoi-moi-bat-dau
+---
+
+<svg xmlns="http://www.w3.org/2000/svg" viewBox="0 0 1200 340" style="max-width: 100%; height: auto; border-radius: 12px; margin-bottom: 1.5rem;">
+  <defs>
+    <linearGradient id="bg-omop19" x1="0%" y1="0%" x2="100%" y2="100%">
+      <stop offset="0%" style="stop-color:#0c1222"/>
+      <stop offset="100%" style="stop-color:#1e293b"/>
+    </linearGradient>
+  </defs>
+  <rect width="1200" height="340" rx="12" fill="url(#bg-omop19)"/>
+  <g>
+    <circle cx="730" cy="85" r="20" fill="#818cf8" opacity="0.12"/>
+    <circle cx="830" cy="115" r="24" fill="#818cf8" opacity="0.08"/>
+    <circle cx="910" cy="80" r="16" fill="#818cf8" opacity="0.07"/>
+    <line x1="660" y1="130" x2="1100" y2="250" stroke="#818cf8" stroke-width="0.5" opacity="0.1"/>
+  </g>
+  <rect x="60" y="50" width="4" height="60" rx="2" fill="#818cf8"/>
+  <rect x="80" y="50" width="130" height="28" rx="14" fill="#818cf8" opacity="0.15"/>
+  <text x="92" y="69" font-family="system-ui,-apple-system,sans-serif" font-size="13" font-weight="600" fill="#818cf8">🏗️ Kiến trúc — Bài 19</text>
+  <text x="60" y="140" font-family="system-ui,-apple-system,sans-serif" font-size="34" font-weight="700" fill="#f1f5f9">
+    <tspan x="60" dy="0">CONDITION_ERA, DRUG_ERA</tspan>
+    <tspan x="60" dy="42">&amp; DOSE_ERA — Bảng tổng hợp</tspan>
+  </text>
+  <text x="60" y="244" font-family="system-ui,-apple-system,sans-serif" font-size="15" fill="#94a3b8" opacity="0.8">OMOP CDM 5.4 cho Người mới — Hiểu từ A đến Z</text>
+  <text x="60" y="268" font-family="system-ui,-apple-system,sans-serif" font-size="13" fill="#64748b" opacity="0.6">Phần 6: Health System, Economics &amp; Derived Elements</text>
+  <text x="1140" y="320" font-family="system-ui,-apple-system,sans-serif" font-size="12" fill="#475569" text-anchor="end" opacity="0.4">xdev.asia</text>
+</svg>
+
+![Gộp records thành ERA — từ nhiều sự kiện rời rạc thành đợt liên tục](/storage/uploads/2026/04/omop-cdm-bai19-era-concept.png)
+
+## Giới thiệu
+
+Ba bảng **Derived Elements** không được nhập trực tiếp từ dữ liệu nguồn mà **tính toán tự động** từ bảng lâm sàng. Chúng gộp nhiều records liên tiếp thành 1 "era" (đợt) — rất hữu ích cho phân tích dịch tễ và nghiên cứu lâm sàng.
+
+---
+
+## 1. Khái niệm ERA
+
+### 1.1. ERA là gì?
+
+```
+  Dữ liệu nguồn (nhiều records):
+  ───────────────────────────────────────────────
+  Record 1: Tiểu đường  01/01 ─── 15/01
+  Record 2: Tiểu đường  20/01 ─── 28/01     (gap = 5 ngày < 30)
+  Record 3: Tiểu đường  10/03 ─── 20/03     (gap = 41 ngày > 30)
+  ───────────────────────────────────────────────
+
+  Sau khi tính ERA (persistence window = 30 ngày):
+  ───────────────────────────────────────────────
+  ERA 1: Tiểu đường  01/01 ─── 28/01   (gộp record 1+2)
+  ERA 2: Tiểu đường  10/03 ─── 20/03   (record 3 riêng)
+  ───────────────────────────────────────────────
+```
+
+- **Persistence window**: khoảng cách tối đa giữa 2 records để gộp
+  - CONDITION_ERA: 30 ngày
+  - DRUG_ERA: 30 ngày
+  - DOSE_ERA: 0 ngày (chỉ gộp liên tiếp)
+
+### 1.2. Tại sao cần ERA?
+
+| Vấn đề | Giải quyết |
+|--------|-----------|
+| 1 BN có 20 lần khám Tiểu đường → 20 records | 1-2 CONDITION_ERA |
+| BN uống Metformin 12 tháng → 12 đơn thuốc | 1 DRUG_ERA |
+| Cần tính "thời gian mắc bệnh" | ERA end - ERA start |
+| Cần tính "thời gian điều trị" | drug_era_end - drug_era_start |
+
+---
+
+## 2. CONDITION_ERA
+
+### 2.1. Cấu trúc bảng
+
+| Cột | Kiểu | Bắt buộc | Mô tả |
+|-----|------|----------|-------|
+| `condition_era_id` | INTEGER | ✅ PK | ID duy nhất |
+| `person_id` | INTEGER | ✅ | FK → PERSON |
+| `condition_concept_id` | INTEGER | ✅ | Standard Concept (Ingredient level cho Drug) |
+| `condition_era_start_date` | DATE | ✅ | Ngày bắt đầu đợt |
+| `condition_era_end_date` | DATE | ✅ | Ngày kết thúc đợt |
+| `condition_occurrence_count` | INTEGER | | Số records gộp |
+
+### 2.2. Đặc điểm quan trọng
+
+- `condition_concept_id` luôn là **Standard Concept** (SNOMED)
+- Persistence window = **30 ngày** (mặc định, có thể tùy chỉnh)
+- Gộp cả condition_occurrence từ nhiều visit khác nhau
+
+### 2.3. Thuật toán tạo CONDITION_ERA
+
+```sql
+-- Simplified logic (actual implementation dùng CTE phức tạp hơn)
+-- Bước 1: Map tất cả condition → Standard + thêm end_date
+-- Bước 2: Xác định gap giữa records liên tiếp
+-- Bước 3: Nếu gap <= 30 ngày → gộp vào cùng ERA
+
+WITH condition_dates AS (
+    SELECT
+        person_id,
+        condition_concept_id,
+        condition_start_date,
+        COALESCE(
+            condition_end_date,
+            condition_start_date + INTERVAL '1 day'  -- Default 1 ngày
+        ) AS condition_end_date
+    FROM condition_occurrence
+    WHERE condition_concept_id != 0
+),
+-- Xác định ERA groups bằng cách tìm gaps > 30 ngày
+era_groups AS (
+    SELECT *,
+        SUM(new_era_flag) OVER (
+            PARTITION BY person_id, condition_concept_id
+            ORDER BY condition_start_date
+        ) AS era_group
+    FROM (
+        SELECT *,
+            CASE
+                WHEN condition_start_date - LAG(condition_end_date)
+                    OVER (PARTITION BY person_id, condition_concept_id
+                          ORDER BY condition_start_date)
+                    > 30
+                THEN 1
+                ELSE 0
+            END AS new_era_flag
+        FROM condition_dates
+    ) t
+)
+SELECT
+    ROW_NUMBER() OVER () AS condition_era_id,
+    person_id,
+    condition_concept_id,
+    MIN(condition_start_date) AS condition_era_start_date,
+    MAX(condition_end_date) AS condition_era_end_date,
+    COUNT(*) AS condition_occurrence_count
+FROM era_groups
+GROUP BY person_id, condition_concept_id, era_group;
+```
+
+### 2.4. Truy vấn ứng dụng
+
+```sql
+-- Top 10 bệnh mạn tính (ERA > 365 ngày)
+SELECT
+    c.concept_name AS condition_name,
+    COUNT(DISTINCT ce.person_id) AS patient_count,
+    ROUND(AVG(
+        ce.condition_era_end_date - ce.condition_era_start_date
+    ), 0) AS avg_duration_days,
+    AVG(ce.condition_occurrence_count) AS avg_visits
+FROM condition_era ce
+JOIN concept c ON ce.condition_concept_id = c.concept_id
+WHERE ce.condition_era_end_date - ce.condition_era_start_date > 365
+GROUP BY c.concept_name
+ORDER BY patient_count DESC
+LIMIT 10;
+```
+
+---
+
+## 3. DRUG_ERA
+
+### 3.1. Cấu trúc bảng
+
+| Cột | Kiểu | Bắt buộc | Mô tả |
+|-----|------|----------|-------|
+| `drug_era_id` | INTEGER | ✅ PK | ID duy nhất |
+| `person_id` | INTEGER | ✅ | FK → PERSON |
+| `drug_concept_id` | INTEGER | ✅ | Standard Concept (**Ingredient**) |
+| `drug_era_start_date` | DATE | ✅ | Ngày bắt đầu đợt |
+| `drug_era_end_date` | DATE | ✅ | Ngày kết thúc đợt |
+| `drug_exposure_count` | INTEGER | | Số đơn thuốc gộp |
+| `gap_days` | INTEGER | | Tổng ngày gap giữa prescriptions |
+
+### 3.2. Đặc điểm quan trọng
+
+- `drug_concept_id` luôn ở mức **Ingredient** (không phải Clinical Drug)
+- Tất cả dạng bào chế Metformin → gộp vào 1 Metformin ERA
+- `gap_days`: tổng số ngày BN không dùng thuốc giữa các đơn
+
+### 3.3. Ví dụ trực quan
+
+```
+  drug_exposure records (BN 100001, Metformin):
+  ──────────────────────────────────────────────
+  Đơn 1: Metformin 500mg Tab  01/01 → 30/01 (30 ngày)
+  Đơn 2: Metformin 850mg Tab  05/02 → 06/03 (30 ngày)  gap=6
+  Đơn 3: Metformin 500mg Tab  10/03 → 08/04 (30 ngày)  gap=4
+  [GAP 45 ngày — > 30 → NEW ERA]
+  Đơn 4: Metformin 1000mg Tab 23/05 → 21/06 (30 ngày)
+  ──────────────────────────────────────────────
+
+  drug_era kết quả:
+  ──────────────────────────────────────────────
+  ERA 1: Metformin (Ingredient)
+         01/01 → 08/04 (98 ngày)
+         drug_exposure_count = 3
+         gap_days = 10  (6 + 4)
+
+  ERA 2: Metformin (Ingredient)
+         23/05 → 21/06 (30 ngày)
+         drug_exposure_count = 1
+         gap_days = 0
+  ──────────────────────────────────────────────
+```
+
+### 3.4. Truy vấn: Tuân thủ điều trị
+
+```sql
+-- Tính adherence = (ERA days - gap_days) / ERA days
+SELECT
+    c.concept_name AS drug,
+    de.person_id,
+    de.drug_era_start_date,
+    de.drug_era_end_date,
+    de.drug_era_end_date - de.drug_era_start_date AS era_days,
+    de.gap_days,
+    de.drug_exposure_count,
+    ROUND(
+        (de.drug_era_end_date - de.drug_era_start_date - de.gap_days)
+        * 100.0
+        / NULLIF(de.drug_era_end_date - de.drug_era_start_date, 0),
+        1
+    ) AS adherence_pct
+FROM drug_era de
+JOIN concept c ON de.drug_concept_id = c.concept_id
+WHERE de.person_id = 100001
+ORDER BY de.drug_era_start_date;
+```
+
+### 3.5. Top thuốc sử dụng lâu nhất
+
+```sql
+SELECT
+    c.concept_name AS ingredient,
+    COUNT(DISTINCT de.person_id) AS patient_count,
+    ROUND(AVG(
+        de.drug_era_end_date - de.drug_era_start_date
+    ), 0) AS avg_era_days,
+    ROUND(AVG(de.drug_exposure_count), 1) AS avg_prescriptions,
+    ROUND(AVG(de.gap_days), 0) AS avg_gap_days
+FROM drug_era de
+JOIN concept c ON de.drug_concept_id = c.concept_id
+GROUP BY c.concept_name
+HAVING COUNT(DISTINCT de.person_id) >= 100
+ORDER BY avg_era_days DESC
+LIMIT 15;
+```
+
+---
+
+## 4. DOSE_ERA
+
+### 4.1. Cấu trúc bảng
+
+| Cột | Kiểu | Bắt buộc | Mô tả |
+|-----|------|----------|-------|
+| `dose_era_id` | INTEGER | ✅ PK | ID duy nhất |
+| `person_id` | INTEGER | ✅ | FK → PERSON |
+| `drug_concept_id` | INTEGER | ✅ | Standard Concept (Ingredient) |
+| `unit_concept_id` | INTEGER | ✅ | Đơn vị liều (mg, g) |
+| `dose_value` | FLOAT | ✅ | Liều lượng |
+| `dose_era_start_date` | DATE | ✅ | Ngày bắt đầu |
+| `dose_era_end_date` | DATE | ✅ | Ngày kết thúc |
+
+### 4.2. DOSE_ERA vs DRUG_ERA
+
+```
+  DRUG_ERA:  Gộp theo Ingredient, bỏ qua liều
+  ──────────────────────────────────────────────
+  Metformin ERA: 01/01 → 08/04
+
+  DOSE_ERA:  Gộp theo Ingredient + Liều cụ thể
+  ──────────────────────────────────────────────
+  Metformin 500mg: 01/01 → 30/01
+  Metformin 850mg: 05/02 → 06/03   ← tăng liều
+  Metformin 500mg: 10/03 → 08/04   ← giảm liều
+```
+
+- DOSE_ERA **persistence window = 0**: chỉ gộp khi liên tiếp cùng liều
+- Dùng DRUG_STRENGTH để tính dose_value từ drug_concept_id
+
+### 4.3. Truy vấn: Theo dõi thay đổi liều
+
+```sql
+-- Lịch sử thay đổi liều Metformin
+SELECT
+    de.person_id,
+    c.concept_name AS ingredient,
+    de.dose_value,
+    cu.concept_name AS unit,
+    de.dose_era_start_date,
+    de.dose_era_end_date,
+    de.dose_era_end_date - de.dose_era_start_date AS days_on_dose
+FROM dose_era de
+JOIN concept c ON de.drug_concept_id = c.concept_id
+JOIN concept cu ON de.unit_concept_id = cu.concept_id
+WHERE de.person_id = 100001
+  AND de.drug_concept_id = 1503297  -- Metformin
+ORDER BY de.dose_era_start_date;
+```
+
+### 4.4. Phân tích dose escalation
+
+```sql
+-- Tìm BN có dose escalation (tăng liều theo thời gian)
+WITH dose_changes AS (
+    SELECT
+        de.person_id,
+        de.drug_concept_id,
+        de.dose_value,
+        de.dose_era_start_date,
+        LAG(de.dose_value) OVER (
+            PARTITION BY de.person_id, de.drug_concept_id
+            ORDER BY de.dose_era_start_date
+        ) AS prev_dose
+    FROM dose_era de
+)
+SELECT
+    c.concept_name AS drug,
+    dc.person_id,
+    dc.prev_dose AS from_dose,
+    dc.dose_value AS to_dose,
+    dc.dose_era_start_date AS escalation_date
+FROM dose_changes dc
+JOIN concept c ON dc.drug_concept_id = c.concept_id
+WHERE dc.dose_value > dc.prev_dose  -- Liều tăng
+ORDER BY dc.person_id, c.concept_name, dc.dose_era_start_date;
+```
+
+---
+
+## 5. So sánh 3 bảng ERA
+
+| Đặc điểm | CONDITION_ERA | DRUG_ERA | DOSE_ERA |
+|-----------|--------------|----------|----------|
+| **Nguồn** | condition_occurrence | drug_exposure | drug_exposure + drug_strength |
+| **Concept level** | Standard (SNOMED) | Ingredient | Ingredient |
+| **Persistence window** | 30 ngày | 30 ngày | 0 ngày |
+| **Gộp theo** | person + condition | person + ingredient | person + ingredient + dose |
+| **Đếm records** | condition_occurrence_count | drug_exposure_count | (không có) |
+| **Gap info** | (không có) | gap_days | (không có) |
+| **Dose info** | (không có) | (không có) | dose_value, unit |
+
+---
+
+## 6. Pipeline tạo ERA tables
+
+```
+  Bước 1: ETL source → CDM tables
+  ┌────────────────────┐    ┌─────────────────────┐
+  │ HIS / EMR          │───→│ condition_occurrence │
+  │ (dữ liệu nguồn)   │───→│ drug_exposure        │
+  └────────────────────┘    └──────────┬────────────┘
+                                       │
+  Bước 2: Tạo ERA tables              │
+                                       ↓
+  ┌────────────────────────────────────────────────┐
+  │ ERA Builder Script                              │
+  │                                                 │
+  │ 1. condition_occurrence → CONDITION_ERA          │
+  │    (SNOMED rollup + 30-day window)              │
+  │                                                 │
+  │ 2. drug_exposure + drug_strength → DRUG_ERA     │
+  │    (Ingredient rollup + 30-day window)          │
+  │                                                 │
+  │ 3. drug_exposure + drug_strength → DOSE_ERA     │
+  │    (Ingredient + dose + 0-day window)           │
+  └────────────────────────────────────────────────┘
+
+  Bước 3: Validate
+  ┌────────────────────────────────────┐
+  │ - Mỗi ERA có start <= end          │
+  │ - occurrence_count >= 1             │
+  │ - gap_days >= 0                     │
+  │ - Không khoảng trống logic          │
+  └────────────────────────────────────┘
+```
+
+---
+
+## Tổng kết
+
+1. **ERA** = gộp nhiều records liên tiếp thành 1 đợt duy nhất
+2. **CONDITION_ERA**: 30 ngày window, SNOMED standard concept
+3. **DRUG_ERA**: 30 ngày window, Ingredient level, có `gap_days` tính adherence
+4. **DOSE_ERA**: 0 ngày window, theo dõi thay đổi liều theo thời gian
+5. ERA tables được **tạo tự động** sau ETL, không nhập trực tiếp
+
+**Bài tiếp theo:** CDM_SOURCE, METADATA, COHORT & Tổng kết series.
+
+---
+
+## Tài liệu tham khảo
+
+- [OMOP CDM 5.4 — CONDITION_ERA](https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm54.html#CONDITION_ERA)
+- [OMOP CDM 5.4 — DRUG_ERA](https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm54.html#DRUG_ERA)
+- [OMOP CDM 5.4 — DOSE_ERA](https://ohdsi.github.io/CommonDataModel/cdm54.html#DOSE_ERA)
+- [Book of OHDSI — ch. 6: Standardized Derived Elements](https://ohdsi.github.io/TheBookOfOhdsi/)