npm - @sjcrh/proteinpaint-server - Versions diffs - 2.44.0 → 2.46.1 - Mend

@sjcrh/proteinpaint-server 2.44.0 → 2.46.1

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package/dataset/clinvar.hg19.js +53 -52
package/dataset/clinvar.hg38.js +74 -73
package/dataset/clinvar.js +164 -47
package/dataset/termdb.test.js +257 -0
package/genome/CriGri.js +1859 -27
package/genome/cgc.js +743 -7
package/genome/danRer10.js +1108 -46
package/genome/dm3.js +71 -44
package/genome/dm6.js +1926 -45
package/genome/galGal5.js +23522 -46
package/genome/galGal6.js +512 -46
package/genome/hg19.js +293 -198
package/genome/hg38.js +472 -105
package/genome/hg38.test.js +406 -40
package/genome/hgvirus.js +45 -20
package/genome/mm10.js +135 -67
package/genome/mm9.js +116 -79
package/genome/rn6.js +1002 -47
package/package.json +31 -35
package/routes/_template_.js +30 -0
package/routes/burden.js +149 -0
package/routes/dataset.js +266 -0
package/routes/dsdata.js +127 -0
package/routes/gdc.maf.js +120 -0
package/routes/gdc.mafBuild.js +106 -0
package/routes/gdc.topMutatedGenes.js +465 -0
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package/routes/genelookup.js +52 -0
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package/routes/healthcheck.js +30 -0
package/routes/hicdata.js +98 -0
package/routes/hicstat.js +55 -0
package/routes/isoformlst.js +57 -0
package/routes/ntseq.js +43 -0
package/routes/pdomain.js +61 -0
package/routes/snp.js +107 -0
package/routes/termdb.categories.js +209 -0
package/routes/termdb.cluster.js +228 -0
package/routes/termdb.cohort.summary.js +38 -0
package/routes/termdb.cohorts.js +49 -0
package/routes/termdb.config.js +202 -0
package/routes/termdb.getdescrstats.js +102 -0
package/routes/termdb.getnumericcategories.js +92 -0
package/routes/termdb.getpercentile.js +108 -0
package/routes/termdb.getrootterm.js +65 -0
package/routes/termdb.gettermchildren.js +67 -0
package/routes/termdb.singleSampleMutation.js +80 -0
package/routes/termdb.singlecellData.js +46 -0
package/routes/termdb.singlecellSamples.js +160 -0
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package/routes/termdb.topVariablyExpressedGenes.js +171 -0
package/routes/termdb.violin.js +77 -0
package/src/app.js +41500 -0
package/src/serverconfig.js +14 -8
package/start.js +3 -3
package/routes/README.md +0 -84
package/routes/burden.ts +0 -143
package/routes/gdc.maf.ts +0 -195
package/routes/gdc.mafBuild.ts +0 -114
package/routes/gdc.topMutatedGenes.ts +0 -586
package/routes/genelookup.ts +0 -50
package/routes/healthcheck.ts +0 -29
package/routes/hicdata.ts +0 -111
package/routes/hicstat.ts +0 -55
package/routes/termdb.categories.ts +0 -245
package/routes/termdb.cluster.ts +0 -248
package/routes/termdb.getdescrstats.ts +0 -102
package/routes/termdb.getnumericcategories.ts +0 -99
package/routes/termdb.getpercentile.ts +0 -118
package/routes/termdb.getrootterm.ts +0 -73
package/routes/termdb.gettermchildren.ts +0 -82
package/routes/termdb.singleSampleMutation.ts +0 -87
package/routes/termdb.singlecellData.ts +0 -49
package/routes/termdb.singlecellSamples.ts +0 -175
package/routes/termdb.termsbyids.ts +0 -63
package/routes/termdb.topVariablyExpressedGenes.ts +0 -214
package/routes/termdb.violin.ts +0 -77
package/server.js +0 -2
package/server.js.map +0 -1
package/shared/common.js +0 -1080
package/shared/termdb.initbinconfig.js +0 -96
package/shared/vcf.js +0 -629

package/genome/CriGri.js CHANGED Viewed

@@ -1,28 +1,1860 @@
-"use strict";
-Object.defineProperty(exports, "__esModule", { value: true });
-exports.default = {
-    species: 'Chinese hamster ovary cells',
-    genomefile: 'genomes/CriGri.fa.gz',
-    genedb: {
-        dbfile: 'anno/genes.CriGri.db',
-    },
-    tracks: [
-        {
-            __isgene: true,
-            translatecoding: true,
-            file: 'anno/CriGri.gz',
-            type: 'bedj',
-            name: 'Ensembl genes',
-            stackheight: 16,
-            stackspace: 1,
-            vpad: 4,
-            color: '#1D591D',
-        }
-    ],
-    defaultcoord: {
-        chr: 'RAZU01000265.1',
-        start: 3866092,
-        stop: 4073253
-    },
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+var CriGri_default = {
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+  genedb: {
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+  },
+  tracks: [
+    {
+      __isgene: true,
+      translatecoding: true,
+      file: "anno/CriGri.gz",
+      type: "bedj",
+      name: "Ensembl genes",
+      stackheight: 16,
+      stackspace: 1,
+      vpad: 4,
+      color: "#1D591D"
+    }
+  ],
+  defaultcoord: {
+    chr: "RAZU01000265.1",
+    start: 3866092,
+    stop: 4073253
+  },
+  majorchr: `
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