@sjcrh/proteinpaint-server 2.16.0 → 2.18.0

This diff represents the content of publicly available package versions that have been released to one of the supported registries. The information contained in this diff is provided for informational purposes only and reflects changes between package versions as they appear in their respective public registries.
package/genome/galGal6.js CHANGED
@@ -1,512 +1,48 @@
1
- module.exports = {
2
- species: 'chicken',
3
- genomefile: 'genomes/galGal6.gz',
4
- genedb: {
5
- dbfile: 'anno/genes.galGal6.db'
6
- },
7
-
8
- tracks: [
9
- {
10
- __isgene: true,
11
- translatecoding: true,
12
- file: 'anno/ncbiRefSeq.galGal6.gz',
13
- type: 'bedj',
14
- name: 'NCBI RefSeq genes',
15
- stackheight: 16,
16
- stackspace: 1,
17
- vpad: 4,
18
- color: '#1D591D'
19
- },
20
- {
21
- type: 'bedj',
22
- name: 'RepeatMasker',
23
- stackheight: 14,
24
- file: 'anno/rmsk.galGal6.gz',
25
- onerow: true,
26
- categories: {
27
- SINE: { color: '#ED8C8E', label: 'SINE' },
28
- LINE: { color: '#EDCB8C', label: 'LINE' },
29
- LTR: { color: '#E38CED', label: 'LTR' },
30
- DNA: { color: '#8C8EED', label: 'DNA transposon' },
31
- simple: { color: '#8EB88C', label: 'Simple repeats' },
32
- low_complexity: { color: '#ACEBA9', label: 'Low complexity' },
33
- satellite: { color: '#B59A84', label: 'Satellite' },
34
- RNA: { color: '#9DE0E0', label: 'RNA repeat' },
35
- other: { color: '#9BADC2', label: 'Other' },
36
- unknown: { color: '#858585', label: 'Unknown' }
37
- }
38
- }
39
- ],
40
- defaultcoord: {
41
- chr: 'chr2',
42
- start: 32430516,
43
- stop: 32858004
44
- },
45
- majorchr: `
46
- chr1 197608386
47
- chr2 149682049
48
- chr3 110838418
49
- chr4 91315245
50
- chrZ 82529921
51
- chr5 59809098
52
- chr7 36742308
53
- chr6 36374701
54
- chr8 30219446
55
- chr9 24153086
56
- chr10 21119840
57
- chr12 20387278
58
- chr11 20200042
59
- chr13 19166714
60
- chr14 16219308
61
- chr20 13897287
62
- chr15 13062184
63
- chr18 11373140
64
- chr17 10762512
65
- chr19 10323212
66
- chr27 8080432
67
- chr33 7821666
68
- chr21 6844979
69
- chrW 6813114
70
- chr24 6491222
71
- chr31 6153034
72
- chr23 6149580
73
- chr26 6055710
74
- chr22 5459462
75
- chr28 5116882
76
- chr25 3980610
77
- chr16 2844601`,
78
- minorchr: `
79
-
80
- chrUn_NW_020110167v1 2023903
81
- chrUn_NW_020110164v1 2003471
82
- chrUn_NW_020110165v1 1977309
83
- chr30 1818525
84
- chrUn_NW_020110162v1 1222195
85
- chrUn_NW_020110163v1 900507
86
- chr32 725831
87
- chrUn_NW_020110160v1 696307
88
- chrUn_NW_020110161v1 665899
89
- chrUn_NW_020110158v1 468536
90
- chrUn_NW_020110159v1 199634
91
- chrUn_NW_020110156v1 177577
92
- chr16_NW_020109758v1_random 149503
93
- chrUn_NW_020110157v1 94788
94
- chrUn_NW_020110154v1 61939
95
- chrUn_NW_020110155v1 53716
96
- chrUn_NW_020110152v1 52554
97
- chrUn_NW_020110153v1 48347
98
- chrUn_NW_020110150v1 42067
99
- chrUn_NW_020110151v1 39545
100
- chrUn_NW_020110148v1 34471
101
- chrUn_NW_020110149v1 34291
102
- chrUn_NW_020109843v1 33802
103
- chrUn_NW_020109841v1 33731
104
- chrUn_NW_020109842v1 33531
105
- chrUn_NW_020109840v1 33083
106
- chrUn_NW_020109839v1 33030
107
- chrUn_NW_020109838v1 30818
108
- chrUn_NW_020109837v1 30439
109
- chrUn_NW_020109836v1 30225
110
- chrUn_NW_020109835v1 30157
111
- chrUn_NW_020109834v1 29697
112
- chrUn_NW_020109833v1 28243
113
- chrW_NW_020109826v1_random 28212
114
- chr9_NW_020109754v1_random 27963
115
- chrUn_NW_020109832v1 27830
116
- chrW_NW_020109825v1_random 27808
117
- chrUn_NW_020109831v1 27130
118
- chrUn_NW_020109830v1 27104
119
- chrUn_NW_020110147v1 26960
120
- chrUn_NW_020110145v1 26595
121
- chrUn_NW_020110146v1 26310
122
- chrUn_NW_020110143v1 26298
123
- chrUn_NW_020110144v1 26150
124
- chrUn_NW_020110141v1 26131
125
- chrUn_NW_020110142v1 25700
126
- chrUn_NW_020110139v1 25466
127
- chrUn_NW_020110140v1 25409
128
- chrUn_NW_020110137v1 25301
129
- chrUn_NW_020110138v1 24712
130
- chrUn_NW_020110135v1 24315
131
- chrUn_NW_020110136v1 24179
132
- chrW_NW_020109824v1_random 24105
133
- chrUn_NW_020110133v1 23907
134
- chrUn_NW_020110134v1 23766
135
- chrUn_NW_020110131v1 23748
136
- chrW_NW_020109823v1_random 23209
137
- chrUn_NW_020110132v1 23190
138
- chrUn_NW_020110129v1 22982
139
- chrW_NW_020109822v1_random 22964
140
- chrUn_NW_020110130v1 22641
141
- chrUn_NW_020110127v1 22621
142
- chrUn_NW_020110128v1 22381
143
- chrUn_NW_020110125v1 22379
144
- chr1_NW_020109743v1_random 22289
145
- chrUn_NW_020110126v1 21751
146
- chrUn_NW_020110123v1 21699
147
- chrUn_NW_020110124v1 21677
148
- chrUn_NW_020110121v1 21586
149
- chrUn_NW_020110122v1 21580
150
- chr1_NW_020109742v1_random 21511
151
- chrUn_NW_020110119v1 21427
152
- chrUn_NW_020110120v1 21266
153
- chrUn_NW_020110117v1 20717
154
- chrUn_NW_020110118v1 20496
155
- chrUn_NW_020110115v1 20494
156
- chrUn_NW_020110116v1 20270
157
- chrW_NW_020109821v1_random 19928
158
- chrUn_NW_020110113v1 19903
159
- chrW_NW_020109820v1_random 19850
160
- chrW_NW_020109819v1_random 19721
161
- chrUn_NW_020110114v1 19536
162
- chrW_NW_020109818v1_random 19471
163
- chrW_NW_020109817v1_random 19204
164
- chrUn_NW_020110111v1 19095
165
- chrW_NW_020109816v1_random 19032
166
- chrUn_NW_020110112v1 18989
167
- chr23_NW_020109766v1_random 18922
168
- chr6_NW_020109753v1_random 18845
169
- chrUn_NW_020110109v1 18705
170
- chrUn_NW_020110110v1 18507
171
- chrUn_NW_020110107v1 18412
172
- chrUn_NW_020110108v1 18344
173
- chrUn_NW_020110105v1 18101
174
- chrUn_NW_020110106v1 18034
175
- chrW_NW_020109815v1_random 18028
176
- chrW_NW_020109814v1_random 17442
177
- chrUn_NW_020110103v1 17402
178
- chrW_NW_020109813v1_random 17321
179
- chrUn_NW_020110104v1 17237
180
- chrW_NW_020109812v1_random 17224
181
- chrW_NW_020109811v1_random 17217
182
- chrUn_NW_020110101v1 17007
183
- chrM 16775
184
- chrUn_NW_020110102v1 16505
185
- chrUn_NW_020110099v1 16464
186
- chrW_NW_020109810v1_random 16320
187
- chrUn_NW_020110100v1 16245
188
- chrUn_NW_020110097v1 16233
189
- chr23_NW_020109765v1_random 16157
190
- chrUn_NW_020110098v1 16140
191
- chrUn_NW_020110095v1 16129
192
- chrUn_NW_020110096v1 16106
193
- chrW_NW_020109809v1_random 16043
194
- chrUn_NW_020110093v1 16031
195
- chrUn_NW_020110094v1 15929
196
- chrUn_NW_020110091v1 15680
197
- chrUn_NW_020110092v1 15663
198
- chrUn_NW_020110089v1 15638
199
- chrZ_NW_020109829v1_random 15587
200
- chrUn_NW_020110090v1 15492
201
- chrW_NW_020109808v1_random 15438
202
- chrUn_NW_020110087v1 15417
203
- chrUn_NW_020110088v1 15387
204
- chrUn_NW_020110085v1 15167
205
- chrUn_NW_020110086v1 15134
206
- chrUn_NW_020110083v1 15132
207
- chrUn_NW_020110084v1 15049
208
- chr23_NW_020109764v1_random 15003
209
- chrW_NW_020109807v1_random 14810
210
- chrUn_NW_020110081v1 14773
211
- chrUn_NW_020110082v1 14715
212
- chrUn_NW_020110079v1 14655
213
- chrUn_NW_020110080v1 14613
214
- chrUn_NW_020110077v1 14604
215
- chrUn_NW_020110078v1 14494
216
- chrW_NW_020109806v1_random 14330
217
- chrUn_NW_020110075v1 14298
218
- chrUn_NW_020110076v1 14205
219
- chrUn_NW_020110073v1 14131
220
- chrUn_NW_020110074v1 14086
221
- chrW_NW_020109805v1_random 14047
222
- chrUn_NW_020110071v1 13985
223
- chrUn_NW_020110072v1 13913
224
- chrW_NW_020109804v1_random 13829
225
- chrUn_NW_020110069v1 13798
226
- chrUn_NW_020110070v1 13793
227
- chrW_NW_020109803v1_random 13691
228
- chrUn_NW_020110067v1 13671
229
- chrUn_NW_020110068v1 13599
230
- chrUn_NW_020110065v1 13513
231
- chrUn_NW_020110066v1 13240
232
- chrUn_NW_020110063v1 13224
233
- chrUn_NW_020110064v1 13157
234
- chrUn_NW_020110061v1 13139
235
- chrUn_NW_020110062v1 13021
236
- chrUn_NW_020110059v1 12987
237
- chrUn_NW_020110060v1 12986
238
- chrUn_NW_020110057v1 12789
239
- chrW_NW_020109802v1_random 12728
240
- chrUn_NW_020110058v1 12721
241
- chrUn_NW_020110055v1 12562
242
- chrUn_NW_020110056v1 12537
243
- chrUn_NW_020110053v1 12430
244
- chrUn_NW_020110054v1 12389
245
- chrUn_NW_020110051v1 12152
246
- chrUn_NW_020110052v1 12129
247
- chrW_NW_020109801v1_random 12127
248
- chrUn_NW_020110049v1 12125
249
- chrUn_NW_020110050v1 12040
250
- chrUn_NW_020110047v1 11985
251
- chrUn_NW_020110048v1 11970
252
- chrUn_NW_020110045v1 11891
253
- chrUn_NW_020110046v1 11743
254
- chrUn_NW_020110043v1 11663
255
- chrUn_NW_020110044v1 11473
256
- chrUn_NW_020110041v1 11376
257
- chr31_NW_020109771v1_random 11340
258
- chr31_NW_020109770v1_random 11305
259
- chrUn_NW_020110042v1 11254
260
- chrUn_NW_020110039v1 11212
261
- chrUn_NW_020110040v1 11204
262
- chrW_NW_020109800v1_random 11068
263
- chrUn_NW_020110037v1 11066
264
- chrUn_NW_020110038v1 10993
265
- chrUn_NW_020110035v1 10984
266
- chr6_NW_020109752v1_random 10928
267
- chrW_NW_020109799v1_random 10871
268
- chr1_NW_020109741v1_random 10869
269
- chrUn_NW_020110036v1 10816
270
- chr6_NW_020109751v1_random 10724
271
- chrUn_NW_020110033v1 10691
272
- chrW_NW_020109798v1_random 10551
273
- chrUn_NW_020110034v1 10473
274
- chrUn_NW_020110031v1 10371
275
- chrW_NW_020109797v1_random 10371
276
- chrW_NW_020109796v1_random 10224
277
- chrW_NW_020109795v1_random 10162
278
- chrW_NW_020109794v1_random 10106
279
- chrUn_NW_020110032v1 10066
280
- chrUn_NW_020110029v1 10056
281
- chrUn_NW_020110030v1 10010
282
- chrUn_NW_020110027v1 9935
283
- chrUn_NW_020110028v1 9888
284
- chrUn_NW_020110025v1 9858
285
- chrUn_NW_020110026v1 9696
286
- chrUn_NW_020110023v1 9688
287
- chrUn_NW_020110024v1 9619
288
- chrUn_NW_020110021v1 9617
289
- chrW_NW_020109793v1_random 9607
290
- chrUn_NW_020110022v1 9579
291
- chrUn_NW_020110019v1 9568
292
- chr31_NW_020109769v1_random 9481
293
- chrUn_NW_020110020v1 9469
294
- chrUn_NW_020110017v1 9308
295
- chrW_NW_020109792v1_random 9182
296
- chrUn_NW_020110018v1 9172
297
- chrUn_NW_020110015v1 9118
298
- chrW_NW_020109791v1_random 9034
299
- chrUn_NW_020110016v1 9032
300
- chrUn_NW_020110013v1 8999
301
- chrUn_NW_020110014v1 8915
302
- chrUn_NW_020110011v1 8913
303
- chrW_NW_020109790v1_random 8909
304
- chrUn_NW_020110012v1 8891
305
- chrUn_NW_020110009v1 8846
306
- chrUn_NW_020110010v1 8788
307
- chrUn_NW_020110007v1 8749
308
- chrUn_NW_020110008v1 8722
309
- chrUn_NW_020110005v1 8656
310
- chrUn_NW_020110006v1 8637
311
- chrW_NW_020109789v1_random 8559
312
- chrUn_NW_020110003v1 8516
313
- chrUn_NW_020110004v1 8464
314
- chrUn_NW_020110001v1 8294
315
- chrW_NW_020109788v1_random 8275
316
- chrW_NW_020109787v1_random 8267
317
- chrUn_NW_020110002v1 8247
318
- chrUn_NW_020109999v1 8242
319
- chrUn_NW_020110000v1 8189
320
- chrUn_NW_020109997v1 8180
321
- chrW_NW_020109786v1_random 8166
322
- chrUn_NW_020109998v1 8152
323
- chrUn_NW_020109995v1 8118
324
- chrUn_NW_020109996v1 8110
325
- chrUn_NW_020109993v1 8038
326
- chrUn_NW_020109994v1 8025
327
- chrUn_NW_020109991v1 7923
328
- chrUn_NW_020109992v1 7918
329
- chrW_NW_020109785v1_random 7878
330
- chrW_NW_020109784v1_random 7765
331
- chrUn_NW_020109989v1 7675
332
- chrUn_NW_020109990v1 7655
333
- chrUn_NW_020109987v1 7621
334
- chrUn_NW_020109988v1 7511
335
- chrUn_NW_020110168v1 7419
336
- chrUn_NW_020109985v1 7336
337
- chrUn_NW_020109986v1 7298
338
- chr3_NW_020109747v1_random 7246
339
- chrUn_NW_020109983v1 7090
340
- chrW_NW_020109783v1_random 7074
341
- chrUn_NW_020109984v1 6958
342
- chrW_NW_020109782v1_random 6929
343
- chrUn_NW_020109981v1 6925
344
- chrUn_NW_020109982v1 6885
345
- chrUn_NW_020109979v1 6881
346
- chrW_NW_020109781v1_random 6830
347
- chrUn_NW_020109977v1 6824
348
- chrUn_NW_020109980v1 6824
349
- chrUn_NW_020109978v1 6814
350
- chrUn_NW_020109975v1 6808
351
- chrUn_NW_020109976v1 6764
352
- chrUn_NW_020109973v1 6698
353
- chrW_NW_020109780v1_random 6668
354
- chrUn_NW_020109974v1 6638
355
- chrUn_NW_020109971v1 6586
356
- chrUn_NW_020109972v1 6564
357
- chrUn_NW_020109969v1 6539
358
- chrUn_NW_020109970v1 6414
359
- chrUn_NW_020109967v1 6378
360
- chrUn_NW_020109968v1 6349
361
- chrUn_NW_020109965v1 6324
362
- chrUn_NW_020109966v1 6318
363
- chr3_NW_020109746v1_random 6272
364
- chrUn_NW_020109963v1 6269
365
- chrUn_NW_020109964v1 6243
366
- chrUn_NW_020109961v1 6185
367
- chrUn_NW_020109962v1 6066
368
- chrUn_NW_020109959v1 6042
369
- chrUn_NW_020109960v1 5955
370
- chr1_NW_020109740v1_random 5861
371
- chrUn_NW_020109957v1 5791
372
- chrUn_NW_020109958v1 5694
373
- chrUn_NW_020109955v1 5685
374
- chrUn_NW_020109956v1 5662
375
- chrUn_NW_020109953v1 5637
376
- chrW_NW_020109779v1_random 5587
377
- chrUn_NW_020109954v1 5521
378
- chrUn_NW_020109951v1 5419
379
- chrUn_NW_020109952v1 5289
380
- chrUn_NW_020109949v1 5230
381
- chr6_NW_020109750v1_random 5224
382
- chrUn_NW_020109950v1 5199
383
- chrUn_NW_020109947v1 5075
384
- chrUn_NW_020109948v1 5044
385
- chrUn_NW_020110169v1 4840
386
- chrUn_NW_020109945v1 4808
387
- chrUn_NW_020109946v1 4777
388
- chrUn_NW_020109943v1 4766
389
- chrUn_NW_020109944v1 4730
390
- chrUn_NW_020109941v1 4685
391
- chr1_NW_020109739v1_random 4675
392
- chrUn_NW_020109942v1 4652
393
- chrUn_NW_020109939v1 4621
394
- chrUn_NW_020109940v1 4617
395
- chrUn_NW_020109937v1 4511
396
- chrUn_NW_020109938v1 4451
397
- chr6_NW_020109749v1_random 4448
398
- chrUn_NW_020110166v1 4360
399
- chrUn_NW_020109935v1 4359
400
- chrUn_NW_020109936v1 4266
401
- chrUn_NW_020109933v1 4245
402
- chrUn_NW_020109934v1 4206
403
- chrUn_NW_020109931v1 4198
404
- chrUn_NW_020109932v1 4154
405
- chr6_NW_020109748v1_random 4087
406
- chrUn_NW_020109929v1 4040
407
- chrUn_NW_020109930v1 4037
408
- chrUn_NW_020109927v1 3973
409
- chrUn_NW_020109928v1 3863
410
- chrUn_NW_020109925v1 3847
411
- chrUn_NW_020109926v1 3687
412
- chrUn_NW_020109923v1 3680
413
- chrUn_NW_020109924v1 3660
414
- chrUn_NW_020109921v1 3657
415
- chrUn_NW_020109922v1 3647
416
- chrUn_NW_020109919v1 3584
417
- chrUn_NW_020109920v1 3581
418
- chrUn_NW_020109917v1 3531
419
- chrUn_NW_020109918v1 3516
420
- chrUn_NW_020109915v1 3504
421
- chrUn_NW_020109916v1 3436
422
- chrUn_NW_020109913v1 3346
423
- chrW_NW_020109778v1_random 3094
424
- chrUn_NW_020109914v1 3019
425
- chrUn_NW_020109911v1 2991
426
- chrUn_NW_020109912v1 2985
427
- chrUn_NW_020109909v1 2979
428
- chrUn_NW_020109910v1 2948
429
- chrUn_NW_020109907v1 2928
430
- chrUn_NW_020109908v1 2902
431
- chrUn_NW_020109905v1 2898
432
- chrUn_NW_020109906v1 2883
433
- chrUn_NW_020109903v1 2758
434
- chrUn_NW_020109904v1 2663
435
- chrUn_NW_020109901v1 2615
436
- chrUn_NW_020109902v1 2610
437
- chrUn_NW_020109899v1 2599
438
- chrUn_NW_020109900v1 2568
439
- chrUn_NW_020109897v1 2566
440
- chrUn_NW_020109898v1 2555
441
- chrUn_NW_020109895v1 2520
442
- chrUn_NW_020109896v1 2481
443
- chrUn_NW_020109893v1 2462
444
- chrUn_NW_020109894v1 2402
445
- chr1_NW_020109738v1_random 2384
446
- chrUn_NW_020109891v1 2308
447
- chrUn_NW_020109892v1 2262
448
- chrUn_NW_020109889v1 2260
449
- chrUn_NW_020109890v1 2214
450
- chr13_NW_020109755v1_random 2157
451
- chrUn_NW_020109887v1 2149
452
- chrW_NW_020109777v1_random 2092
453
- chrUn_NW_020109888v1 2087
454
- chrUn_NW_020109885v1 2071
455
- chr15_NW_020109757v1_random 2034
456
- chrUn_NW_020109886v1 2033
457
- chrW_NW_020109776v1_random 2003
458
- chrUn_NW_020109883v1 1935
459
- chrUn_NW_020109884v1 1908
460
- chr25_NW_020109767v1_random 1884
461
- chrUn_NW_020109881v1 1840
462
- chrUn_NW_020109882v1 1834
463
- chrUn_NW_020109879v1 1800
464
- chr3_NW_020109745v1_random 1783
465
- chrUn_NW_020109880v1 1782
466
- chr1_NW_020109737v1_random 1765
467
- chrUn_NW_020109877v1 1756
468
- chrUn_NW_020109878v1 1752
469
- chrUn_NW_020109875v1 1748
470
- chrUn_NW_020109876v1 1664
471
- chr23_NW_020109763v1_random 1662
472
- chrUn_NW_020109873v1 1643
473
- chrUn_NW_020109874v1 1589
474
- chrUn_NW_020109871v1 1579
475
- chrW_NW_020109775v1_random 1568
476
- chrUn_NW_020109872v1 1547
477
- chr28_NW_020109768v1_random 1519
478
- chrUn_NW_020109869v1 1453
479
- chrUn_NW_020109870v1 1394
480
- chrUn_NW_020109867v1 1381
481
- chrUn_NW_020109868v1 1367
482
- chr23_NW_020109762v1_random 1264
483
- chrUn_NW_020109865v1 1173
484
- chrUn_NW_020109866v1 1167
485
- chr19_NW_020109759v1_random 1131
486
- chrUn_NW_020109863v1 1115
487
- chrUn_NW_020109864v1 1086
488
- chrUn_NW_020109861v1 966
489
- chrUn_NW_020109862v1 955
490
- chrUn_NW_020109859v1 950
491
- chr22_NW_020109760v1_random 918
492
- chrUn_NW_020109860v1 848
493
- chrUn_NW_020109857v1 806
494
- chrUn_NW_020109858v1 791
495
- chr14_NW_020109756v1_random 765
496
- chrUn_NW_020109855v1 678
497
- chrUn_NW_020109856v1 677
498
- chrUn_NW_020109853v1 676
499
- chrUn_NW_020109854v1 644
500
- chrUn_NW_020109851v1 623
501
- chrUn_NW_020109852v1 597
502
- chrUn_NW_020109849v1 579
503
- chrUn_NW_020109850v1 555
504
- chr3_NW_020109744v1_random 509
505
- chrUn_NW_020109847v1 345
506
- chrUn_NW_020109848v1 342
507
- chr23_NW_020109761v1_random 322
508
- chrUn_NW_020109845v1 246
509
- chrUn_NW_020109846v1 195
510
- chr33_NW_020109772v1_random 182
511
- chrUn_NW_020109844v1 87`
512
- }
1
+ "use strict";
2
+ Object.defineProperty(exports, "__esModule", { value: true });
3
+ exports.default = {
4
+ species: 'chicken',
5
+ genomefile: 'genomes/galGal6.gz',
6
+ genedb: {
7
+ dbfile: 'anno/genes.galGal6.db'
8
+ },
9
+ tracks: [
10
+ {
11
+ __isgene: true,
12
+ translatecoding: true,
13
+ file: 'anno/ncbiRefSeq.galGal6.gz',
14
+ type: 'bedj',
15
+ name: 'NCBI RefSeq genes',
16
+ stackheight: 16,
17
+ stackspace: 1,
18
+ vpad: 4,
19
+ color: '#1D591D'
20
+ },
21
+ {
22
+ type: 'bedj',
23
+ name: 'RepeatMasker',
24
+ stackheight: 14,
25
+ file: 'anno/rmsk.galGal6.gz',
26
+ onerow: true,
27
+ categories: {
28
+ SINE: { color: '#ED8C8E', label: 'SINE' },
29
+ LINE: { color: '#EDCB8C', label: 'LINE' },
30
+ LTR: { color: '#E38CED', label: 'LTR' },
31
+ DNA: { color: '#8C8EED', label: 'DNA transposon' },
32
+ simple: { color: '#8EB88C', label: 'Simple repeats' },
33
+ low_complexity: { color: '#ACEBA9', label: 'Low complexity' },
34
+ satellite: { color: '#B59A84', label: 'Satellite' },
35
+ RNA: { color: '#9DE0E0', label: 'RNA repeat' },
36
+ other: { color: '#9BADC2', label: 'Other' },
37
+ unknown: { color: '#858585', label: 'Unknown' }
38
+ }
39
+ }
40
+ ],
41
+ defaultcoord: {
42
+ chr: 'chr2',
43
+ start: 32430516,
44
+ stop: 32858004
45
+ },
46
+ majorchr: "\nchr1\t197608386\nchr2\t149682049\nchr3\t110838418\nchr4\t91315245\nchrZ\t82529921\nchr5\t59809098\nchr7\t36742308\nchr6\t36374701\nchr8\t30219446\nchr9\t24153086\nchr10\t21119840\nchr12\t20387278\nchr11\t20200042\nchr13\t19166714\nchr14\t16219308\nchr20\t13897287\nchr15\t13062184\nchr18\t11373140\nchr17\t10762512\nchr19\t10323212\nchr27\t8080432\nchr33\t7821666\nchr21\t6844979\nchrW\t6813114\nchr24\t6491222\nchr31\t6153034\nchr23\t6149580\nchr26\t6055710\nchr22\t5459462\nchr28\t5116882\nchr25\t3980610\nchr16\t2844601",
47
+ minorchr: "\n\nchrUn_NW_020110167v1\t2023903\nchrUn_NW_020110164v1\t2003471\nchrUn_NW_020110165v1\t1977309\nchr30\t1818525\nchrUn_NW_020110162v1\t1222195\nchrUn_NW_020110163v1\t900507\nchr32\t725831\nchrUn_NW_020110160v1\t696307\nchrUn_NW_020110161v1\t665899\nchrUn_NW_020110158v1\t468536\nchrUn_NW_020110159v1\t199634\nchrUn_NW_020110156v1\t177577\nchr16_NW_020109758v1_random\t149503\nchrUn_NW_020110157v1\t94788\nchrUn_NW_020110154v1\t61939\nchrUn_NW_020110155v1\t53716\nchrUn_NW_020110152v1\t52554\nchrUn_NW_020110153v1\t48347\nchrUn_NW_020110150v1\t42067\nchrUn_NW_020110151v1\t39545\nchrUn_NW_020110148v1\t34471\nchrUn_NW_020110149v1\t34291\nchrUn_NW_020109843v1\t33802\nchrUn_NW_020109841v1\t33731\nchrUn_NW_020109842v1\t33531\nchrUn_NW_020109840v1\t33083\nchrUn_NW_020109839v1\t33030\nchrUn_NW_020109838v1\t30818\nchrUn_NW_020109837v1\t30439\nchrUn_NW_020109836v1\t30225\nchrUn_NW_020109835v1\t30157\nchrUn_NW_020109834v1\t29697\nchrUn_NW_020109833v1\t28243\nchrW_NW_020109826v1_random\t28212\nchr9_NW_020109754v1_random\t27963\nchrUn_NW_020109832v1\t27830\nchrW_NW_020109825v1_random\t27808\nchrUn_NW_020109831v1\t27130\nchrUn_NW_020109830v1\t27104\nchrUn_NW_020110147v1\t26960\nchrUn_NW_020110145v1\t26595\nchrUn_NW_020110146v1\t26310\nchrUn_NW_020110143v1\t26298\nchrUn_NW_020110144v1\t26150\nchrUn_NW_020110141v1\t26131\nchrUn_NW_020110142v1\t25700\nchrUn_NW_020110139v1\t25466\nchrUn_NW_020110140v1\t25409\nchrUn_NW_020110137v1\t25301\nchrUn_NW_020110138v1\t24712\nchrUn_NW_020110135v1\t24315\nchrUn_NW_020110136v1\t24179\nchrW_NW_020109824v1_random\t24105\nchrUn_NW_020110133v1\t23907\nchrUn_NW_020110134v1\t23766\nchrUn_NW_020110131v1\t23748\nchrW_NW_020109823v1_random\t23209\nchrUn_NW_020110132v1\t23190\nchrUn_NW_020110129v1\t22982\nchrW_NW_020109822v1_random\t22964\nchrUn_NW_020110130v1\t22641\nchrUn_NW_020110127v1\t22621\nchrUn_NW_020110128v1\t22381\nchrUn_NW_020110125v1\t22379\nchr1_NW_020109743v1_random\t22289\nchrUn_NW_020110126v1\t21751\nchrUn_NW_020110123v1\t21699\nchrUn_NW_020110124v1\t21677\nchrUn_NW_020110121v1\t21586\nchrUn_NW_020110122v1\t21580\nchr1_NW_020109742v1_random\t21511\nchrUn_NW_020110119v1\t21427\nchrUn_NW_020110120v1\t21266\nchrUn_NW_020110117v1\t20717\nchrUn_NW_020110118v1\t20496\nchrUn_NW_020110115v1\t20494\nchrUn_NW_020110116v1\t20270\nchrW_NW_020109821v1_random\t19928\nchrUn_NW_020110113v1\t19903\nchrW_NW_020109820v1_random\t19850\nchrW_NW_020109819v1_random\t19721\nchrUn_NW_020110114v1\t19536\nchrW_NW_020109818v1_random\t19471\nchrW_NW_020109817v1_random\t19204\nchrUn_NW_020110111v1\t19095\nchrW_NW_020109816v1_random\t19032\nchrUn_NW_020110112v1\t18989\nchr23_NW_020109766v1_random\t18922\nchr6_NW_020109753v1_random\t18845\nchrUn_NW_020110109v1\t18705\nchrUn_NW_020110110v1\t18507\nchrUn_NW_020110107v1\t18412\nchrUn_NW_020110108v1\t18344\nchrUn_NW_020110105v1\t18101\nchrUn_NW_020110106v1\t18034\nchrW_NW_020109815v1_random\t18028\nchrW_NW_020109814v1_random\t17442\nchrUn_NW_020110103v1\t17402\nchrW_NW_020109813v1_random\t17321\nchrUn_NW_020110104v1\t17237\nchrW_NW_020109812v1_random\t17224\nchrW_NW_020109811v1_random\t17217\nchrUn_NW_020110101v1\t17007\nchrM\t16775\nchrUn_NW_020110102v1\t16505\nchrUn_NW_020110099v1\t16464\nchrW_NW_020109810v1_random\t16320\nchrUn_NW_020110100v1\t16245\nchrUn_NW_020110097v1\t16233\nchr23_NW_020109765v1_random\t16157\nchrUn_NW_020110098v1\t16140\nchrUn_NW_020110095v1\t16129\nchrUn_NW_020110096v1\t16106\nchrW_NW_020109809v1_random\t16043\nchrUn_NW_020110093v1\t16031\nchrUn_NW_020110094v1\t15929\nchrUn_NW_020110091v1\t15680\nchrUn_NW_020110092v1\t15663\nchrUn_NW_020110089v1\t15638\nchrZ_NW_020109829v1_random\t15587\nchrUn_NW_020110090v1\t15492\nchrW_NW_020109808v1_random\t15438\nchrUn_NW_020110087v1\t15417\nchrUn_NW_020110088v1\t15387\nchrUn_NW_020110085v1\t15167\nchrUn_NW_020110086v1\t15134\nchrUn_NW_020110083v1\t15132\nchrUn_NW_020110084v1\t15049\nchr23_NW_020109764v1_random\t15003\nchrW_NW_020109807v1_random\t14810\nchrUn_NW_020110081v1\t14773\nchrUn_NW_020110082v1\t14715\nchrUn_NW_020110079v1\t14655\nchrUn_NW_020110080v1\t14613\nchrUn_NW_020110077v1\t14604\nchrUn_NW_020110078v1\t14494\nchrW_NW_020109806v1_random\t14330\nchrUn_NW_020110075v1\t14298\nchrUn_NW_020110076v1\t14205\nchrUn_NW_020110073v1\t14131\nchrUn_NW_020110074v1\t14086\nchrW_NW_020109805v1_random\t14047\nchrUn_NW_020110071v1\t13985\nchrUn_NW_020110072v1\t13913\nchrW_NW_020109804v1_random\t13829\nchrUn_NW_020110069v1\t13798\nchrUn_NW_020110070v1\t13793\nchrW_NW_020109803v1_random\t13691\nchrUn_NW_020110067v1\t13671\nchrUn_NW_020110068v1\t13599\nchrUn_NW_020110065v1\t13513\nchrUn_NW_020110066v1\t13240\nchrUn_NW_020110063v1\t13224\nchrUn_NW_020110064v1\t13157\nchrUn_NW_020110061v1\t13139\nchrUn_NW_020110062v1\t13021\nchrUn_NW_020110059v1\t12987\nchrUn_NW_020110060v1\t12986\nchrUn_NW_020110057v1\t12789\nchrW_NW_020109802v1_random\t12728\nchrUn_NW_020110058v1\t12721\nchrUn_NW_020110055v1\t12562\nchrUn_NW_020110056v1\t12537\nchrUn_NW_020110053v1\t12430\nchrUn_NW_020110054v1\t12389\nchrUn_NW_020110051v1\t12152\nchrUn_NW_020110052v1\t12129\nchrW_NW_020109801v1_random\t12127\nchrUn_NW_020110049v1\t12125\nchrUn_NW_020110050v1\t12040\nchrUn_NW_020110047v1\t11985\nchrUn_NW_020110048v1\t11970\nchrUn_NW_020110045v1\t11891\nchrUn_NW_020110046v1\t11743\nchrUn_NW_020110043v1\t11663\nchrUn_NW_020110044v1\t11473\nchrUn_NW_020110041v1\t11376\nchr31_NW_020109771v1_random\t11340\nchr31_NW_020109770v1_random\t11305\nchrUn_NW_020110042v1\t11254\nchrUn_NW_020110039v1\t11212\nchrUn_NW_020110040v1\t11204\nchrW_NW_020109800v1_random\t11068\nchrUn_NW_020110037v1\t11066\nchrUn_NW_020110038v1\t10993\nchrUn_NW_020110035v1\t10984\nchr6_NW_020109752v1_random\t10928\nchrW_NW_020109799v1_random\t10871\nchr1_NW_020109741v1_random\t10869\nchrUn_NW_020110036v1\t10816\nchr6_NW_020109751v1_random\t10724\nchrUn_NW_020110033v1\t10691\nchrW_NW_020109798v1_random\t10551\nchrUn_NW_020110034v1\t10473\nchrUn_NW_020110031v1\t10371\nchrW_NW_020109797v1_random\t10371\nchrW_NW_020109796v1_random\t10224\nchrW_NW_020109795v1_random\t10162\nchrW_NW_020109794v1_random\t10106\nchrUn_NW_020110032v1\t10066\nchrUn_NW_020110029v1\t10056\nchrUn_NW_020110030v1\t10010\nchrUn_NW_020110027v1\t9935\nchrUn_NW_020110028v1\t9888\nchrUn_NW_020110025v1\t9858\nchrUn_NW_020110026v1\t9696\nchrUn_NW_020110023v1\t9688\nchrUn_NW_020110024v1\t9619\nchrUn_NW_020110021v1\t9617\nchrW_NW_020109793v1_random\t9607\nchrUn_NW_020110022v1\t9579\nchrUn_NW_020110019v1\t9568\nchr31_NW_020109769v1_random\t9481\nchrUn_NW_020110020v1\t9469\nchrUn_NW_020110017v1\t9308\nchrW_NW_020109792v1_random\t9182\nchrUn_NW_020110018v1\t9172\nchrUn_NW_020110015v1\t9118\nchrW_NW_020109791v1_random\t9034\nchrUn_NW_020110016v1\t9032\nchrUn_NW_020110013v1\t8999\nchrUn_NW_020110014v1\t8915\nchrUn_NW_020110011v1\t8913\nchrW_NW_020109790v1_random\t8909\nchrUn_NW_020110012v1\t8891\nchrUn_NW_020110009v1\t8846\nchrUn_NW_020110010v1\t8788\nchrUn_NW_020110007v1\t8749\nchrUn_NW_020110008v1\t8722\nchrUn_NW_020110005v1\t8656\nchrUn_NW_020110006v1\t8637\nchrW_NW_020109789v1_random\t8559\nchrUn_NW_020110003v1\t8516\nchrUn_NW_020110004v1\t8464\nchrUn_NW_020110001v1\t8294\nchrW_NW_020109788v1_random\t8275\nchrW_NW_020109787v1_random\t8267\nchrUn_NW_020110002v1\t8247\nchrUn_NW_020109999v1\t8242\nchrUn_NW_020110000v1\t8189\nchrUn_NW_020109997v1\t8180\nchrW_NW_020109786v1_random\t8166\nchrUn_NW_020109998v1\t8152\nchrUn_NW_020109995v1\t8118\nchrUn_NW_020109996v1\t8110\nchrUn_NW_020109993v1\t8038\nchrUn_NW_020109994v1\t8025\nchrUn_NW_020109991v1\t7923\nchrUn_NW_020109992v1\t7918\nchrW_NW_020109785v1_random\t7878\nchrW_NW_020109784v1_random\t7765\nchrUn_NW_020109989v1\t7675\nchrUn_NW_020109990v1\t7655\nchrUn_NW_020109987v1\t7621\nchrUn_NW_020109988v1\t7511\nchrUn_NW_020110168v1\t7419\nchrUn_NW_020109985v1\t7336\nchrUn_NW_020109986v1\t7298\nchr3_NW_020109747v1_random\t7246\nchrUn_NW_020109983v1\t7090\nchrW_NW_020109783v1_random\t7074\nchrUn_NW_020109984v1\t6958\nchrW_NW_020109782v1_random\t6929\nchrUn_NW_020109981v1\t6925\nchrUn_NW_020109982v1\t6885\nchrUn_NW_020109979v1\t6881\nchrW_NW_020109781v1_random\t6830\nchrUn_NW_020109977v1\t6824\nchrUn_NW_020109980v1\t6824\nchrUn_NW_020109978v1\t6814\nchrUn_NW_020109975v1\t6808\nchrUn_NW_020109976v1\t6764\nchrUn_NW_020109973v1\t6698\nchrW_NW_020109780v1_random\t6668\nchrUn_NW_020109974v1\t6638\nchrUn_NW_020109971v1\t6586\nchrUn_NW_020109972v1\t6564\nchrUn_NW_020109969v1\t6539\nchrUn_NW_020109970v1\t6414\nchrUn_NW_020109967v1\t6378\nchrUn_NW_020109968v1\t6349\nchrUn_NW_020109965v1\t6324\nchrUn_NW_020109966v1\t6318\nchr3_NW_020109746v1_random\t6272\nchrUn_NW_020109963v1\t6269\nchrUn_NW_020109964v1\t6243\nchrUn_NW_020109961v1\t6185\nchrUn_NW_020109962v1\t6066\nchrUn_NW_020109959v1\t6042\nchrUn_NW_020109960v1\t5955\nchr1_NW_020109740v1_random\t5861\nchrUn_NW_020109957v1\t5791\nchrUn_NW_020109958v1\t5694\nchrUn_NW_020109955v1\t5685\nchrUn_NW_020109956v1\t5662\nchrUn_NW_020109953v1\t5637\nchrW_NW_020109779v1_random\t5587\nchrUn_NW_020109954v1\t5521\nchrUn_NW_020109951v1\t5419\nchrUn_NW_020109952v1\t5289\nchrUn_NW_020109949v1\t5230\nchr6_NW_020109750v1_random\t5224\nchrUn_NW_020109950v1\t5199\nchrUn_NW_020109947v1\t5075\nchrUn_NW_020109948v1\t5044\nchrUn_NW_020110169v1\t4840\nchrUn_NW_020109945v1\t4808\nchrUn_NW_020109946v1\t4777\nchrUn_NW_020109943v1\t4766\nchrUn_NW_020109944v1\t4730\nchrUn_NW_020109941v1\t4685\nchr1_NW_020109739v1_random\t4675\nchrUn_NW_020109942v1\t4652\nchrUn_NW_020109939v1\t4621\nchrUn_NW_020109940v1\t4617\nchrUn_NW_020109937v1\t4511\nchrUn_NW_020109938v1\t4451\nchr6_NW_020109749v1_random\t4448\nchrUn_NW_020110166v1\t4360\nchrUn_NW_020109935v1\t4359\nchrUn_NW_020109936v1\t4266\nchrUn_NW_020109933v1\t4245\nchrUn_NW_020109934v1\t4206\nchrUn_NW_020109931v1\t4198\nchrUn_NW_020109932v1\t4154\nchr6_NW_020109748v1_random\t4087\nchrUn_NW_020109929v1\t4040\nchrUn_NW_020109930v1\t4037\nchrUn_NW_020109927v1\t3973\nchrUn_NW_020109928v1\t3863\nchrUn_NW_020109925v1\t3847\nchrUn_NW_020109926v1\t3687\nchrUn_NW_020109923v1\t3680\nchrUn_NW_020109924v1\t3660\nchrUn_NW_020109921v1\t3657\nchrUn_NW_020109922v1\t3647\nchrUn_NW_020109919v1\t3584\nchrUn_NW_020109920v1\t3581\nchrUn_NW_020109917v1\t3531\nchrUn_NW_020109918v1\t3516\nchrUn_NW_020109915v1\t3504\nchrUn_NW_020109916v1\t3436\nchrUn_NW_020109913v1\t3346\nchrW_NW_020109778v1_random\t3094\nchrUn_NW_020109914v1\t3019\nchrUn_NW_020109911v1\t2991\nchrUn_NW_020109912v1\t2985\nchrUn_NW_020109909v1\t2979\nchrUn_NW_020109910v1\t2948\nchrUn_NW_020109907v1\t2928\nchrUn_NW_020109908v1\t2902\nchrUn_NW_020109905v1\t2898\nchrUn_NW_020109906v1\t2883\nchrUn_NW_020109903v1\t2758\nchrUn_NW_020109904v1\t2663\nchrUn_NW_020109901v1\t2615\nchrUn_NW_020109902v1\t2610\nchrUn_NW_020109899v1\t2599\nchrUn_NW_020109900v1\t2568\nchrUn_NW_020109897v1\t2566\nchrUn_NW_020109898v1\t2555\nchrUn_NW_020109895v1\t2520\nchrUn_NW_020109896v1\t2481\nchrUn_NW_020109893v1\t2462\nchrUn_NW_020109894v1\t2402\nchr1_NW_020109738v1_random\t2384\nchrUn_NW_020109891v1\t2308\nchrUn_NW_020109892v1\t2262\nchrUn_NW_020109889v1\t2260\nchrUn_NW_020109890v1\t2214\nchr13_NW_020109755v1_random\t2157\nchrUn_NW_020109887v1\t2149\nchrW_NW_020109777v1_random\t2092\nchrUn_NW_020109888v1\t2087\nchrUn_NW_020109885v1\t2071\nchr15_NW_020109757v1_random\t2034\nchrUn_NW_020109886v1\t2033\nchrW_NW_020109776v1_random\t2003\nchrUn_NW_020109883v1\t1935\nchrUn_NW_020109884v1\t1908\nchr25_NW_020109767v1_random\t1884\nchrUn_NW_020109881v1\t1840\nchrUn_NW_020109882v1\t1834\nchrUn_NW_020109879v1\t1800\nchr3_NW_020109745v1_random\t1783\nchrUn_NW_020109880v1\t1782\nchr1_NW_020109737v1_random\t1765\nchrUn_NW_020109877v1\t1756\nchrUn_NW_020109878v1\t1752\nchrUn_NW_020109875v1\t1748\nchrUn_NW_020109876v1\t1664\nchr23_NW_020109763v1_random\t1662\nchrUn_NW_020109873v1\t1643\nchrUn_NW_020109874v1\t1589\nchrUn_NW_020109871v1\t1579\nchrW_NW_020109775v1_random\t1568\nchrUn_NW_020109872v1\t1547\nchr28_NW_020109768v1_random\t1519\nchrUn_NW_020109869v1\t1453\nchrUn_NW_020109870v1\t1394\nchrUn_NW_020109867v1\t1381\nchrUn_NW_020109868v1\t1367\nchr23_NW_020109762v1_random\t1264\nchrUn_NW_020109865v1\t1173\nchrUn_NW_020109866v1\t1167\nchr19_NW_020109759v1_random\t1131\nchrUn_NW_020109863v1\t1115\nchrUn_NW_020109864v1\t1086\nchrUn_NW_020109861v1\t966\nchrUn_NW_020109862v1\t955\nchrUn_NW_020109859v1\t950\nchr22_NW_020109760v1_random\t918\nchrUn_NW_020109860v1\t848\nchrUn_NW_020109857v1\t806\nchrUn_NW_020109858v1\t791\nchr14_NW_020109756v1_random\t765\nchrUn_NW_020109855v1\t678\nchrUn_NW_020109856v1\t677\nchrUn_NW_020109853v1\t676\nchrUn_NW_020109854v1\t644\nchrUn_NW_020109851v1\t623\nchrUn_NW_020109852v1\t597\nchrUn_NW_020109849v1\t579\nchrUn_NW_020109850v1\t555\nchr3_NW_020109744v1_random\t509\nchrUn_NW_020109847v1\t345\nchrUn_NW_020109848v1\t342\nchr23_NW_020109761v1_random\t322\nchrUn_NW_020109845v1\t246\nchrUn_NW_020109846v1\t195\nchr33_NW_020109772v1_random\t182\nchrUn_NW_020109844v1\t87"
48
+ };