@sjcrh/proteinpaint-server 2.16.0 → 2.18.0

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  1. package/dataset/clinvar.hg19.js +53 -51
  2. package/dataset/clinvar.hg38.js +60 -58
  3. package/dataset/clinvar.js +49 -55
  4. package/genome/CriGri.js +23 -1853
  5. package/genome/danRer10.js +48 -1108
  6. package/genome/dm3.js +47 -60
  7. package/genome/dm6.js +48 -1916
  8. package/genome/galGal5.js +48 -23522
  9. package/genome/galGal6.js +48 -512
  10. package/genome/hg19.js +210 -304
  11. package/genome/hg38.js +110 -474
  12. package/genome/hg38.test.js +42 -409
  13. package/genome/hgvirus.js +21 -43
  14. package/genome/mm10.js +70 -135
  15. package/genome/mm9.js +82 -118
  16. package/genome/rn6.js +49 -1000
  17. package/package.json +11 -7
  18. package/server.js +1 -1
  19. package/shared/common.js +4 -0
  20. package/src/serverconfig.js +10 -2
  21. package/utils/fastclust.R +16 -6
  22. package/genome/genome.sql +0 -54
package/genome/CriGri.js CHANGED
@@ -1,1858 +1,28 @@
1
- module.exports={
2
- species:'Chinese hamster ovary cells',
3
- genomefile:'genomes/CriGri.fa.gz',
4
- genedb:{
5
- dbfile:'anno/genes.CriGri.db',
1
+ "use strict";
2
+ Object.defineProperty(exports, "__esModule", { value: true });
3
+ exports.default = {
4
+ species: 'Chinese hamster ovary cells',
5
+ genomefile: 'genomes/CriGri.fa.gz',
6
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7
+ dbfile: 'anno/genes.CriGri.db',
6
8
  },
7
-
8
- tracks:[
9
+ tracks: [
9
10
  {
10
- __isgene:true,
11
- translatecoding:true,
12
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13
- type:'bedj',
14
- name:'Ensembl genes',
15
- stackheight:16,
16
- stackspace:1,
17
- vpad:4,
18
- color:'#1D591D',
11
+ __isgene: true,
12
+ translatecoding: true,
13
+ file: 'anno/CriGri.gz',
14
+ type: 'bedj',
15
+ name: 'Ensembl genes',
16
+ stackheight: 16,
17
+ stackspace: 1,
18
+ vpad: 4,
19
+ color: '#1D591D',
19
20
  }
20
21
  ],
21
- defaultcoord:{
22
- chr:'RAZU01000265.1',
23
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24
- stop:4073253
22
+ defaultcoord: {
23
+ chr: 'RAZU01000265.1',
24
+ start: 3866092,
25
+ stop: 4073253
25
26
  },
26
- majorchr:`
27
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28
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38
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40
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41
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42
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54
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55
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56
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57
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212
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213
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214
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215
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216
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217
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219
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220
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222
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247
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250
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251
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264
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265
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266
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