@nahisaho/satori 0.25.5 → 0.26.0

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  1. package/README.md +57 -1
  2. package/bin/satori.js +331 -29
  3. package/package.json +32 -2
  4. package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/SKILL.md +10 -0
  5. package/src/.github/skills/scientific-active-learning/SKILL.md +10 -0
  6. package/src/.github/skills/scientific-adaptive-experiments/SKILL.md +10 -0
  7. package/src/.github/skills/scientific-advanced-imaging/SKILL.md +10 -0
  8. package/src/.github/skills/scientific-advanced-visualization/SKILL.md +10 -0
  9. package/src/.github/skills/scientific-anomaly-detection/SKILL.md +10 -0
  10. package/src/.github/skills/scientific-automl/SKILL.md +10 -0
  11. package/src/.github/skills/scientific-bayesian-statistics/SKILL.md +10 -0
  12. package/src/.github/skills/scientific-biobank-cohort/SKILL.md +10 -0
  13. package/src/.github/skills/scientific-biosignal-processing/SKILL.md +10 -0
  14. package/src/.github/skills/scientific-causal-inference/SKILL.md +10 -0
  15. package/src/.github/skills/scientific-causal-ml/SKILL.md +10 -0
  16. package/src/.github/skills/scientific-clinical-nlp/SKILL.md +10 -0
  17. package/src/.github/skills/scientific-clinical-pharmacology/SKILL.md +10 -0
  18. package/src/.github/skills/scientific-clinical-standards/SKILL.md +11 -0
  19. package/src/.github/skills/scientific-crispr-design/SKILL.md +10 -0
  20. package/src/.github/skills/scientific-critical-review/SKILL.md +10 -1
  21. package/src/.github/skills/scientific-data-preprocessing/SKILL.md +10 -0
  22. package/src/.github/skills/scientific-data-profiling/SKILL.md +10 -0
  23. package/src/.github/skills/scientific-data-simulation/SKILL.md +10 -0
  24. package/src/.github/skills/scientific-data-submission/SKILL.md +10 -0
  25. package/src/.github/skills/scientific-deep-chemistry/SKILL.md +10 -0
  26. package/src/.github/skills/scientific-deep-learning/SKILL.md +10 -0
  27. package/src/.github/skills/scientific-doe/SKILL.md +10 -0
  28. package/src/.github/skills/scientific-eda-correlation/SKILL.md +10 -0
  29. package/src/.github/skills/scientific-ensemble-methods/SKILL.md +10 -0
  30. package/src/.github/skills/scientific-explainable-ai/SKILL.md +10 -0
  31. package/src/.github/skills/scientific-feature-importance/SKILL.md +10 -0
  32. package/src/.github/skills/scientific-federated-learning/SKILL.md +10 -0
  33. package/src/.github/skills/scientific-geospatial-analysis/SKILL.md +10 -0
  34. package/src/.github/skills/scientific-glycomics/SKILL.md +10 -0
  35. package/src/.github/skills/scientific-gpu-singlecell/SKILL.md +10 -0
  36. package/src/.github/skills/scientific-hgnc-nomenclature/SKILL.md +10 -0
  37. package/src/.github/skills/scientific-hypothesis-pipeline/SKILL.md +10 -1
  38. package/src/.github/skills/scientific-image-analysis/SKILL.md +10 -0
  39. package/src/.github/skills/scientific-interactive-dashboard/SKILL.md +10 -0
  40. package/src/.github/skills/scientific-lab-automation/SKILL.md +10 -0
  41. package/src/.github/skills/scientific-latex-formatter/SKILL.md +10 -0
  42. package/src/.github/skills/scientific-lipidomics/SKILL.md +10 -0
  43. package/src/.github/skills/scientific-materials-characterization/SKILL.md +10 -0
  44. package/src/.github/skills/scientific-md-simulation/SKILL.md +10 -0
  45. package/src/.github/skills/scientific-medical-imaging/SKILL.md +10 -0
  46. package/src/.github/skills/scientific-metabolic-atlas/SKILL.md +11 -0
  47. package/src/.github/skills/scientific-metabolic-flux/SKILL.md +10 -0
  48. package/src/.github/skills/scientific-metabolomics-network/SKILL.md +10 -0
  49. package/src/.github/skills/scientific-metagenome-assembled-genomes/SKILL.md +10 -0
  50. package/src/.github/skills/scientific-missing-data-analysis/SKILL.md +10 -0
  51. package/src/.github/skills/scientific-ml-classification/SKILL.md +10 -0
  52. package/src/.github/skills/scientific-ml-regression/SKILL.md +10 -0
  53. package/src/.github/skills/scientific-model-monitoring/SKILL.md +10 -0
  54. package/src/.github/skills/scientific-multi-task-learning/SKILL.md +10 -0
  55. package/src/.github/skills/scientific-nci60-screening/SKILL.md +10 -0
  56. package/src/.github/skills/scientific-network-visualization/SKILL.md +10 -0
  57. package/src/.github/skills/scientific-neural-architecture-search/SKILL.md +10 -0
  58. package/src/.github/skills/scientific-neuroscience-electrophysiology/SKILL.md +10 -0
  59. package/src/.github/skills/scientific-paper-quality/SKILL.md +10 -0
  60. package/src/.github/skills/scientific-pca-tsne/SKILL.md +10 -0
  61. package/src/.github/skills/scientific-peer-review-response/SKILL.md +10 -0
  62. package/src/.github/skills/scientific-perturbation-analysis/SKILL.md +10 -0
  63. package/src/.github/skills/scientific-phylogenetics/SKILL.md +10 -0
  64. package/src/.github/skills/scientific-pipeline-scaffold/SKILL.md +10 -0
  65. package/src/.github/skills/scientific-plant-biology/SKILL.md +10 -0
  66. package/src/.github/skills/scientific-presentation-design/SKILL.md +10 -0
  67. package/src/.github/skills/scientific-process-optimization/SKILL.md +10 -0
  68. package/src/.github/skills/scientific-publication-figures/SKILL.md +10 -0
  69. package/src/.github/skills/scientific-quantum-computing/SKILL.md +10 -0
  70. package/src/.github/skills/scientific-radiology-ai/SKILL.md +10 -0
  71. package/src/.github/skills/scientific-reinforcement-learning/SKILL.md +10 -0
  72. package/src/.github/skills/scientific-reproducible-reporting/SKILL.md +10 -0
  73. package/src/.github/skills/scientific-research-methodology/SKILL.md +10 -0
  74. package/src/.github/skills/scientific-revision-tracker/SKILL.md +10 -0
  75. package/src/.github/skills/scientific-scatac-signac/SKILL.md +10 -0
  76. package/src/.github/skills/scientific-scvi-integration/SKILL.md +10 -0
  77. package/src/.github/skills/scientific-semi-supervised-learning/SKILL.md +10 -0
  78. package/src/.github/skills/scientific-spatial-multiomics/SKILL.md +10 -0
  79. package/src/.github/skills/scientific-spectral-signal/SKILL.md +10 -0
  80. package/src/.github/skills/scientific-squidpy-advanced/SKILL.md +11 -0
  81. package/src/.github/skills/scientific-statistical-simulation/SKILL.md +10 -0
  82. package/src/.github/skills/scientific-statistical-testing/SKILL.md +10 -0
  83. package/src/.github/skills/scientific-streaming-analytics/SKILL.md +10 -0
  84. package/src/.github/skills/scientific-supplementary-generator/SKILL.md +10 -0
  85. package/src/.github/skills/scientific-symbolic-mathematics/SKILL.md +10 -0
  86. package/src/.github/skills/scientific-time-series/SKILL.md +10 -0
  87. package/src/.github/skills/scientific-time-series-forecasting/SKILL.md +10 -0
  88. package/src/.github/skills/scientific-toxicology-env/SKILL.md +10 -0
  89. package/src/.github/skills/scientific-transfer-learning/SKILL.md +10 -0
  90. package/src/.github/skills/scientific-uncertainty-quantification/SKILL.md +10 -0
@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
6
6
  ビジュアルアブストラクトの作成を支援。claude-scientific-skills の
7
7
  Scientific Communication カテゴリ(slides, posters, schematics)を統合。
8
8
  「学会スライドを作成して」「ポスターのレイアウトを設計して」で発火。
9
+ tu_tools:
10
+ - key: biotools
11
+ name: bio.tools
12
+ description: プレゼンテーション可視化ツール検索
9
13
  ---
10
14
 
11
15
  # Scientific Presentation Design
@@ -317,6 +321,12 @@ def create_workflow_schematic(steps, title="Workflow"):
317
321
  4. **3 メートルルール**: ポスターは遠距離から読めること
318
322
  5. **10-20-30 ルール**: 10 slides, 20 min, 30pt font (Kawasaki)
319
323
 
324
+ ## ToolUniverse 連携
325
+
326
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
327
+ |--------|---------|--------|
328
+ | `biotools` | bio.tools | プレゼンテーション可視化ツール検索 |
329
+
320
330
  ## References
321
331
 
322
332
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  応答曲面法(ML-RSM)とパレート多目的最適化のスキル。プロセスパラメータの最適条件探索、
5
5
  コンターマップ、プロセスウィンドウ可視化を行う際に使用。
6
6
  Scientific Skills Exp-12, 13 で確立したパターン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: プロセス最適化ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Process Optimization (RSM & Pareto)
@@ -198,6 +202,12 @@ def grid_search_optimum(model, feature_names, bounds,
198
202
  return optimal_conditions
199
203
  ```
200
204
 
205
+ ## ToolUniverse 連携
206
+
207
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
208
+ |--------|---------|--------|
209
+ | `biotools` | bio.tools | プロセス最適化ツール検索 |
210
+
201
211
  ## References
202
212
 
203
213
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  論文品質(Nature/Science/Cell レベル)の科学図表を作成するスキル。matplotlib rcParams 設定、
5
5
  DPI 300、spines 制御、カラーパレット選択、マルチパネル構成を行う際に使用。
6
6
  Scientific Skills Exp-10 で確立し、Exp-11〜13 で継承したパターン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 可視化ツールレジストリ検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Publication-Quality Figure Generation
@@ -192,6 +196,12 @@ def create_composite_figure(plot_functions, layout=(2, 3),
192
196
  | 2 カラム | (7.0, 5.0) | Nature 2 カラム幅 ≈ 183 mm |
193
197
  | フルページ | (7.0, 9.0) | A4 の余白を除いた高さ |
194
198
 
199
+ ## ToolUniverse 連携
200
+
201
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
202
+ |--------|---------|--------|
203
+ | `biotools` | bio.tools | 可視化ツールレジストリ検索 |
204
+
195
205
  ## References
196
206
 
197
207
  ### Output Files
@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
5
5
  量子回路設計・シミュレーション・変分量子アルゴリズム(VQE/QAOA)・
6
6
  量子化学計算・量子機械学習を支援。
7
7
  「量子回路を設計して」「VQE で基底エネルギーを求めて」「量子シミュレーションして」で発火。
8
+ tu_tools:
9
+ - key: papers_with_code
10
+ name: Papers with Code
11
+ description: 量子計算論文・ベンチマーク検索
8
12
  ---
9
13
 
10
14
  # Scientific Quantum Computing
@@ -319,6 +323,12 @@ plt.show()
319
323
  - [ ] エラー緩和手法適用(実機の場合)
320
324
  - [ ] 結果レポート・収束プロット生成
321
325
 
326
+ ## ToolUniverse 連携
327
+
328
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
329
+ |--------|---------|--------|
330
+ | `papers_with_code` | Papers with Code | 量子計算論文・ベンチマーク検索 |
331
+
322
332
  ## References
323
333
 
324
334
  ### Output Files
@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
6
6
  構造化レポート・AI-RADS グレーディング。
7
7
  ※ scientific-medical-imaging (DICOM/WSI/Radiomics) の
8
8
  放射線診断 AI 特化拡張。
9
+ tu_tools:
10
+ - key: tcia
11
+ name: TCIA
12
+ description: 放射線画像データセット検索
9
13
  ---
10
14
 
11
15
  # Scientific Radiology AI
@@ -283,3 +287,9 @@ Age: {patient_info.get('age', 'N/A')} | Sex: {patient_info.get('sex', 'N/A')}
283
287
  | `best_radiology_model.pt` | 学習済み分類モデル | → 推論 |
284
288
  | `gradcam_radiology.png` | Grad-CAM 可視化 | → レポート |
285
289
  | `structured_report.md` | 構造化レポート | → clinical-report |
290
+
291
+ ## ToolUniverse 連携
292
+
293
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
294
+ |--------|---------|--------|
295
+ | `tcia` | TCIA | 放射線画像データセット検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  強化学習スキル。Stable-Baselines3 による RL エージェント訓練、
5
5
  Gymnasium 環境構築、PufferLib 大規模マルチエージェント、
6
6
  科学応用 (分子生成・実験最適化・ロボット制御) パイプライン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: papers_with_code
9
+ name: Papers with Code
10
+ description: 強化学習環境・ベンチマーク検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Reinforcement Learning
@@ -278,3 +282,9 @@ doe ──→ reinforcement-learning ──→ lab-automation
278
282
  ├──→ protein-design (構造最適化 RL)
279
283
  └──→ deep-learning (DRL パイプライン)
280
284
  ```
285
+
286
+ ## ToolUniverse 連携
287
+
288
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
289
+ |--------|---------|--------|
290
+ | `papers_with_code` | Papers with Code | 強化学習環境・ベンチマーク検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  再現可能レポーティングスキル。Quarto 科学文書・
5
5
  Jupyter Book 多章構成・Papermill パラメトリック実行・
6
6
  nbconvert 自動変換・Sphinx-Gallery コード例ドキュメント。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 再現可能レポーティングツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Reproducible Reporting
@@ -133,6 +137,12 @@ plt.show()
133
137
 
134
138
  解析結果のサマリーを記載する。
135
139
 
140
+ ## ToolUniverse 連携
141
+
142
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
143
+ |--------|---------|--------|
144
+ | `biotools` | bio.tools | 再現可能レポーティングツール検索 |
145
+
136
146
  ## References
137
147
  """
138
148
 
@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
5
5
  フレームワーク、批判的思考法、研究倫理・IRB、先行研究評価、
6
6
  クロスドメイン着想法を含む研究者のメタスキル群。
7
7
  「研究計画を立てて」「ブレインストーミングして」「研究デザインを設計して」で発火。
8
+ tu_tools:
9
+ - key: open_alex
10
+ name: OpenAlex
11
+ description: 研究方法論の文献ベース構築
8
12
  ---
9
13
 
10
14
  # Scientific Research Methodology
@@ -314,6 +318,12 @@ BIAS_TYPES = {
314
318
  4. **バイアスを列挙**: 排除できないバイアスは limitation に明記
315
319
  5. **再現性を設計**: プロトコル・データ・コードの公開計画を含める
316
320
 
321
+ ## ToolUniverse 連携
322
+
323
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
324
+ |--------|---------|--------|
325
+ | `open_alex` | OpenAlex | 研究方法論の文献ベース構築 |
326
+
317
327
  ## References
318
328
 
319
329
  ### Output Files
@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
5
5
  変更箇所のハイライト(赤字削除/青字追加)、改訂サマリー自動生成、
6
6
  査読コメントと改訂箇所のトレーサビリティ管理を行う。
7
7
  「改訂をトラッキングして」「変更履歴を作って」「diff を出して」で発火。
8
+ tu_tools:
9
+ - key: crossref
10
+ name: Crossref
11
+ description: 改訂履歴の引用整合性検証
8
12
  ---
9
13
 
10
14
  # Scientific Revision Tracker
@@ -487,6 +491,12 @@ def run_revision_tracker(original_path, revised_path, round_number=1,
487
491
  return diff, traceability
488
492
  ```
489
493
 
494
+ ## ToolUniverse 連携
495
+
496
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
497
+ |--------|---------|--------|
498
+ | `crossref` | Crossref | 改訂履歴の引用整合性検証 |
499
+
490
500
  ## References
491
501
 
492
502
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  scATAC-seq 解析スキル (Signac/SnapATAC2/episcanpy)。
5
5
  ピークコーリング・モチーフ解析・Gene Activity スコア・
6
6
  RNA+ATAC マルチモーダル統合 (WNN)。K-Dense: signac。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: encode
9
+ name: ENCODE
10
+ description: scATAC-seq 参照エピゲノムデータ
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific scATAC-seq / Signac
@@ -298,3 +302,9 @@ epigenomics-chromatin → scatac-signac → single-cell-genomics
298
302
  | `results/scatac_clustered.h5ad` | クラスタリング済み scATAC | → single-cell-genomics |
299
303
  | `results/motif_enrichment.csv` | モチーフエンリッチメント | → gene-regulatory-network |
300
304
  | `results/multimodal_wnn.h5mu` | RNA+ATAC 統合 | → spatial-transcriptomics |
305
+
306
+ ## ToolUniverse 連携
307
+
308
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
309
+ |--------|---------|--------|
310
+ | `encode` | ENCODE | scATAC-seq 参照エピゲノムデータ |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  scvi-tools シングルセル統合スキル。scVI 変分オートエンコーダ統合・
5
5
  scANVI 半教師有りアノテーション・totalVI CITE-seq
6
6
  RNA+タンパク質結合解析・SOLO ダブレット検出・潜在空間解析。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: cellxgene
9
+ name: CellxGene
10
+ description: scVI 統合用データセット検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific scVI Integration
@@ -342,3 +346,9 @@ perturbation-analysis ────────┘ gene-expression
342
346
  | `results/scvi_model/` | scVI 訓練済みモデル | → perturbation-analysis |
343
347
  | `results/de_results.csv` | 差次的発現結果 | → gene-expression |
344
348
  | `results/annotations.csv` | scANVI アノテーション | → expression-comparison |
349
+
350
+ ## ToolUniverse 連携
351
+
352
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
353
+ |--------|---------|--------|
354
+ | `cellxgene` | CellxGene | scVI 統合用データセット検索 |
@@ -3,6 +3,10 @@ name: scientific-semi-supervised-learning
3
3
  description: |
4
4
  半教師あり学習スキル。Self-Training・Label Propagation・
5
5
  MixMatch/FixMatch・Pseudo-Labeling・ラベル効率評価。
6
+ tu_tools:
7
+ - key: openml
8
+ name: OpenML
9
+ description: 半教師あり学習ベンチマーク
6
10
  ---
7
11
 
8
12
  # Scientific Semi-Supervised Learning
@@ -208,3 +212,9 @@ def evaluate_pseudo_labels(y_true_unlabeled, pseudo_labels,
208
212
  | `self_training_history.csv` | 反復学習履歴 | → 収束分析 |
209
213
  | `pseudo_label_quality.csv` | 疑似ラベル品質 | → 閾値選択 |
210
214
  | `propagated_labels.npy` | 伝播ラベル | → ml-classification |
215
+
216
+ ## ToolUniverse 連携
217
+
218
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
219
+ |--------|---------|--------|
220
+ | `openml` | OpenML | 半教師あり学習ベンチマーク |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  空間マルチオミクス統合スキル。MERFISH/Visium 等の空間
5
5
  トランスクリプトームと空間プロテオミクスのマルチモーダル
6
6
  統合・空間共検出解析・セル近傍グラフ構築パイプライン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: cellxgene
9
+ name: CellxGene
10
+ description: 空間マルチオミクスデータ検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Spatial Multi-omics
@@ -291,3 +295,9 @@ spatial-transcriptomics → spatial-multiomics → multi-omics
291
295
  | `results/alignment.csv` | モダリティ間アライメント | → multi-omics |
292
296
  | `results/codetection.csv` | 共検出ペア | → pathway-analysis |
293
297
  | `results/communities.csv` | 空間コミュニティ | → spatial-transcriptomics |
298
+
299
+ ## ToolUniverse 連携
300
+
301
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
302
+ |--------|---------|--------|
303
+ | `cellxgene` | CellxGene | 空間マルチオミクスデータ検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  分光スペクトルおよび生体信号の前処理・解析スキル。ベースライン補正、フィルタリング、
5
5
  ピーク検出、帯域パワー解析を行う際に使用。
6
6
  Scientific Skills Exp-08(ECG/EEG)、Exp-11(ラマン分光)で確立したパターン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: スペクトル信号処理ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Spectral & Signal Processing
@@ -208,6 +212,12 @@ def spectral_similarity_matrix(spectra_dict, method="cosine"):
208
212
  return pd.DataFrame(sim_matrix, index=names, columns=names)
209
213
  ```
210
214
 
215
+ ## ToolUniverse 連携
216
+
217
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
218
+ |--------|---------|--------|
219
+ | `biotools` | bio.tools | スペクトル信号処理ツール検索 |
220
+
211
221
  ## References
212
222
 
213
223
  ### Output Files
@@ -4,8 +4,13 @@ description: |
4
4
  高度 Squidpy 空間解析スキル。空間自己相関・共起解析・空間
5
5
  近傍・リガンド受容体空間マッピング・ニッチ同定。
6
6
  K-Dense 連携: squidpy-advanced。
7
+ ToolUniverse 連携: cellxgene。
7
8
  tu_tools: []
8
9
  kdense_ref: squidpy-advanced
10
+ tu_tools:
11
+ - key: cellxgene
12
+ name: CellxGene
13
+ description: 空間トランスクリプトミクスデータ検索
9
14
  ---
10
15
 
11
16
  # Scientific Squidpy Advanced
@@ -249,3 +254,9 @@ spatial-transcriptomics → squidpy-advanced → single-cell-genomics
249
254
  | `results/niche_composition.csv` | ニッチ組成 | → single-cell-genomics |
250
255
  | `results/centrality_scores.csv` | 中心性スコア | → spatial-transcriptomics |
251
256
  | `results/adata_spatial.h5ad` | AnnData (全結果) | → multi-omics |
257
+
258
+ ## ToolUniverse 連携
259
+
260
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
261
+ |--------|---------|--------|
262
+ | `cellxgene` | CellxGene | 空間トランスクリプトミクスデータ検索 |
@@ -3,6 +3,10 @@ name: scientific-statistical-simulation
3
3
  description: |
4
4
  統計シミュレーションスキル。Monte Carlo 法・Bootstrap 推論・
5
5
  Permutation Test・統計的検出力分析・確率的リスク評価。
6
+ tu_tools:
7
+ - key: biotools
8
+ name: bio.tools
9
+ description: 統計シミュレーションツール検索
6
10
  ---
7
11
 
8
12
  # Scientific Statistical Simulation
@@ -225,3 +229,9 @@ def power_analysis(effect_size_range=None, n_range=None,
225
229
  | `mc_results.npz` | Monte Carlo 結果 | → リスク評価 |
226
230
  | `bootstrap_ci.csv` | 信頼区間 | → 統計レポート |
227
231
  | `power_analysis.csv` | 検出力カーブ | → DOE サンプルサイズ |
232
+
233
+ ## ToolUniverse 連携
234
+
235
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
236
+ |--------|---------|--------|
237
+ | `biotools` | bio.tools | 統計シミュレーションツール検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  統計検定・多重比較・エンリッチメント解析のスキル。t検定、カイ二乗検定、ANOVA、
5
5
  Bonferroni/BH 補正、Fisher 正確検定、ベイズ推論を行う際に使用。
6
6
  Scientific Skills Exp-03, 04, 06, 07 で確立したパターン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 統計検定ツールレジストリ
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Statistical Testing & Enrichment Analysis
@@ -221,6 +225,12 @@ def survival_analysis(df, time_col, event_col, group_col):
221
225
  return lr.p_value if len(groups) == 2 else None
222
226
  ```
223
227
 
228
+ ## ToolUniverse 連携
229
+
230
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
231
+ |--------|---------|--------|
232
+ | `biotools` | bio.tools | 統計検定ツールレジストリ |
233
+
224
234
  ## References
225
235
 
226
236
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  ストリーミング解析スキル。River オンライン学習・
5
5
  リアルタイム異常検知・ストリーミング統計・
6
6
  増分データ可視化・概念ドリフト検出。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: ストリーミング解析ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Streaming Analytics
@@ -219,3 +223,9 @@ def concept_drift_detection(stream_data, target_col="y",
219
223
  | `online_model.pkl` | オンラインモデル | → 推論 |
220
224
  | `stream_anomalies.csv` | 異常検知結果 | → alerting |
221
225
  | `drift_report.csv` | ドリフト検出点 | → model-monitoring |
226
+
227
+ ## ToolUniverse 連携
228
+
229
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
230
+ |--------|---------|--------|
231
+ | `biotools` | bio.tools | ストリーミング解析ツール検索 |
@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
5
5
  本文から溢れた図表・手法詳細・追加データを構造化し、ジャーナル規定に準拠した
6
6
  SI ドキュメントを生成する。「SIを作って」「補足資料を生成して」「Supplementary を作成して」で発火。
7
7
  scientific-academic-writing で本文を作成した後に使用。
8
+ tu_tools:
9
+ - key: crossref
10
+ name: Crossref
11
+ description: 補足資料の引用メタデータ参照
8
12
  ---
9
13
 
10
14
  # Scientific Supplementary Information Generator
@@ -423,6 +427,12 @@ def run_si_pipeline(manuscript_path, figures_dir=None, results_dir=None,
423
427
  return {"si_path": si_path, "crossref": crossref}
424
428
  ```
425
429
 
430
+ ## ToolUniverse 連携
431
+
432
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
433
+ |--------|---------|--------|
434
+ | `crossref` | Crossref | 補足資料の引用メタデータ参照 |
435
+
426
436
  ## References
427
437
 
428
438
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  記号数学スキル。SymPy による解析的微積分・線形代数・微分方程式求解、
5
5
  記号式の LaTeX 変換、数値計算との統合、科学モデリング用
6
6
  記号計算パイプライン。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 数式処理・解析ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Symbolic Mathematics
@@ -275,3 +279,9 @@ systems-biology ──→ symbolic-mathematics ──→ latex-formatter
275
279
  ├──→ bayesian-statistics (尤度導出)
276
280
  └──→ computational-materials (バンド理論)
277
281
  ```
282
+
283
+ ## ToolUniverse 連携
284
+
285
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
286
+ |--------|---------|--------|
287
+ | `biotools` | bio.tools | 数式処理・解析ツール検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  時系列解析・予測スキル。ARIMA/SARIMA/Prophet モデリング、変化点検出(PELT/Bayesian)、
5
5
  周期解析(FFT/ウェーブレット)、季節分解(STL)、異常検出、Granger 因果性検定の
6
6
  テンプレートを提供。実験データのトレンド解析・予測モデリングに適用。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 時系列解析ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Time Series Analysis
@@ -267,6 +271,12 @@ def anomaly_detection_zscore(series, window=30, threshold=3.0):
267
271
  return anomalies, z_scores
268
272
  ```
269
273
 
274
+ ## ToolUniverse 連携
275
+
276
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
277
+ |--------|---------|--------|
278
+ | `biotools` | bio.tools | 時系列解析ツール検索 |
279
+
270
280
  ## References
271
281
 
272
282
  ### Output Files
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  ML 時系列予測スキル。Prophet/NeuralProphet・N-BEATS・
5
5
  Temporal Fusion Transformer (TFT)・時系列特徴量エンジニアリング・
6
6
  バックテスト・多段階予測・アンサンブル予測。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: biotools
9
+ name: bio.tools
10
+ description: 時系列予測ツール検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Time Series Forecasting
@@ -244,3 +248,9 @@ time-series → time-series-forecasting → model-monitoring
244
248
  | `prophet_forecast.png` | Prophet 予測結果 | → presentation |
245
249
  | `ts_features.csv` | 時系列特徴量 | → ml-regression |
246
250
  | `backtest_results.csv` | バックテスト結果 | → model selection |
251
+
252
+ ## ToolUniverse 連携
253
+
254
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
255
+ |--------|---------|--------|
256
+ | `biotools` | bio.tools | 時系列予測ツール検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  毒性学・環境衛生スキル。CTD (Comparative Toxicogenomics Database)
5
5
  化学-遺伝子-疾患関連・ToxCast/Tox21 高スループット毒性スクリーニング・
6
6
  IRIS ヒトリスク評価・T3DB 食品/環境毒性物質・PubChem BioAssay 毒性データ。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: ctd
9
+ name: CTD
10
+ description: 化学物質-疾患-遺伝子関連データ検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Toxicology & Environmental Health
@@ -307,3 +311,9 @@ cheminformatics ───────────────┘ disea
307
311
  | `results/ctd_disease_associations.csv` | CTD 化学-疾患関連 | → disease-research |
308
312
  | `results/tox21_assays.csv` | Tox21/ToxCast アッセイ結果 | → admet-pharmacokinetics |
309
313
  | `results/toxicity_pathways.json` | 毒性パスウェイ解析結果 | → pharmacovigilance |
314
+
315
+ ## ToolUniverse 連携
316
+
317
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
318
+ |--------|---------|--------|
319
+ | `ctd` | CTD | 化学物質-疾患-遺伝子関連データ検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  転移学習・ドメイン適応スキル。事前学習モデルファインチューニング・
5
5
  Few-shot / Zero-shot 学習・ドメイン適応 (DA)・
6
6
  知識蒸留・マルチタスク学習・科学ドメイン特化モデル転移。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: papers_with_code
9
+ name: Papers with Code
10
+ description: 転移学習モデル・事前学習済みモデル検索
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Transfer Learning
@@ -296,3 +300,9 @@ deep-learning → transfer-learning → active-learning
296
300
  | `ft_model.pt` | ファインチューニング済みモデル | → 推論 |
297
301
  | `ft_history.csv` | 学習履歴 | → visualization |
298
302
  | `few_shot_predictions.csv` | Few-shot 予測 | → 評価 |
303
+
304
+ ## ToolUniverse 連携
305
+
306
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
307
+ |--------|---------|--------|
308
+ | `papers_with_code` | Papers with Code | 転移学習モデル・事前学習済みモデル検索 |
@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
4
4
  不確実性定量化スキル。Conformal Prediction・MC Dropout・
5
5
  深層アンサンブル・アレアトリック / エピステミック分離・
6
6
  Calibration Curve・予測区間推定・Expected Calibration Error。
7
+ tu_tools:
8
+ - key: papers_with_code
9
+ name: Papers with Code
10
+ description: 不確実性定量化手法・ベンチマーク
7
11
  ---
8
12
 
9
13
  # Scientific Uncertainty Quantification
@@ -284,3 +288,9 @@ ensemble-methods → uncertainty-quantification → explainable-ai
284
288
  | `mc_dropout_uncertainty.csv` | MC Dropout 不確実性 | → active-learning |
285
289
  | `calibration_analysis.png` | 校正曲線 | → presentation |
286
290
  | `uncertainty_decomposition.json` | 分離結果 | → explainable-ai |
291
+
292
+ ## ToolUniverse 連携
293
+
294
+ | TU Key | ツール名 | 連携内容 |
295
+ |--------|---------|--------|
296
+ | `papers_with_code` | Papers with Code | 不確実性定量化手法・ベンチマーク |