@nahisaho/satori 0.25.5 → 0.26.0

package/src/.github/skills/scientific-hypothesis-pipeline/SKILL.md

@@ -1,4 +1,3 @@
-```skill
 ---
 name: scientific-hypothesis-pipeline
 description: |
@@ -6,6 +5,10 @@ description: |
   検証用の解析パイプラインを自動生成するスキル。PICO/PECO フレームワークによる
   仮説構造化、適切な統計検定の選択、パイプラインコード生成を行う。
   「仮説を立てて」「このデータで何がわかる？」「解析パイプラインを作って」で発火。
+tu_tools:
+  - key: open_alex
+    name: OpenAlex
+    description: 仮説関連文献の網羅的検索
 ---
 
 # Scientific Hypothesis-Driven Pipeline Generator
@@ -750,6 +753,12 @@ def manage_hypotheses(hypotheses_list):
     return sorted_h
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `open_alex` | OpenAlex | 仮説関連文献の網羅的検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-image-analysis/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学画像解析スキル。顕微鏡画像のセグメンテーション（Otsu/Watershed/Felzenszwalb）、
   粒径分布解析、形態計測（面積・周囲長・真円度・アスペクト比）、テクスチャ解析
   （GLCM/LBP）、強度プロファイル、マルチチャネル蛍光画像合成の解析テンプレート。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 画像解析ツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Image Analysis
@@ -289,6 +293,12 @@ def merge_fluorescence_channels(channels, colors=None, figsize=(10, 10)):
     return np.clip(merged, 0, 1)
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 画像解析ツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-interactive-dashboard/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Streamlit / Dash / Panel / Voilà による
   科学データダッシュボード構築・リアルタイムパラメータ探索 UI ・
   ウィジェット連動・データアップロード・解析パイプライン UI 化。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: インタラクティブ可視化ツール検索
 ---
 
 # Scientific Interactive Dashboard
@@ -344,3 +348,9 @@ advanced-visualization → interactive-dashboard → presentation-design
 | `dash_app.py` | Dash ダッシュボード | → deployment |
 | `panel_app.py` | Panel ダッシュボード | → deployment |
 | `framework_comparison.csv` | フレームワーク比較 | → 選択指針 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | インタラクティブ可視化ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-lab-automation/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   Opentrons（ロボティクス）による実験自動化と再現性確保を支援。
   claude-scientific-skills の Lab Automation カテゴリを統合。
   「実験プロトコルを作成して」「液体ハンドリングを自動化して」で発火。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 実験自動化ツールレジストリ検索
 ---
 
 # Scientific Lab Automation
@@ -252,6 +256,12 @@ def create_protocol_io_entry(protocol_data):
 4. **ピペッティング精度を検証**: 蛍光色素/重量法で実測値を確認
 5. **バージョン管理**: プロトコルの変更を Git で追跡
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 実験自動化ツールレジストリ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-latex-formatter/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   適合するフォーマッティングを行うスキル。数式・図表・引用・相互参照の LaTeX 構文変換、
   ジャーナル別スタイル適用、コンパイル可能な .tex ファイル生成を担う。
   「LaTeX に変換して」「投稿用 TeX を作って」「ジャーナルフォーマットにして」で発火。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 参考文献メタデータ・DOI 解決
 ---
 
 # Scientific LaTeX Formatter
@@ -499,6 +503,12 @@ def run_latex_pipeline(manuscript_path, journal_format="elsevier",
     return tex_path
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 参考文献メタデータ・DOI 解決 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-lipidomics/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   脂質 MS/MS スペクトル同定・脂質パスウェイエンリッチメント・
   脂質プロファイリングパイプライン。
   TU 外スキル (直接 REST API + Python ライブラリ)。
+tu_tools:
+  - key: lipidmaps
+    name: LIPID MAPS
+    description: 脂質構造・分類データベース検索
 ---
 
 # Scientific Lipidomics
@@ -282,3 +286,9 @@ metabolomics → lipidomics → pathway-enrichment
 |---------|------|---------|
 | `results/lipid_da.csv` | 差次脂質 | → biomarker-discovery |
 | `results/lipid_annotations.csv` | LipidMAPS 注釈 | → pathway-enrichment |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `lipidmaps` | LIPID MAPS | 脂質構造・分類データベース検索 |

package/src/.github/skills/scientific-materials-characterization/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   薄膜・材料キャラクタリゼーション解析のスキル。Thornton-Anders 構造ゾーンモデル（SZM）、
   XRD 結晶子サイズ解析（Scherrer 方程式）、Williamson-Hall プロット、多技法融合データ解析、
   PSP フレームワーク設計を行う際に使用。Scientific Skills Exp-13 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: materials_project
+    name: Materials Project
+    description: 材料特性データベース検索
 ---
 
 # Scientific Materials Characterization
@@ -348,6 +352,12 @@ def tauc_plot_bandgap(wavelength_nm, transmittance_pct, thickness_nm,
     return energy_eV, tauc
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `materials_project` | Materials Project | 材料特性データベース検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-md-simulation/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   分子動力学シミュレーション解析スキル。MDAnalysis によるトラジェクトリ解析・
   RMSD/RMSF/Rg 時系列指標・水素結合解析・二次構造変化追跡・
   OpenFF Toolkit力場パラメータ化・溶媒和自由エネルギー推定パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: pdb
+    name: PDB
+    description: 分子構造データベース参照
 ---
 
 # Scientific MD Simulation
@@ -313,3 +317,9 @@ protein-structure ──┘        │              drug-target-profiling
 | `results/rmsf_per_residue.csv` | RMSF 残基別 | → protein-structure-analysis |
 | `results/hbond_analysis.csv` | 水素結合解析 | → molecular-docking |
 | `results/md_summary.json` | 統合サマリ | → admet-pharmacokinetics |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `pdb` | PDB | 分子構造データベース参照 |

package/src/.github/skills/scientific-medical-imaging/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   医用イメージングスキル。DICOM/NIfTI 処理・WSI (Whole Slide Image) 解析・
   PathML・MONAI・3D Slicer 連携・放射線画像解析・病理組織画像解析を支援。
   「DICOM を解析して」「WSI を処理して」「医用画像をセグメンテーションして」で発火。
+tu_tools:
+  - key: tcia
+    name: TCIA
+    description: がん画像アーカイブ検索
 ---
 
 # Scientific Medical Imaging
@@ -427,6 +431,12 @@ def generate_imaging_report(patient_id, modality, findings,
 - [ ] 3D 可視化
 - [ ] レポート（JSON + Markdown）生成
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `tcia` | TCIA | がん画像アーカイブ検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-metabolic-atlas/SKILL.md

@@ -4,8 +4,13 @@ description: |
   代謝アトラススキル。Metabolic Atlas / Human-GEM REST API による
   代謝反応・代謝産物・コンパートメント検索、フラックス解析統合、
   代謝ネットワーク可視化。K-Dense 連携: metabolic-atlas。
+  ToolUniverse 連携: metabolic_atlas。
 tu_tools: []
 kdense_ref: metabolic-atlas
+tu_tools:
+  - key: metabolic_atlas
+    name: Metabolic Atlas
+    description: ヒトゲノム規模代謝モデル検索
 ---
 
 # Scientific Metabolic Atlas
@@ -261,3 +266,9 @@ metabolic-modeling → metabolic-atlas → systems-biology
 | `results/metabolites.csv` | 代謝産物一覧 | → pathway-enrichment |
 | `results/metabolic_network.graphml` | 代謝ネットワーク | → systems-biology |
 | `results/hub_metabolites.csv` | ハブ代謝産物 | → multi-omics |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `metabolic_atlas` | Metabolic Atlas | ヒトゲノム規模代謝モデル検索 |

package/src/.github/skills/scientific-metabolic-flux/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   代謝フラックス解析スキル。13C/15N 安定同位体トレーサー
   データを用いた代謝フラックス推定・EMU モデリング・
   フラックスバランス制約統合パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: bigg
+    name: BiGG Models
+    description: 代謝フラックスモデル検索
 ---
 
 # Scientific Metabolic Flux
@@ -304,3 +308,9 @@ flux-balance-analysis ───┘    pathway-enrichment
 |---------|------|---------|
 | `results/mid_corrected.csv` | 補正済み MID | → metabolic-modeling |
 | `results/fluxes.csv` | 推定フラックス | → systems-biology |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `bigg` | BiGG Models | 代謝フラックスモデル検索 |

package/src/.github/skills/scientific-metabolomics-network/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   ハブ代謝物同定・MetaboAnalyst 統合エンリッチメント
   パイプライン。
   TU 外スキル (直接 Python ライブラリ + REST API)。
+tu_tools:
+  - key: hmdb
+    name: HMDB
+    description: 代謝物ネットワーク・代謝経路検索
 ---
 
 # Scientific Metabolomics Network
@@ -309,3 +313,9 @@ metabolomics → metabolomics-network → pathway-enrichment
 | `results/metabolite_network.graphml` | 相関ネットワーク | → systems-biology |
 | `results/hub_metabolites.csv` | ハブ代謝物 | → biomarker-discovery |
 | `results/pathway_enrichment.csv` | パスウェイエンリッチメント | → pathway-enrichment |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `hmdb` | HMDB | 代謝物ネットワーク・代謝経路検索 |

package/src/.github/skills/scientific-metagenome-assembled-genomes/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   GTDB-Tk 分類学的分類・dRep 脱重複・Prokka アノテーション・
   MAG アセンブリ品質レポートパイプライン。
   TU 外スキル (CLI ラッパー + Python ライブラリ)。
+tu_tools:
+  - key: mgnify
+    name: MGnify
+    description: メタゲノムアセンブル・MAG データ検索
 ---
 
 # Scientific Metagenome-Assembled Genomes
@@ -337,3 +341,9 @@ microbiome-metagenomics → metagenome-assembled-genomes → environmental-ecolo
 | `checkm2_out/quality_report.tsv` | 品質レポート | → フィルタリング |
 | `gtdbtk_out/*.summary.tsv` | 分類結果 | → phylogenomics |
 | `drep_out/dereplicated_genomes/` | 脱重複 MAG | → environmental-ecology |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `mgnify` | MGnify | メタゲノムアセンブル・MAG データ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-missing-data-analysis/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   欠損データ解析スキル。欠損パターン診断 (MCAR/MAR/MNAR) ・
   Little's MCAR テスト・多重代入法 (MICE) ・KNN 補完・
   MissForest・VAE/GAIN 補完・欠損パターン可視化・Rubin's Rules。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 欠損データ処理ツール検索
 ---
 
 # Scientific Missing Data Analysis
@@ -310,3 +314,9 @@ eda-correlation → missing-data-analysis → ml-classification
 | `mcar_test_result.json` | Little's MCAR テスト | → 補完戦略選択 |
 | `imputed_datasets/` | MICE 多重代入データ | → ml-classification |
 | `imputation_comparison.csv` | 補完手法比較 | → 最終選択 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 欠損データ処理ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-ml-classification/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   機械学習分類パイプラインのスキル。複数の分類モデル（Logistic Regression, Random Forest,
   SVM, XGBoost）を StratifiedKFold 交差検証で比較し、ROC 曲線・混同行列で評価する際に使用。
   Scientific Skills Exp-03, 05 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 分類ベンチマーク・データセット取得
 ---
 
 # Scientific ML Classification Pipeline
@@ -246,6 +250,12 @@ def volcano_plot(df, group_col, value_cols, group1, group2,
     return vdf
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 分類ベンチマーク・データセット取得 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-ml-regression/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   マルチターゲット回帰モデルの学習・評価・比較スキル。複数の回帰モデル（Ridge, Lasso,
   Random Forest, Gradient Boosting, Extra Trees）を KFold 交差検証で比較する際に使用。
   Scientific Skills Exp-12, 13 で確立したパターン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 回帰ベンチマーク・データセット取得
 ---
 
 # Scientific ML Regression Pipeline
@@ -197,6 +201,12 @@ def plot_radar_comparison(results_df, target_name, figsize=(8, 8)):
     plt.close()
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 回帰ベンチマーク・データセット取得 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-model-monitoring/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   MLOps モデル監視スキル。データドリフト検出 (Evidently/NannyML)・
   モデル性能劣化検出・特徴量ドリフト・コンセプトドリフト・
   A/B テスト統計・モデルレジストリ・再学習トリガー。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: モデルモニタリング指標・ベンチマーク
 ---
 
 # Scientific Model Monitoring
@@ -245,3 +249,9 @@ ensemble-methods → model-monitoring → anomaly-detection
 | `drift_report.csv` | ドリフト検出結果 | → 再学習判断 |
 | `performance_monitoring.png` | 性能推移 | → reporting |
 | `ab_test_result.json` | A/B テスト結果 | → デプロイ判断 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | モデルモニタリング指標・ベンチマーク |

package/src/.github/skills/scientific-multi-task-learning/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   マルチタスク学習スキル。Hard/Soft Parameter Sharing・
   GradNorm 勾配正規化・PCGrad 勾配投影・
   タスクバランシング・補助タスク設計。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: マルチタスク学習データセット参照
 ---
 
 # Scientific Multi-Task Learning
@@ -236,3 +240,9 @@ def gradnorm_balance(model, task_losses, train_loader,
 | `mtl_model.pt` | MTL モデル | → 推論 |
 | `mtl_history.csv` | タスク別学習履歴 | → 可視化 |
 | `gradnorm_weights.csv` | 動的タスク重み推移 | → バランシング分析 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | マルチタスク学習データセット参照 |

package/src/.github/skills/scientific-nci60-screening/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   NCI-60 がん細胞株薬剤応答スキル。CellMiner API 薬剤感受性・
   NCI-60 GI50/LC50 データ・DepMap cancer dependency 統合・
   薬剤-分子マーカー相関・細胞株パネル比較解析。
+tu_tools:
+  - key: nci60
+    name: NCI-60
+    description: がん細胞株スクリーニングデータ検索
 ---
 
 # Scientific NCI-60 Screening
@@ -305,3 +309,9 @@ drug-target-profiling ──────┘          cancer-genomics
 | `results/tissue_patterns.csv` | 組織別応答パターン | → cancer-genomics |
 | `results/marker_correlations.csv` | 薬剤-マーカー相関 | → drug-target-profiling |
 | `results/depmap_dependency.csv` | DepMap 依存性スコア | → cell-line-resources |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `nci60` | NCI-60 | がん細胞株スクリーニングデータ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-network-visualization/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   ネットワーク解析・可視化スキル。NetworkX グラフ構築・
   コミュニティ検出 (Louvain/Leiden)・中心性指標・
   PyVis インタラクティブ・ネットワーク統計量・動的ネットワーク。
+tu_tools:
+  - key: string
+    name: STRING
+    description: ネットワーク可視化・相互作用データ
 ---
 
 # Scientific Network Visualization
@@ -276,3 +280,9 @@ eda-correlation → network-visualization → advanced-visualization
 | `network_communities.png` | コミュニティ構造 | → presentation |
 | `centrality_analysis.csv` | 中心性指標 | → feature-importance |
 | `network_interactive.html` | PyVis 図 | → dashboard |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `string` | STRING | ネットワーク可視化・相互作用データ |

package/src/.github/skills/scientific-neural-architecture-search/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   ニューラルアーキテクチャ探索 (NAS) スキル。DARTS 微分可能 NAS・
   Optuna NAS 統合・効率的ネットワーク設計・探索空間定義・
   Pareto 最適化 (精度 vs FLOPS)。
+tu_tools:
+  - key: papers_with_code
+    name: Papers with Code
+    description: NAS 探索空間・ベンチマーク検索
 ---
 
 # Scientific Neural Architecture Search
@@ -204,3 +208,9 @@ def nas_pareto_search(train_loader, val_loader,
 | `nas_study.pkl` | Optuna Study | → 最良構造抽出 |
 | `pareto_front.csv` | Pareto 最適解群 | → モデル選択 |
 | `best_architecture.json` | 最良アーキテクチャ | → deep-learning |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `papers_with_code` | Papers with Code | NAS 探索空間・ベンチマーク検索 |

package/src/.github/skills/scientific-neuroscience-electrophysiology/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   EEG マイクロステート・事象関連電位 (MNE-Python)、ECG HRV 解析、
   EDA 皮膚コンダクタンス応答、EMG 筋活動解析 (NeuroKit2)、
   脳結合性解析 (機能的/実効的) を統合した神経科学パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 電気生理学解析ツール検索
 ---
 
 # Scientific Neuroscience & Electrophysiology
@@ -368,6 +372,12 @@ def graph_theory_brain_network(conn_matrix, ch_names, threshold=0.3):
     return G
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 電気生理学解析ツール検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-paper-quality/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   語彙多様性、学術語使用率、冗長表現検出、ジャーナル要件適合チェック、
   再現可能性チェックを実行する。
   「論文の品質をチェックして」「可読性スコアを出して」「投稿前チェック」で発火。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 引用品質・ジャーナルメトリクス参照
 ---
 
 # Scientific Paper Quality
@@ -789,6 +793,12 @@ def _vocabulary_score(vocabulary):
     return max(0.0, round(score, 2))
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 引用品質・ジャーナルメトリクス参照 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-pca-tsne/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   PCA・t-SNE・UMAP による次元削減と空間マッピングのスキル。化学空間・特徴量空間・
   多技法融合空間の可視化を行う際に使用。Scientific Skills Exp-02, 03, 05, 07, 11, 13
   で汎用的に使用されたパターン。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 次元削減・可視化ツール検索
 ---
 
 # Scientific Dimensionality Reduction & Space Mapping
@@ -213,6 +217,12 @@ def hierarchical_clustering(X_scaled, method="ward", max_k=10, figsize=(12, 5)):
     return Z, int(best_k)
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 次元削減・可視化ツール検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-peer-review-response/SKILL.md

@@ -6,6 +6,10 @@ description: |
   ポイント・バイ・ポイント回答生成、改訂箇所マッピング、
   複数ラウンド対応を行う。
   「査読に回答して」「reviewer response を作成して」「リバッタルを書いて」で発火。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 査読指摘の文献裏付け検索
 ---
 
 # Scientific Peer Review Response
@@ -613,6 +617,12 @@ def _generate_template_responses(parsed):
     return responses
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 査読指摘の文献裏付け検索 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-perturbation-analysis/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   シングルセル摂動解析スキル。pertpy による CRISPR スクリーン解析・
   薬剤応答分析・scGen 摂動予測・Augur 摂動応答性スコアリング・
   scIB 統合ベンチマーク・差次的摂動応答パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: cellxgene
+    name: CellxGene
+    description: 摂動解析データセット検索
 ---
 
 # Scientific Perturbation Analysis
@@ -295,3 +299,9 @@ spatial-transcriptomics ──┘      │            disease-research
 | `results/augur_scores.csv` | Augur 応答性スコア | → single-cell-genomics |
 | `results/perturbation_signatures.json` | 摂動シグネチャ | → drug-target-profiling |
 | `results/scib_benchmark.json` | 統合ベンチマーク | → spatial-transcriptomics |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `cellxgene` | CellxGene | 摂動解析データセット検索 |

package/src/.github/skills/scientific-phylogenetics/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   系統解析スキル。ete3/ETE Toolkit による系統樹構築・可視化、
   scikit-bio 系統的多様性、配列アライメントベース進化解析、
   分子時計・分岐年代推定、祖先配列再構成パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: ncbi_taxonomy
+    name: NCBI Taxonomy
+    description: 系統分類・分岐学データ検索
 ---
 
 # Scientific Phylogenetics
@@ -295,3 +299,9 @@ sequence-analysis ──→ phylogenetics ──→ infectious-disease
                            ├──→ population-genetics (分岐推定)
                            └──→ environmental-ecology (系統的多様性)
 ```
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `ncbi_taxonomy` | NCBI Taxonomy | 系統分類・分岐学データ検索 |

package/src/.github/skills/scientific-pipeline-scaffold/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学データ解析パイプラインの基盤スキル。ディレクトリ構造の自動構築、再現性のためのシード管理、
   進捗ログ出力、実行時間計測、JSON サマリー生成、ダッシュボード総括図の作成を行う際に使用。
   全 13 実験に共通する足場パターンを統合。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: パイプライン構成ツール検索
 ---
 
 # Scientific Pipeline Scaffold
@@ -342,6 +346,12 @@ Exp-XX/
     └── analysis_summary.json  # JSON サマリー
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | パイプライン構成ツール検索 |
+
 ## References
 
 ### 参照スキル

package/src/.github/skills/scientific-plant-biology/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   植物バイオロジー統合スキル。Plant Reactome 代謝パスウェイ・
   TAIR Arabidopsis ゲノム情報・Phytozome 比較ゲノミクス・
   Ensembl Plants 種間オーソログ解析。
+tu_tools:
+  - key: tair
+    name: TAIR
+    description: シロイヌナズナゲノム・植物データ検索
 ---
 
 # Scientific Plant Biology
@@ -319,3 +323,9 @@ pathway-enrichment → plant-biology → environmental-ecology
 | `results/plant_pathways.csv` | Plant Reactome パスウェイ | → pathway-enrichment |
 | `results/tair_genes.csv` | TAIR Arabidopsis 遺伝子 | → gene-annotation |
 | `results/orthologs.csv` | 種間オーソログ | → comparative-genomics |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `tair` | TAIR | シロイヌナズナゲノム・植物データ検索 |