@nahisaho/satori 0.25.5 → 0.26.0

package/README.md

@@ -3,11 +3,12 @@
 **SATORI** は、科学データ解析のための **GitHub Copilot Agent Skills** コレクションです。
 
 [![npm version](https://img.shields.io/npm/v/@nahisaho/satori)](https://www.npmjs.com/package/@nahisaho/satori)
+[![CI](https://github.com/nahisaho/satori/actions/workflows/ci.yml/badge.svg)](https://github.com/nahisaho/satori/actions/workflows/ci.yml)
 [![License: MIT](https://img.shields.io/badge/License-MIT-yellow.svg)](LICENCE)
 
 ## Overview
 
-このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **190 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。131 のスキルは [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールとも連携可能です。
+このディレクトリには、Exp-01〜13 で蓄積した科学データ解析技法を Agent Skills として体系化した **190 個**のスキルを格納しています。Copilot がプロンプトの文脈に応じて適切なスキルを自動ロードし、各実験で確立した解析パターンを再利用します。全 190 スキルが [ToolUniverse](https://github.com/mims-harvard/ToolUniverse) SMCP 経由で 1,200 以上の外部科学データベースツールと連携可能です。
 
 ### パイプラインフロー
 
@@ -702,6 +703,18 @@ satori init
 
 `.github/skills/` がカレントディレクトリにコピーされ、Copilot Agent Mode で即座に利用できます。
 
+### CLI コマンド一覧
+
+| コマンド | 説明 |
+|---|---|
+| `satori init [--force] [--dry-run]` | `.github/skills/` をカレントディレクトリにインストール |
+| `satori pipeline suggest` | キーワードでインタラクティブにパイプラインを推薦 |
+| `satori pipeline list` | 全 26 ドメインパイプラインを一覧表示 |
+| `satori validate [--verbose]` | 全 190 SKILL.md を自動検証 |
+| `satori stats` | スキル数・TU カバレッジなどの統計表示 |
+| `satori help` | ヘルプ表示 |
+| `satori --version` | バージョン表示 |
+
 ---
 
 ## 使い方
@@ -979,6 +992,49 @@ Skills は `.github/skills/` に配置されているため、Copilot が自動
 
 ---
 
+## 開発
+
+### 前提条件
+
+- Node.js >= 18
+
+### セットアップ
+
+```bash
+git clone https://github.com/nahisaho/satori.git
+cd satori
+npm install
+```
+
+### テスト
+
+```bash
+npm test                  # 全テスト実行 (1,359 テスト)
+npm run test:unit         # CLI ユニットテストのみ (24 テスト)
+npm run test:validation   # SKILL.md 検証テストのみ (1,335 テスト)
+npm run test:coverage     # カバレッジ付き実行
+npm run test:watch        # ウォッチモード
+```
+
+### リント・フォーマット
+
+```bash
+npm run lint              # Biome lint チェック
+npm run lint:fix          # 自動修正
+npm run format            # コードフォーマット
+```
+
+### CI
+
+GitHub Actions で以下の 4 ジョブが `main` ブランチへの push / PR 時に実行されます:
+
+- **test**: Node.js 18/20/22 マトリクスでの全テスト実行
+- **validate-skills**: 全 SKILL.md フォーマット検証
+- **cli-smoke**: CLI コマンドのスモークテスト
+- **lint**: Biome によるコード品質チェック
+
+---
+
 ## 参考
 
 - [SATORI 使い方ガイド](../../docs/qiita-satori-guide.md)

package/bin/satori.js

@@ -1,7 +1,7 @@
 #!/usr/bin/env node
 
-const fs = require('fs');
-const path = require('path');
+const fs = require('node:fs');
+const path = require('node:path');
 
 const COMMAND = process.argv[2];
 const SUBCOMMAND = process.argv[3];
@@ -73,48 +73,212 @@ Usage:
   satori init [--force] [--dry-run]   Install .github/ skills into current directory
   satori pipeline suggest             Interactive pipeline recommendation
   satori pipeline list                List all available pipelines
+  satori validate [--verbose]         Validate all SKILL.md files
+  satori stats                        Show skill/TU coverage statistics
   satori help                         Show this help message
   satori --version, -v                Show version number
 
 Options:
   --force     Overwrite existing .github/ directory
   --dry-run   Preview what would be installed without making changes
+  --verbose   Show detailed validation output
 `);
 }
 
 // ── Pipeline Suggest ──
 
 const PIPELINES = [
-  { id: 1,  name: '仮説検証→論文化', domain: 'general',    keywords: ['仮説', '統計', '論文', 'hypothesis'], skills: 'hypothesis-engine → data-preprocessing → statistical-testing → ml-classification → publication-figures → academic-writing → critical-review' },
-  { id: 2,  name: 'バリアント→臨床', domain: 'genomics',   keywords: ['バリアント', 'variant', 'VCF', 'WGS', 'WES'], skills: 'variant-interpretation → pharmacogenomics → precision-oncology → clinical-decision-support → clinical-reporting' },
-  { id: 3,  name: 'トランスクリプトーム', domain: 'genomics', keywords: ['RNA-seq', 'トランスクリプトーム', 'DEG', '発現'], skills: 'rnaseq-analysis → pathway-enrichment → network-analysis → publication-figures' },
-  { id: 4,  name: 'エピジェネティクス', domain: 'genomics', keywords: ['エピゲノム', 'ChIP-seq', 'ATAC-seq', 'メチル化'], skills: 'epigenomics-chromatin → regulatory-genomics → noncoding-rna → gene-regulation' },
-  { id: 5,  name: 'AlphaFold 構造解析', domain: 'structural', keywords: ['AlphaFold', 'タンパク質構造', '3D', 'protein structure'], skills: 'alphafold-structures → protein-structure-analysis → molecular-docking' },
-  { id: 6,  name: 'エビデンス合成', domain: 'literature', keywords: ['メタアナリシス', 'systematic review', '文献', 'エビデンス'], skills: 'deep-research → literature-search → meta-analysis → evidence-synthesis → academic-writing → critical-review' },
-  { id: 7,  name: '創薬パイプライン', domain: 'pharma',    keywords: ['創薬', 'drug discovery', 'ADMET', 'ドッキング'], skills: 'drug-target-profiling → compound-screening → molecular-docking → admet-pharmacokinetics → drug-repurposing' },
-  { id: 8,  name: 'ML/XAI パイプライン', domain: 'ml',     keywords: ['機械学習', 'ML', 'SHAP', 'XAI', '予測モデル'], skills: 'data-preprocessing → ml-classification → ml-regression → explainable-ai → fairness-bias → publication-figures' },
-  { id: 9,  name: '環境・生態学', domain: 'ecology',       keywords: ['生態', '生物多様性', 'SDM', '環境', 'ecology'], skills: 'environmental-ecology → biodiversity-conservation → species-distribution → time-series-forecasting' },
-  { id: 10, name: '計算材料科学', domain: 'materials',     keywords: ['材料', 'materials', 'DFT', '物性'], skills: 'computational-materials → cheminformatics → molecular-dynamics → ml-regression' },
-  { id: 11, name: '医薬品安全性', domain: 'pharma',        keywords: ['有害事象', 'ファーマコビジランス', '安全性', 'adverse'], skills: 'pharmacovigilance → pharmacogenomics → regulatory-science' },
-  { id: 12, name: '希少疾患', domain: 'clinical',          keywords: ['希少疾患', 'rare disease', 'Orphanet'], skills: 'rare-disease-genetics → gene-panel-design → variant-interpretation → clinical-reporting' },
-  { id: 13, name: 'がんゲノミクス', domain: 'oncology',    keywords: ['がん', 'cancer', 'TMB', '体細胞変異'], skills: 'cancer-genomics → precision-oncology → biomarker-discovery → clinical-reporting' },
-  { id: 14, name: 'GWAS・集団遺伝学', domain: 'genomics', keywords: ['GWAS', '集団遺伝学', 'population genetics', 'biobank'], skills: 'biobank-cohort → population-genetics → statistical-testing → publication-figures' },
-  { id: 15, name: 'シングルセル', domain: 'genomics',      keywords: ['シングルセル', 'single-cell', 'scRNA-seq', '空間トランスクリプトーム'], skills: 'cellxgene-census → scvi-integration → spatial-transcriptomics → gene-regulation' },
-  { id: 16, name: 'プロテオミクス', domain: 'omics',       keywords: ['プロテオミクス', 'proteomics', '質量分析'], skills: 'proteomics → protein-structure-analysis → network-analysis' },
-  { id: 17, name: 'メタボロミクス', domain: 'omics',       keywords: ['メタボロミクス', 'metabolomics', '代謝物', '脂質'], skills: 'metabolomics → lipidomics → systems-biology → network-analysis' },
-  { id: 18, name: 'マイクロバイオーム', domain: 'ecology', keywords: ['マイクロバイオーム', 'metagenome', '16S', '腸内細菌'], skills: 'microbiome-metagenomics → metagenome-assembled-genomes → phylogenetics → environmental-ecology' },
-  { id: 19, name: 'パスウェイ・KG', domain: 'systems',     keywords: ['パスウェイ', 'ナレッジグラフ', 'knowledge graph', 'pathway'], skills: 'gene-id-mapping → pathway-enrichment → ontology-integration → network-analysis → knowledge-graph' },
-  { id: 20, name: '農業・食品', domain: 'agriculture',     keywords: ['農業', '食品', 'agriculture', 'food safety'], skills: 'agricultural-science → food-science-nutrition → environmental-ecology' },
-  { id: 21, name: '臨床情報学', domain: 'clinical',        keywords: ['臨床', 'EHR', 'FHIR', 'OMOP', '電子カルテ'], skills: 'clinical-standards → clinical-nlp → clinical-reporting → healthcare-ai → survival-clinical' },
-  { id: 22, name: 'ロボティクス・IoT', domain: 'engineering', keywords: ['ロボティクス', 'IoT', 'ロボット', 'robotics'], skills: 'robotics-automation → lab-automation → lab-data-management → interactive-dashboard' },
-  { id: 23, name: '実験計画・統計', domain: 'general',     keywords: ['実験計画', 'DOE', '検出力', 'サンプルサイズ'], skills: 'experimental-design → statistical-testing → reproducibility-assessment → publication-figures' },
-  { id: 24, name: '科学的可視化', domain: 'general',       keywords: ['可視化', 'visualization', 'ダッシュボード', 'dashboard'], skills: 'publication-figures → interactive-dashboard' },
-  { id: 25, name: '学術出版', domain: 'literature',        keywords: ['論文投稿', 'journal', 'グラント', 'grant'], skills: 'academic-writing → critical-review → citation-network' },
-  { id: 26, name: '科学教育', domain: 'education',         keywords: ['教育', 'education', 'カリキュラム'], skills: 'science-education → reproducibility-assessment' },
+  {
+    id: 1,
+    name: '仮説検証→論文化',
+    domain: 'general',
+    keywords: ['仮説', '統計', '論文', 'hypothesis'],
+    skills:
+      'hypothesis-engine → data-preprocessing → statistical-testing → ml-classification → publication-figures → academic-writing → critical-review',
+  },
+  {
+    id: 2,
+    name: 'バリアント→臨床',
+    domain: 'genomics',
+    keywords: ['バリアント', 'variant', 'VCF', 'WGS', 'WES'],
+    skills:
+      'variant-interpretation → pharmacogenomics → precision-oncology → clinical-decision-support → clinical-reporting',
+  },
+  {
+    id: 3,
+    name: 'トランスクリプトーム',
+    domain: 'genomics',
+    keywords: ['RNA-seq', 'トランスクリプトーム', 'DEG', '発現'],
+    skills: 'rnaseq-analysis → pathway-enrichment → network-analysis → publication-figures',
+  },
+  {
+    id: 4,
+    name: 'エピジェネティクス',
+    domain: 'genomics',
+    keywords: ['エピゲノム', 'ChIP-seq', 'ATAC-seq', 'メチル化'],
+    skills: 'epigenomics-chromatin → regulatory-genomics → noncoding-rna → gene-regulation',
+  },
+  {
+    id: 5,
+    name: 'AlphaFold 構造解析',
+    domain: 'structural',
+    keywords: ['AlphaFold', 'タンパク質構造', '3D', 'protein structure'],
+    skills: 'alphafold-structures → protein-structure-analysis → molecular-docking',
+  },
+  {
+    id: 6,
+    name: 'エビデンス合成',
+    domain: 'literature',
+    keywords: ['メタアナリシス', 'systematic review', '文献', 'エビデンス'],
+    skills:
+      'deep-research → literature-search → meta-analysis → evidence-synthesis → academic-writing → critical-review',
+  },
+  {
+    id: 7,
+    name: '創薬パイプライン',
+    domain: 'pharma',
+    keywords: ['創薬', 'drug discovery', 'ADMET', 'ドッキング'],
+    skills:
+      'drug-target-profiling → compound-screening → molecular-docking → admet-pharmacokinetics → drug-repurposing',
+  },
+  {
+    id: 8,
+    name: 'ML/XAI パイプライン',
+    domain: 'ml',
+    keywords: ['機械学習', 'ML', 'SHAP', 'XAI', '予測モデル'],
+    skills:
+      'data-preprocessing → ml-classification → ml-regression → explainable-ai → fairness-bias → publication-figures',
+  },
+  {
+    id: 9,
+    name: '環境・生態学',
+    domain: 'ecology',
+    keywords: ['生態', '生物多様性', 'SDM', '環境', 'ecology'],
+    skills: 'environmental-ecology → biodiversity-conservation → species-distribution → time-series-forecasting',
+  },
+  {
+    id: 10,
+    name: '計算材料科学',
+    domain: 'materials',
+    keywords: ['材料', 'materials', 'DFT', '物性'],
+    skills: 'computational-materials → cheminformatics → molecular-dynamics → ml-regression',
+  },
+  {
+    id: 11,
+    name: '医薬品安全性',
+    domain: 'pharma',
+    keywords: ['有害事象', 'ファーマコビジランス', '安全性', 'adverse'],
+    skills: 'pharmacovigilance → pharmacogenomics → regulatory-science',
+  },
+  {
+    id: 12,
+    name: '希少疾患',
+    domain: 'clinical',
+    keywords: ['希少疾患', 'rare disease', 'Orphanet'],
+    skills: 'rare-disease-genetics → gene-panel-design → variant-interpretation → clinical-reporting',
+  },
+  {
+    id: 13,
+    name: 'がんゲノミクス',
+    domain: 'oncology',
+    keywords: ['がん', 'cancer', 'TMB', '体細胞変異'],
+    skills: 'cancer-genomics → precision-oncology → biomarker-discovery → clinical-reporting',
+  },
+  {
+    id: 14,
+    name: 'GWAS・集団遺伝学',
+    domain: 'genomics',
+    keywords: ['GWAS', '集団遺伝学', 'population genetics', 'biobank'],
+    skills: 'biobank-cohort → population-genetics → statistical-testing → publication-figures',
+  },
+  {
+    id: 15,
+    name: 'シングルセル',
+    domain: 'genomics',
+    keywords: ['シングルセル', 'single-cell', 'scRNA-seq', '空間トランスクリプトーム'],
+    skills: 'cellxgene-census → scvi-integration → spatial-transcriptomics → gene-regulation',
+  },
+  {
+    id: 16,
+    name: 'プロテオミクス',
+    domain: 'omics',
+    keywords: ['プロテオミクス', 'proteomics', '質量分析'],
+    skills: 'proteomics → protein-structure-analysis → network-analysis',
+  },
+  {
+    id: 17,
+    name: 'メタボロミクス',
+    domain: 'omics',
+    keywords: ['メタボロミクス', 'metabolomics', '代謝物', '脂質'],
+    skills: 'metabolomics → lipidomics → systems-biology → network-analysis',
+  },
+  {
+    id: 18,
+    name: 'マイクロバイオーム',
+    domain: 'ecology',
+    keywords: ['マイクロバイオーム', 'metagenome', '16S', '腸内細菌'],
+    skills: 'microbiome-metagenomics → metagenome-assembled-genomes → phylogenetics → environmental-ecology',
+  },
+  {
+    id: 19,
+    name: 'パスウェイ・KG',
+    domain: 'systems',
+    keywords: ['パスウェイ', 'ナレッジグラフ', 'knowledge graph', 'pathway'],
+    skills: 'gene-id-mapping → pathway-enrichment → ontology-integration → network-analysis → knowledge-graph',
+  },
+  {
+    id: 20,
+    name: '農業・食品',
+    domain: 'agriculture',
+    keywords: ['農業', '食品', 'agriculture', 'food safety'],
+    skills: 'agricultural-science → food-science-nutrition → environmental-ecology',
+  },
+  {
+    id: 21,
+    name: '臨床情報学',
+    domain: 'clinical',
+    keywords: ['臨床', 'EHR', 'FHIR', 'OMOP', '電子カルテ'],
+    skills: 'clinical-standards → clinical-nlp → clinical-reporting → healthcare-ai → survival-clinical',
+  },
+  {
+    id: 22,
+    name: 'ロボティクス・IoT',
+    domain: 'engineering',
+    keywords: ['ロボティクス', 'IoT', 'ロボット', 'robotics'],
+    skills: 'robotics-automation → lab-automation → lab-data-management → interactive-dashboard',
+  },
+  {
+    id: 23,
+    name: '実験計画・統計',
+    domain: 'general',
+    keywords: ['実験計画', 'DOE', '検出力', 'サンプルサイズ'],
+    skills: 'experimental-design → statistical-testing → reproducibility-assessment → publication-figures',
+  },
+  {
+    id: 24,
+    name: '科学的可視化',
+    domain: 'general',
+    keywords: ['可視化', 'visualization', 'ダッシュボード', 'dashboard'],
+    skills: 'publication-figures → interactive-dashboard',
+  },
+  {
+    id: 25,
+    name: '学術出版',
+    domain: 'literature',
+    keywords: ['論文投稿', 'journal', 'グラント', 'grant'],
+    skills: 'academic-writing → critical-review → citation-network',
+  },
+  {
+    id: 26,
+    name: '科学教育',
+    domain: 'education',
+    keywords: ['教育', 'education', 'カリキュラム'],
+    skills: 'science-education → reproducibility-assessment',
+  },
 ];
 
 function pipelineSuggest() {
-  const readline = require('readline');
+  const readline = require('node:readline');
   const rl = readline.createInterface({ input: process.stdin, output: process.stdout });
 
   const ask = (q) => new Promise((resolve) => rl.question(q, resolve));
@@ -184,6 +348,138 @@ function showVersion() {
   console.log(pkg.version);
 }
 
+// ── Validate ──
+
+function parseFrontmatter(content) {
+  const match = content.match(/^---\n([\s\S]*?)\n---/);
+  if (!match) return null;
+  const yaml = match[1];
+  const name = yaml.match(/^name:\s*(.+)$/m)?.[1]?.trim();
+  const hasDescription = /^description:/m.test(yaml);
+  return { name, hasDescription };
+}
+
+function validate() {
+  const verbose = FLAGS.includes('--verbose');
+  const skillsDir = path.join(SOURCE_DIR, 'skills');
+
+  if (!fs.existsSync(skillsDir)) {
+    console.error('Error: skills directory not found:', skillsDir);
+    process.exit(1);
+  }
+
+  const dirs = fs
+    .readdirSync(skillsDir)
+    .filter((d) => d.startsWith('scientific-'))
+    .sort();
+  let pass = 0;
+  let fail = 0;
+  const errors = [];
+
+  for (const dir of dirs) {
+    const filePath = path.join(skillsDir, dir, 'SKILL.md');
+    const issues = [];
+
+    if (!fs.existsSync(filePath)) {
+      issues.push('SKILL.md が見つかりません');
+    } else {
+      const content = fs.readFileSync(filePath, 'utf-8');
+      const fm = parseFrontmatter(content);
+
+      if (!fm) issues.push('YAML Frontmatter がありません');
+      else {
+        if (!fm.name) issues.push('Frontmatter に name がありません');
+        else if (fm.name !== dir) issues.push(`name 不一致: "${fm.name}" (期待値: "${dir}")`);
+        if (!fm.hasDescription) issues.push('Frontmatter に description がありません');
+      }
+
+      if (!/^# .+$/m.test(content)) issues.push('H1 タイトルがありません');
+      if (!/^## When to Use/m.test(content)) issues.push('## When to Use セクションがありません');
+      if (!/^## Quick Start/m.test(content)) issues.push('## Quick Start セクションがありません');
+      if (!/```(?:python|markdown|json)/.test(content)) issues.push('コードブロックがありません');
+    }
+
+    if (issues.length === 0) {
+      pass++;
+      if (verbose) console.log(`  ✔ ${dir}`);
+    } else {
+      fail++;
+      errors.push({ dir, issues });
+      if (verbose) {
+        console.log(`  ✘ ${dir}`);
+        for (const issue of issues) console.log(`      - ${issue}`);
+      }
+    }
+  }
+
+  console.log(`\n📋 SKILL.md 検証結果: ${pass} pass / ${fail} fail (全 ${dirs.length} スキル)`);
+
+  if (errors.length > 0 && !verbose) {
+    console.log('\n問題のあるスキル:');
+    for (const e of errors) {
+      console.log(`  ✘ ${e.dir}: ${e.issues.join(', ')}`);
+    }
+  }
+
+  if (fail > 0) {
+    console.log('\n詳細は --verbose オプションで確認してください。');
+    process.exit(1);
+  } else {
+    console.log('\n✔ 全スキルの検証に成功しました。');
+  }
+}
+
+// ── Stats ──
+
+function stats() {
+  const skillsDir = path.join(SOURCE_DIR, 'skills');
+
+  if (!fs.existsSync(skillsDir)) {
+    console.error('Error: skills directory not found:', skillsDir);
+    process.exit(1);
+  }
+
+  const dirs = fs
+    .readdirSync(skillsDir)
+    .filter((d) => d.startsWith('scientific-'))
+    .sort();
+  const totalSkills = dirs.length;
+  let tuLinked = 0;
+  let totalCodeBlocks = 0;
+  const tuPattern = /ToolUniverse|利用可能ツール|SMCP/i;
+  const tuKeyPattern = /`([A-Z][a-zA-Z]*_[a-z]+_[a-z_]+)`/g;
+  const allTuKeys = new Set();
+
+  for (const dir of dirs) {
+    const filePath = path.join(skillsDir, dir, 'SKILL.md');
+    if (!fs.existsSync(filePath)) continue;
+    const content = fs.readFileSync(filePath, 'utf-8');
+
+    if (tuPattern.test(content)) tuLinked++;
+
+    const codeBlocks = content.match(/```(?:python|markdown|json)/g);
+    if (codeBlocks) totalCodeBlocks += codeBlocks.length;
+
+    for (const m of content.matchAll(tuKeyPattern)) {
+      allTuKeys.add(m[1]);
+    }
+  }
+
+  const coverage = ((tuLinked / totalSkills) * 100).toFixed(1);
+  const pkg = require(path.join(PACKAGE_ROOT, 'package.json'));
+
+  console.log(`
+📊 SATORI v${pkg.version} — 統計
+
+  スキル総数:          ${totalSkills}
+  パイプライン数:      ${PIPELINES.length}
+  TU 連携スキル:       ${tuLinked} (${coverage}%)
+  TU 未連携:           ${totalSkills - tuLinked}
+  ユニーク TU キー:    ${allTuKeys.size}
+  コードブロック総数:  ${totalCodeBlocks}
+`);
+}
+
 switch (COMMAND) {
   case 'init':
     init();
@@ -199,6 +495,12 @@ switch (COMMAND) {
       process.exit(1);
     }
     break;
+  case 'validate':
+    validate();
+    break;
+  case 'stats':
+    stats();
+    break;
   case 'help':
   case '--help':
   case '-h':

package/package.json

@@ -1,6 +1,6 @@
 {
   "name": "@nahisaho/satori",
-  "version": "0.25.5",
+  "version": "0.26.0",
   "description": "SATORI — Agent Skills for Science. GitHub Copilot Agent Skills collection for scientific data analysis.",
   "main": "index.js",
   "bin": {
@@ -11,7 +11,17 @@
     "src/.github/"
   ],
   "scripts": {
-    "test": "node bin/satori.js init --dry-run"
+    "test": "vitest run",
+    "test:watch": "vitest",
+    "test:unit": "vitest run tests/unit/",
+    "test:validation": "vitest run tests/validation/",
+    "test:coverage": "vitest run --coverage",
+    "validate:skills": "vitest run tests/validation/skill-format.test.js",
+    "validate:tu": "vitest run tests/validation/tu-coverage.test.js",
+    "lint": "biome check bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "lint:fix": "biome check --write bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "format": "biome format --write bin/ tests/ vitest.config.js",
+    "prepare": "husky"
   },
   "keywords": [
     "copilot",
@@ -25,5 +35,25 @@
   "repository": {
     "type": "git",
     "url": "git+https://github.com/nahisaho/satori.git"
+  },
+  "engines": {
+    "node": ">=18"
+  },
+  "devDependencies": {
+    "@biomejs/biome": "^2.3.15",
+    "husky": "^9.1.7",
+    "lint-staged": "^16.2.7",
+    "vitest": "^4.0.18"
+  },
+  "lint-staged": {
+    "bin/**/*.js": [
+      "biome check --write"
+    ],
+    "tests/**/*.js": [
+      "biome check --write"
+    ],
+    "vitest.config.js": [
+      "biome check --write"
+    ]
   }
 }

package/src/.github/skills/scientific-academic-writing/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Elsevier 系のジャーナル形式に対応した論文構成・セクション設計・文章パターンを提供。
   「論文を書いて」「Abstract を作成して」「Methods セクションを書いて」で発火。
   assets/ に主要ジャーナル形式の Markdown テンプレートを同梱。
+tu_tools:
+  - key: crossref
+    name: Crossref
+    description: 論文メタデータ検索・引用情報取得
 ---
 
 # Scientific Academic Writing
@@ -464,6 +468,12 @@ needed and take full responsibility for the content of the publication.
 [SI 内でのみ引用した文献]
 ```
 
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `crossref` | Crossref | 論文メタデータ検索・引用情報取得 |
+
 ## References
 
 ### Output Files

package/src/.github/skills/scientific-active-learning/SKILL.md

@@ -5,6 +5,10 @@ description: |
   Query-by-Committee・期待モデル変化・プール型/ストリーム型・
   バッチアクティブラーニング・停止基準判定・
   モデル改善パイプライン。
+tu_tools:
+  - key: openml
+    name: OpenML
+    description: 能動学習データセット・評価指標
 ---
 
 # Scientific Active Learning
@@ -287,3 +291,9 @@ eda-correlation → active-learning → ml-classification
 | `al_history.csv` | AL ラウンド履歴 | → 停止判定 |
 | `selected_samples.csv` | 選択サンプル | → ラベル付け |
 | `strategy_comparison.csv` | 戦略比較 | → advanced-visualization |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `openml` | OpenML | 能動学習データセット・評価指標 |

package/src/.github/skills/scientific-adaptive-experiments/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   適応的実験計画スキル。多腕バンディット (Thompson Sampling/UCB)・
   ベイズ適応設計・逐次検定 (SPRT)・
   Response-Adaptive Randomization・早期停止規則。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 適応的実験設計ツール検索
 ---
 
 # Scientific Adaptive Experiments
@@ -285,3 +289,9 @@ def bayesian_adaptive_dose_finding(dose_levels, n_patients=30,
 | `bandit_summary.csv` | バンディット結果 | → 最適アーム |
 | `sprt_history.csv` | SPRT 検定履歴 | → 判定結果 |
 | `dose_finding.csv` | 用量探索結果 | → MTD 推定 |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 適応的実験設計ツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-advanced-imaging/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   高度バイオイメージング解析スキル。CellProfiler によるモフォロジカル
   プロファイリング・Cell Painting 解析、Cellpose による深層学習
   セルセグメンテーション、napari によるインタラクティブ 3D 可視化。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 高度イメージングツール検索
 ---
 
 # Scientific Advanced Imaging
@@ -380,3 +384,9 @@ fluorescence-microscopy ──┘               drug-target-profiling
 | `results/features.csv` | 形態学的特徴量マトリクス | → cheminformatics |
 | `results/cell_painting.csv` | Cell Painting プロファイル | → drug-target-profiling |
 | `results/model/` | 微調整 Cellpose モデル | — |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 高度イメージングツール検索 |

package/src/.github/skills/scientific-advanced-visualization/SKILL.md

@@ -4,6 +4,10 @@ description: |
   科学データ高度可視化スキル。Plotly インタラクティブ 3D ・
   Altair 宣言的可視化・Seaborn 統計プロット・
   アニメーション・Parallel Coordinates・出版品質図。
+tu_tools:
+  - key: biotools
+    name: bio.tools
+    description: 高度可視化ツール検索
 ---
 
 # Scientific Advanced Visualization
@@ -308,3 +312,9 @@ eda-correlation → advanced-visualization → presentation-design
 | `publication_fig.pdf` | 出版品質図 | → presentation |
 | `parallel_coordinates.html` | 多変量可視化 | → reporting |
 | `animation.html` | アニメーション | → presentation |
+
+## ToolUniverse 連携
+
+| TU Key | ツール名 | 連携内容 |
+|--------|---------|--------|
+| `biotools` | bio.tools | 高度可視化ツール検索 |